Genes
565 theses under this subject heading
Eryngium campestre ekstresinin deri kanseri üzerine etkilerinin araştırılması
Apoptozisin kanserin gelişimi ve tedavisindeki önemi büyüktür. Çalışmamızın materyali olarak seçilen Eryngium campestre bitkisinden elde edilen bileşikler ile yapılmış az sayıda çalışma mevcut olmakla beraber, bu çalışmalar bitkinin bazı kanser türleri üzerinde aktif olabileceğini göstermiştir. Bu bilgilerden hareketle Eryngium campestre ekstresiyle muamele edilen cilt kanseri hücrelerinde kaspaz-3, Bax, Bcl-2, wee1, grp78, GADD153, ve AIF protein düzeyleri ve aktivitelerini incelemeyi amaçladık. Hücre kültürünün kullanıldığı çalışmada ELISA yöntemi ile kaspaz-3, Bax, Bcl-2, wee1, GADD153, AIF ve grp78 protein düzeyleri ve aktiviteleri incelendi. Çalışmamızda veriler %95 güvenle SPSS 21 versiyon kullanılarak analiz edildi. Grup kıyaslamaları için Mann Whitney U testi kullanıldı. Çalışma sonunda wee1, Bax, kaspaz-3, GADD153 ve AIF, grp78 protein düzeyleri ve aktiviteleri değerlendirildiğinde kontrole kıyasla anlamlı şekilde arttığı ve Bcl-2 değerlerinin azaldığı tespit edildi (p<0,01). Sonuç olarak; Eryngium campestre bitkisinden elde edilen bileşikler ile kanser tedavisinde kullanılma potansiyeli olabilecek yeni ilaçların geliştirilebileceği, bu amaçla in-vivo ve faz çalışmalarının yapılması gerektiği kanaatine varıldı.
Karbapenem dirençli ve karbapenem duyarlı pseudomonas aeruginosa kökenlerinin antibiyotik duyarlılıklarının karşılaştırılması ve karbapenem dirençli kökenlerde bazı karbapenemaz genlerinin araştırılması
Karbapenem dirençli (CRPA) ve karbapenem duyarlı (CSPA) P. aeruginosa kökenlerinin diğer antibiyotiklere duyarlılıklarının karşılaştırılması ve karbapenem dirençli olan kökenlerdeki karbapenemaz genlerinin varlığının tespit edilmesi amaçlandı. Çalışmaya 50 adet CRPA ve aynı dönemde izole edilen 251 tane CSPA dahil edildi. Antibiyotik duyarlılıkları otomatize sistem kullanılarak saptandı. CRPA kökenlerindeki karbapenemaz genlerinin (blaIMP, blaSPM, blaAIM, blaNDM, blaOXA-48, blaKPC) varlığı multipleks polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle araştırıldı. Kökenlerin en fazla yara (%32,6), idrar (%30,6) ve balgam (%16,9) örneklerinden ve yoğun bakım üniteleri dışındaki diğer kliniklerden izole edildiği tespit edildi. Kökenlerin en dirençli olduğu antibiyotikler netilmisin (%41,5), levofloksasin (36,5), piperasilin (%33,2) ve piperasilin/tazobaktam (%31,9) idi. İmipenem ve meropenem direnç oranları sırasıyla %15,6 ve %11,9 olarak bulundu. CRPA'lar amikasin, aztreonam, gentamisin, netilmisin, tobramisin, siprofloksasin, levofloksasin, sefepim, seftazidim, piperasilin, piperasilin/tazobaktama CSPA olanlardan daha dirençli olarak saptanmıştır (p<0,001). CSPA ve CRPA kökenlerde kolistine dirençte farklılık olmadığı tespit edilmiştir (p=1). CRPA kökenlerinde amikasin, aztreonam, seftazidim, siprofloksasin, kolistin, sefepim, gentamisin, levofloksasin, netilmisin, piperasilin, tobramisin, piperasilin/tazobaktam MİK değerleri CSPA olanlara göre daha yüksek saptandı dolayısıyla daha dirençli bulundu (p<0,001). Çoğul ilaca direnç (MDR) oranı %14,6 ve CRPA grupta MDR oranı daha fazla bulundu (P<0,001). CRPA kökenler içinde blaIMP, blaVIM, blaSPM, blaNDM, blaKPC, blaAIM ve blaOXA genleri arasında bir kökende blaIMP, üç kökende de blaVIM geni pozitif olarak bulundu. Sonuç olarak çalışmamızda karbapenem direnci ve MDR oranı ülkemizdeki oranlardan daha az oranda bulunmuştur. Daha önce hastanemizde yapılan çalışmalardaki oranlara göre de yıllar içinde oranların artmadığı görülmüştür. CRPA'ların CSPA'lara göre diğer antibiyotiklere de daha dirençli olduğu bulunmuştur. Çalışmamızda karbapenemazlardan IMP ve VIM tipi enzimler bulunmuştur. Hastanemizde yapılan diğer çalışmalarla birlikte bu çalışma hastanemizde izole edilen P. aeruginosa'larda karbapenemazların yaygın olmadığını göstermiştir. Bu enzimlerin epidemiyolojik olarak tanımlanması direnç yayılımını önlemede önemlidir ve bunları kodlayan genlerin tespiti; tedavide kullanılacak uygun antibiyotiklerin seçilmesinde yol gösterecektir.
Yeni triazolotiyadiazin türevlerinin sentezi ve biyolojik etki çalışmaları
Gliomalar oldukça yüksek öldürme oranıyla merkezi sinir sistemi tümörleri içerisinde insan yaşamı için ciddi bir tehlike oluşturmaktadır. Kanser oluşumuna ve gelişimine yol açan mekanizmalardan birisinin de hücrelerde araşidonik asit metabolizmasında görev alan siklooksijenaz yolağı olduğu düşünülmektedir. Birçok çalışmada, araşidonik asit metabolizmasının baskılanmasının hücrelerde kanser oluşumunu ve gelişimini engellediği gösterilmiştir. Bu çalışmada, ilk olarak indometazin ve tiyokarbohidrazitin çözücüsüz ortamda gerçekleşen reaksiyonu sonucu 4-amino-5-[(5-metoksi-2-metil-1-(4-klorobenzoil)-1H-indol-3-il)metil]-4H-1,2,4-triazol-3-tiyon elde edilmiştir. Daha sonra bu bileşiğin 2-bromoasetofenon türevleri ile reaksiyonu sonucu yeni 3-[5-metoksi-2-metil-1-(4-klorobenzoil)-1H-indol-3-il)metil]-6-(4-sübstitüefenil)-7H-1,2,4-triazolo[3,4-b]-1,3,4-tiyadiazin türevleri (1-8) sentezlenmiştir. Elde edilen bileşiklerin yapıları IR, 1H-NMR, 13C-NMR, kütle spektroskopik yöntemleri ve elemental analiz ile aydınlatılmıştır. Elde edilen bileşiklerin T98 insan glioma hücre dizisi üzerinde hücre çoğalmasına etkileri MTT yöntemi ile araştırılmıştır. Ayrıca etkili bileşiklerin apoptoza olası etkileri akım sitometrisi ile; COX-2, kaspaz 3, 8 ve 9, sitokrom c mRNA relatif miktar ölçümleri RT-PCR yöntemi ile yapılmıştır. T98 Hücreleri 24 saat boyunca maddelerin 1, 5, 10, 25, 50 ve 100 µM dozları ile muamele edilmiştir. 3-[5-Metoksi-2-metil-1-(4-klorobenzoil)-1H-indol-3-il)metil]-6-(4-metilfenil)-7H-1,2,4-triazolo[3,4-b]-1,3,4-tiyadiazin (8) bileşiğinin 50 ve 100 µM dozlarında hücre yaşam oranlarını sırasıyla %25 ve %40 oranında azalttığı tespit edilmiştir. 8 nolu bileşiğin aynı dozlarında ölçülen apoptoz uyarma yüzdeleri ise kontrole göre (%5) sırasıyla 50 µM doz için % 11 ve 100 µM için % 12 olarak tespit edilmiştir. Ayrıca RT-PCR analizlerinde, 8 nolu bileşiğin kontrol grubuna göre COX-2 mRNA miktarını anlamlı ölçüde azalttığı ve diğer parametrelerde (Kaspaz 3, 8, 9, sitokrom c) anlamlı bir değişikliğe neden olmadığı tespit edilmiştir. Bu çalışma, 8 nolu maddenin COX-2 yolağını baskılayarak doza bağımlı antikanser etki gösterdiğini ortaya koymuştur. Anahtar Kelimeler: Triazol, triazolotiyadiazin, T98 glioma, antikanser, apoptoz, COX-2.
Trizomi 8 anomalisine sahip AML ve MDS olgularında IDH1 ve IDH2 gen mutasyonlarının araştırılması
Başlık: Trizomi 8 anomalisine sahip AML ve MDS olgularında IDH1 ve IDH2 gen mutasyonlarının araştırılması Amaç: Bu çalışma ile; izole trizomi 8 anomalisi saptanan AML ve MDS tanılı olgularda, IDH1 ve IDH2 genlerindeki mutasyonlar araştırılmıştır. Buna bağlı olarak ilgili genlerin mutasyonel durumunun; görülme sıklığı trizomi 8 ile ilişkisi ve klinik heterojeniteye olan katkısının değerlendirilmesi hedeflenmiştir. Yöntem: Konvansiyonel ve moleküler sitogenetik analizlerle izole trizomi 8 anomalisi saptanan 23'ü AML, 22'si MDS tanılı olmak üzere 45 hastada; IDH1 ve IDH2 genlerinin 4. eksonlarında IDH1 için R132, IDH2 için R140 hotspot mutasyonlarının analizi Real- time PCR yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Akut miyeloid lösemi ve MDS tanılı olgularda IDH1 ve IDH2 gen mutasyonlarına yönelik gerçekleştirilen Real- time PCR çalışmamızın sonucunda; çalışmaya dahil edilen 1 AML ve 1 MDS tanılı olmak üzere 2 hastada yalnızca IDH1, MDS tanılı 1 hasta da ise yalnızca IDH2 geninde heterozigot mutasyon varlığı saptanmıştır. Akut miyeloid lösemi tanılı 1 hastada ise ilgili genlerin her ikisinde de heterozigot mutasyon saptanmıştır. Akut miyeloid lösemi ve MDS tanılı hastalarda +8 anomalisinin IDH1 ve IDH2 mutasyonlarının birlikte saptanması açısından aralarındaki ilişki, mutasyon saptanan hasta sayısının az olması sebebiyle istatistiksel olarak değerlendirilememiştir. Sonuçlar: Elde edilen veriler AML ve MDS olgularında +8 ile IDH1/2 mutasyonlarının birbirine eşlik etmediğini destekler niteliktedir. Ancak mutasyon saptanan olgular klinik verileriyle birlikte değerlendirildiğinde, ilgili gen mutasyonlarının ağır seyreden prognoz ve AML'de tedavi direnci ile ilişkili olabileceğini düşündürmüştür. Çalışmamızın sonucunda trizomi 8 saptanan AML ve MDS olgularında IDH1/2 mutasyonlarının olumsuz prognostik etki gösterdiğine dair bilgilerin kesin olarak ortaya koyulabilmesi için daha fazla vakada ilgili gen mutasyonlarının araştırılmasına ihtiyaç olduğu sonucuna varılmıştır.
Prematür ovaryan yetmezlikle XPD ve XRCC1 DNA tamir gen polimorfizminin ilişkisi
Prematür ovaryan yetmezlik (POF), reprodüktif yaş grubundaki kadınların yaklaşık %1'ini etkileyen, 40 yaşın altında ovaryan fonksiyonların kesilmesine artmış gonadotropin ve düşük östrojen seviyelerinin eşlik ettiği heterojen bir tablodur. POF vakalarının %90'ında etiyolojik faktör belirlenememektedir. Kadınların tüm reprodüktif hayatları boyunca sahip oldukları yedi milyon oositten sadece 500'den azı ovule olabilmektedir. POF'un ovaryan gelişim sırasındaki folikül sayısının düşük olmasından ya da folikül kayıp hızındaki bir artıştan kaynaklanıyor olabileceği düşünülmektedir. Epidemiyolojik çalışmalarda DNA hasarlayıcı ajanlara maruziyetin fertilitede azalmaya ve folikül sayısında kayba neden olduğu gösterilmiştir. DNA tamir geni polimorfizmleri DNA tamir enzimlerinin fonksiyonlarını değiştirebilmekte ve tamir edilmeyen DNA hasarları apoptozisi tetikleyebilmektedir. Bu nedenle biz bu çalışmada, Türk toplumunda idiopatik POF ile XPD ve XRCC1 polimorfizmlerinin ilişkili olup olmadığını araştırdık. Bu amaçla POF ve kontrol grubunda XPD-Lys751Gln, XRCC1-Arg194Trp ve XRCC1-Arg399Gln polimorfizmlerinin sıklığı analiz edildi. Hasta grubu yaşları 17-39 arasında değişen 25 POF hastasından oluşturuldu. Yaşları 21-64 arasında olan, 40 yaşından sonra menapoza girmiş olan ya da halen düzenli adet gören 25 kadın kontrol grubuna dahil edildi. Standart metodlar kullanılarak periferik kandaki lökositlerden DNA analizi yapıldı. Polimorfizmlerin tespiti bir LightCycler-System ile floresan işaretli hibridizasyon probları kullanılarak erime eğrisi analizi ile yapıldı. Yaptığımız çalışmada araştırılan polimorfizmlerin genotip dağılımları ve allel frekansları açısından POF ve kontrol grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmadı. XPD-Lys751Gln polimorfizmi için Gln/Gln+Lys/Gln genotipi sıklığı POF grubunda kontrol grubuna göre anlamlı ölçüde daha düşük bulundu. Bu çalışmada 751Gln allelinin POF'a karşı koruyucu bir rolü olduğu bulundu.
Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten nozokomiyal Escherichia coli izolatlarında beta-laktamaz genleri ve klonal ilişkinin araştırılması
Amaç: Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üreten mikroorganizmalar dünyada önemli bir problemdir ve özellikle CTX-M beta laktamazı üreten Escherichia coli tüm dünyada yayılmakta, hem nozokomiyal hem de toplumsal kaynaklı infeksiyonlara neden olmaktadır. Bu çalışmanın amacı GSBL üreten hastane kökenli Escherichia coli izolatlarında beta laktamaz gen prevalansı, antibiyotik duyarlılıkları ve klonal ilişkilerini araştırmaktır.Gereç ve yöntem: İnönü Üniversitesi Turgut Özal Tıp Merkezinde Haziran 2010-Haziran 2011 tarihleri arasında yatan hastalardan izole edilen toplam 76 GSBL üreten E. coli suşu çalışmaya alındı. İzolatların antibiyotik duyarlılıkları Klinik Laboratuvar ve Standartlar Enstitüsü'ne (CLSI) göre Kirby Bauer disk difüzyon yöntemiyle saptandı. GSBL varlığı Çift Disk Sinerji Testi ile saptandı, şüpheli olgularda sefotaksim/sefotaksim klavulanik asit E test şeriti (AB-Biodisk) kullanıldı. TEM, SHV, CTX-M, PER, VEB, GES, OXA-2 grup ve OXA-10 grup beta laktamaz genlerinin varlığı bu bölgelere özgül primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyon (PZR) yöntemi ile araştırıldı. Suşlar arasındaki klonal ilişkilerin tespiti için PFGE (pulsed field gel electrophoresis) yöntemi kullanıldı.Bulgular: GSBL üreten E. coli izolatları en sık yoğun bakım (%35), dahiliye (%16) ve genel cerrahi (%13) bölümlerinden izole edildi. GSBL üreten E. coli'lerin en sık izole edildiği örnekler idrar (%34), kan (%33) ve yara (%21) olmuştur. Suşların tamamı imipenem, meropenem ve amikasine duyarlı bulundu. İzolatların hiçbiri sefotaksim ve seftriaksona duyarlı bulunmadı. GSBL pozitif E. coli izolatlarının ertapeneme duyarlılığı %83, piperasilin/tazobaktama %61, sefaperazon/sulbaktama %63, seftazidime %18, sefepime %25, aztreonama %20 olarak saptandı. E. coli suşlarında CTX-M, TEM, OXA-2 grup, PER, SHV, OXA-10 grup beta laktamaz oranları, sırasıyla %89.5, %59.2, %15.8, % 14.5, %11.8 ve %3.9 olarak saptandı. İzolatların hiçbirinde GES ve VEB beta laktamaz geni saptanmadı. Bir izolatda araştırılan beta laktamaz genlerinden hiçbiri saptanmadı. PZR analizi sonucu 25 izolatta TEM ve CTX-M beta laktamazı birlikte, 20 izolatta yalnız CTX-M beta laktamaz geni ve 2 izolatta yalnız TEM beta laktamaz geni bulunduğu saptandı. SHV beta laktamazı hiçbir izolatda tek başına saptanmadı. PFGE yöntemi ile GSBL üreten izolatlar arası belirgin klonal ilişki saptanmadı.Sonuçlar: Bu çalışma ile hastanemizde nozokomiyal GSBL üreten E. coli suşları arasında CTX-M tipi enzimin yüksek sıklıkta olduğu gösterildi. GSBL üreten bakterilerin poliklonal olarak yayıldığı saptandı ve baskın epidemik suş tanımlanamadı. Direnç genlerinin mobil genetik elemanları ile aktarılmış olabileceği düşünülerek epidemik klonlar ile plazmidler arasındaki ilişkiyi açıklayacak plazmid analizi ve Multilokus sekans tipleme (MLST) gibi daha ileri çalışmalara gereksinim olduğu sonucuna varıldı.Anahtar Kelimeler: E. coli, beta laktamaz genleri, CTX-M, PFGE
Sirozlu hastalarda spontan bakteriyal peritonit ile NOD2 gen mutasyonu ve bakteriyal translokasyon arasındaki ilişki
Bakteriyel translokasyon (BT) spontan bakteriyal peritonitin (SBP) gelişiminde önemli bir rol oynamaktadır. Son yıllarda yapılan çalışmalarda karaciğer sirozunda SBP?nin nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 (NOD2) gen aleli ve BT sıklığıyla ilişkili olduğu bildirilmiştir. Biz bu çalışmada asitli sirotik hastalarda spontan bakteriyal peritonit ile BT ve NOD2 varyantı arasındaki ilişkiyi araştırmayı amaçladık. Çalışmamıza etyoloji ayırt etmeksizin sirotik asit gelişmiş SBP?si olan 82 hasta ve SBP?si olmayan 89 hasta dahil edildi. Çalışmamızda BT ilişkili olduğu düşünülen 3 NOD2 gen aleli (p.R702W, p.G908R, c.3020insC) çalışıldı. BT varlığını saptamak için tüm hastalarda asit sıvısında bakteriyal DNA ve serumda İnterlökin-6(IL-6), tümör nekrosis faktör reseptörü(TNF-R) ve lipoprotein binding protein (LPB) bakıldı. SBP olan hastalarda asit sıvısında bakteriyal DNA varlığı SBP olmayan hastalardan anlamlı şekilde farklıydı. SBP ve SBP olmayan hastalar arasında NOD2 gen varyant sıklığı açısından anlamlı farklılık saptanmadı. Kültür pozitif SBP?li hastalarda NOD2 gen varyant sıklığı kültür negatif hastalardan anlamlı şekilde farklıydı. NOD2 gen varyantı olan hastalarda asit sıvısında bakteriyel DNA sıklığı, NOD2 gen varyantı olmayan hastalara göre istatistiksel olarak anlamlı şekilde farklı saptandı. Bu çalışmada bulgularımız asit kültürü ve bakterial DNA pozitifliği ile NOD2 gen mutasyonu arasında anlamlı bir ilişki bulunduğunu düşündürmektedir. Anahtar Kelimeler: NOD2, Bakteriyel Translokasyon, Spontan Bakteriyal Peritonit
Kraniyoservikal arter diseksiyonlu hastalarda anjiotensinojen M235T ve anjiotensin dönüştürücü enzim insersiyon/delesyon (I/D) gen polimorfizmlerinin risk faktörü olarak araştırılması
Amaç: Anjiotensinojen geni M235T ve ACE geni I/D polimorfizmlerinin hem iskemik hem hemorajik inmede bağımsız bir risk faktörü olduğu gösterilmiştir. Çalışmamızın amacı, genç erişkinlerde önemli bir inme nedeni olan kraniyoservikal arteriyel diseksiyonlu hastalarda anjiotensinojen geni M235T ve ACE geni I/D polimorfizmlerinin bir risk faktörü olup olmadığını araştırmaktır. Yöntem: Ocak 2000-Mayıs 2013 tarihleri arasında kliniğimizde tanısı kesin konulmuş, servikal veya intrakraniyal segmentlerde, karotis arter diseksiyonu veya vertebral arter diseksiyonu olan 63 hastanın anjiotensinojen geni M235T polimorfizm genotipleri olan MM, MT, TT ve ACE geni I/D polimorfizm II, ID, DD genotipleri, benzer yaş grubundaki 100 sağlıklı benzer yaş grubunda ve cinsiyette olan bireyin genotipleriyle karşılaştırıldı. Genotipleme için real-time PCR yöntemi kullanıldı. Sonuç: ACE genotip dağılımı hasta grubunda DD;%39.7 ID;%54, II;%6,3, kontrollerde DD;%20, ID; %29, II;%51 olarak bulundu. Hasta grubunda kontrol grubuna göre, DD ve ID genotip oranı istatistiksel olarak anlamlı yüksekti (p<0.05). Anjiotensinojen genotip dağılımı hastalarda MM; %12.7, MT; % 63.5, TT; %23.8 iken kontrollerde MM; %46, MT; %33, TT; %21 olarak bulundu. Hasta grubunda kontrol grubuna göre, MT genotip oranı istatistiksel olarak anlamlı yüksek bulundu. Buna karşılık MM genotipi kontrol grubunda daha yüksekti (p<0.05). Yorum: Çalışmamızın sonuçları ACE geni DD ve ID, anjiotensinojen geni MT genotipi taşıyıcılığının kraniyoservikal arter diseksiyon riskini artırabileceğini düşündürmektedir.
Karbapeneme dirençli pseudomonas aeruginosa suşlarında seftazidim avibaktam'a karşı in vitro duyarlılık yöntemlerinin karşılaştırılması ve bazı karbapenemaz genlerinin araştırılması
Amaç: Seftazidim avibaktam duyarlılığını güvenilir bir şekilde belirlemek için alternatif yöntemlere ihtiyaç vardır. Bu çalışmada karbapenem dirençli Pseudomonas aeruginosa suşlarında seftazidim avibaktam duyarlılığını değerlendirmek için referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon ile disk difüzyon yöntemlerinin karşılaştırılması ve polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle sık görülen karbapenemaz genlerinin (KPC, IMP, VIM, NDM, OXA-48, GES) araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Mart 2021-Ocak 2023 tarihleri arasında Hitit Üniversitesi Çorum Erol Olçok Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli 103 P. aeruginosa izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. Seftazidim avibaktam duyarlılığının belirlenmesi için disk difüzyon ve sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılmıştır. Karbapenemaz üretiminin fenotipik tayini, karbapenem inaktivasyon yöntemiyle yapılmıştır. Genotipik tayin için DNA izolasyonu yapıldıktan sonra polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi uygulanmış, çoğaltılan gen bölgeleri agaroz jel elektroforezi sayesinde yürütülmüş ve UV ışık altında görüntülenmiştir. Bulgular: İzolatların %69'u sıvı mikrodilüsyon sonuçlarına göre seftazidim avibaktama duyarlı, %31'i seftazidim avibaktama dirençli bulunmuştur. Disk difüzyon yöntemi uygulanan 98 izolat, sıvı mikrodilüsyon sonuçlarıyla uyumlu sonuç vermiş olup iki izolat teknik belirsizlik alanı içerisinde bulunmuş, üç izolatta uyumsuz sonuç gözlenmiştir. Teknik belirsizlik alanı içinde bulunan izolatlar sıvı mikrodilüsyon ile duyarlı bulunmuştur. İki izolat disk difüzyon ile seftazidim avibaktama dirençli bulunup sıvı mikrodilüsyon ile duyarlı bulunurken, bir izolat disk difüzyon ile seftazidim avibaktama duyarlı bulunup sıvı mikrodilüsyon ile dirençli saptanmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile 2 NDM, 1 VIM ve 8 GES üreten izolat tespit edilmiştir. NDM ve VIM üreten üç izolatta karbapenem inaktivasyon metodu pozitifliği saptanmış, karbapenem inaktivasyon metodu sonucu pozitif olan iki izolatta ise karbapenemaz geni saptanamamıştır.
Tamoksifen tedavisi alan meme kanserli hastalarda CYP2D6 gen polimorfizmlerinin araştırılması
Meme kanseri dünyada kadınlar arasında en sık görülen ve en sık ölüme neden olan kanserdir. Meme kanserlerinin yaklaşık %75-80'i hormon pozitiftir. Tamoksifen, hormon reseptörü pozitif meme kanseri hastalarında yüksek tedavi etkinliği olan bir seçici östrojen reseptör modülatörüdür. Bir ön ilaç olan Tamoksifen karaciğerde CYP2D6 enzimi ile en aktif metaboliti olan Endoksifen'e dönüştürülür. CYP2D6 genindeki polimorfizmler nedeniyle Tamoksifen'in farmakolojik aktivitesinde bireyler arası farklılıklar meydana gelir. CYP2D6 allelleri ve Tamoksifen tedavisinin etkinliğini değerlendiren çok sayıda çalışmalar yapılmışıtır. Yapılan çalışmalarda çelişkili sonuçlar elde edilmiştir. Bu çalışmada CYP2D6 genotiplemesi ve bunun Tamoksifen tedavisinde klinik etkisinin araştırılması planlanmıştır. Çalışmaya katılan 65 hastanın periferik venöz kan örneklerinden DNA izolasyonu yapıldı. CYP2D6 allellik varyantlarının (rs16947, rs35742686, rs3892097, rs5030655, rs5030656, rs1065852, rs28371706, rs28371725) belirlenmesi TaqMan® Universal PCR Master Mix ve TaqMan® Drug Metabolism Genotyping Assay Mix ile Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) uygulanarak gerçekleştirilmiştir. Genotip sonuçlarına göre metabolize edici gruplar belirlenerek, hastaların klinik, patolojik özellikleri ve sağkalım analizleri gruplar arasında karşılaştırılmıştır. Hastaların yaş ortalaması 40,71±7,68 yıl, ortalama takip süresi 84 ay±42,06 (6-243 ay) idi. Genotipleme sonucu 35(%53,8) hasta Normal Metabolizör ve 30(%46,2) hasta Orta Metabolizör olarak tespit edildi. Metabolizör gruplarla hastaların menopozal durumu, vücut kitle indeksleri, histopatolojik özellikleri arasında anlamlı fark saptanmadı. Gruplar arasında genel sağkalım, nüks ve ölüm açısından da anlamlı fark saptanmadı. Daha önce yapılan çalışmalarla uyumlu olarak, normal ve orta metabolizör gruplar arasında patolojik özellikler, nüks, ölüm ve genel sağkalım açısından anlamlı fark saptanmamıştır. Tamoksifen tedavisinin bireyselleştirilmesi ve optimizasyonu için örneklem ve incelenen allel sayısının artırılarak yapılacak prospektif çalışmalara ihtiyaç vardır.
Suça sürüklenen çocuklarda suça eğilim ile triptofan hidroksilaz 2 ve SLC6A4 genleri arasındaki ilişkinin araştırılması
Her yıl milyonlarca çocuk suça sürüklenmektedir. Bu çocukların suça sürüklenmesine neden olan risk faktörlerini belirlemek, çocukların neden suça yöneldiğini anlamamıza yardımcı olacaktır. Bu risk faktörlerine yönelik koruyucu önlemlerin alınması, çocukların suç olgusundan uzak tutulabilmesine ve toplumsal barışa katkı sağlayacaktır. Suça sürüklenen çocuklarda suça eğilim ile Triptofan hidroksilaz 2 ve SLC6A4 genlerinin ekspresyonları arasındaki ilişkinin etkisi araştırılarak bu genlerin suçun oluşumuna katkısının olup olmadığı tespiti amaçlanmıştır. Gaziantep Üniversitesi Klinik Araştırmalar Etik Kurulundan gerekli izinler alındıktan sonra Gaziantep Üniversitesi hastanesine başvuran gerekli kriterleri sağlayan çocuklar çalışmamıza davet edilmiştir. Vaka ve kontrol gruplarımız 50'şer çocuktan oluşmaktadır. Bu çocuklardan kan örnekleri toplanmıştır. TPH2 ve SLC6A4 genlerinin ekspresyonlarını belirlemek için öncelikle toplanan kan örneklerinden genlerin mRNA'sı elde edilmiş ve bu elde edilen mRNA'ların kalitesi ve miktarı belirlenmiştir. Bu mRNA'lardan cDNA elde edilmiştir. Bu çocuklara ÇDŞG-ŞY DSM-V el kitabı ve sosyodemografik verileri içeren anket uygulanmıştır. Çalışmamıza katılan vaka grubu çocuklarının ΔCт medyan ortalaması SLC6A4 geni için 7.99, TPH 2 geni için 9.27, kontrol grubu çocuklarının ΔCт medyan ortalaması SLC6A4 geni için 5.59, TPH 2 geni için 5.35 olarak tespit edilmiştir. Vaka grubunun kontrol grubuna göre TPH 2 geninin ekspresyonunun 15,12 kat daha az olduğu ve 3,91 katlık bir kat değişimi olduğu, SLC6A4 geninin ekspresyonunun 7,06 kat daha az olduğu ve 2,82 katlık bir kat değişimi olduğu saptanmıştır. Ayrıca çalışmamızda suça sürüklenen çocuklarda kardeş sayısının çok olduğu, parçalanmış aile yapısının daha çok görüldüğü, ailelerinde daha önce suç işleyen kişilerinin varlığının daha fazla olduğu saptanmıştır. Bu çocuklarda kötü alışkanlık, şiddette maruz kalma ve silah taşıma oranlarının daha yüksek olduğu, babanın eğitim düzeyinin ve çocuğun eğitim hayatına devam etme oranlarının daha düşük olduğu, annenin eğitimi düzeyi ve ailenin gelir düzeyi arasında bir fark olmadığı saptanmıştır. Suça sürüklenen çocukların büyük çoğunluğunda aktif psikopatoloji olduğu saptanmıştır. Çalışmamızda hem THP2 hem de SLC6A4 genlerinin düşük ekspresyonu ile suça eğilim arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmıştır. Sosyodemografik verilere göre ve gen ekspresyon düzeylerine göre risk grubunu oluşturan çocukların tespit edilerek onlara yönelik özel rehabilitasyon programların düzenlenmesi suça sürüklenmenin önlenmesine çok önemli katkılar sunacaktır.
Dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğu etiyogenezinde sirkadiyen ritim ilişkili uzun kodlanmayan RNA'ların düzenleyici rolünün değerlendirilmesi
DEHB, çocuk ve ergenlerde sık görülen, yaşam boyu süren nörogelişimsel bir bozukluktur. Çalışmalar, DEHB'li çocuklarda uyku sorunlarının sık görüldüğünü, bu çocukların kronotipik özelliklerinin sağlıklı kontrollerden farklılık gösterdiğini saptamıştır. Bu nedenle DEHB etiyogenezinde sirkadiyen ritmin önemli bir yere sahip olabileceği düşünülmektedir ancak DEHB'de sirkadiyen ritmi düzenleyen süreçler henüz tam olarak aydınlatılmış değildir. Bu çalışmada, DEHB'li çocuklar ile sağlıklı kontrollerin kronotipik özellikleri ve ana sirkadiyen saat genlerinden CLOCK, PER1 genleri ile daha önce sirkadiyen ritimle ilişkili olduğu gösterilen lncRNA HULC, lncRNA UCA1 genlerinin ekspresyon düzeyleri açısından karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya 43 DEHB kombine tip tanılı çocuk ve 40 sağlıklı kontrol dahil edilmiştir. Katılımcılarla yapılan yarı yapılandırılmış görüşmenin ardından Duygusal Reaktivite Ölçeği, Conner's Anababa Dereceleme Ölçeği-Yenilenmiş Kısa Formu, Çocukluk Dönemi Kronotip Anketi, Çocuklar için Uyku Bozuklukları Ölçeği uygulanmıştır. Gen ekspresyon düzeylerinin belirlenmesi amacıyla katılımcılardan sabah 09:00'da periferal kan örneği alınmıştır. Çalışmamızın sonucunda, kontrol grubuna göre DEHB grubunda akşamcı kronotipin daha yüksek oranlarda görüldüğü, uyku başlatma sürdürme bozukluğu, uyku uyanıklık geçişi bozukluğu ve aşırı uykululuk bozukluğunun daha fazla olduğu, irritabilite düzeyinin daha yüksek olduğu tespit edildi. CLOCK, PER1, lncRNA HULC, lncRNA UCA1 gen ekspresyon düzeyleri DEHB grubunda kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı düzeyde daha yüksekti (p<0,05). DEHB grubunda CLOCK, PER1, lncRNA HULC ve lncRNA UCA1 genlerinin ekspresyon düzeyleri ile kronotipik özellikler, ortalama uyku süresi, sosyal jetlag, SJLsc ve uyku borcu arasında herhangi bir ilişki bulunmazken; CLOCK ekspresyon düzeyi ile hiperaktivite şiddeti arasında (r=0,314; p=0,041), HULC ekspresyon düzeyi ile karşı gelme şiddeti arasında (r=0,315; p=0,040) pozitif yönde zayıf bir ilişki bulundu. Uyku bozukluğunun DEHB varlığını 5,01 kat artırdığı (p=0,002), artan yaşın DEHB varlığını 1,4 kat düşürdüğü (p=0,020) ve cinsiyetin DEHB varlığı için bir risk faktörü olmadığı (p=0,307) tespit edildi. Çalışmamız, DEHB ile lncRNA HULC ve lncRNA UCA1 ilişkisinin gösterildiği ilk çalışma olup, sonuçlarımız her iki lncRNA'nın DEHB etiyolojisinde rolü olabileceğini göstermektedir. Ek olarak sirkadiyen ritim ve uyku sorunları da DEHB etiyolojisinde önemlidir. LncRNA'ların birçok hücresel süreçte düzenleyici rol aldığı düşünüldüğünde DEHB etiyogenezindeki rolünün aydınlatılması için daha fazla araştırmaya ihtiyaç vardır.
Meme kanseri koşullu besiyerinin endotel hücrelerdeki adezyon molekülleri ve immün kontrol noktaları genleri üzerindeki etkileri
Meme kanseri, yaygın olarak süt kanallarını oluşturan hücrelerden veya kanallara süt sağlayan lobüllerden kaynaklanan bir kanser türüdür. Kanser gelişimi esnasında tümör mikro-çevresinde bulunan birçok faktör önem kazanmaktadır. Bu faktörler arasında, endotel hücreler ve immün hücreler gibi hücresel faktörler ile integrinler ve ekstraselüler matriks elemanları gibi yapısal faktörler bulunmaktadır. Endotel hücrelerinden sentezlenen bazı faktörlerin immün hücre modülasyonlarında etkili olması ve tümör hücrelerinin metastazında rol oynaması bu faktörleri kanserde önemli kılmaktadır. Çalışmamızda, meme kanseri koşullu besiyerinde inkübe edilen endotel hücrelerdeki immün kontrol moleküllerinin ve adezyon moleküllerinin ekspresyon seviyelerinde değişiklik olup olmadığını inceledik. Bu amaç için normal meme hücre hattı olan CRL-4010, meme kanseri hücre hatları olan CRL-2329 ve MDA-MB-231 hücrelerinden elde edilen koşullu besiyerleri HUVEC'lere uygulandı. Endotel hücrelerinde, hücre proliferasyonu, hücre migrasyonu ve belirlenen adezyon ve immün kontrol noktaları genlerinin ekspresyon seviyelerindeki değişimlere nasıl etkiler yaptığı incelendi. Hücre proliferasyonu deneyinde, CRL-2329 deney grubunda 48 saatin sonunda kontrole göre artış gösterdiği bulunmuştur. Hücre migrasyonu deneyinde ise, meme kanseri koşullu besiyerlerinde bulunan HUVEC grubunun daha hızlı kapandığı gözlemlenmiş ve anlamlı bulunmuştur. Çalışmamızda adezyon moleküllerinden; ICAM-1, VCAM-1, PECAM-1, E-selektin, VE-kaderin, E-kaderin ve immün kontrol noktaları genlerinden; PD-L1, PD-L2, IDO-1, IDO-2, VISTA, LAG3, CTLA-4 genlerinin ekspresyon düzeyleri Real Time PCR yöntemi ile analiz edilmiştir. Gen ekspresyon seviyelerindeki değişimler incelendiğinde, adezyon moleküllerinden olan ICAM-1, VCAM-1, PECAM-1, E-selektin, VE-kaderin anlamlı olarak değişimler göstermiştir. İmmün kontrol noktaları genlerinde ise, PD-L1, PD-L2, IDO-1, VISTA, LAG3 kontrole göre anlamlı değişimler göstermiştir. Elde ettiğimiz verilerin kanser hücrelerinin çoğalmasına ve metastazına destek sağladığını belirtebiliriz. Bu nedenle, bulduğumuz sonuçlar literatüre katkı sağlayabilecektir.
Non alkolik yağlı karaciğer hastalığı oluşturulan HEPG2 hücre hattında hispidulinin lipid parametrelerine ve AMPK, SIRT1 düzeylerine etkisinin incelenmesi
Bu çalışmada amacımız doğal flavonoid bir bileşen olan hispidulinin oleik asitle indüklenen Non alkolik yağlı karaciğer hastalığı (NAYKH) modeli oluşturulan HepG2 hücre kültüründe Trigliserid (TG), Total Kolesterol (TK), Alanin aminotransferaz (ALT), Aspartat aminotransferaz (AST), Adenozin Monofosfat ile aktive edilen protein kinaz (AMPK) ve Sirtuin 1 (SIRT1) düzeylerine etkisinin incelenmesi amaçlanmıştır. Hispidulin 40 µM konsantrasyonunda TG (p=0,001), TK (p=0,003), ALT (p<0,001), AST (p=0,012) düzeylerini oleik asit grubuna göre anlamlı azaltmış ama oleik asit grubuna göre AMPK seviyesinde (p=0,796) ve SIRT1 seviyesinde (p=0,017) beklenen artış olmamıştır. Bu sonuçlar ışığında hispidulin NAYKH' da etkili olabileceği ama bunu hangi yolaklar üzerinden yaptığının halen net olmayıp bunu göstermek için ileri çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
İyot refrakter papiller tiroid karsinomunda PTTG-1 (Pituitary tumor transforming gene 1) gen ekspresyonunun değerlendirilmesi
Papiller tiroid kanseri (PTK), tiroid kanserlerinin en yaygın görülen türüdür. PTK'nın prognozu genellikle iyi olmakla beraber radyoaktif iyot (RAİ) tedavisine yanıt alınamayan refrakter (RAİ-R) hastaların prognozu oldukça kötüdür. PTK patogenezinde son yıllarda moleküler mekanizmalar üzerinde durulmaktadır. Pituitary Tumor Transforming Gene-1 (PTTG-1), bazı çalışmalarda tiroid kanserleri ile ilişkili saptanmış bir proto-onkogendir. Çalışmamıza 26 RAİ-R PTK, 15 klasik PTK, 12 multinodüler guatr (MNG) tanılı kontrol hastası olmak üzere toplam 53 kişi dahil edildi. Çalışmamızda RAİ-R PTK'da PTK'na göre PTTG-1 gen ekspresyonu kat değişimlerinin istatistiksel olarak anlamlı olmasa da daha yüksek olduğu görülmüştür (1.99 vs 1.73, p= 0.751). Bu durum RAİ-R PTK'ların daha az iyot tutmasına ve RAİ ablasyon tedavisine cevabının daha kötü olmasına katkıda bulunuyor olabilir. RAİ-R PTK hastalarında PTTG-1 gen ekspresyon düzeyi ile TG, anti-TG, NLR, yaş, metastaz çapı, tümör yarılanma zamanı, suvmax değerleri ve cinsiyet arasında anlamlı bir ilişki bulunmadı (p>0.05). PTTG-1'in PTK'daki rolünü daha iyi anlayabilmek için gelecekte MNG yerine sağlıklı kontrol grubu kullanılarak, daha fazla sayıda hastada ve sadece tümöral doku elde etmek için yapılmış mikroskobik örnekler kullanılarak PTTG-1 geni çalışılan ileri çalışmalar gerekmektedir.
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen hipervirülan ve klasik klebsiella pneumoniae izolatlarında virülans genleri ve karbapenem direnç genlerinin araştırılması
Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Hipervirülan ve Klasik Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Virülans Genleri ve Karbapenem Direnç Genlerinin Araştırılması Klebsiella pneumoniae hastane kökenli ve toplum kökenli enfeksiyonlara sebep olabilen ve antibiyotiklere karşı kazandığı dirençle bilinen küresel bir patojendir. Hipervirülan K. pneumoniae (hvKp) diye tanımlanan ve klasik K. pneumoniae (cKp) izolatlarından daha öldürücü olan patotip, sağlıklı genç erişkinlerde karaciğer apsesi, endoftalmi, pnömoni gibi birçok toplum kökenli enfeksiyonlara sebep olmaktadır. HvKp‟yi tanımlamak için klinik ya da mikrobiyolojik net kriterler bulunmamaktadır. Hipermukoviskoziteyi gösteren string testi, kültür plaklarında üreyen kolonilerin öze yardımıyla yukarı doğru çekilmesi ve uzama miktarının ölçülmesiyle yapılır ve hvKp‟yi tanımlamak için en sık kullanılan mikrobiyolojik testtir. Çalışmamızda farklı klinik örneklerden üretilen 100 K. pneumoniae izolatı string testine göre hvKp ve cKp olarak gruplandırılmıştır. Tüm izolatlarda 6 virülans geni (fimH-1, rmpA, magA, aerobaktin, K1, K2) ve karbapenem dirençli izolatlarda 5 karbapenem direnç geni (OXA-48, KPC, IMP, VIM, NDM-1) varlığı araştırılmıştır. İzolatların %45‟i hvKp, %55‟i cKp olarak tanımlanmıştır. İzolatların %94‟ünde fimH-1 geni, %37‟sinde aerobaktin geni, %34‟ünde magA ve K1 geni, %5‟inde rmpA geni, %3‟ünde K2 geni bulunmuştur. HvKp izolatlarının %68,9‟unda, cKp izolatlarının %10,9‟unda aerobaktin geni pozitif saptanmıştır ve hvKp izolatlarında cKp izolatlarına oranla yüksek aerobaktin geni varlığı istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). MagA geni ve K1 serotipi hvKp izolatlarının %28,9‟unda, cKp izolatlarının %38,2‟sinde bulunmuştur. CKp izolatlarında magA geni oranı yüksek görülse de bu fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. (p>0,05). FimH-1 geni hvKp izolatlarının %93,3‟ünde, cKp izolatlarının %94,5‟inde pozitif bulunmuştur. Negatif gen sayısı az olduğu için iki grup arasındaki fark istatistiksel olarak değerlendirilememiştir. RmpA geni hvKp izolatlarının %8,9‟unda, cKp izolatlarının %1,8‟inde pozitif saptanmıştır. K2 geni hvKp izolatlarının %4,4‟ünde, cKp izolatlarının %1,8‟inde pozitif saptanmıştır. Bu genler için hvKp ve cKp grupları 13 arasındaki fark, sayılar az olduğu için istatistiksel olarak değerlendirilememiştir. HvKp ve cKp izolatları arasında antibiyotik duyarlılıkları açısından istatistiksel olarak anlamlı fark olmamasına rağmen seftriakson, sefuroksim, seftazidim, amikasin, sefoksitin, ertapenem, sefuroksim aksetil ve imipenem hvKp izolatlarında daha etkili bulunmuştur. Siprofloksasin ve trimetoprim sülfametoksazol ise hvKp izolatlarında cKp izolatlarına göre daha etkili saptanmıştır ve fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). CKp grubunda gentamisin, amoksisilin, piperasilin-tazobaktam istatistiksel olarak anlamlı olmasa da hvKp grubundan daha etkili bulunmuştur (p>0,05). Karbapenem dirençli izolatların %65,7‟si cKp, %34,3‟ü hvKp olarak saptanmıştır. İstatistiksel olarak anlamlı olmasa da hvKp izolatları karbapenemlere daha duyarlı bulunmuştur. Karbapenem dirençli izolatlarda en sık rastlanan gen OXA-48 olmuştur. KPC geni 5 izolatta tespit edilirken IMP, VIM ve NDM-1 izolatların hiçbirisinde saptanmamıştır. OXA-48 pozitif örneklerin %69‟u cKp, %31‟i hvKp izolatlarına ait bulunmuştur. KPC pozitif izolatların tümünün hvKp grubundan olduğu saptanmıştır. String testinin ve virülans faktörlerinin hipervirülansı göstermek için tek başına yeterli olmayacağı, hipervirülansı göstermek için hipervirülan enfeksiyonların klinik özelliklerini taşıyan olgularda birden fazla virülans faktörü kombinasyonunun gösterilmesi gerektiği kanısına varılmıştır.
21 hidroksilaz eksikliğine bağlı konjenital adrenal hiperplazide (KAH) koenzim NADPH eksikliğinin araştırılması
CYP21A2 geni tarafından eksprese edilen 21-hidroksilaz enziminin eksikliği, konjenital adrenal hiperplazi vakalarının %95'de görülmektedir. KAH'ın patofizyolojisi 21-hidroksilaz enziminin eksikliğinin derecesi ile ilişkili olduğu için aldosteron sentezinin yetersizliğinden seks steroidlerinin sentezindeki yetersizliğine kadar değişen klinik tablolar ile sonuçlanır. Sitokrom P450 oksidoredüktaz enzimi (POR, CPR; EC 1.6.2.4), endoplazmik retikulumda sitokrom P450'ler tarafından katalize edilen metabolik reaksiyonlara elektron sağlar. POR enzimi CYP21A2 için elektron vericisi olduğu için POR eksikliğinde steroid sentezinde düzensizlik oluşur. POR mutant bireyde CYP21A2 geninin eksprese ettiği 21-hidroksilaz aktivitesi azalmaktadır. Çalışmamızda KAH teşhisi almış çocuklarda POR enzimi ile 21 hidroksilaz enzimi aktivitesi arasında ilişki olup olmadığını araştırmayı hedefledik. Ülkemizde CYP21A2 enzim aktivitesi üzerinde POR enziminin etkisini inceleyen çalışma yapılmamıştır, genetik çalışmalarda veri tabanı oluşturması açısından önemlidir. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Endokrin ve Metabolizma Polikliniği'ne başvuran genetik ve biyokimyasal tetkikler sonrası CYP21A2 gen mutasyonu nedeniyle konjenital 21α-hidroksilaz enzim eksikliği tanısı almış yaşları 0-18 yaş arası 37 hasta ve 17 sağlıklı toplam 54 birey çalışmamıza dahil edilmiştir. Hasta ve sağlıklı serum örneklerinde NADPH redüktaz enzim aktivitesi ELİSA (Enzyme-linked immunosorbent assay) kiti ile ölçülmüştür. Hasta ve kontrol gruplarının enzim konsantrasyonları istatistiksel olarak anlamlı farklılık göstermektedir (p<0,05). Hastaların enzim konsantrasyon seviyesi kontrol grubundan daha düşüktür. Enzim konsantrasyonu için kesim noktası belirlenirken ROC analizinde yararlanılmış ve kesim noktası 0,41 olarak belirlenmiştir (p<0,05; AUC=0,679; Sensitivity= 51,35% (95% CI 34,4-68,1); Specificity=93,75% (95% CI 69,8-99,8). Sitokrom P450 redüktaz enzimindeki mutasyonlar steroid sentezinde bozukluklara yol açacağı için CYP21A2 gen mutasyonu üzerinde de etkili olacaktır. CYP21A2 gen mutasyonu olan KAH hastalarında POR mutasyonunu da değerlendirmek gerekir. Hasta sayısı artırılarak yapılacak çalışmalar bu birlikteliğin klinik önemini gösterebilir.
Koroner arter bypass cerrahisi sonrası görülen atriyal fibrilasyon gelişiminin kardiyak SİRT 1 proteini, mikro RNA 195-199A ile ilişkisi
Giriş: Koroner arter bypass cerrahisi sonrası gelişen atriyal fibrilasyon (AF) hayatı tehdit edici potansiyele sahip bir komplikasyondur. Postoperatif AF (POAF) olan hastaların kardiyak dokusunda antioksidan özelliği olan kardioprotektif SİRT 1 protein ekspresyonu artmıştır. Bugüne kadar yapılan çalışmalarda SİRT 1 protein düzeyini regüle eden mikro RNA lar, SIRT proteini ve POAF arasındaki ilişkiyi inceleyen veriler yetersizdir. Gereç ve Yöntem: Koroner arter bypass greft (CABG) yapılan ve aortic kross klemp öncesi sağ atriyal apendiksten biyopsi alınan 63 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. Bütün postoperatif hastalar taburcu olana kadar 24 saatlik ritm holter ile monitörize edildi, POAF ve sinüs ritmi olarak 2 gruba ayrıldı. Gerçek zamanlı PCR ile miRNA 199a ve mirRNA 195 ekspresyonları ölçüldü. SİRT 1 protein düzeyi Western Blot analizi ile ölçüldü. Bulgular: POAF grubunda miRNA 199a ekspresyonu kontrol grubuna göre anlamlı olarak daha düşüktü, miRNA 199a ile POAF arasında ters korelasyon mevcuttu. MiRNA 195 ile POAF arasında korelasyon saptanmadı. POAF gelişen hastaların doku örneklerinde SİRT 1 protein ekspresyonu anlamlı olarak daha fazla saptandı. Sonuç: SİRT 1 proteinini regüle eden miRNA 199a'nin azalması POAF gelişimi ile ilişkili bulunmuştur. Bu sonuçla kardiyak cerrahi sonrası miRNA 199a, POAF'ı öngörmede kullanışlı bir biyobelirteç olabilir.
Format dehidrogenaz enziminin candida boidinii'den moleküler olarak klonlanması, ekspresyonu ve karakterizasyonu
Modern biyoteknoloji endüstrisinde enzim üretimi önemli bir yer tutmaktadır. Klasik yöntemlerle bitkisel ve hayvansal kaynaklardan enzim eldesinin ekonomik olmaması, kalite ve miktar standardizasyonunun yakalanmasının zor olması gibi faktörler mikrobiyal kaynaklara olan eğilimi artırmıştır. Rekombinant DNA teknolojisinin gelişmesi ve mikroorganizmalarda kolaylıkla manipüle edilmesi ile birlikte rekombinant enzimlerin endüstriyel pazarının büyüyerek 2016 yılında 4.61 milyar dolara çıktığı açıklanmıştır ve 2017-2022 öngörü raporlarına göre %5.8'lik yıllık bileşik büyüme oranı ile 6.3 milyar dolara ulaşması beklenmektedir. NAD+-bağımlı format dehidrogenaz (FDH, EC 1.2.1.2), format iyonlarını CO2'ye yükseltgeyerek NAD+ molekülünü NADH'a indirgeyen bir enzimdir. Enzimatik indirgemenin önemli olduğu reaksiyonlarda NAD(H) ve NADP(H) gibi pahalı kofaktörlere ihtiyaç vardır. Ekonomik alternatifler sunmak amacıyla kofaktörlerin geri dönüştürüldüğü metotlar dizayn edilmiştir. Bu metotlarda; kofaktör geri dönüşümünde hiçbir yan ürün biriktirmeyen, ana reaksiyonun substratına karşı inert olan böylelikle istenmeyen izomerler oluşturmayan, termodinamik denge olarak uygun olan, geniş pH aralığında çalışabilen, ucuz substratlara gereksinim duyan FDH enzimi sahip olduğu bu avantajlı özellikleri ile en çok tercih edilen enzimlerden biridir. Özellikle farmasötikler için önemli olan optikçe aktif bileşiklerin üretiminde ve rutin biyokimya laboratuvarlarında tanılama testlerinde kullanımından dolayı FDH enziminin sentetik üretimi son yıllarda önem kazanmıştır. Yapılan çalışmalar, çeşitli metilotrof maya ve bakterilerden FDH enziminin rekombinant olarak üretilebildiğini göstermiştir. Bu çalışmada, Candida boidinii (C. boidinii) mayası ATCC 18810 suşunda FDH enzimini kodlayan gen bölgesinin rekombinant tekniklerle Escherichia coli (E. coli) bakterilerine klonlanması, gen ürünü olan proteinin eksprese edilmesi ve karakterizasyonunun gerçekleştirilmesi hedeflenmiştir. Bu amaç doğrultusunda ilk olarak C. boidinii mayasının genomik DNA'sı izole edilmiş, tasarlanan primerler ile polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) gerçekleştirilerek hedef FDH gen bölgesi çoğaltılmış ve beklenen 1104 bp'lik bant görülmüştür. Çoğaltılan gen TA klonlama metodu ile pTZR57R/T vektörüne klonlanmış, elde edilen rekombinant vektör pTZR57R/T+FDH ile E. coli One Shot® Mach1™-T1R hücreleri transforme edilmiştir. Transformasyon gerçekleştikten sonra rekombinant vektör NdeI ve BamHI restriksiyon enzimleri ile kesilmiş ve hedef gen bölgesi ekspresyon vektörü olarak kullanılan pET-14b vektörü ile birleştirilerek E. coli One Shot® Mach1™-T1R hücrelerine aktarılmıştır. Transformasyonun başarısı koloni PCR, restriksiyon enzim kesimi ve dizi analizleri ile onaylanmıştır. Sonrasında elde edilen rekombinant pET-14b/FDH vektörü ile ekspresyon hücresi olarak kullanılan E. coli One Shot® BL21 (DE3) hücrelerinin transformasyonu gerçekleştirilmiştir. FDH enziminin üretimi için gen ekspresyonu IPTG ile indüklenmiş, Ni-NTA afinite kolon kromatografisi ile hücredeki diğer proteinlerden ayrıştırılarak saf bir şekilde eldesi sağlanmıştır. Hedef proteinin varlığını görmek için SDS-PAGE ve Western blot analizleri yapılmış ve beklenen 41 kDa'luk bant görülmüştür. Son olarak FDH enziminin ideal koşullardaki aktivitesini bulmak için testler yapılmış, enzimatik reaksiyon ürününün 340 nm'deki absorbans değerlerine bakılarak değerlendirme yapılmıştır. Karakterizasyon çalışmalarının sonucunda; pH 8.0 Tris tampon çözeltisinde, 40 mM format substrat konsantrasyonunda, 60°C'a kadar olan sıcaklıklarda enzimin aktif olarak çalıştığı belirlenmiştir. Farmasötik endüstrisinde ve rutin biyokimya laboratuvarlarında sıklıkla kullanılan bu enzim ülkemizde yurtdışı kaynaklardan temin edilmekte ve pahalıya mâl olmaktadır. Bu çalışma, NAD+-bağımlı FDH enziminin yerli olarak üretilmesi ve endüstriyel sahada büyük ölçekte üretime geçilmesi için veri sağlaması açısından önemlidir.
Poli laktik-ko-glikolik asit nanopartikülleri kullanarak hedefli hücrelerde RNA interferans ile gen susturma yöntemi geliştirilmesi
Pankreas kanseri hem dünyada hem de Türkiye'de mortalite insidans oranı en yüksek kanser türleri arasında sayılmaktadır. Bu veri var olan tedavi stratejilerinin yeterince etkili olmadığını göstermektedir. Modern yöntemlere rağmen henüz etkili bir ilaç tedavisi geliştirilememiştir. Ayrıca tedavi amaçlı kullanılan kemoterapi ilaçlarının tümörü hedef alamaması ve sağlıklı dokular üzerinde etkili olması; tedavi amaçlı kullanılan radyoterapinin ise radyasyona maruz kalan sağlıklı dokuda fonksiyon kaybı oluşturması gibi bu yöntemlerin çeşitli dezavantajları vardır. Kanser tedavisinde geleneksel tedavi yöntemlerinin yerini, tümöre özgü hedeflenmiş yeni nesil tedaviler almaktadır. Hedefe yönelik tedaviler sağlıklı hücrelere zarar vermediği ve yüksek seçiciliğe sahip oldukları için oldukça ilgi görmektedir. RNA interferans (RNAi) tekniği, çekirdekte DNA tarafından kodlanan çift iplikli mi-RNA'nın tek sarmalının sitoplazmada komplementeri olan spesifik mRNA moleküllerini yıkıma uğratması sonucu, gen ekspresyonunun inhibe edildiği doğal, biyolojik bir süreçtir. Antisense etki gösteren moleküllerin hedef mRNA'ya bağlanması, genin eksprese olmasını engellemektedir. RNAi mekanizmasında, antisens etki gösteren mikroRNA (miRNA), küçük engelleyici RNA (siRNA) gibi çeşitli moleküller kullanılmaktadır. Poli (laktik-ko-glikolik asit) (PLGA) nanopartiküller; biyobozunurluk, yüksek biyouyumluluk, düşük toksisite gibi özellikleriyle kanser teşhis ve tedavisinde kullanılmaktadır. PLGA nanopartiküllerin içerisine yüklenen siRNA ile mRNA düzeyinde etkili gen susturulması mümkündür. GPR87 (G-protein bağımlı reseptör 87) geni, GPCR (G protein-bağlantılı hücre yüzeyi reseptörleri) ailesine dahil hücre yüzey reseptörünü kodlayan gendir. Pankreas kanserinde aşırı eksprese olan GPR87 geni hücrelerin canlılığını devam ettirmede önemli rol oynamaktadır. GPR87 geni, siRNA yüklü PLGA nanopartikülleri kullanılarak genin susturulması hücrelerin yaşam süresini önemli derecede etkilemektedir. Bu çalışmada farklı hücrelerde GPR87 geni PLGA nanopartikülleriyle hedeflenerek, genin RNAi mekanizmasıyla post transkipsiyonel susturulması hedeflenmiştir. Bu amaçla ilk olarak GPR87 geni HEK293T hücre hattından izole edilmiş, izole edilen gene özgü tasarlanan primerler ile genin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) amplifikasyonu gerçekleştirilmiştir. PCR ürünü ve psiCHECK™-2 vektörü XhoI ile kesilerek ligasyonu gerçekleştirilmiştir. GPR87-psiCHECK™-2 rekombinant vektörü E. coli One Shot® Mach1™-T1R hücrelerine transforme edilmiştir. Transformasyon kontrolü PCR, agaroz jel elektroforezi ve biyoinformatik araçlarla kontrol edilmiştir. Daha sonra GPR87 gen dizisine özgü siRNA üretimi gerçekleştirilmiştir. siRNA üretimi ilk önce oligonükleotit template tasarımı gerçekleştirilmiştir. Tasarlanan bu template T7 promoter primer ile hibridizasyonu sağlandıktan sonra Klenow DNA polimeraz ile polimerizasyonu gerçekleştirilerek dsRNA elde edilmiştir. Tezin ikinci aşamasında PLGA nanopartiküllerinin sentezlenmesi, karakterizasyonu, optimum salım süresi ve toksisitesi tespit edilmiştir. Bu amaçla ilk önce water-oil-water (W1/O/W2) çift emülsiyon çözücü buharlaştırılması yöntemiyle PLGA nanopartikülleri hazırlanmıştır. Üç farklı formülasyonda nanopartiküller hazırlanmış ve bu nanopartiküllere siRNA yüklenmiştir. Elde edilen siRNA-PLGA nanopartiküllerinin karakterizasyonları gerçekleştirilmiş, enkapsülasyon veriminin (%EE) ve yükleme veriminin (LE) hesaplanmıştır. Ayrıca oluşturulan nanopartiküllerin in vitro salım süreci optimize edilmiş ve sitotoksisitesi ölçülmüştür. Son aşamada ise üretilen nanopartiküller insan embriyonik böbrek hücre hattı HEK293T ve pankreas hücre hattı 1.1B4 hücrelerinde gen susturma oranları lusiferaz aktivitesi ile tespit edilmiştir. Üç farklı protokol kullanarak hazırlanan siRNA-PLGA nannopartiküllerin gen susturma oranlarının farklı olduğu, yüksek enkapsülasyon ve yükleme verimliliğine sahip olduğu, in vitro salım süresinin istenilen düzeyde olduğu ve ayrıca hazrılanan siRNA-PLGA nanopartiküllerinin genin post transkripsiyonel susturulmasını sağlayarak hücre ölümüne neden olduğu belirlenmiştir.
Ailesel dental transpoziyon olgularında ekzom dizileme yöntemi kullanılarak aday gen araştırılması
Amaç: Dental transpozisyon, diş sürme mekanizmasındaki bozulmaya bağlı olarak iki komşu dişin yer değiştirmesi şeklinde tanımlanmaktadır. Günümüze kadar çeşitli sınıflandırmalar yapılmıştır. Güncel sınıflamada ise tamamlanmış ve tamamlanmamış dental transpozisyon olmak üzere iki alt birime ayrılmaktadır. Dünya popülasyonundaki prevalansı %0,1-2,4 arasında olmakla birlikte, Türk popülasyonundaki prevalansı %0,1 ve %0,6 arasında değişmektedir. Genel olarak tek taraflı olarak görülmekte ve kadınlarda daha sık ortaya çıkmaktadır. Etiyolojisinde kalıtım, travma, migrasyon, vb. gibi teoriler yer almakla birlikte etiyolojisi günümüze kadar tam olarak aydınlatılamamıştır. Ancak ailesel kümelenme göstermesi, doğumsal kalıtımsal geçiş gösteren diş eksikliği (agenezi) gibi bazı dental anomalilerle yakın ilişkili olması ve dudak-damak yarığı (DDY) (%4-18)- Down (%3-15) sendromu gibi sendromlarla birlikte ortaya çıkması gibi sebeplerle kalıtımsal olabileceği bildirilmiştir. Fakat, genetik olarak bu anomaliye sebep olabilecek gen veya değişimleri (varyasyon) tespit etmeye yönelik herhangi bir çalışma yapılmamıştır. Bu tez çalışmasında sendromik olmayan ailesel dental transpozisyona sahip bireylerde; transpozisyona sebep olabilecek gen ve değişimlerin tespit edilmesinin yanı sıra, transpozisyonla birlikte görülen anomali ve sendromlara (agenezi, Down, DDY) sebep olan genlerdeki yeni değişimlerin saptanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmaya 3 aileden toplam 6 birey (5E, 1K) dahil edilmiştir. Bireylerden DNA eldesi için swab çubuğu ile yanak epitelinden örnek alınmıştır. Bu örneklerden genomik DNA izole edilerek, kullanılan kitin protokolüne uygun olarak NovaSeq Illumina 6000 cihazı ile tüm ekzom dizileme (TED) yapılmıştır. Elde edilen veri biyoinformatik yöntemler ile analiz edilerek aday genler belirlenmiştir. Bu genler; daha önce bilinen genlerden olması, dental gelişimde rol oynayan bir yolağın içinde yer alması, dental transpozisyon ile akraba dental ageneziye bağlı bir yolağın içinde yer alması, DDY ve Down sendromu gibi dental transpozisyonun görüldüğü sendromlara sebep olan bir yolağın içinde yer alması, Minor Alel Frekans değerinin popülasyon çalışmalarıyla uyumluluk göstermesi (MAF<%0,6) gibi kriterler kullanılarak yorumlanmıştır. Bulgular: Çalışmaya katılan bütün bireylerde etkilenen dişlerden bir tanesinin kanin diş olduğu, transpozisyonun sağ ve sol tarafta eşit olmak üzere tek taraflı olarak ortaya çıktığı, kadınlarda daha çok görüldüğü tespit edilmiştir. Dental transpozisyonun gömük diş, sürme gecikmesi, persiste süt dişi ve konjenital 3. molar agenezi ile birlikte görüldüğü bulunmuştur. Ancak 3. Molar dışında herhangi bir agenezi (özellikle lateral dişlerde) veya peg-shape lateral dişe rastlanmamıştır. Daha önce dental gelişimde rol oynadığı bildirilen DSPP, DSP, GLI3 PRICKLE2 genlerinde, dental transpozisyona sebep olabileceği düşünülen değişimler saptanmıştır. DSPP genindeki değişimlerin otozomal dominant (OD) dentinogenesis imperfekta, dentin displazisi gibi gibi dokusal problemlere yol açtığı bilinmektedir. Bizim bireylerimizde de homozigot karakterde DSPP değişimleri bulunmasına rağmen bu tip hastalıklar görülmemiştir. Bu sebeple bu genin dental transpozisyonda rol oynama ihtimali düşük görülmektedir. Ancak DSPP geninde ayrıca heterozigot bir değişimin bulunması ve DSPP'nin WNT yolağı ile ilişkisi sebebiye agenezi mekanizmasında rol oynayabileceği göz önüne alındığında dental transpozisyon mekanizmasında etkili olabileceği düşünülmüştür. Sanger dizi analizi ve segregasyon analizi ile doğrulama çalışmaları gerekmektedir. Yine DSP ve GLI3 genlerinin dental gelişimde rol aldıkları, sendromik ve sendromik olmayan agenezi-oligodonti ile ilişkilendirildikleri bilinmektedir. Bu değişimlerin görüldüğü bireylerde bu genlerde homozigotik karakterde değişimler bulunmasına rağmen hipodonti-agenezi görülmemiştir. Fakat DSP ve GLI3'ün dental gelişimde rol oynaması, GLI3 geninin dental gelişimde önemli bir görev gören SHH yolağı ile ilişkili olması, yine GLI3 geninin kraniyofasiyal iskeletsel morfolojinin belirlenmesinde etkili olabileceği düşünülmesi sebebiyle bu iki genin de dental transpozisyon mekanizmasında düşük de olsa etkili olabileceği düşünülmüştür. Ancak etkilenmemiş aile bireylerinin de dahil olduğu bir gruba Sanger dizi analizi ve segregasyon analizi ile bu durumun doğrulanması gerekmektedir. PRICKLE2 geninin düzlemsel hücre polaritesi (PCP) sisteminde görev alması, hücresel davranış, sinyalizasyon ve biyolojik süreçlerde yer alması ve amelogeneziste rol oynaması sebebiyle dental transpozisyon mekanizmasında görev alabileceği düşünülmüştür. Bu değişimin bireylerde heterozigot karakterde görülmesi de OD geçişli bir anomali olabileceğini ve hafif bir fenotip olarak dental transpozisyonun ortaya çıktığını düşündürmüştür. PRICKLE2 geninin dental transpozisyonun yanı sıra diğer dental anomalilerin oluşmasında da rol oynayabileceği düşünülmüştür. Çünkü PRICKLE2 değişimi tespit edilen ailedeki indeks bireyde dental transpozisyona ilave olarak 3. molar eksikliği, diş gömüklüğü, sürme gecikmesi, mandibular retrognati, üst keser retroklinasyonu; ebeveynde ise ilave olarak 3. molar eksikliği tespit edilmiştir. Ayrıca PRIKCLE2 geni ageneziye, kötü şekilli dişlere ve kök eksikliğine sebep olan WNT yolağında yer almaktadır. Bu bilgiler ışığında en muhtemel adayımız olarak PRICKLE2 geni görülmüştür. Ancak kesin sonuçlara ulaşabilmek amacıyla bu genin dental transpozisyon göstermeyen aile bireylerinin de dahil olduğu tüm aile üzerinde yapılacak Sanger dizi analizi, segregasyon analizi ile doğrulanması ve sağlıklı popülasyonlar üzerinde yapılacak ileri çalışmalarla kesinleştirilmesi ve hayvan modelinde fonksiyon testleri yapılması planlanmaktadır. Bunlara ilave olarak Gli3 eksikliği olan farelerde DDY görülmesi, SHH yolağında yer alan GLI3 ve WNT yolağında yer alan PRICKLE2 genlerinin Down sendromunda salınımının değiştiğinin bilinmesi, ailesel dental transpozisyonun bu hastalıklarda subklinik fenotipik bir dışavurum olabileceği düşünülmüştür. Ancak özellikle DDY'de literatürle uyumlu olarak; dental anomalilerin daha çok yarık bölgesindeki alveolar kretlerin ve diş germlerinin yer değiştirmesi, cerrahi işlemler sebebiyle oluşan skar dokusunun etkisiyle maksiller gelişim yetersizliği görülmesi gibi çevresel etmenler sebebiyle oluşmasının daha muhtemel olduğu öngörülmüştür. Dental gelişimde çok önemli rol oynadığı bilinen ve daha önce mandibular kanin transpozisyonunda etiyolojik faktör olabileceği düşünülen MSX1 ve PAX9 genlerinde herhangi bir anlamlı değişim bulunamamıştır. Sonuç: Bu tez çalışmamızda dental transpozisyonun daha çok maksiller kaninlerde, sağ ve solda eşit olmak üzere tek taraflı, daha çok kadınlarda görülmesi gibi genel literatür bilgileriyle uyumlu sonuçlar elde edilmiştir. Diş gelişimi ve herediter karaktere sahip dental agenezi mekanizmasında görev alan bazı genlerde değişimler saptanması ve ailesel kümelenme sebebiyle dental transpozisyonun da OD geçişli kalıtımsal bir karakter gösterebileceği tespit edilmiştir. Diş gelişiminin karmaşık yapısı sebebiyle dental transpozisyon oluşumunda tek bir gen değil de multifaktöriyel etkileşimlerin görev aldığı düşünülmüştür. Ancak kesin sonuçlar için daha ileri aile çalışmalarına ihtiyaç duyulduğu tespit edilmiştir. Ayrıca etkilenen tüm dişlerin maksiller kaninler olması sebebiyle migrasyon teorisinin de göz ardı edilmemesi gerektiği ortaya çıkmıştır. Bu çalışmada kullanılan TED yönteminin aday gen belirlemede efektif olduğu bulunmuştur. Elde edilen bulguların dental gelişimin daha iyi anlaşılmasına önayak olacağı, böylece bu tip anomali ve maloklüzyonlara farklı bir bakış açısı getirilerek erken dönemde en uygun teşhis ve tedavi imkânı sunulabileceği değerlendirilmiştir.
Farklı klinik vakalardan izole edilen Pseudomonas aeruginosa'daki biyofilm genlerinin gen ekspresyon çalışması
Bu çalışma, ratlarda asetik asit uygulaması ile oluşturulan kolitte Pseudomonas aeruginosa'nın tedavi aktivitelerinin araştırılması amacıyla yapılmıştır. Probiyotik olarak Pseudomonas aeruginosa'nın ratlarda deneysel olarak oluşturulan kolitteki ve bağırsak mukozası üzerindeki iyileştirici etkis belirlenmeye çalışılmıştır. Bu nedenle toplam 24 Wister dişi rat, kontrol ve 3 uygulama grubunda, rastgele ve eşit olarak, her birinde altı hayvan olacak şekilde dört grup oluşturulmuştur. İlk grup kontrol grubu olarak ayrılmıştır. İkinci gruba iki hafta boyunca günde 1mL Pseudomonas aeruginosa, üçüncü gruba anüs kenarına 1 mL asetik asit, dördüncü gruba ise hem Pseudomonas aeruginosa hem de asetik asit uygulanmıştır. Elde ettiğimiz sonuçlarda Pseudomonas aeruginosa kullanımı sonucunda iltihaplanma ve ishal gibi bağırsak rahatsızlıklarının tedavisinde probiyotiklerin etkili olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca çalışmada asetik asit ile tedavi edilen ratlarda daha düşük ALB seviyeleri gözlemlenmiştir. Çalışmada yapılan in vivo ve in vitro incelemeler soucunda, Pseudomonas aeruginosa uygulamasının asetik asit kaynaklı inflamasyon, apoptoz ve oksidatif hasarda koruyucu bir rol üstlendiği ortaya çıkmıştır. Buna bağlı olarak azalan kolit şiddeti tedavinin ne kadar etkili olduğunu göstermektedir.
Bezelye'den (Pisum sativum) axi 1 (oksin bağımsızlık) geninin izole edilmesi ve karakterizasyonu
Çalışmada axr l (oksinden bağımsız) geninin bezelye (Pisum sativum) bitkisinden izole edilmesi ve nodulasyonun başlangıç aşamasındaki kortikal hücre bölünmesi üzerine etkisi araştırılmıştır. Southern blotlama sonucunda bezelyeden (Pisum sativum) izole edilmiş olan axi l (Oksin bağımsızlık) karekterinin l veya en fazla 2 gen tarafından kontrol edildiği saptanmıştır. Bezelye'den izole edilmiş olan axi l geninin nükleotid dizinleri, arabidopsisden izole edilmiş olan axi l'in nükleotid dizinleri ile karşılaştırılmıştır. Nükleotid dizinleri arasında % 71.918, peptid dizinleri arasında ise % 80.588 oranında benzerlik gözlenmiştir. Bezelye'den izole edilmiş olan axi l geninin nükleotid dizinleri, tütünden izole edilmiş olan axi l'm nükleotid dizinleri ile karşılaştırılmıştır. Nükleotid dizinleri arasında % 82.111, peptid dizinleri arasında ise % 82.111 oranında benzerlik gözlenmiştir. Bezelye bitki köklerinin Rhizobium leguminosarum PRE susu ile aşılanmasından 24 saat, 48 saat, 6 gün ve 10 gün sonra alınmış kök ve nodul doku örneklerinde digdNTP in-situ hibridizasyon yöntemi kullanılarak, axi l geninin ekspresyon yerleri belirlenmiştir. Bakteri ile aşılanmış kök ve nodul dokuları incelendiğinde, axi l gen ekspresyonunun vasküler dokunun floem tabakasında olduğu saptanmıştır. Bakteri ile aşılandıktan 10 gün sonraki kök nodülünde ise vasküler dokunun floem tabakasına ek olarak nodul meristematik dokusunda ve azot fiksasyonunun gerçekleştiği nodulun orta kısımlarında da axi l geninin ekspresyon yerlerine rastlanmıştır. Anahtar Kelimeler: Bezelye, axi l geni, oksin, oksin bağımsızlık
Genetic study of hemophilia A in Iraqi teenager
Hemophilia A (HA) is caused by a deficiency in FVIII, an essential cofactor in the activation of the FX complex. In DNA, SNPs have a major role in gene alterations that disturb gene product sequencing. In this thesis, blood samples were taken to tube with EDTA from 60 patients ranging in age (6-24) years with severe, moderate, and mild deficiency of factor VIII. The samples were stored at -20℃ until using. All samples were obtained from the Medical City of Baghdad between the 13th of Jun 2021 to 28th of September of 2021. This research aims to study the clinical and biological factors and the extent of their impact on the F8 gene that causes HA. All were examined by conventional PCR and then sequencing for intron 18 specifically at SNP (rs4898352) located at chrX:154903815 (GRCh38.p13). The results showed severe HA 75% (45/60), moderate 15% (9/60), and mild 10% (6/60). The ages between (20-29) years (n=25) (41.6%) showed the major age range of severe HA. PCR sequencing confirmed the causative mutation for the hemophilic patients showed A>T Nucleotide Location (123909) transversion mutation. There is a strong relationship between family history and HA that caused traits to be passed to children, especially mothers. Our results indicated a big correlation among young ages with HA. Furthermore, early clinical examinations should be performed for early treatment.