89
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Bir flavonoid olarak rutinin TLR4/TRIF/IRF3 sinyal yolu aktivasyonundaki rolünün hormon duyarlı meme kanseri hücrelerinde belirlenmesi
GİRİŞ VE AMAÇ: Meme kanseri, dünya çapında ikinci en yaygın malign neoplazm türü olmakla birlikte hastalığın tedavisi çeşitli klinik özellikler ve kemoterapötiklerin toksik yan etkileri nedeniyle sınırlı kalmaktadır. Bu nedenle yeni terapötik bileşiklerin meme kanserindeki etkilerinin değerlendirilmesi önem arz etmektedir. Toll-benzeri reseptör 4 (TLR4), Toll-benzeri reseptör ailesinin en önemli üyelerinden biridir ve meme kanseri hücrelerinde aşırı ekspresyonu progresyona eşlik etmektedir. Rutin (RUT) bir polifenolik flavonoid olup, gösterdikleri anti-neoplastik etkinlikler nedeniyle kanser immunoterapisinde dikkat çekmektedir. Bu nedenle bu çalışmada RUT'un TLR4/TRIF/IRF3 sinyal yolu aktivasyonundaki rolünün hormon duyarlı meme kanseri hücrelerinde araştırılması amaçlanmıştır. GEREÇ YÖNTEM: RUT konsantrasyonlarının MCF-7 hücrelerindeki sitotoksisitesi WST-1 analizi ile, TLR4 ekspresyon seviyesi RT-PCR analizi ile, TLR4 ve IRF3 hücresel lokalizasyonu IF boyama ile ve anti-migratif etkisi Strach (Çizik) analizi ile tespit edilmiştir. BULGULAR: RUT' un MCF-7 hücrelerinin canlılığını ve migrasyonunu azalttığı, tipik apoptotik morfolojiyi arttırdığı, TLR4 ekspresyonunu baskıladığı, TLR4'ün endozomal lokalizasyonunu ve IRF3'ün nükleer translokasyonunu azalttığı belirlenmiştir. SONUÇ: Çalışmada RUT'un anti-inflamatuar etkinlik ile hormon duyarlı meme kanserinde TLR4'e karşı antagonist aktivite göstererek TLR4/TRIF/IRF3 sinyal yoluna aracılık edebileceği ortaya konulmuştur. Ayrıca, RUT ve TLR aktivasyonun dahil olabileceği hücre kaskadının ortaya konulması için daha fazla in vitro araştırmaya ihtiyaç duyulmaktadır. Anahtar Sözcükler: Apoptoz, flavonoid, meme kanseri, rutin, TLR4
Triple negatif meme kanserinde wee1 inhibisyonunun terapötik etkisinin araştırılması
GİRİŞ VE AMAÇ: Hücre döngüsü kontrol noktaları, DNA'da oluşan hasar varlığında döngünün durdurularak gerekli onarım ve genomik bütünlüğün sağlanabilmesinde temel rol almaktadır. Hücre döngüsü kontrol noktalarında önemli aktiviteye sahip olan Wee1 kinaz, birçok kanser türünde aşırı eksprese edilmektedir. Bu kapsamda, Wee1 inhibisyonunu hedef alan tedavi stratejileri son zamanlarda oldukça öne çıkmaktadır. Bu çalışmada ilk kez triple negatif meme kanserinde (TNMK) Wee1 inhibitörü olarak Azenosertib' in potansiyel terapötik etkinliğinin moleküler düzeyde belirlenmesi amaçlanmaktadır. GEREÇ VE YÖNTEM: Azenosertib'in MDA-MB-231 TNMK ve MCF-10A kontrol hücrelerindeki sitotoksik etkisi CCK-8 analizi ile belirlendi. Annexin V analizi, akridin oranj/ propidyum iyodür boyamasıyla ve hücre siklusu analizleri ile apoptotik etkisi ve hücre siklusunda etkinliği belirlendi. Azenosertib'in MDA-MB-231 hücrelerinde anti-oksidatif etkisinin belirlenmesi için mitokondri boyaması ve ROS analizi gerçekleştirildi. Son olarak, western blot analizi ile Wee1 inhibisyonunun hücre döngüsündeki etkisi aydınlatıldı. BULGULAR: Azenosertib'in MDA-MB-231 hücrelerinde konsantrasyon ve zamana bağlı olarak hücre canlılığını anlamlı bir şekilde azalttığı belirlenmiştir (p<0.01). Hücrelerde apoptotik ölüme neden olmakla birlikte Wee1 protein düzeyinde artışa neden olarak inkübasyon süresine göre hücre siklusunda etkisi belirlenmiştir. Ayrıca, Azenosertib'in TNMK hücrelerinde mitokondriyal hasara ve intraselüler ROS miktarında artışa neden olduğu tespit edilmiştir. SONUÇ: TNMK hücrelerinde ilk kez Azenosertib'in potansiyel antikanser etkinliği moleküler düzeyde belirlenmiştir. Elde edilen bulgular, Azenosertib'in TNMK hücrelerinde Wee1'i aktivitesini inhibe ederek apoptoza ve oksidatif hasara neden olduğunu göstermektedir. TNMK hücrelerinde ilk kez etkisi gösterilen Azenosertib'in apoptozun yanı sıra farklı ölüm tiplerinde ve diğer kanser türlerindeki terapötik etkinliğinin araştırılmasına yönelik yeni çalışmaların gerçekleştirilebilir.
Benign ve malign plevral efüzyon ayrımında total tiyol, native tiyol ve tiyol disülfit seviyelerinin etkisi
Plevral efüzyon (PE), birçok benign ve malign durumun neden olduğu plevral boşlukta sıvı birikmesidir. Kanser, pnömoni ve kalp yetmezliği gibi bazı yaygın hastalıkların çoğunda plevral efüzyon görülür. Benign ve malign plevral efüzyon tanısı için altın standart video yardımlı torakoskopik cerrahi ve plevral biyopsidir. Fakat bu, invaziv cerrahi bir prosedürdür. Benign ve malign olgulardaki plevral efüzyonun oksidan ve antioksidan denge yönünden incelenmesi tanıya katkı sağlayabilir. Bu çalışmada malign ve bening plevral efüzyonların ayrımı için serum ve plevral efüzyonu antioksidan denge yönünden incelemesi amaçlandı. Bu çalışmada hastalar benign (n=18) ve malign (n=32) plevral efüzyon tanısı almış olarak 2 gruba ayrıldı. Hastalardan eş zamanlı olarak plevral mayi ve serum örnekleri toplandı. Mayi ve serum örneklerinde oksidatif stres belirteci olan Toplam Tiyol (TT), Native Tiyol (NT) ve Tiyol Disülfit (D) Toplam Antioksidan Seviye (TAS), Toplam Oksidan seviye (TOS) , Oksidatif Stress İndeksi (OSİ) düzeyleri incelendi. Benign grubun serum TT (364,44±135,85 µmol/L) ve NT (169,94±63,25 µmol/L) düzeyleri, malign grup TT (459,45±221,26 µmol/L), NT (195,80±156,86 µmol/L) düzeylerine göre düşük ve benign grup D düzeyleri (97,25±44,42 µmol/L) malign grup D düzeylerine göre (131,82±81,89 µmol/L) yüksek olmasına rağmen istatistiksel olarak anlamlı değillerdi. Bununla birlikte benign grup PE mayi TT (385,96±189,56 µmol/L), NT (269,5±135,32 µmol/L), D (58,23±44,77 µmol/L) düzeyleri arasında, malign grup TT (372,96±174,79 µmol/L), NT (266,23±142,90 µmol/L), D (53,28±29,94 µmol/L) düzeylerine göre anlamlı bir fark yoktu. Benign grup ve malign grup serum TAS (1,59±0,18 mmol/L; 1,48±0,27 mmol/L, sırasıyla), TOS ( 2,77±1,67 µmol/L; 3,69±1,64 µmol/L, sırasıyla) ve OSİ ( 0,17±0,11; 0,26±0,13, sırasıyla) düzeyleri ve PE sıvısı TAS (1,82±0,37 mmol/L; 1,97±0,35 mmol/L, sırasıyla ), TOS (34,98±22,55 µmol/L; 33,89±24,02 µmol/L, sırasıyla) ve OSİ (2,01±1,51; 1,71±1,08 µmol/L, sırasıyla) düzeyleri arasında fark olmasına rağmen, bu farklar istatistiksel olarak anlamlı değildi. Sonuç olarak, benign ve malign gruplar arasında istatistiksel olarak fark bulunmaması, ayırıcı tanıda bu parametrelerin kullanılmasının henüz uygun olmayacağı, fakat çalışmanın daha fazla sayıda örnek ve ilave parametrelerle tekrarlanmasında yarar olduğu kanaatindeydik. Anahtar Kelimeler: Plevral efüzyon, total tiyol, native tiyol ve tiyol disülfit
Triple negatif meme kanserinde elimusertib ATR inhibitörünün anti-kanser etkisinin belirlenmesi
GİRİŞ VE AMAÇ: Triple negatif meme kanseri (TNMK) heterojen yapıda diğer meme kanseri alt tiplerine göre daha agresif klinik seyre sahip ve bu nedenle mevcut tedavi seçeneklerine dirençli meme kanseri alt tipidir. Kanser hücrelerinde genomik kararsızlığı DNA hasar yanıtı ve onarım mekanizmalarının aktivitesine bağımlıdır. Bu nedenle son yıllarda kanser tedavisinde Ataksi telenjiektazi ve Rad3 ile ilgili (ATR) inhibisyonunu hedef alan yeni tedavi yaklaşımları dikkat çekmektedir. Mevcut tez çalışmasında ilk kez MDA-MB231 TNMK ve kontrol hücrelerinde bir ATR inhibitörü olan Elimusertib' in anti-kanser etkisinin belirlenmesi amaçlanmaktadır. GEREÇ VE YÖNTEM: Elimusertib'in MDA-MB-231 TNMK ve MCF-10A kontrol hücrelerindeki sitotoksik etkisi WST-1 analizi ile belirlendikten sonra, Annexin V, hücre siklusu analizleri ve akridin oranj/ propidyum iyodür boyaması ile apoptozda etkisi analiz edildi. Mitotracker boyaması ve intraselüler reaktif oksijen türlerinin miktarının belirlenmesi ile mitokondriyal hasar değerlendirildi. Ayrıca, western blot analizi ile ATR-Chk1 DNA hasar yanıtında ve apoptotik ölümde etkisi moleküler düzeyinde aydınlatıldı. BULGULAR: MDA-MB-231 ve MCF-10A hücrelerinde Elimusertib'in doza ve zamana bağlı olarak hücre canlılığını anlamlı bir şekilde azaltmıştır (p<0.05). Elimusertib'in TNMK hücrelerinde erken ve geç apoptotik ölüme, G0/G1 fazında tutulmaya ve mitokondriyal hasara neden olduğu belirlendi. Ayrıca, Elimusertib'in TNMK hücrelerinde ATR temelli DNA hasar yanıtını baskılayarak apoptotik ölüme neden olduğu protein düzeyinde analiz edildi. SONUÇ: Bu çalışmada ilk kez ATR inhibitörü olarak Elimusertib'in TNMK hücrelerinde anti-kanser etkisi belirlenmiştir. Bulgular, Elimusertib'in TNMK hücrelerinde ATR temelli Chk1 yolağını etkin bir şekilde inhibe ettiğini ve özellikle p53 mutant TNMK hastalarında yenilikçi bir tedavi seçeneği olabiliceğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler: DNA hasar yanıtı, ATR, Hücre siklusu, Apoptoz, Triple negatif meme kanseri.
ALS hastalarının regülatör T lenfositlerinde otofaji düzensizliğinin araştırılması
ÖZET Amaç: Nöroinflamasyon, amyotrofik lateral skleroz (ALS) hastalığının ayırt edici özelliğidir. Regülatör T hücreleri (Treg'ler), bağışıklık toleransı ve nöroinflamasyonun önlenmesinde önemli rol oynamaktadır. ALS hastalarında regülatör Thücresi ve FoxP3 proteininin ekspresyonunda önemli bir azalmanın gözlendiği gösterilmiştir. ALS'de FoxP3+ regülatör Thücresi kaybının ana nedeni bilinmemektedir. Bu çalışmada, ALS'de FoxP3+ regülatör T hücresinde otofaji düzensizliğinin rolü araştırıldı. Yöntem: Çalışmaya 23 ALS hastası ve 24 sağlıklı kontrol dahil edildi. Periferik kandan mononükleer hücreler (MNC'ler) elde edildi, ardından regülatör T hücreleri izole edildi. İzole edilmiş regülatör T hücreleri, FoxP3 ve LC3 antikorları ile boyandı ve hastalarda ve kontrollerde FoxP3+ regülatör T hücresindeki otofaji seviyelerini belirlemek için LC3 belirteci, akış sitometrisi ile incelendi. Bulgular: FoxP3+ LC3+ hücrelerinin ortalaması hastalarda ve kontrollerde sırasıyla 0,47 ve 0,45 idi. FoxP3+ LC3- hücrelerinin ortalaması hastalarda 0,15 ve kontrollerde 0,20 idi, p = 0,030 (p<0,05). Hastalarda ALSFRS-R düşüş oranı ile otofaji düzeyi arasında anlamlı bir ilişki saptanmadı. Ayrıca hızlı ilerleyen ALS hastaları ile yavaş ilerleyen ALS hastaları arasında FoxP3+ regülatör T hücresindeki otofaji düzeyinde anlamlı bir fark bulunmadı. Sonuç: ALS hastalarında FoxP3+ regülatör T hücresindeki aşırı otofaji seviyeleri, artan hücre ölümünün bir açıklaması olabilir ve nöroinflamasyonun kötüleşmesine ve hastalık başlangıcına neden olabilir. Ancak hastalığın ilerlemesi ile FoxP3+ regülatör T hücresindeki otofaji düzeyi ilişkili bulunmadı. Anahtar Kelimeler: ALS, Regülatör T hücreleri, Otofaji, Nöroinflamasyon
Mezenkimal kök hücrelerin in vitro kolon kanser hücre hatlarındaki etkisi
Mezenkimal kök hücre (MKH) kendini yenileme, plastik adherent ve multipotent özellikleri sebebiyle özel bir grup kök hücredir. MKH'ler birçok dokudan elde edilirler ve özellikle kordon kaynaklı dokulardan elde edilen MKH'ler, invazif olmayışlarından dolayı avantajlıdırlar. MKH'ler başlıca rejeneratif tıp alanında ve ayrıca kanser terapilerinde kullanımı konusunda birçok araştırma mevcuttur. Dünyada sıklığı bakımından üçüncü sırada yer alan kolorektal kanser (KRK) tedavisi hem hasta hem de sorumlu olan hekimler için oldukça zorludur. Çalışmamızda MKH'lerin KRK hücreleri (KRKh) üzerindeki terapötik etkisinin incelenmesi amaçlanmaktadır. Çalışmamızın amacı, KRK hücre hattı olarak HT-29 ve HCT-116 hücrelerinde, kordon kanı kaynaklı (KK-MKH) ve kordon dokusu olan Wharton jeli kaynaklı MKH (WJ-MKH)'lerin apoptotik etkisini incelemekti. 1/5 ve 1/10 (MKH:Kanser) hücre oranları ile 24 ve 72 saatlik inkübasyonlarda in vitro kültür olarak MKH'nin KRKh üzerindeki apoptotik etkisi araştırıldı. Aynı koşullarda sağlıklı periferal kan mononüklear hücreler kontrol grubu deneyi olarak oluşturuldu. İnkübasyon süreleri bittikten sonra Annexin/PI-FITC apoptoz metodu ile flow sitometrik analiz yapıldı. Hem WJ-MKH hem KK- MKH'lerde her iki KRKh'de, her iki oranda ve inkübasyon sürelerinde anlamlı (p<0.05) apoptotik etki gözlemlendi. Ayrıca ELISA yöntemi ile kaspaz-3 ve HTRA2/Omi protein değişimlerine bakıldı. Her iki hücre hattında 24 saat 1/5 oranının WJ-MKH terapisinin anlamlı (p<0.05) olarak daha yüksek olduğu tespit edildi. Bu veriler hem WJ-MKH'nin hem de KK-MKH'nin kolorektal kanserler için olası bir hücre tedavisi olabileceğini göstermiştir. Ayrıca ELISA ile yapılan çalışmalar hem mitotik hem de sitoplazmadaki apoptotik protein değişimlerini göstererek apoptozun indüklendiği yolaklar hakkında bilgi vermektedir.
Mezenkimal kök hücreler ve immun sistem arasındaki ilişkinin in vitro koşullarda değerlendirilmesi
Mezenkimal kök hücreler (MKH)'lerin klinik uygulamalarından önce hücrelerin immünmodülatör özelliklerinin belirlenmesi gerekmektedir. Çalışmamızda MKH'lerin immün sistem hücreleri tarafından salgılanan sitokinlere olan etkisinin belirlenmesi hedeflendi. Periferal kan mononükler hücreler (PKMH) ve MKH ko-kültür öncesi ve sonrası CD4+ T hücrelerin hücre içi sitokin seviyeleri (Interlökin-4 (IL-4), Interferon-γ (IFNγ), and Interlökin-17 (IL-17)) akım sitometri ile tespit edildi. Aynı zamanda Tümör büyüme faktörü (TGF)- β, IL-4, IL-17, IFNγ süpernatant sitokin seviyeleri ELISA ile ölçüldü. Çalışmamızda MKH'ler kordon kanı (KK) ve Wharton Jeli'nden (WJ) izole edilmiş olup plastik adherent olmaları mikroskopta ve yüzey belirteçleri (CD44 (%100), CD73 (%99,6), CD90 (%100), CD105 (%88)) akım sitometri yöntemiyle gösterilmiştir. Çalışmada, ko-kültür MKH/PKMH 1/5 ve 1/10 oranlarında, 24 saat ve 72 saat inkübasyon süreleri hem KK hem de WJ MKH'leri kullanıldı. Çalışmada KK-MKH'lerle stimule edilen PKMH'leri ko-kültür sonuçları kültür öncesiyle karşılaştırıldığında farklı immünmodülatör özellikler gösterdikleri bulunmuştur. Pro-inflamatuvar sitokinlerden IFNγ ve IL-17 hem KK-MKH hem de WJ-MKH ve PKMH ko-kültürü sonrası hücre içi seviyeleri artış gösterirken süpernatanttaki sitokin seviyeleri anlamlı derecede düşmüştür (p<0,05). Anti-inflamatuvar sitokinlerden IL-4'ün ko-kültür sonrası hücre içi seviyesi anlamlı derecede artarken süpernatantta anlamlı derecede azalmıştır (p<0,05). Anti-inflamatuvar sitokin olan TGF- β'ın ise süpernatanttaki seviyesi hem KK-MKH hem de WJ-MKH için anlamlı derecede azalmıştır (p<0,05). MKH ve immün sistem hücrelerinin interaksiyonu karmaşık bir süreci başlatmaktadır. Kordon kanı ve WJ-MKH ile PKMH'ler arasındaki ilişkilerin belirlendiği bu çalışma ile MKH'lerin uygulanma öncesi ve sonrasında pro-inflamatuvar ve anti-inflamatuvar özellikleri tespit edilerek en uygun MKH kaynağının seçilmesi ve immünmodülasyon etkilerinin belirlenmesi açısından klinik çalışmalara ışık tutacaktır.
Kemokin gen varyantlarının COVID-19 hastalık şiddeti üzerine etkisi
Tüm dünyada pandemi olarak ilan edilen COVID-19 hastalığının progresyonu ve tedavisi hakkında çok kapsamlı araştırmalar yapılmış ancak özellikle virüsün enfekte bireylerde farklı hastalık şiddetine neden olması durumu hala tam olarak açıklığa kavuşturulamamıştır. İmmün profilin virüse karşı oluşturulan yanıtta önemli olduğu ve özellikle kemokinlerin COVID-19 hastalığının şiddet seyrini belirlemede önemli rol oynadığı çalışmalarda gösterilmiştir. Biz de çalışmamıza 60 hafif, 59 şiddetli, 60 kritik COVID-19 hastası dahil ettik. MCP 1-A2518G, SDF-1-3'A, CCR5-delta32, CCR5-A55029G, CXCR4-C138T ve CCR2- V64I kemokin polimorfizmlerini inceleyerek bireylerde genetik olarak belirlenen immün sistem hücrelerinin virüse karşı oluşturduğu yanıtlar ile gelişen hastalık şiddet seyri arasında ilişki kurmayı amaçladık. Varyasyonların tespiti için polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)/Sanger dizileme analizi yapıldı. Çalışmamız sonucunda MCP-1- A2518G G alleli taşıyıcılarının kritik hasta grubunda oldukça sık gözlendiği, GA genotitipi hafif ve kritik hasta gruplarında karşılaştırıldığında kritik hasta grubunda önemli derecede yüksek olduğu görülmüştür. Benzer şekilde GA genotipi şiddetli hasta grubunda hafif hasta grubuna göre daha sık görüldüğü saptanmıştır. CCR2-V64I wt alleli için kritik ve hafif hasta grubu karşılaştırıldığında wt/wt genotipinin kritik hastalarda önemli ölçüde düşük olduğu görülmüştür. Benzer şekilde kritik ve şiddetli hasta grubu karşılaştırıldığında 64I/64I genotipinin kritik hasta grubunda anlamlı derecede yüksek olduğu gözlenmiştir. COVID-19 hastalığı şiddetiyle ilişkilendirdiğimiz diğer kemokin polimorfizmlerinde herhangi anlamlı bir sonuca ulaşamadık. Sonuç olarak çalışma verilerimiz MCP-1-A2518G ve CCR2-V64I polimorfizmlerinin COVID-19 hastalık şiddetinin artmasıyla ile ilişkili olduğunu göstermiştir. Bununla birlikte, farklı popülasyonlarda gen ekspresyon seviyelerine odaklanarak yapılan daha büyük çalışmalar, bu mekanizma rolünün daha iyi anlaşılmasına yardımcı olacaktır.
Kemik iliği nakli olan multiple myeloma hastalarında genetik/epigenetik farklılıkların araştırılması ve klinik parametrelerle karşılaştırılması
Sitokin sinyalleme-1'in (SOCS-1) baskılayıcısı, uygun bir bağışıklık tepkisini indükleme işlevi görür ve interferon sinyalleşmesinin temel bir fizyolojik düzenleyicisidir. DNA metilasyonu, sitozinin karbon 5 pozisyonuna bir metil grubunun eklenmesini içerir. Bu çalışmada, MM'li hastalar ile sağlıklı kontroller arasında SOCS-1 gen hipermetilasyonunun karşılaştırılması yanında, SOCS-1 gen varyant dağılımının ve ayrıca SOCS-1 hipermetilasyonunun progresyonsuz sağkalıma (PFS) ve genel sağkalım etkisinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Bu tez çalışmasına MM tanısı almış 120 hasta ve 80 sağlıklı birey dahil edildi. SOCS-1 genotiplerinin dağılımı, hastalar ve sağlıklı kontroller arasında istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Ayrıca bu genotiplerin sağ kalım üzerindeki istatistiksel olarak anlamlı etkileri incelendi.. SOCS-1'in CA/CA genotipi sağlıklı kontrollerde istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek bulundu (p=0,001), Del/Del genotipi ise MM'li hastalarda anlamlı olarak yüksek bulundu (p=0,034). SOCS-1 geninin yüzde metillenmiş referans (PMR) değeri sağlıklı kontrollerde anlamlı olarak daha yüksek bulundu (medyan: 43,48, aralık: 2,76-247,75; p=0,001). PMR değeri <43,48 olan hastalarda önemli ölçüde daha uzun PFS vardı (<43,48 %56 için, ≥43,48 %43 için; p=0,027). SOCS-1 polimorfizmlerinin MM ve SOCS-1 metilasyonunun patogenezine etkileri literatüre ışık tutacaktır. Anahtar Kelimeler: Multiple myeloma, SOCS-1, DNA metilasyonu, hayatta kalma, PCR-RFLP.
Allojenik kök hücre nakillerinde mikrobiyotanın etkisi: Engrafman ve GVHD
The Effect of Microbiota in Allogeneic Stem Cell Transplants: Engrafman and GVHD Allo- hematopoetik kök hücre nakli (HKHN) sonrası alloreaktif verici T hücreleri, deri, karaciğer, bağırsak, timus, merkezi sinir sistemi, yumurtalık veya testis dahil olmak üzere konağın hedef organlarına ve hematopoetik sisteme saldırabilir ve bu duruma akut graft-versus host hastalığı (aGVHD) adı verilir. İnsan vücudunda, genellikle "mikrobiyota" olarak adlandırılan çok sayıda mikroorganizma kolonize olmuştur. Allo-HKHN ile kullanılan ilaç tedavilerine bağlı olarak mikrobiyotanın değiştiği ve aGVHD gelişimi sırasında mikrobiyotanın hastalığın önemli bir düzenleyicisi olduğu bilinmektedir. Çalışmaya HKNH olmuş 25 hasta/verici dahil edilmiştir. Hastaların %16'sında nüks veya aGVHD geliştiği tespit edilmiştir. Alıcı ve vericilerde yüksek sıklıkta saptanan HLA (Human Leukocyte Antigen), alelleri; HLA-A*02:01, B*51:01, -C*06:02,-DRB1*15:01,-DQB1*03:01 'dir. Vericilerin bağırsak mikrobiyotasının %70'ini Firmicutes filumu oluştururken, %24'ünü Bacteriodetes filumu oluşturuyordu. Hastaların nakil öncesi bağırsak mikrobiyotasının %63'ünü Firmicutes filumu, nakil sonrası bağırsak mikrobiyotasının %54'ünü Firmicutes filumu olduğu saptanmıştır. Allo-HKHN öncesi alınan dışkı örneği ile engrafman sağlandıktan sonra alınan dışkı örneği karşılaştırıldığında, Roseburia (p=0,01), Bifidobacterium (p=0,05), Faecalibacterium (p=0,04) ve Dorea (p=0,05) cinslerinde istatistiksel olarak anlamlı azalma olduğu gözlemlenmiştir. Allo-HKHN'ni takiben aGVHD geliştiren hastalarda Enterococcus (p=0,3) cinsinde artış gözlenmiş, Geniş spektrumlu beta laktamaz (GBSL) pozitif olan hastalarda Klebsiella (p=0,4) cinsinin artmış olduğu gözlenmiştir fakat istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Bu tez çalışmasında alıcı/verici arasında mikrobiyota flora farklılıkları incelenmiştir. Ayrıca tam uyumlu HLA vericilerin de mikrobiyota ile ilişkisi ortaya konmuştur.
Oral skuamöz hücreli karsinomda ve risk taşıyan bireylerde PI3K ve wnt sinyal yolakları ile ilişkili miRNA ve proteinlerin biyobelirteç olarak araştırılması
Oral Skuamöz Hücreli Karsinom (OSHK) ağız skuamöz epitel hücrelerinden kaynaklanan malign neoplazmdır ve genellikle ileri evrelerde teşhis edilebildiği için kötü prognoz gösterir. 5 yıllık sağ kalım oranı %35-50'dir. Fankoni anemisi (FA) DNA tamir gen mutasyonlarına bağlı gelişen nadir bir kemik iliği yetmezliği sendromudur ve FA hastalarında genel popülasyona göre OSHK daha genç yaşlarda ve sık görülür. OSHK gelişme riski sigara içenlerde de yüksektir. Bu gruplarda gerek tanı, tedavi gerekse prognoz değerlendirmesi için kullanılabilecek biyobelirteçlerin tespit edilmesi önemlidir. PI3K ve Wnt OSHK moleküler patogenezinde rol oynayan önemli sinyal yolaklarındandır. Bu tez çalışmasının amacı; OSHK hastaları, FA hastaları ve sigara içenlerde PI3K ve Wnt sinyal yolakları ile ilişkili, miR-9, miR-34a, miR-196a'nın tükürük ekspresyon seviyelerinin ve survivin, CIP2A, β-katenin proteinlerinin serum düzeylerinin ölçülmesi ile OSHK açısından biyobelirteçlerin araştırılmasıdır. miRNA ekspresyon seviyeleri kantitatif PCR ile incelenmiştir. miRNA ekspresyon seviyeleri normalize edilerek; OSHK hastaları, FA hastaları ile sigara içen ve sigara içmeyen sağlıklı kontroller arasında karşılaştırılmıştır. Serum protein düzeyleri ELISA ile ölçülmüştür Çalışmamız OSHK hastaları ve FA hastaları ve sigara içenlerde PI3K ve Wnt sinyal yolakları ile ilişkili olabilecek miRNA ve proteinlerin araştırıldığı ilk çalışmadır. Verilerimize göre OSHK hastalarında kontrollere göre miR-9 ve miR-34a seviyeleri daha düşük bulunmuştur (p=0,01 ve p=0,012), miR-196a seviyelerinde anlamlı bir fark belirlenmemiştir (p>0,05). OSHK hastalarında miR-9 seviyesi lenf nodu metastazı ile ilişkili bulunmuştur (p=0,04). Sigara içen ve sigara içmeyen kontroller arasında miRNA seviye farklılığı belirlenmemiştir (p>0,05). FA hastalarında miR-9 ve miR-34 seviyeleri OSHK hastalarındaki gibi kontrollerden daha düşük saptanmıştır (p=0,017 ve p=0,014). OSHK hastalarında kontrol gruplarına göre Survivin ve CIP2A protein düzeyleri daha yüksek (p=0,04, p= p<0,001), β-katenin düzeyleri ise düşük bulunmuştur (p=0,034). Survivin ve miR-34a seviyeleri arasında negatif korelasyon belirlenmiştir (p=0,005). FA hastalarında OSHK hastaları ve sağlıklı kontollere göre survivin düzeyleri yüksek (p=0,01), β-katenin düzeyleri ise düşük saptanmıştır (p=0,008). miR-9 ve CIP2A'nın OSHK'da biyobelirteç olarak önemli olabileceği sonucuna varılmıştır. Sigara kullanımının survivin düzeylerini etkilediği görülmüştür. FA hastalarında miR-9, miR-34, survivin ve β-kateninin seviyelerinin OSHK gelişimi açısından değerlendirilerek takip edilmesi fayda sağlayabilecektir. Hasta sayıları arttırılarak çok merkezli sistematik çalışmaların yapılmasının sonuçlarımızı destekleyeceğini düşünmekteyiz.
Böbrek nakli sonrası gelişen BK virus enfeksiyonu ile kaveolin ve klatrin moleküllerinin arasındaki ilişkinin incelenmesi ve HLA doku tipi dağılımı
Sağlıklı insanlarda genellikle asemptomatik olarak seyreden BK virüs enfeksiyonu bağışıklık sistemi baskılanmış hasta grubunda farklı klinik tablolarla kendini gösterebilir. Böbrek nakli hastalarında BK Virüs reaktivasyonu %8 oranında BK Virüs nefropatisine ve tedavi edilmediği takdirde transplante böbrek kaybına yol açabilir. BK Virüs'ün de içinde bulunduğu Poliyomavirüs ailesinden birçok virüsün hücre içine transportunda Klatrin veya Kaveolar sistemin görev aldığı ve HLA moleküllerinin yardımcı reseptör görevi görebileceği bilinmektedir. Bu çalışmada BKV viremisi olan böbrek nakli hastaları, alınan böbrek biyopsisinde BKV nefropatisi saptanmasına göre iki gruba ayrıldı (Grup I: Viremi +, Nefropati+/ Grup II: Viremi+, Nefropati-) Her iki hasta grubu HLA doku tiplerinin uyumu ve HLA doku tipleri yönünden değerlendirildi. Böbrek biyopsilerindeki kaveolin-1 ve klatrin moleküllerinin dağılımı ve konsantrasyonu immünohistokimyasal boyama yöntemiyle incelendi. İncelenen 343 hastanın 42'sinde BKV viremisi mevcuttu. Alıcı ve verici arasındaki HLA uyumu viremi için önemli bir risk faktörü olarak saptanmazken, verici veya alıcıdaki bazı HLA allelerinin BKV viremisi veya virürisinde önem arz ettiği saptandı. Patolojik incelemeye alınan 31 örneğin anti-kaveolin-1 immunoglobulin ile yapılan immünohistokimyasal analizinde Grup-I ve Grup-II arasında boyanma yönünden istatiksel yönden anlamlı bir fark olduğu ve Grup-I de kaveolin-1'in boyanmasının az olduğu görüldü. Ancak benzer immünohistokimyasal analiz anti-klatrin ile yapıldığında Grup-I ve Grup-II arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark izlenmedi. Bu bulgular ışığında, BKV enfeksiyonu için belli bazı HLA tiplerinin risk faktörü olabileceği düşünebilir. Ayrıca kaveolin-1 ekspresyonunun BKV enfeksiyonunda böbrek tutulumu için koruyucu rol oynayabileceği düşünülebilir. Her iki verinin de geniş çaplı çalışmalarla doğrulanması gereklidir.
Madde kullanım bozukluğu olan hastalarda epigenetik farklılıkların araştırılması ve klinik parametrelerle karşılaştırılması
Madde kullanım bozukluğu (MKB), ülkemiz dahil tüm dünya ülkelerinin karşı karşıya kaldığı en önemli halk sağlığı sorunlarından biridir. MKB'nin oluşumu ve seyri farklı moleküler ile hücresel mekanizmalar, çevresel etmenler gibi faktörlere bağlıdır. Yapılan genetik ve epigenetik araştırmalar bazı genlerin MKB ile ilişkili olduğunu göstermiştir. Özellikle dopaminerjik yolaklarda rol oynayan genler MKB çalışmalarının odak noktası olmuştur. Çalışmamızda dopaminerjik sistemde etkili olan COMT geninin membran-bağlı (MB-COMT) formundaki Val158Met fonksiyonel varyantı ile MB-COMT metilasyon analizi ile dopamin reseptör geni olan DRD2 geninin -141C Ins/Del fonksiyonel varyantı ve DRD2 metilasyon analizi ile demografik ve klinik parametrelerin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Kontrol grubu olarak 102 birey ve MKB tanısı almış 218 birey çalışmada yer almıştır. Gen varyantlarının analizi için PCR-RFLP (Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi) metodu, metilasyon analizleri için MSP (Metilasyon-spesifik PCR) metodu kullanılmıştır. Sonuçların Pearson ki-kare testi ve Fisher Exact testi kullanılarak istatistiksel analizi yapılmış ve p<0,05 değeri istatistiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir. MKB grubu ve kontrol grubu karşılaştırıldığında COMT Val158Met ve DRD2 -141C varyantlarının genotip ve allel frekanslarında istatistiksel olarak anlamlı bir fark gözlenmemiştir (p>0,05). Ancak Val158Met varyantı Val/Met genotipi psikotik bulgu ek tanısı almış bireylerde istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek bulunmuştur (p<0,001). Val alleli taşıyıcılarında da çoklu madde kullanımı anlamlı düzeyde yüksektir (p<0,05). -141C varyantı Ins alleli ise ailede psikiyatik bir bozukluk olan bireylerde anlamlı düzeyde yüksek bulunmuştur (p<0,05). MB-COMT metilasyon analizine göre MKB bireylerin kontrol grubuna göre daha düşük metilasyon frekansına sahip olduğu saptanırken (p<0,001), DRD2 metilasyon analizine göre istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0,05). Sonuç olarak, COMT ve DRD2 fonksiyonel gen varyantlarının çeşitli klinik parametrelerle anlamlı derecede ilişkilere sahip oldukları ve MB-COMT'un hipometilasyonunun MKB için önemli bir faktör olabileceği bu çalışmada gözlenmiştir.
EGFR ve CTNNB1 gen varyant analizi ile sigara bağımlıları ve fankoni anemi hastalarında oral skuamöz hücreli karsinoma gelişme riskinin araştırılması
Oral skuamöz hücreli karsinom (OSHK) en yaygın görülen kanser tiplerinden biridir.Sigara kullanımı ve Fankoni anemisi (FA) OSHK gelişme riskini arttırmaktadır. Epidermal büyüme faktör reseptörü (EGFR) ve Kaderin ilişkili Protein Beta-1 (CTNNB1) genleri çeşitli kanserlerin gelişiminde etkili sinyal yolaklarında fonksiyon göstermektedir. Çalışmamızda EGFR rs845561 ve CTNNB1 rs3864004 gen varyantlarının OSHK gelişimindeki etkinliğini araştırmak ve OSHK riski taşıyan FA hastaları, sigara bağımlıları ile sağlıklı bireylerle karşılaştırmak amaçlanmıştır. Çalışmaya 29 OSHK hastası, 33 FA hastası, 20 sigara bağımlısı ve 20 sigara içmeyen sağlıklı bireyler dahil edilmiş, gen varyant analizleri Sanger Dizi Analiz yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. EGFR rs845561 TT genotipi evre 2 OSHK hastalarında daha az bulunmuştur (p=0,02), T allel frekansı ile tümör perinöral invazyon arasında ilişki gözlenmiştir (p=0,05). Lenf nodu metastazı olan OSHK hastalarında C allel frekansı düşük idi (p=0,001). OSHK geliştiren FA hastalarında T alel frekansının daha yüksek olduğu dikkati çekmektedir (p=0,03), yinesigara bağımlılarında TTgenotipi ağız hijyeni kötü olanlarda ve ağızda yara çıkması ile ilişkili bulunmuştur (p=0,01 ve p=0,01). CTNNB1 rs3864004 A allel frekansı OSHK hastalarında artmış tümör invazyonu(p=0,01)ve kemoterapi/radyoterapiye yanıtsızlık ile (p=0,04 ve p=0,03) ilişkili bulunmuştur. Lenf nodu metastazı olanOSHK hastalarında G allel frekansı daha düşük idi (P=0.05). Ağız hıjyeni kötü olan OSHK hastalarında GG genotipi daha az idi (p=0,012). FA hastalarında kontrol grubuna göre G allel frekansı daha düşük bulundu (p=0.02).Sonuç olarak EGFR rs845561 ve CTNNB1 rs3864004 gen varyantlarının OSHK gelişiminde, tümör invazyonu ve tedaviye yanıt verme ile anlamlı derecede ilişkili oldukları gözlenmiştir
Kolorektal kanserlerde HLA-G'nin doğal öldürücü İnhibitör Reseptörler ile etkileşiminin incelenmesi
İmmün sistem, konağı dış ve iç tehditlere karşı savunmakla görevli organize bir sistemdir. Tümör hücreleri de neticede kendi öz hücrelerimizdir ancak normal hücrelerden farklı olarak bazı yüzey antijenleri taşıyabilmekte ve bunlar immün sistem tarafından 'yabancı' olarak algılanıp immün yanıta yol açabilmektedir. Çoğu kanser hücresi immüniteden kaçabilmek için yüzey antijenleri sentezlemezler ya da azaltırlar, bu nedenle de konakçı tarafından ayrıştırılamazlar. Etkili bir immün takip yüzey antijenleriyle birlikte insan lökosit antijen (human leukocyte antigen (HLA)) ifadesi de gerektirmektedir. Tümör hücrelerindeki HLA antijenleri farklılıkları bu hücrelerin, doğal öldürücü (NK) hücrelerden kaçışına sebep olan bir mekanizma olarak öne sürülmüştür. Kolorektal kanser (KRK), HLA-G antijenlerinin hücre yüzeyinde artışı, NK hücre işlevlerinde bozulma ve immün sistemden kaçış gibi bireyin immün sisteminde çok sayıda değişikliklere neden olabilir. Bu durumun kötü prognoz üzerine etkisi olduğu sanılmaktadır. Çalışmamızda, periferik kan serumlarından ELISA yöntemi ile çözünebilir HLA-G (sHLA-G) seviyelerinin belirlenmesi ve tümörlü dokuda immünohistokimya (IHK) yöntemi aracılığıyla HLA-G ifadesinin kayıp ya da yokluğuna bakılması ve NK hücrelerinin öldürücü inhibitör reseptör (KIR) yüzey belirteçlerinin tümör dokusuna infiltrasyonuna bakılması amaçlanmıştır. Bu çalışmanın sonucunda, KRK'li hastalardaki HLA-G ve KIR belirteçleri ifadesinin artış gösterdiği gözlenmiş ve dolayısıyla KRK'de güçlü, bağımsız ve faydalı bir prognostik belirteç olabileceği düşünülmüştür. Hasta ve kontrol serumlarındaki sHLA-G seviyeleri arasında bir farklılık gözlenmemiştir. Sonuçlarımız HLA-G ve KIR belirteçlerinin gelecekteki immünterapötik yaklaşımlar için umut vaad edici bir hedef olabileceğini düşündürmektedir.
HLA-DR53 haplotiplerindeki PRKRAP1 psödogeninin akut lenfoblastik lösemi ile ilişkisi
Akut Lenfoblastik Lösemi (ALL) lenfoblastların anormal bir şekilde kontrolsüz ve aşırı çoğalmasından oluşur. Gen yeniden düzenlenmeleri, kromozom sayısındaki değişiklikler ve anormal karyotip ALL'de risk faktörleridir. Pek çok çalışmada İnsan Lökosit Antijen (HLA) genlerinin sınıf II gen bölgesine ait HLA-DRB4 alel ve homozigot sıklığının çocukluk çağı ALL'sinde erkeğe özgü olarak yüksek oranda olduğu gözlenmiştir. Çalışmamızda ALL hastalığının HLA-DRB4 alel sıklığı ve İnterferon İndükleyici Çift Zincirli Ribonükleik Asit Bağlayan Protein Kinaz A Psödogen 1 (PRKRAP1) ile ilişkisinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Ayrıca hasta ve sağlıklı grupta Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile PRKRAP1 psödogen pozitifliğinin incelenmesi ve HLA-DRB4 haplotiplerinin bir diğer belirteci olan Tek Nükleotit Polimorifizmi (SNP) rs2395185'in gerçek zamanlı PZR ile tanımlanması hedeflenmiştir. Çalışmamızda tüm grupta PRKRAP1 psödogen pozitifliği HLA-DRB4 haplotipine spesifik olarak gösterilmiştir. HLA-DRB4 alel ve HLA-DRB4 homozigot sıklığı çocukluk çağı ALL hastalarında erkeklerde anlamlı olarak yüksek bulunmuştur. rs2395185'in HLA-DRB4 haplotiplerine özgü olduğu saptanmıştır ve örneklerdeki HLA-DRB4 homozigotluğu SNP tiplemesi seviyesinde kanıtlanmıştır. Çalışmamızda, HLA-DRB4 homozigotluğu ve HLA-DRB4 belirteci ile ALL ilişkisinin temelinde HLA-DRB4 haplotiplerinde henüz karakterizasyonu yapılmamış ilave DNA'nın olabileceği düşünülmektedir. HLA-DRB4 haplotiplerine spesifik olarak tanımladığımız PRKRAP1 psödogeninin yeni tanımlanabilecek spesifik bir transkripsiyon haritasındaki moleküler mekanizması araştırılıp ALL ile ilişkisi belirlenebilir.
Ccdc84'ün nükleer lokalizasyon sinyal dizisinin karakterizasyonu ve histon proteinleri H2A1A ve H2A1H ile etkileşimlerinin araştırılması
Splaysing, pre-mRNA'ların yapısından intronların kesilip çıkartılması ve ardından ekzonların birleştirilerek olgun mRNA'ların oluşturulduğu kompleks bir mekanizmadır. Bu mekanizmada 300'den fazla protein görev almaktadır. Splaysing ile ilişkili proteinler nükleus, sitoplazma ve sentrozom gibi hücre içi bölgelerde lokalizasyon göstererek splaysingin düzenlenmesinin yanısıra kromatin yapılanması, transkripsiyon gibi farklı süreçlerde işlev göstermektedir. Anabilim Dalımızda, mikrosefalik primordial dwarfizm ile ilişkilendirilen CCDC84'ün fonksiyonunu aydınlatmaya yönelik çalışmalar kapsamında, nükleusa lokalize olduğunun ve splaysing mekanizmasında yer aldığının gösterilmesiyle birlikte histon proteinleri H2A1A ve H2A1H ile etkileşim içerisinde olabileceği ön verisine ulaşıldı. Bu tez çalışması ile CCDC84'ün nükleer lokalizasyon sinyal (NLS) dizisinin karakterizasyonu ve histon proteinleri H2A1A ve H2A1H ile etkileşimine yönelik ön verilerin test edilerek, fonksiyonunun daha ileri düzeyde anlaşılmasına katkı sağlayacak verilere ulaşılması amaçlanmıştır. CCDC84'ün NLS dizisinin karakterizasyonu immünofloresan yaklaşımı kullanılarak yapılırken, histon proteinleri H2A1A ve H2A1H ile olası etkileşimi immünopresipitasyon ve immünoblot yaklaşımları ile araştırıldı. Sonuç olarak, CCDC84'ün 18. ve 50. aminoasitler arasında yer alan ve iki farklı aminoasit kümesinden oluşan kanonikal bir NLS dizisi taşıdığı ve bu dizi üzerinde kanonikal nükleer transport mekanizması için kritik öneme sahip olan arjinin ve lizin aminoasitleri belirlendi. CCDC84'ün histon proteinleri H2A1A ve H2A1H ile arasındaki olası etkileşim doğrulanamadı ve bu etkileşimlerin yanlış pozitiflik olabileceği düşünüldü. Elde ettiğimiz bulgular, CCDC84'ün sentrozomda lokalizasyonunun gösterildiği literatürdeki son çalışmalar ile önem kazanırken, bu bulguların CCDC84'ün işlevlerinin anlaşılması sürecine önemli katkılar sağlayacağı kanaatindeyiz.
Gestasyonel diyabet hastalarında adiponektin ve asprosin düzeyleri
Gestasyonel diyabetus mellitus, gebelikte ortaya çıkan veya gebelikte tanısı konulan, anne ve bebek sağlığı üzerinde olumsuz etkiler bırakabilen bir glikoz metabolizması bozukluğudur. Adipoz doku kaynaklı bir hormon olan adiponektin birçok farklı etkisinin yanında karbonhidrat ve lipid metabolizmasının düzenlenmesinde önemli rol oynar. Adipoz dokudan salgılanan asprosin karaciğerden glikoz salınımını artırıcı ve β hücrelerinden insülin salgılanmasını olumsuz etkileyen bir hormondur. Bu çalışmada, gestasyonel diyabetus mellituslu hastalarda antidiyabetojenik etkili olarak değerlendirilen adinopektin ve diyabetojenik etkili asprosin seviyelerinin belirlenmesi ve hastaların klinik özellikleri ile karşılaştırılarak gestasyonel diyabetus mellitus patogenezindeki rollerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya Adıyaman Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum polikliniğinde Gestasyonel diyabetus mellitus tanısı almış 44 gebe ile 44 sağlıklı gebe olmak üzere toplam 88 birey dahil edildi. Serum adiponektin ve asprosin konsantrasyonlarının ölçümü insana özgü kitler kullanılarak ELISA yöntemi ile yapıldı. Ayrıca gruplar yaş, gebelik haftası, gravide, parite, abort ve vücut kitle indeksi kriterleri bakımından karşılaştırıldı. Gestasyonel diyabeti olan hasta grubunda normal gebelere göre serum adiponektin düzeyi istatistiksel olarak anlamlı derecede düşük bulundu (6,917± 3,515 mg/L ve 9,135 ± 4,258 mg/L p=0.0095). Serum asprosin düzeyleri Gestasyonel diyabetus mellitus grubunda kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı olmamakla birlikte yüksek bulundu (67,21 ± 57,83 ng/ml ve 47,08 ± 50,57 ng/ml, p=0,0933). Sonuç olarak adiponektin düzeylerindeki düşüş ile birlikte asprosin düzeylerindeki artışın gestasyonel diyabetus mellitus gelişmesinde risk faktörleri olabileceği kanısına varıldı.
Linalool'ün rifampisinin neden olduğu oksidatif hasar üzerindeki koruyucu etkisinin dalak dokusunda araştırılması
Dünya genelinde milyonlarca insanın tüberküloza yakalanması ve birçoğunun bu hastalıktan ölmesi küresel çapta önemli bir endişe kaynağı oluşturmaktadır. Rifampisin (RF), tüberküloz tedavisinde etkili bir ilaç olarak reçete edilmekle birlikte, uzun süreli ya da yüksek dozlarda kullanımı reaktif oksijen türlerinin (ROS) artışına yol açarak oksidatif stres (OS) ve toksik etkilere neden olabilmektedir. Bu nedenle bu çalışmada, RF kaynaklı dalak hasarında doğal bir antioksidan olan Linalool (LN)'un koruyucu etkiye sahip olup olmadığını araştırdık. LN, doğal olarak birçok bitkide bulunan ve antisedatif, antimikrobiyal, antioksidan, antitümöral ve antienflamatuvar etkileriyle bilinen bir monoterpendir. Çalışma kapsamında, 30 sağlıklı erkek Sprague-Dawley sıçan beş gruba ayrıldı: kontrol grubu, çözücü kontrol grubu (Dimetilsülfoksit - DMSO), RF grubu, LN grubu ve RF+LN grubu. Bu çalışmada, biyokimyasal ve OS parametreleri (HO-1, MDA, GSH) ile histolojik analizler için dalak dokuları ve kan örnekleri alındı. Çalışmamızda RF'nin MDA, HO-1 ve demir seviyelerini anlamlı düzeyde artırdığı, GSH seviyesini ise azalttığı gözlemlendi. RF ve LN birlikte uygulandığında MDA, HO-1 ve demir seviyelerinde anlamlı düşüşler, GSH seviyesinde ise anlamlı artış ve histolojik olarak iyileşmeler tespit edildi. Bulgularımız, LN'nin RF kaynaklı dalak dokusu hasarını önleyerek koruyucu bir etki gösterdiğini ortaya koymuştur. Sonuçlarımız, LN'nin antioksidan ve antiinflamatuvar özellikleri sayesinde dalakta RF kaynaklı OS'yi inhibe ederek doku hasarını iyileştirdiğini ve bu nedenle OS ile ilişkili hastalıkların tedavisinde destekleyici bir ajan olarak kullanılabileceğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Rifampisin; Oksidatif stres; Dalak; Heme oksijenaz-1; Linalool
Ratlarda Pb asetata bağlı karaciğer toksisitesinde naringinin muhtemel koruyucu etkisinin araştırılması: Deneysel bir çalışma
Pb çevresel bir toksin olarak günlük hayatımızın her evresinde karşımıza çıkmaktadır. Pb ihtiva eden maddeler canlılar üzerinde birçok zararlı etkiye sahiptir. Doğal bir bileşik olan naringin birçok bitkinin yapısında yer almaktadır. Naringinin hayvan metabolizması üzerine antioksidan, antikanserojen ve antilipidemik gibi birçok faydalı etkileri vardır. Bu çalışmada, Pb asetata maruz kalan Rat karaciğer dokularında naringinin lipit peroksidasyon, Pb düzeyleri ve karboksil esteraz enzim aktiviteleri üzerine etkileri, Enzimatik aktivasyon ve Non-enzimatik aktivasyonların tayini, Biyokimyasal bulgular, Element analizleri, Histolojik bulgular, Gen ekspresyonları ile İmmünohistokimyasal bulgulardan NF-κB ve Tnf- α'nın ekspresyon düzeyleri araştırıldı. Çalışmada Kontrol gurubu (K), Pb asetat (P) gurubu, Naringin (N) gurubu ve Pb asetat + Naringin (PN) gurubu oluşturuldu. Her gurupta yetişkin 7 erkek Rat olmak üzere 28 erkek Rat kullanıldı. Naringinin gün aşırı orogastrik olarak 40 mg/kg düzeyinde uygulamaları yapıldı. Ratların karaciğer dokularında malondialdehit (MDA), Pb düzeyleri ve CaE enzim aktivite düzeyleri, NF-κB ve Tnf- α düzeyleri, ALT ve AST değerleri, Karaciğer dokusundaki histopatolojik değişiklikler, mineral madde düzeylerinin tespiti yapıldı. P grubu MDA düzeyi K grubuna göre arttı (p<0.001). P grubu MDA düzeyinin ise PN grubunda azalmanın olduğu gözlendi (p<0.01). P grubu Pb düzeyi diğer gruplara göre en yüksek düzeyde tesit edildi (p<0.001). K gurubu CaE enzim aktiviteleri P grubuna göre nispi azalma olduğu gözlenirken (p>0.05), PN grubu CaE enzim aktivitesi P grubuna göre arttığı tespit edildi (p<0.001). Karaciğer NF-kB ve Tnf-α mRNA ekspresyon düzeyleri Real Time PCR ve immunhistokimya ile belirlenmiştir. Buna göre mRNA ekspresyon ve immunhistokimya düzeyleri naringin verilen gruplarda azaldığı, Pb grubunda ise arttığı tespit edilmiştir. Sonuç olarak, Pb asetatın oluşturduğu oksidatif strese karşı naringinin karaciğer dokularında koruyucu etkileri olduğunu düşünmekteyiz. Anahtar Kelimeler: Pb asetat; Naringinin; NF-κB; Tnf- α; Karboksil esteraz
Naringinin kurşun asetat ile indüklenmiş nefrotoksisite üzerine olan etkisinde PI3K/AKT yolağının rolü
Kurşun (Pb), çevrede yaygın bulunan ve endüstriyel alanlarda yoğun kullanılan toksik bir ağır metaldir. Kemik ve dişlerde depolanarak kronik maruziyette başta sinir sistemi ve böbrekler olmak üzere çoklu organ disfonksiyonuna yol açar. Naringin (N) ise özellikle turunçgillerde bulunan, antioksidan özelliklere sahip bir flavonoiddir. Bu çalışmanın amacı, Pb kaynaklı böbrek hasarında N'nin koruyucu etkisini ve bu etkinin PI3K/Akt sinyal yolağı ile ilişkisini; gen ekspresyon düzeyleri, antioksidan savunma sistemi, biyokimyasal göstergeler, element düzeyleri ve histopatolojik bulgular üzerinden değerlendirmektir. Çalışmada Wistar sıçanlar kontrol, N, kurşun asetat (PbAc) ve PbAc + N gruplarına ayrıldı. Böbrek dokuları element analizi, enzimatik ve non-enzimatik aktivite ölçümleri, PI3K ve Akt1 gen ekspresyonu, histopatolojik ve immünohistokimyasal incelemeler için; kan örnekleri ise biyokimyasal parametreler için intrakardiyak olarak alındı. PbAc grubunda kreatinin, üre, Mn, Pb, Mg, AChE, GST, MDA düzeyleri ve PI3K/Akt1 ekspresyonu artarken; Cu, Fe, Zn, Ca, CaE ve GR aktiviteleri ile GSH düzeyi kontrol grubuna kıyasla azaldı. PbAc + N grubunda ise bu değişikliklerin belirgin biçimde tersine döndüğü ve PbAc'ye bağlı böbrek yapısal hasarında iyileşme olduğu saptandı. Ayrıca böbrek dokusunda PI3K ve Akt1 immünoreaktivitesi PbAc grubunda diğer gruplara kıyasla yüksek olarak bulundu. Bulgular, PbAc'nin ROS aracılı PI3K/Akt aktivasyonu üzerinden oksidatif stres, esansiyel element dengesizliği ve histopatolojik hasar oluşturduğunu; N'nin bu süreçleri baskılayarak nefrotoksisiteyi anlamlı ölçüde azalttığını göstermektedir. N, PbAc kaynaklı böbrek hasarına karşı umut verici bir terapötik aday olup, klinik doğrulama için ileri çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Kurşun asetat; Naringin; Nefrotoksisite; PI3K/AKT yolağı
Subakut tiroidit hastalığında MIR375 ve MIR451a genlerinin ifade düzeylerinin araştırılması
Subakut tiroidit (SAT), tiroid ağrısının en yaygın nedenidir. SAT, kadınlarda erkeklere göre daha yüksek bir sıklık ile yıllık 100.000 bireyde ortalama 12.1 vakalık bir insidansa sahiptir. Mikro RNA (miRNA)'lar gen ifadesinin negatif düzenleyicileri olan endojen kısa tek sarmallı kodlanmayan RNA'lardır. Gen ifadesinin transkripsiyon sonrası düzenlenmesinde önemli bir rol oynarlar. Bu çalışmada dolaşımdaki iki miRNA'nın (MIR451A ve MIR375) ifade düzeylerinin SAT hastalığının tanı ve takibinde bir parametre olarak kullanılıp kullanılamayacağını araştırmayı amaçladık. Bu çalışmaya SAT tanısı konulan 50 hasta ve 41 sağlıklı birey dahil edildi. miRNA'ların ifade düzeyleri kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) yöntemi ile belirlendi. miRNA'ların ifade verileri 2-ΔΔCt yöntemi ile hesaplandı. miRNA ifadesinin istatistiksel önemi t-testi ile değerlendirildi. MIR375-3p'nin ifade düzeyinin SAT hastaları ve sağlıklı kontroller arasında farklılık göstermezken (p>0.05), MIR451A'in ifade düzeyinin SAT hastaları ve sağlıklı kontroller arasında farklılık gösterdiği saptandı (p=0.049). Her iki MIR375-3p ve MIR451A ifade düzeylerinin, farklı hastalık evrelerinde (hipertiroidi, ötiroid, hipotiroidi) değişkenlik göstermediği belirlendi (p>0.05). SAT hastalarının klinik özellikleri ile MIR375-3p ve MIR451A'nın ifade düzeyleri arasında yapılan korelasyon analizinde de herhangi bir ilişkiye rastlanmadı. Sonuç olarak bu çalışmada dolaşımdaki MIR451A'nın ifade düzeyinin SAT hastalarında daha düşük olduğu saptandı ki bu durum MIR451A'nın SAT hastalığının patogenezinde etkili olabileceğini düşündürmektedir. Anahtar Kelimeler: Subakut Tiroidit, MIR451A, MIR375
İmatinib-dirençli lösemik hücrelerin atimik farelerde in vivo izlenmesi, histopatolojik analizi ve lösemik kök hücre belirteçleri açısından değerlendirilmesi
Kronik Myeloid Lösemi, insanda 9. ve 22. kromozomların uzun kolları arasında gerçekleşen karşılıklı translokasyon sonucu oluşan hematopoetik klonal bir kök hücre hastalığıdır. Bu translokasyon sonucu ortaya çıkan füzyon protein, lösemik kuşakların genişlemesini sağlayan sürekli bir tirozin kinaz aktivitesi gösterir. Hedefe yönelik tirozin kinaz inhibitörlerinden biri olan İmatinib, bu füzyon proteinin enzimatik aktivitesini engeller ancak uzun dönemde hastalar bu moleküle karşı sekonder direnç geliştirir. Projemizin amacı, imatinib-dirençli K562-Ir hücrelerinin, hücre davranışı ve tümör oluşturma kapasitesinin değerlendirilebilmesi için, atimik farelere subkutan yolla atasal ve imatinib-dirençli hücrelerin aşılanarak, canlı sistemdeki davranış farklarının araştırılmasıdır. Atasal ve imatinib-dirençli hücreler lusiferaz geni ve yeşil floresan protein geni içeren bir lentivirüs ile in vitro işaretlenmesi amacıyla stabil transdüksiyon deneyleri yapılmıştır. İşaretlenen bu iki hücre populasyonu, imatinib varlığı yada yokluğunda, Balb-c/ Nude farelere subkutan olarak aşılanmıştır. Deney süresince belirli aralıklarla lusiferaz assay yapılarak, IVIS görüntülemede biyolüminesans ölçümler alınmış ve kıyaslanmıştır. Sonuç olarak, imatinib dirençli hücrelerimizin lentivirüs ile stabil transfeksiyonunda zamanla puromisine dirençli alt populasyonların ortaya çıktığı, in vivo atimik nude farelerde dokuda lokalize olmak yerine yayılım göstererek atasal hücrelere oranla daha farklı davranış sergilediği sonucuna varılmıştır. Bulgularımızın, KML biyolojisinde ilaç dirençli hücre populasyonlarının biyolojisinin anlaşılmasına katkı sağlayacağını düşünmekteyiz. Anahtar kelimeler; kronik myeloid lösemi, imatinib, ilaç direnci, lösemik kök hücre, tümörojenez
Tıp Fakültesi öğrencilerinin genetik okuryazarlık konularına yönelik tutumlarının incelenmesi
Bu araştırma Tıp Fakültesi öğrencilerinin genetik okuryazarlık konularına yönelik tutumlarının incelenmesi amacı ile yapılmıştır. Araştırma evrenini Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi Tıp Fakültesinde okuyan 946 öğrenci belirlemekte olup; çalışmaya katılmayı kabul eden ve ulaşım sağlanan 305 öğrenci ile tamamlanmıştır. Veriler, araştırmacı tarafından Tanıtıcı Bilgilendirme Formu, Genetik ve Genetik Uygulamalarına Yönelik Tutum ve Anlayış Ölçeği aracılığı ile online (whatsapp) uygulaması ile toplanmıştır. Tıp fakültesinde okuyan öğrencilerin genetik okuryazarlık konusunda bilgileri çeşitli değişkenlere (cinsiyet, yaş, sınıf, gelir düzeyi ve genetik konusunda eğitim alıp almama durumu) göre araştırılmıştır. Verilerin analizinde SPSS 20 (Statistical Package for Social Science) paket programı kullanılmıştır. Araştırmada anlamlılık düzeyi p<0.05 olarak kabul edilmiştir. Çalışma grubunda bulunan tıp öğrencilerinin %51.50'sinin kadın, %66.23'ünün 20-23 yaş aralığında olduğu, %25.60'ının 3. Sınıf öğrencisi olduğu, %75.40'ının gelirinin giderine eşit olduğu ve %68.50'sinin genetik konusunda eğitim almadığı gözlemlenmiştir. Araştırmada öğrencilerin genetik okuryazarlık konularına yönelik bilgi düzeylerinin yetersiz olduğu gözlemlenmiş; tıp öğrencilerinin genetik okuryazarlık konularına ve genetik uygulamalarına yönelik tutum ve anlayış ölçeği puan ortalamaları ile cinsiyet, yaş, gelir durumu, sınıf düzeyi ve genetik konusunda eğitim alma durumu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki olduğu bulunmuştur (p<0.05). Araştırma sonuçları değerlendirildiğinde; genetik eğitimin yetersiz olmasının, genetik okuryazarlık oranını düşürdüğü gözlemlenmiş; kapsamlı eğitim programlarının yeniden düzenlenmesi ile genetik okuryazarlığın arttırılabileceği kanaatine varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Genetik okuryazarlık, tıp fakültesi öğrencileri, anlayış, tutum
COVID-19 hastalarında ACE gen polimorfizminin belirlenmesi
The causal factor behind the respiratory illness COVID-19 is the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). This virus poses one of the most formidable challenges to human health in recent centuries, given its high morbidity and mortality rates. In March 2020, the international proclamation by the World Health Organization designated the worldwide dissemination of COVID-19 as a pandemic. The SARS-CoV-2 virus demonstrates an increased proclivity for binding to the angiotensin-converting enzyme-2 (ACE2) receptor. ACE2 and angiotensin-converting enzyme-1 (ACE1) are integral components of the renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) and play a pivotal role in preserving local tissue homeostasis. In the current research, we investigated the ACE I/D (Insertion/Deletion) polymorphism in a total of 141 participants, the sample set of 100 COVID-19 patients and 41 healthy controls employing the polymerase chain reaction technique. The research examines the potential link between ACE genetic variations and the intensity of symptoms caused by SARS-CoV-2. This study aimed to evaluate the association of angiotensin-converting enzyme (ACE1) gene Insertion/Deletion (I/D) polymorphism (rs1799752) with the COVID-19 severity. The mean age of the participants was 49.5 years (ranging from 17 to 94). The data analysis revealed that the p-value to be 0.989 when comparing ACE gene polymorphism in the patient cohort to the control group, hence statistically non-significant. A potential limitation of this study was the relatively small sample size. In summary, no discernable correlation was detected between the I and D allele polymorphism in ACE gene and the severity of symptoms in SARS-CoV-2 patients within the population studied. Keywords: ACE gene, gene polymorphism, Covid-19, angiotensin converting enzyme
COVID-19 hastalarında MTHFR gen polı̇morfı̇zmı̇nı̇n belı̇rlenmesı̇
The Covid-19 pandemic denotes an exceptionally transmissible illness originating from the SARS-CoV-2 virus, a recent inclusion within the coronavirus lineage. It was first identified in December 2019 in Wuhan, a city located in the Hubei province of China. The rapid spread of this illness across international borders led the World Health Organization (WHO) to officially declare it a global pandemic in March 2020. In the scope of this academic research endeavor, our main objective was to examine the effects of genetic variations within the methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) gene C677T in individuals affected by COVID-19. A cohort comprising 140 participants including 99 Covid-19 patients and 41 healthy control was procured from Tokat Government Hospital, subsequently transported to the Faculty of Medicine, and subjected to comprehensive analysis within the laboratory facilities of the Department of Medical Biology. The investigative procedures involved DNA isolation, employing a series of methodologies, including Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) techniques. The obtained results were subsequently visualized through Gel Electrophoresis, facilitating the identification of genetic variants. The primary objective of this analytical endeavor was to discern potential correlations between the Methylenetetrahydrofolate Reductase (MTHFR) gene C/T polymorphism (rs1801133) with the severity of Covid-19 manifestations with a p-value less than 0.05. Significantly, a discernible proportion of our results, precisely 42.86%, demonstrated statistical significance in the comparisons of genotypes between the Control group and patients, as well as between mild and inpatient cases in Turkish population. The calculated p-values for these respective genotype comparisons were 0.0154, 0.0222, and 0.0204.
COVID-19'da protrombı̇n polı̇morfı̇zmı̇nı̇n belı̇rlenmesı̇
The COVID-19 pandemic, caused by the SARS-CoV-2 virus, has led to global health, societal, and economic concerns. The virus attaches to ACE2 receptors in various tissues, initiating illness. A heightened immune response plays a crucial role, and severe cases may involve a cytokine storm. The exact pathophysiological mechanisms and the impact of genetic polymorphism on disease progression remain unclear. Clinical manifestations vary, with thrombotic events linked to the genetic polymorphism Factor II G20210A in prothrombin, a key coagulation component. The aim of this study was to investigate the correlation between the G20210A polymorphism (rs1799963) of the prothrombin gene and the development of severe symptoms in individuals infected with SARS-CoV-2. A cohort comprising 100 COVID-19 patients was enrolled for this investigation, and genotyping of the prothrombin G20210A polymorphism was performed using Polymerase Chain Reaction Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) analysis. The frequency of the G20210A polymorphism was compared among the three groups, and associations with clinical outcomes were examined. The results of our study revealed that all patients exhibited the GG genotype. This observation implies that, within this particular patient cohort, the presence of the prothrombin G20210A polymorphism is not associated with the severity of COVID-19.
Kronik obstrüktif akciğer hastalığında hücresel yaşlanma ve sistemik inflamasyonla ilişkili gclc gen polimorfizminin araştırılması
Kronik obstrüktif akciğer hastalığı (KOAH), solunum yolu inflamasyonları ile karakterize edilen, yüksek morbidite ve mortaliteye sahip ve sıklığı yaşla artan, yaygın bir akciğer hastalığıdır. Antioksidan savunma mekanizması, reaktif oksijen türleri (ROS) ve inflamasyon arasındaki etkileşimler, hücresel yaşlanma nedeniyle değişikliğe uğradığında akciğerlerin homeostazının bozulmasına yol açar. Glutamat-sistein ligaz (GCLC), hava yolu epitelini hasarlardan koruyan ve akciğerde önemli bir antioksidan olan glutatyonun (GSH) sentezi, modifikasyonu ve aktivasyonunda önemli bir role sahiptir. Bu çalışmanın amacı, KOAH tanısı alan hasta grubunda GCLC geni G>C (rs600033) polimorfizmini karakterize etmektir. Bu çalışmada, 117 KOAH Hastası (59 Stabil KOAH (Grup 1), 58 Akut Alevlenme (Grup 2)) ve 115 sağlıklı kontrolün DNA'ları polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (RFLP) testleri ile analiz edilmiştir. İstatistiksel analizler ki-kare testi kullanılarak yapılmıştır. GCLC geni G>C (rs600033) polimorfizminin allel ve genotip dağılımları KOAH hastaları ve sağlıklı kontroller arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark göstermemiştir (p>0.05). Fakat KOAH hastalarının gruplandırılması ile yapılan analiz sonucunda, Akut Alevlenme hastaları ile kontrollerin GCLC geni G>C (rs600033) polimorfizminin genotip dağılımları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark olduğu, CC genotipine kontrollerde daha sık rastlandığı tespit edilmiştir (p=0.037, OR 0.44, %95 Cl: 0.19-0.95). Sonuç olarak, Türk populasyonunda GCLC geni G>C (rs600033) polimorfizminin KOAH hastalarında Akut Alevlenme için bir risk oluşturabileceği bulunmuştur.
Böbrek kanserinde WAVE11 gen ekspresyon düzeyinin analizi
Cancer is characterized by uncontrolled cell proliferation and is clearly the most destructive groups of human pathology. Renal cancer was previously thought to exist as a single illness, but it is currently recognized as several distinct cancer types that develop from kidneys, any one of them vary from histological features, disease progression, treatment responses, and genetic basis factors. Several of risk factors influenced renal cancer, involving lifestyle factors, medical condition factors, environmental factors, as well as genetic factors. The WASP family member 1 (WASF1) gene codes for WASP verprolin-homologous protein1 (WAVE1) which is an essential actin cytoskeleton control protein that is highly abundant in the brain. Particularly, WAVE1 is one of the subunits of the WAVE regulatory complex (WRC) that permits activation of the complex of the actin-related protein 2/3 (ARP 2/3) and results in inducing the polymerization of actin that is important in diverse cell events like cellular migration and cellular adhesion. In this paper, we looked at the WAVE1 (also known as WASF1) expression levels within renal cancer. For our work, 11 tissue samples of renal cancer as well as 11 healthy renal tissue samples from the same patient were evaluated. The renal cancer tissues were composed of 6 samples at stage I, 4 samples at stage III, and 1 sample at stage II. To analyze the WAVE1 gene expression level in renal cancer and healthy tissues of any samples, we employed the quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) method. The findings of this study exhibited that the level of WAVE1 gene was overexpressed in renal cancer tissue samples compared with healthy tissues (Fold change=5.08), which was statistically significant (p = 0.030). As a result, with all of these data, our research findings recommend that the WAVE1 gene does have a significant role in renal cancer progress and growth. Key Words: Actin Cytoskeleton, Kidney Cancer, qRT-PCR, WAVE1.
Böbrek kanserinde WAVE3 gen ekspresyonunun analizi
, xi + 60 pages Cancer is a disease distinguished by uncontrollable cell proliferation that can develop in almost any organ or tissue, such as the kidney. Kidney cancer is a complex illness. Multiple distinct subtypes of kidney cancer develop in the kidney's cells; these subtypes vary in their histology, clinical manifestations, therapeutic responses, and underlying genetic causes. The Wiskott-Aldrich syndrome protein family verprolin homologous protein 3 (WAVE3) gene, whose official name is WASP family member3 (WASF3), belongs to the WASP-WAVE family and is an actin cytoskeleton remodeling protein. WAVE3 is required for many regulatory functions in cells, including organizing cell shape, regulating actin-filament polymerization of the cell membrane, motility, migration, and cell metastasis. Furthermore, it is associated with cellular proliferation and cytokinesis. Nonetheless, WAVE3 has a major function in cancer cell invasion and metastasis. Thus, it acts as a metastasis-enhancing protein. This present investigation on the Turkish population is the first to examine the relationship between the WAVE3 gene and kidney cancer. The aim of present study was to determine the expression level of the WAVE3 gene in kidney cancer tissues relative to healthy tissues. The study involved 11 kidney cancer tissues and 11 healthy tissues from the same participants. The gene's expression level was measured by the quantitative real time polymerase chain reaction technique (qRT-PCR). According to the findings of the present study, there is no difference in WAVE3 gene expression in kidney cancerous tissues when compared with healthy tissues (fold change = 0.93), and regarding this finding, statistically, no significant correlation was found (p = 0.87). Accordingly, further studies with large samples are needed to analyze and clearly understand the WAVE3 expression level relationship to kidney cancer. Key Words: Kidney cancer, Real-Time PCR, WAVE 3.
Böbrek kanserinde actr2 gen ekspresyonunun belirlenmesi
Kidney cancer, particularly renal cell carcinoma (RCC), poses a significant health challenge globally, with its incidence steadily rising. Understanding the molecular mechanisms underlying its pathogenesis is crucial for developing targeted therapies. Among the multitude of genes implicated in kidney cancer, the Actin-Related Protein 2 (ACTR2) gene has lately received attention for its potential role in tumor development and disease furtherance. ACTR2 is an important member of the actin-related protein (ARP) group that participates in several cellular activities like cytoskeletal dynamics, intracellular transport, and gene expression control. The study aim to explore the functional implications of ACTR2 dysregulation in kidney cancer, highlighting its role in tumor cell proliferation, invasion, and resistance to conventional therapies. The study used quantitative Real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) to analyse gene expression rates in 11 cancer and 11 normal tissue samples from the kidney of the same patient. The research indicated a 1.206-fold elevation in ACTR2 gene expression in kidney cancer tissue samples relative to normal kidney tissues; however, this increase did not reach statistical significance (p = 0.234). Accordingly, we believe that further studies with large samples are needed to analyze and understand the ACTR2 expression level relationship to kidney cancer.
Böbrek kanserinde ARPC1A gen ekspresyonunun belirlenmesi
Renal cell carcinoma (RCC), in particular, is an important medical issue that is becoming more commonplace worldwide. Developing targeted therapeutics requires an understanding of the molecular pathways behind the disease's etiology. The ARPC1A gene is one of many genes linked to kidney cancer; however it has lately come to light due to its possible involvement in carcinogenesis and the advancement of the disease. Protein linked to actin the actin-related protein (ARP) family, which includes Subunit1A, is also known by the shortened form ARPC1A. This family of proteins is essential to many cellular functions, like the control of gene expression, intracellular transport, and cytoskeletal dynamics. The ARPC1A gene, located on chromosome 7q22.1, encodes the ARPC1A protein, a crucial component of the ARP2/3 complex. In order to enable cytoskeletal rearrangements that support cell motility, shape maintenance, and membrane dynamics—activities that include endocytosis, cell-cell adhesion, and cell motility—the ARP2/3 complex is a crucial regulator of actin filament nucleation and branching. This research analyzed gene expression rate samples in 11 effected cells and 11 control cells from the kidney of the same patient using quantitative reverse transcription PCR. In comparison to normal kidneys, the study found that kidney cancer tissue samples had 1.14 -fold higher ARPC1A gene expression; however, this increase is not statistically significant (p = 0.75). This abstract discusses the role of the ARPC1A gene in kidney cancer.
Böbrek tümörlerinde RHEB geninin ekspresyon düzeyinin analizi
Böbrek kanseri, böbrek dokusundaki hücrelerin değişime uğrayarak anormal derecede büyümesi ve kontrolsüzce çoğalmasıdır. Böbrek kanseri, son yıllarda dünya genelinde en sık görülen kanser türleri arasında yer almaktadır. Beyinde Zenginleştirilmiş Ras Homoloğu (RHEB), hücrelerin büyümesini ve hücre döngüsünü kontrol eden, insanlarda ve diğer memelilerde bulunan bir GTP- bağlayıcı proteindir. RHEB proteini, memeli Rapamisin Hedefi (mTOR) sinyal yolunun anormal aktivasyonuna katkıda bulunmasının yanı sıra insülin/TOR/S6K sinyal yolunun merkezinde de yer alır. Çalışmamızın amacı, böbrek tümöründe RHEB geninin mRNA ekspresyon düzeylerinin kontrol böbrek dokusuna oranla böbrek tümörlerindeki değişikliklerini incelemektir. Çalışmaya üroloji polikliniğine başvuran böbrek kanseri tanısı almış 11 hasta dahil edildi. Çalışma grubu olarak böbrek tümör dokusu ve kontrol grubu olarak aynı hastaya ait sağlıklı böbrek dokusu kullanıldı. Gen ekspresyon seviyeleri SYBR Green Temelli Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (qRT-PZR) ile belirlendi. RHEB geninin böbrek kanseri hücrelerindeki mRNA ekspresyon düzeyinin kontrol grubuna göre azaldığı bulunmuştur ancak bu azalışın istatistiksel olarak anlamlı olmadığı saptanmıştır (p=0,083). RHEB geninin böbrek kanseri gelişimi ve ilerlemesi üzerindeki rolünü anlamak amacıyla yapılan çalışmalar, gelecekteki araştırmalara önemli bilgiler sağlayabilir. Anahtar Kelimeler: Böbrek Tümörü, mTOR, RHEB, qRT-PZR
Böbrek hücreli karsınomda ACTR3 gen ekspresyonunun analizi
Renal cell carcinoma (RCC), in particular, is a major health concern that is becoming more commonplace worldwide. Developing targeted therapeutics requires an understanding of the molecular pathways behind the disease's etiology. The Actin-Related Protein 3 (ACTR3) gene has drawn interest among the many genes linked to kidney cancer because of its possible involvement in tumor growth and disease progression. A crucial component of the actin-related protein (ARP3) group, ACTR3 is involved in a number of biological processes including intracellular transport, cytoskeletal dynamics, and gene expression regulation. The purpose of the study is to compare the role of ACTR3 gene expression level between renal cell carcinoma tissue and control renal tissue. Quantitative Real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) was employed in the study to analyze gene expression. The study analyzed gene expression levels by examining ten renal carcinoma tissue samples and ten corresponding control renal tissue samples, both collected from the same group of patients using quantitative Real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR). The research demonstrated a fold change with 1.147 in ACTR3 gene expression in kidney cancer tissue samples relative to normal kidney tissues; however, this increase did not meet statistical significance, since (p = 0.578). Therefore, we think that more research using larger sample sizes is necessary to examine and comprehend the connection between kidney cancer and ACTR3 expression levels.
Facioscapulohumeral musküler distrofi'de DUX4/ β-katenin/ PAX3-7 protein düzeylerindeki farklılıkların ve birbirleriyle etkileşimlerine östrojenin etkisinin araştırılması
Amaç: Fasioskapulohumeral Distrofi(FSHD)'de bulguların erkeklerde kadınlara göre erken yaşta başlayarak hızlı ilerlemesi, kadınlarda menapoz sonrası hastalığın ağırlaşması dikkati çekmiş; bu gözlemlerden yola çıkılarak östrojenin kilit rol oynayabileceği düşünülmüş, FSHD patofizyolojisinde östrojenin rolünün araştırılması amaçlanmıştır. Yöntem: 63 ve 71 yaşında iki erkek(63yE/71yE); 47 ve 58 yaşında iki kadın(47yK/58yK) olmak üzere FSHD tanılı dört bireye ait primer miyoblast hücre hatlarında, i)östradiol uygulanmayan kontrol grubu , ii)10nM 30-dakika ve iii)10nM 4-saat östradiol muamelesi olmak üzere üç farklı gruba ait FSHD miyoblastlarından elde edilen hücre lizatlarında; DUX4, PAX3/7 ve β-katenin transkripsiyon faktörlerinin varlığı-miktarları western blot yöntemiyle incelenmiştir. Bulgular: DUX4 proteini östradiol muamelesi ile 71yE azalarak sıfırlanmış; 63yE ve 47yK tespit edilememiştir. 58yK tutunma-çoğalma gerçekleşmediği için sonuç elde edilememiştir. β-katenin proteininin, 71yE, 63yE ve 47yK örneklerinde östradiolle düzeyi artmıştır. PAX3/7 proteinlerine ait 80 kDa, 56 kDa ve 45 kDa ağırlığında üç farklı protein bandı tespit edilmiştir. Bunlardan 80 kDa ve 56 kDa'luk form sadece 71yE örneğinde gözlenmiş ve 80 kDa formu östradiol ile azalarak sıfırlanmış; 56 kDa formu östradiol sonrası 4. saatte eksprese olmuştur. 45 kDa formu üç örnekte de tespit edilmiş; 71yE ve 47yK örneğinde östradiolle azalırken; 63yE örneğinde artmıştır. Sonuç: Östradiol muamelesi ile DUX4'ün azalması, β-kateninin artması, PAX3/7 protein ailesinden 56 kDa formunun 4. saatte ekspresyonunun uyarılması, östrojenin FSHD patofizyolojisindeki koruyucu rolünü destekler niteliktedir. Östradiolün etkisinin daha iyi anlaşılabilmesi ve tedaviye yönelik alternatiflerin geliştirilebilmesi için her bir transkripsiyon faktörü ve ilgili hedef genlerinin; mRNA-protein düzeylerini içeren kapsamlı çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Anahtar Kelimeler: östradiol, DUX4, β-katenin, PAX3/7, FSHD (fasioskapulohumeral musküler distrof
Adenoid hipertrofisi olan çocuklarda TLR4 genetik varyantının klinik etkisinin araştırılması
Çalışmamızda, Adenoid Hipertrofi (AH) tanısı almış 2-15 yaş grubu çocuklarda TLR4 genine ait Asp299Gly (rs4986790) ve Thr399Ile (rs4986791) polimorfizmlerinin sıklığı araştırılmış ve bu varyantların hastalığın klinik bulguları ile ilişkisi incelenmiştir. Çalışmaya, 47 kız çocuk ve 49 erkek çocuk toplam 96 AH tanılı çocuk ile 45 kız çocuk ve 51 erkek çocuk toplam 96 AH tanısı almamış kontrol grubu olmak üzere toplam 192 gönüllü birey dahil edilmiştir. AH tanısı KBB uzmanı değerlendirmesi ve endoskopik bulgulara dayandırılmıştır. Genetik analizler için kan örneklerinden DNA izolasyonu yapılmış ve PCR-RFLP yöntemi kullanılarak TLR4 Asp299Gly ve Thr399Ile polimorfizmleri belirlenmiştir. Elde edilen genotip dağılımları Fisher - Freeman - Halton Exact Test, allel frekansları, Fisher's Exact Test ile istatistiksel olarak değerlendirilmiştir. Ayrıca AH hastalarının klinik özellikleri, genotiplerle ilişkilendirilmiştir. TLR4 Asp299Gly için AH grubunda AA: 87,5% (n=84), AG: 7,3% (n=7), GG: 5,2% (n=5), kontrol grubunda ise AA: 94,8% (n=91), AG: 5,4% (n=5), GG: 0% olarak saptanmıştır (p=1,000). TLR4 Thr399Ile varyantında hasta grubunda CC (%89,6, n=86), CT (%6,3, n=6) ve TT (%4,2, n=4) iken, kontrol grubunda CC (%96,9, n=93), CT (%3,1, n=3) ve TT (%0, n=0) olarak bulunmuştur. (p=1,000). TLR4 Asp299Gly ve Thr399Ile allel frekansları kontrol grubuna göre istatistiksel olarak önemli farklılıklar sergilediğini göstermektedir (p< 0,05).
Pterjiumda CRABP2, FABP5 ve PPARD genlerinin rolü
Pterjium, anormal fibrovasküler proliferasyon, matriks remodelizasyonu ve invazyonuyla karakterize edilen kanat şeklinde fibrovasküler bir dokudur. Pterjiumun patogenezi hala bilinmemektedir. Retinoik asit (RA), hücre içerisinde iki farklı lipit bağlayıcı protein olan hücresel retinoik asit bağlayıcı protein 2 (CRABP2) ve yağ asidi bağlayıcı protein 5 (FABP5) tarafından taşınmaktadır. RA sinyalleri tümör baskılayıcı yolak olan RA reseptörü (RAR) ve tümör ilerletici yolak olan proliferatör aktive edici reseptör β/δ (PPAR β/δ) aracılı yolak olmak üzere iki farklı yol izler. RA sinyallerinde görülen bozukluklar Pterjiumun gelişimine ve/veya nüksüne katkıda bulunabilir. Çalışmamızın amacı primer ve nüks pterjium dokusunda CRABP2, FABP5 ve PPARD genlerinin mRNA ve protein ekspresyonunu ve CRABP2/FABP5 oranını belirlemektir. Çalışmamızda cerrahi operasyon sırasında 30 hastadan pterjium ve sağlıklı konjonktiva dokusu elde edildi. Elde edilen pterjium ve normal konjonktiva dokularında CRABP2, FABP5 ve PPARD'nin mRNA ve protein ekspresyonları gerçek zamanlı PZR ve western blot yöntemleri kullanılarak değerlendirildi. Primer pterjium ve normal konjonktiva dokuları karşılaştırıldığında CRABP2 ve FABP5 genlerinin ekspresyonu değişmemiştir (1,03±0,22- fold change, p=0,895; 1,02±0,19 p=0,917, sırasıyla). Nüks pterjium ve normal konjonktiva dokuları karşılaştırıldığında ise CRABP2 ve FABP5 genlerinin ekspresyonu azalmıştır (0,71±0,39- fold change, p=0,577; 0,88±0,43 p=0,577, sırasıyla). Hem primer hem de nüks pterjium dokusu normal konjonktiva dokusuyla karşılaştırıldığında PPARD'nin ekspresyonu değişmemiştir (1,08±0,28-kat değişikliği, p=0,784; 1,10±0,71 p=0,095, sırasıyla). Pterjium etiyopatogenezinin anlaşılması, erken aşamalarda pterjium gelişiminin engellenmesinde daha umut verici tedavilerin bulunmasına yardımcı olacaktır. Anahtar Kelimeler: CRABP2, CRABP2/FABP5 oranı, FABP5, PPAR β/δ, retinoik asit sinyal yolağı
LEP -2548G>A ve LEPR Q223R polimorfizmlerinin erkek infertilitesi ile olası ilişkilerinin araştırılması
İnfertilite, en az bir yıl içerisinde korunmasız cinsel ilişkiye rağmen gebelik elde edilememesi durumudur. İnfertilitenin birçok sebebi arasında genetik faktörler de bulunmaktadır. Leptin (LEP) geninde mutasyona sahip bireylerin infertil olduğu ve Leptin Reseptör (LEPR) geninde mutasyona sahip olan hastaların da pubertal gelişimlerinin eksik olduğu rapor edilmiştir. Bu çalışma, LEP geni -2548G>A polimorfizmi ve LEPR geni Q223R polimorfizmi ile erkek infertilitesi arasında ilişki olup olmadığını belirlemek amacıyla yapıldı. Bu çalışmaya infertilite hastalığı olan 137 erkek ve 100 sağlıklı erkek kontrol dahil edildi. Periferik kandan elde edilen hasta ve kontrol DNA'ları, PCR ve RFLP yöntemleri uygulanarak analiz edildi. İstatistiksel değerlendirme ki-kare ve varyans analizleri ile yapıldı. LEP -2548G>A (rs7799039) ve LEPR Q223R (rs1137101) polimorfizmleri açısından hasta ve kontrollerin genotip ve allel sıklıklarında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmadı (p>0.05). Yapılan kompozit genotip analizinde, GGQR kompozit genotipinin infertilite için risk oluşturabileceği saptandı (p=0.007). Sonuç olarak, LEP -2548G>A ve LEPR Q223R genleri polimorfik genotiplerinin tek tek risk oluşturmasa da kompozit şeklinde infertiliteye sebep olabileceği saptanmıştır. Bu çalışmaların daha geniş populasyonlarda yapılmasıyla daha verimli ve kesin sonuçların elde edilebileceği kanaatindeyiz.
Pterjiumda WASP geninin analizi
Analysis WASP Gene Expression in Pterygium. Tokat Gaziosmanpaşa University, Health Sciences Institute, Department of Medical Biology, MSc. Thesis, Tokat. Pterygium is a benign growth of the conjunctive tissue that covers the sclera that is proliferative and causes intrusive ocular surface and wide matrix remodeling. The WASP gene is located on the p arm (short arm) of the X chromosome at locations Xp11.4→ p11.21 and encodes a 502 amino acid sequence. The WASP gene comprises 12 exons, and the protein has a molecular weight of about 65 kD. The WASP gene has multiple distinct domains, including a GTPase, GBD, PH domain, cofilin, and verprolin homology domain, SH3 binding motifs with a proline-rich locus, and the C-terminal acidic region, which plays a role in actin cytoskeleton remodeling by beginning Arp2/3. The WASP gene appears to play a function in signal transduction as well as cytoskeletal remodeling. Actin restructuring, platelet formation/removal, cell-cell contact, actin polymerization, cell trafficking and motility, immunological synapse arrangement, and neutrophil formation/release are all linked to WASP. The goal of this research was to see if the WASP gene was expressed in pterygium.Tissues were removed throughout surgery with the patient's agreement and knowledge. By collecting cDNA from the tissue levels established by real-time PCR, we employ the WASP gene expression technique. WASP gene expression levels were determined to be statistically significant higher in tissues with pterygium compared to the control group (p < 0.005), based on our findings that the increase in WASP gene expression is hypothesized to be linked to the formation and development of pterygium. According to qRT-PCR data, WASP gene expression is pterygium tissue compared to healthy conjunctive tissue (1.9100.367-foldchange, p=0.0001).
Pterjiyumda ARPC1B gen ekspresyonunun analizi
Pterygium, or flesh growth in the eye, is a common eye illness that causes the conjunctiva on the cornea to expand out of control. The most common cause of epithelial tissue abnormalities is long-term UV radiation exposure from the sun. Although the precise etiology of the pterygium disease is unknown, additional elements such as dry weather, dust, and a vaporization of the tear film, and other genetic factors, Despite the fact that the exact cause of pterygium illness is uncertain, there seems to be a correlation between outdoor work and the illness's development. Subunit 1B of the Actin Related Protein 2/3 Complex the name of the ARPC1B gene. The human Arp2/3 protein complex has seven subunits, and this gene codes for one of them. Sensory rhodopsin-2 protein is a component that belongs to the SOP2 family. The goal of this research was to see how the ARPC1B gene affected pterygium illness. Tissue was extracted during surgery with the subjects' agreement and consent. We employed the technique expression of ARPC1B gene by extracting cDNA synthesis from group of tissues levels assessed by Real-Time PCR, and the diagnosis of pterygium was validated (polymerase chain reaction). According to the findings of qRT-PCR, there was no discernible change. in ARPC1B gene levels of expression in pterygium and normal conjunctival tissues (p>0.005).
Pterygiumda actin ile ilgili protein 2/3 kompleks alt bira 2 gen ekspresyonunun analizi
The most important aspects of diagnosing a disease are determining its cause and then attempting to find a treatment. Pterygium is a disorder that isn't completely understood yet and it's described as a growth disorder by some and a degenerative disorder by others. However, several studies have been conducted in this field, and certain factors for this disease have been identified, including UV, virus, growth factors, apoptosis, ECM, MMP, and interleukins. Uncontrolled proliferation of conjunctiva cells onto the cornea, metaplasia, and certain reports of malignant traits have been documented. Furthermore, the ARPC-2 gene has been discovered to play a role in the progression and induction of a certain type of cancer, which is one of the Arp 2/3 complex's subunits that is involved in actin assembly and therefore sustains and maintains cellular integrity, the objective of this paper is to determine how ARPC-2 gene expression relates to pterygium development and formation. The quantitative reverse transcription PCR method was used to determine the rate of gene expression in 18 samples with pterygium and 18 normal conjunctiva of the same eye. The gathered data showed that the expression of ARPC-2 in pterygium has up-regulated (3.24±1,75) compared to normal conjunctiva, although there was not a significant difference between the two groups (p = 0.209). In conclusion the up-regulation of ARPC-2 gene is thought that it may contribute to pterygium development and formation.
Pterjiumda ACTR-3 gen ifadesinin analizi
Pterygium is a disorder of the ocular surface defined by uncontrolled cell proliferation, fibrovascular growth that crosses the cornea of the eye and disruption of cell shape and morphology, moreover ACTR-3 is a gene that encodes for one of the major subunits of ARP2/3 complex that help regulate actin assembling in which it gives cell its shape and motility. The purpose of this study is whether there's a link between ACTR-3 gene expression and pterygium development.The study included 18 pterygium patients and 18 volunteers with normal conjuctiva.The expression of the ACTR-3 gene in each group of individuals was evaluated using a quantitative reverse transcription PCR technique.. The result of the study was statistically significant (P=0.015) and there was an increase in ACTR-3 gene (13.62±4.91) in pterygium tissues compare to normal conjuctiva. We concluded that this increase in expression of ACTR-3 gene may have role in pterygium formation.
Her2 I655v ve PHB 3'UTR C>T polimorfizmlerinin erkek infertilitesi ile olası ilişkilerinin araştırılması
İnfertilite, korunmasız cinsel ilişkiye rağmen en az bir yıl içerisinde gebelik elde edilememesidir. Erb-B2 Reseptör Tirozin Kinaz 2 geni (ERBB2, sıklıkla HER2 olarak adlandırılmaktadır) epidermal büyüme faktörü (EGF) reseptör ailesinin bir üyesini kodlar. HER2'nin, erkeklerde spermatogenezde ve Leydig hücre steroidogenezinde rol alabileceği düşünülmüştür. Prohibitin (PHB), temel sperm mitokondriyal proteinlerinden olup, somatik hücrelerdeki eksikliği mitokondriyal membran depolarizasyonu ve reaktif oksijen türlerinin (ROS) üretiminin artışı ile ilişkilendirilmiştir. Bu çalışmaya infertilite hastalığı olan 133 erkek ve 100 sağlıklı erkek kontrol dahil edildi. Periferik kandan elde edilen hasta ve kontrol DNA'ları, PZR ve RFLP metotları uygulanarak incelendi. İstatistiksel değerlendirme IBM SPSS (version 20.0) ve Openepi (version 3.01) yazılım programları kullanılarak ki-kare ve varyans analizleri ile yapıldı. HER2 I655V (rs1136201) ve PHB 3'UTR C>T (rs6917) polimorfizmleri bakımından hasta ve kontrollerin genotip ve allel sıklıklarında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamadı (p>0.05). Yapılan kompozit genotip analizinde, kompozit genotiplerin erkek infertilitesi için risk oluşturmadığı saptandı. HER2 I655V ve PHB 3'UTR C>T gen polimorfizmleri ile erkek infertilitesi arasında bir ilişki bulunamamıştır. Örnek sayısı arttırılarak ve farklı popülasyonlarda da bakılarak çalışma daha da genişletilebilir. Anahtar Kelimeler: Erkek infertilitesi, HER2, PHB, polimorfizm
Pterjiyum tanısı almış hastalarda COL1A1 geninin analizi
Pterjiyum, göz kapağı aralığına yerleşen üçgen şekilli, genellikle bilateral, nazal tarafta bulbar konjoktivadan orjin alan dejeneratif, anormal fibrovasküler dokunun kornea üzerine ilerlemesi olarak tanımlanmaktadır. Kollajen, hareket sisteminin yapı taşlarını, özellikle kemik, kıkırdak, lif ve eklemleri oluşturan proteindir. Bu protein birbiri üzerine sarılmış üç alfa zincirinden meydana gelmektedir. 28 tane değişik tipi tanımlanmış olup, tip I, tip II şeklinde isimlendirilmektedir. Tip I kollajen ECM'de en fazla bulunan kollajen tipi olarak bilinmektedir. Kollajen tip I alfa 1 (COL1A1) geni ise, iki alfa 1 zinciri ve bir alfa 2 zincirinden oluşan tip I kollajenin pro-alfa 1 zincirlerini kodlamaktadır. COL1A1 geni 17q21.33 pozisyonunda kromozom 17 üzerinde yer almakta ve 51 ekzon içermektedir. Pterjiyum ile ilgili birçok çalışma olmasına rağmen, hastalığın patogenezi tam olarak açıklanamamıştır. Pterjiyum patogenezinin hücresel proliferasyon ve anti-apoptozis ile karakterize edilmesi, pterjiyumun dejeneratif bir hastalıktan ziyade bir tümör anoloğu olduğunu düşündürmektedir. Kollajen familyasının üyelerinin çeşitli doku tiplerinde karsinojenezde rol oynadığına dair kanıtlar bulunmaktadır. COL1A1 gen mutasyonlarının patojenitesinin birçok hastalıkla ilişkili olduğu söylenmektedir ve COL1A1'nin anormal ekspresyonun bazı kanserlerde rol oynadığı bildirilmiştir. Pterjiyum tanısı almış 27 olgunun pterjiyum ve normal konjonktiva dokusu çalışmaya alındı. Pterjiyum dokusunda COL1A1 geninin RNA düzeyinde ekspresyonu için qRT-PCR analizi yapıldı. Çalışma sonucunda elde edilen verilere göre normal konjonktiva dokusuna kıyasla pterjiyum dokusunda COL1A1 geni ekspresyon düzeyinin arttığı fakat bu artışın istatistiksel olarak anlamlı olmadığı bulunmuştur (p>0,05). Anahtar Kelimeler: COL1A1, Pterjiyum, qRT-PCR
WASL(N-WASP) gen ekspresyonunun pterjiyumdaki etkisi
Pterygium is a benign growth of the conjunctive tissue that covers the sclera with a high proliferation property which causes intrusive ocular surface and wide matrix remodeling. WASL which also known as n-Wasp (Neural Wiskott-Aldrich syndrome protein) is a nucleation-promoting factor that promotes the formation of branching actin filaments. The WASL gene is located on the q arm (long arm) of chromosome 7, which locate q31.32 and encodes a 505 amino acid sequence. The WASL gene comprises 11 exons, and the encoded protein has a molecular weight of about 54.84 kD. The WASL gene has several important molecular function, including a actin binding, GTPase regulator activity. SH3 binding motifs with a proline-rich locus, and the C-terminal acidic region, which plays a role in actin cytoskeleton remodeling by stimulating Arp2/3. The WASL gene appears to play a function in signal transduction as well as cytoskeletal remodeling. Regulation of cortical actin filament rearrangement in response to external stimuli is mediated through the Arp2/3 complex, which links small GTPases (e.g., Rac and Cdc42) with actin polymerization. The aim of this study was to see if the expression of the WASL gene changed in pterygium versus healthy cataract tissue. Tissues were removed with the patient's consent and awareness throughout the procedure. We use the WASL gene expression approach to harvest cDNA from tissue levels determined by real-time PCR. WASL gene expression levels were determined to be statistically significant higher in tissues with pterygium compared to the control group (p < 0.05), based on our findings that the increase in WASL gene expression is hypothesized to be linked to the formation and development of pterygium. According to qRT-PCR data, WASL gene expression is pterygium tissue compared to healthy conjunctive tissue (1.320±0,254-foldchange, p=0.001).
Pterjiyumda ACTR2 gen ekspresyonu
Pterygium is a benign, uncontrolled growth of conjunctival tissue extending over the sclera. Pterygium is characterized by inflammatory, proliferative, invasive ocular surface and extensive matrix remodeling. Pterygium is a benign growth of conjunctival tissue lining the sclera that is proliferative and causes invasive ocular surface and extensive matrix remodeling. the ACTR2 gene is located on the p arm (short arm) of autosomes (body chromosome(s)) at locations 2p14 encoding the 399 amino acid sequence. The ACTR2 gene consists of 10 exons and consists of 3798 base pairs. ACTR2 encodes Actin-Associated Protein 2 (ARP2), is involved in the formation of branched actin networks in the cytoplasm, important for cell shape. It provides force for cell motility and takes part in cell proliferation. loss of ACTR2 or the presence of abnormal transcripts can result in aberrant cellular proliferation by the activity of ACTR2. In this study, it was aimed to determine the ACTR2 gene expression, which may cause abnormal benign tissue growth from the conjunctiva (mucous membrane covering the eye) to the cornea. It depends on cell adhesion, motility, and deformability resulting from quantitative changes and rearrangement of the actin-related protein. Our aim in this study is to determine the expression level of ACTR2 gene in pterygium tissue. qRT-PCR analysis was performed for expression of ACTR2 gene at RNA level in pterygium tissue. According to the data obtained at the end of the study, ACTR2 gene expression levels were found to be statistically significantly higher in tissues with pterygium compared to the control group (p < 0.005) (p=0.005).
Periodontitis gelişiminde hücre iskelet proteinlerinden N-WASP'ın rolü
Periodontitis, dişeti bağ dokusunun tahribiyle oluşan enflamatuar bir hastalıktır. Dişeti bağ dokusunda, immün yanıtın oluşturulamaması, yeterli miktarda antikor üretilememesi durumunda doku yıkımı artarak devam etmekte ve bu süreç sonucunda diş kayıpları meydana gelmektedir. Hücre iskeleti; hücre içi şekil, organel dağılımı, hücre hareketi, makromolekül taşınması gibi hayati süreçlerde rol oynamaktadır. Hücre iskeleti temel olarak; mikrotübüller, aktin ve ara filamentlerden oluşmaktadır. Hücre göçü sitoplazmada hücre iskeleti olarak tabir edilen lifli protein filamentlerinin aracılık ettiği hücresel bir süreçtir. Aktin, hücre iskeletinde kilit rol oynamakla birlikte hücre proliferasyonu, hücre içi organel ve vezikül taşınması, sinyal iletimi, hücre göçü ve epitel dokuların polaritesinin korunmasında önemli rol almaktadır. Aktinin hücre çekirdeklenmesinde Wiskott-Aldrich sendromu proteinleri (WASP, N-WASP) görevlidir. N-WASP aktin hücre iskelet yapısını değiştirerek çeşitli sinyal molekülleriyle iletişim kurmaktadır. Hücre bölünmesinde ise, kontrol proteini 42 (Cdc42) ve aktin ilişkili protein 2/3 (Arp2/3) kompleksiyle etkileşim kurmaktadır. N-WASP'ın hücre göçünde rol aldığına dair bir çok literatür çalışması mevcuttur. Çalışmamızda periodontitis tanısı almış 20 hasta ve aynı hastaya ait 20 kontrol dokusunda, N-WASP'ın mRNA düzeyinde ekspresyonu RT-PZR kullanılarak araştırıldı. Hasta ve kontrol dokularında N-WASP geninin belirli düzeyde artışı gözlemlendi, fakat bu artış istatiksel olarak anlamlı bulunamadı.Hasta ve kontrol grupları arasında demografik verilerle yapılan analizlerde, kanama skoru, plak skoru ve diş eti çekilmesi yaşa bağlı olarak erkeklerde kadınlara göre daha yüksek oranlarda saptandı. Plak oluşumunda ise cinsiyete bağlı olarak bir değişim gözlendi ve plak oluşumunda kadınların erkeklere oranla daha yatkın olduğu gözlemlendi.
Pterjium gelişiminde WASF3'ün rolünün araştirilmasi
Pterygium is a dysplastic Triangular-shaped and fleshy fibro vascular structure. In general pterygium color appears as pearl white to pink in the eyes. Pterygium grows up across the limbus toward cornea as sub epithelial ingrowth of degenerative bulbar conjunctival tissue. Previously, it has been mentioned by the studies that pathology of pterygium correlated with several causes which are known as risk factors. These factors consist of environmental, genetic, immunological, geographical, viral and aspectic inflammation factors. WASF3 belongs to the Wiskot-Aldrich syndrome proteins WASP/WAVE family of actin-binding protein that play essential roles in regulating cell morphology, actin polymerization, cytoskeleton remodeling, cell motility and invasion.it regulates many aspects of cancer progression, cell invasion, cell migration and metastasis, as well as remodeling of cytoskeleton. WASF3 was classified as a key driver of tumor progression and metastasis in cancers from several origins as well. The aim of this study was to investigate the effect of WASF3 on the behaviors of pterygium disease and to evaluate its clinical impact. In this framework, we assessed the association of WASF3, a familiar actin-binding protein and analogous to tumor suppressor gene with pterygium which exhibits tumor-like behavior. In our study We analyzed the expression level of WASF3 gene in pterygium tissue belonging to 27 patients was determined by qRT PCR method. According to the obtained data, the expression levels of the WASF3 gene in tissues with pterygium were statistically significant compared to the control group (p <0.005). It is thought that the decrease in the expression of the WASF3 gene may be related to the formation and development of pterygium. Key Words: Pterygium, Real-Time PCR, WAVE 3
ARPC1A geninin periodontitis gelişimindeki rolünün araştırılması
Periodontitis konak immun yanıtı sonucunda oluşan; yumuşak ve sert doku yıkımı ile karakterize inflamatuar bir hastalıktır. Periodontitis, zamanında tedavi edilmediğinde, dişleri destekleyen periodontal bağın bağlanma kaybına, diş kaybına ve birleşme epitelinin apikal göçüne neden olan, kronik yapısı nedeniyle tekrarlama riski yüksek bir hastalıktır. Hücre göçü, gelişim, doku onarımı ve bağışıklık tepkileri gibi temel fizyolojik süreçler için gereklidir. Bağışıklık ve hematolojik hücrelerde aktin hücre iskeletinin koordineli olarak yeniden düzenlenmesinin önemi, bu sürecin bozulduğu insanlarda çeşitli hastalıklarla vurgulanmaktadır. Birçok hastalık hücre iskeleti ve proteinlerdeki anormalliklerle ilişkilendirilmiştir. Periodontitisin böyle bir hücre iskeleti hastalığı olduğu düşünülmektedir. ARPC1A, aktin ile ilgili protein ARP2/3 kompleks ailesinin bir üyesidir. ARPC1A geni, hücrelerde aktin polimerizasyonunun kontrolünde yer alan insan Arp2/3 kompleksinin p41 alt birimini kodlar. ARPC1A'ın hücre göçünde rol aldığına dair bir çok literatür çalışması mevcuttur. Bu çalışmada, ARPC1A geni aktin hücre iskeleti düzenleyicisinin, bir inflamatuar hastalık olan perodontitisde ilişkisi araştırılmıştır. Periodontitis nedeniyle ileri diş destek doku kaybı oluşumuna bağlı diş çekimi için başvuran periodontitis tanısı almış 20 hastanın, diş çekim endikasyonu bulunan dişler çekildikten sonra, yumuşak doku düzeltmesi gereksinimi olan bölgelerden periodontitisli yapışık diş eti doku örnekleri elde edilmiştir. Kontrol grubu doku örnekleri için aynı hastadan rezektif gingival cerrahi endikasyon varlığında sağlıklı diş eti örneği alınmıştır. Periodontitis dokusunda ARPC1A geninin mRNA düzeyinde ekspresyonu için RT-PCR analizi yapıldı. Çalışma sonucunda elde edilen verilere göre periodontitis dokusunda ARPC1A geninin ekspresyon seviyesi normal dokuyla karşılaştırıldığında periodontitis dokusunda artış olduğu fakat bu artışın (p=0,433, değeri p>0.05), istatistiksel olarak anlamlı olmadığı saptanmıştır.
Periodontitiste WAVE1 gen ekspresyonunun analizi
Periodontitis is a multifactorial inflammatory autoimmune disorder characterized by disruption of the periodontium. It is a result of the interaction between host inflammatory response and supra- and sub-gingival biofilms produced by periodontopathic bacteria. The condition depends on multiple interacting risk factors, including: genetic, microbial, environmental, and immunological factors, as well as race, gender, and age. To date, specific genes directly involved in periodontitis have not been described. WASP verprolin-homologous protein 1 (WAVE1) is one of the essential actin-cytoskeleton rearrangement proteins that is primarily expressed in neuronal cells. It is a very crucial molecule in the regulation of tumor growth, invasion and metastasis. The role of WAVE1 protein in the control of actin polymerization by activation of the ARP 2/3 complex seems to be important in the formation of actin-based membrane protrusions that are observed in cell migration. The current study is the first to investigate the relationship between periodontitis and WAVE1. In this study, 18 periodontitis patients (10 male and 8 female) were recruited in order to analyze the mRNA expression of WAVE1 gene in periodontitis tissues. They had a mean age of 53.1 years (34-65). The quantitative real time PCR (qPCR) method was used to evaluate the gene expression level in periodontitis and healthy tissues of each patient. The analyzed data showed that WAVE1 was overexpressed in periodontitis tissues when compared to healthy control tissues and the difference was statistically significant (p = 0.0442). One of the limitations of this study was that it had a small sample size. In conclusion, WAVE1 does have a significant role in the development and progression of periodontitis.