648
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Uzun süreli kullanılan ilaçların antimikrobiyal etkisinin ve antimikrobiyal ajanlar ile etkileşiminin araştırılması
Kronik hastalıklar; yavaş ilerleyen, 3 ay ve daha uzun süren, birden fazla risk faktöründen kaynaklanan, kişinin yaşam kalitesini etkileyen, sürekli tıbbi destek almasını gerektiren ve günlük yaşamı kısıtlayan durum olarak tanımlanmaktadır. Kronik hastalığı olan kişiler, düzenli ve uzun süreli ilaç kullanmak durumundadır. Bu ilaçlarla birlikte zaman zaman antimikrobiyal ajanlar da kullanılmaktadır. Uzun süreli kullanılan ilaçların potansiyel antimikrobiyal etkinliğinin ve diğer antimikrobiyal ajanlarla olan etkileşimlerinin mikroorganizmaların antimikrobiyal duyarlılıklarını etkileyebileceği düşünülmektedir. Bu nedenle uzun süreli ilaç kullanan kişilerde ilaç seçimlerinin, dozlarının ve kombine kullanımlarının ayarlanmasında antimikrobiyal ajanlara duyarlılıklarının da göz önüne alınarak değerlendirilmesi hedeflenmelidir. Çalışmamızda, kronik hastalıklarda uzun süreli ve sıklıkla kullanılan bazı ilaçların antimikrobiyal etkilerinin ve diğer antimikrobiyal ajanlarla etkileşimlerinin araştırılması amaçlandı. Bu ilaçlar; hiperlipidemi tedavisinde kullanılan statin grubu ilaçlardan atorvastatin ve rosuvastatin, hipertansiyon tedavisinde kullanılan beta bloker ilaç grubundan metoprolol ve propranolol, mide koruyucu ilaç grubundan lansoprazol ve esomeprazol olarak belirlendi. Çalışmamızda, Trakya Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'ndan temin edilen standart mikroorganizmalar ve anabilim dalı kültür koleksiyonunda yer alan dirençli izolatlar kullanıldı. İlaçların antimikrobiyal etkisi mikrodilüsyon yöntemi ile saptandı. İlaçların antibiyotiklerle ve birbirleriyle kombine kullanımı ile oluşan antimikrobiyal etki ise dama tahtası yöntemi ile belirlendi. Çalışmamızda, ilaçların antibiyotiklerle birlikte kullanıldığında, bu antibiyotiklerin izolatlara etki eden MİK değerlerini düşürdüğü ve ayrıca dama tahtası yöntemi sonuçlarına göre dirençli E. coli izolatın 3'ünde sinerjik etki gösterdiği tespit edildi. Sonuç olarak çalışmamızda, kronik hastalıkları nedeniyle uzun süreli ilaç kullanan kişilere uygulanacak olan antimikrobiyal tedavilerde kullanılan ilaçların antimikrobiyal ilaçlar ile sinerjik ya da antagonist etkisinin ve bu etkilerin tedavide kullanılan antimikrobiyal ajanların inhibitör konsantrasyonlarına etkisinin de değerlendirilmesi gerektiği sonucuna varıldı. Ayrıca, kronik hastalıklarda kullanılan bazı ilaçların dirençli bakteriyel enfekiyonların tedavisinde de potansiyel bir rol oynayabileceği ve bu ilaçların tek başlarına ve antimikrobiyal ajanlarla birlikte duyarlılıklarının araştırılarak tedavide yeni yaklaşımlar geliştirilebileceği düşünülmektedir.
Ksantin türevleri varlığında mikrobiyal biyofilm oluşumunun araştırılması
Giriş ve Amaç: Biyofilmler, polimikrobiyal yapıda olabilmeleri, antibiyotiklere karşı dirençli olmaları ve antifagositik etkileri nedeniyle sıklıkla tedavisi zor kronik enfeksiyonlardan ve endüstriyel alanlarda yaşanan sıkıntılardan sorumlu tutulmaktadır. Özellikle nozokomiyal enfeksiyonlarda görülen biyofilm oranındaki artış bu alanda yapılan çalışmaların önemini artırmaktadır. Bu çalışmada Uzunköprü Devlet Hastanesi'nde çeşitli klinik örneklerden izole edilen 30 adet izolatın biyofilm yapma yeteneklerinin, ksantin türevi olan kafein, teofilin, teobromin ve bu bileşiklerin laboratuvar ortamında sentezlenen türevlerinin bu izolatlar üzerindeki antibiyofilm etkilerinin ve açil homoserin lakton (AHL) molekülü üzerindeki etkilerinin saptanması amaçlandı. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışmada kalite kontrol amacıyla kullanılan Escherichia coli ATCC 25922, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 suşları ve biyofilm pozitif kontrol olarak kullanılan Staphylococcus aureus ATCC 29213 suşu Farmasötik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı kültür koleksiyonundan temin edildi. Kristal viyole-mikroplak yöntemi kullanılarak izolatların biyofilm yapma yetenekleri ve maddelerin antibiyofilm etkileri incelendi. Kuyucuk difüzyon testi ile çoğunluğu algılama sistemi deneyinde AHL varlığının ve inhibisyonunun gösterilmesi amacıyla ise Chromobacterium violaceum ATCC 12472 suşu kullanıldı. Bulgular: Çalışmamızda, kafein, teofilin, teobromin ve laboratuvar ortamında sentezlenen diğer türevlerin mikroorganizmalarda biyofilm oluşumunu engellediği veya biyofilm düzeylerini azalttığı, ayrıca sadece teofilin türevi olan 8-hidrazinoteofilin (TfN) molekülünün AHL yıkımını gerçekleştirdiği saptandı. Sonuç: Ksantin türevi bileşiklerin biyofilm kaynaklı enfeksiyonların tedavisi için yeni bir alternatif olabileceği söylenebilir. Ayrıca farklı mikroorganizmalar farklı türevlerin kombinasyonlar halinde çalışılmasının tedaviye yeni yaklaşımlar kazandırması açısından umut vaat edici olduğu düşünülmektedir.
Pozitif kan kültürlerinden yapılacak hızlı antimikrobiyal duyarlılık testi (HADT) ile uygun antibiyotik tedaviye katkı sağlanması
Hızlı Antimikrobiyal Duyarlılık Testi, bazı bakteriler için Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testi Komitesi tarafından doğrulanmıştır. Çalışmada; antibiyotik disklerinin ve mikroorganizma tanımlama sürelerinin değerlendirilmesinin rutin olarak kullanılan otomatik sistemlerle zaman ve doğruluk açısından karşılaştırılması amaçlandı. Pozitif sinyal veren şişelerden alınan numunelerde 4, 6, 8 veya 16-20. saatlerde antibiyotik disk zon çapı sonuçları belirlendi ve bu sırada ilk tanısını sağlayacak konvansiyonel yöntemler kullanıldı. Kolonilere tahmini tanı uygulanmış sonuçları kliniğe rapor edilmiştir. Kanlı agar besiyerindeki üremelerin tanımlanması ve antimikrobiyal duyarlılık testi otomatik sistem (Vitek-2, bioMérieux, Fransa) ile yapıldı. İstatistiksel yöntemler olarak; Z-Testi ve Fisher'in kesin testi kullanıldı. Laboratuvarımıza 5.5 ayda 5.049 kan kültürü ulaştı. 2170 tanesi pozitif sinyal verdi. Kategorik uyum şu şekilde belirlendi: (4,6,8,16-20), E. coli (88,89,93,-), K. pneumoniae (88,95,89,-), A. baumannii (95,94,95,-), P. aeruginosa (-,86,86,-), TPZ (86,87,92,-), CAZ (95,95,92,-), MEM (95,96,89,-), CIP ( 90,95,93,-), SXT (92,95,89,-), AK (82,94,95,-), IPM (86,93,89,-), S. aureus (100,100,98,100), FOX (100,100,98,100), E. faecalis (-,100,68,72), E. faecium (-,-,84,-), AM (-,100,85,100), VA (-,-,36) ,0), LNZ (-,100,94,100), S. pneumoniae (-,-,-100), AM (-,-,-,100), E (-,-,-,100). En fazla numunenin okunma süresi Gram negatif bakterilerde 6-8 saat, S. pneumoniae'de 16-20 saat, diğer Gram pozitif bakterilerde ise 8 saattir. Bunların dışında Vitek-2 ile 136 bakteri isimlendirildi. Hızlı Antimikrobiyal Duyarlılık Testi ile otomatik tanımlama sistemi arasındaki saat farkı şu şekildedir; E. coli (20,9 saat), K. pneumoniae (20,8 saat), A. baumannii (29,7 saat), P. aeruginosa (19,2 saat), S. aureus (15,3 saat), E. faecalis (10,8 saat), E. faecium (14,5 saat), S. pneumoniae (37 saat). Hızlı Antimikrobiyal Duyarlılık Testi ile kan kültürlerinde üreyen bakterilerin antimikrobiyal duyarlılık sonuçları saatler içerisinde yüksek doğrulukla verilebilmektedir.
Klebsiella pneumoniae izolatlarının virülans özelliklerinin araştırılması
Yüksek virülans kapasitesi ve artan antibiyotik direnciyle öne çıkan Klebsiella pneumoniae, özellikle invaziv enfeksiyonlara neden olan hipervirülan patotipleri aracılığıyla küresel ölçekte ciddi bir halk sağlığı tehdidine dönüşmüştür. Bu çalışma, hipervirülan Klebsiella pneumoniae'nın bölgemizdeki sıklığını, moleküler ve fenotipik özelliklerini ve bunların klinik yansımalarını ortaya koymayı amaçlamaktadır. Mart–Ekim 2024 tarihleri arasında laboratuvarımıza gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen 289 Klebsiella pneumoniae suşu; string test, kapsül tipi, aerobaktin geni, antibiyotik duyarlılıkları, genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üretimi ve dizi tipleri açısından incelendi. Örneklerin %11,8'i hipervirülan olarak değerlendirildi. Hipervirülan izolatların %79,4'ünde (27/34) string test pozitif bulundu. Hipervirülan izolatların en yüksek oranda saptandığı klinik tablolar sırasıyla; ampiyem (%20), abdominal enfeksiyon (%18,2), idrar yolu enfeksiyonu (%13,3), osteomyelit (%11,1), bakteriyemi (%10,4) ve pnömoni (%6,9) idi. Hipervirülan ve klasik izolatlarda en sık K2 kapsül tipi tespit edildi. Hipervirülan suşlarda karbapenem direnci %20,6; genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üretimi ise %5,9 olarak belirlendi. Hipervirülan izolatların ikisinde karbapenem direnci ile birlikte genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üretimi tespit edildi. Test edilen antibiyotiklere karşı duyarlılık oranları hipervirülan gruptaki izolatlarda genel olarak daha yüksek bulundu. Hipervirülan izolatlarda saptanan dizi tipleri ST23 (%25), ST25 (%25), ST147 (%25), ST14 (%12,5) ve ST65 (%12,5) idi. Mortalite oranları klasik suşlarda daha yüksek (%56,1) bulundu. Çalışmamız, hipervirülan Klebsiella pneumoniae izolatlarının bölgemizde dolaşımda olduğunu ve K2 kapsül tipinin baskın olduğunu göstermektedir. String test ile hipervirülan izolatlar arasındaki yakın ilişki, hipervirülan suşların erken dönemde tanımlanmasında yararlı olabileceğini düşündürmektedir. Seçilmiş olgularda sefiksim, trimetoprim-sülfametoksazol, amikasin, gentamisin ve kolistin gibi antibiyotikler hipervirülan enfeksiyonların ampirik tedavisinde değerlendirilebilir. Çoklu ilaca dirençli ST23-K1 klonunun saptanması, Klebsiella 78 pneumoniae'nın bölgesel yayılımının izlenmesi ve direnç-virülans etkileşiminin erken dönemde tanımlanmasına yönelik sürekli sürveyans programlarının gerekliliğini vurgulamaktadır.
Trichophyton türleri üzerine propolis ve kurkumin ekstratlarının antifungal aktivitesinin ve sinerjistik etkisinin araştırılması
Zehra Özlem Ünal, Trichophyton türleri üzerine propolis ve kurkumin ekstratlarının antifungal aktivitesinin ve sinerjistik etkisinin araştırılması, Namık Kemal Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Yüksek Lisans Tezi, Tekirdağ, 2019. Dermatofitler, yüzeyel mantar infeksiyonları içerisinde en çok karşılaşılan infeksiyonlar olan dermatofit infeksiyonuna sebep olurlar.Besin kaynağı olarak keratini kullanırlar ve deri, saç, tırnakta yaygın olarak bulunurlar.Dermatofitler içerisinde en sık karşılaşılan türler Trichophyton türleridir. Trichophyton türleri deri, saç ve tırnaklarda infeksiyona sebep olurlar, eşeysiz üreme özelliğine sahiptir ve antropofilik özellik gösterirler.Trichophyton türlerinin tedavisinde bir çok antifungal görev almaktadır.Bu antifungallerin tedavide bazen yetersiz olması mantar öldürücü etkisi olan daha iyi terapötik ajanların araştırılmasına yol açmıştır.Yakın zamanda yapılmış çalışmalarda kurkumin ve propolisin bu tür uygulamalar için uygun maddeler olduğu öne sürülmüş ve araştırmalar bu yönde hız kazanmıştır.Bu çalışmada 100 Trichophyton izolatının kurkumin ve propolisin antifungal etkisinin ve sinerjistik etkisinin incelenmesi amaçlanmıştır.Çalışmaya 11 Ekim 2011 – 08 Nisan 2017 tarihleri arasında klinik ve poliklinik örneklerinden izole edilerek saklanan 100 Trichophyton izolatı dahil edildi. Örneklerin %42'si saçtan, %23'ü deriden, %35'i tırnaktan izole edildi. İlk olarak izolatların propolis ve kurkumin minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile belirlendi. Sinerjistik çalışma için sıvı mikrodilüsyon dama tahtası yöntemi kullanıldı.Çalışma sonucunda kurkumin ve propolisin hem ayrı ayrı hem de birlikte antifungal etkisi olduğu belirlendi. Bu çalışma literatürde tarayabildiğimiz kadarıyla Trichophyton izolatlarının kurkumin ve propolisin sinerjistik etkisinin çalışıldığı ilk çalışmadır. Anahtar Kelimeler: Trichophyton türleri, MİK, MFK, Kurkumin, Propolis, Sinerjistik etki
Tekirdağ ilindeki tüberküloz şüpheli hastalarda aside dirençli basil tanısında ehrlich-ziehl-neelsen ve auramine-rhodamine boyama yöntemlerinin sonuçlarının karşılaştırmalı değerlendirilmesi
Tüberküloz yakın temas ile kolay bir şekilde bulaşan ve potansiyel ölüm tehlikesi olarak kabul edilen bir hastalık olması nedeniyle hızlı tanı konulması ve etkili bir şekilde tedavi edilmesi gerekmektedir. Bu çalışmada; tüberküloz şüpheli hastalardan laboratuvara gelen klinik örnekler EZN ve AR boyama yöntemleriyle karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir. Çalışmamızda; Kültür referans test kabul edilerek AR boyama yönteminin duyarlılığı (%92) EZN boyama yönteminin duyarlılığına (%78) göre daha yüksek bulunmuştur. EZN boyamanın özgüllüğü (%94) AR boyamanın özgüllüğüne (%84) göre daha düşük bulunmuştur. Çalışmamızda boyanan peraparatların mikroskopta alan tarama süreleri karşılaştırıldığında EZN ile boyanan bir preparat ortalama 5.4 dk da, AR ile boyanan bir preparat ortalama 2.8 dk' da incelenmiştir. Sonuç olarak; duyarlılığı yüksek bir boyama yönteminin kullanılması incelenecek örnek sayısını azaltarak, her preparat için alan tarama süresinin kısalmasıyla kültür pozitif örneklerin tespit edilme olasılığını arttıracaktır.
Kene yumurtası mumsu örtüsünün antifungal aktivitesinin belirlenmesi
Dünya genelinde yaygın olarak görülen mantar enfeksiyonlarının prevalansında klinik şiddetinde özellikle son yıllarda belirgin bir artış kaydedilmiştir. Görece az sayıda olan antifungal ilaçların yaygın ve düzensiz kullanımıyla ilişkili direnç, ilgili sorunun başlıca nedenlerinden biri olarak görülmektedir. Mantar enfeksiyonunun söz konusu durumunun, yeni ve etkili ilaç arayışını gerekli kıldığı bildirilmiş olup, bu gerekliliğin zamanla da artacağı öngörülmektedir. Bu noktada, bitkisel veya hayvansal doğal maddelerin yeni ilaç alternatifi arayışlarında en önemli kaynaklar olduğu bildirilmektedir. Antimikrobiyal, antikanserojen ve diğer bazı özelliklere sahip pek çok biyoaktif molekülün izole edildiği kenelerle yapılan çalışmalar, bu artropod grubundan birçok alanda yararlanılabileceğini göstermiştir. Daha önce yapılan çalışmalarda, kene yumurtası mumsu örtüsünün antibakteriyel, antifungal ve antiviral etkinliğine bakılmış ve bazı çarpıcı sonuçlar elde edilmiştir. Öte yandan, bu alandaki araştırmalar ve kullanılan kene türü sayısı sınırlıdır. Ancak, yüzlerce kene türü bulunmaktadır ve mumsu örtünün antimikrobiyal etkinliğinin kenenin türüyle çok yakından ilişkili olduğu iyi bilinmektedir. Bu tez çalışmasında, dünyada daha önce çalışılmamış, birbirinden oldukça farklı biyolojik, ekolojik ve morfolojik farklılıklara sahip kene türlerinden Hyalomma marginatum, Rhipicephalus bursa ve Dermacentor marginatus'a ait yumurta mumsu örtüsünün Candida albicans ATCC10231, Candida parapsilosis ATCC 22019 ve Candida tropicalis ATCC 750 üzerindeki antifungal etkinliği in vitro olarak araştırılmış olup, R. bursa türüne ait mumsu örtünün belli konsantrasyonda C. tropicalis ATCC 750 üzerine inhibitör etki gösterdiği anlaşılmış, diğer denemelerde herhangi bir etki gözlemlenmemiştir. Sonuç olarak; ilgili kenede elde edilen etki, bu türün yumurtlama zamanı, süreci ve diğer bazı biyolojik özellikleriyle ilişkilendirilmiş, bu tür ve benzer biyolojik ve ekolojik özellikleri paylaşan kene türleriyle yapılacak daha ayrıntılı ve daha etkili şekilde standardize edilmiş çalışmalardan, yeni nesil antifungal keşfi adına önemli sonuçlar elde edilebileceği kanaatine varılmıştır. Anahtar kelimeler: Candida, doğal antifungal, kene yumurtası mumsu örtüsü, Rhipicephalus
Vankomisin, metisilin duyarlı teikoplanin dirençli bakterilerin direnç paternlerinin belirlenmesi
İnsanlarda mikrobiyota elemanlanları olan Stafilokoklar toplum ve hastane kaynaklı infeksiyonların en önemli etkenlerindendir. Metisilin dirençli Stafilokok suşlarında glikopeptid antibiyotikler kullanılır. Metisilin direncinin belirlenmesinde otomatize sistemlerin kullanımının artmasıyla düşük ve yanlış MIK sonuçlarında bile glikopeptid antibiyotiklerin kullanımını arttırmıştır. Bu sonuç vakalarda glikopeptid direncinin geliştirmesini hızlandırmıştır. Artan direnç infeksiyonların tedavisinde zorluklara neden olmuş bu da vakalarda genetik temelin araştırılmasıyla farklı tedavi yöntemlerinin bulunmasının amaçlanmasına yönlendirmiştir. Çalışmamızda laboratuvar örneklerinden izole edilen Staphylococcus suşları incelenmiştir. 30 suşun 3'ü S. aureus, 27'si KNS olarak tespit edilmiştir. Bu suşlar Kirby Bauer disk difüzyon yöntemi ile metisilin, fusidik asit, penisilin, tetrasiklin, trimetoprim-sülfametoksazole, siprofloksasine, klindamisin, eritromisin ve gentamisine direnç olanları belirlenmiştir. Vankomisin ve teikoplanin mikrodilüsyon yöntemi ile duyarlılık durumları belirlenmiştir. Çıkan sonuçlarda teikoplanin dirençli olan suşlara PCR yöntemi ile tcaRAB gen bölgesindeki mutasyonların varlığı araştırılmıştır. PCR ile mutasyon varlığı analiz edilen 15 stafilokok suşunun, 10 tanesi metisilin dirençli, vankomisin duyarlı ve teikoplanin dirençli, 5 tanesi metisilin, vankomisin duyarlı teikoplanin dirençli olarak tespit edilmişti. PCR sonuçlarına göre, teikoplanin dirençli 15 suşta gen bölgeleri amplifiye olmuştur. Sonuçta hastane enfeksiyonlarının etkin tedavisi ve mutasyonlarla oluşan direncin minumuma indirilmesinde teikoplanin dirençlinin genetik temelinin araştırılması alınacak önlemlerin belirlenmesi için önem arz etmektedir. Anahtar kelimeler: Stafilokok, Metisilin, Vankomisin, Teikoplanin, MIK, PCR
Bazı mikroorganizmaların biyofilm oluşturma yeteneği üzerine dezenfektanların etkisinin araştırılması
S.aureus ve P.aeroginosa'nın virulans faktörlerinden olan biyofilm oluşturma yetenekleri son yıllarda büyük ölçüde önem kazanmıştır. Biyofilm bakterileri antibiyotik ve dezenfektanlara karşı daha dirençli hale getirdiğinden dolayı biyofilm oluşumunun önlenmesinde alternatif yöntemler aranmasına ihtiyaç duyulmaktadır. Biyofilm oluşumunu önleyebilmek için dezenfektanların uygun konsantrasyon ve temas süresinde kullanılması oldukça önemlidir. Bu çalışmada; hastanede en sık kullanılan farklı konsantrasyonlardaki dezenfektanların ve ozonun S.aureus ve P.aeruginosa suşlarının üzerindeki etki ve etki süresini araştırmak aynı zamanda etki sürelerinin sonunda üreme gösteren mikroorganizmaların biyofilm oluşturabilme kapasitesinin, dezenfektan ile temas ettirilmeden önceki biyofilm oluşturabilme yeteneklerini ile karşılaştırmak amacıyla yapıldı. Çalışma sonucunda elde edilen verilerde ozon kullanılan bütün dezenfektanlardan daha hızlı antimikrobiyal etkinliğe sahip olduğu görüldü. Dezenfektan maddeler arasından en hızlı sürede antimikrobiyal etkinliğe sahip olan perasetik asit ve sırayla ortafitalaldehit, etil alkol, glutalaldehit ve hidrojen peroksittir. Ayrıca temas süreleri sonunda üreyen mikroorganizmaların biyofilm oluşturabilme yeteneği ile dezenfektan temasa bırakılmadan önceki biyofilm oluşturabilme yeteneği karşılıklı olarak değerlendirildiğinde dezenfektanların biyofilm oluşmasını önlemede etkili olmadığı görüldü. Sonuç olarak; Bu çalışmanın dezenfektan ve ozonun temas süreleri açısından etkilerini ve dezenfektanların biyofilm oluşturma yeteneklerini araştıran nadir çalışmalardan birisidir. Anahtar kelimeler: Mikroorganizma, Dezenfektan, Ozon, Etkinlik Süresi, Biyofilm
Akut gastroenteritli hastalarda rotavirus, adenovirus, norovirus tespiti ve rotavirüs genotip tayini
Akut enfeksiyöz gastroenterit, tüm dünyada görülen yaygın bir hastalıktır ve çoğu vakaya viral patojenler neden olur. Rotavirus (RV), Norovirus, Adenovirus (AdV) ve Astrovirusler dahil olmak üzere birçok farklı virus, çoğu akut viral gastroenterit vakasından sorumludur. Centers for Disease Control (CDC) göre, viral gastroenterit enfeksiyonları dünya çapında her yıl 200.000'den fazla çocuk ölümüne neden olmaktadır. Bunlardan RV, aşıyla önlenebilir bir hastalıktır. Ancak aşıların kapsamlarında farklılıklar bulunduğundan, bölgelere göre yerleşik genotipler için uygun aşı seçimi önemlidir. Bölgemizde akut gastroenteritli çocuklarda RV, AdV ve Norovirus infeksiyonlarının tespiti ve RV genotip tayini yapmak amacıyla hastanemiz çocuk hastalıklarına ait birimlere başvuran çocuklara ait toplam 341 dışkı örneği çalışmaya dahil edildi. ELISA veya immunokromotografik yöntemlerle dışkıda antijen tespiti yapıldı. RV pozitif örneklerden ise genotip tayini yapıldı. Dışkı örneklerinde RV pozitifliği %23.1, Norovirus %7.3, AdV pozitifliği ise %12.9 olarak tespit edildi. Ülkemiz verileriyle karşılaştırıldığında RV görülme oranı ülkemizden bildirilen çalışmalara benzer, AdV görülme oranı daha yüksek ve NoV görülme oranı ise daha düşük bulunmuştur. RV genotip analizinde ise en sık görülen G tipi G2 (%52.5) olarak bulunmuştur. Bunun dışında G1, G9, G3, G4 genotipleri tespit edilmiştir. En sık görülen P tipi ise P4 (%83) olarak bulunmuştur. Ayrıca P9 ve P10 genotipleri tespit edilmiştir. G ve P genotipinin birlikte tespit edildiği numunelerin dağılımına bakıldığında; en sık olarak G1P [4], G2P [9], G9P [4] genotipleri görülmüştür. RV aşılarından Rota Teq®, ülkemiz ve bölgemizde görülen genotipleri en geniş olarak kapsayan aşı olarak görülmektedir. Bölgemizde rastlanan RV genotiplerini %87.5 oranında kapsamaktadır. Genotiplerin ülke ve bölgelere göre değişkenlik göstermesi nedeniyle RV hastalığının mevcut yükünü artırma potansiyeline sahip suşların ortaya çıkışı sürekli olarak izlenmelidir.
Karbapenemaz üreten enterobacteriaceae tespitinde kullanılan fenotipik testlerin etkinliklerinin prospektif olarak değerlendirilmesi
Enterobacteriaceae ailesi hem toplum kaynaklı basit enfeksiyonların hem de hastane ile ilişkili komplike enfeksiyonların etkeni olarak karşımıza çıkmaktadır. Günümüzde Enterobacteriaceae'lar için son seçenek tedavilerden birisi olan karbapenemlere karşı direnç hem artmakta hem de yaygınlaşmaktadır. KDE izolatlarının hızlı yayılımı ve etken olduğu enfeksiyonlara bağlı morbidite, mortalitenin artışı sebebiyle dünya genelinde sürveyans ağları oluşturulmuştur. Buradan elde edilen veriler KDE izolatlarının sağlık hizmeti veren kuruluşlarda hastalar arası horizontal olarak yayılımı ve artık toplumda da yayılarak halk sağlığını tehdit etmekte olduğu konusunda uyarmaktadır. Bu sebeple bu izolatların hızlı ve doğru tespiti, enfeksiyon kontrol önlemlerinin alınarak yayılımını önlemede kritik role sahiptir. KDE'lerin en sık sebebi karbapenemaz üretimidir. Karbapenemazların tanısında fenotipik yöntemler ve moleküler yöntemler kullanılmaktadır. Moleküler yöntemler tanıda altın standart olmasına rağmen deneyimli personel, maliyet ve donanımlı gereksinimleri sebebiyle yaygın olarak kullanılamamaktadır. Biz de çalışmamızda tanıda kullanılan fenotipik testlerin performanslarını değerlendirmeyi amaçladık. Çalışmaya 2018-2021 yılları arasında hastanemizin çeşitli kliniklerinden laboratuvarımıza gönderilen örneklerden izole edilen 100 K. pneumoniae izolatı dahil edildi. Karbapenemaz tarama kriteri olarak EUCAST 2021 kriterleri kullanıldı. İzolatlara karbapenemaz varlığını tespit etmek için kombine disk yöntemi, mCIM ve aCIM testleri yapıldı. mCIM ve aCIM testleri 19 ve 22 mm inhibisyon zon çapı sınır eşik değerlerine göre ayrı ayrı değerlendirildi. Karbapenemaz türünü tespit etmek için kombine disk yöntemi, eCIM ve CIMplus yöntemleri çalışıldı. İzolatların her birine gerçek zamanlı PZR ile direnç gen tespiti yapıldı. Çalışılan fenotipik yöntem sonuçları, PZR sonuçları ile karşılaştırılarak performans değerlendirmesi yapıldı. Karbapenemaz tespitinde kombine disk yöntemi, mCIM-19 mm, mCIM 22 mm, aCIM-19 mm, aCIM-22 mm testlerinin sırasıyla duyarlılıkları %100, %83,8, %94,8, %82,7, %94,6; özgüllüklerini ise %83,3, %100, %34, %100, %57 olarak tespit edildi. Karbapenemaz tür tespiti amacıyla çalışılan kombine disk yöntemi, eCIM-19 mm, eCIM-22 mm, CIMplus testlerinin sırasıyla duyarlılıkları %100, %75,4, %84, %23; özgüllükleri ise %62,5, %48,8, %44, %100 olarak tespit edildi. mCIM ve aCIM testlerinin sonuçları arasında anlamlı bir fark tespit edilmedi. mCIM, aCIM ve eCIM testlerinin inhibisyon zon çapı eşik değeri 19 mm'den 22 mm'ye artırıldığında duyarlılığın artıp özgüllüğün düştüğü gözlemlendi. Sonuç olarak fenotipik testler içerisinde hem performans hem de işlevsellik açısından en efektif sonuçların kombine disk metoduyla elde edileceğini, ancak çift direnç geni içeren izolatlar için ise fenotipik testlerin yetersiz olabileceğinin unutulmaması gerektiğini düşünüyoruz. Anahtar kelimeler: Karbapenem dirençli Enterobacteriaceae, karbapenemaz, kombine disk yöntemi, karbapenem inaktivasyon yöntemi
Klinik örneklerden izole edilen enterococcus SPP'nin antibiyotik direnç oranlarının yıllar içindeki değişimi
Bu çalışmanın amacı, Ocak 2018 ve Aralık 2021 tarihleri arasında Tekirdağ ilinde bulunan Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi Hastanesi'nde poliklinik, servis ve yoğun bakım hastalarından alınan çeşitli numunelerden izole edilen enterokok türlerinin antibiyotik direnç oranlarının yıllar içindeki değişiminin retrospektif olarak saptanmasıdır. 01.01.2018 ve 31.12.2021 tarihleri arasında mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen 417 farklı hastaya ait Enterococcus türleri incelendi, izolatların izole edildiği hastaların demografik özellikleri, numune çeşidi, numunelerden elde edilen enterokok türleri ve izolatların antibiyotik duyarlılık sonuçları gibi hastaya ait birçok veri geriye dönük olarak hastanenin laboratuvar bilgi yönetim sisteminden toplanarak analizleri yapıldı. Numunelerin alındığı 417 hastanın 204'ü erkek, 213'ü kadındır. Enterokok izolatlarının 154'ü poliklinik, 139'u servis, 124'ü yoğun bakım hastalarından elde edilmiştir. Tür tanımlaması yapılan 122 enterokok izolatının 60'ı E. faecalis, 49'u E. faecium, 4'ü E. durans, 3'ü E. casseliflavus, 3'ü E. gallinarum, 2'si E. raffinosus, 1'i E. avium olarak belirlenmiştir. 417 numunenin 253'ü idrar, 101'i kan, 37'si yara, 26'sı ise diğer numune çeşitleridir. Toplam antibiyotik direnç oranlarına bakıldığında; Ampisilin %39,3, siprofloksasin %49,2, vankomisin %8,4, teikoplanin %17, tigesiklin %3,2, yüksek düzey gentamisin %49, nitrofurantoin %11,6 olarak belirlendi. Linezolid direnci saptanmadı. Ampisilin, vankomisin ve nitrofurantoin direnç oranlarında 4 yıl içinde istatiksel olarak anlamlı bir artış olduğu saptanmıştır. Ampisilin, siprofloksasin, vankomisin, yüksek düzey gentamisin ve nitrofurantoin direnç oranlarının poliklinik hastalarından elde edilen enterokok izolatlarına kıyasla servis ve yoğun bakım hastalarından elde edilen izolatlarda anlamlı derecede daha yüksek olduğu saptanmıştır.
Kurkuminin antibakteriyel aktivitesinin ve gentamisin sülfat ile sinerjistik etkisinin araştırılması
Bakteriyel enfeksiyonların tedavisinde tercih edilen antibiyotiklerin yaygın kullanımı çoklu ilaca dirençli bakteri suşlarının ortaya çıkmasına neden olmaktadır. Bu durum enfeksiyonların tedavisini zorlaştırmakta ve oluşacak direncin önlenmesi amacıyla klasik antibiyotik tedavisine ek veya alternatif olarak kullanılabilecek biyoaktif ürün arayışına yol açmaktadır. Bu çalışmada; fitoterapötik bir ajan olan kurkumin ile gentamisin sülfatın Gram negatif (Klebsiella pneumoniae ATCC 13883, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Proteus vulgaris ATCC 3851) ve Gram pozitif (Bacillus cereus ATCC 11778, Enterococcus faecalis ATCC 29212, Listeria monocytogenes ATCC 7644, Staphylococcus aureus ATCC 25923) bakteriler üzerine antibakteriyel aktivitesi incelenmiştir. Ayrıca kurkuminin tek başına etkilerinin yanı sıra gentamisin sülfat ile kombine edildiğinde oluşan sinerjistik etkileri de araştırılmıştır. Antibakteriyel aktiviteyi belirlemek için minumum inhibitör konsantrasyon ve disk difüzyon testi yapılmıştır. Sinerjistik etki çalışması için dama tahtası yöntemi kullanılmıştır. Çalışmamızda; minumum inhibitör konsantrasyon testi sonucu antibakteriyel aktivitenin tüm bakterilerde görüldüğü ve en düşük konsantrasyonun kurkumin için E. faecalis'te 7,81 µg/ml, gentamisin sülfat için ise K. pneumoniae'da 0,08 µg/ml olduğu bulunmuştur. Disk difüzyon testi sonucu test edilen tüm bakterilerde 32 ve 16 mg/ml konsantrasyonlarda inhibisyon zon çapı tespit edilmiştir. Kurkumin ile gentamisin sülfat kombinasyonunun dama tahtası testi sonucu bakterilerin dördünde (P. vulgaris, B. cereus, L. monocytogenes, S. aureus) additif, üçünde (P. aeruginosa, K. pneumoniae, E. faecalis) indiferans etki görülmüştür. Gram pozitif bakterilerden B. cereus'ta en düşük fraksiyonel inhibitör konsantrasyon indeksinin (FİKİ=0,75) bulunması kurkumin ile gentamisin sülfat kombinasyonunun kısmi sinerjistik etkili olduğu şeklinde yorumlanmıştır. Sonuç olarak; kurkumin ve gentamisin sülfat sinerjisinin bakteriyel enfeksiyonlarda tedavi sürecindeki etkisini net olarak belirlemek adına sonuçlarımızın klinik izolatların dahil edileceği geniş ölçekli in vitro ve in vivo çalışmalarla desteklenmesi gerekmektedir. Ayrıca bu çalışma gentamisin sülfat ile kurkuminin sinerjistik etkisinin değerlendirildiği ilk çalışmadır. Farklı doğal terapötik ajanların bakteriyel enfeksiyonların ampirik tedavisinde antibiyotiklerle birlikte kullanımının antibiyotiklerin toksisitesini azaltması ve antimikrobiyal etkinliklerini arttırması açısından umut vaat edici görünmektedir. Anahtar Kelimeler: Kurkumin, Gentamisin sülfat, Antibakteriyel aktivite, Sinerjistik etki.
Bir üniversite hastanesinde eklem ağrısı şikayeti ile başvuran hastalarda otoimmün hastalık tanısına yönelik kullanılan immünolojik ve hematolojik parametrelerin irdelenmesi
Amaç: Çevresel ya da yapısal nedenlere bağlı olarak gelişen eklem ağrıları günümüzde toplumda sık görülen rahatsızlıklardan biridir. Sistemik Otoimmün Hastalıklar eklemlerin de yaygın tutulumuna bağlı olarak eklem ağrısı şikayeti ile hastalarca çok sık hastaneye başvuru nedeni olmaktadır. Bu hastalıkların tanısında ve tedavi izleminde otoantikor testleri büyük öneme sahiptir. Bu sebeple Anti nükleer antikor (ANA) testleri en sık istenen, altın standart tarama testleri olarak bilinmektedir. Ayrıca otoimmün hastalık tanı ve aktivitesinin değerlendirilmesinde Anti- CCP (Anti- Siklik sitrüllenmiş peptid) antikorları, RF (Romatoid Faktör) antikorları ve ESH (Eritrosit Sedimantasyon Hızı), CRP (C- reaktif protein) gibi belirteçler de yaygın olarak bakılmaktadır. Bu çalışmada üniversite hastanemize eklem ağrısı şikayeti ile başvuran hastalarda otoimmün hastalık tanısını desteklemeye yönelik hastanemizde kullanılagelen immünolojik ve hematolojik laboratuvar test sonuçlarının birbirleri arasında ilişki olup olmadığını incelemeyi amaçladık. Bunun için önce ANA IIF (İndirekt İmmünoflorasans) testi pozitifliğinin sıklığı, titresi ve patern dağılımını belirlemeyi, sonrasında ESH, CRP ve RF gibi diğer laboratuvar parametrelerinin ve cinsiyetin ANA ve Anti- CCP ile ilişkisini belirlemeyi hedefledik. Materyal ve Metot: Çalışmamız retrospektif tanımlayıcı tipte bir araştırma olup Ocak 2018 ile Eylül 2022 tarihleri arasında Namık Kemal Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'ne eklem ağrısı şikayeti ile başvuran ve ANA IIF ile Anti-CCP testi çalışılan 848 hastaya ait sonuçlar değerlendirilmiştir. Çalışmamız iki aşamalı olacak şekilde planlandı. İlk aşamada çalışmaya dahil edilen hastaların ANA IIF ve Anti-CCP test sonuçları değerlendirilerek gruplandırıldı. ANA nükleer patern pozitif saptanan hastalar kendi içinde incelenerek ANA nükleer patern pozitif ve Anti-CCP pozitifliğine göre paternleri ve titreleri açısından değerlendirildi. İkinci aşamada ANA açısından ANA nükleer paterne göre pozitif, ANA sitoplazmik/mitotik paterne göre pozitif ve ANA negatif, Anti-CCP açısından Anti-CCP pozitif ve Anti-CCP negatif olarak hastalar toplamda 6 gruba ayrıldı. Bu gruplar kendi aralarına cinsiyet, ESH, RF ve CRP pozitifliği açısından karşılaştırıldı. Bulgular: 848 hastanın 585'inin (%69) ANA IIF testi pozitif, 268'inin (%31,6) Anti-CCP testi pozitif saptandı. ANA pozitif saptanan 585 hastanın ise 517'si (%88,4), Anti-CCP pozitif saptanan 268 hastanın 226'sı (%84,3) kadınlardan oluşmaktadır. ANA nükleer boyanma paterni olarak en fazla 181 (%31,5) ile ince benekli (AC-4) patern görülmüştür. ANA nükleer patern titresi olarak en çok 320 (%55,6) ile +1 titresi tespit edilmiştir. Kadın cinsiyette otoantikor pozitifliği daha sık görülmüş, özellikle ANA nükleer patern pozitif gruplarda anti- CCP pozitif gruplardan oran olarak daha yüksek olduğunu saptadık. RF pozitifliğinin ANA nükleer patern pozitifliğine göre anti-CCP pozitifliği ile anlamlı düzeyde ilişkili olduğunu tespit ettik (p<0,05). ESH ve CRP pozitifliğinin hem ANA nükleer patern pozitif hem anti-CCP pozitif olan grupta en yüksek tespit edilmelerinden dolayı her ikisinin de ESH ve CRP pozitifliğinde kümülatif etkisi olabileceğini fakat anti-CCP pozitif olan gruplarda daha yüksek olmalarından dolayı ANA nükleer patern pozitifliğine göre anti-CCP pozitifliği ile anlamlı düzeyde ilişkili olduklarını saptadık (p<0,05). Sonuçlar: Eklem ağrısı şikayetiyle başvuran hastalarda immünolojik ve hematolojik laboratuvar testleri tanı ve takipte önem taşımaktadır. Çalışmamızda buna yönelik ANA, Anti-CCP, RF, ESH ve CRP değerlendirilmiş, RF, ESH ve CRP pozitifliğinin Anti-CCP pozitifliği ile anlamlı ilişki gösterdiği saptanmıştır. Bu sonuçlar ve çalışmamızın sınırlılıkları da göz önüne alındığında prospektif ve kontrol grubu içeren daha fazla hasta sayısına sahip çalışmaların yapılması gerektiği kanaatindeyiz. Anahtar Kelimeler: Eklem ağrısı, Otoimmün hastalık, ANA, Anti- CCP
Süleyman Demirel Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi'nde klinik örneklerden izole edilen metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) sıklığının ve çeşitli antibiyotiklere direncinin yıllar içindeki değişiminin incelenmesi
Yüksek morbidite, mortaliteye sahip olan MRSA enfeksiyonları güncel tedavi seçeneklerinin sınırlı olmasıyla önemini korumaktadır. Antimikrobiyal direnç sorununun yaygınlaşmasıyla MRSA'ya etkin yeni antibiyotik arayışı devam etmektedir. Çalışmamızda hastanemizde Ocak 2014 ve Aralık 2022 yılları arasında izole edilen MRSA izolatlarının dağılımının ve antibiyotik direnç oranlarının araştırılması amaçlanmıştır. Toplam 517 MRSA izolatının tanımlanması, metisilin direnci ve antibiyotik duyarlılığı konvansiyonel yöntemlerle ve Phoenix™ otomatize sistemiyle belirlenmiştir. Antibiyotik duyarlılıkları EUCAST önerilerine göre değerlendirilmiştir. Dokuz yılda S. aureus izolatları içerisinde MRSA oranı %16,12 olarak saptanmıştır. MRSA oranında 2016'da düşüş 2022'de artış görülmüştür. En sık kandan ve anestezi yoğun bakım biriminden MRSA izole edilmiştir. Vankomisine ve linezolide dirençli MRSA izolatı saptanmamıştır. Vankomisin MİK değerleri 2015 ve 2018 yılları arasında daha yüksek, 2020'de daha düşük saptanmıştır. Linezolid MİK değerleri 2017'de daha düşük, 2019'da daha yüksek saptanmıştır. Klindamisin, gentamisin, tetrasiklin ve rifampisin direnç oranında azalma ile trimetoprim-sülfametoksazol ve fusidik asit direnç oranında artış saptanmıştır. MİK değerleri teikoplanin ve rifampisinde 2014, 2015, 2016'da, tetrasiklinde 2017, 2020, 2021'de, fusidik asitte 2021'de, kinupristin-dalfopristinde 2014'te daha yüksek, trimetoprim-sülfametoksazol ve gentamisinde 2022'de daha düşük saptanmıştır. Eritromisinde doku, balgam ve trakeal aspirattaki direnç oranının eklem sıvısındaki, klindamisinde doku ve idrardaki direnç oranının balgamdaki, gentamisinde dokudaki direnç oranının eklem sıvısı, yara ve balgamdaki, rifampisinde doku ve trakeal aspirattaki direnç oranının absedeki, fusidik asitte kateterdeki direnç oranının trakeal aspirattaki direnç oranına göre anlamlı düzeyde yüksek olduğu saptanmıştır. Antibiyotiklerin çoğunun direnç oranında dalgalı bir seyir görülmüştür. MRSA enfeksiyonlarının başarılı ampirik tedavisi için antibiyotiklerin MİK değerleri direnç gelişimi açısından yakından izlenmelidir. Çalışmamız ülkemizde MRSA izolatlarında direnç oranı ve antibiyotiklerin MİK değerlerinin hem yıllara hem örnek türüne göre karşılaştırıldığı ilk çalışmadır. Verilerimizle ampirik antibiyotik tedavisini yönlendirmede önemli olan hastanemizin direnç paternleri ortaya konulmuştur. Örnek türüne göre MRSA direnç oranlarının ilk defa değerlendirildiği çalışmamızda saptadığımız farklılıkların öneminin ileri çalışmalarla araştırılması gerekmektedir. Anahtar kelimeler: Antimikrobiyal direnç, MRSA, Minimum inhibitör konsantrasyon, örnek türü, sürveyans
Pozitif kan kültürü şişelerinden karbapenemaz üreten Enterobacterales suşlarının hızlı tespiti ve karbapenemaz karakterizasyonu amacıyla kombinasyon disk testlerinin doğrudan beta-laktam inaktivasyon metoduna dayalı olarak kullanımının etkinliğinin araştırılması
Toplum ve hastane kaynaklı enfeksiyonların başlıca etkenlerinden olan Enterobacterales'in neden olduğu enfeksiyonların tedavisinde son tercih olan karbapenemlere karşı antimikrobiyal direnç giderek artmakta ve karbapenem direnci sıklıkla karbapenemaz enzimi üretimi ile olmaktadır. Karbapenemaz enzimlerinin erken tespit edilmesi hem tedavinin doğru planlanabilmesi hem de enfeksiyon kontrolünde oldukça önemlidir. Çalışmamızda, doğrudan beta-laktam inaktivasyon metodunun kombinasyon disk testine dayalı fenotipik yöntemlerle birlikte kullanımının (dBLIMplus) karbapenemaz üreten Enterobacterales suşlarının pozitif kan kültürü şişelerinden hızlı tespitinde ve karbapanemaz karakterizasyonunda etkinliği değerlendirilmiştir. Hastane kaynaklı enfeksiyon etkeni olarak değerlendirilip Escherichia coli veya Klebsiella pneumoniae olarak tanımlanan 60 adet suş (PZR ile belirlenmiş 15'er adet A, B, D sınıfı karbapenemaz pozitif ve 15 adet karbapenemaz negatif) dBLIMplus validasyonu için seçilmiştir. Validasyon suşlarına dBLIMplus uygulanarak dBLIMplus değerlendirme zon çapı kriterleri belirlenmiştir. Daha sonra dBLIMplus'ın rutin laboratuvarda kullanımını değerlendirmek için E. coli veya K. pneumoniae olarak tanımlanan toplamda 100 adet klinik suşa dBLIMplus uygulanıp, değerlendirilmiştir. dBLIMplus'ın 6. saatte değerlendirilmesinin daha uygun olduğu, karbapanemaz aktivitesini %100 duyarlılık ve özgüllükle, karbapenemaz karakterizasyonunu ise %92,8 duyarlılık ve %100 özgüllükle tespit ettiği bulunmuştur (Mc Nemar, p=0,125; Cohen Kappa ĸ=0,920). Tek bir karbapenemaz sınıfına ait direnç geni tespit edilen 24 klinik suşun 22'sinde (%91,6) dBLIMplus ile doğru Ambler sınıfı belirlenebilmiş, A sınıfı karbapenemazları tespit etmede duyarlılığı %87,5, özgüllüğü %100; D sınıfı karbapanemazları tespit etmede duyarlılığı %93,7, özgüllüğü %98,8 olarak bulunmuştur. Sonuç olarak, dBLIMplus doğrudan pozitif kan kültürü şişelerinden karbapenemaz aktivitesinin tespiti ve karakterizasyonunda referans yöntemle %90'ın üzerindeki uyumu ile rutin laboratuvar uygulamalarında kullanılabilecek oldukça uygun bir fenotipik yöntem olarak ileri sürülebilir. dBLIMplus ile hızlı karbapenemaz tespiti antimikrobiyal yönetim ve enfeksiyon kontrol uygulamaları açısından hız kazandıracağı gibi, uygunsuz antimikrobiyal kullanımını sınırlayarak antimikrobiyal direncin azalmasına da katkı sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler: antimikrobiyal yönetim, dBLIMplus, Enterobacterales, hızlı tespit, karbapenemaz
New delhi metallo-beta-laktamaz pozitif klebsiella pneumoniae suşlarında seftazidim-avibaktam ile aztreonam, meropenem ile kolistin kombinasyonlarının ve tek başına sefiderokolün in vitro etkinliğinin araştırılması
Günümüzde New Delhi Metallo-beta-laktamaz (NDM) pozitif Klebsiella pneumoniae'nın giderek artan oranlarda izole edilmesi ve bu izolatlarla oluşan enfeksiyonların tedavisinde standart bir algoritma bulunmaması, etkili terapötik seçeneklerin araştırılması için ihtiyaç yaratmıştır. Süleyman Demirel Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı, Bakteriyoloji Laboratuvarında çeşitli klinik örneklerden enfeksiyon etkeni olarak izole edilerek gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile NDM pozitif olduğu tespit edilen 63 K. pneumoniae izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. İzolatların seftazidim-avibaktam, aztreonam, meropenem ve kolistin duyarlılığı sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile; sefiderokol duyarlılığı Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile test edilmiş ve duyarlılık durumları European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST)'ın belirlediği güncel sınır değerlere göre değerlendirilmiştir. Seftazidim-avibaktam-aztreonam ve meropenem-kolistin kombinasyonlarının NDM pozitif K. pneumoniae izolatlarına etkinliği dama tahtası yöntemi ile test edilmiştir. Farklı karbapenemaz genlerini içeren 5 izolatta seftazidim-avibaktam-aztreonam ve meropenem-kolistin kombinasyonlarının konsantrasyon ve zaman ile ilişkili olarak sağladıkları bakterisidal aktivite zamana bağlı öldürme testi ile incelenmiştir. Çalışmamızdaki NDM pozitif K. pneumoniae izolatlarının tamamı (%100) seftazidim-avibaktam, aztreonam ve meropeneme, %77,8'i sefiderokole, %54'ü ise kolistine dirençli bulunmuştur. Dama tahtası testi sonuçlarına göre seftazidim-avibaktam-aztreonam kombinasyonu izolatların tamamına (%100) sinerjistik etkileşim gösterirken; meropenem-kolistin kombinasyonu izolatların %57,1'ine sinerjistik etkileşim, %25,4'üne aditif etkileşim, %17,5'ine tanımlanamayan etkileşim göstermiştir. Zamana bağlı öldürme testinde seftazidim-avibaktam-aztreonam kombinasyonu ile izolatların tamamında sinerjistik aktivite izlenmiş ve bazı saatlerde bakterisidal etkinlik gözlenmiştir. Meropenem-kolistin kombinasyonu ile yapılan zamana bağlı öldürme testinde izolatların 4'ünde sinerjistik aktivite izlenmiş ve bazı saatlerde bakterisidal etkinlik gözlenmiştir. Değerlendirilen 1 izolatta (NDM+OXA-48 pozitif) dama tahtası testinde tanımlanamayan etkileşim saptanmasına rağmen aynı izolata karşı zamana bağlı öldürme testinde 1xMİK MEM+1xMİK COL kombinasyonu ile 12. ve 24. saatlerde sinerjistik aktivite izlenmiş ve bakterisidal etkinlik görülmüştür. Sonuç olarak, NDM pozitif K. pneumoniae izolatlarının etken olduğu enfeksiyonlarda seftazidim-avibaktam-aztreonam kombinasyonunun iyi bir tedavi seçeneği olduğu görülmektedir. Seftazidim-avibaktam-aztreonam kombinasyon tedavisinin uygulanamadığı durumlarda meropenem-kolistin kombinasyon tedavisi veya sefiderokol monoterapisi alternatif tedavi seçeneği olarak tercih edilebilir.
Kan dolaşımı enfeksiyonlarının erken tanısında biyobelirteçlerin değerlendirilmesi
Kan dolaşımı enfeksiyonu (KDE), yüksek morbidite ve mortalite oranına sahip erken tanı ve tedavi gerektiren ciddi bir klinik tablodur. Kesin tanı için altın standart olarak kabul edilen kan kültürü yönteminin uzun sonuçlanma süresi, kontaminasyon riski ve yalancı negatiflik gibi bazı sınırlamaları mevcuttur. Bu nedenle, KDE'nin tanısına yardımcı olabilecek hızlı, spesifik ve uygulanabilirliği kolay biyobelirteçlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada, KDE'nin öngörülmesinde PCT, CRP, IL-6, TREM-1, CALPR, CAR, NLR, CD11b, CD14, CD64 ve CD69 gibi inflamatuvar ve hücre yüzey belirteçlerinin tanısal performanslarının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya KDE şüphesiyle kan kültürü örneği alınmış ve eş zamanlı rutin PCT, CRP, albümin ve tam kan sayımı testleri çalışılmış olan 180 hasta dahil edilmiştir. Kan kültürü şişeleri Render BC128 otomatize sisteminde inkübe edilmiş, izole edilen etkenler BD Phoenix 100 ve BioFire FilmArray multiplex PCR cihazıyla tanımlanmıştır. IL-6, TREM-1, CALPR düzeyleri ELISA yöntemiyle, CD11b, CD14, CD64 ve CD69 düzeyleri BD FACSCanto II flow sitometri cihazında belirlenmiştir. Hemokültür pozitif (n=130) hastaların 50'sinde gram negatif, 50'sinde gram pozitif bakteri ve 30'unda maya mantarı izole edilmiştir. Hemokültür pozitif ve hemokültür negatif (n=50) hasta grupları arasında; PCT, CRP, IL-6, TREM-1, CALPR, RDW, MPV, NLR, LMR, CAR, MHR, nCD11b %/MFI, mCD11b %/MFI, nCD14 %/MFI, mCD14 %/MFI, nCD64 %/MFI, mCD64 %/MFI, nCD69 MFI, mCD69 %/MFI düzeyleri bakımından istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmıştır (p<0.05). PCT, CAR, CRP, NLR, nCD14 MFI, nCD64%, mCD69% ile nCD64 MFI arasında ve IL-6 ile CALPR arasında pozitif yönde istatistiksel olarak anlamlı korelasyon gözlenmiştir (p<0.05). ROC analizine göre PCT, CRP, IL-6, TREM-1, CALPR, CAR, NLR, nCD11b %/MFI, mCD11b MFI, nCD14 %/MFI, mCD14 MFI, nCD64 %/MFI, mCD64 %/MFI, mCD69 %/MFI'nın yüksek AUC değerlerine (>0.700) sahip olduğu bulunmuştur (p<0.05). Sonuç olarak, KDE'nin öngörülmesinde PCT, CRP, IL-6, TREM-1, CALPR, CAR, NLR ile birlikte nCD11b, mCD11b, nCD14, mCD14, nCD64, mCD64 ve mCD69 düzeyleri kan kültürüne yardımcı ek testler olarak kullanılabilir.
Isparta ve göller bölgesindeki çocukluk çağında görülen alerjik hastalık profili ve alerjik hastalıkların tanısında rol oynayan alerjik parametrelerin retrospektif olarak değerlendirilmesi
Alerji, çevrede bulunan yabancı maddelere karşı bağışıklık sisteminin geliştirdiği aşırı duyarlılık reaksiyonudur. Alerjik hastalıklar arasında anafilaksi, gıda alerjileri, astım, rinit, konjonktivit, anjiyoödem, ürtiker, atopik dermatit, ilaç ve böcek alerjileri bulunur. Son yıllarda alerjik hastalıkların prevalansı dünya genelinde artmaktadır. Atopik bireyler için alerjenlerle temas etmekten kaçınmak önemli olduğundan, şüpheli alerjenin tanımlanması önemlidir. Alerjik hastalıkların sıklığı coğrafi farklılıklara göre değiştiğinden, bölgesel verilerle desteklenen epidemiyolojik çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada polen çeşitliliği zengin olan Isparta'daki alerjik çocuk hasta profilinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Mayıs 2021 - Şubat 2025 tarihleri arasında Süleyman Demirel Üniversitesi Çocuk Alerji polikliniğine başvuran, alerjik hastalık tanısı almış 1757 çocuk hastanın klinik ve laboratuvar verileri retrospektif olarak değerlendirildi. İstatistiksel analizler SPSS 27.0 programı ile gerçekleştirildi. Spesifik IgE sonuçlarına göre en sık pozitiflik gösteren alerjenler; kedi epiteli (e1), çayır, ağaç ve yabani ot polen karışımı (rx1), ev tozu akarı, hayvan epitelleri ve küf karışımı (rx2), süt (f2), yumurta beyazı (f1), gıda karışımı (fx5) ve Alternaria (m6) idi. Bu yedi alerjen, pozitif spesifik IgE sonuçlarının %87,9'unu oluşturmaktadır. Deri prik testinde en sık duyarlılık; ot karışımı, Felis domesticus, Dermatophagoides pteronyssinus, çavdar, servi, Dermatophagoides farinae, Alternaria alerjenlerinde saptanmıştır. En sık saptanan bu yedi alerjen, tüm pozitif deri prik testlerinin %63,2'sini oluşturmaktadır. Deri prik testi ile ImmunoCAP spesifik IgE testi birbirini tamamlayıcı yöntemlerdir. ImmunoCap anafilaksi riski taşımaması, egzama, dermografizm gibi rahatsızlıklarda kullanılabilmesi ve ilaç kullanımından etkilenmemesi gibi avantajlara sahiptir. Anahtar Kelimeler: Spesifik IgE, ImmunoCap, Alerji, Atopi, Çocuk
Karbapenemlere dirençli Klebsiella pneumoniae izolatlarına karşı seftazidim-avibaktamın farklı antimikrobiyallerle kombinasyonlarının etkinliğinin araştırılması
Kan dolaşımı enfeksiyonlarında Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli'den sonra en sık izole edilen gram negatif etkendir. Genetik yapısındaki değişiklikler nedeniyle yüksek antibiyotik direnci gösteren bu bakteri, genişlemiş spektrumlu beta-laktamazlar (GSBL) üretebilir. GSBL üreten suşlara karşı karbapenemler tercih edilse de artan direnç, yeni antibiyotiklerin ve antibiyotik kombinasyonlarının araştırılmasını gündeme getirmiştir. Bu çalışmada, kan kültürlerinden izole edilen karbapenemlere dirençli K. pneumoniae suşlarında seftazidim/avibaktam ile fosfomisin, meropenem ve kolistin kombinasyonlarının etkinliği dama tahtası ve zamana bağlı öldürme testleriyle değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmada, 1 Mayıs–31 Ekim 2024 tarihleri arasında Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen kan kültürlerinden izole edilen, VITEK 2 sistemi ile karbapenem direnci saptanan 100 K. pneumoniae suşu incelenmiştir. İzolatlardaki karbapenemaz genleri, Bio-Speedy® Karbapenem Direnci qPCR kiti (Bioksen, Türkiye) ile PCR yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Seftazidim/avibaktam, meropenem ve kolistin MİK değerleri sıvı mikrodilüsyon, fosfomisin MİK değerleri ise agar dilüsyon yöntemiyle belirlenmiştir. Seçilen izolatlara dama tahtası ve zamana bağlı öldürme testleri uygulanarak antibiyotik kombinasyonlarının etkinliği değerlendirilmiştir. Çalışmaya dahil edilen izolatların %74'ü yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalardan elde edilmiştir. Hastaların %52'si erkek, %48'i kadındır. Hastaların cinsiyet özellikleri ve yaş dağılımları arasında istatiksel olarak anlamlı bir fark yoktur. İzolatların %87'sinde OXA-48, %77'sinde NDM, %69'unda KPC geni saptanmış; en sık gen kombinasyonu KPC+NDM+OXA-48 (%31) olmuştur. Seftazidim/avibaktam (CZA), meropenem (MEM) ve kolistine direnç oranları sırasıyla %72, %97 ve %84'tür. Fosfomisin (FOS) için 67 izolatın MİK değeri >32 μg/mL bulunmuştur. Dama tahtası testinde en fazla sinerji FOS+CZA kombinasyonunda görülmüş; diğer kombinasyonlarda genellikle tanımlanamayan etkileşim saptanmıştır. Zamana bağlı öldürme testinde FOS+CZA kombinasyonu için bir izolat sinerji, bir izolat antagonizma, diğerlerinde ise tanımlanamayan etkileşim görülmüştür. MEM+CZA kombinasyonunda bir izolatta sinerji, diğerinde tanımlanamayan etkileşim bulunmuş ve COL+CZA kombinasyonunda bir izolatta tanımlanamayan etkileşim saptanmıştır. İki yöntem arasındaki uyum %42,86 olarak tespit edilmiştir. Çalışmamızda dama tahtası yöntemi ile en yüksek sinerji oranı FOS+CZA kombinasyonunda tespit edilirken bunu MEM+CZA kombinasyonu izlemiştir. Time kill testi ile FOS+CZA ve MEM+CZA kombinasyonlarında sinerji saptandı. Dama tahtası yöntemi için standart yorumlama kriterlerinin bulunmaması ve zamana bağlı öldürme testi için testin uygulanış biçimi ve yorumlama kriterleri açısından fikir birliği bulunmaması çalışmalarda farklı sonuçların görülmesine neden olmaktadır. Bu farklılıklar, daha fazla çalışma yapılmasına ve her iki yöntem için standartların oluşturulmasına duyulan ihtiyacı göstermektedir.
Böbrek nakli olan hastalarda idraryolu enfeksiyonu açısından laboratuvar bulgularının değerlendirilmesi
Böbrek nakli, son dönem böbrek yetmezliği için en ideal tedavi yöntemi olan majör bircerrahi müdehaledir. Böbrek nakli sonrasında en önemli risklerden biri organ reddi diğeriiseenfeksiyonlardır.Böbreknaklisonrasıorganreddiniengellemekamacıylauygulanan immünsupresif tedavi ile nonpatojenorganizmalar dahi patojenhalegelebilmektedir.Ürinersistemenfeksiyon açısından riskliolduğundan nakil öncesi ve sonrasında değerlendirilmelidir. İdraryolu enfeksiyonu tanısı anamnez ve klinik semptomlar ile konulabilse de, kesintanı için tam idrar analizinin yapılması,idrarkültürününçalışılmasıgerekmektedir.Buçalışmaileböbreknakliolanhastalarınidraryolu enfeksiyonu açısından laboratuvar bulgularını değerlendirmek amacıyla GaziantepSANKOÜniversitesi SaniKonukoğluUygulamaveAraştırma Merkezi'nde tam idraranalizi veidrarkültürüçalışılmışolmakşartı ileböbreknakli olan erişkinhastalarınlaboratuvarsonuçlarıileenfeksiyonaetkenmikroorganizmalarincelenmiştir.Çalışmaya böbrek nakli olmuş 57 hasta dahil edilmiş, böbrek nakli sonrası TİT ve kültürsonuçları incelenmiştir. Çalışmamızda renal transplantasyon alıcılarında İYE için etkenmikroorganizmaları sırasıyla, E.coli (%58,33), Enterococcus spp. (%25), K.pneumoniae(%8,33), C. topicalis (%8,33) olarak saptanmıştır. Çalışmamızda kültür sonucuna göre İYEtanısı alma süresi (n=7) %57,1 (n=4) vakada transplantasyon sonrası ilk bir ay olarak tespitedilmiştir.TamotomatikidraranalizcihazlarıTİTiçinyeterlitanısaldoğruluğusağlayabildiğinden idrar yolu enfeksiyon varlığı takiplerinde kullanılabilecek ucuz ve hızlıyol gösterici cihazlardır. Nakilli hastalarda her ne kadar en sık asemptomatik bakteriürigörülse de,İYE takibinde TİTsonucunun etkin birşekilde değerlendirilmesi gereksizyapılankültüristemleriaçısındanönemlidir.
Bakteri kültüründe karbapenemazların tespiti için kullanılan hızlı tanı test kitleri sonuçları ve pcr sonuçlarının karşılaştırılması
Karbapenemler, Gram negatif bakterilere karşı yüksek düzeyde etkinlik gösteren antimikrobiyal ajanlardır ve bu patojenlerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisinde son seçenek olarak kullanılırlar. Ancak bu antibiyotiklerin yanlış ve aşırı kullanımı sonucunda karbapenem direncine sahip suşlar ortaya çıkmıştır. Son yıllarda Türkiye de dahil olmak üzere karbapenem dirençli suşlar dünya çapında artmaktadır. Oluşan bu direnç tedaviyi zorlaştırmaktadır. Özellikle karbapenemaz dirençli Klebsiella pneumoniae' nın %40-50 oranında ölüm oranına yol açması nedeniyle karbapenemazların hızlı ve doğru tanımlanmasını sağlamak, karbapenemaz üreten Enterobacterales türlerinin yayılmasını izlemek, önlemek tedavi için kritik öneme sahiptir. Karbapenemazların tespitinde Modifiye Hodge testi, karbapenemaz inaktivasyon yöntemi (CIM) ve CIM' in modifiye edilmiş versiyonu (mCIM), CarbaNP testi, MALDI-TOF MS, immünokromatografik lateral flow testi ve PCR gibi çeşitli fenotipik ve genotipik yöntemler vardır. CIM ve mCIM, sonuç için bir gece inkübasyon gerektirir ve bu testler yalnızca karbapenem hidrolizlerini tespit ederken enzim türünü belirleyemez. PCR, karbapenemaz tespiti için altın standart yöntem olarak kabul edilir. Ancak ek ekipman ve personele ihtiyaç duyulması PCR' ın laboratuvarlarda rutin olarak kullanımını kısıtlar. Son yıllarda karbapenemaz üreten Enterobacterales türlerini tanımlayabilen hızlı tanı testleri geliştirilmiştir. Bu çalışmada, Aralık 2021- Aralık 2023 tarihleri arasında iki yıllık süreçte laboratuvarda izole edilerek otomatize sistem ile EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) kriterlerine göre meropeneme dirençli (R) ve yüksek dozda duyarlı (I) saptanan, 54 K. pneumoniae izolatı, konvansiyonel PCR ve lateral flow hızlı test yöntemleriyle karbapenemazların varlığı açısından değerlendirilerek, iki yöntem sonuçları karşılaştırılmıştır. Çalışmamızda lateral flow (Coris BioConcept O.K.N.V.I. RESIST-5, Belçika) in vitro hızlı tanı testi; OXA-48, KPC, NDM ve VIM tipi karbapenemazları tespit etmede yüksek duyarlılık göstermiştir. Ancak literatürde belirtildiği üzere özellikle NDM ile ilgili yalancı negatif sonuçlarla karşılaşılabileceği akılda tutulmalıdır.
Yenidoğan bebeklerin tükürük, idrar ve kan örneklerinde CMV DNA'nın araştırılması
Primer CMV enfeksiyonu, sağlam konakta genellikle asemptomatik seyreder, ancak immün sistemi henüz gelişmemiş fetusta çok ciddi hasarlara yol açabilir. CMV'nin bulaş yollarının çeşitliliği sebebiyle, seropozitivite oranları yaşla birlikte artmaktadır. Konjenital CMV enfeksiyonu prevalansı, ülkemiz gibi maternal seroprevalansın yüksek olduğu gelişmekte olan ülkelerde %1-5 civarındadır. Çalışmamızda, Sanko Üniversitesi Hastanesi'nde doğan, 30 yenidoğanın idrar, tükürük ve kan CMV PCR testleri ile annelerinin gebelik takiplerindeki CMV IGM, CMV IGG test sonuçlarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Otuz bebeğe ait toplam 90 örnek CMV PCR ile araştırıldığında, tümü negatif olarak saptanmıştır. Yenidoğanların annelerinin gebelik dönemine ait CMV IgM, CMV IgG sonuçları incelendiğinde, tamamının CMV IgM sonucunun negatif olduğu görülmüştür. CMV IgG sonuçlarına göre gebelerin %93,3'ü seropozitif olarak değerlendirilmiştir. Maternal CMV taraması, fayda-maliyet durumuna göre değerlendirildiğinde, tedavisinin bulunmaması, gereksiz endişe ve girişimlere neden olabilmesi gibi sebeplerle evrensel olarak önerilmemektedir. Ancak konjenital CMV çeşitli nörolojik sekellere ve sensörinöral işitme kaybına neden olan, dünya genelinde konjenital enfeksiyonların en sık etkenidir. Dolayısıyla tespit edilemeyen işitme kaybı, konuşma ve dil becerilerinin normal kazanımına da zarar verebilir. Son on yılda tanı yöntemlerinde önemli gelişmelerin olması bu hastalarda CMV hastalığının klinik yönetiminde kolaylık sağlamıştır. Çalışmamızın en büyük sınırlılığı olgu sayımızın oldukça az olmasıdır. Toplumumuzdaki durumu daha net ortaya koyabilmek için prospektif olarak yenidoğanın en az iki yıl takibinin yapıldığı ülke çapında geniş çalışmalara ihtiyaç bulunmaktadır. Anahtar Kelimeler: Yenidoğan; CMV; CMV DNA.
Gıda üretimi ve dağıtımında çalışanlarda salmonella taşıyıcılığının araştırılması
Gıda kaynaklı hastalıklar küresel ölçekte önemli bir halk sağlığı sorunudur. Bu hastalıkların başlıca etkenlerinden biri olan Salmonella spp., özellikle hayvansal ürünler aracılığıyla insanlara bulaşabilmektedir. Etkenin tanısı kültür ve serolojik testlerle yapılabilir. Tedavide genellikle üçüncü kuşak sefalosporinler ve kinolonlar tercih edilir, ancak antibiyotik direnci, özellikle gelişmekte olan ülkelerde tedaviyi zorlaştırmaktadır. Bu nedenle temiz suya erişim, hijyen uygulamaları, güvenli gıda tüketimi ve aşılama önleyici açıdan kritik öneme sahiptir. Gıda zincirinde çalışan bireyler, asemptomatik taşıyıcı olduklarında dahi mikroorganizmayı gıdalara bulaştırarak salgın riski oluşturabilir. Bu nedenle, gıda çalışanlarının Salmonella taşıyıcılığı açısından düzenli olarak taranması hem gıda güvenliği hem de halk sağlığı açısından gereklidir. Bu çalışmaya, Mayıs 2024-Mayıs 2025 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi Yemekhanesi ile Gaziantep Üniversitesi Merkezi Mutfak birimlerinde taşeron işçi olarak çalışan toplam 94 gönüllü birey dahil edilmiştir. Katılımcılara demografik bilgilerini ve sağlık öykülerini içeren anket uygulanmış, her bireyden gaita ve kan örnekleri toplanmıştır. Gaita örnekleri, Salmonella izolasyonu amacıyla selektif zenginleştirme besiyeri olan Selenit F buyyona inoküle edilmiş, ardından Salmonella-Shigella (SS) agar ve Xylose Lysine Deoxycholate (XLD) agar gibi selektif-diferansiyel besiyerlerine ekim yapılarak kültürleri incelenmiştir. Şüpheli koloniler morfolojik özellikleri dikkate alınarak seçilmiş ve BD Phoenix tam otomatik mikrobiyoloji sistemi kullanılarak biyokimyasal ve identifikasyon testleri ile doğrulanmıştır. Kan örnekleri santrifüj edilerek serumları ayrılmış, Gruber-Widal aglütinasyon testi ile serolojik değerlendirmeleri yapılmıştır. Kültür ve serolojik testler sonucunda, incelenen bireyler arasında Salmonella taşıyıcılık oranı %1.06 olarak saptanmıştır. Bu bulgular, gıda üretim ve dağıtımında çalışan asemptomatik Salmonella taşıyıcılarının, patojeni kontamine gıdalar aracılığıyla yayma potansiyeli nedeniyle halk sağlığı açısından ciddi bir risk oluşturduğunu göstermektedir. Sonuçlar, gıda sektöründe çalışan bireylerde rutin tarama programlarının, düzenli taşıyıcılık testlerinin ve mikrobiyolojik sürveyansın önemini vurgulamaktadır. Ayrıca, hijyen uygulamalarının iyileştirilmesi, taşıyıcıların yakından izlenmesi ve antimikrobiyal kullanımının dikkatli yönetilmesi gerektiği ortaya konmuştur. Bu çalışma, gıda güvenliğini sağlamaya yönelik mikrobiyolojik önlemlere katkıda bulunmakta olup, gelecekte yapılacak araştırmalarda özellikle taşıyıcı bireylerin mikrobiyolojik ve epidemiyolojik özelliklerinin daha ayrıntılı incelenmesi, kapsamlı koruyucu sağlık politikalarının geliştirilmesine ışık tutacaktır.
Laboratuvar yapımı bir PCR yöntemi ile Mycobacterium tuberculosis Kompleks'inin saptanması
Tato, V. Laboratuvar Yapımı Bir Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) Yöntemi İle Mycobacterıum tuberculosıs Kompleksinin Saptanması. Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Mikrobiyoloji Programı, Doktora Tezi, Ankara, 2024. Bu çalışmanın amacı, senX3-regX3 gen sistemi hedef alınarak ve özgün primerler kullanılarak geliştirilen gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (real-time PCR) testinin, MTBK'nin saptanmasındaki etkinliğini ortaya koymaktır. Bu amaçla, MTBK için özgül ve iyi korunmuş bir bölge olan senX3-regX3 gen bölgesini hedef alan iki farklı primer-prob seti tasarlanmıştır. Bu çalışmada Hacettepe Üniversitesi Hastaneleri Merkez Laboratuvarında TB tanısı konmuş hastaların balgam örneklerinden izole edilen 20 MTBK izolatının saf kültürlerine sekizer adet seri dilüsyon yapılarak elde edilen 160 örnek kullanılmıştır. Yirmi adet negatif kontrol grubu izolatının eklenmesiyle toplam örnek sayısı 180 olmuştur. MTBK senX3 ve regX3 hedef gen bölgeleri için tasarlanmış primer ve prob setleri ile geliştirilmiş olan iki farklı laboratuvar yapımı ('in-house') gerçek zamanlı PCR testi örneklere uygulanmıştır. Örnekler eş zamanlı olarak altın standart kültür yöntemi olarak Löwenstein-Jensen (LJ) besiyerine de ekilmiş ve elde edilen sonuçlar karşılaştırılmıştır. Çalışma sonucunda senX3 gen bölgesinin hedef alındığı laboratuvar yapımı gerçek zamanlı PCR testinin duyarlılığı %95,8; özgüllüğü ise %95 olarak saptanmıştır. regX3 gen bölgesinin hedef olarak alındığı laboratuvar yapımı gerçek zamanlı PCR testinde ise duyarlılık ve özgüllük sırasıyla %97,5 ve %90 olarak bulunmuştur. Sonuç olarak bu çalışmada MTBK saptanması amacıyla geliştirilen laboratuvar yapımı gerçek zamanlı PCR tanı testi için hedef olarak seçilen senX3-regX3 gen bölgesi ile ümit verici sonuçlar alınmıştır. Bu bölgenin farklı moleküler tanı yöntemlerinin geliştirilmesinde iyi bir hedef bölge olabileceği düşünülmektedir.
Mycobacterium fortuitum izolatlarında biyofilmoluşumu ve klaritromisin duyarlılığınınaraştırılması
Kurumanastırlı Berke, Mycobacterium fortuitum İzolatlarında Biyofilm Oluşumu ve Klaritromisin Duyarlılığının Araştırılması, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Uzmanlık Tezi, Ankara, 2024. Mycobacterium fortuitum, hızlı üreyen tüberküloz dışı mikobakteri (TDM) türlerinden biridir. Dış ortamda çok yaygın bulunan bu bakteri özellikle immünsupresif hastalarda nazokomiyal enfeksiyonlar ile ilişkilendirilmiştir. M. fortuitum'un çeşitli yüzeylerde (cerrahi alet, implant, vb.) biyofilm oluşturabildiği gösterilmiştir. Biyofilm mukopolisakkarid tabaka ve mikroorganizma topluluğundan meydana gelen yüzey oluşumudur. Biyofilm tabaka içerisindeki özelleşmiş hücrelerin yükselmiş antimikrobiyal minimum inhibitör konsanstrasyon (MİK) değerlerine bağlı olarak tedavi başarısızlığına neden olabileceği gösterilmiştir. M. fortuitum enfeksiyonlarının tedavisinde kullanılan antimikobakteriyel ajanlardan biri olan makrolid grubu üyesi klaritromisine karşı erm (39) genindeki mutasyonlar indüklenebilir makrolid direnci ile ilişkilendirilmiştir. Çalışmamızda, 40 adet M. fortuitum suşunda, standart sıvı mikrodilüsyon testi ile klaritromisin duyarlılığının belirlenmesi, biyofilm oluşturma özelliklerinin araştırılması ve erm (39) geninde mutasyon varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Yetmiş ikinci saatte yapılan değerlendirmede tüm izolatlar duyarlı, 14. günde izolatların %65'i indüklenebilir makrolid dirençli olarak raporlanmıştır. Biyofilm oluşumunun araştırılması için kristal viyole yöntemi kullanılmıştır ve iki izolat (%5) "orta biyofilm pozitif", 38 izolat (%95) "zayıf biyofilm pozitif" olarak rapor edilmiştir. Sanger dizileme yöntemi kullanılarak erm (39) geninde mutasyon varlığı araştırılmıştır. İzolatların tamamında PZR'de, erm (39) geni pozitif bulunmuştur. Dünyada ve ülkemizde M. fortuitum'u ele alan duyarlılık ve biyofilm çalışmaları oldukça sınırlı sayıdadır. Elde edilen sonuçlar ile M. fortuitum enfeksiyonlarında daha bilinçli ve etkili bir tedavi prensibine katkıda bulunmayı hedeflemekteyiz.
İnsan papilloma virüsünün saptanmasındalaboratuvar yapımı LAMP yönteminin etkinliğinindeğerlendirilmesi
İnsan Papilloma Virüsleri (Human papilloma virüs: HPV) insanlarda cilt ve mukoza enfeksiyonlarına sebep olan DNA virüsleridir. HPV enfeksiyonu, en sık görülen cinsel yolla bulaşan enfeksiyonlar arasında birinci sıradadır. Günümüzde 200'den fazla HPV tipi tanımlanmıştır ve yüksek riskli (high risk: HR) tipler olarak bilinen onkojenik HPV tiplerinin neden olduğu kalıcı enfeksiyon, kanser öncülü lezyonlara ve kansere neden olabilmektedir. Bunlar arasında da HPV 16 ve HPV 18 tipleri en yüksek karsinojenik potansiyele sahip olanlardır. HR HPV tiplerinin neden olduğu kanserler arasında serviks kanseri ilk sırada gelmektedir ve serviks kanseri olgularının çoğunluğu HPV 16 ve HPV 18 enfeksiyonlarından kaynaklanmaktadır. Uygun aşılama ve tarama programları sayesinde serviks kanseri gelişmesine engel olunabilmektedir. Klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında servikal sürüntülerden HPV DNA varlığının araştırılması ve HPV genotiplemesi amacıyla PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) temelli testler kullanılmaktadır. PZR için termal döngü cihazı gibi özel bir ekipman, önemli miktarda zaman ve eğitimli personel gerekmektedir. Bu gerekliliklerinden ötürü, PZR testlerine ulaşabilen birey sayısı sınırlıdır. PZR'nin bilinen zorluklarına çözüm olması amacıyla Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification: LAMP) olarak bilinen yöntem geliştirilmiştir. LAMP yöntemi ile kompleks laboratuvar cihazlarına ihtiyaç duyulmadan, 60-65°C sabit sıcaklıkta ve kısa bir sürede DNA amplifikasyonu gerçekleştirilebilmektedir. Bu çalışmada, serviks kanseri olgularının büyük çoğunluğundan sorumlu olan HPV 16 ve HPV 18 genotiplerinin klinik örneklerden saptanmasında LAMP yönteminin etkinliğini değerlendirmek amaçlanmıştır. Bir yıl boyunca moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında PZR testi sonuçlandırılan örnekler içerisinde HPV 16 ve HPV 18 pozitif olanlar ileriye dönük olarak toplanmıştır. Toplamda 288 adet servikal sürüntü örneğinden 259 adet HPV 16 ve 29 adet HPV 18 elde edilmiştir. LAMP için primer tasarlanması ve LAMP optimizasyonu yapıldıktan sonra tüm izolatlar LAMP deneylerine dahil edilmiştir. LAMP yönteminin HPV 16 5 ve HPV 18 saptamadaki performansını değerlendirmek için PZR sonuçları referans alınmıştır. Elde edilen sonuçlara göre LAMP yönteminin HPV 16 için duyarlılığı %97 ve özgüllüğü %100 olarak saptanırken, HPV 18 için ise duyarlılık %86 ve özgüllük %91 olarak saptanmıştır. LAMP yönteminin tespit edebileceği minimum virüs miktarının HPV 16 ve HPV 18 genotiplerinin her ikisi için de 10 IU/mL olduğu tespit edilmiştir. Çalışmada, LAMP yöntemi ile servikal sürüntülerden DNA izolasyonu yapılmadan da HPV 16 ve HPV 18 saptamanın mümkün olduğu görülmüştür. Bunun yanı sıra LAMP reaksiyon ürünlerinin tespitinde Sybr Green boyası veya yanal akış şeridi kullanarak görsel sonuç almanın mümkün olduğu görülmüştür. Sonuç olarak; LAMP yönteminin HPV 16 ve HPV 18 saptanması için laboratuvarda veya hasta başı test uygulamasında faydalı bir yöntem olabileceği düşünülmüştür. Örnek sayısı ve çeşitliliği arttırılarak, yöntemin performansını geliştirici çalışmalara ihtiyaç olduğu kanısına varılmıştır.
Hacettepe Üniversitesi Hastanelerindeki klinik örneklerden elde edilen acinetobacter baumannii complex'in klorheksidin ve kolistin duyarlılıklarının belirlenmesi
Acinetobacter baumannii complex (ABC)'in 2006'lı yıllarda yara yeri enfeksiyonu olarak ilk olgunun ortaya çıkmasından sonra tüm dünyaya yayılarak ve artan oranda antimikrobiyal direnç profilinin ortaya çıkması, WHO (Dünya Sağlık Örgütü)'nun bu patojeni hedef tahtasına oturtmasını sağlamıştır. Neden olduğu enfeksiyonun tedavisi yeni tedavi modaliteleri piyasaya sürülmesinin ardından gelişen direnç nedeniyle komplike bir duruma dönüşmüştür. Hem kromozomal hem de hareketli genetik yapılar olması bakımından, çok yetenekli bir patojene ile yıllardır maruz kalmaktayız. Bu çalışmanın amacı, ABC izolatlarında kolistin ve klorheksidin arasında çapraz direncin olup olmadığı ve kolistine karşı direnç profilini ortaya çıkartmaktır. Dolayısıyla, çalışma; kan kültürü, BAL, DTA gibi bölgelerde enfeksiyon yapan ABC'nin izole edilmesi, kolistin ve klorheksidin duyarlılık profilinin ortaya çıkarılması ve klonal varlığının çeşitliliğinin tesbiti üzerine dayanmaktadır. Çalışmaya dahil edilen 100 A. baumannii izolatı için, EUCAST (EUROPEAN COMMITTE ON ANTIMICROBIAL SUSCEPTIBILITY TESTING) klinik eşik ve sıvı mikrodilüsyon önerilerine göre kolistin ve klorheksidin duyarlılık profili belirlenmiştir. 15 izolatta kolistin direnci, on yedi izolatta ise 17 klorheksidin orta duyarlı izolat bulunmuştur. Yalnız bir 1 izolatta, hem klorheksidin orta duyarlılık hem de kolistin direnci saptanmıştır. A. baumannii dışında yapılan diğer bakterilerle pleiotropik direncin araştırılması için yapılan in-vitro deneylere göre, A. baumannii'de kolistin direncinin, klorheksidinin maruziyetiyle kazanmasının uyumun maliyeti olabileceğini ifade edebilmesi için ileri deneylere gereksinim vardır. Ayrıca kolistin direnci olan ABC izolatı için, PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) yapılmış olup yedi farklı klon saptanmıştır. Bu çalışma klorheksidin ile kolistin arasındaki ilişkiyi A. baumannii'de inceleyen ilk çalışma olup, başta İç Hastalıkları Yoğun Bakım Ünitesinde, klorheksidin azalmış duyarlılığın ve kolistin direncinin diğer yataklı bakım servislerine göre daha yüksek olduğu, kolistin dirençli enfeksiyon etkenlerinin tek bir klondan kaynaklanmayıp yedi farklı klondan kaynaklandığı ortaya çıkarılmıştır.
Primer ve sekonder immün yetmezlikli hastalarda saptanan sitomegalovirüs suşlarında gansiklovir direncinin genotipik yöntemlerle araştırılması
İmmün yetmezliği olan hasta grupları modern tıbbın ilerlemesiyle birlikte artmaktadır. Sitomegalovirüs (CMV), özellikle nakil hastaları ve insan immün yetmezlik virüsü (HIV) ile yaşayan bireyler gibi immün yetmezliği olan hasta gruplarında fırsatçı patojen olarak ciddi hastalık ve ölümlere sebep olmaktadır. Bazen, bu enfeksiyonlar ilk tedavi seçeneği olan gansiklovire klinik olarak yanıt vermemektedir. Sonuçta uzamış tedavi ve hastaneye yatış süresi, yan etkileri daha fazla olan medikal tedavi değişiklikleri, kalıcı organ hasarları ve ölüme kadar gidebilen süreçler yaşanabilmektedir. Tüm bunlar göz önüne alındığında tedavi sürecinde antiviral direnç testlerinin önemi daha da artmaktadır. Bu çalışmada, Hacettepe hastanelerine başvuran primer ve sekonder immün yetmezliği olan hastalarda görülen CMV enfeksiyonları ve bu enfeksiyona sebep olan CMV suşlarında gansiklovire karşı direnç varlığının genotipik yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır. CMV organ tutulumu olan hastalarda, olmayanlara oranla daha fazla antiviral direnç görülmesi öngörülmüştür. Bir yıl boyunca çalışmaya dahil edilen hasta plazmaları ileriye dönük olarak toplanmıştır. Toplamda 142 hastaya ait plazma örneklerinden CMV DNA izolasyon işlemi gerçekleştirilmiştir. Primer tasarlanması ve nested-PZR optimizasyonu yapıldıktan sonra tüm DNA izolatları bu PZR deneyine dahil edilmiştir. Deneyler sonucunda 77 hastada hedeflenen bölgede amplikon saptanmıştır. Elde edilen amplikonlar Sanger DNA dizileme yöntemi ile dizilenmiş ve sonuçta 77 hasta için veri elde edilmiştir. Elde edilen diziler kullanıma açık olan bir direnç ilişkili mutasyon saptayan platform üzerinden yorumlanmıştır. Sonuçta 77 hastadan ikisinde gansiklovir direnciyle ilişkili M460V ve A594V mutasyonları saptanmıştır. İki hastada genetik polimorfizmle ilişkili olan D605E mutasyonu bulunmuştur. Ayrıca gansiklovir direncine olan etkisi bilinmeyen V542I mutasyonu üç hastada, A435V ve A427T mutasyonlarının varlığı ise iki ayrı hastada gösterilmiştir. Hematopoetik kök hücre nakli (HKHN) alıcısı olan 32 hastanın üçüne olası akciğer tutulumu ve bir hastaya CMV pnömonisi tanısı koyulmuştur. Yine bu grupta iki hastada gastrointestinal sistem (GİS) tutulumu ve dört hastada retinit görülmüştür. Bir HIV hastasında görülen akciğer tutulumu hariç tüm organ tutulumları HKHN alıcılarında görülmüştür. Ayrıca çalışmamıza yedi solid organ nakli (SOT), üç HIV enfeksiyonu, iki konjenital CMV enfeksiyonu ve diğer hastalıklara bağlı immün yetmezliği olan 33 hasta katılmıştır. Direnç ilişkili M460V mutasyonu CMV retiniti olan hastada, A594V mutasyonu ise CMV pnömoni tanısı alan hastada saptanmıştır. Sonuç olarak; CMV organ tutulumu olan ve olmayan hasta grupları arasında gansiklovir direnci açısından anlamlı fark saptanmamıştır (p=0,610). Hasta gruplarındaki katılımcı sayısının artırılıp, her bir hasta grubunun tek başına değerlendirildiği çalışmalara ihtiyaç olduğu kanısına varılmıştır. Anahtar Kelimeler: CMV antiviral duyarlılık; genotipik antiviral duyarlılık testleri; antiviral direnç; Sanger dizileme yöntemi; immün yetmezlik Destekleyen kuruluş: Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Koordinasyon Birimi, Proje no: THD-2022-20069
Klinik bacteroides fragilis grubu ı̇zolatlarda enterotoksin ve antibiyotik direnç genlerinin prevalansı ve moleküler tiplendirme
Bacteroides fragilis grubu (BFG) izolatları ile gelişen enfeksiyonların tedavisinde kullanılan antibiyotiklere dünya çapında artan direnç oranları bildirilmektedir. Direnç profilleri ülkeler, bölgeler ve hatta hastaneler arasında değiştiği için sürveyans önem arz etmektedir. Bu çalışmada hastanemizde BFG izolatlarında antibiyotik direnç prevalansının, direncin genetik mekanizmalarının belirlenmesi ve bu izolatların moleküler epidemiyolojisinin saptanması amaçlanmıştır. Antibiyotik duyarlılık testleri agar dilüsyon yöntemiyle, direnç genleri tespiti gerçek zamanlı PZR yöntemiyle, moleküler tiplendirme AP-PCR yöntemiyle yapılmıştır. BFG izolatlarının ampisilin, sefoksitin, piperasilin/tazobaktam, imipenem, meropenem, klindamisin, metronidazol ve tigesikline karşı direnç oranları sırasıyla %97.8, %28.3, %11.6, %7.9, %5.1, %47.8, %0 ve %4.3'tür. Tüm izolatlar içinde cepA, cfxA, cfiA, ermF, ermG, ermB, nim, linA, mefA, msrSA, tetQ, tetX, tetX1 ve bft geni sırasıyla %42.8, %44.9, %8.7, %44.2, %10.9, %2.2, %0.7, %29, %17.4, %7.2, %76.1, %8, %37.7 ve %16.7 oranlarında saptanmıştır. Klindamisin direnç genlerinin (ermF, ermG, ermB, mefA, msrSA, linA) BFG izolatlarında yaygın olduğu belirlenmiştir. Karbapenem direnç geni (cfiA) taşıyan 12 B. fragilis izolatının beşinde upstream bölgesinde IS [IS1187(n=3), ISBf6(n=1), IS612B(n=1)] saptanmıştır. Bu izolatlarda yüksek imipenemaz aktivitesi olduğu gözlenmiştir. Metronidazole azalmış duyarlılık saptanan bir izolatta nimE geni saptanmıştır. AP-PCR ile 101 farklı genotip saptanmış, BFG'de yüksek düzeyde genetik farklılık olduğu gözlenmiştir. Bu çalışmada, BFG izolatlarının antibiyotiklere direnç durumları ve direnç gelişiminde önemli role sahip direnç genlerine ait veri sağlanmıştır.
Kan kültüründen izole edilen acinetobacter baumannii ve pseudomonas aeruginosa suşlarında karbapenem heterodirenci varlığının fenotipik ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Heterodirenç (HD) ilk kez 1947 yılında Haemophilus influenzae'da saptanmasının ardından, birçok bakteri türünde ve farklı antibiyotiklere karşı tespit edilmiştir. Genel anlamda heterodirenç; duyarlı bir bakteri popülasyonu içinde farklı duyarlılıklara sahip bakteri alt popülasyonlarının varlığı olarak tanımlanmaktadır. Heterodirenç sayesinde bakterinin ortamdaki bakterisidal antibiyotik maruziyetinden etkilenmemesinin yanı sıra, heterodirencin bakteride evrimsel olarak antibiyotik direnci gelişiminde bir ara evre olabileceği düşünülmektedir. Çoklu ilaca dirençli ve tüm ilaçlara dirençli bakterilerin sebep olduğu enfeksiyon prevalansının giderek arttığı günümüzde, pek çok bakteri türünde birçok antimikrobiyale karşı yüksek HD prevalansı bildirilmesi, bu hipotezi desteklemektedir. Çalışmamıza; Ocak 2014-Temmuz 2018 tarihleri arasında, Hacettepe Üniversitesi Hastanesi Merkez Bakteriyoloji Laboratuvarı'na gönderilen kan kültürlerinden izole edilen 256 A.baumannii ve 152 P.aeruginosa olmak üzere, toplam 408 non-fermentatif bakteri dahil edilmiştir. İzolatların imipenem (İMP) ve meropenem (MEM) duyarlılıkları, sıvı mikrodilüsyon (SMD) yöntemi ile belirlenmiştir. Çalışmamızda CLSI sınır değerlerine göre; 256 A.baumannii izolatının %11,3'ü (s=29) İMP-duyarlı, %0,4'ü (s=1) İMP "intermediate" %88,3'ü (s=226) İMP-dirençli; MEM için %11,7'si (s=30) MEM-duyarlı, %0,8'i (s=2) MEM "intermediate", %87,5'i (s=224) MEM-dirençli olarak saptanmıştır. P.aeruginosa izolatlarına ait SMD sonuçları incelediğinde ise; 152 izolatın İMP için %37,5'i (s=57) duyarlı, %19,1'i (s=29) "intermediate" ve %43,4'ü (s=66) dirençli iken; MEM için %38,1'i (s=58) duyarlı, %15,1'i (s=23) "intermediate" ve %46,8'i (s=71) dirençli olarak tespit edilmiştir. SMD testi ile İMP veya MEM duyarlı olduğu saptanan izolatlarda İMP ve MEM HD varlığı disk difüzyon testi, antibiyotik gradiyent testi ve popülasyon analizi profili (PAP) testi uygulanarak araştırılmıştır. A. baumannii izolatlarında İMP-HD sıklığı %24,1, MEM-HD sıklığı %30; P. aeruginosa izolatlarında İMP-HD sıklığı %57,9, MEM-HD sıklığı %13,8 olarak bulunmuştur. Karbapenem direnç epidemiyolojisini belirlemek amacıyla, SMD testi ile karbapenem duyarlı olmadığı saptanan suşlarda karbapenemaz genleri polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile araştırılmıştır. Karbapenem-dirençli A.baumannii izolatlarının hepsinde blaOXA-51 saptanmış, %86,3'ünde (s=195) blaOXA-23, %0,9'unda (s=2) blaOXA-24, %0,9'unda (s=2) blaOXA-58 ve %0,9'unda (s=2) blaNDM genleri amplifiye edilmiştir. Karbapenem-dirençli P.aeruginosa izolatlarının %4.2'sinde (s=3) blaIMP, %26,8'inde (s=19) blaOXA-10 ve %1,4'ünde (s=1) blaOXA-2 belirlenmiştir. Heterodirenç varlığının genotipik yöntemlerle araştırılması amacıyla; HD'li olduğu tespit edilen izolatlarda karbapenemaz genlerinin varlığı, PZR yöntemi ile araştırılmıştır. Karbapenem-dirençli A.baumannii alt popülasyonlarının tümünde blaOXA-51 geni, %75'inde (s=12) blaOXA-23 geni saptanmıştır. Karbapenem-dirençli P.aeruginosa alt popülasyonlarının hiçbirinde karbapenemaz genleri amplifiye edilmemiştir. Heterodirençli bakteri popülasyonlarının özellikle bağışıklık sistemi baskılanmış kişilerde persistan ve tekrarlayan enfeksiyonlara yol açabilmesi sebebiyle HD'li bakterilerin saptanması klinik açıdan büyük öneme sahiptir. HD tespitinde altın standart yöntem olduğu kabul edilen PAP testi, zaman alıcı ve emek yoğun bir test olması nedeniyle rutin hizmet veren mikrobiyoloji laboratuvarlarında çalışılamamaktadır. Literatürdeki çalışmalarda difüzyon testlerinin rutin hizmet veren mikrobiyoloji laboratuvarlarında HD tespitinde kullanılabileceği belirtilmesine rağmen çalışmamızda difüzyon temelli testlerin düşük duyarlılık ve özgüllüğe sahip olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak, günümüzde hala HD'li izolatlarının saptanması amacıyla kullanılabilecek, PAP testi dışında güvenilir bir test bulunmamaktadır.
Anadolu'da HIV-1 enfeksiyonunun moleküler epidemiyolojik analizi ve antiretroviral ilaç direnç profilinin incelenmesi
İnsan İmmün Yetmezlik Virüsü (HIV) ile enfekte birey sayısı, günümüzde hala artmaya devam etmektedir. Çalışmada antiretroviral (ARV) tedavi almamış bireylerde proteaz inhibitörleri (PI), nükleozit ters transkriptaz inhibitörleri (NRTI), non-nükleozit ters transkriptaz inhibitörleri (NNRTI), integraz inhibitörleri (INSTI) ve kapsit inhibitörüne (CAI) karşı direnç oranları ile HIV-1 alt tip dağılımının tespit edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya 17.11.2021 – 30.11.2022 tarihleri arasında 104 HIV-1 ile enfekte tedavi almamış birey dahil edildi. Proteaz, ters transkriptaz, integraz ve kapsit gen bölgeleri amplifiye edilip Sanger yöntemiyle dizilendi. Çalışmaya dahil edilen 104 bireyden 97'sinin 25 farklı şehirden ve 7'sinin de 5 farklı ülkeden importe olgu olduğu tespit edildi. Olası bulaş yollarının %64,42'sinden erkeklerle cinsel ilişkiye giren erkeklerin, %30,77'sinden heteroseksüel ilişkinin sorumlu olduğu, %4,81'inde ise olası bulaş yolunun bilinmediği saptandı. Alt tiplerin dağılımları B (%55,77), A (%14,42), B+CRF02_AG (%8,65), B+F (%7,69), CRF02_AG (%3,85), G+CRF02_AG (%2,88), G (%1,92), A+G (%1,92), B+C (%0,96), C (%0,96), F (%0,96) şeklinde tespit edildi. Herhangi bir ARV ilaca karşı direnç ile ilişkili mutasyon %14,42 oranında tespit edilirken PI'ne karşı %1,92, NRTI'ne karşı %4,80 ve NNRTI'ne karşı %7,69 oranında direnç mutasyonu görülmüştür. INSTI ve CAI'ne karşı direnç mutasyonu tespit edilmemiştir. Kapsit inhibitörü "Lenacapavir" en yeni FDA onayı alan HIV-1 ARV ilaç grubudur. Bu çalışma ülkemizde CAI'ne karşı direnç mutasyonunun araştırıldığı ilk çalışmadır. CAI'ne karşı direnç mutasyonunun tespit edilmemiş olması Lenacapavir'in Türkiye'de direnç sorunu olmadan kullanılabilecek bir ilaç seçeneği olabileceğini göstermektedir. Ülkemize son yıllarda gelen göç hareketleri nedeniyle HIV alt tiplerinde ve ARV ilaçlara karşı direnç oranlarında değişiklikler meydana gelme olasılığı bulunmaktadır. Çalışmamızda tespit edilen alt tipler ve ARV direnç oranları geçmişte ülkemizden yayınlanan veriler ile halen benzerlik göstermektedir ancak HIV-1 alt tiplerinin ve antiretroviral ilaç direncinin yakından ve sürekli takip edilmesi gerekmektedir.
Klinik örneklerden izole edilen haemophilus influenzae suşlarının in vitro antibiyotik duyarlılıklarının eucast ve clsı kriterleri doğrultusunda değerlendirilmesi ve beta-laktam direncinin moleküler analizi
İnvazif ve invazif olmayan enfeksiyonlardan sorumlu olan Haemophilus influenzae izolatlarının antibiyotik direnci özellikle beta-laktam grubu antibiyotikler başta olmak üzere tüm dünyada giderek artmaktadır. Bu çalışmada H. influenzae izolatlarının in vitro antibiyotik duyarlılık profillerinin EUCAST ve CLSI kriterleri doğrultusunda değerlendirilmesi, beta-laktam grubu antibiyotiklere karşı gelişen direnç mekanizmalarının moleküler düzeyde incelenmesi, EUCAST ve CLSI kriterlerine göre elde edilen sonuçların altta yatan direnç mekanizması ile ilişkisinin irdelenmesi amaçlandı. Çalışmaya Ocak 2018-Haziran 2022 tarihleri arasında Hacettepe Üniversitesi Hastaneleri Merkez Bakteriyoloji Laboratuvarında kan ve solunum yolu örneklerinden izole edilen 150 adet H. influenzae izolatı dahil edildi. İzolatların tanımlanması MALDI-TOF MS ile yapıldı. Ampisilin, amoksisilin-klavulanik asit, meropenem, sefotaksim, sefuroksim, tetrasiklin, trimetoprim-sülfametoksazole duyarlılık durumu disk difüzyon yöntemiyle belirlendi. Ampisilin ve sefotaksim için MİK değerleri ise sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle belirlendi. EUCAST önerileri doğrultusunda, florokinolonlara yönelik nalidiksik asit tarama testi uygulandı ve beta-laktam direnç mekanizmalarının saptanması için önerilen akış şeması gereğince benzilpenisilin G tarama testi yapıldı. Duyarlılık test sonuçları EUCAST rehberine göre değerlendirildi. Ayrıca izolatların CLSI kriterleri doğrultusunda disk difüzyon yöntemi kullanılarak elde edilen duyarlılık sonuçları Laboratuvar Bilgi Yönetim Sistemi verileri üzerinden alındı. İzolatların beta-laktamaz aktivitesi kromojenik nitrosefin diskiyle saptandı. Beta-laktamaz pozitif izolatlarda blaTEM-1 ve blaROB-1 genlerinin varlığı konvansiyonel PZR yöntemiyle araştırıldı. Beta-laktamaz negatif ampisilin dirençli (BLNAR) ve beta-laktamaz pozitif amoksisilin klavulanik asit dirençli (BLPACR) olarak belirlenen izolatlarda ftsI geninin PZR ürünlerine dizi analizi yapılarak beta-laktam direncine yol açan mutasyonlar saptandı. Çalışmaya 102 balgam, 24 bronkoalveolar lavaj, 13 derin trakeal aspirasyon ve 11 kan örneği dahil edildi. Disk difüzyon yöntemiyle EUCAST kriterleri doğrultusunda, izolatların %58,7'si benzilpenisilin G'ye, %35,3'ü ampisiline, %32,7'si amoksisilin-klavulanik aside, %38,9'u sefuroksime, %1,3'ü sefotaksime, %1,3'ü meropeneme, %6,7'si nalidiksik aside, %2'si tetrasikline, %37,6'sı trimetoprim-sülfametoksazole dirençli bulundu. Sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle EUCAST kriterleri doğrultusunda, izolatların %24,3'ü ampisiline, %4,7'si sefotaksime dirençli bulundu. EUCAST ve CLSI sonuçları karşılaştırıldığında; ampisilin ve amoksisilin-klavulanik asit için direnç oranı EUCAST'e göre yapılan antibiyotik duyarlılık testlerinde daha yüksek bulunurken, tetrasiklin ve trimetoprim-sülfametoksazol için direnç oranının CLSI'a göre yapılan duyarlılık testlerinde daha yüksek olduğu görüldü. Sefalosporinler açısından sefotaksim duyarlılık sonuçları benzerken, sefuroksim için direnç oranı EUCAST'e göre yapılan antibiyotik duyarlılık testlerinde dikkat çekici bir oranda daha yüksek bulundu. Meropenem için iki kılavuz arasındaki duyarlılık sonuçları benzerdi. Nitrosefin diskiyle 18 izolat beta-laktamaz pozitif olarak saptandı ve tümünde blaTEM-1 geni pozitif olarak bulundu. İzolatların 35'i (%23,3) BLNAR, 16'sı (%10,7) BLPACR olarak belirlendi. Bu 51 izolatın 49'una yapılan ftsI geninin dizi analizi sonucunda dört izolatta bir mutasyon saptanmadı ve genotipik sınıflandırmaya dahil edilmedi. Dizi analizinde 18 pozisyonda toplamda 19 aminoasit yer değişikliği saptandı ve en sık görülen mutasyonlar D350N, M377I, G490E, A502V ve N526K olarak belirlendi. ftsI mutasyonları temel alınarak oluşturulan genotipik sınıflandırmalara göre, grup I'da bir izolat, grup IIa'da dokuz izolat, grup IIb'de 25 izolat, grup IIc'de iki izolat, grup IId'de üç izolat, grup III benzerinde dört izolat, grup III+'da bir izolat belirlendi. Direnç mutasyonu görülen 34 BLNAR izolatının 31'i düşük düzey dirençli BLNAR (grup I ve II) olarak bulunurken, üçü yüksek düzey dirençli (grup III) olarak bulundu. Direnç mutasyonu görülen 11 BLPACR izolatının dokuzu düşük düzey dirençli BLPACR olarak bulunurken, ikisi yüksek düzey dirençli BLPACR olarak bulundu. Yüksek düzey BLNAR ve BLPACR dirençle ilişkilendirilen ftsI mutasyonlarının saptanması, H.influenzae izolatlarında rutin laboratuvarlarda uygulanan nitrosefin testi ve kullanılan antibiyotik duyarlılık testlerinin performansının gözden geçirilmesi gerekliliğini ortaya koymaktadır.
HIV pozitif bireylerde Sanger dizileme ile ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması
Amaç: Şanlıurfa'da tanı almış 132 naif HIV ile yaşayan bireyin demografik özellikleri, viral genetik çeşitliliği, ilaç direnci analizi ve immun belirteçlerin incelenmesini amaçlamaktadır. Gereç ve Yöntem: 2020-2024 yılları arasında Şanlıurfada HIV enfeksiyonu tanısı alan tedavi başlanmamış 132 hasta örneğinde ABI 3500xl Genetic Analyzer (Applied Biosystems, ABD) cihazında Sanger sekanslama gerçekleştirildi. CD4+ T lenfosit sayısının belirlenmesinde BD FACSLyric akım sitometri sistemi, HIV RNA düzeyinin belirlenmesinde ise ELITe BeGenius cihazı kullanılarak analizler gerçekleştirilmiştir. Hastaların demografik bilgileri hastane bilgi sisteminden geriye dönük olarak alınmıştır. Bulgular: Olası HIV bulaş yolu açısından, en yaygın yol %41,7 ile heteroseksüel bulaş olarak bildirirken, bunu %34,1 oranında diğer/bilinmeyen ve %24,2 oranında homoseksüel (MSM) bulaş takip etmiştir. Hastaların HIV RNA düzeyinin ortancası 62.059 kopya/mL (1-17.400.000), CD4 hücre sayısının ortancası 354 hücre/mm³ (9-1137) ve CD4/CD8 oranının ortancası 0,30 (0,01-0,91) olarak kaydedilmiştir. HIV alt tiplerinin dağılımında, %70,5'inde B alt tipi, %29,5'inde Non-B alt tipleri tespit edilmiştir. Non-B alt tipleri arasında en sık görülenler sırasıyla %35,8 oranında CRF56_cpx, %15,3 oranında A alt tipi, %10,3 oranında CRF29_BF alt tipi ve %7,6 oranında C alt tipidir. Hastaların %40,9'unda (n: 54) ilaç direnci mevcutken, %59,1'inde (n: 78) ilaç direnci bulunmamaktadır. ARV gruplarına göre direnç dağılımı incelendiğinde, %33,3'ü (n: 44) NNRTI, %5,3'ü (n: 7) NRTI ve %2,3'ü (n: 3) PI'a karşı dirençli bulunmuştur. Hastaların %64,4'ünde (n: 85) en az bir mutasyon mevcut olduğu görülmüştür. En sık saptanan mutasyonlar arasında %65,9'unda S68G (NRTI), %51,8'inde E138A (NNRTI), %8,2'inde M41L (NRTI), %8,2'sinde T215S (NRTI) ve %4,7'sinde V106I (NNRTI) olmuştur. HIV RNA düzeyi ile CD4+ T lenfosit sayısı arasında negatif yönlü, zayıf düzeyde, istatistiksel olarak anlamlı bir korelasyon bulunmuştur. HIV RNA düzeyi ortancası, bulaş yolu diğer/bilinmeyen grupta heteroseksüel ve homoseksüel bulaş yoluna göre anlamlı olarak daha yüksek bulunmuştur (p=0,03). Olası bulaş yolu ile cinsiyet arasında anlamlı bir ilişki bulunmuştur (p<0,001). Farklılık heteroseksüel bulaşa sahip olan gruptan kaynaklanmaktadır. B alt tipine sahip bireylerde anlamlı olarak daha fazla mutasyon saptanmıştır (p=0,01). Mutasyon varlığı/yokluğu ve ilaç direnci varlığı/yokluğu açısından HIV RNA düzeyleri, CD4 hücre sayıları ve CD4/CD8 ortancaları arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0,05). Sonuç: Elde edilen bulgular, HIV enfeksiyonunun yerel epidemiyolojik durumu hakkında önemli bilgiler sağlamakta ve HIV enfeksiyonu tanısı konulan her hastada genotipik direnç testlerinin yapılmasının önemini vurgulamaktadır. HIV'in genetik çeşitliliği nedeniyle epidemiyolojik çalışmalarda primer ilaç direncinin daha dikkatli bir biçimde izlenmesi gerektiğini ve dirençli suşların yayılmasını önlemek için toplumda alınacak önlemlerin artırılması gerektiğini ortaya koymaktadır.
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen serratia marcescens suşlarının antibiyotiklere karşı direnci
marcescens, yüksek direnç ve nozokomiyal infeksiyonlardaki artan rolü nedeniyle halk sağlığı için giderek büyüyen bir sorun oluşturmaktadır Çalışmada Ocak 2006-Mayıs 2018 yılları arasında Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Dursun Odabaş Tıp Merkezi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında çeşitli kliniklerinden izole edilen Serratia suşlarının tür dağılımı ve antibiyotiklere karşı direnç oranlarının belirlenmesi amaçlandı. Serratia türlerinin identifikasyonu ve antibiyotik direnç oranlarının belirlenmesi için BD Phoenix 100 (Becton Dickinson, ABD) cihazından yararlanılmıştır. İzole edilen suşların tür dağılımı ve antibiyotiklere karşı direnç durumları retrospektif olarak taranmıştır. Çalışmanın yürütüldüğü 13 yıllık süre içerisinde 210'u (%84) S. marcescens ve 40'ı diğer türler (%16) [S. plymuthica (17), S. liquefaciens (15), S. fonticola (4), S. odorifera (3) ve S. rubidaea (1)] olmak üzere toplam 250 Serratia suşu izole edilmiştir. S. marcescens suşlarının sefazolin, amoksisilin-klavulanat, ampisilin ve nitrofurantoine karşı %100 dirençli olduğu tespit edilmiştir. Amikasin ve levofloksasine karşı hiçbir suşta direnç saptanmamıştır. Diğer Serratia suşlarının ise sefazolin, ampisilin, nitrofurantoine %100 dirençli olduğu tespit edilirken; levofloksasine karşı hiçbir suşta direnç saptanmamıştır. Serratia türlerinin neden olduğu enfeksiyonların ampirik tedavisinde kinolonlar, aminoglikozidler, karbapenemler, seftazidim, piperasilin-tazobaktam ve trimetoprim-sülfometoksazol tercih edilmelidir. Literatürde buna benzer çalışmalardan elde edilen veriler incelendiğinde çok farklı direnç oranları bildirilmektedir. Bu nedenle her hastanenin kendi verilerini çıkarması tedaviye yön vermesi açısından yarar sağlatacaktır.
Aile sağlığı merkezine başvuran hastalarda helicobacter pylori sıklığı
Helicobacter pylori (H. pylori) infeksiyonu dünyada oldukça sık görülmektedir. H. pylori'nin görülme sıklığı, özellikle düşük sosyo-ekonomik durum, sağlık önlemlerinin yetersizliği, toplu yaşam koşulları ve su kaynaklarındaki sorunlarla ilişkili olarak artış göstermektedir. H. pylori ile infekte ve aşırı asit salgılanması olan kişiler mide ülseri, mide kanseri ve duodenum ülseri açısından büyük risk taşırlar. Özellikle mide kanseri açısından H. pylori tanısı konup antimikrobiyal tedavi ile eradike edilen hastalarda kanser riski büyük oranda azalmaktadır. Çalışmada H. pylori tespit edilen kişilerin Gastroenteroloji Kliniğine yönlendirilmesi ve ileri tetkikler uygulanması neticesinde, teşhisin kesinleştirilmesi ve erken teşhis konulması suretiyle, tedavi planına katkı sağlanması amaçlanmıştır. Van il merkezinde bulunan Aile Sağlığı Merkezimize başvuran hastalardan rastgele seçilen 189'u kadın, 129'u erkek, 17-83 yaş aralığındaki (yaş ortalaması 45.24) 318 kişi üzerinde yapılan bu çalışmamızda; girişimsel olmayan (non-invaziv) testlerden özgüllüğü %100, duyarlılığı %98.8, doğruluğu %98.9 olan gaita hızlı antijen kaset testi kullanıldı. Çalışma sonunda hastaların gastrik şikâyetlerinin olup/olmadığı, H. pylori mikrobuna etki eden ilaç kullanımının olup-olmadığı cinsiyet, yaş ve test sonucu bilgilerinin SPSS programı yardımı ile istatistik çalışması yapılarak sonuçlar değerlendirildi. Çalışmamızda 75'i(%58.1) kadın ve 54'ü (%41.9) erkek olmak üzere 129 (%40.6) kişinin dışkısında H. pylori pozitif olarak tespit edildi. Cinsiyetlerin kendi içindeki test sonucu pozitifliği oranı açısından; kadınların %39.7'sinde ve erkeklerin %41.9'unda H. pylori pozitif olarak tespit edildi. H. pylori pozitif olanların yaş aralığının 17-74 ve yaş ortalamasının 45.90 olduğu ve yaşın ilerlemesine paralel olarak H. pylori pozitifliğinin de artış gösterdiği, 17-25 yaş grubunda % 36.6, 26-45 yaş grubunda % 38.4, 46-65 yaş grubunda %43.3 ve 65-83 yaş grubunda ise %41.4 olduğu; bu durumda en yüksek oranın 46-65 yaş grubunda (%43.3) olduğu sonraki yaş gruplarında ise biraz azaldığı tespit edildi. Test sonucu pozitif olanların 91'inde (%70.5) gastrik şikâyetlerin olduğu gözlendi. H. pylori antijen pozitifliği oranının erkek ve kadınlarda birbirine yakın olması nedeniyle herhangi bir cins lehine H. pylori'ye yatkınlık durumundan söz edilemez. H. pylori her yaşta görülebilir ve yaş ilerlemesine paralel olarak artış gösterir. Ülkemizde yapılmış diğer çalışmalar ile kıyas edildiğinde bu çalışmamızda H. pylori pozitifliğinin düşük olması önemlidir. Gastrik şikâyeti olan kişilerde test pozitiflik oranı daha yüksektir. PPI kullanımının H. pylori eradikasyonu üzerinde etkisi açıktır. Toplumumuzda genel olarak ilaç kullanımı özelde de antimikrobiyal ve PPI (Proton Pompa İnhibitörü) grubu ilaç kullanımı çok yaygındır ve bu sebeple H. pylori'nin farkında olmadan istem dışı olarak tedavi edilmiş olması muhtemeldir.
Boğaz kültürlerinde üreyen A grubu beta hemolitik streptokokların yıllara göre sıklığının irdelenmesi
Streptokoklar tabiatta oldukça fazla görülen bakterilerdir. Bunlar canlılarda farklı irinli hastalıklara yol açarlar. Ülkemizde de streptokoklar ile ilgili yapılan çalışmalar ara ara görülen salgınlar nedeniyle sürekli gündemde olmuştur. AGBHS enfeksiyonlarının çocuklarda daha fazla görülmesi bu hastalıklarda etkin bir tedavi gereksinimini göstermiştir Bu çalışmada Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Dursun Odabaşı Tıp Merkezi'ne 2012-2016 döneminde boğaz ağrısı ile başvuran hastaların, boğaz kültürlerinde üretilen AGBHS'ın yıllara göre sıklığının tespiti amaçlanmıştır. Hastalardan bakteriyolojik kültür ve tanımlama amacıyla orofarengeal sürüntü örnekleri alındı. Alınan bu örnekler %5 koyun kanlı ağar besiyerine ekildi. Aerobik koşullarda 18-24 saat 37°C de inkübasyondan sonra beta-hemoliz yapan kolonilerden yapılan Gram boyamada Gram pozitif, katalaz testi negatif koloniler beta-hemolitik streptokok olarak değerlendirildi. Çalışmaya dahil edilen 1820 hastanın boğaz kültürlerinde 211 AGBHS saptanmıştır. 1820 hastanın 1012'si erkek 808'i kadındır. Çalışmada 2012 yılında 44, 2013 yılında 60, 2014 yılında 37, 2015 yılında 50, 2016 yılında 20 hastanın boğaz kültüründe AGBHS saptanmıştır. AGBHS'lar çocuklarda önemli bir halk sağlığı sorunu olmakla birlikte tedavi edilmedikleri sürece ileride kendini çeşitli komplikasyonlarla gösterebilmektedir. Bu çalışmanın sonucuna göre AGBHS'ların oranı yıllara göre düşüş göstermektedir. Buda bize toplum sağlığı konusunda halkın bilinçlendiği ve ileri ve hızlı tanı testleri ile bu mikroorganizmanın kontrol altına etkili bir şekilde alınabildiğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler: AGBHS, Boğaz Kültürü, Yıllara göre oran
Yoğun bakımdan izole edilen MRSA suşlarında Meca geni varlığının konvansiyonel, otomatize ve PCR yöntemi ile tespiti
Metisiline dirençli S. aureus MRSA suslarının hastane ve toplum kökenli infeksiyon etkeni olarak günümüzdeki önemi artmaktadır. Bu çalışmanın amacı, S. aureus suşlarında metisilin direncinin belirlenmesi için kullanılan farklı yöntemler ile genotipik bir yöntem olan mecA geni varlığının kıyaslanması amaçlanmıştır. Çalışmaya 2010-2016 yılları arasında Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji laboratuvarına gelen çeşitli örneklerden (yara, kan, balgam, solunum, balgam, apse, osteomiyelit vs.) izole edilmiş 50 adet MRSA suşları belirlenerek çalışmaya dâhil edilmiştir. Her hastadan tek bir izolat alınmıştır. Çalısmamızda, MRSA suşlarinda mecA geni varliğinin konvansiyonel, otomatize ve PCR yöntemi ile araştırılmıştır. İncelenen MRSA suşlarında mecA geni varlığının tespitinde Oksasilin E-test yöntemi ile incelenen 50 adet MRSA suşlarının 49'unda mecA geni varlığına rastlanırken (MİK>2), 1 örnekte (MİK ≤ 2) mecA geni varlığına rastlanmamıştır. Sefoksitin E–test yöntemi ile incelenen örneklerin tamamında mecA geni varlığı tespit edilmiştir (MIC>4). Vitek 2 Otomatize yöntemi ile incelenen örneklerin tamamında mecA geni varlığı tespit edilmiştir. PCR yöntemi ile incelenen örneklerin tamamı pozitif, yani mecA geni varlığı tespit edilmiştir. Oksasilin E-test yöntemi ile incelenen suşların duyarlılık oranı %98 iken, Sefoksitin, Vitek 2 Otomotize ve PCR yöntemleri ile incelenen suşların duyarlılık oranı %100 olarak tespit edilmiştir. MRSA oranın yüksek olduğu hastanelerde gereken önlemlerin alınması açısından mecA araştırılması doğru sonuca ulaşmada büyük bir önem arz etmektedir. Çalışmada üç yöntemin sonuçları hemen hemen birbirlerine yakın olduğu için, doğru tespit yapmak için üç yöntem de kullanılabilir.
Erişkin hastalarda Streptococcus pneumoniae taşıyıcılığının saptanması ve serogrupların belirlenmesi
Streptococcus pneumoniae (pnömokok) dünya çapında morbidite ve mortalitenin önemli bir nedenidir. Pnömokokal hastalıklardan korunmada KPA13 (13 bileşenli konjuge pnömokok aşısı)'ün kullanımının yaygınlaşması ile serotiplerin dağılımında kaymalar ve aşı dışı suşlarda artış gözlenmiştir. Bu sebeple İPH (invaziv pnömokok hastalığı) ve pnömokok taşıyıcılığının sürveyansının ve serotip izleminin sürdürülmesi ile mevcut aşıların kapsayıcılığının belirlenmesi, aşı etkinliğinin değerlendirilmesinde oldukça önemlidir. Bu çalışma ile hastanemiz polikliniklerine başvuran erişkin hastalarda Streptococcus pneumoniae taşıyıcılık oranı ile taşıyıcılığı etkileyen risk faktörlerinin belirlenmesi, saptanan suşların serogrup/serotip dağılımı, antibiyotik dirençleri ile pnömokokal aşıların bu serotipleri kapsama oranlarının ortaya konulması amaçlanmıştır. Şubat 2022-Ağustos 2022 tarihleri arasında Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Dursun Odabaş Tıp Merkezi polikliniklerine başvuran 17-91 yaş arası 1004 erişkin hastadan orofarengeal sürüntü alındı. Alınan örneklerden konvansiyonel yöntemlerle pnömokok tanımlandı. Pnömokok taşıyıcılık oranı ile taşıyıcılık için risk faktörleri belirlendi. Latex aglütinasyon yöntemi kullanılarak izole edilen pnömokokların serogrupları/serotipleri belirlendi. Kirby-Bauer disk difüzyon metodu ve E-test metodu kullanılarak izole edilen pnömokok suşlarının antibiyotik dirençleri belirlendi. Çalışmaya katılan 1004 kişiden 27'sinde pnömokok izole edildi ve pnömokok taşıyıcılık oranı %2.68 olarak hesaplandı. Belirlenen risk faktörleriyle pnömokokal taşıyıcılık arasında anlamlı bir ilişki kurulamadı. Büyük bir oranla aşı dışı serogrup/serotipler (%56) saptandı. Serotip 3, 20, 14 ile serogrup 17, 11, 23, 15, 18 ve 9 saptanan serogrup/serotiplerdi. Serotip 3 en sık saptanan serotip olarak tespit edildi. Aşıların saptanan serogrup/serotipleri kapsama oranları hakkında net bilgi verilememekle birlikte;KPA13 ve KPA15 (15 bileşenli konjuge pnömokok aşısı)'in serotip kapsama oranları aynı olup %14,8-25,9 aralığında; KPA20 (20 bileşenli konjuge pnömokok aşısı) ve PPA23 (23 bileşenli polisakkarit pnömokok aşısı)'ün kapsama oranları ise sırasıyla %14,8-37 ve %18,5-44,4 aralığında saptanmıştır.Penisiline (menenjit) %80.9, trimetoprim-sulfametoksazole %38, tetrasikline %38, eritromisine %28.5, klindamisine %28.5, rifampine %4.7 oranında direnç saptandı. En yüksek direnç oranları penisilin (menenjit), trimetoprim-sulfametoksazol ve tetrasiklinde görüldü. MDR ( Multi Drug Rezistance) oranı %38 olarak bulundu. Makrolid direnci bulunan 5 (% 23.8) suşta cMLSB (yapısal Makrolid-Linkozamid Streptogramin B) fenotipi, 1 suşta (% 4.8) M (Makrolid) fenotipi direnç saptanmış olup iMLSB (indüklenebilir MLSB) fenotipi direnç saptanmadı. Bu çalışma, sınırlı bir bölgede, sınırlı bir grupta yapılmış olup nüfusun tamamını temsil etmeyebilir. Pnömokok taşıyıcılığı oranı yetişkinlerde yapılmış benzer çalışmalarda saptanan oranlarla uyumludur (%1 - %10). Taşıyıcılıkta belirlenen risk faktörleriyle anlamlı bir ilişki kurulmasa da aşı dışı serogrupların/serotiplerin ağırlıkta olması önemli bir bulgudur. KPA13 aşı kapsamımız düşük bulunmuş, aşı dışı suşlardaki bu artış ve yüksek antibiyotik direnç oranları daha geniş suş kapsamına sahip yeni aşılara olan ihtiyacı ortaya çıkarmaktadır. Ayrıca sonuçlarımız ülkemizde kullanımda olmayan yeni aşılardan KPA20'nin KPA13 ile karşılaştırıldığında daha geniş kapsama alanı sağlayabileceğini göstermiştir. Anahtar Kelimeler: Erişkin, Pnömokok Aşısı, Serotip, Streptococcus pneumoniae, Taşıyıcılık
Klebsiella pneumoniae izolatlarında kolistin direncinin farklı yöntemlerle belirlenerek MCR direnç genlerinin araştırılması
Tutan KN.Klebsiella pneumoniae izolatlarında kolistin direncinin farklı yöntemlerle belirlenerek mcr direnç genlerinin araştırılması. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Tıpta Uzmanlık Tezi, Van, 2024. K.pneumoniae enfeksiyonlarında çoklu antibiyotik direncinin gelişmesi karbapenemlerin ilk seçenek olarak kullanılmasını yaygınlaştırmıştır. Kolistinin karbapenem dirençli K.pneumoniae'da tek seçenek tedavi olması ile birlikte kullanımı yaygınlaşmış ve kolistin direnci dünya çapında artmaya başlamıştır. Kolistin direnci, kromozomal mekanizmalar veya plazmid kaynaklı hareketli kolistin direnç genlerinden (mcr) kaynaklanabilmektedir. Çalışmamızda K.pneumoniae suşlarında; broth mikrodilüsyon, otomatize sistem, disk difüzyon, gradient test, disk elüsyon yöntemiyle kolistin direncinin belirlenmesi, PCR yöntemiyle mcr(1-10) direnç genlerininin tespit edilmesi ve suşlar arasındaki klonal ilişkinin ortaya konması amaçlanmıştır. Van YYÜ Dursun Odabaş Tıp Merkezi'ne başvuran hastalardan alınan çeşitli klinik örneklerden izole edilen kolistine duyarlı 45 ve dirençli 36 olmak üzere toplam 81 K.pneumoniae suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Suşların identifikasyonu ve diğer antibiyotiklere direnç durumları Phoenix M50 (Becton Dickinson, ABD) otomatize sistemi ile belirlenmiştir. Kolistin direnci için Otomatize sistem, Disk Elüsyon, Gradiyent test ve Disk Difüzyon yöntemleri referans yöntem olarak önerilen Broth Mikrodilüsyon Yöntemi ile karşılaştırılmıştır. K. pneumoniae suşları PCR yöntemi ile doğrulandıktan sonra tüm suşlarda plazmidle aktarılan mcr (1-10) genlerinin varlığı PCR yöntemiyle araştırılmıştır. Suşlar arası klonal ilişkinin belirlenmesi için ERIC primerleri kullanılmıştır. Antibiyotik duyarlılık testlerine göre; kolistine duyarlı suşların en duyarlı oldukları antibiyotikler; amikasin, gentamisin, levofloksasin ve siprofloksasin bulunurken kolistine dirençli saptanan suşların en duyarlı oldukları antibiyotikler; amikasin, gentamisin, trimetoprim-sülfometoksazol, levofloksasin ve imipenem olarak tespit edilmiştir. Kolistin direncini belirleme açısından otomatize sistemin duyarlılığı %72,2, özgüllüğü %100, doğruluk oranı %87 şeklinde bulunmuştur. Disk elüsyon 24-28. saatlik okumalarında duyarlılığı %66,7, özgüllüğü %100, doğruluk oranı % 85 şeklindedir. Disk elüsyon için önerilen 16-20. saatlerdeki oranlar daha düşük olarak tespit edilmiştir. Gradiyent test yönteminin duyarlılığı %5,6, özgüllüğü %100, doğruluk oranı % 58 olarak; Disk difüzyon yönteminin ise dirençlilik sınırı zon çapı 14 mm olarak alındığında; duyarlılığı %55, özgüllüğü %91, doğruluk oranı %75 şeklinde bulunmuştur. Kolistin direncinin plazmid aracılığıyla aktarıldığı mcr(1-10) direnç genlerine suşların hiçbirisinde saptanmamıştır. K. pneumoniae izolatları arasında 25 farklı genotip tespit edilmiş olup kümeleşme gösteren izolatlar 13 farklı küme içerisinde toplanmıştır. İzolatların 69'u herhangi bir küme içerisinde yer almakta olup, kümeleşme oranı %85.2 bulunmuştur. BMD referans yöntemi ile kolistin direncinin belirlendiği diğer yöntemlerin karşılaştırıldığında; duyarlılığı ve doğruluk oranı en yüksek yöntemin otomatize sistem olduğu bunu 24-28. Saatlerde okuması gerçekleştirilen disk elüsyon yönteminin takip ettiği görülmüştür. Kolistin direncinin plazmid aracılığıyla aktarıldığı mcr (1-10) direnç genleri 81 suşun hiçbirinde saptanmamıştır. Anahtar Kelimeler: K.pneumoniae, kolistin direnci, PCR, mcr genleri
Acinetobacter türlerinde kolistin direncinin belirlenmesi ve mcr direnç genlerinin araştırılması
Doğada oldukça yaygın bulunan Acinetobacter türleri birçok ortamda ve besinde yaşayabilen, sağlık sistemi ile ilişkilendirilen ve salgınlara yol açan ciddi bir patojendir. Acinetobacter spp. hastane enfeksiyonlarının en önemli etkenlerinden olup, hem hastane ortamında uzun süre kalabilmesi hem de antibiyotiklere hızlı direnç kazanabilmesi sebebiyle endişelere yol açmaktadır. Çoklu ilaca dirençli Acinetobacter spp. enfeksiyonlarının hızla yaygınlaşması kolistin kullanımını gündeme getirmiştir. Güncel çalışmalarda, Acinetobacter spp. izolatlarında, kolistine karşı artan direnç oranları dikkat çekmektedir. Kolistin direnci plazmid kaynaklı kolistin direnç (mcr) genleri ile ya da kromozomal olarak aktarılabilmektedir. Çalışmamızda Acinetobacter spp. İzolatlarında sıvı disk elüsyon ve broth mikrodilüsyon yöntemleri kullanılarak kolistin direncinin belirlenmesi ve PCR yöntemiyle mcr (1-5) direnç genlerininin saptanması amaçlanmıştır. Van YYÜ Dursun Odabaş Tıp Merkezi'ne başvuran hastalardan alınan çeşitli klinik örneklerden izole edilen 49 Acinetobacter spp. suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Suşların identifikasyonu ve diğer antibiyotiklere direnç durumları Phoenix M50 (Becton Dickinson, ABD) otomatize sistemi ile belirlenmiştir. Kolistin direnci için, Disk Elüsyon ve Broth Mikrodilüsyon Yöntemi ile çalışılarak sonuçlar karşılaştırılmıştır. 49 Acinetobacter spp. suşunda plazmidle aktarılan mcr (1-5) genlerinin varlığı PCR yöntemiyle araştırılmıştır. Sonuç olarak Acinetobacter spp. suşlarında, amikasin, gentamisin, levofloksasin, siprofloksasin, trimetoprim-sülfometoksazol, imipenem ve meropeneme direnç oranlarının yüksek olduğu tespit edilmiştir. Kolistin direnci referans yöntem olan broth mikrodilüsyon ile %12,2 olarak bulunmuştur. Sıvı disk elüsyon yöntemi ile suşların tamamı duyarlı buulunmuştur. Sıvı disk elüsyon yöntemi BMD ile kıyaslandığında kolistin direncini belirlemede başarısız olmuştur. Kolistin direncinin plazmid aracılığıyla aktarıldığı mcr (1-5) direnç genlerine 49 suşun hiçbirinde rastlanmamıştır.
Kan kültürlerinden izole edilen enterokoklarda virülans genleri ve biyofilm varlığının araştırılması
Enterokoklar, hem hastane hem de toplum kökenli enfeksiyonlarda önemli rol oynamaktadır. Virülans genleri ve biyofilm varlığı, hem antibiyotiklere karşı direnç kazanmalarını hem de konak dokulara yapışmalarını sağlayarak hastalıkların tedavisini zorlaştırmaktadır. Çalışmada, Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Dursun Odabaş Tıp Merkezinde takip edilen hastaların kan kültürü örneklerinden izole edilen Enterokok suşlarında virulans genleri ve biyofilm varlığı araştırılmıştır. Bu doğrultuda, Vankomisine dirençli 15 enterokok, vankomisine duyarlı 15 E. faecium ve vankomisine duyarlı 15 E. faecalis olmak üzere toplam 45 suş çalışmaya dâhil edilmiştir. Suşların identifikasyonu ve antibiyotik dirençlerinin belirlenmesi için Phoenix M50 (Becton Dickinson, ABD) otomatize sistemi kullanılmıştır. VanA ve VanB direnç genleri ile birlikte asa1, gelE, cylA, hyl, esp virulans genleri polimeraz zincir reaksiyonuyla araştırılmıştır. biyofilm üretim düzeylerinin araştırılması için mikroplak yöntemi kullanılmıştır. Vankomisine dirençli 15 enterokok suşunda VanA geni %86,7 oranında saptanırken VanB geni saptanmamıştır. Tüm izolatlarda, Hyl, esp, efaA, gelE, asa1 ve cylA genleri sırasıyla; 34 (%76), 25 (%56), 14 (%31), 10 (%22), 10 (%22), 3 (%7) suşta tespit edilmiştir. 15 VRE suşunda esp (11, %73) ve hyl (9, %60) genleri tespit edilmiştir. Vankomisine duyarlı E. faecium suşlarında en sık esp (11, %73) ve hyl (10, %67) genleri; vankomisine duyarlı E. faecalis suşlarında ise en sık hyl (15,%100), efaA (13,%87), gelE (10,%67) ve asa1 (10,%67) genleri tespit edilmiştir. Virulans genlerin bulundurma oranı E. faecium suşlarında 1,4 (42/30) olarak; E. faecalis suşlarında ise 3,7 (55/15) olarak tespit edilmiştir. Biyofilm varlığı için yapılan absorbans ölçümlerine göre toplam 45 suşun 16'sında (%35,5) zayıf derece (I) biyofilm, 25'inde (%55,5) orta derece (II) biyofilm ve 4'ünde (%8,8) güçlü derece (III) biyofilm üretimi saptandı. Tür düzeyinde; E. faecalis suşlarında güçlü derece (III) biyofilm varlığı tespit edildi. Güçlü derece (III) biyofilm üreten dört suşunda E.faecalis olduğu ve vankomisine duyarlı E. faecium suşlarının çoğunluğunun da (13, %87) zayıf derece (I) biyofilm oluşturduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak; biyofilm üretimi ve virülans faktörlerinin E. faecalis izolatlarında daha yüksek bulunduğu ancak E. faecium türlerinin antibiyotiklere daha dirençli olduğu saptanmıştır. E. faecalis, antibiyotiklere direnci nisbeten az olsa da virülans genleri ve biyofilm oluşturma özellikleriyle kan dolaşımı enfeksiyonlarında E. faecium ile birlikte dikkat edilmesi gerekmektedir.
Klinik örneklerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa suşlarında virülans genlerinin araştırılması
Pseudomonas aeruginosa‟nın sahip olduğu geniĢ yelpazeli virülans faktörleri, metabolik esnekliği ve çoklu antibiyotiklere karĢı direnci, özellikle hastane kaynaklı enfeksiyonların tedavisini zorlaĢtırmaktadır. ÇalıĢmada, Van YYÜ Dursun OdabaĢ Tıp Merkezi Mikrobiyoloji Laboratuvarı‟na çeĢitli kliniklerden gönderilen hasta örneklerinden izole edilen P. aeruginosa suĢlarında virulans genleri araĢtırılmıĢtır. Bu çalıĢmada klinik örneklerden izole edilen 100 P. aeruginosa suĢunda 11 virülans geni araĢtırılmıĢtır. Klinik örneklerin koyun kanlı agar ve eosin metilen blue agar besiyerlerine ekimi yapılarak 24-48 saat aralığın da 37 ℃‟de inkübasyona bırakıldı. Bu süre sonunda üreme saptanan ve uygun koloni morfolojisine sahip gram negatif, oksidaz ve katalaz testi pozitif ekĢimsi üzüm kokulu örnekler Pseudomonas olarak değerlendirilmiĢtir. Daha sonra bu izolatlar BD Phoenix™ (Becton Dickinson, ABD) otomatize sistemi ile tanımlama ve antibiyotik duyarlılık testleri yapılmıĢtır. ÇalıĢmaya alınan suĢlar virülans genlerinin tespiti için steril boncuklu tüplerde -80 ℃‟ de saklanmıĢtır. Bakteri Genomik DNA Ġzolasyonu için HY-BAGDNA-100 (Türkiye) Bakteri Genomik DNA Ġzolasyon Kiti kullanıldı. P. aeruginosa suĢlarında Las R, Las I, LasA, LasB, Rhl I, Rhl R, Alg D, Exo S, Exo U, Exo T ve Exo Y genleri uygun primerler kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemiyle araĢtırılmıĢtır. Numunelerin %22'si solunum sekresyonu %14'ü idrar, %20‟si balgam, %11‟i yara, %8‟i kan ve %25‟i diğer steril vücut sıvılarından oluĢmuĢtur. ÇalıĢmaya alınan suĢların 65‟i (%65) erkek, 35‟i (%35) kadın hastalardan izole edilmiĢtir. SuĢların 92‟si (%92) yetiĢkin ve 8‟i (%8) çocuk hastalardan elde edilmiĢtir. Örneklerin 41‟i (%41) yoğun bakımlardan, 59‟u (%59) ise servislerden gelen hastalara aitti. Antibiyotik duyarlılık testlerinde; ceftazidime/avibactama %87,8, ciprofloxacine %60,6,‟si levofloxacine %58,7 ve ceftazidime %54,4 oranında direnç saptanmıĢtır. Kolistin ve tobramisin, sırasıyla %17,3 ve %12,5 ile en düĢük direnç oranlarına sahip antibiyotikler olmuĢtur. Virülans genlerinin tespit oranları sıklık sırasına göre; LasB %100, Las I %98, Alg D %98, Las R %97, Exo T %97, Rhl R %92, Exo Y %90, LasA %54, Exo U %53, Rhl I %41 ve Exo S %37 oranında tespit edilmiĢtir. Genlerin bu kadar yaygın görülmesi, bu suĢların yüksek patojenite potansiyeli taĢıdığını göstermektedir. Elde edilen sonuçlar, bölgemizdeki P. aeruginosa suĢlarının hem yüksek düzeyde virülans faktörleri taĢıdığını hem de çoklu antibiyotik direnci geliĢtirdiğini göstermektedir. Bu bulgular, enfeksiyon kontrol önlemlerinin güçlendirilmesi ve tedavi protokollerinin lokal direnç paternlerine göre güncellenmesi gerektiğini ortaya koymaktadır.
Herpetik stromal keratit tanısı düşünülen hastaların gözyaşında pcr yöntemi ile Herpes simpleks virüs tip 1 tespitinde gözyaşı toplamayöntemlerinin karşılaştırılması
Mağın M. Herpetik stromal keratit tanısı düşünülen hastaların gözyaşında PCR yöntemi ile Herpes simleks virüs tip 1 tespitinde gözyaşı toplama yöntemlerinin karşılaştırılması. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Tıpta Uzmanlık Tezi, Van, 2025. Herpes simpleks keratiti, gelişmiş olan ülkelerde korneal körlüklerin en sık nedenidir. Rekürren oküler HSV'nun %20-61'ini oluşturan Herpetik stromal keratit, HSV tip 1'in korneanın stromasında enfeksiyona neden olduğu bir durumdur Bu çalışmada, herpetik stromal keratit (HSK) tanısı düşünülen hastalarda HSV-1 DNA'sının polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile tespiti amacıyla kullanılan üç farklı gözyaşı örnekleme yönteminin (kapiller tüp, Schirmer kağıdı, sürüntü çubuğu) tanısal doğruluklarının karşılaştırılması amaçlandı. Mart 2024 – Mart 2025 tarihleri arasında Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Dursun Odabaşı Tıp Merkezi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na Göz Hastalıkları Kliniği tarafından yönlendirilen, herpetik stromal keratit (HSK) ön tanısı konulan hastalar çalışmaya dahil edilmiştir. Toplam 46 hastadan, üç farklı gözyaşı örnekleme yöntemi ile eş zamanlı örnekler alınmış ve tüm örneklerde HSV-1 varlığı, Bioeksen firması tarafından geliştirilen Bio-Speedy® Göz Enfeksiyonları qPCR Paneli kullanılarak değerlendirilmiştir. Klinik tanı, referans (altın standart) olarak kabul edilmiştir. Elde edilen veriler doğrultusunda örnekleme yöntemlerinin tanısal performansları; duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer (PPV) ile analiz edilmiş; yöntemler arası tanısal uyum ise Cochran's Q testi, McNemar testi ve Cohen's Kappa istatistiği ile karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir. HSV-1 PCR pozitiflik oranları sürüntü çubuğu (%26.1), kapiller tüp (%23.9) ve Schirmer kağıdı (%21.7) yöntemlerinde benzer düzeyde bulundu. Tedavi alan hastalarda pozitiflik oranlarının azaldığı gözlendi. Nüks geçiren olgularda, özellikle sürüntü çubuğu yönteminde, daha yüksek pozitiflik oranı ve daha düşük Cq değerleri izlendi. Tüm yöntemler arasında yüksek düzeyde tanısal uyum (Kappa > 0.8) sağlandı. Non-invaziv gözyaşı örnekleme yöntemleri, HSK tanısında kabul edilebilir tanısal performans sunmaktadır. Sürüntü çubuğu yöntemi, özellikle nüks geçiren hastalarda daha yüksek tanı başarısı sağlayabilir. Tedavi geçmişi ve nüks öyküsü, PCR testlerinin pozitiflik oranlarını etkileyebilmektedir. Anahtar Kelimeler: Herpetik Stromal Keratit; PCR; Gözyaşı Örnekleme Yöntemi; Kapiller Tüp; Schirmer Kağıdı; Sürüntü Çubuğu
Kan kültürlerinden izole edilen Candida'ların tür düzeyinde tanımlanması ve antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi
Candida'ların yol açtığı kan dolaşımı enfeksiyonları yüksek morbidite ve mortaliteyle seyretmektedir. Candida'ların tür düzeyinde doğru ve hızlı tanımlanarak antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi, tedavinin doğru ve erken yapılmasına olanak sağlamaktadır. Çalışmamızda Van YYÜ Dursun Odabaş Tıp Merkezine başvuran hastalardan alınan kan kültür örneklerinden izole edilen Candida izolatlarının geleneksel yöntemler, otomatize sistemler ve PCR yöntemiyle tür düzeyinde tanımlanması ve standart yöntem olan broth mikrodilüsyon, gradient test ve disk difüzyon yöntemleriyle antifungal direnç profillerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Van YYÜ Dursun Odabaş Tıp Merkezi'ne başvuran hastalardan alınan kan kültür örneklerinden izole edilen 63 Candidaizolatı çalışmaya dahil edilmiştir. İzolatların identifikasyonu geleneksel yöntemlerden germ tüp ve CHROMagar Candida(RTA, Türkiye) ile; otomatize sistemlerden BD Phoenix M50 (Becton Dickonson, ABD)ve MALDI-TOF MS (Biomeriux, Fransa) ile ve moleküler yöntemlerden multipleks PCR ile yapılmıştır. Antifungal duyarlılık için Gradiyent Test ve Disk Difüzyon yöntemleri referans yöntem olarak önerilen Broth Mikrodilüsyon Yöntemi ile karşılaştırılmıştır. Toplam 32 suş, germ tüp testinde pozitiflik vermiş ve C. albicansolarak tanımlanmıştır. Sekiz izolatta yalancı germ tüp pozitifliği bulunmuş ve diğer izolatlar germ tüp negatif olarak tespit edilmiş ve non-albicans Candida olarak belirlenmiştir. CHROMagar Candida besiyerinde yaygın olarak görülen 59 suş tür düzeyinde belirlenirken dört suş tür düzeyinde tanımlanamamış, Candida spp. olarakrapor edilmiştir.Multipleks PCR ile C. albicans olarak saptanan bir suş CHROMagar Candida besiyeri ile C. tropicalis olarak adlandırılmıştır. Türe spesifik primerlerin kullanıldığı multipleks PCR yönteminde 32 suş C. albicans, 11 suş C. parapsilosis, sekiz suş C. tropicalis, yedi suş C. glabrata, üç suş C. kefyr, bir suş C. lusitaniae ve bir suş C. krusei olarak tanımlanmıştır. Phoenix M50 otomatize sistemi 63 suşun 61'ini multipleks PCR'la uyumlu bir şekilde tanımlamış; multipleks PCR yöntemiyle C. tropicalis olarak saptanan bir suş BD Phoenix M50 ile S.cereviseae ve C. albicans olarak tanımlanan bir suş da C. parapsilosis olarak tanımlanmıştır. MALDI-TOF MS otomatize sistemi 63 suşun 60'ını multipleks PCR'la uyumlu bir şekilde tanımlamış; multipleks PCR yöntemiyle C.albicans olarak tespit edilen üç ayrı suşuC.kefyr,C.tropicalis veC. lusitaniaeolarak tanımlamıştır. Antifungal duyarlılık testlerine göre; broth mikrodilüsyon yöntemine göre EUCAST'e göre sınır değerleri belli olan tüm izolatlar amfoterisin B'ye duyarlı bulunmuştur. Bir C.albicans, iki C.parapsilosis ve tüm C. glabrata izolatları flukonazole orta duyarlı; kalan izolatlar duyarlı bulunmuştur. Dirençli bir C. albicans suşu hariç tüm izolatlar vorikonazole duyarlı bulunmuştur. C. albicans izolatlarının 15'inde ve C. parapsilosis izolatlarının altısında mikafungin dirençli, tüm C. glabrata suşları duyarlı bulunmuştur. Disk difüzyon yönteminde Amfoterisin B için bulunan zon çapları 10-20 mm arasında değişmekteydi. Vorikonazol için disk difüzyon ve broth mikrodilüsyon yöntemleri arasındaki uyum C. parapsilosis için %90,9 iken C. albicans ve C. tropicalis için %100 olarak bulunmuştur. Flukonazol için iki yöntem arasındaki uyum C. parapsilosis için %81,8 iken C. albicans için %96,8, C. tropicalis için %100,C. glabrata için %42,8 olarak bulunmuştur. Gradient test amfoterisin B içinbroth mikrodilüsyon yöntemiyle %100 uyumlu bulunmuştur. Flukonazol için iki yöntem arasındaki uyum C. albicans için %56, C. parapsilosis için %36, C. tropicalis için %75 ve C. glabrata için %100 olarak bulunmuştur. Vorikonazol için iki yöntem arasındaki uyum C. albicans için %25, C. parapsilosis için %73, C. tropicalis için %62 olarak bulunmuştur.Gradient test mikafungin için, değerlendirilebilen tüm izolatlarda duyarlı bulunmuştur. Mikafungin için iki yöntem arasındaki uyum C. albicans için %50, C. parapsilosis için %45 ve C. glabrata için %100 olarak bulunmuştur. Geleneksel yöntemler ve otomatize sistemlerle Candida türleri yüksek oranda doğru tanımlanmış; multipleks PCR yöntemiyle karşılaştırıldığında,en yüksek uyumluluk oranı BD Phoenix otomatize sistemiyle elde edilmiştir. Bunu MALDI-TOF MS otomatize sistemi takip etmiştir. Antifungal direncini tespit etmede disk difüzyon yöntemi, broth mikrodilüsyona alternatif bir yöntem olarak belirlenmiştir. Gradient test yöntemi amfoterisin B için güvenli bulunmuştur.
Gastroenteritli hastalarda viral, bakteriyel ve paraziter etkenlerin dağılımı
Çalışmada, gastroenterit ön tanısı alan hastaların dışkı örneklerinde viral, bakteriyel ve paraziter etkenler; kültür, mikroskobik nativ-lügol, immünokromatografik testler ve sendromik PCR yöntemleri ile değerlendirilerek etkenlerin sıklıkları belirlenmiş ve yöntemler karşılaştırılmıştır. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Dursun Odabaş Tıp Merkezi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda Eylül 2024-Mayıs 2025 tarihleri arasında gastroenterit tanılı hastalara ait 100 gaita örneği incelenmiştir. Dışkının rengi, kıvamı, kokusu gibi fiziksel özellikleri incelendikten sonra paraziter etkenler açısından mikroskobik olarak incelenmiştir. Gaita örnekleri Entamoeba histolytica, Giardia lamblia ve Cryptosporidium antijenleri ve Adenovirus ve Rotavirus açısından kromatografik olarak incelenmiştir. Kültür için gaita örnekleri Eozin Metilen Blue, Salmonella Shigella agar, %5 koyun kanlı agar, %10 koyun kanlı Campylobacter seçici besiyerine ekilmiştir. Besiyerleri, 37oC'de derece etüvde 24-48 saat; Campylobacter açısından ise 42oC'de 2 hafta inkübasyona bırakılmıştır. Gastroenterit etkenlerinin nükleik asit tespiti için Multiplex Bio-Speedy® Gastroenterit RT-qPCR MX-24 Panel kullanılmıştır. Çalışmaya dâhil edilen 100 örneğin 52'si (%52) kadın, 48'i (%48) erkek hastalardan elde edilmiştir. Hastaların 46'sı (%46) pediatrik, 54'ü (%54) yetişkin yaş grubundadır. Multiplex panelde 55 adet bakteriyel (35'i E.coli patotipi, 6'sı Campylobacter, 10'u C.difficile Toksin, 2'si Shigella ve 2'si Salmonella), 19 adet viral (10'u Rotavirüs, 3'er adedi Astrovirüs, Sapovirüs, Adenovirüs) ve 5 adet paraziter etken (3'ü Giardia ve 2'si E.histolytica) olmak üzere toplam 79 etken saptandı. Sendromik test sonucunda rotavirüs pozitif saptanan 10 örneğin 9'u ve adenovirüs pozitif saptanan 3 örneğin biri kromatografik test ile de pozitif bulunurken, rotavirüs negatif saptanan 87 örnekten 2'sinde ve adenovirüs negatif saptanan 95 örnekten birinde kromatografik test ile pozitiflik saptanmıştır. Rotavirüs açısından, kaset testi ile PCR arasında yüksek düzeyde uyum saptanmıştır. Entamoeba, Giardia ve Cryptosporidium antijenlerini saptamaya yönelik hızlı kaset testinde 100 örneğin hiçbirinde pozitiflik saptanmamıştır. Kültür sonucunda salmonella saptanan 4 örneğin 2'si; Shigella pozitif saptanan 2 örneğin biri ve Campylobacter pozitif saptanan bir örnek sendromik test ile de pozitif bulunmuştur. Kültürde Campylobacter tespit edilmeyen 5 örnek sendromik test ile pozitif bulunmuştur. Bakteriyel patojenler açısından, Salmonella ve Shigella'da kültür ile PCR arasında çok iyi uyum (Kappa=0,795; p<0,001), Campylobacter açısından ise orta düzeyde uyum (Kappa=0,273; p<0,001) gözlenmiştir. Sendromik multipleks PCR, mikroskopi, immünokromatografi ve kültür gibi konvansiyonel yöntemlere kıyasla daha yüksek duyarlılığa sahip bulunmuştur. Bu nedenle klinik pratikte konvansiyonel yöntemlerle birlikte kullanılması hem sonuçların doğrulanması hem de antibiyogram verilerinin elde edilmesi açısından önem taşımaktadır. Özellikle pediatrik yaş grubunda sendromik testlerin rutin kullanımı, doğru tanı koyma ve toplum sağlığını koruma açısından salgınların önlenmesine katkı sağlayabilir. Bununla birlikte, elde edilen bulguların güvenilirliğini artırmak için daha geniş örneklem gruplarıyla yapılacak ileri çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Gastroenterit, mültipleks sendromik, PCR, gaita, enfeksiyöz ishal
Bakteriyemi tanısında hızlı identifikasyon ve duyarlılık test yöntemlerinin değerlendirilmesi
Kan dolaşımı enfeksiyonları, özellikle hastane ortamında ciddi morbidite ve mortaliteye yol açan kritik bir sorundur. Sepsisli hastalarda hayatta kalma şansını artırmak için tedaviye ideal olarak ilk saat içinde başlanması gerekirken, geleneksel kültür yöntemleri hedefe yönelik tedaviyi 48-72 saat geciktirmektedir. Bu çalışmanın amacı, bu hayati tanısal gecikmeyi aşmak için geliştirilen multipleks PCR (hızlı etken tanısı) ve Hızlı Antimikrobiyal Duyarlılık Testi (HADT) yöntemlerinin laboratuvar performansını, mevcut rutin uygulamalarla karşılaştırarak değerlendirmektir. Bu çalışma, Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda 01.09.2024–31.05.2025 tarihleri arasında pozitif üreme sinyali saptanan 50 farklı hastanın kan kültüründen elde edilen 50 izolat ile yürütülmüştür. Pozitif kan kültür şişeleri gram boyama ile ön sonuç raporlaması için incelenmiş, eş zamanlı olarak katı besiyerlerine ekim yapılmıştır. İzolatların tür tanımlaması otomatize sistem (Phoenix M50) kullanılarak ve antibiyotik duyarlılık testleri ise disk difüzyon yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Etkenlerin ve direnç genlerinin tespiti için multipleks PCR (Bio-Speedy Sepsis qPCR MX-30L Panel) yöntemi de kullanılmıştır. HADT yöntemi, pozitif kan kültürü şişesinden doğrudan 125±25 µl seyreltilmemiş kan alınarak Mueller Hinton agar plağına inokülasyon yapılması ve 4, 6, 8 ve 16-20 saatlerde EUCAST HADT sınır değerleri dikkate alınarak sonuçların okunması ilkesine dayanmıştır. Referans yöntem olarak disk difüzyon yöntemi kullanılmıştır. İncelenen 50 izolatın dağılımında en sık rastlanan türler Staphylococcus aureus n: 15 (%30), Klebsiella pneumoniae n: 11 (%22) ve Pseudomonas aeruginosa n:11 (%22) olmuştur. Otomatize sistem (cins ve tür tanımlaması için) ve disk difüzyon yöntemi (direnç profili için) referans yöntem kabul edilerek PCR sonuçları ile karşılaştırıldığında; çalışılan 50 izolatın 49'unda (%98) cins, 46'sında (%92) tür ve 43'ünde (%86) direnç geni düzeyinde tutarlılık saptanmıştır. Toplamda 40 izolat (%80) tüm parametrelerde tam uyum gösterirken, 10 izolatta (%20) kısmi uyum gözlenmiştir. HADT sonuçlarında, disklerin okunabilirlik oranları inkübasyon süresi ile artmış; 4. saatte %86,90, 6. ve 8. saatlerde %96,89 ve 16-20. saatte %100 olarak saptanmıştır. Yöntemin kategorik uyum oranları tüm saatlerde yüksek bulunmuştur: 4. saatte %96,86, 6. saatte %96,24, 8. saatte %96,97 ve 16-20. saatte %98,43 olarak bulunmuştur. Çalışmada 4., 6., 8. ve 16-20. saatlerde saptanan çok büyük hata oranları sırasıyla %0,63, %0,39, %0,72, %0,71 olarak, büyük hata oranları sırasıyla %5,79, %7,48, %3,33, %1,42 olarak, küçük hata oranları ise sırasıyla %0,00, %0,23, %0,46, %0,22 olarak bulunmuştur. Multipleks PCR (hızlı tanı) ve HADT'nin birlikte kullanımı, antibiyogram süresini 32-48 saat kısaltarak hedefe yönelik tedaviye geçişi hızlandırmaktadır. EUCAST HADT sınır değerlerinin nihai sonuçlarla yüksek uyum göstermesi, bu erken değerlendirmenin güvenilir olduğunu kanıtlamıştır. Bu yaklaşım, hasta morbidite/mortalitesini azaltma ve antimikrobiyal direnci kontrol altına almada kritik bir potansiyele sahiptir. Anahtar kelimeler: Hızlı Antimikrobiyal Duyarlılık Testi (HADT), bakteriyemi, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR)
Klinik candida ve aspergillus suşlarının antifungal duyarlılık profillerinin matriks ile desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi ("MALDİ-TOF MS") yöntemi ile değerlendirilmesi
Dirençli Candida ve Aspergillus türlerinin neden olduğu invaziv mantar enfeksiyonları küresel bir halk sağlığı sorunudur. Antifungallere direncin giderek arttığı göz önüne alındığında antifungal duyarlılık testi (AFDT) giderek daha önemli hale gelmekte ve hızlı sonuç veren yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikoloji Laboratuvarı'nda hasta örneklerinden izole edilen Candida ve Aspergillus suşlarının tedavide sıklıkla kullanılan azol ve ekinokandin grubu antifungal ilaçlara duyarlılıklarının MALDI-TOF MS yöntemi ile saptanarak elde edilen sonuçların EUCAST referans sıvı mikrodilüsyon yöntemi sonuçları ile karşılaştırılması ve böylece, MALDI-TOF MS yönteminin in vitro antifungal duyarlılık profillerinin saptanmasındaki doğruluğunun ve tekrarlanabilirliğinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. 40 Candida glabrata izolatının anidulafungin ve flukonazol, 40 Candida albicans ve 40 Candida parapsilosis izolatının flukonazol, 4 Aspergillus fumigatus izolatının vorikonazol duyarlılıkları test edilmiştir. Candida izolatları "yüksek" ve "sınır değer" olarak iki farklı antifungal konsantrasyonunda ve ilaçsız kontrolde 3 saat inkübe edilmiştir (Anidulafungin: 16, 0.06, 0 mg/L; Flukonazol: 256, 16, 0 mg/L). A. fumigatus izolatları seri vorikonazol konsantrasyonlarında (32-0.03 mg/L) ve ilaçsız kontrolde 15 saat inkübe edilmiştir. Bu konsantrasyonlardan elde edilen MALDI-TOF MS spektrumları ile her izolat için ayrı bileşik korelasyon indeksi (CCI) matrisi oluşturulmuştur. Candida türleri için sınır değerdeki ve en yüksek ilaç konsantrasyonundaki spektrumların korelasyonundan elde edilen CCI değeri ortalaması, sınır değer ve ilaçsız kontrolden elde edilen CCI değeri ortalamasından yüksek olduğunda, suş ilaca duyarlı olarak sınıflandırılmıştır. A. fumigatus için maksimum vorikonazol konsantrasyonu spektrumuyla olan benzerliği, ilaçsız kontrol spektrumuyla benzerliğinden fazla olan ilk spektrumun ilaç konsantrasyonu minimum profili değiştiren konsantrasyon (MPCC) olarak belirlenmiştir. Sınıflandırmalar EUCAST sıvı mikrodilüsyon yöntemine göre elde edilen minimum inhibitör konsantrasyonların duyarlı veya dirençli sınıflandırmalarıyla karşılaştırılmıştır. Genel olarak MS-AFDT ve EUCAST AFDT arasındaki uyum %60 ila %85 arasında değişmiştir ve en yüksek oranda C. glabrata için anidulafungine karşı olmuştur. MS-AFDT testinin tekrarlanabilirliği %45 ila %75 arasında değişmiştir ve C. parapsilosis flukonazol duyarlılık testi en tutarlıdır. 4 A. fumigatus suşu için uyum ve tekrarlanabilirlik tam olarak bulunmuştur. Sonuçlar, daha ileri çalışmalarla metodolojinin iyileştirilmesi ve testin tekrarlanabilirliğinin geliştirilmesiyle birlikte MALDI-TOF MS'nin Candida ve Aspergillus türlerinde tanımlama ve antifungal duyarlılık sınıflaması için aynı anda kullanılabileceğini göstermektedir.
Trichosporon asahii'de sentezlenen enzimlerin biyofilm oluşumuna etkisinin belirlenmesi ve antifungal duyarlılıklarının karşılaştırılması
Giriş ve Amaç: Son yıllarda, özellikle bağışıklığı baskılanmış hastalarda, invaziv trikosporonozun en sık nedeni olarak karşımıza çıkan Trichosporon asahii'nin en önemli virülans faktörlerinden biri biyofilm oluşumu olup, antifungallere ve çevreye karşı direnç oluşturmaktadır. Bu çalışmada amacımız T. asahii'de biyofilm oluşumunun mekanizmasını aydınlatmak, biyofilm oluşumu sürecinde sentezlediği enzimlerden gliseraldehit-3-fosfat dehidrogenaz enziminin biyofilm oluşumuna katkısını belirlemek ve biyofilm ile antifungal duyarlılık profilleri arasında ilişki olup olmadığını saptamaktır. Yöntem ve Bulgular: Çalışmaya 30 adet hasta kökeni dahil edildi. Biyofilm oluşumunu belirlemek için kristal viyole yöntemi kullanıldı ve öncelikle yöntem optimize edildi, daha sonra kökenlerin biyofilm düzeyleri düşük, orta ve yüksek biyofilm oluşturanlar şeklinde gruplandırıldı. Kökenlerin sentezlediği GAPDH miktarları Western-Blot yöntemi ile belirlendi. Kökenlerin amfoterisin B, flukonazol ve posakonazole karşı antifungal duyarlılık profilleri, planktonik hücreler için CLSI-M27-A3 rehberine göre, biyofilm oluşumunda ise XTT redüksiyon yöntemiyle belirlendi. Biyofilm oluşumu, GAPDH üretimi ve antifungal duyarlılık profilleri arasında Mann-Witney U, Kruskal Wallis, tek yönlü ANOVA testleri ve Pearson Korelasyon analizi kullanılarak yapılan istatistiksel analizlerle korelasyon varlığı araştırıldı. Sonuçlar: Çalışmamızda kökenlerin biyofilm düzeyleri arttıkça, GAPDH düzeylerinin arttığı ve kökenlerin düşük, orta ve yüksek düzey biyofilm oluşumlarının GAPDH miktarları arasındaki farkın istatistiksel olarak anlamlı olduğu görüldü. Antifungal duyarlılık testlerinde biyofilm oluşturan hücrelerin, planktonik hücrelere göre daha yüksek MİK değerleri (MİK50, MİK90 ve GM) olduğu belirlendi. Literatürde incelediğimiz kadarıyla T. asahii'de, biyofilm oluşumunda, posakonazol MİK sonuçlarını inceleyen herhangi bir çalışmaya rastlayamadık ve dolayısıyla gerçekleştirdiğimiz çalışma dünyada ve Türkiyede ilk çalışmadır. Kökenlerin %73,33'ünde POS MİK'inde logaritmik artışın 14≥log2≥10 olduğu görüldü. Ayrıca yüksek POS MİK sonuçları biyofilm oluşturan T. asahii enfeksiyonlarının tedavisinde POS'un kullanımının kısıtlandığını göstermekteydi. Planktonik hücre ve biyofilm oluşturan hücre arasındaki antifungal MİK log2 değerleri ile biyofilm düzeyleri ve GAPDH miktarları arasında anlamlı bir korelasyon olmadığı belirlendi. Bu durum, biyofilm oluşumundaki MİK değerlerindeki artışın sadece GAPDH enzimindeki artıştan kaynaklanmadığını ve başka etkenler de olabileceğini göstermekteydi. Ayrıca numune türünün biyofilm oluşumuna etkisinin olmadığı da görüldü. İnceleyebildiğimiz kadarıyla bu çalışma sırasında ilk kez belirlediğimiz optimize T. asahii biyofilm oluşumu yönteminin de ülkemizde yapılacak olan daha sonraki çalışmalara ışık tutacağı kanaatindeyiz.
COVİD-19 enfeksiyonu geçirmiş ve farklı aşı uygulamasına sahip olgularda immün kompleks oluşumunun araştırılması
Amaç: COVID-19 enfeksiyonu sonrası pek çok tip III aşırı duyarlılık reaksiyonları ile ilişkilendirilen olgu bildirilmiştir. Bundan dolayı COVID-19 aşıları sonrası da tip III aşırı duyarlılık reaksiyonlarının tetiklenme olasılığı tartışılmaya başlanmıştır. Çalışmamızda COVID-19 ve/veya aşılamaları ile tip III aşırı duyarlılık reaksiyonları arasındaki ilişkiyi araştırmayı amaçladık. Yöntem: Aşısız, Farklı aşı uygulamalarına sahip ve COVID-19 enfeksiyonu geçirmiş olgulardan, ayrıca farklı aşı uygulamalarına sahip ve COVID-19 geçirmemiş olan toplam 135 olgunun 7-14 gün içerisinde serum örnekleri toplandı. Toplanan serum örneklerinde PEG ile çöktürme yöntemi ile immün kompleks varlığı kalitatif olarak, SARS-CoV-2 Spike RBD/SARS-CoV-2 IgG/ C3a/C5a/IL-6 ELISA yöntemi ile kantitatif olarak, ANCA IIFA yöntemiyle semikantitatif olarak, WBC/nötrofil/trombosit Coulter prensibine göre hematolojik analizör ile kantitatif olarak araştırılmıştır. xxi Bulgular: COVID-19 geçirmiş olgularda klinik seyre göre semptomatik ve asemptomatik gruplar arasında immün kompleks varlığı yönünden anlamlı fark saptanamamıştır. Farklı aşı uygulamalarına sahip ve COVID-19 geçirmiş olgularda aşı rejimine göre heterolog aşı olan grupta anlamlı derecede yüksek immün kompleks varlığı saptanmıştır (p=0,042). Farklı aşı uygulamalarına sahip ve COVID-19 geçirmiş olgularda ≤3 ve >3 doz aşı grupları arasında immün kompleks varlığı yönünden anlamlı fark saptanamamıştır. COVID-19 geçirmiş olgular farklı aşı uygulama tipine göre karşılaştırıldığında anlamlı fark saptanamamış olmasına karşın 4 (%26,7) pozitif olgu ile 2CV+2BNT grubunda en yüksek immün kompleks varlığı saptanmıştır. İmmün kompleks varlığı yaş ve cinsiyet temelli incelendiğinde anlamlı farklılık saptanamamıştır. Diğer parametrelerimizde immün kompleks pozitif olgularda olgu sayısının azlığına bağlı olarak istatistiki hesaplamalar yapılamamıştır. Ancak tüm olgularda immün kompleks varlığı temelinde yapılan çoklu analiz sonucunda WBC ve nötrofil ortalama düzeyleri ileri derecede anlamlı saptanmıştır (sırasıyla p=0,003, p=0,013 ve WBC/OR: 5,880, Nötrofil/OR: 2,655). Sonuç: Verilerimiz COVID-19 ve/veya aşılamalar sonrası immün kompleks gelişebileceğini ve ilintili bu patofizyolojik süreçte bazı immün moleküllerin düzeyinin de artabileceğini akla getirmektedir. Bunun yanında az sayıda olgu da saptansa da artan aşı dozajlarının da bu süreçte proaktif rolünün olabileceğini düşündürmektedir.