Klebsiella pneumoniae
57 theses under this subject heading
Karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem direncinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması
Amaç: Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenemaz varlığının fenotipik ve genotipik yöntemlerle test edilmesi, karbapenemaz enzim tiplerinin dağılımının tespit edilmesi ve test yöntemleri arasındaki korelasyonun belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Mart 2021-Mart 2022 tarihleri arasında Hitit Üniversitesi Çorum Erol Olçok Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden izole edilen ve karbapenem grubu antibiyotiklerden en az birine dirençli 100 K. pneumoniae suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Bakterilerin tanımlanması ve antibiyogramı VITEK 2 Compact (bioMérieux, Fransa) otomatize sistemi ile yapılmıştır. Karbapenemaz direncini belirlemek amacıyla fenotipik yöntem olarak kombinasyon disk testi kullanılmıştır. Genotipik yöntem olarak ise en sık rastlanan karbapenemaz direnç genleri olan blaKPC, blaNDM, blaVIM, blaIMP ve blaOXA-48'i hedefleyen iki farklı multipleks polimeraz zincir reaksiyonu uygulanmıştır. Bulgular: Kombinasyon disk testi ile tüm örneklerin karbapenemaz ürettiği saptanmış olup 87 (%87) izolatta OXA-48 benzeri, 13 (%13) izolatta MBL pozitifliği tespit edilmiştir. Polimeraz zincir reaksiyonu ile 91 izolatta pozitiflik saptanmış olup 76 (%76) izolat OXA-48, 13 (%13) izolat NDM, 2 (%2) izolat OXA-48 + NDM olarak sonuçlanmıştır. 9 (%9) örnekte araştırılan direnç genlerine rastlanmamıştır. Hiçbir izolatta KPC, VIM ve IMP gözlenmemiştir. İki test arasındaki uyum %89 olarak saptanmıştır. Kombinasyon disk testinin karbapenemaz varlığını saptama açısından duyarlılığı %100, pozitif prediktif değeri %91 olarak saptanmıştır. Kombinasyon disk testinin sadece OXA-48'e sahip izolatlar için duyarlılığı %100, özgüllüğü %54,1, pozitif prediktif değeri %87,3, negatif prediktif değeri %100 olarak saptanmıştır. Sadece NDM'ye sahip izolatlar için ise tüm değerler %100 olarak saptanmıştır. OXA-48 + NDM'ye sahip iki izolat kombinasyon disk testi ile OXA-48 benzeri olarak yorumlanmıştır. Sonuç: Türkiye'de OXA-48'in endemik olduğu düşünüldüğünde en sık saptanan karbapenemazın OXA-48 olması beklenen bir sonuç olmuştur. Kombinasyon disk testi ucuz maliyeti, uygulama kolaylığı, karbapenemaz direnç mekanizmalarını belirleyebilmesi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile büyük ölçüde uyumlu olması bakımından laboratuvarlarda karbapenemaz direnç genlerinin saptanması için kullanılabilir. Anahtar Kelimeler: K. pneumoniae, Kombinasyon disk testi, Karbapenemaz, Karbapenem direnci, OXA-48
Kolistin ve karbapenem dirençli acinetobacter baumannii ve klebsiella pneumoniae suşlarında akım sitometri yöntemi ile kolistin ve meropenem kombinasyonunun in vitro etkinliğinin test edilmesi ve dama tahtası yöntemi ile karşılaştırılması
Günümüzde gram negatif bakterilerde karbapenem direncinin artması ile birlikte tedavilerde kolistin daha sık kullanılmaya başlanmıştır. Bunun bir sonucu olarak kolistine direnç giderek artmaktadır. Çalışmamızda, kolistin ve karbapenem dirençli Acinetobacter baumannii ve Klebsiella pneumoniae suşlarında akım sitometri tabanlı time kill ve dama tahtası sinerji testi yöntemleri ile kolistin ve meropenem kombinasyonunun in vitro etkinliğinin araştırılması amaçlandı. Kolistin ve karbapenem dirençli 10 adet A. baumannii ve 10 adet K. pneumoniae suşunda kolistin direnci broth mikrodilüsyon yöntemi ile doğrulandıktan sonra, kolistin ve meropenem kombinasyonu akım sitometri tabanlı time kill ve dama tahtası yöntemleri ile çalışıldı. Ek olarak suşlar, gradient difüzyon sinerji testi yöntemi ile de çalışıldı. Sonuçlar, dama tahtası ve GDY için fraksiyonel inhibitör konsantrasyonu, time kill için logaritma tabanında artış-azalış ile hesaplanarak değerlendirildi. Klebsiella pneumoniae suşlarında dama tahtası yöntemi ile %40 sinerjik, %50 aditif ve %10 indiferan etkinlik saptandı. A. baumannii suşlarında ise %70 sinerjik, %20 aditif, %10 indiferan etkinlik saptandı. Time kill yönteminde ise tüm suşlarda indiferan etkinlik saptandı. Akım sitometri tabanlı time kill ve dama tahtası yöntemleri arasında %10 uyum saptanırken, time kill ile GDY arasında %55 uyum saptandı. Literatürde akım sitometri tabanlı bir sinerji testi ile hasta izolatları kullanılarak antibiyotik kombinasyonu etkileşiminin incelendiği bir çalışmaya rastlamadık. Geleneksel yöntemi modernize etmesi, hızlı sonuç vermesi gibi yönleriyle çalışmamız dikkat çekicidir. Ancak sinerji testlerinin doğasında bulunan testler arası uyumsuzluk nedeniyle yeni çalışmalar ile testler arasındaki korelasyon iyileştirilmelidir.
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen hipervirülan ve klasik klebsiella pneumoniae izolatlarında virülans genleri ve karbapenem direnç genlerinin araştırılması
Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Hipervirülan ve Klasik Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Virülans Genleri ve Karbapenem Direnç Genlerinin Araştırılması Klebsiella pneumoniae hastane kökenli ve toplum kökenli enfeksiyonlara sebep olabilen ve antibiyotiklere karşı kazandığı dirençle bilinen küresel bir patojendir. Hipervirülan K. pneumoniae (hvKp) diye tanımlanan ve klasik K. pneumoniae (cKp) izolatlarından daha öldürücü olan patotip, sağlıklı genç erişkinlerde karaciğer apsesi, endoftalmi, pnömoni gibi birçok toplum kökenli enfeksiyonlara sebep olmaktadır. HvKp‟yi tanımlamak için klinik ya da mikrobiyolojik net kriterler bulunmamaktadır. Hipermukoviskoziteyi gösteren string testi, kültür plaklarında üreyen kolonilerin öze yardımıyla yukarı doğru çekilmesi ve uzama miktarının ölçülmesiyle yapılır ve hvKp‟yi tanımlamak için en sık kullanılan mikrobiyolojik testtir. Çalışmamızda farklı klinik örneklerden üretilen 100 K. pneumoniae izolatı string testine göre hvKp ve cKp olarak gruplandırılmıştır. Tüm izolatlarda 6 virülans geni (fimH-1, rmpA, magA, aerobaktin, K1, K2) ve karbapenem dirençli izolatlarda 5 karbapenem direnç geni (OXA-48, KPC, IMP, VIM, NDM-1) varlığı araştırılmıştır. İzolatların %45‟i hvKp, %55‟i cKp olarak tanımlanmıştır. İzolatların %94‟ünde fimH-1 geni, %37‟sinde aerobaktin geni, %34‟ünde magA ve K1 geni, %5‟inde rmpA geni, %3‟ünde K2 geni bulunmuştur. HvKp izolatlarının %68,9‟unda, cKp izolatlarının %10,9‟unda aerobaktin geni pozitif saptanmıştır ve hvKp izolatlarında cKp izolatlarına oranla yüksek aerobaktin geni varlığı istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). MagA geni ve K1 serotipi hvKp izolatlarının %28,9‟unda, cKp izolatlarının %38,2‟sinde bulunmuştur. CKp izolatlarında magA geni oranı yüksek görülse de bu fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. (p>0,05). FimH-1 geni hvKp izolatlarının %93,3‟ünde, cKp izolatlarının %94,5‟inde pozitif bulunmuştur. Negatif gen sayısı az olduğu için iki grup arasındaki fark istatistiksel olarak değerlendirilememiştir. RmpA geni hvKp izolatlarının %8,9‟unda, cKp izolatlarının %1,8‟inde pozitif saptanmıştır. K2 geni hvKp izolatlarının %4,4‟ünde, cKp izolatlarının %1,8‟inde pozitif saptanmıştır. Bu genler için hvKp ve cKp grupları 13 arasındaki fark, sayılar az olduğu için istatistiksel olarak değerlendirilememiştir. HvKp ve cKp izolatları arasında antibiyotik duyarlılıkları açısından istatistiksel olarak anlamlı fark olmamasına rağmen seftriakson, sefuroksim, seftazidim, amikasin, sefoksitin, ertapenem, sefuroksim aksetil ve imipenem hvKp izolatlarında daha etkili bulunmuştur. Siprofloksasin ve trimetoprim sülfametoksazol ise hvKp izolatlarında cKp izolatlarına göre daha etkili saptanmıştır ve fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). CKp grubunda gentamisin, amoksisilin, piperasilin-tazobaktam istatistiksel olarak anlamlı olmasa da hvKp grubundan daha etkili bulunmuştur (p>0,05). Karbapenem dirençli izolatların %65,7‟si cKp, %34,3‟ü hvKp olarak saptanmıştır. İstatistiksel olarak anlamlı olmasa da hvKp izolatları karbapenemlere daha duyarlı bulunmuştur. Karbapenem dirençli izolatlarda en sık rastlanan gen OXA-48 olmuştur. KPC geni 5 izolatta tespit edilirken IMP, VIM ve NDM-1 izolatların hiçbirisinde saptanmamıştır. OXA-48 pozitif örneklerin %69‟u cKp, %31‟i hvKp izolatlarına ait bulunmuştur. KPC pozitif izolatların tümünün hvKp grubundan olduğu saptanmıştır. String testinin ve virülans faktörlerinin hipervirülansı göstermek için tek başına yeterli olmayacağı, hipervirülansı göstermek için hipervirülan enfeksiyonların klinik özelliklerini taşıyan olgularda birden fazla virülans faktörü kombinasyonunun gösterilmesi gerektiği kanısına varılmıştır.
Yanık enfeksiyonlu olan hastalardan izole edilen klebsiella pneumoniae'nin fenotipik ve genotipik karakterizasyonu
Yanık enfeksiyonu, gram negatif ve gram pozitif bakterilerin neden olduğu en önemli bakteriyel iltihaplardan olup ve K. pneumoniae, bu tür enfeksiyonlara neden olan en patojen etkenlerden biridir. Bu çalışmanın amacı Irak'ın Al-Najaf Şehrindeki hastalarında yanık enfeksiyonuna neden olan K. pneumoniae'nin fenotipik ve genotipik tespitini araştırmaktır. 1/5/2020 ile 1/12/2020 arasındaki dönemde Irak AL-Necef Valiliği'ndeki Orta Fırat Yanık Merkezi hastalarından toplam 175 yanık sürüntü çubuğu toplandı. Toplam 175 yanık sürüntü çubuğundan 103'ünde bakteri izolatı saptanmıştır. Sonuçta, toplam 103 bakteri izolatından 31'inde (%30) Pseudomonas spp, ve 23 izolatın (%22,3) K. pneumonia olduğunu göstermektedir. Ardından 22 izolat (% 21,4) ile Staphylococcus spp ve 11 izolat (% 10,6) E.coli olduğunu gösterilmiştir. 8 izolat (%7,8) Acinetobacter spp. ve 5 izolat (%4,9) Enterobacter spp bulunurken, en düşük prevalans Proteus spp. 3 izolatla (%3) saptanmıştır. Antimikrobiyal duyarlılık testine göre sonuçlar K. pneumoniae'nin Amoksisilin ve Ceftriaxone'a karşı tam dirençli (%100) ve Amoksisilin + Klavulanik aside (%91,3) yüksek dirençli olduğunu göstermiştir. K. pneumoniae ise sırasıyla Cefotaxime, Ceftazidime, Tetracycline, Tobramycin ve Ciprofloxacin'e yüzde (%73,9), (%43,4), (%69,5), (%60,9) ve (%47,8) direnç gösterirken, Levofloksasin (%17,1), Gentamisin (%13) ve Amikasin'e (%4,3) karşı düşük direnç gösterilmektedir. Imipenem, 23 izolatın tümünün üremesini inhibe eden tek antibiyotiktir. Diğer yandan, Sonuçlar toplam 23 izolattan 20 izolatın (%87) çoklu ilaç direnci ve 3 izolatın (%13) yaygın ilaç direnci olduğunu kanıtlamaktadır. Pan ilaç direnci herhangi bir izolatta görülmemiştir. Çift disk sinerji testine göre genişletilmiş spektrumlu beta laktamazın fenotipik tespiti, ESBL üretebilen 14 izolat (%61) olduğunu göstermektedir. Sekiz antibiyotik direnç geninin saptanması için polimeraz zincir reaksiyonu ile bakılan genotipik metoda göre, 13 izolatın (%56,5) tem geni taşıdığını ve 18 izolatın (%78,2) shv geni için pozitif olduğunu saptanmıştır. Sonuçlar sadece 8 izolatın (%34,7) ctxm geni barındırdığını gösterirken, üç izolatın (%13) oxa geni için pozitif ve 10 izolatın (%43,7) ampc geni için pozitif olduğu görünmekteydi. Veb geni izolatların hiçbirinde bulunmadı. Diğer yandan, sonuçlarda sadece bir izolat (%4,3) aacc1 barındırırken, aacc2 geni ise hiçbir izolatta saptanmadı. Sonuçlar: K. pneumoniae, yanık enfeksiyonuna neden olan ve antibiyotiklere yüksek direnç yeteneği olan ikinci en sık nedendir. Genişletilmiş spektrumlu beta laktamaz K. pneumoniae, yanık enfeksiyonunda oldukça yaygın olup, birçok beta laktamaz genini barındırıyordu. 2022, 97 sayfa ANAHTAR KELİMELER: Fenotipik, Genotipik, K. Pneumoniae, Antibiyotik, Irak, Türkiye, ESBL
Kadınlarda üriner sistem enfeksiyonlarından üropatojenleri oluşturan biyofilmin izolasyonu, tanımlanması ve moleküler karakterizasyonu
Çalışma, kadınlarda en yaygın biyofilm oluşturan üropatojenleri izole etmek ve tanımlamak için yapılmıştır. Bu çalışma ırak – kerkük ilinde kadın doğum ve çocuk hastanesinde Ekim 2020 ve Mart 2021 tarihleri arasında farklı yaş gruplardaki ve farklı bölgelerdeki kadınlardan alınan 124 idrar örenği alınarak gerçekleştirilmiştir. İzole edilen bakterilerde biyofilm oluşumu araştırılmıştır. En çok biyofilm üropatojen pervalansı olarak Escherichia coli ve Klebsiella pneumonia de gözlemlendi. Biyofilm oluşturan üropatojen izolatların antibiyotiklere karşı dirençlerini tanımlamak için antibiyotik duyarlılık testi yapılmıştır. İzole edilmiş E. coli ve K. pneumonia suşu, yüksek bir biyofilm aktivitesi gösterdiğinden, ilk önce üropatojenlerin karakterizasyonunu doğrulamak ve daha sonra biyofilm oluşumundan sorumlu genleri saptamak için moleküler analize tabi tutulmuşlardır. İki izole suş, 16SrRNA gen dizisinin (1500 bp) ürün boyutunda iki amplikon göstermiştir. Buna göre, iki suş, NCBI'de E. coli izolatı için MZ647704 ve K. pneumoniae izolatı için MZ647716 erişim numarası altında tescil edilmiştir. Ayrıca iki genin (fimH ve mrkD) analiz edilmesi önerilmiş ve genlerin DNA amplifikasyonu yoluyla gen saptama işlemi gerçekleştirilmiştir. Biyofilm Tedavilerinde Bakteriyofajlarla ilgili yeni çalışmalar ve ileri teknikler yapılmalıdır.
Immunological and microbiological study of urinary tract infection patients
Urinary tract infection (UTI( is one of the widest bacterial infections in humans. The prediction of Urinary tract infection (UTI) and finding specific pathogens requires the identification of biomarkers that are more precise because their list has been extended. This study aims to identify common bacterial causative agents of urinary tract infection (UTI) and assess some biomarkers and clarify the relationship between bacterial pathogens and concentrations of these biomarkers. subjects in this research were (100) adult patients suffering from Urinary tract infection (UTI), In addition to (20) apparently healthy 10.33as a control group Midstream urine and blood samples were collected from patients and the control group. All included markers (Il-6, IL-8, and CRP) were notably higher in patients than in controls. The mean of IL-6 and IL-8 levels in patients was 413.7 ± 467 pg/mL and 160.2 ± 251.4 pg/m respectively compared with 23.11 ± 10 pg/mL and 11.1 ± 5.6 pg/mL respectively in the control group. Similarly, the mean levels of CRP in patients was 27.5 ± 12.7 mg/L which is extreme elvaed than of controls 10.7 ± 3.9 mg/L. with highly signifcant difference. The study showed no effect of sex on the high level of (IL-6 and IL-8) between males and females, as the study did not show a significant effect and that the immune response depends on the pathogen and the strength of the body's immune response against the same pathogen. The urinary tract infection (UTI) is one of the most wide spread location of bacterial infection in humans. The prediction of Urinary tract infection (UTI) and finding specific pathogens rquires the identification of a biomarkers which is more precise because their list have been extended. This study aims to identify common bacterial causative agents of urinary tract infection (UTI), to assess some biomarkers and to clarify the reltionship between bacterial pathogens and concentrations of the biomarkers. Bacterial Profile in Patients Escherichia coli isolated from 34% of patients. Streptococcus fecalis was isolated from 23% of patients, Klebsiella pneumonia isolated from 14% of patients, Staphylococcus saprophyticus isolated from 12% of patients followed by proteus mirabilis 5%. staphylococcus aureus 7%. Pseudomonas aeruginosa was isolated from 5 % of patients. Keywords: Urinary tract infection, Microorganism, Immunity response
Irak, Tikrit şehrindeki idrar yolu enfeksiyon hastalarından izole edilen Kklebsiella pneumoniae virülans genlerinin tespiti
Klebsiella pneumoniae antibiyotiklere dirençli ve doğada her yerde bulunabilen, ciddi enfeksiyonlara neden olan Gram negatif bir bakteridir. İdrar yolu enfeksiyonu en sık görülen bakteriyel enfeksiyon türüdür ve tedavi edilmezse insanlarda ciddi kayıplara neden olabilir. Çalışma, Salah al-Din Devlet Hastanesi denetçilerinden idrar yolu enfeksiyonu olan kadın ve erkeklerden 104 idrar örneğinin toplanmasını içermektedir. Tikrit şehrinde 15.12.2021 tarihinden 15.04.2022 tarihine kadar konsültasyon laboratuvarından idrar örnekleri toplandı ve Tikrit kentindeki bakteriyoloji laboratuvarına aktarıldı. Daha sonra idrar yolu enfeksiyonlarının etiyolojik nedenlerini araştırmak, teşhis etmek ve antibiyotiklere duyarlılıklarını test etmek için inceleme yapıldı. Bakteri kültürü sonuçları 78 idrar örneğinin %75 oranında pozitif üreme sağladığını ve Klebsiella pneumonia bakterisi örneklerinin %55'inde negatif üreme olduğu tespit edildi. İzole edilen bakteriler mikroskobik, kültür ve biyokimyasal yöntemlerle teşhis edildi ve tanı doğrulandı. Vitek kompakt 2 sistemi incelenerek, sonuçlar kadınların erkeklerden daha fazla etkilendiğini gösterdi. Bazılarının çoklu antibiyotik direncine sahip olduğu, bakteri izolatları arasındaki direnç paterninde farklılıklar olan (10) farklı antibiyotik için disk difüzyon yöntemi kullanılarak bir antibiyotik duyarlılık testi yapılmıştır. İzolat bakterilerinin tüm izolatlar gibi en etkili inhibitör yönü bunlara %100 duyarlı iken, sonuçlar çalışmada kullanılan diğer antibiyotiklerin izole edilen bakterilere, yani Tetrasiklin, Cephalexin ve Azitromisin'e karşı orta düzeyde ve %70 oranında duyarlı olduğunu göstermiştir. Sonuçlarla antibiyotik Rifampin'in %20 ile çoğu bakteri izolatına karşı en düşük duyarlılığı gösterdiğine ulaşırken ve çalışmamızın sonuçları, çalışmada kullanılan Amoxicillin, Erythromycin ve Vancomycin antibiyotiklerinin tamamının %100 oranında buna dirençli izolatlar olduğunu gösterdi. Moleküler olarak PCR amplifikasyon zincir reaksiyonu, rRNA S 16 genlerinin, rmpA genlerinin ve K2wzy genlerinin amplifikasyonu ve ayrıca multipleks zincir amplifikasyon reaksiyonu ve genlerin amplifikasyonu gibi virülans faktörleri genlerinin varlığını tespit etmek için spesifik primerler kullanılarak K Pnömoni izolatları teşhis edildi. Sonuçlar, tüm Klebsiella pneumonia izolatlarının, özel gen primerleri kullanıldığında 200 baz çifti, 500 baz çifti ve 650 baz çiftinden oluşan net bir bant verdiğini gösterdi. İncelenen numunelerin PCR ürünlerinin azotlu bazlarının dizilenmesinin sonuçları, çalışılan bakteri izolatlarında bakteri direncine neden olan virülans faktörlerinin genlerinin azotlu bazlarının dizisiyle (%80) kadar bir uyum gösterdi. Anahtar Kelimeler: Klebsiella pneumoniae, İYE, Bakteri
Immunological analysis of antibiotic resistance Klebsiella pneumoniae infected patients
In our group we have described how the absence of OmpA increases the sensitivity of K. pneumoniae against antimicrobial peptides. The data obtained in this work suggest that OmpA is involved in the activation of bacterial mechanisms, still to be determined, that alleviate cytotoxicity of the AMPs. More recently, we have described the contribution of OmpA in the attenuation of the immune response in host epithelial cells and its involvement in the survival of K. pneumoniae in the lung. Infections caused by this bacterium are asymptomatic and can colonize the intestinal tract, skin, nose and throat of healthy individuals. However, once a homeostatic imbalance occurs, K. pneumoniae can cause a wide variety of infections depending on the colonized site, leading to urinary tract infections, respiratory tract infections, bloodstream infections, liver abscess, meningitis, sepsis. Infection can be transmitted most often by direct or indirect contact between patients, individuals in the community, health professionals, contaminated objects, visitors, travelers. Transmission occurs mainly through hand contact. In the hospital, for example, there is a large flow of people circulating in this environment and consequently the occurrence of resistant bacteria is very high. The failure to wash hands by health professionals and visitors, for example, contributes to the spread of bacteria outside the hospital and the spread in different places.
Immunological analysis of Klebsiella pneumoniae infected patients
The expression of enterobactin is practically ubiquitous among the classical and HV strains of KP, which is why it is considered their primary iron absorption system. In the case of the other siderophores, their expression is less conserved. Genes involved in enterobactin biosynthesis are located on the KP chromosome, in the entABCDEF gene cluster. On the other hand, the fepABCDG gene group encodes the proteins that mediate the transport of enterobactin and its secretion to the extracellular medium. FepA specifically encodes the uptake receptor expressed on the cell surface, and responsible for the internalization of iron sequestered by enterobactin itself. Microorganisms are essential to life on Earth as we understand it today. On the one hand, microorganisms generate biomass from nutrients in the environment thanks to different metabolic processes. On the other hand, they are responsible for the recycling of nutrients and the degradation of organic matter, both essential functions for the proper functioning of the life cycle of an ecosystem. However, many species have adapted throughout evolution to a pathogenic way of life, causing serious consequences for human health, as will be seen throughout this introduction in the specific case of the species that is the protagonist of this thesis. , Klebsiella pneumoniae. Antibiotic resistance is increasing worldwide to dangerous levels. New resistance mechanisms are emerging and spreading across the planet, jeopardizing our ability to treat even common infectious diseases. A growing number of infections, including pneumonia, septicemia, urinary, wounds or even some food or sexually transmitted diseases, are increasingly difficult (and sometimes impossible) to treat, as antibiotics lose their effectiveness. If effective antibiotics are not available to prevent and treat infections, many common and minor infections will become life-threatening again, while seriously compromising other medical techniques/interventions that rely heavily on prophylactic antibiotic treatments, such as transplants, cancer therapy and surgeries. This situation highlights the need to understand the bacterial or host mechanisms (especially at the level of cell signaling) that favor the development of the infection in order to find new therapeutic targets and deal with the serious problem posed by multi-resistant infections.
Molecular determination of the ure a gene in Klebsiella pneumonia with hypermucoviscos resistant to multipleadents isolated from hospital patients
Hypermucoviscous Klebsiella pneumoniae is an emerging pathogen. In this study two hundred clinical samples were collected randomly from patients suffering from urinary tract infections. The collected samples were cultured on selective and differential media. The isolated bacteria were identified. Antibiotic susceptibility was detected by vitek system to detect the multidrug resistant bacterial isolates. String test was adopted to confirm the identification of hypermucoviscous type. Urease production by Hypermucoviscous Klebsiella pneumoniae was characterized phenotypically by Christensen medium. Ure A gene was detected using selective primers designated for this study. Polymerase chain reaction was adopted to detect the presence of urease coding gene. The resuls revealed that there were differences between the genetic and phenotypic methods to detect urease. PCR was more accurate as it detected the ure A gene in all the isolates (100%) while the phenotypic method results revealed that the positive urease occupied 70.5% of all the isolates.
Virulence factors and antibiotic resistance of Klebsiella pneumoniae isolated urinary tract infection (UTI) patients suffered from diabetes mellitus type two in Iraq
Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae) was found in 150 out of 220 urine samples when diagnosed by the Vitek 2 Compact system. The urinary infection rate was higher in females (56.7%) than males (43.3%). While there was a positive correlation between age and HbA1C, there was a negative correlation between HbA1C and urea. A negative correlation was found between creatinine and UTI period, resulting in significant differences (P<0.05). Through Vitek 2 compact used to know its antibiotic resistance, K. pneumoniae appeared a high resistance to Cefazolin (88%), Amoxicillin and Clavulanic Acid (86%), Cefuroxime (80%), Cefuroxime Axetil (70%), Ceftazidime (68%) and Piperacillin / Tazobactam (62%). The virulence genes detected by PCR were the clbA gene in 24 (16%) isolates and rmpA in 54 (36%) isolates. The sequencing results were observed for the rmpA gene in one isolate that had a compatibility of 99% with the reference strain Acc.No: CP035540.1 and regarded as one type of substitution (transversion). Other isolates had a compatibility of 100% with reference strain Acc.No: LR890726.1, and the sequencing results of the clbA gene in isolates had a compatibility of 100% with the reference strain Acc.No: LT603726.1.
Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae izolatlarında CTX-M tipi geniş spektrumlu ß-laktamaz genlerinin PCR, PCR-RFLP, dizi analizi yöntemleri ile identifikasyonu ve suşlar arasındaki klonal ilişkinin PFGE yöntemi ile belirlenmesi
CTX-M tipi GSBL üreten E.coli ve K.pneumoniae suşları tüm dünyada giderek artan prevalans oranları ile gerek toplum kökenli gerekse hastane kökenli enfeksiyonlarda tedavi başarısızlıklarının önemli bir sebebi haline gelmiştir. Alternatif tedavi seçeneklerinin başarısızlıkları ile çoklu ilaç dirençli hale gelen CTX-M tipi GSBL üreten suşların kontrolünde, en önemli alternatif klonal düzeyde etkin sürveyanstır.Ülkemizde CTX-M tipi Geniş Spektrumlu ß-laktamaz enzimi üreten E.coli ve K. pneumoniae türlerinin varlığı sınırlı sayıda çalışma ile gösterilmiştir. Ancak bölgemizde GSBL üreten suşların varlığı bilinmekle beraber CTX-M tipi beta laktamaz üreten suşlar ve görülen subtipler hakkında bilgi mevcut değildir.Bu çalışmada hastanemizin Merkez Laboratuarında, hastane ve toplum kökenli enfeksiyonlara ait klinik materyallerden izole edilen, G.S.B.L. üreten E.coli ve K. pneumoniae suşları arasında, moleküler epidemiyolojik yöntemlerle, CTX-M tipi beta laktamaz üreten suşların prevalansının, enzim tiplerinin ve bu suşlar arasındaki muhtemel klonal ilişkinin belirlenmesi amaçlandı.Çalışma sonunda; PCR yöntemi ile CTX-M tipi enzimleri, G.S.B.L. üreten E. coli izolatları arasında %87,31 (69/79), K. pneumoniae izolatları arasında da %88,88 (24/27) oranında belirlendi. Ayrıca Grup Spesifik PCR, PCR-RFLP ve Dizi Analizi çalışmalarıyla suşlarımızın % 94.6 (88/94)'sının CTX-M-1 grubu/CTX-M-15 alttipi enzim üreten suşlar olduğu, kalan 5 (%5.3) suşun da CTX-M-9 grubu/CTX-M-14 alt tipi enzim üreten suşlar oldukları belirlendi. İzolatlarımız arasındaki muhtemel klonal ilişkinin tespiti amacıyla kullandığımız PFGE yöntemi CTX-M tipi enzim üreten suşlar arasında klonal bir ilişkinin bulunmadığını gösterdi.
Klinik örneklerden izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında plazmid aracılı kinolon direnç geni QNR'nin araştırılması
K. pneumoniae bakterilere toplum ve hastane kökenli birçok enfeksiyonun etkeni olarak bilinmektedir. Özellikle son yıllarda ESBL üreten suşların artmasıyla K. pneumoniae?ya bağlı enfeksiyonların tedavisini güçleştirmiştir. 1962 yılından beri kullanımda olan kinolonlar hem Gram pozitif hem de Gram negatif bakterilere etkili ajanlardır. Kinolonlar, DNA giraz ve topoizomeraz IV enziminin inhibisyonu sonucu bakterisidal etki gösterir. Bakterilerdeki kinolon direnci, genellikle kromozomal genlerde meydana gelen mutasyonlar sonucunda ortaya çıkmaktadır. Ancak son yıllarda bu direnç mekanizmalarına ek olarak ortaya çıkan bir mekanizma da plazmid aracılı kinolon direncidir. Bu direnç genleri qnr olarak adlandırılmıştır. Son yıllarda artan plazmid aracılı kinolon direnç genleri enfeksiyonların tedavisinde güçlükler oluşturmaktadır. Qnr genleri tek başlarına kinolon direncine neden olmasa da kinolon duyarlılığında azalmaya ve minimum inhibitör konsantrasyonu değerlerinde artmaya neden olmaktadır. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen 90 ESBL pozitif ve levofloksasin dirençli K. pneumoniae suşunda qnrA, qnrB ve qnrS genlerinin varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya dahil edilen suşlarda qnr genleri Real-time PCR yöntemiyle araştırılmıştır. Çalışma sonunda 30 (%33,3) izolatta qnrB geni, 5 (%5,6) izolatta ise qnrS geni pozitif olarak bulunmuştur. Hiçbir suşta qnrA genine saptanmamıştır. Plazmid aracılığıyla aktarılabilen qnr genlerinin prevalansının yıllar geçtikçe artması klinik açısından önemli sonuçlar doğurabilecektir. Bu nedenle aktarılabilen kinolon direncinin izlenmesi ve yayılım oranlarının saptanması, alınacak önlemlerin belirlenmesi için önemlidir.
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Klebsiella pneumoniae türlerinin rep PCR yöntemi ile dna parmak izi analizi
Bu çalışmada Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama hastanesinde yatan hastaların çeşitli klinik örneklerinden izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarının Diversilab rep-PCR (Biomerieux, Fransa) yöntemi ile DNA parmak izi analizinin yapılması ve böylelikle suşlar arasındaki yakınlık ve epidemiyolojik özelliklerin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Rep-PCR ile yapılan klonal ilişki analizi sonucunda iki ana klon [A (7 izolat), B (5 izolat)], olmak üzere toplam 36 farklı klon tespit edilmiştir. 49 Klebsiella suşunun 7'sinin (%14) A klonunda; 5'inin (%10) B klonunda kümelendiği saptanmıştır. C, D ve E klonları ikişer suş şeklinde kümelenirken, örneklerin % 63'ü (n=31) tekli suştan oluşan kümeler şeklinde dağılım göstermiştir. A klonu pediatri ünitelerinden gönderilen örneklerden oluşmuş ve pediatri yoğun bakım ünitesi örneklerinin % 83'ü (5/6) A klonunda kümelenmiştir. B klonu erişkin hastalardan izole edilen suşlardan oluşmuştur; dahiliye yoğun bakım ünitesinden 3, genel cerrahi servisinden ve gastroenteroloji polikliniğinden birer suş B klonunda kümelenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmada hastanemize ait Klebsiella suşlarının epidemiyolojik dağılımı değerlendirilmiştir. Çalışmadaki suşların % 63'ünün klonal ilişki göstermemesi hastanemizde yaygın bir Klebsiella epidemisi olmadığını göstermektedir. Anahtar Kelimeler. Klebsiella, Genotiplendirme, rep-PCR
Solunum sistemi enfeksiyonlarına neden olan bakteriyel etkenler ve antibiyotik hassasiyetlerinin belirlenmesi
Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuvarına çeşitli kliniklerden gönderilen 1076 solunum yolu örneğinden izole edilen 388'in de anlamlı (≥10.000 cfu/ml) üreme gerçekleşen suşların identifikasyon ve direnç durumlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu suşların 331'i Trakeal aspirasyon (TA) ve 57'si Bronkoalveolar lavaj'dan (BAL) izole edilmiştir. Örnekler COS (Kanlı agar), MacConkey agar, PVX (çikolata agar) ve HAE2 (Haemophilus Chocolate agar 2) ekimi yapıldı ve bakterilerin identifikasyonu ve antibiyogramı Vitek 2 Otomatize Sistem de değerlendirildi. H.influenza suşlarının antibiyotik duyarlılıkları EUCAST kriterlerine uygun olarak disk difüzyon yönteminde değerlendirildi. Solunum sistemi enfeksiyonlarından en çok izole edilen bakteriler A.baumannii, P.aeruginosa, K.pneumoniae, H.influenzae şeklindeydi. TA'da en sık üreyen bakteriler A.baumannii (%34,47), P.aeruginosa (%16,62) ve K.pneumoniae (%9,97) şeklindedir. BAL da en sık üreyen bakteriler ise H.influenzae (%35,09), A.baumannii (%17,54) ve K.pneumoniae (%10,53) şeklindedir. H.influenzae'nın serotiplendirme sonucunda %70,58'i Tip b, %29,42'si ise tib b dışındaki diğer serotipler (a,c,d,e ve f) olarak saptanmıştır. H.influenzae izolatlarında en yüksek direnç Ampisilin de (%87,10) görülmüştür. H.influenzae suşlarının tamamı (%100) Siprofloksasin, Levofloksasin'e hassas olarak tespit edilmiştir. K.pneumonıae izolatlarının tamamı (%100) Ampisilin'e dirençli olarak tespit edilmiştir. Kolistin (%82,05) en etkili antibiyotik olarak saptanmıştır. P.aerugınosa izolatlarının tamamı (%100) Tetrasiklin, Tigesiklin ve Trimetoprim/Sulfametoksazol'e dirençli olarak tespit edilmiştir. Suşların tamamı (%100) Kolistine hassas olarak bulunmuştur. A.baumanii suşların tamamı (%100) Piperasilin, Piperasillin/Tazobaktam, Seftazidim, Sefepim, İmipenem ve Meropenem dirençli bulunmuştur. En yüksek hassasiyet Kolistinde (%100) görülmüştür. S.aureus izolatlarında tamamı (%100) Rifampisin'e dirençli olarak bulunmuştur. Suşların tamamı (%100) Linezolid, Trimetoprim/Sulfametoksazol, Fusidik Asit, Teikoplanin, Tigesiklin, Vankomisin'e hassas olarak saptanmıştır. S. pneumoniae da penisilin direnci ise %42,86 olarak tespit edilmiştir.
NDM-1 karbapenemaz üreten klinik Klebsiella pneumoniae izolatlarında antibiyotik direncinin ve virülans genlerin karakterizasyonu
Klebsiella pneumoniae, sağlık hizmeti ile ilişkili enfeksiyonlarda en önemli patojenlerden biridir. Karbapenemler genellikle Genişletilmiş spektrumlu β-laktamazlar (GSBL) üreten K. pneumoniae'lerin neden olduğu enfeksiyonları tedavi etmek için kullanılır. Ancak, yüksek ölüm oranlarıyla ilişkilendirilen karbapenem dirençli K. pneumoniae'nin (KDKp) prevalansı son yıllarda artmaktadır. Bu durum dünya çapında önemli bir halk sağlığı sorunu haline gelmiştir. Son zamanlarda, durumu daha da karmaşık hale getiren birkaç hipervirülant ve karbapenemaz üreten izolatlar rapor edilmiştir. Direnç ve virülans mekanizmalarını daha iyi anlamak ve dolayısıyla çoklu ilaca dirençli K. pneumoniae'nin neden olduğu enfeksiyonlara yönelik etkili tedavi stratejileri geliştirmek için daha kapsamlı genomik ve fenotipik verilere ihtiyaç vardır. Gerçekleştirdiğimiz bu tez çalışmasında; çeşitli klinik örneklerden izole edilen ve Vitek-2 otomatize sistem ile tanımlanan 108 KDKp izolatı Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı stoklarından temin edildi. Karbapenem dirençli 108 izolatın 53'ünün blaNDM-1 direnç genine sahip olduğu belirlendi ve bu izolatlar çalışmaya dahil edildi. KDKp izolatlarının GSBL (blaTEM, blaSHV, blaCTX-M1, blaCTX-M2, blaOXA-1, blaPER-1, blaGES, blaVEB), karbapenemaz (blaVIM, blaIMP, blaNDM-1, blaKPC, blaOXA-48), plazmit aracılı florokinolon direnç genleri (qnrA, qnrB, qnrS, aac(6')-ıb-cr) ve Sınıf-1 integron içeriği spesifik primerler kullanılarak PZR yardımı ile belirlendi. KDKp izolatlarının hipermukoviskoz özellikleri string testi ile, virülans gen taşıyıcılığı (rmpA, magA, wcaG, uge, wabG, ycfM, fimH, mrkD, kpn, allS, ureA, entB, fepA, iroD, iroN, ybtA, fyuA, iutA, kfuBC, cnf-1) multipleks ve simpleks PZR yardımı ile belirlendi. pLVPK-türevi lokuslarının (iutA, rmpA, iroN) varlığını hipervirülant izolatların belirlenmesinde kullanıldı. KDKp izolatlarının K-antijen tiplendirmesi wzi gen sekansları kullanılarak tespit edildi. İzolatlar arasındaki genetik akrabalık rep-PZR ile belirlenirken, epidemiyolojik olarak klonal benzerlikleri MLST analizi ile belirlendi. Gerçekleştirilen bu tez çalışması sonucunda KDKp izolatlarının tümünün blaCTX-M1 ve aac-6'-Ib-cr genlerini taşıdğı tespit edildi. Bunu sırasıyla % 92.45 ile blaTEM, % 90.56 ile qnrS, % 88.67 ile blaSHV ve blaOXA-1, % 71.69 ile blaOXA-48, % 20 ile blaCTX-M2, % 9.43 ile qnrB ve % 4 ile blaVEB takip etmektedir. Gerçekleştirilen çalışmada hiçbir izolatda qnrA, blaPER-1, blaGES, blaVIM, blaIMP, ve blaKPC genleri tespit edilemedi. Sınıf-1 integron içerikleri incelendiğinde izolatların % 77.35'i In27 (dfrA12–orfF–aadA2) olarak sınıflandırıldı. KDKp izolatlarının % 63.37'si pLVPK-türevi lokusları (iutA, rmpA, iroN) beraber içerdiğinden hipervirülant olarak değerlendirildi. Gerçekleştirilen string test sonucunda izolatların % 9.43'ünün hipermukoviskoz fenotipe sahip olduğu tespit edildi. Aynı zamanda KDKp izolatlarında en yaygın K-antijen tipi % 84.90 oranı ile wzi64 olarak tespit edildi. MLST analizleri sonucunda KDKp izolatları arasında en yaygın ST tipi 53 izolatın 38'inde (% 71.69) belirlenen ST2096 tipidir. Bu çalışma, K. pneumoniae izolatlarında karbapenem direncinin, virülans faktörlerinin, K-antijen tipinin ve epidemiyolojik olarak izolatların klonal benzerliklerinin bir arada araştırıldığı detaylı bir çalışmadır. Gerçekleştirilen bu tez çalışması hem karbapenem dirençli enfeksiyonların yayılmasını önlemek hem de etkili tedaviler geliştirmeyi planlamak açısından önemlidir.
Geniş spektrumlu beta - laktamaz üreten klebsıella pneumonıae izolatlarının rep - PCR genomik parmak izi tekniği kullanılarak moleküler tiplendirilmesi
Enterobakteriyel "tekrarlayan intergenik konsensüs (ERIC) dizi analizi, bakteri türlerinin epidemiyolojik analizi için güçlü bir araçtır. Çoklu ilaç direnci, önemli insan patojenlerinde bu antimikrobiyallere karşı içsel ve/veya kazanılmış direncin önemli belirleyicileridir. Bu çalışma, ERIC-PCR yaklaşımı kullanılarak Irak'ın batısındaki Ramadi hastanelerinden elde edilen K. pneumoniae suşlarının antimikrobiyal duyarlılığını ve genetik ilişkisini belirlemek için tasarlanmıştır. Bu çalışma ile ilk kez Irak/Anbar'da β-laktama dirençli Klebsiella pneumoniae izolatları arasında K. pneumoniae suşlarının genetik ilişkisi bildirilmektedir. 51 tane β-laktam – sefalosporin K. pneumoniae suşu Anbar Eğitim Hastanelerinin yanık, yara, kan, idrar ve balgam gibi farklı klinik kaynaklarından toplandı. Tüm izolatlar konvansiyonel yöntem ve Vitek-2 sistemi ile tanımlandı. Farklı antibiyotiklere duyarlılık testi AST-kart ile Vitek-2 sistemi ve Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılarak yapıldı. Klebsiella pneumoniae'nın en yüksek izolasyon oranı sırasıyla idrarda %62.745, balgamda %29.411 iken yara, kan, ve yanık kaynaklarında %5.88, %1.96 ve 5/75 olarak belirlendi. Farklı izolasyon kaynaklarından sırasıyla Klebsiella pneumoniae'nin suşları izole edilmiştir. En yüksek izolasyon oranı idrardan %62.745 olmuştur. Balgam %29.411, yara, kan, yanık oranı sırasıyla %5.88, %1.96 ve 5/75 idi. Yapılan bu çalışmada K. pneumoniae. suşlarının, direnç yüzdesinin sırasıyla Augmentin %96, Sefotaksim %92, Seftriakson=Seftazidim %88, Amikasin %48, Levofloksasin %42 ve Meropenem %26 olduğunu gösterdi. Yine bu çalışmada Çoklu İlaç Dirençli (MDR), Yaygın İlaç Dirençli (XDR) ve Pan İlaç Dirençli (PDR) yüzdesi sırasıyla 44 (%88), 4 (%8), 2 (%4) olarak belirlendi. Geniş Spektrumlu β-laktamaz enzimlerinin fenotipik tespiti, Modifiye Hodge Testi, mCIM, eCIM ile gerçekleştirildi. Tüm izolatların sefalosporin gen üreticisi olduğu mCIM ve SBL ile pozitif (%100) ve modifiye Hodg testi (MHT) ile %4'ü için pozitif sonuç verdi. On izolatın %100 oranında ESBLS ürettiği tespit edildi. İzolatların ESBlS değerlerine yönelik enzimatik aktivite değerleri (0.11-0.7) arasında değişmektedir. ERIC-PCR sonuçları ve veri analizi 23 farklı ERIC tipi olduğunu gösterdi. Bu çalışmanın bulguları, incelenen hastanelerde multidirençli K. pneumoniae prevalansında bir artış olduğunu göstermektedir. ERIC PCR sonuçları, Anbar Hastanelerinde K. pneumoniae izolatlarının poliklonal olduğunu göstermiş olup K. pneumoniae suşları arasında yüksek düzeyde genetik çeşitlilik ortaya koydu. Bazı izolatlar benzer ERIC profiline sahip olup iki tanesi idrardan (13, 14), iki tanesi balgamdan (11 ve 12) ve yine iki tanesi idrardan (1,3) olan izolatlar genetik olarak homojen profil gösterdi.
Klinik klebsiella pneumoniae izolatlarında virülans genlerin belirlenmesi
Klebsiella pneumoniae, memelilerin mukozal yüzeylerinde ve çevrede yaygın olarak (toprak, su vb.) bulunan Gram negatif kapsüllü bir bakteridir. İnsanlarda, bu bakteri gastrointestinal sistemde ve daha seyrek olarak nazofarenkste kolonize olur ve buradan dolaşıma girerek diğer dokuları enfekte edebilir. Patojenik K. pneumoniae suşları, idrar yolu, solunum yolu ve kan enfeksiyonları dahil olmak üzere çok çeşitli bulaşıcı hastalıklara neden olma potansiyeline sahiptir. Bu bakteri aynı zamanda patojenitesine katkıda bulunan farklı virülans faktörlerine sahiptir. Konakçı savunmalarının üstesinden gelmelerini sağlayan kapsüller, fimbrialar, lipopolisakkaritler (LPS) ve sideroforlar bu virülans faktörlerinden en önemlileridir. Çalışmamızda klinik örneklerden izole edilen ve Vitek-2 otomatize sistem ile K. pneumoniae olarak tanımlanan 24 adet izolat Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarı stoklarından alınmıştır. İzolatların total DNA'ları kaynatma yöntemi ile izole edilmiştir. İzolatların kapsül oluşumu ile ilgili rmpA, magA ve wcaG genleri, LPS ile ilgili uge ve wabG genleri, tip-I ve Tip-II fimbria ile ilişkili fimH ve mrkD genleri, nitrojen mekanizması ile ilgili ureA ve allS genleri ve siderofor üretimi ile ilgili iutA, iroD, ybtA ve entB genlerinin varlığı ve kapsül serotipleri spesifik primerler kullanılarak PZR yardımı ile araştırılmıştır. Bunun yanı sıra izolatların hipermukoviskozite (hmv) özelliği string test ile fenotipik olarak belirlendi. Gerçekleştirilen çalışmalar sonucunda sadece Kp12 izolatının hmv özelliğine sahip olduğu tespit edildi. Gerçekleştirilen PZR çalışmaları sonucunda izolatların tamamında wabG ve uge genlerini, % 96 (23/24)'sında entB geni, %87,5 (21/24)'inde mrkD ve ureA genleri, %62,5 (15/24)'inde ybtA geni, %8 (2/24)'inde allS geni ve %4 (1/24)'ünde rmpA geni tespit edilmiştir. Buna karşın hiçbir izolatta wcaG, magA, iutA, iroD ve fimH genleri ve kapsül tespit edilememiştir. Enfeksiyon etkeni K.pneumoniae izolatlarında kapsül, LPS yapı, adezinler, sideroforlar ve hispermuskovizkozite özelliği bu izolatların patojenitelerinin temelini oluşturmaktadır. K.pneumoniae'ya bağlı enfeksiyonların kontrolünde antibiyotik direncinin yanı sıra bu virülans faktörlerinin sürekli takibi bu bakteri tarafından neden olunan enfeksiyonların önlenmesi, teşhisi ve tedavisinde yeni stratejiler geliştirmeye yardımcı olabilir.
Molecular detection of FIM H, MRKD, and WCAG genes responsible for biofilm formation in klebsiella pneumoniae isolated from different sites of infection
Background: Klebsiella pneumoniae leads to hospital and community-acquired illnesses with substantial morbidity and death. K. pneumonia's biofilm production is connected to virulence genes. Resistance is enhanced by biofilm development. This research investigated sodium hypochlorite as well as carnation extract against K. pneumoniae biofilm. Materials and methods: About 100 Klebsiella pneumoniae isolates were obtained from various clinical specimens taken from hospitals in the Medical City of Baghdad, Iraq, between June 2021 and January 2022. This bacterium was isolated by used traditionally laboratory methods and identification by used VITEK-2 automated system, biofilm-related genes (fimH, wcaG and mrkD) were detection by conventional-PCR as well as biofilm evaluation by three different methods (Tryptic Soy Broth TSB, Congo Red Agar CRA and Brain Heart Infusion Broth BHIB). Additionally, the impact of anti-biofilm materials (sodium hypochlorite and carnation) on biofilm was measured. Results: In this investigation, K. pneumoniae isolates obtained from sputum, burns, urine, and blood formed biofilms. Pus, ear fluid, and fluid isolates were less likely to form biofilms. When compared to the use of Congo red agar and the brain-heart infusion broth techniques, tryptic soy broth is readily quantified and may be a reliable way to identify biofilm growth. The high frequency of the mrkD and fimH genes in isolates was also a strong correlation among the capacity to produce biofilm along with the presence of mrkD and fimH genes. In addition, sodium hypochlorite and carnation, in particular Syzygium aromatics, revealed a strong inhibitory influence on the biofilm establishment in K. pneumoniae isolates. Conclusion: mrkD and fimH genes in K. pneumoniae are associated with biofilm formation, making them interesting appropriate treatment options. The tryptic soy broth technique is a more efficient and dependable way to identify biofilm-forming bacteria in laboratories. Sodium hypochlorite and carnation, in particular Syzygium aromatics, inhibited and removed K. pneumoniae biofilm, and the impact increased with a level in the both bactericidal and bacteriostatic spectrum.
Klebsiella pneumoniae izolatlarının antibiyotik duyarlılık profillerinin kapsül genotipleriyle ilişkisinin araştırılması
Klebsiella pneumoniae'nin enfeksiyon etkeni olarak sık görülmesinde en önemli sebeplerden biri bakteriyi fagositozdan ve serum bakterisidal proteinlerden koruyan majör virülans faktörü olan kapsül yapısıdır. Bir diğer sebep de bakterinin β-laktam antibiyotiklerine karşı ürettiği β-laktamaz enzimleridir. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen K. pneumoniae izolatlarının kapsül genotipleriyle antibiyotik duyarlılık profilleri arasındaki muhtemel ilişki araştırıldı. Bu amaçla; klinik örneklerden izole edilen Klebsiella pneumoniae izolatlarında spesifik primerler kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemi ile kapsül genotipleri (K1, K2, K5, K20, K54, K57) belirlenlendi. Antibiyotik duyarlılıkları fenotipik olarak disk difüzyon, moleküler olarak da PCR yöntemi ile Geniş Spektrumlu β-laktamaz (GSBL) (CTX-M1, CTX-M2, CTX-M9, CTX-M 8/25, KPC, NDM-1, OXA-48 like) genlerinin varlığı araştırıldı. Çalışmamıza Anabilim Dalımızda daha önce yürütülen çalışmada kapsül genotipleri belirlenmiş olan karbapeneme dirençli 27 K. pneumoniae izolatı ve kapsül genotipleri belirlenecek olan çeşitli klinik örneklerden izole edilen 180 K. pneumoniae izolatı dahil edildi. Çalışmamıza dahil ettiğimiz karbapeneme dirençli 27 K. pneumoniae izolatından 1 izolatın K1, 5 izolatın K2, 15 izolatın K5, 4 izolatın K20, 1 izolatın K54, 1 izolatın da K57 kapsül genotipine ait olduğu doğrulanırken, 180 K. pneumoniae izolatından 7'sinde K2, 3'ünde K20, 1'inde ise K1 kapsül genotipileri belirlendi. CTX-M1 geni kapsüler genotip K20'ye ait 3 izolatta tespit edildi. NDM-1 geni kapsüler genotip K5'e ait 3 izolatta ve K2'ye ait 1 izolatta belirlendi. OXA-48 like geni 24 izolatta kapsüler genotipler arasında heterojen dağılım gösterdi. CTX-M2, CTX-M9, CTX-M 8/25, KPC direnç genleri hiçbir izolatta tespit edilmedi. CTX-M1 genin K20 kapsül genotipiyle ilişkisi, AMC, TPZ, FOX, ETP antibiyotiklerinin K5 kapsül genotipiyle direnç ilişkisi, AMC, TPZ, IPM, TE, SXT antibiyotiklerinin K20 kapsül genotipleriyle duyarlılık ilişkisi, istatistiksel olarak anlamlı bulundu. Sonuç olarak, kapsül genotipleriyle GSBL direnç genleri arasındaki muhtemel ilişkinin bölgesel ve çok sayıdaki izolatın dahil edileceği çalışmalarla daha iyi aydınlatılacağını ve bu çalışmaların ilerdeki aşı çalışmalarına da ışık tutacağını düşünmekteyiz.
Hastanede yatan hastalarda genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) pozitif escherichia coli ve klebsiella SPP.'ye bağlı idrar yolu enfeksiyonlarında risk faktörleri ve moleküler tiplendirme
Amaç: Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi'nde yatarak tedavi gören, Escherichia coli ve Klebsiella türlerine bağlı ÜSE'si olan hastaların, GSBL (+) olma özelliğine göre yaş, cinsiyet, altta yatan hastalıklar gibi çeşitli risk faktörleri açısından karşılaştırılması ve izole edilen GSBL (+) kökenlerde moleküler tür tayininin yapılmasıdır. Yöntem: Mart 2013 ile Kasım 2014 tarihleri arasında Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi'nde yatan 18 yaş üstü ve gebe olmayan hastaların idrar kültüründe Escherichia coli ve Klebsiella türleri saptananlar çalışmaya alındı. GSBL (+) üremesi olan 100 hasta deney grubu, GSBL (-) üremesi olan hastalar kontrol grubu olarak ayrıldı. Hastalara önceden oluşturduğumuz anket uygulandı. Anket sonuçlarına göre deney grubu ile kontrol grubunun verileri SPSS 15 paket programı kullanılarak değerlendirildi. GSBL (+) Esherichia coli ve Klebsiella spp üreme olan plaklardan stok besiyerine ekim yapıldı. Örnekler buzdolabında +4°C'de saklandı. 100 örnek toplandıktan sonra stok besiyerinden EMB agara ekim yapılarak örnekler çoğaltıldı. Plaklarda üreyen suşlardan PCR ile GSBL tiplendirmesi yapıldı. Bulgular: GSBL (+) ve GSBL(-) her iki grupta da en çok hasta dahiliye kliniğindeydi. Hastaların yaş ortalaması GSBL (+) grupta 65, GSBL(-) grupta ise 63'dü. İki grupta da ÜSE etkeni çok büyük oranda E.coli olarak saptandı. GSBL üretimi için, nefrostomi, sık tekrarlayan İYE öyküsü, üriner operasyon öyküsü, üriner sitem anomalisi (her iki grupta en sık anomali nörojenik mesane), üriner sistemde yabancı cisim, son altı ay içinde antibiyotik kullanımı ve geçirilmiş İYE öyküsü risk faktörleri olarak saptandı. İki grupta da en sık klinik bulgu dizüri, fizik muayene bulgusu ise ateş yüksekliğiydi. Laboratuar bulgusu olarak kreatinin yüksekliği GSBL üreten grup lehine anlamlıydı. PCR ile yapılan tiplendirmede en sık CTX- M tipine, onunda alt tipi olarak en çok CTX- M- 15 tipine rastlandı. Sonuç: GSBL üreten mikroorganizmaların dünya çapında yayılımını önlemek ve alacağımız kontrol tedbirlerini belirlemek için kısa sürede ciddi çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar kelimeler: Üriner sistem enfeksiyonu, GSBL, PCR, Escherichia coli, Klebsiella spp
Yoğun bakım ünitelerinde izlenen hastaların rektal sürüntü örneklerinde karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae kolonizasyonunun araştırılması
Klebsiella pneumoniae, Enterobacteriaceae ailesinden Gram negatif, hareketsiz, sporsuz ve kapsüllü bir bakteridir. İnsanlarda üst solunum yolu ve dışkı florasında bulunan bir bakteri olduğu için uygunsuz koşullar karşısında fırsatçı patojen olarak açığa çıkmaktadır. Bu nedenle hastane enfeksiyonlarından sorumlu bir bakteridir. Yoğun bakım veya hastanede uzun süre kalma, yetersiz bağışık yanıt, invaziv araç kullanımı ve çoklu antibiyotik kullanılmasının dirençli suşların oluşmasını kolaylaştırdığı bilinmektedir. Karbapenem dirençli Klebsiella pneumonaie (KDKP) enfeksiyonlarının önlenmesinde rektal sürüntü örneklerinin taranarak pozitif hastaların izole edilmesi önerilmektedir. Bu çalışmada, yoğun bakım ünitelerinde 72 saat ve üzeri yatışlarda hastaların laboratuvara gönderilen rutin rektal sürüntü örneklerinde KDKP suşlarının araştırılması, hastaların risk faktörlerinin kolonizasyon ile ilişkisinin değerlendirilmesi ve elde edilen sonuçlar ile alınması gereken tedbirler konusunda yol gösterici olunacağı düşünülmüştür. Çalışmada Kasım 2014 Kasım 2015 tarihleri arasında Düzce Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi yoğun bakım ünitelerinde, 72 saat ve üzeri süre ile yatan ve yatışları devam eden hastalardan alınan rektal sürüntü örnekleri retrospektif olarak incelenmiştir. Mikrobiyoloji laboratuvarına rutin olarak gönderilen 190 hastadan alınan 287 rektal sürüntü örneği, Eosine Methylen Blue (EMB) agar ve % 5 koyun kanlı agara ekildikten sonra 36°C' de inkübe edilmiştir. Besiyerinde üreyen Gram negatif bakterilerin identifikasyonu konvansiyonel yöntemler ve/ veya Vitek 2 otomotize sistem ile yapılmıştır. Klebsiella pneumoniae olarak saptanan suşların imipenem, meropenem ve ertapenem duyarlılığı disk diffüzyon yöntemi ile incelenerek dirençli suşlar agar gradient test ve/veya vitek 2 otomotize sistem ile değerlendirilmiştir. Hastalara ait veriler, hastane otomasyon sistemi ve/veya dosya taraması ile tespit edilmiştir. Sonuç olarak, çalışmamızda kan transfüzyonu uygulanması, total paranteral nutrisyon uygulaması ve glikopeptid grubu antibiyotik kullanımının KDKP kolonizasyonu açısından önemli risk faktörleri olduğu saptanmıştır. Santral venöz kateter uygulamasının ise yenidoğanlar için KDKP kolonizasyonunda ayrı bir risk oluşturduğu görülmüştür. Dirençli bakteri kolonizasyonlarını önlemek için gerekli tedbirlerin alınması, hasta izolasyonlarının sağlanması ve eğitimlerin düzenli olarak yapılması gerekmektedir.
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Pseudomonas, Klebsiella, Staphylococcus ve Candida cinsi mikroorganizmalarda biyofilm varlığının araştırılması
Biyofilm, bir yüzeye yapışarak, birlikte yaşayan ve birbirleriyle haberleşen bakterilerin oluşturduğu bir organizasyondur. Biyofilm bakterileri çevre koşullarına, serbest bulunan planktonik bakterilerde daha dirençlidir. Biyofilmler cansız veya canlı yüzeylere yapışabilirler. Bu yüzeyler arasında canlı dokular, medikal implantlar, endüstriyel veya içme suyu sistemlerinin boruları veya doğal akuatik sistemler yer alır. Yabancı cisimlerdeki biyofilmler, Gram pozitif veya Gram negatif bakterilerden ya da mayalardan oluşabilir. İzole edilen bakteriler Gram pozitiflerden, Staphylococcus aureus ve Staphylococcus epidermidis; Gram negatiflerden Klebsiella pneumoniae, ve Pseudomonas aeruginosa' yı, mantarlardan ise Candida türlerini içerir. Biyofilmler, kullanılan araca ve hastada kalma süresine bağlı olarak tek tür ya da çok türden oluşabilir.Çalışmamızda klinik örneklerden izole edilen 10 Pseudomonas, 20 Klebsiella, 55 Staphylococcus ve 15 Candida kökeninde biyofilm varlığı ve slime faktör oluşumu araştırılmıştır.Araştırmamızda, kristal viyole kullanılarak yapılan biyofilm çalışmasında, 24 saatlik ölçümlerde; 7 Pseudomonas, 8 Klebsiella, 52 Staphylococcus ve 12 Candida' da; 48 saatlik ölçümlerde; 6 Pseudomonas, 7 Klebsiella, 42 Staphylococcus ve 12 Candida izolatında biyofilm varlığı tespit edilmiştir. Safranin kullanılarak yapılan biyofilm çalışmasında; 24 saatlik ölçümlerde 10 Pseudomonas, 7 Klebsiella, 17 Staphylococcus ve 12 Candida' da, 48 saatlik yapılan ölçümlerde; 8 Pseudomonas, 16 Klebsiella, 39 Staphylococcus ve 11 Candida izolatında biyofilm varlığı tespit edilmiştir.Slime faktör varlığı araştırması Standart Cam Tüp Yöntemi ve Kongo Kırmızılı Agar Yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Her iki yöntemde de; Pseudomonas izolatlarında slime faktör varlığı tespit edilememiştir. Klebsiella izolatlarının hepsinde Slime Faktör varlığı tespit edilmiştir. Toplam 55 Staphylococcus izolatının 33'ünde ve toplam 15 Candida izolatının 12'sinde Slime Faktör varlığı tespit edilmiştir.Sonuç olarak, farklı klinik örneklerden izole edilen farklı mikroorganizmalarda biyofilm varlığı oranı yüksek bulunmuşken, slime faktör varlığı formation, mikroorganizma cinsine göre değişiklik göstermektedir.
Ventilatör ilişkili pnömoni hastalarından izole edilen mikroorganizmaların antimikrobiyal duyarlılıkları
Ventilatör ilişkili pnömoni (VİP), invaziv Mekanik Ventilasyon (MV) uygulanan hastalarda gelişen ve yoğun bakım ünitelerinde sık karşılaşılan, mortalite hızı yüksek bir hastane enfeksiyonudur. Bu çalışmada Fırat Üniversitesi Hastanesi Dahili Yoğun Bakım Ünitesinde Mekanik Ventilatör kullanan ve pnömoni teşhisi konulmuş 50 hastanın endotrakial aspirat veya bronj lavajı incelenmiş, tespit edilen etkenlerin antimikrobiyal duyarlılıkları araştırılmıştır. VİP olgularında sıklık sırasına göre; Acinetobacter baumannii %42, Klebsiella pneumoniae %26, Pseudomonas aeruginosa %20, Serratia marcescens %4, Streptococcus spp., Enterobacter spp., Staphylacoccus aereus ve Stenotrophomonas maltophilia ise %2 oranında izole edilmiştir. Klinik uygulamada sorun oluşturabilecek bazı antibiyotik direnç profilleri elde edilmiştir. Acinetobacter baumannii suşlarında Ceftazidime, İmipenem, Meropenem, Piperacillin-Tazobactam ve Cefepime %100 direnç saptanmıştır. Klebsiella pneumoniae suşlarında, Gentamisin direnci %15, Trimethoprim-Sulphamethoxazole direnci ise %38 olarak saptanmıştır. Pseudomonas aeruginosa suşlarında ise Piperacillin-Tazobactam'a %90 oranında direnç tespit edilmiştir. Ampirik tedavide kullanılacak antibiyotiklerin ünitenin mikrobiyolojik flora ve antibiyotik direncine göre seçilir, etken izolasyonu sonrasında ise; tedavinin antibiyotik duyarlılık sonucuna göre dar spektrumlu antibiyotik ile modifiye edilmesi hedeflenmelidir.