Theses supervised by Prof. Dr. Fatih Köksal
49 theses · Çukurova University
Akut ishallerde campylobacter jejuni ve diğer etyolojik ajanların hızlı tanısında moleküler yöntemlerin değeri
Termofilik kampilobakterler, gelişmekte olan ülkelerde özellikle 0-2 yaş arası çocuk ishallerinin en önemli etyolojik ajanlarındandır. Yüksek mortalite ile seyreden çocukluk dönemi ishallerinde; antibiyotik kullanımı için sınırlı endikasyonlar arasında yer alan kampilobakter enfeksiyonlarının mikrobiyolojik tanısı, hasta kayıplarının en aza indirilmesi ve etkili bir tedavi planının oluşturulması açısından önemlidir. İshalli hastaların dışkı örneklerinden kampilobakterlerin tanısında kullanılan klasik kültür bazlı izolasyon ve identifikasyon yöntemleri, uygulanması zor, pahalı, zaman alıcı, düşük duyarlılık ve özgüllüğe sahiptir. Bu sebeple son yıllarda klinik örneklerden kampilobakter tanısında, klasik kültür bazlı tanı yöntemlerinden daha yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip olan Nükleik asit amplifikasyonu bazlı moleküler yöntemler kullanılmaya başlanmıştır. Bu çalışmada ishalle seyreden hastalıklarda, dışkı örneklerinden C.jejuni ve diğer termofilik kampilobakter türlerinin tanı ve tiplendirilmesinde, konvansiyonel kültür yöntemleri ile 23S rDNA bazlı PCR-RFLP yönteminin duyarlılığının tespiti amaçlanmıştır.Bu çalışmaya, Haziran-2006 ile Ekim-2007 tarihleri arasında kalan toplam 15 aylık süre içerisinde ishalli hastalardan alınan toplam 434 dışkı örneği dahil edilmiştir.Dışkı örneklerinden kampilobakter izolasyonu için, koyun kanı içeren Skirrow sellektif agar (SSA) besiyeri, Modifiye Kampilobakter Blood- Free Selective Agar (mCCDA agar) ve CAT suplement içeren CCDA besiyeri kullanıldı.Dışkı örneklerinden QIA-Gen dışkı ekstraksiyon kiti ile elde edilen DNA ekstraktı ile seçici besiyerlerinde üreyen, kampilobakter kolonilerinden dondurup çözme? yöntemi kullanılarak elde edilen DNA ekstraktı, termofilik kampilobakter türlerinin 23S rDNA geninde yer alan 491 bp uzunluğundaki dizilerin tespiti amacı ile çoğaltıldı. Amplikonlar Alu I ve Tsp 509I restriksiyon enzimi ile kesildikten sonra, jel elektroforezinde gösterdikleri fragment profil polimorfizmine göre tür düzeyinde tanımlandı.Çalışma sonunda bu yöntemlerden en az birisi ile; 13 (% 59)'ü kadın, 9 (% 41)'u da erkek hastalara ait olmak üzere 22 (% 5,1 ) örnekde kampilobakter pozitifliği tespit edildi. Örneklerin 16 (% 3,7)'sında mCCDA ve CAT besiyerlerinde, 13 (% 3 )'ünde de SSA besiyerinde üreme görüldü. PCR-RFLP ile dışkı örneklerinden 19 (% 4,5)'unda termofilik kampilobakter türleri için spesifik olan hedef dizilerin varlığı tespit edildi.Seçici besiyerlerlerinde izole edilen 17 izolatın hippurat hidroliz testi sonuçlarına göre yapılan tiplendirilmesi sonucunda, ensık tanımlanan türün 13 (% 76,5 ) izolatla C.jejuni olduğu görüldü. Aynı izolatlar PCR-RFLP ile tiplendirildiğinde en sık tanımlanan türün 14 (% 82,4) izolat ile yine C.jejuni olduğu tesbit edildi.Dışkıdan termofilik kampilobakterlerin tanısında ve tür düzeyinde identifikasyonunda moleküler yöntemlerin daha sensitif olduğu belirlendi
Hastane kaynaklı Pseudomonas aeruginosa Suşlarının SDS- PAGE ve PFGE Yöntemleri ile karakterizasyonu
P.aeruginosa, gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde özelikle hastane kökenli infeksiyonlarda en önemli ajanlardan biridir. Hastanede yatış süresinin uzaması ve tedavi maliyetindeki artış hastane infeksiyonlarını hem gelişmekte olan hem de gelişmiş ülkelerde önemli hale getirmiştir. P.aeruginosa enfeksiyonlarının mikrobiyolojik tanısı, hastane enfeksiyonlarının en aza indirilmesi ve etkili bir tedavi planının oluşturulması açısından önemlidir. Ancak, P. aeruginosa enfeksiyonlarının yüksek prevelansı nedeni ile kökenleri birbirinden ayırabilen yöntemlerle suşlarının tiplendirilmesi, en az izolasyon ve identifikasyon kadar değerlidir. Fenotipik tiplendirme yöntemlerinin tekrarlanabilirlik düzeyinin düşük olması, suşları ayrım gücünün zayıf olması ve fenotipik olarak aynı ama genotipik olarak farklı suşları ayırt edememektedir. Bu sebeple son yıllarda tekrarlanabilirlik düzeyi ve suşları ayrım gücü yüksek, ayrıca fenotitpk profildeki değişimleri genom düzeyinde inceleyen genotipik yöntemler kullanılmaktadır. Bu çalışmada hastane kaynaklı P.aeruginosa suşlarının tiplendirilmesinde, fenotipik yöntemler ile genotipik yöntemlerin yeri ve değeri araştırılması amaçlanmıştır. Bu çalışmaya, Kasım-2006 ile Eylül-2007 tarihleri arasında kalan toplam 10 aylık süre içerisinde P.aeruginosa?nın neden olduğu hastane enfeksiyonu örneklerinden izole edilen toplam 24 örnek dahil edilmiştir. İzolatlara Kirby-Bauer yöntemi ile antibiyotik duyarlılık testi yapıldı ve oluşan profillere göre antibiyotipleme uygulandı. İzole edilen suşlar PFGE ve SDS-PAGE yöntemleri ile incelendi. Jel elektroforezinde gösterdikleri DNA ve protein profiline göre tiplendirme yapıldı. Çalışma sonunda antibiyotipleme ile 24 izolattan 20 tip, SDS-PAGE yöntemi ile 13 tip ve PFGE yöntemi ile de 20 tip belirlendi. Sonuç olarak hastane kaynaklı P.aeruginosa suşlarının tiplendirilmesinde genotipik tiplendirme yöntemlerinin tekrarlanabilirliği, ayrım gücü ve genom düzeyinde tiplendirme yapabilmesi nedeni ile daha duyarlı olduğu sonucuna varıldı. Anahtar Sözcük: P.aeruginosa tiplendirme, fenotipik tiplendirme, genotipik tiplendirme, SDS-PAGE, PFGE.
Hastane Kökenli MDR-MRSA Suşlarında Protein A Geni ( spa ) Dizi Analizinin Kloanal İlişkinin Tespitindeki Rolü
Metisiline dirençli S.aureus (MRSA), hastane ve toplum kökenli infeksiyonlardan sorumlu olan en önemli ajanlardan biridir. Çoğu ülkede MRSA'nın yayılımı sürekli artış göstermektedir ve bazı bölgelerde, hastanelerde S.aureus'un neden olduğu infeksiyonlara ait tüm izolatların yarısından çoğu MRSA'dır. MRSA izolatlarında çoklu direnç gün geçtikçe artmaktadır. 30 yıldan daha uzun süre MRSA tedavisinde kullanılan vankomisine de bu günlerde direnç gelişmiştir.MDR-MRSA ve Hastane Enfeksiyonlarını kontrol çabalarının başarısı büyük ölçüde, etkenin tespiti ve klonal özellikleri, muhtemel bulaş kaynağı ve taşıyıcılar ile bulaş yolu gibi lokal epidemiyolojik özelliklerin tespitine bağlıdır.Tiplendirme yöntemlerinden fenotipik tiplendirme yöntemlerinin tekrarlanabilirlik düzeyleri düşük ve ayrım güçleri zayıftır. Ayrıca fenotipik olarak aynı fakat genotipik olarak farklı olan suşları ayırt edememektedir. Bu yüzden son yıllarda tekrarlanabilirliği ve ayrım gücü yüksek olan genotipik yöntemler kullanılmaktadır. Bu yöntemler içerisinde PFGE yöntemi hastane kökenli MRSA suşlarının klonal ilişkilerinin tespitinde altın standart olarak kabul edilmiştir.Bu çalışmada Ç.Ü. Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi kliniklerinde yatan hastalarda görülen hastane infeksiyonlarından izole edilen MDR-MRSA suşlarının klonal ilişkileri PFGE ve spa dizi analizi yöntemi ile tespit edilmeye çalışılmıştır. Çalışmada 2008-2009 yılları arasında MDR-MRSA' nın neden olduğu enfeksiyon hastalıklardan izole edilen 27 örnek kullanıldı. İzolatlara Kirby-Bauer yöntemi ile antibiyotik duyarlılık testi yapıldı ve oluşan profillere göre antibiyotipleme uygulandı. Daha sonra suşlar PFGE ve spa tiplendirme yöntemi ile genotipik olarak incelendi. DNA bant profillerine göre suşlar tiplendirildi.Sonuç olarak çalışılan 27 örnek antibiyotipleme ile 6 ve PFGE ile 10 tipe ayrılmıştır. spa tiplendirme sonuçunda ise çalışılan suşların hemen hepsinde Protein A' nın varlığı tespit edildi. 27 izolattan sadece 5'i spa tip t190 iken diğer 22 izolat tip t030 olarak tiplendirildi. Çalıştığımız suşların tiplendirilmesinde genotipik yöntemlerin daha duyarlı olduğu ve bu yöntemlerden PFGE'in klonal ilişkinin araştırılmasında daha önemli olduğu sonucuna varıldı. Sadece spa tiplendirme yönteminin taşınabilirlik, tekrarlanabilirlik ve sonuçların kolay karşılaştırılabiliyor olmasından dolayı PFGE' ye göre daha iyi olduğu gözlemlendi.
Bölgemizden izole edilen Helicobacter. pylori suşlarının moleküler epidemiyolojik özelliklerinin tespiti
Giriş ve Amaç: Helicobacter pylori (H.pylori), kronik olarak dünya nüfusunun yarısından fazlasını enfekte eden ve midede neoplastik ve inflamatuar gastroduodenal hastalıkların major nedeni olan bir gastrik patojendir. Bakteri ve konak genetik faktörleri ile çevresel faktörler arasındaki kompleks etkileşimlerin, kişilerdeki farklı klinik sonuçların belirlenmesinde önemli rol oynadıkları düşünülmektedir. cagA patojenite adası, s1m1 vacA alleleri, babA2, sabA ve oipA'yı içeren birçok bakteriyel virulans genleri, yüksek derecede mukozal inflamasyonla ilişkilidir. Aynı zamanda immün sistem de, H.pylori enfeksiyonuna inflamatuar cevabın yoğunluğunu düzenleyerek gastroduodenal hastalıkların patogenezinde önemli rol oynamaktadır. IL-1B'da traskripsiyon başlangıç bölgesinden 511. ve 31. pozisyonlarda, hepsi Sitozin/Timin baz transizyonu sergileyen bazı biallelik polimorfizmler ile gastrik inflamasyonun derecesiyle ilişkili IL-RN2 polimorfizmleri bildirilmiştir. Bununla birlikte farklı popülasyonlarda duodenal ülser, gastrit ve gastrik kanserle IL-1B polimorfizminin ilişkisiyle ilgili epidemiyolojik çalışmaların sonuçları bazı çelişkilere sahiptir. Bu çalışma, Çukurova bölgesinde, sitokin gen polimorfizmlerinin (IL-1B, IL-1RN) ve bakteriyel virulans markerlarının H.pylori enfeksiyonu süresince gastrointestinal hastalıkların gelişimindeki rolünü araştırmak için yapılmıştır.Gereç ve Yöntem: Gastrik semptomu olan 210 hasta ve 90 sağlıklı kontrolde, IL-1B'nın farklı lokusları ve IL-1 reseptör antogonist (IL-1RN) genlerindeki polimorfizm, PCR-RFLP ile genotiplendirildi. Gastrik doku örneklerinde, H.pylori varlığı ve bakteriyel virulans markerları glmM, cagA, vacAs1/2, and vacAm1/2 PCR ile araştırıldı.Bulgular: glmM-PCR analizi sonucunda, 110 semptomatik hastanın 89 (% 80,9)'unda H.pylori DNA'sı tespit edildi. Kolonize suşların % 64'ünün Tip I suşlar olduğu ve Tip I ve Tip II suşlarda en çok görülen vacA allelik kombinasyonun 25 (% 28,0) suş ile s1/m2 ve 23 (% 25,8) suş ile s1/m1 olduğu belirlendi. Gastrit hastalarında, heterozigot IL-1RN 1/2 ve IL-1B C/T genotipleri daha sık oranda tespit edildi. IL-1RN*2 genotipi taşıyıcılarının gastrit riskini 1,81 odds ratio ile bağımsız olarak artırdığı [% 95 güven aralığı (GA), 1,094?3,0], (p=0,02) ve IL-1 RN L allelinin gastrit riskini 0,168 odds ratio ile azalttığı [% 95 güven aralığı (GA), 0,039-0,725], (p= 0,007) bulundu. IL-1B (-511 ve -31 C/T) genotip/allelleri, gastroduodenal patoloji ile ilişkili bulunmadı.Sonuç: H.pylori enfeksiyonunda sitokin gen polimorfizmi, gastrik inflamasyonu etkilemektedir. Bakteri virulans faktörleri ve sitokin genotipleri arasındaki etkileşim, farklı gastrik hastalıklara yol açan H.pylori enfeksiyonda muhtemelen ana yoldur. Yüksek riskli kişilerde, H.pylori eradikasyonunda bakteriyel testler ve konak genotiplerinin kombinasyonu hedef olarak kullanılabilir.Anahtar sözcükler: H.pylori, glmM, cagA, vacA, IL-1ß polimorfizmi
Çukurova bölgesinde izole edilen akciğer tüberkülozlu hastalara ait Mycobacterium tuberculosis suşlarının Spoligotyping ve Mycobacterial İnterspersed Repetetive Unit-Variable Number Of Tandem Repeat (MIRU-VNTR)) yöntemiyle tiplendirilmesi
Amaç: Tüberküloz gelişmekte olan tüm dünyada görülen ve giderek önem kazanan halk sağlığı problemleri arasındadır. HIV epidemisi ile birlikte gelişmiş ülkelerde de yeniden artış trendine giren Mycobacterium tuberculosis enfeksiyonlarının kontrolünde; yeni, daha hızlı, ucuz, sensitif ve spesifik tanı yöntemleri ile daha etkili anti-tüberküloz ilaçların yaratılması ve mikroorganizmanın toplum içerisindeki hareketleri ile bulaş yollarının tespitine imkan sağlayacak genom düzeyinde tanımlama yapabilen epidemiyolojik yöntemlerin geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Özellikle riskli bölgelerde tüberküloz epidemiyolojisi ile ilgili Spoligotyping ve Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit (MIRU) - Variable Number Tandem Repeats (VNTR) yöntemleri gibi moleküler bazlı yöntemlerin kullanıldığı birçok araştırma yapılmasına rağmen, ülkemizde ve bölgemizde Mycobacterium tuberculosis'in epidemiyolojik özelliklerini tespite yönelik çalışma yok denecek kadar azdır. Bu çalışma ile moleküler epidemiyolojik yöntemler kullanılarak Mycobacterium tuberculosis'in Çukurova bölgesindeki epidemiyolojik özelliklerinin tespiti amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Ocak 2007- Haziran 2010 yılları arasında Çukurova bölgesinde bulunan farklı hastane ve verem savaş dispanserlerinden akciğer tüberkülozu veya temas kuşkusu ile laboratuarımıza gönderilen hastalara ait klinik materyalden izole edilen 467 Mycobacterium tuberculosis kompleks suşu dahil edilmiştir. Suşlar klonal düzeyde tanı amacı ile Spoligotyping ve 12 lokus MIRU-VTR yöntemleri ile değerlendirilmiştir.Bulgular: Spoligotyping yöntemi ile 467 izolatın izolatın 443'ünün (% 94,9) 21 küme içerisinde yoğunlaştığı, 24'ünün (% 5,1) ise SpolDB4 veri bankasındaki suşlarla karşılaştırma sonucunda bilinen hiçbir kümeye uymayan orphan suşlar oldukları belirlenmiştir. Bölgemizde en yaygın olan ailenin 239 izolat (% 51,9) ile T1 ailesi olduğu bunu 54 izolat (% 11,5) ile LAM7 TUR ailesinin izlediği görülmüştür.Sonuç:Bu çalışma sonunda, ülkemizde yapılan 5 çalışmaya ait sonuçlardan farklı olarak bölgemizde LAM7 TUR ailesinin değil T1 ailesinin daha yaygın olduğu görülmüştür.Anahtar Kelimeler: MIRU-VNTR, Mycobacterium tuberculosis, Spoligotyping
Çukurova bölgesinde elde edilen Mycobacterium tuberculosis izolatlarının tür tayininde IS6110-RFLP yönteminin kullanılması
Tüberküloz günümüzde hala tüm dünyada görülen ve giderek önem kazanan halk sağlığı problemlerinden biridir. HIV epidemisi ile birlikte gelişmiş ülkelerde de yeniden artış trendine giren Mycobacterium tuberculosis enfeksiyonlarının kontrolünde; yeni, daha hızlı, ucuz, sensitif ve spesifik tanı yöntemleri ile daha etkili anti-tüberküloz ilaçların yaratılması ve mikroorganizmanın toplum içerisindeki hareketleri ile bulaş yollarının tespitine imkan sağlayacak genom düzeyinde tanımlama yapabilen epidemiyolojik yöntemlerin geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışma ile Çukurova bölgesindeki 2007-2010 yılları arasında izole edilen M. tuberculosis izolatlarının IS6110-RFLP yöntemi ile tiplendirilmesi amaçlanmıştır.Çalışmaya 2007- 2010 yılları arasında Çukurova bölgesinde bulunan farklı hastane ve verem savaş dispanserlerinden akciğer tüberkülozu veya temas kuşkusu ile laboratuarımıza gönderilen hastalara ait klinik materyalden izole edilen 230 Mycobacterium tuberculosis kompleks suşu dahil edilmiştir. Suşlar klonal düzeyde tanı amacı ile IS6110-RFLP yöntemi ile değerlendirilmiştir.IS6110 RFLP analizi ile çalışılan 230 izolattan 146 farklı patern belirlenmistir. Yüz yirmi örneğin bulunduğu 35 küme (%29.1), 62 özgül profil (%26,9), 36 benzer suş(%15,6) bulunmuş olup 12(%5,2) örnek tanımlanamamıştır. Bu çalışma sonunda, ülkemizde yapılan diğer IS6110-RFLP çalışmalarına ait sonuçlar kıyaslandığında kümeleşme oranın daha düşük olduğu görülmüştür.
Karbapenem dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarında direnç genlerinin Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile araştırılması ve Pulsed Field Gel Electrophoresis yöntemi ile genotip tayini
Acinetobacter baumannii özellikle yoğun bakım ünitelerinde nozokomiyal infeksiyonlara ve salgınlara yol açan önemli bir patojendir. Karbapenem grubu antibiyotikler de dahil, çoklu ilaç direnci göstermesi bu patojenle olan infeksiyonların tedavisinde ciddi problemlere sebep olmaktadır. Karbapenem direnci sıklıkla OXA tipi karbapenemazlar ile oluşmaktadır. OXA tipi enzimler 4 subgrupta (OXA-51, OXA-58, OXA-23, OXA-24) toplanır. Acinetobacter izolatlarında OXA-51 subgrubundaki enzimler intrinsik olarak bulunurken, mobil elementler ile horizontal olarak kazanılan genlerle kodlanan OXA-58, OXA-23 ve OXA-24 subgrup enzimlerde beraberinde bulunabilmektedir. Ayrıca blaOXA-51 geninin upstream bölgesinde yerleşen ISAba 1 segmenti de transkripsiyonel bir promotor olarak ß-laktamaz gen ekspresyonunu indüklemektedir.Bu çalışmada hastanemizde hastane enfeksiyonlarndan izole edilen karbapenem dirençli A. baumannii izolatlarında karbapenemaz enzimini kodlayan blaOXA genlerinin subgruplarının Multipleks PCR, ISAba1 segmentinin tek tüp PCR yöntemi ile araştırılması ve klonal ilişkilerinin PFGE yöntemi ile belirlenmesi amaçlanmıştır.İncelenen 55 izolatın tamamında(%100) OXA 51 ve ISAba1 geni tespit edilmiştir. İzolatların 4(%7.27)ünde OXA 58, OXA 51 ve ISAba1, 3(%5.45)ünde OXA24, OXA51 ve ISAba1 geni belirlenmişken OXA 23 geni hiç bir izolatta bulunamamıştır. PFGE ile klonal ilişkilerinin incelenmesi sonucu, 55 izolatın 29(%52.72)'unun yakın ilişkili olduğu ve aynı klondan köken aldığı görülmüştür.Anahtar sözcük: Anahtar Sözcük: Acinetobacter baumannii, blaOXA21, blaOXA23, blaOXA51, blaOXA58, PFGE
Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae izolatlarında CTX-M tipi geniş spektrumlu ß-laktamaz genlerinin PCR, PCR-RFLP, dizi analizi yöntemleri ile identifikasyonu ve suşlar arasındaki klonal ilişkinin PFGE yöntemi ile belirlenmesi
CTX-M tipi GSBL üreten E.coli ve K.pneumoniae suşları tüm dünyada giderek artan prevalans oranları ile gerek toplum kökenli gerekse hastane kökenli enfeksiyonlarda tedavi başarısızlıklarının önemli bir sebebi haline gelmiştir. Alternatif tedavi seçeneklerinin başarısızlıkları ile çoklu ilaç dirençli hale gelen CTX-M tipi GSBL üreten suşların kontrolünde, en önemli alternatif klonal düzeyde etkin sürveyanstır.Ülkemizde CTX-M tipi Geniş Spektrumlu ß-laktamaz enzimi üreten E.coli ve K. pneumoniae türlerinin varlığı sınırlı sayıda çalışma ile gösterilmiştir. Ancak bölgemizde GSBL üreten suşların varlığı bilinmekle beraber CTX-M tipi beta laktamaz üreten suşlar ve görülen subtipler hakkında bilgi mevcut değildir.Bu çalışmada hastanemizin Merkez Laboratuarında, hastane ve toplum kökenli enfeksiyonlara ait klinik materyallerden izole edilen, G.S.B.L. üreten E.coli ve K. pneumoniae suşları arasında, moleküler epidemiyolojik yöntemlerle, CTX-M tipi beta laktamaz üreten suşların prevalansının, enzim tiplerinin ve bu suşlar arasındaki muhtemel klonal ilişkinin belirlenmesi amaçlandı.Çalışma sonunda; PCR yöntemi ile CTX-M tipi enzimleri, G.S.B.L. üreten E. coli izolatları arasında %87,31 (69/79), K. pneumoniae izolatları arasında da %88,88 (24/27) oranında belirlendi. Ayrıca Grup Spesifik PCR, PCR-RFLP ve Dizi Analizi çalışmalarıyla suşlarımızın % 94.6 (88/94)'sının CTX-M-1 grubu/CTX-M-15 alttipi enzim üreten suşlar olduğu, kalan 5 (%5.3) suşun da CTX-M-9 grubu/CTX-M-14 alt tipi enzim üreten suşlar oldukları belirlendi. İzolatlarımız arasındaki muhtemel klonal ilişkinin tespiti amacıyla kullandığımız PFGE yöntemi CTX-M tipi enzim üreten suşlar arasında klonal bir ilişkinin bulunmadığını gösterdi.
Endodontik enfeksiyonlu hastalarda moleküler ve konvansiyonel yöntemlerle etyolojik ajanların tespiti
Bu çalışmanın amacı, nekrotik pulpalı dişlerden ve endodontik tedavi başarısızlığı görülen kök kanallarından alınan örneklerde, belirlenmiş olan bazı anaerob bakterilerin varlığının PCR yöntemi kullanılarak araştırılması ve bu patojenlerin birbirleri ile ve klinik semptomlarla ilişkilerinin incelenmesidir.Çukurova Üniversitesi Diş Hastalıkları ve Tedavisi Anabilim Dalı kliniğine başvuran ve kök kanal tedavisi endikasyonu konmuş olan toplam 107 bireyin yer aldığı çalışmada, daha önce herhangi bir endodontik tedavi görmemiş 72 primer enfeksiyonlu (nekrotik pulpalı) ve endodontik tedavi görmüş ancak apikal periodontitis bulgusu gösteren 35 sekonder enfeksiyonlu (apikal periodontitisli ve eski kanal tedavili) dişlerden alınan kök kanalı örnekleri incelendi.Primer ve sekonder enfeksiyonu bulunan dişlerin kök kanallarından alınan klinik örneklerde anaerob bakterilerden Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas gingivalis, Porphyromonas endodontalis, Prevotella intermedia, Prevotella melaninogenica, Prevotella nigrescens, Tannerelle forsythia, Peptostreptococcus micros suşlarının tanısı spesifik primerler kullanılarak in-house PCR yöntemi ile yapıldı.Tüm örneklerdeki pozitiflik oranları değerlendirildiğinde 107 örnekten 55 (%51,4)'de pozitif bulunan P.gingivalis'in en yüksek orana sahip olduğu; bunu sırasıyla %46,7 ile P.micros, %44,9 ile P.endodontalis, %43,9 ile F.nucleatum, %33,6 ile P.intermedia, %30,8 ile T.forsythia, %22,4 ile P.melaninogenica ve %15,9 ile P. nigrescens' in takip ettiği belitlenmiştir.Hem primer hem de sekonder enfeksiyona sahip olan dişlerde pozitiflik oranları değerlendirildiğinde, P.gingivalis pozitifliğinin, sırasıyla %54,2 ve %45,7 oranlarında yer aldığı ve her iki grupta da en yüksek pozitifliğe sahip anaerob tür olduğu tespit edilmiştir.Tüm kök kanal örneklerinden elde edilen pozitiflikler değerlendirildiğinde, örneklerin %22,4'ü sadece tek bir tür bakteri pozitifliği gösterirken, %23,4'nün sadece iki bakteri, %13,1'nin sadece üç bakteri, %27,1'nin dört bakteri, %11,2'nin beş bakteri ve %2,8'nin ise 6 bakteri pozitifliği gösterdikleri tespit edilmiştir.Primer enfeksiyonlu dişlerde F.nucleatum ve P.gingivalis, sırasıyla %6,9 ve %4,2 ile tek başına en çok tespit edilen bakteri türleri olurken, sekonder enfeksiyonlu dişlerden alınan örneklerde, P.endodontalis ve P.gingivalis, sırasıyla %14,3 ve %8,6 oranları ile, sadece bir kanal örneğinde tek başına en çok bulunan bakteri türleri oldukları tespit edilmiştir.Tüm kök kanal içi örneği alınan 107 hastadan 21'nin klinik belirti ve bulgu göstermeyen asemptomatik vakalar oldukları, 86'nın da klinik olarak belirti ve bulgu gösteren semptomatik vakalar oldukları belirlenmiştir.Anahtar sözcükler: Anaerob bakteri, Endodontik, Primer enfeksiyon, Sekonder enfeksiyon, Semptom
Çukurova Üniversitesi Tropikal Hastalıklar Araştırma ve Uygulama Merkezi ve Bölge Tüberküloz Laboratuvarı'na gönderilen balgam örneklerinden izole edilen mycobacterium tuberculosis suşlarının major ve minör antitüberküloz ilaçlara duyarlılıklarının belirlenmesi
Tüm dünyada ilaç dirençli tüberküloz olgularının sayısındaki artış, 20.yy ilk yarısına kadar başarı ile sürdürülen tüberküloz kontrol programlarının tartışılır hale getirilmiştir. Ayrıca bu durum dirençli suşların daha duyarlı epidemiyolojik yöntemlerle izlenerek yeni kontrol programlarının geliştirilmesine sebep olmuştur. Bu bağlamda çok ilaca dirençli ve artmış ilaç dirençli izolatlarının izlenmesi, tanımlanması ve minor ilaç duyarlılıklarının belirlenerek vakaların en kısa sürede uygun tedavi protokolleri kullanılarak tedavisi hayati önem taşımaktadır.Bu çalışmada Bölge Tüberküloz Laboratuarına 2 yıllık periyod içerisinde 20 merkezden gönderilen 27.457 akciğer tüberkülozlu hastaya ait balgam örneklerinden izole edilen 14'ü RIF+INH 19'u da RIF+INH dışı major ilaçlara karşı dirençli bulunan suşlardaki minor antibiyotik direnci belirlenmiştir. Bu amaçla kullanılan yöntem proporsiyon (PPD) duyarlılık yöntemi ve MGIT-960 duyarlılık testlerinin nitroredüktaz aktivitesinin ölçümü ve hızlı sonuç üreten nitroredüktaz proporsiyon (NRPPD) yöntemlerinin duyarlılıkları karşılaştırılmıştır.Sonuç olarak; RIF+INF dirençli suşların 1(%7)'inin çalışılan tüm yöntemlerle minor antibiyotiklerin en az 3`üne karşı direnç geliştirdiği tespit edildi. Ayrıca çok ilaca dirençli tüberkülozun bölgemiz için ülke ortalamalarının üzerinde prevalans gösterdiği ve artan genişletilmiş ilaç dirençli tüberküloz olgularının arttığı bir duruma doğru ciddi tehtid yarattığı tartışılmıştır.Anahtar kelimeler: INH, MGIT, Mycobacterium tuberculosis, RIF
Mycobacterium tuberculosis izolatlarının 24 lokus mycobacterial interspersed repetitive units variable number of tandem repeats (MIRU-VNTR)yöntemi ile genotiplendirilmesi
Mycobacteriumtuberculosisizolatlarının 24 LOKUS MYCOBACTERIAL INTERSPERSED REPETITIVE UNITS VARIABLE NUMBER OF TANDEM REPEATS(MİRU ? VNTR)YÖNTEMİ İLE GENOTİPLENDİRİLMESİTüberkülozun az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerdeki yüksek prevalansının yanı sıra HIV ile birlikte gelişmiş ülkelerde de yeniden artma trendine giren insidansı, en az 2 major ilaca dirençli (MDR) ve florokinolonlarla birlikte en az enjektable minor ilaca dirençli (XDR) suşlarının ortaya çıkışları ve global yayılım gösterme eğilimleri M tuberculosis kontrol çalışmalarında moleküler düzeyde sürveyansın önemini artırmıştır. Bu çalışmada Ç.Ü Tropikal Hastalıklar Araştırma ve Uygulama Merkezi (THAUM) ve Bölge Tüberküloz laboratuarına gönderilen akciğer tüberkülozu şüphesi olan hastalardan gönderilen balgam örneklerinden sıvı [BACTEC 960 TB (hızlı)] ve katı [Löwenstein Jensen Besiyeri (yavaş)] kültür ortamlarında üretilen ve ticari kart testler ile M.tuberculosis kompleksi ön tanısı alan M.tuberculosis izolatları MIRU-VNTR yöntemi ile genotiplendirilmiştir.Anahtar Kelimeler :M.tuberculosis, MIRU-VNTR, PCR
Leptospirosis tanısında LipL32, OmpL1 ve 16S rRNA gen bölgelerindeki spesifik dizileri hedef alan PCR-RFLP yöntemlerinin duyarlılıklarının tespiti
Leptospiroz, tüm dünyada ılıman ve yağışlı iklim özelliği gösteren bölgelerde görülen en önemli zoonozlardadır. Oldukça geniş bir spektrumda klinik tabloya sebep olan leptospirosis'de olguların sadece %10'unda görülebilen hematürinin de spesifik bir semptom olmaması sebebi ile Leptospirosis'in klinik tanısı son derece zordur. Leptospirozlu vakaların çoğu ya tanı almadan nonspesifik olarak ampirik tedavi almakta veya hastalık spontan iyileşme ile sonlanmaktadır. Ancak son ikterik dönemdeki hastalar araştırma hastanelerine zorunlu olarak başvurmakta ve idrar ve kan örneklerinin karanlık alan mikroskopisi ile değerlendirilmesi ile non-spesifik ve düşük sensitivitede tanı almaktadır.Bu çalışmada konvensiyonel tanıdaki yetersizliklere alternatif olmak üzere, şüpheli hastaya ait klinik materyallerde; a- leptospira varlığı, b- L.interrogans ve L.bifleksa tür tayini yapabilecek, yüksek sensitivite ve spesifiteye sahip ve hızlı sonuç üretebilen PCR bazlı tanı kiti geliştirilmesi amaçlandı.Karanlık Alan Mikroskopisi ve MAT' ne göre daha sensitif, spesifik ve hızlı bir alternatif tanı testi oluşturmak üzere 16SrRNA Nested-PCR RFLP, OmpL1 PCR ve LipL32 Nested-PCR testlerinin kullanılabilirliğini belirlemek amacı ile, Çukurova bölgesinde klinik olarak leptospirosis şüphesi olup Ç.Ü Tıp Fakültesi hastanesi ile SB Adana Devlet Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları Kliniklerine başvuran 38'i yetişkin 9'u 18 yaş altı hastalardan alınan 47 kan örneği ile bölgemizde hematüri ve ikter bulguları olan 86 büyükbaş hayvana ait kan örneği 47'si insan 86'sı hasta hayvanlara ait olmak üzere toplam 133 serum/plazma örneği değerlendirildi.Karanlık alan mikroskobisinde (KAM) incelenen 22 insan ve 34 hayvan örneğinde leptospira ile uyumlu görüntü elde edilirken, 7 farklı L.interrogans suşu ve L. patoc suşunun antijen olarak kullanıldığı MAT ile değerlendirilmesi sonucunda ise insan serum örneklerinin 21'i ile hayvan serum örneklerinin 69'unda en az 1/50 titrasyonda bir antijene karşı seropozitiflik görüldü.16S rRNA Nested-PCR-RFLP ile 77'si L.interrogans 15'i de L.biflexa olmak üzere, toplam 92 örnekte hedef diziler tespit edilirken, sadece L.interrogans türlerinde bulunan LipL32 geni spesifik primerlerin kullanıldığı PCR ile örneklerin 77'sinde, serotip düzeyinde L.interrogans ayrımına imkan veren OmpL1 PCR ile ise toplam 67 örnekte pozitiflik elde edildi.Bölgede en sık karşılaşılan serotipin %2,1'i insan %25,6'sı hayvan örneklerinden olmak üzere %17 oranı ile L.hardjo olduğu, bu serotip dışında, sırası ile L.grippotyphosa, L.Bratislava ve L.ichteriohaemmorhagia gibi serotiplerin görüldüğü tespit edilmiştir.
Mycobacterium bovis izolatlarının MIRU - VNTR ve spoligotyping ile surveyansı
İnsan ve hayvan tüberküloz olgularından izole edilen M. bovis suşlarının epidemiyolojik özelliklerinin belirlenmesi, kaynağı hayvan ve hayvan ürünleri olan bir grup tüberküloz olgusunun kontrolü ve etkin kontrol tedbirleri ile en aza indirilmesini sağlayacaktır. Bu çalışmada Çukurova bölgesinde pulmoner tüberküloz ön tanılı hastaların balgam örnekleri ile Adana mezbahasında et üretimi amacı ile kesilen hayvanların akciğer ve lenf nodlarının makroskopik incelemelerinde tüberküloz şüphesi yaratacak lezyona sahip olan dokulardan izole edilen M. bovis suşlarının muhtemel bir bulaşa delil teşkil etmek üzere klonal düzeyde irdelenmeleri ve bu amaçla kullanılan yöntemlerin tek başlarına veya birlikte kullanılmaları halindeki ayırım güçlerinin tespiti amaçlandı. Çalışmaya Mart 2011-Haziran 2012 tarihleri arasında izole ve identifiye edilen hayvan kökenli 32 ile insan kökenli 10 M. bovis izolatı dahil edildi. Klonal ilişkinin belirlenmesinde 12 lokus MIRU-VNTR yöntemi ile spoligotyping yöntemi kullanıldı. Test izolatlarının tamamının spoligotipleme ile 6, MIRU-VNTR ile 10 farklı patern gösterdikleri, her iki yöntemin birlikte kullanılması halinde ise patern sayısının 28'e çıktığı, MIRU lokusları içerisinde MRU4, MIRU26, MIRU31 ve MIRU40'ın ayırım gücü en yüksek lokuslar olduğu, spoligotiplemede de izolatların % 42.85 oranı ile SB0120 paterninde yoğunlaştıkları, aynı yöntemle 7 izolatın M. bovis ssp caprae paterni, 2 insan izolatının da M. bovis BCG paterni sergiledikleri, 5 insan izolatının spoligotyping ve MIRU-VNTR kalıplarının sığır kökenli izolatlar ile % 100 uyumlu olduğu yani ortak kökenden enfekte edildikleri görüldü. Bu çalışmada M. bovis izolatlarının epidemiyolojik analizinde spoligotyping ve MIRU-VNTR yöntemlerinin birlikte kullanılması halinde ayırım güçlerinin her iki yöntemin tek başına kullanılmasına oranla daha yüksek olduğu, bölgemizde bir kaynaktan köken alan suşların hem insanları hem de hayvanları enfekte ettiği bu sebeple de M. bovis moleküler epidemiyolojisine yönelik çalışmaların sürdürülerek elde edilen sonuçların Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı ile paylaşılmasının uygun olacağı kanaatine varılmıştır.Anahtar Kelimeler: M. bovis, MIRU-VNTR, Spoligotyping
Hastane enfeksiyonlarından izole edilen a.baumannii suşlarının AFLP ve pfge yöntemi ile moleküler karakterizasyonu
A. baumannii?nin hastane infeksiyonlarında önemi giderek artmaktadır. Özellikle yoğun bakm ünitelerinde sıklıkla izole edilmektedir. Hastane infeksiyonlarının önlenmesinde hijyen, personel eğitimi, akılcı antibiyotik kullanımı ve surveyans önemlidir. Tüm hastane infeksiyonlarında olduğu gibi A. baumannii?nin neden olduğu infeksiyonlarda da infeksiyonun epidemiyolojik özelliklerini değerlendirmek ve infeksiyon ile ilişkili izolatların klonal özelliklerini ortaya koymak için genotipik yöntemler kullanılmaktadır. Bu yöntemlerden PFGE, A baumannii salgınlarının surveyansında, salgın izolatlarının klonal ilikisinin ve kaynağının tespit edilmesinde `?altın standart?? olarak kabul edilen bir yöntemdir. Ancak son yıllarda AFLP?nin sürveyans çalışmalarında PFGE yönteminin alternatifi olabileceği, yöntemin, PFGE?ye gore maliyet, geri dönüş süresi ve ayırım gücü yönünden avantajları olduğu ileri sürülmüştür. Bu çalışmada hastane infeksiyonlarının sürveyansında AFLP?nin kullanılabilirliğinin belirlenmesi amaçlanmış, test mikroorganizması olarak A. baumannii kontrol yöntem olarak da PFGE seçilmiştir. Çalışmada test suşu olarak Ç. Ü. Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuarına çeşitli servislerden gönderilen klinik materyalden izole edilen Karbapeneme dirençli 49 A. baumannii izolatıkullanılmıştır. Test suşları arasındaki klonal ilişki AFLP ve PFGE ile araştırılmıştır. PFGE yöntemi ile % 100 uyumlu bulunan ve A kümesi içerisinde alt kümelere dağılan 18 suşun 11?inin AFLP ile de % 100 ilişkili benzer alt kümelere dağıldıkları, bu küme içeriside yer alan 14 suşun da her iki yöntem ile bağımsız tek üyeli kümeler içerisine dağıldıkları görüldü. Böylece iki testin aynı suşları % 100 uyumlu ve ilişkisiz tek üyeli kümelere dağıtabilme yetenekleri dikkate alındığında AFLP?nin PFGE karşısında özgüllüğünün % 78.1 (25/32) olduğu görüldü. Ancak her iki yöntemin ayırım güçleri arasında anlamlı bir fark tespit edilemedi. Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, Amplified Fragment Length Polymorphism, Pulsed Field Gel Electrophoresis.
Bakteriyel vaginosis'li ve sağlıklı kadınların genital ve rektal sürüntü örneklerinden izole edilen laktobasillerin (duderlein basilleri) tanımlanması ve genotipik özelliklerinin araştırılması
ÖZET Bakteriyel vaginosis'li ve sağlıklı kadınların genital ve rektal sürüntü örneklerinden izole edilen laktobasillerin (duderlein basilleri) tanımlanması ve genotipik özelliklerinin araştırılması Bakteriyel vajinosis (BV) tüm dünyada puberte dönemindeki kadınlarda en sık görülen alt genital sistem yakınmasıdır. Vajendeki ekosistemin bozulması sonucu koruyucu laktobasillerin azalması ve anaerob bakteri sayısının aşırı derecede artması sonucu ortaya çıkar. Yaş, hormonal yapı, sık cinsel ilişki, artmış partner sayısı, vajinal duş ve pH artışı gibi sebepler sonucu ortaya çıkar. Etyolojisi tam olarak bilinmemektedir. Ancak BV?in karekteristik özelliği laktobasillerin azalmasıdır. Bu sebeple BV tedavisinde antibiyotiklere alternatif veya katkı olarak laktobasillerin oral veya vajen içi yolla kullanımı önerilmektedir. Dayanak olarak da kadınlarda vajende florayı oluşturan laktobasillerin komşuluk ilişkisi ile kolondan gelen laktobasiller oldukları ileri sürülmektedir. Bu çalışmada sağlıklı asemptomatik 40 kadından alınan vajinal ve rektal sürüntü örnekleri laktobasil insidansı ve türlerinin dağılımını tespit için sellektif kültür yöntemleri kullanılarak değerlendirilmiştir. Ayrıca laktobasillerin tanı ve tiplendirilmesinde fenotipik yöntemlerin yanı sıra ilk defa RAPD-PCR yöntemi denenmiştir. Çalışmaya dahil edilen kadınların vajen sürüntü örneklerinin pH ölçümü, KOH testi, gram yayma preparatlarının Ison&Hay kriterlerine göre değerlendirilmesi sonucu 5 (%15)?inin asemptomatik BV bulgularına sahip oldukları görülmüştür. Kadınların vajen ve rektum sürüntü örneklerinden 132 farklı bakteri kolonisi laktobasil şüpheli bulunmuş, kristal yöntemi ile bunlardan 111?inin 11 farklı türe ait laktobasil olduğu, RAPD-PCR ile yapılan tiplendirmede ise sadece 101?inin 9 farklı tür laktobasil olduğu tespit edilmiştir. RAPD-PCR sonucları baz alındığında 28 (%70) kadında vajen, 31 (%77.5) kadında da rektal sürüntü örneklerinde en az bir laktobasil türünün kolonize olduğu, vajen de en sık kolonize olan türün 9 izolat ile L. gasseri olduğu, bu türün rektumdan 2. sıklıkta izole edilen tür olup kadınların 6? sında hem vajen hem de rektum örneklerinde kolonize olduğu görülmüştür. Ayrıca vajen florasında laktobasil bulunan 28 kadının 21 (%75)?inde izole edilen laktobasil türlerinden en az birisinin rektumda kolonize olduğu görülmüştür. Sonuç olarak bölgemiz kadınlarında vajen ve rektumunda kolonize olan laktobasil türleri arasında yüksek oranda benzerlik olduğu görülmüş, olup vajene kolonize olan laktobasillerin rektum kökenli oldukları tezi desteklenmiştir. Anahtar Sözcükler: Bakterial vajinozis, Laktobasil, RAPD-PCR
Çoklu ilaç dirençli (ÇİD) mycobacterium tuberculosis izolatlarının filogenetik ilişkilendirilmesinde kullanılan IS6110, MIRU-VNTR ve spoligotyping yöntemlerinin karşılaştırılması
Tüberkülozun az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerdeki yüksek insidansı ve en az 2 major ilaca (MDR) ek olarak iki minor ilaca dirençli (XDR) suşlarının ortaya çıkışları,bu suşlarla birlikte özellikle anti-tüberküloz tedaviye cevap vermeyen Beijing suşlarının tüm dünyada yayılma eğilimi göstermesi tüberküloz kontrol programlarının en önemli handikapıdır. Bu global problem M tuberculosis suşlarının toplum içerisindeki hareketlerinin daha duyarlı ve yüksek ayırım gücüne sahip moleküler epidemiyolojik yöntemlerle izlenmesi ile aşılabilir. Bu amaçla Hsp65, IS6110, ve genomdaki random dağılım gösteren kısa tekrarların polimorfizmini hedef alan PCR, PCR-RFLP, MIRU-VNTR ve spoligotipleme gibi moleküler yöntemler ve modifikasyonları denenmiştir. Yapılan çalışmalarda bu yöntemlerin tek başlarına ayırım güçlerinin iki veya daha fazla yöntemin birlikte kullanılması ile elde edilecek ayırım gücünden daha düşük olduğu gösterilerek birden çok yöntemin kullanıldığı çalışmalar önerilmiştir. Daha önceki çalışmalarımızda bölgemizde akciğer tüberkülozlu hastalardan izole edilen M tuberculosis suşlarının epidemiyolojik özelliklerinin tespiti için bu yöntemlerden bazıları laboratuarımızda denenmiş, Beijing suşunun bölgemizdeki varlığı tespit edilmiştir. Bu çalışmada epidemiyolojik amaçlarla kullanılan IS6110 PCR-RFLP, 15 lokus MIRU-VNTR ve spoligotyping yöntemi ile M tuberculosis suşları arasındaki ilişkinin sorgulanması ve 3 yöntemin birlikteliği ile elde edilecek yüksek ayırım gücünün epidemiyolojik çalışmalara sağladığı muhtemel katkı tartışılacaktır. Bu proje kapsamında Ç.Ü THAUM ve Bölge Tüberküloz laboratuvarına gönderilen balgam örneklerinden sıvı [BACTEC 960 TB (hızlı)] ve katı [Löwenstein Jensen Besiyeri (yavaş)] kültür ortamlarında üretilen ve ticari kart testler ile M.tuberculosis kompleksi üyesi oldukları tespit edilen M.tuberculosis izolatları IS6110, MIRU-VNTR ve Spoligotyping yöntemleri ile tür düzeyinde tayin edilecek ve filogenetik ilişkileri irdelenecektir.
Endoservisitli ve normal kadınlarda servikal sürüntü ve ilk akım idrar örneklerinde Polimeraz zincir reaksiyonu ile Chlamydia trachomatis ve Neisseria gonorrhoeae sıklığının araştırılması
ÖZET Endoservisitli ve normal kadınlarda servikal sürüntü ve ilk akım idrar örneklerinde Polimeraz zincir reaksiyonu ile Chlamydia trachomatis ve Neisseria gonorrhoeae sıklığının araştırılması Kadın genitoüriner sistem infeksiyonlarında endoservikal sürüntü ve ilk idrar örnekleri kullanılarak C trachomatis ve N gonorrhoea?nın PCR yöntemi ile tanısında örneklerin duyarlılık, özgüllük ve kabul edilebilirliklerini tespit amacı ile planlanan çalışmada 267 kadına ait örnekler değerlendirilmiştir. Örnek alınan kadınların %56.5 oranı ile 30-39 yaş grubunda yoğunlaştıkları görüldü. AKDHP?de takip edilen kadınlara ait idrar örneklerinde In-house PCR`ın, PCR ile tanı için referans materyal olan endoservikal sürüntü örnekleri sonuçları baz alındığında, duyarlık, özgüllük ve kabul edilebilirliği, sırası ile; %81.25 , %81.8 ve %86.77 olarak tespit edilmiştir. N gonorrhoea için bu oranlar %100 olduğu, DZHP?de takip edilen kadınlara ait duyarlık, özgüllük ve kabul edilebilirliği, sırası ile; %64.3,%92.3 ve %86.77 olarak tespit edilmiştir.. N gonorrhoea için bu oranlar idrar örneklerinde de %100 bulundu. Bu sonuçlara göre CYBH?ların en önemli iki patojeni ve konvansyonel kültür yöntemleri ile tanısında zorluk çekilen C trachomatis ve N gonorrhoea?nın PCR bazlı yöntemlerin hızlı,kolay,ucuz ve yüksek duyarlılıkta olduğu ve ilk idrarın servikal sürüntü örneklerine benzer duyarlılıkta ancak hasta için daha rahat olması sebebiyle tercih edilebileceği görülmüştür. Anahtar Sözcükler: C trachomatis ,N gonorrhoea,ilk idrar ,endoservikal sürüntü örnekleri ve PCR.
Klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli gram olumsuz basillerde karbapenem direncinin moleküler analizi
Gram negatif basillerde görülen karbapenem direnci tüm dünyada ve ülkemizde uzun yıllardır süren bakteriyel direnç probleminin son basamağıdır. Tedavide klinisyenlerin çoğu zaman çaresiz kaldığı karbapenem dirençli gram negatif basil infeksiyonlarında uzun vadede başarıya ulaşmanın tek yolu mikrobiyolojik yöntemlerle mekanizma ve epidemiyolojiyi aydınlatacak çalışmalar yapmaktır. Ülkemizde bu konuda yapılan araştırmalar çok sınırlı ve geniş bir sürveyans çalışması mevcut değildir. Bu çalışmada çeşitli klinik infeksiyonlardan izole edilen karbapeneme dirençli olduğu belirlenem gram negatif bakterilerin fenotipik yöntemlerle çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının belirlenmesi ve genotipik yöntemlerle dirence yol açan enzimlerin belirlenerek epidemiyolojik veriler sunulması amaçlanmıştır. Çalışma sonunda; karbapenem dirençli gram negatif bakteri infeksiyonlarında güvenle kullanılabilecek tek antibiyotiğin kolistin olduğu, diğer antibiyotiklere karşı %50-100 oranında direnç olduğu görülmüştür. Karbapenem direncinin genotipik olarak analiz edilmesinden sonra tüm türlerde en baskın karbapenemaz genlerinin OXA-48 ve OXA-58 olduğu, non-fermenterler türlerde GES ve PER genlerinin ayrıca Enterobacteriaceae türlerinde ise IMP, VIM ve NDM tipi genlerin karbapenem direncinden sorumlu karbapenemaz enzimleri olduğu belirlenmiştir.İzolatların %26.7`sinde ise direncin karbapenemazlar dışında kalan G.S.B.L. enzimlerinden kaynaklandığı belirlenmiştir.
Campylobacter jejuni'ye karşı koruyucu immüniteye yol açan antijenlerin tespiti ve potansiyel kullanım alanlarının araştırılması
Campylobacter jejuni özellikle kanatlılarda gastrointestinal sistemde kolonize olan Gram negatif spiral şekilli ve hareketli bir mikroorganizmadır. Kanatlılardaki enfeksiyonları et tutulumunu azaltarak ciddi ekonomik kayıplara yol açabilmektedir. İnsanlara sıklıkla enfekte kanatlı ürünlerinin tüketilmesi ile bulaşırlar ve non-spesifik basit semptomlardan dizanteriye kadar değişen intestinal semptomlara yol açarlar. Kanatlılarda kolonizasyonun yaş ile ilişkili olarak arttığı, ilk 2-5 hafta kolonizasyonun gerçekleşmediği gösterilmiş ve koruyucu immunitede yumurtadaki maternal IgY 'nin rolü olabileceği düşünülmüştür. Bu bulgu koruyucu immun cevabı indükleyen C. jejuni antijenlerinin kanatlılarda ve insanlarda aşı çalışmaları ile serolojik tanı kitlerinde kullanılabileceğini akla getirmiştir. Çalışmamızda; bölgesel suşlardan elde edilen membran antijenleri ile tavuk yumurtalarındaki anti-C. jejuni-IgY reaktivitelerinin tespiti amaçlanmıştır. Endüstriyel tip et tavukçuluğu yapan işletmelerdeki I. III, V haftalık piliçler ile kesimhanede işlem gören tavukların doku örneklerinden izole edilen C. jejuni suşlarının membran proteinleri ekstrakte edilmiş ve SDS-PAGE ile separe edildikten sonra nitroselüloz membranlarda immobilize edilmiştir. Daha sonra endüstriyel tip ve ev tipi yumurta tavukçuluğu yapan işletmelerden alınan 100 yumurtadan IgY ekstrakte edilmiş ve bunlarla reaktif membran proteinleri immunblot yöntemi ile araştırılmıştır. Çalışmada doku örneklerinin %17.5'inde C. jejuni kolonizasyonu görülmüş, bu suşların membranlarında 8-120 kDA arasında değişen çok sayıda protein bulunduğu ve 36 ve 60 kDa büyüklüğündekilerin suşların tamamında major protein bantları olduğu tespit edilmiştir. Yumurta ekstraktlarının %68'inde SDS-PAGE ve ELISA yöntemleri ile ölçülebilir ve kullanılabilir düzeyde IgY tespit edilmiştir. İmmunblotting yöntemi ile 30 (%44.1) yumurta ekstraktında 36 ve 60 kDa'luk proteinlerle (%93.3-100) reaktif olan IgY varlığı tespit edilmiştir. Bölgemizde endüstriyel tip et tavukçuluğunun yapıldığı işletmelerde C. jejuni enfeksiyonlarının insidansı. %17.5 ile beklenenden yüksek oranda görülmüştür. Endüstriyel ve ev tipi yumurta tavukçuluğu yapılan kümeslerdeki yumurtalarda sırasıyla %14 ve %46 oranında anti-C.jejuni IgY olduğu ve bunların 36 ve 60 kDa'luk proteinlerle immün-reaktif olduğu tespit edilmiştir. Bu antijenlerin aşı çalışmaları ve serolojik tanı kiti geliştirilmesinde hedef antijenler olarak kullanılabileceği belirlenmiştir.
Pulmonar tüberkülozlu hastaların balgam örneklerinden izole edilen mycobacterium tuberculosis suşlarında rifampisin direncinin moleküler mekanizmalarının araştırılması
Pulmonar Tüberkülozlu Hastaların Balgam Örneklerinden İzole Edilen MycobacteriumtuberculosisSuşlarındaRifampisin Direncinin Moleküler Mekanizmalarının Araştırılması Rifampin (RIF) direnci tüberküloz tedavi ve kontrolü için ciddi ve önemli bir tehdit oluşturmaktadır. İlaca dirençli tüberkülozun kontrolü, dirençli vakaların doğru tedavisine ve hızlı tanısına bağlıdır. Farklı bölgelerden izole edilen RIF dirençli M. tuberculosissuşlarınınmoleküler tanı metodları ile genetik karakterizasyonu; Çoklu ilaç Dirençli (ÇİD) ve Yaygın ilaç Dirençli (YİD)M. tuberculosisepidemiyolojisi hakkında faydalı bilgiler sağlayabilir. Bu araştırmanın amacı, Çukurova Bölgesi'nde izole edilenrifampisine dirençli Mycobacteriumtuberculosiskökenlerinin moleküler epidemiyolojisini incelemektir. Otomatize DNA dizi analizi yöntemi ile 50 kökenin rpoBgeninin 481-589. Kodonlarında yer alan 327 baz çifti dizisi mutasyon yönünden değerlendirilmiştir. Kökenlerin %98'inde mutasyon tespit edilirken, bir kökende (%2)mutasyon bulunmamıştır. En sık (%51,02) Ser531Leu mutasyonu izlenmiştir. Araştırmada toplam olarak 12 kodonu ilgilendiren 15 farklı mutasyon tespit edilmiştir. En sık 531 (%65,30), 516 (%10,20) ve 526. (%6,12)kodonlarda mutasyona rastlanmıştır. Sonuç olarak, araştırmadan elde edilen verilerin bölgemizde izole edilen ilaca dirençliM. tuberculosiskökenlerinin moleküler epidemiyolojisinin belirlenmesine yardımcı olacağı düşünülmüştür. Anahtar kelimeler: İlaç direnci, Mycobacteriumtuberculosis,rpoB geni, sekans analizi.
Pulmoner tüberkülozlu hastalardan izole edilen mycobacterium tuberculosis suşlarında moksifloksasin direncinin epidemiyolojik özellikleri ve moleküler mekanizmalarının araştırılması
Amaç: Bu çalışmada bölgemizdeki klinik materyallerden izole edilen Mycobacterium tuberculosis suşlarının moksifloksasin duyarlılıklarının fenotipik yöntemlerle tespit edilmesi ve bölgesel direnç oranlarının belirlenmesi ayrıca fenotipik direnç ile gyrA genindeki mutasyonların ilişkisinin araştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Adana Bölge Tüberküloz Laboratuvarına gönderilen pulmoner tüberkülozlu hasta örneklerinden izole edilen Mycobacterium tuberculosis suşlarından çoklu ilaç direnci görülmeyen sıralı 100 izolat ile çoklu ilaç direnci tespit edilen 37 izolat dahil edilmiştir. Bu izolatların Löwenstein-Jensen proporsiyon yöntemi kullanılarak moksifloksasin'e duyarlılıkları belirlenmiş ve epidemiyolojik özellikleri araştırılmıştır. Yine bu izolatların gyrA bölgesinin dizi analizi yapılmış ve ilaç duyarlılık oranları ile karşılaştırılmıştır. Bulgular: Fenotipik duyarlılıkları test edilen 137 izolatın 25'inde (% 18,2) moksifloksasine karşı direnç bulunmuştur. Çoklu ilaç direnci görülmeyen ve çoklu ilaç direnci görülen suşlar arasındaki direnç oranları sırasıyla % 17 ve % 21,6 olarak tespit edilmiştir. 25 dirençli klinik izolatın gönderildiği bölgelere göre dağılımına baktığımızda; izolatlardan 10'unun Adana, 6'sının Gaziantep, 5'inin Hatay, 3'ünün Mersin ve 1'inin de Kahramanmaraş iline ait oldukları tespit edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen tüm izolatların gyrA bölgesinin dizi analizi sonucuna göre toplamda 6 örnekte tek baz mutasyonuna rastlanmıştır. Mutasyonların pozisyonları Asp94Tyr, Asp94Gly, Ala90Val, Gly88Ala ve iki örnekte de Asp89Asn şeklinde tespit edilmiştir. Mutasyon görülen örneklerin ikisi moksifloksasine fenotipik olarak duyarlı bulunmuştur. Sonuç: Çalışmamız sonucunda moksifloksasine karşı gelişen direncin tüberküloz tedavisine sekonder olamayacağı tespit edilmiştir. Oluşan direnç ile genin analiz edilen kısmındaki mutasyonların ilişkisinin yetersiz olduğu ve yüksek dirençten farklı moleküler mekanizmaların sorumlu olacağı görülmüştür. Moksifloksasin direncinin araştırılmasının daha geniş vaka grupları ve izolatlar kullanılarak devam ettirilmesi ayrıca bu grup ilaçlara karşı kısa sürede direnç gelişme ihtimalinin varlığı ve non-spesifik endikasyonlarda daha sınırlı kullanılması gerektiğinin ısrarla anlatılmasının önemli olacağı sonucuna varılmıştır. Anahtar Sözcükler: gyrA, Moksifloksasin, Mutasyon, Mycobacterium tuberculosis, Proporsiyon.
Çukurova Bölgesindeki akciğer tüberkülozlu hastaların mononükleer hücrelerindeki mikrorna düzeylerinin incelenmesi
Tüberküloz, hayatı tehdit eden en eski enfeksiyonlardan birisi olup, tüm dünyada hala mortalitenin en önemli sebepleri arasında yer almaktadır. Dünyada her yıl yaklaşık olarak 8.7 milyon kişinin tüberküloza yakalandığı ve en az 2 milyon kişinin de tüberküloz sebebi ile hayatını kaybettiği dünya sağlık örğütü (DSÖ) tarafından bildrilmektedir. Multisistemik bir hastalık olan tüberkülozda olguların çoğunda akciğer ve plevra tutulumu mevcuttur. Ancak M.tuberculosis ile infekte kişilerin %5-10'unda aktif tüberküloz gelişmektedir. Aktif tüberküloz gelişimi, kronik enfeksiyon, reaktivasyonlar ve asemptomatik taşıyıcılığın sebepleri tam olarak aydınlatılamamış olmakla birlikte aktif tüberküloz gelişiminde konağın immun yapısının önemli rol oynadığına inanılmaktadır. Son yıllarda mikroRNA'ların (miRNA) immun sistemdeki rolünün belirlenmesine yönelik çalışmalara ilgi artmıştır. Birçok grup tarafından yapılan çalışmalarda miRNA'ların çeşitli bağışıklık hücreleri alt gruplarının yanı sıra bunların immünolojik işlevlerinin de farklılaşmasını etkileyerek hem kazanılmış, hem doğal immunitede önemli olduğu belirlenmiştir. miRNA'lar ayrıca, kanser, gibi önemli hastalıkların ve özellikle M. tuberculosis, ve H. pylori enfeksiyonları gibi geniş bir hastalık grubu ile ilişkilidir. Bu araştırmada; Çukurova Üniversitesi Tropikal Hastalıkları Merkezi Bölge Tüberküloz Laboratuvarına gönderilen, mikrobiyolojik olarak tüberküloz tanısı konmuş, tedavi almamış 50 hasta ve 30 sağlıklı bireyden izole edilen mononükleer hücre ve plazma miR146a, miR424, miR365, miR223, miR144, miR421 miRNA'ları, yüksek kapasiteli real-time PCR cihazı ile değerlendirildi. Hasta ve kontrol grubu karşılaştırıldığında plazmada miRNA144, miRNA424, mononükleer hücrede miRNA146a ekspresyonları ile istatiksel olarak anlamlı bir ilişki mevcut idi. (p<0,005) Sonuç olarak, aktif tüberküloz hastalarının mononükleer hücrelerdeki mikroRNA düzeyleri farklılıkları incelenerek tüberküloz tanısında, takibinde ve aynı zamanda konağa yönelik direk immun terapide mikroRNA'ların biyobelirteç olarak kullanımı irdelenmiştir.
Klinik örneklerden ızole edilen gram-negatif basillerde metallo-β-laktamaz'ların fenotipik-genotipik olarak araştırılması ve suşların filogenetik analizi
Karbapenemler çoklu dirençli Gram-negatif bakteri enfeksiyonlarında en sık kullanılan antibiyotiklerdir. Karbapenem direncinin en önemli mekanizmalarından birisi de metallo-β-laktamazların (MBL) üretimidir. MBL genleri kromozomda ya da plazmidde bulunur ve bakteri suşları arasında kolayca yayılabilir. Bu nedenle MBL ̛ lara bağlı antimikrobiyal direncin epidemiyolojisi ile ilgili veriler antibiyotik politikasının ve tedavi şeklinin belirlenmesinde kritik öneme sahiptir. Bu çalışmada Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbı Mikrobiyoloji ABD ̛ da 01.03.2014-05.09.2015 tarihleri arasında çeşitli klinik infeksiyonlardan izole edilen karbapeneme dirençli olduğu belirlenen Gram-negatif bakterilerin, fenotipik yöntemlerle çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının belirlenmesi ve genotipik yöntemlerle dirence yol açan enzimlerin belirlenerek epidemiyolojik veriler sunulması ve klonal ilişkilerinin PFGE yöntemi ile belirlenmesi amaçlandı. Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi Balcalı hastanesinde çeşitli kliniklerde yatan hastalardan izole edilen 450 karbapenem dirençli Gram-negatif bakteri kombine disk ve modifıye Hodge testi yöntemleri ile araştırıldı ve metallo-β-laktamaz üreten 130 Gram-negatif bakteri tespit edildi. Bakterilerin invitro şartlarda antibiyotiklere direnç durumları Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) önerileri doğrultusunda disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Çalışmaya dahil edilen suşlar arasında en yüksek direncin % 99.23 ile meropenem'e karşı, en düşük direncin ise %5.38 ile Kolistin'e karşı geliştiği görüldü. Çalışma sonunda; karbapenem dirençli Gram-negatif bakteri infeksiyonlarında güvenle kullanılabilecek tek antibiyotiğin kolistin olduğu görüldü. Karbapenem direncinin genotipik olarak analiz edilmesinden sonra tüm türlerde en baskın karbapenemaz genlerinin OXA-51, OXA-23-like ve OXA-24-like olduğu, non-fermenterler ve Enterobacteriaceae türlerinde ise NDM, TEM, VIM, GES ve CTX-M tipi genlerin karbapenem direncinden sorumlu karbapenemaz enzimleri olduğu belirlendi. Ayrıca suşların klonal ilişkisi PFGE yöntemiyle irdelendiğinde, yakın ilişkili olarak değerlendirilen klonların persiste olduğu, bu klonların hastanemizin farklı kliniklerinde yerleştiği ve çeşitli hastane kökenli enfeksiyonlara sebep olduğu tespit edildi.
Şizofreni ve bipolar bozukluklar ile enfeksiyon hastalıklar arasındaki ilişkinin araştırılması
Şizofreni, erken yaşta başlayıp devam eden yani kronik gidişli, kesin sebebi tam olarak bilinmeyen, negatif ve pozitif semptomlarla karakterize önemli bir mental hastalıktır. Bipolar Bozukluk, (BP) ise tekrarlayıcı manik ve depresif epizotlarla ötimi adı verilen iyilik dönemleriyle karakterize yaşamı etkileyen önemli zihinsel hastalıklardan biridir. Bu hastalıkların bütün dünyada ortalama prevalansının %1, insidans hızının ise 10-54/100.000 olduğu bildirilmektedir. Bu hastalıkların oluşmasında intrauterin dönemde özelliklede 2. Trimester de geçirilen bazı konjenital ve postpartum enfeksiyonların da rolünün olabileceği epidemiyolojik çalışmaların sonuçlarına dayanarak iddia edilmiştir. Bu çalışmada, mevcut literatür bilgileri ışığında ELISA yöntemi kullanılarak psişik bozukluklar ile ilişkilendirilen; Toxoplasma gondii', Chlamydia pneumonia, Chlamydia trachomatis, Cytomegalovirus (CMV), Herpes simplex Virus 1 (HSV1), Herpes simplex Virus 2 (HSV2), ve Treponema pallidum enfeksiyonlarını seroprevalansı araştırıldı. Ayrıca periferik kan örnekleride muhtemel Bornavirus enfeksiyonu tanısı için Endogenous Bornavirus Like Nucleoprotein 1 varlığını göstermek amacı ile sandiviç EIA yöntemi kullanılarak sorgulandı. Elde edilen seroprevalans ve EBLN1 insidans sonuçları Şizofreni ve bipolar bozukluk tanısı almış ve psikiyatri kliniklerinde takip edilmekte olan hastalarla, sağlıklı bireylerin kan ve serum örneklerinden elde edilen sonuçlar karşılaştırılarak, muhtemel bir ilişkinin tespiti amaçlanmıştır. Bu amaçla; psikiyatri kliniklerinde yatırılarak takip edilmekte olan 96'sı kadın 162'si de erkek olmak üzere toplam 258 hasta ile kan merkezlerine kan bağışı amacıyla gelen sağlıklı asemptomatik 50'si kadın 100'ü de erkek olmak üzere toplam 150 donöre ait serum örnekleri serolojik tanı yöntemleri kullanılarak değerlendirilmiştir. Çalışma sonunda hasta ve kontrol grupları arasında CMV, HSV-I, HSV-II ve T.pallidum seropozitiflik oranlarında (T.gondii, T.pallidum, C.pneumonia, C.trachomatis, Bornavirus, CMV, HSV I, HSV II) anlamlı bir fark tespit edilememiştir. T. gondii ve C. pneumoniae seroprevalansının hasta gruplarında (% 93,02 ve % 68,99) kontrol gruplarına ait seropozitiflik oranından (% 63,33 ve % 50 ) istatistiki yönden anlamlı şekilde yüksek olduğu görülmüştür. C trachomatis hasta ve kontrol grubu kadınlarda hasta ve kontrol grubu erkeklere oranla istatistikki yönden anlamlı fark göstermesine rağmen hasta ve kontrol gruplarının genelinde bir fark tespit edilememiştir/Borna Virusa ait BVLN-1 sadece hasta grubundaki 4 (%2,46) erkeğin kan örneklerinde tespit edilmiştir. T. gondii ve C. pneumoniae seroprevalansına dayanan sonuçlarımız bu iki mikroorganizmanın şizofreni ve bipolar bozukluğu olan hastalarda kontrollere göre daha yüksek risk taşıdığını göstermiştir/seroprevalansa dahil edilen test serumlarının tamamında geçirilmiş/mevcut Bornavirus, Chlamydia pneumonia, Chlamydia trachomatis, CMV, HSV1, HSV2, Toxoplasma gondii ve Treponema pallidum enfeksiyonlarının tespiti için ELISA yöntemi kullanılıdı.