Bakteriler
Bu konu başlığı altında 180 tez
Akarisitlerin bal arısı gastrointestinal sisteminde yaşayan bazı bakteri türlerine etkisi
Varroa akarı dünya üzerinde, arıcılık sektöründe önemli ekonomik kayıpların verilmesine neden olmaya devam etmektedir. Akarla mücadelede geliştirilen stratejilerden birisi de kolonilere sentetik akarasit kullanımıdır. Bal arısı mikrobiyotası, patojenlere karşı savunmada, metabolizmanın çalışmasında, verimde, bağışıklık sisteminin, vücudun ve davranışın gelişmesinde önemli rol oynar. Bu tezde bal arısı gastrointestinal sisteminden izole edilen bakteri türlerinin genetik tanımlaması yapılmıştır ve üzerinde akarisitlerin disk difüzyon tekniği ile antimikrobiyal aktivitesi araştırılmıştır. Bu amaçla piyasada bulunan amitraz, flumethrin ve tau-fluvalinate içeren akarisitlerin 1/1, 1/2, 1/4, 1/8, 1/16, 1/32 dozlarının antimikrobiyal aktivitesi istatistiki olarak değerlendirilmiştir. Çalışmalar 3 tekerrür olarak uygulanmıştır. Amitraz, Lactiplantibacillus spp. üzerinde sırası ile 14,96 mm, 14,43 mm, 13,56 mm, 11,46 mm, 10,13 mm, 7,66 mm inhibisyon zon çapı oluşturmuştur. Leuconostoc mesenteroides üzerine sırası ile 17,83 mm, 16,56 mm, 12,93mm, 8,70 mm inhibisyon zon çapı oluşturmuştur. Bifidobacterium spp. üzerinde sırası ile 15,36 mm, 14,43 mm, 13,50 mm, 12,26mm, 10,23 mm inhibisyon zon çapı oluşturmuştur. Amitrazın, Klebsiella aerogenes ve Citrobacter freundii üzerinde herhangi bir antimikrobiyal aktivitesi görülmemiştir. Flumethrin ve tau-fluvalinate içeren akarisitlerin ise test edilen bakterilerin tümünde herhangi bir antimikrobiyal aktivitesi saptanmamıştır. Bu çalışmada, amitraz etken maddeli akarisitlerin bal arısı gastrointestinal sistemindeki bazı laktik asit bakterilerine antimikrobiyal etkisi olduğu tespit edilmiştir. Gelecekte arıcılıkta varroa akarına karşı kullanılan akarisitlerin bal arısı mikrobiyotasındaki etkilerinin daha geniş kapsamda araştırılması, ortaya çıkan olumsuz etkilere karşı yeni stratejilerin geliştirilmesine ışık tutulması gerekliliği görülmektedir. Anahtar Kelimeler:Bal arıları,varroa,bakteri, amitaz, flumethrin,tau-fluvalinate,disk difüzyon
Geriatrik hastalarda gram negatif bakterilerin neden olduğu kan dolaşım enfeksiyonları: Epidemiyoloji ve mortalite için risk faktörleri
Kan dolaşım enfeksiyonları (KDE), geriatrik hastalarda önemli bir morbidite ve mortalite nedenlerindendir. Retrospektif olarak yapılan bu çalışmada 1 Ocak 2017-31 Aralık 2022 tarihleri arasında hastaneye başvuran ve gram negatif bakterilerin neden olduğu kan dolaşım enfeksiyonları gelişen 65 yaş ve üzeri hastalarda epidemiyoloji ve mortalite için risk faktörlerinin irdelenmesi amaçlandı. Yatırılarak tedavi edilen 65 yaş ve üzeri hastalardan yatışı sırasında veya takibinde kan dolaşım sistemi enfeksiyonu gelişen, kan örneklerinde gram negatif bakteri üremesi olan, ilk bakteriyemi atağı olan ve tek bakteri üremesi olan hastalar çalışmaya dahil edildi. Çalışmada bulunan 110 hastanın 58 (%52.7)'i erkek, 52 (%47.3)'si kadındı. Yaşları 65-95 arasında değişmekte olup, ortalama yaş 74.2 idi. Bir kişi hariç hastaların en az bir tane hekim tanılı kronik hastalık öyküsü mevcuttu. Enfeksiyonların 70 (%63.6)'i sağlık hizmet ilişkiliydi. En sık saptanan enfeksiyon kaynağı üriner sistemdi (%43.6). Hastaların 82(%74.5)'sinde ateş yanıtı gelişti, 35 kişide (%31.8) ilk 2 gün hipotansiyonu oldu ve 26 kişide (%23.6) ilk 2 gün vazopressör ajan ihtiyacı oldu. Hastaların ilk çalışılan serum C-Reaktif protein (CRP) düzeyleri ortalama 153.1 mg/L iken prokalsitonin düzeyi ortalaması 5.1 ng/ml idi. Kan kültüründe en sık üreyen 3 bakteri sırasıyla Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa ve Klebsiella pneumoniae idi. Çalışmada Enterobactereles ailesine ait gram negatif bakterilerde karbapenem direnci 17 hastada (%15.5) saptanırken, Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üretimi hastaların 37(%51.4)'sinde mevcuttu. Hastaların 66'sına (%60.0) uygun ampirik antimikrobiyal tedavi başlandı, 76'sında (%69.1) antibiyotik değişimi yapıldı. 14 günlük klinik sonlanımda 29 hasta (%26.4), 28 günlük klinik sonlanımda 37 (%33.6) hasta yaşamını yitirdi. Mortalite erkek cinsiyet olanlarda, yoğun bakım ünitesinde takip edilenlerde, trombositopenisi olanlarda daha yüksek idi (p<0.05). Hipotansiyon gelişen, vazopressör ajan ihtiyacı olan, akut böbrek yetersizliği gelişen, serum total bilirubin düzeyi yükselen ve hiponatremi gelişen hastalarda mortalitenin daha yüksek olduğu görüldü (p<0.05). Karbapenem dirençli üremesi olan, Pitt bakteriyemi skoru ≥4, qPitt bakteriyemi skoru ≥2 olan ve KDE başlangıcında prokalsitonin, ferritin veya laktat düzeyi yüksek saptanan hastalarda mortalite artışı istatistiksel olarak anlamlı idi (p<0.05). Çoklu regresyon analiz sonucuna göre de Pitt bakteriyemi skoru dört ve üzerinde olanlarda mortalite yaklaşık on yedi kat, hiperbilirubinemisi olan hastalarda ise yaklaşık altı kat fazla idi. KDE gelişen yaşlı hastaların önemli bir kısmında sepsis veya septik şoka ilerleyiş görülmekte olup komorbid durumların fazlalığı, bakteriyel direnç ve immün sistemin zayıflaması mortaliteyi arttırmaktadır. KDE'si olan hastaların takibinde ve antimikrobiyal tedavi seçiminde başlangıçta prokalsitonin kullanımının CRP kullanımına göre daha üstün olduğu, ferritin düzeyinde artışın prognostik bir belirteç olarak kullanılabileceği düşünülmektedir. Geriatrik hastalarda gelişen gram negatif bakteriyemilerde PBS ve qPitt skoru da hasta yaklaşımında ve mortaliteyi öngörmede destekleyici olabilir. Anahtar Kelimeler: Geriatri, gram negatif bakteri,epidemiyoloji,mortalite
Örtüaltı sprey karanfil yetiştiriciliğinde faydalı bakteri inokulasyonlarının bitki gelişimi ve kalitesine etkileri
Karanfil süs bitkileri içinde kesme çiçek grubunda yer alan en önemli bitkilerdendir. Çiçek verimi ve kalitesi yönünde gelişimine en uygun ve olumlu etkide bulunacak bakteri seçimi, karanfilin kesme çiçek yetiştiriciliğinde önemli bir yenilik getirecektir. Bu tezin amacı karanfil yetiştiriciliğinin en fazla yapıldığı Antalya ilinde örtü altında üretilen beyaz çiçekli sprey karanfil çeşidinin çiçek verimi ve kalitesi üzerine bakteri ırklarının yaptığı etkileri belirlemek ve bu yönde karanfil yetiştiriciliğinde yeni bir alan açmaktır.
Bruselloz hastalığı sürecinde nötrofil ekstrasellüler tuzaklarının ve klinik bulgularla ilişkisinin tanımlanması
Bruselloz, Brucella spp. cinsi bakterilerin sebep olduğu zoonotik bir enfeksiyon hastalığıdır. Bruselloz seyrinde prognostik ölçüt olarak kullanılabilecek bazı biyobelirteçler keşfedilmiştir ancak halen bu biyobelirteçler hastalık seyrini öngörmede yetersizdir. Nötrofiller organizmada doğal bağışıklığın ilk savunma hattını oluşturur. NETozis, nötrofiller için bir ölüm şeklidir; nötrofillerin ekstrasellüler kromatinleri, proteinleri ve granülleri içeren hücre dışı tuzaklamasını içeren bir savunma sistemidir. Peptidil arjinin deiminaz 4 (PAD4), nötrofil elastaz (NE), myeloperoksidaz (MPO), proteinaz-3 ve nötrofil jelatinaz ile ilişkili lipokalin (NGAL), "cell-free" nükleozomlar NETozis ile ilgili biyobelirteçlerdir. NETozis, hastalık seyrini ağırlaştırabilmekte ve NETozis belirteçleri indirekt bir prognostik faktör olarak kullanılabilmektedir. Bu tez çalışmasında, bruselloz hastalığının seyrinde NETozis belirteçlerinin zamansal değişiminin tanımlanması, bu değişimlerin hastalığın kliniği ile ilişkilendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışma, akut bruselloz tanısı almış 36 hasta ve 20 sağlıklı gönüllü ile yapılmıştır. Hastaların tanı aldığı 0. gün ve tedavi sonunda 45. gün klinik bulguları ve kan değerleri kaydedilmiştir. Hastaların tamamından tanı anında 0.gün ve 19 hastadan da tedavi sonrası 45.günde PAD4, NE, NGAL NETozis belirteçleri ELISA yöntemiyle çalışmak üzere kan örnekleri toplanmıştır. Çalışma sonucunda, tanı anında 0.günde hasta grubunun PAD4 ve NGAL düzeyleri sağlıklı kontrol grubundan ve tedavi sonrası 45.gün hasta grubundan yüksek, NE değerleri ise düşük bulunmuştur (p<0,001). Bel ağrısı şikayeti olan hastalarda NE düzeyleri, bel ağrısı şikayeti olmayan hastalardan daha yüksek olduğu bulunmuştur (p=0,018). Çalışma sonuçlarımıza göre, bruselloz hastalığında NE, NGAL ve PAD4 NETozis gösteren belirteçler olup; çalışmamız daha önce literatürde olmayan öncü bir çalışma özelliğindedir ve NE, NGAL ve PAD4 NETozis belirteçlerinin bruselloz tedavi yanıtını değerlendirilmesinde kullanılabilecek biyobelirteçler olabileceğine işaret etmektedir.
Karyojenik bakterilerin dental pulpa hücresinde oluşturduğu oksidatif stresin incelenmesi
Çürük yapıcı patojen mikroorganizmalar (karyojenik mikroorganizmalar) pulpal inflamasyon ve enfeksiyonun majör kaynağıdır ve salgıladıkları hücre zarı komponentleri ile reaktif oksijen moleküllerinin (ROS) oluşumuna dolayısıyla da oksidatif hasarın artmasına neden olurlar. Bu çalışmada sağlıklı insan diş pulpasından hazırlanan primer hücre kültüründe karyojenik mikroorganizmaların oluşturduğu oksidatif stres parametreleri olan ROS, Glutatyon (GSH), Glutatyon S-Transferaz (GST) ve oksidatif hasarın elimine edilmesinde etkin bir antioksidan molekül olan N-asetilsistein'in (NAC) etkisi incelendi. Bu amaçla sağlıklı genç bireylerden gömülü yirmi yaş dişlerinden elde edilen sağlıklı diş pulpaları ile primer hücre kültürü hazırlandı. 4.-7. Pasaj aralığındaki dental pulpa hücreleri 40 g/ml lipopolisakkarit (LPS), 40 g/ml lipoteik asit (LTA) ve 0,3 mM hidrojen peroksit (H2O2) ile tek başına ve 10 mM NAC preinkübasyonu ile inkübe edildi. Dental pulpa hücrelerinde ROS, GSH ve GST protein düzeyleri ve immunohistokimyasal boyamaları yapıldı. Ayrıca akım sitometri ile hücre canlılığı ve nekroz-apoptoz düzeyleri incelendi. Gruplar arası istatistiksel farklılıklar Kruskal Wallis analiziyle, ikili karşılaştırmalar da Mann-Whitney-U analiziyle =0,05 güven aralığında değerlendirildi. Hücre canlılığının LPS, LTA ve H2O2 uygulamalarında istatistiksel olarak fark yaratmayacak düzeyde azaldığı, NAC preinkübasyonunun önemli bir değişiklik oluşturmadığı gözlendi (p>0.05). NAC preinkübasyonunun LPS, LTA ve H2O2 uygulanan dental pulpa hücrelerindeki ROS düzeylerini önemli derecede azalttığı hem biyokimyasal analizlerle hemde immünfloresans yöntemiyle gözlenmiştir (p<0.05). Biyokimyasal analiz sonuçları LPS, LTA ve H2O2 inkübasyonunun dental pulpa hücrelerinin hücre içi GSH değerlerini düşürürken, NAC preinkübasyonunun hücre içi GSH'u rejenere etmede yetersiz kaldığını gösterdi. Diğer taraftan immün boyama sonuçlarına göre NAC+ H2O2 kontrole göre hücre içi GSH'u önemli derecede artırmıştır (p<0.05). Deney grupları arasında GST enzim aktivite değerleri açısından önemli bir fark gözlenmemiştir. Sonuç olarak LPS, LTA ve H2O2 dental pulpa hücrelerinde oksidatif stresi farklı düzeylerde etkilerken, NAC molekülü ROS düzeylerini azaltmasına rağmen hücre içi GSH düzeyleri üzerine belirgin bir etki gösterememiştir. Anahtar kelimeler: Apoptoz, dental pulpa, GSH, GST, inflamasyon, oksidatif stres, ROS.
Bazı bakteriyel balık patojenlerinde biyofilm oluşumuna farklı maddelerin in vitro etkisinin tespiti
Bu çalışmada, bakteriyel balık patojenlerinden Staphylococcus warneri, Aeromonas sobria, Yersinia ruckeri, Flavobacterium psychrophilum, Vibrio anguillarum'da adezyon oluşumu ve biyofilm oluşumu incelenmiştir. Ayrıca bu suşlar ile lizozim, malik asit, sarımsak yağı, kekik yağıyla biyofilm inhibisyon testleri ve ahşap, metal, fiberglas, cam gibi farklı materyallerde biyofilm oluşumları araştırılmıştır. Adezyon testinde plaklarda oluşan bir saatlik tutunma incelendiğinde negatif kontrolde 0,036 iken V. anguillarum'da 0,044, A. sobria'da 0,056, S. warneri'de 0,040, Y. ruckeri'de 0,050, F. psychrophilum'da 0,059 absorbans değerleriyle adezyon oluşturduğu bulunmuştur. Adezyon gücü F. psychrophilum'da diğer patojenlere oranla çok daha güçlü olduğu saptanmıştır. Adezyon testinde absorbans değerlerine göre yüzeye yapışma gücü sırayla F. psychrophilum, A. sobria, Y. ruckeri, V. anguillarum, S. warneri olarak belirlenmiştir. Biyofilm tespiti için kullanılan tüp yönteminde F. psychrophilum'da (++), A. sobria'da (++), S. warneri'de (+), Y. ruckeri'de (-), V. anguillarum'da (-) olarak tespit edilmiştir. Tüp testinde tüpün iç yüzeyinde oluşan film tabakasının kalınlığına göre sırayla F. psychrophilum, A. sobria, S. warneri, Y. ruckeri, V. anguillarum olarak belirlenmiştir. En güçlü biyofilm oluşumu F. psychrophilum ve A. sobria'da görülmüştür. Mikroplaklarla yapılan biyofilm testinde plaklarda oluşan biyofilm negatif kontrolde 0,048, S. warneri'de 0,121, A. sobria'da 0,158, Y. ruckeri'de 0,071, F. psychrophilum'da 0,172, V. anguillarum'da 0,212 absorbans değeri tespit edilmiştir. Mikroplak testinde biyofilm oluşumu sırayla V. anguillarum, F. psychrophilum, A. sobria, S. warneri, Y. ruckeri olarak belirlenmiştir. Mikroplak yönteminde en güçlü biyofilm oluşumu V. anguillarum'da bulunmuştur. Kongo red agar testinde biyofilm (slime) oluşturan bakterilerin koloni morfolojisinin renk değiştirmesine göre biyofilm oluşumu sırayla V. anguillarum, A. sobria, S. warneri, F. psychrophilum, Y. ruckeri olarak belirlenmiştir. Kongo red agarda kuru kristalize siyah koloni üreterek en güçlü biyofilm oluşumu V. anguillarum, A. sobria, S. warneri'de bulunmuştur. Pembe renkli koloni üreten F. psychrophilum ve Y. ruckeri bakterileri ise bu teste biyofilm oluşumu göstermemiştir. Mikroplak testindeki biyofilm oluşumu pozitif kontrol olarak değerlendirildiğinde lizozim, malik asit, sarımsak yağı, kekik yağı maddelerinin in vitro antibiyofilm etkisi araştırıldığında bu maddelerin çok etkili bir biyofilm inhibisiyon maddesi olduğu tespit edilmiştir. Ahşap, metal, fiberglas, cam gibi malzemlerde biyofilm oluşumu ile yapılan testlerde patojenlerin tamamının yetiştiricilik tesislerinde birçok alanda kullanılan bu materyallerde biyofilm oluşturduğu kanıtlanmıştır. Genel olarak cam, fiberglas, çelik ve ahşap yüzeylerde biyofilm oluşum gücü sırayla S. warneri, A. sobria, V. anguillarum, F. psychrophilum, Y. ruckeri olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak; S. warneri, A. sobria, V. anguillarum, F. psychrophilum, Y. ruckeri'nin farklı materyallerin yüzeylerinde biyofilm oluşturdukları ve lizozim, malik asit, sarımsak yağı, kekik yağı maddelerinin antibiyofilm maddesi oldukları tespit edilmiştir.
2000-2021 yılları arasında huzursuz bağırsak sendromu olan bireylerin mikrobiyal imzalarının tespiti ve kullanılan beslenme türlerine ait çalışmaların derlenmesi
Irritable bowel syndrome (IBS), son dönemde sıklığı giderek artan fonksiyonel gastrointestinal bir hastalıktır. IBS'nin oluşum mekanizması henüz tam olarak bilinmese de yapılan çalışmalarda IBS'nin oluşumunda, şiddetinde bağırsak mikrobiyomunun rolü olduğu görülmektedir. IBS'de birçok farklı beslenme tedavisi uygulanmaktadır. IBS, bireylerin yaşam kalitesini önemli ölçüde düşüren bir hastalıktır. Bu çalışma, hastalığın mikrobiyom ile ilişkisini anlamak, uygulanan beslenme türlerinin etkisini incelemek ve konu hakkında farkındalığı geliştirmek amacıyla yapılmıştır. Bu derlemeye dahil edilen çalışmalar, elektronik veri tabanlarında araştırılmıştır. Derlemeye dahil edilen çalışmalar, 2000 ile 2021 yılları arasını kapsamaktadır. Özellikle bu konuda son yapılan çalışmaların sıklığının giderek artmış olduğu görülmüştür. Bu konuda yapılan en fazla çalışmanın son 5 yılda yapıldığı gözlenmiştir. Bu derlemede araştırma kriterlerine göre seçilmiş 41 araştırma makalesi incelenmiştir. Bunlardan; 37'si randomize kontrollü çalışma, 2'si klinik çalışma,1 tanesi pilot çalışma, 1 tanesi ise gözlemsel çalışmadır. IBS'li bireylerin bağırsak mikrobiyomunda kontrollerle karşılaştırıldığında belirgin halde farklılıklar olduğu gözlemlenmiştir. Bağırsak mikrobiyomunun sağlık ve hastalıklar üzerindeki etkisi göz önüne alındığında, sağlığı iyileştirmek ve hastalıkların tedavisinde kullanılmak üzere kişiye özel bir beslenme programları tasarlamak yeni tedavi yaklaşımlarından biri haline gelmiştir. IBS'de beslenme mikrobiyom-semptom ilişkilerine dair önemli bilgiler literatürde bulunmaktadır ancak beslenmeyi, bağırsak mikrobiyomunu, takviyeleri ve diğer karıştırıcı faktörleri hesaba katan çoklu çalışmalara ihtiyaç olduğu görülmektedir. Bu nedenle yapılan bu sistematik derlemenin bulguları bu konuda yapılacak çalışmalar için yol gösterici olma niteliği taşımaktadır.
Pnömonili sığır akciğer örneklerinde mycoplasma bovis'in real time PCR ile araştırılması
Bu çalışmada, pnömonili sığır akciğerlerinde Mycoplasma (M.) bovis'in gen spesifik primerlerin kullanıldığı Real-Time PCR yöntemi ile araştırılması amaçlandı. Makroskobik olarak pnömoni tanısı koyulan 100 adet sığır akciğer örneğinin 52'sinde Real-Time PCR ile M. bovis identifiye edilirken, 58'inde konvansiyonel bakteriyolojik yöntemler ile çeşitli bakteriyel etkenlerin varlığı tespit edildi. Çalışmada M. bovis'den sonra en yüksek oranda (%25) Escherichia coli tespit edilirken, Pasteurella multocida, Klebsiella pneumoniae, Sphingomonas paucimobilis, Mannheimia haemolytica, Staphylococcus epidermidis ve Staphylococcus spp. örneklerin sırasıyla %13, %7, %7, %4, %1 ve %1'inden izole edildi. Akciğer örneklerinin 42'sinden ise konvansiyonel bakteriyolojik yöntemler ile bakteriyel etken izole edilmedi. Çalışmadan elde edilen bulgular ile M. bovis'in sığırlarda solunum sistemi hastalıklarına neden olan önemli bir etken olduğu belirlenmekle birlikte hastalığın teşhis ve tedavisinde diğer bakteriyel etkenlerin varlığının da göz önünde bulundurulması gerektiği kanatine varıldı. Anahtar Sözcükler: Sığır, Akciğer, Mycoplasma bovis, Real Time-PCR
Kullanılmış kozmetik ürünlerden izole edilen aerop bakteriler ve antibiyotik direncinin değerlendirilmesi
Kozmetik, Yunancada süsleme ustası anlamında olan "kosmetikos" kelimesinden türemiştir. Geçmişten günümüze kadar güzel ve bakımlı görünmek her dönemde önem arz etmiştir. Yaşanılan çağa ve koşullara göre güzellik anlayışı farklılık gösterse de her çağda güzelliğin temelinde kozmetik ürünlerin kullanımı vardır. Günümüzde insanların sağlığını koruma, koruyucu sağlık tedbirleri, hastalığa değil sağlığa yönelik yapılan yatırımlar ve kişiyi hastalanmadan bilinçlendirme adına yapılan projeler kapsamında denetlenen binlerce sektörden biri de kozmetik sektörüdür. Kozmetiklerin istenmeyen etkilerini en aza indirmek için sağlıklı koşullarda üretilip korunması gerekmektedir. Bu çalışmada, Van bölgesinde 500 kozmetik ürün kullanıcısından, kullanılmış kozmetik ürünler toplandı. Kullanılmış kozmetik ürünlerden (n=500) toplamda 101 (%20,2) tane bakteri izolasyonu yapıldı. Vitek 2 cihazında gerçekleştirilen identifikason sonucunda izolatların sırasıyla S. epidermidis (47, %46,5), S. hominis (17, %16,8), S. aureus (6, %5,9), E. coli (16, %15,8), K. pneumoniae (11, %10,9) ve P. aeruginosa (4, %4,1) olduğu belirlendi. Fenotipik antibiyotik değerlendirmesi sonucunda 1 izolatın metisilin dirençli S. aureus (MRSA) olduğu görüldü. İzole edilen 10 gram negatif bakterinin kabapenem ve genişlemiş β-laktamaz direnci profili gösterdiği belirlendi. Bu çalışmada, kozmetik ürün kullanımında kişisel hijyen, zaman, kozmetik ürünün bulunduğu ortam ve kendinize ait olmayan ürünlerin kullanımına dikkat edilmemesi sonucu ciddi infeksiyonlara maruz kalınabileceği sonucuna varıldı.
Van yöresinde koyun klinik mastitis olgularından izole edilen bakteri türlerinin prevalansı ve antimikrobiyel duyarlılıkları
Bu çalışmada, Van ve yöresinde koyunlarda mastitis olgularına neden olan bazı bakteriyel etkenlerin prevalansının ve antimikrobiyel duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlandı. İzole edilen etkenlerin tür düzeyinde identifikasyonu otomatize bakteri identifikasyon cihazı ile yapılırken antimikrobiyel duyarlılığın belirlenmesinde disk difüzyon testi kullanıldı. Çalışmada 103 mastitisli süt örneğinin 51 (%49.51)'inden bakteriyel etken izole edilirken, örneklerin geri kalanında bakteriyel üremenin olmadığı görüldü. Araştırmada en fazla izole edilen bakteriyel etkenlerin sırasıyla Pseudomonas spp. (%27.1), Mannheimia haemolytica (%16.94), Staphylococcus spp. (%13.55) ve Streptococcus pneumoniae (%11.86) olduğu belirlendi. Bununla birlikte Gram negatif bakteriyel etkenlerin sırasıyla %72.2, %52.8, %42.2, %25, %50 ve %50'sinin penicillin, cefoxitin, tetracycline, co-trimaxozole, tilmicosin ve erythromycine dirençli olduğu belirlendi. Gram pozitif bakteriyel etkenlerin ise methicillin, cefoxitin, enrofloxacin, tilmicosin, erythromycine ve gentamicine sırasıyla %21.7, %43.4, %8.7, %8.7, %8.7 ve %4.3'ü dirençli bulundu. Sonuç olarak bu çalışmada koyunlarda mastitis olgularında Gram pozitif bakteriyel etkenlerin yanı sıra Pseudomonas spp. ve Mannheimia haemolytica izolatlarının da önemli rol oynayabileceği gözlendi. Bununla birlikte Van ve yöresinde koyunlarda mastitis vakalarının tedavisinde penicillin, cefoxitin, tetracycline, tilmicosin ve erythromycin kullanımına dikkat edilmesi gerektiği belirlendi. Bakteriyel etkenlerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisinde etkili antimikrobiyel terapinin yapılabilmesi için etken izolasyon ve identifikasyonuyla birlikte antimikrobiyel duyarlılık testlerinin de önem arz ettiği kanaatine varıldı.
Kan kültür örneklerinden izole edilen bakterilerin antibiyotik direnç profillerinin fenotipik ve genotipik analizi
Sepsis, yaygın ve sıklıkla öldürücü olan ciddi bir toplum sağlığı problemidir. Sepsisli hastalarda, yaşlanan bir popülasyon, artan immünosüpresif tedavi kullanımı ve yüksek riskli müdahaleler nedeniyle insidansın arttığı konusunda fikir birliği vardır. Sağlık Bilimleri Üniversitesi Van Eğitim ve Araştırma Hastanesinde, yoğun bakım ünitelerinde yatan sepsis şüpheli 750 hasta değerlendirildi. 750 hasta, yaş ve cinsiyetlerine göre sınıflandırıldı. Kan kültürlerinden bakteriler izole edildi. Katalaz testi, oksidaz testi ve Gram boyama gibi biyokimyasal testleri yapıldı. Bakterilerin identifikasyonu ve antibiyogram testi değerlendirmesi için Vitek 2 Compact (Biomerieux, USA) cihazı kullanıldı. Koagulaz negatif bakterilerin 47 tanesinin slime faktör pozitif olduğu belirlendi. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile mecA, blaOXA-48 ve blaIMP genleri analiz edildi. Sepsisli hastalardan 12 çoklu ilaç dirençli bakteri izole ve identifiye edildi. 2 MRSA izolatının mecA geni taşıyıcılığı pozitif bulundu. Gram negatif bakterilerimizden sadece 2 K. pneumoniae izolatının blaOXA-48 taşıyıcısı olduğu belirlendi. Sepsise neden olan gram negatif bakterilerimizin hiç birinde blaIMP genine rastlanmadı. Sonuç olarak, hastanemizde sepsise neden olan bakterilerin tanımlanmasının ve antibiyotik direnç oranlarının ortaya konulmasının oldukça önemli olduğu görüldü. Sepsise neden olan etkenlerin içerisinde metisilin, karbapenem, genişlemiş β-laktamaz ve çoklu ilaç direnci gösteren bakterilerin varlığının insan sağlığı üzerine etkilerinin oldukça önemli olduğu ortaya konuldu.
Baş boyun kanserli hastaların tükürük örneklerinden izole edilen eksozom ve bakterilerin, sağlıklı kemik iliği mezenkimal kök hücreler üzerine etkilerinin değerlendirilmesi
Baş ve boyun kanserlerinin gelişiminde tümör mikroçevresinde yer alan, hücreler arası ve çevre sağlıklı dokular ile etkileşimden sorumlu olan komponentler son yıllarda dikkat çeken bir konu haline gelmiştir. Bu tez çalışmasının amacı, skuamoz hücreli baş ve boyun kanserlerinde tükürükten izole edilen eksozomların ve spesifik bakteri türünün (Streptococcus (S.) mitis) kanserleşmedeki etkisinin, sağlıklı kemik iliği mezenkimal kök hücreler (MKH) üzerinden değerlendirilmesidir. Bu tez çalışması kapsamında baş ve boyun kanseri hastalarının tükürük örneklerinden eksozom izolasyonu yapılarak, akım sitometri, ELISA ve geçirimli elektron mikroskopu ile karakterizasyon yapıldı. Aynı zamanda bu klinik örneklerden S. mitis izolasyonu da yapılarak, polimeraz zincir reaksiyonu, optokin duyarlılık testi ve katalaz testi ile karakterizasyon analizleri gerçekleştirildi. Sağlıklı kemik iliği mezenkimal kök hücreler ile ko-kültür çalışmaları yapılarak mezenkimal-epitelyal geçiş ile ilşkilendirilen sitokin/kemokin/büyüme faktörlerinin ekspresyonları sitokin array ile, CD44 ve integrin alfa 6 ekspresyonları akım sitometri ile, vimentin ekspresyonları ise immünfloresan inceleme ile değerlendirildi. Elde edilen veriler sonucunda; vimentin, integrin alfa 6 ve CD44 ekspresyonlarının tüm gruplarda görüldüğü ancak S. mitis / MKH ko-kültür grubunda diğer gruplara göre farklılık gösterdiği saptandı. Ko-kültür ortamlarındaki sitokin/kemokin/büyüme faktörleri değerlendirildiğinde bakteriyel floranın eksozomlara eklenmesinin mezenkimal-epitelyal geçişi desteklediği görüldü. Bu tez çalışması, hedeflenen amaç doğrultusunda baş ve boyun kanserli hastalardan izole edilen eksozom ve bakterilerin, ko-kültür çalışmalarıyla mezenkimal-epitelyal geçişte etkilerini değerlendiren ve klinik uygulamalar açısından önemini ortaya koyan ilk çalışmadır.
Farklı organik asitlerin, bal arılarındaki (Apıs mellıfera L.) Amerikan yavru çürüklüğü hastalığı etkeni paenıbacıllus larvae üzerine antimikrobiyal etkisi
Amerikan Yavru Çürüklüğü etkeni Gram (+), streptobasil ve sporlu bir bakteri olan Paenibacillus larvae'dir. Bal arısı (Apis mellifera L.) larvaları P. larvae ile enfekte olduğunda ölüm mutlaka gerçekleşmektedir. Larvalarda ölümün gerçekleşmesi koloninin devamlılığını etkilemekte ve hızlı gerçekleşen koloni çöküşlerine sebep olmaktadır. Yapılan çalışmaların pek çoğunda uygulanan mücadele yöntemleri vejetatif forma karşı başarı elde etse de spor forma karşı bu yöntemler etkisiz olmaktadır. Ayrıca kullanılan mücadele yöntemlerinin arılarda toksik etki bırakmaması, arı ürünlerinde kalıntıya sebep olmaması, arıcılık sektöründe uygulanabilir ve ulaşılabilir olması gerekmektedir. Bu nedenle şimdiye kadar P. larvae'nin spor formuna etkili, arı ürünlerinde kalıntı bırakmayacak, arıcılık sektöründe uygulanabilir veya ulaşılabilir bir yöntem henüz keşfedilmemiştir. Bu tez çalışmasının amacı, büyük koloni kayıplarına sebep olan başka bir arı zararlısı Varroa destructor ile mücadele yöntemlerinde hâli hazırda kullanılmakta olan organik asitlerin (oksalik asit, formik asit, laktik asit, asetik asit), P. larvae'nin vejetatif, sporo- ii vejetatif ve spor formlarına bir etkisinin olup olmadığının ortaya çıkarılmasıdır. Organik asitler daha önce P. larvae üzerinde denenmemiş olup, literatürde tespit edilen eksikliğin kapatılması yönünde bir çalışma gerçekleştirilmiştir. Tez çalışması kapsamında P. larvae'nin tüm formlarının eldesine dair metot geliştirilmiş, fakat sporovejetatif formun stabilliğini koruyamaması nedeniyle deneyler vejetatif ve spor formlar ile yeniden düzenlenmiştir. Organik asitlerin arıcılıkta V. destructor ile mücadelesinde kullanılan konsantrasyonlara (oksalik asit %3.5, formik asit %60, asetik asit %50, laktik asit %15) uygun olarak hazırlanmıştır. Organik asitler farklı dozları (5 mL, 2,5 mL ve 1,25 mL), farklı muamele sürelerini (1 gün, 3 gün, 7 gün) ve farklı bakteri yoğunluklarını (1x104 KOB, 1x103 KOB ve 1x102 KOB) içerecek şekilde P. larvae üzerinde test edilmiştir. Deney gruplarında organik asitlerin etkinliğinin test edilmesi amacıyla dökme plak yöntemiyle canlı hücre sayımı gerçekleştirilmiştir. Organik asitler, P. larvae'nin spor formuna uygulanmadan önce yıkama işlemleri gerçekleştirilmiştir. Ardından dökme plak yöntemiyle sonuç alınamayınca spor formun vejetatif forma dönüşün desteklenmesi amacıyla deneyler sıvı ortamda yeniden gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak organik asitlerin P. larvae'nin vejetatif formuna bakterisidal etki gösterdiği ve spor forma karşı etkisiz olduğu gözlemlenmiştir. Arıcılıkta organik asitlerin sahada V. destructor mücadelesinde kullanımının erken ilkbaharda kovanda mevcut olan P. larvae sporlarının vejetatif forma dönüşmesini ve ilk yavru döneminde ortamda bulunması muhtemel vejetatif formlarının dezenfeksiyonunun sağlandığı düşünülmektedir. Organik asit kullanımının P. larvae enfeksiyonunu önleyici bir etkisi bulunmamasına rağmen ortamdaki vejetatif formları yok etmesi dolayısıyla enfeksiyon oranını azaltıcı ve bulaşım oranını düşürücü bir etkisi olduğu kanıtlanmıştır.
Hacettepe Üniversitesi İhsan Doğramacı Çocuk Hastanesi'ndeki gram negatif bakteriyemilerin klinik ve mikrobiyolojik özellikleri
Gram-negatif bakterilerin neden olduğu kan dolaşımı enfeksiyonları pediatri kliniklerinde mortalite ve morbiditenin önemli bir nedeni olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışma ile hastanemizde kan kültürlerinden en sık izole edilen Gram-negatif bakterileri, direnç durumlarını, bakterilerin ve direncin yıllar içindeki değişimini, hastaların bu bakterilere göre klinik durumlarındaki farklılıkları ve çocuk hastalarda Gram-negatif bakteriyemiye zemin hazırlayan risk faktörlerinin belirlenmesi amaçlandı. Çalışmada 2017 ve 2021 yılları arasındaki 5 yıllık dönemde Hacettepe Üniversitesi İhsan Doğramacı Çocuk Hastanesi'nde yatırılarak takip edilen, kan dolaşımında Gram-negatif bakteri üremesi olan 349 hastanın 412 adet epizodu retrospektif olarak incelendi. Ayrıca veriler eski yıllarda aynı merkezden rapor edilen verilerle de karşılaştırıldı. Çalışmaya dahil edilen 349 olgunun 154'ü kız (%44,2), 195'i erkekti (%55,8). Hastaların yaş aralığı 0 ay ile 18 yaş arasında değişmekteydi. Ortanca yaş 12,5 ay olarak hesaplandı. Hastaların 252'si (%61) 2 yaş altındaydı. Gram-negatif bakteriyemilerin 43'ü (%10,5) toplum kökenli, 369'u (%89,5) nozokomiyal kökenli bakteriyemilerdi. En sık görülen mikroorganizmalar %43,9 (n=181) Klebsiella spp., %13,5 (n=56) E. coli, %10,6 (n=44) Acinetobacter spp., %7,2 (n=30) Pseudomonas spp. ve Enterobacter spp.'di. Tüm Gram-negatif bakterilerde %27,6 karbapenem direnci mevcut olup bakterilerin %41,2'si MDR (multi drug resistance), %13,5'i XDR (extensively drug resistance ) ve %0,4'ü PDR (pan-drug resistance) idi. Ayrıca yıllar içinde karbapanem direncinin %2 oranında arttığı tespit edildi. Gram-negatif bakteriyeminin en sık görüldüğü hastalıklar hematolojik ve onkolojik maligniteler (%22,9), primer immün yetmezlikler %12,6) ve kardiyovasküler hastalıklardı (11,7). Gram-negatif bakteriyemi gelişimine en sık neden olan risk faktörleri santral venöz kateter varlığı (%77), YBÜ'de yatış (%67) ve son bir ay içerisinde geniş spektrumlu antibiyotik kullanımıydı (%45,6). Çalışmamızda enfeksiyon ilişkili mortalite %15,7 ve kaba ölüm hızı %28'di. Hastaların yoğun bakım yatışlarının olması, santral venöz kateter varlığı, mekanik ventilatör desteği alıyor olmaları, inotropik ilaç ihtiyaçlarının olması ve periton diyalizi desteği alıyor olmaları ile klinik cevapsızlık ve enfeksiyon ilişkili mortalite arasında anlamlı ilişki bulunmuştur. Çok dirençli Klebsiella suşlarının artışı hastane enfeksiyonları ile mücadelemizde önümüzdeki en büyük engellerden biri gibi görünmektedir. Gram-negatif bakterilerde yıllar içinde artan karbapenem direnci kan dolaşımı enfeksiyonlarının hem klinik cevabını etkilemekte hem de mortaliteyi arttırmaktadır. Bu lokal verilerin yakın takibi hem artan direnç ile mücadelede hem de ideal ampirik antimikrobiyal tedavilerin belirlenmesinde çok önemlidir.
Farklı bakteri türlerinin farklı ortam koşullarında kan alkol stabilitesine etkisi
Alkol, uzun yıllardır birçok farklı toplumda yaygın olarak kullanılan ve bağımlılık yapan bir maddedir. Alkolün vücut sıvılarında özellikle de kanda doğru ve hassas olarak analizi adli tıp uygulamalarında önemli bir yer teşkil etmektedir. Bu analizin doğru ve standardize olması için kan numunelerin alınması ve muhafaza edilmesiyle ilgili yönetmelikler yayınlanmıştır. Ancak zaman zaman kan alma personelinin numune alımı sırasında yeterli özeni göstermemesinden ya da numunelerin hazırlanması esnasındaki özen eksikliğinden dolayı kan numuneleri farklı mikroorganizmalar ile kontamine olabilmekte ya da kan numuneleri uygun sıcaklık ve/veya saklama koşullarında muhafaza edilememektedir. Bu gibi nedenlerden dolayı adli makamlara itirazlar olabilmektedir. Çalışmamızda; kan numunelerini kontamine etme riski yüksek olan ve fermentasyon yapan 3 farklı bakterinin kan alkol konsantrasyonu üzerine etkisi ve ayrıca farklı tüp ve sıcaklık şartları altında bu etkinin nasıl değiştiğinin tespiti amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda gönüllü sağlıklı bir yetişkinden alınan 1 ünite tam kan numunesi, EDTA (Etilendiamintetra-asetat) içeren mor kapaklı ve NaF (Sodyum florür) içeren gri kapaklı tüplere doldurulmuş, sonrasında kan tüplerinin yarısına son etil alkol konsantrasyonu 20 mg/dL ve diğer yarısına son etil alkol konsantrasyonu 50 mg/dL olacak şekilde saf etil alkol ilave edilmiştir. Sonrasında bu tüplere son derişimi 106 CFU/ml olacak şekilde ayrı ayrı Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, Escherichia coli bakterileri eklenmiştir. Tüplerin bir kısmına ise herhangi bir bakteri eklenmemiştir. İçindeki kan etil alkol konsantrasyonu, bakteri çeşit ve derişimleri bilinen kan numuneleri 3 farklı (4, 22 ve 32°C) sıcaklık altında ve 1, 3, 7, 14, 28. günlerde analiz edilmek üzere muhafaza edilmiştir. Analiz günü gelen numunelerin etanol konsantrasyonları HS-GC (Headspace-Gaz Kromatografisi) cihazında analiz edilmiştir. Yapılan analizler sonucunda, 4°C'de muhafaza edilen kan numunelerinin bakteriler ile kontamine olsun ya da olmasın, içerisinde NaF bulunan tüplere alınsın ya da alınmasın, kan etil alkol konsantrasyonunun uzunca bir süre sabit olarak kaldığı; ortam sıcaklığının artığı (22 ve 32°C) durumlarda, özellikle de Escherichia coli bakterisi ile kontamine numunelerde kan etanol konsantrasyonunun ilk günlerde artma, sonrasında azalma ya da sabit kalma eğiliminde olduğu; Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus ile kontamine olmuş ya da steril numunelerde ise sıcaklığın artığı durumlarda kan etanol konsantrasyonunun azalma eğiliminde olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca sıcaklık artışıyla orantılı olarak da kan etanol konsantrasyonundaki azalmanın da arttığı değerlendirilmiştir. Çalışmamızda tespit edilen bulguların doğrultusunda etanol konsantrasyonu çalışılacak kan numunelerinin NaF içeren gri kapaklı kan tüplerine alınması gerektiği, transfer sürecinde kesinlikle düşük sıcaklıklarda muhafaza edilmesi ve olabildiğince hızlı bir şekilde analiz edilmesinin doğru olacağı, kan etil alkol düzeyi analiz edilen vakalarda bakteriyel kontaminasyon iddiası var ise; numunelerdeki muhtemel bakteri türünün tespitinin yapılması gerektiği, bu numuneler Escherichia coli ile kontamine ise kan etil alkol sonucunun güvenilmez olduğu, tıbbi ve hukuki yorum yapılmasından kaçınılması gerektiği, ancak Staphylococcus Aureus veya Staphylococcus Epidermidis ile kontamine ise kan etil alkol sonucunun güvenilir olduğu, tıbbi ve hukuki yorum yapılabileceği düşünülmüştür.
Probiyotik özellikteki lactobacillus ve bifidobacterium kökenleri ile patojen bakteriler arasındaki etkileşimin araştırılması
Yüzyıllardır insanların diyetlerinde yer alan probiyotiklere ilgi son yıllarda daha çok artmış, probiyotiklerin bağırsak faaliyetlerinin iyileştirmesi, diyare, laktoz intoleransı, alerji, bağışıklığın güçlenmesi ve hatta kanser hücrelerinin yok edilmesi gibi önemli etkileri üzerinde durulmaya başlanmıştır. Bu çalışmada Escherichia coli, Klebsiella pneumoniea ve Staphylococcus aureus klinik izolatları ile probiyotik özellikteki Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium animalis subs. lactis arasındaki etkileşimin araştırılması amaçlanmıştır. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji laboratuvarında izole edilen her türden beş adet E. coli, K. pneumoniea ve S. aureus kökeni çalışmaya dahil edildi. Klinik izolatlar ile probiyotik bakteriler arasındaki etkileşimin araştırılması amacıyla, bir klinik izolat ile bir probiyotik bakteri sıvı besiyerinde birlikte kültür edildikten sonra katı besiyerine pasaj yapılarak, inkübasyondan sonra koloni sayılarındaki değişim incelendi. Probiyotik bakterilerin süpernatanlarının inhibisyon etkisini incelemek amacıyla agar difüzyon yöntemi ve optik yoğunluk ölçümüne dayalı yöntem uygulandı. Agar difüzyon yönteminde klinik kökenler katı besiyerine ekildikten sonra besiyerlerinde kuyular açılarak probiyotik bakterilerin kültürlerinden elde edilen süpernatanlar bu kuyulara konuldu. İnkübasyondan sonra kuyular etrafında oluşan inhibisyon zon çapları değerlendirildi. Optik yoğunluk ölçümüne dayalı yöntemde ise, 0.5McFarland bulanıklığındaki klinik kökenler mikroplakalara konulup üzerlerine probiyotik süpernatanları eklenerek inkübasyona bırakıldı ve inkübasyon sonunda optik yoğunlukları ölçüldü. Elde edilen veriler SPSS 22.0 ile yorumlandı. Klinik izolatlar ile probiyotiklerin birlikte inkübasyonu sonrasında bazı klinik kökenlerin koloni sayılarında anlamlı düzeyde olmasa da azalma gözlenirken, probiyotik bakterilerin son pasajlarında üreme görülmedi. Bu yöntemde yapılan tekrarlarda farklı sonuçlar elde edildi. Bu nedenle yöntemin tekrarlanabilirliği ve güvenilirliğinin arttırılması için modifiye edilmesi gerektiği düşünüldü. Agar difüzyon yönteminde, probiyotik bakteriler klinik kökenlerinin tümünün üzerine inhibitör etki gösterdi. Optik yoğunluk ölçümleri sonucunda, B. animalis subs. lactis'te L. acidophilus'a göre daha yüksek olmak üzere, probiyotik bakterilerin klinik kökenler üzerine %39 ile %86 arasında değişen oranlarda inhibisyon gösterdiği saptandı. Probiyotiklerin olumlu etkilerinin daha geniş kapsamlı araştırılması ve insan sağlığı üzerindeki etkilerinin netleştirilmesi önemlidir. Bu amaç doğrultusunda bu çalışmanın bundan sonra gerçekleştirilecek araştırmalara bir temel oluşturacağını düşünmekteyiz. Kullanılan yöntemler modifiye edilerek, tekrarlanabilir ve güvenilir yöntemler geliştirilmelidir. Probiyotiklerin insan sağlığı üzerindeki etkilerini daha iyi gözlemlemek ve netleştirmek için in vivo çalışmaların gerçekleştirilmesi de önemli ve gereklidir.
Geç dönemde hastanede gelişen pnömoni etkenlerinin hızlı moleküler biyolojik yöntemler ile saptanması
Giriş ve Amaç: Hastaneye yatışı takip eden 5. günden sonra ortaya çıkan geç dönemde hastanede gelişen pnömonilere (HGP) genellikle çok ilaca dirençli bakteriler neden olmaktadır. Etkenlerin geç saptanması, uygun antibiyotiğin zamanında başlanamaması HGP prognozunu olumsuz olarak etkilemektedir. Son yıllarda enfeksiyon etkeni mikroorganizmaların hızlı moleküler yöntemlerle kısa sürede izole edilmesi, tedavinin daha erken ve etkin olarak başlanmasını sağlamaktadır. Bu durumun prognozu olumlu yönde etkileyeceği düşünülmektedir. Bu çalışmada, HGP'de etkenlerin hızlı moleküler yöntemlerle saptanması ve sonuçların konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması amaçlanmıştır. Gereç-Yöntem: Ocak 2014 ile Ocak 2016 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Göğüs Hastalıkları ile Anestezi ve Reanimasyon yoğun bakım ünitelerinde izlenen ve 2005 yılında yayınlanan ATS-IDSA kriterlerine göre HGP tanısı alan 62 hasta çalışmaya alınmıştır. HGP tanısı konulduğu anda hastalardan bronkoskopik (BAL, BASP) ve nonbronkoskopik (mini-BAL) yöntemlerle alt solunum yolu örnekleri alınmıştır. Alınan örnekler hem konvansiyonel yöntemler ve hem de hızlı moleküler yöntemlerle bakteriyolojik etkenler açısından incelenmiştir. Bulgular: Hasanede gelişen pnömoni tanısı alan 62 hasta (42 erkek, yaş ortalaması 69.7±15.6) alınmıştır. Hastaların %95.2'sinde ek hastalık olup, 33 hastaya invaziv mekanik vetilasyon (İMV), 28 hastaya İMV + noninvaziv mekanik ventilasyon (NİV) uygulanmıştır. Hastanede gelişen pnömoni tanısı anında 59 hastanın 39'inin akciğer grafisinde tek taraflı infiltrasyon, 20'sinde çift taraflı infiltrasyon saptanmıştır. Üç hastanın akciğer grafisinde ise tek taraflı infiltrasyon yanısıra plevral efüzyon uyumlu dansite artışı izlenmiştir. Konvansiyonel yöntem ile 62 hastanın 40'ında (%64.5) bakteriyel etken saptanırken, polimeraz zincir reaksiyon (PCR) ile 62 hastanın 57'sinde (%91.9) bakteriyel etken izole edilmiştir. Etken saptanması açısından konvansiyonel yöntem ile PCR yönteminin birbiriyle uyumlu olduğu gözlenmiştir (kappa:0.797). Ayrıca, PCR ile etken saptanma oranının anlamlı olarak yüksek olduğu görülmüştür (p=0.0004). Her iki yöntem ile en sık Acinetobacter baumannii saptanmıştır. İzlemde 62 hastanın 45'inde (% 72.6) mortalite izlenmiştir. Sonuç: Geç dönemde ortaya çıkan HGP etkenlerinin saptanmasında konvansiyonel yöntemler ile PCR arasında uyumun iyi olduğu ve PCR ile daha fazla hastada etken saptanabileceği bu çalışmada gösterilmiştir. Bakteriyel etkenlerin hızlı moleküler yöntemlerle saptanmaya başlanmasının, hastanede gelişen pnömoni etkenlerinin hızla belirlenmesi sonucu, etkin bir şekilde tedavi edilmesinin yolunu açabileceği düşünülmüştür.
Erişkin yoğun bakım ünitelerindeki bakteriyemi etkeni olarak saptanan gram pozitif bakterilerin ve direnç genlerinin hızlı tanısında mikroarray ve lizis filtrasyon yöntemlerinin karşılaştırılması
Bakteriyemi ve sepsis hızlıca hayatı tehdit edebilecek boyutlara ulaşabilen ve yüksek mortaliteyle seyreden hastalıklardır. Bu yüzden hızlıca etkenin belirlenmesi ve tedaviye başlanması gerekir. Bu çalışmada kan kültüründe üreyen gram olumlu bakterilerin tanımlanmasında kültür sonrası MALDI TOF MS tanımlama yöntemi, lizis filtrasyon sonrası MALDI TOF MS (LFM) tanımlama yöntemi ve mikroarray yöntemi olmak üzere üç yöntemin birbiri ile karşılaştırılması ve ayrıca tanımlanan etkenlerin mikroarray yöntemi ile direnç profillerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Çalışmaya Ağustos 2016-Ekim 2016 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi erişkin yoğun bakım ünitelerinde takip edilen hastalardan alınmış olan ve gram pozitif üreme saptanan 40 kan kültürü şişesi dahil edildi. Kan kültürü şişesinin pozitif sinyal vermesi sonrasında; subkültür ve kültür kolonisinden MALDI TOF MS ile tanımlama, şişeden alınan örnektenlizis filtrasyon sonrası MALDI TOF MS ile tanımlama ve Nanosphere Verigene System BC-GP mikroarray test yöntemi ile tanımlama işlemleri uygulandı ve sonuçlar birbirleriyle karşılaştırıldı.Kültür sonrası MALDI TOF MS identifikasyonu ile LFM identifikasyonu karşılaştırıldığında uyum %75 (30/40) olarak hesaplanmıştır. Kültür sonrası MALDI TOF MS identifikasyonu ile mikroarray sonuçları birbiriyle karşılaştırıldığında uyum %90 (36/40) hesaplanmıştır. LFM ile mikroarray yöntemlerinin birbirleri ile benzerliği %83.3 (30/36) bulunmuştur. Her üç yöntemin birlikte tutarlı sonuç verdiği örneklerin oranı ise %67.5 (27/40 ) olarak hesaplanmıştır.Çalışmada elde edilen verilere dayanılarak, hem lizis filtrasyon hem de mikroarray test yöntemlerinin sepsisli hastalarda hızlı tanı açısından yararlı olduğu değerlendirilmiştir. Her iki yöntemin birbirlerine üstünlükleri veya eksiklikleri bulunmaktadır. Çalışmamızın sonucunda, lizis filtrasyon sonrası MALDI TOF MS tanımlama yönteminin maliyet etkinlik, hız, veritabanı genişliği, gram boyamaya gereksiniminin olmaması nedeniyle rutinde kütle spektrofotometrisi kullanabilen laboratuvarlar için rutin kullanıma girebilecek bir yöntem olduğunu düşünülmüştür. Lizis filtrasyon sonrası MALDI TOF MS tanımlama yöntemiyle, filtrasyon işlemi sonrasında filtreden yapılan süspansiyondan çalışılacak otomatize duyarlılık test yöntemi kombine edilirse konvansiyonel yöntemlerle tanımlama ve duyarlılık için gerekli olan 48-72 saatlik süre yerine yaklaşık 9-10 saatte sonuç verebilmek mümkün olacaktır.
Klinik örneklerden soyutlanan bakterilerde dışa atım pompa inhibitörlerinin çeşitli antibiyotiklerin etkinliği üzerine etkisinin incelenmesi
İnsanlığın karşı karşıya kaldığı en önemli halk sağlığı sorunlarından birisi olan antibiyotik direnci, yeni antimikrobiyal ajan geliştirmede yeni stratejileri ve yaklaşımları zorunlu kılmaktadır. Dışa atım pompa inhibitörleri (DAPİ) ve diğer aday ajanlar ile ilgili gelişmeler umut verici olmakla birlikte, mevcut antibiyotiklerin kullanım sürelerini ve etkinliklerini artırabilme arayışları da devam etmektedir. Bu çalışmada, verapamil (VER), rezerpin (REZ) ve karbonil siyanid 3-klorofenilhidrazon (CCCP) olmak üzere üç adet DAPİ'nin, 5 standart suş ve 15 klinik izolata karşı, antibakteriyel etkisi disk difüzyon ve sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile, çeşitli antibiyotiklerle sinerjistik etkileşimi ise checkerboard yöntemi ile incelenmiştir. Çalışma kapsamında, çoklu dirençli 3'er adet Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli ve Enterococcus faecalis ve 11 adet Staphylococcus aureus klinik izolatı ile, K. pneumoniae ATCC 700603, P. aeruginosa ATCC 27853, E. coli ATCC 25922, S. aureus ATCC 29213 ve E. faecalis ATCC 29212 olmak üzere 5 adet ATCC suşu kullanılmıştır. Dışa atım pompa inhibitörlerinin antibakteriyel etkilerinin güçlü olmamasına karşın, denenen antibiyotiklerle etkileşiminin çoğunlukla sinerjistik veya aditif olduğu saptandı. Bu çalışmada dışa atım pompa inhibitörlerinin, kullanılan izolatlardaki dışa atım pompaları ile olası etkileşimi sonucu denenen antibiyotiklerin minimum inhibitör konsantrasyon değerlerini düşürebildiğinin gösterilmesi, dışa atım pompa inhibitörlerinin antibiyotiklerle kombine kullanımının, antibiyotiklerin etki spektrumunu artırabileceğine, bakterilerde antibiyotiklere karşı direnç düzeyini ve direncin ortaya çıkma sıklığını azaltabileceğine yönelik düşünceleri desteklemektedir.
Speed mam color ™ testi 'nin ineklerde önemli mastitis patojenlerinin teşhisinde spesifite ve sensitivitesinin araştırılması
Mastitis, meme bezinin yangısı olarak bilinen, süt inekçiliğinde yaygın olarak gözlenen ve en fazla ekonomik kayba neden olan bir hastalıktır. Hastalık etkenlerinin saha koşullarında hızlı teşhis edilmesi, hastalığa neden olan patojenlerin belirlenerek tedaviye erken başlanmasıyla birlikte tedavi başarı şansı artmakta ve antibiyotiklerin daha etkin kullanımı sağlanmaktadır. Sunulan bu tez çalışmasının amacı Speed Mam ColorTM testinin ineklerde önemli mastitis patojeni olarak bilinen Staphylococcus spp., Streptococcus spp., Streptococcus uberis ve Escherichia coli'nin teşhisinde güvenilirliğinin araştırılmasıdır. Çalışma kapsamında testin tespit limitinin belirlenmesi, spesifite ve sensitivite çalışmalarında kullanılmak üzere anamnezi alınmış sağlıklı sürülerden; en az bir kez doğum yapmış, laktasyonun 5. ve 200. günleri arasında, sağlıklı ve klinik herhangi bir belirti göstermeyen meme loblarından, 15 gün öncesine kadar antibiyotik veya nonsteroidal bir ilaç tedavisi uygulanmamış ineklerden toplanan sütler kullanılmıştır. Referans suşlar kullanılarak kontamine edilen süt örnekleriyle hedef her bir bakteri için 7 farklı dilüsyon hazırlanarak dilüsyon oranlarının kontrolü için test kitine paralel olarak her bir bakteri dilüsyonu mikrobiyolojik kültüre ekilmiş ve inkübasyona bırakılmıştır. İnkübasyon sonunda 10 katlı azalan bakteri üremelerinin gözlenmesi dilüsyonun doğru şekilde yapıldığını göstermiştir. Test kiti ile pozitif sonuç alınan en düşük konsantrasyon kitin deteksiyon limiti olarak belirlenmiştir. Buna göre yapılan testler sonucunda 48 saatin sonunda Speed Mam Color ™ kitine ait tespit limiti sonuçları Staphylococcus spp. için 101 CFU/ml; Streptococcus spp. için 103 CFU /ml; S. uberis için 103 CFU/ml; E. coli için 101 CFU/ml olarak bulundu. Duyarlılık ve özgüllüğün belirlenmesi amacıyla her bir hedef bakterinin referans suşu, kültür yöntemiyle nutrient broth sıvı besi yerinde üretilerek konsantrasyonları McFarland 0.5'e göre ayarlamış ve Speed Mam Color ™ prospektüsünde belirtilen tespit limitinin üzerinde olmak üzere farklı konsantrasyonları (>103) sağlıklı süt içeren 5 tüpte dilüe edilerek elde edilen faklı konsantrasyonlar bu tüplerden 1'er ml alınıp 4 ml sağlıklı süt içeren 25 adet tüpe rastgele dağıtıldı. Bu sayede her hedef için elde edilen 25 kontamine 25 sağlıklı süt numunesi mikrobiyolojik kültür yöntemi ve Speed Mam Color ™ ile test edilmiştir. Speed Mam Color ™ testinin spesifitesi Staphylococcus spp., Streptococcus spp., S.uberis ve E. coli için %100 iken, sensitivite ise Staphylococcus spp. %100, Streptococcus spp., için %92, S.uberis için %92 ve E. coli %96 olarak bulundu. Pozitif prediktif değeri (PPV) değeri Staphylococcus spp., Streptococcus spp., S.uberis ve E. coli için %100 iken, negatif prediktif değeri (NPV) değeri ilgili bakteriler için sırasıyla %100, %93, %93 ve %96; kesinlik (Ac) değeri ise sırasıyla %100, %96, %96 ve %98 olarak hesaplandı. Çalışmanın diğer aşaması olan testin doğrulanmasında, yukarı belirtilen kriterler göz önünde tutularak ineklere CMT uygulanmış ve CMT sonuçlarına göre pozitiflik gösteren 318 süt numunesi toplandı. Speed Mam Color ™ testinin doğrulaması amacıyla toplanan CMT pozitif olan 318 adet subklinik mastitisli süt numunesini karşılaştırmada altın standart yöntem olarak kabul edilen mikrobiyolojik kültür yöntemi kullanılmıştır. Kültür yöntemi ile test edilen sütler, Speed Mam Color ™ testinde analiz edilen bakteri sonuçları karşılaştırıldı. Süt örneğinde 3'ten fazla koloni tespit edilmesi kontaminasyon olarak kabul edilirken; 2-3 koloni tespit edildiğinde miks enfeksiyon olarak olarak tanımlandı. Subklinik mastitisli süt örnekleri yapılan araştırmada hedef bakterilerin 5 farklı farklı kombinasyonu elde edilirken, bazı hedef bakterilerin Speed Mam Color ™ ve mikrobiyolojik kültürde üreme durumları incelediğinde verifikasyon çalışmasının sonucunda Speed Mam Color ™ testinin spesifitesi Staphylococcus spp., S.uberis ve E. coli için %100 iken, Streptococcus spp., için %95, sensitivite ise Staphylococcus spp. %96, Streptococcus spp., için %83, S.uberis ve E. coli için %100 olarak bulundu. PPV değeri Staphylococcus spp., S.uberis ve E. coli için %100 iken, Streptococcus spp. için %94 olarak hesaplandı. NPV değeri ilgili bakteriler için sırasıyla %95, %87, %100 ve %100; Ac değeri ise sırasıyla %98, %90, %100 ve %100 olarak hesaplandı. Sonuç olarak Speed Mam Color ™ testinin saha koşullarında mastitise neden olan önemli mastitis patojenlerini teşhis etmede kullanılabilecek bir test olabileceği düşünüldü.
Klinik örneklerden izole edilen difteri dışı korineform bakterilerin identifikasyonu, antibiyotik direnç paterninin ve biyofilm oluşumunun araştırılması
Corynebacterium cinsine ait bakteriler; Corynebacterium diphtheriae ve non-difterik korineform bakteriler (NDC) olmak üzere ikiye ayrılmaktadır. Önceki yıllarda laboratuvar kontaminantları olarak değerlendirilen non-difterik korineform bakterilerin (NDC) yapılan son çalışmalarda önemli hastane enfeksiyon etkeni olabilecekleri ve bu bakterilerin birçok antimikrobiyal ajana dirençli oldukları gösterilmiştir. Ciddi enfeksiyonlarda artan oranda NDC'lerin görülmesi bunların potansiyel patojenler olarak tanınmasını gerekli kılmaktadır.Bu çalışmada Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına Aralık 2020-Ocak 2023 tarihleri arasında, klinik birimlerden gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen NDC'lerin tür düzeyinde identifikasyonları ve antibiyotik duyarlılık testlerinin yapılması, antibiyotik direnç paternlerinin incelenmesi, suşların moleküler epidemiyolojisinin ve biyofilm oluşumlarının araştırılması amaçlanmıştır.Tüm izolatlar MALDI-TOF MS (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time Of Flight Mass Spectrometry) ile tür düzeyinde tanımlanmıştır. İzolatların %94,3'ü C. striatum ve %5,7'si C. afermentans olarak tanımlanmıştır. İzolatların %15'i kan, %5'i kateter içi kan, %34,3'ü yara, %32,9'u trakeal aspirat (TA), %7,9'u balgam, %2,9'u abse materyali ve %2,1'i plevral sıvı örneklerinden izole edilmiştir. En sık izole edilen klinik örnek yara (%34,3), ikinci en sık klinik örnek trakeal aspirat (%32,9) iken; en az izole edilen klinik örnek ise %2,1 ile plevral sıvı örneği olmuştur. EUCAST (The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) rehberi doğrultusunda Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile yapılan antimikrobiyal duyarlılık testi sonuçlarına göre izolatların tamamı linezolid ve vankomisine duyarlı iken tamamı siprofloksasine dirençli bulunmuştur. İzolatların %98,6'sı penisiline, %96,4'ü klindamisine, %99,3'ü rifampisin ve tetrasikline, %88,6'sı gentamisine ve %75,7'si eritromisine dirençli bulunmuştur. İzolatlarda direnç genlerinin varlığı PCR (Polymerase Chain Reaction) ile araştırılmıştır. İzolatların %94,3'ünde bla geni, %95'inde ampC geni, %95,7'sinde ermX geni, %90'nında aac(3)-XI geni, %92,1'inde aphA1 geni, %97,9'unda gyrA geni ve %32,9'unda tetA geni tespit edilmiştir. ermB ve tetB genleri izolatların hiçbirinde tespit edilmemiştir. aac(3)-XI ve aphA1 geni pozitif olan izolatlarda anlamlı bir şekilde gentamisin direnç oranı yüksek bulunmuştur (p<0,05). ermX geni pozitif olan izolatlarda anlamlı bir şekilde eritromisin ve klindamisin direnç oranı yüksek bulunmuştur (p<0,05). İzolatlarda tetA geni pozitifliği ile tetrasiklin direnç oranı arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0,05). bla/ampC geni pozitifliği ile penisilin direnç oranı arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0,05). İzolatların biyofilm oluşturmaları mikrotitrasyon plak yöntemi ile semikantitatif olarak değerlendirilmiştir. İzolatların %26,4'ünde biyofilm oluşumu tespit edilmiştir. Corynebacterium türleri ile biyofilm oluşumu arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmamıştır (p>0,05). Çalışmadaki 140 suşun klonal ilişkisi PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) yöntemi ile araştırılmıştır. 140 suş 46 farklı PFGE paterni göstermiştir. Bu paternlerden 13 tanesi yalnızca birer suş içermektedir. Kalan 33 patern ise küme oluşturan suşları içermekte olup küme genişliği 2-12 arasında değişmektedir. Kümeleşme oranı %90,7 olarak saptanmıştır. En büyük küme; 12 izolatın yer aldığı A ile kodlanan kümedir. Çalışmamızdaki izolatların çoklu ilaç direncine sahip olmaları ve antimikrobiyal direnç oranlarının yüksek olması nedeniyle bu mikroorganizmalara bağlı gelişen hastane enfeksiyonlarının tedavi stratejisinin zor olacağı düşünülmektedir. Bu nedenle bu mikroorganizmaların hastane enfeksiyon etkeni olabileceği göz önünde bulundurularak aktif sürveyans çalışmalarının yapılması önem arz etmektedir.
Development of bio-based admixtures for cement-based materials
Recent developments in concrete technology enabled us to design highly flowable self-levelling mortar mixes. Generally, high flowability is obtained by incorporation of strong superplasticizers, which could also increase the amount of segregation and bleeding in the mixes. To eliminate this possible thread, viscosity modifying admixtures (VMA) should be added to the cement-based mixes. Advances in construction technology and rise in the importance of sustainability initiatives also reinforce the use of biological admixtures. Through the literature, nopal mucilage, brown algae, and bacterial cell walls were proposed as alternatives to conventional VMAs. However, these alternatives require extra processing which results with a higher unit cost compared to admixtures that could be directly obtained from nature, like the direct addition of cells. In this study, it is considered that incorporation of 4 vegetative Peanibacillus polymyxa, Sporosarcina pasteurii, Bacillus megaterium, and Bacillus subtilis cells may modify the viscosity of cement-based mixes and could serve as VMAs. Yet, it is also important to assess the influence of these cells on the hardened performance of the mix. This study aims to evaluate the influence of abovementioned bacterial cells on, initial setting time, rheology, capillary water absorption, compressive and flexural strength of cement paste and mortar samples. The vegetative cells were added to mixing water by 0.1% of binder weight at a w/b of 0.45. Based on our study, incorporation of cells caused modifications in both fresh and hardened state properties of cementitious mixtures. In conclusion, rheology of cement-based mixes could be improved by direct inoculation of live bacteria cells without sacrificing from the hardened state performance of the cementitious materials.
Eskişehir merkez ilçesinde mikrobiyal hava kirliliği
Eskişehir' de hava kirliliğinin mikrobiyal yönünün be lirlenmesi hususunda herhangi bir çalışma, bildiğimiz kadarı ile, henüz yapılmamıştır. Bu nedenle çalışmamızda Sedimentas- yon Yöntemi uygulanarak, allerjik hastalıklara neden olan mikroorganizma (bakter i, fungus ve maya) 1ar in yoğunluklarının belirlenmesi, havanın mirobiyal kirliliğinde mevsimsel deği şimlerin araştırılması ve sonuç olarak etkinliğinin azaltılma yollarının ortaya konması amaçlanmıştır. Bu amaçla Eskişehir merkez ilçesinin insan sağlığı açısından önemi olan belirgin nitelikli 10 istasyonunda, 792 plak örneği üzerinde yapılan bu çalışmada; 4506 fungus, 6952 maya, 28559 bakteri olmak üzere toplam 40017 mikroorgan izma kolon is i tespit edilmiştir. Funguslardan 12 genus, bakterilerden ise 6 farklı grup izole edilmiş bulunmaktadır.
Biyofilm oluşturan bakteri suşlarına PEMA'nın (pulslu elektromanyetik alan) etkisi
Bu çalışmada Pulslu Elektromanyetik Alan (PEMA)'ın biyofilm oluşturan bakterilere etkisi incelenmiştir. PEMA'nın biyofilm üzerindeki etkilerini araştırmak üzere, biyofilm oluşturma yeteneği bilinen iki ticari bakteri suşu, Staphylococcus aureus (ATCC 43300) ve Enterococcus faecalis (ATCC 515759) kullanılmıştır. Bu tez kapsamında, her iki bakteri suşuna PEMA uygulanmış ve uygulama sonrası biyofilm oluşumu ile antibiyotik duyarlılığı karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. Bakterilerin antibiyotiklere karşı duyarlılıkları, hem PEMA uygulanan hem de PEMA uygulanmayan kontrol gruplarında ölçülerek, elektromanyetik alan etkisinin antibiyotik hassasiyeti üzerindeki olası rolü ortaya konmuştur. Aynı şekilde, biyofilm üretimi açısından da PEMA maruziyeti ile PEMA uygulanmayan kontrol grubu arasında farklar gözlemlenmiştir. Bu çalışma sonucunda S. aureus bakterisinin ürettiği biyofilmin PEMA uygulaması sonucunda E. faecalis bakterisine göre daha belirgin düzeyde azaldığı görülmüştür. Biyofilm inhibisyonu açısından, PEMA uygulanmayan gruplarla karşılaştırıldığında elektromanyetik alanın biyofilm azaltıcı etkisi açıkça ortaya konmuştur. Ayrıca bu bakterilerin disk difüzyon testlerinde, PEMA uygulanan örneklerle kontrol grubu arasında antibiyotik duyarlılığı açısından farklılıklar görülmüştür. Bu bağlamda PEMA uygulamasının yalnızca biyofilm oluşumunu azaltmakla kalmayıp, aynı zamanda bakterilerin antibiyotiklere karşı duyarlılığını da artırabileceğine işaret etmektedir. Elde edilen veriler, PEMA'nın antimikrobiyal tedavilerde destekleyici bir etki sağlayabileceğini ve gelecekte özellikle kombinasyon tedavi stratejilerinde tamamlayıcı bir yöntem olarak değerlendirilebileceğini göstermektedir.