Flavonoids
76 theses under this subject heading
Genista januensis subsp. lydia (fabaceae) bitkisinin biyoaktivite rehberli izolasyonu ve antikanser, antioksidan aktivitelerinin araştırılması
Bu çalışmada, Genista januensis subsp. lydia (Boiss.) Kit Tan & Ziel. bitkisinin antikanser ve antioksidan aktivitelerinin incelenmesi, aktiviteden sorumlu fitokimyasal bileşiklerin, özellikle yeni fenolik/flavonoid bileşiklerinin izolasyonu, kimyasal yapılarının belirlenmesi, uçucu bileşiklerinin tayini ve miktarı yeterli olan saf bileşiklerde antikanser ve antioksidan aktivitelerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında G. januensis bitkisinin; hekzan, kloroform, etil asetat, metanol çözücüleri kullanılarak, maserasyon yöntemiyle ekstraksiyonu yapılmış ve ham ekstrelerde sitotoksisite, apoptoz, hücre döngüsü analizleri yapılarak antikanser etkisi araştırılmıştır. Ayrıca ham ekstrelerde toplam fenolik/flavonoid madde miktarı tayini ile DPPH, ABTS ve FRAP yöntemleri kullanılarak antioksidan aktiviteleri belirlenmiştir. Elde edilen ekstrelerin antikanser ve antioksidan aktivite sonuçlarına göre en yüksek aktivite gösteren ekstrenin, etil asetat ekstresi olduğu belirlenmiş ve izolasyon çalışması için etil asetat ekstresi seçilmiştir. Etil asetat ekstresinin kromatografik yöntemlerle izolasyonu yapılmış ve izole edilen bileşiklerin 1D, 2D NMR ve kütle spektroskopisi ile molekül yapıları aydınlatılmıştır. Çalışmanın sonucunda, G. januensis bitkisinin etil asetat ekstresinden 3 izoflavonoid, 1 biflavonoid, 1 fenolik bileşik ve 2 şeker türevi olan 7 bileşik izole edilmiştir. İzole edilen 7 bileşik G. januensis bitkisinden ilk defa izole edilmiştir. Miktarı yeterli olan izole bileşiklerin sitotoksisitesi araştırılmıştır. (5), (6) ve (7) numaralı bileşiklerin antikanser etkiye sahip olduğu düşünülmektedir. Bununla birlikte; (4) numaralı antioksidan aktivitesi araştırılmıştır.
Genista carinalis Griseb. (Fabaceae) bitkisinin biyoaktivite rehberli izolasyonu ve antidiabetik, antikolinesteraz ve antioksidan etkilerinin araştırılması
Bu çalışmada, Trakya bölgesinde yetişen Genista carinalis Griseb. (Fabaceae) bitkisinin ham ekstrelerinde toplam fenolik/toplam flavonoid içeriği, antikolinesteraz aktivitesi, antioksidan aktiviteleri (ABTS•+, DPPH, FRAP, CUPRAC) ve α-glukosidaz/α-amilaz inhibisyon kapasitelerinin belirlenmesi ile bioaktif sekonder metabolitlerin izolasyonu ve yapılarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Toplanan G. carinalis bitkisi ekstraksiyon için oda koşullarında kurutulmuştur. Ham ekstreleri elde etmek için, metanol ile maserasyon yöntemiyle ekstraksiyon yapılmış ve metanol vakum altında buharlaştırılarak uzaklaştırılmıştır. Ham ekstre polarite sırasına göre hekzan, diklorometan, etil asetat ve butanol ile geri ekstraksiyon yapılmıştır. Elde edilen ham ekstrelerin toplam fenolik içerik, toplam flavonoid içerik, antikolinesteraz, antioksidan aktivite analizleri sonuçlarına göre biyoaktifliği en yüksek olan etil asetat ekstresi izolasyon çalışması için seçilmiştir. Kolon kromatografisi ile elde edilen fraksiyonlar ince tabaka kromatografisi ile kontrol edilerek benzer fraksiyonlar birleştirilmiştir. Elde edilen alt fraksiyonlar, kolon kromatografisi, TLC, ters faz HPLC ve normal faz HPLC ile saflaştırılmıştır. İzole edilen saf bileşiklerin kimyasal yapıları 1D ve 2D NMR ve kütle spektroskopisi yöntemleri kullanılarak belirlenmiştir. Bu çalışma sonucunda, G. carinalis bitkisinden 5 izoflavonoid, 1 kalkon ve 2 fenolik bileşik içeren 8 bileşik izole edilmiştir. Bu bileşiklerden sekizi G. carinalis bitkisinden ilk defa izole edilirken, bu bileşiklerden yedisi doğal kaynaklardan ilk defa izole edilmiştir. Ayrıca, izole edilen bileşiklere de biyolojik aktivite çalışmaları yapılmıştır.
Badem sakızının UV-spektroskopi ile antioksidan içeriğinin tespit edilmesi ve HPLC aanalizlerinin ortaya konulması
Antioksidanlar insan vücudunda önemli yeri olan bileşenlerdir. Son zamanlarda gıdaların uzun ömürlü olması ve besin değerlerini arttırması dolayısı ile gıda sektöründede tıpta olduğu kadar değeri oluşmuştur. Fenolik bileşikler ve proteinlerle, flavonoidler antioksidan kapasitesini arttıran bileşenler olarak yer almaktadır. Badem sakızının kırmızı, sarı renkklerde olması içerisinde fenolik bileşiklerin ve flavonoidlerin varlığının nitel bir göstergesidir. Bu sebeple bu sakızın içerisindeki antioksidan kapasitesi ekstraksiyon yöntemlerinin en verimlisinin tespit edilmesi ile yapılmıştır. Ekstraksiyonu tamamlanan işlemler Uv- Spektroskopi ile analizlenerek en yüksek verimde ki optimum şartları belirlenmiştir. Daha sonra en yaygın kullanılan HPLC analizleri ile analitik analizleri yapılarak yaygın olan reçinelerin analizleri tamamlanmıştır. Çalışmanın amacı badem sakızının içeriğinin tespit edilmesi ve antioksidan kapasitesinişn belirlenmesidir. Bu amaçla yapılan işlemler tam olarak tercih edilen önceki çalışmaların referansları ile modellenerek gerçekleştirilmiştir.
Türkiye'de yetişen rumex türleri üzerinde HPLC ile kemotaksonomik araştırmalar ve temel bileşen analizi
Bu tez çalışmasında amaç, Türkiye'de doğal olarak yetişen 20 Rumex L. türünün kök, yaprak ve meyveli iç periant kısımlarının kimyasal içeriğinin karşılaştırmalı olarak belirlenmesi ve hedefli metabolomiks analiz ile temel bileşen analizinin gerçekleştirilmesi ve kemotaksonomik açıdan değerlendirilmesidir. Yapılan farklı çalışmalarda Rumex türlerinin farklı kimyasal yapılara sahip birçok bileşik taşıdıkları ve buna bağlı olarak biyolojik aktivite gösterdikleri tespit edilmiştir. Çalışılan 20 Rumex türünün kök, meyveli iç periant ve yaprak ekstrelerinin içerdiği antrakinon, naftalen ve flavonoit türevlerini ve bunların miktarlarını belirlemek üzere HPLC yöntemi kullanılmıştır. Daha önce izole ettiğimiz antrakinon, naftalen ve flavonoit türevi bileşikler ile satın alınan rein bileşiği standart olarak kullanılmıştır. Referans olarak 12 antrakinon türevi (aloe-emodin, aloin, emodin, emodin-8-O-ꞵ-gukopiranozit, fiskiyon, frangulin A, frangulin B, glukofrangulin A, glukofrangulin B, krizofanol, krizofanol-8-O-ꞵ-glukopiranozit ve rein), 1 naftalen türevi (nepodin-8-O-ꞵ-glukopiranozit) ve 9 flavonoit türevi (apigenin, astragalin, hiperozit, hispidulin, izoorientin, izoviteksin, kemferol, kersetin ve rutin) olmak üzere toplam 22 bileşik kullanılmıştır. HPLC ile tespit edilen bileşikler ve miktarları Temel Bileşen Analizi (PCA) yöntemi ile sınıflandırılmış ve kemotaksonomik açıdan değerlendirilmiştir. Rumex amanus Rech., R. caucasicus Rech., R. olympicus Boiss., ve R. tmoleus Boiss., türlerinin kimyasal içeriği ilk kez bu çalışma ile aydınlatılmıştır. Frangulin A, B ve glukofrangulin A, B ile hispidulin bileşikleri Rumex türlerinde ilk kez bu çalışmada tespit edilmiştir. Rumex türlerinin tür tayininde kolaylık sağlayacak morfolojik özellikleri detaylı olarak ilk kez bu çalışmada belirlenerek Rumex tür tayin anahtarı hazırlanmıştır.
Farklı anaçlar üzerine aşılanan J.H. Hale şeftali çeşidinde aşı kaynaşma mekanizmasının anatomik ve biyokimyasal olarak incelenmesi
Bu araştırmada, aşı uyuşmazlığı mekanizmasının farklı yöntemler ile açıklanması ve erken tespit edilebilmesi amacıyla metodolojik protokollerin geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bitkisel materyal olarak J.H.Hale şeftali çeşidi ile şeftali çöğürü, Garnem, GF 677, badem çöğürü ve Myrobolan 29C anaçları kullanılmıştır. Uyuşur homograft ve heterograft aşı kombinasyonları ile uyuşmaz heterograft aşı kombinasyonlarında anatomik-histolojik incelemeler, biyokimyasal analizler ve morfolojik gözlemler yapılmıştır. Tüm aşı kombinasyonlarında, kallus dokusunun meydana geliş zamanı ve nekrotik alan yoğunluğu aşı elemanları arasındaki uyuşma/uyuşmazlığa ve homograft/heterograft olma durumlarına göre farklılıklar göstermiştir. Aşılamadan 24 ay sonra J.H.Hale/Myrobolan 29C aşı elemanlarının birbirinden kesin bir çizgi ile ayrıldığı, diğer aşı kombinasyonlarının ise tek bir bitki formunu aldıkları gözlemlenmiştir. Toplam fenolik ve toplam flavonoid madde miktarlarının aşılı bireylerde, aşısızlara göre daha yüksek olduğu tespit edilmiştir. Aşılamadan 24 ay sonra toplam fenolik madde miktarı en düşük J.H.Hale/Şeftali çöğürü (32.97 mg/g), en yüksek J.H.Hale/Myrobolan 29C (68.14 mg/g) kombinasyonlarında, toplam flavonoid madde miktarı ise en düşük J.H.Hale/Şeftali çöğürü (15.19 mg/g), en yüksek J.H.Hale/Myrobolan 29C (39.34 mg/g) kombinasyonlarında belirlenmiştir. Uyuşmaz heterograft J.H.Hale/Myrobolan 29C kombinasyonunda Rf=50 bandı, uyuşur homograft J.H.Hale/Şeftali çöğür kombinasyonunda Rf=46 bandı bulunmuştur. En yüksek peroksidaz aktivitesi uyuşmaz J.H.Hale/Myrobolan 29C kombinasyonunda (7.8 ΔAg-1dk-1), en düşük peroksidaz aktivite değeri ise J.H.Hale/Şeftali çöğürü kombinasyonunda (4.1 ΔAg-1dk-1) belirlenmiştir. Aşılamadan sonra tüm kombinasyonların fotosentetik pigmentlerinde azalma görülmüştür. Aşılamadan 24 ay sonra toplam klorofil-klorofil a değerleri en yüksek J.H.Hale/GF 677 (1.73 mg/g-1.08 mg/g), en düşük J.H.Hale/Myrobolan 29C (0.42 mg/g-0.29 mg/g) kombinasyonlarında tespit edilmiştir. Morfolojik gözlemlerde, J.H.Hale/Myrobolan 29C fidanlarının diğer aşı kombinasyonu fidanlarına göre zayıf gelişim gösterdiği belirlenmiştir.
Denizli çivril bölgesindeki hünnap tiplerinde ağaç gelişimi ve bazı meyve özelliklerinin belirlenmesi
Araştırma Denizli/Çivril bölgesinde meyve ve verim özellikleri bakımından öne çıkan 15 adet hünnap genotipinde ağaç gelişimi ve bazı meyve özelliklerinin belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Genotiplerin tomurcuk kabarma, ilk çiçeklenme, tam çiçeklenme, ilk ben düşme ve hasat tarihlerinin yıllara göre farklılıklar gösterdiği belirlenmiştir. Araştırmada her iki yılda da 5 nolu genotip hem gövde çevresi hem de taç genişliği bakımından en yüksek değerlere sahip olmuştur (sırasıyla, 2021 yılı 65 cm, 599 cm; 2022 yılı 66 cm, 625.50 cm). Araştırmada meyve ağırlığı 2021 yılında 5.59 g (14 nolu genotip) – 19.91 g (10 nolu genotip), 2022 yılında 5.14 g (4 nolu genotip) – 17.36 g (8 nolu genotip), meyve eti sertliği 2021 yılında 1.79 Ib (14 nolu genotip) – 3.05 Ib (10 nolu genotip), 2022 yılında 4.04 Ib (11 nolu genotip) – 7.23 Ib (12 nolu genotip), ağaç başı verim 2021 yılında 15.65 kg/ağaç (11 nolu genotip)- 100.40 kg/ağaç (5 nolu genotip), 2022 yılında 13.60 kg/ağaç (14 nolu genotip) – 66.95 kg/ağaç (5 nolu genotip), suda çözünür kuru madde miktarı 2021 yılında % 18.15 (7 nolu genotip) - % 30.70 (8 nolu genotip), 2022 yılında % 18.37 (5 nolu genotip) – % 33.60 (7 nolu genotip), toplam fenolik madde miktarı 2021 yılında 0.669 mg GAE/100 g (5 nolu genotip) – 3.131 mg GAE/100 g (10 nolu genotip), 2022 yılında 0.837 mg GAE/ 100 g (5 nolu genotip) – 3.914 mg GAE/100 g (10 nolu genotip), toplam flavonoid içeriği 2021 yılında 0.509 mg CE/100 g ( 7 nolu genotip) – 0.885 mg CE/100 g ( 10 nolu genotip, 2022 yılında 0.728 mg CE/100 g (7 nolu genotip) – 1.266 mg CE/100 g (10 nolu genotip), toplam antioksidan kapasitesi 2021 yılında 0.415 mmol TE/ g (7 nolu genotip) – 0.855 mmol TE/g (2 nolu genotip), 2022 yılında 0.836 mmol TE/g (7 nolu genotip) – 1.580 mmol TE/g (10 nolu genotip) arasında değişmiştir.
Seçilmiş yerel buğday çeşitlerinin karşılaştırmalı transkriptomik analizi ve çinko uygulamasının bazı enzim genlerinin ifade düzeyine olan etkisi
Buğday, tarımı kolay, verimi yüksek bir tahıl ürünüdür ve değişik iklim ve toprak şartlarına uyum sağlayabilmesi nedeni ile dünyada pek çok yerde yetiştirilmektedir. Artan nüfus talebini karşılamak için diğer bitkisel ürünlerde olduğu gibi buğday üretimi de artmak durumundadır. Bununla birlikte, son yıllarda "sağlıklı gıda" eğiliminin oluşması nedeniyle buğday çeşitlerinde antioksidan ve flavonoid biyosentezinin moleküler temelinin anlaşılması önem arz etmektedir. İlgili biyosentez mekanizmasını anlamak için genomik, transkriptomik gibi omik teknolojiler kullanılarak araştırma yaklaşımı desteklenmektedir.Dünya genelinde iki milyardan fazla insanda "gizli açlık" görülmektedir. Gizli açlık için önemli olan mikro gıda bileşenleri, hem bitki hem de insan gelişimi için gerekli olan temel mineral elementlerdir. Günümüzde özellikle gelişmekte olan ülkelerde görülen gizli açlıkla mücadele edebilmek için, kolay erişilebilir olan ve günlük diyetin büyük çoğunluğunu oluşturan pirinç, buğday ve mısır gibi temel gıdaların üretimi sırasında fortifikasyon ve/veya biyofortifikasyon uygulamaları yapılmaktadır. Çinko (Zn) eksikliği, bitkilerde verim ve besin kalitesinin düşmesine neden olan iyi bilinen bir sorundur. Zn arzında bir kıtlıkla karşı karşıya kalındığında, bitkiler Zn alımını artırarak iklime uyum sağlar. Son yıllarda, Zn eksikliğine karşı bitki direncinin daha iyi anlaşılması söz konusu olmakla birlikte, bitkilerin Zn kullanım verimliliğindeki genotipik varyasyonlar ve antioksidan ve flavonoid biyosentezine etkisi konusu önemli görünmektedir. Bu tez çalışması ile seçilen yerel buğday genotiplerinde antioksidan enzim genleri Süperoksit Dismutaz (SOD) ve Katalaz (CAT) ve flavonoid biyosentez enzim genleri Fenilalanin Amonyum Liyaz (PAL) ve Kalkon Sentaz (CHS)'ın ifade düzeyleri ve ayrıca bu anahtar enzim genlerinin aynı örneklerde yapraktan çinko biyofortifikasyonu ile ifade düzeylerindeki değişimin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda öncelikle yerel buğday genotipleri belirlenmiş ve bu genotiplerin antioksidan kapasiteleri daha önceki çalışmalarda QUENCER (QUick, Easy, New, CHEap ve Reproducible) hızlı antioksidan testlerinden olan ABTS testi ile belirlenmiştir. Daha sonra yerel buğday genotipleri çimlendirilerek iki farklı saksı denemesi kurulmuş, bir saksı denemesinde yapraktan çinko biyofortifikasyonu uygulanmıştır. Buğday yaprakları yirmi günlük yetişkinliğe ulaştıklarında hasat edilerek ivedilikle RNA izolasyonu ve cDNA sentezi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen cDNA örnekleri ileri gen ifade analizlerinde kullanılmıştır. Bunun için öncelikle ticari buğday çeşitleri (Demir 2000 ve Eminbey)'den elde edilen cDNA örnekleri ve antioksidan enzim genleri (SOD ve CAT) ve flavonoid biyosentez enzim genleri (PAL ve CHS) kullanılarak RT-PCR analizleri için optimizasyon gerçekleştirilmiş ve standart eğriler elde edilmiştir. Bu aşamanın ardından seçilen bütün buğday genotiplerinde RT-PCR analizleri ile gen ifade düzeyleri ölçülmüştür. Bundan sonra istatiksel analizler ile karşılaştırmalı değerlendirmeler verilmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmada transkriptomik analiz yaklaşımı ile yerel çeşit buğday genotiplerinde antioksidan enzim ve flavonoid biyosentez enzim genlerinde genotip farklılığına bağlı olarak aktivite değişiklikleri ilk kez ortaya çıkarılmıştır. Ayrıca, yapraktan Zn uygulaması ile söz konusu genlerin ifade profilindeki değişimin dağılımı ortaya konmuştur. Çalışma, daha önce antioksidan kapasitesi ve ilgili genlerin ifade düzeyleri üzerine sıklıkla çalışmalar yapılmış olan Triticum aestivum genotiplerinin yanı sıra yerel Triticum monococcum, Triticum dicoccum, Triticum durum ve Triticum spelta genotiplerini de içermesi sebebiyle önem taşımakta ve belirtilen genotiplerde yapılacak ileri çalışmalar için kaynak oluşturmaktadır.
Vinca soneri Koyuncu üzerinde farmakognozik araştırmalar
Apocynaceae familyasına ait Vinca soneri Koyuncu sp. nova, ülkemizde Doğu Anadolu'da yetişen çok yıllık, koyu yeşil yapraklı, soluk mavi çiçekli endemik bir bitkidir. Vinca türleri halk arasında kan şekeri düşürücü, tansiyon düşürücü, gaz söktürücü, kusturucu, hemostatik olarak kullanılmaktadır. Bu tez çalışmasında, üzerinde sınırlı fitokimyasal çalışma bulunan V. soneri'nin ham metanol ekstresinin butanol alt ekstresinden çeşitli kromatografik yöntemlerle sekonder metabolitler izole edilmiş, elde edilen bileşiklerin yapıları tayin edilerek α-glukozidaz enzim inhibitör etkileri araştırılmıştır. Fitokimyasal çalışmalar sonucunda kemferol 3-O-α-ramnopiranozil (1→6)-β-galaktopiranozit (VS-1, VS-2A), kemferol 3-O-α-ramnopiranozil (1→6)-β-glukopiranozit (VS-2B), kersetin 3-O-α-ramnopiranozil (1→6)-β- galaktopiranozit (VS-3), kersetin-3-O- [α-ramnopiranozil(1→6)-β-galaktopiranozil] - 7-O-α-ramnopiranozit (VS-4) ve kersetin-3-O- [α-ramnopiranozil(1→6)-β-galaktopiranozil] - 7-O-β-glukopiranozit (VS-5) olmak üzere 5 flavonoit, 2-hidroksi-3-O-β-glukopiranozil-benzoik asit (VS-6) ve klorojenik asit (VS-7) olmak üzere 2 fenolik asit, loganin (VS-8) ve loganik asit (VS-9) olmak üzere 2 iridoit elde edilmiştir. Bileşiklerin yapı tayinleri 1D (1H ve 13C) ve 2D (DQF-COSY, HSQC ve HMBC)-NMR teknikleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Elde edilen tüm bileşiklerin α-glukozidaz enzim inhibisyonları incelendiğinde, kersetin 3-O-α-ramnopiranozil (1→6)-β- galaktopiranozit (VS-1)'in 169.87±4.37 µg/mL IC50 değeri ile pozitif kontrol olarak kullanılan akarbozla benzer düzeyde inhibisyon yaptığı gözlemlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Vinca soneri, flavonoit, fenolik asit, iridoit, α-glukozidaz Destekleyen Kuruluş: H.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi (Proje No: THD- 2022-20224)
IRE1-JNK yolağı protein-protein ve protein-ligand etkileşimlerinin moleküler dinamik simülasyon yöntemiyle araştırılması
IRE1-JNK yolağı Endoplazmik Retikulum (ER) stresine karşı hücrenin yanıt verdiği en güçlü sinyal yolağıdır. Hipoksi gibi koşullarda aşırı ER stresine bağlı olarak bu yolak üzerinden apoptotik mekanizma tetiklenerek hücre ölümü meydana gelmektedir. Kardiyovasküler hastalıklarda hücreler aşırı ER stresine maruz kalabilmekte ve apoptoza bağlı hücre ve doku kaybı meydana gelebilmektedir. Kardiyovasküler hastalıklarda etkili Statin, ACE İnhibitörleri, Anti-Aritmik İlaçlar ve Flavonoid'lerin IRE1-JNK yolağı üzerindeki IRE1, ASK1 ve JNK1 ile etkileşimi tam olarak bilinmemektedir. Ayrıca IRE1-JNK yolağının en önemli başlatıcı ya da durdurucu faktörü olan BİP-IRE1LD bağlanması bilinmesine karşın bağlanmanın moleküler mekanizması tam olarak aydınlatılamamıştır. Çalışmamızda kardiyovasküler hastalıklarda etkili etken maddeler ve Flavonoid'lerin kendi etkileri dışında IRE1-JNK yolağının inhibisyonunda rol oynayıp oynamadıklarını belirlemek amacıyla IRE1, ASK1 ve JNK1 ile etkileşimleri moleküler kenetleme, moleküler dinamik simülasyon ve serbest enerji hesaplamalarıyla araştırıldı. Ayrıca BİP'in konformasyonel dinamiği ve BİP-IRE1LD etkileşiminin moleküler mekanizmasını aydınlatmak hedefiyle moleküler dinamik simülasyon ve serbest enerji hesaplamaları yapıldı. Olası BİP-IRE1LD bağlanma paternlerini belirlemek amacıyla iri taneli model ve kübik oryantasyonda moleküler dinamik simülasyonlar gerçekleştirildi. Yaptığımız çalışmada BİP'in yüksek esneklikteki SBDα alt domaininin kısa süreli burkulması ve tekrar eski durumuna dönmesi sonucu serbest enerji yüzeyinde minima meydana geldiği gözlendi. Bağlanma konformasyonu bilinen farklı büyüklük ve esneklikte olan Ddi1 ubikuitin benzeri (UBL) domaini-ubikuitin kompleksi (2MWS), ubikuitin-USP2 kompleksi (2HD5), kimerik SDZ CHI621'in fab fragmenti (1MIM) ve Sil1-BİP komplekslerinin (3QML) bağlanma paternini iri taneli kübik oryantasyon yaklaşımı ile doğru tahmin etmek için istatistiksel olarak ROC eğrisi ile hesaplandığında F-değeri ve doğruluğu (ACC) 0,88 olarak ölçüldü. AUROC değeri ise 0,94 olarak belirlendi. BİP-IRELD etkileşiminin olası bağlanma paternleri taneli kübik oryantasyon yaklaşımı ile araştırıldığında, IRE1LD'in 4. bölgesi içinde yer alan düzensiz domainin BİP-NBDIIβ açık formunun kapalı forma göre daha yüksek afinite ile bağlandığı ayrıca BİP-SBDα alt domainin bağlanmada direkt rol oynadığı gözlendi. IRE1, ASK1 ve JNK1 ile kardiyovasküler hastalıklarda kullanılan etken maddeler ile Flavonoid'lerin etkileşimlerinin araştırıldığı bu çalışamada proteinlerin fosforilasyonunun inhibisyonunda Statinler'in en etkili moleküller olabileceği gözlendi. Ayrıca yaptığımız Umbrella Örnekleme Serbest Enerji Hesaplamlarında Statin'lerden Atorvastatin ve Pitavastatin ile Flavonoid'lerden Norizalpin, Chrysin ve Luteolin'in yüksek ortalama kuvvet potansiyelleri ile IRE1-JNK yolağının inhibisyonunda güçlü aday moleküller olabileceği gösterildi. Yaptığımız bu çalışmalar ile belirlenen BİP-IRE1LD bağlanma paterninin BİP ve IRE1LD hedefli ileri teröpatik çalışmalara ışık tutacağı, İri taneli kübik oryantasyon yaklaşımının hızlı ve kolay kullanımı için algoritmalar yazılarak yüksek esneklikteki protein-protein etkileşimlerinin belirlenmesinde kullanımının faydalı olabileceği ve IRE1-JNK yolağı etken madde etkileşimleri sonucu elde edilen veriler ışığında Statinler üzerinden geliştirilerek etken türev maddelerin ER stresi kaynaklı apoptozun önlenmesinde etkili olabileceğine inanmaktayız. Bu araştırmada yer alan kısmi nümerik hesaplamalar TÜBİTAK ULAKBİM, Yüksek Başarım ve Grid Hesaplama Merkezi'nde (TRUBA kaynaklarında) gerçekleştirilmiştir.
Endemik marrubium rotundifolium boiss. bitkisinin total ekstresinin kimyasal içeriğinin ve biyoaktivite potansiyelinin araştırılması
Marrubium L. (Lamiaceae) cinsinin dünyada toplam takson sayısı yaklaşık 40'tır. Bunların 21 tanesi Türkiye'de bulunup büyük çoğunluğu endemiktir. Anadolu'da "bozotu, bozkaşık, karaderma" olarak bilinen, Marrubium L. cinsinin farklı türleri ile yapılan etnobotanik çalışmalar sonucu, bu türlerin halk arasında idrar söktürücü, göğüs yumuşatıcı, soğuk algınlığında, antipiretik ve ağrı kesici olarak kullanımları ortaya konmuştur. Farklı Marrubium türlerinin analjezik, sitotoksik, antienflamatuvar, antioksidan ve antimikrobiyal etkileri bilimsel çalışmalarla gösterilmiştir. Marrubium türleri üzerinde yapılan fitokimyasal çalışmalar sonucunda ana bileşik grupları olarak diterpenler, flavonoidler, uçucuyağlar, fenilpropanoid esterleri ve feniletanoid glikozitleri izole edilmiştir. Marrubium rotundifolium Boiss. Ege Bölgesi'nde yayılış gösteren endemik bir türdür. Bu çalışmada bitkinin toprak üstü kısımlarıyla elde edilen metanol, etilasetat ve hekzan ekstrelerinin kimyasal bileşenlerini belirleyebilmek amacıyla; İTK (ince tabaka kromatografi), YBSK (yüksek basınçlı sıvı kromatografisi), ve GC-MS (gaz kromatografisi ve kütle spektroskopisi) kromatografik yöntemleri uygulanmış olup, ekstrelerin biyoaktivite çalışması yapılmıştır. İTK ve YBSK yöntemi ile karşılaştırma yaptığımız standart maddeler tespit edilememiştir. Uçucuyağ analizinde majör bileşikler olarak germakren-D (% 24.80), β-karyofillen (% 23.39), karyofillen oksit (% 16.69) tanımlanmıştır. Folin-Ciocalteu metodu ile toplam fenolik içerik tayininde n- hekzan ve etilasetat ekstresinde fenolik madde içeriği gözlenmemiş olup, metanol ekstresinde 20,62 ± 1,6 GAE µg/mg değerinde fenolik içeriği gözlemlenmiştir. Aluminyum klorid/potasyum asetat metodu ile yapılan toplam flavonoid içerik tayininde elde edilen sonuçlara göre, metanol ve etilasetat ekstrelerinde flavonoid içeriği sırasıyla 70,76 QE µg/mg ve 142,58 QE µg/mg iken en yüksek flavonoid içeriği n-hekzan ekstresinde gözlemlenmiş olup 168,63 QE µg/mg'dir. OH.- ABTS ve DPPH radikal süpürücü etki çalışmalarında M. rotundifolium metanol ekstresi daha düşük dozlarda yüksek etki değerleri göstermiştir (Sırasıyla; 0,277 ± 0,024, 3,21 ± 0,081, 0,033 ± 0,001 mg/ml). Bitki ekstrelerinin in vitro sitotoksisitelerini belirlemek amacıyla MTT yöntemi kullanılmış olup 3 adet kanser ( CaCo-2,SHSY5Y ve PC-3) ve 2 adet kanser olmayan hücre hattı (NIH-3T3, HK-2) üzerinde ekstrelerde anlamlı bir sonuç bulunamamıştır. Mikrodilüsyon yöntemi ile yapılan antimikrobiyal aktivite çalışmasında Staphylococcus aureus'a karşı sadece etilasetat ekstresi (128 µg/ml) antimikrobiyal aktivite göstermiştir. Enterococcus faecalis bakteri suşuna karşı hem etilasetat hem de hekzan ekstereleri aynı değerde aktivite göstermiş (128 µg/ml), Bacillus subtilis' e karşı metanol ve hekzan ekstreleri (her biri 128 µg/ml) antimikrobiyal etki göstermiştir. M. rotundifolium ekstreleri sadece Gram (+) bakteri suşlarına karşı etki göstermiştir. Sonuç olarak, bu çalışma M. rotundifolium bitkisinin fitokimyasal ve biyoaktivite özelliklerini inceleyen bir çalışmadır. Bitkinin antioksidan etki potansiyeli bulunmakla birlikte zayıf antimikrobiyal ve sitotoksik etkili olduğu gözlenmiştir. Yapılan İTK çalışmaları ile bitkinin tüm ekstrelerinin kimyasal içeriğinin çok zengin olduğu görülmüştür. Bu nedenle bitkideki bileşikleri tespit edebilmek amacı ile ileri fraksiyonlama ve saflaştırma çalışmaları yapılması planlanmaktadır. Anahtar Kelimeler: Marrubium rotundifolium; uçucuyağ; sitotoksisite; antioksidan; antimikrobiyal; flavonoid; fenolik asit
Endemik centaurea goeksunense aytaç & H. Duman bitkisinin kimyasal içeriğinin ve biyoaktivite potansiyelinin araştırılması
Centaurea L. (Asteraceae) cinsi, Türkiye florasında 94'ü endemik olmak üzere 158 tür ile temsil edilmektedir. Centaurea türleri halk arasında iştah açıcı, ishal kesici, adet getirici, yara iyileştirici gibi birçok tıbbi amaçla kullanılmaktadır. Yapılan fitokimyasal çalışmalarda Centaurea türlerinde genellikle seskiterpen laktonların, flavonoidlerin, lignanların ve bunların glikozitlerinin bulunduğu belirlenmiştir. Bu çalışmada, Güney Anadolu endemiği Centaurea goeksunense Aytaç & H. Duman bitkisinin toprak üstü kısımlarından hazırlanan hekzan, kloroform, metanol ve bütanol ekstrelerinin içerdiği kimyasal bileşikler YBSK (yüksek baınçlı sıvı kromatografisi) ve İTK (ince tabaka kromatografisi) ile belirlenmiştir. Ayrıca çeşitli yöntemlerle ekstrelerin antimikrobiyal, sitotoksik, antioksidan ve antienflamatuvar aktiviteleri araştırılmıştır. Yapılan analizler sonucunda; kloroform, metanol ve bütanol ekstrelerinde 1 flavon (luteolin); metanol ekstresinde 1 fenolik asit (klorojenik asit) ve bütanol esktresinde de 1 flavon (apigenin) ve 1 fitosterol glikoziti (β-sitosterol-3-O-D- glikozit) elde edilmiştir. MTT yöntemiyle yapılan sitotoksisite testine göre en yüksek sitotoksik aktivite PC-3 (prostat kanseri) hücre hattında gözlenmiştir. PC-3 hücreleri üzerinde en etkili hekzan ve kloroform ekstrelerinin olduğu belirlenmiştir (IC50 değerleri sırasıyla 7,052 ve 8,861 µg/ml). Metanol ekstresi ise herhangi bir hücre hattında etkili olmamıştır. Çalışmalarda maksimum 50 µg/ml konsantrasyon kullanılmıştır. Dolayısıyla 50 µg/ml üzerindeki aktivite tespiti hedeflenmiştir. Elde edilen sonuçlar farmasötik botanik kullanım potansiyeli dikkate alınarak değerlendirilmiştir. Antioksidan aktiviteleri araştırılan ekstrelerin; total fenolik ve flavonoid içerikleri, DCFH ve OH.- radikali süpürücü etkileri ile total antioksidan kapasiteleri belirlenmiştir. En yüksek fenolik içerik sırasıyla metanol, kloroform ve hekzan ekstrelerinde; en yüksek toplam flavonoid içerik sırasıyla kloroform, hekzan ve metanol ekstrelerinde gözlenmiştir. Tüm konsantrasyonlarda metanol ekstresi en yüksek OH.- radikal süpürücü aktiviteye sahip bulunmuş, bunu sırasıyla hekzan ve kloroform ekstreleri takip etmiştir. DCFH yönteminde ise, en yüksek radikal süpürücü aktivite sırasıyla kloroform, metanol ve hekzan ekstrelerine aittir (IC50 değerleri sıasıyla 1,434; 1,242 ve 5,97 µg/ml). TEAK yönteminde tüm konsantrasyonlarda metanol ekstresinin en yüksek antioksidan kapasiteye sahip bulunmuş; onu sırasıyla, kloroform ve hekzan ekstreleri takip etmiştir. Tüm ekstrelerin en yüksek etkiyi gösterdiği konsantrasyon 1 mg/ml olarak saptanmıştır. Antienflamatuvar aktivite denemeleri ise iNOS ve NF-ƘB inhibisyon yöntemleri ile yapılmıştır. Hekzan ekstresi hücrelere sitotoksik etki göstermemiş (IC50:>50 µg/ml); fakat iNOS aktivitesi inhibisyonunda yüksek etki sağlamıştır (IC50:4.887 µg/ml). Kloroform ekstresi iNOS inhibisyon IC50 değeri 11,33 µg/ml olarak belirlenmiştir. Stabil olarak NF-ƘB gen reporter sistemine sahip HeLa hücrelerinde NF-ƘB aktivitesini en fazla inhibe eden yine hekzan ekstresi olmuş, bunu kloroform ekstresi izlemiştir. Ayrıca tüm ekstreler antimikrobiyal aktivite açısından değerlendirilmiş ve hiçbir ekstrede aktivite tespit edilmemiştir. Bu tez, C. goeksunense Aytaç & H. Duman bitkisinin kimyasal içeriği ve biyolojik aktiviteleri ile ilgili ilk çalışmadır.
Hünnap (Zizyphus jujuba Mill.) meyvesinin farklı yöntemler ile yapılan ekstraksiyonlarında flavonoid, antioksidan ve eser element düzeylerinin tayini ve asetilkolinesteraz aktivitesine etkisi
Tıbbi bitkilerden olan hünnap (Zizyphus jujuba Mill.) meyvesinin içerdiği çeşitli metabolitler ve mineraller ile insan sağlığı üzerinde foksiyonel bir rol oynamaktadır. Bu tezin amacı da hünnapın içerdiği metabolitlerden olan flavonoidlerin, antioksidanların; su ve alkol ekstraktlarındaki miktarlarının ayrı ayrı hesaplanması ve içerdiği eser element miktarlarının ve çeşitlerinin saptanması; aynı zamanda hünnapın asetilkolinesteraz enzimine gösterdiği inhibisyon etkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Hünnap meyveler 50 ºC'de fırınlanarak kurutuldu. Daha sonra liyofilizatör cihazı yardımıyla alkol ve su ekstraksiyonları hazırlandı. Hünnapın antioksidan miktarlarının hesaplanması için ticari olarak satılan TAS-TOS kitleri kullanıldı. Flavanoid madde miktarlarının analizi spektrofotometrik metot kullanılarak belirlendi. Hünnapın içerdiği eser element düzeylerinin belirlenmesi ICP-MS cihazı ile hesaplandı. Asetilkolinesteraz enzim inhibisyonu için Ellman yöntemi kullanılarak spektrofotometrik ölçüm sonuçları asetilkolinesteraz inhibitörü olan takrin ile kıyaslandı. Hünnapın flavanoid miktarlarının belirlenmesi için hünnapın su ve alkol ekstraktlarının ayrı ayrı 10'ar adet ölçümü yapıldı. Elde edilen sonuçlara göre hünnapın alkol ekstraktı toplam flavanoid miktarı ortalaması 0.71 µg/ml, su ekstraktı toplam flavonoid miktarı ortalaması 2.24 µg/ml bulundu. Su ekstraktında toplam flavanoid miktarı, alkol ekstraktından daha yüksek ve anlamlı bulunmuştur (p<0.05). Hünnapın toplam antioksidan ve toplam oksidan miktarlarının belirlenmesi için su ve alkol ekstraktlarının 10'ar adet ölçümü yapıldı. Hünnap toplam oksidan seviyesi(TOS) su ekstraktında ortalaması 11.25 μmol/L, alkol ekstratı ortalaması 78.57 μmol/L; Hünnap toplam antioksidan seviyesi (TAS) su ekstraktında ortalaması 0.96 μmol/L alkol ekstratında ortalaması 2.87 μmol/L olarak hesaplanmıştır. Hünnapın toplam antioksidan ve toplam oksidan miktarı alkol ekstraktlarında daha yüksek ve anlamlı bulunmuştur(p<0.05). Hünnapın içerdiği eser element düzeylerinin belirlenmesi için ICP-MS cihazı kullanıldı. Su ve alkol ekstraksiyonlarının ayrı ayrı 2 farklı ölçümü alındı. Hünnapın 9 farklı eser element yönünden ölçümleri analiz edildi. 9 eser elementten kobalt hariç hünnapın su ekstraktlarındaki eser element düzeyleri alkol eser element düzeylerinden daha yüksek miktarda bulunmuştur. Kobalt elementi tespit edilememiştir. Asetilkolinesteraz inhibisyonunda hünnap etanol ekstraksiyonun AChE R2 0,9917, İc50:0,002962; hünnap su ekstraksiyonun R2 0,9945, İc50: 0,002254 bulunmuştur. Sonuç olarak yapılan analizlerin neticesinde hünnap bitkisinin meyvelerinin içerdiği metabolitler sayesinden fonksiyonel bir gıda işlevi gösterdiği ve enzim inhibisyon değerlerinin asetilkolinesteraz inhibitörü olan takrine kıyasla düşük olduğu bulunmuştur. Hünnapın içerdiği fitokimyasallar sayesinde insan sağlığı üzerinden yararlı etkilerinin bulunduğu ancak yapılan çalışmaların sayısının daha da detaylandırılarak arttırılmasına gerek olduğu sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Antioksidan, asetilkolinesteraz, eser element, flavanoid, hünnap
Karayemiş, lipoik asit ve rutin flavonoidlerinin metformin verilen diyabetik ratlarda etkisi
Bu tezde amaç ilaç ve doğal ürün kombinasyonu arasındaki etkileşimleri keşfetmektir. Bu nedenle tip 2 diyabetes mellitusda yaygın olarak kullanılan metformin hipoglisemik etkisi bilinen bir ilaç olarak seçilmiştir ve ilaç etkileşimini görmek amacıyla da 3 farklı doğal ürün seçilmiştir, bunlar karayemiş ekstraksiyonu, rutin flavonoidi ve alfa lipoik asittir. Deneysel çalışmaya başlamadan önce hayvanlar 6 gruba ayrılmışlardır ve ilk grup hariç (sağlıklı kontrol) diğer gruplara STZ ve NA ile tip 2 diyabet oluşturulmuştur. İlaç ve doğal ürünler 12 haftalık süre boyunca oral olarak uygulanmıştır ve deney sonlandırıldığında hayvanlar sakrifiye edilerek kan ve dokuları alınmıştır. Serum Biyokimya, HbA1c ve Fruktozamin değerleri otoanalizörlerde, antioksidan enzimler ve TAS/TOS, Nitrik oksit belirtilen metotlarla, insulin ve aldoz redüktaz ise ELISA metoduyla ölçülmüştür. Ayrıca Histopatolojik inceleme ile pankreas diyabetik açıdan değerlendirilmiştir. Sonuçlar istatistiksel bakımdan incelendikten sonra farklı çalışmalar ile karşılaştırılmıştır ve özellikle kan şeker seviyelerinin diğer çalışmalara göre istatistiksel olarak anlamsız olduğu ve genelde gruplar arasında birbirine yakın seyrettiği görülmüştür (p>0,05). Kesim gününe ait canlı ağırlık değişimleri ile Kalsiyum, Seruloplazmin ve ALP değerlerinde istatistiksel bakımdan anlamlı farklılık bulunmuştur. Kan şeker seviyeleri en düşük olan grup metformin ve karayemiş kombinasyonu verilen grup olmuştur ve 130,80 + 21,75 mg/dL çıkmıştır en yüksek seyirde olan ise rutin flavonoidi ve metformin verilen grup olmuştur ve 165,89 + 48,89 mg/dL çıkmıştır. Antioksidan etkili enzimler ve bileşikler arasında bir tek seruloplazmin değerlerinde istatistiksel olarak anlamlılık bulunmuştur ve en yüksek konsantrasyon diyabet grubunda en düşük ise diyabetli olup metformin ve rutin flavonoidi kullanılan grupta görülmüştür. Fruktozamin ve HbA1c değerlerinde istatistiksel bakımdan bir anlamlılık bulunmamıştır. Nitrik Oksitte hem beyin hem böbrek hem de plazma dokularında istatistiksel bakımdan anlamlılık bulunmuştur. Aldoz Redüktaza ilişkin sonuçlar istatistiksel olarak anlamlılık ifade etmemektedir. Total antioksidan kapasite ölçümünde göz dışında diğer dokularda anlamlılık bulunamamıştır ve total oksidan kapasite analizinde ise hiçbir dokuda anlamlılık çıkmamıştır. Serumda oksidatif stres indeksi en düşük kontrol ve karayemiş grubunda iken en yüksek diyabetli grupta bulunmuştur. İlaç ile doğal ürünlerin birbirlerinin etkilerini nasıl değiştirdiğini daha iyi ifade edebilmek için daha ayrıntılı araştırmalar yapmak gerekir. İlaç etkileşimlerine yönelik in vivo çalışmaları arttırmak ve ileri analiz yöntemlerini uygulayarak araştırmaların gerçekleşmesine yönelik çalışmalara daha çok destek verilmelidir. Diyabetik yolaklar daha ayrıntılı incelenmeli ve histopatolojik çalışmalar ve immun boyamalarla geliştirilmelidir.
Sera ortamında vermikompost ve sölom sıvısı uygulamalarının brokoli (Brassica oleracea L. var. italica)'nin biyoaktif içeriklerine etkisinin araştırılması
Brokoli yetiştiriciliğinde verimi arttırmak için, gübrelere alternatif olarak, vermikompost ve sölom sıvısı kullanılarak verimliliği artırma çalışmaları yapılmaktadır. Vermikompost toprağın su tutma kapasitesini düzenleyerek, bitki verimliliğini artırabilir. Bunun yanında, bitkiye uygulanan toprak sölom sıvısı ise, topraktaki zararlı bakterilere karşı direnç geliştirerek, bitkilerde dayanıklılık sağlayabilir. Bu tez çalışmasında, sölom sıvısı ve vermikompostun brokoli yetiştiriciliğindeki fizyolojik, morfolojik ve bitki verimliliği üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Çalışmada bitkisel materyal olarak Monet brokoli (Brassica oleracea L. var. italica) çeşidi kullanılmıştır. Brokoli bitkisi öncelikle dört ayrı gruba ayırarak (kontrol grubu, vermikompost grubu, sölom sıvısı grubu ve sölom sıvısı + vermikompost grubu) ve her bir gruba ayrı ayrı belli konsatrasyonlarda ve sürede gübre (vejetatif organlar) uygulanarak gelişimleri ve bitki içerik analiz verileri elde edilmiştir. Analiz sonuçlarına göre, vermikompost ve sölom sıvısı beraber uygulandığında yaprağın boyu ve eni, gövde büyümesinde ise, bitki gelişimini hızlandırdığı gözlenmiştir. Sekonder metabolit seviyelerine gelince, toplam fenol (75,19 mg/mL), antioksidan madde (%61,97) ve flavonoid düzeyi (0,014 mg/mL) vermikompostta daha yüksek bulunurken, toplam koloni sayımında (200 CFU/mL) daha düşük bir düzeyde bulunmuştur. Tüm bitki örneklerinde renk değişikliğinin gözlendiği, toplam fenol içeriğine bakıldığında ise, sölom sıvısı + vermikompost kullanılan örneklerde, antioksidan analizinde kontrol grubuna göre, daha yüksek bir değere sahip olduğu ölçülmüştür. Sölom sıvısı + vermikompost kullanılan örneklerde, mineral madde analizi sonuçlarına göre; fosfor, kadminyum ve kurşun değerlerinin tespit edilen limitin altında olduğu, diğer değerlerde alüminyum, demir, magnezyum, potasyum ve sodyum un kontrol grubu bitkilerindekine göre yüksek olduğu tespit edilmiştir. ANAHTAR KELİMELER: Brokoli, Biyoaktif maddeler, Flavonoidler, Vermikompost, Sölom sıvısı
Acroptilon repens (L.) DC. bitkisinin flavonoid bileşikleri
Bu çalışmada Temmuz 1989'da Eskişehir Arçelik fabrikası yakınından toplanan Acroptilon repens bitkisinin flavonoid bileşikleri incelenmiştir. Bitkinin kurutulan ve toz edilen toprak Ustu kısımları bir sokslet apareyinde sırasıyla petrol eteri, kloroform ve etil alkol ile tüketilmiş ve elde edilen özütler vakumda yoğunlaştırılmıştır. Çeşitli çözücü sistemlerinde yapılan ince tabaka kroraatograf i s inde etil alkol ve kloroform özütünün, aynı flavonoid bileşikleri içerdiği saptanmıştır. Bu nedenle sadece etil alkol özütü poliamid sutuna yerleştiril dikten sonra yıkama işlemine kloroform ile başlanmış ve artan oranlarda etil alkol ilavesi ile yıkamaya devam edil miştir. Bu sütundan elde edilen karışık fraksiyonlar selüloz veya poliamid sütundan geçirilerek temizlenmiş, elde edilen tek maddeler sefadeks LH-20 sütunlarda rnetanol ile yıkanarak saf laştı rılmıştı r. Elde edilen bileşiklerin yapılarının isoramnetin, isoramnetin 7-0-glikozit ve apigenin 7-0-glikozit olduğu renk reaksiyonları ve spektroskopik yöntemler ile (UV, H- N.M.R.) belirlenmiş, yapısı standart maddeler ile kıyaslana rak doğrulanmıştır.
Ajuga postii Briq. ve Ajuga relicta P.H.Davis (Lamiaceae) türleri üzerine farmasötik botanik yönünden araştırmalar
Relikt endemik türler olan A. postii Briq. ve A. relicta P. H. Davis'nın morfolojik ve anatomik özellikleri belirlenmiş olup moleküler akrabalık ilişkileri Ribosomal DNA ITS bölgelerinin dizi analizleriyle ortaya konulmuştur. Toplam fenol, flavanoid ve flavanol madde miktar tayinleri ile fenolik bileşiklerin tanımlanması, uçucu yağ analizleri ve antioksidan aktivite araştırmaları yapılmıştır. Bu amaçla çalışılan taksonlar çiçeklenme zamanlarında toplanmış, herbaryum örnekleri ile anatomik çalışmalar için %70'lik alkol içeren materyaller hazırlanmıştır. Bitki örneklerinin kök, gövde ve yaprak kısımlarından alınan enine kesitler mikroskopta Sartur reaktifi ile incelenmiş, tespit edilen anatomik özellikler orijinal fotoğraflarla açıklanmıştır. Miktar tayini ve antioksidan aktivite çalışmaları için bitkilerden hekzan, etil asetat, metanol, %70 metanol ve uçucu yağ balon altı sularından ekstreler hazırlanmıştır. Ekstrelerin toplam fenolik madde miktarları Folin-Ciocaltaeu yöntemi ile belirlenmiş olup en yüksek toplam fenolik madde miktarı A. relicta uçucu yağ balon altı suyunda tespit edilmiştir. Kimyasal bileşik analizleri ise LC/MS ile gerçekleştirilmiştir. Çalışılan ekstrelerin antioksidan aktivite potansiyelleri β-karoten-linoleik asit sisteminde, serbest radikal süpürücü etkileri DPPH• ve ABTS•+ metodları ile belirlenmiştir. Yapılan antioksidan aktivite çalışmalarına göre her üç deneyde de en yüksek değerler A. relicta'nın %70 metanol içeren ekstresinden elde edilmiştir. Uçucu yağların kimyasal içerik belirlenmesine yönelik yapılan çalışmalarda safa yakın bilinmeyen maddeler tespit edilmiştir. Bunların yanında çalışılan türlerin güncel populasyon durumları IUCN kategorileri ile açıklanmıştır.
Bazı flavoidlerin antitrombotik etkilerinin değerlendirilmesi
Tromboz oluşumu pek çok kardiyovasküler hastalığın oluşumuna neden olmaktadır. Çeşitli tıbbi bitkiler kardiyovasküler hastalıkların tedavisinde kullanılmaktadır ve Crataegus türleri bunlardan biridir. Apigenin, viteksin, kersetin ve hiperozit pek çok tıbbi bitkinin bileşiminde yer almaktadır ve farklı analjezik, antiinflamatuvar ve kardiyoprotektif gibi farmakolojik etkiler gösterdikleri bildirilmektedir. Tromboz oluşumunun engellenmesi ve tedavisi bu hastalıkların önlenmesinde büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmada seçilmiş olan flavonoidlerin antitrombotik etkilerinin karegen ile indüklenen kuyruk tromboz testi kullanılarak araştırılması amaçlanmıştır. Apigenin, viteksin, kersetin ve hiperozit 50, 100 ve 200 mg/kg dozda intraperitoneal olarak farelere uygulanmıştır. Madde enjeksiyonundan 45 dakika sonra 40 μl (1%) karegen (tip 1) farenin arka pençesine enjekte edilmiştir. Daha sonra farelerin kuyruğunda oluşan koyu renkli bölge 24., 48. ve 72. saatlerde ölçüldü. Sonuçlar tüm flavonoidlerin antitrombotik etki potansiyeline sahip olduğunu göstermiştir. 200 mg/kg dozda kersetin ve hiperozitin her üç günde de önemli ölçüde (P <0.001) kuyruk tromboz uzunluğunu azaltmıştır. Apigenin ve viteksin 50 ve 100 mg/kg dozlarda (P <0.001) 200 mg/kg doza (P <0.05) göre daha etkili olduğu belirlenmiştir. Apigenin ve viteksin tüm dozlarda antitrombotik etki gösterirken, kersetin ve hiperozit sadece yüksek dozlarda etki göstermiştir. Bu sonuçlara göre, çalışılan flavonoidlerin yeni antitrombotik ilaçlar olarak ya da diğer antikoagülan ajanlarla beraber tamamlayıcı ajanlar olarak kullanılabileceği ümit edilmektedir. Anahtar kelimeler: Apigenin, Viteksin, Kersetin, Hiperozit, Antitrombotik etki
Chemical characterization of the bee pollen samples collected from samsun and Rize (Black Sea region/Turkey) and investigation of their antimicrobial and antioxidant activities
Bee products (honey, pollen, propolis etc.) have been used throughout history to protect health and treat diseases. Among them, bee pollen is one of the valuable products in Apitherapy produced by honeybees (Apis mellifera L.). Although bee pollen is considered as a bee product, it is mainly composed of pollen grains from plant anthers which honeybees enzymatically alter or stick together by using nectar. Accordingly, there are 2 types of bee pollen, i.e. monofloral (composed of pollen from one plant species) and multifloral pollen (composed of different plant species and thus shows variable properties). In this study, botanical origins of different bee pollen samples collected from Black Sea Region in Turkey were determined by microscopic examination. Accordingly, five of them were found as monofloral bee pollen. Later, phenolic profiles of these samples were evaluated by using a high-performance thin-layer chromatographic (HPTLC) method. Galangin, Caffeic acid Phenethyl Ester (CAPE), Caffeic acid, Chyrsin, Quercetin, Isoquercitrin and Rutin were commonly found in the investigated samples. Moreover, comparative antimicrobial activity against strains of Streptococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli and Candida albicans resulted that PO2 and PO9 botanically originated from Brassicaceae (37%) and Rosaceae (35%) respectively, had the highest antimicrobial activity, minimum inhibitory concentration was found as 64 μg/mL. Lastly, total phenol content (TPC), total flavonoid content (TFC) and DPPH (2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl) test to determine antioxidant activity were performed. As a consequence, sample encoded as PO7 showed the highest TPC value (26.92 GAE/g), PO3 showed the highest TFC value (11.89 QE/g) and PO2 showed the highest antioxidant activity (22.93 TEAC/g).
Türkiye'de romatizma tedavisinde kullanilan bazi halk i̇laçlarinin enflamasyon parametreleri üzerindeki in vitro etkileri
The leaves of Sambucus ebulus L, S. nigra L. (Caprifoliaceae) and Cistus laurifolius L. (Cistaceae) were used against inflammatory problems in Turkish folk medicine. Previous investigations have proven their in vivo potent anti-inflammatory activity. The aim of the present study was to investigate their effects on various inflammatory parameters by using in vitro methods to provide evidences on their activity mechanisms and to isolate the active ingredients through activity-guided procedures. Active components were isolated from extracts by using an in vitro bioassay model based on the inhibition of nuclear factor-kappa B [NF-κB] in Lipopolysaccharide (LPS)-induced Raw 264.7 macrophages and their chemical structures were elucidated by spectroscopic techniques. Flavonoids; Isorhamnetin-3-O-β-D-glucopyranoside, isorhamnetin-3-O-rutinoside, quercetin-3-O-β-D-glucopyranoside, quercetin-3-O-β-D-galactopyranoside and two new iridoids; Sambulin A, Sambulin B were identified from S. ebulus , a sterol mixture (SNH-1) and remaining water subextract (CL-R-H2O) were determined to be active components of S. nigra and C. laurifolius, respectively. These active molecules or fractions were further investigated for their effects on several inflammatory mediators [i.e. TNFα, IL-1α, IL-1β, IL-2 ,IL-6, PGE2 (ELISA)], nitric oxide (Griess Assay). Effects on the protein levels (iNOS/COX-2) or phosphorylations [Mitogen-Activated Protein Kinases (MAPK) and inhibitor of kappa-B protein (IκBα)] were studied by Western Blot. As conclusion, among the isolated flavonoids; isorhamnetin-3-O-β-D-glucopyranoside and isorhamnetin-3-O-β-rutinoside inhibited NO, iNOS, TNFα, isorhamnetin-3-O-β-rutinoside inhibited PGE2/COX-2. Both flavonoids inhibited p38/IκBα phosphorylations. Iridoid type constituents suppressed iNOS/COX-2, NO/PGE2 and TNFα as well as JNK/IκBα phosphorylations. The active fractions, SNH-1 and CL-R-H2O, decreased the levels of NO/PGE2 and inhibited JNK/IκBα phosphorylations.
Tunceli ilinde endemik Verbascum duzgunbabadagensis'in biyoteknolojik yöntemlerle biyokimyasal içeriğinin belirlenmesi
Bu tez çalışmasında 2012 yılında Tunceli İli sınırlarında bulunan ve yeni bir tür olarak kayıtlara geçen endemik Verbascum duzgunbabadagensis bitkisinin yaprak ve çiçek kısımlarından elde edilen metanolik ekstraktının biyokimyasal özellikleri ile Saccharomyces cerevisiae üzerindeki metabolik etkisi araştırıldı. V. duzgunbabadagensis örnekleri Tunceli iline bağlı Nazimiye ilçesinin Düzgünbaba mevkiinden toplandı ve aynı gün laboratuvara getirildi. Yaprak ve çiçek kısmı ayrılarak % 85'lik metanol ile ekstrakte edildi. Metanolik ekstraktlar baz alınarak DPPH, ABTS, total fenolik ve total flavonoid analizleri yapıldı. Daha sonra metanol kısmı döner buharlaştırıcı ile vakum altında uçurularak dimetilsülfoksit içinde çözündü ve Saccharomyces cerevisiae' nın kültür ortamına ilave edilerek hücrelerin metabolik tepkileri incelendi. Bulgularımıza göre V. duzgunbabadagensis'in yaprak çiçek ve gövde kısmından elde edilen metanolik ekstraktlar ile yapılan DPPH ve ABTS sonuçlarında konsantrasyon miktarı artırıldıkça radikali temizleme ve antioksidan kapasitesinin yükseldiği gözlendi. Total fenolik ve total flavonoid içeriklerinin yaprak kısmında çiçek ve gövde kısmına göre yüksek olduğu belirlendi. S. cerevisiae kültüründe yapılan çalışmada total protein miktarının bitki ekstraktlarının ilave edildiği gruplarda arttığı belirlendi. Ayrıca MDA ve GSH düzeyleri de kontrol grubu dışındaki gruplarda yüksek bulundu. Katalaz aktivitesi kontrol grubu ile V. duzgunbabadagensis çiçek grubu haricindeki diğer gruplarda azalmıştı. S. cerevisiae'daki lipofilik vitaminlerin bitki ekstraktı verilen gruplarda yükseldiği belirlendi. Yağ asidi bileşimi içindeki palmitik asidin kontrol grubu dışındaki diğer gruplarda azaldığı tespit edildi. Palmitoleik asit bazı gruplarda ve oleik asidin ise kontrol grubu dışındaki gruplarda yükseldiği saptandı. 18 C' lu yağ asitlerinden stearik asit bitki ekstraktı verilen gruplarda azalırken, bitki ekstraktı içinde yer alan linoleik asit gibi bazı 18 C' lu ve esansiyel yağ asitlerinin artış gösterdiği belirlendi. Tunceli Düzgünbaba bölgesinden toplanan V. duzgunbabadagensis'in fenolik bileşikler ve flavonoidler bakımdan zengin olduğu ve bu bileşiklerin etkisiyle S. cerevisiae hücreleri üzerinde de etkili olduğu sonucuna varıldı.
Fıstık çamı kabuğundan biyoaktif bileşenlerin basınçlı sıcak su ekstraksiyonu ile kazanılması
Bu çalışmada basınçlı sıcak su ekstraksiyon sistemi (BSSE) kullanılarak fıstık çam ağacı kabuğundaki biyoaktif bileşiklerin elde edilmesi incelenmiştir. Çalışmada Aydın ili Çine yöresinden temin edilen ağaç kabukları kullanılmıştır. Fıstık çamı ağaç kabuklarının ucuçu madde ve kül tayini, lignin tayini, selüloz tayini yapılarak yapısal analizi belirlenmiştir. BSSE yöntemi ile fıstık çamı kabuğundaki biyoaktif bileşenlerin en yüksek elde edileceği ekstraksiyon şartları, merkezi kompozit dizayn (MKD) tekniği kullanılarak araştırılmıştır. Ayrıca, diğer araştırmacıların fıstık çamı ağaç kabuğunun farklı yöntemlerle yaptığı ekstraksiyon işlemleri tanımladığı optimum şartlarda labaratuvarımızda tekrarlanmıştır. Tanımlanan optimum ektraksiyon koşullarında takip edilen biyoaktif bileşenlerin (fenolik bileşik, flavonoid madde ve antioksidan) sonuçları karşılaştırılmıştır. Deneysel tasarım sonucuna elde dilen matematiksel quadratik formdaki denkelmin çözümü ile en yüksek hedef bileşen için şartlar ortaya konulmuştur. BSSE ile yapılan estraksiyon işlemin sonucunda, birim gram katı madde başına ekstrakta bulunan maksimum toplam fenolik madde miktarı (182C sıcaklık, 3,15 ml/dk akış hızı ve 17,4 W/W sıvı/katı oranında) 52,6 mg gallik asit olarak bulunmuştur. Flavonoid madde miktarı için optimum şartlar 99,5 C sıcaklık, 0,82 ml/dk akış hızı ve 18,7 W/W sıvı/katı oranında belirlenmiş olup 124,3 mg Qe/ g-km elde edilmiştir. DPPH radikal süpürücü etki tayini için ise optimum şartlar, 99,5 C sıcaklık, 2,5 ml/dk akış hızı ve 18,7 W/W sıvı/katı oranında belirlenmiş olup 472,1 mmol trol/g-km olarak elde edimiştir. ABTS radikal süpürücü etki tayini için ise optimum şartlar, 99,5 C sıcaklık, 3,83 ml/dk akış hızı ve 18,7 W/W sıvı/katı oranında belirlenmiş olup 542,3 mmol trol/g-km elde edilmiştir.
Kapari ürünlerinin fonksiyonel özellikler ve biyoalınabilirlik açısından değerlendirilmesi
Bu çalışmada genellikle salamura içerisinde tüketime sunulan kaparinin farklı formlarda değerlendirilmesinin ürünün biyoaktif bileşenleri ve biyoalınabilirliği üzerine etkisi araştırılmıştır. Bu amaçla materyal olarak ticari bir firma tarafından üretilen kurutulmuş kapari, kapari çayı, kuru tuzlama yapılmış kapari, salamura kapari, salamura kapari karpuzu, kapari reçeli ve kapari marmeladı kullanılmıştır. Kapari ürünlerinde renk (L*, a*, b*, C*, hº), toplam klorofil ve karotenoid madde, askorbik asit, antioksidan kapasite, toplam fenolik madde ve toplam flavonoid madde tayinleri gerçekleştirilmiştir. Ayrıca polifenollerin, antioksidanların ve flavonoidlerin in-vitro biyoalınabilirliği de analiz edilmiştir. Ürünlerin toplam klorofil (1,78-27,41 mg/100 g kuru madde) ve toplam karotenoid içeriği (0,21-5,41 mg/100 g kuru madde) geniş bir aralıkta değişim göstermiştir. Antioksidan kapasite, toplam fenolik ve toplam flavonoid madde miktarları sırasıyla 162,68-5919,77 mmol troloks eşdeğeri/100 g kuru madde, 0,614-23,206 mg gallik asit eşdeğeri/g kuru madde ve 0,28-15,41 mg kuersetin eşdeğeri/g kuru madde arasında değişmiştir. Tüm ürünlerde saptanan değerler paralel bir değişim göstermiştir. En yüksek değerlere sahip ürün kurutulmuş kapari, iken en düşük içeriğe sahip ürünün kapari marmeladı olduğu saptanmıştır. İn-vitro gastrointestinal sindirim sonrası kapari reçeli ve marmeladının fenolik maddeler bakımından en yüksek biyoalınabilirliğe sahip olduğu ortaya konmuştur. Biyoalınabilir antioksidanlar ve flavonoid maddelerin ise kapari çayı ve kuru tuzlama yapılmış kaparide yüksek değere sahip olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak, kaparinin tüketime sunulabilir biçimde farklı ürünlere işlemesi sırasında biyoaktif bileşenlerinin, sıcaklık, tuz ve şeker ilavesi gibi faktörlerden etkilenerek değişim gösterdiği görülmüştür. Bu nedenle işleme sırasında kaparinin mevcut biyoaktif bileşenlerinin korunması amacıyla üretimin en iyi şekilde optimize edilmesi önerilmektedir.
Flavonoidlere özgü besin tüketim sıklığı anketi'nin Türkçe uyarlaması: Geçerlik ve güvenirlik çalışması
Flavonoidler, bitkilerde bulunan ve diyetle alınabilen polifenolik bileşiklerin çeşitli bir grubudur ve altı ana sınıfa ayrılmaktadır: antosiyaninler, flavonoller, flavanonlar, flavanoller, flavonlar ve izoflavonlar. Bu çalışmanın amacı Flavonoidlere Özgü Besin Tüketim Sıklığı Anketi'nin geçerlilik ve güvenirliğini tespit etmektir. Üç aşamalı olarak planlanan çalışmaya 19-65 yaş arası 129 yetişkin birey katılmıştır. Flavonoidlere Özgü Besin Tüketim Sıklığı Anketi toplam 79 besin içermekte ve alkolsüz içecekler, alkollü içecekler, sebzeler, meyveler ve diğerleri olarak 5 bölümden oluşmaktadır. İlk aşamada internet üzerinden yanıtlanabilecek Türk toplumuna uyarlanmış Flavonoidlere Özgü Besin Tüketim Sıklığı Anketi uyglanmıştır. İkinci aşamada bireylerden 1 günlük besin tüketim kaydı alınmıştır. Üçüncü aşamada ise Flavonoidlere Özgü Besin Tüketim Sıklığı Anketi tekrar uygulanmıştır. BTK ve BTS1 değerlerine bakıldığında BTS1'de hesaplanan flavonoid ve alt sınıf değerlerinin daha yüksek olduğu görülmektedir. Hem Flavonoidlere Özgü Besin Tüketim Sıklığı Anketinin ilk uygulaması hem de 1 günlük besin tüketim kaydı için, diyet flavonoid ve flavonoid alt sınıflarının alımında anlamlı fark gözlenmektedir. Besin Tüketim Sıklığı Anketi 1. aşama (BTS1) ve 2. aşama (BTS2) arasında tekrar edilebilirliğin değerlendirilmesi için Spearman's korelasyon katsayısına bakılmış ve toplam flavonoid, flavan-3-ol, ve flovonol alımları arasında yüksek ilişki, antosiyanin, flavanon alım miktarları arasında orta düzey ilişki saptanmıştır. Anket, bireyleri toplam flavonoid alımına göre sıralamak için uygun görülmekte ancak mutlak toplam flavonoid ve alt sınıf alımını tahmin etmek için sınırlamalar göstermektedir.
Computer design & theoretical investigation of flavonoids derivatives as anticancer drugs
Flavonoids form a family of well known natural products present in most of the plant families. They are benzo-γ-pyrone derivatives consisting of phenolic and pyrane rings (Fig. 1) and are classified according to substitutions. Their structural variations are associated with many different biological and pharmacological activities, including antioxidant and free-radical scavenger activities also antiviral, antiinflammatory and especially anticancer activity. Their anticancer activity has been an interesting and important topic around the world and there is also a lack in study of the molecular structure-activity relationship for anticancer activity of flavonoids is still unclear. Because of these reasons, this study is performed for flavonoids derivatives as anti-cancer drugs. To analyze the relation between the molecular structure and activity, various quantum mechanical parameters such as electrophilicity index, (ω), dipole moment, global hardness (η) and chemical potential (μ) are calculated with theoretical applications. With this study, elucidating the molecular structures and substituent effects of flavonoids, should be useful for guiding the synthesis of potent anti-cancer compounds from flavonoids for potential clinical application.