118
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Zeka düzeyleri IQ:45-75 olan çocuklarda sitogenetik çalışmalar
ÖZET Bu çalışmada, M.E.B Antalya Rehberlik ve Araştırma Merkezine kayıtlı 16 özel alt sınıftan 6'5inda eğitim gören 7-13 yaşlarında ve IQ'ları 45-75 olarak bildirilen 101 öğrencide sitogenetik çalışma yapılmıştır. Kromozomların tanımlanması GTG bant lama yöntemi ile yapılmış, anormal kromozom bulgusunun özelliğine göre GBG ve NOR teknikleri uygulanmıştır, çalışma sonucunda % 5.9'u temel, % 15.9'u heteromorfik olmak üzere toplam % 21.8 oranında kromozom anomalisi bulunmuştur. Temel kromozom anomalilerinden frajil bölge taşıyan olguların karyotipleri 46, XY, fra Xq27.3, 46, XX, fra Xq27.3 ile birlikte fra 3Pİ4 ve İ6q23, 46, XY, fra Xp22, 46,XY,fra 8q22 olarak gözlenmiştir. Ayrıca sayısal kromozom anomalisi görülen 2 kız olguda 47, XX, +21 karyotipi saptanmıştır. Heteromorf izm şeklinde değerlendirilen bulgular bir erkek olguda lqh+,l'si erkek 2 'si kız 3 olguda İ6qh+, 1 erkek olguda 15ph+, 2 erkek olguda 21ps+, 1 kız olguda 21ph+,bir erkek olguda 22 pss, 3 erkek olguda Yqh+,-57- 2 erkek olguda Yqh- ve l'i kız l'i erkek 2 olguda perc.inv(9) kromozomundan oluşmaktadır. Analizler bittikten sonra öğrencilerin "Görüşme Form"larından doğum şekli, doğum sırasındaki anne yaşı ve doğum sonrası yürüme, konuşma ve havale geçirme özellikleri incelenmiştir. X2 testi uygulanarak, bu özellikler ile anormal kromozoma sahip olma arasında anlamlı ilişki bulunamamıştır. Başta mental retardasyona neden olan ve ailesel geçiş gösteren fra X kromozomu ile diğer frajil kromozomları taşıyan olgular ile Down sendromlu çocukların ailelerine bilgi verilerek takibe alınmışlardır. Elde edilen sonuçlar, mental retardasyonu oluşturan etiyolojik faktörler içinde kromozomal bozuklukların önemli rol oynadığını ve ülkemizde özel alt sınıflarda bu çalışmaların yapılması gerektiğini göstermiştir.
Yeni doğanlarda seks kromatin tayini metoduyla X'e bağlı kromozom anomalileri sıklığının saptanması
ÖZEI Bu çalışmada, yeni doğan bireylerde seks kromatin metoduyla seks kromozom anomalilerinin sıklığı araştı rılmıştır. Kontrol grubu olarak 30 sağlıklı dişi birey den örnek alınmış ve seks kromatin ortalaması % 18 bu- lunmuştur. İncelenen 3090 bebeğin 1527'si dişi, 1563 '"S erkek fenotipli olup, seks kromatin oranı % 16.8 olarak gözlenmiştir. Seks kromatin bulgularıyla şüpheye düşü len 20 bireyde hem seks kromatin metodu tekrarlanmış, hem kromozom analizi yapılmıştır. Sonuçta 20 şüpheli olgudan sadece birinde aynı çekirdekte normalde bir tane olması gerekirken iki adet seks kromatin gözlenmiş ve X'e bağlı kromozomal aneuploidi sıklığı % 0.03 olarak saptanmıştır. Kromozom analizi sonucunda. olgumuzun mozaik triple Z sendromuna sahip olduğu ortaya çıkarıl mış ve karyotipi 4-6,XZ/4-7,ZXX şeklinde belirlenmiştir. Bu olgunun ileride karşılaşılabileceği psikolojik ve fizyolojik sorunlar açısından aileye genetik danışma ve klinisyene bilgi verilmesi planlanmıştır.
Akciğer karsinomlarından kurulan doku kültürlerinde sitogenetik çalışmalar
76 ÖZET 16 yassı hücreli karsinom, 6 adenokarsinom, 4 adenosquamoz karsinom, 3 büyük hücreli, 1 küçük hücreli ve 1 de hamartom tanılı toplam 31 olguya alt tümör materyalinden primer doku kültürü kuruldu. GTG bantlama tekniği kullanılarak yapılan sitogenetik incelemede 27 olguda klonal kromozom anormallikleri gözlendi. Yalnız sayısal anormallik saptanan 3 yassı hücreli karsinomlu olguda sırasıyla hipertetraploidi, trizomi 20 ile birlikte X kromozomunda sayısal artış ve 3 tane X kromozomu bulundu. Geriye kalan 12 yassı hücreli karsinomlu olguda en fazla 1 nolu kromozomun p ve q kolları olmak üzere 2,3,6,7,8,9,10 ve X kromozomlarında p ve/veya q da delesyonlar ve iki olguda da Y kromozom kaybı görüldü. Ayrıca 3 ve 7, 4 ve 7, 1 1 ve 12 nolu kromozomlar arasında translokasyonlar, i(2p),inv(9) ve 1(2 lq) en az 2 farklı yassı hücreli karsinomlu olguda gözlendi. Bundan başka klonal olmayan translokasyonlar, izokromozomlar, duplikasyonlar şeklinde yapısal kromozom anormallikleri bulundu. 6 adenokarsinomlu olgudan 3' ünde herhangi bir anormallik gözlenmezken birinde hipotetraploidi, birinde 9 ve 15 nolu kromozomlarda sayısal artış diğerinde ise trizomi 11 ve 13q delesyonlu iki farklı klon tespit edildi. 4 adenosquamoz karsinomlu olgudan 2'sinde i(7p), diğerlerinde İp, 3p ve q, 5q, 6q, 7q, 8q, Xq da delesyonlar gözlendi.77 3 büyük hücreli karsinomlu olguda birinde Y kromozom kaybı diğer ikisinde de 7 nolu kromozomda delesyonlar (q21, q32), 1(9) (p veya q) şeklinde yapısal anormallikler bulunurken klonal fakat her olguda gözlenmeyen translokasyonlar, izokromozomlar, delesyonlar saptandı. Küçük hücreli karsinomlu tek olguda Y kaybı ve trizomi 7 gibi sayısal değişiklikler gözlenirken hamartomlu olguda 6 nolu kromozomda yapısal değişiklik bulundu. Özellikle yassı hücreli karsinomlu olgularda 3 farklı tip translokasyon klonal olarak görüldüğünden, bu bulgular primer kromozom değişiklikleri; belli bir gruba özgüllük göstermeyen kromozomal delesyon ve izokromozom tipi yapısal anormallikler ise sekonder değişiklikler olarak tümör oluşumunda rol oynayabilirler.
Frajil-X sendromlu ailelerde DNA analiz çalışmaları
ÖZET Frajil X sendromu, ailesel zeka geriliğinin en genel nedeni olup, FMR-1 geninin 5'ucunda UTR bölgesinde stabil olmayan CGG tekrarlarının artışı ile karakterize bir sendromdur. Frajil X sendromlu 5 ailenin 16 erkek ve 15 dişi toplam 31 bireyinde DNA izolasyonu, EcoRI ve Eagl ikili enzim kesimi, Southern blot ve FMR-1 genindeki CGG artışını tespit eden StB12.3 probu kullanarak hem CGG tekrarlarının uzaması hemde CpG adasının metilasyon durumunu belirlemek için moleküler çalışmalar yapıldı. Sonuçta, full mutasyon (A=0.8-2.8 kb) taşıyan 10 erkek, ağır mental retardasyon ile % 100 korelasyon gösterirken, full mutasyon taşıyan dişilerin 11(%73) 'nin normal, 3(% 20) ünün hafif ve 1(% 6.7) nin de ağır olmak üzere farklı zeka düzeylerine sahip oldukları belirlendi. Bir dişi bireyde mozaik mutasyon(6.0 ve 4.0 kb) bulundu, ancak zekasının normal olduğu, frajil X kromozomu taşımadığı görüldü. Aynı aileden 3 üyenin premutasyon (A =0.2kb) taşıdığı, bunlardan annenin % 2 oranında frajil X taşıdığı saptandı. Ayrıca, özellikle 3 kuşaklı ailelerde olmak üzere kuşaklar arasında CGG tekrarlarının arttığı gözlendi. Bulgularımızda, da görüldüğü gibi, klinik bulguları frajil X sendromuna uyan bireylerle, frajil X sendromlu ailelerde sitogenetik olarak negatif olan bireylerde, kesinlikle direkt DNA analizinin43 yapılmasının zorunluluğu ortaya çıkmaktadır. Bu teknik sitogenetik olarak tam belirlenemeyen, kliniği değişebilen taşıyıcı dişi, mozaik ve NTM'lerin gösterilmesi için önemlidir. Frajil X sendromunun prenatal tanısında, amniyosentez'den sonra, koryon biyopsisinde de rutin olarak yapılan direkt DNA analizi sonuçlarının, sitogenetik analizlerden daha güvenilir olduğu ortaya çıkmıştır.
Ganglionöroblastomada DNA artış ve azalışlarının karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (KGH) ile analizi
ÖZET Nöroblastoma ve ganglionöroma arasında ara geçiş evresi olan ganglionöroblastomadaki genetik değişiklikler tam olarak bilinmemektedir. Nöronal orijinli tümörlerde sitogenetik çalışmalar koşullar zor olduğu için çok fazla değildir. Bu çalışmada, karşılaştırılmalı genomik hibridizasyon (KGH) ve iki aşamalı dejenere oligonükleotid primer ile polimeraz zincir reaksiyonu (DOP-PCR) kullanılarak, yaşlan 3-4 arasında olan 5 olguya (3 erkek, 2 kız) ait ganglionöroblastoma örneklerindeki genomik kopya sayısı değişiklikleri ile bunların kromozomal yerleşimleri araştırılmıştır. 5 olgunun 3'ünde 2p5.1-pter, 5pl5.1-pl5.3, +7, 13q22-q31, +22 artışları, ve 2'sinde lp35, 4pl5.1, 10qll.2-q21.2, 12q24.32-qter, + 13, 17pl2-pl3 ve 18pll.35-pter gibi kromozom bölgelerinde artışlar bulunmuştur. 3 olgumuzda ortak amplifikasyon bölgesi olarak belirlenen 13q22-q31 bölgesinde tanımlanmış olan bir onkogen bulunmamaktadır. Bu bölge, ganglionöroblastomanın ortaya çıkışında ve ilerlemesinde önemli rol oynayan olası bir onkogen taşıyor olabilir. Ayrıca, nöronal orijinli tümörlerde şimdiye kadar artışı gösterilmemiş olan ve bizim olgularımızın 3'ünde artışı belirlenen kromozom 22, üzerinde taşıdığı YESP, SIS, PDGB, NRASL2 onkogenlerinin ürünleri ile, ganglionöroblastoma gelişimde önemli rol oynuyor olabilir. Anahtar Kelimeler: Karşılaştırılmalı Genomik Hibridizasyon, Dejenere oligonükleotid primerli polimeraz Zincir Reaksiyonu, ganglinöroblastoma
Tekrarlayan düşükleri olan ve sitogenetik olarak karyotipleri normal bulunan çiftlerde kriptik translokasyonların Floresan In Situ Hibridizasyon (FISH) ile araştırılması
ÖZET Bu çalışmada konvensiyonel sitogenetik yöntemlerle karyotipleri normal bulunmuş, beş ve daha fazla spontan düşükleri olan çiftlerde, moleküler sitogenetik bir yöntem olan Floresan In Situ Hibridizasyon (FISH) tekniği uygulanmış ve kromozomların telomerik bölgeleri kriptik translokasyonlar açısından araştırılmıştır. Çalışmaya toplam 5 çift dahil edilmiştir. Olguların tümüne GTG bantlama ile kromozom analizi yapıldıktan sonra normal karyotipe sahip bireyler immünolojik, endokrin ve anatomik faktörler açısından incelenmiştir. Değerlendirilme sonucunda normal bulunan olgulara telomere özgü çoklu prob seti kullanılarak Floresan In Situ Hibridizasyon (FISH) tekniği uygulanmıştır. FISH ile elde edilen sinyallerin floresan mikroskopta incelenmesi sonucunda; bir çiftin eşinde 3 ve 10 nolu kromozomlar arasında kriptik translokasyon saptanmıştır. Başka bir çiftin eşinde ise 20 nolu kromozomun kısa kolundaki sinyal, farklı bir kromozomda bulunmuştur. Ayrıca 3 ailenin bireylerinde polimorfizm olarak değerlendirilen sinyalin fazlalığı veya yokluğu gözlenmiştir. Bu çalışmanın sonucunda, karyotipi normal bulunan ve nedeni bilinmeyen tekrarlayan düşükleri olan çiftlerin, telomere özgü çoklu prob seti kullanılarak kriptik translokasyonlar açısından değerlendirilmesi gerekliliği ortaya çıkmıştır. Ayrıca bu çiftlerin daha sonraki hamileliklerinde prenatal tanı uygulanabileceğinden ailelerin sağlıklı fetusa sahip olmalarına imkan sağlanabilecektir. Anahtar Kelimeler: Kriptik Translokasyon, FISH, Telomerik Prob, Tekrarlayan Düşükler.
Mesane kanseri tanılı olgularda p53 geni mutasyon analizi
ÖZET Mesane Kanseri Tanılı Olgularda p53 Geni Mutasyon Analizi p53 geni insan malignansilerinin yaklaşık %50'sinde mutasyona uğrayan bir tümör supresör gendir. Tümör supresyon etkisini, pek çok geni regüle ederek, bu genlerin cevaben hücre siklusu regülasyonu, DNA tamiri ve apopitoza gitmelerini sağlayan bir çok yolla gerçekleştirmektedir. p53, mesane kanserinde en fazla mutasyona uğrayan tümör supresör gen olma özelliğini taşımaktadır. Bu yüzden mesane kanserinin prognozunda önemli bir biomarker olabilir. Bu araştırmada, ürotelyal karsinom teşhisi konmuş 22 olguya ait mesane tümör doku örneklerinden ONA izole edilip, PCR metoduyla 5., 6., ve 7. ekson bölgeleri amplifiye edildikten sonra, enzim kesimi yapılarak 5. ve 7. eksonlarda p53 geni mutasyon analizi gerçekleştirilmiştir. Mutasyon analizi gerçekleştirilen olguların % 45'inde p53 geni mutasyonu saptanmış olup, saptanan mutasyonların %60'ının 5. eksonda bulunan 175. kodon, %40'ının ise 7. eksonda bulunan 249. kodonda olduğu belirlenmiştir. Anahtar Sözcükler: p53 geni, mesane kanseri, PCR, enzim kesimi
Kronik obstrüktif akciğer hastalarında alfa-1 antitripsin genine ilişkin genotipleme çalışması
viiÖZETAlfa 1 antitripsin geni 14. kromozomun uzun kolunda (14q32.1) yer almakta olup, 5ekzon ve 4 introndan oluşur. 12301 bç uzunluğunda olan Alfa 1 antitripsin genikaraciğerde eksprese olur ve 394 aa'lik tek bir polipeptit zincirinden oluşan, 52kDabir glikoprotein olan Alfa 1 antitripsin proteinini kodlar. Bu araştırmada, AfyonKocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Göğüs Hastalıkları Polikliniği ileAfyonkarahisar Göğüs Hastalıkları Hastanesi'nde KOAH tanısı alan ve AnabilimDalımız Tıbbi Genetik Laboratuvarına refere edilen toplam 40 erkek olguda PCR-ELISA yöntemi kullanılarak AAT geninde yaygın olarak gözlenen S,Z ve Malellerine ait genotipleme çalışması yapıldı. Çalışılan 40 olgunun tümünde PiM /PiM genotipi saptandı. Veriler literatür ışığında değerlendirildi. Bölgesel olgularailişkin mutasyon değerlendirilmesi için daha geniş olgu serisinin çalışılmasıgerekildiği kanısına varıldı.PDF created with pdfFactory trial version www.pdffactory.com
Parkinson hastalarında dermatoglifik örneklerin incelenmesi
ÖZETParkinson Hastalarında Dermatoglifik Örneklerin İncelenmesiKromozomlardaki sayı ve yapı düzensizlikleri minör etkili genlerin oluşturduğudermatoglifik örneklerin bozulmasına neden olmakta ve böylece kalıtsal hastalıkların tanısınayardımcı olmaktadır. İlk kez Down sendromuyla ilişkili olduğu ortaya konandermatoglifiklerin günümüzde pek çok sendromla özel bağlantılar gösterdiği bilinmektedir.Bu nedenle bu gibi hastalıkların tanısında dermatoglifiklerden yararlanılabilir.Parkinson hastalığı Alzheimer'dan sonra toplumda rastlanan ikinci nörodejeneratifhastalıktır, erkeklerde %2, kadınlarda ise %1.3 sıklıkla rastlanmaktadır. Parkinson hastalığınınnedeni tam olarak bilinmemektedir. Bugün için en geçerli görüş genetik ve çevreselfaktörlerin bu hastalığın oluşumuna birlikte katkıda bulunduğu yönündedir.Bu çalışmada amaç Parkinson hastalarının dermatoglifik örneklerinde bir taramayaparak bu örnekleri sağlıklı bireylerden oluşturulmuş kontrol grubundan alınandermatoglifik örneklerle karşılaştırarak, parkinson hastalarının dermatoglifik örneklerindespesifik farklılıkların olup olmadığını ortaya koymaktır.?Röntgen Filmi? yöntemi kullanılarak hasta ve kontrol grubundan elde edilen dermalörnekler değerlendirildiğinde hasta grubunda kontrol grubuna göre: sağ el I. Parmakta düğümsayısında artış ve ilmek sayısında azalma, sol el interdigital I ve III bölgelerinde triradiussayısında azalma, sağ el interdigital I bölgesinde bulunan triradius sayısında azalma, sağ vesol el tenar bölgesi ile sağ el hipotenar bölgesinde bulunan triradius sayısında azalma, sağ ela-b çizgi sayısında azalma tesbit edilmiştir.Anahtar sözcükler: dermatoglifikler, parkinson, triradiusV
Konjenital işitme kayıplı olguların Cx26 ve Cx30 genleri açısından genotiplendirilmesi
ÖZETKonjenital şitme Kayıplı Olguların Cx26 ve Cx30 Gen Mutasyonları AçısındanGenotiplendirilmesişitme kaybı kişinin sosyal, eğitim ve zeka gelişimini olumsuz etkileyen ve her 1000yeni doğumda yaklaşık 1 oranında görülen en yaygın algılama bozukluklarındanbiridir. Konjenital işitme kaybı bulunan olguların yaklaşık yarısı genetik nedenlidir.Cx26 ve Cx30 gen mutasyonlarının, sendromik olmayan konjenital işitme kaybınaneden olduğu bildirilmiştir. Kokleadaki gap junction kanal yapısında yer alan Cx26ve Cx30 proteinlerini kodlayan genler üzerinde oluşan 35delG, 167delT (Cx26geninde) ve del(GJB6-D13S1830) (Cx30 geninde) mutasyonlarının proteinlerdemeydana getirdiği bozukluğun potasyum iyon döngüsünü engellemesiyle işitmekaybı meydana gelir. Bu çalışmada olguların Cx26 ev Cx30 mutasyonları açısındangenotiplendirilmesi amaçlanmıştır.Afyonkarahisar li'nde bulunan Karahisar şitme Engelliler Okulundakikonjenital işitme kaybı tanısı konmuş 47 olgu araştırma kapsamına alındı. Cx26 geniüzerinde oluşan 35delG ve 167delT, Cx30 geni üzerinde oluşan del(GJB6-D13S1830) mutasyonlarının genotipleme çalışması için PCR-EL SA tekniğikullanıldı.ncelenen 47 olgudan elde edilen sonuçlara göre 7 olguda (~%14,9) 35delGmutasyonu saptanmıştır. Bu mutasyonların 4 tanesi homozigot mutant (~%8,5) ve 3tanesi heterozigot mutant (~%6,4) olarak belirlendi. Olgularda 167delT ve del(GJB6-D13S1830) mutasyonlarına rastlanmamıştır.Sonuç olarak bizim çalışmamızda da literatürlerle uyumlu olarak konjenitalişitme kaybına neden olan ve en sık görülen mutasyonun 35delG olduğubelirlenmiştir.Anahtar Sözcükler: genetik, işitme kaybı, konjenital, Cx26 geni, Cx30 geni,35delG.
Farklı gruplardan antibiyotiklerin klinikden izole edilen eschericia coli'lerin üs cinsinden üremelerine
- 60 - ÖZET Farklı grublardan antibiyotiklerin, klinikden izole edilen 5 Escherichia coli susunun üs cinsinden üremesine etkileri araştırıldı, Farklı şrübiardan antibiyotik olarak Penisiilinierden Ârapisillin, üçüncü kuşak öephalosporinlerden Cefoperazon, Tetrasikiinlerden Oxy- tetrasikiin, Âminoglycos idlerden Gentamisin seçildik Havalandırılan D8T Broth8 da optimum üretim koşulları saptanarak standardize edildi. En uygun dalga boyu olarak bulunan 4-95 nra"5de, kültürlerin zamana karşı optik dansi- te değerleri ve mililitredeki koloni oluşturan bakteri sayıları saptandı. Bu delerler yarı logaritmik kadıda yerleştirilerek standart üreme esrileri elde edildi,. Üretim süresi ve koşullarına bağlı olarak her antibiyotiğin farklı konsantrasyonlarının etkisi zamana karşı optik dansite okunarak araştırıldı. barklı antibiyotiklerin, E.coli'lerin üs cinsinden üremelerine etkisi, ortamdaki etkin konsantrasyonlarına ve deney süresine bağlı olarak demişti- Deney koşullarının standardize edildiği bu. tip çalınmalar yeterli zaman içersinde yapıldığında, en az hata taşıyan tekrarlanabilir sonuçların elde edilebileceği gözlendi.Sıvı besiyerinde yapılan deneylerde, optimum antibiyotik konsantrasyonu saptanırken; standart koşullarda yeterli zaman aralısında çalışılması gerektiği kanısına varıldı.
Toluenin in vitro şartlarda insan periferik kan lenfositlerine etkisinin SCE (Sİster Chromatid Exchange) yöntemi ile incelenmesi
.
Ege Bölgesindeki glukoz-6-fosfat dehidrogenaz (G6PD) eksikliğine yol açan Akdeniz mutasyonunun DNA teknolojisi ile araştırılması
ABSTRACT SCREENING OF G6PD MEDITERRANEAN MUTATION CAUSING TO SEVERE GLUCOSE-6-PHOSPHATE DEHYDROGENASE DEFICIENCY IN THE AEGEAN REGION BY USING DNA TECHNOLOGY KEYWORDS Aegean region, Glucose-6-Phosphate Dehydrogenase(G6PD), Severe G6PD deficiency, Acute hemolytic anemia, Fluorescent spot test, G6PD Mediterranean mutation, PCR based mutation screening, Protection from hemolytic crisis. G6PD deficiency is described as a differential decrease of measured normal activ ity of Glucose-6-Phosphate Dehydrogenase(G6PD; E.C.I. 1.1. 49). G6PD deficiency is one of the most common of all clinically significant inherited metabolic disorders. About 7% of the world population is affected from G6PD deficiency. Health problems caused by severe G6PD deficiency include acute hemolytic anemia induced by specific drugs, chemicals, food and infections, neonatal jaundice and hereditary nonspherocytic hemolytic anemia. Decrease on the level of G6PD activity is measured quantitatively or nonquantitatively by determining the amount of NADPH regenerated during the en zymatic reaction. Fluorescent spot test is one of the suggested and standardized non- quantitative tests in the diagnosis of severe G6PD deficiency. So far, 442 biochemical G6PD variants originated from 60 mutations in the G6PD gene(Xq28) have been currently identified according to information obtained in 1 994. Health problems related to G6PD deficiency can be definitely prevented provided that it is determined by biochemical and molecular updated diagnostic tests, and acute hemolytic crisis prevention list is given those who are severely G6PD deficient.Ege bölgesinde ciddi düzeydeki G6PD eksikliğine yol açan Akdeniz mutasyonunun DNA teknolojisi ile araştırılması, çalışmanın amacı olarak belirlendi. Çalışma grubu, Ege bölgesindeki yerleşim birimlerinden gelen 45 aileyi kapsayan 130 bireyden oluşturuldu, înternal ve ekstemal olarak standardize edilen floresans spot testi ile 130 bi¬ reyden 42'sinde ciddi düzeyde G6PD eksikliği saptandı. Alınan kanlardan fenol-kloroform ekstraksiyonu ve etanol ile çöktürme yön¬ temiyle DNA'lar izole edildi. Akdeniz mutasyonunun saptanmasında, PCR+ MboII enzimiyle kesim+ mini horizontal agaroz jel elektroforez teknikleri kullanıldı. G6PD geninde Akdeniz mutasyonunun bulunduğu exon 6-7 bölgesini çoğaltmada Luzzatto L, (1994) grubunun kullandığı 91 ve 92 nolu primerler, tercih edildi. Standart olarak Ak¬ deniz mutasyonu saptanan ve saptanmayan eksternal kontrol DNA'lar kullanıldı. Elde edilen sonuçlar, örnek değişimi yapılmak suretiyle Uluslararası G6PD Eksikliği Re¬ ferans merkezince de (Hematoloji bölümü, Hammersmith Hospital,Londra) doğrulandı. Mutasyon sıklığının saptanmasında yakın akraba olmayan 37 olgu esas alındı. 37 olgunun 29 tanesinin(%78.3) Akdeniz mutasyonu ve geri kalan 8 tanesinin de(%21.6) nonmed olduğu saptandı. Çalışılan bölgede hakim olan varyantın ve mutasyon tipinin Akdeniz(563T) olduğu deneysel olarak doğrulandı. Uluslararası geçerli standartlara uyularak, Ege bölgesinde ciddi düzeydeki G6PD eksikliğinin moleküler temeli ilk defa tanımlanarak, yerel ve evrensel ölçekte G6PD eksikliğinin moleküler temelini aydınlatma çalışmalarına katkıda bulunuldu. Klinisyenlere danışılarak hazırlanan güncel akut hemolitik kriz önlenim tablosu, ciddi düzeyde G6PD eksikliği olan kişilere gönderilerek elde edilen bulgular, uygulamaya konuldu.
NF1 Geni 3'Ucu UTR utr bölgesi mutasyonlarının sscp analizi
Nörofibromatözis 1 Hastalığına neden olan NF1 gen ürünü Nörofibrominin GTPaz ailesi içindeki p21 Ras proteinleri ile etkileştiği bilinmektedir. Nörobibromin üzerinde GAP (GTPase Activating Protein) ile benzer diziye sahip bir bölge açıklanmıştır. Nörofibromin ve GAP'ın her ikisi de Ras yoluyla sinyal iletiminde görevlidir. Ras-GAP proliferatif sinyali iletirken Nörofibromin farklılaşma sinyali oluşturmaktadır. NF hasta tümörlerinde (Shawannomalar) nörofibromin kaybının Ras ın önemli bir negatif düzenleyicisi olduğu gösterilmiştir. Araştırmamızda NF1 geninin 3' ucuna yakın bölgesinde 45-48 Ekzonları içeren bölge üzerinde mutasyon taramayı amaçladık. Mutasyon saptama hassasiyetinin yüksek olduğu bilinen SSCP analizini tarama için uygun bir yöntem olarak seçtik. Poliakrialmid jellerde bantları görüntülemek için oldukça sık kullanılan radyoaktif metod ile çalışma yerine daha güvenli çalışma imkanı sağlayan ve ucuz bir metod olan Gümüş Boyama metodunu kullandık. Sağlıklı bireylerin ve 3 NF1 hastasının lenfositleriyle 7 tümoral kolon dokusunun RT-PCR ürünlerinin SSCP analizinde, mutant bir NF1 alleli saptadık.
Melanositik nevüslerde ve malign melanomda olası genetik değişikliklerin ve mikrosatellit instabilitelerinin sitogenetik ve moleküler genetik yöntemlerle araştırılması
Mikrosatellit instabilitesi Benign melanositik nevüs ve malign melanom (MM) oluşumuna neden olan genetik değişiklikler, tümörigenezin çok aşamalı genetik modeline uyum gösterir. Bu çalışmada, hem melanositik nevüs hem de melanom örneklerinden moleküler ve sitogenetik çalışmalar yapılarak; olası genetik değişikliklerin saptanması amaçlandı. Dokuz MM, altı melanositik nevüs olmak üzere toplam onbeş vakanın doku örneklerinden hücre kültürü hazırlanarak sitogenetik analiz yapıldı. Melanositik nevüslerde sitogenetik olarak bir anomali belirlenmedi. Ancak iki MM örneğinden birinde 46,XX t (7;12) (q22;q24) t (2;11) (p25;q22) translokasyonları, diğerinde ise 47,XX + marker saptandı. Dört displastik nevüs (DN), dört "compound" nevüs, yedi MM ve altı konjenital nevüs olmak üzere toplam 21 vakada parafin bloklardan izole edilen DNA örnekleri, dört ayrı mikrosatellit markeri kullanılarak PCR yöntemiyle amplifiye edildi. Denature edici jelde yürütüldükten sonra gümüş boyama yapıldı. Çalışılan dört ayrı markerin her birinde mikrosatellit değişimleri saptandı. D2S123 markerinde, iki MM dokusunda LOH (Heterozigosite kaybı), bir DN dokusunda MIN (Mikrosatellit instabilitesi); D14S65 markerinde bir DN dokusunda MIN; BAT40 markerinde bir DN dokusunda MIN; D11S29 markerinde bir MM dokusunda LOH ve bir DN dokusunda MIN saptandı. 21 örneğin 7'sinde (% 34), çalışılan mikrosatellit bölgelerinde genetik değişiklik saptandı. D2S123 markerinin "mismatch" tamir genlerine yalan bir yerde yerleşim göstermesi, bu vakalarda "mismatch" tamir genlerinde kayıp olabileceği ve bunun sonucunda replikasyon hatalarının ve MIN'lerin artabileceği şeklinde yorumlanabilir. İki ayrı örnekte D11S29 markerini tanımlayan 11. kromozomun llq23.3 bölgesindeki genetik değişiklikler, diğer kanser türlerinde de etkili olduğu rapor edilen, bir tümör supresör genin bulunma olasılığını düşündürmektedir.
Epitelyal tümörlerde transforming growth faktör beta tip II reseptör mikrosatelit instabilite belirlenmesi
A. ÖZET EPİTELYAL KANSERLERDE TRANSFORMING GROWTH FAKTÖR BETA RESEPTÖR n GENİ (TGF-p RH) MİKROSATELLİT İNSTABİLİTESİNİN BELİRLENMESİ Sefa KIZILDAĞ Anahtar Kelimeler Kolorektal kanser, Bilateral meme kanseri, TGFJ3-RII, MTN Epitelyal dokularda transforming growth faktör beta (TGF0), transforming growth faktör beta reseptör II (TGFP-RII) ye bağlanarak büyümeyi durdurur. Genomik instabilite gösteren insan kolon ve mide kanserlerinde, TGF3-RÜ geninin polinükleotid tekrar bölgesinde p(A)ıo çerçeve kayması mutasyonları tanımlanmıştır. Bu tip mutasyonlar kısalmış reseptör proteinin sentezlenmesine neden olur ve serin-treonin kinaz aktivitesi gösteren reseptörün aktivitesini durdurarak, TGFp ya dirençli hücrelerin oluşumuna neden olurlar. TGFp ya dirençli bu tip hücreler durmaksızın proliferasyona uğrayarak kanser oluşumuna neden olurlar. Araştırmamızda 41 epitelyal kanserin (15 kolorektal kanser ve 26 bilateral meme kanseri) DNA izolasyonları yapıldı ve TGFJ3-RÜ genine özel primerlerle 73 bp lik p(A)ıo tekrarı içeren bölge, PCR reaksiyonu ile çoğaltıldı. PCR reaksiyonu ile çoğaltılan izole DNA lar %8 lik poliakrilamid jel (8M üreli) de yürütüldü ve gümüş boyama ile görüntülendi. Analizi yapılan 15 kolorektal olgunun hiçbirinde ve 26 bilateral meme tümörünün sadece bir tanesinde TGFJ3-RII geninde instabilite saptanmıştır (%3.84).
Cinsiyet kromatini (barr cisimciği) tayini ve non-fonksiyonel x-kromozomlarının klinik tanıda kullanılması ve önemi
ÖZET Bu araştırma, 9 aylık bir periyodda KTÜ. Farabi Hastanesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Üroloji ve Kadın Doğum Polikliniklerine başvuran 2070 hastadan cinsiyet anomalisi şüphesiyle anabilim dalımıza gönderilen 12 hasta üzerinde yapılmıştır. Yapılan metodolojik çalışmalar sonucunda laboratuvarımızda rutin olarak uygulanan cinsiyet kromatini (Barr Body) yönünden hastalar incelenmiştir. Bu hastalardan 6 adedinde cinsiyet anomalisi, cinsiyet kromatini yönünden doğrulanmıştır. Bu hastalardan 5 adet kız hastadan 4 ü X-kromatini negatif (% 0.00). Turner sendromu, 1 adedi (% 7.00) mozayik ve 7 adet erkek hastadan 1 adedi (% 20.00) interseks olarak belirlenmiştir. Diğer 6 hasta için ise, diğer etkili faktörleri belirlemek için kromozom analizi önerilmiştir. Gelen hastalardan 9 adedinin akraba evliliği sonucu doğduğu ve anne-baba yaşlarının yüksekliğinin anomali oluşumunda etkili faktörler olduğu tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler : Cinsiyet kromatini (Barr Body), X-kromatini), X- kromozomu inaktivasyonu, Lyon hipotezi, Dosaj- komp enzasyonu
Doğu Karadeniz bölgesinde insan sağlığını etkileyen mikroorganizmalara portörlük yönünden martıların incelenmesi
Bu çalışmada Kasım 1989 - Aralık 1990 tarihleri arasında 616 martı dışkı örneği toplandı ve patojen bakteri yönünden incelendi. Bu alanlarda konaklayan martılar şehir çöplüklerinde beslenmektedir, örneklerden 6 serotip izole edildi. Patojen bakteri olarak Salmonella typhi ve Shigella sonnei bulundu. Otuzüç martı dışkı örneğinde dört tane Salmonella typhi, taşınma oranı % 12.2 ve otuzüç tane martı dışkı örneğinde iki tane Shigella sonnei, taşınma oranı % 6.06 dır. Saprofit olarak dört serotip sırasıyla E.Coli, Enterobacter; Proteus, Enterobacter ve Klebsiella bulundu.Anahtar Kelimeler : Salmonellosis, Shigellosis, Çevre Kirliliği, Portör Martılar
Bir flavonoid olarak rutinin TLR4/TRIF/IRF3 sinyal yolu aktivasyonundaki rolünün hormon duyarlı meme kanseri hücrelerinde belirlenmesi
GİRİŞ VE AMAÇ: Meme kanseri, dünya çapında ikinci en yaygın malign neoplazm türü olmakla birlikte hastalığın tedavisi çeşitli klinik özellikler ve kemoterapötiklerin toksik yan etkileri nedeniyle sınırlı kalmaktadır. Bu nedenle yeni terapötik bileşiklerin meme kanserindeki etkilerinin değerlendirilmesi önem arz etmektedir. Toll-benzeri reseptör 4 (TLR4), Toll-benzeri reseptör ailesinin en önemli üyelerinden biridir ve meme kanseri hücrelerinde aşırı ekspresyonu progresyona eşlik etmektedir. Rutin (RUT) bir polifenolik flavonoid olup, gösterdikleri anti-neoplastik etkinlikler nedeniyle kanser immunoterapisinde dikkat çekmektedir. Bu nedenle bu çalışmada RUT'un TLR4/TRIF/IRF3 sinyal yolu aktivasyonundaki rolünün hormon duyarlı meme kanseri hücrelerinde araştırılması amaçlanmıştır. GEREÇ YÖNTEM: RUT konsantrasyonlarının MCF-7 hücrelerindeki sitotoksisitesi WST-1 analizi ile, TLR4 ekspresyon seviyesi RT-PCR analizi ile, TLR4 ve IRF3 hücresel lokalizasyonu IF boyama ile ve anti-migratif etkisi Strach (Çizik) analizi ile tespit edilmiştir. BULGULAR: RUT' un MCF-7 hücrelerinin canlılığını ve migrasyonunu azalttığı, tipik apoptotik morfolojiyi arttırdığı, TLR4 ekspresyonunu baskıladığı, TLR4'ün endozomal lokalizasyonunu ve IRF3'ün nükleer translokasyonunu azalttığı belirlenmiştir. SONUÇ: Çalışmada RUT'un anti-inflamatuar etkinlik ile hormon duyarlı meme kanserinde TLR4'e karşı antagonist aktivite göstererek TLR4/TRIF/IRF3 sinyal yoluna aracılık edebileceği ortaya konulmuştur. Ayrıca, RUT ve TLR aktivasyonun dahil olabileceği hücre kaskadının ortaya konulması için daha fazla in vitro araştırmaya ihtiyaç duyulmaktadır. Anahtar Sözcükler: Apoptoz, flavonoid, meme kanseri, rutin, TLR4
Triple negatif meme kanserinde wee1 inhibisyonunun terapötik etkisinin araştırılması
GİRİŞ VE AMAÇ: Hücre döngüsü kontrol noktaları, DNA'da oluşan hasar varlığında döngünün durdurularak gerekli onarım ve genomik bütünlüğün sağlanabilmesinde temel rol almaktadır. Hücre döngüsü kontrol noktalarında önemli aktiviteye sahip olan Wee1 kinaz, birçok kanser türünde aşırı eksprese edilmektedir. Bu kapsamda, Wee1 inhibisyonunu hedef alan tedavi stratejileri son zamanlarda oldukça öne çıkmaktadır. Bu çalışmada ilk kez triple negatif meme kanserinde (TNMK) Wee1 inhibitörü olarak Azenosertib' in potansiyel terapötik etkinliğinin moleküler düzeyde belirlenmesi amaçlanmaktadır. GEREÇ VE YÖNTEM: Azenosertib'in MDA-MB-231 TNMK ve MCF-10A kontrol hücrelerindeki sitotoksik etkisi CCK-8 analizi ile belirlendi. Annexin V analizi, akridin oranj/ propidyum iyodür boyamasıyla ve hücre siklusu analizleri ile apoptotik etkisi ve hücre siklusunda etkinliği belirlendi. Azenosertib'in MDA-MB-231 hücrelerinde anti-oksidatif etkisinin belirlenmesi için mitokondri boyaması ve ROS analizi gerçekleştirildi. Son olarak, western blot analizi ile Wee1 inhibisyonunun hücre döngüsündeki etkisi aydınlatıldı. BULGULAR: Azenosertib'in MDA-MB-231 hücrelerinde konsantrasyon ve zamana bağlı olarak hücre canlılığını anlamlı bir şekilde azalttığı belirlenmiştir (p<0.01). Hücrelerde apoptotik ölüme neden olmakla birlikte Wee1 protein düzeyinde artışa neden olarak inkübasyon süresine göre hücre siklusunda etkisi belirlenmiştir. Ayrıca, Azenosertib'in TNMK hücrelerinde mitokondriyal hasara ve intraselüler ROS miktarında artışa neden olduğu tespit edilmiştir. SONUÇ: TNMK hücrelerinde ilk kez Azenosertib'in potansiyel antikanser etkinliği moleküler düzeyde belirlenmiştir. Elde edilen bulgular, Azenosertib'in TNMK hücrelerinde Wee1'i aktivitesini inhibe ederek apoptoza ve oksidatif hasara neden olduğunu göstermektedir. TNMK hücrelerinde ilk kez etkisi gösterilen Azenosertib'in apoptozun yanı sıra farklı ölüm tiplerinde ve diğer kanser türlerindeki terapötik etkinliğinin araştırılmasına yönelik yeni çalışmaların gerçekleştirilebilir.
Benign ve malign plevral efüzyon ayrımında total tiyol, native tiyol ve tiyol disülfit seviyelerinin etkisi
Plevral efüzyon (PE), birçok benign ve malign durumun neden olduğu plevral boşlukta sıvı birikmesidir. Kanser, pnömoni ve kalp yetmezliği gibi bazı yaygın hastalıkların çoğunda plevral efüzyon görülür. Benign ve malign plevral efüzyon tanısı için altın standart video yardımlı torakoskopik cerrahi ve plevral biyopsidir. Fakat bu, invaziv cerrahi bir prosedürdür. Benign ve malign olgulardaki plevral efüzyonun oksidan ve antioksidan denge yönünden incelenmesi tanıya katkı sağlayabilir. Bu çalışmada malign ve bening plevral efüzyonların ayrımı için serum ve plevral efüzyonu antioksidan denge yönünden incelemesi amaçlandı. Bu çalışmada hastalar benign (n=18) ve malign (n=32) plevral efüzyon tanısı almış olarak 2 gruba ayrıldı. Hastalardan eş zamanlı olarak plevral mayi ve serum örnekleri toplandı. Mayi ve serum örneklerinde oksidatif stres belirteci olan Toplam Tiyol (TT), Native Tiyol (NT) ve Tiyol Disülfit (D) Toplam Antioksidan Seviye (TAS), Toplam Oksidan seviye (TOS) , Oksidatif Stress İndeksi (OSİ) düzeyleri incelendi. Benign grubun serum TT (364,44±135,85 µmol/L) ve NT (169,94±63,25 µmol/L) düzeyleri, malign grup TT (459,45±221,26 µmol/L), NT (195,80±156,86 µmol/L) düzeylerine göre düşük ve benign grup D düzeyleri (97,25±44,42 µmol/L) malign grup D düzeylerine göre (131,82±81,89 µmol/L) yüksek olmasına rağmen istatistiksel olarak anlamlı değillerdi. Bununla birlikte benign grup PE mayi TT (385,96±189,56 µmol/L), NT (269,5±135,32 µmol/L), D (58,23±44,77 µmol/L) düzeyleri arasında, malign grup TT (372,96±174,79 µmol/L), NT (266,23±142,90 µmol/L), D (53,28±29,94 µmol/L) düzeylerine göre anlamlı bir fark yoktu. Benign grup ve malign grup serum TAS (1,59±0,18 mmol/L; 1,48±0,27 mmol/L, sırasıyla), TOS ( 2,77±1,67 µmol/L; 3,69±1,64 µmol/L, sırasıyla) ve OSİ ( 0,17±0,11; 0,26±0,13, sırasıyla) düzeyleri ve PE sıvısı TAS (1,82±0,37 mmol/L; 1,97±0,35 mmol/L, sırasıyla ), TOS (34,98±22,55 µmol/L; 33,89±24,02 µmol/L, sırasıyla) ve OSİ (2,01±1,51; 1,71±1,08 µmol/L, sırasıyla) düzeyleri arasında fark olmasına rağmen, bu farklar istatistiksel olarak anlamlı değildi. Sonuç olarak, benign ve malign gruplar arasında istatistiksel olarak fark bulunmaması, ayırıcı tanıda bu parametrelerin kullanılmasının henüz uygun olmayacağı, fakat çalışmanın daha fazla sayıda örnek ve ilave parametrelerle tekrarlanmasında yarar olduğu kanaatindeydik. Anahtar Kelimeler: Plevral efüzyon, total tiyol, native tiyol ve tiyol disülfit
Triple negatif meme kanserinde elimusertib ATR inhibitörünün anti-kanser etkisinin belirlenmesi
GİRİŞ VE AMAÇ: Triple negatif meme kanseri (TNMK) heterojen yapıda diğer meme kanseri alt tiplerine göre daha agresif klinik seyre sahip ve bu nedenle mevcut tedavi seçeneklerine dirençli meme kanseri alt tipidir. Kanser hücrelerinde genomik kararsızlığı DNA hasar yanıtı ve onarım mekanizmalarının aktivitesine bağımlıdır. Bu nedenle son yıllarda kanser tedavisinde Ataksi telenjiektazi ve Rad3 ile ilgili (ATR) inhibisyonunu hedef alan yeni tedavi yaklaşımları dikkat çekmektedir. Mevcut tez çalışmasında ilk kez MDA-MB231 TNMK ve kontrol hücrelerinde bir ATR inhibitörü olan Elimusertib' in anti-kanser etkisinin belirlenmesi amaçlanmaktadır. GEREÇ VE YÖNTEM: Elimusertib'in MDA-MB-231 TNMK ve MCF-10A kontrol hücrelerindeki sitotoksik etkisi WST-1 analizi ile belirlendikten sonra, Annexin V, hücre siklusu analizleri ve akridin oranj/ propidyum iyodür boyaması ile apoptozda etkisi analiz edildi. Mitotracker boyaması ve intraselüler reaktif oksijen türlerinin miktarının belirlenmesi ile mitokondriyal hasar değerlendirildi. Ayrıca, western blot analizi ile ATR-Chk1 DNA hasar yanıtında ve apoptotik ölümde etkisi moleküler düzeyinde aydınlatıldı. BULGULAR: MDA-MB-231 ve MCF-10A hücrelerinde Elimusertib'in doza ve zamana bağlı olarak hücre canlılığını anlamlı bir şekilde azaltmıştır (p<0.05). Elimusertib'in TNMK hücrelerinde erken ve geç apoptotik ölüme, G0/G1 fazında tutulmaya ve mitokondriyal hasara neden olduğu belirlendi. Ayrıca, Elimusertib'in TNMK hücrelerinde ATR temelli DNA hasar yanıtını baskılayarak apoptotik ölüme neden olduğu protein düzeyinde analiz edildi. SONUÇ: Bu çalışmada ilk kez ATR inhibitörü olarak Elimusertib'in TNMK hücrelerinde anti-kanser etkisi belirlenmiştir. Bulgular, Elimusertib'in TNMK hücrelerinde ATR temelli Chk1 yolağını etkin bir şekilde inhibe ettiğini ve özellikle p53 mutant TNMK hastalarında yenilikçi bir tedavi seçeneği olabiliceğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler: DNA hasar yanıtı, ATR, Hücre siklusu, Apoptoz, Triple negatif meme kanseri.
ALS hastalarının regülatör T lenfositlerinde otofaji düzensizliğinin araştırılması
ÖZET Amaç: Nöroinflamasyon, amyotrofik lateral skleroz (ALS) hastalığının ayırt edici özelliğidir. Regülatör T hücreleri (Treg'ler), bağışıklık toleransı ve nöroinflamasyonun önlenmesinde önemli rol oynamaktadır. ALS hastalarında regülatör Thücresi ve FoxP3 proteininin ekspresyonunda önemli bir azalmanın gözlendiği gösterilmiştir. ALS'de FoxP3+ regülatör Thücresi kaybının ana nedeni bilinmemektedir. Bu çalışmada, ALS'de FoxP3+ regülatör T hücresinde otofaji düzensizliğinin rolü araştırıldı. Yöntem: Çalışmaya 23 ALS hastası ve 24 sağlıklı kontrol dahil edildi. Periferik kandan mononükleer hücreler (MNC'ler) elde edildi, ardından regülatör T hücreleri izole edildi. İzole edilmiş regülatör T hücreleri, FoxP3 ve LC3 antikorları ile boyandı ve hastalarda ve kontrollerde FoxP3+ regülatör T hücresindeki otofaji seviyelerini belirlemek için LC3 belirteci, akış sitometrisi ile incelendi. Bulgular: FoxP3+ LC3+ hücrelerinin ortalaması hastalarda ve kontrollerde sırasıyla 0,47 ve 0,45 idi. FoxP3+ LC3- hücrelerinin ortalaması hastalarda 0,15 ve kontrollerde 0,20 idi, p = 0,030 (p<0,05). Hastalarda ALSFRS-R düşüş oranı ile otofaji düzeyi arasında anlamlı bir ilişki saptanmadı. Ayrıca hızlı ilerleyen ALS hastaları ile yavaş ilerleyen ALS hastaları arasında FoxP3+ regülatör T hücresindeki otofaji düzeyinde anlamlı bir fark bulunmadı. Sonuç: ALS hastalarında FoxP3+ regülatör T hücresindeki aşırı otofaji seviyeleri, artan hücre ölümünün bir açıklaması olabilir ve nöroinflamasyonun kötüleşmesine ve hastalık başlangıcına neden olabilir. Ancak hastalığın ilerlemesi ile FoxP3+ regülatör T hücresindeki otofaji düzeyi ilişkili bulunmadı. Anahtar Kelimeler: ALS, Regülatör T hücreleri, Otofaji, Nöroinflamasyon
Mezenkimal kök hücrelerin in vitro kolon kanser hücre hatlarındaki etkisi
Mezenkimal kök hücre (MKH) kendini yenileme, plastik adherent ve multipotent özellikleri sebebiyle özel bir grup kök hücredir. MKH'ler birçok dokudan elde edilirler ve özellikle kordon kaynaklı dokulardan elde edilen MKH'ler, invazif olmayışlarından dolayı avantajlıdırlar. MKH'ler başlıca rejeneratif tıp alanında ve ayrıca kanser terapilerinde kullanımı konusunda birçok araştırma mevcuttur. Dünyada sıklığı bakımından üçüncü sırada yer alan kolorektal kanser (KRK) tedavisi hem hasta hem de sorumlu olan hekimler için oldukça zorludur. Çalışmamızda MKH'lerin KRK hücreleri (KRKh) üzerindeki terapötik etkisinin incelenmesi amaçlanmaktadır. Çalışmamızın amacı, KRK hücre hattı olarak HT-29 ve HCT-116 hücrelerinde, kordon kanı kaynaklı (KK-MKH) ve kordon dokusu olan Wharton jeli kaynaklı MKH (WJ-MKH)'lerin apoptotik etkisini incelemekti. 1/5 ve 1/10 (MKH:Kanser) hücre oranları ile 24 ve 72 saatlik inkübasyonlarda in vitro kültür olarak MKH'nin KRKh üzerindeki apoptotik etkisi araştırıldı. Aynı koşullarda sağlıklı periferal kan mononüklear hücreler kontrol grubu deneyi olarak oluşturuldu. İnkübasyon süreleri bittikten sonra Annexin/PI-FITC apoptoz metodu ile flow sitometrik analiz yapıldı. Hem WJ-MKH hem KK- MKH'lerde her iki KRKh'de, her iki oranda ve inkübasyon sürelerinde anlamlı (p<0.05) apoptotik etki gözlemlendi. Ayrıca ELISA yöntemi ile kaspaz-3 ve HTRA2/Omi protein değişimlerine bakıldı. Her iki hücre hattında 24 saat 1/5 oranının WJ-MKH terapisinin anlamlı (p<0.05) olarak daha yüksek olduğu tespit edildi. Bu veriler hem WJ-MKH'nin hem de KK-MKH'nin kolorektal kanserler için olası bir hücre tedavisi olabileceğini göstermiştir. Ayrıca ELISA ile yapılan çalışmalar hem mitotik hem de sitoplazmadaki apoptotik protein değişimlerini göstererek apoptozun indüklendiği yolaklar hakkında bilgi vermektedir.
Mezenkimal kök hücreler ve immun sistem arasındaki ilişkinin in vitro koşullarda değerlendirilmesi
Mezenkimal kök hücreler (MKH)'lerin klinik uygulamalarından önce hücrelerin immünmodülatör özelliklerinin belirlenmesi gerekmektedir. Çalışmamızda MKH'lerin immün sistem hücreleri tarafından salgılanan sitokinlere olan etkisinin belirlenmesi hedeflendi. Periferal kan mononükler hücreler (PKMH) ve MKH ko-kültür öncesi ve sonrası CD4+ T hücrelerin hücre içi sitokin seviyeleri (Interlökin-4 (IL-4), Interferon-γ (IFNγ), and Interlökin-17 (IL-17)) akım sitometri ile tespit edildi. Aynı zamanda Tümör büyüme faktörü (TGF)- β, IL-4, IL-17, IFNγ süpernatant sitokin seviyeleri ELISA ile ölçüldü. Çalışmamızda MKH'ler kordon kanı (KK) ve Wharton Jeli'nden (WJ) izole edilmiş olup plastik adherent olmaları mikroskopta ve yüzey belirteçleri (CD44 (%100), CD73 (%99,6), CD90 (%100), CD105 (%88)) akım sitometri yöntemiyle gösterilmiştir. Çalışmada, ko-kültür MKH/PKMH 1/5 ve 1/10 oranlarında, 24 saat ve 72 saat inkübasyon süreleri hem KK hem de WJ MKH'leri kullanıldı. Çalışmada KK-MKH'lerle stimule edilen PKMH'leri ko-kültür sonuçları kültür öncesiyle karşılaştırıldığında farklı immünmodülatör özellikler gösterdikleri bulunmuştur. Pro-inflamatuvar sitokinlerden IFNγ ve IL-17 hem KK-MKH hem de WJ-MKH ve PKMH ko-kültürü sonrası hücre içi seviyeleri artış gösterirken süpernatanttaki sitokin seviyeleri anlamlı derecede düşmüştür (p<0,05). Anti-inflamatuvar sitokinlerden IL-4'ün ko-kültür sonrası hücre içi seviyesi anlamlı derecede artarken süpernatantta anlamlı derecede azalmıştır (p<0,05). Anti-inflamatuvar sitokin olan TGF- β'ın ise süpernatanttaki seviyesi hem KK-MKH hem de WJ-MKH için anlamlı derecede azalmıştır (p<0,05). MKH ve immün sistem hücrelerinin interaksiyonu karmaşık bir süreci başlatmaktadır. Kordon kanı ve WJ-MKH ile PKMH'ler arasındaki ilişkilerin belirlendiği bu çalışma ile MKH'lerin uygulanma öncesi ve sonrasında pro-inflamatuvar ve anti-inflamatuvar özellikleri tespit edilerek en uygun MKH kaynağının seçilmesi ve immünmodülasyon etkilerinin belirlenmesi açısından klinik çalışmalara ışık tutacaktır.
Kemokin gen varyantlarının COVID-19 hastalık şiddeti üzerine etkisi
Tüm dünyada pandemi olarak ilan edilen COVID-19 hastalığının progresyonu ve tedavisi hakkında çok kapsamlı araştırmalar yapılmış ancak özellikle virüsün enfekte bireylerde farklı hastalık şiddetine neden olması durumu hala tam olarak açıklığa kavuşturulamamıştır. İmmün profilin virüse karşı oluşturulan yanıtta önemli olduğu ve özellikle kemokinlerin COVID-19 hastalığının şiddet seyrini belirlemede önemli rol oynadığı çalışmalarda gösterilmiştir. Biz de çalışmamıza 60 hafif, 59 şiddetli, 60 kritik COVID-19 hastası dahil ettik. MCP 1-A2518G, SDF-1-3'A, CCR5-delta32, CCR5-A55029G, CXCR4-C138T ve CCR2- V64I kemokin polimorfizmlerini inceleyerek bireylerde genetik olarak belirlenen immün sistem hücrelerinin virüse karşı oluşturduğu yanıtlar ile gelişen hastalık şiddet seyri arasında ilişki kurmayı amaçladık. Varyasyonların tespiti için polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)/Sanger dizileme analizi yapıldı. Çalışmamız sonucunda MCP-1- A2518G G alleli taşıyıcılarının kritik hasta grubunda oldukça sık gözlendiği, GA genotitipi hafif ve kritik hasta gruplarında karşılaştırıldığında kritik hasta grubunda önemli derecede yüksek olduğu görülmüştür. Benzer şekilde GA genotipi şiddetli hasta grubunda hafif hasta grubuna göre daha sık görüldüğü saptanmıştır. CCR2-V64I wt alleli için kritik ve hafif hasta grubu karşılaştırıldığında wt/wt genotipinin kritik hastalarda önemli ölçüde düşük olduğu görülmüştür. Benzer şekilde kritik ve şiddetli hasta grubu karşılaştırıldığında 64I/64I genotipinin kritik hasta grubunda anlamlı derecede yüksek olduğu gözlenmiştir. COVID-19 hastalığı şiddetiyle ilişkilendirdiğimiz diğer kemokin polimorfizmlerinde herhangi anlamlı bir sonuca ulaşamadık. Sonuç olarak çalışma verilerimiz MCP-1-A2518G ve CCR2-V64I polimorfizmlerinin COVID-19 hastalık şiddetinin artmasıyla ile ilişkili olduğunu göstermiştir. Bununla birlikte, farklı popülasyonlarda gen ekspresyon seviyelerine odaklanarak yapılan daha büyük çalışmalar, bu mekanizma rolünün daha iyi anlaşılmasına yardımcı olacaktır.
Kemik iliği nakli olan multiple myeloma hastalarında genetik/epigenetik farklılıkların araştırılması ve klinik parametrelerle karşılaştırılması
Sitokin sinyalleme-1'in (SOCS-1) baskılayıcısı, uygun bir bağışıklık tepkisini indükleme işlevi görür ve interferon sinyalleşmesinin temel bir fizyolojik düzenleyicisidir. DNA metilasyonu, sitozinin karbon 5 pozisyonuna bir metil grubunun eklenmesini içerir. Bu çalışmada, MM'li hastalar ile sağlıklı kontroller arasında SOCS-1 gen hipermetilasyonunun karşılaştırılması yanında, SOCS-1 gen varyant dağılımının ve ayrıca SOCS-1 hipermetilasyonunun progresyonsuz sağkalıma (PFS) ve genel sağkalım etkisinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Bu tez çalışmasına MM tanısı almış 120 hasta ve 80 sağlıklı birey dahil edildi. SOCS-1 genotiplerinin dağılımı, hastalar ve sağlıklı kontroller arasında istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Ayrıca bu genotiplerin sağ kalım üzerindeki istatistiksel olarak anlamlı etkileri incelendi.. SOCS-1'in CA/CA genotipi sağlıklı kontrollerde istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek bulundu (p=0,001), Del/Del genotipi ise MM'li hastalarda anlamlı olarak yüksek bulundu (p=0,034). SOCS-1 geninin yüzde metillenmiş referans (PMR) değeri sağlıklı kontrollerde anlamlı olarak daha yüksek bulundu (medyan: 43,48, aralık: 2,76-247,75; p=0,001). PMR değeri <43,48 olan hastalarda önemli ölçüde daha uzun PFS vardı (<43,48 %56 için, ≥43,48 %43 için; p=0,027). SOCS-1 polimorfizmlerinin MM ve SOCS-1 metilasyonunun patogenezine etkileri literatüre ışık tutacaktır. Anahtar Kelimeler: Multiple myeloma, SOCS-1, DNA metilasyonu, hayatta kalma, PCR-RFLP.
Allojenik kök hücre nakillerinde mikrobiyotanın etkisi: Engrafman ve GVHD
The Effect of Microbiota in Allogeneic Stem Cell Transplants: Engrafman and GVHD Allo- hematopoetik kök hücre nakli (HKHN) sonrası alloreaktif verici T hücreleri, deri, karaciğer, bağırsak, timus, merkezi sinir sistemi, yumurtalık veya testis dahil olmak üzere konağın hedef organlarına ve hematopoetik sisteme saldırabilir ve bu duruma akut graft-versus host hastalığı (aGVHD) adı verilir. İnsan vücudunda, genellikle "mikrobiyota" olarak adlandırılan çok sayıda mikroorganizma kolonize olmuştur. Allo-HKHN ile kullanılan ilaç tedavilerine bağlı olarak mikrobiyotanın değiştiği ve aGVHD gelişimi sırasında mikrobiyotanın hastalığın önemli bir düzenleyicisi olduğu bilinmektedir. Çalışmaya HKNH olmuş 25 hasta/verici dahil edilmiştir. Hastaların %16'sında nüks veya aGVHD geliştiği tespit edilmiştir. Alıcı ve vericilerde yüksek sıklıkta saptanan HLA (Human Leukocyte Antigen), alelleri; HLA-A*02:01, B*51:01, -C*06:02,-DRB1*15:01,-DQB1*03:01 'dir. Vericilerin bağırsak mikrobiyotasının %70'ini Firmicutes filumu oluştururken, %24'ünü Bacteriodetes filumu oluşturuyordu. Hastaların nakil öncesi bağırsak mikrobiyotasının %63'ünü Firmicutes filumu, nakil sonrası bağırsak mikrobiyotasının %54'ünü Firmicutes filumu olduğu saptanmıştır. Allo-HKHN öncesi alınan dışkı örneği ile engrafman sağlandıktan sonra alınan dışkı örneği karşılaştırıldığında, Roseburia (p=0,01), Bifidobacterium (p=0,05), Faecalibacterium (p=0,04) ve Dorea (p=0,05) cinslerinde istatistiksel olarak anlamlı azalma olduğu gözlemlenmiştir. Allo-HKHN'ni takiben aGVHD geliştiren hastalarda Enterococcus (p=0,3) cinsinde artış gözlenmiş, Geniş spektrumlu beta laktamaz (GBSL) pozitif olan hastalarda Klebsiella (p=0,4) cinsinin artmış olduğu gözlenmiştir fakat istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Bu tez çalışmasında alıcı/verici arasında mikrobiyota flora farklılıkları incelenmiştir. Ayrıca tam uyumlu HLA vericilerin de mikrobiyota ile ilişkisi ortaya konmuştur.
Oral skuamöz hücreli karsinomda ve risk taşıyan bireylerde PI3K ve wnt sinyal yolakları ile ilişkili miRNA ve proteinlerin biyobelirteç olarak araştırılması
Oral Skuamöz Hücreli Karsinom (OSHK) ağız skuamöz epitel hücrelerinden kaynaklanan malign neoplazmdır ve genellikle ileri evrelerde teşhis edilebildiği için kötü prognoz gösterir. 5 yıllık sağ kalım oranı %35-50'dir. Fankoni anemisi (FA) DNA tamir gen mutasyonlarına bağlı gelişen nadir bir kemik iliği yetmezliği sendromudur ve FA hastalarında genel popülasyona göre OSHK daha genç yaşlarda ve sık görülür. OSHK gelişme riski sigara içenlerde de yüksektir. Bu gruplarda gerek tanı, tedavi gerekse prognoz değerlendirmesi için kullanılabilecek biyobelirteçlerin tespit edilmesi önemlidir. PI3K ve Wnt OSHK moleküler patogenezinde rol oynayan önemli sinyal yolaklarındandır. Bu tez çalışmasının amacı; OSHK hastaları, FA hastaları ve sigara içenlerde PI3K ve Wnt sinyal yolakları ile ilişkili, miR-9, miR-34a, miR-196a'nın tükürük ekspresyon seviyelerinin ve survivin, CIP2A, β-katenin proteinlerinin serum düzeylerinin ölçülmesi ile OSHK açısından biyobelirteçlerin araştırılmasıdır. miRNA ekspresyon seviyeleri kantitatif PCR ile incelenmiştir. miRNA ekspresyon seviyeleri normalize edilerek; OSHK hastaları, FA hastaları ile sigara içen ve sigara içmeyen sağlıklı kontroller arasında karşılaştırılmıştır. Serum protein düzeyleri ELISA ile ölçülmüştür Çalışmamız OSHK hastaları ve FA hastaları ve sigara içenlerde PI3K ve Wnt sinyal yolakları ile ilişkili olabilecek miRNA ve proteinlerin araştırıldığı ilk çalışmadır. Verilerimize göre OSHK hastalarında kontrollere göre miR-9 ve miR-34a seviyeleri daha düşük bulunmuştur (p=0,01 ve p=0,012), miR-196a seviyelerinde anlamlı bir fark belirlenmemiştir (p>0,05). OSHK hastalarında miR-9 seviyesi lenf nodu metastazı ile ilişkili bulunmuştur (p=0,04). Sigara içen ve sigara içmeyen kontroller arasında miRNA seviye farklılığı belirlenmemiştir (p>0,05). FA hastalarında miR-9 ve miR-34 seviyeleri OSHK hastalarındaki gibi kontrollerden daha düşük saptanmıştır (p=0,017 ve p=0,014). OSHK hastalarında kontrol gruplarına göre Survivin ve CIP2A protein düzeyleri daha yüksek (p=0,04, p= p<0,001), β-katenin düzeyleri ise düşük bulunmuştur (p=0,034). Survivin ve miR-34a seviyeleri arasında negatif korelasyon belirlenmiştir (p=0,005). FA hastalarında OSHK hastaları ve sağlıklı kontollere göre survivin düzeyleri yüksek (p=0,01), β-katenin düzeyleri ise düşük saptanmıştır (p=0,008). miR-9 ve CIP2A'nın OSHK'da biyobelirteç olarak önemli olabileceği sonucuna varılmıştır. Sigara kullanımının survivin düzeylerini etkilediği görülmüştür. FA hastalarında miR-9, miR-34, survivin ve β-kateninin seviyelerinin OSHK gelişimi açısından değerlendirilerek takip edilmesi fayda sağlayabilecektir. Hasta sayıları arttırılarak çok merkezli sistematik çalışmaların yapılmasının sonuçlarımızı destekleyeceğini düşünmekteyiz.
Böbrek nakli sonrası gelişen BK virus enfeksiyonu ile kaveolin ve klatrin moleküllerinin arasındaki ilişkinin incelenmesi ve HLA doku tipi dağılımı
Sağlıklı insanlarda genellikle asemptomatik olarak seyreden BK virüs enfeksiyonu bağışıklık sistemi baskılanmış hasta grubunda farklı klinik tablolarla kendini gösterebilir. Böbrek nakli hastalarında BK Virüs reaktivasyonu %8 oranında BK Virüs nefropatisine ve tedavi edilmediği takdirde transplante böbrek kaybına yol açabilir. BK Virüs'ün de içinde bulunduğu Poliyomavirüs ailesinden birçok virüsün hücre içine transportunda Klatrin veya Kaveolar sistemin görev aldığı ve HLA moleküllerinin yardımcı reseptör görevi görebileceği bilinmektedir. Bu çalışmada BKV viremisi olan böbrek nakli hastaları, alınan böbrek biyopsisinde BKV nefropatisi saptanmasına göre iki gruba ayrıldı (Grup I: Viremi +, Nefropati+/ Grup II: Viremi+, Nefropati-) Her iki hasta grubu HLA doku tiplerinin uyumu ve HLA doku tipleri yönünden değerlendirildi. Böbrek biyopsilerindeki kaveolin-1 ve klatrin moleküllerinin dağılımı ve konsantrasyonu immünohistokimyasal boyama yöntemiyle incelendi. İncelenen 343 hastanın 42'sinde BKV viremisi mevcuttu. Alıcı ve verici arasındaki HLA uyumu viremi için önemli bir risk faktörü olarak saptanmazken, verici veya alıcıdaki bazı HLA allelerinin BKV viremisi veya virürisinde önem arz ettiği saptandı. Patolojik incelemeye alınan 31 örneğin anti-kaveolin-1 immunoglobulin ile yapılan immünohistokimyasal analizinde Grup-I ve Grup-II arasında boyanma yönünden istatiksel yönden anlamlı bir fark olduğu ve Grup-I de kaveolin-1'in boyanmasının az olduğu görüldü. Ancak benzer immünohistokimyasal analiz anti-klatrin ile yapıldığında Grup-I ve Grup-II arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark izlenmedi. Bu bulgular ışığında, BKV enfeksiyonu için belli bazı HLA tiplerinin risk faktörü olabileceği düşünebilir. Ayrıca kaveolin-1 ekspresyonunun BKV enfeksiyonunda böbrek tutulumu için koruyucu rol oynayabileceği düşünülebilir. Her iki verinin de geniş çaplı çalışmalarla doğrulanması gereklidir.
Madde kullanım bozukluğu olan hastalarda epigenetik farklılıkların araştırılması ve klinik parametrelerle karşılaştırılması
Madde kullanım bozukluğu (MKB), ülkemiz dahil tüm dünya ülkelerinin karşı karşıya kaldığı en önemli halk sağlığı sorunlarından biridir. MKB'nin oluşumu ve seyri farklı moleküler ile hücresel mekanizmalar, çevresel etmenler gibi faktörlere bağlıdır. Yapılan genetik ve epigenetik araştırmalar bazı genlerin MKB ile ilişkili olduğunu göstermiştir. Özellikle dopaminerjik yolaklarda rol oynayan genler MKB çalışmalarının odak noktası olmuştur. Çalışmamızda dopaminerjik sistemde etkili olan COMT geninin membran-bağlı (MB-COMT) formundaki Val158Met fonksiyonel varyantı ile MB-COMT metilasyon analizi ile dopamin reseptör geni olan DRD2 geninin -141C Ins/Del fonksiyonel varyantı ve DRD2 metilasyon analizi ile demografik ve klinik parametrelerin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Kontrol grubu olarak 102 birey ve MKB tanısı almış 218 birey çalışmada yer almıştır. Gen varyantlarının analizi için PCR-RFLP (Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi) metodu, metilasyon analizleri için MSP (Metilasyon-spesifik PCR) metodu kullanılmıştır. Sonuçların Pearson ki-kare testi ve Fisher Exact testi kullanılarak istatistiksel analizi yapılmış ve p<0,05 değeri istatistiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir. MKB grubu ve kontrol grubu karşılaştırıldığında COMT Val158Met ve DRD2 -141C varyantlarının genotip ve allel frekanslarında istatistiksel olarak anlamlı bir fark gözlenmemiştir (p>0,05). Ancak Val158Met varyantı Val/Met genotipi psikotik bulgu ek tanısı almış bireylerde istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek bulunmuştur (p<0,001). Val alleli taşıyıcılarında da çoklu madde kullanımı anlamlı düzeyde yüksektir (p<0,05). -141C varyantı Ins alleli ise ailede psikiyatik bir bozukluk olan bireylerde anlamlı düzeyde yüksek bulunmuştur (p<0,05). MB-COMT metilasyon analizine göre MKB bireylerin kontrol grubuna göre daha düşük metilasyon frekansına sahip olduğu saptanırken (p<0,001), DRD2 metilasyon analizine göre istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0,05). Sonuç olarak, COMT ve DRD2 fonksiyonel gen varyantlarının çeşitli klinik parametrelerle anlamlı derecede ilişkilere sahip oldukları ve MB-COMT'un hipometilasyonunun MKB için önemli bir faktör olabileceği bu çalışmada gözlenmiştir.
EGFR ve CTNNB1 gen varyant analizi ile sigara bağımlıları ve fankoni anemi hastalarında oral skuamöz hücreli karsinoma gelişme riskinin araştırılması
Oral skuamöz hücreli karsinom (OSHK) en yaygın görülen kanser tiplerinden biridir.Sigara kullanımı ve Fankoni anemisi (FA) OSHK gelişme riskini arttırmaktadır. Epidermal büyüme faktör reseptörü (EGFR) ve Kaderin ilişkili Protein Beta-1 (CTNNB1) genleri çeşitli kanserlerin gelişiminde etkili sinyal yolaklarında fonksiyon göstermektedir. Çalışmamızda EGFR rs845561 ve CTNNB1 rs3864004 gen varyantlarının OSHK gelişimindeki etkinliğini araştırmak ve OSHK riski taşıyan FA hastaları, sigara bağımlıları ile sağlıklı bireylerle karşılaştırmak amaçlanmıştır. Çalışmaya 29 OSHK hastası, 33 FA hastası, 20 sigara bağımlısı ve 20 sigara içmeyen sağlıklı bireyler dahil edilmiş, gen varyant analizleri Sanger Dizi Analiz yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. EGFR rs845561 TT genotipi evre 2 OSHK hastalarında daha az bulunmuştur (p=0,02), T allel frekansı ile tümör perinöral invazyon arasında ilişki gözlenmiştir (p=0,05). Lenf nodu metastazı olan OSHK hastalarında C allel frekansı düşük idi (p=0,001). OSHK geliştiren FA hastalarında T alel frekansının daha yüksek olduğu dikkati çekmektedir (p=0,03), yinesigara bağımlılarında TTgenotipi ağız hijyeni kötü olanlarda ve ağızda yara çıkması ile ilişkili bulunmuştur (p=0,01 ve p=0,01). CTNNB1 rs3864004 A allel frekansı OSHK hastalarında artmış tümör invazyonu(p=0,01)ve kemoterapi/radyoterapiye yanıtsızlık ile (p=0,04 ve p=0,03) ilişkili bulunmuştur. Lenf nodu metastazı olanOSHK hastalarında G allel frekansı daha düşük idi (P=0.05). Ağız hıjyeni kötü olan OSHK hastalarında GG genotipi daha az idi (p=0,012). FA hastalarında kontrol grubuna göre G allel frekansı daha düşük bulundu (p=0.02).Sonuç olarak EGFR rs845561 ve CTNNB1 rs3864004 gen varyantlarının OSHK gelişiminde, tümör invazyonu ve tedaviye yanıt verme ile anlamlı derecede ilişkili oldukları gözlenmiştir
Kolorektal kanserlerde HLA-G'nin doğal öldürücü İnhibitör Reseptörler ile etkileşiminin incelenmesi
İmmün sistem, konağı dış ve iç tehditlere karşı savunmakla görevli organize bir sistemdir. Tümör hücreleri de neticede kendi öz hücrelerimizdir ancak normal hücrelerden farklı olarak bazı yüzey antijenleri taşıyabilmekte ve bunlar immün sistem tarafından 'yabancı' olarak algılanıp immün yanıta yol açabilmektedir. Çoğu kanser hücresi immüniteden kaçabilmek için yüzey antijenleri sentezlemezler ya da azaltırlar, bu nedenle de konakçı tarafından ayrıştırılamazlar. Etkili bir immün takip yüzey antijenleriyle birlikte insan lökosit antijen (human leukocyte antigen (HLA)) ifadesi de gerektirmektedir. Tümör hücrelerindeki HLA antijenleri farklılıkları bu hücrelerin, doğal öldürücü (NK) hücrelerden kaçışına sebep olan bir mekanizma olarak öne sürülmüştür. Kolorektal kanser (KRK), HLA-G antijenlerinin hücre yüzeyinde artışı, NK hücre işlevlerinde bozulma ve immün sistemden kaçış gibi bireyin immün sisteminde çok sayıda değişikliklere neden olabilir. Bu durumun kötü prognoz üzerine etkisi olduğu sanılmaktadır. Çalışmamızda, periferik kan serumlarından ELISA yöntemi ile çözünebilir HLA-G (sHLA-G) seviyelerinin belirlenmesi ve tümörlü dokuda immünohistokimya (IHK) yöntemi aracılığıyla HLA-G ifadesinin kayıp ya da yokluğuna bakılması ve NK hücrelerinin öldürücü inhibitör reseptör (KIR) yüzey belirteçlerinin tümör dokusuna infiltrasyonuna bakılması amaçlanmıştır. Bu çalışmanın sonucunda, KRK'li hastalardaki HLA-G ve KIR belirteçleri ifadesinin artış gösterdiği gözlenmiş ve dolayısıyla KRK'de güçlü, bağımsız ve faydalı bir prognostik belirteç olabileceği düşünülmüştür. Hasta ve kontrol serumlarındaki sHLA-G seviyeleri arasında bir farklılık gözlenmemiştir. Sonuçlarımız HLA-G ve KIR belirteçlerinin gelecekteki immünterapötik yaklaşımlar için umut vaad edici bir hedef olabileceğini düşündürmektedir.
HLA-DR53 haplotiplerindeki PRKRAP1 psödogeninin akut lenfoblastik lösemi ile ilişkisi
Akut Lenfoblastik Lösemi (ALL) lenfoblastların anormal bir şekilde kontrolsüz ve aşırı çoğalmasından oluşur. Gen yeniden düzenlenmeleri, kromozom sayısındaki değişiklikler ve anormal karyotip ALL'de risk faktörleridir. Pek çok çalışmada İnsan Lökosit Antijen (HLA) genlerinin sınıf II gen bölgesine ait HLA-DRB4 alel ve homozigot sıklığının çocukluk çağı ALL'sinde erkeğe özgü olarak yüksek oranda olduğu gözlenmiştir. Çalışmamızda ALL hastalığının HLA-DRB4 alel sıklığı ve İnterferon İndükleyici Çift Zincirli Ribonükleik Asit Bağlayan Protein Kinaz A Psödogen 1 (PRKRAP1) ile ilişkisinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Ayrıca hasta ve sağlıklı grupta Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile PRKRAP1 psödogen pozitifliğinin incelenmesi ve HLA-DRB4 haplotiplerinin bir diğer belirteci olan Tek Nükleotit Polimorifizmi (SNP) rs2395185'in gerçek zamanlı PZR ile tanımlanması hedeflenmiştir. Çalışmamızda tüm grupta PRKRAP1 psödogen pozitifliği HLA-DRB4 haplotipine spesifik olarak gösterilmiştir. HLA-DRB4 alel ve HLA-DRB4 homozigot sıklığı çocukluk çağı ALL hastalarında erkeklerde anlamlı olarak yüksek bulunmuştur. rs2395185'in HLA-DRB4 haplotiplerine özgü olduğu saptanmıştır ve örneklerdeki HLA-DRB4 homozigotluğu SNP tiplemesi seviyesinde kanıtlanmıştır. Çalışmamızda, HLA-DRB4 homozigotluğu ve HLA-DRB4 belirteci ile ALL ilişkisinin temelinde HLA-DRB4 haplotiplerinde henüz karakterizasyonu yapılmamış ilave DNA'nın olabileceği düşünülmektedir. HLA-DRB4 haplotiplerine spesifik olarak tanımladığımız PRKRAP1 psödogeninin yeni tanımlanabilecek spesifik bir transkripsiyon haritasındaki moleküler mekanizması araştırılıp ALL ile ilişkisi belirlenebilir.
Ccdc84'ün nükleer lokalizasyon sinyal dizisinin karakterizasyonu ve histon proteinleri H2A1A ve H2A1H ile etkileşimlerinin araştırılması
Splaysing, pre-mRNA'ların yapısından intronların kesilip çıkartılması ve ardından ekzonların birleştirilerek olgun mRNA'ların oluşturulduğu kompleks bir mekanizmadır. Bu mekanizmada 300'den fazla protein görev almaktadır. Splaysing ile ilişkili proteinler nükleus, sitoplazma ve sentrozom gibi hücre içi bölgelerde lokalizasyon göstererek splaysingin düzenlenmesinin yanısıra kromatin yapılanması, transkripsiyon gibi farklı süreçlerde işlev göstermektedir. Anabilim Dalımızda, mikrosefalik primordial dwarfizm ile ilişkilendirilen CCDC84'ün fonksiyonunu aydınlatmaya yönelik çalışmalar kapsamında, nükleusa lokalize olduğunun ve splaysing mekanizmasında yer aldığının gösterilmesiyle birlikte histon proteinleri H2A1A ve H2A1H ile etkileşim içerisinde olabileceği ön verisine ulaşıldı. Bu tez çalışması ile CCDC84'ün nükleer lokalizasyon sinyal (NLS) dizisinin karakterizasyonu ve histon proteinleri H2A1A ve H2A1H ile etkileşimine yönelik ön verilerin test edilerek, fonksiyonunun daha ileri düzeyde anlaşılmasına katkı sağlayacak verilere ulaşılması amaçlanmıştır. CCDC84'ün NLS dizisinin karakterizasyonu immünofloresan yaklaşımı kullanılarak yapılırken, histon proteinleri H2A1A ve H2A1H ile olası etkileşimi immünopresipitasyon ve immünoblot yaklaşımları ile araştırıldı. Sonuç olarak, CCDC84'ün 18. ve 50. aminoasitler arasında yer alan ve iki farklı aminoasit kümesinden oluşan kanonikal bir NLS dizisi taşıdığı ve bu dizi üzerinde kanonikal nükleer transport mekanizması için kritik öneme sahip olan arjinin ve lizin aminoasitleri belirlendi. CCDC84'ün histon proteinleri H2A1A ve H2A1H ile arasındaki olası etkileşim doğrulanamadı ve bu etkileşimlerin yanlış pozitiflik olabileceği düşünüldü. Elde ettiğimiz bulgular, CCDC84'ün sentrozomda lokalizasyonunun gösterildiği literatürdeki son çalışmalar ile önem kazanırken, bu bulguların CCDC84'ün işlevlerinin anlaşılması sürecine önemli katkılar sağlayacağı kanaatindeyiz.
Gestasyonel diyabet hastalarında adiponektin ve asprosin düzeyleri
Gestasyonel diyabetus mellitus, gebelikte ortaya çıkan veya gebelikte tanısı konulan, anne ve bebek sağlığı üzerinde olumsuz etkiler bırakabilen bir glikoz metabolizması bozukluğudur. Adipoz doku kaynaklı bir hormon olan adiponektin birçok farklı etkisinin yanında karbonhidrat ve lipid metabolizmasının düzenlenmesinde önemli rol oynar. Adipoz dokudan salgılanan asprosin karaciğerden glikoz salınımını artırıcı ve β hücrelerinden insülin salgılanmasını olumsuz etkileyen bir hormondur. Bu çalışmada, gestasyonel diyabetus mellituslu hastalarda antidiyabetojenik etkili olarak değerlendirilen adinopektin ve diyabetojenik etkili asprosin seviyelerinin belirlenmesi ve hastaların klinik özellikleri ile karşılaştırılarak gestasyonel diyabetus mellitus patogenezindeki rollerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya Adıyaman Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum polikliniğinde Gestasyonel diyabetus mellitus tanısı almış 44 gebe ile 44 sağlıklı gebe olmak üzere toplam 88 birey dahil edildi. Serum adiponektin ve asprosin konsantrasyonlarının ölçümü insana özgü kitler kullanılarak ELISA yöntemi ile yapıldı. Ayrıca gruplar yaş, gebelik haftası, gravide, parite, abort ve vücut kitle indeksi kriterleri bakımından karşılaştırıldı. Gestasyonel diyabeti olan hasta grubunda normal gebelere göre serum adiponektin düzeyi istatistiksel olarak anlamlı derecede düşük bulundu (6,917± 3,515 mg/L ve 9,135 ± 4,258 mg/L p=0.0095). Serum asprosin düzeyleri Gestasyonel diyabetus mellitus grubunda kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı olmamakla birlikte yüksek bulundu (67,21 ± 57,83 ng/ml ve 47,08 ± 50,57 ng/ml, p=0,0933). Sonuç olarak adiponektin düzeylerindeki düşüş ile birlikte asprosin düzeylerindeki artışın gestasyonel diyabetus mellitus gelişmesinde risk faktörleri olabileceği kanısına varıldı.
Linalool'ün rifampisinin neden olduğu oksidatif hasar üzerindeki koruyucu etkisinin dalak dokusunda araştırılması
Dünya genelinde milyonlarca insanın tüberküloza yakalanması ve birçoğunun bu hastalıktan ölmesi küresel çapta önemli bir endişe kaynağı oluşturmaktadır. Rifampisin (RF), tüberküloz tedavisinde etkili bir ilaç olarak reçete edilmekle birlikte, uzun süreli ya da yüksek dozlarda kullanımı reaktif oksijen türlerinin (ROS) artışına yol açarak oksidatif stres (OS) ve toksik etkilere neden olabilmektedir. Bu nedenle bu çalışmada, RF kaynaklı dalak hasarında doğal bir antioksidan olan Linalool (LN)'un koruyucu etkiye sahip olup olmadığını araştırdık. LN, doğal olarak birçok bitkide bulunan ve antisedatif, antimikrobiyal, antioksidan, antitümöral ve antienflamatuvar etkileriyle bilinen bir monoterpendir. Çalışma kapsamında, 30 sağlıklı erkek Sprague-Dawley sıçan beş gruba ayrıldı: kontrol grubu, çözücü kontrol grubu (Dimetilsülfoksit - DMSO), RF grubu, LN grubu ve RF+LN grubu. Bu çalışmada, biyokimyasal ve OS parametreleri (HO-1, MDA, GSH) ile histolojik analizler için dalak dokuları ve kan örnekleri alındı. Çalışmamızda RF'nin MDA, HO-1 ve demir seviyelerini anlamlı düzeyde artırdığı, GSH seviyesini ise azalttığı gözlemlendi. RF ve LN birlikte uygulandığında MDA, HO-1 ve demir seviyelerinde anlamlı düşüşler, GSH seviyesinde ise anlamlı artış ve histolojik olarak iyileşmeler tespit edildi. Bulgularımız, LN'nin RF kaynaklı dalak dokusu hasarını önleyerek koruyucu bir etki gösterdiğini ortaya koymuştur. Sonuçlarımız, LN'nin antioksidan ve antiinflamatuvar özellikleri sayesinde dalakta RF kaynaklı OS'yi inhibe ederek doku hasarını iyileştirdiğini ve bu nedenle OS ile ilişkili hastalıkların tedavisinde destekleyici bir ajan olarak kullanılabileceğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Rifampisin; Oksidatif stres; Dalak; Heme oksijenaz-1; Linalool
Ratlarda Pb asetata bağlı karaciğer toksisitesinde naringinin muhtemel koruyucu etkisinin araştırılması: Deneysel bir çalışma
Pb çevresel bir toksin olarak günlük hayatımızın her evresinde karşımıza çıkmaktadır. Pb ihtiva eden maddeler canlılar üzerinde birçok zararlı etkiye sahiptir. Doğal bir bileşik olan naringin birçok bitkinin yapısında yer almaktadır. Naringinin hayvan metabolizması üzerine antioksidan, antikanserojen ve antilipidemik gibi birçok faydalı etkileri vardır. Bu çalışmada, Pb asetata maruz kalan Rat karaciğer dokularında naringinin lipit peroksidasyon, Pb düzeyleri ve karboksil esteraz enzim aktiviteleri üzerine etkileri, Enzimatik aktivasyon ve Non-enzimatik aktivasyonların tayini, Biyokimyasal bulgular, Element analizleri, Histolojik bulgular, Gen ekspresyonları ile İmmünohistokimyasal bulgulardan NF-κB ve Tnf- α'nın ekspresyon düzeyleri araştırıldı. Çalışmada Kontrol gurubu (K), Pb asetat (P) gurubu, Naringin (N) gurubu ve Pb asetat + Naringin (PN) gurubu oluşturuldu. Her gurupta yetişkin 7 erkek Rat olmak üzere 28 erkek Rat kullanıldı. Naringinin gün aşırı orogastrik olarak 40 mg/kg düzeyinde uygulamaları yapıldı. Ratların karaciğer dokularında malondialdehit (MDA), Pb düzeyleri ve CaE enzim aktivite düzeyleri, NF-κB ve Tnf- α düzeyleri, ALT ve AST değerleri, Karaciğer dokusundaki histopatolojik değişiklikler, mineral madde düzeylerinin tespiti yapıldı. P grubu MDA düzeyi K grubuna göre arttı (p<0.001). P grubu MDA düzeyinin ise PN grubunda azalmanın olduğu gözlendi (p<0.01). P grubu Pb düzeyi diğer gruplara göre en yüksek düzeyde tesit edildi (p<0.001). K gurubu CaE enzim aktiviteleri P grubuna göre nispi azalma olduğu gözlenirken (p>0.05), PN grubu CaE enzim aktivitesi P grubuna göre arttığı tespit edildi (p<0.001). Karaciğer NF-kB ve Tnf-α mRNA ekspresyon düzeyleri Real Time PCR ve immunhistokimya ile belirlenmiştir. Buna göre mRNA ekspresyon ve immunhistokimya düzeyleri naringin verilen gruplarda azaldığı, Pb grubunda ise arttığı tespit edilmiştir. Sonuç olarak, Pb asetatın oluşturduğu oksidatif strese karşı naringinin karaciğer dokularında koruyucu etkileri olduğunu düşünmekteyiz. Anahtar Kelimeler: Pb asetat; Naringinin; NF-κB; Tnf- α; Karboksil esteraz
Naringinin kurşun asetat ile indüklenmiş nefrotoksisite üzerine olan etkisinde PI3K/AKT yolağının rolü
Kurşun (Pb), çevrede yaygın bulunan ve endüstriyel alanlarda yoğun kullanılan toksik bir ağır metaldir. Kemik ve dişlerde depolanarak kronik maruziyette başta sinir sistemi ve böbrekler olmak üzere çoklu organ disfonksiyonuna yol açar. Naringin (N) ise özellikle turunçgillerde bulunan, antioksidan özelliklere sahip bir flavonoiddir. Bu çalışmanın amacı, Pb kaynaklı böbrek hasarında N'nin koruyucu etkisini ve bu etkinin PI3K/Akt sinyal yolağı ile ilişkisini; gen ekspresyon düzeyleri, antioksidan savunma sistemi, biyokimyasal göstergeler, element düzeyleri ve histopatolojik bulgular üzerinden değerlendirmektir. Çalışmada Wistar sıçanlar kontrol, N, kurşun asetat (PbAc) ve PbAc + N gruplarına ayrıldı. Böbrek dokuları element analizi, enzimatik ve non-enzimatik aktivite ölçümleri, PI3K ve Akt1 gen ekspresyonu, histopatolojik ve immünohistokimyasal incelemeler için; kan örnekleri ise biyokimyasal parametreler için intrakardiyak olarak alındı. PbAc grubunda kreatinin, üre, Mn, Pb, Mg, AChE, GST, MDA düzeyleri ve PI3K/Akt1 ekspresyonu artarken; Cu, Fe, Zn, Ca, CaE ve GR aktiviteleri ile GSH düzeyi kontrol grubuna kıyasla azaldı. PbAc + N grubunda ise bu değişikliklerin belirgin biçimde tersine döndüğü ve PbAc'ye bağlı böbrek yapısal hasarında iyileşme olduğu saptandı. Ayrıca böbrek dokusunda PI3K ve Akt1 immünoreaktivitesi PbAc grubunda diğer gruplara kıyasla yüksek olarak bulundu. Bulgular, PbAc'nin ROS aracılı PI3K/Akt aktivasyonu üzerinden oksidatif stres, esansiyel element dengesizliği ve histopatolojik hasar oluşturduğunu; N'nin bu süreçleri baskılayarak nefrotoksisiteyi anlamlı ölçüde azalttığını göstermektedir. N, PbAc kaynaklı böbrek hasarına karşı umut verici bir terapötik aday olup, klinik doğrulama için ileri çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Kurşun asetat; Naringin; Nefrotoksisite; PI3K/AKT yolağı
Subakut tiroidit hastalığında MIR375 ve MIR451a genlerinin ifade düzeylerinin araştırılması
Subakut tiroidit (SAT), tiroid ağrısının en yaygın nedenidir. SAT, kadınlarda erkeklere göre daha yüksek bir sıklık ile yıllık 100.000 bireyde ortalama 12.1 vakalık bir insidansa sahiptir. Mikro RNA (miRNA)'lar gen ifadesinin negatif düzenleyicileri olan endojen kısa tek sarmallı kodlanmayan RNA'lardır. Gen ifadesinin transkripsiyon sonrası düzenlenmesinde önemli bir rol oynarlar. Bu çalışmada dolaşımdaki iki miRNA'nın (MIR451A ve MIR375) ifade düzeylerinin SAT hastalığının tanı ve takibinde bir parametre olarak kullanılıp kullanılamayacağını araştırmayı amaçladık. Bu çalışmaya SAT tanısı konulan 50 hasta ve 41 sağlıklı birey dahil edildi. miRNA'ların ifade düzeyleri kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) yöntemi ile belirlendi. miRNA'ların ifade verileri 2-ΔΔCt yöntemi ile hesaplandı. miRNA ifadesinin istatistiksel önemi t-testi ile değerlendirildi. MIR375-3p'nin ifade düzeyinin SAT hastaları ve sağlıklı kontroller arasında farklılık göstermezken (p>0.05), MIR451A'in ifade düzeyinin SAT hastaları ve sağlıklı kontroller arasında farklılık gösterdiği saptandı (p=0.049). Her iki MIR375-3p ve MIR451A ifade düzeylerinin, farklı hastalık evrelerinde (hipertiroidi, ötiroid, hipotiroidi) değişkenlik göstermediği belirlendi (p>0.05). SAT hastalarının klinik özellikleri ile MIR375-3p ve MIR451A'nın ifade düzeyleri arasında yapılan korelasyon analizinde de herhangi bir ilişkiye rastlanmadı. Sonuç olarak bu çalışmada dolaşımdaki MIR451A'nın ifade düzeyinin SAT hastalarında daha düşük olduğu saptandı ki bu durum MIR451A'nın SAT hastalığının patogenezinde etkili olabileceğini düşündürmektedir. Anahtar Kelimeler: Subakut Tiroidit, MIR451A, MIR375
İmatinib-dirençli lösemik hücrelerin atimik farelerde in vivo izlenmesi, histopatolojik analizi ve lösemik kök hücre belirteçleri açısından değerlendirilmesi
Kronik Myeloid Lösemi, insanda 9. ve 22. kromozomların uzun kolları arasında gerçekleşen karşılıklı translokasyon sonucu oluşan hematopoetik klonal bir kök hücre hastalığıdır. Bu translokasyon sonucu ortaya çıkan füzyon protein, lösemik kuşakların genişlemesini sağlayan sürekli bir tirozin kinaz aktivitesi gösterir. Hedefe yönelik tirozin kinaz inhibitörlerinden biri olan İmatinib, bu füzyon proteinin enzimatik aktivitesini engeller ancak uzun dönemde hastalar bu moleküle karşı sekonder direnç geliştirir. Projemizin amacı, imatinib-dirençli K562-Ir hücrelerinin, hücre davranışı ve tümör oluşturma kapasitesinin değerlendirilebilmesi için, atimik farelere subkutan yolla atasal ve imatinib-dirençli hücrelerin aşılanarak, canlı sistemdeki davranış farklarının araştırılmasıdır. Atasal ve imatinib-dirençli hücreler lusiferaz geni ve yeşil floresan protein geni içeren bir lentivirüs ile in vitro işaretlenmesi amacıyla stabil transdüksiyon deneyleri yapılmıştır. İşaretlenen bu iki hücre populasyonu, imatinib varlığı yada yokluğunda, Balb-c/ Nude farelere subkutan olarak aşılanmıştır. Deney süresince belirli aralıklarla lusiferaz assay yapılarak, IVIS görüntülemede biyolüminesans ölçümler alınmış ve kıyaslanmıştır. Sonuç olarak, imatinib dirençli hücrelerimizin lentivirüs ile stabil transfeksiyonunda zamanla puromisine dirençli alt populasyonların ortaya çıktığı, in vivo atimik nude farelerde dokuda lokalize olmak yerine yayılım göstererek atasal hücrelere oranla daha farklı davranış sergilediği sonucuna varılmıştır. Bulgularımızın, KML biyolojisinde ilaç dirençli hücre populasyonlarının biyolojisinin anlaşılmasına katkı sağlayacağını düşünmekteyiz. Anahtar kelimeler; kronik myeloid lösemi, imatinib, ilaç direnci, lösemik kök hücre, tümörojenez
Tıp Fakültesi öğrencilerinin genetik okuryazarlık konularına yönelik tutumlarının incelenmesi
Bu araştırma Tıp Fakültesi öğrencilerinin genetik okuryazarlık konularına yönelik tutumlarının incelenmesi amacı ile yapılmıştır. Araştırma evrenini Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi Tıp Fakültesinde okuyan 946 öğrenci belirlemekte olup; çalışmaya katılmayı kabul eden ve ulaşım sağlanan 305 öğrenci ile tamamlanmıştır. Veriler, araştırmacı tarafından Tanıtıcı Bilgilendirme Formu, Genetik ve Genetik Uygulamalarına Yönelik Tutum ve Anlayış Ölçeği aracılığı ile online (whatsapp) uygulaması ile toplanmıştır. Tıp fakültesinde okuyan öğrencilerin genetik okuryazarlık konusunda bilgileri çeşitli değişkenlere (cinsiyet, yaş, sınıf, gelir düzeyi ve genetik konusunda eğitim alıp almama durumu) göre araştırılmıştır. Verilerin analizinde SPSS 20 (Statistical Package for Social Science) paket programı kullanılmıştır. Araştırmada anlamlılık düzeyi p<0.05 olarak kabul edilmiştir. Çalışma grubunda bulunan tıp öğrencilerinin %51.50'sinin kadın, %66.23'ünün 20-23 yaş aralığında olduğu, %25.60'ının 3. Sınıf öğrencisi olduğu, %75.40'ının gelirinin giderine eşit olduğu ve %68.50'sinin genetik konusunda eğitim almadığı gözlemlenmiştir. Araştırmada öğrencilerin genetik okuryazarlık konularına yönelik bilgi düzeylerinin yetersiz olduğu gözlemlenmiş; tıp öğrencilerinin genetik okuryazarlık konularına ve genetik uygulamalarına yönelik tutum ve anlayış ölçeği puan ortalamaları ile cinsiyet, yaş, gelir durumu, sınıf düzeyi ve genetik konusunda eğitim alma durumu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki olduğu bulunmuştur (p<0.05). Araştırma sonuçları değerlendirildiğinde; genetik eğitimin yetersiz olmasının, genetik okuryazarlık oranını düşürdüğü gözlemlenmiş; kapsamlı eğitim programlarının yeniden düzenlenmesi ile genetik okuryazarlığın arttırılabileceği kanaatine varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Genetik okuryazarlık, tıp fakültesi öğrencileri, anlayış, tutum
COVID-19 hastalarında ACE gen polimorfizminin belirlenmesi
The causal factor behind the respiratory illness COVID-19 is the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). This virus poses one of the most formidable challenges to human health in recent centuries, given its high morbidity and mortality rates. In March 2020, the international proclamation by the World Health Organization designated the worldwide dissemination of COVID-19 as a pandemic. The SARS-CoV-2 virus demonstrates an increased proclivity for binding to the angiotensin-converting enzyme-2 (ACE2) receptor. ACE2 and angiotensin-converting enzyme-1 (ACE1) are integral components of the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) and play a pivotal role in preserving local tissue homeostasis. In the current research, we investigated the ACE I/D (Insertion/Deletion) polymorphism in a total of 141 participants, the sample set of 100 COVID-19 patients and 41 healthy controls employing the polymerase chain reaction technique. The research examines the potential link between ACE genetic variations and the intensity of symptoms caused by SARS-CoV-2. This study aimed to evaluate the association of angiotensin-converting enzyme (ACE1) gene Insertion/Deletion (I/D) polymorphism (rs1799752) with the COVID-19 severity. The mean age of the participants was 49.5 years (ranging from 17 to 94). The data analysis revealed that the p-value to be 0.989 when comparing ACE gene polymorphism in the patient cohort to the control group, hence statistically non-significant. A potential limitation of this study was the relatively small sample size. In summary, no discernable correlation was detected between the I and D allele polymorphism in ACE gene and the severity of symptoms in SARS-CoV-2 patients within the population studied. Keywords: ACE gene, gene polymorphism, Covid-19, angiotensin converting enzyme
COVID-19 hastalarında MTHFR gen polı̇morfı̇zmı̇nı̇n belı̇rlenmesı̇
The Covid-19 pandemic denotes an exceptionally transmissible illness originating from the SARS-CoV-2 virus, a recent inclusion within the coronavirus lineage. It was first identified in December 2019 in Wuhan, a city located in the Hubei province of China. The rapid spread of this illness across international borders led the World Health Organization (WHO) to officially declare it a global pandemic in March 2020. In the scope of this academic research endeavor, our main objective was to examine the effects of genetic variations within the methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) gene C677T in individuals affected by COVID-19. A cohort comprising 140 participants including 99 Covid-19 patients and 41 healthy control was procured from Tokat Government Hospital, subsequently transported to the Faculty of Medicine, and subjected to comprehensive analysis within the laboratory facilities of the Department of Medical Biology. The investigative procedures involved DNA isolation, employing a series of methodologies, including Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) techniques. The obtained results were subsequently visualized through Gel Electrophoresis, facilitating the identification of genetic variants. The primary objective of this analytical endeavor was to discern potential correlations between the Methylenetetrahydrofolate Reductase (MTHFR) gene C/T polymorphism (rs1801133) with the severity of Covid-19 manifestations with a p-value less than 0.05. Significantly, a discernible proportion of our results, precisely 42.86%, demonstrated statistical significance in the comparisons of genotypes between the Control group and patients, as well as between mild and inpatient cases in Turkish population. The calculated p-values for these respective genotype comparisons were 0.0154, 0.0222, and 0.0204.
COVID-19'da protrombı̇n polı̇morfı̇zmı̇nı̇n belı̇rlenmesı̇
The COVID-19 pandemic, caused by the SARS-CoV-2 virus, has led to global health, societal, and economic concerns. The virus attaches to ACE2 receptors in various tissues, initiating illness. A heightened immune response plays a crucial role, and severe cases may involve a cytokine storm. The exact pathophysiological mechanisms and the impact of genetic polymorphism on disease progression remain unclear. Clinical manifestations vary, with thrombotic events linked to the genetic polymorphism Factor II G20210A in prothrombin, a key coagulation component. The aim of this study was to investigate the correlation between the G20210A polymorphism (rs1799963) of the prothrombin gene and the development of severe symptoms in individuals infected with SARS-CoV-2. A cohort comprising 100 COVID-19 patients was enrolled for this investigation, and genotyping of the prothrombin G20210A polymorphism was performed using Polymerase Chain Reaction Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) analysis. The frequency of the G20210A polymorphism was compared among the three groups, and associations with clinical outcomes were examined. The results of our study revealed that all patients exhibited the GG genotype. This observation implies that, within this particular patient cohort, the presence of the prothrombin G20210A polymorphism is not associated with the severity of COVID-19.
Kronik obstrüktif akciğer hastalığında hücresel yaşlanma ve sistemik inflamasyonla ilişkili gclc gen polimorfizminin araştırılması
Kronik obstrüktif akciğer hastalığı (KOAH), solunum yolu inflamasyonları ile karakterize edilen, yüksek morbidite ve mortaliteye sahip ve sıklığı yaşla artan, yaygın bir akciğer hastalığıdır. Antioksidan savunma mekanizması, reaktif oksijen türleri (ROS) ve inflamasyon arasındaki etkileşimler, hücresel yaşlanma nedeniyle değişikliğe uğradığında akciğerlerin homeostazının bozulmasına yol açar. Glutamat-sistein ligaz (GCLC), hava yolu epitelini hasarlardan koruyan ve akciğerde önemli bir antioksidan olan glutatyonun (GSH) sentezi, modifikasyonu ve aktivasyonunda önemli bir role sahiptir. Bu çalışmanın amacı, KOAH tanısı alan hasta grubunda GCLC geni G>C (rs600033) polimorfizmini karakterize etmektir. Bu çalışmada, 117 KOAH Hastası (59 Stabil KOAH (Grup 1), 58 Akut Alevlenme (Grup 2)) ve 115 sağlıklı kontrolün DNA'ları polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (RFLP) testleri ile analiz edilmiştir. İstatistiksel analizler ki-kare testi kullanılarak yapılmıştır. GCLC geni G>C (rs600033) polimorfizminin allel ve genotip dağılımları KOAH hastaları ve sağlıklı kontroller arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark göstermemiştir (p>0.05). Fakat KOAH hastalarının gruplandırılması ile yapılan analiz sonucunda, Akut Alevlenme hastaları ile kontrollerin GCLC geni G>C (rs600033) polimorfizminin genotip dağılımları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark olduğu, CC genotipine kontrollerde daha sık rastlandığı tespit edilmiştir (p=0.037, OR 0.44, %95 Cl: 0.19-0.95). Sonuç olarak, Türk populasyonunda GCLC geni G>C (rs600033) polimorfizminin KOAH hastalarında Akut Alevlenme için bir risk oluşturabileceği bulunmuştur.
Böbrek kanserinde WAVE11 gen ekspresyon düzeyinin analizi
Cancer is characterized by uncontrolled cell proliferation and is clearly the most destructive groups of human pathology. Renal cancer was previously thought to exist as a single illness, but it is currently recognized as several distinct cancer types that develop from kidneys, any one of them vary from histological features, disease progression, treatment responses, and genetic basis factors. Several of risk factors influenced renal cancer, involving lifestyle factors, medical condition factors, environmental factors, as well as genetic factors. The WASP family member 1 (WASF1) gene codes for WASP verprolin-homologous protein1 (WAVE1) which is an essential actin cytoskeleton control protein that is highly abundant in the brain. Particularly, WAVE1 is one of the subunits of the WAVE regulatory complex (WRC) that permits activation of the complex of the actin-related protein 2/3 (ARP 2/3) and results in inducing the polymerization of actin that is important in diverse cell events like cellular migration and cellular adhesion. In this paper, we looked at the WAVE1 (also known as WASF1) expression levels within renal cancer. For our work, 11 tissue samples of renal cancer as well as 11 healthy renal tissue samples from the same patient were evaluated. The renal cancer tissues were composed of 6 samples at stage I, 4 samples at stage III, and 1 sample at stage II. To analyze the WAVE1 gene expression level in renal cancer and healthy tissues of any samples, we employed the quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) method. The findings of this study exhibited that the level of WAVE1 gene was overexpressed in renal cancer tissue samples compared with healthy tissues (Fold change=5.08), which was statistically significant (p = 0.030). As a result, with all of these data, our research findings recommend that the WAVE1 gene does have a significant role in renal cancer progress and growth. Key Words: Actin Cytoskeleton, Kidney Cancer, qRT-PCR, WAVE1.
Böbrek kanserinde WAVE3 gen ekspresyonunun analizi
, xi + 60 pages Cancer is a disease distinguished by uncontrollable cell proliferation that can develop in almost any organ or tissue, such as the kidney. Kidney cancer is a complex illness. Multiple distinct subtypes of kidney cancer develop in the kidney's cells; these subtypes vary in their histology, clinical manifestations, therapeutic responses, and underlying genetic causes. The Wiskott-Aldrich syndrome protein family verprolin homologous protein 3 (WAVE3) gene, whose official name is WASP family member3 (WASF3), belongs to the WASP-WAVE family and is an actin cytoskeleton remodeling protein. WAVE3 is required for many regulatory functions in cells, including organizing cell shape, regulating actin-filament polymerization of the cell membrane, motility, migration, and cell metastasis. Furthermore, it is associated with cellular proliferation and cytokinesis. Nonetheless, WAVE3 has a major function in cancer cell invasion and metastasis. Thus, it acts as a metastasis-enhancing protein. This present investigation on the Turkish population is the first to examine the relationship between the WAVE3 gene and kidney cancer. The aim of present study was to determine the expression level of the WAVE3 gene in kidney cancer tissues relative to healthy tissues. The study involved 11 kidney cancer tissues and 11 healthy tissues from the same participants. The gene's expression level was measured by the quantitative real time polymerase chain reaction technique (qRT-PCR). According to the findings of the present study, there is no difference in WAVE3 gene expression in kidney cancerous tissues when compared with healthy tissues (fold change = 0.93), and regarding this finding, statistically, no significant correlation was found (p = 0.87). Accordingly, further studies with large samples are needed to analyze and clearly understand the WAVE3 expression level relationship to kidney cancer. Key Words: Kidney cancer, Real-Time PCR, WAVE 3.
Böbrek kanserinde actr2 gen ekspresyonunun belirlenmesi
Kidney cancer, particularly renal cell carcinoma (RCC), poses a significant health challenge globally, with its incidence steadily rising. Understanding the molecular mechanisms underlying its pathogenesis is crucial for developing targeted therapies. Among the multitude of genes implicated in kidney cancer, the Actin-Related Protein 2 (ACTR2) gene has lately received attention for its potential role in tumor development and disease furtherance. ACTR2 is an important member of the actin-related protein (ARP) group that participates in several cellular activities like cytoskeletal dynamics, intracellular transport, and gene expression control. The study aim to explore the functional implications of ACTR2 dysregulation in kidney cancer, highlighting its role in tumor cell proliferation, invasion, and resistance to conventional therapies. The study used quantitative Real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) to analyse gene expression rates in 11 cancer and 11 normal tissue samples from the kidney of the same patient. The research indicated a 1.206-fold elevation in ACTR2 gene expression in kidney cancer tissue samples relative to normal kidney tissues; however, this increase did not reach statistical significance (p = 0.234). Accordingly, we believe that further studies with large samples are needed to analyze and understand the ACTR2 expression level relationship to kidney cancer.
Böbrek kanserinde ARPC1A gen ekspresyonunun belirlenmesi
Renal cell carcinoma (RCC), in particular, is an important medical issue that is becoming more commonplace worldwide. Developing targeted therapeutics requires an understanding of the molecular pathways behind the disease's etiology. The ARPC1A gene is one of many genes linked to kidney cancer; however it has lately come to light due to its possible involvement in carcinogenesis and the advancement of the disease. Protein linked to actin the actin-related protein (ARP) family, which includes Subunit1A, is also known by the shortened form ARPC1A. This family of proteins is essential to many cellular functions, like the control of gene expression, intracellular transport, and cytoskeletal dynamics. The ARPC1A gene, located on chromosome 7q22.1, encodes the ARPC1A protein, a crucial component of the ARP2/3 complex. In order to enable cytoskeletal rearrangements that support cell motility, shape maintenance, and membrane dynamics—activities that include endocytosis, cell-cell adhesion, and cell motility—the ARP2/3 complex is a crucial regulator of actin filament nucleation and branching. This research analyzed gene expression rate samples in 11 effected cells and 11 control cells from the kidney of the same patient using quantitative reverse transcription PCR. In comparison to normal kidneys, the study found that kidney cancer tissue samples had 1.14 -fold higher ARPC1A gene expression; however, this increase is not statistically significant (p = 0.75). This abstract discusses the role of the ARPC1A gene in kidney cancer.