3,130
Archived Theses
2
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Galleria mellonella L. (lepidoptera: pyralidae) larvalarında alüminyum oksit'in antioksidan enzim aktiviteleri üzerine etkileri
Yapılan çalışmada, G. mellonella L. Büyük bal mumu güvesi (Lepidoptera: Pyralidae) larvalarının, alüminyum oksit(Al2O3)'in farklı konsantrasyonlarına ( 10 ppm , 50 ppm ve 100 ppm) ve sürelere(2 , 4 ve 8 saatlik) maruz bırakıldığında orta barsak ve yağ dokudaki SOD, CAT, GPx enzim aktiviteleri üzerine olan etkileri incelenmiştir. Al2O3 uygulama gruplarında, G. mellonella larvalarının orta barsak ve yağ dokudaki enzim aktivitelerinde istatiksel olarak belirgin değişimler gözlenmiştir. 10 ppm uygulama grubunda her iki dokuda da SOD ve GPx aktiviteleri 2 saatlik süre sonunda kontrole göre azalmıştır. 4 saatlik süre sonunda ise kontrole göre istatiksel bir farklılık görülmemiştir. 50 ppm konsantrasyonda orta barsaktaki SOD, CAT ve GPx enzim aktiviteleri 2 ve 8 saatlik sürelerde kontrole göre artış göstermiştir. Yağ dokuda ise 2 saatlik uygulama süresinde üç enzim aktivitesinde azalırken 8 saatlik süre sonunda SOD ve CAT aktivitesinde azalma görülmüştür. 100 ppm uygulama grubunda 4 saatlik süre sonunda SOD CAT ve GPx aktiviteleri her iki dokuda da kontrole göre artış göstermiştir. 2 saatlik süre sonunda ise orta barsakta incelenen tüm enzim aktivitelerinde azalma görülürken, yağ dokuda SOD ve GPx aktivitelerinde azalma gözlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre Al2O3 çözeltisinin G. mellonella larvalarının orta barsak ve yağ dokusunda oksidatif strese neden olduğu gözlenmiştir.
Orman kökenli Trichoderma izolatlarından biyoaktif metabolitlerin ve inhibitör etkilerinin araştırılması
Günümüzde yapılan biyoçeşitlilik çalışmalarına bakıldığında izole edilen Trichoderma genusu üyelerinin sayıca arttığı görülmektedir. Bu çalışmada toprak ve çam ağacı orman örtüsüne sahip bölgelerden seçilen örneklerden spesifik olarak Trichoderma genusu üyelerinin izolasyonu gerçekleştrilmiştir. Biyokontrol ajanı olarak Trichoderma türleri kullanımının, artan potansiyelleri göz önünde bulundurularak izole edilen Trichoderma türlerinin inhibitör etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. İlk olarak seçilen bölge içerisinde zig-zag bir çizgi üzerinde 15-20 adımda bir ve 8-10 noktadan alınan örnekleme metodu kullanılarak toprak örneklerinin alınması gerçekleştrilmiştir. Alınan toprak örneklerinden Trichoderma türlerine ait izolatları, seyreltme dilüsyon yöntemi ile uygun dilüsyon oranları kullanılarak izolasyon ortamında gerçekleştirilmiştir. Kültür gelişimi için inkübasyon koşullarına bırakılmış ve koloniler gelişim süreci boyunca günlük olarak izlenmiştir. Trichoderma görünümüne sahip olan kolonilerden saflaştırma işlemi için, izolasyon gerçekleştirilmiştir. Tespit edilen Trichoderma izolatları literatürde belirtilen tanılama besiyerlerine aktarılarak uygun inkübasyon koşullarında çoğaltılmıştır. İzole edilen Trichoderma genusu üyeleri tanılama besiyeri gelişimi, gelişim süreçleri boyunca gözlemlenmiştir. Kültürel gözlem ve mikroskobik gözlem ile türleri tespit edilmeye çalışılmıştır. Bu şekilde 38 saf kültürüden 4 farklı Trichoderma izolatı belirlenmiştir. Farklı habitat varlığında tespit edilen türlerin toprak verimliliği, bitki büyüme ve gelişimi üzerine yapılan çalışmalarda Trichoderma'ya ait metabolitlerin önemine vurgu yapıldığı görülmektedir. Bu amaçla tespit ettiğimiz ve aynı zamanda literatürde biyokontrol amaçlı olduğu belirlenen türlerimizle inhibitör aktivitenin araştırılması aşamasına geçilmiştir. Bu aşamada öncelikle Trichoderma izolatları sıvı besi ortamında 15 gün inkübasyona bırakılmış, süre sonunda miseller sıvı besi ortamından ayrılarak, elde ettiğimiz sıvı kısmı da ise filtre edilerek ortamdan sporlar uzaklaştırılmış, oluşabilecek metabolitlerin ortamda kalmaları sağlanmıştır. Ardından inhibitör etkilerinin belirlenmesinde, ilk olarak test bakteri kültürleri aktifleştirilmiştir. İnhibitör etkinin belirlenmesinde kuyucuk yöntemi kullanılmıştır ve inkübasyon sonrası gelişimi engelleyici zon oluşturması inhibitör etkinin varlığını göstermiştir.
T98 ve U87 kanser hücre hatlarında betulinik asidin otofajik etkilerinin araştırılması
Beyin tümörlerinin %50'sini oluşturan Glioblastoma multiforme (GBM)'ye karşı tedavi seçenekleri, Kan beyin bariyeri (KBB) nedeniyle sınırlıdır. Beyaz huş ağacından (Betula sp.) izole edilen Betülinik asit (BeA) KBB'yi geçerek beyne ulaşabilen bir pentasiklik triterpenoiddir. BeA, somatik hücrelerde düşük sitotoksik etki ve tümör hücrelerinde yüksek apoptozis ortaya koyar. Bu nedenle, çalışmamızda BeA'nın iki farklı GBM hücre hattında apoptotik etkisinin incelenmesi amaçlanmıştır. 3-(4,5-dimetiltriazol-2-il)-2,5 difeniltetrazolium bromid (MTT) ile IC50 ve monodansilkadaverin (MDC) ile rapamycin ve chloroquine dozu belirlenmiş ve dozlar kombinasyon olarak da uygulanarak otofaji inhibisyonu ve aktivasyonunda BeA'nın etkisi incelenmiştir. İmmünfloresan ve western blotting teknikleriyle eNOS, iNOS, LC3-I-II proteinlerinin miktarı ve yerleşimleri, MDC ile veziküllerdeki değişimler, JC-1 ile mitokondriyal zar potansiyelinde (MMP) oluşan değişiklikler ve ANNEXIN-V/PI flow sitometri ile sağlıklı-apoptotik-nekrotik hücre oranları ölçülmüştür. BeA uygulamasının apoptozisi iki hücre hattında da arttırdığı, otofaji inhibisyonu ve aktivasyonu ile de iki katına çıkardığı belirlenmiştir. BeA'nın yüksek otofajik etki göstermediği, ancak MMP'yi bozduğu bulunmuştur. Kombinasyonlarda MMP hasarı artmış olup, hasar BeA+rapamycin grubunda daha yüksektir. Bu bulgular BeA'nın otofajik yolu kullanmayarak mitokondriyal yoldan apoptozisi başlattığını göstermektedir. BeA uygulamasında eNOS ve iNOS ekspresyonu iki hücrede de değişmemiş, ancak kombinasyon gruplarında ekspresyon artmıştır. Çalışmamızda BeA'nın GBM hücrelerinde apoptozisi tetiklediği, ancak apoptozisin otofajik inhibitör veya aktivatör kombinasyonlarında daha çok arttığı ve apoptozisin mitokondri kaynaklı olduğu gösterilmiştir. eNOS ve iNOS ekspresyonunun kombinasyon gruplarında yükselmesi mitokondriyal strese bağlı oksidatif stresle ilişkilidir. Sonuç olarak BeA, GBM hücrelerinde apoptozisi tetiklemekte, ancak otofaji aktivatör ve inhibitörleri ile birlikte uygulanması hücre ölümünü önemli ölçüde arttırmaktadır. Dolayısıyla, BeA'nın kemoterapötik etkisi otofajik mekanizmalar ile arttırılabilir ve GBM üzerinde tedavi amacıyla kullanılabilecek yeni bir kemoterapötik ajan olarak kullanılabilir.
Üçlü negatif fare meme kanseri hücre hatlarında debio-1143'ün anti-tümöral etkisinin araştırılması
Meme kanseri kadınlarda sık görülen bir kanser türüdür. Alt tiplerden biri olan üçlü negatif meme kanserinde (TNBC) östrojen reseptörü (ER), progesteron reseptörü (PR) ve insan epidermal büyüme faktörü reseptörü (HER2) ekspresyonları yoktur. Bu özelliklerinden dolayı TNBC terapötik hedeflerden yoksundur ve tedaviye yanıt çok düşüktür. Bu tez çalışmasında üçlü negatif tipte olan 4T1 ve 4T1-HER2 (+) fare meme kanseri hücre hatlarında SMAC mimetiği olan DEBİO 1143'ün sitotoksik etkisi ve bu etkinin hangi hücre ölüm yolağı aracılığıyla gerçekleştiğinin araştırılması amaçlanmıştır. Hücre canlılığının belirlenmesi için MTT testi, apotozisi belirlemek için flow sitometri analizi yapılmış ve otofajiyi belirlemede kullanılan MDC boyaması sonuçları floresans mikroskobi ile değerlendirilmiştir. MTT testine göre 4T1 hücre hattında 24 ve 48 saatlik DEBİO 1143 IC50 dozu sırasıyla 20,49 µM, 36,2 µM ve 4T1 HER2 (+) hücre hattında sırasıyla 19.56 µM, 22,45 µM olarak belirlenmiştir. Flow sitometri hücre canlılığı bulgularına göre, 4T1 ve 4T1 HER2 (+) 24 saat DEBİO 1143 (sırasıyla %96,7, % %98,1) uygulaması ile grupların kendi kontrol grubu (sırasıyla %99,6, %99,6) arasında önemli bir yüzdelik farkı olmadığı saptanmıştır. Her iki hücre hattında 48 saatlik ilaç uygulaması kontrolleri ile karşılaştırıldığında DEBİO 1143 IC50 dozlarının hücre ölümüne yol açtığı belirlenmiştir. 4T1 hücre hattında DEBİO 1143 %0,8 erken apoptozise, %3,6 geç apoptozise ve %43,7 apoptozis dışı hücre ölümüne sebep olmuştur. 4T1 HER2 (+) hücrelerine uygulanan DEBİO 1143 IC50 doz uygulamaları ile %3,4 erken apoptotik, %4,8 geç apoptotik ve %27,1 apoptozis dışı ölen hücre olduğu belirlenmiştir. Buna karşın kontrol grubunda %99,7 hücre canlılığı belirlenmiştir. MDC boyama sonuçlarına göre her iki hücre hattında da DEBİO 1143 uygulamasının vezikül sayısını anlamlı olarak arttırdığı belirlenmiştir. Elde edilen bulgulara göre DEBİO 1143'ün üçlü negatif fare meme kanseri hücre hatlarında, zamana bağlı olarak gerçekleşen sitotoksik etkinin apoptozis dışı hücre ölüm mekanizmaları aracılığıyla olduğunu göstermektedir.
Bandırma (Balıkesir) ve çevresinde doğal olarak yetişen, pazarlarda satılan otsu bitkiler ve bunlardan yararlanma yolları
Bu çalışma 2019-2021 yılları arasında Bandırma ve çevresinde doğal olarak yetişen ve yöre halkı tarafından çeşitli amaçlarla kullanılan bitkileri belirlemek amacıyla yapılmıştır. Çalışmanın materyalini oluşturan bitkilere ait örnekler semt pazarlarından ya da bu konuda bilgi ve deneyim sahibi olduğu düşünülen kişilerle yapılan görüşmelerden elde edilmiştir. Belirlenen bitkilerin tayinleri yapılmış, bu iş için Türkiye Florası başta olmak üzere çeşitli flora kitaplarından ve bilimsel makalelerden yararlanılmıştır. Teşhisi yapılan bitkilerin yöresel adları, kullanım şekilleri ve amaçları not edilmiştir. Çalışma sonucunda 19 adet çiçekli bitki taksonu belirlenmiş, literatür bilgisi ile desteklenen veriler bir liste halinde bu tez metninde sunulmuştur. Anahtar Kelimeler: Bandırma, Ekonomik Bitkiler
Investigation of the presence of biosurfactant producing microorganisms in extreme soils
In this study, biosurfactant production was carried out by Bacillus velezensis, Bacillus haynesii, Bacillus halotolerans, Pseudomonas reinekei, Microbacterium arborescens, Pseudomonas veronii and Acinetobacter lwoffii using olive oil as a carbon source. Optimization of pH, temperature and carbon source for biosurfactant production was carried out. Antimicrobial effects of B.velezensis, P.reinekei and M.arborescens bacteria (50 and 100 microliters) on some pathogens (Staphylococcus aureus ATCC 29213, Escherichia coli, Salmonella spp., Klebsiella spp. and Candida albicans) were determined by using disc diffusion method. According to the results obtained, the highest biosurfactant production of the isolates (B.velezensis, P.veronii P.reinekei) was found according to the oil spread technique after 15 days of incubation, but the highest biosurfactant production in 72 hours of incubation was in B.halotolerans and B. haynesii. In the emulsification index measurement of the biosurfactants produced by the isolates, xylene and sunflower oil hydrocarbons reduce the surface tension by forming emulsion layers, but in the analysis with n-heptane, there is little or no emulsion layers. all biosurfactants produced by the isolates (at 50 µL and 100 µL concentrations) have inhibitory activity against the pathogens used. As a result, maximum biosurfactant production was achieved by adding 5% olive oil as a carbon source, the medium was adjusted to pH 8 and were incubated at 37ºC. It has been determined that the produced biosurfactants reduce the surface tension and have antibacterial and antifungal effects against many pathogens.
Oreochromis niloticus'da karaciğer, böbrek, solungaç ve kas dokularında çinko oksit nanopartikülleri ve çinko sülfatın birikimi
Bu araştırmada ZnO NP ve ZnSO4'ın etkisine bırakılan Oreochromis niloticus 'un böbrek, karaciğer, solungaç ve kas dokularında çinko birikimi karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. Balıklar 0. 5, 2.5 ve 5.0 mg/L ZnO NP ve ZnSO4' ın ortam derişimlerine 3 ve 15 günlük sürelerle bırakılarak dokularındaki çinko birikimi Atomik Absorbsiyon Spektrofotometrik yöntemlerle saptanmıştır. Bu çalışmada ZnO NP ve ZnSO4'ın etkisine bırakılan balıkların dokularında çinkonun birikimi ortamdaki Zn derişimi ve sürenin artmasıyla artmıştır. En yüksek çinko birikimi böbrek dokusunda olmuş, bunu solungaç, karaciğer ve kas dokusu izlemiştir. Denenen tüm şartlarda ZnO NP'lerin etkisine bırakılan balıkların dokularındaki çinko birikimi, ZnSO4'ın etkisine bırakılan balıklara oranla daha düşük düzeyde olduğu bulunmuştur. Her iki sürede de ZnO NP'lerin etkisinde kalan balıkların böbrek dokusundaki çinko düzeyleri ZnSO4'ın etkisinde kalan balıklara oranla daha düşük olduğu saptanmıştır. 3 günlük deney süresinde ZnO NP'lerin etkisinde kalan balıkların solungaç ve kas dokularında çinko birikimi ZnSO4'ın etkisinde kalan balıklara oranla düşük olduğu belirlenmiştir.
Temel ve temel olmayan amino asitlerin Pimpla turionellae L. (Hymenoptera: Ichneumonidae) ergin dişilerinin yumurta verimi ve açılımı üzerine etkileri
Bu çalışmada, Pimpla turionellae'nın yapay ortamlarda kitlesel ve devamlı olarak yetiştirilebilmesi için kullanılacak besinlerdeki amino asit ihtiyaç ve oranlarının belirlenmesi amacıyla temel ve temel olmayan amino asitlerin tek tek ve grup olarak yumurta üretimi ve açılma oranına etkileri araştırıldı. Temel amino asitlerin tek tek veya grup olarak besinden çıkarılması toplam yumurta sayısında anlamlı derecede azalmaya sebep oldu. Temel olmayan amino asitlerin besinden tek tek çıkarılması böceğin toplam yumurta sayısını anlamlı derecede değiştirmezken, grup olarak besinden eksiltilmesi veya besinin amino asit içeriğinin sadece temel olmayan amino asitlerden oluşması yumurta sayısında anlamlı derecede azalmaya sebep oldu. İzolösin ve fenilalaninin böceğin yumurta üretimini etkileyen kritik önemi olan temel amino asitler olduğu saptandı. Prolinin erişkin böcekler için temel olmayan amino asit olmasına rağmen üremeyi destekleyen önemli bir besin bileşeni olduğu sonucuna varıldı. Besindeki amino asitlerin grup olarak birbirinin tersi yönde olacak şekilde %50 arttırılıp azaltılması böceklerin yumurta sayısını anlamlı derecede etkilemedi. Sentetik besin ile beslenen böceğin en iyi yumurta üretim performansının 12. ve 24. günler arasında olduğu saptandı. Temel ve temel olmayan amino asitlerin tek tek veya grup olarak besinden çıkarılması veya farklı karışım oranları böceklerin yumurta açılım oranlarını anlamlı derecede değiştirmedi. Anahtar Kelimeler: Pimpla turionellae, Temel ve temel olmayan amino asitler, Yumurta üretimi ve açılımı
Doğal izolat bacıllus suşlarından keratinaz enzimi üretimi ve karakterizasyonu
Bacillus sp., keratinaz adı verilen proteaz enziminini üretebilen mikroorganizma türlerdir. Çözünmeyen keratin substratlarını parçalama kabiliyetine sahip bu enzim ö hücre dışı proteolitik indüklenebilir enzim sınıfına girmektedir. Bu araştırmada, tavuk üretim çiftliği toprağından izole edilen Bacillus suşlarının, SkimMmilk Agar besiyerinde proteolititik aktiviteleri belirlenmiştir. 63 Bacillus suşu proteolitik olarak belirlenmiştir. Bu suşlardan 9 tanesi keratin-azure substratı ile aktivite göstererek keratinolitik olarak belirlenmiştir. İzole edilmiş suşlardan 30 nolu suş en iyi keratinaz üreticisi olarak seçilmiştir. Keratinaz üretmek için temel tüylü besiyeri kullanılmıştır. Enzimin optimum üretim koşulları pH=8.0 ve 30ºC olarak belirlenmiştir. Enzimin optimum aktivite gösterdiği pH: 9.0 sıcaklık 50 ºC dir. Enzim 50-100 ºC'lerde 30 dk inkübe edildiğinde 50 ºC lik ön inkübasyondan sonra aktivitesini yüksek oranda (%90) oranda korumuş, 70 derecenin üzerindeki inkübasyonlardan sonra hiç aktivite göstermemişti. Enzimin kimyasal ve metal iyonlarının 1-5 mM konsantrasyonları ile 30 dakikalık ön inkübasyonundan sonra tween 20 (%215) ve SDS'nin (%204) önemli oranda aktiviteyi arttırdiğı belirlenirken, EDTA (%76), Üre (%40), ZnCl2 (%28), MgCl2 (%51) , NiCl2 (%24), CaCl2 (%56), HgCl2 % (0) ve CuCl2 (%83) aktiviteyi azaltmıştır. Anahtar Kelimeler: Bacillus sp., Keratin, Keratinaz , Enzim Üretimi, Karakterizasyon
Dianthus anatolicus Boiss. ve Dianthus tripunctatus Sm. (Caryophyllaceae) türleri üzerinde anatomik, morfolojik ve palinolojik Bir çalışma
Çalışmamızda, Türkiye' de yayılış gösteren Dianthus anatolicus ve D. tripunctatus türlerinin morfolojik, anatomik ve palinolojik özellikleri karşılaştırmalı olarak araştırılmıştır. D. anatolicus çok yıllık, D. tripunctatus ise tek yıllık otsu formda taksonlardır. Taksonların ait olduğu Caryophyllaceae güzel görünümlü çiçekleri, gıda olarak kullanımları ve tıbbi değerleri ile ekonomik açıdan önemli bir potansiyele sahip familyadır. Çalışmada her iki türün morfolojik, anatomik ve palinolojik özellikleri belirlenerek taksonlar tanıtılmaya çalışılmıştır. Türlere ait örnekler Manisa sınırları içerisinden toplanmış ve bir kısmı herbaryum örneği haline getirilmiştir. Türler, bitki boyu, kaliks ve petal uzunluğu gibi morfolojik özellikleri ile birbirlerinden kolaylıkla ayırt edilebilirler. Her iki taksona ait anatomik yapılar genellikle birbirine benzer olup Caryophyllaceae familyası anatomik yapısıyla uyum sağlamaktadırlar. Tek yıllık D. tripunctatus sklerankima hücrelerinin daha yoğun oluşundan kaynaklanan kareye yakın şekle sahip olması ile incelenen çok yıllık taksondan gövde kesitinin genel görünüşü ile ayrılmaktadır. Her iki taksonun gövde ve yaprak kesitlerinde belirgin druz kristalleri bulunmaktadır. Taksonların kök ve gövde kesitlerinde iletim dokuları oldukça geniş bir alanı kaplamaktadır. Çok yıllık olan D. anatolicus'ta tek yıllık olan diğer taksona göre oldukça gelişmiş peridermis ve ksilem yapısı bulunmaktadır. Elde edilen sonuçlar fotoğraf ve tablolar ile gösterilmiştir. Tür örneklerine ait polenler, Wodehouse yöntemiyle preparatları yapılarak, ışık mikroskobunda incelenmiştir. Her iki türe ait polenler, tektat, yüzey ornemantasyonları mikroekinat (spinüloz)- punktat, polen şekilleri sferoidaldir. Por çapı D. anatolicus'da daha geniştir. Her iki tür de yetişme ortamlarına göre erezyonu önlemek amacıyla kullanılabilir. Anahtar Kelimeler: Anatomi, Caryophyllaceae, Dianthus anatolicus, D. tripunctatus, Morfoloji, Polen
Dianthus lydus Boiss. ve Dianthus zonatus Fenzl (Caryophyllaceae) türleri üzerinde morfolojik, anatomik ve palinolojik bir çalışma
Bu çalışmada Caryopyhllaceae familyasına ait Türkiye'de endemik olan Dianthus lydus ve Dianthus zonatus türlerinin anatomik, morfolojik ve palinolojik özelliklerinin karşılaştırılması olarak incelenmiştir. Her iki tür de çok yıllıktır. Çalıştığımız türlerin tip örnekleri Türkiye'den toplanarak tanımlanmış olup, Manisa Sipil Dağı ve Toros Dağlarına aittir. Yapılan çalışma önce, araziden toplanan bitki örneklerinin morfolojik olarak incelenmesi ile başlamış olup, sonrasında anatomik çalışmalarda kullanmak üzere, %70 alkol içerisinde fikse edilmiştir. El kesiti yöntemiyle hazırlanan preparatlar safranin, fast–green ve alcian blue ile boyanarak fotoğrafları çekilip, anatomik yapıların ölçümleri değerlendirilmiştir. İncelediğimiz D. zonatus türünde daha büyük ve belirgin olmak üzere, her iki türde de kök korteksinde druz kristalleri dikkat çekmektedir. Yaprakların anatomisinde, D. lydus'da mezofil dokusunda palizat ve sünger parankiması bulunurken, D. zonatus'da yaprak uç kısımları ve ana damarlardaki kısımlar dışında, mezofil tabakası tek tip hücrelerden oluşur ve palizat ve sünger ayırımına sahip değildir. D. lydus'da yaprak iletim demetlerinde demet kını mevcuttur. Elde edilen sonuçlar fotoğraf ve tablolar ile gösterilmiştir. Polenler Wodehouse yöntemiyle preparatları yapılarak, ışık mikroskobunda incelenmiştir. Her iki türe ait polenler, tektat, yüzey ornemantasyonları mikroekinat (spinüloz)-punktat, polen şekilleri sferoidaldir. Polenlerin çapı D. lydus'da daha geniş, por sayısı, D. zonatus'da daha fazladır. Her iki tür de, erezyonu önlemek amacıyla kullanılabilir. Anahtar kelimeler: Anatomi, Caryophyllaceae, D. lydus, D. zonatus, Endemik, Morfoloji, Palinoloji
Cu, Zn ve karışımlarının Galleria mellonella L. (Lepidoptera: Pyralidae) larvalarında antioksidan enzim aktiviteleri üzerine etkileri
Yapılan çalışmada, G. mellonella L. Büyük bal mumu güvesi (Lepidoptera: Pyralidae) larvalarının, bakır (Cu) (10 mg/L) ve çinko (Zn) (30 mg/L)' nun farklı konsantrasyonlarının tek başlarına ve karışım halinde beslenmeleri durumunda orta barsak ve yağ dokusundaki bazı antioksidan enzim aktiviteleri üzerine olan etkileri incelenmiştir. Cu, Zn ve Cu+Zn uygulamalarında, G. mellonella larvalarının orta barsak ve yağ dokusu antioksidan enzim aktivitelerinde istatiksel olarak belirgin değişimler gözlenmiştir. Bakıra maruz kalmış larvalarda CAT aktivitesi yağ dokuda, kontrole göre artış gösterirken, diğer uygulama gruplarının SOD ve GPx enzim aktivitelerinde azalma görülmüştür. Bakır ve çinkoya maruz kalmış larvaların orta barsağında SOD aktivitesi artış gösterirken, GPx aktivitesi azalmıştır. CAT aktivitesi ise sadece bakıra maruz kalmış larvalarda artış göstermiştir. Karışım grubunda ise her iki dokunun CAT, SOD ve GPx enzim aktivitelerinde azalma görülmüştür. Elde edilen sonuçlara göre, bakır ve çinkonun G.mellonella larvalarının orta barsak ve yağ dokusunda oksidatif stresi indüklediği görülmüştür.
Denizel kökenli asidik proteaz enzim üreticisi Bacillus sp. suşlarının izolasyonu, enzim üretimi, karakterizasyonu ve biyoteknolojik kullanım olanakları
Bu çalışmada Adana/Karataş bölgesi deniz suyundan Bacıllus sp. suşları izole edilmiştir. KAZEİN substratı içeren katı besiyerinde bakterilerin farklı Ph ve farklı sıcaklık koşullarında üreme ve enzim üretme yetenekleri incelenmiştir. Bacıllus sp. SG-11 suşunun enzim üretimi için optimum pH ve optimum sıcaklık değerleri tespit edilmiştir. Diğer aşamada kısmi olarak saflaştırılan enzimin karakterizasyonu yapılmış ve biyoteknolojik kullanım olanakları araştırılmıştır. Kısmi olarak saflaştırılan enzim optimum aktivitesini 70 ᵒC ph 5.0 de göstermiştir. Enzim pH 5.0-6.0 aralığında aktivitesini %92 oranında korumuştur. Enzim 20 ᵒC ve 150 ᵒC arasında %96 dan fazla aktif olduğu saptanmıştır. Farklı NaCI konsantrasyonlarında %3 ve %40 aralığında enzim aktivitesi %97 den fazla aktivite göstermiştir. Enzim EDTA, CoCl₂, SDS, Üre, PMSF, β-merkaptoetanol, CaCl₂, ZnCl₂, H₂O₂, Triton-X-100 varlığında %99 ve %118 aralığında aktivite göstermiştir. Yıkama performansında deterjan katkısı olarak kullanıldığında salça +yağ, bebek maması, kan, çikolata, ketçap lekelerinde %100 yakın etki göstermiştir. Yapılan TLC analizinde proteaz enzimi kazeini L-sistin, L-Glisin, Prolin ve Tyrozine aminoasitlerine hidroliz etmiştir. Anahtar Kelimeler: Proteaz , Bacillus sp.,SG-11, Asidik, Mezofil ,TLC
Hastane enfeksiyonlarına neden olan gram negatif bakterilerde antibiyotik direnci
Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi, Balcalı Hastanesi'nde yatan, Hastane Kaynaklı Enfeksiyon (HKE) tanılı hastalardan alınan muayene maddelerinden izole edilen Gram negatif bakterilerde antibiyotik dirençliliğinin ortaya konması, ayrıca artan direnç problemi nedeniyle tekrar kullanıma giren kolistine karşı direncin ortaya çıkma endişesi ve boyutunun ortaya konabilmesi amacıyla, Balcalı Hastanesi merkez laboratuvarı, mikrobiyoloji birimine 12.10.2020-08.02.2021 tarihleri arasında HKE tanısı konmuş hastalara ait muayene maddeleri Eosin Methylene Blue Agar besiyerine inoküle edilmiş, Gram boyama ve mikroskobik inceleme ile doğrulanan 109 Gram negatif bakteri suşunun saf kültürleri yapılmış ve identifikasyon için biyokimyasal testler ve Vitek-2 ® Compact Bakteri Tanılama Sistemi kullanılmıştır. İzolatların; 35'i Escherichia coli, 29'u Klebsiella pneumoniae, 33'ü Acinetobacter baumannii ve 12'si Pseudomonas aeruginosa olarak tanılanmıştır. Kirby Bauer Disk Diffüzyon Yöntemi kullanılarak gerçekleştirilen antibiyogram neticesinde; tüm suşlar, 'çoklu antibiyotik direnci' gösterirken, çalışılan hiç bir suş kolistin antibiyotiğine karşı direnç göstermemiştir. Anahtar Kelimeler: Hastane enfeksiyonu, Gram negatif bakteri, antibiyotik direnci
L-askorbik asitin insan sağlıklı lenfosit ve kanserli HL-60 hücre kültürü üzerine olan etkilerinin araştırılması
Bu çalışma, C vitamininin (L-Askorbik Asit, LAA) 0.5, 1 veya 2 mg/ml konsantrasyonlarıyla 6 veya 24 saat muamele edilen sağlıklı lenfosit kültürü veya promyelositik lösemi (HL-60) hattında ortaya çıkan genotoksik, sitotoksik, epigenetik ve oksidatif/antioksidatif potansiyelinin belirlenmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. Genotoksik etki için Kuyruklu yıldız testi ve Ames testi, sitotoksik etki için MTT testi ve epigenetik etki için FAS ve Katalaz genlerinin ifade seviyesi araştırılmıştır. Ayrıca genetik ve epigenetik etkilerle ilişkili olan hücre içi / hücre dışı Ca+2 ve Mg+2 düzeyleri, oksidatif stres parametreleri ve in silico moleküler kenetlenme kuvvetleri belirlenmiştir. Kuyruklu yıldız testi bulgulara göre LAA'nın herhangi bir genotoksik etkisinin olmadığı görülmüştür. HL-60 hücre hattında yapılan MTT testinde LAA kontrole göre bariz proliferatif etki göstermiştir. Sağlıklı lenfositlerde yüksek dozda test maddesiyle genlerdeki ifade (transkripsiyon) oranı anlamlı düzeyde düşerken, HL-60 hücrelerinde bir istisna hariç genel anlamda ifade artışı görülmüştür. Ca+2/Mg+2 seviyesinde hücre tipi, doz ve zamana bağlı net bir korelasyon saptanmamıştır. Ayrıca HL-60 hücre hattında 6 saatlik LAA muamelesinin bazı konsantrasyonlarında oksidatif streste (OSI) önemli azalmalar neden olurken, 24 saatlik bazı muamelelerde ise anlamı OSI artışları gözlenmiştir. Aynı zamanda in silico moleküler kenetlenme analizinde serbest bağlanma (Gibbs) enerjisi anlamlı seviyede yüksek bulunmamıştır. Yapılan çalışmaların tamamının sonuçlarına göre LAA'nın belirgin genotoksik ve sitotoksik etkisi yoktur. Ancak hücre tipine, LAA konsantrasyonu ve muamele süresine göre gen ifadesinde ve oksidatif stres parametrelerinde gözlenen farklılıklar dikkat çekmektedir.
Doğal Xanthomonas izolatlarından ksantan gam üretimi ve optimizasyonu
Bu çalışmada, Çukurova Üniversitesi Kampüsü'nün farklı lokasyonlarından alınan toprak örneklerinden Xanthomonas sp. izole edilmiştir. İzolasyon amacıyla imipenem içerikli besiyerine ekim yapılmış, morfolojik olarak Xanthomonas sp. olabileceği düşünülen suşlar seçilerek moleküler tanımlama ile Xanthomonas maltophilia olduğu belirlenmiştir. Xanthomonas maltophilia'dan ksantan gam üretimi ve optimizasyonu gerçekleştirilmiştir. Üretim optimizasyonu amacıyla; optimum sıcaklık, pH, inokulum miktarı, çalkalama hızı, üretim süresi belirlenmiştir. Bu parametrelere ek olarak farklı karbon kaynaklarının ve %2-25 arasında değişen konsatrasyonlarda mısır maserasyon sıvısının üretim verimine etkisi incelenmiştir. Üretilmiş olan ksantan gamın FT-IR ve NMR analizleri yapılmıştır. Xanthomonas maltophilia ile üretilen ksantam gam için en iyi üretim şartları 30 ºC, pH 6.9, %10 inokulum miktarı,150 rpm çalkalama hızı, 24 saat olarak belirlenmiştir. Ksantan gamın üretiminde en iyi karbon kaynağı maltoz, azot kaynağı ise %25 mısır maserasyon konsantrasyonu tespit edilmiştir. Optimum değerler belirlenirken üretilen ksantan gamın 50 °C de 48 saat kurutma işleminden sonra tartımı yapılarak g/ml cinsinden belirlenmiştir. Optimum şartlar altında üretilen ksantan gamın FT-IR ve NMR analizleri sonucunda ksantam olduğu ve 24. saaten sonra bozulmalar meydana geldiği saptanmıştır. Anahtar Kelimeler:Xanthomonas maltophilia, ksantan gam, optimizasyon
Kula volkanındaki (Manisa) vejetasyon tiplerinde alfa ve beta çeşitlilik
Kula Volkanı Türkiye`de bulunan 13 volkandan biridir. Jeolojik yapısının özel olmasından dolayı bitki hayatı için çok özel ve nadir habitatlardan birine sahiptir. Geçmişte Kula Volkanı'nda yer alan bitki türleri ve bitkilerin yükseklik ve yön arasındaki (örneğin Kuzey, Güney) ilişkilerini tanımlayan bazı çalışmalar yayınlanmıştır. Ayrıca özelleşmiş bitkilerin büyümesine olanak sağlayan jeolojik materyallerin (cüruflar gibi) önemi de vurgulanmıştır. Buna rağmen literatürde şimdiye kadar bu çalışmalar sadece tür listesi düzeyinde verilmiş fakat farklı vejetasyon tiplerini karşılaştırmaya ve onları tanımlamaya yarayan örnekleme dizaynı yapılmamıştır. Bu yüzden pilot alan esasına dayalı yapılacak örneklemeler, tür zenginliği veya endemik tür zenginliği gibi önemli biyoçeşitlilik parametrelerini karşılaştırmada kullanılmış ve volkanın konisi içerisinde de bu parametrelerden beklenen sonuçlar ortaya çıkarılmıştır.Önerilen çalışma gerçekte iki temele dayanmaktadır. Birincisi, volkanı katlara ayırarak (stratified) her bir kattan rastgele örneklik alanlar almak ve vejetasyon tiplerini sınıflandırmak. Ikincisi, belirlenen vejetasyon tipleri ve çevresel gradiyentler arasındaki ilişkiyi modern istatistiksel analizlerle belirlemektir. Bu vejetasyon tiplerini gösteren harita gelecekte bu alanda yapılacak çalışmalara da temel oluşturacaktır. Tür ve endemik tür zenginliği genelde yükseklik, substrat, yamaç veya yön gibi çevre faktörleriyle ilişkilidir. Çok yönlü istatistik bize çevre faktörleri alfa ve beta çeşitlilik arasındaki önemli ilişkileri açıklamamıza yardımcı olmaktadır. Aynı zamanda doğa koruma çalışmaları için yüksek biyoçeşitliliğe sahip önemli doğa koruma alanlarını belirlemede de yararlı olacaktır. Nadir habitatlardan olan bu alanın öncelikli korunması gereken alanlardan olacağı düşünülmektedir.Bu çalışmadan elde edilecek sonuçlar bilim insanları ve koruma biyolojisi çalışmaları için önemlidir. Genelde örnekleme şeması modern istatiksel analizlerle kombine edildiğinde elde edilecek sonuçlar yurdumuz ekologları ve diğer uluslar arası düzeyde karşılaştırma yapmak isteyenler için de yararlı olacaktır. İkinci olarak Türkiye`deki doğa koruma çalışmaları uygun bir koruma yapmak ve korunması öncelikli noktalar(hotspot)daki biyoçeşitliliği belirlemek için floristik çeşitlilik ve özellikle endemik tür zenginliği hakkında alan bilgisine gereksinim duyulmaktadır.Çalışmadaki yaklaşım yükseklik ve yöne göre dizayn edilmiş stratified random (her bir kattan rastgele örneklik alan almak) esasına dayanmaktadır. Her bir kattan (16 kat) standart 10 m2 büyüklüğünde 4-10 örneklik alanlar alınmıştır. Bu örneklik alanlardaki tür kompozisyonu ve örtü değerleri yeni düzenlenmiş Braun Blanquet skalasına göre yapılmıştır. Toplanan verilerle, vejetasyon tiplerini belirlemek için JUICE 7.0 programı kullanılmıştır. Başlangıçta vejetasyon tipleri tanımlanmıştır, alfa çeşitlilik parametreleri (Tür zenginliği, Shannon çeşitliliği) ANOVA kullanılarak test edilmiş ve vejetasyon tiplerindeki farklılığın hangi değişkenlere bağlı olduğu analiz edilmiştir. Sonra, beta çeşitlilik yani her bir vejetasyon tipinde tür kompozisyonundaki farklılıklar ölçülmüştür. Çevre faktörleri ve biyoçeşitlilik parametreleri arasındaki ilişkiyi ölçmek için Alfa ve Beta çeşitlilik ölçümleri Çok yönlü İstatistikle analiz (Non-metric Multidimensional Scaling and post-hoc correlation) edilmiştir.Anahtar kelimeler; Biyoçeşitlilik, vejetasyon, sınıflandırma, tür zenginliği, Shannon Çeşitliliği, çok yönlü analiz, NMDS.
Büyük Menderes nehrinde deterjan ve bor kirliğinin araştırılması
Bu çalışmada, Denizli ve Aydın il merkezlerinden geçen Büyük Menderes Nehri üzerinde ve özellikle deşarj bölgelerinde belirlenen dokuz istasyondan alınan su örneklerinde, anyonik deterjan, fosfat ve bor konsantrasyonları belirlenmiş, konsantrasyonların istasyonlara ve aylara göre değişimleri grafiklerle gösterilmiştir. Ayrıca pH, sıcaklık, çözünmüş oksijen, turbidite ve iletkenlik parametreleri ölçülmüştür. Araştırma sonucunda elde edilen bulgulara göre, anyonik deterjan konsantrasyonu 0,015 ? 0,596 mg/L, fosfat konsantrasyonu 0,004 ? 0,05 mg/L, bor konsantrasyonu 0,016? 2,191 mg/L arasında değişen değerlerde bulunmuştur. Çalışmamızda bulduğumuz değerler diğer çalışma sonuçları ile karşılaştırılmıştır. Anahtar sözcükler: Anyonik deterjan, bor, Büyük Menderes Nehri, fosfat, su kalitesi.
Ko-kültür yöntemi ile pullulan eldesi
Pullulan, kimyasal yapı olarak başlıca ?-1,6 glikozidik bağlarıyla bağlanmış maltotrioz ünitelerinden oluşan bir glukandır. Endüstriyel açıdan öneme sahip olan bu homopolisakkarit, polimorfik bir küf olan Aureobasidium pullulans tarafından hücre dışı olarak üretilmektedir. Pullulan biyopolimeri, biyolojik olarak parçalanabilen, yağa dirençli, sıcaklıktan etkilenmeyen, oksijen geçirmeyen, toksik olmayan yapı özellikleri göstermektedir ve suda çözünebilmektedir. Pullulan, bu özelliklerinin sonucunda yenilebilen filmlerin üretiminde kullanılmak için oldukça uygun bir polisakkarittir. Pullulan yenilebilen filmlerin üretiminin yanı sıra gıda, ilaç ve kozmetik gibi birçok alanda da kullanılabilmektedir. Bu çalışmada Aureobasidium pullulans ve Kluyveromyces marxianus suşlarından pullulan üretimi ve karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla suşların besiyerinde üremeleri ve pullulan üretme yetenekleri ve aktivite gösterdiği optimum sıcaklık, pH, inokulum oranları saptanmıştır. NH4CI, (NH4)2SO4, kalsiyum nitrat ve üre en iyi azot kaynağı belirlenmek için test edildi. En iyi azot kaynağının NH4CI olduğu belirlendi. Pullulan üretimi için fermentasyon şartları optimize edildi. Pullulan miktarının belirlenmesinde DNS yöntemi kullanıldı. Optimum fermentasyon şartları üretim süresi 3 gün, substrat konsantrasyonu 5 %, pH 7.5 ve üretim sıcaklığı 28°C olarak saptandı. Anahtar Kelimeler: Mikrobiyal polisakkarit, Pullulan, Aureobasidium pullulans, Kluyveromyces marxianus, Yenilebilir film
Streptomyces sp. MC10 suşunun alfa amilaz üretim kabiliyetinin belirlenmesi
Amilazlar en önemli endüstriyel enzimlerden biridir. Bu çalışmada topraktan izole edilen Streptomyces MC10 suşundan ?-amilaz enzimi izolasyonu ve karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla besiyerinde üreme ve enzim üretme yeteneği ve aktivite gösterdiği optimum sıcaklık, pH, NaCI konsantrasyonu saptanmıştır. Ham nişastayı hidrolizleyen amilaz taraması sonucunda en iyi aktiviteye Streptomyces MC10?un sahip olduğu bulundu ve amilaz kaynağı olarak kullanıldı. Glukoz, mannitol, arabinoz, sukroz ve çözünür nişasta en iyi karbon kaynağını belirlemek için test edildi. En iyi karbon kaynağının çözünür % 1 nişasta olduğu belirlendi. Pepton, (NH4)2SO4, L-asparagin, üre ve KNO3 en iyi azot kaynağını belirlenmek için test edildi. En iyi azot kaynağının pepton olduğu belirlendi. Amilaz üretimi için fermentasyon şartları optimize edildi. Amilaz miktarının belirlenmesinde DNS yöntemi kullanıldı.Optimum fermentasyon şartları üretim süresi 4 gün, aşı miktarı %1, tuz konsantrasyonu 5 gr, pH 7 ve üretim sıcaklığı 28°C olarak saptandı. Enzim 50°C sıcaklıkta ve pH 7? de maksimum aktivite gösterdi. Anahtar Kelimeler: ?-amilaz, Streptomyces, nişasta
Meme kanseri hücre kültürlerinde trabectedin (ET-743) molekülünün etkileştiği moleküler sistemlerin araştırılması
Trabectedin (ET-743), Ecteinascidia turbinata?dan (deniz fıskiyesi) 1969 yılında izole edilen antikanser bir moleküldür. Günümüzde ise sentetik olarak üretilen bu molekül, 2007 yılında yumurtalık kanseri ve yumuşak doku sarkomlarında tek başına veya mevcut kemoterapötiklerle kombine olarak kullanılmaya başlanmıştır. Ancak, Trabectedin?in çeşitli kanser hücre hatlarında hangi yolaklar üzerinden etki gösterdiği büyük ölçüde aydınlatılmayı beklemektedir. Bu çalışmanın amacı, insan normal meme (MCF-10A) ve meme kanseri hücre kültürlerinde (MDA-MB-453 ve MCF-7) Trabectedin?in (1) hücre çoğalmasını engelleyici etkisini, etkileşime girdiği olası (2) apoptotik ve (3) anti-anjiyogenik molekülleri, (4) hücre içi redüksiyon/oksidasyon dengesini düzenleyici molekülleri, (5) epigenetik düzenlemede rol oynayan kritik molekülleri güncel moleküler yöntemlerle belirlemektir. Trabectedin?in hücre canlılığı üzerindeki etkilerinin araştırılmasında XTT canlılık testi ve xCELLigence sistemi kullanıldı. Trabectedin?in antiproliferatif etkisinin apoptozis üzerinden gerçekleşip gerçekleşmediği DNA fragmentleri ve mitokondriyal membran potansiyeli ölçülerek belirlendi. Apoptozisin hangi moleküller üzerinden gerçekleştiğine dair hipotez üretebilmek için ön çalışma olarak apoptozisle ilişkili 35 molekül içeren ?apoptozis antikor array? (çoklu western blot) yöntemi kullanıldı. Apoptozisin ölüm reseptörleri aracılığıyla mı (ekstrinsik yolak) yoksa mitokondri aracılı mı (intrinsik yolak) gerçekleştiğinin belirlenmesi amacıyla sırasıyla Kaspaz-8 ve Kaspaz-9 inhibitörleri kullanılarak DNA fragmentasyon miktarındaki değişimler gözlendi. İlgili apoptotik yolaktaki moleküller Western Blot ve qRT-PCR yöntemleriyle doğrulandı. Trabectedin?in meme kanseri hücrelerinde etkilediği anjiyojenik moleküller, 55 molekül içeren antikor array kullanılarak belirlendi. Trabectedin'in hücre içi oksidasyon/ redüksiyon dengesini etkileyip etkilemediği ise reaktif oksijen türevlerinin ve Glutatyon S Transferaz (GST) enzim aktivitesinin ölçümü ile belirlendi. Trabectedin molekülünün meme kanseri hücrelerindeki epigenetik süreçleri etkileyip etkilemediği ise Histon Deasetilaz (HDAC) ve DNA Metiltransferaz (DNMT) enzim aktivitelerinin ölçümü ile araştırıldı. Trabectedin?in insan meme kanseri hücre kültürleri (MCF-7 ve MDA-MB-453) üzerinde artan doza (10-6 -10-12 M) ve zamana (24., 48. ve 72. saat) bağlı olarak sitotoksik etki gösterdiği belirlendi. Trabectedin?in 48. saatteki IC50 değerleri MCF-7 ve MDA-MB-453 hücre kültürlerinde sırasıyla 4.8±0.8 ve 2.5±0.4 nM olarak hesaplandı. Trabectedin?in insan MCF-10A normal meme epitel hücreleri üzerindeki doza ve zamana bağlı sitotoksik etkisinin meme kanseri hücre kültürlerine oranla daha az olduğu belirlendi (IC50= 9.55x10-9 nM). Trabectedin ile muamele edilen meme kanseri hücre kültürlerinin DNA fragmentasyon miktarında doza ve zamana bağlı; MCF-10A hücrelerinde ise sadece yüksek dozlarda (?10-7 M) artış belirlendi. Trabectedin?in MCF-7 ve MDA-MB-453 hücrelerinin mitokondriyal membran potansiyelinde doza bağlı olarak anlamlı azalışa yol açtığı belirlendi. Trabectedine 48 saat maruz bırakılan MCF-7 hücre kültürlerinde proapoptotik moleküllerden TRAIL R1/DR4 (2.6 kat), TRAIL R1/DR5 (3.1 kat), Fas/TNFRSF6 (1.7 kat), TNF RI/TNFRSF1A (11.2 kat) ve FADD (4.0 kat)?da kontrol hücrelerine göre artış belirlendi (p?0.05). Apoptozis inhibitör proteinleri (AIP) ailesinden olan CIAP-1, XIAP, Livin ve Survivin?de sırasıyla 5.5, 2.5, 2.6, 3.0 kat azalış tespit edildi (p?0.05). MDA-MB-453 hücre kültürlerinde ise 48 saat Trabectedin muamelesi sonucu proapoptotik moleküllerden Bad, Bax, aktif-kaspaz-3, Sitokrom-c, SMAC/DIABLO, Htra2/Omi?de sırasıyla 3.6, 4.2, 4.4, 4.8, 4.5 ve 5.2 kat artış belirlendi (p?0.05). Antiapoptotik moleküllerden Bcl-2, Bcl-XL, Pro-kaspaz-3?de 4.8, 5.2 ve 6.0 kat azalış tespit edildi (p?0.05). AIP ailesinden olan CIAP-1 ve Survivin?de ise sırasıyla 5.0 ve 2.7 kat azalış tespit edildi (p?0.05). Trabectedin muamelesi sonucu MCF-7 hücre kültürlerinde, proapoptotik moleküllerden TRAIL R1/DR4, TRAIL R2/DR5, TNF RI/TNFRSF1A, FADD ve Fosfo-p53 mRNA düzeylerinde sırasıyla 2.9, 2.1, 8.4, 2.1 ve 3.5 kat artış, antiapoptotik moleküllerden CIAP-1 ve XIAP mRNA düzeylerinde ise sırasıyla 4.2 ve 3.8 kat azalış belirlendi (p?0.05). MDA-MB-453 hücrelerinde proapoptotik moleküllerden Bax, Bad, Sitokrom c ve SMAC/Diablo mRNA düzeylerinde sırasıyla 2.6, 2.5, 3.4, 10.5 kat artış, antiapoptotik moleküllerden Bcl-2 mRNA?sında ise 1.8 kat azalış, belirlendi (p?0.05). Kaspaz-8 ve Kaspaz-9 spesifik inhibitörleri kullanılarak, Trabectedin?in apoptozisi MCF-7 hücrelerinde ölüm reseptörleri aracılı yolak üzerinden, MDA-MB-453 hücrelerinde ise mitokondri aracılı yolak üzerinden indüklediği belirlendi. Trabectedin öncesi Kaspaz-3 inhibitörüyle ön muamele edilen MDA-MB-453 hücre kültürlerinde, DNA fragmentasyonunda yalnızca Trabectedin?le muamele edilen hücrelere göre anlamlı değişim gözlenmedi (p>0.05). Trabectedin muamelesi sonucu MCF-7 hücre kültürlerinde anti-anjiyojenik moleküllerden Serpin E1/PAI-1 ve TIMP-1 proteinlerinde sırasıyla 3.5 ve 4.2 kat artış tespit edildi (p?0.05). Tissue Factor/Factor III, DPPIV/CD26, uPA, VEGF pro-anjiyojenik moleküllerinde ise sırasıyla 8.4, 6.2, 6.2, 6.8 kat azalış tespit edildi (p?0.05). MDA-MB-453 hücrelerinde ise Trabectedin muamelesi sonucu anti-anjiyojenik moleküllerden ENDOGLIN, PF4, TIMP-1 ve TIMP-2?de sırasıyla 26.0, 3.5, 3.0, 2.2 kat artış tespit edilirken (p?0.05), pro-anjiyojenik moleküllerden IGFBP-2, MMP-8, MMP-9 ve VEGF?de sırasıyla 4.2, 6.2, 2.1, 8.4 kat azalış tespit edildi (p?0.05). Trabectedin dozlarına (10-12 -10-6 M) bağlı olarak, meme kanseri hücre kültürlerinde reaktif oksijen türevlerinin oluşumunda anlamlı artış tespit edildi. Kırk sekiz saat süresince Trabectedin uygulanan MCF-7 ve MDA-MB-453 hücrelerinde GST aktivitesinde artış belirlendi (p?0.05). Epigenetik belirteçlerden DNMT ve HDAC aktivitelerinde ise her iki meme kanseri hücre hatlarında anlamlı azalış tespit edildi (p?0.05). Bu tez, Trabectedin?in meme kanseri hücre kültürlerinde sitotoksik, apoptotik ve anti-anjiyojenik etkileri olduğunu gösteren ilk in vitro çalışmadır. Bu veriler, Trabectedin?in in vivo ve faz çalışmaları tamamlandığı taktirde meme kanseri tedavisinde kullanılabilecek etkili bir kemoterapötik molekül olduğunu göstermektedir.
Radyasyona maruz bırakılan insan glioblastoma multiforme hücre kültürlerinde (U-87 MG VE T98G) trabectedin aracılı zenginleştirilmiş sitotoksik etkide dna tamir mekanizmalarının rolü
Glioblastoma Multiforme (GBM), primer beyin tümörleri içerisinde en sık karşılaşılanı ve en ölümcül olanıdır. Tedavideki en önemli sorunlardan biri, tümör hücrelerinin radyasyona ve kemotörapötiklere karşı direnç geliştirmesidir. Bu yüzden güncel araştırma stratejileri, molekül bazlı hedeflerin belirlenmesini, yeni kematörapotikler geliştirilmesini, tümör hücrelerinin radyasyona karşı duyarlı hale getirilmesini içerir. Trabectedin (ET-743), Karayip Denizi?nde yaşayan omurgasız bir canlı olan Ecteinascidia turbinata (deniz fıskiyesi) organizmasından izole edilmiş, günümüzde yarı sentetik olarak üretilen bir moleküldür. DNA?nın küçük oluğuna bağlanıp konformasyonunda bozulmalara yol açarak, hücreyi ölüme götürdüğü bilinmektedir. Bu çalışmanın öncelikli amacı, glioblastoma multiforme hücre (U-87 MG ve T98G) kültürlerine düşük dozlardaki radyasyon ve trabectedin molekülünün ardışık uygulanmasıyla sitotoksik ve apoptotik etkinliğin zenginleştirilip zenginleştirilemeyeceğini test etmektir. İkincil amaç ise, radyasyon ve trabectedin uygulanan GBM hücrelerinde gözlenen zenginleştirilmiş sitotoksik/apoptotik etkide, DNA tamir sistemlerinin rol alıp almadığını araştırmaktır. Trabectedin?in hücre canlılığı üzerindeki etkilerinin araştırılmasında xCELLigence sistemi kullanıldı. İyonize radyasyon ve ardışık uygulamaların hücre canlılığı üzerindeki etkileri Tripan mavisi yöntemi kullanılarak araştırıldı. Apotozisin gösterilmesinde, DNA fragmentasyon miktarı ve kaspaz 3/7 aktivasyon düzeyleri ölçüldü. Ardışık uygulanan etkin Trabectedin ve iyonize radyasyonun etkilediği DNA tamiri ile ilişkili genlerin mRNA düzeyindeki değişiklikler Human DNA Repair Array PCR Array kullanılarak araştırıldı. Trabectedin?in U-87 MG ve T98G hücre kültürlerinde 24. saatteki IC50 değerleri sırasıyla 8.4 nM ve 17 nM; 48. saatteki IC50 değerleri ise sırasıyla 5 ve 13 nM hesaplandı. İyonize radyasyon?un U-87 MG ve T98G hücre kültürlerinde 24. saatteki IC50 değerleri, sırasıyla 22Gy ve 25 Gy; 48. saatteki IC50 değerleri, sırasıyla 8 Gy ve 9.8 Gy bulundu. Her iki hücre kültüründe de, 24 saat Trabectedin ve 24 saat iyonize radyasyon ardışık uygulamasının sitotoksik etkiyi zenginleştirdiği saptandı. Trabectedin?in artan konsantrasyonları (0.01-100 nM) ile muamele edilen T98G hücre kültürlerinin DNA fragmentasyonu ve kaspaz 3/7 aktivite düzeylerinde doza ve zamana bağlı artış gözlendi. Her ikisinin ardışık uygulandığı T98G hücre kültürlerinde DNA fragmentasyonu ve kaspaz 3/7 aktivasyonu düzeylerinde artış gözlendi. Ardışık uygulamanın T98G hücre kültürlerinde Rad51B, XRCC4, ATM, ATR, MGMT; U-87 MG hücre kültürlerinde ise OGG1, Rad51B, XRCC4 gibi DNA tamir mekanizmaları ile ilişkili genlerin mRNA düzeyinde değişikliklere yol açtığı belirlendi. GBM hücre kültürlerinde (U-87 MG ve T98G) Trabectedin ve iyonize radyasyonun ardışık uygulamasının sitotoksik ve apoptotik etkileri, DNA tamir mekanizmalarını nasıl etkilediği ilk defa bu çalışma ile ortaya konuldu. Bu çalışmanın verileri, GBM kanserinin tedavisinde radyoterapinin etkinliğini artırmada, Trabectedin?in hücreleri hassaslaştırmada kullanılabilecek etkin bir kemoterapötik olabileceğini göstermektedir.
Gediz Nehri'nde bazı nurientlerin aylık ve mevsimsel olarak belirlenmesi
Manisa il merkezinden geçen Gediz Nehri üzerinde belirlenen beş istasyondan alınan su örneklerinde, fosfat, nitrat, nitrit ve amonyum konsantrasyonları belirlenmiş, konsantrasyonların istasyonlara ve aylara göre değişimleri grafiklerle gösterilmiştir. Ayrıca pH, sıcaklık ve çözünmüş oksijen parametreleri ölçülmüştür. Araştırma sonucunda elde edilen bulgulara göre, fosfat konsantrasyonu 0,002-0,214 mg/L arasında değişen değerlerde ve tüm istasyonların aylara göre ortalama fosfat konsantrasyonu 0,058 mg/L olarak bulunmuştur. Nitrat konsantrasyonu 0,028-34,315 mg/L arasında değişen değerlerde ve tüm istasyonların aylara göre ortalama nitrat konsantrasyonu 10,39 mg/L olarak bulunmuştur. Nitrit konsantrasyonu 0,015-0,704 mg/L arasında değişen değerlerde ve tüm istasyonların aylara göre ortalama nitrit konsantrasyonu 0,184 mg/L olarak bulunmuştur. Amonyum konsantrasyonu 0,044-3,610 mg/L arasında değişen değerlerde ve tüm istasyonların aylara göre ortalama amonyum konsantrasyonu 1,378 mg/L olarak bulunmuştur. Çalışmamızda bulduğumuz değerler diğer çalışma sonuçları ile karşılaştırılmıştır.
Türkiye'deki Hippocrepis L. cinsi üzerinde morfolojik, anatomik ve sitolojik araştırmalar
Çalışmamızda Türkiye'de yayılış gösteren Hippocrepis L. cinsinin H. unisiliquosa ssp. unisiliquosa, H. ciliata, H. multisiliquosa taksonları morfolojik, anatomik ve sitolojik olarak araştırılmıştır. Çalışmanın morfolojik kısmında, tek yıllık olan her üç takson da kazık köke sahiptir. H. unisiliquosa ssp. unisiliquosa'da dik ve yatık gövdeli örnekler saptanmıştır. H. ciliata türünün gövdesi dik konumdadır. H. multisiliquosa ise yatık gövdelidir., H. unisiliquosa ssp. unisiliquosa alttürünün gövdesi 17-26 cm, H. ciliata türünün gövdesi 16-28 cm, H. multisiliquosa' nın gövdesi ise 10-42 cm ye kadar boylanabilmektedir. Taksonların meyveleri lomentoid (her bölmede 1 tohum taşır) ve kıvrıktır. H. multisiliquosa türünün meyvesi diğer iki taksona göre çok daha kıvrık durumdadır. H. ciliata türünün meyvesinde diğer iki taksonda bulunmayan siller mevcuttur. H. unisiliquosa ssp. unisiliquosa 4- 8 adet tohum taşıyan meyveye sahiptir. H. ciliata'nın meyvesindeki tohum sayısı 5-8 adet iken H. multisiliquosa' nın meyvesindeki tohum sayısı ise 7-12 adet arasında değişmektedir. Çalışmanın anatomi kısmında ise her üç taksonun kök, gövde, yaprak ve meyve enine kesitleri incelenmiştir. Taksonların kök enine kesitleri incelendiğinde her üç taksonda da en dışta bir sıralı epidermis tabakası gözlenmiştir. Epidermisin altında bulunan korteks tabakası H. unisiliquosa ssp. unisiliquosa, H. ciliata ve H. multisiliquosa taksonlarında sırasıyla 5-6, 9-13 ve 10-12 hücre sıralıdır . Gövde enine kesitlerinde H. unisiliquosa ssp. unisiliquosa 12-15, H. ciliata 12-14 ve H. multisiliquosa 12-13 adet iletim demeti barındırmaktadır. Her üç taksonda da parankimatik bir öz bölgesi bulunmaktadır. Yaprak enine kesitleri incelendiğinde H. unisiliquosa ssp. unisiliquosa ve H. multisiliquosa taksonlarında 1-2 hücre sıralı palizat parankiması bulunurken, H. ciliata türünün palizat parankiması 2-3 hücre sıralıdır. Tüm taksonların yaprağında her iki yüzeyde de stomalar bulunmaktadır. Her taksonda kromozom sayısı 2n=2x=14 olarak sayılmıştır. Çalışılan tüm taksonlardaki mitotik kromozom sayısı ve karyotipler ilk defa çalışmamızda verilmiştir. H. unisiliquosa ssp. unisiliquosa ve H. multisiliquosa 6 metasentrik, 1 submetasentrik kromozoma H. ciliata ise 4 metasentrik, 3 submetasentrik kromozoma sahiptir.
Nitrik oksit inhibisyonunun piliç embriyosu akciğer gelişimi üzerine etkisi
NO, mikroorganizmalara karşı savunma dahil olmak üzere önemli fizyolojik rolleri olan, başta epiteliyal hücreler olmak üzere pek çok hücre tarafından salınan inorganik serbest bir radikaldir. L-NG-Nitroarginine methyl ester (L-NAME) özel bir Nitrik Oksit (NO) sentez inhibitörüdür. Yapılan çalışmalarda, nitrik oksit sentez inhibisyonunun oksidan artışına ned en olduğu, oksidatif stress altında sitotoksisiteyi ve genotoksisiteyi arttırıcı, apoptozisi tetikleyen bir etki gösterdiği bildirilmektedir. Ayrıca, canlıda yoğun ve tekrarlanmış oksidatif stres, sitoiskelet yapılarının yıkımı, yapışkanlığın azalması ve hücre kayıpları ile sonuçlanan patolojilere neden olabilir. Çalışmamızda, NO inhibisyonunun piliç akciğer gelişimine etkisi histolojik olarak incelenerek, laminin α1 dağılımı ve apoptozise etkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmada; kontrol, sham ve L-NAME (15-30 mg/kg doz) uygulanmış piliç embriyolarında akciğer gelişim safhalarına eNOS, iNOS ve Laminin α1 dağılımı için immunohistokimya, Apoptozis için TUNEL yöntemi ve genel histolojik değerlerdirme için ise Hematoksilen-Eosin boyamaları uygulanarak değerlendirilmiştir. Piliç akciğer gelişiminin, embriyonik (4-7. gün), psödoglandular (8- 14. gün), kanaliküler (14- 17. gün) ve sakküler (17. gün ve doğum sonrası) evrelerden geçerek tamamlandığı ve memeli akciğer gelişimi ile benzer olduğu gözlenmiştir. NO inhibisyonunun piliç akciğerlerinde; mezenşim dokuda hücre kayıplarına, akciğer hacmi ile hava yolu dallanmalarında belirgin bir azalmaya, bronşların lümen çaplarında küçülme, pulmoner emboli, alveoler proteinozis, bölgesel kanamalar, kan damarlarının normal olmayan modellenmesi ve çaplarında küçülmeye neden olduğu gözlenmiştir. Gelişimin erken safhalarında L-NAME uygulamasına bağlı eNOS, iNOS ve laminin α1 immunoreaktivitesi ile apoptozisin oldukça azaldığı, geç gelişim safhalarında ise oldukça arttığı ve sonrasında bir miktar azalarak sabit kaldığı izlenmiştir. Sonuç olarak NO inhibisyonunun hem akciğer gelişimi hem de hücreler arası madde kompozisyonu ve apoptozis üzerine olumsuz etkiye sahip olduğu belirlenmiştir. Bu durumun yaşam süresini ve alitesini olumsuz etkileyen pek çok histopatolojik duruma yol açabileceği düşünülmektedir.
Bacillus spp.'den pullulanaz üretimi ve karakterizasyonu
Günümüzde mikrobiyal enzimler kimyasal üretimin yerini almış ve endüstrinin pek çok alanında kullanıma girmiştir. Pullulanazlar α-amilaz ailesi şeklinde adlandırılan bir sınıfta yer alır. α-1,6 glikozidik bağlarına sahip polisakkaritleri monomerlerine parçalar. Endüstriyel olarak; nişasta hidrolizi, kâğıt, tekstil, deterjan ve bira üretimi gibi pek çok alanda kullanılmaktadır. Bu çalışmada, doğal izolat iki Bacillus spp. suşundan laboratuvar ölçeğinde pullulanaz üretilmiş ve kültür süpernatantı enzim preparasyonu olarak kullanılmıştır. Pullulanaz üretiminde optimum pH, optimum sıcaklık, en uygun inkübasyon süresi ve iki farklı substrat etkisi araştırılmıştır. İki izolattan üretilen enzimin aktivitesine pH ve sıcaklığın etkisi araştırılmıştır. Ayrıca enzim kararlılığına sıcaklık, pH ve çeşitli kimyasalların etkisi de araştırılmıştır. Bu araştırmaya göre, 50˚C ve pH 9.0 pullulanaz üretimi için en uygun koşullar olarak saptanmıştır. Ayrıca optimum inkübasyon süresinin 48 saat ve üretim için en iyi substratın nişasta olduğu gözlenmiştir. Üretilmiş enzimin en yüksek aktivite gösterdiği sıcaklık 50˚C, pH 9.0 olarak saptanmıştır. Yapılan çalışmalarda Co+2 ve Mn+2 iyonlarının 5 mM'lık derişimleri enzim aktivitesini sırasıyla %10 ve %21 oranında artırdığı görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Bacillus sp., Pullulanaz, Karakterizasyon
İzmir Körfezi'nde modern dinoflagellat kistlerinin dağılımını etkileyen çevresel faktörlerin incelenmesi
Bu çalışmada Ege Denizi'nin önemli kıyısal alanlarından biri olan İzmir Körfezi'nde dinoflagellat kist dağılımları ve dağılımını etkileyen faktörlerin incelenmesi amaçlanmıştır. Körfezde 2013 yılında 12 istasyonda mevsimsel olarak yüzey suyu fizikokimyasal parametreleri (sıcaklık, tuzluluk, pH, çözünmüş oksijen, nitrit+nitrat azotu, amonyum azotu, fosfat ve klorofil-a) ölçülmüştür. Aynı istasyonlardan yüzey sediment örnekleri bir kere (2013-Bahar) alınarak kist dağılımı incelenmiştir. İzmir Körfezi'nde örnekleme periyodu boyunca yüzey suyunda sıcaklık 12.99-27.88 C°, tuzluluk ‰ 37.97-39.39, pH 7.08-8.40, çözünmüş oksijen 5.91-11.46 mg l-1, nitrit+nitrat azotu 0.10-9.63 µM, amonyum azotu 0.10-8.01 µM, fosfat 0.01-4.06 µM ve klorofil-a konsantrasyonu 0.12-14.66 µg l-1 aralığında ölçülmüştür. Körfezde yüzey suyu sıcaklık ve çözünmüş oksijen konsantrasyonlarının mevsimsel ve bölgesel olarak belirgin farklılık gösterdiği tespit edilmiştir. Yüzey suyu sıcaklığı yaz mevsiminde en yüksek değerleri gösteriken en düşük değerler kış mevsiminde ölçülmüştür. En yüksek ve en düşük sıcaklık değerleri iç körfezde tespit edilmiştir ve iki mevsim arasındaki sıcaklık farkı iç körfezden dış körfeze doğru azalmıştır. Çözünmüş oksijen konsantrasyonu en yüksek bahar mevsiminde, en düşük yaz mevsiminde tespit edilmiştir. En düşük ve en yüksek değerler iç körfezde ölçülmüştür ve mevsimler arasındaki konsantrasyon farkı iç körfezden dış körfeze doğru gittikçe azalmıştır. Yüzey suyu tuzluluk ve pH değerlerinde mevsimsel ve bölgesel olarak çok değişkenlik olmadığı tespit edilmiştir. İç ve orta körfezde nitrit+nitrat azotu, amonyum azotu ve fosfat konsantrasyonları dış körfezden daha yüksek ölçülmüştür. İç ve orta körfez nutrient konsantrasyonlarının mevsimsel farklılıkları belirgindir ancak dış körfez konsantrasyonları belirgin değildir. Klorofil-a konsantrasyonları nutrient değerleriyle benzer olarak iç körfezden dış körfeze doğru azalmıştır. Fitoplankton artışının yüksek olduğu bahar ve yaz mevsiminde İç ve orta körfezde klorofil-a konsantrasyonlarında belirgin artışlar gözlenmiştir. İzmir Körfezi'nde toplam 44 kist tipi tanımlanmıştır ve dinoflagellat kist çeşitliliği 12-36 kist tipi aralığında değişmektedir. Körfezde kist çeşitliliğinde Protoperidinoid ve Gonyaulacoid türler baskın olarak gözlenmiştir. Körfezde dinoflagellat kist konsantrasyonu 384-9944 kist g-1 kuru ağırlık sediment aralığında tespit edilmiştir. Kist konsantrasyonunda Gymnodinoid ve Gonyaulacoid kist konsantrasyonları diğer gruplardan daha yüksektir. Körfezde Gymnodinium nolleri, Lingulodinium machaerophorum, Spiniferites bulloideus en baskın kist türleridir. İzmir Körfezi'nde dinoflagellat kist çeşitliliğinin ve konsantrasyonunun iç körfezden dış körfeze doğru azaldığı saptanmıştır. Kist konsantrasyon ve bolluk oranı verilerine bağlı olarak İzmir Körfezi'nin farklı bölgelerinde dinoflagellat kist türlerinin farklı iki ana topluluk oluşturduğu tespit edilmiştir. Lingulodinium machaerophorum, Spiniferites bulloideus, Scrippsiella spp, Polykrikos kofoidii, Protoperidinium minutum, Quinquecuspis concreta, Xandarodinium xanthum, Dubridinium caperatum türleri birinci kist topluluğunu oluşturmaktadır ve İç ve orta körfezde konumlanmaktadır. Alexandrium affine tip, Operculodinium centrocarpum, Spiniferites delicatus, Spiniferites ramosus, Gymonidinium nolleri ikinci kist topluluğunu oluşturmaktadır ve dış körfezde konumlanmaktadır. Detrended Correspondence Analysis (DCA) körfezde bölgelere göre farklı iki kist topluluğu saptamıştır. DCA sonucunda iç, orta ve dış körfez istasyonlarının kendi aralarında gruplandığı gözlenmiştir. Pearson Korelasyonu İzmir Körfezi kist topluluklarının dağılımında sıcaklık, çözünmüş oksijen, nutrient ve klorofil-a verilerinin etkili olduğunu göstermiştir. İç ve orta körfezdeki kist tür toplulukları çevresel verilerle pozitif bir bağlantı gösterirken, dış körfezde Gymnodinium nolleri tür bolluğu çevresel verilerle negatif bir bağlantı veya herhangi bir bağlantı göstermemiştir. Bu çalışmada körfezde nutrient kirliliğinin geçmiş yıllara göre azaldığı ancak kirlilik ve ötrofikasyonun etkileri iç ve orta körfez'de hala gözlenebildiği saptanmıştır. Dinoflagellat kistleri kirlilik ve ötrofikasyon için indikatör olarak kullanılmış ve körfez için önemli sonuçlar bulunmuştur. Körfezde kist çeşitliliğinin daha yüksek nutrient seviyelerinin ölçüldüğü alanlarda daha yüksek olduğu gözlenmiştir. Otorofik ve heterotrofik kist oranı ototrofik kistlerin çok yüksek seviyelerde gözlenmesinden dolayı İzmir Körfezi'ndeki ötorfikasyon için uygun bir gösterge değildir. Bu çalışmada Lingulodinium machaerophorum türünün İzmir iç körfezdeki ötrofikayson için iyi bir gösterge olduğu saptanmıştır. Gymnodinium nolleri kisti ayrıca oligotrofik karakterli İzmir dış körfez için iyi bir indikatördür. Lingulodinium machaerophorum, Operculodinium spp, Alexandrium spp. İzmir Körfezi'nde olası toksik ve zararlı mikroalg çoğalmasına sebep olacak türlerdir. Bu türlerin konsantrasyonu özellikle iç körfezde yüksek seviyelerde gözlenmiştir.
Kemalpaşa ve çevresi (İzmir) miksobiotasının belirlenmesi
Miksomisetler ya da plazmodiyal cıvık-mantarlar çok sayıda türe sahip (tanımlanan yaklaşık 958, Türkiye'de rapor edilen 232) protistler olup, özellikle karasal ortamlarda çürüyen bitki materyalleri ve döküntüler üzerinde yaygındırlar. Hayat siklüsleri komplekstir, amoeboit ya da kamçılı hücreler ile oldukça farklı şekil ve renklerde makroskobik fruktifikasyonlar oluştururlar. Miksomisetler biyoremediasyon, gıda, karasal habitatların populasyon dinamiği çalışmalarında, sitolojik ve kanser araştırmaları ve ayrıca biyoteknolojik uygulamalar için ideal organizmalardır. Bu tez çalışması Ekim-2013 ile Temmuz 2014 arasında Kemalpaşa (İzmir) ve çevresinde belirlenen alanlarda miksomisetlerin bulunuşu ve dağılımını belirlemek üzere yapılmıştır. Çalışmada genellikle Quercus sp. ve Pinus sp. ağaçları başta olmak üzere, yaprak döküntüleri, canlı ağaçların ölü kabukları ve toprak örnekleri olmak üzere 11 lokaliteden 91 substrat toplanmıştır. Her bir çalışılan alan için, miksomisetler hem doğal substratlar hem de nemli oda kültürü ile belirlenerek karakterizasyonları yapılmıştır. Sıcaklık, nem ve ışık yoğunluğu gibi çevresel faktörler gerçek zamanlı olarak ölçülmüş ve buna bağlı türlerin dağılımı tartışılmıştır. Sonuçlarımıza göre, 10 familyaya ait 29 tür (7'si doğal) ve 1 cins bazında olmak üzere toplam 30 takson tanılanmıştır. Türlerin çoğunluğu (%77) nemli oda kültüründen, diğerleri (%23) doğal olarak elde edilmiş olup, belirlenen 16 cins sırasıyla; Ceratiomyxa, Echinostelium, Cribraria, Lycogala, Licea, Arcyria, Perichaena, Trichia, Didymium, Physarum, Collaria, Comatricha, Enerthenema, Macbrideola, Stemonitis ve Stemonitopsis'dir. Çalışılan alanlardaki miksomiset dağılımları genellikle benzerlik göstermekte ve belirlenen çoğu tür kozmopolittir. Araştırma alanında belirlenen en yaygın tür ise Arcyria cinerea' dır.
Verbascum exuberans hub.-mor. ve v.splendidum boiss. türleri üzerinde morfolojik, anatomik ve palinolojik bir araştırma
Bu çalışmada, Verbascum L. cinsinin Verbascum exuberans Hub.-Mor. ve Verbascum splendidum Boiss. türlerine ait örneklerin morfolojik, anatomik ve palinolojik özellikleri incelenmiştir. Çalışma konusunu oluşturan bu türler Türkiye için endemiktirler. Morfolojik çalışmalarda, her iki türün de morfolojik özellikleri arazide ve arazi sonrası yapılan çalışmalarla belirlenmiş, P.H. Davis' in bulgularıyla karşılaştırılmış ve florada eksik tanımlanmış özellikleri de tespit edilmiştir. Ayrıca, türlerin tohum morfolojileri hem stereo mikroskop (SM) hem de taramalı elektron mikroskobu (SEM) yardımı ile incelenmiş ve fotoğrafları çalışmaya eklenmiştir. Anatomik çalışmalarda, türlere ait örneklerin kök, gövde ve yaprak kısımlarından alınan enine ve yüzeysel kesitler motorize ışık mikroskobu (IM) altında incelenmiş, fotoğrafları çekilerek çalışmaya eklenmiştir. İncelenen her iki türün de kök enine kesitlerinde ksilem floeme göre çok daha geniş bir alana yerleşmiş ve kökün merkezini doldurmuştur. Türlerin gövde enine kesitleri incelendiğinde, iletim demetleri kambiyumun etrafında düzenli olarak yerleşmişlerdir ve açık kolleteral tiptedir. Taban yaprağı enine kesitlerinde, iletim demetlerinin bikolleteral tipte, gövde yaprağı enine kesitlerinde ise kapalı kolleteral tipte oldukları belirlenmiştir. Palinoloji çalışmalarında, her iki türe ait polen morfolojileri ışık mikroskobu (IM) ve taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile incelenmiş ve fotoğrafları çalışmaya eklenmiştir. Türlerin polen tipleri trikolpat olup polen şekli V.splendidum Boiss.' te subprolat, V.exuberans Hub.-Mor.' ta ise prolat olarak belirlenmiştir.
Türkiye denizlerinde yayılış gösteren bryopsidophyceae (Chlorophyta=Yeşil algler) türleri
Bu çalışma, Türkiye denizlerinde yayılış gösteren Chlorophyta (Yeşil algler) Divisiosuna ait Bryopsidophyceae sınıfı türlerinin araştırılmasına yönelik üç bölümden oluşmaktadır. Birinci bölüm taksonomik ve morfolojik yönden türlerin tanımlanması, ikinci bölüm moleküler yönden tanımlanma ve üçüncü bölüm ise laboratuarda bazı türlerin kültür ortamında gelişiminin araştırılmasını kapsamaktadır. Örneklemeler Aralık 2011 ile Ekim 2014 tarihleri arasında maske ve şnorkel ya da aletli dalış (SCUBA) yapılarak gerçekleştirilmiştir. Türkiye'nin dört farklı denizinden ve 11 istasyondan yapılan örneklemelerde tür ve türaltı seviyede 10 cinse ait 30 taksa (Bryopsis corymbosa, Bryopsis cupressina, Bryopsis duplex, Bryopsis hypnoides, Bryopsis plumosa, Bryopsis pennata, Caulerpa cylindracea, Caulerpa prolifera, Caulerpa racemosa, Caulerpa racemosa var. lamourouxxi f. requienii, Caulerpa taxifolia var. distichophylla, Caulerpa scalpelliformis, Codium adhaerens, Codium bursa, Codium corymbosum, Codium decorticatum, Codium decorticatum f. monstrosum, Codium effusum, Codium fragile subsp. fragile, Codium parvulum, Codium taylorii, Codium tomentosum, Codium vermilara, Derbesia tenuissima, Flabellia petiolata, Halimeda tuna, Pedobesia simplex, Penicillus capitatus, Pseudobropsis myura, Pseudochlorodesmis furcellata) tespit edilmiştir. Bu türlerden P. myura Türkiye ve C. decorticatum f. monstrosum, C. taylorii, C. corymbosum,C. parvulum hem Türkiye ve hem de Ege Denizi için ilk kez rapor edilmişlerdir. Türkiye denizlerinde 7 yabancı ve yayılımcı tür bulunmuştur (C. cylindracea, C. racemosa, C. taxifolia var. distichophylla, C. scalpelliformis, C. fragile subsp. fragile, Codium parvulum ve C. taylorii). Bu çalışmada ayrıca Codium türlerinin DNA analizleri yapılmış, PCR protokolü uygulanmış, filogenetik dendogramları çıkarılmıştır. Bunun yanı sıra F. petiolata ve P. myura türleri laboratuarda MV30 kültür ortamında üretilmiş, erken evrede F. petiolata filamentlerinin ipliksi görüntüsü ve tallusun gelişimleri ile P. myura'nın gametangiyum oluşumları izlenmiştir.
1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid deaminase synthesizing rhizobacteria isolation and evaluation of its effect on alleviating salinity and drought stress in plants
Soil salinization, the second leading cause of desertification and land degradation, is one of the major threats being faced by the crop production sector. With about 20% of Agricultural fields worldwide being prone to osmotic as well as ionic stress, the need to salvage lost agricultural fields due to salinity becomes germane. An eco-friendly means of achieving the aforesaid aim is through the utilisation of Plant-Growth Promoting Rhizobacteria (PGPR). Through the synthesis and release of various compounds, PGPR regulate soil physicochemical characteristics and plant growth. This research is aimed at the isolation of multi-trait halotolerant PGPR from a hypersaline environment as well as evaluating the ability of the PGPR in mitigating the effect of salinity on Triticum aestivum. From the rhizosphere of halotolerant plants, 10 bacterial isolates were isolated. A randomized block design bioassay comprising of 11 treatments (10 bacterial isolates and control) and 4 salt (0 mM, 100mM, 200 mM and 300 mM) concentrations was conducted to assess salinity stress mitigating ability of the isolates. Though the isolates exhibited an array of plant-growth promoting traits, the effect of salinity stress on T. aestivum seedlings had been partially alleviated via inoculating the seedlings with the isolates.
Oscillatoria sp.'nin Cr(VI) ve Zn(II) iyonlarını bağlama kapasitelerinin belirlenmesi
Ağır metal kirliliği olan ortamlardan metallerin uzaklaştırılmasında fitoplanktonik alglerden yararlanılabileceği uzunca bir süredir bilinmektedir. Bu yöntem aynı zamanda diğer uzaklaştırma yöntemlerine göre hem daha ekonomik hem de daha etkin bir yoldur. Bu çalışma ile Oscillatoria sp. mikroalginin atık sularda yüksek düzeyde bulunan Cr(VI) ve Zn(II) iyonlarını uzaklaştırma kapasitesini belirlemek amaçlanmış, metal bağlama çalışmaları için sırasıyla K2CrO4 ve Zn(NO3)26H2O bileşenleri kullanılmıştır. Biyosorpsiyon işleminde Oscillatoria sp. hücreleri canlı ve ölü olarak, krom ve çinko metallerinin farklı konsantrasyonlarına (2.5, 5 ve 10 ppm) 24 saat süresince maruz bırakılmıştır. Ayrıca krom ve çinko metallerinin hücre metabolizması üzerindeki etkilerini incelemek için klorofil-a analizleri yapılmıştır. En iyi metal giderim yüzdeleri; krom(VI) iyonu için % 46.74 ile ölü hücrelerle, çinko(II) iyonu için % 82.53 ile canlı hücrelerle elde edilmiştir. Yapılan klorofil-a analizleri sonucunda metaller ayrı ayrı uygulandığında canlının klorofil-a içeriğinde bir artış söz konusu iken metaller beraber uygulandığında azalma gözlenmiştir. Sonuç olarak doğada kolay bulunup hızlı büyüyen bu mikroalg, ağır metal uzaklaştırma işlemleri için potansiyel bir tür olabileceğini göstermektedir.
Yumurtalık kanseri hücre kültürlerinde hydroxytyrosol'ün sitotoksik, apoptotik, Pi3K/Akt ve ERK 1/2 yolakları üzerindeki etkilerinin araştırılması
Hydroxytyrosol'ün çeşitli kanser hücre hatları üzerinde antitümöral, çoğalmayı inhibe etme ve apoptozisi destekleme etkileri olduğu gösterilmiştir. Birkaç tümör hücre hattında çeşitli mekanizmalar üzerindeki etkisi bakımından da çalışılmıştır. Bu çalışmada hydroxytyrosol'ün insan yumurtalık kanser hücre hatlarındaki (MDAH-2774 ve OVCAR-3) sitotoksik, apoptotik etkileri ile sitotoksik etkisinin fosfatidilinositol 3-kinaz /Akt (PI3K/Akt) ve hücre dışı sinyalle düzenlenen kinaz (ERK1/2) sinyal ileti yolakları ile bağlantılı olup olmadığının araştırılması amaçlanmıştır. MDAH-2774 ve OVCAR-3 hücre hatlarında, 24., 48., 72. ve 96. saatlerde hydroxytyrosol'ün artan konsantrasyonlarının (50-400 µM) hücreler üzerindeki sitotoksik etkisini belirlemek için XTT testi ve tripan mavisi boyama yöntemi, apoptotik etkiyi belirlemek için DNA fragmentasyon testi ve protein antikor array yöntemi, PI3K/Akt ve ERK1/2 sinyal ileti yolakları üzerinden etkisinin olup olmadığını ortaya koymak için yolaklarla ilgili spesifik inhibitörleri kullanılarak araştırıldı. Elde edilen bulgular ANOVA ve ardından Dunnett's istatistiksel analizleriyle değerlendirildi. Hydroxytyrosol'ün MDAH-2774 hücre kültürlerinde 72. saatteki IC50 değeri 102.3 µM, OVCAR-3 hücre kültürlerinde 96. saatteki IC50 değeri 51.5 µM olarak hesaplandı. Hydroxytyrosol'ün MDAH-2774 hücre kültürlerinde 72. saatteki apoptotik etkisi en yüksek 100 µM konsantrasyonda görülürken, 150 µM'da azaldığı, 200 µM ve üzerindeki konsantrasyonlarda ise apoptozisin görülmediği tespit edildi. OVCAR-3 hücre kültürlerinde ise 96. saatte en yüksek apoptotik etkisi 100 µM konsantrasyonda görülürken, 100 µM'ın üzerindeki konsantrasyonlarda giderek azalan apoptotik etkisi olduğu belirlendi. Hydroxytyrosol'ün MDAH-2774 hücre kültürlerinde pro-apoptotik moleküllerden Bad, Bax, aktif kaspaz-3, Htra2/Omi ve SMAC/DIABLO proteinleri ile yine pro-apoptototik ölüm reseptörleri olan TRAIL R1/DR4, TRAIL R2/DR5 ve FAS/TNFRSF6 moleküllerinin seviyesinde artışa, apoptozis inhibitör proteinleri (AIP) ailesinden Survivin'in miktarında ise azalmaya sebep olduğu; OVCAR-3 hücre kültürlerinde ise anti-apoptotik moleküllerden Bcl-2 ve Pro-kaspaz-3 ile AIP ailesinden CIAP-1, CIAP-2, XIAP, Livin ve Survivin'in miktarlarında azalmaya, pro-apoptotik olan sitokrom-c miktarında ise artışa sebep olduğu tespit edildi. HT'nin hücre canlılığı üzerindeki etkisinin MDAH-2774 ve OVCAR-3 hücre kültürlerinde PI3K/Akt sinyal yolağı üzerinden olmadığı, ancak ERK 1/2 sinyal yolağı üzerinden olabileceği bulundu. Bu bulgular HT'nin yumurtalık kanseri hücre hatlarında sitotoksik, apoptotik etkilerinin olduğunu ve sitotoksik etkisinin ERK 1/2 sinyal yolağı üzerinden etkisi olabileceğini göstermektedir.
Farklı makarnalık buğday genotiplerinde (Triticum turgidum ssp durum cvs.) tuz uygulamalarının fizyolojik parametrelerle araştırılması
Bu çalışmada, farklı gruplara ait (Türk, yabancı, gen bankası ve yerel) makarnalık 127 buğday genotipi tuz stresine tepkisi bakımından incelenmiştir. Çalışma kontrollü şartlarda petri denemeleri ve hidroponik denemeler olarak iki aşamalı yürütülmüştür. Petri denemelerinde 0-50-100 ve 200 mM tuz uygulaması yapılarak çimlenme ve büyüme parametreleri değerlendirilmiş; hidroponik denemelerde ise büyüme parametreleri ve mineral içerikleri analiz edilmiştir. Petri denemelerinde 100 ve 200 mM tuz konsantrasyonunun, çimlenme ve tüm büyüme parametreleri üzerinde indirgeyici etkisi saptanmış; seçili parametrelerle yapılan skor çalışmasında C9 (yabancı), Akçakale-2000 ve Vatan (Türk) genotiplerinin tolerant; Zenit (yabancı), Çeşit-1252 ve Şölen-2002 (Türk) genotiplerininin ise hassas olduğu tespit edilmiştir. Hidroponik denemelerde ise büyüme parametrelerine ait değerler, kök-sürgün K içeriği, sürgün Ca içeriği, K/Na ve Ca/Na oranları tuzlulukla birlikte azalırken; kök-sürgün Na içeriği, kök Ca içeriği ve yaprak semptom derecesi artmıştır. Bu aşamada tuzluluğa tolerant genotipler Nevigator ve Uc.1113 (yabancı) ile TR 32015 –Malatya (gen bankası) genotipleri iken, hassas genotiplerin Selçuklu-97, Eyyubi ve Mirzabey-2000 (Türk) olduğu tespit edilmiştir.
İki ve üç boyutlu glioblastoma multiforme hücre kültürlerinde (U-87 MG, T98G) kabazitaksel'in hücresel etkilerinin karşılaştırılmalı analizi
Üç boyutlu (3B) hücre kültürlerde elde edilen ilaçlara ait IC50 değerlerinin iki boyutlu (2B) kültürlere göre in vivo'ya benzerliğinin daha yüksek olduğuna dair uzlaşı vardır. Bu tez çalışmasının amacı 2B ve 3B kültürleri yapılan glioblastoma (GBM) hücre serilerinde (U-87 MG, T98G) Kabazitaksel (CTX) ilacının sitotoksik, apoptotik ve hücre döngüsü evrelerine etkisini karşılaştırılmalı olarak ortaya koymaktır. 3B (sferoid) hücre kültürlerini oluşturmak için asılı damla yöntemi kullanıldı. CTX'in 2B ve 3B kültürlerde hücre canlılığına etkisi XTT yöntemi ile ölçüldü ve buradan elde edilen verilerle sitotoksik etkisi hesaplandı. Hücre döngüsü ve apoptozis evrelemesi için Muse Hücre Analiz cihazıyla uyumlu testler kullanıldı. CTX'in hücre kültürlerine ait hesaplanan IC50 değerleri sırasıyla 1 µM (2B T98G 48 Saat), 13.98 µM (3B T98G 72 Saat), 9.825 µM (2B U-87 MG 72 Saat), 92.4 µM (3B U-87 MG 96 Saat). CTX'in hücre döngüsünü 2B kültürlerde G2/M evresinde, 3B kültürlerde ise G0/G1 evresinde durdurduğu saptanmıştır. Hücrelerde CTX aracılı erken ve geç apoptotik hücrelerin yüzdeleri 42.75 (2B T98G), 45.56 (3B T98G), 44.36 (2B U-87MG), 27.07 (3B U-87 MG) olarak belirlenmiştir. Bu tez çalışmasında CTX'in hücresel etkilerinin 2B ve 3B GBM kültürlerinde farklılaştığı ilk defa gösterildi. Bu çalışmanın bulguları ışığında yapılacak in vitro sitotoksisite çalışmalarının, verilerin in vivo'ya benzerliği açısından sadece 2B değil aynı zamanda 3B kültürler ile birlikte yapılması önerilmektedir.
Jeneralize tonik klonik nöbetli epilepsi ile SCN1A, SCN2A ve KCNQ2 genleri arasındaki ilişki
Jeneralize tonik-klonik nöbet (JTKN) tipli epilepsi idiyopatik jeneralize epilepsiler (IJE) arasında %14 civarında görülen bir hastalıktır. Yapılmış bazı in vivo çalışmalarda iyon kanal genlerinden SCN1A, SCN2A ve KCNQ2'deki polimorfizmlerin ve bu polimorfizmlerle ilgili genetik etkileşimin JTKN ile ilişki olduğu belirtilmektedir. Bu çalışmada IJE'nin alt tiplerinden, JTKN nöbet tipli epilepsi hastalarında SCN1A (R1648H), SCN2A (GAL879-881QQQ) ve KCNQ2 (V182M) genlerindeki polimorfizmler ve bu polimorfizmler arasındaki genetik etkileşimin epilepsi nöbet tipi ile ilişkisinin olup olmadığının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamıza JTKN nöbet tipi epilepsili 75 hasta ve 75 sağlıklı kişi dahil edilmiştir. Hasta ve kontrol grubundaki kişilerin kanlarından izole edilen DNA'lardan SCN1A geninin 26. eksonu, SCN2A geninin 19. eksonu, KCNQ2 geninin 9. eksonu polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltıldı. PZR ürünlerine DNA dizi analizi yapıldı. Dizi analiz sonuçları MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) programında analiz edildi. MEGA dizi analiz sonuçları istatistiksel olarak SHEsis programı ile değerlendirildi. SCN1A geninde R1648H, SCN2A geninde GAL879-881QQQ, KCNQ2 geninde V182M polimorfizmlerini ne hasta grubunda ne de kontrol grubunda taşıyan kişiye rastlanılmadı. SCN1A geninde yeni bir polimorfizm olan R1648P polimorfizmini hasta grubunda 1, kontrol grubunda 3 kişinin heterozigot olarak taşıdığı belirlendi. Ayrıca kontrol grubunda, SCN1A geninde 134272. nükleotitte A>G polimorfizmini 1 kişinin ve 134347. nükleotitte G>A polimorfizmini 1 kişinin heterozigot taşıdığı, hasta grubunda bu polimorfizmlerin olmadığı belirlendi. SCN2A geninde kontrol grubunda 105649. nükleotitte G>A polimorfizminin 1 kişide ve KCNQ2 geninde 28704. nükleotitte T>G polimorfizminin 1 kişide olduğu, hasta grubunda bu polimorfizmlerin olmadığı belirlendi. SCN1A geninde R1648H, SCN2A geninde GAL879-881QQQ, KCNQ2 geninde V182M polimorfizmlerinin ve çalışmamızda bulunmuş diğer polimorfizmlerin JTKN ile ilişkisinin olmadığı sonucuna varıldı.
Balık (Oreochromis niloticus) antioksidan sisteminin Cr+6, Ni+2, Zn+2 ve Hg+2 etkisine verdikleri tepkilerin belirlenmesinde su sertliğinin önemi
Bu çalışmada tatlısu balığı Oreochromis niloticus farklı sertlik düzeylerine (30, 60 ve 120 mg Ca2+/L) sahip sularda krom, nikel, çinko ve civanın etkilerine akut (3 gün) ve kronik (30 gün) olarak bırakıldıktan sonra, antioksidan sisteminin verdiği tepkiler incelenmiştir. Bu amaç için, metallerin subletal derişimlerine maruz kalan balıkların karaciğerlerinde antioksidan sisteme özgün enzimatik ve enzimatik olmayan biyobelirteçlerin tepkileri ölçülmüştür. Antioksidan sistem parametreleri farklı sertlik düzeylerinde hem akut, hem de kronik deneylerde anlamlı değişimler (p<0.05) göstermiştir. Her iki deney sürecinde, en fazla etkilenen enzimler glutatyon-S-transferaz (GST) ve glutatyon peroksidaz (GPx) olurken, en az etkilenen enzimler katalaz (CAT) ve süperoksit dismutaz (SOD) olmuştur. Ayrıca, farklı deneylerde enzimlerin etkilenme şekli de fark göstermiştir. CAT ve SOD aktivitelerinde anlamlı artışlar olurken, GPx ve GST aktivitelerinde anlamlı azalmalar görülmüştür. Enzimatik olmayan glutatyon (GSH) düzeyleri ise akut deneylerde azalma gösterirken, kronik deneylerde artışlar göstermiştir. Sonuçlar farklı su sertliklerinde metal etkisinde kalan balıkların antioksidan sistemlerinin verdiği tepkilerin de farklı olduğunu göstermiştir. Akut deneylerde, orta sertlik değerindeki sularda en az etki görülürken, kronik deneylerde bunun tersi olmuş olup, en fazla etki orta sertlik değerindeki sularda görülmüştür.
Halfeti ve yakın çevresinde kullanılan tıbbi ve aromatik bitkilerin araştırılması
Bu çalışmayla Şanlıurfanın Halfeti ilçesi ve çevresindeki köylerde yetişen tıbbi ve aromatik bitkiler ile, insan sağlığı açısından ve ekonomik olarak değerli, bilinen veya bilinmeyen, halk tarafından kullanılan bitkiler tesbit edilmiştir. Çalışmamızda Şanlıurfa iline bağlı Halfeti İlçesi ve ilçeye bağlı köyler olmak üzere toplam 40 yerleşim bölgesinde yerel halk ile gönüllülük usulüne göre yüz yüze anket çalışması yapılmıştır. Ankete %34 kadın ve %67 erkek olmak üzere toplam 101 kişi katılmıştır. Ankete katılanlara yörelerinde bulunan tıbbi aromatik bitki türlerini ve hangi amaçla kullanıldığı konusunda sorular sorulmuştur. Yapılan çalışmalarda 39 familyaya ait toplam 75 tür tespit edilmiştir. Bu bitkilerin çalışmamızın yöre halkının hangi amaçla kullanıldığı, bitkinin kısımları, kullanım şekli (doğrudan, tek veya karışım) ve sıklığının araştırılması yapılmıştır. Hem gıda hem de tıbbi amaçlı kullanılan bitkiler:40 tür (A. sativum, P. vera, R. coriaria vb.) Tıbbi ve yem amaçlı kullanılan bitkiler:11 tür(S. cerinthifolia, E. orientalis vb.) Sadece tıbbi amaçlı kullanılan bitkiler: 30 tür(A. arabica, A. hyalina vb.) Süs veya nazarlık olarak kullanılan bitkiler: 10 tür (O. Basilicum, R. Officinalis, P. harmala vb.), insan sağlığında doğrudan kullanımı olmayan bitkiler: 2 tür (S. Halepense vb.), en sık kullanılan bitki: T. polium olup 26 ankette,: C. insulare 11 ankette, T. terrestris ise 10 annkette kullanımı tesbit edilmiştir. Ticari amaçlı tarımı yapılan bitkiler ise P. vera, A. sativum, R. Coriaria, V. vinifera, O. europaea vb. türlerdir. Bölgede Yetişmeyip Kullanılan tıbbi amaçlı kullanılan tek tür ise: C. limon dur. Familyaların bulunma oranına göre en sık rastlanan Lamiaceae familyası olup %16 oranında 12 tür ile temsil edilmektedir. Hastalık çeşidine göre iç hastalıklarda: A. Sativum vb, KBB ve Solunum hastalıklarında: S. Libanotica vb. Bazı bitkilerin ise Halfeti yöresine özgü kullanımları olduğu (P. Vera, S. Colorata, A. Striata vb.) tesbit edilmiştir
Küresel değişime karşı türkiye çayırlarının iyileşme kapasitesi (rezilyansı) – Manisa örneklemi
Yarı-doğal çayırlar, doğal otsu vejetasyonun baskın olduğu, karbon depolama, yüksek kalitede hayvan yemi üretimi ve polinasyon gibi önemli görevlerin bulunduğu alanlardır. İnsanlık yararına önemli işlevlerin gerçekleştirilmesiyle birlikte küresel değişimin farklı etkilerine maruz kalırlar. İklim değişimi küresel değişimin en önemli unsurlarından birisidir. Küresel olarak sera gazlarının artmasından dolayı sıcaklık ve kuraklık gibi ekstrem hava olaylarının sayısı ve sıklığı artmaktadır. İklimdeki bu değişimler bitki türlerini ve dolayısıyla bitki kommunitelerini etkileyebilmektedir. Bu şekilde zarar gören kommunitelere egzotik türler giriş yaparak istilacılığa sebep olabilmektedir. İklim değişimi ve istilacılık ile birlikte arazi kullanımı küresel değişiminin bir diğer önemli yönüdür. Çayırlarda uygulanan kesme seviyelerindeki farklılıklar, biyoçeşitlilik ve primer üretim ile birlikte ekosistem süreci ve dengesi üzerinde önemli bir rol oynamaktadır. Çayırlar kuraklık gibi ekstrem hava olaylarına karşı direnç gösteremeyerek kısa dönemli etkilenmeler gibi tepkiler verebilmektedir. Bununla birlikte kuraklık gibi ekstrem hava olaylarından dolayı oluşan bozulmalara karşı eski haline dönebilmeleri için iyileşebilme kapasiteleri bulunabilmektedir. Türkiye çayırları için kuraklığa karşı gösterilen direnç ve iyileşme kapasitesinin belirlenmesine yönelik daha önce yapılan bir çalışma bulunmamaktadır. Çayırlar birçok farklı türden oluşmaktadır. Biyoçeşitlilik ve ekoloji araştırmalarında tür zenginliği en uygulanabilir ve temsil kabiliyeti yüksek ölçüm yöntemidir. Bunun yanında farklı örneklik alan teknikleri bulunmakta ve aralarındaki bu farklılıkların daha iyi anlaşılması gerekmektedir. Tez çalışmasının iki temel amacı bulunmaktadır. Birincisi, iklim değişimi (kuraklık), istilacılık ve arazi kullanımının Türkiye'de bulunan yarı-doğal çayır sistemi üzerindeki etkilerini belirlemektir. İkincisi, çayırlık alanda farklı örneklik alan tekniklerinin tür zenginliği hesaplamaları üzerindeki etkisini belirlemektir. Arazi çalışması 2013-2015 yılları arasında Celal Bayar Üniversitesi kampüsünde bulunan yarı-doğal çayır sistemi üzerinde gerçekleştirilmiştir. Kuraklık manipülasyonu plastik seralar kullanılarak birinci büyüme sezonunun (2013) 2/5 ile 3/5 arasındaki zaman diliminde uygulanmıştır. İstilacılığın belirlenmesi için Senecio inaequidens DC. and Lupinus polyphyllus Lindl. istilacı türlerinin kuraklık manipülasyonu sonrası plantasyonu yapılmıştır. Bunun yanında birbirinden farklı yirmi istilacı türün tohumları araziye ekilerek istilacılık test edilmiştir. Arazi kullanımı etkisini belirlemek için kontrol grubu ile birlikte 3 cm ve 10 cm kesme yükseklikleri kullanılarak test edilmiştir. İkinci amaç için farklı örneklik alan teknilerinin tür zenginliği hesaplamaları üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Burada örneklik alan biçimlerinin (kare, dikdörtgen (1:4) ve ince dikdörtgen (1:16)) ve örneklik alan dağılımının (altblok, blok ve tüm alan) tür zenginliği üzerindeki etkisi 2688 adet örneklik alan kullanılarak test edilmiştir. Analizler kuraklık, istilacılık ve arazi kullanımını test etmek için örtüş, tür zenginliği ve toprak üstü biyokütle verileri kullanılarak yapılmıştır. Genel olarak örtüş verileri diğer parametrelere göre daha anlamlı sonuçlar ortaya koymuştur. Tür zenginliği ve biyokütle sonuçlarına göre, kuraklık, istilacılık ve arazi kullanımı tek faktör ve birleşik faktör olarak uygulandığında fonksiyonel gruplar bazında çayır sistemini etkilememiştir. Örtüş sonuçlarına göre kuraklık tek faktör olarak legümenlerin örtüş miktarını artırmış ama diğer grubunun miktarını azaltmıştır. Bununla birlikte diğer grubundaki azalma takip eden yıl iyileşme göstermiştir. Kuraklık ve istilacılık birlikte uygulandığında graminoidlerin örtüş miktarını olumlu yönde etkilemiştir. Senecio inaequidens DC. ve Lupinus polyphyllus Lindl. istilacı türleri arazi alanında iyi bir gelişim gösterememiştir. Benzer durum tohumdan ekilen diğer yirmi farklı istilacı tür için de tespit edilmiştir. Bu türlerin çoğunluğu ekildikten sonraki ilk iki hafta boyunca çimlenme başarısı göstermiş fakat daha sonra çiçeklenme başarısı gösteremeyerek ölmüştür. Örneklik alan tekniklerinin tür zenginliği üzerindeki etkisi bakımından kare ile dikdörtgen (1:4) biçimli örneklik alanlardaki tür zenginliği birbirinden az farkla ayrılmakta ve diktörtgenin uzamasıyla (1:16) birlikte tür zenginliği anlamlı derecede artmaktadır. Buna ek olarak, örneklik alan dağılımı biçiminden daha önemli olup dağılımın gerçekleştiği alan en önemli faktördür. Sonuç olarak, kuraklık legümenler ve diğer grubu üzerinde örtüş miktarı bakımından az bir etkiye sahip olmakla birlikte bu etki kuraklıktan sonraki yıl görülmemiştir. İstilacılık ve arazi kullanımı tek ve birleşik faktör olarak örtüş, tür zenginliği ve biyokütle bakımından çayır sistemi üzerinde bir etkiye yol açmamıştır. Bundan dolayı çayır sistemi dirençli ve iyileşebilen bir yapıda olup kommunite dengesini korumaktadır.
Ovacık (Karabük) ve çevresinin flora ve etnobotanik özellikleri
Araşırma alanı Karabük ilinin Ovacık ilçesi ve çevre köyleridir. Araştırma alanında Şubat 2015 ve Şubat 2016 yıllarında gerçekleştirilen arazi çalışmaları sonucunda 283 bitki örneği toplanmıştır. Toplanan bitkilerin teşhis edilmesi sonucu 58 familyaya ait 163 cins ve 237 takson tespit edilmiştir. Alanında en fazla taksona sahip familyalar 28 (%11.81) takson ile Fabaceae, 25 (%10.55) takson ile Asteraceae ve 18 (%7.59) takson ile Lamiaceae familyalarıdır. Cins sayısı bakımından en zengin familyalar Asteraceae 17 cins, Fabaceae 15 cins, Lamiaceae 14 cins ve Rosaceae 12 cinstir. Endemik olan 15 adet tür tesit edilmiştir.Araştırma alanından toplanan bitki örneklerinin % 10'u (24 takson) İran-Turan, %12'si (29 takson) Akdeniz ve %18'i (43 takson) Avrupa-Sibirya fitocoğrafik bölgeleri elementi olup %59'u (141 takson) çok bölgeli ve bilinmeyen taksonlardan oluşmaktadır. Etnobotanik açıdan ise bölge halkının çeşitli amaçlarla kullandığı 62 adet tür tespit edilmiştir.Etnobotanik amaçla en çok kullanılan familya 8 tür ile Rosaceae familyasıdır. Daha sonra sırasıyla 5 tür ile 4 tür ile Fabaceae ve Liliaceae familyaları gelmektedir. Asteraceae 3, Corylaceae, Fagaceae, Iridaceae, Poaceae, Polygonaceae ve Primulaceae familyaları 3 tür ile temsil edilmektedir.
Malope malacoides ve Malva sylvestris (Malvaceae) türlerinin morfolojik, anatomik, palinolojik ve ekolojik yönden incelenmesi
Bu çalışma, Malvaceae familyasından Malope malacoides ve Malva sylvestris türleri üzerine yapılmış biyolojik bir araştırmadır. Çalışmada her iki tür de; morfolojik, anatomik, palinolojik ve ekolojik yönden incelenmiştir. Çalışmamızın amacı, Malope cinsinin türlerinin Türkiye'deki varlığının tespit etmek ve Malope türlerine yakın özellikler gösteren Malva sylvestris türü ile farklarını belirlemek olmuştur. Çalışmada türlere ait tohum ve polenlere ait morfolojik, mikromorfolojik fotoğraflar ve ölçümler elde edilmiş, gerekli hesaplamalar yapılarak tablolar halinde karşılaştırmalı olarak ifade edilmiştir. Ayrıca çalışmamızda türlerin yayılış alanlarındaki toprak özellikleri araştırılmış, toprak istekleri ayrıntılı bir şekilde ortaya konulmuştur. Türkiye'de Malope malacoides ve Malope anatolica olmak üzere iki türünün varlığı belirtilmektedir. Ancak bunlardan Malope anatolica türünün yayılış göstermediği görülmüştür. Morfolojik açıdan yapılan incelemeler sonucunda, türlerin farklılıkları ortaya konulmuş ve betimleri genişletilmiştir. Tohum şekillerinin, M. malacoides türünün yelpaze, M. sylvestris türünün yuvarlağa yakın böbreğimsi şekilde oldukları tespit edilmiştir. Palinolojik incelemelerle, her iki türün de polen şeklinin sferoidal, ornemantasyonlarının ekinat olduğu tespit edilmiş ve mikromorfolojik ölçüm sonuçları birbirine çok yakın bulunmuştur. Bu nedenle familyada türlerin ayırt edilmesinde polen yapılarının kullanılmaması gerektiği sonucuna varılmıştır. Anatomik incelemeler sırasında ise; M. malacoides türünün kökünden alınan enine kesitlerde öz bölgesi bulunurken, M. sylvestris türünde öz bölgesinin bulunmadığı tespit edilmiştir. Gövdeden alınan enine kesitlerde, ölçüm farkları dışında, hücresel bir farkın bulunmadığı, yapraktan alınan enine kesitlerde ise, M. malacoides türünde M. sylvestris'den farklı olarak sünger parankimasının bulunmadığı tespit edilmiştir. Ekolojik açıdan her iki türün de pH bakımından hafif alkali, tuzsuz, kireçli, killi-tın, organik maddece az-fakir toprakları tercih ettiği tespit edilmiştir.
Türkiye'nin Ege Denizi kıyılarında yayılış gösteren Laurencia complex (Rhodomelaceae; Ceramiales) üyelerinin yayılışı ve taksonomisi
Bu çalışma kapsamında kırmızı alglerden Laurencia complex grubu morfolojik, anatomik ve filogenetik ilişkileri bakımından ele alınmıştır. Akdeniz ekosisteminin biyoçeşitliliği ve tür zenginliği açısından önemli bir grup olmasına karşın, Laurencia complex gurubu bugüne kadar Ege Denizi kıyılarında ayrıntılı olarak incelenmemiş ve moleküler tayinleri yapılmamıştır. Bu bağlamda ele aldığımız Laurencia complex gurubuna ait taksonlar yaklaşık 500 km uzunluğa sahip örnekleme alanımızdan (Çanakkale, Pelitköy, Ayvalık, Çandarlı, Foça, Seferihisar, Özdere ve Didim) Haziran 2013-Ekim 2014 tarihleri arasında belirli zaman aralıklarında kıyıdan derinlere doğru maske-şnorkel kullanılarak ve scuba takımlarıyla aletli dalış yapılarak toplanmıştır. Toplanan örnekler morfolojik ve anatomik çalışmalar için sızdırmaz kapaklı kavanozlara alınarak önceden hazırlanmış %2-4 formaldehit ile fikse edilerek laboratuvara getirilmiştir. Moleküler çalışmalarda kullanılacak örnekler ise etiketli tüplere ayrılarak derhal strafor kutularda muhafaza edilen kuru buz içerisine alınarak laboratuvara getirilmiştir. Örnekler daha sonra morfolojik, anatomik ve moleküler yöntemlerle ayrıntılı olarak incelenmiş, sınıflandırılarak taksonomik kategorilerine ayrılmıştır. Çalışma sonucunda 7 Laurencia, 4 Osmundea, 3 Palisada ve 1 Chondrophycus olmak üzere toplam 15 takson tanımlanmıştır. Bunlardan Laurencia chondrioides Børgesen, L. dendroidea J.Agardh, L. intricata J.V.Lamouroux ile Osmundea maggsiana Serio, Cormaci & G.Furnari ve O. verlaquei G.Furnari Türkiye kıyıları için ilk kez bu çalışma ile tanımlanmıştır. Çalışmamızın son aşaması olan moleküler analizlerin de sonuçlandırılması ile Laurencia complex taksonlarının revizyonu gerçekleştirilmiş olup Akdeniz ekosistemi için literatürdeki bu eksiklik giderilmiştir. Sonuçta da Akdeniz, dolayısıyla da Dünya alg florasına ve biyoçeşitliliğin en önemli öğelerinden biri olan "Tür Çeşitliliği"nin belirlenmesine katkı sağlanmaya çalışılmıştır.
Manisa merkez köyleri'nde üretilen balların polen analizi
Araştırma 2015-2016 yılları arasında Manisa (merkez) köylerinden alınan toplam 10 adet bal örneğinin melissopalinolojik analizini içermektedir. Polen analizleri Von Der Ohe ve Sorkun'a göre yapılmıştır. 10 adet bal örneğinde familya ve cins düzeyinde 34 taksona ait toplam 363.050 adet polen bulunmuştur. Fabaceae, Poaceae ve Rosaceae en çok poleni görülen taksonlardır, Medicago üç Liliaceae ise iki istasyonda dominant olarak teşhis edilmiştir. Caprifoliaceae, Ericaceae, Fabaceae, Asteraceae, Apiaceae, Medicago ve Campanula sekonder olarak poleni görülen taksonlardır. Kalemli köyünden alınan bal örneği 57.212 adet ile en çok polene rastlanan örnektir. Çamköy'den alınan bal örneği ise 6.970 polenle en az polene rastlanan örnek olmuştur. İncelenen örneklerden yedi tanesinin salgı, üç tanesinin ise çiçek balı olduğu görülmüştür. Çiçek ballarının tümü multifloral kaynaklıdır.
Türkiye'nin Silene (Caryophyllaceae) cinsine ait Behenantha, lasiocalycinae, erecto-refractae ve dichotomae seksiyonlarının taksonomik yönden incelenmesi
Çalışmada Türkiye'nin Silene L. (Caryophyllaceae) cinsine ait Behenantha Otth., Lasiocalycinae Boiss., Erecto-refractae Chowdh. ve Dichotomae Chowdh. olmak üzere dört seksiyon (4'ü endemik, 16 takson) morfolojik, karyolojik ve palinolojik yöntemler kullanılarak taksonomik yönden incelenmiştir. Araştırma konusunu oluşturan Silene taksonlarına ait örnekler 2005-2015 yılları arasında Türkiye'nin değişik bölgelerinde yapılan arazi çalışmaları ile toplanmıştır. Arazi çalışmalarında S. pendula L. türüne rastlanılmamış, ancak türün tohumları doğal yaşam alanı dışından temin edildikten sonra yetiştirilmiş ve çalışılmıştır. İncelemeler, toplanan örnekler, Türkiye'deki belli başlı herbaryumlar ile yurtdışından özellikle Kew (K) ve Edinburgh (E) herbaryumlarındaki Silene örnekleri üzerine yapılmıştır. Taksonomik literatürler de dikkate alınarak çalışılan türlerin deskripsiyonları yeniden yazılmış, koruma durumları, fitocoğrafik bölgeleri ve Türkiye'deki yayılışları belirlenmiştir. Her türün genel görünüş ve çiçek kısımlarına ait fotoğraf ve çizim şekilleri yanında, tohum ve polen (SEM) mikromorfolojilerine ait fotoğraflar çalışmaya eklenmiştir. Aseto-orsein ezme yöntemi ile türlere ait somatik kromozom sayısı 2n=24 olarak tespit edilmiştir. Ayrıca arazi çalışmalarımız sırasında 10 taksonun habitatından toprak örneği alınarak analizleri yapılmıştır. Bu incelemeler sonunda, elde edilen bulgular kullanılarak, taksonların teşhis anahtarı güncellenmiştir. Çalışmamız sonucunda, Behenantha seksiyonundan S. cariensis Boiss., taksonunun iki alt türü olan; subsp. cariensis ve subsp. muglae Vural & Dönmez'nın farklı taksonlar olduğu tarafımızca da doğrulanmıştır. Yeni endemik tür olarak yayınlanan S. koycegizensis Dönmez & Vural'in Rigidulae Boiss. seksiyonundan S. echinospermoides Hub.-Mor.'in sinonimi olduğu tespit edilmiştir. Morfolojileri birbirine oldukça benzer olan taksonlardan, S. cretica L. ve S. tenuiflora Guss'nın morfolojik karekterleri, ayrıntılı polen ve tohum mikromorfolojileri ile desteklenerek ayrı türler olduğu ifade edilmiştir. Lasiocalycinae seksiyonu içinde yeni bir tür olarak yayınlanan S. sumbuliana Deniz & Düşen'nın Atocion Otth. seksiyonundan S. cryptoneura Stapf.'nın sinonimi olduğu tespit edilmiştir. Lasiocalycinae seksiyonu içinde S. squamigera Boiss.'nın, subsp. squamigera ve subsp. vesiculifera olarak iki alt türe ayrımlarının doğru olduğu tarafımızca da doğrulanmıştır. Lasiocalycinae seksiyonundan, S. trinervia Sebastiani & Mauri'nın ülkemizde yalnızca Trakya'da yayılışının olduğu ve S. gallinyi Heuffel ex Reichenb'nin sinonimi olduğu tespit edilmiştir. Dichotomae seksiyonu içinde yer alan S. euxina Rupr.'nın ayrı bir tür olduğu tarafımızca da doğrulanmıştır. Türkiye florasında Silene cinsinin eksik ya da şüpheli bulunan taksonlar kısmında verilen S. bithynica Post.'nın Erecto-refractae Chowdhuri seksiyonunda yer alan S. pendula'nın sinonimi olduğu, tespit edilmiştir.
Türkiye'nin Glaucium mill. (Papaveraceae) cinsinin revizyonu
Çalışmada Türkiye'nin Glaucium Mill. (Papaveraceae) cinsinin revizyonu yapılmıştır. Türkiye Florası'nda 4'ü endemik, 10 takson morfolojik, palinolojik, filogenetik ve ekolojik bakımdan çalışılmıştır. Taksonlar mümkün olduğunca çok fazla lokaliteden, 2011-2015 yılları arasında toplanmıştır. Çalışmada, taksonlar arasındaki farklılıkları içeren çizimler, tohum ve polenlere ait taramalı elektron mikroskobu (SEM) mikrofotoğrafları ile moleküler analizi içeren filogenetik ağaç elde edilmiştir. Palinolojik inceleme sonunda polenlerin şekli genellikle sferoidal, trikolpat, ornemantasyonu mikroekinat ve mikroperforat olarak tespit edilmiştir. Tohum özelliklerinin böbreksi, yüzeylerinin alveolat-faveolat olduğu görülmüştür. Bu çalışmaların yanında Glaucium taksonlarının yetiştiği ortamların ekolojik özelliklerinin tespiti amacıyla toprak analizleri yapılmıştır. İnceleme sonunda taksonların alkali toprakları tercih ettiği tespit edilmiştir. Türkiye Florası'nda ayrı bir tür olarak verilen G. haussknechtii türünün, G. grandiflorum türüne ait bir varyasyon olduğunu belirten çalışmalar, incelemelerimiz sonucunda doğrulanmıştır. Türkiye Florası'na yeni eklenen G. secmenii türünün betimleri genişletilmiş, mikromorfolojik, filogenetik ve ekolojik bakımdan ilk kez incelenmiştir. Dış grup olarak Papaver cinsinin seçildiği moleküler inceleme için maximum likelihood (ML) analizi yapılmıştır. Moleküler analizlerden elde edilen bulgular, morfolojik verileri desteklemiş, bu sonuçlar ışığında cins, gövde tüy durumuna göre tarafımızdan Glabrousae ve Pubescentae subseksiyonlarına ayrılmıştır. Ayrıca, filogenetik olarak desteklenen karakterler göz önüne alınarak Glaucium cinsine ait tayin anahtarı yeniden oluşturulmuştur.
Tuzluluğu artan sularda titanyum ve alüminyum nanopartikülleri etkisinde kalan balıkların (Oreochromis niloticus) ozmoregülasyon sisteminin incelenmesi
Tatlı su balıklarının ozmoregülasyon sistemi suyun tuzluluğuna oldukça duyarlıdır. Tuzluluğu artan sularda nanopartikül etkisinde kalan Nil çuprası O. niloticus'un dokularında nanopartikül birikimi ve ozmoregülasyon sistemine özgün olan iyon ATPaz'ların (Na,K-ATPaz, Mg-ATPaz, Ca-ATPaz) tepkileri hakkında yeterli veri bulunmamaktadır. Bu çalışmada, farklı tuzluluk (0 ve 10 ppt) derişimlerinde Al2O3 ve TiO2 nanopartiküllerinin farklı derişimleri (1 ve 10 mg/L) etkisinde akut (2 gün) ve kronik (20 gün) olarak maruz kalan balıkların kas ve solungaç dokularında alüminyum ve titanyum birikimleri ile solungaç ve bağırsak dokularında ATPaz'ların tepkileri incelenmiştir. Veriler nanopartiküllerin yüksek ve düşük tuz derişimlerinde dokularda birikmekle beraber (p<0.05), en yüksek birikimin solungaç dokusunda olduğunu göstermiştir. Tuzluluk artışı akut süreçlerde nanopartikül birikimini arttırırken, kronik süreçlerde azaltmıştır (p<0.05). Bağırsakta ATPaz aktivitelerinde hiçbir koşul altında anlamlı bir değişim görülmezken (p>0.05), solungaçta ATP aktivitelerinde anlamlı değişimler görülmüştür (p<0.05). Solungaç dokusunda, yüksek tuzluluk derişiminde kontrol balıklarının ATPaz aktivitelerinde anlamlı (p<0.05) azalmalar olmuştur. Benzer şekilde, tuz+nanopartikül etkisinde kalan balıklarda ATPaz aktiviteleri tuz kontrolü aktivitesine göre daha düşük bulunmuştur (p<0.05). Diğer yandan, tuz+nanopartikül etkisinde kalan balıklarda ATPaz aktiviteleri tek başına nanopartikül etkisinde kalan balıklardaki aktivitelere göre daha düşük (p<0.05) olmuştur. Anahtar Kelimeler: Tatlısu balığı, Nanopartikül, Tuzluluk, ATPaz, Ozmoregülasyon
Scutellaria albida L. türünün Türkiye'de yayılışı bulunan taksonları üzerine anatomik bir çalışma
Bu çalışmada, Scutellaria albida L. (Lamiaceae) cinsinin Türkiye'de yayılışı bulunan taksonlarının (S. albida subsp. albida, S. albida subsp. velenovskyi, S. albida subsp. colchica, ve S. albida subsp. condensata) tüy yapıları, kök, gövde, petiol ve yaprak anatomisi özellikleri ve stoma indeksi karakterleri sunulmaktadır. Buradaki amacımız çalışılan taksonlar için bu karakterlerin sistematik amaçlı kullanılabilirliklerini göstermektir. Taksonların anatomik karakterleri birbirleri ile karşılaştırılarak, bu karakterlerin tür altı taksonlarında varyasyonları belirlenmiştir. Ayrıca Scutelaria cinsinin diğer üyeleri ve Scutellaria'ya sistematik açıdan yakın cinsler üzerinde yapılmış anatomik çalışmalar da incelenerek çalışma konumuzu oluşturan Scutellaria albida taksonları ile benzer veya farklı anatomik özellikleri karşılaştırmalı olarak verilmiştir. Scutellaria albida taksonlarının salgı tüyleri tiplerine göre sınıflandırılmıştır. Çalışılan taksonlar hem kapitat hem de peltat salgı tüylerini bulundurmaktadır. Ancak bu tüylerin yapıları, bulundukları organlar ve bulunma sıklıkları taksonlar arasında farklılıklar göstermektedir. Çalışılan taksonların enine kesitlerinde kök tipik stele yapısına sahiptir. Fakat ksilemin trakelerinin sıralanışı, öz ışını sayısı, sklerankimatik hücrelerin yeri ve floem tabakasının kalınlığı bakımından farklılıklar gözlenmiştir. S. albida taxonlarının gövde enine kesitleri, göze çarpan çıkıntılı köşeleri ve belirgin endodermisleri ile dörtköşeli görünürler, köşelerinde kollenkima hücreleri bulundururlar, kollateral iletim demetlerine sahiptirler, parankimatik öz bölgeleri bulunmaktadır ve 1-2 sıradan oluşan epidermislerinin üstü kalın bir kutikula tabakası ile kaplıdır. Ayrıca köşelerdeki kollenkima tabakasının kalınlığı, floem ve ksilem tabakalarının genişliği gibi karakterlerinde de taksonlar arasında farklılıklar tespit edilmiştir. Petiol anatomik yapıları karşılaştırıldığında ise petiolün şekli, kutikula yapısı, iletim demeti sayıları ve şekilleri ve kollenkima dokusunun yeri gibi karakterlerinde farklılıklar gözlenmiştir. Yaprak anatomik yapısında ise; kutikula yapısı, mezofil yapısı ve stoma indeksi gibi karakterler açısından farklılıklar tesbit edilmiştir.
NO inhibisyonunun gelişen piliç embriyosu karaciğer dokusu üzerine etkisinin histolojik, histokimyasal ve immünohistokimyasal açıdan incelenmesi
Karaciğer gelişimi, 4. günde (HH evre 24) karaciğer tomurcuğunun oluşumu ile başlar hızlı bir gelişim dönemi geçirerek 7. gününde (HH evre 29) ikinci lobun ventralinde, üçüncü lobun oluşumu ile tamamlanır. 8. günden itibaren büyüme evresi ile kısmen gelişimine devam eder. Nitrik oksit (NO), mikroorganizmalara karşı savunma dahil olmak üzere önemli fizyolojik rolleri olan, başta epiteliyal hücreler olmak üzere pek çok hücre tarafından salınan inorganik serbest bir radikaldir. L-Nitro-Arjinin-Metil-Ester (L-NAME), NOS substratı bir ajan olarak görev yapabilen, endotelyal NO ve indüklenebilir NO sentezinin her ikisini de inhibe etmek için kullanılan (in vivo ve in vitro) non-selektif bir inhibitördür. Çalışmamızın amacı, piliç embriyosu karaciğer gelişimi üzerine anlık nitrik oksit sentezinin durdurulması veya azaltılmasına bağlı gerçekleşebilecek yapısal değişikliklerin belirlenmesidir. Çalışmamızda, Leghorn cinsi embriyolu tavuk yumurtaları kullanıldı. Yumurtalar (sham ve uygulama grubu) 37 ± 0.5C ve % 60 ± 0.5 nem içeren ortamda inkübe edildi. Uygulama grubu embriyolara, L- NAME (SCBT- sc-200333A) iki farklı dozda (15-30 mg/ kg) 4, 5, 6, ve 7. günlerde yumurta besin maddesine enjekte edildi. Uygulamadan 24 saat sonra embriyolar fikse edilerek karaciğer dokularına rutin histolojik yöntemler uygulandı. Hazırlanan preparatlar histopatolojik ve immunohistokimyasal olarak değerlendirilip elde edilen bulgular fotoğraflandı. Karaciğer dokusunda histolojik olarak; mitotik hücrelerde artış, hepatositlerin kordon oluşturma yeteneğinde bozukluklar, sinüzoidlerde genişleme, endotel hücre kayıpları, sinüzoidlerde yığılma gösteren eritrosit kümeleri ve nekrotik alanlar gözlendi. Sham grubu eNOS, iNOS immunoreaktivitesinin gelişmekte olan karaciğer dokusunda epitel-mezenşim etkileşmesinin gerçekleştiği periferal bölgede var olduğu, immunoreaktivitenin 5. günde az, gelişim ilerledikçe arttığı ve 7. günde en yüksek düzeyde olduğu belirlendi. Ayrıca, eNOS boyanmasının iNOS boyanmasına göre daha güçlü olduğu izlendi. L-NAME uygulamasına bağlı olarak tüm gruplarda eNOS, iNOS immunoreaktivitesi belirgin şekilde azaldı. 6 günlük 15 mg/kg uygulanmış grupta eNOS' un iNOS' a göre fazla olduğu, diğer uygulama günlerinde ise iNOS' un fazla olduğu belirlendi. Embriyonik gelişim sürecinde NO varlığının olumlu etkisinin olduğu, NO inhibe eden ajanların varlığında, azalan NO' in karaciğerde histopatolojik değişikliklere neden olduğu belirlendi. Bu durumun, embriyonik gelişimde yaşam süresini ve kalitesini olumsuz etkileyebileceği düşünüldü.
Meme kanseri ve kök hücre kültürlerinde Thioridazine'in etkilerinin araştırılması
Çalışmanın amacı, meme kanseri (MDA-MB-231, MCF-7) ve meme kanseri kök hücre kültürlerinde (CD44+/CD24-) antipsikotik Thioridazine'in (THZ) sitotoksik etkisini araştırmak ve bunun hangi ölüm çeşiti aracılığıyla gerçekleştiğini belirlemektir. İkinci amacı ise; THZ'nin epitelyal-mezenkimal geçişte rolünün olup olmadığını ortaya çıkarmaktır. THZ (1-30 μM, 24 saat) ile muamele edilen hücrelerin canlılık yüzdeleri XTT testi ile ölçüldü. IC50 değerleri Calcusyn 2.1 programında hesaplandı. THZ'nin, hücreye alınma yolunun doğrulanmasında, dopamin aktivatör transportlara spesifik bir inhibitör olan Threo-methylphenidate hydrochloride (TMH) kullanıldı. Apoptozis, ELISA kit ve Annexin V/7-AAD; otofaji ise LC-3 I/II ve Beclin-1 protein ifade düzeylerinin western blot yöntemiyle ölçülmesiyle araştırıldı. Otofajik vakuollerin floresan mikroskobunda gösterilmesinde Monodansylcadaverine boyası kullanıldı. Epitelyal-mezenkimal geçişteki etkileri ise, migrasyon, invazyon ve Western blot yöntemleri ile araştırıldı. THZ'nin IC50 değerleri 9±1.2 µM (MDA-MB-231, 24. saat), 16.4±1.8 µM (MCF-7, 24. saat), ve 18.1±2.3 µM (CD44+/CD24-, 24. saat) olarak bulundu. DR2'nin bazal ifade düzeyleri [(MDA-MB-231, 111.6±2 ng/mL), (MCF-7, 86.5±1.4 ng/mL), (CD44+/CD24-, 52±2.3 ng/mL)] ile IC50 değerleri arasında anlamlı bir ilişkinin olduğu saptandı. TMH ile inhibe edilen hücre hatlarına, THZ uygulandığında sitotoksik etkinin azaldığı gözlendi (p<0.05). THZ aracılı apoptozis yüzdeleri MDA-MB-231 için %10.8, MCF-7 için %30 ve CD44+/CD24- için %46.8 olarak bulundu. MCF-7 ve CD44+/CD24- hücrelerinde apoptozis saptanırken, MDA-MB-231 hücrelerinde otofaji saptandı. THZ'nin IC50 konsantrasyonlarına ait invazyon potansiyeli MCF-7, CD44+/CD24- ve MDA-MB-231 hücre kültürlerinde sırasıyla, %29, %24, %16.5 olarak belirlendi. Migrasyon potansiyeli MCF-7, CD44+/CD24- ve MDA-MB-231 hücre kültürlerinde sırasıyla, %28.5, %63.2, %61 olarak belirlendi. Her üç hücre kültürü arasında MDA-MB-231 hücrelerinin diğerlerine göre daha yüksek oranda invazyon ve migrasyon kapasitesine sahip olduğu gösterildi. THZ E-kaderin, Sitokeratin-18, β-Catenin proteinlerinin ifade düzeyini arttırırken, N-kaderin, Vimentin, Fibronektin proteinlerinin ifade düzeyini azalttı. Immunositokimya yöntemi ile de doğrulandığında, E-kaderin proteini artış gösterirken, Vimentin proteininin ifade düzeyinde yine azalma gözlendi. Bu çalışmada meme kanseri ve kanser kök hücrelerinde THZ'nin sitotoksik etkisinin iki farklı ölüm çeşidi ile gerçekleştiği ortaya çıkarıldı. THZ'nin epitelyal-mezenkimal geçişi baskıladığı bağımsız yöntemlerle test edilerek gösterildi. Sonuç olarak, in vitro hücre kültürlerinde THZ'nin sitotoksik ve anti-metastatik özellikleri ile meme kanseri tedavisinde potansiyel bir ajan olabileceği gösterildi.
Hydroxychloroquine sulfate bileşiğinin in vitro sitogenotoksik etkileri
Bu çalışma hem antimalaryal, hem de immünmodülatör etkiye sahip 4-amino kinolin grubu Hydroxychloroquine Sulfate (HCQ) bileşiğinin sitogenotoksik etkilerini araştırmak amacıyla yapılmıştır. Çalışmalar sağlıklı insan lenfositleri ve bakteri suşlarıyla in vitro koşullarda gerçekleştirilmiştir. Ames reversiyon testi için, Salmonella typhimurium mutant oksotrofik TA98 ve TA100 suşları HCQ'nun 5, 10, 20, 40 ve 80 µg/petri konsantrasyonlarına 72 saat süreyle maruz bırakılmıştır. Burada HCQ, TA98 suşunda mutajenik etki göstermemiş, TA100 suşunda ise koloni sayısında azalmaya neden olmuştur. Lenfositlerde yapılan komet testi verilerine göre test maddesi, Genetik Hasar Indeksi (GHI) ve Hasarlı Hücre Oranı (HHO) üzerine anlamlı bir etkiye sahip değildir. DNA hasarlayıcı-koruyucu aktivite testi bulgularına göre 20 ve 40 μg/mL dozlarda HCQ, pBR322 plazmid DNA üzerinde tek başına önemli bir hasarlayıcı etki göstermemiş, aksine UV+ H2O2 etkisine karşı olası bir koruyucu (antiradikal) potansiyelle ilgili işaretler sergilemiştir. Mikronukleus (MN) testinde HCQ bütün konsantrasyonlarda (10, 20 veya 40 µg/mL) lenfositlerde herhangi bir genotoksisite göstermemişken, özellikle yüksek dozlarda anlamlı sitotoksik etki göstermiştir. MN deneyinde ilk santrifüjden sonra alınan hücre kültürü süpernatantında spektrofotometrik olarak 590 nm dalga boyunda ölçülen Total Oksidan Kapasite (TOK) ve Total Antioksidan Yanıtı (TAY) (660 nm) üzerinden hesaplanan Oksidatif Stres Indeksinin (OSI) özellikle yüksek HCQ konsantrasyonlarında anlamlı olarak azaldığı saptanmıştır. In silico moleküler kenetlenme simülasyon verilerine göre HCQ ile DNA polimeraz delta, güçlü olmayan bir serbest bağlanma (Gibbs enerjisi = -5.6 kcal/mol) enerjisiyle etkileşime girmektedir. Genel bir sonuç olarak bu çalışmada HCQ belirgin bir genotoksik etki göstermemiştir ancak sitotoksik etkisi dikkat çekicidir. Bu bulgu, farklı hastalıkların tedavisinde paradigma değişimi vadetmektedir.