Theses supervised by Prof. Dr. Özcan Özkan
13 theses · Çankırı Karatekin Üniversitesi
Sulak alanlarda, kuşları enfekte eden schistosomatidae ailesindeki parazit türlerinin dışkı, su ve yumuşakça numuneleri kullanılarak araştırılması
Kuş şistozomları tanımlanmış 18 cins içerisinde 100 den fazla türe sahip olarak Schistosomatidae ailesindeki parazit türlerinin büyük bir bölümünü oluşturmaktadır. Son konak olarak kuşları, ara konak olarak ise su yumuşakçalarını kullanan kuş şistozomlarının serkerleri insanlar için patojendir. Tesadüfi olarak insan derisine penetre olan serkerler "Serkaryal Dermatit" adı verilen kaşıntılı deri problemlerine yol açarlar. Memeliler üzerinde yapılan çalışmalarda bazı memeli türlerinde kuş şistozom türlerinin deriyi geçerek göç edebildiği ve konakta felç ve solunum problemleri gibi ciddi birtakım patolojilere neden olabildiği görülmüştür. Bu yüzden araştırmacılar kuş şistozom türlerinin insanlarda da bazı özel durumlarda göç etmesinin mümkün olabileceğini, dolayısıyla bu parazitlerin basit birer dermatit salgınından çok daha tehlikeli sağlık problemlerine yol açabileceğini düşünmektedir. Yapılan bu proje ile Türkiye'de ilk defa kuş şistozom türleri araştırılmıştır. Araştırma Ankara, Samsun, Sinop ve Zonguldak illerinde belirlenen 8 farklı noktada yürütülmüştür. Sulak alanlardan toplanan 120 litre su numunesi ve 1533 adet yumuşakça numunesiyle ağırlıklı olarak ötücü kuşlardan toplanan 496 dışkı numunesi çalışmanın materyalini oluşturmuştur. Kuşlardan toplanan dışkı numunelerinin mikroskobik incelemesi sırasında 1 boz ötleğenden (Slvia borin) elde edilen parazit yumurtasının Anserobilharzia brantae, 1 kır kırlangıcından (Hirundo rustica) elde edilen parazit yumurtasının Trichobilharzia sp., 1 çizgili ötleğen (Curruca nisoria) ve 1 akgerdanlı ötleğenden (Curruca communis) elde edilen parazit yumurtalarının ise Gigantobilharzia sp. olarak tanımlaması yapılmıştır. Şimdiye kadar yapılan çalışmaların sonuçları tarandığında boz ötleğen, çizgili ötleğen, akgerdanlı ötleğen ve kır kırlangıcında ilk defa kuş şistozom türleri tespit edilmiştir.
Kastamonu Belediyesi Hayvan Bakımevindeki köpeklerde Leishmaniasisin tespiti
Bu çalışma, Kastamonu Belediyesi Sahipsiz Hayvan Geçici Bakımevindeki köpeklerde leishmania parazitinin olup olmadığını tespit etmek, varsa enfekte köpeklerin özellikleri ile bazı bağımlı değişkenlerin ilgisinin olup olmadığını belirlemeyi amaçlamaktadır. Araştırmanın evrenini Kastamonu Belediyesi Sahipsiz Hayvan Geçici Bakımevine rutin klinik kontrol, teşhis ve tedavi amacıyla getirilen köpekler oluşturmaktadır. Ancak tüm köpeklerden örnek almak mümkün olmadığından 2022 yılının son 6 ayı içerisinde bakımevine getirilen köpeklerin 200'ü örneklem olarak seçilmiştir. Seçilen örneklemden alınan kan numuneleri kullanılmıştır. Kan sıvısı mikroskobik muayenesi ve hızlı tanı kiti verileri ile elde edilen diğer gözlem verileri nicel araştırma yöntemleri kullanılarak analiz edilmiştir. Analiz sonucunda, 200 örneğin 9'unda leishmaniasis varlığı tespit edilmiştir. İstatistiksel analizler ile elde edilen sonuçlardan bazıları ise şunlardır: Sahil ilçelerinden kara ilçelerine doğru gidildikçe köpeklerdeki mikroskobik bulguların azaldığı görülmüştür. Köpeklerde yaş arttıkça deri sağlığı bozulmaktadır. Lenf yumrularındaki anormalliklerle cinsiyet arasında zayıf ve anlamlı bir ilişkili vardır. Yaz aylarından kış aylarına gidildikçe köpeklerde deri sağlığının bozulduğu görülmüştür. Köpeklerin cinsiyetinin lenf yumruları üzerinde anlamlı düzeyde etkisi vardır. Yaşın deri sağlığı üzerinde etkisi bulunmaktadır. Köpeklerin geldiği ilçenin deri sağlığı ve mikroskobik inceleme sonucu koyulan tanının pozitif olması üzerinde etkisi olduğu söylenebilir. Tüy renginin deri sağlığına olumsuz ve leishmaniasis testine pozitif etkisi olabileceği söylenebilir. Kış aylarının deri problemlerini arttırıcı etkisi olduğu söylenebilir.
Iraklı hasta örneklerinde çölyak hastalığına yönelik moleküler ve immünolojik çalışma
Bu çalışmanın amacı, belirli immünolojik belirteçlerin (IL15, IL21 ve TNFα) ekspresyon seviyelerini, serum otoantikorlarını incelemek ve ÇH'li hastalarda HLA tiplemesindeki haplotip değişikliklerini tespit etmenin yanı sıra MYO9B'nin SNP rs2305767'sini belirlemektir. Bu amaçla Kasım 2022 ile Şubat 2023 tarihleri arasında Bağdat Eğitim Hastanesi, Pediatri Eğitim Hastanesi ve Sindirim Hastanesi Danışma Kliniğinde bakım gören elli hasta ile toplam kırk kontrol çalışmaya dahil edilmiştir. Vaka çalışması grubundaki katılımcıların yaşları 1 ile 60 arasında değişmekte olup ortalama yaş 19,9±15,4'tür. Karşılaştırma yapıldığında kontrol grubunun yaş ortalaması 21,8±16,1 yıldır. ÇH hastalarında, IL-15, IL-21 ve TNF-a'nın serum seviyeleri kontrollerle karşılaştırıldığında anlamlı derecede yüksektir. Benzer şekilde, sağlıklı kontrollerle karşılaştırıldığında ÇH hastalarında serum tTG, EMA ve gliadin seviyeleri artmıştır. ÇH hastalarında hemoglobin ve WBC hematolojik özellikleri kontrol grubuna göre oldukça yüksektir. PLT, ÇH hastalarında daha yüksektir ancak anlamlı bir değeri yoktur. Genetik test, hastaların çoğunluğunun (%76,0) HLA-DQ2 homozigot ve HLADQ8 (%20,0) olduğunu, HLADQ2,8'in (%14,0) olduğunu ortaya çıkarmıştır. HLADQ2 için kodlanan alellerin çoğunluğu, kontrollerle karşılaştırıldığında ÇH hastalarında anlamlıdır. DQA1*03, DQB1*0302 ve DRB1*04 alellerini içeren HLA-haplotip DO8, aleller (DQA1*03 ve DRB1*04) anlamlı bir fark gösterirken ve DQB1*0302, sonuç anlamlı değildir. ÇH hastalarında serolojik testler ile interlökin düzeyleri arasında anlamlı bir korelasyon vardır. Anti-gliadin IgA ile HLADQ2 arasında anlamlı bir ilişki bulunmamakla birlikte, 0,096'lık p değerine güvenilmektedir. Sonuçlar, HLADQ2'nin anti-EMA ve tTG'nin her biri ile ilişkisini sunar; bu, p değerlerine göre parametreler arasında anlamlı bir ilişki olduğunu gösterir. Verilerin dağılımı, HLADQ2 değişkeni ile IL-15 ve TNF-α'nın pozitif ve negatif ortalama ± SE'sinde anlamlı bir fark olduğunu ortaya koymaktadır.
Yanık hastalarından izole edilen Klebsiella pneumoniae'de karbapenem direnci ve gsbl genlerinin tespitinde tanı aracı olarak multiplex yüksek çözünürlüklü erime analizi
Klebsiella pneumoniae, yanık iltihabı hastaları arasında önemli patojenlerden biridir ve tedavi için kullanılan çoğu antibiyotiğe, özellikle de karbapenemler ve sefalosporin antibiyotiklerine yüksek direnç göstermektedir. Bu çalışmada, 2022 yılının Kasım ayı başı ile 2023 yılının Kasım ayı sonu arasında Tikrit hastanelerinden yanık iltihabı hastalarından 150 pamuklu çubuk örneği toplanmıştır. Tüm örnekler, steril bir halka ile MacConkey agar üzerine inoküle edilmiş ve CHROMagar Orientation ortamında kültürlenmiştir. İzolatların kimliklerini doğrulamak için VITEK2 sistemi kullanılmıştır. Toplamda 80 K. pneumoniae izolatı elde edilmiştir, bunların %30'u kadınlardan alınmıştır. İzolatların prevalansı kadınlarda (%66,6) erkeklere (%33,4) göre daha yüksek bulunmuştur. Tüm izolatlar için antimikrobiyal duyarlılık testleri VITEK2 sistemi yöntemiyle yapılmıştır. İzolatlar çok ilaç dirençliydi. Bu sonuçlar, bazı izolatların çoklu ilaç dirençli (MDR) olduğunu ve Klebsiella pneumoniae'nin duyarlılık oranlarının kolistin ve tigeciklin için %100, rifampisin için %91, meropenem için %90, imipenem için %88, ertapenem için %87, amikasin için %85, siprofloksasin için %83, sefepim için %82, seftriazon için %80, gentamisin için %78, amoksisilin-klavulanat için %77, seftazidim için %59, sefotaksim için %54 ve sefiksim için %50 olduğunu göstermiştir. Bu çalışma, Klebsiella pneumoniae izolatlarında ESBL ve karbapenemaz genlerini içeren altı beta-laktamaz geninin yanı sıra evrimsel kontrol geni 16S rRNA'nın hızlı ve doğru bir şekilde tespit edilmesi için yüksek çözünürlüklü erime (HRM) analizi ile çoklu RT-PCR geliştirmeyi amaçlamıştır. Beacon Designer yazılımı kullanılarak altı çift primer ve RT-PCR koşulları tasarlanmıştır. Genlerin kimliği, çoklu RT-PCR ile erime eğrileri ve sıcaklıkları analiz edilerek, özel bir HRM reaktifi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Bu, ana karbapenemaz ve ESBL genlerini tespit eden ilk testtir ve altı önemli direnç işaretleyicisinin eşzamanlı tespitine olanak tanımaktadır: üç ESBL geni (TEM, CTX-M ve SHV), üç karbapenemaz geni (bla-KPC, bla-OXA-48 ve bla-NDM), ayrıca iç kontrol olarak 16S rRNA geni. Bla-OXA-48, bla-NDM, bla-KPC, 16S rRNA, SHV, CTX-M ve TEM için optimal erime zirveleri sırasıyla 94,1°C, 92,1°C, 92,6°C, 87,8°C, 83,7°C, 83,4°C ve 82,1°C idi ve bu işlem 2 saat süren bir koşulda gerçekleştirilmiştir. Tüm 15 örnekte ESBL varlığı gözlemlenmiş olup, bu da şv, ctx ve tem genlerinden birinin veya daha fazlasının varlığını göstermektedir. ESBL üretimi, Klebsiella pneumoniae'de yaygın bir antibiyotik direnci mekanizması olup, bakterilerin β-laktam antibiyotikleri hidrolize ederek inaktive etmesine olanak tanır. Karbapenem dirençli genler açısından, bu 15 örnekten beşi OXA-48, KPC ve NDM dahil olmak üzere karbapenem dirençli genleri içermektedir. Karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae, sınırlı tedavi seçenekleri ve bu suşlar tarafından neden olunan enfeksiyonlarla ilişkili yüksek mortalite oranları nedeniyle önemli bir klinik zorluk oluşturur. Bu genlerin örneklerdeki görülme sıklığı şu şekildedir: üç izolat (%20) OXA-48 genini, iki izolat (%13) KPC genini ve iki izolat (%13) NDM genini içermektedir. OXA-48 geni, incelenen toplam izolatların %20'sinde bulunmuştur. OXA-48, geniş spektrumlu antibiyotikler sınıfına ait olan karbapenemlere direnç kazandıran bir sınıf D karbapenemazıdır. OXA-48 tespitinin nispeten yüksek sıklığı (%20), bu genin çalışılan popülasyonda veya örnek setinde oldukça yaygın olduğunu düşündürmektedir.
İnflamatuar aterosklerozlu kardiyovasküler hastalarda 8-hidroksi-2-deoksiguanozin, büyüme diferansiyel faktörü-15 ve yüksek duyarlı c-reaktif proteinin tahmin rolü
Reaktif oksijen türleri, hem normal fizyolojik süreçlerde hem de kardiyovasküler bozukluklar gibi çeşitli hastalıkların gelişiminde önemli rol oynar. Normal fizyolojik koşullarda, antioksidan sistem reaktif oksijen türlerini etkili bir şekilde nötralize eder. Bununla birlikte, reaktif oksijen türlerinin miktarı çok artarsa, proteinlerde, lipitlerde ve DNA'da oksidatif hasara yol açabilir. DNA'daki diğer nükleobazlara kıyasla yüksek oksidatif hassasiyete sahip guanozin türevi olan 8-hidroksi-2-deoksiguanozin, oksidatif DNA hasarı için en sık araştırılan biyobelirteçlerden biridir. İlerlemiş aterosklerotik plakları olan bireylerde aort kesitlerinde yüksek 8-hidroksi-2-deoksiguanozin konsantrasyonları tespit edilmiştir. Ayrıca bu durum, ateroskleroz gelişiminde rol oynayan kan damarlarının sayısı ile doğrudan ilişkilidir. Büyüme-farklılaşma faktörü-15, kardiyovasküler hastalık gelişimi ve hücresel oksidatif stres, iskemi ve ateroskleroz dahil olmak üzere altta yatan mekanizmalarla ilişkilidir. Bu faktörün patojenik süreçteki kesin rolü ve olası hücresel savunma işlevi henüz tam olarak aydınlatılamamıştır. Ayrıca, lökosit integrin aktivasyonunu bozarak ve böylece lökositlerin tutulmasını ve göçünü engelleyerek inflamatuar hücrelerin askere alınmasını kısıtlamada hayati bir etkiye sahiptir. GDF-15'in enerji metabolizmasını düzenlediği, iştahı bastırdığı ve bağışıklık tepkilerini etkilediği, akut streste sıklıkla anti-inflamatuar veya doku koruyucu etkiler gösterdiği, ancak kronik durumlarda hastalık ilerlemesine potansiyel olarak katkıda bulunduğu bilinmektedir. Nedensel rollerini reaktif sinyallemesinden tamamen ayırmak için daha fazla araştırma gereklidir. Yüksek hassasiyetli C-reaktif protein vücudun doğal immünolojik tepkisinde rol oynar. Spesifik bir hastalığa özgü olmayan genel bir inflamatuar belirteçtir ve kardiyovasküler hastalık araştırmalarında kapsamlı şekilde incelenmiştir. Doğrudan aterotromboz gelişimini kolaylaştırır. Yüksek hassasiyetli C-reaktif protein, vücuttaki düşük C-reaktif protein düzeylerini tespit edebilen bir testtir. Bu test, hastaları Yüksek hassasiyetli C-reaktif protein düzeylerine göre düşük, orta ve yüksek risk kategorilerine ayırmaya yardımcı olur. Bu nedenle, orta derecede yüksek riskli olarak sınıflandırılan kişiler yoğun tedaviden fayda sağlayabilir. Bu karşılaştırmalı çalışmaya, Bağdat'taki çeşitli hastanelerin acil ve kardiyoloji servislerinden ateroskleroz hastalığı tanısı konmuş 90 kişi ile sağlıklı kontrol grubu adı altında herhangi bir hastalıktan muzdarip olmayan ve sağlık durumu iyi görünen 90 katılımcı da dahil edilerek toplamda 180 katılımcıya ulaşılmıştır. Çalışmaya ayrıca. 8-hidroksi-2-deoksiguanozin, Büyüme- farklılaşma faktörü-15 ve Yüksek hassasiyetli C-reaktif protein ELISA tekniği kullanılarak değerlendirilirken, lipid profilleri biyokimyasal spektrofotometre cihazları kullanılarak tahmin edilmiştir. Mevcut çalışma sırasında, tüm çalışma popülasyonları yaşlıydı (sağlıklı kontrol grubu için ortalama 60±6,38 yıl ve hasta grubu için 60,7±6,19 yıl (p-değeri 0,465)). Hastalarda ortalama 8-hidroksi-2-deoksiguanozin değeri (42,3±9,54 ng/mL) sağlıklı popülasyondan (26,1±5,74 ng/mL) daha yüksekti. Buna ek olarak, büyüme diferansiyel faktörü-15 hasta popülasyonunda sağlıklı popülasyona (666±130 pg/mL) kıyasla önemli ölçüde yükselmiştir (1206±238 pg/mL). Ayrıca, yüksek duyarlı C-reaktif protein serum düzeyleri hasta popülasyonunda (1,68±0,174 µg/mL) sağlıklı popülasyona (0,815±0,116 µg/mL) kıyasla daha yüksekti. Bu bulgular, istatistiksel olarak anlamlı farklılık göstermektedir (p<0,01). Lipid profillerine bakıldığında, total kolesterol, trigliserid, düşük yoğunluklu lipoprotein ve çok düşük yoğunluklu lipoprotein konsantrasyonları hastalarda (sırasıyla 200±18,7, 194±23,5, 127±20,8 ve 38,9±4,7 mg/dL) sağlıklı kontrol grubuna (sırasıyla 169±15,7, 88,3±20,7, 109±18,1 ve 17,7±4,15 mg/dL) göre daha yüksekti. Ayrıca, her iki çalışma popülasyonu grubu arasında (p-değeri <0,01) temelinde yüksek bir istatistiksel fark bulunmuştur. Buna karşılık, hasta popülasyonu sağlıklı popülasyondan (42,7±5,85 mg/dL) daha düşük Yüksek yoğunluklu lipoprotein serum düzeyleri (33,8±5,72 mg/dL) göstermekte olup, bu da önemli bir istatistiksel farklılığa işaret etmektedir (p-değeri <0,01). Korelasyon bulgularına göre, bu çalışma 8-hidroksi-2-deoksiguanozin ile büyüme diferansiyel faktörü-15 (r=0,424) ve total kolesterol (r=0,456) ve düşük yoğunluklu lipoprotein (r=0,409) arasında pozitif bir korelasyon olduğunu göstermektedir. Ayrıca, büyüme diferansiyel faktörü-15, toplam kolesterol (r=0,468) ve düşük yoğunluklu lipoprotein (r=0,425) ile pozitif korelasyon göstermektedir. Total kolesterol ile düşük yoğunluklu lipoprotein arasında pozitif bir korelasyon bulunmuştur (r=0,930). Beklenmedik şekilde, trigliserit düzeyleri ile düşük yoğunluklu lipoprotein arasında negatif bir korelasyon gösterirken (r= -0,361), çok düşük yoğunluklu lipoprotein ile güçlü bir pozitif korelasyon (r=1) ve düşük yoğunluklu lipoprotein ile çok düşük yoğunluklu lipoprotein arasında negatif bir korelasyon (r=-0,301) tespit edilmiştir. Ayrıca, yüksek yoğunluklu lipoprotein ile düşük yoğunluklu lipoprotein arasında negatif bir korelasyon tespit edilmiştir (r=-0,310). Sonuç olarak, bu çalışmada 8-hidroksi-2-deoksiguanozin, büyüme diferansiyel faktörü-15 ve yüksek hassasiyetli C-reaktif proteinin yaşlı hastalarda aterosklerozun başlaması ve ilerlemesinde önemli olduğu bulunmuştur. Ayrıca, 8-hidroksi-2- deoksiguanozin ve büyüme diferansiyel faktörü-15, dislipidemi ile karmaşıklık ilişkileri ile ilişkilendirilmiştir
Düşük yapmış gebe kadınlarda tiroid bozukluklarına bağlı otoimmün reaksiyonların ve HLA DR3 gen ifadesi ilişkisinin incelenmesi
Bu doktora tezi, düşük yapmış gebe kadınlarda tiroid bozukluklarına bağlı gelişen otoimmün reaksiyonların ve HLA DR3 gen ifadesi arasındaki ilişkinin belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Çalışma, 2024–2025 yılları arasında, gebeliğin ilk üç ayında düşük yapmış 130 kadın ve 20 sağlıklı gebe kadından oluşan kontrol grubuyla gerçekleştirilmiştir. Klinik değerlendirmelerde hipotiroidizm, subklinik hipotiroidizm, hipertiroidizm ve subklinik hipertiroidizm grupları karşılaştırılmıştır. Tiroid fonksiyon parametreleri (TSH, T3, T4, FT3, FT4), antitiroid otoantikorlar (anti-TPO, anti-TG, TSH reseptör antikoru) ve HLA DRB3 gen ekspresyonu PCR yöntemiyle analiz edilmiştir. Jel elektroforez sonuçları, 801 bp'deki bantların HLA DRB3 geninin başarılı amplifikasyonunu doğrulamıştır. Bulgular, düşük yapan kadınlarda kontrol grubuna kıyasla tiroid hormon düzeylerinde anlamlı farklılıklar olduğunu göstermiştir. Subklinik hipotiroidizm grubunda ortalama TSH düzeyi 4,09 mIU/L'ye ulaşırken kontrol grubunda bu değer 1,00 mIU/L olarak bulunmuştur. Hipertiroidizm grubundaki kadınlar, en yüksek ortalama T3 ve FT3 düzeylerine (sırasıyla 4,97 nmol/mL ve 7,03 pmol/L) sahip olmuştur. Ayrıca hipertiroidi grubunda T4 düzeyleri belirgin biçimde artmış (189,11 pmol/L), hipotiroidi grubunda ise serbest T4 düzeyleri anlamlı biçimde azalmıştır (9,02 pmol/L). Otoimmün belirteçlerin değerlendirilmesi sonucunda, hipotiroidizm grubunda anti-TPO (29,88 IU/L) ve anti-TG (34,0 IU/L) düzeylerinde kontrol grubuna kıyasla belirgin bir artış saptanmıştır. Subklinik hipotiroidizm grubunda ise tiroglobulin düzeyleri 55,0 ng/ml'ye kadar yükselmiştir. HLA DRB3 gen ekspresyonu, otoimmün yanıtın genetik yatkınlıkla ilişkili olabileceğini göstermiştir. Sonuç olarak, tiroid fonksiyon bozuklukları ve otoimmün reaksiyonların, gebelik kayıplarıyla ilişkili olduğu belirlenmiş; HLA DR3 gen ekspresyonunun bu patofizyolojik süreçte önemli bir rol oynayabileceği değerlendirilmiştir.
Androctonus crassicauda akrep venomunun protein içerik miktarının belirlenmesinde nanodrop ve bradford yöntemlerinin karşılaştırılması
Akrepler besin temin etmek ve kendilerini savunmak için venom üretebilirler. Akrep sokmaları insanlarda ciddi bir zehirlenmeye neden olabilir. Bu nedenle, zehirlenmeler Dünya'nın tropik ve subtropikal bölgelerinde önemli bir halk sağlığı problemidir. Venom küçük peptitler, nörotoksinler, hemotoksinler ve sitotoksinler gibi biyolojik açıdan aktif moleküller için zengin bir kaynaktır. Böylece, araştırmacılar özellikle ilaç endüstrisinde farklı hastalıkları iyileştirmek için yeni etken maddeler bulmaya çalışmaktadır. Bu çalışmada, Androctonus crassicauda akrep venomunun protein içerik miktarının belirlenmesinde NanoDrop ve Bradford yöntemlerinin analiz sonuçlarının karşılaştırılması amaçlanmıştır.
Tavşanlarda Encephalitozoon cuniculi seropozitifliğinin araştırılması
Bu çalışmanın amacı, farklı bakım ve yetiştirme sistemine sahip tesislerdeki Yeni Zelanda ırkı laboratuvar tavşanlarında Encephalitazoon cuniculi seroprevalansını araştırmak; varsa toplanan verilerden seroprevalansı etkileyen faktörleri ortaya koymaktır. Çalışmada, açık, yarı açık ve kontrollü alanlarda barındırma yapılan; sağlanan çevresel imkanları, hijyen durumları, bakım ve besleme koşulları farklı 3 ayrı işletmeden temin edilen serum örnekleri (30 adet) ELISA kitleri kullanılarak değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, tüm örneklerde % 63.3 oranında seropozitiflik belirlenmiştir. Hiçbir hijyen kuralı olmayan, geleneksel kümes tipi yetiştrme yapılan hayvanlar ile tamamen kontrollü sistemde yetiştirilenlerin serolojik sonuçları birbirine yakın bulunurken; geriye kalan tesisteki seropozitiflik daha düşük bulunmuştur. Elde edilen veriler ışığında, tesise alınan hayvanların orjin olarak enfekte olabileceği, tesiste enfekte bir hayvanın sürü için enfeksiyon kaynağı olabileceği, tesislerde olası yürütülen septik/aseptik kuralların etkenle mücadele için yeterli olmadığı, zoonoz karakterdeki enfeksiyonun hayvan bakıcısı, araştırmacılar için de potansiyel risk taşıdığı, sürüye entegre edilecek hayvanların serolojik taramaların yapılması ve karantina süresi sonunda uygun olan hayvanların sürü sağlığı için oldukça önemli olduğu kanısına varılmıştır.
Kedilerde Toxoplasma gondii seropozitifliğinin araştırılması
Bu çalışmanın amacı, farklı bölgelerde yaşayan kedilerdeki Toxoplasma gondii seroprevalansını araştırmaktır. Çalışmaya dahil olan kedilerin ırk, yaş, cinsiyet, yaşam alanı, beslenme şekli gibi bilgiler toplanmıştır. Alınmış olan serum örnekleri (50 adet) Sabin-Feldman Dye testi ile serolojik olarak incelenmiştir. Sonuç olarak, tüm örneklerde %24 oranında seropozitiflik belirlenmiştir. Irk ve yaşa bağlı seropozitiflik yönünde bir ilişki bulunamamıştır. Ancak pozitif çıkan 12 kediden %75'inin sokak geçmişi olduğu görülmüştür. Daha önce yapılan çalışmalarda ise ev veya sokakta yaşayan kediler arasında seropozitiflik yönünden bir fark olmadığı görülmüştür. Toxoplasma gondii'nin bulaşmasındaki temel faktörlerden biri çiğ et tüketimi olmasına rağmen bu çalışmada pozitif çıkanların çoğu çiğ gıda yerine kuru ve yaş mamayla beslendiği görülmüştür.
Hastaların solunum sistemlerinden izole edilen klinik örneklerde Klebsiella pneumoniae teşhisinin moleküler ve biyokimyasal olarak incelenmesi
Klebsiella pneumoniae, hastane enfeksiyonlarına neden olan ve geni¸sletilmi¸s spektrumlu beta-laktamaz üretebilen bir patojendir. K. pneumoniae'nın moleküler teknikler kullanılarak tanısı ne kadar hızlı yapılabilirse, daha hızlı sonuç elde edilerek, bu bakterinin neden oldugu hasar önlenebilecektir. Bu çalı¸smada Irakta Al–anbar Kadın ˘ ve Çocuk Uygulama ve Ara¸stırma Hastanesindeki hastalardan alınan solunum yoluna ait klinik örneklerinden K. pneumoniae izolatların ile biyokimyasal ve moleküler tanısının ortaya konulması amaçlanmı¸stır. Bu çalı¸sma da hastaların solunum yollarından alınan numuneler K. pneumoniae'nın moleküler tanısı hedeflendi. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi uygulandı. Patojen tespiti içim 16S rDNA ve rmpA genlerini hedefleyen spesifik primerler tasarlandı. Özel olarak tasarlanmı¸s primerler ve bir probu kullanıldı., PCR-ELISA yöntemi ile 2pg/µl K. pnemouniae genomunu saptayacak kadar duyarlı bir analiz yapıldı. PCR-ELISA, K. pneumoniae geleneksel biyokimyasal tanımlamasına kıyasla önemli ölçüde zaman tasarrufu saglamı¸stır. ˘ ANAHTAR KEL˙IMELER: Klebsiella pneumoniae, Moleküler analiz, PCR-ELISA
Irak'taki pulmoner ve ekstrapulmoner tüberkulozlu hastalari için genexpert MTB / RİF ve TB-LAMP teknikleri˙ile mycobacterium tuberculosis bakterisinin izolasyonu ve moleküler tanisi
ÖZET Yüksek Lisans Tezi IRAK'TAK˙I PULMONER VE EKSTRAPULMONER TÜBERKULOZLU HASTALARI ˙IÇ˙IN GENEXPERT MTB / RIF VE TB-LAMP TEKN˙IKLER˙I ˙ILE MYCOBACTER˙IUM TUBERCULOS˙IS BAKTER˙IS˙IN˙IN ˙IZOLASYONU VE MOLEKÜLER TANISI Yehıa Kadhım JABBER BENELLAM Çankırı Karatekin Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü B˙IYOLOJ˙I ANAB˙IL˙IM DALI Danı¸sman: Prof. Dr. Özcan ÖZKAN E¸s Danı¸sman: Dr. Ögr. Üyesi Zahid Saadoun AZ ˘ ˙IZ Tüberküloz (Verem) tüm dünyada hayatı tehdit eden bir enfeksiyon hastalıgı olarak önemli bir ˘ saglık sorunudur. Dünya nüfusunun yakla¸sık %30'u ˘ Mycobacterium tuberculosis ile enfektedir. Dünya Saglık Örgütü (DSÖ) 2020 raporuna göre 2019 yılında yakla¸sık 500.000 ki¸side rifampisine dirençli ˘ tüberküloz geli¸stigini ve bunların %78'inin çoklu ilaca dirençli tüberküloz oldu ˘ gunu bildirilmi¸stir. 2019'da ˘ 10 milyon ki¸si verem hastalıgına yakalandı. Bu nedenle enfeksiyonun erken tanı konulması tedavinin setri ˘ bakımından oldukça önemlidir. Günümüzde Mycobacterium tuberculosis kompleksinin tespiti için DNA bazlı analizlerin geli¸stirilmesi, geleneksel mikroskopi ve kültüre kıyasla duyarlılıgı önemli ölçüde ˘ artırmı¸stır. Bu çalı¸smada da Irak'taki akciger ve akci ˘ ger dı¸sı tübelkülozlu hastalarda Genexpert MTB/RIF ˘ ve TB-LAMP teknikleri ile Mycobacterium tuberculosis izolasyonu ve moleküler tanısının ortaya konulması amaçlanmı¸stır. Irak'ın orta, güney ve batı kesimlerinden Ulusal Solunum Hastalıkları Merkezi'ne ba¸svuran hastalardan 141 adet numune balgam, vücut sıvısı gibi numuler alındı. Numulere rutin aside dirençli basil testi yapıldı. Test sonucunda 58 (54 pulmoner + 4 ekstrapulmoner) numune pozitif olarak belirlendi. Moleküler tanı amaçlı olarak örnekler için Genexpert MTB/RIF ve TB-LAMP teknigi uygulandı. Bu çalı¸smaya dahil edilen ya¸s grupları 6 ile 65 ya¸s arasındadır. Erkekler, 20 (22,22%) ˘ kadınlardan 70 (% 78.77) daha fazla etkilenmi¸stir. Toplam 107 akciger örne ˘ ginden 76 örnek pozitif tanı ˘ konuldu. Ekstrapulmoner 14 örnek pozitif tanı aldı. ˙Iki vakanın rifampin direnci te¸shis edildi. Ayrıca, aynı numunelerin moleküler tanısı TB-LAMP teknigi ile pulmoner tüberküloz için 70 numune pozitif ve ekstra ˘ pulmoner örneklerden de 8 numune pozitif tanı aldı. Çalımanın sonucunda, Genexpert MTB/RIF teknigi˘ tanıda daha özgüllük ve duyarlılıga sahip oldu ˘ gunu göstermi¸stir. ˘ ANAHTAR KEL˙IMELER: Irak, Mycobacterium tuberculosis, Tanı, Moleküler teknik.
Investigation of the prevalence of giardiainfection in dogs in Çankiri Municipality StrayAnimals Treatments and Rehabilitation Centers
Investigation of the prevalence of giardia infection in dogs in Çankırı municipality stray animals treatments and rehabilitation centers The objective of the present study was to investigate the prevalance of infection with Giardia parasite in stray dogs in Cankırı Municipality Stray Animals Treatment and Rehabilitation Center from February to April 2021. One hundred fresh samples were collceted from dogs of different ages and of both gender. In laboratory of parasitology, Veterinary Control Central Research Institute of Minister of Agriculture and Foresty, different traditional methods were used to diagnose of the parasite. ˙In addition, Giemsa dye and Trichrome dye were also used. The prevalence of infection by traditional methods was 43% in males and 57% in females. In the examination of pigments, the study showed that the rates of infection in young ages less than a year 71% and in ages between 1-3 years ranged between 25.8%, and at older ages, it ranged between 3.2%. . Key Words: Cankırı, Stray dog, Giardia, Prevalence. 2021, 48 pages
Antikanser tedavisi olarak kanser hücrelerinde bakteriyel otofajiyi indükleyen lipopolisakkaritler
Escherichia coli (ATCC 8739) lipopolysaccharides (LPS) extracted from this stain were determined to be the most abundant in comparison to the DH5alpha- stain. So, the LPS obtained from E. coli (ATCC 8739) was tested on breast cancer cell lines to see whether it had any impact. LPS treatment has mixed outcomes on the MCF-7 and MDA-MB-231 cell lines. LPS-treated breast cancer cells also demonstrated up-regulation of Toll-like receptor (TLR) stimulation pathway genes (TLR-4 and NFkβ) and autophagy associated genes (PI3KC3). Toll-like receptor 4 ligand LPS may thereby alter immune responses in many malignancies. It is possible to considerably enhance the effectiveness of chemotherapy by using LPS in conjunction with other medicines. Translational oncology research for breast cancer treatment may benefit from the use of LPS, according to our results. The aim of the present study was to evaluate effect of E. coli isolated LPS on various breast cancer cells. ATCC 8739 and DH5alpha- were the two E. coli strains used for LPS isolation. Various biochemical approaches were used to estimate the extracted LPS in terms of both quality and quantity. Keywords: Autophagy, Breast cancer, Toll-like receptors, Lipopolysaccharide, Gene expression