Kolorektal kanserlerde kodlanmayan LNC-RNA crnde'nin gen ifade düzeylerinin analizi

Amaç: Uzun kodlanmayan RNA (Lnc-RNA)'ların son zamanlarda yapılan çalışmalar ile kanser gelişminin çeşitli aşamalarında etkisi bulunmuştur. Lnc-RNA'ların DNA, RNA ve proteinlerle etkileşerek kromatin organizasyonu, trankripsiyonel ve transkripsiyon sonrası düzenlemelerde önemli düzenleyiciler olduğu keşfedilmiştir. Lnc-RNA'ların bozulmuş gen ifadeleri; kanser başlaması, ilerlemesi ve metastazda rol oynamaktadır. Bu çalışmada kolorektal kanserde bir Lnc-RNA olan CRNDE geninin ifade düzeylerinin analizi ve klinik değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve yöntem: Bu prospektif çalışma için Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Yerel Etik Kurulundan 26.09.2018 tarihli 2018/204 karar ile onay alındı. Çalışma Gaziantep Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Projesi (BAP) TF.UT.19.22 no'lu desteğiyle, Gaziantep Üniversitesi Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı'nda 2014-2016 yılları arasında kolorektal adenokarsinom nedeniyle sağ hemikolektomi, sol hemikolektomi, rektum anterior rezeksiyon, low anterior rezekisyon, abdominoperineal rezeksiyon yapılan 52 hastada gerçekleştirildi. Her hastanın tümörlü ve bitişik tümörsüz dokusunda Lnc-RNA CRNDE gen ifadeleri Real Time PCR ile değerlendirildi. Normalize edilen ΔCt değerleri Wilcoxon testi ile karşılaştırıldı. 2-ΔΔCt metodu ile gen ekspresyonları arasındaki katsayı farkı kıyaslandı. Bulgular: Kolorektal kanser tanısıyla ameliyat edilen 52 hastanın ortalama yaşları 58,1±13,1 idi. Ortalama %80'ini evre 2-3 hastalar oluşturmaktaydı. Real time PCR'da tümörlü dokuda CRNDE ekspresyon seviyesi ΔCt değeri 7, 48± 3, 21 bulundu. Bitişik tümörsüz dokudaki CRNDE ΔCt değeri 5, 57± 0, 95 bulundu. Tümörlü dokuda CRNDE ekspresyon düzeyleri tümörsüz dokuya göre(2-ΔΔCt metodu ile) yaklaşık 5 kat azaldığı tespit edildi. Bu ekspresyon farkı hastalığın evresi arttıkça yükselmekteydi. Yalnızca rektum kanserli hastalar değerlendirildiğinde, tümörlü dokuda gen ekspresyon düzeyinin 8 kat azaldığı görüldü. Tartışma ve sonuç: Bu çalışma kolorektal adenokarsinom dokularında CRNDE gen ekspresyonunun anlamlı düzeyde azaldığını göstermiştir. Aksine literatürde yapılan birçok çalışmada kolorektal kanserde CRNDE ekspresyonunun yükseldiği belirtilmektedir, sonuçların uyumsuz olması CRNDE ekspresyonunda tanımlanmamış başka gen sinyal yolaklarının olabileceğini akla getirmektedir. Ayrıca hasta gruplarının daha homojen seçilip sayılarının yeterli düzeyde çoğaltılarak ilgili yolaklarla birlikte değerlendirilmesi ve hücre kültürleri ile desteklenmesi gerekmektedir. Henüz tanı ve tedavide klinik olarak tek başına yeterli olmadığı görüşündeyiz. Anahtar kelimeler: Kolon, Rektum, Adenokarsinom, Lnc-RNA, CRNDE, Gen ekspresyonu.