Meme kanseri
78 theses under this subject heading
Mikroakışkan sistem ile eksozom izolasyonu ve kanser hücrelerini hedefleyen ilaç taşıyıcı sistem geliştirilmesi
Amaç: Meme kanserinde, üçlü negatif meme kanseri agresif ve klinik kötü prognoza sahip alt tipidir. Eksozomlar, hücrelerin haberleşmek amacıyla doğal olarak üretildikleri küçük boyutlu veziküller olup ilaç taşıyıcı sistem olarakda dikkat çekmektedir. Bu çalışmada Jurkat T-hücrelerinden salgılanan eksozomların mikroakışkan (MF) sistemle izole edilebilirliği ve eksozomlara paklitaksel (PTX) yüklemesinin meme kanseri üzerindeki etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Jurkat T-hücrelerinden eksozomlar salımı uyarılarak MF ve ultrasantrifüj ile izolasyonları yapıldı. Eksozomların boyut analizleri ve karakterizasyonları (CD63 ve CD81) yapıldıktan sonra elektroporasyonla PTX yüklendi. MDA-MB-231 hücreleri üzerinde Exo-PTX'in hücre canlılığı MTT yöntemi, apoptotik etkisi Annexin V-FITC-PI ve JC-1 boyaması ile flowsitometride analiz edildi. Exo-PTX'in migrasyon üzerindeki etkisi Boyden Chamber yöntemi ile ve kemokinler üzerindeki rolü CXCR4/CXCL12 gen ekspresyon analizi ile belirlendi. Bulgular: Jurkat T hücrelerinden izole edilen eksozomların boyutlarının 100 nm altında olduğu ve CD63 ve CD81 belirteçlerini taşıdığı belirlendi. Exo-PTX'in (10μg/mL) ve PTX'in (15 nM) ve üzerindeki konsantrasyonlarda hücre canlılıklarını anlamlı bir şekilde azalttığı, erken ve geç apoptozda ise anlamlı bir artış olduğu, migrasyon yeteneklerinin azaltığı CXCR4/ CXCL12'nin gen ekspresyon düzeylerini baskıladığı belirlendi. Sonuç: T lenfositleri gibi süspanse olan hücrelerin MF sistemlerde sabit boyutta eksozom izolasyonu büyük avantaj sağlayabilir. Jurkat eksozomları kemoterapik ajanların etkinliklerini korumaları ve hücre içerisine girişini sağlamak için metastazik kanserlerin tedavisinde kullanılabilir. Anahtar kelimeler: Eksozom, Jurkat T hücresi, Meme Kanseri, Mikroakışkan sistem, Paklitaksel
Sağlık okuryazarlığının meme ve serviks kanseri erken tanı davranışlarına etkisi
Bu çalışma 18-65 yaş arası kadınlarda sağlık okuryazarlığı düzeyinin meme ve serviks kanseri erken tanı davranışlarına etkisininin belirlenmesi amacıyla tanımlayıcı olarak yapılmıştır. Araştırma Hitit Üniversitesi- T.C. Sağlık Bakanlığı Erol Olçok Eğitim ve Araştırma Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum polikliniğine 01.06.2019-01.01.2020 tarihleri arasında başvuran 18-65 yaş arası, evli veya cinsel yönden aktif 395 kadın ile gerçekleştirilmiştir. Araştırma verilerinin toplanmasında Tanıtıcı Bilgiler Soru Formu ve Avrupa Sağlık Okuryazarlığı Ölçeği (ASOY- TR) kullanılmıştır. Araştırmaya katılan kadınların Avrupa Sağlık Okuryazarlık Ölçeği puan ortalaması 32,43 ± 7,36 olup kadınların %40,3'ünün sağlık okuryazarlığı düzeyinin sorunlu- sınırlı düzeyde olduğu belirlenmiştir. Avrupa Sağlık Okuryazarlık Ölçeği puanı ortalaması ile kadınların klinik meme muayenesinin ne olduğunu bilme, tarama/ kontrol amaçlı klinik meme muayenesi yaptırmada hekim cinsiyetinin kadın olmasının önemi, jinekolojik muayene yaptırma, Pap-smear testini bilme, daha önce Pap-smear testi yaptırma durumu arasında istatistiksel olarak anlamlı fark olduğu belirlendi (p<0,05). Sonuç olarak, meme ve serviks kanseri bilgi ve erken tarama uygulamalarının yetersiz olduğu, yetersiz sağlık okuryazarlığı düzeyinin kanser taramalarına katılımın engellediği belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, Serviks kanseri, Sağlık okuryazarlığı, Erken Tanı, Hemşire
Doksorubisin dirençli ER+ meme kanserinde lncRNA UCA1'in PI3K/AKT/mTOR sinyalizasyonuna etkisi
Tez çalışmasında, meme kanserinde (BC) doksorubisin (Dox) direncinin gelişiminde uzun kodlanmayan RNA (lncRNA) UCA1'in PI3K/AKT/mTOR sinyalizasyonu üzerindeki etkisinin araştırılması hedeflenmiştir. Öncelikle, MCF-7 hücrelerinde doksorubisin direnci indüklenmiş, hücrelerde direnç 0,64 µM seviyesine ulaşılmıştır. Dirençli hücrelerde (MCF-7/Dox) direnç oluşumu; hücre morfolojisinin incelenmesi, çoklu ilaç direnci ile ilişkili protein 1 (MRP1) gen ekspresyonunun değerlendirilmesi ve PI3K/AKT/mTOR sinyal yolunun regülasyonu ile doğrulanmıştır. Hücrelerin iğsi şekil aldığı, uzunluklarının arttığı ve sitoplazmalarında birden fazla vezikül bulunduğu gözlemlenmiştir. İlaca direncin, MRP1 gen ekspresyon seviyesinin transkript düzeyinde 4 kat artmasıyla oluştuğu gösterilmiştir. Ayrıca, direnç geliştiren hücrelerin mezenkimal özellik kazandığını desteklemek amacıyla epitelyal-mezenkimal dönüşüm (EMD) sürecine ilişkin genlerin (E-kaderin, Okludin, Klaudin-1, N-kaderin, Twist-1, Vimentin) ekspresyon seviyeleri kantitatif PCR (qPCR) yöntemiyle analiz edilmiştir. MCF-7/Dox hücrelerinde E-kaderin, Okludin ve Klaudin-1 gen ekspresyon seviyelerinin azalırken, N-kaderin, Twist-1 ve Vimentin gen ekspresyon seviyelerinin anlamlı derecede arttığı belirlenmiştir. Bu bulgular, direnç geliştiren hücrelerin mezenkimal özellik kazandığını ortaya koymaktadır. MCF-7/Dox hücrelerinde doksorubisinin hücre canlılığı üzerindeki etkisini incelemek amacıyla MTT testi yapılmış ve MCF-7/S ile MCF-7/Dox hücrelerinin inhibitör konsantrasyonu 50 (IC50) değerleri sırasıyla 1,65 µM ve 128,5 µM olarak belirlenmiştir. MCF-7/Dox hücrelerinin, MCF-7/S hücrelerine kıyasla doksorubisine karşı 78 kat daha yüksek direnç gösterdiği tespit edilmiştir. Ayrıca, Dox direnci gelişen hücrelerde UCA1 gen ekspresyonunun arttığı ve PI3K/AKT/mTOR sinyal yolunun upregüle olduğu, bu sinyal yolunda görev alan Akt1, Akt2, mTOR ve PTEN genlerinin ekspresyon seviyelerindeki artışa bağlı olarak gösterilmiştir. Çalışmanın ilerleyen aşamasında, lipofektamin yöntemi kullanılarak siUCA1 hücrelere transfekte edilmiştir. qPCR analizleri, siUCA1 transfeksiyonu sonrasında UCA1 gen ekspresyonunun kontrol grubuna kıyasla istatistiksel olarak anlamlı düzeyde (%50) azaldığını göstermiştir. siUCA1 transfeksiyonu, hem MCF-7/Dox hem de MCF-7/S hücrelerinde IC50 değerlerini anlamlı şekilde azaltmıştır. Bu sonuç, UCA1'in doksorubisin direncini tersine çevirmede potansiyel bir aday olabileceğini göstermektedir. Ayrıca, UCA1'in susturulmasının PI3K/AKT/mTOR sinyal yolunu baskıladığı ve hücrelerin motilite yeteneğini anlamlı derecede azalttığı saptanmıştır. Sonuç olarak, lncRNA UCA1'in meme kanserinde doksorubisin direncinin tersine çevrilmesinde PI3K/AKT/mTOR sinyal yolu ile ilişkili olabileceği, literatürde ilk kez bu tez çalışması ile tanımlanmıştır.
Krisinin immunmodulatör etki yoluyla meme kanseri hücreleri üzerine olan anti-tümör etkisinin araştırılması
Krisin (5,7-dihidroksiflavon), doğal olarak bitki ve arı ürünlerinde bulunan bir flavonoiddir ve önemli biyolojik aktiviteleriyle, özellikle de anti-kanser etkileriyle bilinir. Faydalı özellikleri kısmen bağışıklık hücrelerini aktive etme yeteneğine atfedilmiştir. Bu çalışmanın ilk amacı; krisinin doğal öldürücü (NK) NK-92 hücreleri, Jurkat T hücreleri ve RAW 264.7 makrofaj hücrelerinin aktivitelerini ve bu hücrelerin MCF-7 ve MDA-MB-231 gibi iki farklı tipte meme kanseri hücre hattına karşı olan anti-tümöral potansiyellerini nasıl değiştirdiğini araştırmaktır. İkinci olarak krisin etken maddesinin MCF-7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücrelerindeki immün kaçış mekanizmalarında önemli rol oynayan programlı hücre ölümü ligand-1 (PD-L1) protein ekspresyonuna ve yine kanser hücrelerinin hayatta kalım proteinlerinden olan p-akt ve p-mTOR protein ekspresyonları üzerindeki etkilerini değerlendirmektir. İlk olarak, krisinin meme kanseri ve normal meme hücre hatlarındaki anti-proliferatif etkisi, reaktif oksijen türleri (ROS) üretim aktivitesi ve apoptotik etkisi sırasıyla MTT testi, DCF-DA floresan probu kullanılarak immünofloresan (IF) boyama ve akış sitometri testi, ve akridin oranj ve etidyum bromür (AO/EB) çift boyaması ile Annexin V/PI boyaması kullanılarak IF boyaması ve akış sitometri analizleri ile ölçüldü. NK-92, Jurkat T hücreleri ve RAW 264.7 makrofaj hücrelerinin proliferasyonları WST-1 testi ile analiz edildi. NK-92 hücrelerinin etkinliği, IL-2 varlığında akış sitometri ile CD56+ yüzey protein ekspresyonunun analizi ve IFN-γ üretiminin enzim bağlı immünosorbent test (ELISA) ile spektrofotmetrik olarak ölçülmesiyle değerlendirildi. PHA-M ile indüklenen Jurkat T hücrelerinin aktivitesindeki değişiklik, ELISA yöntemiyle belirlendi. Makrofaj hücre hattında ise TNF-α ve nitrik oksit (NO) düzeylerinin ELISA ve Griess reaktifi ile ölçülmesiyle aktivasyon analizleri yapıldı. Krisin uygulanan NK-92 hücreleri doğrudan meme kanseri hücreleri ile birlikte kültüre edildi; meme kanseri hücrelerinin canlılığı MTT testi ile ölçüldü, süpernatantlardaki sitokinler ve granzim-B miktarları ELISA ile, NO miktarı ise Griess reaktifi ile ölçüldü. Krisine maruz bırakılmış meme kanseri hücreleri, PHA-M ile stimüle edilen Jurkat T hücreleri ile doğrudan ko-kültüre edildi; süpernatantlardaki sitokin düzeyleri ELISA testi ile belirlendi. Krisin uygulanan makrofaj hücrelerinin büyüme ortamları ile meme kanseri hücre süpernatantları birlikte kültüre edildi; meme kanseri hücrelerindeki apoptoz düzeyi AO/EB çift boyaması ve Aleksa-fluor-488 bağlı kaspaz-3 ölçümü IF yöntem ile gösterildi. PD-L1 protein düzeyleri EGF ile indüklenen meme kanseri hücrelerinde IF boyama ve western-blot yöntemleri ile analiz edildi. Yine meme kanseri hücrelerindeki p-akt ve p-mTOR protein ekspresyonları western-blot yöntemi ile değerlendirildi. Krisin, MCF-7 ve MDA-MB-231 hücrelerinde artan intraselüler ROS üretimi ile sitotoksik ve apoptotik aktivite gösterdi. Ayrıca, NK-92 ve T hücrelerinin her iki meme kanseri hücre hattına karşı sitotoksisitesini önemli ölçüde artırdı ve en belirgin etki MCF-7 hücrelerinde (%20) gözlendi. Bu sitotoksik etki IL-2 ve PHA-M varlığında daha da artarken, epidermal büyüme faktörü (EGF) ile tedavi edilen meme kanseri hücrelerinde azaldı. NK-92 hücrelerinin meme kanseri hücre hatlarına karşı anti-tümöral yanıtı, granzim-B, TNF-α ve NO üretimindeki artışla ilişkili bulundu. Benzer şekilde, Jurkat T hücrelerinin meme kanseri hücre hatlarına karşı aktivasyonu, granzime-B, IL-2 ve IFN-γ üretimindeki artışla karakterize edildi. Makrofaj hücrelerinin anti-kanser yanıtı ise, meme kanseri hücrelerinde artan apoptoz ile ilişkilendirildi. Ayrıca, NK-92 hücrelerinin krisin ile uyarılması artmış IFN-γ üretimi ve CD56 ekspresyonu ile, Jurkat T hücrelerinin uyarılması IL-2 üretimi ile, RAW 264.7 makrofaj hücrelerinin uyarılması ise NO üretiminin artışıyla karakterize edildi. İki farklı meme kanseri hücre hattında EGF ile artan PD-L1 ve p-akt protein düzeyleri krisin ile inhibe olurken, p-mTOR protein ekspresyonunda anlamlı ir artış gözlenmedi. Bulgular, krisinin iki farklı meme kanseri hücre hattına karşı NK-92, T ve makrofaj hücrelerinin aktivasyonuna ve fonksiyonel artışına önemli ölçüde katkıda bulunduğunu, immün yanıttan kaçış mekanizmasında öneme sahip olan PD-L1 proteinini ve kanser progresyonunda rol oynayan p-akt düzeylerini azaltarak kanser tedavisinde hem terapötik hem de kanserin ilerlemesini önlemede kemo-preventif bir ajan olarak kullanılma potansiyelini desteklemektedir. Anahtar Kelimeler: Krisin, NK hücresi, T hücresi, Makrofaj, Meme Kanseri, İmmün Kontrol Noktası Proteinleri
Irak nüfusunda meme kanserinin moleküler biyolojisi
This study aims to explore the correlation between hormone concentrations and integrin α2 expression levels in female breast cancer patients. 106 samples were collected from Medical City Educational Oncology and private clinics between May and August 2022, with an average age range of 25–55 years, as well as 38 healthy females as a control (age range 20–48). The PCR method was used to conduct the molecular study. The results of the ELISA technique revealed that the blood level of integrin-2 (ITGA2) in the patients (25.17 1.15 ng/ml) was non-significantly different from the control group. (24.20 ± 2.03 bng/ml). The electrophoresis findings of a good health gene (ITGA2) at location C807T for two alleles (T and C) and three genotypes (CT, TT, and CC) were determined by PCR-RFLP, while the genotype had no effect on the compositional genetic (TT) being identified. In the patient groups (CT and CC), there were more significant differences (P 0.01) in comparison to the control group. By using the Fisher test, it was shown that allele T was the etiological fraction (EF) of the illness, while allele C produced no statistically significant differences. The Fisher test was used to compare patients to controls based on their relative ages. A significant difference (P 0.05) of genotype CT was recorded as the style of the etiological fraction (EF) of disease when compared to controls, while the repeat genotype TT difference in patients compared to controls was found to be non-significant. Allele C was found to be a disease-preventive fraction (PF) factor and a repeat genotype CC revealed no significant differences in patients compared to controls and revealed a protective fraction (PF). As a result, we conclude that serum ITGA2 levels have no relation to disease, whereas an immunogenetic investigation demonstrated that the genotype (CT, CC) has a strong link to breast cancer.
Kadınlarda meme ve rahim ağzı kanseri ile ilişkili insan papilloma virüsünün 18, 16, 31 ve 35 genotiplerinin epidemiyolojik ve moleküler çalışması
Her yıl dünya çapında 2,08 milyon yeni vaka ile meme kanseri, kadınlarda en sık görülen kanser türü olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu durum, dünya genelinde kadınlarda kansere bağlı ölümlerin önde gelen nedenidir ve meme kanseri ölümlerin %15'inden sorumludur. Bu çalışmaya 110'u meme kanseri ve sadece 2'si servikal kanserli olmak üzere 112 kanserli kadın dahil edilmiştir. Örnekler, Ocak 2022-Ekim 2022 tarihleri arasında al-Imam Al-Hussein Eğitim Hastanesi histopatolojik laboratuvar ünitesinde toplanmıştır. Çalışmamızda HPV-16, HPV-18, HPV-33 ve HPV-35 viral genotiplerinin tanımlanması amaçlanmıştır. Elde edilen sonuçlar 45 (%40,18) kanserli kadında HPV virüsü olduğunu göstermiştir. 67 (%59,82) kanserli kadında ise virüs tespit edilmemiştir. Ayrıca, meme kanserli kadınlarda farklı HPV genotipleri bulunurken rahim ağzı kanseri olan kadınlarda HPV bulunmamıştır. Yaş gruplarına göre sonuçlarımıza baktığımızda, çalışmamızda 41-50 yaş grubundaki kadınlarda %20,54, 31-40 yaş grubundaki kadınlarda %8,93 oranında pozitif örnek saptanırken, en düşük izole edilen virüs %3,57 oranıyla 20-30 yaş grubundaki kadınlarda belirlenmiştir. HPV enfeksiyonu aile öyküsüne sahip olan kadınlarda %28,57 oranında tespit edilmiştir. Viral genotip açısından pozitif örneklerden en sık izole edilen virüs %36,17 ile HPV-33 olarak belirlenmiştir. Bunu sırasıyla, %31,91 ile HPV-35, %29,79 ile HPV-16 ve %2,13 ile HPV-18 genotipi takip etmiştir. Ayrıca çalışmamızda iki vakada iki viral genotip ile enfekte olunduğu tespit edilmiştir.
Breast cancer detection with machine learning algorithms
Breast cancer, a predominant health crisis, notably stands as the second-highest cause of female mortality worldwide. Despite being one of the most common malignancies affecting women, it also poses a significant public health concern due to its complexity and high prevalence rate. Characterized by the unrestrained proliferation of breast cells, this condition affects both genders, albeit with a higher incidence in women, underlining its status as a pivotal global health issue. This study addresses the critical challenge of early breast cancer detection, a vital factor influencing survival rates. Traditional detection methods, including clinical breast examinations, mammography, and MRI, have limitations, particularly in terms of timeliness and early identification. To overcome these hurdles, our research introduces an innovative approach using machine learning, with a specific focus on ensemble methods. These methods are renowned for their capacity to enhance accuracy and efficacy in diagnostic procedures. The core of this study is the development and implementation of a neural network-based model. In this study, two datasets have been used first is the WBCD and the second is BRCA. This model demonstrates remarkable performance, outshining traditional methods with a striking accuracy rate of 98.18% for WBCD and 99.20% for BRCA. Such a high level of precision not only showcases the potential of machine learning in medical diagnostics but also emphasizes the necessity of integrating advanced technologies in healthcare practices. Finally, the findings of this research highlight the indispensable role of Information and Communication Technology (ICT) in healthcare, particularly in managing the vast volumes of medical data. The utilization of machine learning, especially ensemble methods, in breast cancer detection, presents a significant advancement, paving the way for more accurate, timely, and effective diagnosis and treatment strategies. This study not only contributes to the ongoing efforts in combating breast cancer but also sets a new benchmark in the application of technology in medical diagnostics.
Iraklı kadın meme karsinomu hastalarında fare meme tümörü benzeri (MMTV-benzeri) virüsün moleküler tespiti
ÖZET Yüksek Lisans Tezi IRAKLI KADIN MEME KARSİNOMU HASTALARINDA FARE MEME TÜMÖRÜ BENZERİ (MMTV-BENZERİ) VİRÜSÜN MOLEKÜLER TESPİTİ Hasan Ali Mohammed AL-CHAABAWI Çankırı Karatekin Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı Danışman : Dr. Öğr. Üyesi Müge FIRAT / Türkiye Eş Danışman : Prof. Dr. Mohammed E. MANSUR / Irak Fare meme tümörü virüsünün (MMTV) 74 yıldan uzun bir süre önce anne sütü yoluyla bulaşarak, tarla ve deney farelerinin %95'inde meme tümörlerine neden olduğu keşfedilmiştir. MMTV'nin keşfinden bu yana, insanlarda da meme kanserine sebep olan benzer virüslerin nedenler bulmak için pek çok araştırma başlamıştır ve insan meme tümörü virüsü (HMTV) keşfedilmiştir. HMTV, MMTV-benzeri virüs olarak da anılmaktadır. İnsan meme kanseri çalışması için bir hayvan modeli olarak kabul edilen MMTV-benzeri virüs, anneden kızına süt emme yoluyla bulaşabilmektedir. Bu tez çalışmasında; Iraklı kadın meme kanseri hastalarından alınmış olan doku biyopsilerinde, moleküler yöntemler kullanılarak fare meme tümörü-benzeri virüsü env geni varlığı ve meme kanseri ile ilişkisi araştırılmıştır. Elde edilen pozitif sonuçlar, benzer çalışmaların yapıldığı ve raporlandığı diğer bazı ülkelerin sonuçları ile karşılaştırılmıştır. 2021, 44 sayfa ANAHTAR KELİMELER: Meme kanseri, MMTV-benzeri virüs, PZR, Irak.
Menopausal hormones distrurbance in young and elder breast cancer patients in Iraq
Breast cancer (BC) is a disease that breast cells grow out of control. Therefor, the early detection of breast cancer disease was the main aim of this study. In this study, several significant chemical tests have been done according to the aim of study. The study included 130 woman at the age range between 26 - 66 years old. These women were divided in two groups known as patient group and control group. The control group included 65 healthy woman (group A), while group B included 65 patient suffered from breast cancer disease. Anthropometric tests were performed as a function of some parameters such as; age, BMI, and weight. In addition preformed some other significant chemical tests were also performed such as; FSH, E2, Testosterone, Progesterone, Blood Urea, and S. Creatinine. In our results, there was a statistical significance for the FSH, Testosterone, Progesterone, ALP, Hb tests. The results of statistical analysis refer to significant differences and can be used as chemical markers to early diagnoses for women that suffering from the breast cancer disease. While there were no significant differences for some other tests such as; Got, Gpt, Blood urea, and creatinine. KEY WORDS: Breast cancer, Women, Anthropometric
Investigation of self-efficacy, health related quality of life and affecting factors in women with breast cancer
Regarding to the importance of self-efficacy and its impact on health-related behaviors, chronic disease management and quality of life, and limited studies in this field, present study tried to investigated the relationship between self-efficacy and quality of life in breast cancer patients. This descriptive study was done at the Oncology Center in Dhi Qar. Statistical population included all women who had received chemical therapy because of their breast cancer (n=200). The data were collected by using a socio demographic questionnaire form, General Self-Efficacy Scale (GSE), Health Related Quality of Life Scale (HRQOLS). The interviews were conducted in Arabic, data were collected by face-to-face interview. The data collection procedure began in September 20th 2020 until the November 8th 2020. The data were analyzed using SPSS version 26. In the evaluation of the data; number, percentage, arithmetic mean standard deviation, Kruskal-Wallis test, Spearman's correlation analyses were used. The average and standard deviation of both self-efficacy (2.48±.920) and quality of life (14.13±20.75) were estimated on the average level. There is a statistically significant relationship between self-efficacy and quality of life for breast cancer patients with a probability value (p<0.01), there is a significant relationship between age, education, income and self-efficacy (p < 0.05), and there is a statistically significant relationship between age, marital status, occupational status, income and quality of life (p<0.05). Based on the significant positive relation found between self-efficacy and quality of life it's recommended to hold some training courses for these patients, have a physiologist and psychiatric nurse in chemotherapy department, and prepare more palliative care to raise the breast cancer patients' self-efficacy which finally leads to a better quality of life. Keywords: Self-efficacy, health related quality of life, breast cancer
Kateşin ve kuersetinin MDA-MB 231 ve l929 hücre hattı üzerine etkileri
Meme kanseri birçok iç ve dış faktöre bağlı olarak gelişen, hem ülkemizde hem de dünyada kadınlar arasında en çok görülen kanser türüdür. Meme kanseri çalışmalarında üçlü negatif (TNBC) kanser tipi olan MDA-MB-231 hücre hattı sıklıkla kullanılmaktadır. Antioksidan ve antikanser özellikleri çok iyi bilinen kateşin ve kuersetin, günlük diyette alınması şiddetle tavsiye edilen flavonoidlerdendir. Bu çalışmada kateşin ve kuersetinin MDA-MB-231 ve L929 hücre hatlarına olan etkileri MTT, Komet ve apoptoz testleriyle araştırılmıştır. Süperoksit dismutaz (SOD), katalaz (CAT) ve glutatyon peroksidaz (GPx) antioksidan enzim aktiviteleri ve oksidatif stresin bir belirteci olarak kabul edilen malondialdehit (MDA) seviyeleri ölçülmüştür. L929 fibroblast hücre hattı sağlıklı hücreler olarak kontrol amaçlı kullanılmıştır. Kateşin ve kuersetin etken maddeleri MDA-MB-231 ve L929 hücre hatlarına hem ayrı ayrı hem de kombine olarak uygulanmıştır. MTT Testi sonuçlarına göre MDA-MB-231 hücre hattında kateşin ve kuersetinin LD50 değeri 40 µM, kombine uygulamada 20 µM; L929 hücre hattında ise ayrı ayrı ve kombine uygulamalarda LD50 değeri 60 µM olarak bulunmuştur. Komet testi istatistik verileri doz artışı ile DNA hasarı arasında korelasyon olduğunu göstermiştir. Apoptoz testi ile de artan dozlarda apoptotik/nekrotik hücre sayısının arttığı belirlenmiştir. Spektrofotometrik ölçümler, antioksidan enzim aktiviteleri azalırken; buna paralel olarak MDA seviyesinin yükseldiğini tespit etmiştir. Sonuçlara göre kateşin ve kuersetin konsantrasyonundaki artışla birlikte hücre hatları üzerindeki etkisinin arttığını ortaya konmaktadır. Etken maddeler hem ayrı hem de sinerjik uygulandığında meme kanseri hücrelerini, sağlıklı fibroblast hücrelerine göre çok daha düşük dozlarda elimine edebilmektedir.
Breast cancer modelling with grape seed flavonoids: A molecular docking, molecular dynamics simulation, and density functional theory study
In this thesis, molecular docking, molecular dynamics simulations (MDS) and density functional theory (DFT) were used to investigate the potential effects of grape seed flavonoids on breast cancer. In this thesis study, four important receptors related to breast cancer were targeted: 7UJM (ER), 1R5K (ER), 4IFI (BRCA1) and 1N0W (BRCA2). These receptors have been selected as important biomolecular targets in the treatment of breast cancer. Molecular docking studies have been conducted to study the interactions of grape seed flavonoids and known anti-cancer drugs with these receptors. In the first stage of the study, the complexes with the lowest binding energy among the receptor-ligand complexes were identified. The results obtained have revealed that grape seed flavonoids show strong interactions with target receptors, compared to some existing drugs. Molecular dynamics simulations were performed to evaluate the stability of the selected ligand-receptor complexes. The simulation results showed that flavonoids form stable complexes with receptors and that these complexes are stable. In addition, the electronic properties of these complexes have been studied in detail using density functional theory (DFT). As a result, this thesis study suggests that grape seed flavonoids can be used as a potential therapeutic agent in the treatment of breast cancer.
Oleanolik asitin model organizma drosophila melanogaster ve kanser hücre hatları üzerinde sitotoksik ve moleküler etkisinin araştırılması
Daha Sonra DoldurulBilim insanları son yıllarda bitkilerin yapısında doğal olarak bulunan ve bitkilerde sekonder metabolit olarak salgılanan bileşiklere giderek ilgi duymaktadır. Bu bileşiklerden elde edilen maddelerin günlük kullanımı yanı sıra kanser gibi hastalıklara karşı tedavisinde terapötik olarak kullanılabilinmesine yönelik çalışmalar yapmaktadır. Bu bileşiklerden biri olan oleanolik asit betulinik aside bağlı doğal olarak oluşan bir pentasiklik triterpenoiddir. Triterpenoid bileşiklerin farmokolojik etki potansiyeline sahip olduğu yapılan çalışmalarda ortaya sunulmuştur. Oleanolik asitin de anti kanser, antioksidan, antifungal, antimikrobiyal ve antiflamatuar etkileri bilinmektedir. Yapılan çalışmada oleanolik asidin insan meme hücre hattı üzerine sitotoksik etkiler belirlenerek ve aynı zamanda iyi bir model organizma olan Drosophila melanogaster larvaları üzerine öldürücü etkisi belirlenmesi hedeflenmiştir. Çalışmada oleanolik asidin 1, 5, 10, 20 mM konsantrasyonlarında çözeltiler yabanıl tip D.melanogaster III. Instar larvalarına uygulanmıştır. 10 dişi ve 10 erkek taze besiyerinde 25 °C ve % 60 nem ortamında 24 saat inkübe edilmiştir. Konsantrasyonlarda bulunan maddeler doğrudan larvalar üzerine uygulanmıştır ölüm oranları LC 50 ve LC 99 değerleri 10,4 mM ve 32,5 mM olarak belirlenmiştir. Oleanolik asidin D. melanogaster üzerinde CG15530, AKT-1, DR-PN gen ifade düzeyleri kontrol grubuna göre uygulanan bütün konsantrasyonlarda anlamlı olarak belirlenmiştir. Ancak DR-Buffy gen ifade düzeyinde kontrol grubuna göre herhangi bir anlamlılık görülmemiştir. MCF-7 hücre hatlarında ise BAD, BCL-2, H-prune ve AKT-1 gen ifade düzeyi sonuçlarında ise H-prune ve BCL-2 genlerinde anlamlılık tespit edilmiştir.
NLRP3 inhibitörünün fare meme kanseri modelinde metastaza etkisi
Amaç: Spesifik NLRP3 inhibitörü olan MCC950'nin, 4T1.2 hücreler ile oluşturulan ortotopik meme tümör modelinde, kemik metastazı ve NLRP3 inflammasomu üzerine baskılayıcı etkileri, radyolojik, histopatolojik ve moleküler tekniklerle incelenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Dişi BALB/c farelerde 4T1.2 tümörleri oluşturuldu; tümör ve MCC950 grupları takip edildi. Fareler X-ray/DECT ile tarandı, sakrifiye sonrası tibia/femur örnekleri dekalsifiye edilerek, H&E ile incelendi. Primer tümörlerden alınan doku örneklerinde, immünohistokimya ile NLRP3, caspase-1, IL-1β primer antikorları ile boyandı, ve aynı antikorların pro/aktif formları Western blot ile analiz edildi. Bulgular: Gruplar arasında primer tümör yükü açısından farklılık gözlenmedi. X-ray/DECT, fare kemik boyutlarının küçük olması nedeniyle yetersiz kaldı. Histolojide tümör grubunda kemik metastazı patolojileri gözlenirken, MCC950 uygulamasında kemik yapısı korundu ve tutulum büyük oranda sınırlandı. Moleküler olarak incelenen tümör doku örneklerinde artan NLRP3, aktif caspase1/ IL1ß seviyeleri MCC950 uygulaması ile azalırken; pro-caspase-1/pro-IL-1β'de anlamlı değişiklik gözlenmedi. Sonuç: Metastatik meme kanseri modelinde MCC950 uygulamasının, metastatik paternleri sınırladırdığı, etkisini aktif caspase-1 ve olgun IL-1β üretimini azaltmasına ve NLRP3 eksenini baskılamasına bağlı olduğu sonucuna varıldı.
Metastatik olmayan meme kanseri hastalarında, vücut yağ dağılımının; adiponektin, leptin ve irisin düzeyleri ile ilişkisinin değerlendirilmesi
Amaç-hipotez: Meme kanseri ve obezite toplumsal bir halk sağlığı sorunu haline gelmiştir. Meme kanseri tümör hücrelerinin doğasını daha iyi anlayabilmek ve bu hastalığa sahip hastaları tedavi ederken elimizi güçlendirmek için fizyopatolojiyi ve risk faktörleri iyi belirlemek ve tedavilerinde ve takiplerinde yeni seçenekler oluşturulmasına katkı sunabilmek için meme kanseri hastalarında vücut yağ dağılımının adiponektin, leptin ve irisin düzeyeleri ile ilişkisini değerlendirmek istedik. Yöntem: Çalışmaya 2019-2020 yılları arasında Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Uygulama ve Araştırma Hastanesi medikal onkoloji polikliniğine başvuran evre 4 olmayan 60 meme kanseri hastası, medikal onkoloji polikliğinde takiplerini sürdüren meme kanseri açısından kür olmuş izlemde olan 60 takip hastasını ve hastanemize herhangi bir sebeple başvuran ve kronik bir hastalığı saptanmamış sağlıklı 60 gönüllüyü dahil ettik. 180 kişilik çalışma grubununun uzman diyetisyenler gözetiminde Tanita BC-418 MA cihazıyla vucüt ağırlıkları, vücut yağ dağılımları ve abdominal yağ miktarı ölçüldü. Hastaların boyları ölçüldü ve BMI hesaplanarak hastaların sonuçlarının yazıldığı analiz kağıtları dosyalandı. Plazmadan adiponektin, leptin ve irisin düzeyleri bakıldı. İstatiksel değerlendirmede SPSS-18 programı kullanılmıştır. p değeri <0,05 anlamlı kabul edilmiştir. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen hastalardan meme kanseri yeni tanı grubunun yaş ortalaması 55,18, meme kanseri izlem grubunun 53,90, kontrol grubunun 49,36 olarak geldi. Meme kanseri grubunun ortalama VKİ: 29,52 kg/m2, Meme kanseri izlem grubunun ortalama VKİ:31,78 kg/m2, kontrol grubunun ortalama VKİ: 32,47 kg/m2 olarak saptandı. Adiponektin düzeyleri meme kanseri yeni tanı grubunda ortalama 4,03 mg/L, meme kanseri izlem grubunun 4,82 mg/L, kontrol grubunda 4,42 mg/L (p=0,363) olarak sonuçlandı. Leptin sonuçları meme kanseri yeni tanı grubunda 13,08 ng/ml, meme kanseri izlem grubunda 22,23 ng/ml, kontrol grubunda 17,73 ng/ml (p=<0,001) olarak sonuçlandı. İrisin düzeyleri meme kanseri yeni tanı grubunda 11,58 ng/ml, meme kanseri izlem grubunda 17,02 ng/ml ve kontrol grubunda 15,86 ng/ml (p=0,002) olarak sonuçlandı. Sonuç: Meme kanseri yeni tanı grubunda serum irisin düzeyleri meme kanseri izlem grubuna göre daha düşük saptanmış olup çalışma anlamlı sonuçlanmıştır. İrisin meme kanser i hastalarının takibinde kullanılabilirliği ve terapötik etkileri için daha geniş hasta gruplarında çalışılmalıdır.
Neoadjuvan tedavi alan meme kanseri hastalarında lenfödem ile ilişkili faktörlerin değerlendirilmesi
Amaç: Bu araştırma neoadjuvan kemoterapi alan meme kanseri hastalarında lenfödem ile ilişkili risk faktörlerini değerlendirmek amacıyla yapılmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırma, tanımlayıcı tipte 2015-2020 tarihleri arasında Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Uygulama ve Araştırma Hastanesi Onkoloji Kliniği'nde takip edilen meme kanseri nedeniyle neoadjuvan kemoterapi aldıktan sonra opere olan ve hormon reseptörü pozitif ise hormonoterapi alan/almış olan izlemde 44 meme kanseri hastası ile yürütülmüştür. Araştırma verileri, ''Olgu Rapor Formu/Veri Takip Raporu'' ve ''Üst Ekstremite Bilateral Çevresel Ölçümü'' ile toplanmıştır. Verilerin değerlendirilmesinde Pearson ki-kare testi, Fisher'in kesin testi ve tek değişkenli lojistik regresyon analizi kullanılmıştır. Bulgular: Araştırmada normal kilolu hastaların 3'ünde (%27,3) fazla kilolu hastaların 0' (%0) ve obez hastaların 8'inde (%72,7) lenfödem geliştiği saptanmıştır (p=0,003). Mastektomi yapılan hastaların 11'inde (%42,3) lenfödem gelişmişken, meme koruyucu cerrahi yapılan hastaların hiçbirinde lenfödem gelişmemiştir (p=0,001). Sentinel lenf nodu biyopsisi (SLNB) yapılan hastaların hiçbirinde lenfödem gelişmemişken, aksiller lenf nodu diseksiyon (ALND) yapılan hastaların 11'inde (%39,3) lenfödem gelişmiştir (p=0,003). Sonuç: Bu çalışmada elde edilen bulgular değerlendirildiğinde neoadjuvan kemoterapi alan meme kanseri hastalarında lenfödem riski ile ilişkili faktörler; vücut kitle indeksi (VKİ), cerrahi tipi ve lenf nodu cerrahi tipi olarak saptanmıştır. Anahtar kelimeler: Lenfödem, Meme kanseri, Neoadjuvan kemoterapi.
Meme kanseri hücre kültürlerinde trabectedin (ET-743) molekülünün etkileştiği moleküler sistemlerin araştırılması
Trabectedin (ET-743), Ecteinascidia turbinata?dan (deniz fıskiyesi) 1969 yılında izole edilen antikanser bir moleküldür. Günümüzde ise sentetik olarak üretilen bu molekül, 2007 yılında yumurtalık kanseri ve yumuşak doku sarkomlarında tek başına veya mevcut kemoterapötiklerle kombine olarak kullanılmaya başlanmıştır. Ancak, Trabectedin?in çeşitli kanser hücre hatlarında hangi yolaklar üzerinden etki gösterdiği büyük ölçüde aydınlatılmayı beklemektedir. Bu çalışmanın amacı, insan normal meme (MCF-10A) ve meme kanseri hücre kültürlerinde (MDA-MB-453 ve MCF-7) Trabectedin?in (1) hücre çoğalmasını engelleyici etkisini, etkileşime girdiği olası (2) apoptotik ve (3) anti-anjiyogenik molekülleri, (4) hücre içi redüksiyon/oksidasyon dengesini düzenleyici molekülleri, (5) epigenetik düzenlemede rol oynayan kritik molekülleri güncel moleküler yöntemlerle belirlemektir. Trabectedin?in hücre canlılığı üzerindeki etkilerinin araştırılmasında XTT canlılık testi ve xCELLigence sistemi kullanıldı. Trabectedin?in antiproliferatif etkisinin apoptozis üzerinden gerçekleşip gerçekleşmediği DNA fragmentleri ve mitokondriyal membran potansiyeli ölçülerek belirlendi. Apoptozisin hangi moleküller üzerinden gerçekleştiğine dair hipotez üretebilmek için ön çalışma olarak apoptozisle ilişkili 35 molekül içeren ?apoptozis antikor array? (çoklu western blot) yöntemi kullanıldı. Apoptozisin ölüm reseptörleri aracılığıyla mı (ekstrinsik yolak) yoksa mitokondri aracılı mı (intrinsik yolak) gerçekleştiğinin belirlenmesi amacıyla sırasıyla Kaspaz-8 ve Kaspaz-9 inhibitörleri kullanılarak DNA fragmentasyon miktarındaki değişimler gözlendi. İlgili apoptotik yolaktaki moleküller Western Blot ve qRT-PCR yöntemleriyle doğrulandı. Trabectedin?in meme kanseri hücrelerinde etkilediği anjiyojenik moleküller, 55 molekül içeren antikor array kullanılarak belirlendi. Trabectedin'in hücre içi oksidasyon/ redüksiyon dengesini etkileyip etkilemediği ise reaktif oksijen türevlerinin ve Glutatyon S Transferaz (GST) enzim aktivitesinin ölçümü ile belirlendi. Trabectedin molekülünün meme kanseri hücrelerindeki epigenetik süreçleri etkileyip etkilemediği ise Histon Deasetilaz (HDAC) ve DNA Metiltransferaz (DNMT) enzim aktivitelerinin ölçümü ile araştırıldı. Trabectedin?in insan meme kanseri hücre kültürleri (MCF-7 ve MDA-MB-453) üzerinde artan doza (10-6 -10-12 M) ve zamana (24., 48. ve 72. saat) bağlı olarak sitotoksik etki gösterdiği belirlendi. Trabectedin?in 48. saatteki IC50 değerleri MCF-7 ve MDA-MB-453 hücre kültürlerinde sırasıyla 4.8±0.8 ve 2.5±0.4 nM olarak hesaplandı. Trabectedin?in insan MCF-10A normal meme epitel hücreleri üzerindeki doza ve zamana bağlı sitotoksik etkisinin meme kanseri hücre kültürlerine oranla daha az olduğu belirlendi (IC50= 9.55x10-9 nM). Trabectedin ile muamele edilen meme kanseri hücre kültürlerinin DNA fragmentasyon miktarında doza ve zamana bağlı; MCF-10A hücrelerinde ise sadece yüksek dozlarda (?10-7 M) artış belirlendi. Trabectedin?in MCF-7 ve MDA-MB-453 hücrelerinin mitokondriyal membran potansiyelinde doza bağlı olarak anlamlı azalışa yol açtığı belirlendi. Trabectedine 48 saat maruz bırakılan MCF-7 hücre kültürlerinde proapoptotik moleküllerden TRAIL R1/DR4 (2.6 kat), TRAIL R1/DR5 (3.1 kat), Fas/TNFRSF6 (1.7 kat), TNF RI/TNFRSF1A (11.2 kat) ve FADD (4.0 kat)?da kontrol hücrelerine göre artış belirlendi (p?0.05). Apoptozis inhibitör proteinleri (AIP) ailesinden olan CIAP-1, XIAP, Livin ve Survivin?de sırasıyla 5.5, 2.5, 2.6, 3.0 kat azalış tespit edildi (p?0.05). MDA-MB-453 hücre kültürlerinde ise 48 saat Trabectedin muamelesi sonucu proapoptotik moleküllerden Bad, Bax, aktif-kaspaz-3, Sitokrom-c, SMAC/DIABLO, Htra2/Omi?de sırasıyla 3.6, 4.2, 4.4, 4.8, 4.5 ve 5.2 kat artış belirlendi (p?0.05). Antiapoptotik moleküllerden Bcl-2, Bcl-XL, Pro-kaspaz-3?de 4.8, 5.2 ve 6.0 kat azalış tespit edildi (p?0.05). AIP ailesinden olan CIAP-1 ve Survivin?de ise sırasıyla 5.0 ve 2.7 kat azalış tespit edildi (p?0.05). Trabectedin muamelesi sonucu MCF-7 hücre kültürlerinde, proapoptotik moleküllerden TRAIL R1/DR4, TRAIL R2/DR5, TNF RI/TNFRSF1A, FADD ve Fosfo-p53 mRNA düzeylerinde sırasıyla 2.9, 2.1, 8.4, 2.1 ve 3.5 kat artış, antiapoptotik moleküllerden CIAP-1 ve XIAP mRNA düzeylerinde ise sırasıyla 4.2 ve 3.8 kat azalış belirlendi (p?0.05). MDA-MB-453 hücrelerinde proapoptotik moleküllerden Bax, Bad, Sitokrom c ve SMAC/Diablo mRNA düzeylerinde sırasıyla 2.6, 2.5, 3.4, 10.5 kat artış, antiapoptotik moleküllerden Bcl-2 mRNA?sında ise 1.8 kat azalış, belirlendi (p?0.05). Kaspaz-8 ve Kaspaz-9 spesifik inhibitörleri kullanılarak, Trabectedin?in apoptozisi MCF-7 hücrelerinde ölüm reseptörleri aracılı yolak üzerinden, MDA-MB-453 hücrelerinde ise mitokondri aracılı yolak üzerinden indüklediği belirlendi. Trabectedin öncesi Kaspaz-3 inhibitörüyle ön muamele edilen MDA-MB-453 hücre kültürlerinde, DNA fragmentasyonunda yalnızca Trabectedin?le muamele edilen hücrelere göre anlamlı değişim gözlenmedi (p>0.05). Trabectedin muamelesi sonucu MCF-7 hücre kültürlerinde anti-anjiyojenik moleküllerden Serpin E1/PAI-1 ve TIMP-1 proteinlerinde sırasıyla 3.5 ve 4.2 kat artış tespit edildi (p?0.05). Tissue Factor/Factor III, DPPIV/CD26, uPA, VEGF pro-anjiyojenik moleküllerinde ise sırasıyla 8.4, 6.2, 6.2, 6.8 kat azalış tespit edildi (p?0.05). MDA-MB-453 hücrelerinde ise Trabectedin muamelesi sonucu anti-anjiyojenik moleküllerden ENDOGLIN, PF4, TIMP-1 ve TIMP-2?de sırasıyla 26.0, 3.5, 3.0, 2.2 kat artış tespit edilirken (p?0.05), pro-anjiyojenik moleküllerden IGFBP-2, MMP-8, MMP-9 ve VEGF?de sırasıyla 4.2, 6.2, 2.1, 8.4 kat azalış tespit edildi (p?0.05). Trabectedin dozlarına (10-12 -10-6 M) bağlı olarak, meme kanseri hücre kültürlerinde reaktif oksijen türevlerinin oluşumunda anlamlı artış tespit edildi. Kırk sekiz saat süresince Trabectedin uygulanan MCF-7 ve MDA-MB-453 hücrelerinde GST aktivitesinde artış belirlendi (p?0.05). Epigenetik belirteçlerden DNMT ve HDAC aktivitelerinde ise her iki meme kanseri hücre hatlarında anlamlı azalış tespit edildi (p?0.05). Bu tez, Trabectedin?in meme kanseri hücre kültürlerinde sitotoksik, apoptotik ve anti-anjiyojenik etkileri olduğunu gösteren ilk in vitro çalışmadır. Bu veriler, Trabectedin?in in vivo ve faz çalışmaları tamamlandığı taktirde meme kanseri tedavisinde kullanılabilecek etkili bir kemoterapötik molekül olduğunu göstermektedir.
Düşük (67nr) ve yüksek (4t1) metastatik potansiyeli olan meme kanser hücre hatlarında tedavinin toll–like reseptörler üzerine etkisinin immunohistokimyasal ve western blotting yöntemleri ile değerlendirilmesi
Amaç: Bu çalışmada, in vitro olarak düşük (67NR) ve yüksek (4T1) metastatik potansiyeli olan meme kanser hücre hatlarında Wortmannin ve Talidomid uygulamalarının Toll-Like Reseptörleri (TLR) üzerine etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Meme kanser hücre hatlarının ikilenme zamanları hesaplandı ve MTT testi ile ilaçların IC50 değerleri Wortmannin için 2,5 μM ve Talidomid için 50 μM olarak belirlendi. 24 ve 48 saat ilaç uygulamaları sonrasında hücreler TUNEL, anti-TLR2, anti-TLR4, anti-MyD88, anti-NFκB ve anti-PI3K primer antikorları ile indirekt immünohistokimya ve Western Blotting yöntemleri ile değerlendirildi. İstatistikler One-way ANOVA testi ile karşılaştırmalı olarak değerlendirildi. Bulgular: Uygulanan ilaçların % TUNEL indeksleri hesaplandığında ilaç uygulaması yapılan gruplarda kontrol gruplarına göre istatistiksel olarak anlamlı artış gözlendi. Anti-TLR2, anti-TLR4, anti-MyD88, anti-NFκB ve anti-PI3K primer antikorlarının immünoreaktivite şiddetlerinin ve hesaplanan H-Skor değerlerinin ilaç uygulaması yapılan gruplarda kontrol gruplarına göre istatistiksel olarak anlamlı azalma gözlendi. Western Blotting yöntemi ile de TLR2, TLR4, NFκB ve PI3K moleküllerinin varlığı gösterildi. Sonuç: Farklı metastatik potansiyel özellikleri olan 67NR ve 4T1 meme kanser hücre hatlarında; PI3K inhibitörü Wortmannin ile anjiyogenez inhibitörü Talidomid'in 24 ve 48 saatlik uygulamalarının TLR sinyal yolağı ve ilişkili moleküller üzerinde etkili olduğu ilk kez bu çalışma ile gösterilmiştir.
Meme kanseri araştırmaları için bir çip-üstü-organ sistemi
Meme Kanseri Araştırmaları İçin Bir Çip-Üstü-Organ Sistemi
Meme kanserli hastalarda TIMP 2 gen polimorfizmlerinin araştırılması
Dünyada meme kanseri, kadınlarda görülen kanser türleri arasında ilk sırada, kanser nedeniyle oluşan ölümlerde ise akciğer kanserinden sonra ikinci sırada yer almaktadır. Türkiye?demevcut verilere göre, doğu bölgelerimizde 20/100.000, batı bölgelerimizde ise 40-50/100.000 oranında bir sıklığın olduğu tahmin edilmektedir. Proteolitik enzimler olan MMP?ler temel olarak hücre membranındaki ve hücreler arası matrikste bulunan kolajen, elastin, jelatin ve proteoglikan gibiproteinlerin yıkımında görev alırlar. Hücre büyümesinde, farklılaşmasında, göçünde, apoptozis gibi biyolojik süreçlerde rol almasının yanı sıra son yıllarda yapılan araştırmalarda tümör oluşumu ve metastaz gibi süreçlerinde de görev aldığı bulunmuştur. MMP?ler, hücre dışı matriks bileşenlerini parçalayarak, tümör invazyonunu kolaylaştırdığı böylece metastaz riskini arttırabilmektedir. TIMP?ler ise MMP enzimlerinin özgül ve doğal inhibitörleri olan proteinlerdir. Öncelikli görevleri MMP'leri baskılamak ve aktivasyonlarını düzenlemektir. MMP ve TIMP?ler arasındaki bu dengenin bozulması patolojik süreçlerin ortaya çıkmasına sebep olabilir. En çok araştırılan TIMP2 proteini, ilk kez melanom hücrelerinden izole edilmiştir. 21 kDa ağırlıkta non-glikolize bir proteindir. TIMP2 geni; 17q25.3 kromozomu üzerinde yer alır ve 5 ekzon içerir ve 83 kb uzunluğundadır. Bu çalışmada TIMP2 (-418) G/C ile TIMP2 (303) G/A polimorfizmlerinin Türk toplumundaki meme kanseri hastalarında etkin rol oynayıp oynamadığı RFLP yöntemiyle incelendi. Yapılan istatistiksel analizler sonucunda meme kanseri hastaları ile kontrol grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır. Fakat TIMP2 (303) GA genotipi, meme kanserine yakalanma riskini 1,486 kat (p=0.519), TIMP2 (-418) CC genotipinin meme kanserine yakalanma riskini 3,719 kat arttırdığı bulunmuştur (p=0,519). Anahtar kelimeler: Meme kanseri, polimorfizm, TIMP2.
Östrojen ve progesteron reseptörü negatif meme kanserlerinde kras, braf ve pık3ca mutasyonlarının değerlendirilmesi
Amaç Meme kanseri ülkemizde ve dünyada kadınlarda en sık görülen malign tümör olup kadınlarda kanserden ölümlerin ikinci sebebidir. Geniş genetik heterojenitesi nedeniyle moleküler tedavi potansiyeli oldukça yüksektir. Tamoksifen ve türevleri gibi hormonal tedaviden faydalanamayacak, östrojen ve progesteron reseptörü negatif meme tümörlerinde; KRAS, BRAF ve PIK3CA mutasyonlarını araştırmayı amaçladık. Üçlü negatif ve HER2'den zengin moleküler alt tipler arasında, bu mutasyonların görülme sıklığında farklılık olup olmadığını inceledik. Demografik veriler, TNM evresi, histolopatolojik tanı, tümör derecesi, menopoz durumu ve sağkalım ile bu mutasyonlar arasındaki ilişkiyi araştırdık. Gereç ve Yöntem DÜTF Patoloji ABD'da 2013-2019'da östrojen ve progesteron reseptörü negatif meme karsinomlu 24 hastanın mastektomi materyallerinin formalin ile fikse parafine gömülü doku bloklarından makrodiseksiyonla tümörlü alanlar seçildi; DNA ekstraksiyonunun ardından KRAS/BRAF/PIK3CA Multiplex Arrays kullanılarak mutasyon tayini gerçekleştirilmiştir. İstatistiksel analizler SPSS v.22 paket programı ile yapılmış kategorik değişkenlerin değerlendirilmesinde Pearson ki-kare testi uygulanmıştır. Bulgular Olguların ortalama tanı yaşı 60,29±12,41 olup serimizdeki karsinomlar; invaziv meme karsinomu, NOS (n=18, %75), metaplastik (n=2, %8,6), lobüler (n=1, %4,3), papiller (n=1, %4,3), mikst (lobüler+duktal karsinom) (n=1, %4,3) ve apokrin diferansiasyonlu (n=1, %4,3) karsinomdur. Olguların 12'sinde mutasyon saptanmıştır; beş olguda (%21.7) PIK3CA, dört olguda (%17.3) KRAS, bir olguda (%4.3) BRAF, bir olguda (%4.3) kombine BRAF/KRAS ve bir olguda (%4.3) kombine KRAS/PIK3CA mutasyonları görüldü. Üçlü negatif ve HER2'den zengin gruplar arasında PIK3CA (p=0,640), KRAS (p=0,371) ve BRAF (p=0,949) mutasyon oranları açısından anlamlı bir farklılık saptanmamıştır. Her üç mutasyon için histolojik derece, patolojik evre ve sağkalım ile istatiksel olarak anlamlı farklılık bulunmamış olup PIK3CA mutasyonu ve tümör çapı arasında istatiksel olarak anlamlı bir ilişki tespit edilmiştir (p=0,01). Tümör çapı arttıkça PIK3CA mutasyonu görülme oranı artmakta olup kötü prognostik faktörlerle bu mutasyonun ilişkili olabileceği düşünülmüştür. Sonuçlar Literatürde; PIK3CA mutasyonu %20-45, HER2'den zengin grupta %23, üçlü negatif grupta %5-13.2 aralığında saptanmışken; çalışmamızda toplamda %26, HER2'den zengin grupta %18.2, üçlü negatif grupta %33.3 oranında saptanmıştır. PIK3CA mutasyonu (H1047R, E542K, H545K) ve tümör çapı arasında istatiksel anlamlı ilişki gözlenmiştir (p=0,01). Tümör çapı arttıkça PIK3CA mutasyon görülme oranı artmakta olup, kötü prognostik faktörlerle bu mutasyonun ilişkili olabileceği düşünülmüştür. Diğer çalışmalarda; meme kanserinde KRAS mutasyonu %7-12, HER2'den zengin grupta %17, üçlü negatif grupta %0-8 oranında tespit edilmiştir. Çalışmamızda KRAS mutasyonu (Q61H1, G12S, G12D, G12R, Q61R) toplamda %26, HER2'den zengin grupta %36.4, üçlü negatif grupta ise %16.7 bulunmuştur. Literatürde BRAF mutasyonu %2-4 saptanmışken çalışmamızda (V600E) toplamda %8.6'dır. Her üç genin de hedefe yönelik tedavileri halen araştırılmakta olup, mutasyon saptanan hastalarda bu ajanların rutinde kullanılması için geniş serili çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
Meme kanser modelinde rekombinant Heat Shock-90 proteini ile immunizasyonun etkilerinin moleküler yöntemlerle incelenmesi
Meme kanseri, kadınlarda en sık görülen ve kansere bağlı ölümlerde önemli yer tutan bir hastalıktır. Hastalığın gelişimi ve progresyonu, genetik ve çevresel faktörlerin karmaşık etkileşimleri sonucunda gerçekleşir. Bu süreçte, hücresel stres yanıtında kritik rol oynayan şaperon proteinleri, kanser hücrelerinin hayatta kalma ve proliferasyonunda önemli bir yer tutar. Heat Shock Protein 90 (HSP90), bu şaperon proteinlerinden biri olup, hücre içinde protein katlanması, stabilizasyonu ve degradasyonunda görev alır. HSP90, normal hücresel süreçlerde yer almasının yanı sıra, kanser hücrelerinde aşırı eksprese edilerek tümör gelişimi ve çoğalmasında önemli bir rol oynar. Bu nedenle, HSP90'ın inhibisyonu ve hedeflenmesi, kanser tedavisinde yeni ve umut verici bir strateji olarak değerlendirilmektedir. Bu araştırmada üçlü negatif fare meme kanseri hücre hattı kullanılarak oluşturulan fare meme kanseri modelinde rekombinant protein teknolojisi ile elde edilen HSP90 ile immunizasyonun meme kanserine karşı koruyucu ve tedavi edici etkilerinin araştırılması amaçlandı. Araştırmada toplam 80 adet BALB/c dişi fare kullanıldı. 0,5 μg HSP90 grubu, 1 μg HSP90 grubu, kontrol grubu, tümör grubu, 0,5 μg HSP90 proflaksi grubu, 1 μg HSP90 proflaksi grubu, 0,5 μg HSP90 tedavi grubu, 1 μg HSP90 tedavi grubu olmak üzere 8 grup (n: 10) oluşturuldu. Proflaksi gruplarına tümör inokülasyonundan 28 gün önce haftada 1 kez ve sonrasında 4 defa HSP90 uygulandı. Tedavi gruplarına tümör enjeksiyonu ile aynı anda ve haftada 1 kez olmak üzere 4 defa deri altı HSP90 uygulandı. Kontrol grubuna herhangi bir işlem yapılmadı. Tümör grubuna tümör hücresi enjeksiyonu yapıldı ve HSP90 enjeksiyonları ile eş zamanlı olarak deri altı serum fizyolojik uygulandı. Deneysel aşama tümör inokülasyonundan sonraki 29. günde sonlandırıldı. Farelerin tümör dokuları toplandı. Tümöral kitleler makroskobik olarak incelendi, tümör ağırlıkları, tümör boyutları ve tümör hacmi belirlendi. Kitlelerden, histopatolojik, immunohistokimyasal ve real time-polimeraz zincir reaksiyonu incelemeleri için örnekler alındı. Makroskobik olarak primer tümörler, 0,5-2 cm çap aralığında, ovalden silindire değişen şekillerdeydi. 0,5 μg HSP90 proflaksi grubunda, primer tümör hacmi, primer tümör ağırlığı ve PCNA ekspresyonunun azaldığı tespit edildi. Terapötik ve proflaktik uygulama yapılan gruplarda Ki-67 ekspresyonlarının azaldığı dikkati çekti. Tedavi gruplarında CD31 ve HSP90 ekspresyonlarının azaldığı saptandı. Elde edilen bulgular, rekombinant HSP90 ile yapılan terapötik ve proflaktik immunizasyonun meme kanseri modelinde meme tümörü proliferasyonunu, anjiyogenezisi, metastazı azaltabileceği ve önemli antitümöral etkiler oluşturduğunu gösterdi. Bu sonuçlar, HSP90'ın meme kanseri tedavisinde potansiyel bir immunoterapötik ajan olarak kullanılabileceğini prognozu iyileştirebileceğini ve hayatta kalma oranını artırabileceğini düşündürmüştür.
Yolo modelleri kullanarak mamografi görüntülerinden kitle tespiti
Kanser hücrelerin kontrolsüz bir biçimde çoğalması ve bu hücrelerin vücuda yayılması anlamına gelen metastaz süreci ile ölüme kadar varabilen ciddi bir hastalık grubudur. Bu tür hastalıkların erken evrede teşhis edilmesi, tedavi sürecinin etkinliği ve hastanın yaşam süresi açısından büyük önem taşımaktadır. Günümüzde meme kanseri teşhisi çoğunlukla radyologlar tarafından mamografi görüntülerinin değerlendirilmesiyle yapılmaktadır. Ancak bu süreç, yoruma dayalı olması nedeniyle farklılık gösterebilmekte ve insan hatasına açık olabilmektedir. Bu noktada, yapay zekâ destekli karar destek sistemleri, tanı sürecini hem hızlandırmakta hem de doğruluk oranını artırarak daha güvenilir sonuçlar sunabilmektedir. Bu tez çalışmasında, derin öğrenme alt yapılı bir nesne algılama yöntemi olan YOLO (You Only Look Once) mimarisine dayanan YOLOv8 ve YOLOv7 mimarilerinin mamografi görüntüleri üzerinde meme kanseri taramalarındaki kitle tespit performansları incelenmektedir. YOLO mimarisi, gerçek zamanlı ve yüksek doğrulukta nesne tespiti yapabilme yeteneği sayesinde tıbbi görüntü analizlerinde sıkça tercih edilen yöntemler arasında yer almaktadır. Çalışmada üç farklı veri kümesi kullanılmıştır. İlk veri kümesi 62 adet mamografi görüntüsü içeren etik kurul onayı alınarak Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nden temin edilmiştir. Bu veri kümesinin içerdiği görüntüler LabelImg uygulaması üzerinden uzman radyolog tarafından etiketlenmiştir. İkinci veri kümesi orijinal veri kümesinin veri artırımı yoluyla artırılması sonucunda elde edilmiş 162 adet görüntüden oluşmaktadır. Son veri kümesi ise Roboflow ortamından elde edilmiş açık erişim 251 adet mamografi görüntüsünü içermektedir. Modellerin başarımı, Ortalama Doğruluk (mAP), Kesinlik (Precision), Duyarlılık (Recall) ve F1 Skoru gibi performans metrikleri ile değerlendirilmiştir. Elde edilen bulgular, sınırlı etiketli medikal görüntülerle çalışılan koşullarda YOLOv8'in daha güvenilir ve başarılı bir nesne tespit yöntemi olduğunu ortaya koymaktadır. Çalışılan bütün veri kümelerinde YOLOv8, YOLOv7'ye oranla tüm metriklerde daha iyi sonuçlar vermiştir. Sonuç olarak, bu tez çalışması, Modelin hem teorik altyapısı hem de deneysel başarımları, özellikle medikal tanı destek sistemlerinin geliştirilmesinde YOLOv8'in güçlü bir aday olduğunu göstermektedir.
HMOB2'nin kanser tedavisindeki prediktif rolünün deşifre edilmesi
Kanser, hücrelerin büyüme, bölünme, farklılaşma ve programlı ölümünde rol oynayan genlerin mutasyona uğraması neticesinde proteinlerin işlevsizleşmesiyle hücrelerin sürekli olarak çoğalması olarak tanımlanmaktadır. Her yıl artan kanser vakaları ve kansere bağlı ölüm oranlarının artması nedeniyle kanser tedavilerinin önemi ortaya çıkmaktadır. Bireyselleştirilmiş kanser tedavisine yönelik çalışmalarda DNA hasar yanıt sistemindeki proteinlerin işlevlerinin tanımlanması, hücre döngüsü ve metabolizmasının işlevlerinin anlaşılması önem arz etmektedir. Bu tez çalışması ile osteosarkoma U2OS hücreleri kullanılarak hMOB2'nin moleküler mekanizması ve MCF-7 hücre hattı kullanılarak hMOB2'nin bireyselleştirilmiş kanser tedavilerindeki prediktif rolü araştırılmıştır. hMOB2 proteininin çeşitli hücresel yolaklarda rol oynayan bileşenler arasındaki sentetik letal etkileşimleri RT-PCR ile belirlenmiştir. DNA hasarına yanıt olarak hMOB2 proteininin subsellüler lokalizasyonu ile post translasyonel modifikasyon statüsünü RAD51, ATM, 53BP1 ve H2AX ko-lokalizasyonları immünofloresans yöntemle belirlenmiştir. PARP inhibitörlerinden olaparib, rucaparib ve veliparib tedavileri ile MCF-7 hücrelerinin kristal viyole yöntemi ile canlılığı, koloni sağ-kalım analizleri,western blot analizleri, yara iyileşme analizleri, DNA fragmantasyon ve nötral kırmızısı analizleri gerçekleştirilmiştir. Çalışmamızda elde edilen bulgular, hMOB2 proteininin çeşitli proteinler ile sentetik letal etkileşim içerisinde olduğu ve 53BP1 ve H2AX proteinleriyle hasar durumunda ko-lokalize olduğu tespit edilmiştir. hMOB2 defektif MCF-7 meme kanseri hücrelerinde PARP inhibitör tedavilerinin hücre canlılığını azalttığı, koloni sağ-kalımlarını baskıladığı, hücre migrasyon yeteneğini engellediği, apoptozisle ilişkili proteinlerin ekspresyon seviyelerini regüle ederek DNA hasarına ve apoptoza neden olduğu tespit edilmiştir.