DNA damage
104 theses under this subject heading
Bazı sirke ve kimyasal bileşiklerin çoklu biyolojik etkilerinin in vitro şartlarda araştırılması
Bu çalışmada, alıç, gül, üzüm, kızılcık, elma ve aronya sirkelerinin bazı kimyasal ve biyolojik özellikleri incelenmiş; elde edilen bulgular dört saf kimyasal bileşik (2-hidroksisinnamik asit, metiyonin, amitriptilin HCl ve Fmoc-D-Val-OH) ile karşılaştırılmıştır. Sirke örneklerinin pH değerleri 3,18–3,51 aralığında olup literatürle uyumludur. Titrasyon asitliği %0,92–%2,76 arasında değişmiş ve TS 1880 EN 13188 standardında belirtilen minimum değerin altında kalmıştır. °Briks değerleri %1,5–4,5 aralığında belirlenmiştir. Toplam fenolik madde miktarları 0,1347–1,3658 mg GAE/mL arasında değişmiş; en yüksek değerler alıç, gül ve aronya sirkelerinde tespit edilmiştir. PPO inhibisyon analizlerinde IC₅₀ değerleri 0,0133–0,031 mg GAE/mL aralığında bulunmuş ve en güçlü inhibitör etki elma sirkesinde gözlenmiştir. Saf bileşikler arasında yalnızca 2-hidroksisinnamik asit anlamlı PPO inhibitörü olarak belirlenmiştir. Antimikrobiyal analizlerde sirke örneklerinin etkilerinin mikroorganizma türüne bağlı olarak değiştiği görülmüştür. Üzüm sirkesi Candida dubliniensis ve Salmonella Enteritidis üzerinde etkili olurken, Pseudomonas aeruginosa'ya karşı en yüksek etkinlik kızılcık, alıç, aronya ve gül sirkelerinde saptanmıştır. Saf kimyasallar arasında yalnızca amitriptilin HCl belirgin antimikrobiyal aktivite göstermiştir. DNA koruma analizleri kapsamında elma sirkesi ve 2-hidroksisinnamik asidin oksidatif stres altında güçlü koruyucu etki sergilediğini ortaya koymuştur. Sonuç olarak, doğal sirke örneklerinin, özellikle fenolik bileşik içeriği yüksek olanların, PPO inhibisyonu ve DNA koruma açısından saf kimyasal bileşiklere güçlü bir alternatif oluşturabileceği; buna karşın antimikrobiyal etkinliğin mikroorganizma türüne bağlı olarak değişkenlik gösterdiği belirlenmiştir.
Kolorektal kanser tanısı almış hastalarda DNA hasarının incelenmesi ve DNA hasarı üzerine beta glukanın onarıcı rolünün araştırılması
DNA (Deoksiribo Nükleik Asit), organizmaların genetik bilgilerini gelecek jenerasyonlara taşıyarak devamlılığı sağlayan ve birçok reaktif molekülün etkilemesiyle kolay hasar alabilen bir biyomoleküldür. Hasar, DNA molekülünün fiziksel ve kimyasal yapısındaki değişiklikle ya da çevresel etkenlerle oluşur. DNA hasarı kromozom anomalilerine ve mutasyona neden olur. DNA hasarının doğru ve hassas bir şekilde ölçülebilmesi için çeşitli teknikler kullanılmaktadır. Bu yöntemlerden bir tanesi Tek hücre jel elektroforezi (SCGE), diğer adıyla "Comet Assay Yöntemi"'dir. Bu teknik; birçok canlı çeşidinde DNA hasarını belirlemek için kullanılan non-invaziv, hızlı, hassas ve basit floresan mikroskobik yöntemdir. Comet Assay yöntemi; apoptozis, yaşlanma, klinik ve genetik toksikoloji, oksidatif stres- antioksidan çalışmalarında tercih edilmektedir. Beta glukan, ekmek mayası (Saccharomyces cerevisiae) hücre duvarından ekstrakte edilen, bağışıklık sistemini güçlendiren, uyarıcı etkisi olan, antioksidan etki yaratan basit bir polisakkarittir. Bu çalışmamızda, kolorektal kanser tanısı almış hastalardan alınan tam kan örnekleri Comet Assay yöntemi kullanılarak DNA hasarının tespit edilmesi ve hasarın ex vivo ortamda beta glukanın onarıcı etkisinin ispat edilmesi amaçlanmıştır. Gaziantep Medical Park Hastanesi Medikal Onkoloji bölümüne ve Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Onkoloji bölümüne gelen ve evre 3-4 kolorektal kanser tanısı almış, tedaviye başlanmamış gönüllü (40- 80) yaş arası toplam 19 yetişkin kadın ve erkek hasta üzerinde ex vivo çalışma yapılmıştır. Araştırmaya katılacak her hastaya çalışmamızın amacı açıklanmış ve gönüllü bilgilendirme formu verilmiştir. Gönüllü hastalardan steril koşullarda aynı gün içerisinde EDTA'lı tüplere 10 cc alınacak olan venöz kan uygun koşullarda laboratuvara getirilip çalışmaya başlanmıştır. Alınan tam kanlardan Comet Assay testi uygulanarak DNA hasarı tespit edilmiştir. Her bir lam örneği 50 μl/ml EtBr (Etidyum bromür) ile boyandıktan sonra floresan mikroskoptaki görüntüleri alınıp fotoğrafları çekilmiştir. Open Comet Assay programı ile her sahada 100 hücre dikkate alarak analiz edilerek sonuçlar alınmıştır. Ayrıca 20 kişiden oluşan sağlıklı gönüllü kontrol grubu oluşturulmuştur. Bu gruba beta glukan uygulaması yapılmamışıtır. Hasta grubun glukan kan örneklerine 50 μl/ml beta glukan ve antibiyotik olarak 100 U/ml penisilin (Noss, 2012) uygulanıp 12 saat süreyle 37ºC'de %5 CO2 te inkübasyona bırakılmıştır. Beta glukanın etki etme süresini takip etmek için minimum ilk 40. dakikadan itibaren kontroller yapılmıştır. Beta glukan uygulanmış örnekler Comet Assay yöntemi ile test edilmiştir. Boyanarak floresan mikroskopta lam örnekleri incelenmiş ve görüntüler fotoğrafları çekilerek kaydedilmiştir. Open Comet görüntülü analizle her sahada 100 hücre dikkate alınarak analizleri yapılmıştır. Beta glukanın DNA hasarını tamir etme yeteneği izlenmiştir. Hastaların kan örneklerine negatif kontrol olarak uygun doz (50μmol/L) (Angelie ve diğ., 2006) ve sürede (10 dk.) H2O2 uygulanmıştır. Aynı şekilde Comet Assay yöntemi uygulanarak boyanıp mikroskopta görüntüleri alınıp analizi yapılmıştır. Kolorektal kanser tanısı almış hastaların (tedaviye başlamadan önce) Comet Assay yöntemi ile DNA hasarları (kuyruk DNA yüzdesi, kuyruk momenti ve kuyruk uzunluğu parametreleri bakımından), kontrol grubundaki (sağlıklı birey) bireylerin DNA hasarları ile kıyaslanmış olup daha sonra Beta glukanın 50 μl/ml'lik konsantrasyonu ile, kolorektal kanser tanısı almış hastalarda DNA hasarı onarıcı etkisi incelenmiştir. Hasta grubun ortalamaları ile kontrol grubunun ortalamaları arasındaki farkın önemli olup olmadığı t-testi ile kontrol edilmiştir Kolorektal kanser tanısı almış hastaların DNA'larındaki meydana gelen hasar, Comet yöntemi ile incelendiğinde kontrol grubuna göre; kuyruk momenti, kuyruk yüzdesi ve kuyruk uzunluğu değerlerinde istatistiksel olarak önemli ölçüde arttığı tespit edilmiştir. Kolorektal kanser tanısı almış hastalara Beta Glukan ex vivo koşullarda 12 saat uyguladıktan sonra Comet Assay yöntemi ile incelendiğinde oluşan DNA hasarlarının önemli ölçüde azaldığı istatistiksel olarak tespit edilmiştir. Kolorektal kanserli hasta grubuna beta glukan uygulandıktan sonra elde ettiğimiz veriler kontrol grubu değerleriyle kıyaslandığında, beta glukan sonuçları kontrol grubu değerlerine göre daha düşük çıkmıştır. Beta glukanın tedavi sonuçları, kontrol grubunda var olabilecek olası hasarları göz önünde tutarsak kontrol grubuna göre daha düşük çıkması mümkün olabilir. Sonuç olarak; beta glukanın kolorektal kanser hastaları üzerinde antisitotosik ve antigenotoksik etkilerinden dolayı DNA hasarını onarıcı etkisi olduğu söylenebilir.
Investigating the effects of PKNOX2 and its interactors in P53 pathway regulation in bone marrow mesenchymal stem cells
Mesenchymal Stem Cells (MSC) are good platforms to study in-vitro molecular mechanisms. Like all cells, MSCs detect and respond to various stimuli with molecular signal mechanisms. p53 signal pathway is a well-known molecular mechanism for transduction of cellular stresses such as DNA damage. p53 signal pathway is heavily regulated in both transcription and post-translational modification of its elements. PKNOX2, a member of TALE homeodomain protein family, is a transcriptional activator of p53. In a previous study by Günel-Özcan lab group, protein interactors of PKNOX2 were determined by proteomics analysis following Co-immunoprecipitation. For this study, the interactors of PKNOX2 from proteomics was compared with the interactors of p53 obtained from BioGRID database and two proteins, DNAJA1 and RPS3 were selected as possible common interactors with possible signaling functions under stress conditions. In this study, three different sources of DNA damage stress, H2O2, DEB and γ-Irradiation were applied to human Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells (BM-MSC) and protein expression levels of DNAJA1, RPS3, p53 and PKNOX2 were measured with western blotting. PKNOX2 expression was found to be decreasing in DEB and γ-Irradiation significantly, p53 expression was found to be increasing in H2O2 application significantly. Expression levels of RPS3 and DNAJA1 were found to be stable under stress. Co-Immunoprecipitation was performed with anti-PKNOX2 and anti-p53 antibodies but the results were inconclusive for any interactions. Co-immunoprecipitation protocol was improved. Further study with this improved protocol is needed to unveil these interactions.
Antik insan kemik ve diş örneklerinde dna izolasyon metotlarının verimlilik açısından karşılaştırılması
Antik DNA (aDNA); ileri derecede hasara uğramış, müze örneklerinden veya kazılardan elde edilen diş ve kemik gibi materyallerdeki DNA olarak tanımlanmaktadır. Antik DNA çalışmaları ile nesli tükenen canlıların genetik dizilerinin okunması, akrabalık ilişkilerinin aydınlatılması, insan popülasyonlarının evrimsel kökeninin ortaya konması ve eski zamana ait patojenlerin dizilerinin eldesi mümkün olmuştur. PZR teknolojisinin gelişmesiyle birlikte antik DNA çalışmaları ilerlemiş ancak bu teknolojinin hassaslığı ve kontaminasyona karşı açık olması alanda yaşanan sorunların da şekillenmesine yol açmıştır. Antik DNA'nın uğramış olduğu hasar, kemik ve diş gibi materyallerden DNA eldesini zorlaştırmakta ve elde edilebilir DNA'nın uzunluğunu büyük ölçüde kısıtlamaktadır. Antik DNA'ya dair yapılan çalışmalar çok çeşitli olmakla birlikte ilk çıkışından bu yana DNA'nın izolasyonu ve PZR başarısının iyileştirilmesi alan içerisinde önemli bir konu olmuştur. Antik DNA örneklerinin dizilerinin okunması ve diğer moleküler tayinler için örnekten başarılı bir şekilde DNA izolasyonunun gerçekleştirilmesi gerekmektedir. Bunun için antik DNA'da sıklıkla kullanılan iki yöntem fenol-kloroform ve silika membran izolasyon yöntemleridir. Yapılan tez çalışmasıyla silika membran ve fenol-kloroform izolasyon metotlarının verimlilik ve amplifiye edilebilir DNA uzunlukları açısından karşılaştırılması hedeflenmiştir. Mitokondriyal DNA'nın amplifikasyonu için 162 bç, 177 bç ve 218 bç boyutlarında ürün veren 3 farklı primer çifti kullanılmıştır. Bu bağlamda yapılan çalışmalarda 5 adet femur, 5 adet talus ve 5 adet diş örneği kullanılarak silika membran ve fenol-kloroform izolasyonları gerçekleştirilmiş olup bu metotların farklı örnek türlerindeki başarısı da karşılaştırılmıştır. Örnekler Karia Bölgesinde bulunan Stratonikeia Antik Kenti kazılarından elde edilmiştir. Yapılan deneyler sonucunda femur ve talus örneklerinin fenol-kloroform izolasyonlarında yalnızca en kısa amplikonda (162 bç) başarılı sonuç alınmıştır. Aynı örneklerin silika membran izolasyonları ise her üç amplikonda da başarılı sonuç vermiştir. Böylelikle femur ve talus örnekleri için silika membran izolasyon yönteminin hem verim hem de amplifiye edilebilir uzunluk açısından fenol-kloroform izolasyonundan daha başarılı olduğu gösterilmiştir. Diş örneklerinde ise fenol-kloroform yönteminde en kısa amplikon boyutunda yoğun bantlar elde edilmiş, silika membran yönteminde ise az yoğun ancak daha uzun amplikon (177bç) boyutlarında sonuç alınmıştır. Aynı zamanda silika membran izolasyonunda fenol-kloroform metodunun aksine dekalsifikasyona gerek olmadığı ve PZR'nin 2. kuşakta sonuç verdiği görülmüştür. Kullanılan yöntem örnek özelinde değişiklik gösterebilmekle birlikte silika membran izolasyonu fenol-kloroform izolasyonuna kıyasla daha başarılı bulunmuştur.
Ratlarda deneysel benign prostat hiperplazisi modelinde sperm DNA hasarı tespiti
Koşal V, Ratlarda deneysel benign prostat hiperplazisi modelinde sperm dna hasarı tespiti. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Dölerme ve Suni Tohumlama Anabilim Dalı, Veteriner Programı Doktora Tezi, Van, 2018. Bu çalışmada testosteron hormonu kullanılarak oluşturulan benign prostat hiperplazisi modelinde sperm DNA hasarının tespit edilmesi amaçlandı. Bunun için ortalama 200 gr canlı ağırlığa ulaşmış erkek Albino Wistar Ratlar kullnıldı. Hayvanlar her bir grupta 6 rat olacak şekilde üç gruba ayrıldı. 1. Grup; placebo, 2. Grup; günlük 3 mg/kg dozunda, 3. Grup; günlük 5 mg/kg dozunda testosteron 30 gün süre ile intramusculer olarak yapıldı. Uygulamalar sonunda sacrifiye edilen ratlardan sperma örnekleri alındı. Sperm DNA hasarı, motilite, anormal sperm oranı ve yoğunluk analizleri yapıldı. Sperm DNA hasarı tespitinde COMET yönteminden faydalanılarak hazırlanan preperatlar 0 (hasarsız), 1 (az hasarlı), 2 (hasarlı), 3 (orta hasarlı), 4 (çok hasarlı) olarak derecelendirilerek her grup için yaklaşık 2000 adet sperm sayıldı. Derecelendirme sonucu üç farklı hasar tespit yöntemi kullanılarak hasar oranları tespit edildi. Sperm DNA hasar oranları; 1. grupta %3.87454, 2. grupta %9.35852, 3. grupta %15.2616. Arbitrary unite göre; 1. grupta %1.199262, 2. grupta %4.08116, 3. grupta %6.29845. Genetik hasar indeksine göre; 1. grupta %5.5351, 2. grupta %17.0475, 3. grupta %27.374 değerlerinde hasar boyutu gözlendi. Bu verilerin istatistiksel olarak anlamlı olup kullanılan testosteron miktarına bağlı alarak sperm DNA hasarının arttığı tespit edildi (p<0.001). Motilite muayenesi sonucu 1. grup %90, 2. grup %80, 3. grup %80 değerlerine sahipti. Uygulanan testosteron düzeyinden bağımsız olarak motilite oranında düşüş gözlendi (p<0.006). Sperm yoğunluğu muayenesi sonucunda tüm grupların etkilenmediği tespit edildi, istatistiki bir fark bulunamadı (p>0.05). Anormal sperm oranı 1. grup %5.75, 2. grup %11.88, 3. grup %17 değerlerine sahipti. Uygulanan testosteron düzeyine bağlı olarak anormal sperm oranında artış tespit edildi (p<0.001). Sonuç olarak; ekzojen testosteron hormonu kullanılarak oluşturulan benign prostat hiperplazisi modelinde, sperm DNA hasarı oranının arttığı, motilite ve anormal sperm oranının olumsuz olarak etkilendiği, sperm yoğunluğunun ise etkilenmediği tespit edildi. Anahtar Kelimeler: COMET, DNA hasarı, sperm.Anahtar Kelimeler: COMET, DNA hasarı, sperm.
Sodyum deoksikolat maddesinin meme kanser hücre hattinda apoptotik, sitotoksik ve DNA hasari üzerine etkisi
Sodyum Deoksikolat Maddesinin Meme Kanser Hücre Hattında Apoptotik, Sitotoksik ve DNA Hasarı Üzerine Etkisi. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı, Yüksek Lisans Tezi, Van, 2019. Meme kanseri kadınlarda en sık görülen kanserdir ve dünya çapında kanser ölümlerinin önde gelen nedenidir. Kemoterapi genellikle metastaz azaltmak ve tümörün küçülmesi için uygulanan antineoplastik ilaçlar ile yapılan bir tedavidir. Bu çalışmanın amacı Sodyum deoksikolat maddesinin meme kanser hücre hattında (MCF-7) sitotoksik, apoptotik ve DNA hasarının moleküler mekanizmaları üzerine etkisini araştırmaktır. Bu çalışmada kanser hücrelerini etkileme potansiyeline sahip olduğu hipotezine dayanarak Sodyum deoksikolatın meme kanser hücre hattında farklı dozları kullanılmıştır. Antikanser özellik tespiti için Sodyum deoksikolat maddesinin MCF-7 meme kanser hücreleri ile kontrol grubu olarak sağlıklı normal meme hücreleri (CRL- 4010) üzerindeki sitotoksik etkisi MTT yöntemiyle incelendi. Sitotoksik etkinin belirlenmesinden sonra, Sodyum deoksikolatın aktif dozunun apoptoz ve DNA hasarı üzerindeki etkinliği apoptotik DNA ladder ve Western Blot metodu ile incelenmiştir. Bunu yanı sıra oksidetif stres indeksi ve hücre göçü testleri yapıldı. Sonuç olarak Sodyum deoksikolat maddesinin MCF-7 ve CRL-4010 hücreleri üzerinde sitotoksik etkisi gösterdiği ama hücrelerin DNA'larına zarar vermediği tespit edildi ve apoptozise yol açan birkaç proApoptotik proteinlerin varlığı tespit edildi. Sodyum deoksikolatın MCF-7 kanser hücrelerinde, kanser için bir prediktif risk faktörü olarak değerlendirebileceğimiz paraoksonaz ve arilesteraz enzim aktivitesini önemli ölçüde azalttığı tespit edildi. Ayrıca Sodyum deoksikolatın hücre göçünü zamana bağlı olarak geciktirdiği belirlendi. Sonuçlar, Sodyum deoksikolatın meme kanseri hücrelerinde antimetastatik bir etkiye sahip olduğunu ve daha ileri kanser çalışmaları için potansiyel bir ajan olduğunu göstermiştir.
Silybum marianum (L.) tohum ekstraktının NRK-52E hücre serisinde PI3K/akt/mTOR yolağına ve DNA tamirine etkisinin değerlendirilmesi
Ceran F, Silybum Marianum (L.) Tohum Ekstraktının NRK-52E Hücre Serisinde PI3K/Akt/mTOR Yolağına ve DNA Tamirine Etkisinin Değerlendirilmesi. Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Biyokimya (Veteriner) Anabilim Dalı, Yüksek Lisans Tezi, Van, 2025. Oksidatif strese bağlı olarak, hücre içi yolaklarda ve genetik sistemlerde hasar meydana geldiği bilinmektedir. Silybum Marianum ekstraktında (SME) yer alan silimarin ve türevlerinin hücresel hasarlara karşı koruyucu etki gösterdiği; başta karaciğer olmak üzere birçok dokuyu koruduğu ve protein ekspresyonunu artırdığı rapor edilmiştir. Bu tez çalışmasında, H 2 O 2 kaynaklı genotoksik hasar ve PI3K/Akt/mTOR yolağına olan etkisinin önlenmesinde SME'nin rolünün ortaya konulması amaçlanmıştır. Hücre içi metabolik olaylardan en çok etkilen dokulardan biride böbrektir. Çalışma materyalı olarak rat böbrek hücre hattı seçilmiştir. Çalışma grupları; Kontrol, Serum Açlık(SA), SME, H 2 O 2 (HP), ve SME+HP olarak oluşturuldu. Hücrelere uygulanacak H 2 O 2 ve SME konsantrasyonları, MTT testi ile belirlenmiştir. Genomik hasar tespiti için comet assay analizi, genlerin ekspresyon düzeylerini belirlemek için ise RT-qPCR analizi uygulanmıştır. SME'nin proliferatif konsantrasyonu, 25 μg/ml, H 2 O 2 'nin hücrelerin sitotoksik konsantrasiyonu (IC25) 30 μM olarak belirlenmiştir. Gruplara göre SME ve HP uygulanmış ve 8 saatin sonunda çalışma gruplarından hücre örnekleri ile total mRNA izole edilmiştir. Elde edilen mRNA'ların ekspresyon seviyeleri belirlenmiştir. HP uygulanan grupta, kontrol grubuna göre genomik hasarın arttığı ((p<0,05)) gözlemlenmiştir. SME+HP grubunda ise, genomik hasarın HP grubuna kıyasla anlamlı düzeyde azaldığı (p<0,05) ortaya konulmuştur. Kontrol grubuna göre TP53 ve PARP-1 genlerinin mRNA düzeylerinin HP grubunda azaldığı, SME+HP grubunda ise HP grubuna göre daha yüksek olduğu belirlenmiştir. HP grubunda, PI3K/Akt/mTOR yolaklarında yer alan hedef genlerin ekspresyon seviyelerinin kontrol grubuna göre anlamlı seviyede azaldığı (p<0,05); buna rağmen, SME+HP grubunda bu genlere ait ekspresyon seviyelerinin kontrol grubuna yaklaştığı ortaya konulmuştur. Bu veriler ışığında, sitotoksik konsantrasyonda H 2 O 2 'in genomik hasara, PI3/Akt/mTOR yolak ve TP53 ile PARP-1 tamir genlerinin ekspresyon seviyelerinin azalmasına neden olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak, Silybum marianum ekstraktının in vitro şartlarda oksidatif stres kaynaklı genotoksik hasarı azaltığı ve PI3K/Akt/mTOR yolaklarındaki olumsuz düzenlemeleri dengelediği, hücresel savunmayı desteklemede potansiyel bir koruyucu ajan olduğu ortaya konulmuştur. Bu sonuçların net bir şekilde desteklenmesi için in vivo ve faz çalışmalarının yapılması gerekmektedir.
Helleborus orientalis ekstraktlarının biyolojik ve kimyasal özelliklerinin belirlenmesi
ÖZET Son yıllarda yapılan çalışmalarda Helleborus türleri önemli sekonder metabolitler üretme potansiyelleri nedeniyle fitokimyasal araştırmaların konusu olmuştur, ancak Helleborus orientalis türü ile yapılan çalışmaların birkaç tane ile sınırlı olduğu görülmüştür. Bu nedenle Türkiye'de Kuzey Anadolu bölgesinde doğal olarak yetişen H. orientalis bitkisinin metanolik ekstraktlarının toplam fenolik, toplam flavonoid ve antioksidan içerikleri, fourier dönüşümlü kızılötesi spektrometresi, sıvı kromatografi kütle spektrometresi, yüksek performanslı sıvı kromatografisi analizi ve antimikrobiyal aktivitesi incelenmiştir. Yapraklarının metanol ekstraktı ile toplam antioksidan, oksidan seviyeleri comet testi ile DNA hasarı üzerine aktivitesi incelenmiştir. Bitkinin köklerinin sulu ve etanolik ekstraktlarının herbisidal etkisini tespit etmek amacıyla çimlenme üzerine aktivitesi belirlenmiştir. H. orientalis bitkisinin çiçek ve yaprak kısmı yüksek fenolik ve flavonoid maddeler içermektedir ve yüksek antioksidan özelliklere sahiptir. Sıvı kromatografi kütle spektrumu analizlerinde yaprakta hellebrigen, köklerinde helleborin, ve hellebrigen, gövdelerinde hellebrin ve çiçeklerinde hellebrin ve helleborin varlığı tespit edilmiştir. H. orientalis'in yaprak ekstraktının DNA hasarını ve toplam oksidan düzeylerini azalttığı, toplam antioksidan düzeyini arttırdığı görülmüştür. Bitkinin kök, gövde, yaprak ve çiçek kısmı Candida glabrata'da antifungal aktivite gösterirken, kök kısmı da Enterococcus faecalis ATCC 51289'de antimikrobiyal aktivite göstermiştir. Bitki köklerinin sulu ekstraktlarıının çimlenmeyi inhibe ettiği gözlemlenmiştir.
Tip-1 yardımcı T (TH1) hücrelerin radyasyon stresi altında fonksiyonel ve fenotipik değişimlerinin incelenmesi
Tümör mikroçevresindeki immün baskılayıcı ortam nedeniyle, anti-tümör yanıtta öncül rol alan T lenfositlerin fonksiyonel ve fenotipik durumundaki değişimlerin anlaşılması önemlidir. Kanser gibi kronik inflamasyonda T hücreler, yüksek inhibitör reseptör ifade eden yorulmuş fenotipte ve fonksiyonunu kaybetmiş hücrelere farklılaşabilmektedir. Yorulmuş T hücrelerin efektör fonksiyonları inhibitör reseptörlerin blokajı yardımıyla geri kazandırılabilir. Radyoterapi ve blokaj tedavisi ise anti-tümör immün yanıtları artırabilecek bir kombinasyon olarak ön görülmektedir. Bu in vitro tez çalışması kapsamında, THR sinyali anti-CD3 monoklonal antikoru ile ve ko-stimülasyon ise bir monositik hücre hattı aracılığıyla sağlanmış; bu sayede, CD4+ yardımcı T hücreler sürekli olarak uyarılmıştır. Kullanılan ko-kültür modelinin farklı inkübasyon sürelerinde (0, 24, 72 ve 120 saat), farklı fenotiplerdeki T hücrelerin farklı dozlarda (0 Gy, 2 Gy, 5 Gy, 8 Gy ve 12 Gy) radyasyon stresi altında fonksiyonel ve fenotipik değişimleri incelenmiştir. Naif CD4+ T lenfositlerin uyarımla birlikte IL-2, IFN-γ ve TNF-α üreten efektör hücrelere farklılaştığı; ardından, yüksek düzeyde inhibitör reseptör ifade eden ve sitokin üretimi azalmış, yorulmuş hafıza-benzeri T hücrelere dönüştüğü görülmüştür. Hücrelerin en radyosensitif olduğu uyarım periyodunun, apopototik düzey ve DNA kırık sayıları hesaplanarak 72. saat olduğu ve efektör T lenfositler ile efektör hafıza-benzeri T lenfositlerin en hassas alt gruplar olduğu bulunmuştur. Radyasyona en dirençli alt tipler ise naif T ve merkezi hafıza benzeri T lenfositler olmuştur. Radyasyonun Th hücrelerde mitokondri membran potansiyelini değiştirmediği görülmüştür. Radyasyon maruziyeti öncesinde uygulanan anti-PD-1 blokajının ise Th1 hücre canlılığı üzerinde olumsuz bir etkisi olmadığı gösterilmiştir. Sonuç olarak, Th1 hücrelerinin PD-1 blokajı ile yeniden fonksiyon kazanma sürecinde radyasyon hassasiyeti göstermediği değerlendirilmiştir.
İmidakloprid ve asetamipridin in vitro sistemler üzerindeki toksik etkilerinin değerlendirilmesi
Neonikotinoidler son yıllarda başta arılar olmak üzere hedef olmayan organizmalar üzerindeki toksik etkileri nedeniyle dikkatleri üzerine çekmiş, bazı ülkelerde kullanımları kısıtlansa da, Türkiye dahil pek çok ülkede yaygın olarak kullanılan nikotin türevi bir insektisit grubudur. Bu çalışmada, grubun önemli temsilcilerinden olan imidakloprid ve asetamipridin saf formları ve ticari formülasyonlarının HT-29 insan kolorektal adenokarsinoma hücre hattı üzerindeki olası toksik etkileri tek başına ve karışım halinde uygulamalar ile araştırılmıştır. Bu amaçla MTT ve nötral kırmızısı deneyleri ile doz ve zamana bağımlı hücre canlılığı değerlendirilmiş; spektrofotometrik yöntemler ile oksidatif stresin değerlendirilmesi için glutatyon, süperoksit dismutaz, katalaz ve malondialdehit düzeyleri ölçülmüş; akış sitometrisi ile annexin V bağlanma durumu, kaspaz 3/7 aktivitesi ve mitokondriyal membran potansiyeli ölçümü ile apopitoz süreci belirlenmiş; comet yöntemi ile DNA hasarı tespit edilmiştir. Sonuçlara göre, bu deneysel koşullar altında imidakloprid ve asetamipridin HT-29 hücrelerinde kaspaz aracılı apopitoz, mitokondriyal membran depolarizasyonu, DNA hasarı ve oksidatif stres aracılığıyla sitotoksisiteyi indüklemiş olabileceği belirlenmiştir. Sonuçlarda düşük dozlarda belirlenen DNA hasarı, bileşiklerin karışım halinde daha düşük konsantrasyonlarda toksik etkilere neden olması ve toksisite oluşumunda formülasyonların ön planda olması dikkat çekici bulunmuştur.
Behçet hastalığında dna hasarları ve OGG1 gen ifade düzeyleri
Behçet Hastalığı (BH) 1937 yılında ilk kez Türk dermatolog Dr. Hulusi Behçet tarafından tanımlanan, tekrarlayan oral aft, genital ülserlerle birlikte oküler, cilt, gastrointestinal ve sinir sistemi bulguları ile karakterize otoimmün bir hastalıktır. BH, evrensel bir hastalık olmakla birlikte yapılan çalışmalarla Türkiye'nin BH görülen diğer ülkelere kıyasla en yüksek prevalansa sahip olduğu gösterilmiştir. Behçet Hastalığı genellikle genç erişkinleri etkilemesi ve tedavisinin zor olması, organ tutulumları ile ciddi bir morbiditeye neden olması bakımından gün geçtikçe önemi artan bir hastalık haline gelmiştir. İnflamasyonun yol açtığı artan reaktif oksijen türleri (ROT), organizmanın oksidan/antioksidan dengesini bozarak DNA gibi biyomoleküllerde hasara neden olmaktadır. ROT'ların DNA'da yol açtığı en sık görülen DNA hasarlarından biri 8-Oxo-2'-deoksiguanozin (8-oksoG)'dir. Behçet hastalığında tekrarlayan inflamasyon ile karakterize bir hastalık olduğundan, ROT kaynaklı oksidatif stresin yüksek olması ve DNA hasarlarına yol açması muhtemeldir. Yapılan birçok çalışmada, biyolojik materyallerde tespit edilen 8-OHdG'nin kanser, parkinson hastalığı, sistemik lupus eritematozus, romatoid artrit gibi hastalıklardaki mevcut DNA hasarının belirlenmesinde kullanılan iyi bir biyobelirteç olduğunu göstermiştir. DNA'daki 8-OHdG hasarlarının onarımı baz çıkarma onarım (BER) yolağında görev alan OGG1 enzimi ile gerçekleşmektedir. Çalışmamızın amacı, BH'da muhtemel DNA hasar düzeyini ve bu hasarların tamirinde rol oynayan OGG1 gen ifade düzeyini belirleyerek, BH'nın patogenezinde DNA hasar yanıtının önemini ortaya çıkarmaktır. Yapmış olduğumuz bu çalışmada, OGG1 gen ifade düzeyini gerçek-zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qPZR; qPCR) ile tespit edildi. Oksidatif DNA hasarının göstergesi olan 8-OHdG miktarını ölçmek için ise ELISA yöntemi uygulandı. Çalışmalar, toplam 70 BH ve benzer yaş ve cinsiyetteki 30 sağlıklı kontrolde çalışma gerçekleştirildi. OGG1 mRNA ifade düzeyleri açısından kontrol grubu ile tüm BH grubu karşılaştırıldığında, iki grup arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark gözlemlenmedi (p=0.20). Benzer şekilde kontrol grubu ile D-BH (Derin Ven Tromboz-BH) grubu (p=0.59) ve M-BH (Mukokutanöz BH) grubu (p=0.18) grubu karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir fark tespit edilmedi. Diğer yandan, D-BH grubu (0.0040±0006) ile M-BH (0.0024±0.0002) grubu karşılaştırıldığında da iki grup arasında OGG1 mRNA ifade düzeyleri açısından istatistiksel anlamda bir fark tespit edildi (p=0.024); M-BH grubundaki OGG1 ifade düzeyi daha düşük olarak tespit edildi. 8-OHdG düzeylerine bakıldığında kontrol grubu ile tüm BH grubu arasında anlamlı bir fark gözlemlenmedi (p=0.27). Benzer şekilde, kontrol grubu ile karşılaştırıldığında D-BH grubu (p=0.42) ve M-BH grubu (p=0.28) arasında 8-OHdG düzeyi açısından istatistiksel olarak bir fark tespit edilmedi. D-BH grubu ile M-BH grubu arasında da, 8-OHdG düzeyleri açısından anlamlı bir farklılık görülmedi (p=0.85). DNA tamir mekanizmasının Behçet hastalığı ile ilişkisini araştırmış olduğumuz literatürdeki bu ilk çalışma, bu alanda yapılacak birçok çalışmaya yol gösterici olabilir.
Genisteinin DNA hasarı üzerindeki etkilerinin kolon kanseri hücrelerinde tek hücre jel elektroforez (COMET) yöntemiyle değerlendirilmesi
Günümüzde kanserin kalp hastalıklarından daha fazla ölüme yol açtığı ve kanser türleri içinde kolorektal kanserin yaygın görülen kanserlerden biri olduğu bilinmektedir. Bununla birlikte, uygulanan cerrahi müdahale ve kemoterapi, hastaların iyileşme ve sağ kalım sürecinde sınırlı fayda sağlamaktadır. Beklenen tedavi etkinliğinin görülememesindeki en önemli faktörler ise, hastalarda gelişen ilaç direnci ile yan etkileri azaltarak hasta uyumuna olanak sağlayabilecek hedefli tedavi ihtiyacıdır. Kolorektal kanser tedavi etkinliğini arttırmaya yönelik yapılan çalışmalara katkı sağlamak amacıyla, bu projede antikanser etkisi bilinen genistein, kemoterapinin temeli olan 5 – florourasil ve apopitoz aracısı olan TRAIL ligandının subtoksik konsantrasyonlarda tek başlarına ve kombinasyon halindeki SW480 ve SW620 kolon adenokarsinoma hücrelerinde sitotoksik etkileri MTT yöntemiyle, genotoksik etkileri Comet yöntemiyle, reaktif oksijen türleri, mitokondriyel membran potansiyeli, kaspaz 3-8-9 aktiviteleri kitler yardımıyla, apoptotik etkileri akım sitometrisi ve RT – PCR yöntemiyle incelenmiştir. Genisteinin 5-florourasil ve TRAIL'ın SW480 ve SW620 hücrelerinde sitotoksik etkili olduğu ve DNA hasarını arttırdığı belirlenmiştir. Bu maddelerin kombinasyon halinde sinerjistik apoptotik etki gösterdikleri, apoptoz indüksiyonunda reaktif oksijen türleri artışının, kaspaz 3-8-9 düzeylerindeki artışın ve mitokondriyel membran potansiyelindeki düşüşün etkili olabileceği görülmüştür. Ayrıca, TRAIL'ın hücrelerde DR5 aracılı apopitozu indüklediği tespit edilmiştir. Çalışmamızda yer alan ikili ve üçlü kombinasyonlarda ise, SW480 hücrelerinde anlamlı olmakla birlikte her iki hücre hattında da TRAIL ligandının tek uygulandığı gruba göre DcR1 ve XIAP antiapoptik gen ekspresyonlarında azalmanın olduğu saptanmıştır ve bu etkinin TRAIL direncinin ortadan kaldırılmasına katkı sağlayabileceği düşünülmektedir.
Nandrolonun genotoksisitesinin tek hücre jel elektroforez tekniği ile in vitro incelenmesi
Nandrolon, kas gücünü ve performansını arttırmak üzere genellikle gençler ve sporcular tarafından sıklıkla süistimal edilen anabolik androjenik steroidler arasında yer alır. Birçok ülkede kontrole tabidir ve bu nedenle tıbbi olmayan kullanımı genellikle yasa dışıdır. Sağlığı olumsuz yönde etkilediği bilinmektedir. Önemli yan etki risklerine rağmen, yaygın olarak kötüye kullanılmaktadır. Yüksek doz ve uzun süreli kullanımı söz konusudur. Literatür taramasının sonucu olarak, nandrolon dekanoatın genotoksisitesi konusunda birkaç çalışmanın yapıldığı ve bu çalışmaların da yetersiz olduğu görülmektedir. Bu çalışmanın amacı, nandrolon dekanoatın geniş aralıktaki dozlarda V79 Çin hamster fibroblast hücrelerinde hücre canlılığı ve sitotoksik olmayan dozlarda insan lenfositlerinde DNA hasarı üzerine etkilerini değerlendirmektir. Sitotoksisite, MTT yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Nandrolon dekanoatın insan lenfositlerinde genotoksisitesi ve ayrıca H2O2 ile oluşturulan oksidatif DNA hasarına karşı etkisi alkali tek hücre jel elektroforez yöntemi (Comet yöntemi) ile belirlenmiştir. V79 hücrelerinde 250 µM üzeri konsantrasyonlarda nandrolon dekanoatın hücre canlılığını doz-bağımlı bir şekilde anlamlı olarak azaltmıştır. IC50 dozu 739 μM olarak belirlenmiştir. Nandrolon dekanoat, tek başına çalışılan tüm konsantrasyonlarında (0,5-100 μM) lenfositlerde DNA hasarına yol açmamıştır. 10-100 μM arasındaki konsantrasyonlarda doz-bağımlı olarak oksidatif DNA hasarını önemli ölçüde azalttığı; ancak düşük konsantrasyonlarında (0,5 ve 1 μM) değiştirmediği görülmüştür. Çalışmanın sonuçları, nandrolon dekanoatın, genotoksik olmayan dozlarda oksidatif stres ile indüklenen DNA hasarını azaltabileceğini göstermektedir. Sonuç olarak, nandrolonun çalışmamızda gözlenen oksidatif strese karşı olası antigenotoksisitesi toksisite mekanizmasının ortaya çıkarılmasında mevcut bilimsel çalışmalara katkıda bulunabilir, bununla birlikte daha ileri araştırmalara ihtiyaç vardır.
Kemik iliği mezenkimal kök hücrelerinde PKNOX2 proteinin ATM ve RNF8 ile etkileşimlerinin incelenmesi
Son araştırmalar transkripsiyon faktörü PKNOX2'nin tümör baskılayıcı bir protein olduğunu ve Fanconi anemisi hastalarının kemik iliği kaynaklı mezenkimal kök hücrelerinde (Kİ-MKH'lerinde) azaldığını göstermiştir. Günel-Özcan grubunun yayınlanmamış çalışmasında PKNOX2 ko-immunopresipitasyon sonrası proteom analiz listesinde PKNOX2'nin etkileştiği proteinler arasında ATM ve RNF8 proteinlerinin düşük 'coverage' değeri ile saptanmış olması PKNOX2'nin DNA onarım yolağında rol oynayabileceğini düşündürmüştür. Bu çalışmanın amacı bu hipotezi test etmek için, PKNOX2 proteini ile ATM ve RNF8 proteinlerinin etkileşimini doğrulamak ve bu etkileşimin DNA hasarı ile durumunu Kİ-MKH'lerinde araştırmaktı. Etkileşimlerin doğrulanması için Kİ-MKH'lerine PKNOX2 overekspresyon plazmidi elektroporasyon ile aktarıldı ve protein izolasyonu sonrası, ko-immunopresipitasyon ve Western blotlama yapıldı. Ko-IP sonrası Western Blot analizleriyle PKNOX2 ile ATM etkileşimi doğrulanırken, IgG heavy chain kirliliği olabileceği değerlendirmesi PKNOX2 ile ATM veya RNF8 etkileşiminin varlığı in situ proximity ligation assay (PLA) ile gerçekleştirilmiştir. PLA yöntemiyle bu etkileşimlerin hem sitoplazma hem çekirdek içinde olduğu saptanmıştır. DNA hasarı durumunda etkileşimleri incelemek için ɣ-irradiye edilen Kİ-MKH'lerde DNA hasarı oluştuğu akım sitometri yöntemiyle doğrulanmıştır. PI boyaması ile yapılan akım sitometri analizlerinde hücre döngüsü piklerinde keskin ayrışma olmadığından kesin sonuca varılamamakla birlikte DNA hasarına uğrayan hücrelerin G2 fazında tutuklandığı bulunmuştur. ɣ-irradyasyon ile DNA hasarına uğrayan hücrelerde PLA, PKNOX2 ile ATM etkileşimini gösterememiştir ancak PKNOX2-RNF8 etkileşimi artmıştır. Sonuç olarak PKNOX2 transkripsiyon faktörünün ATM ve RNF8 ile etkileştiği literatürde ilk kez olarak gösterildi. DNA hasarı ile etkileşimlerdeki değişim daha ileri çalışmalar ile doğrulanmalıdır.
İnsan mide adenokarsinoma hücrelerinde Helicobacter pylori'nin neden olduğu DNA çift sarmal kırıkları ve oksidatif strein değerlendirilmesi
Çeşitli mikroorganizmaların oluşturduğu infeksiyonların reaktif oksijen bileşikleri (ROS) ve reaktif azot bileşiklerinin (RNS) oluşumuna yol açtığı iyi bilinmektedir. Bu bileşiklerin de intrasellüler oksidan/antioksidan dengeyi değiştirip oksidatif strese neden olduğu birçok çalışmada gösterilmiştir. Oksidatif stres, birçok farklı mekanizma ile DNA hasarı oluşturabilmektedir. DNA hasarı, basit ve onarılabilir baz lezyonlarından, en tehlikeli DNA hasarı olan DNA çift sarmal kırıklarına (DSB) dek oldukça geniş bir yelpazede görülebilir. Radyasyon ve bazı bakteri toksinleri DSB'yi indükleyerek, karsinojeneze yol açabilir. Helicobacter pylori gastrik mukozada kronik infeksiyona neden olan bir Gram negatif bakteridir. Helicobacter pylori infeksiyonu Uluslararası Kanser Araştırma Ajansı tarafından "Grup I karsinojen" olarak sınıflandırılmıştır. Helicobacter pylori'nin neden olduğu toksisite altında yatan mekanizmalar ve bu bakterinin yol açtığı gastrik karsinojenezin mekanizması henüz tam olarak anlaşılamamıştır. Çalışmalar Helicobacter pylori'nin hem doğrudan DNA hasarı yaparak, hem de epigenetik mekanizmalarla genetik instabiliteye neden olduğunu göstermektedir. Helicobacter pylori infeksiyonu konak DNA'sında oksidatif hasara neden olmaktadır. Literatürde, Helicobacter pylori infeksiyonunun oksidatif strese ve DSB'ye neden olduğu ve DSB onarım mekanizmalarını da etkileyebileceğini gösteren çalışmalar mevcuttur. Ancak, Helicobacter pylori infeksiyonu ile oksidatif stres arasındaki ilişkiyi inceleyen yeterli sayıda çalışma bulunmamaktadır. Bu verilerin ışığında gerçekleştirilen tez kapsamında, gastrik adenokarsinoma (AGS) hücrelerinin Helicobacter pylori'ye maruziyeti sonucu ortaya çıkabilecek olası sitotoksisite, intrasellüler ROS artışı ve oksidatif stres, DNA baz lezyonları, DNA onarım proteinlerindeki değişiklikler, apoptotik ve otofajik değişiklikler detaylı bir şekilde araştırılmıştır. Ayrıca, AGS hücrelerinin Helicobacter pylori'yle infekte olması sonucu, hücrelerde DSB'nin bir biyogöstergesi olan histon 2A ailesi üyesi X (H2AX) fosforilasyonunun (-H2AX) belirlenmiştir. Diğer taraftan, DSB onarım yolaklarıyla ile Helicobacter pylori maruziyeti sonucu ortaya çıkabilecek DSB'lerin onarılabileceği de düşünülerek çalışmaya bir DSB onarımında önemli rolü olan DNA-protein kinaz (DNA-PK) inhibitörü eklenmiş ve ilgili parametreler DNA-protein kinaz inhibitörü varlığında da ölçülmüştür. Bu şekilde, DSB onarımı bozulmuş bireylerde Helicobacter pylori infeksiyonunun neden olabileceği olası durumun öngörülmesi planlanmıştır. Elde edilen sonuçlar, Helicobacter pylori infeksiyonunun özellikle DNA-PK inhibitörü varlığında oksidatif streste önemli artışlara, DNA onarım proteinlerinde değişikliklere ve g-H2AX düzeylerinde belirgin artışlara yol açtığı ve apoptozu ve otofajiyi tetiklediği görülmüştür. Diğer taraftan, Helicobacter pylori ve DNA-PK inhibitörü birlikte maruz kalan grupta apoptoz ve otofajinin çok daha yüksek olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak, Helicobacter pylori infeksiyonunun özellikle DSB onarımında sorun olan hücrelerde ciddi sorunlara yol açabileceği belirlenmiştir.
Tip 1 diyabet ın vıtro modelinde Cinnamomum cassia ekstrelerinin etkilerinin araştırılması
Tip 1 diyabet (T1DM) hastalarında oksidatif stres artışının hastalığa bağlı komplikasyonların gelişiminde rol oynadığına ilişkin çok sayıda araştırma bulunmaktadır. Oksidatif stres artışının oksidatif DNA hasarının artmasına neden olduğu, DNA onarım kapasitesinin yeterli olmaması nedeniyle bu durumun kanser gelişim sürecine katkıda bulunabileceği ileri sürülmektedir. Bu nedenle çalışmalar diyabet hastalarında oksidatif stres ve DNA hasarına karşı koruyucu ilaç ve doğal kaynakların araştırılması üzerinde yoğunlaşmıştır. Tarçın (cinnamon); antidiyabetik ve anti-tümör özellikleri de içeren çeşitli biyolojik etkinliklere sahip olduğu bilimsel çalışmalarla ortaya konmuş olan bitkisel kaynaklı bir üründür. Son yıllarda özellikle diyabet hastaları tarafından insülin direncinin azaltılması, kan glukoz ve lipid düzeylerinin düzenlemesi amacıyla gıda destek ürünü ya da çay formlarında kullanılmaktadır. Etkilerini araştırdığımız Cinnamomum cassia (C. cassia) ticari preparatlarda yaygın olarak bulunan tarçın türüdür. Çalışmamızda 1- Tip 1 diyabet in vitro modelinde C. cassia kabuklarından hazırlanan ekstrelerin hücre canlılığı üzerindeki etkileri ve apoptotik aktivitelerinin araştırılması; 2- Sitotoksik ve apoptotik etkisi olmayan ekstre ya da ekstrelerin endojen ve H2O2 ile indüklenen oksidatif DNA hasarı üzerindeki etkilerinin araştırılması; 3- Bu etkilerinin reaktif oksijen radikalleri (ROS) oluşumuyla ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada ekstrelerin IC50 değerleri WST-1 testi ile saptanmıştır. Apoptotik aktivite tayini akım sitometresinde Annexin V/PI ve TUNEL testleri ile gerçekleştirilmiştir. Apoptotik aktivite göstermeyen butanol ve su ekstrelerinin endojen ve H2O2 ile indüklenen oksidatif DNA hasarı üzerindeki etkileri alkali komet yöntemi ile araştırılmış, TUNEL yöntemi ile doğrulanmıştır. ROS oluşumu üzerindeki etkileri akım sitometrisinde DCF-DA testi ile tayin edilmiştir. Sonuçlar C. cassia su ekstresinin Tip 1 diyabet in vitro hücre modelinde H2O2 ile indüklenen oksidatif DNA hasarına karşı koruyucu etki gösterdiğini ve bu etkisinin ROS oluşumunu azaltmasıyla ilişkili olabileceğini ortaya koymuştur.
Prostat kanserinde 8-ohdg oluşumuna ve dna hasarına androjen yolağının etkisi
Kaynağı metabolik yolaklar gibi endojen ve eksojen kaynaklı olan reaktif oksijen türleri (ROS) hücre içinde DNA, lipid ve proteinlere zarar verebilmektedir. Genomda DNA lezyonlarını, tek zincir veya çift zincir kırıkları oluşturabilmektedir. Bilinen en yaygın baz hasarı olan 8-OHdG lezyonları onarılamadığı taktirde genomda mutasyonlara neden olabilmektedir. Androjen reseptörü sinyalizasyonu normal prostatik doku gelişiminde ve prostat kanseri progresyonunda oldukça önemlidir. Bu çalışmada oksidatif bir ajan olan menadion ile 8-OHdG odaklarının Aklides Nuc sistemde tanınması ve androjen reseptör sinyal yolağının 8-OHdG hasarına olan etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Yapılan çalışmalarda androjen reseptörü ve NKX3.1 susturulması ve NKX3.1 proteinin over-ekspresyonu sağlanmıştır ve genomda 8-OHdG odaklarının belirlenmesi gözlemlenmiştir. Bunun yanında 8-OHdG odaklarının Aklides Nuc sistemde tanınması ve analizlerinin yapılması sağlanmıştır. Sonuç olarak; androjen reseptörü sinyal yolağı ve NKX3.1 proteini genom çapında oksidatif hasarların onarımında ve prostat kanseri progresyonunda önemli bir faktördür.
Bleomisin, etoposid, cis-platin tedavisi uygulanan sıçan modellemesinde oluşan sperm dna fragmantasyonuna glutatyonun etkisi
Testis kanseri üreme çağındaki genç erkeklerde (20-40 yaş) sık görülen malign tümörlerdendir. Tedavisinde kullanılan cis-platin bazlı kemoterapötik ajanlar ve spesifik Bleomisin, Etoposit ve cis-platin (BEP) kombinasyonu sağ kalımı arttırırken sağlıklı dokularda da hasar oluşmasına neden olmaktadır. Hasar oluşturduğu önemli dokulardan biri de testis dokusu ve sperm hücreleridir. Bu çalışmada uygulanan BEP tedavisinin sıçanlarda oluşturduğu sperm DNA bütünlüğü ve testis histomorfolojisi hasarları üzerine glutatyon (GSH) uygulamasının koruyucu etkisi araştırıldı. Üreme çağındaki 12 haftalık erkek sıçanlar (n=24) rastgele her grupta 8 tane olacak şekilde kontrol, BEP ve BEP+GSH olarak 3 gruba ayrıldı. BEP grubuna 9 hafta boyunca her biri 21 günlük 3 kür olacak şekilde ön çalışmada belirlenen BEP dozlarına göre (0,083; 0,83; 0,17 mg/kg) tedavi intraperitonal olarak uygulandı. BEP+GSH grubuna BEP grubuna uygulanan kemoterapötik tedaviyle birlikte 9 hafta boyunca, her hafta düzenli olarak, haftanın 1.ve 4.gunlerinde Glutatyon 200 mg/kg uygulandı. Kontrol grubuna ise diğer gruplara ilaç uygulanan günlerde %0,9 NaCl intraperitonal olarak verildi. Grupların ağırlık artışları karşılaştırıldığında BEP+GSH grubunun ağırlık artışı BEP grubunun ağırlık artışına göre anlamlılık göstermedi (p=0,921). Kontrol grubundaki artış BEP grubu ve BEP+GSH grubuna göre yüksek bulundu (p˂0,027, p˂0,012). Benzer şekilde kontrol grubunun sol testis ağırlıkları (p˂0,017; p˂0,003), sol epididimis ağırlıkları (p˂0,029; p˂0,037), sağ epididimis ağırlıkları (p˂0,002; p˂0,004), testis ağırlık indeksleri (p˂0,0017; p˂0,001) BEP grubu ve BEP+GSH grubuna göre yüksek bulundu. BEP+GSH uygulanan grup ile kontrol grubunda morfolojik anomali oranı ve sperm DNA fragmantasyonu BEP grubuna göre oldukça düşük bulundu (p˂0,001; p˂0,001). BEP+GSH grubu ile kontrol grubunun serum testosteron seviyesi ve sperm sayısının BEP grubuna göre yüksek olduğu görüldü. Testislerde seminifer tübül epitel kalınlıklarının ve Johnsen skorlarının kontrol grubu ve BEP+GSH grubunda BEP grubuna göre daha kalın olduğu görüldü (p<0,000). Sonuç olarak GSH tedavisinin, BEP tedavisi alan sıçanlarda sperm sayısını, sperm morfolojik yapısını ve testis morfolojisini iyileştirmiş ve sperm DNA fragmantasyonunu azaltmış, bu nedenlerden dolayı kemoterapötiklerin sebep olduğu erkek infertilitesinde potansiyel iyileşme sağlamıştır.
Kronik Lenfoid Lösemili hastalarda eritrosit membran lipid profili, oksidatif stres ve DNA hasarı parametrelerinin incelenmesi
ÖZET Kronik lenfoid lösemili hastalarda eritrosit membran lipid profili, oksidatif stres ve DNA hasarı parametrelerinin incelenmesi Dr. Bahadır KARAKULA Kronik lenfositik lösemi (KLL), en sık tanı alan lösemi türüdür ve yetişkinlerdeki tüm lösemilerin yaklaşık %30'unu oluşturur. KLL insidansı yılda 4.2/100.000'dir. Medyan tanı yaşı 72'dir. KLL insidansı erkeklerde kadınlardan daha yüksektir ve erkek-kadın oranı 1.9:1'dir. Çalışmada, KLL hastalarında sistemik oksidatif stres parametreleri, KLL hastalarında comet yöntemi ile izole edilen lenfositlerde DNA hasarı varlığı, eritrosit membran lipid profili araştırıldı. Çalışmamıza Haziran 2021 - Aralık 2022 tarihleri arasında Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi İç Hastalıkları Hematoloji polikliniğine başvuran, yeni tanı 38 KLL hasta ile yaş-cinsiyet uyumlu 38 kontrol grubu dahil edildi. TOS ve TAS ölçümleri, OSİ, Comet analizi ile DNA hasarı incelemesi, serum 8-OHdG, gaz kromatografik analiz gerçekleştirildi. Olgu grubunda TOS ve OSİ değerinin kontrol grubundan daha yüksek olduğu gözlendi (sırasıyla p=0.014 ve p=0.022). Olgu ve kontrol grubu arasında TAS ve 8-OHdG değerinde anlamlı farklılık yoktu (p>0.05). Comet yöntemi ile ölçülen DNA hasarının olgu grubunda arttığı saptandı (p<0.05). Membran yağ asitleri düzeyi, olgu grubunda kontrol grubuna göre azalmış bulunsa da, istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmadı (p>0.05). Sonuç olarak, KLL'de oksidatif stres ve DNA hasarının arttığı gözlendi. Çalışmamızın prognostik bir önemi olduğuna ve potansiyel terapötik etkileri olan hastalığın biyolojik olarak anlaşılmasında yeni fikirler ortaya çıkardığına inanıyoruz. Anahtar kelimeler: Oksidatif stres, DNA hasarı, Eritrosit membran lipit profili, Kronik lenfositik lösemi
Rabdomyosarkom hücre dizisinde onkogenik wip1 fosfatazın ve dna hasarı cevabı regülasyonunun araştırılması
Amaç: RMS A204 hücre hattında onkojenik Wip1 fosfatazın genotoksik stres kaynaklı (etoposid) apoptoz aktivasyonu üzerine etkisinin araştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışmada, A204 hücrelerinde etoposid, GSK2830371 ve etoposid + GSK2830371 kullanılarak; Hücre canlılığı, 24-48-72 saatlik inkübasyonun ardından MTT ile analizi edildi. Apoptozu indüklemek için 24-48-72 saatlik inkübasyonun ardından Annexin V testi yapıldı. WIP1, GAPDH, fosfo p53 ve total p53 proteinlerinin seviyeleri, 48 saatlik inkübasyonun ardından Western blot analizi ile ölçülmüştür. Bulgular: Etoposide'in GSK ile kombinasyonu halinde zamana ve doz artışına bağlı olarak metabolik aktiviteyi azalttığı MTT testi ile belirlenmiştir. Etoposid ve GSK kombinasyonun da zaman artışına bağlı olarak apoptoz miktarında artış olduğu Annexin V testi ile saptanmıştır. Etoposid + GSK kombinasyonunun Wip1'in baskılanmasıyla fosfo p53 proteini seviyesinde artışa sebep olduğu Western Blot analizi ile tespit edilmiştir. Sonuç: bu çalışmada, A204 rabdomyosarkom hücre hattında PPM1D amplifikasyonu nedeniyle aşırı artan Wip1 ekspresyonunu inhibe ederek genotoksik stres oluşturan bir kemoterapi ajanı olan etoposidin etkinliği ve bu hücrelerin apoptoz yoluyla kemoterapiye yanıtı araştırıldı. Anahtar kelimeler: DNA hasarı cevabı (DDR), A204, Rabdomyosarkom (RMS), Wip1 fosfataz.
Yeni pirazolin türevi bileşiklerin sentezi ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Medisinal kimyada, antikanser ilaç tasarlama ve geliştirme çalışmalarında, pirazolin türevi bileşikler büyük önem kazanmıştır. Bu çalışmada, yeni pirazolin türevleri sentezlendi ve bu bileşiklerin AsPC-1 insan pankreatik adenokarsinoma, U87 ve U251 insan glioblastoma hücre dizileri üzerindeki sitototoksik etkileri değerlendirildi. Bu bileşikler arasında, 1-[((5-(4-metilfenil)-1,3,4-oksadiazol-2-il)tiyo)asetil]-3-(2-tiyenil)-5-(4-klorofenil)-2-pirazolinin (11) AsPC-1 ve U251 hücre dizilerine karşı sırasıyla 16.8 µM ve 11.9 µM IC50 değerleriyle en etkili antikanser ajan olduğu bulundu. Jurkat insan lösemi T-hücre dizisi ve insan periferal kan mononükleer hücreleri arasında 11 no'lu bileşiğin tümör seçiciliği açıkça görülmektedir. Ümit verici antikanser etkisine bağlı olarak, 11 no'lu bileşik U251 hücrelerinde apoptoz/nekroz değerlendirmesi ve DNA kırılma analizi için seçildi. 11 No'lu bileşik uygulanan U251 hücreleri düşük konsantrasyonda (1.5 µM) apoptotik fenotip gösterdi. Bu ligandın DNA-kırma etkinliği cisplatinden daha belirgindi ve bu etkinliği Fe(II)-H2O2-askorbik asit sistemleri ile açıkça arttırıldı. Bu sonuç, DNA kırılması ve hücre ölümü arasındaki ilişkiyi gösterdi. Anahtar Kelimeler: Pirazolin, oksadiazol, antikanser etki, apoptoz, DNA kırılması
Prematür ovaryan yetmezlikle XPD ve XRCC1 DNA tamir gen polimorfizminin ilişkisi
Prematür ovaryan yetmezlik (POF), reprodüktif yaş grubundaki kadınların yaklaşık %1'ini etkileyen, 40 yaşın altında ovaryan fonksiyonların kesilmesine artmış gonadotropin ve düşük östrojen seviyelerinin eşlik ettiği heterojen bir tablodur. POF vakalarının %90'ında etiyolojik faktör belirlenememektedir. Kadınların tüm reprodüktif hayatları boyunca sahip oldukları yedi milyon oositten sadece 500'den azı ovule olabilmektedir. POF'un ovaryan gelişim sırasındaki folikül sayısının düşük olmasından ya da folikül kayıp hızındaki bir artıştan kaynaklanıyor olabileceği düşünülmektedir. Epidemiyolojik çalışmalarda DNA hasarlayıcı ajanlara maruziyetin fertilitede azalmaya ve folikül sayısında kayba neden olduğu gösterilmiştir. DNA tamir geni polimorfizmleri DNA tamir enzimlerinin fonksiyonlarını değiştirebilmekte ve tamir edilmeyen DNA hasarları apoptozisi tetikleyebilmektedir. Bu nedenle biz bu çalışmada, Türk toplumunda idiopatik POF ile XPD ve XRCC1 polimorfizmlerinin ilişkili olup olmadığını araştırdık. Bu amaçla POF ve kontrol grubunda XPD-Lys751Gln, XRCC1-Arg194Trp ve XRCC1-Arg399Gln polimorfizmlerinin sıklığı analiz edildi. Hasta grubu yaşları 17-39 arasında değişen 25 POF hastasından oluşturuldu. Yaşları 21-64 arasında olan, 40 yaşından sonra menapoza girmiş olan ya da halen düzenli adet gören 25 kadın kontrol grubuna dahil edildi. Standart metodlar kullanılarak periferik kandaki lökositlerden DNA analizi yapıldı. Polimorfizmlerin tespiti bir LightCycler-System ile floresan işaretli hibridizasyon probları kullanılarak erime eğrisi analizi ile yapıldı. Yaptığımız çalışmada araştırılan polimorfizmlerin genotip dağılımları ve allel frekansları açısından POF ve kontrol grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmadı. XPD-Lys751Gln polimorfizmi için Gln/Gln+Lys/Gln genotipi sıklığı POF grubunda kontrol grubuna göre anlamlı ölçüde daha düşük bulundu. Bu çalışmada 751Gln allelinin POF'a karşı koruyucu bir rolü olduğu bulundu.
RRM1, RRM2, ERCCC2 gen polimorfizmleri ile ateroskleroz ve tip 2 diabet arasındaki ilişkinin belirlenmesi.
Ateroskleroz büyük, orta ve küçük arterlerde plak oluşumu şeklinde kendini gösteren mortalitesi yüksek bir hastalıktır. Miyokard Enfarktüsü, Anevrizma ve bu olgulara bağlı ölümlerin başlıca sebebi olan Ateroskleroz, yaş, cinsiyet, serum lipid düzeyi, beslenme bozukluğu, hipertansiyon, ailesel yatkınlık, sigara ve alkol tüketme gibi çevresel ve genetik faktörlere bağlı multifaktöriyel bir hastalıktır. Tip 2 Diabet erişkin dönemde insülin intoleransı yada yetersiz insülin sekresyonuna bağlı hiperglisemi şeklinde görülen metabolik bir hastalıktır. Tip 2 Diabet ilerleyen dönemde hiperglisemiye bağlı, kalp-damar hastalığı, nefropati, nöropati, retinopati ve geciken yara iyileşmesi olgularına sebep olmaktadır. Her iki olgunun toplumda görülme sıklıkları giderek artmakla beraber gelişimlerinde rol oynayan moleküler mekanizmalar tam olarak bilinmemektedir. Son dönemde yapılan çalışmalar doğrudan oksidatif stres yada oksidatif stres derivatiflerinin dolaylı olarak yol açtığı DNA hasarlarının Tip 2 Diabet ve Ateroskleroz gelişiminde rol oynayabileceğini göstermektedir. Bu bilgiler ışığında çalışmamızda, Tip 2 Diabet ve Ateroskleroza bağlı Koroner Arter Hastalarında, DNA Tamir mekanizmalarından Nukleotid Eksizyon Tamir yolağında bulunan XPD helikaz enzimini kodlayan ERCC2 geni ve DNA sentezinde kullanılmak üzere Ribonukleotidlerden Deoksiribonukleotid sentezinde görev alan Ribonukleotid Reduktaz enziminin alt birimlerini kodlayan RRM1 ve RRM2 gen varyasyonları incelenmiştir. Çalışma sonucunda Hasta ve Kontrol grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık görülmemiştir. Anahtar Kelimeler: Ateroskleroz, Koroner Arter Hastalığı, Tip 2 Diabet, DNA Hasarı, DNA Tamiri, Nukleotid Ekzisyon Tamiri, RRM1, RRM2, ERCC2, Polimorfizm.
PARP ve PLK1 ikili inhibisyonunun MCF-7 ve MDA-MB-231 meme kanserli hücre hatlarına karşı etkilerinin araştırılması
Moleküler biyolojinin gelişmesiyle birlikte araştırmacılar, DNA hasarı onarım yollarını hedef alan ilaçların geliştirilmesinin kanseri tedavi etmenin etkili yollarından biri olduğunu belirlemişlerdir. Çünkü bu tür hedef ilaçlar sadece anti-kanser etkinliği göstermekle kalmaz, aynı zamanda kanser hücrelerinin geleneksel kemoterapötik ilaçlara, özellikle de DNA'ya zarar vererek kanser hücrelerini öldüren ilaçlara duyarlılığını arttırmaktadır. Küçük moleküller, ilaç direncinin üstesinden gelmek ve kanser hastalarının prognozunu ve hayatta kalma oranını iyileştirmek için anti-kanser ajanları olarak görev yapmakta ve böylece kanserler için potansiyel yeni tedaviler sunmaktadır. Geleneksel kemoterapi ilaçlarıyla karşılaştırıldığında etkinlik ve güvenlik açısından avantajları nedeniyle, hedefe yönelik terapötik ilaçlar ana kanser tedavileri haline gelmiştir. Tez çalışmamız PARP inhibitörü olaparib ve PLK1 inhibitörü BI-2536 ilaçlarının MCF-7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücre hatlarındaki tedavi yanıtlarının daha iyi anlaşılmasını sağlayan hücresel bileşenlerin tespit edilmesine ve takip eden çalışmalarda moleküler mekanizmalarının anlaşılmasına dayanmaktadır. Bu amaçla gerçekleştirdiğimiz çalışmalarda MCF-7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücre hatları kullanarak PLK1 aktivitesinin meme kanseri hücrelerinin canlılığı, MCF-7, U2OS ve MDA-MB-231 meme kanseri hücrelerinde olaparib ve BI-2536 kombinasyon tedavisinin koloni sağ-kalımı ve kanser hücre migrasyonuna olan muhtemel etkileri araştırılmıştır. MCF-7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücrelerinde olaparib ve BI-2536 moleküllerinin mono ve kombinasyon tedavileri DNA hasarı, hücre döngüsü ve apoptotik sinyal yolaklarındaki proteinlerin ekspresyon düzeylerine Western blotlama yöntemiyle bakılmıştır. RNA interferans teknolojisi kullanılarak eksprese edilen BRCA2 ifadesi engellenmiş ve Western blotlama analizi ile MCF-7 ve U2OS meme kanseri hücre hatlarında BRCA2 gen ekspresyonundaki manipülasyon tespit edilmiştir. BRCA2-efektif ve BRCA2-defektif MCF-7 hücrelerinde hücrelerin canlılığı ve koloni sağ-kalımı belirlenmiştir. Ayrıca olaparib ve BI-2536 bileşiklerin proteinler ile moleküler etkileşimleri moleküler docking analizleri ile tespit edilmiştir. Elde ettiğimiz sonuçlar; MCF-7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücrelerinde olaparib ve BI-2536 moleküllerinin kombinasyon tedavisinin meme kanseri hücrelerinin hücre canlılığını azalttığı ve koloni sağ-kalımlarını baskıladığını göstermektedir. MCF-7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücrelerinde olaparib ve BI-2536 kombine tedavinin ilgili bireysel tedavilere kıyasla daha fazla DNA hasarına neden olarak sinerjik sitotoksik etki gösterdiği tespit edilmiştir. Sonuç olarak, meme kanser hastalarında artan PLK1, p53, p21, γH2AX, Nrf-2, Cyclin E, A ve B1 ekspresyonu ile azalan HER-2, NF-κB ve Cyclin D1 ekspresyonu dikkate alındığında PLK1 inhibisyonunun PARP inhibitörlerinin anti-kanser kapasitesini arttırma potansiyeline sahip olabileceği saptanmıştır.