264
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Dış koşul ve In vitro koşullarda yetişen sarı kantaron (Hypericum perforatum L.) bitkisinin fitokimyasal içeriğinin karşılaştırılması
Sarı Kantaron (Hypericum perforatum L.), yüksek fitokimyasal içeriği ile farmasötik alanda kullanılan önemli tıbbi aromatik bir bitkidir. Gerçekleştirilen bu çalışma kapsamında; araziden toplanan sarı kantaron bitkisinin yaprak ve nod kısımları kullanılarak; in vitro koşullarda öncelikli olarak uygun sterilizasyon yöntemi belirlenmiştir. Daha sonra steril eksplantlardan sürgün ve kallus rejenerasyonlarının gerçekleştirilmesi, devamında ise in vitro koşullarda elde edilen bitkisel materyaller ile dış koşullarda yetişen bitkilerin fitokimyasal içeriğinin karşılaştırılması çalışılmıştır. Araştırmada her iki eksplant türü için de iki farklı sterilizasyon yöntemi denenmiştir. En yüksek sterilizasyon başarısı, ön yıkama yapıldıktan sonra %70'lik (v/v) etil alkolde 1 dk, ardından %35'lik (v/v) çamaşır suyu çözeltisinde 3 dk bekletilmesi ile elde edilmiştir. Bu şekilde her iki eksplant türü içinde %100 sterilizasyon başarısı elde edilmiştir. In vitro sürgün kültürlerinin kurulmasında ise farklı konsantrasyonlarda BAP ve NAA içeren 6 farklı ortam kullanılmıştır. En iyi sürgün gelişim yüzdesi ve ortalama sürgün sayısı 0,5 mg/L BAP ve 2,5 mg/L NAA ile desteklenmiş olan MS besin ortamından elde edilmiştir. Yaprak eksplantı için sürgün gelişimi %100 ve ortalama sürgün sayısı 5,53 olarak bulunmuştur. Nod eksplantı için ise %80 sürgün gelişimi görülürken ortalama sürgün sayısı 4,33 olarak tespit edilmiştir. Kallus kültürlerinin kurulması için dört farklı ortam kullanılmıştır. En yüksek yaş ve kuru ağırlık 1,0 mg/L NAA ile desteklenmiş MS besin ortamından elde edilmiştir. Köklendirme çalışmasının verilerine göre en iyi besin ortamı 0,2 mg/L IBA ile desteklenmiş ortamdır. Çalışmanın devamında dış koşul bitkileri ile in vitro sürgünlerin ve gelişen kallusların fitokimyasal içerikleri uçucu bileşenler açısından karşılaştırılmıştır. Dış koşullarda yetişen bitkilerde en çok cis-Osimen (%13,62) bileşeni tespit edilmiştir. In vitro sürgünlerde en çok 1-[3-methyl-3-(4-methyl-3-pentenyl)oxiranyl]- Ethanone (%22,63) tespit edilmiş olup, terpen ve terpen türevlerinden ise en çok Nerolidol Z ve E (%19,96) bileşenin bulunduğu görülmüştür. Kalluslarda ise en fazla bulunan bileşenin 1,3,5-Cycloheptatriene (%12,14) olduğu görülmüş, Farnesane (%7,94) en çok bulunan terpen bileşeni olarak tespit edilmiştir. Uçucu bileşenler açısından en değerli grup olan terpen türevi bileşikler açısından değerlendirildiğinde dış koşul bitkilerinde %40,84, in vitro sürgünler için %35,36 ve kalluslarda %29,39 değerleri elde edilmiştir. Yapılan bu çalışma literatüre katkı sağlayarak çalışmanın devamı olan hücre süspansiyon kültürlerinin kurulmasına ışık tutacaktır. In vitro çalışmaların optimize edilmesi ile özel bir etken madde üzerinde bundan sonra yapılması planlanan araştırmalara kaynak oluşturacaktır.
İkame yemlerle beslenen bal arısı kolonilerinden hasat edilen erkek arı larvalarının bazı kalite özelliklerinin incelenmesi
Türkiye'de son yıllarda "apiterapi" kavramının kimlik kazanmasıyla beraber, fonksiyonel arı ürünlerine ilgi artmıştır. Apilarnil, arıcılar tarafından fazla bilinmeyen, yeni bir arı ürünü olarak değerlendirilebilir. Bu çalışmada, farklı ikame yemler ile beslenen kolonilerden elde edilen apilarnillerin bazı fiziko-kimyasal özellikleri ve farklı ikame yemlemenin apilarnil üretimi üzerine etkisi araştırılmıştır. Çalışma 100 koloni içerisinden, birbirine eşit yavru durumlarında ve koloni güçleri bakımından denk olan 12 adet koloni üzerinde yürütülmüştür. Tesadüfi olarak 3 gruba ayrılan koloniler, kontrol grubu (A), bal ikame ile beslenen grup (B) ve protein ikame yemi ile beslenen grup (C) olarak ayrılmıştır. Deneme sonunda gruplara göre kolonilerden elde edilen tek erkek arı larvaları (apilarnil) arasında istatistiki olarak fark bulunmazken (p<0.05), elde edilen toplam apilarnil miktarları arasında, kontrol (A) grubu ile protein ikame yemi ile beslenen grup arasındaki fark istatistiki olarak önemli bulunmuştur (p>0.05). Bal ikame (B),kontrol (A) ve protein ikame yem ile beslenen (C) grubu arasında fark bulunmamıştır. Elde edilen toplam apilarnil miktarları gruplara göre sırasıyla 214,2 gr, 312,38 gr, 399,9 gr olarak bulunmuştur. Araştırmada ayrıca elde edilen apilarnillerin gruplara göre nem, protein, yağ ve şeker oranları analiz edilmiştir. Nem, protein, yağ ve şeker oranları sırasıyla kontrol grubu için % 76, % 12,9, % 5,8 ve % 5,0; bal ikame grubu için sırasıyla; % 76,3, % 10,7, % 5,5, % 7,4 olarak bulunmuştur. Protein ikame yemi ile beslenen grup için sırasıyla % 76,6, % 14,1, % 4,8, % 4,4'tür. Bu tez çalışmasında elde edilen bulgulara göre, Apilarnil üretiminin artırılması üzerinde kolonilerin protein ikame yem ile beslenmesinin etkili olduğu görülmüştür. Anahtar kelimeler: Apilarnil, Erkek Bal Arısı Larvası, İkame Yem, Apiterapi
Kum zambağı (Pancratium maritimum L.)' 'nın DNA içeriğinin belirlenmesi ve in vitro mikroçoğaltımı
Bu çalışmada Kırklareli İli İğneada Beldesi'nden toplanan tıbbi ve süs bitkisi olarak bilinen kum zambağı (Pancratium maritimum L.) bitkisinin tohumları materiyal olarak kullanılmıştır. İlk aşamada çekirdek DNA içerik analizleri, Flow sitometri (PARTEC) cihazı kullanılarak yapılmıştır. Araştırma sonuçlarına göre ortalama 2C çekirdek DNA içerikleri 58.52±1.065 pg ile 60.34±1.834 pg arasında değiştiği belirlenmiştir. İkinci aşamada dış kabuklarından ayrılan kum zambağı tohumları % 60 ticari çamaşır suyu çözeltisinde 15 dakika yüzey sterilizasyonuna tabii tutularak in vitro koşullarda 0MS besi ortamında 15 gün içerisinde başarılı bir şekilde çimlendirilmiştir. 60 ile 90 gün arasında gelişen 80 bitkicikten 4 farklı eksplant (soğan, bazal tabaka, boğum ve yaprak) ayrılmıştır. İn vitro soğancık oluşturmak için eksplantlar 4 farklı bitki besi yeri içeren MS ortamında kültüre alınmıştır. Kavanoz ve eksplant başına en iyi soğancık gelişimi 8.00±2.64 ve 1.6±0.53 ile bazal tabaka eksplantından ve 1 BAP+0,5 2.4,D içeren MS besin ortamından elde edilmiştir. Elde edilen soğancıkların %50'si (toplam 9 bitki) sağlıklı bir şekilde dış koşula aktarılmıştır. Yapılan çalışmalar sonucu in vitro şartlarında gelişen kum zambağı soğancıklarının aklimatizasyon süresi ve dış koşula alışma süreci zor ve zaman alıcı olarak belirlenmiştir. Tüm zorluklara rağmen şimdiye kadar çalışılmayan bazal tabaka eksplantında başarılı sonuçlar elde edilmiştir ve Çalışma sayesinde bölgede nesli tükenme tehlikesi altında olan bitkinin biyoteknolojik yöntemler ile yetiştirilebilmesi gerçekleştirilmiştir. Anahtar kelimeler: Kum zambağı, Pancratium maritimum L., DNA, Soğancık, Mikroçoğaltım
Kırklareli bal arısı populasyonlarında (Apis mellifera L.) mtDNA COI ve ND5 gen bölgelerinde PCR-RFLP analizi ile genetik çeşitliliğin belirlenmesi
Bu araştırmada, Kırklareli bal arısı populasyonlarını temsil eden bal arıları mitokondriyel genomda COI ve ND5 gen bölgeleri temelinde incelenmiştir. Apis mellifera populasyonlarının tanımlanmasında restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (RFLP) yönteminden faydalanılmıştır. Bu çalışmada, Türkiye'nin Kırklareli bölgesinde bulunan bal arısı populasyonları COI ve ND5 gen bölgelerinde PCR-RFLP yöntemi ile NcoI, SspI, StyI, AluI, HincII, FokI restriksiyon enzimleri kullanılarak incelenmiştir. Kırklareli ilini temsil eden bal arısı populasyonlarının yanı sıra Tekirdağ yöresinden de olmak üzere toplam 117 adet işçi arı örnekleri materyal olarak kullanılmıştır. Bu çalışmada, COI gen bölgesinin NcoI enzimi ile kesimi sonucunda farklı varyasyon ve mutasyon noktaları tespit edilmiştir. COI/NcoI kesiminde G→A transizyonu sonucu CCATGG şeklinde olan DNA dizisi CCATGA şeklinde yeni bir kesim noktası oluşturmuştur ve bu haplotip C haplotipi olarak adlandırılmıştır. COI/SspI kesimi sonucu daha önce literatürde bildirilen C haplotipi tespit edilmiştir. COI/StyI enzimi ile muamele sonucunda G→A transizyonu sonucu, CCWWGG şeklinde olan DNA dizisi, CCWWGA şekline dönmüş ve literatürde daha önce bildirilen kesim noktası ve B haplotipi tespit edilmiştir. ND5/AluI restriksiyon enzimi ile kesim sonucu tüm örneklerde C haplotipi elde edilmiştir. ND5/FokI ve ND5/HincII enzimleri ile incelenen tüm populasyonlarda kesim tespit edilememiş ve tek bir bant profili sonucu B haplotipi oluştuğu görülmüştür.
Bazı canavar otu popülasyonlarının moleküler belirteçler ile genetik karakterizasyonu
Orobanche cumana Wallr. (canavar otu) başta ayçiçeği bitkisi (Helianthus annuus L.) olmak üzere tarım yapılan arazilerde çok büyük verim kayıplarına neden olan parazitik bir bitkidir. Ayçiçeği tarlalarında hızlı bir şekilde bulaşıklığa neden olabilen O. cumana'da yapılan genetik karakterizasyon çalışmaları sınırlıdır. Bu tez çalışmasında Edirne, Kırklareli, Tekirdağ ve Adana illerinden örneklenen orobanş popülasyonlarına ait tohumlar ile canavar otuna hassas Özdemirbey ayçiçeği çeşidi kullanılarak bitkilerin yetiştirilmesi sağlanmıştır. Orobanş popülasyonlarının genetik karakterizasyonu ve genetik çeşitliliğinin belirlenmesi için sekiz mikrosatellit (SSR) lokusu (Ocum-52, Ocum-70, Ocum-81, Ocum-87, Ocum-108, Ocum-141, Ocum-160 ve Ocum-196) kullanılmıştır. Çalışmada kullanılan sekiz SSR lokusunun tamamı polimorfik olarak bulunmuştur. Analiz edilen 146 örnekte 22 allel gözlenmiştir. Genetik çeşitlilik parametreleri; Na=2,016 (lokus başına düşen ortalama allel sayısı), Ne=1,404 (ortalama etkili allel sayısı), I=0,386 (ortalama Shannon Sabiti), Ho= 0,199 (ortalama gözlenen heterozigotluk), He=0,241 (ortalama beklenen heterozigotluk) ve PIC=0,199 (ortalama polimorfik bilgi içeriği) hesaplanmıştır. Yapılan AMOVA (Moleküler varyans analizi) sonucunda popülasyonların genetik çeşitliliğinin %53 oranında popülasyon içerisinde olduğu bulunmuştur. UPGMA yöntemi kullanılarak oluşturulan dendrograma ve STRUCTURE analizine göre popülasyonlar 2 gruba ayrılmıştır. 1. grupta AE2003, AD2018, T2018, MT2013, LE2013 ve K2019 popülasyonları yer alırken, 2. grupta LK2013 ve HT2016 popülasyonları yer almıştır. Elde ettiğimiz sonuçlar çalışılan popülasyonlar hakkında önemli genetik çeşitlilik bilgilerine ulaşmamızı sağlamıştır, ulaşılan bilgiler planlanacak olan yeni çalışmalar için önemli katkılar sağlayacaktır.
Ölmez otu (Helichrysum italicum (Roth) g. Don) bitkisinin in vitro mikroçoğaltımı
Güney Marmara ve Ege bölgesinde yayılış gösteren ölmez otu bitkisi (Helichrysum italicum (Roth) G. Don) kurak ve yarı kurak bölgelerde yetiştirilebilmektedir. Ayrıca zengin uçucu yağ ve sekonder metabolit içeriğinden dolayı geleneksel tedavi yöntemleri dahil modern tıp ve kozmetik alanında önemli bir yere sahiptir. Bitkilerin in vitro koşullarda sürgün rejenerasyonu yoluyla çoğaltılması birçok bitki türünde başarı ile yapılmış olmasına rağmen, ölmez otunda doku kültürü üzerine yapılan çalışmalar oldukça sınırlıdır. Bu çalışmanın amacı, ölmez otu bitkisinde doku kültürü çalışmasının optimizasyonunun yapılması ve bir sonraki in vitro, moleküler ve sekonder metabolit çalışmalarına zemin sağlamaktır. Bunun yanı sıra bölgede kültür tarımı için sağlıklı ve hastalıksız fide üretimi yönteminin optimize edilerek bitkiyi tanıtmaktır. Eksplantların sterilizasyon aşamasında üç farklı (%15, %25 ve %35) çamaşır suyu konsantrasyonu 10 ve 20 dk süre ile denenmiştir. En başarılı sonuç 10 dk %35 çamaşır suyu içeren ortamdan elde edilmiştir. Steril edilen eksplantlar sürgün rejenerasyonu için BAP, GA ve NAA bitki büyüme düzenleyicileri içeren MS ve Gamborg B5 besin ortamlarına aktarılmıştır. Eksplantlarda en iyi rejenerasyon 0,5 mg BAP, 1mg/L GA ve 0,2 NAA içeren MS ortamında elde edilmiştir. Gamborg B5 içeren denemelerde herhangi gelişim gözlenememiş olup eksplantlarda vitrifikasyon ve kararma oluşmuştur. Dört hafta sonunda 3 cm uzunluğa ulaşan sürgünler köklendirme ortamlarına (0 MS, 0,5 mg IBA, 1 mg IBA, 1,5 mg ve 2 mg IBA içeren MS ve ½MS) alınmıştır. Hazırlanan tüm ortamlarda dört hafta içerisinde %100 köklenme görülmüştür. Mikroçoğaltım çalışmaları sonucu üç ay içerisinde köklenmiş bitkiler aklimatizasyon aşamasına alındıktan sonra seradaki saksılara ve bir ay sonra tarlaya aktarılmıştır.
Farklı hücre senkronizasyon yöntemlerinin erken ve geç pasaj sayılarındaki sığır ve koyun hücreleri üzerindeki etkilerinin incelenmesi
Donör hücrelerin hücre döngüsü aşaması, nükleer transfer embriyolarının gelişim yeteneğini etkileyen önemli bir faktördür. G0/G1 aşamaları nükleer transferde en uygun hücre döngüsü aşaması olarak kabul edilmektedir. Bu çalışmada, sığır ve koyunlardan alınan granüloza hücreleri erken (5.) ve geç (15.) pasajlarda analiz edilmektedir. Deney grupları, aktif olarak bölünen hücrelerden, 24/72 saat konfluent (%10 FBS) ve 24/72 saat serum açlığı (%0.5 FBS) uygulanan hücrelerden oluşmaktadır. Hücre döngüsü fazları, GO/G1, S ve G2/M'deki hücre yüzdeleri hücrelerin propidyum iyodür, hücre canlılığı, apoptoz/nekroz hücre yüzdeleri hücrelerin propidium iyodür ve Annexin V-FITC ile boyanması sonrasında akış sitometri cihazında belirlenmiştir. Uygulama gruplarında 24/72 saat konfluent hücrelerde G0/G1 oranı %78.69-%87.58 arasında, 24/72 saat serum açlığı uygulanan hücrelerde G0/G1 oranı %83.02 %96,16 arasında değiştiği görülerek kontrol grubundan (%68,22-76,97) yüksek bulunmuştur (P<0.05). Analiz bulgularına göre erken ve geç apoptotik hücrenin toplam oranının %1.17 %4.42 arasında, nekroz hücrelerin %1.41-%6.46 arasında değiştiği tespit edilmiştir. Koyun 15th pasaj hariç en iyi senkronizasyon serum açlığı deney gruplarından elde edilmiştir. Koyun 15th pasaj uygulama grupları arasında istatiksel olarak fark bulunmamıştır (P<0.05).
Bazı yerli koyun ırklarında fekundite ile ilgili gen bölgelerinin moleküler karakterizasyonu
Kemik Morfogenetik Protein Geni 15 (BMP15) ve Büyüme Farklılaşma Faktörü 9 (GDF9) gibi genlerin bazı koyun ırklarında çoklu doğum (fekundite) ile ilişkili oldukları yapılan çalışmalar sonucunda tespit edilmiştir. Bu çalışmada bazı yerli koyun ırklarında (Kıvırcık, Karacabey Merinosu, Sakız, Gökçeada, Çine Çaparı, İvesi ve Karakaçan ırklarında) BMP15 ve (Kıvırcık, Karacabey Merinosu ve Sakız ırklarında) GDF9 gen bölgeleri, DNA dizi analizi yöntemi ile incelenmiştir. BMP15 Ekzon2 bölgesinde bir adet aminoasit değiştirmeyen (sinonim) P248P (Prolin/Prolin) ve bir adet aminoasit değiştiren L251P (Lösin/Prolin) olmak üzere iki farklı noktada Tek Nükleotid Polimorfizmi (SNP) saptanmıştır. GDF9 Ekzon1 bölgesinde bir adet aminoasit değiştiren R87H (Histidin/Arginin), GDF9 Ekzon2 bölgesinde iki farklı noktada aminoasit değiştiren E241K (Glutamat/Lizin) ve V332I (Valin/İzolösin) ve iki adet aminoasit değiştirmeyen L159L (Lösin/Lösin) ve E326E (Glutamat/Glutamat) olmak üzere 5 adet SNP tespit edilmiştir. GDF9 gen bölgesinde bulunan SNP'ler ile yapılandırılan haplotiplerin yüksek D' (bağlantı dengesizliği) değerine sahip olduğu ve çalışılan ırklarda E326E ve V332I varyantların birlikte görülmelerinden dolayı aralarında tam korelasyon olduğu belirlenmiştir. Sakız ırkında E326E ve V332I varyantlarının heterozigot frekansları Kıvırcık ve Karacabey Merinosu ırklarına oranla yaklaşık üç kat daha fazla olduğu tespit edilmiştir. E326E ve V332I varyantları Kıvırcık, Karacabey Merinosu ve Sakız ırklarında sırasıyla 0,08, 0,13 ve 0,46 olarak tespit edilmiştir. Sakız ırkının E326E ve V332I varyantlarında diğer ırklara oranla yüksek heterozigotluk frekansı göstermesi, bu varyantların çoklu doğum özelliği ile ilişkili olduğunu düşündürmekte ve sonraki çalışmalarda bu varyantlara yoğunlaşılması önerilmektedir.
Sivas (Hafik, Olukbaşı) bölgesinde yayılış gösteren Helichrysum arenarium (L.) Moench (altın otu) bitkisinin kuraklık stresine göstermiş olduğu antioksidan savunma sistemi temelli yanıtlar
Tıbbi ve aromatik özelliğe sahip olan Helichrysum arenarium (L.) Moench (altın otu) bitkisinin kuraklık stresi altında göstermiş olduğu morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal çalışmalar literatürde bulunmamaktadır. Helichrysum türleri geleneksel halk hekimliğinde kullanılan ve günümüzde de modern tıpta kullanılmaya devam eden tıbbi aromatik özellikte bitkiler olarak bilinmektedir. Reaktif oksijen türleri ve diğer serbest radikallerin oluşumu engellemeye yönelik aktivitelerinden dolayı doğal antioksidan olarak görülmektedir. Bu amaçla, Sivas bölgesinden toplanan altın otu bitkisinde çimlenme ve erken gelişim döneminde kuraklık stresine göstermiş olduğu morfolojik, fizyolojik ve antioksidan savunma sistemi temelli yanıtlar belirlenmeye çalışılmıştır. Kontrollü koşulların sağlandığı iklimlendirme odalarında, petri kaplarında büyütülen altın otu tohumları PEG-6000 ile (%0-30) kuraklık stresine maruz bırakılmıştır. Altın otu bitkilerinin erken gelişme döneminde PEG-6000 (%0-15) uygulamalarının büyüme parametreleri, yaprak su içeriği (YSİ), tiyobarbitürik asit reaktif maddelerinin (TBARS), hidrojen peroksit (H2O2) miktarı ve antioksidan enzim aktivitelerinde (süperoksit dismutaz (SOD), katalaz (CAT), askorbat peroksidaz (APX), glutatyon redüktaz (GR)) meydana gelen değişimler incelenmiştir. Çimlenme çalışmasında altın otu tohumlarının PEG %20 ve PEG %30 ortamlarında çimlenemediği, erken gelişme döneminde ise PEG %15 uygulamasının fidelerin gelişimi üzerinde ciddi bir baskılanmaya neden olduğu belirlenmiştir. Kuraklık uygulamasının (PEG %5 ve PEG %10) altın otu bitkilerininin büyüme parametreleri, YSİ, CAT ve GR seviyesinde azalmaya, TBARS, H2O2, SOD ve APX değerlerinde ise artışa neden olmuştur. Altın otu bitkilerinde kuraklık şiddeti arttığında büyümenin baskılanmasına karşın antioksidan enzimlerinden APX ve SOD aktivitelerinin arttığı ilk kez bu tez çalışmasıyla ortaya konmuştur. Anahtar Kelimeler: Altın otu, Kuraklık, Stres, H2O2, Antioksidan Savunma Sistemi
Bazı yerli ve yabancı ekmeklik buğday genotiplerinde kahverengi pasa dayanıklılığın moleküler belirteçler ile belirlenmesi
Geçmişten günümüze buğday insan beslenmesinde önemli bir besin maddesi olmuştur ve gelecekte de bu önemini korumaya devam edecektir. Buğdayın; adaptasyon yeteneğinin yüksek, işlemesinin kolay ve az maliyetli olmasından dolayı dünyanın birçok bölgesinde üretimi gerçekleştirilebilmektedir. Geniş alanlarda yayılış göstermiş olan buğday, sadece insan beslenmesinde değil hayvan beslenmesinde ve endüstri alanında da kullanılmaktadır. Birçok alanda kullanılan buğdayın gelecekteki talebi karşılayabilmesi için verim kayıplarının önüne geçilmesi ve birim alandan elde edilen veriminin arttırılması gerekmektedir. Buğdayda verim kayıplarının nedenlerinden biri de kahverengi pas hastalığıdır. Bu kayıpların engellenebilmesi ve verimin arttırılabilmesi için yeni çeşitlerin ıslah edilmesi gerekmektedir. Çeşitlerin ıslahında, moleküler destekli ıslah ile klasik ıslah metotlarının birlikte kullanılması daha etkili ve hızlı sonuçlar alınmasını sağlayabilmektedir. Yapılan tez çalışmasında buğdayda kahverengi pas dayanıklılık geni olan Lr gen bölgelerinden; Lr1, Lr9, Lr10, Lr13, Lr14a, Lr19, Lr21, Lr22a, Lr24, Lr34, Lr35, Lr37, Lr39, Lr46, Lr47, Lr49 ve Lr58 gen bölgeleri çalışılmıştır. Çalışma da PCR optimizasyonu sağlanan Lr13, Lr14a, Lr19, Lr22a, Lr24, Lr34, Lr37 ve Lr47 gen bölgeleri ile 96 buğday genotipi kahverengi pasa dayanıklılık açısından test edilmiştir. Çalışmadan elde edilen verilerin kahverengi pasa dayanıklılık genleri içeren çeşitlerin buğday ıslah programlarında kullanılmasına önemli bilgiler sağlayacağı ve etkili ıslah programlarının oluşturulmasında önemli paya sahip olacağı düşünülmektedir.
Akarisitlerin bal arısı gastrointestinal sisteminde yaşayan bazı bakteri türlerine etkisi
Varroa akarı dünya üzerinde, arıcılık sektöründe önemli ekonomik kayıpların verilmesine neden olmaya devam etmektedir. Akarla mücadelede geliştirilen stratejilerden birisi de kolonilere sentetik akarasit kullanımıdır. Bal arısı mikrobiyotası, patojenlere karşı savunmada, metabolizmanın çalışmasında, verimde, bağışıklık sisteminin, vücudun ve davranışın gelişmesinde önemli rol oynar. Bu tezde bal arısı gastrointestinal sisteminden izole edilen bakteri türlerinin genetik tanımlaması yapılmıştır ve üzerinde akarisitlerin disk difüzyon tekniği ile antimikrobiyal aktivitesi araştırılmıştır. Bu amaçla piyasada bulunan amitraz, flumethrin ve tau-fluvalinate içeren akarisitlerin 1/1, 1/2, 1/4, 1/8, 1/16, 1/32 dozlarının antimikrobiyal aktivitesi istatistiki olarak değerlendirilmiştir. Çalışmalar 3 tekerrür olarak uygulanmıştır. Amitraz, Lactiplantibacillus spp. üzerinde sırası ile 14,96 mm, 14,43 mm, 13,56 mm, 11,46 mm, 10,13 mm, 7,66 mm inhibisyon zon çapı oluşturmuştur. Leuconostoc mesenteroides üzerine sırası ile 17,83 mm, 16,56 mm, 12,93mm, 8,70 mm inhibisyon zon çapı oluşturmuştur. Bifidobacterium spp. üzerinde sırası ile 15,36 mm, 14,43 mm, 13,50 mm, 12,26mm, 10,23 mm inhibisyon zon çapı oluşturmuştur. Amitrazın, Klebsiella aerogenes ve Citrobacter freundii üzerinde herhangi bir antimikrobiyal aktivitesi görülmemiştir. Flumethrin ve tau-fluvalinate içeren akarisitlerin ise test edilen bakterilerin tümünde herhangi bir antimikrobiyal aktivitesi saptanmamıştır. Bu çalışmada, amitraz etken maddeli akarisitlerin bal arısı gastrointestinal sistemindeki bazı laktik asit bakterilerine antimikrobiyal etkisi olduğu tespit edilmiştir. Gelecekte arıcılıkta varroa akarına karşı kullanılan akarisitlerin bal arısı mikrobiyotasındaki etkilerinin daha geniş kapsamda araştırılması, ortaya çıkan olumsuz etkilere karşı yeni stratejilerin geliştirilmesine ışık tutulması gerekliliği görülmektedir. Anahtar Kelimeler:Bal arıları,varroa,bakteri, amitaz, flumethrin,tau-fluvalinate,disk difüzyon
Saccharomyces cerevisiae kaynaklı invertaz enzimi üretimine ultrasonikasyon parametrelerinin etkisinin araştırılması
İnvertaz enzimi bilimsel dilde β-fruktofuranozidaz ya da sükraz olarak bilinmektedir. Hidrolaz sınıfına ait olan bu enzim kaynak olarak hayvan, bitki ya da mikroorganizmalardan yararlanılarak elde edilebilmektedir. İnvertaz enzimi intrasellüler yani hücre içerisinde faaliyet gösteren bir yapıya sahiptir. Protein yapısında olan invertaz enzimi herhangi bir dış faktör olmadıkça tüm faaliyetini hücre duvarından geçemediği için hücre içerisinde gerçekleştirir. Bu çalışmada Saccharomyces cerevisia kaynaklı ekmek mayası fabrikası atığı olan eleküstü mayadan invertaz üretimi gerçekleştirilmiştir. S. cerevisia'dan intraellüler yapıda olan invertaz enzimini üretebilmek için ultrasonikasyon cihazı kullanılarak ses dalgaları yardımı ile hücre yapısına zarar verilmiştir. Elde edilen enzimin protein miktarı ve enzim aktivitesinin maksimum düzeyde olabilmesi için ultrasonikasyon cihazı için süre, güç (amplitüt) ve maya miktarı parametreleri gerçekleştirilen deneylerde araştırılmıştır. Cevap yüzey yöntemi kullanılarak rastgele oluşturulan 20 farklı deneme modeli elde edilmiştir. Gerçkeleştirilen deneyler sonucunda en yüksek protein miktarının 23,92 mg/ml'de, 45 dakika, %70 amplitüt ve % 36,82 gram değerlerinde olduğu, enzim aktivitesinin ise en yüksek olduğu değerlerin 1720 IU/ml, 45 dakika, % 70 amplitüt ve % 36,82 gram olduğu tespit edilmiştir. Çalışmadaki amaç en yüksek protein miktarı ve invertaz enzimi aktivitesine ulaşmaktır. Bu sebeple kullanılan parametre aralıklarında belirlenen model denklemin tahmin başarısını ölçmede daha anlamlı sonuçlar vereceğinden kullanılan paket programda "response optimizer" seçeneği ile en yüksek değerleri sağlayan parametreler belirlenmiştir. Protein tayini optimizasyonu için % 49,5, enzim aktivitesi için %52 başarı sağlanabilmiştir. Anahtar kelimeler: İnvertaz Enzimi, Ultrasonikasyon, Optimizasyon
Siirt eğitim ve araştırma hastanesinde klinik örneklerden izole edilen metisiline dirençli Staphylococcus aureus suşlarının antibiyotik direnç profilleri ve metisilin direnç genlerinin araştırılması
Giriş & amaç: Metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) suşları, insanlarda ve hayvanlarda çeşitli enfeksiyonlardan sorumlu en yaygın bakterilerden biri olarak kabul edilmektedir. Bu çalışmada Siirt Eğitim ve Araştırma Hastanesi klinik örneklerinden izole edilen metisiline dirençli S. aureus suşlarının moleküler profilini saptamayı amaçladık. Materyal-Metod: Bu çalışmada Temmuz 2020-Temmuz 2021 tarihleri arasında Siirt Eğitim ve Araştırma Hastanesine başvuran hastalardan 20 koagülaz pozitif S. aureus suşunun kültür işlemi yapılmıştır. Antibiyotik duyarlılık testi ve tanımlama işlemleri için farklı klinik örnekler kullanılmıştır. Bakteri kültürleri yapılmış ve değerlendirilmiştir. MRSA, klinik örneklerden alınan kültürler arasında tanımlanmıştır ve aşağıda nükleotid dizileri verilen evrensel primer çiftleri kullanılarak mecA-F: 5′'-CCTAGTAAAAGCTCCGGAA-3′'-mecA-R5′'-CTAGTC-CATTCGGTCCA-3′' ve mecC-F: 5′' TGTTGTAGCAATGTTCACAC 3′'-mecC-R: 5′' CAAGCACTTAATATCAACGC 3′' mecA ve mecC genleri PZR ile çoğaltılmıştır. İzole edilmiş S. aureus suşları, PZR amplifikasyonu ile evrensel primerler 68f-TNANACATGCAAGTCGRRCG-518r WTTACCGCGGC GTGCTGG kullanılarak 16S rRNA gen analizi ile akrabalık ilişkileri tanımlanmıştır. Bulgular: Bu çalışmada, Siirt Eğitim ve Araştırma Hastanesi'ne başvuran hastalardan 20 koagülaz pozitif S. aureus suşu izole edildi ve tanımlandı. 16S rRNA gen dizileri, izole edilen suşların, NCBI GenBank'ta bulunan S. aureus suşlarının 16S rRNA genlerine yüksek benzerliğe (%99-100) sahip olduğunu gösterdi. 20 suşun 18'inde mecA geni tespit edilirken, suşların hiçbirinde mecC geni tespit edilmedi. MRSA'nın yüksek bir yüzdesinin penisiline dirençli olduğu (%75) bulundu. Sonuç: Bu çalışmanın bulguları, MRSA tespitinde mecA, mecC ve 16S rRNA genlerinin önemini doğrulamış veTürkiye'de artan MRSA sıklığının yanı sıra moleküler tekniklerin epidemiyolojik bir araç olarak değerini vurgulamıştır. Anahtar Kelimeler: Gen dizilimi; Metisilin direnci; Staphylococcus aureus; 16S rRNA; mecA geni; mecC geni
Fıstık atıklarından elde edilen biyoçarın farklı tekstüre sahip topraklarda besin elementi yıkanmasına ve bitki gelişimine etkisi
Organik atıkların piroliz edilmesi ile elde edilen biyoçarın tarıma, çevreye ve iklime sağladığı potansiyel faydaları son zamanlarda araştırmaya haiz bir konu olmuştur. Bu tez çalışmasında, Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde önemli bir ekim alanı ve atık kapasitesine sahip olan fıstık yetiştiriciliğinden elde edilen atıkların pirolizi ile toprak ve bitki gelişimine etkileri incelenmiştir. Fıstık atıklarından biyoçar elde edilmiş ve iki farklı tekstüre (kumlu ve killi) sahip topraklara farklı dozlarda uygulanmıştır. Biyoçarın, nitrat yıkanmasına, toprakların bazı kimyasal (organik madde (OM), yarayışlı fosfor (P), katyon değişim kapasitesi (KDK), toprak reaksiyonu (pH) ve elektriksel iletkenlik (EC)) özelliklerine ve buğday toprak üstü ve toprak altı aksamlarının (kök yaş ağırlığı, kök kuru ağırlığı, gövde yaş ağırlığı, gövde kuru ağırlığı, gövde/kök yaş ağırlığı, gövde/kök kuru ağırlığı, bitki boyu, yaprak boyu, yaprak eni, yaprak alanı, gövde çapı, toplam kök uzunluğu (TRL), ortalama toplam kök uzunluğu (Ortalama TRL) ve ana kök uzunluğu (TapRL) ve kök hacmi) gelişimine etkisi incelenmiştir. Bu bağlamda kumlu tın ve killi tekstüre sahip 2 farklı toprakta ekmeklik buğday olan Bezostaja 1 çeşidi yetiştirilip, 5 farklı biyoçar (% 0, %0.5, %1, %2, %4) ve 3 (% 0, %50 ve %100) gübre dozu uygulanmıştır. 3 tekerrürlü olarak yapılan deneme sonucunda biyoçar dozu arttıkça toprakların OM içeriğinin her iki tekstürde de önemli düzeyde arttığı ve bu artışın en yüksek killi toprakta %4'lük biyoçar dozunda olduğu görülmüştür. Ayrıca hem biyoçar hem de gübre dozlarının toprakta azot ve fosfor içeriğini önemli düzeyde arttırdığı görülmüştür. Kumlu toprakta sıfır gübre uygulamasında %4'lük biyoçar uygulamasının %0 biyoçar dozuna göre azot içeriğini yaklaşık %100 oranında arttırdığı tespit edilmiştir. Biyoçarın toprak pH'sına olan etkisinin sıfır gübre dozlarında her iki toprakta daha net görüldüğü ve biyoçar dozunun artması ile toprak pH'sınında artış gösterdiği gözlemlenmiştir. Farklı doz gübre ile farklı doz biyoçarın toprağın EC'sine olan etkisi incelendiğinde % 0 biyoçar dozunda uygulanan gübre dozlarının EC değerlerini arttırdığı görülmüştür. 3 farklı sulama sonrası atık suda nitrat içeriği incelenmiş ve gübre dozu arttıkça yıkanan nitrat miktarının arttığı, biyoçar dozlarının ilk sulamada nitrat yıkanmasına çok etki etmediği, ikinci sulama ile uygulanan Üre gübresinden sonra nitrat yıkanmasını azalttığı tespit edilmiştir. Biyoçar ve gübre uygulamalarının bitki kök ve gövde gelişimine etkileri incelendiğinde, en yüksek kök hacminin %2 biyoçar, kök yaş ağırlığının %2-4 biyoçar uygulamalarında elde edilmiştir. Bitki boyuna en belirgin etki kumlu topraklarda %1-4 arası biyoçar uygulamalarında görülmüştür. Gövde çapı, gövde yaş ve kuru ağırlıkları, yaprak boyu ve eni biyoçar uygulamalarında kontrol uygulamalarına göre anlamlı düzeyde artmıştır. Toplam kök uzunluğu hem killi topraklarda hem de kumlu topraklarda %2 ve 4 biyoçar uygulamalarında daha iyi sonuç vermiştir. Ekmeklik buğdayda gübre ve biyoçar uygulamalarının toprak özellikleri ve bitki gelişimine etkilerinin incelendiği tez çalışmasında tüm biyoçar dozları etkili bulunmuşken, farklı bitki özelliklerinde farklı dozların etkili olduğu gözlemlenmiştir. Biyoçar uygulamalarının bitki gelişimi ve toprak özelliklerinin iyileştirilmesinde iyi bir toprak düzenleyici olabileceği düşünülmektedir.
Yüksekova Ovası toprak verimlilik göstergeleri ve fonksiyonunun mekansal dağılımı ve haritalanması
Toprakların fonksiyonlarını yerine getirmesi, çeşitli ekosistem hizmetlerinin sağlanması için kritik önem taşır. Bu nedenle, hassas bir ekosistem bileşeni olan toprakların fonksiyonel kapasitesinin belirlenmesi ve izlenmesi son derece önemlidir. Arazi kullanımı değişikliğinin etkilediği toprak özelliklerinin zaman içindeki değişimi, toprak kalitesinin bozulmasına ve bunun ekosistem işleyişi üzerindeki olumsuz etkilerini en aza indiren stratejilerin geliştirilmesi için gereklidir. Bu çalışmada, Hakkari'nin Yüksekova ilçesinde bulunan ve bölgenin en önemli alt ekosistemlerinden biri olan Yüksekova Ovası'nda arazi kullanım değişiminin toprakların verimlilik fonksiyonuna olan etkisi araştırılmıştır. Yaklaşık 17,500 hektarlık alandan 800 x 800 metre kare gridlerin köşesinden olmak üzere toplam 232 ayrı noktada 0-20 cm derinlikten toprak örnekleri alınmıştır. Toprak örneklerinin tekstür bileşenleri (kil, kum ve silt içeriği), hacim ağırlığı, kireç içeriği, elektriksel iletkenlik (EC), toprak reaksiyonu (pH), organik madde (OM), yarayışlı fosfor, ekstrakte edilebilir potasyum, betaglukozidaz enzim aktivitesi (BGEA) ve üreaz enzim aktivitesi analizleri yapılmıştır. Veriler doğrusal skorlama yöntemi ile optimize edilmiş ve Yüksekova Ovası'nın toprak kalite indeksi (TKİ) hesaplanmıştır. TKİ ve her bir göstergeye ait skorların ovadaki dağılımları coğrafi bilgi sistemleri (CBS) yardımıyla haritalanmıştır. Bulgular, TKİ değerleri 0,53 (düşük kalite) ile 0,91 (çok yüksek kalite) arasında değişmekte ve ortalama 0,74 (yüksek kalite) olduğunu göstermiştir. TKİ değerlerinin ovadaki dağılımı, arazilerin %0,48'inin düşük, %27.8'inin orta, %66,34'ünün yüksek ve geri kalan %5,6'sının ise çok yüksek toprak kalite indeksine sahip olduğunu göstermiştir.
Arap Kızı yerel elma çeşidinde polifenol oksidaz enziminin saflaştırılması, karakterizasyonu, bazı killerle immobilizasyonu ve inhibisyon etkilerinin incelenmesi
Isparta ilinde yetiştirilen yerel elma çeşidimiz olan Arap kızı elmasından (Malus domestica) polifenol oksidaz enzimi (PPO) saflaştırılmıştır. Polifenol oksidaz enzimi fosfat tamponunda izole edildikten sonra amonyum sülfat çöktürme, diyaliz ve Sepharose 4-B-L-tirosin-p-aminobenzoik asit afinite jelinin ardarda kullanılmasıyla saflaştırılmıştır. SDS-PAGE ile enzimin molekül ağırlığı hesaplanmıştır. Optimum pH ve sıcaklık değerlerini belirlemek için farklı pH değerlerinde (4.5-9.0) ve farklı sıcaklık aralığında (10-45◦C) üç farklı substrat kullanılarak aktivite ölçümleri yapılmıştır. Arap kızı PPO enziminin farklı substratlara karşı KM ve Vmax değerleri Linewear-Burk yöntemi ile katekol substratı için 50 mM ve 2500 U/mLdak; 4-metil katekol substratı için 2 mM ve 2000 U/mLdak; pirogallol substratı için 6 mM ve 10000 U/mLdak olarak bulunmuştur. Pirogallol substratının Arap kızı PPO enzimi için en uygun substrat olduğu belirlenmiştir. Pirogallol substratı için optimum pH 8.5 ve optimum sıcaklık 10◦C olarak bulunmuştur. Saflaştırılan PPO enziminin üç farklı kile (kırmızı, yeşil ve beyaz) immobilizasyonu gerçekleştirilmiştir. PPO enziminin immobilize edildiği ve ölçüm sırasında eklendiği serbest enzim için inhibisyon tipleri, IC50 ve Ki değerleri belirlenmiştir. Hem immobilize enzim hem de serbest enzim için en etkili inhibitörün beyaz kil olduğu belirlenmiştir.
Kabarla çilek çeşidinden glutatyon s-transferaz ve glutatyon reduktaz genlerinin izole edilmesi ve karakterizasyonu
Abiyotik ve biyotik stresler sonucu bitkilerde reaktif oksijen türleri (ROS) artmaktadır. ROS'lar hücre içi maddeler ve hücre zarı ile etkileşime girerek bitkilere zarar vermektedir. ROS'lar ile mücadele etmek için bitkilerde enzimatik ve enzimatik olmayan antioksidan sistemleri vardır. Glutatyon reduktaz (GR) ve glutatyon s-transferaz (GST) antioksidan enzimlerindendir. Glutatyon reduktaz oksitlenmiş glutatyon (GSSG)'u indirgenmiş glutatyon (GSH)'a dönüştürür ve hücre içi GSH/GSSG dengesini sağlar. Glutatyon s-taransferaz ise hücre içi toksik maddelerin detoksifikasyonunu sağlamaktadır. Bitkilerde GR, GR1 ve GR2 olarak iki sınıf bulunurken GST'de tau, phi, lambda, teta, zeta, beta ve delta sınıfları bulunmaktadır. Streslerle başa çıkmak için son derece önemli olan bu enzimlerin sekans bilgileri çilek dahil omak üzere birçok bitkide araştırılmamıştır. Bu çalışmada Kabarla çilek çeşidinden GR ve GST antioksidan enzim genleri izole edilerek sekans bilgileri elde edilmiş ve karakterizasyonları yapılmıştır. Bunun için dejenere primerler dizayn edilerek PCR ile kısmi cDNA'lar çoğaltılmış ve tam uzunlukta nükleotidler elde edebilmek içinde 3' ve 5' RACE analizi yapılmıştır. Sekans sonuçlarına göre GR ve GST genleri sırası ile 2091 ve 1007 nükleotidden meydana geldiği, 557 ve 287 amino asitten oluşan açık okuma çerçevesine sahip oldukları saptanmıştır. Ayrıca izole edilen GR geni Pisum sativum, Medicago truncatula, Cicer arietinum ile GST geni Arabidopsis thaliana, Zea mays, Prosopis juliflora genleri ile yüksek oranda benzerlik göstermiştir. Moleküler düzeyde karakterize edilen bu genler gerek diğer türlerde benzer genlerin karakterizasyonu için gerekse de stres koşullarına karşı dayanıklı çilek çeşitlerinin geliştirilmesi için kullanılabilir.
Siyah banotu (hyoscyamus niger)'na ait kök kültürlerinde brassinosteroid (br) ve metil jasmonat (meja) uygulamalarının tropan alkaloidleri ile fenolik bileşiklerin birikimi üzerine etkileri
Bu araştırma siyah banotu bitkisine ait adventif köklere uygulanan 24-epibrasinolid (24-eBL) ile Metil jasmonat (MeJA) uygulamalarının kök gelişimi ile sekonder metabolit birikimi üzerine olan etkilerini belirlemek amacıyla gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla farklı konsantrasyondaki 24-eBL (0.5, 1 ve 2 mg/l), hem tek olarak hem de 1 mM MeJA ile yapmış olduğu ikili kombinasyonlar halinde in vitro koşullarda elde edilmiş adventif köklere 14 gün süresince uygulanmıştır. Hasat sonrasında uygulamalara göre kökler, yaş kök ağırlığı, kuru kök ağırlığı, kök büyüme indeksi ile tropan alkaloidlerinden hiyosiyamin ve skopolamin ile fenolik madde içerikleri bakımından değerlendirilmişlerdir. Araştırma sonucunda en yüksek yaş ve kuru kök ağırlığı ile kök büyüme indeksi bakımından 2 mg/l 24-eBL; skopolamin ve kateşin birikimi için 1 mM MeJA + 2 mg/l 24-eBL kombinasyonu; hyosiyamin ve epikateşin birikimi için 1 mM MeJA + 1 mg/l 24-eBL kombinasyonu; toplam fenolik madde, gallik asit, vanilin, sinnamik asit, rosmarinik asit, kafeik asit, klorogenik asit birikimi için de 1 mM MeJA en uygun uygulamalar olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak, 24-eBL ve MeJA uygulamalarının siyah banotu kök kültürlerinde tropan alkaloidleri ile fenolik bileşiklerin üretimini artırmaya yönelik olarak başarı ile kullanılabileceği belirlenmiştir.
Biber (Capsicum annuum l.) genotiplerinin SSR markörleri ile genetik karakterizasyonu
Yapılan tez çalışmasında moleküler markörlerden biri olan SSR tekniği kullanılarak Capsicum annum çeşitleri arasındaki farklılıkların ortaya konması amaçlanmıştır. Biber Solanaceae familyasına ait tropikal ve subtropikal iklim kuşağında yetiştirilen bir sebze olarak bilinmektedir. Çalışmada kullanılan biber çeşitleri Akdeniz Bölgesinde yer alan Antalya ilinin çeşitli fide şirketlerinden temin edilmiştir. Toplamda 10 çeşit biber fidesi ile moleküler analiz çalışmaları yürütülmüştür. Bu amaçla biber çeşitlerine ait örnekler uygun koşullarda alınarak Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Fakültesi Tarımsal Biyoteknoloji Laboratuvarında moleküler analizleri gerçekleştirilmiştir. SSR markörleri ile yapılan analizler sonucunda UPGMA metoduna göre biber çeşitleri 2 ana gruba ayrılmıştır. Birinci ana grup iki alt gruba ayrılmıştır. İlk alt grupta Vezir, Üçburun, Acıburun, Yükselince, Anadol, Serenad, Hayfa Şili yer almaktadır. İkinci alt grupta ise Jalomex yer almaktadır. İkinci ana grupta Ergenekon ve Kanyon yer almaktadır. Vezir- Üçburun ve Yükselince- Anadol çeşitleri benzer gruplar olup incelenen bölgeler bakımından aynı özellik göstererek birlikte gruplanmıştır. Ergenekon- Kanyon, Serenad- Hayfa Şili kendi aralarında benzerlik gösteren diğer daldır. En uzak benzerlik Jalomex ve Ergenekon arasında olup, ikinci uzak benzerlik Jalomex- Kanyon arasındadır. Toplam allel sayısının 162, spesifik allel sayısının 60 adet olduğu ve bant büyüklüğünün ise 164 ile 294 bç arasında değiştiği belirlenmiştir. Polimorfik bilgi içeriği (PBİ) 0,04 ile 0,89 arasında değişim göstermiştir. Türkiye'de biber türüne ait SSR bulguları, bölgede bundan sonraki ıslah çalışmalarına ebeveyn seçiminde bir basamak oluştururken, biber genotiplerinin yayılma alanlarının belirlenmesinde, genetik koleksiyonların karşılaştırılmasında, biber genotiplerinin karakterizasyonunda kullanılabilir.
Türkiye'de pirinç biti sitophilus oryza(L.)(Curculionidae:Coleoptera) popülasyonlarında moleküler tanı yöntemleri kullanarak endosimbiyont bakterilerin belirlenmesi
Ökaryot organizmalardaki simbiyotik bakteriler oldukça konukçusu olduğu olduğu organizmada çok değişik etkiler gösterebilmektedirler. Birlikte evrilmeye bağlı olarak konukçu simbiyont ilişkileri obligat ya da fakültatif olarak düzenlenmiştir. Bu simbiyotik ilişki böceklerin yaşama kabiliyetlerini arttırmakta ve onlara esnasiyel amino asitleri, vitaminleri ve faydalı birçok bileşiği konukçusuna sağlamaktadır. Bunun yanında insenktisitlerin detoksifikasyonu, doğal düşmanlara karşı farklı savunma mekanizmalarının ortaya çıkması, sıcaklık gibi önemli bir stres faktörüne karşı toleransın arttırılması gibi faydalar da sağlayabilmektedir. Bazı böceklerin virüs taşıma yeteneklerini hem olumlu hem de olumsuz yönde etkileyebilmektedir. Moleküler biyoloji ve fonksiyonel genom bilim çalışmalarındaki hızlı ilerlemeler özellikle tarımsal ürünlerde zararlı olan böceklerin endosimbiyontlar ile kurdukları ilişkinin tam olarak aydınlatılmasında büyük önem arz etmektedir. Çalışma kapsamında Tarım ve Orman Bakanlığı'na bağlı Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü'nden 6 adet Sitophilus oryzae (L.) popülasyonu alınmıştır. Söz konusu böcek türünde Wolbachia sp., Rickettsia sp. ve Spiroplasma sp. endosimbiyont bakterileri, sentetik primerler ve PCR metodu uygulanarak yoğunlukları belirlenmiştir. Buna göre; K5 popülasyonunda %0 Wolbachia sp., %66,6 Rickettsia sp. ve %0 Spiroplasma sp., E8 popülasyonunda %50 Wolbachia sp., %100 Rickettsia sp. ve %16,6 Spiroplasma sp., C4 popülasyonunda %33,3 Wolbachia sp., %66,6 Rickettsia sp. ve %0 Spiroplasma sp., saptanmıştır. A2 popülasyonunda %0 Wolbachia sp., %0 Rickettsia sp. ve %16,6 Spiroplasma sp., A3 popülasyonunda %33,3 Wolbachia sp., %33,3 Rickettsia sp. ve %16,6 Spiroplasma sp., A6 popülasyonunda %0 Wolbachia sp., %66,6 Rickettsia sp. ve %0 Spiroplasma sp. saptanmıştır.
Hümik asitin tuz stresi altındaki domateste (solanum lycopersicum) bazı fizyolojik parametreler ve gen ifadeleri üzerine etkisi
Bu çalışma domates bitkisinde tuz stresinin etkisini belirlemek ve tuz stresi üzerinde hümik asit uygulamasının etkilerini ortaya koymak amacıyla gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla Kayra F1 domates çeşidine ait bitkiler 150 mM NaCl dozuna maruz bırakılmış ve 3 ml/l olacak şekilde hümik asit uygulaması gerçekleştirilmiştir. Çalışmada gövde yaş-kuru ağırlığı, kök yaş-kuru ağılığı, gövde-kök uzunluğu, prolin, klorofil, MDA ve iyon sızıntısı miktarları ile CAT, SOD, GR ve APX gibi antioksidatif enzim gen ifadeleri incelenmiştir. Çalışma sonucunda tuz+hümik asit uygulamasının tuz uygulaması ile kıyaslandığında gövde yaş/kuru ağırlığı, kök yaş/kuru ağırlığı, gövde/kök uzunluğu ve klorofil değerlerinde önemli düzeylerde artışa neden olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca, tuz uygulanan bitkilere hümik asit uygulanması ile iyon sızıntısı, MDA ve prolin değerlerinde azalmalar meydana geldiği saptanmıştır. Bu parametreler incelendiğinde tuz uygulamasının olumsuz etkilerine karşılık hümik asit uygulamasının olumlu etkisi gözlemlenmiştir. Çalışmada antioksidatif enzim gen ifadeleri değerlendirildiğinde, tuz stresi altındaki bitkilere hümik asit uygulamasının SOD gen ifadesinde farklılık oluşturmazken APX gen ifadesini artırdığı, CAT ve GR gen ifadelerini ise azalttığı saptanmıştır. Bu sonuçlar hümik asit uygulamasının stres ile ilişkili antioksidatif enzim genleri ve tolerans mekanizmaları üzerinde etkili olduğu ve bu etkinin olumlu olabileceği görülmüştür. Sonuç olarak, tuz stresinin yaşandığı koşullarda bitkilere uygulanacak olan hümik asitin tuz stresini azaltmada etkin rol oynayabileceği kanısına varılmıştır.
Farklı hasat dönemlerinin siyah banotu (Hyoscyamus niger) kök kültürlerinde tropan alkaloidleri ile fenolik bileşiklerin birikimi üzerine etkileri
Bu araştırma, siyah banotu (Hyoscyamus niger L.) bitkisinin yaprak saplarından elde edilen adventif köklerde farklı hasat dönemlerinin kök büyümesi ile sekonder metabolit birikimi üzerine olan etkilerini belirlemek amacıyla gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla 1mM metil jasmonat (MeJA) içeren besin ortamlarında kültüre alınan adventif kökler, uygulamayı takip eden 1. günden başlayarak 30. güne kadar belirli aralıklarla 11 farklı dönemde hasat edilmiştir. Hasattan sonra kök büyüme kriterleri olarak köklerde yaş kök ağırlığı, kuru kök ağırlığı ve kök büyüme indeksi; sekonder metabolit kapsamında ise tropan alkaloidleri ile fenolik bileşikler incelenmiştir. Araştırma sonucunda, yaş ve kuru kök ağırlıkları ile kök büyüme indeksini içeren en yüksek kök büyüme değerleri 12. günden 30. güne kadarki dönemlerde hasat edilen köklerden elde edilmiştir. En yüksek skopolamin miktarı 15., 18. ve 21. günlerde hasat edilen köklerden elde edilirken, hiyosiyamin miktarı bakımından en yüksek değerler de 12. ve 15. günlerde hasat edilen köklerde tespit edilmiştir. En yüksek toplam fenolik bileşik miktarı da 19.33 mg/g değeri ile 15. günde hasat edilen köklerde belirlenmiştir. HPLC ile yapılan fenolik madde analizlerinde ise incelenen fenolik bileşiklerden ferulik asit, kafeik asit, o-kumarik asit, p-kumarik asit, rutin ve kuersetin köklerde tespit edilememiştir. Öte yandan gallik asit, kateşin, epikateşin, vanilin, sinnamik asit, rosmarinik asit ve klorogenik asit miktarlarının hasat dönemlerine bağlı olarak önemli değişiklikler gösterdiği belirlenmiştir. Araştırma sonucunda 1mM MeJA uygulamasının ardından farklı dönemlerde hasat edilen köklerde incelenen bütün kriterler bakımından en yüksek değerlerin elde edildiği 15. günün, 1 mM MeJA uygulaması yapılmış siyah banotu adventif kökleri için en uygun hasat dönemi olduğu belirlenmiştir.
Kayısı çeşitlerinin SSR belirteçleriyle moleküler karakterizasyonu
Kayısı, Rosaceae (Gülgiller) familyasında yer almakta olup, Prunus armeniaca L. olarak isimlendirilmektedir. Türkiye dahil birçok ülkede ve farklı iklim koşullarında yaygın olarak yetiştirilen bir meyvedir. Bu çalışmada, Mersin Mut Topluca köyü çiftçi bahçelerinden temin edilen 7 farklı kayısı çeşidinde SSR belirteç tekniği kullanılarak kayısı çeşitleri arasındaki farklılıklar araştırılmıştır. SSR belirteçleri ile yapılan analizler sonucunda kayısı çeşitleri NTSYS-pc programı kullanılarak UPGMA yöntemi ile gruplandırılmıştır. Analiz sonucunda kayısı çeşitleri arasında iki ana grup ortaya çıkmıştır ve bu iki grubun benzerlik katsayıları 0.677-0.938 arasında değişim göstermiştir. İlk ana grup kendi içinde alt gruplardan meydana gelmiştir. Birinci alt grupta Iğdır Şalağı, Septik ve Şekerpare, ikinci alt grupta ise İtalyan Tokalı ve Çağataybey yer almıştır. İkinci ana grup 2 alt gruba ayrılmıştır. İlk alt grupta Al, ikinci alt grupta, Bebeko yer almıştır. Iğdır şalağı ve Septik çeşitleri birbirinden ayırt edebilecek polimorfizmler üretilememiş ve bu nedenle iki çeşit bir arada gruplanmıştır. Iğdır şalağı, Septik ve Şekerpare; İtalyan tokalı ve Çağataybey; Al ve Bebeko arasında yakın korelasyon olduğu gözlemlenmiştir. En düşük benzerlik değeri Al ile İtalyan tokalı arasında 0.677 olarak tespit edilmiştir. En yüksek benzerlik katsayısı değeri (0,9389) Septik ve Iğdır Şalağı çeşitleri arasında belirlenmiştir. Bu veriler ışığında, Türkiye'de yetiştirilen kayısı çeşitlerine ait olan SSR bulguları, ülkede yapılan ıslah çalışmaları için ebeveyn seçiminde önemli bir basamak oluşturabilir. Ayrıca, kayısı çeşitlerinin yayılım alanlarının belirlenmesi, genetik koleksiyonların karşılaştırılması, kayısı genotiplerinin karakterizasyonu için kullanılabilir.
Aspir tohumlarında yaşlanma hasarını azaltmak için priming uygulamalarının etkilerinin incelenmesi
Mevcut çalışma, hızlandırılmış yaşlandırma testi (HYT) sonrasında priming uygulanmış, uygulanmamış ve kontrol tohumlarında, tohumların çimlenme değerleri ve biyokimyasal içerikleri ve antioksidant enzim aktivitelerindeki değişimleri belirlemek amacıyla yapılmıştır. Çalışmada Montola 2000 ve Linas çeşitlerine ait tohumlar kullanılmıştır. HYT uygulamaları tüm aspir tohumlarında 43°C'de 72 s süreyle yapılmıştır. HYT testinden sonra tohumların bir kısmına %3'lük askorbik asit, %2'lik CaCl2 ve %0.1'lik glutatyon çözeltileri ile priming uygulamaları yapılmıştır. HYT uygulanmamış tohumlar (kontrol), priming ve HYT uygulanmış tohumlar 25°C'de 14 gün boyunca çimlendirme testine alınmış, çimlenme yüzdesi, ortalama çimlenme süresi, normal ve anormal fide yüzdeleri belirlenmiştir. Biyokimyasal ve antioksidant enzim aktivitelerindeki değişimleri belirlemek için 9 parametredeki değişimlerle birlikte superoksit dismutaz ve peroksidaz aktiviteleri de incelenmiştir. Sonuçlara ait veriler varyans analizine tabi tutulmuş ve ortalamalar arasındaki farklılıklar ve önem dereceleri Duncan çoklu karşılaştırma testi ile belirlenmiştir (P<0.05). Kontrol tohumları, en yüksek çimlenme, normal fide oranları ile en düşük çimlenme süreleri ve anormal fide oranlarını göstermiştir. HYT uygulaması çimlenme ve normal fide oranlarını düşürürken; anormal fide oranı ve ortalama çimlenme sürelerini artırmıştır. HYT sonrası priming uygulanan tohumların çimlenme yüzdesi ve normal fide oranları artmış, anormal fide oranları azalmış fakat ortalama çimlenme süreleri ise azalmamıştır. Priming uygulamalarının HYT sonrasında tohumların biyokimyasal içeriklerine olan etkileri priming uygulamalarına bağlı olarak değişmiştir. Genel olarak priming uygulamaları tohumlardaki indirgenebilir şeker, serbest yağ asitleri, serbest aminoasit, malondialdehit ve hidrojen peroksit miktarlarını düşürmüş, fenolik madde ve protein miktarını ise artırmışlardır. Priming uygulamaları tohumlardaki toplam yağ ve flavanoid miktarlarına etki etmemişlerdir. Superoksit dismutaz aktivitesi priming uygulamaları ile düşmüştür. Peroksidaz aktivitesi ise uygulamalar arasında farklılıklar göstermiştir.
Bor stresi altındaki domateste melatonin uygulamasının belirli fizyolojik ve moleküler düzeydeki etkilerinin belirlenmesi
Biyotik ve abiyotik stres faktörleri domates yetiştiriciliğine her yıl önemli ekonomik zararlar vermektedir. Melatonin, bitkilerdeki varlığı keşfedilmiş olan triptofan türevi bir bitki büyüme düzenleyicidir. Çok çeşitli bitkiler üzerinde yapılan çalışmalarda melatonin varlığı ile bitki stres toleransı üzerinde birçok bağlantı ortaya çıkarılmıştır. Ancak melatonin uygulamasının, bor stresi altındaki domates bitkisinde nasıl bir etki gösterdiği aydınlatılmamıştır. Bu tez çalışması kapsamında çok sayıda araştırmaya konu olan ve farklı abiyotik stres koşulları altında yüksek etkinliği olduğu tespit edilmiş olan helikaz, kalsiyum-bağımlı protein kinaz ve mitogen uyarıcılı protein kinaz ailelerinden, DEAD-BOX, CDPK, MAPK3 ile P5CS, ACS2, FeSOD, CAT2, GR1, APX1 antioksidatif savunma sistemi genlerinin ifadelerindeki değişim, melatonin hormonu varlığında B stresi altındaki domates bitkisinde incelenip, ilk kez bu çalışma kapsamında değerlendirilmiştir. Çalışmamızda, Kayra F1 domates çeşidi 1 ay süreyle Hoagland çözeltisi ile sulanarak yetiştirilmiş ve daha sonra 7.5 mM B(OH)3 şiddetinde bor stresine maruz bırakılmıştır. Bor stresi altında melatonin uygulaması ile kontrole göre bağıl su içeriğinde, MDA miktarında, prolin miktarında azalmanın, iyon sızıntısında ise artışın meydana geldiği görülmüştür. Sonuçlar incelendiğinde melatonin uygulamasının bor stresinin meydana getirdiği olumsuz sonuçları azaltıcı yönde etki gösterdiği saptanmıştır. Bor stresi altındaki bitkilerin antioksidatif enzim gen ifadeleri incelendiğinde ise, melatonin uygulaması ile kontrole göre, P5CS gen ifadesinde önemli bir farklılık gözlemlenmezken, ACS2 gen ifadesinde azalışa, DEAD-BOX, CDPK, MAPK3, APX1, CAT2, GR1, FeSOD gen ifadelerinde artışa rastlanılmıştır. Sonuçlar değerlendirildiğinde stres ile ilişkili antioksidatif enzim gen ifadeleri ile melatonin uygulamasının etkileşimi bulunduğu gözlemlenmiştir. Tüm bu parametreler incelendiğinde bor stresi altındaki bitkilere melatonin uygulamasının bor stresini azaltmada etkili olabileceği kanısına varılmıştır.
Yeşil sentezle üretilen gümüş nanopartiküllerinin karakterizasyonu ve Gentiana lutea L. kök kültürlerinde kök büyümesi ile iridoid, sekoiridoid ve ksantonların birikimi üzerine etkileri
Bu araştırma, sarı centiyan (Gentiana lutea L.) bitkisine ait köklere uygulanan yeşil sentezle elde edilmiş gümüş nanopartiküllerinin (AgNP'lerin) kök gelişimi ile sekonder metabolit birikimi üzerine olan etkilerini belirlemek amacıyla gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla farklı konsantrasyondaki (4, 8, 12 ve 16 mg/l) AgNP'ler in vitro koşullarda çoğaltılmış köklere 2, 4 ve 6 gün boyunca uygulanmıştır. Hasat sonrasında uygulamalara göre kökler, yaş kök ağırlığı, kuru kök ağırlığı, kök büyüme indeksi ile iridoid, ksanton ve sekoiridoid grubuna giren bazı metabolit içerikleri bakımından değerlendirilmişlerdir. Araştırma sonucunda 4 ve 8 mg/l konsantrasyonlarında uygulanan AgNP'lerin kök yaş ağırlığı ve büyüme indeksini kontrole göre artırırken, 16 mg/l AgNP uygulamasının incelenen bütün kök gelişim kriterlerini düşürdüğü tespit edilmiştir. AgNP uygulamalarının metabolit birikimini de konsantrasyon ve uygulama süresine göre önemli derecede değiştirdiği saptanmıştır. En yüksek değerler loganik asit ve sverosit için 4 gün süreyle uygulanan 16 mg/l AgNP; ammarogentin için 6 gün süreyle uygulanan 4 mg/l AgNP; gentiopikrosid için 6 gün süreyle uygulanan 16 mg/l AgNP uygulamalarundan elde edildiği tespit edilmiştir. Araştırmada svertiamarin ve isogentisin bakımından en yüksek değerlerin ise kontrol grubu köklerden elde edildiği ve AgNP uygulamalarının bu metabolitlerin birikiminde engelleyici etkide bulunduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, konsantrasyon ve uygulama süresine bağlı olarak AgNP uygulamalarının sarı centiyan bitkisinde kök büyümesini ve metabolit birikimini önemli derecede değiştirdiği; loganik asit, sverosit, amarogentin ve gentiopikrosid birikimi için AgNP uygulamalarının başarı ile kullanılabileceği belirlenmiştir.
Fosfine dirençli ve hassas sitophilus granarius popülasyonlarında endosimbiyont bakterilerin durumu
Buğday dünyada yetiştiriciliği yapılan en önemli bitkilerden birisidir. Buğday'da hasat sonrası en büyük sorun ise depo zararlılarının varlığıdır. Bu zararlılara karşı fosfin gazı uygulanmaktadır. Ancak birçok pestisite olduğu gibi bu bileşiğe karşı da depolanmış ürün zararlıları direnç geliştirmektedir. Böceklerin pestisitlere karşı direnç geliştirmesinde endosimbiont bakterilerin rolü olduğuna yönelik çalışmalar vardır. Bu çalışmada Türkiye'nin dört farklı bölgesini temsilen beş ilden sekiz popülasyonda fosfine dirençli ve hassas buğday biti Sitophilus granarius (Coleoptera: Curculionidae) bireylerinde endosimbiont bakterilerden Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma varlığı incelenmiştir. Bunun için bireylerin DNA izolasyonu, Touchdown PCR ve agaroz jel elektroforezi yapılarak bulaşıklık oranları belirlenmiştir. Fosfine dirençli ve hassas popülasyonlardaki bulaşıklık oranları Wolbachia için sırasıyla ortalama %49.75 ve%87.25, Rickettsia için sırasıyla ortalama %45.65 ve %37.50 ve Spiroplasma için sırasıyla ortalama %49.80 ve %28.50 olarak bulunmuştur. Popülasyonların üçünde ikişer endosimbiyont diğer beşinde ise tüm endosimbiontlar belirlenmiştir. Ayrıca hassas popülasyonlarda çoklu enfeksiyon durumları W+R, W+S, W+R+S için %33, %25, %12 ve R+S için bulunamamıştır. Dirençli popülasyonlarda çoklu enfeksiyon W+S, W+R+S; %12, %4 olarak bulunmuş ve W+R, S+R çoklu enfeksiyonuna rastlanmamıştır.
Soğukta depolama altındaki elmada hormon etkileşimlerinin gen ifadesi seviyesinde incelenmesi
Daha önceki çalışmalarda, meyve olgunlaşmasında yer alması potansiyel oksin/etilen etkileşimine ışık tutulmuş, ancak kısıtlı sayıda bulgu elde edilmiştir. Elmada depolama süresini ve meyve kalitesini arttırmak amacıyla yaygın olarak kullanılan etilen inhibitörü 1-MCP uygulamasıyla belirli gen ifadesi değişimlerinin incelendiği çeşitli çalışmalar mevcuttur. Ancak bu süreçte oksin metabolizmasının gen ifadesi seviyesinde incelendiği herhangi bir çalışmaya rastlanmamıştır. Bu çalışma ile, depolama altındaki elmada, farklı depolama dönemlerinde ve farklı hormon/hormon inhibitörü uygulamaları altında transkriptomun incelenmesi yoluyla hasat sonrası olgunlaşma sürecinin ve meyvedeki hormon etkileşimlerinin moleküler düzeyde karşılaştırmalı olarak incelenmesi ve incelenen parametreler dahilinde aydınlatılması hedeflenmiştir. Bu amaçla hasattan sonra 625 ppb 1-MCP (1-metilsiklopropen), 20 mg/L oksin, 0.5 g/L etilen ve 1 μg/L NPA (1-N-naftilfitalamik asit) uygulanan meyveler ve hiçbir hormon/hormon inhibitörü uygulanmamış kontrol grubu meyveleri 6 ay süreyle depolamaya alınmıştır. Depolama süresi boyunca 1. gün, 3. ay ve 6. ayda alınan örneklerden RNA izolasyonu gerçekleştirilmiş, ERF, Aux/IAA, NAC ve EIN3 genlerinin ifadeleri incelenmiştir. İfade analizleri sonucunda, oksin ve oksin inhibitörü NPA uygulamasının etilen ile ilişkili bazı ERF genlerinin ifadesini arttırdığı görülmüştür. Etilen uygulaması Aux/IAA geninin ifadesini 1. günde arttırmış, 3. ayda ve 6. ayda azaltmıştır. Etilen inhibitörü 1-MCP uygulaması ile Aux/IAA geninin ifadesi azalmıştır. NPA ve 1-MCP inhibitörlerinin bir arada uygulaması Aux/IAA geninin ifadesini 1. günde ve 6. ayda arttırırken, 3. ayda azaltmıştır. ERF4 geni ise inhibitörlerin bir arada uygulaması altında ifade göstermemiştir. Bu çalışmada incelenen parametreler ile elde edilen bulgular, önceki çalışmalarda ışık tutulan potansiyel hormon etkileşiminin varlığını kanıtlar niteliktedir.
Karpuzda lipoksigenaz genlerinin izole edilmesi ve karakterizasyonu
Lipoksigenazlar (LOX) cis, cis 1,4-pentadien grubu doymamış yağ asitlerinin oksitlenmesini katalizleyen oksidoredüktaz grubunda yer alan enzimlerdir. Lipoksigenazlar normal substratları olan doymamış yağ asitlerini peroksidasyona uğratırken aynı anda ksantofil ve lütein başta olmak üzere karotenoidlerin de dolaylı oksidasyonuna (ko-oksidasyon) neden olarak rengin açılmasına yol açmaktadır. Lipit peroksidasyonu, genel olarak membran parçalanması veya fonksiyon kaybının bir göstergesi olarak kabul edilmektedir. Çalışmalar membran yağlarındaki değişimlerin meyve ve sebzelerin çabuk yumuşaması ve bozulmasında önemli role sahip olduklarını göstermektedir. Bu çalışmada karpuz meyvesi açısından çok önemli olan kötü tat, aroma ve renk bozulmalarının ve lipit peroksidasyonunun önlenmesinde etkili olan lipoksigenaz genlerinin izole edilmesi ve karakterizasyonu yapılmıştır. Çalışmada Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü'nden sağlanan karpuzdan, lipoksigenaz genleri belirlenip klonlanmış ve karakterize edilmiştir. Bu amaçla öncelikle gen bankasında bulunan daha önce karakterize edilmiş lipoksigenaz gen sekansları alınarak bu sekanslardan türler arasında değişim göstermeyen kısımlar belirlenmiştir. Bu kısımlar baz alınarak primerler hazırlanmıştır ve karpuz cDNA'sı ile birlikte PCR reaksiyonuna tabii tutulmuştur. Elde edilen cDNA parçası klonlanıp sekanslanmıştır. Lipoksigenaz genleri ile benzerlik gösterdiği belirlendikten sonra 3' ve 5' uçları RACE analizleri ile tamamlanmıştır. Elde edilen gen parçaları klonlanıp sekanslanmış ve lipoksigenazlara ait olduğu kanıtlanmıştır.
Yağ gülünde (Rosa damascena Mill.) primer metabolitler, hücre duvarı bileşenleri ve enzim aktivitelerinin çiçek gelişimi boyunca belirlenmesi
Yağ gülü, uçucu yağ gibi çok değerli ürünlerin elde edilmesi için yetiştirilmekte fakat çiçek gelişimine eşlik eden biyokimyasal ve metabolik değişimler yeterince bilinmemektedir. Çalışmada, beş gelişim aşamasındaki yağ gülü çiçeklerinde fenolojik, primer, sekonder metabolitler, renk bileşenleri, karbohidrat metabolizması ile hücre duvarı bileşenleri ve ilişkili enzim aktivitelerindeki değişimler belirlenmiştir. İncelenen tüm fenolojik özelliklerde çiçek gelişimi boyunca önemli farklılıklar meydana gelmiştir. Protein ve yağ oranı haricindeki tüm primer metabolitlerin miktarları çiçek gelişimiyle birlikte artmıştır. Çiçek gelişimi boyunca sekonder metabolitlerdeki değişimler incelenen metabolite bağlı olarak değişmiş, organik asit ve fenolik içerikleri azalırken, uçucu yağ miktarı ve bileşenlerin sayısı artmıştır. Antosiyanin ve diğer renk bileşenlerinin miktarları III. gelişime kadar yüksekken, daha sonraki dönemlerde azalmıştır. Kolorimetrik parametreler (L*, a*, b*, c*, hº), renk bileşenlerinin değişimine bağlı olarak çiçek gelişimi sırasında değişmiştir. Karbohidrat metabolizması, çiçek gelişim dönemlerinde önemli farklılıklar göstermiş; fruktoz, glukoz, çözünebilir şekerler, toplam karbohidrat ve nişasta içerikleri geç gelişim aşamalarında yüksek olurken, sükroz seviyesi düşüş göstermiştir. Çiçek gelişimi sırasında ADF, NDF ve hemiselüloz miktarları değişim göstermezken, pektin miktarı artmış, selüloz miktarı azalmıştır. Hücre duvarı enzimlerinin (β-galaktosidaz, β-glukosidaz, endoglukanaz, pektin liyaz, pektin metil esteraz ve poligalakturonaz) aktiviteleri IV. dönemine kadar artmış, V. dönemde ise hepsinin aktivitesi azalmıştır. İncelenen özellikler arasındaki ilişkileri belirlemek için korelasyon ve temel bileşen analizleri yapılmış, elde edilen 741 korelasyondan 80'i pozitif, 55'i negatif ilişkili bulunmuştur. Temel bileşen analizi, toplam varyasyonun %85.1'ini açıklamış ve gelişim aşamaları dört ana kümeye ayrılmıştır. Sonuç olarak, yağ gülü çiçek gelişiminin III ve IV. dönemlerinde önemli biyokimyasal değişikliklerin meydana geldiği belirlenmiştir.
Sütçüler kekiği (Origanum minutiflorum)'nde 1-deoksi-d-ksilüloz 5 fosfat redüktoizomeraz (DXR) ve terpen sentaz genlerinin izolasyonu ve karakterizasyonu
'Sütçüler kekiği' olarak bilinen Origanum minutiflorum, Türkiye'de Isparta ilinin Sütçüler ilçesinde yetişen endemik bir türdür. Bu çalışmada Origanum minutiflorum bitkisinden uçucu yağ sentezinde görev alan 1-deoksi-D-ksilüloz fosfat redüktoizomeraz (OmDXR) ve terpen sentaz 1 (OmTPS1) genlerinin izolasyonu ve karakterizasyonu amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda kekik yapraklarında toplam RNA izole edilmiş ve hedef genlere özgü primerler ile genlerin moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Çalışma sonucunda OmDXR genine ait tam uzunluktaki cDNA nükleotid uzunluğunun 1 700 bç ve genin 1446 bç'lik kısmının açık okuma çerçeve bölgesini içerdiği tespit edilmiştir. Genin, 138 bç'lik kısmının 5'-UTR, 116 bç'lik kısımnın ise 3'-UTR bölgesini içerdiği ve genin 481 amino asit uzunluğunda bir proteini kodladığı saptanmıştır. Ayrıca çalışma kapsamında elde edilen nükleotid dizisinin önceki çalışmalardan elde edilen nükleotid dizileri ile %74.22-81.07, protein dizisinin ise %70.92-72.95 arasında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. OmTPS1 genine ait tam uzunluktaki cDNA nükleotid uzunluğunun 1 836 bç olduğu ve genin 1 806 bç'lik kısmının açık okuma çerçeve bölgesini içerdiği saptanmıştır. OmTPS1 genin kodladığı proteinin ise 601 amino asit uzunluğunda olduğu saptanmıştır. Ayrıca çalışma kapsamında elde edilen nükleotid dizisinin önceki çalışmalardan elde edilen nükleotid dizileri ile %75.99-89.58, protein dizisinin ise %51.66-69.88 arasında benzerlik olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca tez kapsamında OmDXR ve OmTPS1 genlerinin Origanum minutiflorum genomunda kaç kopya ile temsil edildiğini belirlemek amacıyla 'Southern Blot' analizi yürütülmüştür. Çalışmada karakterize edilen genlerin 'Southern' Blot analizleri sonucunda her iki genin de (OmDXR ve OmTPS1) üç farklı enzimle (EcoRI, BamHI ve HindIII) kesimi sonucunda tek DNA bandı ürettiği ve genomda tek kopyalarının olduğu saptanmıştır.
Orta Afrika ülkesi Çad'da domates güvesi Tuta absoluta (Lepidoptera: Gelechiidae) popülasyonlarında endosimbiyont bakteri türlerinin belirlenmesi
Güney Amerika orijinli olan domates güvesi Tuta absoluta (Meyrick, 1917) (Lepidoptera: Gelechiidae), domateste zararlı en önemli türlerden birisidir. Bu zararlı, domates sektörünün çok önemli bir sosyo-ekonomik ve beslenme rolü oynadığı Çad'da ilk defa bu çalışma ile belirlenmiştir. Çad'daki surveylerde domates üreticileri ile yapılan görüşmelerde T. absoluta nedeniyle domates üretiminde çok büyük ekonomik kayıpların oluştuğu ve kimyasal mücadelede de genellikle başarısız oldukları anlaşılmıştır. Bu tez çalışması, istilacı egzotik bir tür olan T. absoluta'nın Çad popülasyonlarında endosimbiyont bakterilerden Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma'nın belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Bu amaçla yapılan surveylerde, T. absoluta larvaları Çad'ın sadece Am-timan ve Moundou bölgelerinden toplanabilmiştir. Moundou lokasyondan 10 larva Am-timan lokasyondan altı larva olmak üzere toplam 16 larvada endosimbiyotik bakteriler Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma'nın varlığı ve bulunma oranları PCR reaksiyonu ile belirlenmiştir. Toplam bulunma oranı Wolbachia enfeksiyonu için ortalama %87.5, Rickettsia enfeksiyonu için %100 ve Spiroplasma enfeksiyonu için %93.75 olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, Çad'da ilk kez belirlenmiş olan T. absoluta'nın simbiyontları olarak Wolbachia, Rickettsia ve Spiroplasma tespit edilmiştir. Şimdiye kadar yapılan çalışmalara bakıldığında Spiroplasma ve Rickettsia çalışmamızda yüksek oranlarda belirlenmiştir.
WRKY transkripsiyon faktörlerini kodlayan genlerin ekspresyonlarının bazı Prunus anaçlarında kuraklık stresi sırasında incelenmesi
Prunus cinsi içerisinde yer alan sert çekirdekli meyve türleri, dünya üzerinde çok geniş alanlarda üretilmekte ve tüketilmektedirler. Çok yıllık bitki grubunda yer alan bu meyve türleri, uzun yıllar aynı ortamda kalmaktadırlar. Bu süreç içerisinde, verim ve kalitede düşüşlere neden olan birçok abiyotik ve biyotik stres etmenlerine maruz kalmaktadırlar. Bu nedenle de, sert çekirdekli meyve türlerinin yetiştiriciliğinde, farklı stres etmenlerine karşı farklı anaçlar kullanılmaktadır. Bu stres etmenlerinin en başında, son yıllarda, küresel ısınmadan kaynaklanan iklim değişiklerinin bir sonucu olarak kuraklık stresi gelmektedir. Bitkiler, kuraklığa karşı bazı dayanıklılık mekanizmaları geliştirmişlerdir. Transkripsiyon faktörleri (TF), bu dayanıklılık mekanizmasında streslere karşı dayanıklılık veya toleransta rol oynayan genlerin ifadelerinin düzenlenmesinde önemli görevler üstlenmektedirler. Büyük ailelerden oluşan TF'leri içerisinde, WRKY TF'leri, ikinci büyük aileyi oluşturmaktadır. Bu çalışma kapsamında, Prunus türlerinin yetiştiriciliğinde kullanılan 11 Prunus anacının 30 günlük kuraklık stresi sırasında öncelikle performansları değerlendirilmiştir. Ayrıca, bu süreçte WRKY TF'lerinin ifade düzeylerindeki değişimler incelenmiştir. Bu çalışmada, şeftali bitkilerinde analizi gerçekleştirilen 15 WRKY TF'ünün, 10 tanesinin kuraklık stresi sırasında uyarılarak, kuraklık stresine cevap mekanizmasında yer alabileceklerine dair verilere ulaşılmıştır. Daha sonra, WRKY 5 ve WRKY 9 genlerinin ifade düzeyleri, sert çekirdekli meyve türlerinin yetiştiriciliğinde kullanılan 10 Prunus anacında da belirlenmiştir. Ayrıca, WRKY 5 ve WRKY 9 genlerinin farklı anaçlardaki gen dizilimleri karşılaştırılarak, aralarında olabilecek benzerlikler veya farklılıklar ortaya çıkarılmıştır. Bu çalışmadan elde edilen sonuçlar, WRKY TF'lerinin Prunus anaçlarında kuraklık stresine cevap mekanizmasında yer alabileceklerini ve kurak şartlara tolerant yeni Prunus anaçlarının geliştirilmesi amacıyla ileride yapılacak olan çalışmalarda kullanılabileceklerini göstermiştir.
Antalya ili nar yaprakbiti aphıs punıcae passerini (Hemıptera: Aphididae) popülasyonlarında endosimbiyont bakterilerin belirlenmesi
Yaprakbitleri tarımsal alanda pek çok bitkide konukçu olarak yaşarlar. Yaprakbitleri'nin konukçu bitki şeçimine üreme iklim ve ilaç direnci gibi aktivitelerine etkileyen endosimbiyontlar vardır. Genel olarak yaprakbitleri üzerinde endosimbiyont ile ilgili çalışmalar yapılmıştır. Ancak narda yaprakbiti Aphis punicae'nın endosimbiyontları ile ilgili çalışma bulunmamaktadır. Bu tez çalışması, nar ağaçlarında önemli bir tehdit unsuru olarak görülen nar yaprakbiti Aphis punicae (Hemiptera: Aphidie)'nın Antalya ilinin farklı lokasyonlarındaki nar ağaçlarından alınarak moleküler yöntemler ile endosimbiyont bakterilerden Wolbachia, Hamiltonella defensa, Rickettsia ve Arsenophonus varlığının belirlenmesi amacı ile yürütülmüştür. Bu amaçla Korkuteli, Döşemealtı-Bademağacı, Döşemealtı-Çığlık, Kemer, Konyaaltı, Merkez-Meydankavağı, Muratpaşa-Güzeloba, Aksu, Serik, Alanya olmak üzere 10 lokasyondaki yaprakbiti örnekleri parklar, yol kenarı ve bahçe alanlarında bulunan ağaçlar üzerinden toplanmıştır. Her lokasyodan alınan bireylerde endosimbiyontların varlığı ve bulunma oranları PCR reaksiyon ile belirlenmiştir. Toplamda 10 lokasyondan beşer adet birey alınarak toplam 50 bireyde dört endosimbiyotun bulunma oranları Wolbachia %52, Hamiltonella defensa, %62, Rickettsia %68 ve Arsenophonus %74 olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak Antalya ilinde Aphis punicae'nın simbiyontları olarak Wolbachia, Hamiltonella defensa, Rickettsia ve Arsenophonus ilk kez tespit edilmiştir. Wolbachia, Hamiltonella defensa, Rickettsia ve Arsenophonus endosimbiyontları ikili, üçlü ve dörtlü şekilde enfekte olmuştur. Aynı anda dört endosimbiyontun bulunduğu Korkuteli, Çığlık, Kemer, Konyaaltı, Alanya ve Serik olarak altı lokasyonda dokuz bireyde görülmüştür.
Antalya ili örtüaltı domates alanlarında beyazsinek (Hemiptera: Aleyrodidae) popülasyonlarındaki endosimbiyont bakterilerin belirlenmesi
Geniş konukçu dizisine sahip olan Tütün beyazsineği (Bemisia tabaci) (Gennadius) ve Sera beyazsineği (Trialeurodes vaporariorum) (Westwood) (Aleyrodidae) tüm dünyada ve ülkemizde tarımsal alanlarda var olan en önemli bitki koruma sorunları içerisinde ilk sıralarda yer almaktadır. Çalışma kapsamında Antalya ili örtüaltında yetiştirilen domates bitkilerinden toplanan beyazsinek popülasyonlarında Wolbachia, Rickettsia ve Arsenophonus endosimbiyont bakterilerinin enfekte durumu moleküler yöntemlerle saptanmıştır. Bu amaçla T. vaporariorum ve B. tabaci popülasyonları Antalya'nın Alanya, Manavgat, Serik, Aksu ve Kumluca ilçelerinden toplanmıştır. Toplanan beyazsinek örneklerinde Wolbachia, Rickettsia ve Arsenophonus'un varlığı ve bulunma oranları PCR reaksiyonu ile belirlenmiştir. Dünyada yapılan çalışmalarda B. tabaci ve T. vaporariarum'da Wolbachia, Arsenophonus ve Rickettsia olmak üzere üç simbiyontun varlığı belirlenmişken, ülkemizde yalnızca B. tabaci'de bu üç simbiyont belirlenmiş T. vaporariarum türüne ait beyazsineklerde bir çalışma yapılmamıştı. T. vaporariorum popülasyonlarında %36 Wolbachia, %32 Rickettsia ve %68 Arsenophonus saptanırken B. tabaci popülasyonlarında %28 Wolbachia, %40 Rickettsia ve %52 Arsenophonus saptanmıştır. Sonuç olarak ülkemizde T. vaporariorum popülasyonlarında yapılan ilk çalışmadır ve yüksek oranda enfeksiyon belirlenmiştir. Çeşitli böcek gruplarında birkaç farklı endosimbiyont türü aynı konukçuda, yaygın olarak bulunmaktadır. Dünyada beyaz sinek popülasyonlarında yapılan bir çalışmada Wolbachia ve Rickettsia endosimbiyontlarının beraber bulunduğu bireylerde, birbirleriyle rekabet saptanmışken ülkemizde daha önce çalışma yapılmamıştır. Çalışmamızda B. tabaci ve T. vaporariorum popülasyonlarında çoklu enfeksiyon durumu incelendiğinde tek bireyde beraber bulunan Wolbachia ve Rickettsia'nın antagonistik ilişki yaptığı gözlemlenmiştir.
Isparta, Konya ve Afyonkarahisar illerinde kiraz, vişne ve kayısı ağaçlarında bulunan Monilinia laxa'nın bazı fungisitlere direnç durumlarının araştırılması
Bu çalışma, Isparta, Afyonkarahisar ve Konya illerindeki kiraz, vişne ve kayısılardan elde edilen Monilinia laxa izolatlarının cyprodinil, thiophanate methyl ve captan fungisitlerine karşı direnç durumlarının ve aynı fungisitlerin M. laxa'nın süperoksit dismutaz (SOD) ve katalaz (CAT) enzim aktiviteleri üzerine etkilerinin belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Sörvey bölgelerindeki kiraz, vişne ve kayısıların çiçek, dal ve meyve gibi bitki kısımlarından elde edilen 91 adet M. laxa izolatı arasından temsili olarak seçilen 35 adet izolatın in vitro koşullarda cyprodinil, thiophanate methyl ve captan fungisitlerine karşı miselyum gelişimini engelleyen % 50 etkili konsantrasyonları (EC50) petri testleriyle belirlenmiştir. Bu çalışma sonucuna göre, M. laxa izolatlarının cyprodinil, thiophanate methyl ve captan fungisitlerine karşı direnç oranları sırasıyla % 2.86, % 20 ve % 34.3 olarak tespit edilmiştir. Patates dekstroz broth besi ortamında geliştirilen ve belirli bir süre (0, 4, 8 ve 24 saat) fungisite maruz bırakılan M. laxa izolatlarının SOD ve CAT enzim aktiviteleri üzerinde fungisitlerin etkisinin belirlenmesi amacıyla yapılan çalışma sonuçlarına göre, 10 ppm cyprodinil, 10 ppm thiophanate methyl ve 100 ppm captan fungisitlerinin M. laxa'nın SOD ve CAT enzim aktiviteleri üzerinde istatistiki olarak önemli bir etkisinin olmadığı tespit edilmiştir. Literatür taramasına göre bu çalışma, M. laxa'nın cyprodinil, thiophanate methyl ve captan fungisitlerine karşı direnci ile SOD ve CAT enzim aktiviteleri arasındaki ilişkinin belirlenmesine yönelik yapılan ilk çalışmadır.
Bazı hıyar (Cucumis sativus L.) genotiplerinin morfolojik ve moleküler karakterizasyonu
Bu çalışmada Mısır orjinli 11 adet hıyar genotipinin morfolojik, pomolojik ve biyokimyasal içeriklerinin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonunun ortaya konulması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda genotiplere ait tohumlar, Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi, Ziraat Fakültesi'ne ait uygulama çiftliğindeki seralarda yetiştirilmiş ve genotiplere ait 23 farklı özellik analiz edilmiştir. Yapılan çalışmalar sonucunda en yüksek meyve ağırlığının Rahaf genotipinde (337.39 g) olduğu, en yüksek meyve boyu Rahaf genotipinde (23.257cm), ve en yüksek meyve eni Rahaf genotipinde (53.97 mm) olduğu belirlenmiştir. Ayrıca genotiplerde yapılan biyokimyasal analizler sonucunda en yüksek toplam fenolik madde miktarının Madayın (1938 mg gallik asit eşdeğerliği/100g) genotipinde, en yüksek toplam antioksidan madde miktarının C.5 genotipinde (59.253), en yüksek toplam flavonoid miktarının Gazir genotipinde (752.78 mg kateşin eşdeğerliği (CE)/100g) olduğu tespit edilmiştir. En yükse klorofil (a) madde miktarının Madayın genotipinde (4.33728 mg g-1), en yükse klorofil (b) madde miktarının Iskay (6.59514 mg g-1) genotipinde, ve en yükse klorofil (a+b) madde miktarının Madayın genotipinde ( 20.9215 mg g-1) olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca en yüksek suda çözünebilir kuru madde miktarı (SÇKM) Hayıl genotipinde (2.700), en yüksek pH tayini AB.47 genotipinde (7.5933), ve en yüksek titreedilebilir asit miktarı (TEA) Iskay genotipinde (0.1929 ) olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca genotiplerde yapılan morfolojik analizler sonucunda en yükse bitki boyunun Iskay genotipinde olduğu (136.11 cm), en yüksek bitki eni Ofister genotipinde (3.857mm), en yüksek bitki yaprağı sayısı Iskay genotipinde (44.33), ve en yüksek bitki dallar sayısı Sakır genotipinde (21.557 ) olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, farklı genotipler arasındaki genetik farklılıklar, ıslah programlarında genetik çeşitliliğin korunması ve artırılması için çok önemlidir. Bu genetik çeşitlilik, hastalıklara, zararlılara ve çevresel streslere karşı dayanıklı, verimli ve yüksek kaliteli salatalık çeşitlerinin geliştirilmesini sağlar. Ayrıca, genotipler arasındaki önemli farklılıklar, ıslah programları için istenen özelliklere sahip bitkilerin seçilmesini mümkün kılar. Dolayısıyla, bu çalışmada incelenen genotipler üzerine şimdiye kadar herhangi bir bilimsel araştırma yapılmamıştır. Bu nedenle elde edilen veriler, bu genotipleri içeren gelecekteki ıslah programları için değerli bir kaynak olacaktır.
Suriye ve türkiye'de yetiştirilen bazı buğday çeşit ve genotiplerinin ıssr markör tekniği ile moleküler karakterizasyonu
Bu tez çalışmasında, Suriye ve Türkiye'de yetiştirilen 14 farklı ekmeklik buğday (Triticum aestivum L.) genotipinin genetik çeşitliliği, ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) markör tekniği kullanılarak analiz edilmiştir. Buğday genotiplerinden genç çimlenmiş yapraklar toplanarak DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Genetik karakterizasyon için 11 farklı ISSR markörü kullanılmıştır. Yapılan PCR analizleri sonucunda toplam 65 DNA bandı elde edilmiş; bu bantların 57'si polimorfik, 8'i ise monomorfik olarak belirlenmiştir. Buna bağlı olarak polimorfizm oranı %87.69 olarak hesaplanmıştır. Elde edilen veriler, genotipler arasında yüksek düzeyde genetik çeşitlilik olduğunu göstermiştir. Dice benzerlik katsayısı ile oluşturulan dendrogram analizine göre genotipler 4 ana gruba ayrılmıştır. Sonuçlar, ISSR markörlerinin buğdayda genetik farklılıkların belirlenmesinde etkili olduğunu ve bu yöntemin, verimlilik, stres toleransı ve ıslah programları açısından uygun genetik kaynakların seçimi için kullanılabileceğini ortaya koymaktadır.
Batı Akdeniz Bölgesi domates sera topraklarından izole edilen nematod tuzak fungusu türlerinin (Arthrobotrys spp. ve Drechslerella spp.) proteaz enzim aktivitelerinin araştırılması
Bu çalışmada, Batı Akdeniz Bölgesi'ndeki domates sera topraklarından izole edilmiş olan nematod tuzak fungusu türleri Arthrobotrys conoides, A. oligospora, A. thaumasia, Drechslerella brochopaga ve D. dactyloides'e ait izolatların proteaz enzim aktiviteleri araştırılmıştır. Nematod tuzak fungusu izolatlarının hem semikantitatif hem de kantitatif proteaz enzim aktivite tayinleri gerçekleştirilmiştir. Semikantitatif analiz sonuçlarına göre, test edilen 12 nematod tuzak fungusu izolatından 1'inin zayıf, 2'sinin güçlü ve 9'unun ise çok güçlü proteaz enzim aktivitesine sahip olduğu belirlenmiştir. Kantitatif enzim aktivite çalışmaları nematod tuzak fungus izolatlarından elde edilen ham enzim ekstraktı ile gerçekleştirilmiştir. Tüm izolatlar azokazein substratı için kantitatif proteaz enzim aktivitelerine göre değerlendirilmiştir ve en yüksek aktivite Arthrobotrys thaumasia türüne ait B-G8-1 izolatında saptanmıştır. Substrat olarak azokazein kullanılarak, her bir izolat için elde edilen ham proteaz enziminin enzim aktiviteleri, pH değerleri 4.5, 5.0, 5.5, 6.0, 6.5, 7.0, 7.5, 8.0, 8.5 ve 9.0'da ve sıcaklık değerleri 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45 ve 50°C'de ölçülmüş ve optimum pH ve sıcaklık değerleri belirlenmiştir. Her bir izolatın proteaz enzimi için deneysel olarak belirlenen optimum pH ve sıcaklık değerlerinde farklı konsantrasyonlardaki azokazein substratına karşı proteaz enzim aktiviteleri ölçülmüş ve Lineweaver-Burk grafiğinden yararlanılarak KM ve Vmax değerleri saptanmıştır. Her bir nematod tuzak fungusu izolatından elde edilen proteaz enzimi ihtiva eden ham ekstrakta SDS-PAGE uygulanmıştır.
Hidroponik koşullarda farklı pH seviyelerinde yetiştirilen mor fesleğenin (ocimum basilicum L.) pigment, uçucu bileşen ve bazı kalite özelliklerinin incelenmesi
Mevcut çalışmada, hidroponik sistemde yetişitirilen mor fesleğen çeşitlerinin farklı pH seviyelerinde gelişim ve kalite özelllikleri incelenmiştir. Bu amaçla iki mor fesleğen çeşidi (Mor Opal ve Arapgir) ve üç farklı pH seviyesi (5.0, 6.5, 8.0) kullanılmıştır. Çalışma sonucunda incelen tüm özelliklerde çeşit, uygulama ve çeşit x uygulama interaksiyonları önemli olarak bulunmuştur (P<0.05 ve P<0.001). Bitki boyu, dal sayısı ve bitki ağırlığı için Arapgirin pH 6.5, Mor Opalin ise pH 5.0 seviyesinde daha iyi geliştiği tespit edilmiştir. Artan pH seviyelerine bağlı olarak, renk parametrelerinden L*, b*, c* değerleri artmış; a* ve h° değerleri ise azalmıştır. SPME analizi ile mor fesleğen çeşitlerinde pH seviyesine bağlı olarak koku bileşenlerinin miktarları ve sayıları belirlenmiş ve sırası ile Mor Opal ve Arapgir çeşitlerinde pH 5.0'de 49 ve 39, pH 6.5'te 48 ve 43 ve pH 8.0'de 40 ve 47 koku bileşenin varlığı tespit edilmiştir. Kalite özelliklerindeki değişimleri belirlemek için 14 analiz (Toplam klorofil, karoten, fenolik, flavonoid, CUPRAC, FIC, çözünebilir ve indirgenebilir şekerler, nişasta, protein, antosiyanin miktarları ve PAL aktivitesi) yapılmıştır ve yapılan tüm analizlerin sonuçlarında çeşitler ve pH seviyeleri bakımından önemli farklılıkların meydana geldiği tespit edilmiştir.
Mor havuçta mutasyon ıslahı için uygun ışın dozunun belirlenmesi ve oluşabilecek varyasyonların tespit edilmesi
ÖZET MOR HAVUÇTA MUTASYON ISLAHI İÇİN UYGUN IŞIN DOZUNUN BELİRLENMESİ VE OLUŞABİLECEK VARYASYONLARIN TESPİT EDİLMESİ YARAR, Gülistan Yüksek Lisans Tezi, Tarımsal Biyoteknoloji Anabilim Dalı Tez Danışmanı: Doç. Dr. Mehtap YILDIZ Ağustos 2019, 68 sayfa Bu tez çalışmasında, mor havuçta etkili gama mutasyon dozunun belirlenmesi amaçlanmıştır. Yerel Hatay mor havuç popülasyonuna ait tohumlara farklı gama ışın dozları [0, 50, 100, 200, 300, 400, 500 ve 600 Gy] uygulanmıştır. Kontrol ve farklı ışın dozlarına tabi tutulan havuç tohumları saksılara ekilmiş ve hayatta kalma oranları regresyon analizi yapılarak elde edilmiştir. Etkili mutajen dozu 387,5 Gy olarak hesaplanmıştır. Kontrol ve farklı ışın dozları uygulanmış mutant bitkilere ait kök uzunluğu, kök omuz genişliği ve yeşil aksam uzunluğu ölçülmüş ve doz oranları arttıkça mutant bitkilerde kök boyu, omuz genişliği ve yeşil aksam uzunluğunun olumsuz yönde etkilendiği saptanmıştır. Kontrol ve farklı doz grupları arasındaki polimorfizmi belirlemek amacıyla SRAP ve ISSR markırları kullanılmıştır. Dokuz SRAP primer kombinasyonu ve 4 ISSR primerinden toplam 100 bant elde edilmiş ve bunun 84 (%84) tanesi polimorfik özellik göstermiştir. SRAP markırlarında en yüksek bant sayısı (13) Me2 X Em16 primer kombinasyonundan 100 Gy ve 400 Gy dozlarında, en düşük bant sayısı (2) Me1 X Em3 primer kombinasyonunda kontrol grubunda elde edilmiştir. ISSR markırlarında ise en yüksek bant sayısı (10) 50 Gy ve 100 Gy dozlarında ISSR3 primerinden, en düşük bant sayısı (4) Sola11 primerinden 600 Gy dozunda elde edilmiştir. JACARD benzerlik matriksi temeline dayalı oluşturulan dendrogramda 3 ana grup oluşmuştur; a) kontrol, b) 600 Gy doz mutantları bir grup, c) 3. ana grup iki alt grup oluşturmuş ve 50 Gy, 100 Gy ve 200 Gy mutant bitkiler bir alt grupta, 300 Gy, 400 Gy ve 500 Gy mutant bitkiler diğer bir alt grupta toplanmıştır. Anahtar kelimeler: Etkili mutajen dozu, Mor havuç, Mutasyon
Taze fasulye çeşitlerinde farklı düşük doz gama (60Co) ışını uygulamalarının kısıtlı sulama koşulunda etkilerinin belirlenmesi
Farklı gama ışın dozları (25, 50 ve 100 Gy) uygulanan Gina ve Romano çeşitlerinde kısıtlı sulama koşullarının etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. İklim odası koşullarında 23±2 oC sıcaklık ve 16:8 ışık: karanlık peryodunda yetiştirilen fidelere kontrol (%100) ve %50 olacak şekilde su kısıtı uygulanmıştır. Çalışma sonunda gama ışını dozları ile kısıtlı sulamanın sürgün boyu ve çapı, yaprak sayısı, sürgün ve kök yaş-kuru ağırlıkları, kök-sürgün oranı gibi fide gelişim parametrelerinin yanısıra yaprak oransal nem içeriği, fotosentetik pigment içeriği, lipid peroksidasyonu (Malondialdehit (MDA)) ve yeşil aksamda besin elementi içeriklerine etkisine bakılmıştır. Araştırmamızdan elde ettiğimiz bulgulara göre Romano ve Gina çeşitlerinde düşük dozda gama ışını uygulamalarının, stressiz koşullarda bitkisel özelliklerin birçoğuna olumlu yönde etki ettiği belirlenmiştir. Sürgün boyunda Gina çeşidinde gama ışını uygulamaları yaklaşık % 49 artış sağlarken, 25 ve 50 Gy stres ortamında ışın uygulanmayan bitkilere göre sırasıyla % 13 ve % 6.5 oranlarında artış sağlamıştır. Kök boyunun özellikle Romano çeşidinde artan ışın dozu ile birlikte kısıtlı sulamada azaldığı, ancak tersine Gina çeşidinde % 88 oranında arttığı görülmüştür. Lipid peroksidasyonunun her iki çeşitte de % 7.7-32.5 oranında azaldığı tespit edilmiştir. Morfolojik özelliklerde 100 Gy, fizyolojik özellikler ve besin elementi alımında 50 Gy ışın dozlarının daha fazla ön plana çıktığı saptanmıştır. Yine hem Gina hem de Romano çeşitlerinde 50 Gy gama ışın dozunun daha etkili olduğu tespit edilmiştir.
Bitki büyümesini teşvik edici markörler barındıran bakteriyel izolatların bazı abiyotik stres koşullarına dayanıklılığının ın vıtro koşullarda incelenmesi
Bitki büyümesini teşvik eden rizobakteriler (PGPR), bitki büyümesinin arttırılması ve bitki hastalıklarının yönetimi için biyokontrol ajanları olarak kullanılan mikroorganizma grubu olarak tanımlanmıştır. Endofitler ise, bitkilerin doku aralarında/içlerinde yaşayan ancak konukçusunda gözle görülen bir hastalık belirtisine neden olmayan bakteriyel veya fungal mikroorganizmaları kapsar. Bu çalışmada daha önce laboratuvarımızda yürütülen farklı çalışmalarda fosfat çözünürlüğü, indol asetik asit üretimi, siderofor üretimi, azot fiksasyonu gibi PGP (bitki gelişimini destekleyici) markörler açısından kayda değer sonuçlar veren 5 adet izolatın sıcaklık, pH, tuz, kuraklık ve cıva, lityum ve kobalt ağır metallerine karşı toleransları in vitro koşullarda incelenmiştir. Çalışmada, G96Y1, G105K2, G106K1-SV, V14G3 ve V27K3 kod numaralı endofit bakteri izolatları 25oC, 30oC, 35oC, 40oC ve 45oC'de, V14G3 izolatı ise 45oC sıcaklıkta dahi optimum büyüme göstererek en başarılı izolatlar olmuştur. V27K3 izolatı kontrole göre %5 (w/v) tuz konsantrasyonunda optimum derecede büyüme gösterdiği belirlenmiştir. In vitro kuraklık denemelerinde V14G3, G105K2 ve G106Y1 izolatlarının kuraklık stresine karşı en başarılı izolatlar olduğu görülmüştür. Her üç izolatın kontrol gruplarına göre %25 (w/v) PEG konsantrasyonunda dahi kayda değer derecede büyüme gösterdiği ortaya konmuştur. Ağır metal stres denemelerinde, G96Y1 ve V14G3 izolatları 0.05 mM Cıva (Hg) içeren NB sıvı besi ortamında büyüme göstererek Cıvaya karşı en dayanıklı izolatlar olarak değerlendirilmişlerdir. İzolatların Lityum (Li) metalinin farklı konsantrasyonlarındaki büyüme profilleri incelendiğinde 15 mM Lityum içeren NB sıvı besi ortamlarında dahil güçlü bir büyüme ortaya koymuşlardır. Kontrol ile kıyaslama yapıldığında izolatların tümünün Kobalt (Co) metaline karşı hassas olduğu ve test edilen konsantrasyonlarda büyüme gösterememişlerdir. Ayrıca yapılan 16s rRNA dizilemesi sonucunda G96Y1, V14G3, V27K3, G106K1-SV izolatları sırası ile %99.80, %100, %99.58 ve %99.55 benzerlik oranları ile Acinetobacter calcoaceticus, Bacillus halotolerans, Bacillus zhangzhouensis ve Pseudomonas kilonensis suşları ile eşleşmişlerdir.
Assessment of genetic diversity of global sugar beet germplasm through silico dart and SNP markers covering whole genome
Despite the relatively brief domestication history of Beta vulgaris ssp. vulgaris, our knowledge of its genomic diversity is still limited, hindering advancements in breeding efforts. To tackle this challenge, the genetic diversity of 94 genotypes originating from 16 countries was analyzed using 4609 SNP markers and 6950 SilicoDArT markers. The investigated germplasm shows a high degree of genetic diversity. However, the SNP markers data set had higher diversity values than the SilicoDArT marker system. However, the SNP markers data set had higher diversity values than the SilicoDArT marker system. Obtained data from SNP markers revealed three main clusters: S-I, S-II, and S-III. Cluster S-I was the smallest group, with 35 accessions and 51% of them having USA origin. European accessions shared 14% of the cluster. Furthermore, accession from the USA was grouped in Cluster S-III-B, with over 80% from Middle East countries. Results obtained from using SilicoDArT markers revealed that the most distinct accessions were NSL 176303 (Serbia) and PI 140355 (Montenegro). The germplasm was divided into D-I and D-II. First cluster containing 90% of accessions originated from the USA. The D-II cluster was diverse, with accessions from the UK, Türkiye, Iran, and Iraq. The SNP-based clustering supported the D-I cluster, and the SilicoDArT markers-based PCA clustering results agreed with the UPGMA and STRUCTURE results. The AMOVA results confirmed that genetic variation in the germplasm was largely due to differences among accessions or within the clusters (rather than among countries), accounting for 74.5-77.6% of the total variation. Finally, the study identified Ames 2644 and Ames 8297 as the most genetically distinct genotypes, which are ideal for breeding sugar beet.
Bilgisayarlı görme ve derin öğrenme ile süt sığırlarında biyometrik marker tabanlı kimlik doğrulama ve yüz tespitine dayalı yemlik alanı takibi
Bu tez çalışması, süt sığırlarında otomatik kimlik tespiti, takibi ve yüz tespitine dayalı yemlik alanı takibi için bilgisayarlı görme ve derin öğrenme teknolojilerini kullanan entegre bir sistem geliştirmeyi amaçlamıştır. Çalışma, farklı morfolojik özelliklere sahip üç sığır ırkını (Holstein, Simental ve Montofon) kapsayarak, biyometrik kimlik doğrulama sistemlerinin performansını değerlendirmiştir. Çalışmada veriler, üç farklı konumda yerleştirilmiş yüksek çözünürlüklü kameralar aracılığıyla toplanmıştır ve bunlar sırasıyla: sırt görüntüleri için üstten ve yüz tespiti için sağım ünitesine girerken ve yemlik alanından alınan görüntülerdir. Sistem, YOLOv8 mimarisini kullanarak gerçek zamanlı nesne tespiti ve segmentasyon gerçekleştirmiş, ardından bireysel kimlik doğrulama ve yemlik alanı takibi için yüz tespiti yapmıştır. Seçilen ırklar Simmental (n=9), Montafon (n=4) ve Holstein (n=5) baş olmak üzere toplam 18 süt sığırı üzerinde 2 günlük bir veri toplama süreci planlanmıştır. Çalışmanın özgün değeri, mevcut sistemlerin sınırlılıklarını aşarak üç temel yenilik sunmasından kaynaklanmaktadır. İlk olarak farklı sığır ırklarında biyometrik kimlik doğrulama, ikincisi yüz tespitine dayalı yemlik alanı takibi analizinin tek bir sistemde entegrasyonu ve son olarak da gerçek zamanlı video akışında çalışabilen pratik bir çözüm sunulmasıdır. Geliştirilen sistemin, süt sığırcılığında hassas hayvancılık uygulamalarının yaygınlaşmasına katkı sağlaması, hayvan refahının iyileştirilmesi ve çiftlik verimliliğinin artırılması konularında pratik çözümler sunmuştur. Yapılan bu çalışmada, süt sığırlarının sırt görüntülerinden bireysel kimlik tespiti için geliştirilen YOLOv8 tabanlı derin öğrenme modellerinin (nano, small ve medium) performansları kapsamlı olarak değerlendirilmiştir. Modeller arasındaki karşılaştırmalı analiz, mimari karmaşıklığın artmasının temel performans metrikleri üzerinde kayda değer bir iyileşme sağlamadığını ortaya koymuştur. En düşük model olan YOLOv8n, 0.92 hassasiyet ve 0.95 F1 skoru ile öne çıkarken, daha karmaşık mimariye sahip YOLOv8s ve YOLOv8m modeller 0.91 hassasiyet ve 0.94 F1 skoru ile benzer performans sergilemiştir. Normalize edilmiş karmaşıklık matrislerinde gözlemlenen yüksek diyagonal değerler (≈1.00), modellerin sınıflandırma başarısını doğrularken, veri seti dengesizliğinden kaynaklanan sınırlı sayıda sınıflar arası karışma tespit edilmiştir. Özellikle YOLOv8n modelinin, karmaşık mimarilere kıyasla çok daha düşük hesaplama maliyeti sunması ve benzer tespit performansı göstermesi, gerçek zamanlı süt sığırı kimlik tespiti uygulamaları için optimum performans-maliyet dengesi açısından öne çıkmaktadır. Süt sığırlarının yüz tespitine dayalı yemlik alanı takibi için geliştirilen YOLOv8 tabanlı derin öğrenme modellerinin (nano, small ve medium) performansları kapsamlı olarak değerlendirilmiştir. Modeller arasındaki karşılaştırmalı analiz, mimari karmaşıklığın artmasının temel performans metrikleri üzerinde kayda değer bir iyileşme sağlamadığını ortaya koymuştur. YOLOv8n ve YOLOv8s modelleri 0.99 hassasiyet ve 0.99 F1 skor benzerlikleri ile öne çıkarken, daha karmaşık mimariye sahip YOLOv8m modeli 0.91 hassasiyet ve 0.99 F1 skor performansı sergilemiştir. Normalize edilmiş karmaşıklık matrislerinde gözlemlenen yüksek diyagonal değerler (1.00), modellerin sınıflandırma başarısını doğrulamaktadır. Özellikle YOLOv8n ve YOLOv8s modelleri, karmaşık mimarilere kıyasla çok daha düşük hesaplama maliyeti sunması ve benzer tespit performansı göstermesi, gerçek zamanlı süt sığırı beslenme davranışı tespiti uygulamaları için optimum performans-maliyet dengesi açısından öne çıkmaktadır. Hassasiyet ve duyarlılık değerleri incelendiğinde en iyi model YOLOv8s olarak öne çıkmaktadır. Elde edilen bulgular, hayvancılık sektöründe yapay zekâ ve bilgisayarlı görme teknolojilerinin kullanımına yönelik yeni perspektifler sağlayacaktır.
Çiftlik gübresi ve farklı çinko uygulamalarının toprak özellikleri ve kayısı meyve kalitesi üzerine etkilerinin belirlenmesi
Bu araştırma, Malatya İli Darende İlçesi Ilıca Mahallesinde bulunan 20 yaşındaki Hacıhaliloğlu kayısı bahçesinde çiftlik gübresi ve farklı çinko uygulamalarının toprak biyokimyasal özellikleri ve meyve kalitesi üzerindeki etkilerini incelemek amacıyla gerçekleştirilmiştir. Araştırmada, çiftlik gübresi uygulanmayan kontrol grubu ile çiftlik gübresiyle birlikte çinko, çinko + mangan ve çinko + bor uygulanan gruplar karşılaştırılmıştır. Sonuçlar, bu uygulamaların hem toprak hem de meyve kalitesine olumlu katkılar sağladığını ortaya koymuştur. Çinko + bor uygulaması, 36.65 g ile en yüksek meyve ağırlığını sağlarken, kontrol grubunda bu değer 30.91 g olarak ölçülmüştür; bu da %18.6'lık bir artışa karşılık gelmektedir. Suda çözünebilir kuru madde (SÇKM) içeriği açısından, çinko + mangan uygulaması %28.3 ile en yüksek değeri verirken, kontrol grubunda bu oran %22.7 olarak belirlenmiştir ve %24.7'lik bir artış gözlenmiştir. Çiftlik gübresi uygulamaları, toprak organik madde içeriğinde %15.2'lik bir artış sağlamıştır. Ayrıca, çinko +bor ve çinko + mangan kombinasyonlarının toprak ve meyvede bor ve mangan konsantrasyonlarını sırasıyla %12.8 ve %10.5 oranında artırdığı tespit edilmiştir. Toprak biyokimyasal özellikler açısından, çiftlik gübresi uygulamaları, mikrobiyal biyokütle karbonu (MBC) ve çözünebilir karbon (SC) değerlerini sırasıyla %18.3 ve %14.7 oranında artırmıştır. Mikrobiyal biyokütle azotu (MBN) ve çözünebilir azot (SN) değerlerinde de sırasıyla %12.4 ve %10.2 oranında bir artış gözlenmiştir. Bu artışlar, topraktaki biyolojik aktivitenin ve mikrobiyal faaliyetlerin iyileştiğini, bu sayede toprak verimliliğinin ve bitki besin maddesi döngüsünün optimize edildiğini göstermektedir. Ayrıca, çiftlik gübresi ve çinko kombinasyonlarının, toprak pH'sını stabilize ederek optimum biyokimyasal koşulları desteklediği belirlenmiştir. Laboratuvar analizleri ve varyans analizi sonuçları, uygulamalar arasında fiziksel, kimyasal ve biyokimyasal parametrelerde %1 önem seviyesinde anlamlı farklar olduğunu göstermiştir. Bu bulgular, çiftlik gübresi ve çinko uygulamalarının, toprak kalitesini artırarak sürdürülebilir üretimi desteklediğini ve Hacıhaliloğlu kayısı çeşidinde meyve kalitesini optimize ettiğini ortaya koymaktadır. Özellikle çinko + bor ve çinko + mangan uygulamalarının önerildiği belirtilmiştir.
Farklı kaynaklı kükürt uygulamalarının toprak kalitesi üzerine etkileri
Bu araştırma, Malatya ili Hekimhan ilçesi Yukarı Girmana Mahallesi'nde kireçli topraklarda (CaCO₃ %24, pH 8.3, EC 0.42 dS m⁻¹, OM %1.25) gelişim geriliği gösteren 5 yaşındaki kayısı (Prunus armeniaca L.) fidanlarında farklı kükürt kaynaklarının (elementel kükürt – EK, amonyum sülfat – AS, sülfürik asit – SA) toprağın fiziksel, kimyasal ve biyolojik özelliklerine etkilerini belirlemek amacıyla yürütülmüştür. Deneme, 2 m × 2 m boyutlarında, her biri 4 farklı doz (0, 250, 500, 1000 g/bitki) ve çiftlik gübresi (20 kg/bitki) takviyeli parsellerde tesadüf blokları deneme desenine göre 3 tekerrürlü olarak kurulmuştur. Uygulama sonrası toprak pH'sı, SA ile %10,1 (8.3'ten 7.46'ya), EK ile %7,4 (8.3'ten 7.68'e) azalmış; AS uygulamasında ise pH değişimi sınırlı kalmıştır (8.3'ten 8.05'e). EC değerleri SA'da 0.42'den 0.63 dS m⁻¹'ye, AS'de 0.42'den 0.58 dS m⁻¹'ye yükselmiştir (p<0.05). OM içeriği EK+çiftlik gübresi kombinasyonunda %1.25'ten %1.88'e, AS+çiftlik gübresinde ise %1.74'e çıkmıştır. CaCO₃ içeriği SA+çiftlik gübresinde %24.0'tan %19.8'e düşmüştür. Besin elementi düzeyleri bakımından, EK ve AS uygulamaları toplam N'yi sırasıyla %18 ve %14 artırırken, SA uygulaması Mg içeriğinde %12'lik bir azalma göstermiştir. Mikro elementlerden Fe içeriği SA ile %22 artarken, Zn ve Mn değerleri tüm uygulamalarda önemli düzeyde yükselmiştir (p<0.05). Mikrobiyal biyokütle karbon (Cmic) EK uygulamasında %26, mikrobiyal biyokütle azot (Nmic) SA'da %21 artış göstermiştir. Sonuçlar, kireçli ve yüksek pH'lı topraklarda SA ve EK uygulamalarının pH düşürme, CaCO₃ çözünürlüğünü artırma ve mikro besin elementlerinin yarayışlılığını iyileştirme açısından etkili olduğunu ortaya koymuştur. Çiftlik gübresi ile kombinasyon, organik madde ve mikrobiyal aktiviteyi artırmada önemli rol oynamıştır. Çalışma, Malatya kayısı yetiştiriciliğinde toprak ıslahı için SA (500 g/bitki) + çiftlik gübresi kombinasyonunun optimum çözüm olabileceğini önermektedir.
Aydın ili sebze alanlarından toplanan Liriomyza spp. (Diptera: Agromyzıdae)'nin ve doğal düşmanlarının tanımlanmasında DNA barkodlamanın kullanılması
Böcekler, yeryüzündeki en çeşitli canlı gruplarından birini oluşturarak son derece farklı morfolojik yapılarda evrimleşmişlerdir. Böcek taksonomisinin hâlen önemli ölçüde tamamlanmamış olduğunu ve biyolojik çeşitliliğin tam olarak anlaşılabilmesi için daha fazla sistematik araştırmaya ihtiyaç duyulduğu bilinmektedir. Özellikle Agromyzidae familyasına ait yaprak galerisinekleri, morfolojik benzerlikleri nedeniyle tür düzeyinde ayrım yapılması güç olan bir grup olarak öne çıkmaktadır. Morfolojik benzerliklerin teşhis sürecini güçleştirmesi nedeniyle, bu türlerin doğru şekilde tanımlanabilmesi için moleküler yöntemlerden faydalanılmaktadır. Bu bağlamda DNA barkodlama tekniği, tür düzeyinde güvenilir ve hızlı tanı imkânı sunmaktadır. Bu kapsamda çalışmamız, Aydın iline bağlı ilçelerdeki yaprak galerisinekleri (Liriomyza spp.) ve onların parazitoit türlerinin moleküler düzeyde teşhisini amaçlamaktadır. Arazi çalışmaları sonucu elde edilen örneklerden DNA izolasyonu yapılmış, mitokondriyal COI (sitokrom c oksidaz alt birim I) gen bölgesi PZR ile çoğaltılmış ve dizileme analizine tabi tutulmuştur. Elde edilen diziler, uluslararası veri tabanlarıyla karşılaştırılmış, moleküler ve filogenetik analizleri gerçekleştirilmiştir. Analizler sonucunda örneklerin Liriomyza sativae, Liriomyza trifolii ve Neochrysocharis formosa türlerine ait olduğu tespit edilmiştir. Genetik mesafe ve varyasyon analizleri, türler arası genetik ayrımı açıkça göstermiştir. Bu çalışma, yaprak galerisineği türlerinin ve onların doğal düşmanlarının moleküler düzeyde doğru şekilde tanımlanabileceğini ortaya koymakta benzer çalışmalarda etkin şekilde kullanılmasına bilimsel katkı sağlamaktadır.
Pseudomonas putida KT2440 suşuna ait fitaz geninin E. coli' ye klonlanması
Amaç: Bu tezin amacı biyogübre olarak kullanılabilen Pseudomanas putida KT2440 bakterisinin fitaz enzimini kodlayan genini klonlamaktır. Materyal ve Yöntem: P. putida KT2440 suşunun fitaz geni biyoinformatik ortamda incelenmiş ve elde edilen genom bilgileri ile fitaz geni tespit edilmiş ve bu genin klonlanması için promotör ve yapısal gen bölgelerine ait primerler tasarlanmıştır. Elde edilen primerler ile P. putida KT2440 suşunun fitaz geni klonlanmış ve rekombinant stok kültürleri oluşturulmuştur. Bulgular: Tez çalışması kapsamında, P. putida KT2440 suşuna ait hedeflenen gen bölgeleri PCR yöntemiyle çoğaltılmış ve vektöre aktarılmıştır. Rekombinant vektörler kompotent E. coli hücrelerine transforme edilmiştir. Yapılan tarama sonuçlarında rekombinant DNA parçaları tespit edilmiş ve bu parçaları taşıyan hücrelere ait kültürler oluşturulmuştur. Sonuç: Fitaz genine ait DNA bölgesinin rekombinant hücre hatlarına transforme edilerek elde edilen suşlardan stok kültürler elde edilmiştir. İleride fitaz geni ve fitaz enzimi üzerine yapılacak araştırmalarda bu klonların kullanılması mümkün görünmektedir.
Crocus nerimaniae Yüzb.'nın (sultan çiğdemi) mikroçoğaltımı üzerine araştırmalar
Crocus nerimaniae Yüzb. türü 'EN' (tehlike altında) kategorisinde değerlendirilen endemik bir türdür. Bu çalışmada türün korunmasına ve çoğaltılmasına yönelik olarak in vitro çalışmalar gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla, türün korm, kök, yaprak, in vitro elde edilmiş yaprak, sürgün tomurcukları ve tohumları eksplant olarak kullanılmıştır. Türün tohumları 3 ay +4°C'de bekletildikten sonra çalışmalarda kullanılmıştır. In vitro koşullarda, 20 gl-1 sukroz ilaveli MS ortamında +4°C'de karanlıkta kültüre alınan tohumlarda %55 oranında çimlenme elde edilmiştir. Radikula çıkışı kültür başlangıcından 3 ay sonra olmuştur. Tüm bitkiciklerde korm gözlemlenmiştir. Korm eksplantları ile gerçekleştirilen çalışmalarda kontaminasyon sorunu büyük bir problem yaratmıştır. Bu sorun besi ortamına 8 mll-1 PPM ilavesi ile aşılmıştır, fakat korm eksplantları kültüre cevap vermemiştir. Sürgün tomurcukları sterilizasyonunda %90 oranında başarı elde edilmiştir. 20 gl-1 sukroz içeren MS ortamında sürgün tomurcuklarından in vitro kormlar elde edilmiştir. Tohum çimlendirilmesi ile elde edilen in vitro yaprakların eksplant olarak kültüre alınması ile farklı oranda kallus oluşumu elde edilmiştir. Kalluslar embriyogenik yapıdadır ve en yüksek kallus oluşumu (%60) 5 mgl-1 NAA içeren MS ortamında elde edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Crocus nerimaniae Yüzb., Çimlenme, In vitro, Mikroçoğaltım, Korm