Pseudomonas aeruginosa
71 theses under this subject heading
Karbapenem dirençli ve karbapenem duyarlı pseudomonas aeruginosa kökenlerinin antibiyotik duyarlılıklarının karşılaştırılması ve karbapenem dirençli kökenlerde bazı karbapenemaz genlerinin araştırılması
Karbapenem dirençli (CRPA) ve karbapenem duyarlı (CSPA) P. aeruginosa kökenlerinin diğer antibiyotiklere duyarlılıklarının karşılaştırılması ve karbapenem dirençli olan kökenlerdeki karbapenemaz genlerinin varlığının tespit edilmesi amaçlandı. Çalışmaya 50 adet CRPA ve aynı dönemde izole edilen 251 tane CSPA dahil edildi. Antibiyotik duyarlılıkları otomatize sistem kullanılarak saptandı. CRPA kökenlerindeki karbapenemaz genlerinin (blaIMP, blaSPM, blaAIM, blaNDM, blaOXA-48, blaKPC) varlığı multipleks polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle araştırıldı. Kökenlerin en fazla yara (%32,6), idrar (%30,6) ve balgam (%16,9) örneklerinden ve yoğun bakım üniteleri dışındaki diğer kliniklerden izole edildiği tespit edildi. Kökenlerin en dirençli olduğu antibiyotikler netilmisin (%41,5), levofloksasin (36,5), piperasilin (%33,2) ve piperasilin/tazobaktam (%31,9) idi. İmipenem ve meropenem direnç oranları sırasıyla %15,6 ve %11,9 olarak bulundu. CRPA'lar amikasin, aztreonam, gentamisin, netilmisin, tobramisin, siprofloksasin, levofloksasin, sefepim, seftazidim, piperasilin, piperasilin/tazobaktama CSPA olanlardan daha dirençli olarak saptanmıştır (p<0,001). CSPA ve CRPA kökenlerde kolistine dirençte farklılık olmadığı tespit edilmiştir (p=1). CRPA kökenlerinde amikasin, aztreonam, seftazidim, siprofloksasin, kolistin, sefepim, gentamisin, levofloksasin, netilmisin, piperasilin, tobramisin, piperasilin/tazobaktam MİK değerleri CSPA olanlara göre daha yüksek saptandı dolayısıyla daha dirençli bulundu (p<0,001). Çoğul ilaca direnç (MDR) oranı %14,6 ve CRPA grupta MDR oranı daha fazla bulundu (P<0,001). CRPA kökenler içinde blaIMP, blaVIM, blaSPM, blaNDM, blaKPC, blaAIM ve blaOXA genleri arasında bir kökende blaIMP, üç kökende de blaVIM geni pozitif olarak bulundu. Sonuç olarak çalışmamızda karbapenem direnci ve MDR oranı ülkemizdeki oranlardan daha az oranda bulunmuştur. Daha önce hastanemizde yapılan çalışmalardaki oranlara göre de yıllar içinde oranların artmadığı görülmüştür. CRPA'ların CSPA'lara göre diğer antibiyotiklere de daha dirençli olduğu bulunmuştur. Çalışmamızda karbapenemazlardan IMP ve VIM tipi enzimler bulunmuştur. Hastanemizde yapılan diğer çalışmalarla birlikte bu çalışma hastanemizde izole edilen P. aeruginosa'larda karbapenemazların yaygın olmadığını göstermiştir. Bu enzimlerin epidemiyolojik olarak tanımlanması direnç yayılımını önlemede önemlidir ve bunları kodlayan genlerin tespiti; tedavide kullanılacak uygun antibiyotiklerin seçilmesinde yol gösterecektir.
Karbapeneme dirençli pseudomonas aeruginosa suşlarında seftazidim avibaktam'a karşı in vitro duyarlılık yöntemlerinin karşılaştırılması ve bazı karbapenemaz genlerinin araştırılması
Amaç: Seftazidim avibaktam duyarlılığını güvenilir bir şekilde belirlemek için alternatif yöntemlere ihtiyaç vardır. Bu çalışmada karbapenem dirençli Pseudomonas aeruginosa suşlarında seftazidim avibaktam duyarlılığını değerlendirmek için referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon ile disk difüzyon yöntemlerinin karşılaştırılması ve polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle sık görülen karbapenemaz genlerinin (KPC, IMP, VIM, NDM, OXA-48, GES) araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Mart 2021-Ocak 2023 tarihleri arasında Hitit Üniversitesi Çorum Erol Olçok Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli 103 P. aeruginosa izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. Seftazidim avibaktam duyarlılığının belirlenmesi için disk difüzyon ve sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılmıştır. Karbapenemaz üretiminin fenotipik tayini, karbapenem inaktivasyon yöntemiyle yapılmıştır. Genotipik tayin için DNA izolasyonu yapıldıktan sonra polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi uygulanmış, çoğaltılan gen bölgeleri agaroz jel elektroforezi sayesinde yürütülmüş ve UV ışık altında görüntülenmiştir. Bulgular: İzolatların %69'u sıvı mikrodilüsyon sonuçlarına göre seftazidim avibaktama duyarlı, %31'i seftazidim avibaktama dirençli bulunmuştur. Disk difüzyon yöntemi uygulanan 98 izolat, sıvı mikrodilüsyon sonuçlarıyla uyumlu sonuç vermiş olup iki izolat teknik belirsizlik alanı içerisinde bulunmuş, üç izolatta uyumsuz sonuç gözlenmiştir. Teknik belirsizlik alanı içinde bulunan izolatlar sıvı mikrodilüsyon ile duyarlı bulunmuştur. İki izolat disk difüzyon ile seftazidim avibaktama dirençli bulunup sıvı mikrodilüsyon ile duyarlı bulunurken, bir izolat disk difüzyon ile seftazidim avibaktama duyarlı bulunup sıvı mikrodilüsyon ile dirençli saptanmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile 2 NDM, 1 VIM ve 8 GES üreten izolat tespit edilmiştir. NDM ve VIM üreten üç izolatta karbapenem inaktivasyon metodu pozitifliği saptanmış, karbapenem inaktivasyon metodu sonucu pozitif olan iki izolatta ise karbapenemaz geni saptanamamıştır.
Bakteri inaktivasyonunda güneş enerjisi aktivasyonu ile elde edilen sülfat radikallerinin verimliliği
Bu çalışmada, solar ışık ve solar ışık ile aktifleştirilmiş persülfatlarla üretilen sülfat (ve hidroksil) radikallerinin E. coli ve P. aeruginosa bakterilerinin inaktivasyonu üzerindeki etkisi incelenmiştir. Sülfat radikali üretmek amacıyla persülfat kaynağı olarak üç farklı konsantrasyondaki (0,05-0,1-0,2 mM) K2S2O8, Na2S2O8 ve Oxone kullanılmıştır. Giderim proseslerinin inaktivasyon katsayıları (k1 ve k2), GInaFiT (Geeraerd ve Van Impe Inactivation Fitting Tool) modelleme aracı kullanılarak elde edilmiştir. Uygulanan inaktivasyon işlemlerinin ardından her iki bakteride de yeniden çoğalma potansiyelleri belirlenmiş ve proseslerin maliyet hesabı yapılmıştır. Solar ışık kullanılarak gerçekleştirilen inaktivasyon prosesine persülfatların eklenmesi ile birlikte E. coli ve P. aeruginosa gideriminde artış olmuştur. Solar+K2S2O8, Solar+Na2S2O8 ve Solar+Oxone proseslerinde oksidan konsantrasyonunun artması bakteri giderimini arttırmış ve her konsantrasyonda en yüksek inaktivasyon Oxone ile elde edilmiştir. Genel olarak tüm inaktivasyon proseslerinde P. aeruginosa, E. coli' den daha dirençli olduğundan daha uzun inaktivasyon süreleri gerektirmiştir. GInaFiT modelleme aracı kullanılarak farklı inaktivasyon modelleri test edilmiş ve her iki bakterinin de Bifazik modele uyum sağladığı görülmüştür. Bifazik modele göre elde edilen inaktivasyon katsayılarında k1 değerleri k2 değerlerinden yüksek bulunmuş ve konsantrasyonun artması ile birlikte katsayılarda artış görülmüştür. Yeniden çoğalma deneylerinde solar ışık ile gerçekleştirilen inaktivasyonun aksine persülfat tuzlarının eklenmesiyle daha büyük bir hücre hasarının oluştuğu görülmüştür. Oxone ile yapılan prosesler daha fazla kimyasal maliyete neden olmakla ile birlikte inaktivasyon süresini daha da kısaltmıştır ve bu sebeple daha az enerji maliyetine neden olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak, solar ışık aktivasyonu ile üretilen sülfat radikallerinin bakteri inaktivasyonunda etkili olduğu tespit edilmiştir.
Gram negatif bakterilerde demir ve demir metabolizmasının antimikrobiyal duyarlılık üzerine etkilerinin araştırılması
Bakteriyel etkenler gerek toplum ve gerekse hastane kökenli enfeksiyonlarda en sık rastlanan mikroorganizmalardır. Özellikle hastane kökenli izolatlarda yaygın antibiyotik kullanım gerekliliği, bakterilerin de kullanılan antibiyotiklere direnç geliştirmesi ile sonuçlanan bilindik bir süreç yaşanmaktadır. Bunun sonucu yeni antibiyotiklerin kullanıma girmesi ve bir süre kullanılması şeklinde olmaktadır. Bu çalışma başka bir bakış açısı ile, gram negatif bakterilerin enerji üretimi, oksijen taşınması ve gen ekspresyonunun regülasyonu gibi birçok önemli fizyolojik fonksiyonu için esansiyel bir element olan demirin antibiyotikler ile kombinasyonunun bakteriler üzerindeki etkinliğinin araştırılması amacı ile yapılmıştır. Çalışmaya Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD. arşivindeki standart bakteri suşları ve 11'er adet E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, A. baumannii ve P. mirabilis klinik izolatı olmak üzere toplam 55 izolat dahil edilmiştir. İzolatların tümüne sefepim, amikasin, meropenem, tigesiklin, seftriakson, kolistin ve levofloksasin için EUCAST standartlarına uygun olarak disk diffüzyon ve mikrodilüsyon testleri çalışıldı. Bu antibiyotiklerin etkinliğinin demir şelatörleri deferasiroks (DFX) ve deforaksamin (DFO) ve ortam demir konsantrasyonu ile ilişkisi disk diffüzyon, dama tahtası sinerji testi ve sıvı mikrodilüsyon yöntemleri kullanırak ayrıca test edildi. Test edilen antibiyotiklerde E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa ve A. baumannii izolatlarında antibiyotik duyarlılık sonuçları ile, antibiyotiklerin demir şelatörleri ve ortam demir konsantrasyonu ile kombinasyonlarında etkinlik değişmesi saptanmadı. P. mirabilis izolatlarında DFO ilavesiyle sefepim, amikasin, meropenem, tigesiklin ve levofloksasin antibiyotiklerinin zon çapları istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde artmış olduğu saptandı. Dama tahtası sinerji testi ile P. mirabilis izolatları için tigesiklin, sefepim, amikasin ve kolistin antibiyotikleri ile DFO arasında sinerjistik etki saptandı. Patojenlerle mücadelede yeni stratejilerin geliştirilmesi gerektiği, bu çalışmada saptanmış olduğu gibi bakterileri demirden mahrum bırakmanın bu yöntemlerden biri olabileceği sonucuna varılmıştır.
Metformin ve çeşitli antibiyotik kombinasyonlarının pseudomonas aeruginosa izolatlarına karşı etkinliğinin in-vitro olarak araştırılması
Bakteriyel enfeksiyonlar insanlarda ciddi mortalite ve morbiditeye yol açmaktadır. P. aeruginosa kistik fibrozis hastaları, diyabetik hastalar ve yoğun bakımda yatan hastalar gibi özellikli hasta gruplarında sıklıkla enfeksiyon oluşturmaktadırlar. P. aeruginosa enfeksiyonları antibiyotiklere sık direnç geliştirmeleri, biyofilm oluşturmaları gibi özellikleri nedeniyle yeni tedavi alternatiflerinin odağındadırlar. Son dönemlerde antibiyotiklerin, farklı endikasyonlarda kullanılan ilaçlarla kombinasyonları üzerinde durulmaktadır. Bu çalışmada, Diabetes mellitus hastalığının tedavisinde kullanılan antidiyabetik bir ilaç olan metforminin; imipenem, seftazidim, sefepim, siprofloksasin ve levofloksasin ile kombine etkisi araştırılmıştır. Çalışmaya Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji laboratuarına gelen kistik fibrozisli hastalardan izole edilen 50 adet P. aeruginosa izolatı dahil edilmiştir. İzolatların antibiyotiklere duyarlılıkları sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle metforminle antibiyotiklerin kombine etkisi dama tahtası sinerji testiyle araştırılmıştır. Çalışmamızda dama tahatsı sinerji testi sonucunda; seftazidim ile metformin arasında 3 izolatta (%6) sinerjistik, 11 (%22) izolatta parsiyel sinerjistik; sefepim ile metformin arasında hiçbir izolatta sinerjistik etki saptanmazken, 23 izolatta (%46) parsiyel sinerjistik; imipenem ile metformin arasında 2 izolatta (%4) sinerjistik, 5 izolatta (%10) parsiyel sinerjistik; siprofloksasin ile metformin arasında 3 (%6) izolatta sinerjistik, 3 izolatta (%6) parsiyel sinerjistik, 1 izolatta (%2) antagonist etki; levofloksasin ile metformin arasında ise 1 izolatta (%2) sinerjistik, 6 izolatta (%12) ise parsiyel sinerjistik etki saptanmıştır. Çalışmamızda, metforminle antibiyotikler arasında farklı oranlarda sinerji ve parsiyel sinerji saptanmıştır. Metforminin antibiyotiklerin etkisini ne oranda arttıracağı, antimikrobiyal bir molekül olarak kullanılıp kullanılmayacağı ile ilgili yeni in-vitro çalışmalar ve hayvan deneylerinin yapılmasına ihtiyaç olduğu sonucuna varılmıştır.
Hastane enfeksiyonlarından Pseudomonas aeruginosa in izolasyonu ve yüzey virülans faktörünün (BLAIMP) moleküler yöntemle araştırılması
Pseudomonas aeruginosa, mevcut antibiyotiklere karşı artan direnci nedeniyle küresel bir tehdit haline gelmiştir. Bu çalışmada Musul şehir hastanelerinden izole edilen P.aeruginosa izolatlarının teşhisi ve antimikrobiyal direnci araştırılmıştır. Başvuran hastalardan topladığımız 150 izolat, morfolojik, ve kültürel özelliklerine göre teşhis edilmiştir. Bunun için MacConkey agar gibi besi ortamları kullanılmış ve mikroskobik incelemeler yapılmıştır. Ayrıca katalaz (+), gram (-), sitrat (+) gibi biyokimyasal testlere göre de teşhis edilmiştir. İzole edilen 21 P. aeruginosa örneğinin 8'i klinik ve 13'ü çevresel kaynaklardan toplanmıştır. Bu 21 izolattan RNA izolasyonu yapılarak, moleküler yöntemlerle dirençden sorumlu olan (blaimp) aktivitesi belirlenmiştir. . Son olarak, tüm direnç suşları arasından iki örnek, gen ekspresyonu sırasıyla 6,995424 ve 2,876179 değerleri ile yukarı regülasyon için anlamlı bir sonuç gösterirken, geri kalan diğer suşlar anlamlı olmayan gen aktivitesi göstermiştir. Bu 21 örnekten sadece 2 tane P. aeruginosa izolatında Imipenem'e karşı direnç saptanmıştır.
Yanık tedavisi gören hastalarda pseudomonas aerugınosa'nın moleküler yöntemlerle tespiti-Irak Thi-Qar eyaleti Nasiriyah Eğitim Hastanesi örneği
15 Nisan-15 Haziran 2022 tarihleri arasında Dhi Qar vilayeti Nasiriyah Eğitim Hastanesi'nden yüz elli yanık sürüntüsü örneği toplanmıştır. Bu çalışmanın amacı, Irak, Dhi Qar'daki yanık yaralarından P. aeruginosa'nın bulunması ve teşhis edilmesidir. Tanımlamayı doğrulamak için VITEK 2 kompakt sistemden alınan gram negatif bakteri tanımlama kartları (ID gNB) kullanılmıştır. P. aeruginosa'yı diğer türlerden ayırt etmek için polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi kullanılarak 16S rDNA geni (956 bp) tanınmış olup, virülans geni (lasB) polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi kullanılarak taranmış ve elde edilen sonuçlara göre: 48 (%96) izolat, lasB için PCR pozitif olmuştur. Antibiyotiklere gelince, tüm izolatlar -laktam grubundan sefalosporinlere ve penisilinlere dirençli çıkmıştır. Bulgular, test edilen tüm izolatların ampisiline (%100) dirençli olduğunu göstermiştir. Çalışmanın amacı, biyokimyasal testler kullanılarak Pseudomonas aeruginosa'nın yanık yaralanmasından izolasyonu, tanımlanması ve Vitek 2 sistemi kullanılarak doğrulanması, P,aeruginosa'nın farklı antibiyotiklere dirençli izolatlarının tespit edilmesi ve ayrıca P.aeruginosa izolatlarında 16SrDNA geni ve lasB, virülans faktör geni Polimeraz Zincir Reaksiyonu kullanılarak değerlendirilmesidir.
Green synthesed silver nanoparticles from aloe vera leaves extract effect on gene expression of MEXZ and AAC6 genes in Pseudomonas aeruginosa isolates
In this study, hundred (100) specimens were collected from patients of both gender and different age groups in three government hospitals in Baghdad/Iraq from January 2022 to May 2022. Samples were diagnosed by routine, biochemical tests, and Vitek- 2 system device to diagnose the Pseudomonas aeruginosa, the results showed that 32 (32%) were P. aeruginosa bacteria. After that, the aac6 and mexZ genes were detected by polymerase chain reaction PCR technique and the results showed that 9 isolates (28%) carry the aac6 gene and 12 isolates (37.5%) carry the mexZ gene. Six isolates were selected to test the effectiveness of the AgNps Aloe vera leaves extract on it three isolates have the aac6 gene and three have mexz genes. All isolates demonstrated that the extract inhibited bacterial growth. after that, the study of the effectiveness of the AgNps Aloe vera leaves extract on gene expression. RNA was extracted from the six selected isolates before treatment with AgNps Aloe vera as control and after treatments with AgNps Aloe vera. The result of PCR showed down-regulation in the aac6 and mexZ gene expression levels under treatment hence the low level of gene expression in the mechanisms of resistance (modify enzyme, and efflux pumps).
Farklı klinik vakalardan izole edilen Pseudomonas aeruginosa'daki biyofilm genlerinin gen ekspresyon çalışması
Bu çalışma, ratlarda asetik asit uygulaması ile oluşturulan kolitte Pseudomonas aeruginosa'nın tedavi aktivitelerinin araştırılması amacıyla yapılmıştır. Probiyotik olarak Pseudomonas aeruginosa'nın ratlarda deneysel olarak oluşturulan kolitteki ve bağırsak mukozası üzerindeki iyileştirici etkis belirlenmeye çalışılmıştır. Bu nedenle toplam 24 Wister dişi rat, kontrol ve 3 uygulama grubunda, rastgele ve eşit olarak, her birinde altı hayvan olacak şekilde dört grup oluşturulmuştur. İlk grup kontrol grubu olarak ayrılmıştır. İkinci gruba iki hafta boyunca günde 1mL Pseudomonas aeruginosa, üçüncü gruba anüs kenarına 1 mL asetik asit, dördüncü gruba ise hem Pseudomonas aeruginosa hem de asetik asit uygulanmıştır. Elde ettiğimiz sonuçlarda Pseudomonas aeruginosa kullanımı sonucunda iltihaplanma ve ishal gibi bağırsak rahatsızlıklarının tedavisinde probiyotiklerin etkili olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca çalışmada asetik asit ile tedavi edilen ratlarda daha düşük ALB seviyeleri gözlemlenmiştir. Çalışmada yapılan in vivo ve in vitro incelemeler soucunda, Pseudomonas aeruginosa uygulamasının asetik asit kaynaklı inflamasyon, apoptoz ve oksidatif hasarda koruyucu bir rol üstlendiği ortaya çıkmıştır. Buna bağlı olarak azalan kolit şiddeti tedavinin ne kadar etkili olduğunu göstermektedir.
Expression of efflux pumps in MDR Pseudomonas aeruginosa isolated from clinical samples (wound infection)
In the current study, 100 samples of wounds were collected from both sexes and of different ages for a period from May 2022 to November 2022 from Teaching Laboratories Hospital / Medical City, Martyr Ghazi Hariri Hospital and Baghdad Teaching Hospital. 19 isolates of Pseudomonas aeruginosa was taken from wounds infection. The samples were cultured on MacConkey agar for the diagnosis then it underwent several microscopic, phenotypic and biochemical tests. Where included oxidase, Indole, Urease, Glucose and Triple sugar-iron test (TSI). Pseudomonas aeruginosa susceptibility to 11 antibiotics tested the disc diffusion method. It has been shown that Pseudomonas aeruginosa has multi-antibiotic resistance. It showed that the isolates are resistant to Levofloxim 42%, Ciprofloxacin 40%, Piperacillin tazobactam 35%, Amicacin 32%, Ceftazidime 31%, Gentamicin 31%, Cefepime30%, Piperacillin 29%, Tobramycin 29%, Imipenem 17% and Meropenem 16%. The ability of bacteria to produce efflux pump was also studied using the Ethidium Bromide Agar Cartwheel Method where it was found that 8/19 isolates (42%) were positive. The efflux pump genes mexA, mexB, oprM were studied. The results of this study showed that all isolates of Pseudomonas aeruginosa possess mexA and mexB by 100%.
Irak'ta idrar yolu enfeksiyonu olan bireylerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa türünün virülans faktörünün moleküler çalışması
Bu çalışma, idrar yolu enfeksiyonlarına neden olan Pseudomanas aeruginosa'nın saptanmasını ve bazı antibiyotiklere karşı direncini araştırmak amacıyla yapılmıştır. Çalışmada kullanılacak olan materyal, 18 Mart- 9 Ekim 2022 tarihleri arasında Bağdat'taki Yarmouk Eğitim Hastanesine başvuran 150 hasta (idrar yolu enfeksiyonu olan) ve 50 sağlıklı (kontrol) bireyden oluşmaktadır. Kontrol grubu, hasta bireylerin ailelerinde bulunan sağlıklı bireylerden ve sağlık personelinden oluşmakta olup yaşları 10-50 arasında değişmektedir. Bakteriyel izolatlar VİTEK 2 sistemi ile doğrulandı. Bakteriyel genlerin saptanmasında Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanıldı. Elde edilen veriler doğrultusunda, idrar yolu enfeksiyonlarının giderilmesinde en aktif rolün Piperasilin/tazobaktam, Sefepim ve Seftazidim antibiyotikleri olduğu tespit edildi. Ayrıca, AlgU geni örneklerin %88'inde pozitifken, PelF geni örneklerin %80'inde pozitif olarak bulundu. Elde edilen suşlar Ulusal Veri Bankası'nda (NCBI) tescil edilerek, PelF geni için OP353999 ve AlgU geni için OP345000 koduyla seri numarası alındı.
Irak Al Yermuk hastanesi hastalarından izole edilen Pseudomonas aerugınosa'nın virülans faktörü ve antibiyotik direnci
Yaygın bir gram negatif basil olan Pseudomonas aeruginosa, nozokomiyal ve toplum temelli hastalıklarla ilişkilidir. Bu çok yönlü bakteri, çeşitli çevresel koşulların üstesinden gelme yeteneği nedeniyle sağlık kurumlarında ve toplumda gelişebilir. Toplum kökenli hastalıkların yanı sıra zatürre, idrar yolu ve cerrahiye bağlı hastane enfeksiyonlarına da neden olur. Bu kesitsel çalışma, idrar yolu enfeksiyonlarından muzdarip Iraklı kadınlardan 150 idrar örneğinin toplanmasını içermektedir. Tüm idrar örnekleri idrar analizine tabi tutulmuştur. Bakteri izolatlarının izolasyonu ve teşhisi, ayrıca antibiyotik direncinin belirlenmesinde kültür ortamı ve biyokimyasal testlerin kullanımı yanı sıra otomatik VITEK Compact 2 sistemi kullanılarak sonuçların doğrulanması yapılmıştır. Tüm virülans kodlayan genler, alele özgü PCR tekniği kullanılarak tanımlanmıştır. 150 idrar örneğinden sadece 80'i kültür pozitif olarak tanımlanırken bunlardan da sadece 30 izolatın P. aeruginosa olduğu saptanmıştır. Protein ve renk değişiminin yüksek oluşumu ilişkilendirilmişdir. Bakterilerin tümü sefotaksime dirençliydi, ardından norfloksasin, seftazidim, piperasilin-tazobaktam ve sefepim geliyordu, siprofloksasin, ayrıca imipenem, meropenem, gentamisin ve amikasin en düşük dirence sahip oldukları bulunmuştur. Tüm izolatların, sırasıyla güçlü, orta ve zayıf olan çeşitli derecelerde (6, 8 ve 16) biyofilm oluşturma yeteneğine sahip oldukları belirlenmiştir. İzolatlar arasında virülans kodlayan genlerin yaygınlığı LasB, exoS, PIcH, algD ve exoA için sırasıyla %73,3, %63,3, %56,7, %56,7 ve %53,3 bulunmuştur. Sonuç olarak: P. aeruginosa izolatları arasında biyofilm oluşumu ve virülans kodlayan genlerin yüksek prevalansı, onları çeşitli antibiyotiklere karşı daha dirençli hale getirerek, hastane koşulları gibi zorlu ortamlarda hayatta kalmalarını sağlamaktadır. Bu da çoklu ilaca dirençli izolatların yayılmasına katkıda bulunmakta ve bunların günümüzde önemli tıbbi bir sorun olmalarına yol açmaktadır. ANAHTAR KELİMELER: Pseudomonas aeruginosa, Virülans faktörleri, Antibiyotik direnci, Bakteriler
Farklı enfeksiyon kaynaklarından izole edilen pseudomonas aerugınosa izolatları arasındakı virülans genlerin moleküler ve biyokimyasal yöntemlerle tanımlanması
Pseudomonas aeruginosa, çubuk şeklinde, kutup kamçıya sahip, tek kamçılı, asporojen, gram negatif bir bakteridir. Bu bakteri mikroskop altında parlak ve küçük küreler halinde görüntü vermektedir. P. aeruginosa hastane kaynaklı bileşenlerinin %10-14'ünden sorumludur. Bu bağlamda hastane enfeksiyonlarının en sık nedeninin P. aeruginosa olduğunu söylemek mümkündür. Çünkü P. aeruginosa mikrobu dünya çapında yaygın bir yayılışa sahiptir. Bu çalışma, yara ve yanık enfeksiyonuna sahip bireylerden P. aeruginosa'yı izole etmek için yürütülmüştür. Hastalardan alınan toplam 200 örnek; 100 yara ve 100 yanık olarak ayrılarak kültürlenmiş ve izole edilmiştir.Tüm numuneler için genetik materyal çıkarılmış ve PCR kullanılarak tanımlamaları yapılmıştır. Virülans faktör genleri (fabD ve nadB), yaralardan izole edilen P.aeruginosa'da, yanıklardan izole edilen P.aeruginosa'ya göre daha fazla gözlemlenmiştir. Bu çalışmanın sonuçları yaradan izole edilen P. aeruginosa sayısının 52 %52) olduğunu, diğer yara örneklerinin ise negatif olduğunu göstermiştir. Ayrıca bu sonuçlara ek olarak, yanıktan izole edilen P. aeruginosa sayısının 59 (%59) olduğunu, diğer yanık örneklerinde ise negatif olduğunu göstermiştir. PCR kullanılarak fabD gen izolatlarının tespitinde, yara izolatlarında 9 (%30) ve yanık izolatlarında 10 (%33), nadB geni ise yara izolatlarında 8 (%27), yanık izolatlarında 10 (%34) olarak tespit edilmiştir. 2022, 63 sayfa ANAHTAR KELİMELER: Pseudomonas aeruginosa, fabD ve nadB genleri, Virülans faktörleri, Irak
Thi-Qar ilindeki bazı bölgelerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa'ya dirençli antibiyotiklerin moleküler ve serolojik tespiti
Pseudomonas aeruginosa, hastane kaynaklı enfeksiyonlarının en yaygın olanlarındandır. Geniş spektrumlu antibiyotiklere karşı azalan duyarlılık oranları, P. aeruginosa'nın antibiyotiklere direncini ve dirence neden olan genlerin araştırılması, dünya çapında klinisyenler için zorunlu bir hale gelmiştir. Yüz adet örnek üzerinde yürütülen tanımlayıcı çalışma da örnekler, Thi-Qar şehrindeki Al-Hussein Eğitim Hastanesi'ndeki ameliyathanelerden ve bu hastanenin yanık ünitesinden toplanmıştır. İzolatlar, MacConkey agar, CHROM agar üzerinde kültür edilmiş ve ardından teşhisleri yapılmıştır. İzolatlara katalaz testi ve oksidaz testi içeren biyokimyasal testler yapılmıştır. Yapılan çalışmada izole edilen P. aeruginosa'nın, Muller Hinton agar besiyerinde disk difüzyon yöntemi kullanılarak 6 farklı antibiyotiğe karşı duyarlılığı belirlenmiştir. Sonuçlar, Pseudomonas aeruginosa bakterisinin 20'şerli izolatlarından 16'sı piperasiline, 18'i seftazidime, 16'sı tobramisin ve siprofloksasine, 19'u amikasine ve 20'si seftriakson direncine işaret etmiştir. P. aeruginosa 20 izolatının tümü, ticari antiserumlarla slayt aglütinasyon testi ile serotiplendirilmiştir. O1 2 (%10), O2 2(%10), O3 1(%5), O4 2(%10), O6 3(%15), O8 olmak üzere örneklerde 8 serotipte belirlenmiştir. Çalışmada, O1 2(%10), O9 2(%10), O11 6 (%30), O11 6 (%30) bildirilen en yaygın serotipler olmuştur. AlgD geninin dizileme sonucu, P. aeruginosa için sadece bir varyasyon göstermektedir. (Geçiş)A>G kodu ACT/GCT. lasB geninin dizileme sonucu, T>C kodu TGA/CGA olan P. aeruginosa için de bir varyasyon, lasB geninin dizileme sonucu, bir varyasyon T>C kodu TGG/CGG olan P. aeruginosa için göstermektedir. Filogenetik ağacın algD geni (313bp) ve lasB geni (284bp) analiz edildiğinde, bu filogenetik ağacın yalnızca bir tür P. aeruginosa bakterisinden oluştuğu ortaya çıkmıştır. ANAHTAR KELİMELER: Pseudomonas aeruginosa, Antibiyotik direnci, Seroloji, LasB, AlgD
Molecular diagnosis and investigation of prevalence of pseudomonas aeruginosa infection developed after burns, wounds and surgery in patients hospitalized in iraq anbar governorate hospitals
In this study, a total of (113) clinical isolates of Gram-negative primary bacteria, identified as Pseudomonas aeruginosa, were obtained from Al-Ramadi Teaching Hospital. From December 2020 to April 2021, the source of these isolates was as follows: (62) isolates from wound infections and (51) isolates from burn injuries. The isolates were first identified by culturing on MacConkey agar, blood agar, 50 isolates emerged as Pseudomonas aeruginosa, and then identified by some biochemical testing (catalase and oxidase) followed by genetic diagnosis by PCR with the gene (Mex A and Mex B). done. Results confirmed the presence of P. aeruginosa bacteria in 39 cases. Antibiotic susceptibility was tested with the recommended Kirby Bauer Disk Diffusion method, the Instagram of studied isolates showed rhyostat resistance to sub-antibiotic study, susceptibility including ceftazidime (CAZ), azithromycin It was tested for 7 antimicrobial agents from different groups, including (AZM), levofloxacin (LEV), meropenem (MEM), gentamicin (GN), amikacin (AK), cefloxacin (CIP). All of the isolates in this investigation were resistant to all of the antibiotics utilized. Increasing bacterial resistance to many antibiotics is a major challenge in treatment. The results showed that the highest resistance rate for ceftazidime was 100% azithromycin 74.36% and the lowest resistance rate was 23.08% for levofloxacin. 2022, 75 pages Keywords: MexA, MexB, PCR, Pseudomonas aeruginosa, Wounds
Hastalardan izole edilen Pseudomonas Aerugınosa'da Mvat, Cupa ve Cupb genleri ile gen ekspresyonu arasındaki ilişki
Bu çalışma, P.aeruginosa klinik izolatlarında CupA, CupB ve MvaT genleri arasındaki ilişkiyi araştırmayı amaçlamıştır. Bağdat'ta Al-Yarmuk Genel Eğitim Hastanesi'nde farklı hastalık, yara, yanık, diyabetik ayak ülseri, idrar yolu enfeksiyonu, keratit, dış kulak iltihabı olan hastalardan toplanan yüz elli numunenin yüz bir tanesi P.aeruginosa kaynaklı olarak teşhis edilmiştir. Katılımcılar çeşitli yaş gruplarından ve cinsiyetlerden seçilmiştir. Toplanan numuneler farklı seçici ve diferansiyel besiyerlerinde kültürlenmiş ve P.aeruginosa'yı tanımlamak için biyokimyasal olarak test edilmiştir. P. aeruginosa'nın tanımlanması API 20E sistemleri kullanılarak doğrulanmış, sonuçlar API20NE testi için duyarlılığın (%80,1) olduğunu göstermiştir. 5 izolat için CupA, CupB ve MvaT genlerinin tespiti için konvansiyonel PCR uygulanmıştır. Bu genlerin varlığı elektroforez ile doğrulanmıştır ve üç gen için agaroz jelde DNA bandının görünümü sonuçlar pozitiftir (%100). Daha sonra CupA, CupB ve MvaT genlerinin pozitif sonuçlarını veren 5 izolatı için dizileme yapılmıştır ve NCBI'ndeki hizalama, P.aeruginosa ile CupA geninin %98, CupB geninin %96 ve MvaT geninin %100 özdeşliğini göstermiştir. Tüm izolatların antibiyotik duyarlılığını değerlendirmek için dokuz antibiyotik kullanılmıştır. Sonuçlar, izolatların çoğunun Levofloksasin (%94), Timinim (%88,1), Gentamisin (%82,1) ve hem Pipracillin hem de Imipenem'e (%80,1) duyarlı olduğunu göstermiştir, ancak izolatlar diğer antimikrobiyaller Augmentin'e (%72,2), Ceftazidime'e (%33,6), Colistin'e (%37,6) ve Siprofloksasin'e (%27,7) karşı dirençli görünmüştür. Levofloksasin'in, P. aeruginosa izolatlarına karşı en etkili antibiyotiği temsil ettiği tespit edilmiştir. Real Time PCR kullanılarak 16 izolat için CupB, MvaT ve RpoD (housekeeping gen) genlerinin gen ekspresyonu yapılmıştır. MvaT geninin en yüksek gen ekspresyon katlama değerine (3,86) sahip olduğu, CupB geni için 0,01 olduğu ve RpoD için 1,02 olduğu belirlenmiştir. Çalışmanın sonucuna göre; biyofilm oluşumunda rol oynayan CupB geni MvaT global regülatör geni tarafından baskılanmış ve buna rağmen bu izolatlar patojenitelerini korumaya devam etmiş ve bazı antibiyotiklere dirençli oldukları tespit edilmiştir.
Klinik Pseudomonas aeruginosa'ya karşı bazı antibiyotiklerin in silico ve in vitro çalışması
Bu çalışmada çeşitli enfeksiyonlara yakalanmış 100 hastadan izole edilen örneklerin, VITEK BioMerieux dahil olmak üzere biyokimyasal ve kültürel testler sonrasında 89'unda Pseudomonas aeruginosa tanımlanmıştır. Buna ek olarak Pseudomonas aeruginosa'ya karşı antibakteriyel ajanlar olarak ticari antibiyotikler ele alınmıştır. Antibiyotiklerin tasarımı ve taslağı Silico'da hesaplama metodolojileri ile gerçekleştirilmiştir. Pseudomonas aeruginosa'nın DNA topoizomeraz enziminin 3 boyutlu (3D) yapı modeli, homoloji modelleme yöntemi ile hedef protein olarak oluşturulmuştur ve aktif bölge görselleştirilmiştir. Hedef proteinin aktif bölgesinin tüm 3D bilgilerinden beş antibiyotiği incelemek (siprofloksasin, seftazidim, gentamisin, amikasin ve penisilin) için yararlanılmıştır. Buna göre, siprofloksasin molekülünün hedef proteinin aktif bölgesi ile en yüksek bağlanma puanına (-53,1 kcal/mol) sahip olduğunu tespit edilmiştir. Bunun yanı sıra seftazidim bağlanma puanı -32,5 kcal/mol, gentamisinin bağlanma puanı -7,7 kcal/mol, Amikasin bağlanma puanı ise. -1,3 kcal/mol olarak bulunmuştur. Bu arada penisilin molekülü, hedef protein ile en düşük bağlanma skorunu 71,2 kcal/mol gösterilmiştir. Beş antibiyotikten sadece ikisi (siprofloksasin, seftazidim) 16 µg/mL konsantrasyonda en yüksek antibakteriyel aktivite seviyesini gösterirken, gentamisin ve amikasin 32 µg/mL konsantrasyonda orta derecede aktivite göstermiştir. Bileşik penisilin, klinik Pseudomonas aeruginosa'ya karşı hiçbir antibakteriyel aktivite göstermemiştir
Antibacterial activity of biosynthesized nanoparticles by pyocyanin pigment against biofilms formed Escherichia coli isolated from different clinical sources
From October 2021 until April 2022, this study included 100 samples have been collected from patients with symptoms referred to as a urinary tract infection (UTI) and these samples have been collected from in iraq Al-Yarmouk Hospital patients of both gender, males and females. After conducting the isolation and diagnosis of 100 urine samples for urinary tract infection (UTI) patients by microscopy and biochemical tests, 40 Escherichia coli isolates have been obtained. Antimicrobial sensitivity has been tested with 15 different types of antibiotics, E. coli strains showed the highest rates of resistance to the following antibiotics (Gentamycin, Trimethoprim/ Augmentin, and tetracycline ). While has been sensitive to (Piperacillin, Amikacin, Meropenem, Tobramycin, Cefotaxime, and Levofloxacin). The biofilm formation of 40 isolates of Escherichia coli generated on MacConkey agar was revealed. As 32 (80%) of the isolates were positive for biofilm phenotype while 8 (20%) isolates of Escherichia coli did not produce biofilm. The inhibitory effect of Fe2O3 nanoparticles biosynthesized with pyocyanin showed promising antibiotic activity against biofilms produced by the tested E. coli isolates at different concentrations of which 0.2, 0.4, and 0.8 mg/mL with the further dilution of the sub-MICs, The highest inhibition rate was at a concentration of 0.8 in hole No. 1.
Immunological and microbiological study of urinary tract infection patients
Urinary tract infection (UTI( is one of the widest bacterial infections in humans. The prediction of Urinary tract infection (UTI) and finding specific pathogens requires the identification of biomarkers that are more precise because their list has been extended. This study aims to identify common bacterial causative agents of urinary tract infection (UTI) and assess some biomarkers and clarify the relationship between bacterial pathogens and concentrations of these biomarkers. subjects in this research were (100) adult patients suffering from Urinary tract infection (UTI), In addition to (20) apparently healthy 10.33as a control group Midstream urine and blood samples were collected from patients and the control group. All included markers (Il-6, IL-8, and CRP) were notably higher in patients than in controls. The mean of IL-6 and IL-8 levels in patients was 413.7 ± 467 pg/mL and 160.2 ± 251.4 pg/m respectively compared with 23.11 ± 10 pg/mL and 11.1 ± 5.6 pg/mL respectively in the control group. Similarly, the mean levels of CRP in patients was 27.5 ± 12.7 mg/L which is extreme elvaed than of controls 10.7 ± 3.9 mg/L. with highly signifcant difference. The study showed no effect of sex on the high level of (IL-6 and IL-8) between males and females, as the study did not show a significant effect and that the immune response depends on the pathogen and the strength of the body's immune response against the same pathogen. The urinary tract infection (UTI) is one of the most wide spread location of bacterial infection in humans. The prediction of Urinary tract infection (UTI) and finding specific pathogens rquires the identification of a biomarkers which is more precise because their list have been extended. This study aims to identify common bacterial causative agents of urinary tract infection (UTI), to assess some biomarkers and to clarify the reltionship between bacterial pathogens and concentrations of the biomarkers. Bacterial Profile in Patients Escherichia coli isolated from 34% of patients. Streptococcus fecalis was isolated from 23% of patients, Klebsiella pneumonia isolated from 14% of patients, Staphylococcus saprophyticus isolated from 12% of patients followed by proteus mirabilis 5%. staphylococcus aureus 7%. Pseudomonas aeruginosa was isolated from 5 % of patients. Keywords: Urinary tract infection, Microorganism, Immunity response
Effect of zinc oxide nanoparticles use as alternative treatment for Pseudomonas aeruginosa
The current study included collection of 150 samples from Burns and Wounds during the period from October 2021 to January 2022. Patients with different ages ranging from 16-70 years from both genders were choosing from different hospitals in Baqubah city/Diyala Province, Iraq included Baqubah Teaching Hospital and Al-Batool Teaching Hospital. After culturing the specimens on general culture media, 121 of it were positive growth for bacteria. Pseudomonas agar, microscopic investigation, biochemical checks and VITEK 2 Compact were used to isolate Pseudomonas aeruginosa which consist 25 (16.6 %), 16 isolates were from Burns and 9 isolates were from wounds. The antibiogram of the isolates was tested against 10 antibiotics which were selected according to (CLSI 2021). The result showed that Cefepime and polymyxin B were the most resisted by the bacteria (100%), while Ciprofloxacin and Norfloxacin were the greatest in effect antibiotics in contrast to P. Aeruginosa (12% and 16%) respectively. The ZnO NPs preparation was done by sol-gel technique and it was detected by (FTIR), (XRD) and Field (FE-SEM). The anti-bacterial action of ZnO NPs in contrast to P. Aeruginosa was conducted at dissimilar concentrations (100 μg/mL, 50 μg/mL, 25 μg/mL and 12.5 μg/mL). Which were examined in contrast to PDR, XDR and MDR isolates, the effects showed that the highest inhibition area of isolates was at concentration 100 μg/mL and the lowermost inhibition area was at concentration 12.5 μg/mL. The minimum inhibition concentration of the Zno NPs was at a concentrations ranging from 2600μg/mL -162.5μg/mL on PDR, XDR and MDR isolates of the bacterium P. Aeruginosa Keywords: Pseudomonas Aeruginosa, Zinc oxide, Isolation,
Iraklı hastalardan Pseudomonas aeruginosa'da bazı bitki özütlerinin OPRL'nin gen ekspresyonu üzerine etkisinin değerlendirilmesi
Bu çalışma, Mart 2022'den Haziran 2022'ye kadar her iki cinsiyette yanık ve yara enfeksiyonu çeken Bağdat / Irak'taki Medical City ve Al-Yarmok hastanesi hastalarından alınan (150) swab koleksiyonunu içermektedir. Örneklerin kesin teşhisinden sonra, 130 pozitif kültür örneğinden sadece %32.3 (42/130) izolat P. aeruginosa'ya ve %67.7 (88/130) izolat diğer bakteri türlerine aitti. Mikroskobik, Biyokimyasal testler, Cetrimide agar, Kliger Iron Agar (KIA) ile yapılmıştır. Bakteriyel izolatların da antibiyotiğe karşı duyarlılık testi için seçilen 11 antibiyotikle, P. aeruginosa izolatlarının mevcut çalışma sırasında ilgi duyulan antibiyotiğe 42 (%100) ve özellikle Cefazolin, Ceftriaxone ve Trimetoprim/Sulfamethoxazole'e karşı tam direnç gösterdiği VITIK 2 ile belirlenmiştir. Meropenem, P. aeruginosa izolatlarına karşı en etkili antimikrobiyal ajandı. Çünkü P. aeruginosa bu ajana karşı yüksek oranda duyarlılık göstermiş 36 (%85.71), onu Ciprofloxacin 28 (%66.66) ve Piperasilin/Tazobaktam 26 (%61.90) izlemişdir. Curcuma longa bitki ekstraktının Well agar difüzyon yöntemi ile Antimikrobiyal Aktivitesinin Belirlendiği bu çalışmada, 42 P. aeruginosa izolatının bitki ekstraktına karşı direnç paternini belirlemek için antimikrobiyal kuyu çevresindeki bölgenin çapına göre izolatların direnç paternini belirlemek için çalışılmıştır. Gentamisine ait standart çaplarla karşılaştırıldığında, P. aeruginosa izolatlarının büyük çoğunluğunun zerdeçal ekstraktına %59,5 (25/42) duyarlı olduğu, Curcuma ekstraktına dirençli ve orta dirençli izolatların %19,0 ve %21,4 olduğu görülmüştür. Bakteriyel DNA ve RNA, P. aeruginosa izolatlarından ekstrakte edildi. OPRL genini saptamak için spesifik primerler kullanılarak tüm bakteri izolatları için PCR yapılmıştır. Sonuçlar, 25 P. aeruginosa izolatının tüm izolatlardan %59 oranında OPRL genine sahip olduğunu göstermiştir. Sonuçlar ayrıca RT-PCR kullanılarak kat değişimine ilişkin OPRL geninin ekspresyon seviyelerini göstermiştir. Sonuç olarak, Zerdeçal bitkisi ekstraktından önce 1.5243±0.243 ve Zerdeçal bitkisi ekstraktı sonrası için 4.014±30.12421053 ile oldukça önemli bir fark P-değeri 0.01 tespit edilmiştir.
Pseudomonas aeruginosa'da antibiyotik stres altında ALGD gen ekspresyonunun incelenmesi
aeruginosa'nın, çok çeşitli virülans faktörleri ile donatılmış çoklu ilaca dirençli bir patojendir. Aljinat, P. aeruginosa'nın önemli virülans faktörlerinden birini temsil etmekte olup, biyofilmin hücre dışı matris malzemesi olarak işlev gördüğünden terapötik zorluğu karmaşıklaştırır ve artırır. Sonuç olarak, bu çalışma, antibiyotik stresi altında eksprese edilen algD geninin miktarını tespit etmeyi amaçlamıştır. AlgD gen ekspresyonunun kontrol edilmesi, P. aeruginosa'nın biyofilm oluşturma kapasitesini azaltabilir; böylece terapötik zorluğu azaltır. Bu çalışmada toplam 175 klinik örnek toplanmış, sadece 50 izolat P. aeruginosa olarak tanımlanmıştır. Bununla birlikte, en yüksek izolasyon yüzdesi sırasıyla yanık ve yara örneklerinden %56 ve %44 olarak gözlemlenmiştir. Disk Difüzyon yöntemi, Amikasin direncinin (%36), ardından Seftazidim (%24), Gentamisin (%22), Sefepim (%18) ve son olarak İmipenem (%2) olduğunu gösterilmiştir. Ayrıca tüm izolatlar Siprofloksasin ve Meropenem'e duyarlı olarak gözlemlenmiştir. Çoğu izolat 128 µg/mL MIK geliştirmiştir. İlgi çekici olan, bu çalışmada P. aeruginosa'nın tüm izolatları biyofilm oluşturmuştur; burada sırasıyla 38, 9 ve 3 izolat zayıf, orta ve güçlü biyofilmler geliştirmiştir. PCR çalışması, 15 P. aeruginosa izolatından 10'unda algD tespit edildiğini ortaya koymuştur. Tüm bu on izolat, alt MİK'te Amikasin ile tedavi edildiğinde azaltılmış bir biyofilm sunsa da qPCR sonuçları, algD'nin toplam altı izolatta (PA8, PA35, PA47, PA49, PA39, PA44) yukarı regüle edildiğini gösterirken, diğer dört izolatta (PA1, PA19, PA27, PA36) aşağı regüle edildiğini göstermiştir.
Antibiotic resistance profiles of Pseudomonas aeruginosa isolates isolated from clinical samples, and evaluation of biofilm formation and the presence of biofilm-related genes (pelA, pslD and algD)
Pseudomonas aeruginosa is identified as an opportunistic pathogen since it predominantly creates nosocomial infections in immune compromised people. The available knowledge about P. aeruginosa pathogenesis has primarily come from investigating clinical isolates; in this case there were a total of 100 samples obtained from a variety of locations in Baghdad hospitals and sorted into three groups: clinical (40) isolates from burns and (40) specimen from wounds and (30) from sputum, collected from October 2021 to the April 2022. Twenty isolates of P. aeruginosa were found of these samples and they cultured by specific and differential media, Using culture conditions, biochemical assays, and the VITEK-2 compact system, bacteria were identified. For all bacterial isolates, the antibiotic sensitivity test is valid according to the minimum inhibitory concentration (MICs). The maximum level of resistance was demonstrated to be against Tigecycline (8), followed by Cefazolin (64), while high sensitive was to Ciprofloxacin (0.25), followed by Levofloxacin (0.5) and Gentamicin (1), cefepime (1), Ceftazidime (2) and Imipenem (2), Amikacin (2) and Piperacillin /Tazobactum (8) respectively according to MICs results of each antibiotics. Biofilm production was detected using the micro titration plate technique, with the majority of strains (50%) producing moderate biofilms, 35% producing strong biofilms, and 15% producing weak biofilms. When it comes to virulence genes, In 20 isolates, three genes were identified, the algD gene was found in 17 isolates (85%), pelA was found in 17 isolates (85%), and pslD was found in 15 isolates (75%). The genes algD, pslD, and pelA were chosen as virulence factors, the genotypic algD/pslD/pelA – pattern, which is responsible for the phenotypic pattern of biofilm development. There were statistically significant variations in genotypic pattern predominance across biofilm forming isolates from various sources, Using Chi-square analysis, a very significant relationship between biofilm forming capability and genetic pattern (p value 0.764) was discovered. In this research we wanted to reveal if there was a linkage between the production of biofilms and the expression of biofilm-related genes (algD, pelA, pslD), and analyzing antibiotic resistance profiles in P. aeruginosa clinical samples isolated. Keywords: Biyofilm formation; Pseudomonas aeruginosa ; pelA; Polysacharide
Pseudomonas sp. suşlarında cold shock protein izolasyonu ve SDS-PAGE analizi
Bu araştırmada, soğuk şoku protein izolasyonu için Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastane Laboratuarından alınan, Pseudomonas aeruginosa balcalı-1, Pseudomonas aeruginosa balcalı-2 ve Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 suşu kullanılmıştır. Soğuk şoku protein sentezi için, 5, 10, 20 ºC sıcaklıklar seçilmiş ve bu sıcaklık değerlerinde 60 ve 480 dakika süreyle inkübasyon gerçekleştirilmiştir. Cold shock proteinlerin moleküler ağırlığının saptaması için, SDS-PAGE jel sistemi kullanılmıştır.P. aeruginosa ATCC 27853 suşundan izole edilen 1700 ve 18130 Da ağırlığındaki proteinler, diğer proteinlere göre daha fazla sentezlenmiştir. Bu iki protein soğuk şok muamelesi ile ortaya çıkmıştır.P.aeruginosa Balcalı 1 `in 20ºC' de 60 dakika ve 5, 10, 20 ºC'de 480 dakika sonra 77066 Da' luk cold shock protein sentezledikleri bulunmuştur.SDS_PAGE analizleri P. aeruginosa Balcalı-2 suşunda 22666 ve 21576 Da' luk iki farklı protein ürettiğini gösterdi.Araştırmada kullanılan suşlar içerisinde Pseudomonas Balcalı-1 ve 2 suşlarının, P. aeruginosa ATCC 27853 suşundan daha yüksek düzeyde soğuk şok yanıt oluşturmuştur.Sonuç olarak P.aeruginosa' nın 3 farklı suşu, soğuk şokuna maruz bırakıldığında, 10 ºC sıcaklıkta 60 dakika inkübasyon süresinde en fazla protein sentezi gerçekleştirmiştir.