Mass spectrometry
125 theses under this subject heading
Piyasadan temin edilen lavanta örneklerinin uçucu yağ bileşimi
Bitkilerden elde edilen uçucu yağlar birçok amaç için kullanılmaktadır. Son yıllarda bu alana olan ilgi ve talebin artması, üreticileri daha ucuz maliyetle daha fazla üretim arayışlarına itmektedir. Türkiye'de geleneksel olarak uçucu yağ üretmek amacıyla lavanta kültürü en fazla Isparta ilinde yapılmaktadır. Bu çalışmada Eskişehir'de bulunan bazı aktarlardan temin edilen lavanta örneklerinde yabancı madde miktar tayini, kül miktar tayini, Clevenger apareyi ile uçucu yağ miktar tayini ve elde edilen uçucu yağların Gaz Kromatografisi (GK) ve Gaz Kromatografisi/ Kütle Spektrometrisi (GK/KS) analizleri yapılmıştır. Elde edilen sonuçlar Avrupa Farmakopesi Lavanta monografı ile karşılaştırılmıştır. Anahtar kelimeler: Uçucu yağ, Lavanta, Avrupa Farmakopesi, Clevenger apareyi, Gaz Kromatografisi, Kütle Spektrometrisi
Bazı gentiana türlerinin farmakognozi yönünden incelenmesi
Gentiana türleri halk arasında sindirimi kolaylaştırıcı, antidiyabetik, antiinflamatuvar, hepatoprotektif ve antihipertansif gibi pek çok tıbbi amaçla kullanılmaktadır. Gentiana asclepiadea L., G. brachyphylla Vill., G. cruciata L., G. gelida Bieb., G. olivieri Griseb., G. pyrenaica L., G. septemfida Pallas., G. verna L. subsp. pontica (Soltok.) Hayek, G. verna L. subsp. balcanica Pritchard ve ülkemiz için endemik olan G. boissieri Schott et Kotschy ex Boiss. türlerinden elde edilen ekstre ve fraksiyonların LC/MS-IT-TOF ile analizlerinde; sekoiridoitler; gentiopikrozit, sverozit, svertiamarin, loganin, svertianolin, norsvertianolin, 3'-asetil sverozit, flavon glikozitleri; östomoruzzit viteksin ve orientin bellidin, bellidifolin ve ksanton-C glikozitleri; mangiferin ve oleanolik asit tespit edilmiştir. Biyolojik aktivite sonuçlarına göre; G. boissieri, G. brachyphylla, G. cruciata metanol ekstreleri belirgin DNA hasarı koruyucu; G. cruciata, G. asclepiadea ve G. boissieri metanol ekstreleri yüksek metal şelatlayıcı; G. verna subsp. pontica metanol fraksiyonu yüksek ABTS•+ radikal katyon renksizleştirici; G. brachyphylla etil asetat ve metanol fraksiyonları yüksek DPPH• serbest radikal süpürücü antioksidan aktivite; G. pyrenaica, G. brachyphylla ve G. verna subsp. pontica metanol ekstreleri ile G. pyrenaica, G. brachyphylla metanol fraksiyonları çok yüksek MAO-A ve MAO-B inhibitör; G. olivieri metanol ekstresi çok yüksek BChE inhibitör ve orta düzeyde COX-2 inhibitör etki göstermiştir. Ayrıca Gentiana ekstrelerinin genotoksik etkiye sahip olmadığı görülmüştür. Tez kapsamında, G. boissieri, G. brachyphylla, G. gelida, G. pyrenaica, G. verna subsp. balcanica ve G. verna subsp. pontica türlerinin antioksidan, antiinflamatuvar, antikolinesteraz etkileri; G. asclepiadea, G. cruciata, G. boissieri, G. brachyphylla, G. gelida., G. olivieri ve G. septemfida türlerinin MAO-A, MAO-B inhibitör etkileri ve G. asclepiadea hariç diğer türlerin genotoksik etkileri ilk kez çalışılmıştır. Anahtar Sözcükler: Gentiana sp., LC/MS-IT-TOF, antioksidan, MAO, BChE inhibitör.
Dereotu, maydanoz ve rokada pestisit kalıntılarının belirlenmesi
Pestisitler yeşil yapraklı sebzelerde gıda güvenilirliğini olumsuz yönde etkileyen önemli bir problem olup, tehlike derecesine bağlı olarak sağlık problemlerine yol açabilmektedir. Bu araştırmada dereotu, maydanoz ve rokada 368 adet pestisit kalıntısının izlemesi gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla, Mayıs-Temmuz 2021 tarihleri arasında Çorum ilinde marketlerden, manavlardan ve semt pazarlarından birer demet olarak satın alınan 80 adet dereotu, 80 adet roka ve 40 adet maydanoz örnekleri hızlı, kolay, ucuz, etkili, sağlam ve güvenli (QuEChERS) ekstraksiyon yöntemi ile ekstrakte edilmiştir. Yeşil yapraklı sebzelerde pestisitlerin kalitatif ve kantitatif tespitinde gaz kromatografisi-kütle spektrometresi (GC-MS/MS) ve sıvı kromatografisi-kütle spektrometresi (LC-MS/MS ) teknikleri kullanılmıştır. Yeşil yapraklı sebze örneklerinin (n=200) 130'unda (%65) 43 farklı pestisit tespit edilmiştir. 80 adet dereotu örneğinin 46'sında 32 farklı pestisit kalıntısına rastlanmıştır. Dereotu örneklerinde en sık rastlanılan pestisit %22,5 bulunma sıklığı ile pendimethalindir (0,016-0,077 mg kg-1). Roka örneklerinin (n=80) 61'inde en az bir adet ölçülebilir konsantrasyonda pestisit kalıntısına rastlanmıştır. Diuron (%38,7) ve acetamiprid (%30) roka örneklerinde en sık rastanılan kalıntılardır. Rokada tespit edilen diuron ve acetamiprid konsantrasyonları sırasıyla 0,010-0,042 ve 0,010-0,471 mg kg-1 arasında değişiklik göstermiştir. Maydanoz örneklerinin (n=40) ise 23'ünde en az bir adet ölçülebilir konsantrasyonlarda pestisit tespit edilmiştir. Pymetrozine maydanozlarda en sık rastlanılan (%52,5) kalıntı olup, örneklerde saptanan pymetrozine miktarı 0,016-2,437 mg kg-1 arasında değişiklik göstermiştir.
İki bin yirmi bir yılında Gaziantep adli toksikoloji laboratuvarı'na gönderilen narkotik olgularda yeni psikoaktif maddelerin analizi
Yeni Psikoaktif maddeler (NPS) Birleşmiş Milletler Uyuşturucu ve Suç Ofisi tarafından "saf halde veya preparat formunda suistimal edilen, Uyuşturucu İlaçlara ait Sözleşme (1961) veya Psikotrop Maddeler Sözleşmesi (1971) tarafından kontrol edilmeyen, fakat halk sağlığı açısından tehdit oluşturan maddeler" olarak tanımlamıştır. "Yeni" terimi maddenin yeni sentezlenmiş olması gerekliliğini değil, yıllar önce sentezlenmiş olsa da, maddenin piyasaya yakın zamanda sürülmüş olmasını ifade eder. NPS olarak sınıflandırılan çok sayıda madde olması, bu maddelerin uyuşturucu piyasasına giriş ve çıkışının hızlı olması, kullanıcıların maddelerin içeriği konusunda yanlış bilgi sahibi olması veya maddenin içeriği konusunda hiç bilgisinin olmaması, değişken ve sıklıkla bilinmeyen potense sahip olmaları gibi etkileri ve riskleri göz önüne alındığında büyük bir tehlike arz etmektedirler. Çalışmamızda uyuşturucu/uyarıcı madde tetkiki için savcılık veya mahkemelerce kolluk kuvvetleri aracılığıyla Gaziantep Üniversitesi Adli Toksikoloji laboratuvarımıza gönderilen 250 katılımcının idrar ve kan örneklerinden sıvı kromotografi ardışık kütle spektrometrisi (LC/MS/MS) cihazında yapılacak kantitatif analizle NPS olarak kabul edilen 5F-EMB PICA, MDMB-4-en PINACA, İsotonitazen, 3-Floroamfetamin, 2-Metilamfetamin, Flualprazolam maddelerinin 2021 yılında toplam 3 aylık süredeki kullanım sıklığının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu analiz dışında kullanıcılara uyuşturucu kullanım alışkanlıklarıyla ilgili sorular içeren bir anket uygulanmıştır. Çalışmaya katılan gönüllülerin % 94'ünün erkek, yaş ortalamasının 28,2 ± 6,37, madde kullanımına başlama yaşlarının ortalamasının 19,51 ± 7,25, yıl bazında madde kullanım sürelerinin 6,34 ± 5,77 olduğu tespit edilmiştir. 250 gönüllünün % 18,4'ünde MDMB-4-en PINACA maddesi tespit edilmiş, çalışma kapsamındaki diğer NPS grubu maddelere rastlanmamıştır. Tüm idrar örneklerinin % 18, kan örneklerinin % 12,4'ünde MDMB-4-en PINACA tespit edilmiştir. Literatürde hakkında fazla bilgi bulunmayan MDMB-4-en PINACA maddesinin kısa bir zaman diliminde de olsa bölgemizdeki kullanım sıklığını belirlemesi açısından önemli olduğunu düşünmekteyiz. Bu maddenin, toksikolojik inceleme yapan laboratuvarların sistematiklerine eklenmesi gerektiğine inanmaktayız.
MALDI-TOF MS ve 16S rDNA dizi analizi ile geleneksel olarak üretilen mihaliç peynirinin mikrobiyotasininaraştırılması
Tez çalışmasında Mihaliç peynirinin laktik florası MALDI-TOF MS ve 16S rDNA dizi analizi yöntemleri ile karşılaştırmalı olarak tanımlandı. Araştırmada toplam 53 adet Mihaliç peyniri üretiminin en fazla yapıldığı Marmara Bölgesi'nden toplandı. Çalışmanın ilk bölümünde spesifik besiyerleri kullanılarak tüm laktik flora ortaya çıkartıldı ve seçilen 467 adet izolat MALDI-TOF-MS analizine tabi tutuldu. Besiyerlerinde üreyen mikroorganizmalar sayısal olarak değerlendirildiğinde M17 agarda gelişen streptokokların florada baskın olduğu belirlendi. Mikrooganizmaların tür tanısı için kullanılan MALDI-TOF-MS ve 16S rDNA dizi analiz sonuçlarına göre Lactobacillus fermentum (% 37,9), Lb. paracasei (% 32,5) ve Lb. rhamnosus (% 14,2) baskın laktobasil türleri olarak belirlendi. Benzer şekilde, Streptecoccus thermophilus (% 34), Str. gallolyticus ssp. macedonicus (% 31,9), Str. lutetiensis/Str. infantarius ssp. infantarius (% 14,8) ve Lactococcus lactis (% 12,7) M17'de üreyen streptokok ve laktokoklar olarak tanımlandı. Enterokoklar arasında ise KAA besiyerinden Enterococcus faecium (% 41,6) ve Ent. faecalis (% 38,5) en baskın türler olarak izole edilmiştir. Çalışmanın ikinci bölümünde tuzlu ve az tuzlu Mihaliç peynirleri ile bu peynirlerin kabuk (dış) ve iç (merkez) kısım mikrofloraları karşılaştırıldı. Sonuçta Lb. paracasei tuzlu peynirlere kıyasla az tuzlu peynirlerden daha sıklıkla izole edildi. Peynirlerin kabuk ve iç kısım karşılaştırmasında Lb. fermentum merkez kısımda daha yaygın olduğu, Ent. faecium'un ise kabuk kısmında daha baskın olduğu belirlendi. Elde edilen izolatlar ''Süt Ürünleri Gen Bankası'' starter kültür koleksiyonunda TSGB3001 başlangıç kodu ile kayıt ve muhafaza altına alındı. Bu suşların, peynir üretiminde potansiyel rollerinin anlaşılması için detaylı çalışmalara ihtiyaç vardır.
Bisfenol A ve S'nin sıçan gastrointestinal sistemindeki histopatolojik etkileri ve idrar kütle spektrometrik değerlendirilmesi
Bulaşıcı olmayan hastalıklar (BOH) dünya üzerinde sıklığı artmakta olan bir halk sağlığı problemidir. Bulaşıcı olmayan hastalıklar arasında gıda alerjisi ve inflamatuar barsak hastalıkları (İBH) gibi pek çok hastalık sayılabilir. Endokrin bozucu kimyasallardan olan bisfenol A (BPA), polikarbonat plastikler ve epoksi reçinelerde kullanılmaktadır. Başlıca gıda ve sağlık endüstrisi olmak üzere geniş bir kullanım alanının olması insanlar üzerinde kronik maruziyete yol açmaktadır. BPA'nın zararlı etkilerinin ortaya çıkması üzerine başta bisfenol S (BPS) olmak üzere pek çok bisfenol türevi geliştirilmiş ve kullanılmaya başlanmıştır. BPA-free olarak ifade edilen ürünlerde kullanılan başlıca bisfenol türevi BPS'dir. Çalışmamızda bisfenol türevlerinden olan BPA ve BPS'nin dişi Sprague-Dawley cinsi sıçanların gastrointestinal sistemi üzerindeki inflamatuar etkisi araştırılmıştır. 21 gün boyunca oral gavaj ile BPA ve BPS'ye maruz bırakılan sıçanların kalın barsaklarında inflamasyon gelişimi açısından Erben histomorfolojik skorlama sistemi yapılmıştır. Bisfenol türevlerinin metabolizmasının kıyasına yönelik idrar atılım miktarları Sıvı Kromatografi-Kütle Spektrometresi (LC-MS/MS) ile; kan total kolesterol, idrar kreatinin değerleri ise biyokimyasal analiz ile tespit edilmiştir. BPA'nın BPS'ye kıyasla kalın barsakta inflamasyonu daha fazla tetiklediği gösterilmiştir. Hem BPA hem BPS'nin total kolesterolü artırdığı gözlenmiştir. İdrarda spektrometrik analizlerde BPS'nin BPA'ya göre biyo-yıkımının daha az olduğu tespit edilmiştir. Bu durum BPS'nin vücutta birikimi açısından endişe vericidir. Anahtar Kelimeler: Bisfenol A, Bisfenol S, barsak inflamasyonu, kütle spektrometresi
Sık görülen bakteriyel türlerin tanısını gerçekleştirmek üzere biyoinformatik analizlerin yapılması ve kütle spektroskopisine dayalı bir panelin geliştirilmesi
Gıda güvenliği ve sürdürülebilir hayvancılık, artan dünya nüfusu ile birlikte günümüzde hızla önemini arttırmaktadır. Bu kavramları tehdit eden en önemli unsurlardan biri enfeksiyon hastalıklarıdır. Çiftlik hayvanlarında et ve süt üretiminde verim kaybına ve tedavi edilmediği takdirde ölümlere neden olarak önemli ekonomik kayıplara yol açan enfeksiyonlar, bazı durumlarda insanlarda da ciddi hastalıklara sebep olabilirler. Öngörülen belirtileri taşıyan bireylerden alınan numunelerde bu bakterilerin tespit edilmesi ve tanısının yapılması uygulanacak tedavi yönteminin belirlenmesinde kilit önem taşımaktadır. Günümüzde patojenlerin tanısında kullanılan en yaygın yöntemler kültür, serolojik, biyokimyasal ve moleküler tanı yöntemleridir. Ucuz ve kolay olmasına karşın uzun sürede sonuç vermesi, tür düzeyinde tanıya imkan vermemesi ve düşük hassasiyetleri kültür tabanlı yöntemlerin ve serolojik yöntemlerin en büyük sınırlamasıdır. Moleküler tabanlı metotlar ise çoklu örneğe bir anda bakılmasını son derece sınırlamakta bu durum da iş yükünü ile beraber maliyeti de arttırmaktadır. Bu tez çalışmasında 26 farklı patojenin tanısını, çoklu örnekte ve yüksek doğrulukta gerçekleştirmeyi mümkün kılan bir panel geliştirilmesi hedeflenmiştir. Bu amaçla 26 patojene ait iki farklı gen bölgesinde bulunan ilk kez bu tez çalışmasında belirlenmiş olan 208 SNP (tek nükleotit polimorfizmi) tespit edilmiştir. Patojen olduğu bilinen türler için biyoinformatik araçlarla belirlenen türe özgü SNP'lerden 17 tanesi seçilerek, MALDI-TOF MS/iPLEX genotipleme sistemi ile test edilmesi sonucunda, sistemin uygulanabilirliği gösterilmiştir. Yapılan tez çalışması ile, istenildiği taktirde tür sayısının genişletilmesi veya panele dahil olan türlerin kullanıcı ihtiyacına göre seçilerek kullanımının sağlanması nedeniyle; kaynaktan bağımsız olarak, yüksek doğrulukta çoklu örnekte tanı yapabilen, kullanıcı kolaylığı sunan, bir panel tasarlanmıştır. Tasarlanan panelin, ticari kullanıma sunulmasından önce optimizasyon ve validasyon çalışmalarının yapılması, bu tez kapsamında çalışılan 26 mikroorganizmanın tek panelde ilk kez türe özgü tanısının gerçekleştirilmesine imkan sunarak, benzer mikroorganizmalarla yapılacak olan araştırmalara ışık tutacağı düşünülmektedir.
Sargassum Vulgare'den elde edilen sekonder metabolitlerin yapılarının aydınlatılması ve sitotoksik, antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi
Bu yüksek lisans tez çalışmasında Antalya Serik bölgesinden toplanan Sargassum vulgare C. Agardhdeniz yosununun diklorometan-metanol (2:1) ekstresi hazırlanmışve bu müteakiben bu ekstreden kromatografik yöntemlerle başlıca iki sekonder metabolit izole edilip saflaştırılmış ve bu bileşiklerin yapıları başlıca tek ve çift dimensiyonlu nükleer manyetik rezonans (1D ve 2D NMR) ve yüksek rezölüsyonlu kütle spektrometrisi analizi de dahil kütle (Mass) spektroskopisi yöntemleriyle aydınlatılmıştır. Saf olarak elde edilemeyen yağ yapısındaki bileşiklerinin kompozisyonu ise gaz kromatografisi-kütle spektrumu (GC-MS) analiziyle belirlenmiştir. Elde edilen saf bileşiklerin antimikrobiyal ve sitotoksik aktiviteleri isein vitro yöntemlerle incelenmiştir.
Obsesif kompulsif bozukluğu olan hastaların kanlarında olası biyobelirteçlerin protein düzeyinde araştırılması
OKB'nin heterojenliği ve spesifik nörotransmitterler için tasarlanmış sınırlı farmakoterapi yaklaşımları nedeniyle tüm hastalar adına umut verici olamamaktadır. Dolayısıyla bu hastalığın altında yatan mekanizmaları daha iyi anlamak amacıyla Liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS/MS) yöntemiyle anlamlı farklılık gösteren proteinlerin OKB ile olası ilişkisinin araştırılması hedeflenmiştir. Çalışmaya DSM-5 kriterlerine göre Obsesif Kompulsif Bozukluk tanısı almış 14 hasta ve 10 sağlıklı kontrol dahil edilmiştir. Katılımcılara Yale-Brown Obsesyon Kompulsiyon Ölçeği, Obsesif İnanışlar Ölçeği (OİÖ-44), Üstbiliş Ölçeği-30 uygulanmıştır. Katılımcılardan bir kereliğine mahsus olmak üzere EDTA kaplı mor kapaklı kan tüplerine 10 cc peripheral kan alımı yapılmıştır. Alınan bu kanlar, plazma izolasyonu için Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı'ndaki moleküler biyoloji laboratuvarına iletildi. Kanlar, 3500 rpm hızda 10 dakika boyunca +4o koşullarında sentrifüjlenerek üst tabaka olan plazma içeren süpernatant temiz mikroeppendorf tüplere aktarıldı. İzole edilen tüm plazma örnekleri geniş çaplı protein analizi LC-MS/MS based proteomiks çalışmasına kadar -80o'de muhafaza edilmiştir. Tüm plazma örneklerinin toplanmasının ardından proteomiks çalışması için İstanbul Medipol Üniversitesi REMER Proteomiks Birimi'ne soğuk zincirde transfer edilmiştir. Bu çalışmada Bezmialem Vakıf Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar ve Projeler (BAP) biriminin desteğinden yararlanılmıştır. Sonuçlar ise hem istatistiksel olarak anlamlılık hem de kat değişimi açısından aralarında farklılıklar değerlendirildiğinde ise Plastin-2 (LCP1), Kanca protein 1 (HOOK1), Apolipoprotein L1 (APOL1), Ig gamma-2 zincir C bölgesi (IGHG2), Apolipoprotein D (APOD), Seruloplasmin (CP) proteinleri anlamlı olarak kat değişimi göstermiştir (p ≤0,05, ≥1.4-kat değişimi).
Yenilebilir deniz yosunları ulva rigida ve grateloupia turuturu türleri üzerine fitokimyasal araştırmalar
Yenilebilir deniz yosunları biyoaktif antioksidanlar, çözünür diyet lifleri, proteinler, mineraller, vitaminler, fitokimyasallar ve çoklu doymamış yağ asitleri bakımından oldukça zengindir. Deniz yosunları gıda veya ilaç endüstrilerinde başlıca jelleştirici ve yoğunlaştırıcı ajan olarak kullanılsa da, yapılan son araştırmalar tamamlayıcı tıp potansiyellerini ortaya çıkarmıştır. Ulva rigida Ulvophyceae sınıfının Ulvaceae familyasına ait, "Deniz marulu" olarak adlandırılan yeşil bir makroalgdir. Grateloupia turuturu ise, Florideophyceae sınıfının Halymeniaceae familyasına ait, Asya kökenli yaygın olarak "Şeytanın dili otu","Jinuari" (Korece) ve "Ratanho" (Portekizce) olarak adlandırılan kırmızı bir makroalgdir. Bu tez çalışmasında yenilebilir deniz yosunlarından Ulva rigida ve Grateloupia turuturu türlerinin kimyasal içeriği ve biyolojik aktiviteleri araştırıldı. İlgili alglerin hekzan, diklorometan-metanol (1:1), metanol ve su ekstreleri hazırlandı ve kimyasal içerikleri GC-MS ve LC-MS yöntemleriyle belirlendi. Ayrıca hazırlanan bütün ekstrelerin MCF-7 ve MDA-MB231 insan meme kanseri hücreleri ve CCD-1079-Sk insan fibroblast sağlıklı deri hücreleri üzerindeki sitotoksik etkileri, Staphylococcus aureus, Escherichia coli bakteri türleri ile Candida albicans mantar türü üzerindeki antimikrobiyal etkileri, asetilkolinesteraz (AChE) ve butirilkolinesteraz (BuChE) enzimleri üzerindeki enzim inhibisyon etkiler incelendi. Sitotoksisite deneylerinin sonuçlarına göre sağlıklı hücreler üzerinde toksisitesi en düşük olan ekstre G. turuturu'nun MeOH ekstresi (IC50: 140,5 µg/mL) olarak belirlenirken, MCF-7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücreleri üzerinde toksisitesi en yüksek olan ekstre G. turuturu'nun DCM:MeOH (1:1) ekstresi (IC50: 28,7 µg/mL) olarak belirlendi. Ekstrelerin ilgili bakteri ve mantar türleri üzerindeki antimikrobiyal etkinlikleri 125 µg/mL olarak tespit edildi. AChE enzimini en iyi inhibe eden ekstreler her iki alg türünde de hekzan ekstresi olarak belirlenirken ekstreler BuChE enzimine karşı inhibitör özellik göstermediler.
K vitamini ölçüm metodunun geliştirilmesi ve referans aralığının belirlenmesi
Vitaminler, yaşam için gerekli olan fizyolojik fonksiyonlarda önemli bir role sahip besin maddeleridir. Enerji sağlamanın yanı sıra yapısal görevlerde de işlev görmektedirler ve diğer besinlerden farklıdırlar. Vitaminler suda çözünen ve yağda çözünen olmak üzere iki gruba ayrılır. Bu gruba Vitamin A, Vitamin D, Vitamin E ve Vitamin K dahildir. Vitamin K, özellikle bitkiler ve bakteriler tarafından üretilen, lipofilik bir vitamindir ve elektron taşıma ile enerji üretimi gibi temel fonksiyonlarda kullanılır. İnsanlar, protrombin üretimi, glutamik asit rezidülerinin posttranslasyonel modifikasyonu, kemik kalsifikasyonu, kalsiyum dengesi ve hücre döngüsü düzenlemesi gibi esansiyel metabolik süreçler için Vitamin K'ya ihtiyaç duyarlar. K vitamini üç ana alt tipe ayrılır: K1 (2-Methyl-3-phytyl-1,4-naphthoquinone), K2 (2-Methyl-3-multiprenyl-1,4-naphthoquinone) ve K3 (2-methyl-1,4-naphthoquinone). K1 vitamini, yeşil yapraklı bitkiler tarafından sentezlenirken, insanlarda ise kolonda bulunan gram pozitif bağırsak bakterileri tarafından üretilen K2 vitamini alt türleri olan menakinon (MK) adlı vitamin kullanılır. K2 vitamini alt türleri, izopren birimlerine göre adlandırılır ve en yaygın olarak MK6-10 arasında bulunur. K3 vitamini, menadion olarak da bilinir ve doğal olarak bulunmaz, suda çözünebilen bir takviye formudur. Vitamin K seviyesinin belirlenmesi, eksikliğine bağlı komplikasyonların tanısında büyük önem taşır. Bu doktora tez çalışmasında, standartlara uygun analitik performans özelliklerine sahip Vitamin K ve türevlerinin LC-MS/MS ölçüm yöntemi kullanılarak Türk toplumuna ait Vitamin K referans aralığının belirlenmesi amaçlanmaktadır. Aynı zamanda, katı faz ekstraksiyonu olmadan yüksek geri kazanım sağlayan yenilikçi bir ekstraksiyon yöntemi kullanılarak Vitamin K'nın ölçülmesi de hedeflenmektedir. Bu sayede, hastaların serum Vitamin K seviyelerinin belirlenmesi ve Vitamin K eksikliğine bağlı komplikasyonların tanısına katkı sağlanması amaçlanmaktadır. Metot kalibrasyonu için filokinon ve Vitamin K2 (MK-4) kimyasalları kullanılarak, 500 ng/mL'den 0.06 ng/mL yoğunluğa kadar standartlar hazırlandı. Bütün standartlar, metanol içinde çözüldü ve her bir kalibrasyon standartına, son yoğunluğu 10 ng/mL olacak şekilde internal standart eklendi. Karışım, vortex ve santrifüj işlemlerinden geçirildi. Üst faz alındı ve konsantratör cihazında uçuruldu. Kalıntı, 2-propanol, asetonitril ve metanol gibi kimyasallar kullanılarak serum numunelerine ait analitlerin hazırlığı yapıldı. Hazırlanan analitler, likit kromatografi yüksek çözünürlüklü tandem kütle spektrometrisi cihazında analiz edildi. Kütle spektrometresinde atmosferik basınçlı kimyasal iyonizasyon yöntemi iyonizasyon kaynağı olarak kullanıldı. Kromatografik ayırma işlemi, 40 °C'de C18 - 100 x 2 mm - 3 µ boyutlu bir kolon kullanılarak gerçekleştirildi. Mobil faz olarak, su içinde %0.1 formik asit ve 3:1 (v/v) metanol/asetonitril karışımı kullanıldı. Geliştirilen yöntemin nihai validasyon çalışmaları, ölçüm sınırı, doğrusallık, gerçeklik, kesinlik ve sağlamlık testlerini içermektedir. Hazırlanan standartlar, 6 tekrarlı olarak analiz edildi ve kalibrasyon eğrisi oluşturuldu. Elde edilen veriler, regresyon analizi ile değerlendirildi. Türk toplumuna ait Vitamin K referans aralığını belirlemek için, içeri alma ve dışlama kriterlerini sağlayan 64 kadın ve 67 erkek sağlıklı kontrol grubu gönüllüsüne ait serum numuneleri kullanıldı. Bu numuneler, geliştirilen yöntemin nihai numune hazırlama prosedürüne uygun şekilde işlendi ve analiz edildi. Validasyon çalışmalarında istatistiksel analizler R programlama dili kullanılarak gerçekleştirildi. Spektrum analizleri ise açık kaynaklı MZmine 3 yazılımı üzerinde yapıldı. Referans aralık hesaplamaları ise Python programlama dili kullanılarak yapıldı. Vitamin K1 kalibrasyon standartı 6 kez tekrarlanarak çalışılmış ve elde edilen verilerle korelasyon katsayısı 0.9957 olarak hesaplanmıştır. Vitamin K, MK-4 ve MK-7 analitleri 10 kez tekrarlanarak çalışıldığında, yöntemin LOD (tayin sınırı) ve LOQ (ölçüm sınırı) değerleri sırasıyla 0.02 ng/mL ve 0.09 ng/mL olarak belirlenmiştir. Ortalama bağıl standart sapma ise %2.15 olarak hesaplanmıştır. Geri kazanım testleri sonuçlarına göre ise Vitamin K için %94, MK-4 için %88 ve MK-7 için %85 geri kazanım değerleri elde edilmiştir. Referans aralık çalışmaları için, dahil olma ve dışlama kriterlerine uygun olan 64 kadın ve 67 erkek sağlıklı kontrol grubu referans kitle olarak seçilmiştir. Sonuç olarak referans aralığı, 0.1-1.2 ng/mL olarak hesaplanmıştır. Bu yöntem, en fazla 30 dakika içinde sonuç verebilme özelliğiyle birlikte ön hazırlık süresi ve ekstraksiyon aşamasında katı faz ekstraksiyon filtrelerine ihtiyaç duymadan diğer literatürdeki yöntemlerden pozitif şekilde ayrılmaktadır. Araştırma amacıyla laboratuvarlarda yöntem doğrulama çalışmaları yapıldıktan sonra kullanılmaya uygun hale gelir. Yöntemin karşılaştırma ve geçerli kılma çalışmaları yapıldıktan sonra rutin kullanıma geçilebilir. Vitamin K, MK-4 ve MK-7'nin referans aralığını belirlemek için Python programlama dilinde kod yazılmıştır. Bu kod, klinik laboratuvarlarda laboratuvar içi referans aralıklarını belirlemek amacıyla bütün parametreler için laboratuvar bilgi sistemlerine entegre edilebilir. Enzim destekli ekstraksiyon, diğer yağda çözünen vitaminlerin miktar tayinini yapmak için geliştirilecek yöntemlerde de kullanılabilir. Bu alanda yeni araştırma çalışmaları yapılabilir.
Farklı lösemi tiplerinde nükleer manyetik rezonans tabanlı metabolomik profilleme
Lösemi, çocukluk çağında %30'luk oran ile en sık görülen kanser türü olup, tüm kanserler içerisinde 3.2%' lik oranı kapsamaktadır. Lenfomalar ise orijin aldığı doku açısından lösemi ile ayrışmakla beraber ortak semptomlar gösterebilmektedir. Hastalık gelişiminde temelde beyaz kan hücrelerinin kemik iliği/ lenfoid organlardaki maturasyon bozukluğu yer almaktadır. Literatürde lösemi ve lenfomada metabolik profilleme çalışmaları mevcut olup, belirlenen biyobelirteç adayı metabolitlerin erken tanı, prognoz, tedaviye cevapta kullanılabilirliği tartışılmaktadır. Yüzlerce metaboliti kapsayan metabolomiks çalışmalarında çok yönlü istatistiksel modelleme kullanılarak bu aday belirteçlerin ilişkili olduğu yolaklar belirlenebilmekte, kişiselleştirilmiş tedaviler için değerli bilgiler sunulabilmektedir. Bunu mümkün kılan analitik kimya tekniklerinden ve metabolomiksin en önemli enstrümanlarından nükleer manyetik rezonans (NMR) ile kütle spektrometresi (MS), birbirini tamamlayıcı şekilde farklı moleküllerin ölçümünde başarılıdır ve entegre analizlerde analit spektrumun tamamına yakınını kapsamaktadır. NMR; yüksek tekrarlanabilirlik, tek internal standartla yüzlerce metabolit kantitasyonuna olanak vermesi, uzun stabilite, kalibrasyon gerektirmemesi gibi avantajlarıyla son yıllarda metabolomikste artan sıklıkta kullanılmaktadır. Öte yandan rutin kullanımı oturmuş MS ise yüksek sensitivitesi ve proteomik-lipidomik moleküllerin başarılı tespiti ile pratik kullanımda halen en ön sırada yer almaktadır. Güncel tez çalışması, sık görülen lösemi/ lenfoma tiplerini kapsayacak şekilde bütüncül yaklaşımla kantitatif NMR ve kalitatif MS metodlarını entegre eden bir çalışma düzeni içerisinde gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla her bir grupta (AML, KLL, NHL) yer alan 30 yetişkin hastaya ait serum ile lökosit izolatlarında bir ve iki boyutlu 1H NMR ile yüksek-rezolüsyonlu MS (HR-MS) analizleri tamamlandıktan sonra diferansiyel metabolitler ile ilgili metabolik yolaklar tek değişkenli-çok değişkenli istatistiksel metotlarla MetaboAnalyst ve TidyMass çevrimiçi platformlarında belirlenmiştir. 1D deneylerde kimliklendirilen metabolitler, 2D NMR analizleri ile doğrulanmıştır. Lökosit izolatları ise HRMS platformunda serum örnekleri ile eşit koşullar altında çalışılarak bu matrikste kontrollere kıyasla anlamlı eksprese edilen metabolitler belirlenmiştir (TidyMass). Serum NMR analizlerinde ortaya konan bulgulara göre; AML grubunda kontrol bireylere kıyasla artış gösteren metabolitler (VIP skoru> 1) metilguanidin, izobütirat, glisin, 2-hidroksiizobütirat, glukoz, üre, betain ve azalanlar (VIP skoru> 2) piroglutamat, 3-hidroksiizovalerat, alanin olarak kaydedilmiştir. KLL grubunda artan metabolitler içerisinde AML ile ortak bulunanlar haricinde kreatinin-kreatin fosfat, tirozin ve fosfoetanolamin molekülleri de yer almaktadır. Burada her üç grupta da artan moleküllerin protein degredasyon ürünü olmaları, hematolojik malignitelerde gözlenen hızlı protein turnoverını doğrulamaktadır. VIP skoru 2.5' ten büyük bulunan fumarat ve asetat moleküllerinin azalışı da KLL ve NHL gruplarında ortak öne çıkan farklılıklar olarak Krebs siklusu ara bileşenlerinin prolifere olan lökoblastlarda yoğun tüketimine işaret etmektedir. Ayrıca NHL grubuna özgü bir farklılık olarak düşük bulunan serum karnitin seviyesi (VIP skoru> 1), lenfoma hastalarında artan enerji ihtiyacının beta oksidasyon artışı ile kompanse edildiğini düşündürmektedir. Serum NMR sonuçlarını kapsayan alıcı özelliği (ROC) analizi ile AML için 10, KLL için 3 ve NHL için 20 en anlamlı metabolit ile eğri altı alanı> 0.98 olan tanısal biyobelirteç modelleri oluşturulmuştur. Grup bazlı değişim gösteren yolak analizlerinde glutatyon, glukojenik ile dallı zincirli amino asit metabolizması ve kolin oksidasyonu AML' de birinci sıradayken; KLL ve NHL gruplarında ise Krebs ve üre siklusu öne çıkmaktadır. Serum HRMS sonuçlarında ise yüksek sensitif metodoloji yardımıyla çeşitli polar lipitler (yağ asitleri ve fosfolipitler) tanımlanarak özellikle AML grubunda anlamlı artan doymamış yağ asitleri dokozatrienoik ve cis-13-dokozenoik asit (p=0.002 ve 0.003, sırasıyla, Tidymass) olarak kaydedilmiştir. Serum HRMS sonuçlarına göre KLL grubunda anlamlı bulunan oleamid artan ve gliserofosfokolin ile piroglutamat ise NMR sonuçlarını doğrulayan şekilde düşük seviyelerde bulunmuştur (p=0.001 ve 0.000, sırasıyla, Tidymass). Öte yandan NHL serum HRMS bulguları artan doymamış yağ asitleri açısından AML ve oleamid açısından KLL ile; azalan piroglutamat seviyeleri açısından ise KLL ile benzerlik göstermektedir. Lökosit izolatlarında gerçekleştirilen HRMS analizlerinde ise seruma göre daha az sayıda anlamlı metabolit tanımlanmış olup; spermin ve uzun zincirli yağ asitlerinin (serumda sonuçlarını destekleyen biçimde) artan, biyotin gibi koenzimlerin ise düşük seviyeleri her üç grupta da ortak olarak kaydedilmiştir. Sonuç olarak güncel çalışmada, lösemi/ lenfoma hastalarında NMR ve MS metodolojilerinin komplementer kullanımı ile oldukça geniş metabolit spektrumu içeren serum-lökosit matriks profillemesi gerçekleştirilmiştir. Literatürde bir ilk olarak, farklı hematolojik malignitelerde serum metabonomu kantitatif yaklaşımla belirlenmiş ve HR-MS teknolojisi ile yapılan global tarama ile entegrasyon sağlanarak geniş kapsamlı parametre araştırması yapılmıştır. Bir diğer yenilik ise, global serum araştırması yanı sıra lökosit izolatlarında MS analizi ile hücresel düzeyde anlık metabolik profilleme ile bireysel etyolojilere dair önemli veriler sunulmasıdır. Grup bazlı değişiklikleri ortaya çıkaran mevcut bulgular bireysel itici güçlerin yanı sıra farklı alt sınıflarda yaygın olarak gözlemlenen patojenik mekanizmalar hakkında da ipuçları sağlamaktadır. Tüm bunlarla birlikte sunulan güncel sonuçların, her grup için oluşturulacak geniş kohort ve omiks teknolojilerinden gelen tamamlayıcı veriler ile doğrulanması gerekmektedir.
Anne sütü alan ve almayan bebeklerde Lactobacillus spp. bakterilerinin araştırılması ve bazı probiyotik karakterlerin belirlenmesi
Bu çalışmada; Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Uygulama ve Araştırma Hastanesi Pediatri Polikliniği'ne başvuran sağlıklı 0-4 aylık, son 3 ayda antibiyotik, probiyotik takviye almamış, herhangi bir sağlık sorunu bulunmayan 45 bebekten alınan gaita örneklerinden izole edilmiş olan Laktik Asit Bakterileri (LAB) kullanılmıştır. Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) yöntemine göre tanımlanarak seçilen 21 adet izolattan 6 farklı tür elde edilmiştir. Çalışmamızda en sık görülen tür %59 oranında Lactobacillus rhamnosus suşu olurken bu suşu %13,6 oranıyla Lactobacillus paracasei takip etmektedir. Ardından %9 oranlarında Lactobacillus reuteri, Lactobacillus gasseri ve %4,5 oranlarında Enterococcus faecalis, Pediococcus acidilactici suşları gelmektedir. Suşların antimikrobiyal aktivitelerinin değerlendirilmesinde vancomycin, tetracycline, gentamicin, netilmicin, tobramycin, penicilin, ampicilin, teicoplanin ve amikacin antibiyotikleri kullanılmıştır. Çalışmamızda bütün suşlar amikacin antibiyotiğine dirençliyken, tetracycline, penicilin, gentamicin, netilmicin, teicoplanin, vancomycin, ampicilin ve tobramycin antibiyotiklerine duyarlı bulunmuştur. LAB'nin antagonistik aktivitelerinin değerlendirilmesinde 6 farklı patojen ( Escherichia coli 25922, Staphylococcus aureus 6538, Bacillus subtilis, Staphylococcus aureus 25923, Candida albicans, Listeria monocytogenes) kullanılmış olup çalışma sonucunda suşların bütün patojen mikroorganizmalar üzerinde antimikrobiyal etki gösterdiği belirlenmiştir. Suşların kolesterol asimilasyon yeteneklerinin değerlendirildiği çalışmada %39.1 oranında T21 ve T22 suşları en yüksek kolesterol asimilasyonu gerçekleştirmiştir. Sonuç olarak izole edilen suşların pek çoğunun probiyotik potansiyele sahip olduğu özellikle T29 L. gasseri ve T30 L. paracasei suşları tek başına veya diğer Lactobacillus suşları ile birlikte preparatların üretiminde kullanılabilecek probiyotik suşlar olabileceği düşünülmektedir.
Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Adli Tıp Anabilim Dalı'nda alkol analizi yapılan örneklerde etanol biyobelirteçlerinden etil glukuronit (ETG) ve etil sülfat (WTS)' ın belirlenmesi
Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Adli Tıp Anabilim Dalında Alkol Analizi Yapılan Örneklerde Etanol Biyobelirteçlerinden Etil Glukuronit (EtG) ve Etil Sülfat (EtS) 'ın Belirlenmesi Dünya genelinde alkol kullanım bozukluğu sosyolojik, psikolojik, medikal ve adli soruna neden olarak bir çok insanın hayatını dolaylı veya doğrudan etkilemektedir. Adli Bilimlerde alkol alımının tespiti önemli bir konudur. Trafik kazaları başta olmak üzere, cinsel saldırı suçu, intihar ve cinayet gibi adli olaylarda alkol alımının gösterilmesi büyük önem taşımaktadır. Ancak alkol alındıktan kısa bir süre sonra kan ve diğer vücut sıvılarındaki miktarı tespit edilemeyecek düzeye inmektedir, bu durum Adli Bilimlerde birçok olayın çözülmesini zorlaştırmaktadır. Tüm bu nedenlerden dolayı etanol alımının tespit edilmesinde sadece vücut sıvılarında etanol tespit etmek yerine, etanol metabolitlerini de analiz etmek gerekmektedir. Kronik ve yoğun etil alkol alımının gösterilmesinde indirekt metabolitlerin ((alanine aminotransferase (ALT), aspartate aminotransferase (AST), γ-glutamyl transferase (GGT), Mean corpuscular volume (MCV), carbohydrate-deficient transferrin (CDT)) tespit edilmesi esasına dayanan yöntemin bazı kısıtlılıkları vardır aynı zamanda yöntem yeterince duyarlı ve özgül değildir. Etil alkol minör metabolitlerinden Etil Glukuronit ( EtG) ve Etil Sülfat (EtS) ise duyarlılıkları ve özgüllükleri yüksek olduğundan son yıllarda alkol alımının tespitinde kullanılması yaygınlaşmıştır Bazı riskli meslek gruplarında iş kazalarının önlenmesi amacıyla, akut ve kronik alkol alımının gösterilmesi büyük önem taşımaktadır. Bu durumda da etanol minör metabolitlerini tespit etmek önem kazanmaktadır. Bu çalışmada Ç.Ü Tıp Fakültesi Adli Tıp Anabilim Dalı'na alkol analizi için gönderilen kan örneklerinde sıvı kromatografisi tandem kütle spekrometresi (LC-MS-MS) yöntemi ile EtG ve EtS miktarları kantitatif olarak hesaplanarak, kan alkol konsantrasyonları ile karşılaştırılmıştır Anahtar kelimeler: Etanol, Etil Glukuronit, Etil Sülfat, Kan, LC-MS/MS
Investigation of aflatoxin M1 presence in goat cheeses retaield at open bazaar
The aim of this study was to detect the presence of Aflatoxin M1 (AFM1) in goat cheeses produced without used starter culture and retaield in open bazaar by ELISA and Liquid Chromatography-Mass Spectrophotometer (LC-MS) techniques. The mean contamination rate was between 5,68 – 18,57 ng/kg (ppt) in 20 from 82 (24,40%) goat cheese samples analyzed by ELISA. Then, 10 cheese samples randomly chosen from 20 samples contaminated with AFM1 and analyzed by LC-MS. None of the cheese samples contained AFM1 levels above the Turkish legal limit (250 ng/kg) according to ELISA results. According to the data, 10 randomly selected cheese samples contaminated with AFM1 were not over the detectable levels (≥200 ng/kg) analyzed by LC-MS. Consequently, the AFM1 contamination levels determined in this study in goat cheese were not considered to pose a serious public health hazard.
Yatağan ve çevresinde üretilen ballarda halk sağlığı açısından risk oluşturacak bazı ağır metal düzeylerinin ICP-MS tekniği ile belirlenmesi
Amaç: Bu çalışma, Muğla'nın Yatağan ilçesinde bulunan termik santrale ve mermer ocaklarına yakın bölgelerden temin edilen ballarda, bazı ağır metallerin varlığını belirlemek amacıyla yapılmıştır. Gereç ve Yöntem: Toplanan ballarda alüminyum, demir, mangan, kobalt, nikel, çinko, kadmiyum, krom, bakır, kurşun miktarı yönünden ICP-MS ile belirlenmiştir. Sonuçların ilgili literatür verileriyle birlikte Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tolerans limitlerine göre değerlendirilmesi gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Analiz sonuçlarına göre incelenen bal örneklerinde ortalama değerler, alüminyum (Al) 27715,468 µg/kg; demir (Fe) 5923,415 µg/kg; mangan (Mn) 639,872 µg/kg; nikel (Ni) 301,964 µg/kg; çinko (Zn) 1094,215 µg/kg; krom (Cr) 47,165 µg/kg; bakır (Cu) 1317,268 µg/kg ve kurşun (Pb) 289,064 µg/kg olarak belirlenmiştir. Analiz edilen bu ballarda kobalt ve kadmiyum tespit edilmemiştir. Sonuç: Bulgular genel olarak değerlendirildiğinde ağır metallerin yüksek değerde olmadığı, ancak bazı elementler bakımından sınır değerlerde olduğu gözlemlenmiştir. Sonuç olarak kovanların endüstriyel bölgelere yakın olmasının bazı ağır metaller yönünden halk sağlığını olumsuz etkileyebileceği sonucuna varılmıştır.
Beyaz şarap üretiminde Metschnikowia pulcherrima mayasının saf ve karışık kültür fermantasyonunun aroma ve tiol bileşikleri üzerine etkisi
Bu çalışmada Denizli'nin Güney ilçesi Sauvignon Blanc üzümünden Metschnikowia pulcherrima (Mp) ve Saccharomyces cerevisiae (Sc) mayalarının saf ve karışık kültürü (Mp+Sc) kullanılarak beyaz şarap üretilmiş, bu şarapların uçucu tiol ve aroma bileşikleri belirlenmiş, kullanılan mayaların şarapların kalitesi üzerine etkisi araştırılmıştır. Şarapların uçucu tiol bileşikleri analizi 4,4′-ditiodipiridin (DTDP) türevlendirme ajanı kullanılarak LC-MS/MS tekniği ve dış standart yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Şarapların aroma maddelerinin ekstraksiyonu katı faz ekstraksiyon (SPE) yöntemi ile, tanımlanması ve miktarının tespiti ise GC-MS-FID tekniği ile gerçekleştirilmiştir. S. cerevisiae'nın 4 MMP bileşiğini (17.8 ng/L), karışık kültür fermantasyonunun 3MH ve 3MHA bileşiklerini (sırasıyla 1111.2 ng/L ve 344.1 ng/L) diğerlerine göre daha yüksek miktarlarda oluşturduğu belirlenmiştir. Mp, Sc ve Mp+Sc şaraplarında 39 adet aroma bileşiği tanımlanmış, bunların miktarları sırası ile 173 mg/L, 176 mg/L, 184 mg/L olarak belirlenmiştir. Saf M. pulcherrima yüksek alkol bileşiklerini, karışık kültür fermantasyonu ise ester ve uçucu asit bileşiklerini diğerlerine göre daha yüksek miktarda oluşturmuştur. M. pulcherrima ve S. cerevisiae karışık kültür fermantasyonunun diğer iki saf kültür fermantasyonuna göre uçucu tiol ve aroma konsantrasyonunu arttırdığı ve şarap üretiminde uygulanabilir olduğu sonucuna varılmıştır.
Ağız yıkama çözeltisindeki candida türlerinin belirlenmesi için multiplex PCR tanı kitlerinin geliştirilmesi
AMAÇ: Sağlıklı insanların ağız florasında maya mantarları da dahil olmak üzere birçok mikroorganizma denge ve uyum içerisinde bulunur. Bu denge halinin bozulması maya mantarlarının kolonizasyonuna veya ağız içi kandidoza sebep olabilir. Ağız boşluğunda sık görülen beş Candida türü (Candida albicans, Candida tropicalis, Candida krusei, Candida parapsilosis ve Candida dubliniensis) bilinmektedir. Candida türlerinin doğru belirlenmesi antifungal tedavi ve epidemiyolojik yönden çok önemlidir. Sunulan çalışmada, tıbbi önemi olan Candida türlerinin belirlenmesi ve tanımlanması için polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) temeline dayalı yeni bir Real-time PCR yönteminin geliştirilmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Çukurova Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesinden yaşları 19–36 arasında olan 200 öğrenci bu çalışmaya katıldı. Gönüllü öğrencilerin her biri 15 ml distile su ile ağzını çalkaladı, örnekler 3000 rpm de 10 dakika santrifüj edildi. Çökelti 200 µL steril distile su içinde karıştırılarak CHROMAgar Candida besiyerine inoküle edildi. Genomik DNA izolasyonu Fungal Mini prep kiti ile yapıldı. İzolatların identifikasyonunda CHROMAgar Candida besiyeri, MALDI-TOF MS ve RT-PCR yöntemleri kullanıldı. Gen amplifikasyonu için iki çift spesifik primer kullanıldı. Analiz 7 farklı Candida referans suşunun ITS-2 dizileri üzerinden gerçekleştirildi. Sunulan çalışmada, Candida türlerini belirlemek için real-time polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ve erime sıcaklığı analizi (MCA) ile çalışan yeni bir RT PCR-MCA yöntemi geliştirildi. BULGULAR: Toplam 52 (%26) klinik örnekten 71 maya izole edildi. Bu 71 maya mantarından 64'ü (%90.1) Candida spp. olup izole edilen türler, sıklığa göre, 22 C. albicans (%34.4), 16 C. parapsilosis (%25), 9 C. dubliniensis (%14.1), 6 C. lusitaniae (%9.4), 5 C. kefyr (%7.8), 2 C. lambica ve 4 (%6.9) diğer Candida türleri [1 C. krusei, 1 C. tropicalis, 1 C. inconspicua ve 1 C. pararugosa] idi. Toplam 64 Candida izolatına ilişkin MALDI-TOF MS verileri CAC ve iki ayrı RT-PCR sonuçları ile karşılaştırıldı. CAC besiyerinde 1 C. tropicalis kökeni yeşil koloni oluşturdu ve yanlış olarak C. albicans olarak identifiye edildi. RT-PCR yöntemi ile çalışmada izole edilen altı Candida türü MCA yöntemi ile tanımlandı, ancak iki tür, C. albicans ve C. kefyr, Tm sıcaklığına göre birbirinden ayırt edilemedi. Ayrıca, MALDI-TOF MS ile C. lambica olarak belirlenen iki izolat RT-PCR ile amplifiye edilemedi. TARTIŞMA: Candida türlerinin geleneksel yöntemler ile belirlenmesi ve birbirinden ayırt edilmesi 2–3 gün sürebilmektedir. Candida türlerinin bir gün içerisinde real-time PCR'ı takiben erime sıcaklığı (MCA) analizi basit, ucuz ve çabuk bir yöntemdir. Ancak, bu çalışmada Candida türlerinin kesin tanısı için yeterli olmadığı anlaşılmıştır. Anahtar kelimeler: Candida, chromogenic agar, identifikasyon, MALDI-TOF MS, PCR, Real-time PCR
Türkiye'de ticari olarak satılan kendir tohumu ve kendir tohumu yağlarındaki Δ9-THC, CBD ve CBN konsantrasyonlarının LC-MS/MS yöntemi ile belirlenmesi
Ülkemizde bitkisel ürün satan ve halk arasında "Aktar" veya "Lokman Hekim" olarak tabir edilen işletmelerden veya internet üzerinden kolayca temin edilebilen ülkemizde üretilen/tüketilen kendir tohumlarından ve tohum yağlarından rastgele örnekler alınarak, Δ9-THC, CBD, CBN ve THCA konsantrasyonlarını belirlemek çalışmamızın ana konusunu oluşturmaktadır. Çalışmamızda enstrümantal analiz yöntemi olarak Sıvı Kromatografi Ardışık Kütle Spektrometresi tercih edilmiş olup, kendir tohumu ve kendir tohumu yağları için metanol ve asetonitril gibi basit kimyasalların kullanıldığı birbirinden farklı ancak oldukça basit ayrıştırma prosedürleri oluşturulmuştur. Yaptığımız çalışma neticesinde kendir tohumlarında ve bitkisel aromatik yağlarda LC-MS/MS ile Δ9-THC, CBD, CBN ve THCA kannabinoidlerinin tespitine yönelik özgün bir bilimsel analiz yöntemi geliştirilmiş ve valide edilmiştir. Çalışmamızın LOD ve LOQ aralıkları tohum analizleri için 0,10-8,75 ng/g ve 0,30-26,53 ng/g, yağ analizleri için ise 2,40-16,55 ng/ml ve 7,27-50,14 ng/ml şeklindedir. Temin ettiğimiz gerçek tohum örneklerindeki ortalama kannabinoid miktarları Δ9-THC için 55,42 ng/g, CBD için 965,15 ng/g ve CBN için 36,50 ng/g iken; gerçek yağ örneklerindeki ortalama kannabinoid miktarları ise Δ9-THC için 5,71 µg/ml, CBD için 9,62 µg/ml, CBN için 479,57 ng/ml ve THCA için 3,55 µg/ml bulunmuştur. Tüm tohum örneklerindeki THCA miktarları LOD değerinin altındadır. Ülkemizde ilk defa serbest piyasadan temin edilebilen tohumların ve yağların analizi yapılarak kannabinoid içerikleri belirlenmiştir. Elde ettiğimiz sonuçlar göstermektedir ki, çalışmaya dahil edilen 10 farklı tohum ve 20 farklı tohum yağı numunesinden yalnızca bir tohum numunesi haricindeki tüm örnekler, ülkemiz mevzuatında uygulanmakta olan "sıfır tolerans" yaklaşımı nedeniyle, Δ9-THC içerikleri yönünden olası bir adli soruşturmada "yasadışı madde" statüsü kazanma potansiyeline sahiptir. Sonuç olarak; kendir tohumu ve bu tohum kullanılarak elde edilen ürünlerin içerdikleri Δ9-THC miktarlarının azaltılması açısından daha sıkı denetime tutulması gerekmektedir. Ayrıca vatandaşların bu ürünleri kullanmak, bulundurmak veya almak-satmak gibi eylemler nedeniyle zor durumda kalmamaları açısından, mevzuatımızdaki sıfır tolerans yaklaşımının kendir tohumu ve tohum yağı yönünden gözden geçirilmesi, gerekiyorsa uygun bir eşik değerle değiştirilmesi de dahil olmak üzere dünyadaki uygulamalar ile kimyasal, toksikolojik ve sosyolojik çalışmaların bir arada değerlendirilmesi önerilmektedir.
Sepsis hastalarında eser elementlerin araştırılması
Sepsis hastalarında eser element düzeylerini araştırdığımız çalışmamız, Aralık 2015 ve Aralık 2016 tarihleri arasında Düzce Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi Dahili Yoğun Bakım Ünitesi, Cerrahi Yoğun Bakım Ünitesi, Beyin Cerrahi Yoğun Bakım Ünitesi, Enfeksiyon Hastalıkları Kliniği ve polikliniğinde kesitsel olarak gerçekleştirilmiştir. Çalışmamıza sepsis ve septik şok şüphesi ile yatırılan veya tedavi alan, dışlama kriterlerine (eser element içeren ilaçlardan aktif olarak kullanıyor olmak, çalışma protokolünü reddetmek, 18 yaşından küçük olmak) sahip olmayan 87 hasta (sepsis grubu) ve kontrol grubunu oluşturan 22 gönüllü sağlıklı kişi dahil edilmiştir. Serum eser element düzeyleri ICP-MS (inductively coupled plasma mass spectrometry) metodu ile değerlendirilmiştir. Sepsis ile kontrol grubu arasında on eser elementin (Fe, Cu, Zn, Mn, Co, Cr, Se, Mo, Al, Ni) karşılaştırıldığı çalışmamızda, beş eser element düzeylerinde anlamlı farklılık saptandı. Cr (p<0,001), Fe (p=0,004), Ni (p=0,001), Cu (p<0,001) ve Cd (p<0,001) eser elementleri sepsis grubunda anlamlı olarak yüksek bulunmuştur. Al (p=0,572), Co (p=0,846), Zn (p=0,113) eser elementleri sepsis grubunda kontrol grubuna göre düşük saptanmış olup bu fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Se (p=0,106) ve V (p=0,298) ise sepsis grubunda daha yüksek bulunmuştur; fakat bu fark da istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Çalışmamızda istatistiksel olarak anlamlı yüksek saptadığımız bu serum eser elementlerinin sepsis ve diğer enfeksiyon hastalıklarındaki ilişkisini ortaya koymak için daha çok çalışmaya ihtiyaç vardır. Anahtar kelimeler: Sepsis, Septik Şok, SOFA Skoru, Eser Elementler, ICP-MS.
Sentetik kannabinoid analizlerinde enzim immünassay ve sıvı kromatografisi-kütle spektrometresi (LC-MS/MS) metodlarının analiz sonuçlarının karşılaştırılması
Bağımlılık yapıcı madde kullanımı tüm dünya başta olmak üzere ülkemizde de toplum sağlığını tehdit eden en önemli sağlık sorunların başında gelmektedir. Son yıllarda uyuşturucu ve uyarıcı bağımlılık yapıcı madde kullanımlarında artış görülmektedir. Son birkaç yılda ülkemizde uyuşturucu kullanımı ve bağımlılık yapıcı maddelerin dağıtımı ile mücadele başlamıştır. Toplumda yükselen bağımlılık yapıcı madde kullanımı oranlarının nedenleri arasında; yeni, ucuz, kolay ulaşılabilen, zor tespit edilebilen bağımlılık yapıcı madde satışının artması gösterilmektedir. Özellikle de sentetik kannabinoid maddesi kullanımlarında artış görülmektedir. Bu çalışmada amacımız laboratuvarımızda yapılan uyuşturucu analizlerinde kullanılan iki farklı yöntem arasında sentetik kannabinoid analizleri üzerinde herhangi bir farklılık olup olmadığını ortaya koymaktır. Her iki yöntem olan LC-MS/MS (sıvı kromatografisi, kütle spektrofotometresi) ve enzim immünassay yöntemi ile analiz yapan otoanalizör cihazları günümüzde uyuşturucu madde ve ilaç analizlerinde kullanılan güvenli ve hassas yöntemlerdir. Bu tezde her iki yöntemle gerçekleştirilecek analizler üzerinden iki metodun güvenliliği ve hassasiyeti karşılaştırılacaktır. Anahtar kelimeler: Bonzai, Enzim immünassay, LC-MS/MS, Sentetik kannabinoid, Uyuşturucu,
Comparison of element concentrations in crude oil samples taken from different sites in Iraq and Turkey
The ability to accurately determine the metal contents of crude oils is necessary for reasons ranging from the need to identify the source of the oils (Ni and V) to the removal of components that might inhibit catalysis during refining or impact negatively on the environment during hydrocarbon combustion. Determination of the petroleum source is very important to prevent oil smuggling. The aim of this thesis is a comparison of element concentrations in crude oil samples taken from different sites in Turkey and Iraq. For this purpose, the crude oil samples were collected from a few locations including Duhok, Zakho, and Erbil from Iraq, Batman, and Adiyaman from Turkey. Sample Digestion was performed by microwave (MW) oven-using HNO3 and polytetrafluoroethylene (PTFE™). After that, the digested samples were diluted for further analysis. The metal concentrations were determined by using Inductively coupled plasma-mass spectrometry (ICP-MS). For quantitative analysis, calibration graphs were obtained. From the results obtained, it was found that Vanadium V concentrations are in ranges of (0.082 – 24.490) mg/L, while Nickle Ni concentrations are varying between (1.028 – 10.740) mg/L.
Bazı Juniperus taksonlarının uçucu yağlarının GC-MS analizi
Bu çalışmada Kastamonu'da yabani olarak yayılış gösteren J. oxycedrus L., J. excelsa Bieb., J. communis L. var. nana Syme., J. sabina L. türlerinin iğne yaprak ve meyvelerinin hidrodistilasyon ile elde edilen uçucu yağlarının verimliliği ve hidrosolleride dahil kimyasal madde içerikleri GC-MS analizi ile tesbit edilmiştir. Yaprak ve meyve örnekleri Kastamonu sınırları içinden yayılış gösterdikleri bölgelerden toplanmıştır. Meyve ve yaprak materyallerinde uçucu yağların verimlilik oranları yaklaşık %(m/y), J. oxycedrus'de %0,85/0,40, J. excelsa'da %1,20/0,90 , J. nana'da %1,95/1,50 , J. sabina'da %1,93/2,30 olarak tesbit edilmiştir. GC-MS analizi sonuçlarına göre 4 juniperus spp. türünün meyve (m), meyve hidrosolü (mh) yaprak (y) ve yaprak hidrosolü (yh) içeriklerindeki %2'nin üstündeki ana uçucu bileşenler sıralanmıştır. J. oxycedrus (m)'de, myrcene %36,75 / α-pinen %31,40 / germacrene-D %11,47 / limonene %3,58 / caryophyllene %2,74; (mh)'de, α-terpıneol %21,23 / (R)-linalool %19,79 / terpinen-4-ol %19,71 / l-Verbenone %5,41; (y)'da, α-pinen %21,67 / limonene %21,26 / caryophyllene oxide %5,53 / germacrene-D %4,44; (yh)'de, trans-carveol %16,94 / 1-verbenone %10,55 / α-terpıneol %8,41 / cuminyl acetate %7,38 / carveol %5,06. J. excelsa (m)'de, α-pinen %80,91 / α-cedrol %2,52 / myrcene %2,23; (mh)'de, verbenol %23,19 / verbenone %22,33 / pinocarveol %13.64 / α-phellandren-8-ol %10,17 / cis-carveol %5,28; (y)'de, (+)-α-pinene %58,98 / α-cedrol %14,52 / -cedrene %2,58; (yh)'de, verbenone %25,26 / %16,75 / - fenchyl alcohol %10,46 / pinocarveol %7,14. J. communis var. nana (m)'de, germacrene-D %24,48 / germacrene B %8,92 / α-pinene %7,24 / D-limonene %6,03 / -myrcene %5,68 / -elemene %4,29 / α-humulene (CAS) %4,21 / caryophyllene %3,94 / 1(10),5-germacradien-4-ol %3,94 / sabinene %2,68; (mh)'de, terpinen-4-ol %47,52 / α-terpıneol %18,28 / 9-Dodecyn-1-ol %4,28; (y)'da, α-pinene %27,97 / germacrene-d %13,86 / -3-carene %11,62 / D-limonene %6,00 / -myrcene %3,72; (yh)'de, Silane, diethylheptyloxyoctadecyloxy- %42,50 / terpinen-4-ol %23,68 / silane, diethylheptyloxyoctadecyloxy- %10,80 / α-terpıneol %5,18. J. sabina (m)'de, sabinene %48,89 / terpinen-4-ol %11,27 / myrcene %6,64 / trans-sabinol %4,59 / -terpinene %3,86 / α-pinene %3,38; (mh)'de, terpinen-4-ol %73,82 / α-terpıneol %4,22 / p-2-menthen-1-ol %2,76; (y)'de, trans-sabinol %35,73 / thujone %25,08 / sabinene %12,53 / 3-thujanone %5,76 / myrcene %2,78; (yh)'de, α-thujone %43,14 / terpinen-4-ol %13,73 / 3-thujanone %11,41 / trans sabinol %9,63 / cıs-sabınol %5,56 / linalool %3,69 / linalool oxide cis %3,22 ANAHTAR KELİMELER: Ardıç, Uçucu yağ, Hidrosol, Hidrodistilasyon, GC-MS, Yağ asitleri
Öküzgözü (Vitis vinifera linne SUBSP. vinifera) ve boğazkere (Vitis vinifera linne subsp. vinifera) üzüm çekirdeği ile fıstık çamı (Pinus pinaster SUBSP.) kabuğunun geleneksel Türk kahvesinin duyusal özellikleri ve biyoaktif maddeler üzerindeki etkisinin incelenmesi
Bu araştırma, biyoaktif bileşiklerce zengin öküzgözü (Vitis vinifera Linne Subsp. Vinifera) ve boğazkere (Vitis vinifera Linne Subsp. Vinifera) üzüm çekirdeği karışımı ile fıstık çamı (Pinus pinaster subsp.) kabuğunun ve bu maddelerin karışım oranları ve kavrulma sıcaklığının geleneksel Türk kahvesinin toplam fenolik bileşikler ve flavonoid madde miktarları, antioksidan aktivite, aroma bileşenleri, briks değerleri, duyusal özellikleri, köpük ve tortu hacmi üzerindeki etkisi incelenmiştir. Çalışma yeni bir kahve çeşidi geliştirmek amacıyla yapıldı. Önce Arabica L. kahve çekirdekleri 150ºC'de ve 180ºC'de olmak üzere 20 dakika kavruldu. Grup1'de 150 ºC'de kavrulmuş kahve örnekleri, kavrulmamış halde öğütülmüş çam kabuğu ile üzüm çekirdeği karışımı (%30 boğazkere ve %70 öküzgözü), Grup2'de 180 ºC'de kavrulmuş kahve, kavrulmamış halde öğütülmüş çam kabuğu ile üzüm çekirdeği karışımı, Grup3'de ise 150 ºC'de kavrulmuş kahve 150 ºC'de kavrulup öğütülmüş çam kabuğu ile üzüm çekirdeği karışımı ve Grup4'de 180 ºC'de kavrulmuş kahve, 180 ºC'de kavrulup öğütülmüş çam kabuğu ile üzüm çekirdeği kullanıldı. Bu karışımlar hem %70 metonol ile ekstrakte edildi hem de saf suda pişirildi. En yüksek fenolik madde miktarı pişmiş K2, en yüksek flavonoid miktarı saf suda pişirilmiş A3 ve C3 örneklerinde saptandı. Antioksidan aktivite testlerinde ABTS'de en yüksek saf suda pişirilmiş B2, DPPH yönteminde saf suda pişirilmiş B3, FRAP'da saf suda pişirilmiş D2 grubunda tespit edildi. Aroma bileşenleri olarak, 122 aroma aktif bileşiği tespit edildi. Duyusal analizlerde en yüksek genel beğeni E2 grubunda saptandı. Sonuç olarak, Türk kahvesine çam kabuğu ve üzüm çekirdeği ilavesi ile fenolik, flavonoid madde miktarının, aroma bileşenlerinin ve antioksidan aktivitesinin arttırıldığı, duyusal bakımdan pozitif etki oluşturduğu vurgulanabilir.