188
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
Liraglutid'in fare pankreas beta hücrelerinde insülin salgısı ve beta hücre sağ kalımıyla ilişkili GPCR genlerinin ifadesine etkisinin belirlenmesi
Diyabet artan sıklığı ve hastalık yükü nedeniyle günümüzde önemli bir halk sağlığı sorunudur. Liraglutid, antihiperglisemik aktivite ile uzun etkili glukagon benzeri peptit yapıdaki bir ilaçtır. Bu ilaç, hücre zarında bulunan Glukagon Benzeri Peptit-1 Reseptörü'ne (GLP-1R) bağlanarak etki göstermektedir. G proteinine bağlı reseptörler (GPCR) hücre yüzeyinde önemli sinyal yollarına aracılık eden moleküllerdir. Pankreatik beta hücrelerinde belirli G proteinine bağlı reseptörler için insülin salgılama potansiyelinin araştırılmasına yönelik yapılan çalışmalar, pankreas beta hücre fonksiyonunun düzenlenmesinde GPCR'lerin rolünü kanıtlamıştır. Tez çalışmamız kapsamında birer GPCR olan GPR75, GPR56, GLP1R, M3R, CB1R genlerinin obez olmayan diyabetik NIT-1 fare pankreatik beta hücrelerinde liraglutid muamelesine bağlı olarak gen ifadesindeki değişimleri araştırılmıştır. NIT-1 fare pankreas beta hücreleri 10, 100, 1000 nM konsantrasyonlarda 30, 60, 120, 240 dakika sürelerde liraglutid ile muamele edilmiştir. GPCR genlerinin mRNA düzeyindeki gen ifadesi değişiklikleri qPCR yöntemiyle belirlenmiştir. 240 dakika liraglutid muamelesi NIT-1 hücre gelişimini olumsuz etkilediği için bu gruplardan kullanışlı bir veri elde edilememiştir. İn vitro koşullarda GLP1-R reseptör proteininde 1000 nM konsantrasyonda liraglutid muamelesine bağlı olarak test edilen tüm zamanlar için anlamlı bir değişim saptanmıştır. GPR75, GPR56, M3R, CB1R mRNA düzeylerinin 30. dakikada azaldığı, 60. dakikada istatistiksel olarak anlamlı düzeyde arttığı, 120. dakikada tekrar azaldığı gözlenmektedir. Liraglutid'in NIT-1 fare pankreatik beta hücrelerinde araştırılan genlerin ifadesi üzerinde geçici bir etkisi olduğu görülmekle birlikte GPR75, GPR56, M3R ve CB1R genlerinin liraglutidin beta hücresi üzerindeki etkilerine aracılık edebilecekleri düşünülmektedir. GPR75, GPR56, M3R ve CB1R genlerinin ifadesindeki değişimler bu genlerin ve ürünlerinin antidiyabetik ve antiobezitik tedavi için hedef moleküller olabileceklerini desteklemektedir. Anahtar Kelimeler: Diabetes Mellitus, GPCR, İnsülin Sekresyonu, Liraglutid
Üçlü negatif meme kanseri hastalarında neoadjuvan kemoterapiye yanıt ve prognoz ile FHIT ifadesi arasındaki ilişkinin araştırılması
Meme kanseri dünya genelinde kadınlarda en sık görülen ve ölüm oranı en fazla olan kanser türüdür. Üçlü negatif meme kanseri (TNBC), en agresif ve prognozu kötü meme kanseri alt tipidir. Östrojen, progesteron ve HER2 reseptörü ifadesi olmadığından hedefli bir tedavi tanımlanmamıştır. Bu nedenle bugün sadece kemoterapiyle tedavi edilebilmektedir. Neoadjuvan tedavi ile nüks riskinin azaltılması, cerrahi müdahale şansının artırılması, cerrahi sonrası komplikasyon riskinin azaltılması ve hayat kalitesinin artırılması sağlanmaktadır. TNBC neoadjuvan kemoterapiye en iyi tümöral, nodal ve patolojik tam yanıt pCR veren alt gruplardan biridir. Bu çalışmanın amacı TNBC hastalarında Fhit ifadesinin hem neoadjuvan kemoterapiye yanıt hem de klinik patolojik verilerle ilişkisini araştırmaktır. FHIT, FRA3B frajil bölgede olup tümör baskılayıcı gendir. Meme kanserinde sıklıkla Fhit ifade kaybı görülmektedir. Çalışmaya TNBC'li 50 hasta dahil edildi. Parafin bloklu preparatlarda Fhit ifadesi immünohistokimyasal (IHC) olarak değerlendirildi. İfade yüzdeleri ve skorları, klinik patolojik ve sağkalım verileri ile karşılaştırıldı. Fhit ifade kaybının görüldüğü hastalarda, T evresinin arttığı belirlendi ve istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p=0,003). Çalışmamızda Fhit ifadesinin TNBC'de, T evresi dışındaki klinik patolojik ve prognostik faktörlerle anlamlı ilişkisi bulunmadı (p>0,05). Ancak Fhit ifade kaybının genel sağkalım üzerine negatif korelasyonda prognostik belirteç olabileceği gösterildi. Fhit ifade kaybıyla TNBC ilişkisinin daha net ortaya konulabilmesi için ileri çalışmalar gerekmektedir. Çalışmamızdan elde ettiğimiz sonuçlar literatürle uyumlu olup yeni verilerle alana katkı sağlayacak ve bu konudaki gelecekteki araştırmalara ışık tutacak niteliktedir.
Over kanserinde WDR12 ifadesinin klinik öneminin araştırılması
Over kanseri, farklı klinik patolojik ve benzersiz genomik özelliklere sahip heterojen yapıda bir jinekolojik malignitedir. Farklı histopatolojik alt tipleri olmasına rağmen tek bir hastalık olarak ele alınır. Çoğu olgu geç evrelerde (Evre III - IV) teşhis edildiğinden genel sağkalım oranları düşüktür. Geleneksel olarak kemoterapiye dayalı tedavi uygulanır. Bu bağlamda alt tipleri arasında farklı moleküler patogenezin tanınmasının ve over kanserinin genetik profiline bağlı moleküler hedefli tedavi stratejilerinin gerekli olduğu vurgulanmaktadır. Over kanserinde ribozom biyogenezinin rolü tanımlanmış olup tedaviye yönelik çalışmaları mevcuttur. Ribozom biyogenezi sürecinde etkin olan PeBoW kompleksinin son tanımlanan üyesi WDR12, birçok insan malignitesinde mRNA ve protein düzeyinde aşırı ifade edildiği gösterilen bir onkogendir. Düzensiz ve yüksek ifadesi kötü prognoz ile ilişkilidir. Bu çalışmamızın amacı over kanseri tanılı olguların WDR12 ifadesinin klinik patolojik özellikleri ile ilişkisini araştırmaktır. Çalışmamıza over kanser tanılı 39 kadın olgu dahil edildi. Parafine gömülü doku bloklarında WDR12 ifadesi, ters transkripsiyon-kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (RT-qPCR) yöntemi ile incelendi. Göreceli ifade düzeyleri ile olguların klinik patolojik özellikleri istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Elde edilen verilere göre WDR12 ifadesi düzeylerinin ortalaması ile olguların histopatolojik alt tipleri ve arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki görülmedi (p=0,063). Ancak müsinöz olgularda, WDR12 ifadesi ortalamanın altında kalan olgu sayısı ortalamanın üstünde kalana göre fazla olarak belirlendi. WDR12 ifadesi ile over olgularında görülen komorbidite durumu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki saptandı (p=0,041). Ancak olguların diğer klinik özellikleri ile istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki olmadığı tespit edildi (p>0,05). Sonuçlarımız, over kanserinin çeşitli klinik özelliklerinde WDR12 ifadesi düzeylerinin etkin olduğunu düşündürmektedir. WDR12 ifadesinin, over kanseri klinik patolojik özellikler ile ilişkisinin daha iyi anlaşılabilmesi için ileri çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
3 kuşaktır trakya bölgesinde yaşayan miyelodisplastik sendromlu (MDS) hastaların moleküler sitogenetik analizlerinin retrospektif incelenmesi
Miyelodisplastik sendrom (MDS), kan hücrelerinin sayısında meydana gelen azalma ve anormal oluşumlar, etkisiz hematapoez ve akut miyeloid lösemiye (AML) yatkın olmasıyla karakterize edilen homojen olmayan klonal, hematolojik bir hastalıktır. MDS esas olarak (ancak bununla sınırlı olmamakla birlikte) ortalama yaşı yaklaşık 70 olan hastalarda ortaya çıkmaktadır. Miyelodisplastik Sendrom'un yıl baz alındığında insidansı 100.000 kişide 4-5 vaka olarak görülmektedir. Eksik vaka değerlendirmesi veya kanser kayıtlarında MDS'nin eksik bildirilmesi nedeniyle gerçek insidansın daha yüksek olması muhtemeldir ve 70 yaşın üzerindeki kişilerde 100.000'de 75'e yakın olabileceği düşünülmektedir. MDS'de morfolojik displaziyi saptamak için kemik iliğinden kromozom analizi ve moleküler sitogenetik bir yöntem olan Floresan In Situ Hibridizasyon (FISH) yapılmaktadır. FISH analizi hücrede tüm kromozomun ya da belirli DNA dizisinin lokalizasyonuna izin veren moleküler sitogenetik tekniklerden biridir. Bu çalışmada amacımız 3 kuşaktır Trakya bölgesinde yaşayan miyelodisplastik sendromlu hastaların moleküler sitogenetik analizlerinin retrospektif incelenerek hastalığın bu bölgedeki etkilerini araştırmaktır. Çalışmada 70 erkek ve 30 kadın olmak üzere toplam 100 hastanın moleküler sitogenetik analizleri retrospektif olarak incelendi. Hastaların bilgilerine Hasta Bilgi ve Yönetim Sistemi'ne (ENLIL) ile ulaşıldı. Hasta seçimlerimiz bu sistemdeki MDS tanısı almış 18-80 yaş arası kadın ve erkek bireylerden yapıldı. Hastaların cinsiyetleri ve MDS tanısı arasında anlamlılık (p<0,05) bulundu. Erkek bireylerin kadın bireylerden daha fazla MDS'ye sahip olduğu ve yaş ilerledikçe hem kadınlarda hem erkeklerde MDS'nin artığı görüldü. Bulgularımız; 3 kuşaktır Trakya bölgesinde yaşayan MDS'li hastaların çoğunluğunun erkek olduğunu ve hem erkek hem de kadın hastalarda 70 yaş üzerinde daha sık görüldüğünü göstermiştir.
K562 hücre hattında prime editing yöntemiyle t315ı mutasyonunun oluşturulmasına yönelik yeni moleküler yaklaşım
Kronik Miyeloid Lösemi (KML), BCR-ABL1 füzyon proteininin sürekli tirozin kinaz aktivitesi ile karakterize edilen bir hematopoietik malignitedir ve tyrosine kinase inhibitörleri (TKI) ile tedavi edilmektedir. Ancak, TKI tedavisi sırasında bazı hastalarda direnç gelişmekte ve bu direnç sıklıkla BCR-ABL1 geninde meydana gelen nokta mutasyonlarına bağlıdır. Bu mutasyonlar, TKI bağlanmasını engelleyerek tedavi etkinliğini düşürmekte ve hastalığın progresyonunu hızlandırmaktadır. Bu tez çalışmasında, K562 hücre hattında KML'de en sık gözlenen ve TKI tedavisine direnç sağlayan T315I mutasyonu, prime editing teknolojisi kullanılarak modellenmiştir. Çalışmada iki farklı metodoloji uygulanmış olup, bunlardan biri araştırmacılar tarafından geliştirilmiş ve çift floresan marker tabanlı zenginleştirme stratejisini içermektedir. Bu yeni metodoloji, hedef hücrelerin görsel olarak izlenmesine ve direnç geni taşıyan hücrelerin seçilmesine olanak sağlayarak edit verimliliğini artırmaktadır. Elde edilen veriler, geliştirilen stratejinin önceki metodolojiye kıyasla belirgin bir edit oranı artışı sağladığını göstermektedir. Bu yöntem, KML'ye özgü mutasyonların güvenilir bir şekilde in vitro modellenmesine olanak tanırken, transfeksiyon veriminin sınırlı olduğu veya hücresel heterojenliğin yüksek olduğu sistemlerde de prime editing verimliliğini artıracak bir platform sunmaktadır. Böylece, geliştirilen metodoloji hem temel araştırmalar hem de gelecekteki fonksiyonel ve terapötik çalışmalar için değerli bir araç olarak değerlendirilebilir.
APP geni ekzon 16 ve 17 bölgesinin klonlanması ve protein izolasyonu
Amiloid Beta Öncü Proteini (APP), Alzheimer hastalığının gelişiminde kritik rol oynayan tip I transmembran bir glikoproteindir. İnsan 21. kromozomundaki APP geni tarafından kodlanan bu protein, sinir sistemi işlevlerinde ve hücresel sinyal yollarında önemli görevler üstlenmektedir. APP'nin proteolitik parçalanması sonucu oluşan Aβ peptitlerinin beyinde birikmesi, Alzheimer hastalığına özgü amiloid plakların temelini oluşturmaktadır. Bu tez çalışmasında, APP proteininin rekombinant formda üretimi hedeflenmiştir. Bu amaçla APP gen fragmanı içeren bir yapay vektör sistemi tasarlanmış ve moleküler klonlama yöntemleriyle uygun ekspresyon vektörüne aktarılmıştır. Rekombinant plazmid, prokaryotik bir sistemde hedef protein ekspresyonunu sağlamak üzere konak hücrelere taşınmıştır. Protein üretiminin ardından, afinite kromatografisi kullanılarak saflaştırma işlemi gerçekleştirilmiş ve elde edilen ürün SDS-PAGE ile analiz edilmiştir. Sonuç olarak, hedef proteinin yüksek saflıkta elde edilmesini sağlayan bir üretim ve saflaştırma protokolü geliştirilmiştir. Bu sistemin, APP temelli biyobelirteç veya peptid terapisi çalışmalarında kullanılmak üzere güçlü bir temel oluşturabileceği öngörülmektedir. Anahtar Kelimeler: APP, Rekombinant Protein, Biyoteknoloji, E. coli
Mal de Meleda (MDM) hastalığında SLURP1 geninin prime editing teknolojisi kullanılarak düzenlenmesi
Mal de Meleda (MDM), kromozom 8q24.3 üzerinde bulunan, epidermal homeostazı ve deri iltihabını düzenleyen, salgılanan memeli Ly-6/ürokinaz tipi plazminojen aktivatör reseptörünü (uPAR) ilişkili protein-1 (SLURP1) proteinini kodlayan SLURP1 genindeki mutasyonlardan kaynaklanan inflamatuar palmoplantar keratodermanın nadir bir formudur. CRISPR-Cas9'un geliştirilmiş bir versiyonu olan Prime editing 2019 yılında tanımlanmış ve hassas baz düzenlemeleri yapabilen etkili bir genom düzenleme teknolojisidir. Bu tezde, SLURP1 geninde c.286C>T mutasyonu olan bireye ait in vitro modelde, Prime editing kullanılarak mutasyonun düzeltilmesi amaçlanmıştır. Çalışma, ilk olarak uygun plazmidler seçilerek, SLURP1 geninde c.286C>T mutasyonuna uygun epegRNA tasarımı yapılarak başlamıştır. Tasarlanan epegRNA oligonükleotidleri, annealing yöntemi ile birleştirilerek mRFP1 bölgesi kesilmiş pU6-tevopreq1-GG-acceptor plazmidine Golden Gate yöntemi ile klonlanmıştır. Klonlanan plazmid, DH5α bakterilerine transformasyon yoluyla aktarılmış ve koloni seçimi sonrası izole edilen plazmid DNA'sı doğrulanmıştır. Hastanın periferik kanından elde edilen lenfosit hücre kültürüne hazırlanan Prime Editor sistemi (nCas9-RT + epegRNA) transfekte edilmiştir. Transfeksiyon verimliliği ve düzenleme etkinliği değerlendirmek üzere hedef bölgeye özgü primerler tasarlanmış, PZR amplifikasyonu sonrası sadece hedef varyanta yönelik olarak sınırlı kapsamlı bir Yeni Nesil Dizileme (NGS) analizi uygulanmıştır. Yapılan her aşama optimizasyon ile güçlendirilmiş ve istenilen sonuç alınana kadar diğer aşamaya geçilmemiştir. NGS sonucunda, FASTQ formatındaki sekans verileri Notepad++ yazılımı kullanılarak analiz edilmiş ve düzenleme oranları hesaplanmıştır. SH1 ve SH2 örneklerinde sırasıyla %0,40 ve %0,23 düzeyinde düzeltme sağlandığı tespit edilmiştir. Görece düşük düzeltme oranlarına rağmen, analizler hedeflenen varyant bölgesinde spesifik bir düzeltmenin başarıyla gerçekleştirildiğini göstermektedir.
Prime editing teknolojisi kullanılarak kronik myeloid lösemi hücre hattında BCR-ABL füzyon geninin terapötik amaçlı düzenlenmesi
Amaç: Prime Editing (PE) yöntemi,CRISPR-Cas teknolojileri arasında yer alan, yüksek verimlilik ve seçilen diziye yüksek spesifiklik gösteren,gen düzenleme alanındaki yeni yaklaşımlardan biridir.Bu çalışmada K562 hücre dizisinde PE uygulanması ve bu doğrultuda Kronik Myeloid Lösemi (KML) hastalığının,BCR-ABL1 füzyon onkogeninde güncel yaklaşımlardan farklı bir yaklaşım denenerek genetik düzenleme ile hastalığın tedavisine yönelik gen terapi alanına yeni bir strateji sunulması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada KML patogenezinin temel mekanizması olan BCR-ABL1 füzyonunu hedefleyen özgün bir yöntem geliştirilmiştir.K562 hücre dizisi kullanılarak translasyonu sonlandıracak spesifik bir terminasyon sekansının BCR-ABL1 birleşim noktasına eklenmesi amaçlanmıştır.Öncelikle hedef bölge dizisi belirlenmiştir.Çalışmanın en spesifik parçası olan epegRNA molekülünün tasarımı yapılmıştır.Golden Gate Klonlama yöntemi kullanılarak epegRNA sentezi gerçekleştirilmiştir.epegRNA'nın vektöre ligasyonu gerçekleştirilmiştir.Transformasyon ve transfeksiyon işlemleri uygulanmıştır.PE verimlilik oranı,Yeni Nesil Dizileme (YND) yöntemi ile iki farklı ve birbirini tamamlayan biyoinformatik yaklaşım ile analiz edilmiştir.Öncelikle P2 primer seti ile toplam wild-type (WT) alel popülasyonu belirlenmiştir.Sonraki basamakta özel olarak tasarlanmış P3 primer seti ile sadece düzenlenmiş alellerin zenginleştirilerek çoğaltılması sağlanmıştır.YND'den elde edilen ham veriler,hem özel komut dosyalarıyla doğrudan sayılarak hem de özel oluşturulmuş referans dizilere hizalanarak Integrative Genomics Viewer (IGV) ile doğrulanmıştır. Bulgular: Düzenleme verimliliği,%10.64 olarak hesaplanmıştır.Standart YND analizinin, negatif Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) yanlılığı nedeniyle düşük frekanslı düzenlemeleri tespit etmede yetersiz kaldığı gösterilmiştir.Bu sınırlılığı aşmak için,sadece düzenlenmiş alelleri zenginleştiren seçici bir PZR yaklaşımı uygulanmıştır.Bu sayede, düzenleme oranı hassas bir şekilde hesaplanmıştır.Her iki aşamadan elde edilen verilerin entegrasyonu,hem düzenlemenin yüksek doğrulukla gerçekleştiğini doğrulamış hem de popülasyondaki düzenleme oranının güvenilir bir şekilde belirlenmesini sağlamıştır. Sonuç: Sonuç olarak,bu tez çalışması,onkojenik BCR-ABL1 füzyon genini ilk kez PE teknolojisi ile hedefleyerek,KML için kalıcı bir tedavi potansiyeli sunan yeni ve özgün bir yaklaşım ortaya koymuştur.K562 hücre hattında %10.64 verimlilikle başarılı bir düzenleme sağlandığı gösterilmiş ve bu düşük frekanslı düzenlemelerin tespiti için standart yöntemlerin yetersizliğini aşan iki aşamalı özgün bir NGS analiz yöntemi geliştirilmiştir.Elde edilen bu oran,zor düzenlenebilir kabul edilen K562 hücre hattında,anlamlı bir başlangıç noktası olarak yorumlanmıştır.Bu umut verici sonuçlar,PE teknolojisinin yüksek özgünlüğü ve güvenliği ile birleştiğinde,düzenleme verimliliğinin artırılması ve in vivo modellere taşınması gibi gelecek çalışmalar için sağlam bir temel oluşturmakta ve bu yaklaşımın KML tedavisinde kalıcı bir çözüm sunma vaadini güçlendirmektedir.
CRISPR prime editing ile OPTN genindeki splice-site mutasyonuna yönelik in-vitro düzeltme yaklaşımının etkinlik ve verimlilik analizi
Amaç: Prime Editing (PE), CRISPR-Cas tabanlı genom düzenleme teknolojileri arasında, çift iplikli DNA kırığı oluşturmadan ve düşük hedef dışı yan etki ile yüksek özgüllükle hedef nükleotid değişikliklerine olanak sağlayan yeni nesil bir yaklaşımdır. Amyotrofik Lateral Skleroz (ALS), motor nöronların progresif kaybı ile seyreden, tedavi seçenekleri sınırlı, yıkıcı bir nörodejeneratif hastalıktır. ALS tip 12 (ALS12), OPTN genindeki patojenik varyantlar ile ilişkilidir. Bu tez çalışmasında, OPTN geninde yer alan c.1242+1G>A splice-site varyantının, hastadan elde edilen primer fibroblast hücrelerinde PE2 yöntemi ile in vitro olarak düzeltilmesinin etkinlik ve verimliliğinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmada, OPTN:c.1242+1G>A varyantını hedefleyen özgün bir epegRNA tasarımı in silico olarak gerçekleştirilmiştir. EpegRNA dizileri Golden Gate klonlama yöntemi ile pU6-GG-acceptor vektörüne klonlanmış ve Cas9-nickaz–reverse transkriptaz içeren pCMV-PEmax plazmidi ile hastadan elde edilen primer fibroblast hücrelerine Lipofektamin aracılı transfeksiyon uygulanmıştır. Ayrıca kullanılan OPTN:c.1242+1G>A_eGFP-epegRNA ve pCMV-PE2-tagRFP-BleoR plazmitleri sayesinde transfeksiyon başarısı GFP ve RFP floresan markerlar ile doğrulanmıştır. Prime Editing sonrası genomik DNA izolasyonu yapılmış, hedef bölge amplifiye edilerek yeni nesil dizileme (NGS) ile analiz edilmiştir. Düzenleme verimliliği, yüksek derinlikli dizileme verilerinin Integrative Genomics Viewer (IGV) üzerinden sayısal olarak değerlendirilmesi ile hesaplanmıştır. Çalışma ilgili etik kurul onayı ve hastadan alınan bilgilendirilmiş onam doğrultusunda gerçekleştirilmiştir. Bulgular: NGS analizleri sonucunda, OPTN:c.1242+1 pozisyonunda hedeflenen A>G düzeltmesinin farklı transfeksiyon havuzlarında yaklaşık %0,07–%0,41 arasında değişen oranlarda gerçekleştiği saptanmıştır. Biyolojik duplikat uygulanan deney havuzlarında benzer düzenleme oranlarının elde edilmesi, sonuçların tekrarlanabilir olduğunu göstermiştir. Artan plazmid dozları ile düzenleme verimliliği arasında pozitif bir ilişki gözlenmiştir. GFP ve RFP pozitif hücrelerin saptanması transfeksiyonun başarıyla gerçekleştirildiğini doğrulamıştır. Sonuç: Bu tez çalışması, literatürde ilk kez OPTN genindeki c.1242+1G>A splice-site varyantının, hastadan elde edilen primer fibroblast hücrelerinde Prime Editing yöntemi ile hedeflenebileceğini göstermektedir. Elde edilen düzenleme oranları düşük olmakla birlikte PE teknolojisinin ALS gibi nörodejeneratif hastalıklarda hastaya özgü hücrelerde uygulanabilirliğini ortaya koymaktadır. Bu düzeltme, OPTN geninin normal splice mekanizmasının yeniden sağlanması açısından potansiyel terapötik önem taşımaktadır. Bulgular Prime Editing verimliliğinin optimizasyon çalışmalarının artırılması ve ileri düzey hücresel seçim stratejileri ile klinik uygulamalara taşınabileceğine işaret etmektedir.
Diamond-blackfan anemisi bulunan ve etiyolojisi çözülemeyen hastalarda nadir genetik sebeplerin araştırılması
Diamond-Blackfan Anemisi (DBA) erken başlangıçlı hipoplastik anemi ve konjenital malformasyonlarla karakterize bir kalıtsal kemik iliği yetmezliği sendromudur (KKİYS). Aynı zamanda bir ribozomopati olan DBA'da en sık (%25) etkilenen gen bir ribozomal proteini (RP) kodlayan RPS19'dur. Son yıllarda RP ilişkisiz nadir otozomal resesif DBA nedenleri (ADA2, HEATR3) tanımlansa da literatürdeki iyi incelenmiş DBA kohortlarında dahi etkilenmiş bireylerin ~%20'sinde genetik etiyoloji aydınlatılamamaktadır. Bu tez çalışmasında, DBA'nın genetik etiyolojisini araştırmak için Türkiye genelinden DBA ön tanısı ile başvuran 30 etkilenmiş birey, öncelikle hastalıkla ilişkili olabilecek RPS19 veya ADA2 varyantları açısından değerlendirilmiş, ardından mikrodizin yöntemi ile kopya sayısı değişiklikleri irdelenmiş ve son olarak tüm ekzom dizileme (WES) analizi ile incelenmiştir. Bu inceleme sonucu 30 etkilenmiş bireyin 12'sinde (%40) DBA ilişkili RP genlerinde (RPS19, RPL5, RPS29, RPS26, RPS24, RPL35A) hastalıkla ilişkili değişiklikler saptanmış, 3 etkilenmiş bireyde (%10) ise bialelik ADA2 mutasyonları bulunmuştur. Tez kohortunda genetik etiyolojinin aydınlatılma oranı %70 olup etiyolojinin ortaya çıkarıldığı 3 bireyde (%10) tanı DBA-dışı bir KKİYS geninde (SLC25A38, TINF2, CDIN1), 3 bireyde ise (%10) başka sendromlara yol açan genlerde (ZNF699, SLC29A3, STXBP1, CRAT) saptanan varyantlarla ilişkilidir. DBA ilişkili varyant saptanan bireyler arasında bir etkilenmiş bireyde RPL5 genini içeren de novo duplikasyon keşfedilmesi sebebiyle DBA'da ilk defa bir RP geni duplikasyonu hastalıkla ilişkilendirilmiştir. Ayrıca, iki etkilenmiş birey bulunan bir ailede RPS29 geninde otozomal resesif kalıtım ile uyumlu olarak DBA fenotipi ile segrege olan nadir bir varyant bulunmuş, böylece RP ilişkili DBA'da otozomal resesif kalıtımın da mümkün olduğu ilk defa gösterilmiştir. Bunlara ek olarak, 1 etkilenmiş bireyde snoRNA'ların (small nucleolar RNA) taşınmasında görevli bir protein kodlayan bir gende heterozigot çerçeve kaymasına yol açan nadir bir de novo mutasyon saptanmış ve DBA için aday gen olarak belirlenmiştir. Ek olarak, Hacettepe DBA kohortunda genotip-fenotip korelasyonu incelenmiş, ilk defa patojenik ADA2 varyantına sahip bireyler ile klasik DBA'lı bireyler arasındaki fenotipik farklılıklar gösterilmiştir. Sonuç olarak, DBA'nın genetik etiyolojisini aydınlatma amacıyla yola çıkılan bu çalışmada DBA'ya neden olan genlerin yanı sıra yeni bir aday gen ve bilinen genlerde yeni genetik özellikler ortaya konulmuştur.
Ailesel hiperkolesteroleminin genetik nedenlerinin araştırılması
Ailesel hiperkolesterolemi plazma kolesterol düzeylerinde yükseklik ve erken dönemde kardiyovasküler hastalık gelişimi ile karakterize genetik bir hastalıktır. Bu çalışma, ailesel hiperkolesteroleminin genetik nedenlerini kapsamlı bir şekilde değerlendirmek, klinik ve genetik ilişkisini incelemek amacı ile planlanmıştır. Bu amaçlar doğrultusunda, Simon Broome Kriteri'ne göre ailesel hiperkolesterolemi tanısı alan 52 hasta çalışmaya alınmıştır. İlk aşamada, LDLR geni tüm hastalarda Sanger yöntemi ile dizilenmiştir. Hastalık ilişkili mutasyon saptanmayanlara, sırası ile önce APOB geni 26. ve 29. ekzonları ve PCSK9 genine yönelik DNA dizi analizi yapılmıştır. Üç genin dizilenmesi sonucunda, toplamda 28 hastada LDLR geninde patojenik mutasyon saptanmıştır. Bunlardan iki tanesi daha önce bildirilmemiştir. Kalan 24 hastada öncelikle LDLR kopya sayısı değişikliklerine yönelik MLPA yapılmış ve bir hastada LDLR'de homozigot ekzon 11-12 duplikasyonu saptanmıştır. Bu aşamada mutasyon saptanmayan hastalarda NGS paneli ile etiyolojide yer alan genler araştırılmış ve NGS paneli ile bir hastada, LDLRAP1 geninde ve iki hastada APOE geninde hastalık ile ilişkili mutasyon saptanmıştır. Bir hastada ise LDLR geninde saptanan sinonim mutasyonun, RNA çalışması ile splice değişikliğine neden olduğu tespit edilmiştir ve bu mutasyon patojenik olarak sınıflandırılmıştır. Toplamda 33 hastada monogenik bir neden saptanırken, 1 hastada LDLR geninde önemi bilinmeyen değişiklik saptanmıştır. 18 hastada ise monogenik neden saptanmamıştır. Monogenik etiyolojiye yönelik olarak bu çalışmalar dışında, hastalığın poligenik etiyolojisine yönelik değerlendirilmeler yapılmıştır. Bu amaçla, daha önce literatürde bildirilen, 12 SNP bölgesi genotiplenmiştir. İlk basamakta mutasyon saptanan 28 hasta Sanger yöntemi ile genotipleme yapılırken, kalan 24 hastada monogenik nedenleri belirlemek için yapılan NGS paneli kullanılmıştır. Bu SNP'ler kullanılarak, mutasyon saptanan/saptanmayan hasta grupları ve bir kontrol örnekleminde 12 ve 6 SNP (genotiplenen 12 SNP içinden seçilen SNP'ler) içeren 2 farklı poligenik risk skoru hesaplanmıştır. Hesaplanan skorların ortalamaları gruplar arasında karşılaştırılmıştır. Bu şekilde, Türk popülasyonunda ilk defa, poligenik etiyolojinin hastalıktaki rolü değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, Türk popülasyonunda diğer popülasyonlara benzer şekilde mutasyon negatif hastaların skor ortalamaları kontrollere ve mutasyon pozitiflere göre yüksek bulunmuştur. Ayrıca monogenik hastalığın ortaya çıkışında poligenik faktörlerin etkili olabileceği de gösterilmiştir. Bulunan genetik değişikliklerin klinik ve biyokimyasal parametreler ile ilişkileri de araştırılmıştır. Son olarak, hastalarda bulunan sonuçlar doğrultusunda genetik danışma verilmiş, hastalar tedavi ve takipleri için ilgili kliniklere yönlendirilmiştir.
Karakterize edilemeyen kalıtsal kemik iliği yetmezliklerinde genetik nedenlerin araştırılması
Kalıtsal Kemik İliği Yetmezliği Sendromları hematopoez sürecinde tek bir hücre serisinde azlık şeklinde ortaya çıkabildiği gibi ikili ya da üçlü seride yetmezlik şeklinde de ortaya çıkabilen heterojen bir hastalık grubudur. Klasik örneklerini Fanconi Anemisi, Diskeratozis Konjenita, Shwachman Diamond Sendromu gibi hastalıklar oluştururken, bilinen kemik iliği yetmezlikleri ile uyumlu olmayıp, bir ya da daha fazla hücre hattındaki kemik iliği yetmezliğine diğer sistemik bulguların eşlik ettiği heterojen hastalık grubu "Karakterize Edilemeyen Kemik İliği Yetmezlikleri" olarak tanımlanmaktadır. Bu tez çalışmasında, Türkiye genelinden karakterize edilemeyen kemik iliği yetmezliği ön tanısı ile gönderilen 17 indeks vaka öncelikle genom boyu kopya sayısı değişiklikleri açısından değerlendirilmiş ardından tüm ekzom dizileme yöntemi kullanılarak incelenmiştir. 7 hastada daha önce kemik iliği yetmezliği ile ilişkilendirilen telomer boy sürdürülmesinde, amino asit metabolizmasında, ribozom maturasyonunda, vitamin metabolizmasında ve diğer hücresel süreçlerde görevli genlerde nedensel varyantlar saptanırken 1 hastada klinik önemi bilinmeyen kopya sayısı değişikliği gözlenmiştir. Bunlara ek olarak, kemik iliği yetmezliği, gelişme geriliği ve dismorfik bulgulara sahip bir birey ile etkilenmiş kardeşinin de yer aldığı çekirdek ailesinde homozigotluk haritalaması yapılarak p53 ilişkili apoptoz yolaklarında görevli ve şu ana kadar kalıtsal kemik iliği yetmezliği fenotipi ile ilişkilendirilmemiş olan güçlü bir aday gene ulaşılmıştır. Sonuç olarak, bu tez çalışması ile karakterize edilemeyen kemik iliği yetmezlikleri başlığı altında genetik ve fenotipik açıdan oldukça heterojen bir grup hasta ile karşı karşıya kalındığı, harman fenotipler ve germline mutasyona eklenen somatik değişikliklerin yüksek fenotip çeşitliliği gösteren bu grupta ayırıcı tanıyı zorlaştırdığı ortaya konmuştur.
Ailesel multiple skleroz hastalarında genetik etiyolojinin araştırılması
Amaç: Multiple skleroz (MS), santral sinir sisteminin (SSS) nöroinflamatuvar, nörodejeneratif kronik bir hastalığı olup en çok genç erişkinleri etkilemektedir. MS, çevresel etkenler ile etkileşim sonucunda genetik olarak yatkın bireylerde ortaya çıkmaktadır. MS ile ilişkisi gösterilen yaygın varyasyonlar, kümülatif olarak MS kalıtımsallığının yaklaşık yarısını açıklayabilmektedir. Düşük frekanslı varyasyonların MS riskini arttırdığı bilinmektedir. Bu çalışmada, MS patogenezinde rol oynayan gen ve yolakların ortaya çıkarılması hedeflenmektedir. Bu amaçla en az bir tanesi çocukluk çağı başlangıçlı olmak üzere 2 ya da daha fazla MS olgusu olan ailelerde tüm ekzom dizileme (WES) yöntemi ile hastalardaki MS etyopatogenezi ile ilişkili olduğu bilinen yolaklarda görev alan genlerdeki nadir varyasyonlar irdelenmiştir. Her ailede belirlenen nadir ortak varyasyonlar ile yolak analizleri yapılarak hastalık ile ilişkili olabilecek olası yolaklar tespit edilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya MS tanısı ile takip edilen Çocukluk çağı başlangıçlı multiple skleroz (POMS) hastalarından birinci, ikinci veya üçüncü derece akrabalarında MS tanısı olan 5 olgu ve MS tanılı en yakın akrabası dahil edildi. Bu hastalardan alınan periferik kandan genomik DNA elde edildi. DNA örneklerinden tüm ekzom dizileme yapıldı. Dizi biyoinformatik programlarla analize uygun hale getirildi ve analizler yapıldı. Bulgular: Yapılan analizler sonucunda 5 ailede bireyler arasında ortak olan ve MS ile ilişkisi olduğu düşünülen 53 farklı varyasyon saptandı. Bu varyasyonlardan genotip fenotip korelasyonu kurulanlar tartışıldı. Sonuç: WES analizi, multifaktöriyel ve poligenik bir hastalık olan MS'in tek başına yeterli bir değerlendirme yöntemi olmasa da MS ayırıcı tanısına giren nadir kalıtsal hastalıkları dışlamak ve MS ile ilişkili aday genleri belirlemek için önemli olduğu ortaya konulmuştur.
Gençlikte başlayan erişkin tip diyabet (MODY) ile ilişkilendirilmiş genlerde mutasyon saptanmayan hastalar ve ailelerinde tüm ekzom dizileme yöntemiyle yeni genetik değişikliklerin araştırılması
Amaç: Gençlerde erişkin başlangıçlı diyabet (MODY), monogenik diyabetin en yaygın tipidir. MODY, genetik olarak heterojen bir hastalıktır. Şu ana kadar 14 farklı gen ile ilişkilendirilmiş 14 farklı alt tipi tanımlanmıştır. Günümüzde moleküler tanısının konulabilmesi için son yıllarda artan şekilde yeni nesil dizileme teknolojileri kullanılmaktadır. İlk basamakta bilinen genlere yönelik hedeflenmiş paneller uygulanmakta fakat hastaların yaklaşık %20-30'unda genetik etiyoloji açıklanamamaktadır (MODY-X). Bu çalışmada, MODY-X hasta grubunda Diabetes Mellitus (DM) patogenezinde rol oynayan ilave gen ve yolakların ortaya çıkarılması amaçlanmaktadır. Gereç ve Yöntem: Çalışmada, 2020-2023 yılları arasında İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'na MODY ön tanısıyla başvuran, bu nedenle takip edilen, en az 3 kuşak akrabasında DM tanısı bulunan ve MODY etiyolojisine yönelik yapılan hedeflenmiş panellerle genetik tanısı konulamamış olan 5 hasta ve onların etkilenmiş 1.derece bir yakınına (5 aile, n=10) periferik kandan tüm ekzom dizileme yöntemi uygulanmıştır. Bulgular: Çalışmada yer alan 2 farklı ailede GIGYF1 geninde 2 adet novel varyant ve 2 farklı aileden 3 bireyde SLC30A8 geninde 1 adet novel varyant saptanmıştır. Ayrıca hastalarda daha önce monogenik diyabet etiyolojisinde aday gen olarak bahsedilen GCKR, SLC30A8, MAPK8IP1, ITPR3, ONECUT1 genleri ve daha önce diyabetik hastalarda gösterilmemiş olan RFX7, RAP1GAP, EXOC7 genlerinde anlamlı olabileceği düşünülen varyantlar saptanmıştır. Sonuç: Genomda kodlayan bölgeleri hedefleyen tüm ekzom dizileme yöntemi, hedeflenmiş panellerin tanı koymakta yetersiz kaldığı MODY-X hasta grubunda özellikle genetik araştırmayı derinleştirmek, hastalığa sebep olabilecek yeni genler ve varyantları belirlemek, hastalığın moleküler patogenezini daha iyi anlamak adına önemli bir katkı sunmaktadır. Daha önce DM ile ikişkilendirilmiş genlerin yanında bu çalışma ile ilk defa tespit edilmiş aday genlerin de MODY kliniğinde etkili olabileceği gösterilmiştir. Anahtar Kelimeler: Diabetes Mellitus, MODY, MODY-X, Tüm ekzom dizileme
Monogenik obezite olgularında genetik etiyolojinin araştırılması
Amaç: Erken başlangıçlı şiddetli obezite, tek bir gendeki patojenik varyantlara bağlı gelişebilen nadir bir form olan monogenik obezite ile ilişkilidir. Genellikle hiperfaji, metabolik bozukluklar ve nörogelişimsel bulgularla birliktelik gösterir. Bu çalışmada, erken yaşta başlayan obezite ve hiperfaji öyküsü olan bireylerde WES ile monogenik obeziteye neden olabilecek nadir varyantların tanımlanması ve bu varyantların olası biyolojik etkilerinin moleküler düzeyde değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya, obezite başlangıç yaşı 3 ay ile 10 yaş arasında değişen, hiperfaji öyküsü bulunan ve ayrıntılı fenotipleme yapılmış 24 birey dahil edilmiştir. Klinik veriler kapsamlı şekilde toplanmış, tüm ekzom dizileme gerçekleştirilmiş ve varyantlar ACMG kriterlerine göre sınıflandırılmıştır. Moleküler etkiler, protein-protein etkileşim ve biyolojik yolak analizleri ile desteklenmiştir. Bulgular: Olguların 13'ünde (%54) erken başlangıçlı obeziteyle ilişkili nadir varyantlar saptanmıştır; bunların %47'si novel olup daha önce bildirilmemiştir. Varyantlar sıklıkla LEPR, MC4R, NUCB2 gibi enerji homeostazında görevli genlerde yer almakta; bazı sendromik olgular ise SETD1A, NSD1 gibi epigenetik düzenleyici genlerde varyant taşımaktadır. Varyant saptanmayan bireylerin çoğunda hipotalamik veya metabolik işlevlerle ilişkili VUS'lar mevcuttur. Sonuç: Bulgular, erken başlangıçlı obezitenin yalnızca monogenik değil; epigenetik ve nörogelişimsel mekanizmaların da dahil olduğu karmaşık genetik etkileşimlerle şekillendiğini göstermektedir. WES, tanıda önemli bir araçtır ancak varyantların biyolojik etkileri fonksiyonel çalışmalarla doğrulanmalıdır. Anahtar Kelimeler: Monogenik obezite, hiperfaji, leptin-melanokortin yolağı, WES.
Shwachman-diamond sendromuna neden olan genetik etyolojinin belirlenmesi
Shwachman-Diamond sendromu (SDS, OMIM #260400) ekzokrin pankreas disfonksiyonu, iskelet bulguları, kemik iliği yetmezliği, miyelodisplastik sendrom ve lösemi (özellikle akut miyeloid lösemi) için artmış risk ile karakterize otozomal resesif bir hastalıktır. Ribozomopatiler içerisinde kalıtsal kemik iliği yetmezlikleri altında sınıflandırılan klinik olarak heterojen ve tanısı zor olan bu sendrom için son yıllarda yeni genlerde mutasyonlar bildirilerek hastalığın genetik heterojenliği de ortaya konmuştur. Bu çalışmada Türkiye genelinden SDS ön tanısı ile gönderilen hastaların fenotipik ve genotipik bulguları incelenmiştir. Ayrıca SDS fenotipi gösteren fakat bilinen genlerde herhangi bir mutasyon saptanmayan 8 bireye tüm ekzom dizileme (WES) analizi yapılarak etiyolojiye yönelik yeni genlerin bulunması hedeflenmiştir. Yapılan WES analizi sonucunda bir hastada TBXAS1 geninde patojen olduğu in silico olarak belirlenen bir varyant saptanmıştır ve asıl tanının Ghosal hematodiyafizyel sendrom olduğu belirlenmiştir. SDS fenotipinde görülen hemen hemen tüm bulgulara sahip bir hastada ise homozigotluk haritalamasının da yapılmasıyla güçlü bir aday gene ulaşılmıştır. Bu gen mikrotübül ilişkili protein ailesine ait bir protein kodlamakta olup günümüzde insanlarda herhangi bir fenotip ile ilişkilendirilmemiştir. Yine SDS fenotipi ile uyumlu bir hastada ekzositozda görevli olduğu bilinen bir gende nadir nonsense bir değişiklik saptanarak olası başka bir aday gene ulaşılmıştır. Kalan 5 hastada ise homozigot ve bileşik heterozigot filtrelemeler ile saptanan varyantlardan herhangi bir aday gene ulaşılamamıştır. Heterozigot varyant filtrelemesi ise devam etmektedir. Sonuç olarak çalışma hedefi olan yeni genlerin bulunmasına yönelik ilk basamak gerçekleştirilerek güçlü aday genler belirlenmiştir. Bu genlere yönelik fonksiyonel çalışmaların yapılması etiyolojinin aydınlatılmasına önemli katkı sağlayacaktır.
Türk toplumunda AZF mikrodelesyonu saptanan olgularda genotip-fenotip ilişkisinin araştırılması
Amaç: İnfertilite, herhangi bir korunma yöntemi kullanılmadan 1 yıl içinde gebe kalınamaması durumu olarak tanımlanmaktadır. Popülasyonun yaklaşık %10-15'ini etkilemekle birlikte %35-50'si, kısmen veya tamamen erkek faktöründen kaynaklanmaktadır. Ejakülatta spermin hiç bulunmaması durumu olan azospermi, erkek infertilite vakalarının %10-20'sini oluşturur ve genel erkek popülasyonun %2'sini etkilemektedir. Genetik nedenli azospermi öncelikle kromozomal anomaliler, monogenik bozukluklar, multifaktöriyel hastalıklar ve epigenetik faktörler gibi bir dizi genetik bozukluktan kaynaklanabilir. Çalışmamızda, Türk toplumunda AZF mikrodelesyonu saptanan olguların delesyon tipi ile klinik bilgileri arasındaki ilişkinin aydınlatılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Azospermi tanısı ile Ocak 2009 ve Mart 2019 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Üroloji AD. ve Ege Üniversitesi Aile Planlaması ve Kısırlık (İnfertilite) Uygulama ve Araştırma Merkezi'ne başvuran olgularda karyotip analizi normal ve AZF mikrodelesyonu saptanan olguların, hormon profili, demografik özellikleri ve TESE sonuçlarını içeren dosyaları incelenerek retrospektif olarak veriler toplanarak analiz edilmiştir. Bulgular: 46,XY karyotipine sahip 42 olgunun yapılan AZF mikrodelesyon testleri sonucunda 3 olguda AZFa, 2 olguda AZFb, 31 olguda AZFc, 4 olguda AZFb+AZFc ve 2 olguda AZFa+AZFb+AZFc mikrodelesyonu saptanmıştır. Uygulanan mikro-TESE sonucunda AZFc mikrodelesyonuna sahip 16 olguda sperm elde edilmiştir. Sperm elde edilen 2 olguda gebelik sağlanmıştır. Delesyon tipi ile yaş, boy, kilo, vücut kitle indeksi, hormon profili ve testis hacmi arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır. Sonuç: Çalışmamızda, AZF mikrodelesyonu bulunan toplam 42 olguda mikro-TESE sonuçlarını, hormonal ve demografik verilerini bütünüyle değerlendirmiş olan Türk toplumundaki en fazla olgu sayısına ulaşılmıştır. Aynı zamanda, genotip-fenotip korelasyonu literatür ile uyumlu bulunmuş olup; özellikle AZFc delesyonu saptanan olguların gebelik elde etme şanslarının bulunduğu gösterilmiştir.
Dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğunda (DEHB), yavaş bilişsel tempo (YBT) semptomlarının dopaminerjik yolak ile ilişkisinin genetik açıdan incelenmesi
Amaç: Dikkat Eksikliği ve Hiperaktivite Bozukluğu (DEHB), yüksek kalıtsallık gösteren, multifaktöriyel, poligenik bir hastalıktır. Şimdiye kadar DEHB tanısıyla ilişkilendirilmiş varyantlar patogenezin çok küçük bir kısmını açıklayabilmektedir. Buna da en büyük sebep olarak DEHB olgularındaki fenotipik heterojenite gösterilmektedir. DEHB heterojenitesini azaltmaya yönelik çalışmalar yavaş bilişsel tempo (YBT) kavramını araştırmaya dair ilgiyi arttırmıştır. Bu çalışmadaki amacımız DEHB hastalarında saptanan genetik varyantların biyobelirteç olarak temsil gücünü arttırmak için, DEHB klinik heterojenitesini azaltmak ve bu varyantların YBT tanısı ile olan ilişkisini incelemektir. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda 26 YBT tanılı olgu, 69 YBT-DEHB tanılı olgunun verileri 147 DEHB tanılı olgu ve 92 sağlıklı kontrolün verileriyle karşılaştırıldı. YBT tanısı alan olgularda, DEHB tanısı alan olgularda ve sağlıklı kontrollerde DAT1 (3'UTR bölgesinde 40 bç tekrar bölgesi), DRD4 geni (ekzon 3' te meydana gelen 48 bç tekrar bölgesi) VNTR bölgeleri incelendi. Bunun yanı sıra, BDNF (rs6265), SNAP-25 (rs3746544-rs1051312) ve SYN3 (rs133945-rs133946) polimorfizmleri ise RFLP yöntemi ile değerlendirildi. Bulgular: DAT1, DRD4 ve BDNF genlerinde gruplar arasında istatiksel olarak anlamlı farklılık saptanırken (p<0,05), SNAP-25 ve SYN3 genlerinde anlamlı düzeyde farklılık bulunmamıştır (p>0,05). DAT1 geni için 10R/10R genotipi, DRD4 geni için 7R alleli ve BDNF geni için A alleli en yüksek oranda YBT olgularında saptanmıştır. Sonuç: YBT semptomları olan olguların DEHB tedavisinde kullanılan metilfenidat tedavisine yanıtsız olduğu önceki çalışmalarda belirtilmiştir. DEHB ile ilişkili farmokogenetik çalışmalarda azalmış metilfenidat yanıtıyla ilişkili genetik belirteçler DAT1 geni için 10R/10R genotipi, DRD4 geni için 7R alleli ve BDNF geni için A allelidir. Çalışmamızda metilfenidata yanıtsızlıkla ilişkili bulunan allellerin tümü YBT olgularında hem sağlıklı kontrollerden hem de DEHB olgularından yüksek saptanmıştır. Çalışmamızın sonuçları sonraki yapılacak DEHB aday gen çalışmaları ve farmakogenetik çalışmalarında, DEHB ile birlikte YBT semptomlarının da araştırılması gerekliliğini göstermektedir. YBT tanı grubuna yönelik yapılmış ilk aday gen çalışması olup bulguların farmakogenetik çalışmalarla desteklenmesine ihtiyaç duyulmaktadır.
Mental retardasyon ve/veya multipl konjenital anomali'li olguların yeni nesil dizileme tekniği ile genetik etiyolojisinin araştırılması
Mental ratardasyon (MR) zekayı etkileyen tüm yeteneklerin kaybı ve ilerlememesi sonucu oluşan, genel zihinsel fonksiyonların ortalamanın anlamlı derecede altında olması şeklinde tanımlanmaktadır. Günümüzde MR yerine zihinsel yetersizlik (intellectual disability, ID) terimi kullanılmaya başlanmıştır. ID yaklaşık olarak popülasyonun %1-3'ünü etkilemektedir. ID kadınlara göre erkeklerde daha sık görülmektedir. ID izole olabileceği gibi multipl konjenital anomaliler de (MCA) eşlik edebilir. Bu çalışmada genetik bir sebepten olduğu tahmin edilen tanısı konulamamış ID ve/veya multipl konjenital anomalisi olan 8 olgu tüm ekzom dizileme tekniği ile araştırılmıştır. Çalışmada 3 tanesi X'e bağlı kalıtım paterni, 1 tanesi otozomal resesif kalıtım paterni gösteren toplamda 4 olguda (%50) tanı konulmuştur. Olgularda bulunan mutasyonlar IQSEC2 (p.Val900Ile), PLAG2G6 (p.Leu542Phe), AGTR2 (p.Tyr189X), FRMPD4 (p.Asp1033Asn) genlerinde bulunmuştur. Tanı konulan olgularda saptanan mutasyonların hepsi ilk defa çalışmamızda saptanmıştır. Ayrıca rastlantısal olarak 2 olgu ve ebeveynlerinde ACMG (American College of Medical Genetics) tarafından bildirilmesi önerilen genlerden 2 tanesinde (PMS2 ve MSH2) mutasyon saptanmıştır. Bu mutasyonlar da ilk defa çalışmamızda saptanmıştır. Bu çalışma, ülkemizde tanısı konulamamış ID ve/veya multipl konjenital anomalisi olan olguların yeni nesil dizileme ile etiyolojilerini aydınlatmaya yönelik yapılmış ilk çalışmadır. Olgulardaki genetik etiyolojisinin aydınlatılması, gelişebilecek komplikasyonların önlenebilmesine ve etkilenen ailelere daha etkili genetik danışma verilmesine katkı sağlayacaktır.
Hemoglobin A2 değerini düşüren delta globin gen değişikliklerinin araştırılması
ÖZET Giriş ve Amaç: Bir hemoglobinopati hastalığı olan beta talasemi, hemoglobinin beta globin sentez defekti sonucu oluşur. Beta talasemi taşıyıcılığı tanısı koymada yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC) sonucu ortaya çıkan HbA2 değerinin önemi büyüktür. Beta talasemi taşıyıcılığında HbA 2 seviyesinin artmış olması beklenmektedir. Ancak bazı durumlarda HbA2 değeri artış göstermemektedir. HbA2 değerini düşüren nedenler arasında en az araştırılmış olanı delta globin gen değişikleridir. Delta globin gen değişiklikleri klinik olarak bulgu vermese de beta talasemi taşıyıcılığının tanınmasında yanlış tanıya sebep olabilmektedir. Çünkü HbA2 değeri, delta globin azalmasına bağlı olarak normal ya da normalin altında olabilmektedir. Bu sebeple talasemi taşıyıcılığının sık görüldüğü bölgelerde talasemi önleme programları için delta globin gen değişikliklerinin ortaya konması önemlidir. Bu çalışmada beta talaseminin sık görüldüğü ülkemizde dizi analizi ile HBD geni varyasyonlarını ortaya koyarak, delta globin gen varyasyon sıklığını ve bu varyasyonların tiplerini ortaya koymayı amaçladık. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'na alfa veya beta talasemi mutasyon analizi için başvurmuş toplam 50 olgu alınmıştır. HbA2 değeri elektroforezde %2 ve altında, mikrositoz ve hipokromisi olan 40 olgu ve HbA2 fraksiyonunda ek pik saptanan 10 olgu bulunmaktadır. Bu olgularda Sanger dizi analizi yöntemiyle HBD geni değişiklikleri araştırılmıştır. Bulgular: Çalışmada 8 olguda toplam 7 farklı varyasyon tespit edilmiştir. Saptanan 7 varyasyonun 5'i daha önce tanımlanmıştır. İki varyasyon (c.350 G>C ve c.-172 A>T) ise ilk defa bu çalışmada saptanmıştır. Saptanan değişiklikler; 1 olguda tanımlı c.-115 A>G mutasyonu,1 olguda tanımlı c.14 C>T mutasyonu ve 2 farklı benign varyasyon (c.294 C>T, c.316-174_316-173delAT),1 olguda varyant hemoglobin oluşturan ve ilk defa bu çalışmada tanımlanan c.350 G>C varyasyonu ve 5 olguda bir tanesi bu çalışmada tanımlanan 2 farklı varyasyondur (c.315+429 T>C, c.-172 A>T). Sonuç: Yeni bulunan 2 varyasyondan biri yeni hemoglobin varyantı HbA2-Bornova olarak dünya literatürüne kazandırılmış, diğeri ise The American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) kriterlerine göre benign olarak değerlendirilmiştir. Varyasyon saptanan olguların laboratuvar bulguları değerlendirilerek fenotip-genotip korelasyonuna katkı sağlanmıştır. Türkiye popülasyonundaki HBD geni varyasyon dağılımı,bilindiği kadarıyla, ilk kez değerlendirilmiştir.
Primer immün yetmezliğe sahip hastaların klinik, immünolojik ve moleküler genetik değerlendirilmesi ve yeni tanımlanan varyantlar
Amaç: Primer İmmün Yetmezlik Hastalığı (PİYH), bağışıklık sisteminde görev alan unsurların, doğumsal ya da primer gelişim ve olgunlaşma basamaklarını ilgilendiren bozukluklar nedeniyle meydana gelen, otoimmünite, immündisregülasyon ve kronik ve/veya yineleyen enfeksiyonlarla sonuçlanan bir hastalık grubudur. Moleküler tanının zorluğu ve fenotipik sınıflandırmadaki değişiklikler nedeniyle özellikle farklı popülasyonlara ait genomik veri bugüne değin sınırlı kalmıştır. Bu çalışmada merkezimizce incelenen tüm hastaların fenotipik özellikleri ve genotipik altyapıları birlikte değerlendirilerek, Türk toplumunda görülen değişimlere dair fikir edinmek, insidental verilere ulaşmak, genotip-fenotip korelasyonuna dair içgörümüzü geliştirmek ve daha önce tanımlanmamış varyantları inceleyerek klinik veri ile korrelasyonlarını değerlendirmek amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmamızda, 2017 ile 2021 yılları arasında Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Genetik Bölümü'ne immün yetmezlik ön tanısı ve/veya ilintili şikayetleriyle başvurmuş ve ön değerlendirmeden geçirdikten sonra, DNA izole edilmiş, ve immün yetmezliklerin tanı ve takibinde yeri olduğu gösterilmiş 64 adet geni içeren bir panel, NGS (Next Generation Sequencing – Yeni Nesil Dizileme) yöntemi ile genetik açıdan analiz edilmiş, ve nihayetinde hastaların fenotipik ve genotipik verileri değerlendirilmiştir. Buna ek olarak ebeveyn çalışmaları için belirlenen bölgelere Sanger dizi analizi çalışılmış ve analiz edilmiştir. Bulgular: Bazı hastalarda birden çok gen değişimi raporlandığından, 224 hastada olası benign, önemi bilinmeyen varyant, olası patojenik ve patojenik sınıflarına dâhil olan toplam 354 varyant raporlandı. En sık raporlanan gen DOCK8 idi (36 hasta, 10,2%), bunu LRBA (25 hasta, 7.2%), ATM (24 hasta, 6.9%), TNFRSF13B (20 hasta, 5.8%) ve PRF1 (17 hasta, 4.9%) izlendi. IV Sonuç: Çalışmamızda, immün sistem bozuklukları ile ilişkili genlerdeki değişimlerin kapsamlı bir değerlendirmesi yapılmış, patojenitesi bugüne değin netleşmemiş veya literatürde daha önce hiç bildirilmemiş varyantlar tartışılarak yeni genotip fenotip ilişkilendirmeleri yapılmıştır. Elde edilen veriler, literatüre sağlayacağı katkının yanında bu alanda gelecekte planlanacak araştırmalar ve hastalara yaklaşm için yol gösterici olabilir.
CNTNAP2 ve SETBP1 varyantlarının gelişimsel dil bozukluğuna olası etkisinin araştırılması
Amaç: Gelişimsel dil bozukluğu (GDB), çocukların iletişim kurmalarını zorlaştıran en yaygın gelişimsel engellilik olup, normal dil gelişimindeki bozulmanın, işitme kaybı, nörolojik/psikiyatrik hastalıklar ve çevresel uyaranlardan yoksunluk ile açıklanamaması ile karakterizedir. GDB patogenezinde çevrenin yanı sıra, güçlü genetik faktörlerin de etkili olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada SETBP1 ve CNTNAP2 genlerindeki dizi varyasyonları ve suçlanan çevresel değişkenlerin GDB etiyolojisindeki rolünün belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Eylül 2022-Mart 2023 tarihleri arasında Necmettin Erbakan Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi (NEUTFH) Çocuk Ruh Sağlığı polikliniklerine başvuran, DSM-V ölçütlerine göre dil bozukluğu tanısı konulan, gelişim düzeyleri AGTE ile değerlendirilmiş olan, 2 - 7 yaş arasındaki otuz çocuk, etiyolojiden sorumlu olabilecek aday genler ve çevresel etmenler açısından incelenmiştir. NEUTFH Tıbbi Genetik polikliniklerine başvuran, vaka grubundakiler ile yaş ve cinsiyet bakımından benzer, altta yatan bir hastalığı olmayan otuz sağlıklı çocuk kontrol grubu olarak çalışmaya dahil edilmiştir. Her iki grubun periferik kanından izole edilen DNA örneklerinde SETBP1 ve CNTNAP2 genleri yeni nesil dizileme yöntemi ile analiz edilmiştir. Saptanan varyantların klinik önemini değerlendirilmiş ve gerekli vakalarda varyant doğrulama ve segregasyon analizleri Sanger dizileme ile yapılmıştır. Elde edilen veriler uygun istatiksel yöntemlerle karşılaştırılmıştır. Bulgular: En sık varyant türü, CNTNAP2 geninde intronik (%75), SETBP1 geninde missense varyantlar (%60) olmuştur. 29 SNV vaka ve kontrol gruplarında ortak izlenirken üç SNV (rs186624619, rs17170742, rs373599564) ve iki önemi bilinmeyen (CNTNAP2: c.973C>G:p.P325A ve CNTNAP2: c.2236G>A:p.D746N) varyant yalnızca vaka grubunda izlenmiştir. Nadir varyantlardan biri novel olup, her ikisinin in siliko analizleri çelişkili sonuçlar vermiştir.Yapılan segregasyon çalışmasında etkilenmemiş ebeveynden paternal kalıtıldıkları gösterilmiştir. Polimorfizmlerin vaka ve kontrol gruplarındaki sıklıkları kıyaslanmıştır. SETBP1 rs11082414 (G/C) varyantı için homozigot CC genotip sıklığı hastalarda kontrollere kıyasla anlamlı derecede daha yüksek bulunmuştur (p=0,024). Nongenetik faktörler incelendiğinde ise vaka grubunda ortalama doğum kilosu daha yüksek (p=0,043), ortalama laktasyon süresi daha düşük (p=0,044) bulunmuştur. Sonuç: Çalışmamızda aile öyküsü, erkek cinsiyet, 15 aydan az laktasyon süresi ve SETBP1 rs11082414-CC varyantının GDB için risk faktörü olabileceği sonucuna varılmıştır. Risk faktörlerini belirlemek, yüksek riskli aileler için önleyici ve tedavi stratejileri oluşturmaya yardımcı olabilir.
Ektodermal gelişim bozukluğu olgularında genotip ve fenotip özelliklerinin incelenmesi
Ektodermal yapıların oluşumu ve farklılaşması sırasında meydana gelen bozukluklar, çeşitli klinik tablolar ile ilişkilendirilmektedir. Ektoderm kökenli iki veya daha fazla dokuda anormal gelişim bulguları görülen ektodermal displazilerin, 150'den fazla alt türü tanımlanmıştır. Diş, kıl folikülü ve ter bezlerinin tutulumu ile seyreden hipohidrotik ektodermal displazi (HED), bu grup içerisinde en sık bildirilen hastalıktır. Tek bir ektodermal yapının etkilendiği, sendromik olmayan klinik formlar da sıklıkla saptanmaktadır. Embriyonik gelişim sırasında epitel ve mezenşim tabakaları arasındaki sinyal iletimini düzenleyen proteinleri kodlayan genlere ait patojenik değişikliklerin, ektodermal gelişim bozukluklarına neden olduğu bilinmektedir. Çalışmamızda 12'si HED, 13'ü izole ektodermal gelişim anomalisi tanılı toplamda 25 olguda, yeni nesil dizileme yöntemi kullanılarak DNA varyantlarının araştırılması amaçlanmıştır. HED olgularında, bu hastalığa yol açtığı bilinen EDA, EDAR, EDARADD, EDA2R, NEMO, TRAF6 ve WNT10A genleri incelenirken, diğer olgularda ekzom dizileme yöntemi tercih edilmiştir. Saptanan varyantlara ait özellikler ile olguların klinik bulguları karşılıklı olarak değerlendirilerek genotip-fenotip korelasyonu analizleri yapılmıştır. Olguların %76'sında ektodermal yapıların gelişimi ile ilişkilendirilen genlerde, klinik açıdan anlamlı DNA dizi değişiklikleri tespit edilmiştir. Bulunan varyantların yaklaşık %35'i novel olarak değerlendirilmiştir. Çalışmamızın sonucunda, ektodermal gelişim bozukluklarında görülen fenotipik bulguların altında yatan genotipik özellikler ile ilgili önemli veriler elde edilmiştir. Anahtar kelimeler: Ektodermal displazi, yeni nesil dizileme, varyant analizi
Mikroarray testi için yönlendirilen olguların analiz sonuçları ve klinik özelliklerinin literatür eşliğinde tartışılması
Bilişsel gerilik ve/veya konjenital anomaliler, toplumda nadir görülmelerine rağmen geniş etiyolojik spektruma sahip bir hastalık grubunu oluşturmaktadır. Yapısal kromozom anomalileri, öğrenme güçlüğü, dismorfik yüz bulguları, çeşitli konjenital anomaliler ve büyüme-gelişme geriliği gibi klinik bulgulara yol açan önemli nedenler arasında yer alır. Bu anomalilerin ancak 5 Mb'dan büyük olanları konvansiyonel sitogenetik yöntemlerle tespit edilebilmektedir. Mikroarray tetkiki, intersitisyel bölgelerde bulunan küçük delesyon ve duplikasyonların saptanmasına olanak sağlamaktadır. Günümüzde array tabanlı yöntemler (array CGH, SNP array vb.) kullanılarak bu hasta grubunun %15-20'sine tanı verilebilmektedir. Bu çalışmada, retrospektif olarak tek merkeze mikroarray testi için yönlendirilen toplamda 51 olgunun analiz sonuçları ve klinik özellikleri literatür eşliğinde incelendi. Veriler, Illumina Infinium Global Screening Array platformu kullanılarak elde edildi. Analiz sonuçlarına göre, hastaların önemli bir kısmında "patojenik" ve "olasılıkla patojenik" kopya sayısı değişikliği tespit edildi. Bu değişikliklerin bazıları literatürde daha önce bildirilmiş olup, klinik bulgularla uyumlu genetik değişiklikler olarak değerlendirildi. Bununla birlikte, bazı yeni ve literatürde yer almayan kopya sayısı değişiklikleri de saptandı ve bu sayede literatüre katkıda bulunuldu. Elde edilen bulgular, SNP array testinin genetik hastalıkların tanısında ve yönetiminde önemli bir araç olduğunu bir kez daha göstermiştir. Çalışmamızda, her hastanın kırık noktalarının neredeyse eşsiz olması nedeniyle, değişime uğrayan bölgenin içerdiği genlerin haployetmezlik/triplosensitivite açısından değerlendirilmesinin ve bunun için de ClinGen gibi gen/genomik bölge kürasyonu yapan çalışma gruplarının yaygınlaştırılmasının önemi ortaya konmuştur. Ayrıca mikroarray tetkiki analizi sırasında, kopya sayısı değişikliklerinin özelliklerinin (gen sayısı ve içeriği, literatür verileri ve aile dağılımı vb.) kanıta dayalı şekilde skorlanmasının gerekliliği vurgulandı. Sonuç olarak, SNP array sonuçlarının klinik özelliklerle ilişkilendirilmesi, hastalıkların daha iyi anlaşılmasına ve hastalara doğru genetik danışmanlık verilmesine olanak tanımaktadır. Gelecekte, kopya sayısı değişikliklerinin klinik önemini aydınlatmak amacıyla daha geniş çapta kohort ve vaka kontrol çalışmaları ile kopya sayısı değişikliklerinin kürasyonuyla ilgilenen küresel çalışma gruplarının artmasıyla SNP array testinin klinik yararlarını daha net bir şekilde ortaya koyacağı inancındayız. Anahtar Kelimeler: Kopya sayısı değişikliği, mikroarray analizi, SNP array, bilişsel gerilik
Meme ve over kanserli hastalarda yeni nesil dizileme analizlerinin retrospektif değerlendirilmesi
Bu çalışmanın amacı, 317 meme ve over kanseri tanısı almış hastada, genetik değişiklikleri ve bunların tümörlerin patolojik özellikleriyle olan ilişkilerini incelemektir. NGS yöntemiyle analiz edilen hastalarının verileri retrospektif olarak değerlendirilmiştir. 76 gen içeren herediter kanser paneli kullanılarak yapılan analizde, yalnızca patojenik ve muhtemel patojenik varyantlar dikkate alınmıştır. Çalışmamızda, meme kanserli hastaların %5,7'sinde (16/281) BRCA1/BRCA2 genlerinde patojenik veya muhtemel patojenik mutasyonlar saptanmış; benzer oranda (%5,7; 16/281) diğer meme kanseri yatkınlık genlerinde de mutasyonlara rastlanmıştır. Elde edilen bu oranlar, mevcut literatürle benzerlik göstermektedir. Literatürle uyumlu olarak, meme kanserli hastalarında mutasyon saptanan diğer genler; ATM, PALB2 ve CHEK2'dir. Over kanserli hastalarda ise %25 (9/36) oranında BRCA1/BRCA2 patojenik/muhtemel patojenik mutasyon bulunmuş olup, mutasyon sıklığı %5,5 (2/36) oranında diğer genlerde mutasyon gözlemlenmiştir. Sonuç olarak, çalışmamız meme ve over kanserli hastalarda yalnızca BRCA1/BRCA2 germline mutasyonlarına odaklanmanın yetersiz olduğunu ve ilişkili diğer genlerin herediter kanser paneli olarak analiz edilmesinin daha faydalı olabileceğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler: meme kanseri, over kanseri, yani nesil dizileme, herediter kanser paneli.
Fucoidan'ın baş boyun kanseri üzerindeki etkisinin araştırılması
Bilim ve teknolojik gelişmelerin yüksek bir hızla ilerlediği günümüzde hastalıkları moleküler düzeyde anlayabilmek ve yeni tedavi yöntemleri ortaya koyabilmek için yapılan genetik çalışmalar artmıştır. Baş boyun kanserinde bu soruları aydınlatabilmek ve tedavi yöntemi geliştirebilmek adına çalışmamızı gerçekleştirdik. Mozuku, Japonya Okinawa, Tayvan bölgesinde yetiştirilen kahverengi bir yosun türü olup latince ismi Cladosiphon okamuranus'dur. Çalışmamızda Mozuku'nun önemli bir etken maddesi olan Fucoidan'ın baş - boyun kanseri üzerinde moleküler etkileri araştırılmıştır. Hücre proliferasyonuna ve migrasyonuna olan etkisi ile apoptotik yolakta hangi genleri nasıl etkilediği sorularına cevap bulmak hedef alınan temel basamakları oluşturmuştur. Sonuç olarak baş -boyun kanseri üzerinde hücre proliferasyon çalışmamızı xCELLigence E-plaka sistemi kullanarak yaptıktan sonra Fucoidan'ın hücre proliferasyonunu inhibe ettiğini gördük, sonrasında da analiz yaparak IC50 dozunu belirledik. xCELLigence CIM-plaka sistemi ile yaptığımız migrasyon deney sonucunda IC50 dozunda hücre migrasyonunu inhibe etti. Yaptığımız bu çalışmalardan sonra Fucoidan'ın apoptoz üzerine etkisini araştırdık ve gördük ki apoptoz ile ilgili genlerde mRNA ve protein düzeyindeki ekspresyonlarında anlamlı bir artış ya da azalma olmamaktadır ve Kaspaz -3 aktivitesi deneyine de bağlı anlamlı bir artış olmaması bize Fucoidan'ın apoptozu uyarmadığını göstermektedir. Bu sonuç hücre proliferasyon inhibisyonunun farklı yolaklar üzerinden olabileceğini işaret etmektedir. Yapılan çalışmalar Fucoidan'ın kanser hücreleri üzerine etkisinin apoptoz üzerinden olabileceği gibi, otofaji veya hücre döngüsünü durdurma şeklinde olabileceğini de göstermektedir. Baş -boyun kanseri tedavisinde Fucoidan'ın etki mekanizmasının çözümü önemli bir çalışma olup, elde edilen ilk sonuçlar, Fucoidan'ın potansiyel bir tedavi yöntemi olabileceği göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Apoptoz, Baş ve Boyun Kanseri, Fucoidan, Migrasyon, Proliferasyon
Türkiye'de ulusal yenidoğan tarama programında bulunan fenilketonüri, konjenital hipotiroidi, biyotinidaz eksikliği ve kistik fibrozis taşıyıcılık oranlarının yeni nesil dizileme ile değerlendirilmesi
Bu çalışma, Türkiye'de ulusal yenidoğan tarama programında yer alan hastalıklardan fenilketonüri (PKU), konjenital hipotiroidi (KH), biyotinidaz eksikliği (BE) ve kistik fibrozis (KF) için taşıyıcılık oranlarını ve genetik varyant çeşitliliğini değerlendirmeyi amaçlamaktadır. Çalışmaya, bu hastalıklar dışında herhangi bir ön tanı ile Tıbbi Genetik Polikliniği'ne başvuran 1966 birey dahil edilmiştir. Yeni nesil dizileme (YND) teknolojisi ile elde edilen klinik ekzom verileri retrospektif olarak analiz edilmiştir. Çalışma sonucunda, PKU için %7,07, KH için %8,24, BE için %8,49 ve KF için %6,25 oranında taşıyıcılık saptanmış; toplam taşıyıcılık oranı %27,26 olarak belirlenmiştir. Elde edilen taşıyıcılık oranlarına dayanarak Hardy-Weinberg denklemi ile hesaplanan tahmini insidanslar, literatürde bildirilen epidemiyolojik verilerle birlikte değerlendirilmiştir. Her bir hastalık için en sık rastlanan varyantlar belirlenmiş ve bunlar hem ulusal hem de uluslararası literatürle karşılaştırılmıştır. Elde edilen veriler, Türkiye'de toplumun genetik taşıyıcılık profiline dair önemli bilgiler sunmakta; prekonsepsiyonel tarama, eş taraması ve prenatal tanı gibi koruyucu sağlık hizmetlerinin geliştirilmesi açısından bilimsel dayanak oluşturmakta ve söz konusu hastalıkların ülkemizdeki insidans ve taşıyıcılık oranlarının, dünya geneline göre daha yüksek oranlarda olduğunu desteklemektedir. Bu çalışma, mevcut yenidoğan tarama stratejilerinin genetik verilerle desteklenmesinin gerekliliğini vurgulamakta ve gelecekte uygulanacak genom temelli halk sağlığı politikaları için yol gösterici nitelik taşımaktadır.
Alzheimer ve vasküler demans tanısında miRNA-29a ve miRNA-31'in biyobelirteç olarak değerlendirilmesi
Alzheimer ve vasküler demans, en yaygın görülen iki demans türüdür ve ayırıcı tanısında klinik olarak zorluk yaşanmaktadır. Bu nedenle non-invaziv biyobelirteç arayışları sürmektedir. Farklı dokularda ifade edilebilen mikroRNA'ların sinaptik düzenin korunmasıyla nörodejenerasyon üzerindeki düzenleyici etkisinin anlaşılması nörodejeneratif hastalıklar için potansiyel tanı araçları olarak görülmektedir. miR-29a, sinaps oluşumu ve nörogenez üzerinde etki göstermektedir. miR-31, inflamasyon ve nöronların ölümüyle nörodejenerasyona sebep olmaktadır. Bu doğrultuda miR-29a ve miR-31'in vasküler demans, Alzheimer ve kontrol olgularında incelenmesi, farklılıklarının belirlenerek tanısal olarak kullanılabilirliğinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmamızda, 30 Alzheimer Hastalığı, 30 vasküler demans tanısı almış ve yaşla uyumlu 30 kontrol bireyinden alınan serum örneklerinde Real Time PCR yöntemi ile miR-29a ve miR-31'in ekspresyon seviyeleri incelenmiş ve biyobelirteç olarak kullanılabilirliği değerlendirilmiştir. Çalışmamızda gruplar arasında serum örnekleri karşılaştırıldığında miR-29a ekspresyon seviyesinde anlamlı farklılık gözlenmemiştir (p>0,05). miR-31 ekspresyon seviyelerinde, gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı fark gözlenmiştir (p=0,01). miR-31 ekspresyon seviyelerinin Alzheimer grubunda diğer gruplara göre anlamlı derecede arttığı gözlemlenmiştir (p=0,017, p=0,046). Vasküler demans ve kontrol grubu arasında ise miR-31 ekspresyon seviyesi istatistiksel olarak anlamlı farklılık gözlemlenmemiştir (p=1). Hasta grupları ve kontrol grubu bireyleri karşılaştırıldığında miR-29a ifadesi tek başına anlamlı bulunmazken, miR-31'in ifadesi anlamlı bulunmuştur. Bu iki miRNA'nın ifadeleri birlikte değerlendirildiğinde miR-29a ve miR31'in Alzheimer ve vasküler demans grubu aynı zamanda Alzheimer ve kontrol grupları arasında orta tanısal doğrulukta ayırt edici bir parametre olarak kullanılabileceği fakat bu hastalıkların tanısında biyobelirteç olarak kullanılmak için henüz yeterli olmadıklarını düşündürmektedir.
İdiopatik habituel abortus öyküsü olan kadınlarda LncRNA GAS5 polimorfizmi ve ekspresyon farkının değerlendirilmesi
Başlık: İdiopatik habituel abortus öyküsü olan kadınlarda lncRNA GAS5 polimorfizmi ve ekspresyon farkının değerlendirilmesi Amaç: Gebeliğin 20. haftasından önce ve 500 g altında olan fetusun tamamının veya bir kısmının uterus dışına atılması abortus, bu olayın iki veya daha fazla gerçeklemesi habituel abortus olarak tanımlanır. Tekrarlayan gebelik kayıplarında (TGK) kromozomal anomaliler, otoimmün hastalıklar, endokrin hastalıklar, rahim yapısal anomalileri gibi faktörler rol oynamakla birlikte yaklaşık %50'si idiopatiktir. Yapılan çalışmalarda bazı genetik faktörlerdeki (lncRNA GAS5 gibi) değişiklikler gebelik kayıpları ile ilişkilendirilmiştir. Çalışmamızda GAS5 geni rs55829688, rs6790, rs2067079 ve rs145204276 polimorfizmleri ile GAS5 ekspresyon seviyelerinin habituel abortus gelişimi üzerindeki etkisinin araştırılması planlanmıştır. Yöntem: Çalışmamızda TGK olgularında GAS5 gen polimorfizmlerinin ve ekspresyon seviyelerinin gebelik kaybı riski ile ilişkisini araştırmak için 75 hasta ve 75 kontrol grubundan alınan örneklerde DNA ve RNA izolasyonu yapılmıştır. İzolasyonu gerçekleştirilen örneklerde GAS5 rs55829688, rs6790, rs2067079 ve rs145204276 polimorfizmleri Taq Man SNP, ekspresyon seviyesi ise Real-Time PCR yöntemleri ile gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Çalışmamızda gruplar arasında rs55829688 polimorfizmi için istatiksel olarak anlamlı bir fark gözlenirken (p=0,005), rs6790 ve rs2067079 polimorfizmlerine ait genotipleme sonuçlarında farklılık saptanmamıştır (sırasıyla p=0,241, p=0,086). rs145204276 polimorfizmine ait genotipleme çalışmasından sonuç alınamamıştır. GAS5 ekspresyonu açısından ise hasta ve kontrol grupları arasındaki farklılık anlamlı idi (p= 0,008). Sonuç: Çalışma verileri araştırma ve kontrol grupları arasında GAS5 ekspresyon seviyesindeki farklılığı ortaya koymuş olup GAS5'in gebelik kayıpları ile ilişkili bir RNA olabileceğini düşündürmektedir. Anahtar kelimeler: Tekrarlayan gebelik kaybı, uzun kodlama yapmayan RNA'lar, GAS5
Parkinson hastalığında GRIN2B gen polimorfizmlerinin dürtü kontrol bozukluğu ile ilişkisi
Başlık: Parkinson hastalığında GRIN2B gen polimorfizmlerinin dürtü kontrol bozukluğu ile ilişkisi Amaç: Parkinson hastalığı (PH) substantia nigra (SN) pars kompaktada bulunan dopaminerjik nöronların ölümü sonucu ortaya çıkan ilerleyici bir nörodejeneratif hastalığıdır. Dürtü Kontrol Bozukluğu (DKB) ve ilgili davranışlar, uzun vadeli zarara neden olacak ve kendi kendini ödüllendiren bir eylemi gerçekleştirme dürtüsüne karşı koyamama ile tanımlanır. Tedavi edilen PH hastalarının tümünde DKB gelişmez, bu da bazı nörottansmitter yolaklarında görevli genlerde genetik bir yatkınlık olabileceğini göstermektedir. Literatürde şimdiye kadar yapılan çalışmalarda Parkinson vakalarında DKB gelişiminde rolü olduğu düşünülen bazı genetik faktörler tanımlanmıştır. Çalışmamızda PH hastalarında GRIN2B geni rs1806201 ve rs7301328 polimorfizmlerinin DKB gelişimi üzerinde etkisinin araşırılması planlanmıştır. Yöntem: Çalışmamızda Parkinson hastalığında GRIN2B gen polimorfizmlerinin Parkinson Hastalığı gelişimi ve dürtü kontrol bozukluğu ile ilişkisini araştırmak için 140 Parkinson hastası (70 DKB olan ve 70 DKB olmayan) ve 50 kontrol bireylerden alınan kan örneklerinde DNA izolasyonu yapılmıştır. Çalışmamızda 70 DKB gözlenen, 70 DKB gözlenmeyen 140 Parkinson Hastası ve 50 kontrol olgusundan alınan periferik kan örneklerinde GRIN2B rs1806201 ve rs7301328 polimorfizmleri TaqMan SNP ve RFLP yöntemleri kullanılarak belirlenmiştir. Bulgular: Çalışmamızda rs1806201 ve rs7301328 polimorfizmine ait genotip, allel frekans dağılımı (sırasıyla p=0.296 ve p=0.108, p=0.272 ve p=0.323) ve DKB gelişimi üzerinde hasta ve kontroller arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık gözlenmemiştir (sırasıyla p=0.790, p=0.456). Sonuç: Çalışmamız sonucunda, GRIN2B rs1806201 ve rs7301328 polimorfizmleri ile Parkinson hastalığı gelişimi ve DKB arasında, anlamlı bir fark saptanmamıstır. Ancak çalışma verilerimizin Türk popülasyonunda geniş hasta kohortlarında yapılacak çalışmalarla desteklenmesi gerekmektedir. Anahtar kelimeler: Parkinson Hastalığı, Dürtü Kontrol Bozukluğu, GRIN2B
Trizomi 8 anomalisine sahip AML ve MDS olgularında IDH1 ve IDH2 gen mutasyonlarının araştırılması
Başlık: Trizomi 8 anomalisine sahip AML ve MDS olgularında IDH1 ve IDH2 gen mutasyonlarının araştırılması Amaç: Bu çalışma ile; izole trizomi 8 anomalisi saptanan AML ve MDS tanılı olgularda, IDH1 ve IDH2 genlerindeki mutasyonlar araştırılmıştır. Buna bağlı olarak ilgili genlerin mutasyonel durumunun; görülme sıklığı trizomi 8 ile ilişkisi ve klinik heterojeniteye olan katkısının değerlendirilmesi hedeflenmiştir. Yöntem: Konvansiyonel ve moleküler sitogenetik analizlerle izole trizomi 8 anomalisi saptanan 23'ü AML, 22'si MDS tanılı olmak üzere 45 hastada; IDH1 ve IDH2 genlerinin 4. eksonlarında IDH1 için R132, IDH2 için R140 hotspot mutasyonlarının analizi Real- time PCR yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Akut miyeloid lösemi ve MDS tanılı olgularda IDH1 ve IDH2 gen mutasyonlarına yönelik gerçekleştirilen Real- time PCR çalışmamızın sonucunda; çalışmaya dahil edilen 1 AML ve 1 MDS tanılı olmak üzere 2 hastada yalnızca IDH1, MDS tanılı 1 hasta da ise yalnızca IDH2 geninde heterozigot mutasyon varlığı saptanmıştır. Akut miyeloid lösemi tanılı 1 hastada ise ilgili genlerin her ikisinde de heterozigot mutasyon saptanmıştır. Akut miyeloid lösemi ve MDS tanılı hastalarda +8 anomalisinin IDH1 ve IDH2 mutasyonlarının birlikte saptanması açısından aralarındaki ilişki, mutasyon saptanan hasta sayısının az olması sebebiyle istatistiksel olarak değerlendirilememiştir. Sonuçlar: Elde edilen veriler AML ve MDS olgularında +8 ile IDH1/2 mutasyonlarının birbirine eşlik etmediğini destekler niteliktedir. Ancak mutasyon saptanan olgular klinik verileriyle birlikte değerlendirildiğinde, ilgili gen mutasyonlarının ağır seyreden prognoz ve AML'de tedavi direnci ile ilişkili olabileceğini düşündürmüştür. Çalışmamızın sonucunda trizomi 8 saptanan AML ve MDS olgularında IDH1/2 mutasyonlarının olumsuz prognostik etki gösterdiğine dair bilgilerin kesin olarak ortaya koyulabilmesi için daha fazla vakada ilgili gen mutasyonlarının araştırılmasına ihtiyaç olduğu sonucuna varılmıştır.
Major ve/veya yapısal anomalili fetuslarda tüm ekzom analizinin (WES) tanı koyma gücünün retrospektif olarak değerlendirilmesi
Prenatal WES analizi, 2016 ve sonrasında literatürde daha sık olarak yer almaya başlayan, farklı katılımcı sayıları ve farklı fenotipik bulguları olan olgular üzerinde çalışılan ve dolayısıyla tanı koyma gücü literatürde değişen oranlarda olup %15-%42 arasında değişen gelişmeye açık bir prenatal genetik tanı yöntemidir. Şuana kadar literatürde bildirilen yayınlar, akraba evliliği prevelansının düşük olduğu toplumlarda ve pozitif aile öyküsü oranı düşük olan olgularla yapılan çalışmalarken, çalışmamız popülasyon özellikleri gereği, %50'sinde ebeveynler arası akrabalığın mevcut olduğu ve %25'inde pozitif aile öyküsü bulunan 20 olgu ile oluşturulmuş ve takibinde olguların postnatal değerlendirmelerinin yapıldığı literatürdeki ilk örneklerdendir. Çalışmamızda, kliniği açıklayacak kromozomal anomalilerin ekarte edildiği 20 olgunun 9'unda tüm ekzom sekanslama ile fetal fenotipi açıklayacak genetik etiyoloji bulunarak, prenatal tüm ekzom sekanslama analizinin tanı koyma oranı %45 olarak bulunmuştur. Ebeveynler arası akrabalık ve ailelerdeki benzer etkilenimli birey oranlarnın yüksek olması nedeniyle, tanı koyma oranının literatür ortalamasından yüksek saptandığı düşünülmüştür. Farklı sistem ve organ tutulumları olan fetuslar bulgularına ve sistem tutulumlarına göre sınıflandırıldığında, WES analizinin tanı koyma gücünün en yüksek olduğu grubun, fetal akinezi, santral sinir sistemi anomalisi ve iskelet sistemi tutulumları olduğu görülmüştür. Ek olarak literatürdeki yüksek sporadik oranların aksine, çalışmamıza dahil edilen, posterior ensefaloselli olguların tümünün sendromik olduğu ve monogenik genetik etiyolojilerle oluştuğu gösterilerek, ensefaloselli olgularda prenatal tüm ekzom sekanslama çalışmalarının planlanmasının önü açılmıştır. Çalışmamız, bilindiği kadarıyla Türk toplumunda çalışılan ilk prenatal ekzom sekanslama çalışmasıdır. Sonuçlar ile, akraba evliliğinin yaygın olduğu toplumumuzda, ekzom sekanslamanın tanı gücü ortaya konulmuş ve toplulumuzdaki uygulanabilirliği sorgulanmıştır. Ek olarak yüksek novel varyant oranı ile, nadir sendromlardaki tanımlanmış varyant oranlarının arttırılması sağlanmıştır.
RFC1 geni tekrar artışlarının sporadik parkinson ile ilişkisinin incelenmesi
Amaç: Replikasyon faktörü C alt birimi 1 (RFC1) genindeki biallelik AAGGG tekrar dizisi artışlarının (AAGGG)(eksp) , serebellar ataksi, nöropati ve vestibüler arefleksi sendromu (CANVAS) ve geç başlangıçlı ataksinin sık görülen bir nedeni olduğu yapılan çalışmalar ile gösterilmiştir. RFC1 (AAGGG)(eksp) neden olduğu ek kinik etkiler tanımlanmaya devam etmektedir. Parkinson hastalığında (PH) RFC1 tekrar artışlarının yaygınlığını araştıran sınırlı sayıda çalışma bulunmaktadır. Ülkemize ait herhangi bir veri bulunmamaktadır. Bu doğrultuda çalışmamızda PH'da RFC1 AAGGG tekrar artışlarının profilinin çıkarılması amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmada klinik olarak sporadik PH tanısı almış 200 hasta ve 100 kontrol bireyde RFC1 AAGGG tekrar dizisi artışı açısından araştırılmıştır. AAGGG tekrar dizisi artışı uzun menzilli Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Long-Range PCR) ve Repeat-Primed PCR yöntemleri kullanılarak analiz edilmiştir. Bulgular: Hasta grubunda bir vakada patojenik AAGGG motifinde homozigot ekspansiyon saptanmıştır (%0,5). Hasta grubunda patojenik AAGGG motifinde heterozigot ekspansiyon taşıyan olgu sıklığı %8,5 olarak belirlenmiştir. Kontrol grubunda ise bu oran %4,08'dir. Hasta ve kontrol grubu arasında patojenik AAGGG(eksp) motifi için istatistiksel olarak anlamlı bir fark gözlenmemiştir (p=0.193). Sonuç: Çalışmamız sonucunda biallelik AAGGG tekrar dizisi artışı için elde ettiğimiz frekans değerleri literatür ile uyumludur. Parkinson hastalarında heterozigot taşıyıcıların (%8,5) daha yaygın bulunması bu taşıyıcılığın PH için bir risk faktörü olabileceğini düşündürmektedir. Saptanan kompleks motiflerin belirlenmesi ve elde edilen verilerin doğrulanması için daha geniş hasta serilerinde ileri sekanslama yöntemleriyle yeni çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Aynı zamanda RFC1 geninde saptanmış yeni motiflerinde PH ile ilişkisinin incelenmesi gerekmektedir.
AML olgu örneklerinde TP53 mutasyonlarının retrospektif araştırılması
Amaç: Akut miyeloid lösemi (AML), sitotoksik tedavi sonrası, önceki bir hematolojik hastalık dönüşümüyle veya de novo olarak ortaya çıkan, neoplastik hematopoietik öncü hücrelerin klonal genişlemesinden kaynaklanan agresif bir malignitedir. Genetik anomaliler tanı ve prognozda önemlidir. Gelişen genetik yöntemlerle AML'deki genetik aberasyonların prognostik etkileri belirlenmektedir. TP53 gen mutasyonu, ELN'nin son güncellemesinde kötü risk grubu olarak sınıflandırılmıştır. Çalışmamızda, konvansiyonel ve moleküler sitogenetik analizler sonucu, kötü risk sınıflandırmasında yer almayan ve kromozomal anomalisi saptanmayan olgularda TP53 mutasyon analizi yapmayı ve elde edilen veriler doğrultusunda olguların risk sınıflandırmalarında değişiklik olup olmayacağını araştırmayı amaçladık. Yöntem: Bu amaçla t(8;21), t(15;17), inv(16) saptanan veya normal karyotipe sahip 50 olguda Real-time PCR yöntemi ile literatürde en sık saptandığı belirtilen R175H, R273C, R248C ve R282 TP53 gen mutasyonlarının analizlerini gerçekleştirdik. Bulgular: AML tanılı olgularda TP53 mutasyonlarına yönelik gerçekleştirilen Real-time PCR çalışmamızda; AML tanılı 50 olguda mutasyon saptanmamıştır. Mutasyon varlığı saptanmaması sebebiyle çalışma grubumuzdaki ilgili gen mutasyonlarının AML ile ilişkisi istatistiksel olarak değerlendirilememiştir. Sonuç: TP53 mutasyonları ileri yaş ve kompleks karyotip ile ilişkilidir. Vakalarımızın yaş ortalaması literatüre göre daha düşüktür ve sitogenetik bulguları kötü prognostik etkiye sahip değildir. TP53 mutasyonlarının genellikle NGS yöntemi ile tespit edilmesinin, RT-PCR analizimizde mutasyon saptayamamamızın nedenlerinden olduğu düşünülmektedir. Literatürde en sık gözlenen R175H, R273C, R248C, R282 mutasyonlarının, iyi prognostik sitogenetik anomalileri olan vakalarda risk analizlerini etkilemediği gözlenmiştir. Daha fazla vaka ve NGS yöntemi ile çalışmanın geliştirilmesiyle daha net veriler elde edileceğini ön görmekteyiz. Anahtar Kelimeler: AML, TP53, ELN, Real-time PCR, Konvansiyonel, Moleküler Sitogenetik
Karotis endarterektomi ile aterosklerotik doku örneği elde edilen hastalarda uzun kodlamayan RNA ekspresyon profillerinin belirlenmesi
Başlık: Karotis endarterektomi ile aterosklerotik doku örneği elde edilen hastalarda uzun kodlamayan RNA ekspresyon profillerinin belirlenmesi Amaç: Bu çalışmada, H19, GAS5, ANRIL, TUG1, HOTAIR, LincRNA-p21, MEG3, STEEL, LEENE, LeXIS, MALAT1, MIAT, GATA6-AS, SENCR, APOA1-AS'nin ekspresyon seviyeleri incelenerek, hasta ve kontrol bireylerindeki ekspresyon profillerinin karşılaştırılması, semptomatik ve asemptomatik olgulardaki lncRNA durumunun saptanması, olgularda bu lncRNA'ların hastalıkla ilişkisinin değerlendirilmesi, kanın non-invaziv yaklaşım için kullanılabilirliğinin değerlendirilmesi hedeflenmektedir. Yöntem: Karotis arter darlığı tespit edilen 24 semptomatik ve 24 asemptomatik iki grup belirlenmiş ve bu iki grupta bulunan hastalardan karotis endarterektomi plak dokusu ve arteriyal katater kan elde edilmiştir. Karotis darlığı olmayan kontrol grubu 48 bireyden alınan periferik kan örnekleri incelenmiştir. Real-Time PCR yöntemi ile 15 lncRNA'nın ekspresyon seviyeleri analiz edilmiştir. Bulgular: Semptomatik ve asemptomatik hasta grubu ile kontrol grubu bireylerin kan örneklerinin karşılaştırılmasında; H19, GAS5, ANRIL, TUG1, HOTAIR, LincRNA-P21, LEENE lncRNA'larının ekspresyon seviyelerinde istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar gözlenmiştir. Semptomatik hasta grubu ile asemptomatik hasta grubu karotis plağı dokuları arasında; MEG3 lncRNA'sı dışında geri kalan on dört lncRNA'larının ekspresyon seviyelerinde istatiksel olarak anlamlı farklılıklar tespit edilmiştir. Sonuç: Hasta grupları ve kontrol grubu kan örneklerindeki lncRNA karşılaştırmasında, 7 lncRNA'nın ekspresyon farklılığı saptanmış olup, ayırt etme güçlerinin yüksek olduğu gözlenmiştir. Çalışmada değerlendirilen lncRNA'ların, hastalığın iki farklı klinik grubundaki ekspresyon farklılığının; plak gelişimi ve rüptüründe etkili olabileceğini, bu lncRNA'ların hastalıkla ilişkili olabilecek potansiyel bir non-invaziv biyomarker olarak kullanılabileceklerini düşünmekteyiz. Anahtar kelimeler: Aterosklerozis, Karotis arter stenozu, LncRNA
Alzheimer Hastalarında REST etkileşimli miRNA'ların ve genlerin anlatım düzeylerinin incelenmesi
ÖZET Başlık: Alzheimer Hastalarında REST etkileşimli miRNA'ların ve genlerin anlatım düzeylerinin incelenmesi Amaç: Önemli transkripsiyon faktörü olan REST geni GBAH hastalığının patolojisine aracılık edebilecek bir gen ağının ve hedef miRNA'ların ekspresyon düzenleylerini incelenmesi amaçlanarak bir çalışma planlanmıştır. REST, SYT2, SYT7, ARC, APBA2, CACNA2D3, NTRK3 genlerin ekspresyonlarını ve sirküle miR-124, miR-9-5p, miR-21-5p ve miR-132-5p'nin ekspresyon seviyeleri incelenerek, GBAH tanılı hasta grubu ile kontrol grubu ekspresyon profillerinin karşılaştırılması durumunun saptanması, olgularda prognostik ve/veya prediktif bir non-invaziv bir biyobelirteç olarak değerlendirilmesi değerlendirilmesi hedeflenmektedir. Yöntem: GBAH tanısı alan 55 olgudan alınan periferik kan ve serum örnekleri, gen ekspresyon analizlerinde 50 sağlıklı bireyin periferik kan örnekleri, miRNA analizleri için ise 64 sağlıklı bireyin serum örnekleri kullanırak incelenmiştir. Real-Time PCR yöntemi ile 7 aday gen ve 4 miRNA'nın ekspresyon seviyeleri analiz edilerek istatistiksel olarak değerlenedirilmiştir. Bulgular: Hasta ile kontrol grubu bireylerin periferik kan örneklerinin karşılaştırılmasında analiz edilen REST ve SYT2 anlamlı farklılıkları gözlenmiştir. Yine GBAH tanılı hastalardan olu.an hasta grubu ve kontrol grubu bireylerin serum örneklerinin karşılaştırılmasında çalışmaya dahil edilen 4 mirRNA (miR-9-5p, miR-124, miR-132-5p, miR-21-5p) anlamlı farklılıklar saptanmıştır. Sonuç: Kan örnekleri kullanılarak gerçekleştirilen gen ekspresyon analizinde, anlamlı düzeyde farklılık gösteren genler ve serum örneklerinden elde edilen miRNA adaylarının karşılaştırılmasında, hasta ve kontrol gruplarını ayırt etme kapasitelerinin yüksek olduğu gözlemlenmiştir. Bu bulgular, söz konusu genler ve miRNA'ların hastalığın prognozunda, prognostik ve/veya prediktif bir non-invaziv biyobelirteç olarak kullanılma potansiyeline sahip olabileceğini düşündürmektedir. Anahtar kelimeler: Alzheimer Hastalığı, Geç Başlangıçlı Alzheimer, REST etkileşimli gen, REST etkileşimli miRNA, Sirküle miRNA, Biyomarker
Pediyatrik başlangıçlı inflamatuar bağırsak hastalığı olgularında mikrodizin ve tüm ekzom dizileme analiz verilerinin değerlendirilmesi
İnflamatuar bağırsak hastalığı (İBH), gastrointestinal sistemin ataklar ile seyreden kronik inflamasyonu ile karakterize multifaktöriyel bir hastalıktır. İBH patogenezinde rol oynayan genetik faktörler çoğunlukla poligenik kalıtılmakla birlikte, özellikle çok erken başlangıçlı (0-6 yaş) veya atipik/agresif klinik bulgulara sahip İBH hastalarında monogenik hastalıklar tanımlanmıştır. Çalışmamızın amacı, pediyatrik başlangıçlı İBH patogenezinde rol alan monogenik nedenleri araştırmaktır. Çalışmaya, 2016-2023 yılları arasında Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Çocuk Gastroenteroloji ve Hepatoloji Bölümü'nde İBH tanısı ile takip edilen 130 hastadan, erken başlangıçlı (0-10 yaş) İBH tanılı 16 ve atipik klinik bulguları, tedavi direnci veya ailede İBH öyküsü bulunan >10 yaş başlangıçlı İBH tanılı 6 hasta olmak üzere, toplam 22 hasta [13 kadın (%59,1), 9 erkek (%40,9)] dahil edildi. İBH başlangıç yaşı ortancası 7,5 yıldı (IQR 5-11,5). Olguların %45,5'inde (10/22) ülseratif kolit, %31,8'inde (7/22) sınıflandırılamayan İBH, %22,7'sinde (5/22) Crohn hastalığı vardı. Çalışmaya dahil edilen olguların tüm ekzom dizileme (TED) ve mikrodizin verileri analiz edildi. Çalışmamızdaki olguların %27,3'ünde (6/22) TED analizi ile İBH ilişkili monogenik hastalık saptandı. Üç olgu ailesel akdeniz ateşi, bir olgu CARMIL2 eksikliği, bir olgu XIAP eksikliği, bir olgu prolidaz eksikliği ve TACI eksikliği tanısı aldı. Sekiz olguda (%36,4) İBH ilişkili/aday genlerde İBH patogenezine katkı sağlamış olabileceği düşünülen klinik önemi belirsiz varyantlar saptandı. Mikrodizin analizi ile klinik ile ilişkili olabilecek anlamlı kopya sayısı değişimi saptanmadı. Erken genetik tanı, prognoz hakkında değerli bilgiler ve kişiselleştirilmiş tedavi stratejilerinin geliştirilmesini sağlayarak pediatrik İBH hastalarının yönetimini iyileştirebilir. Çalışmamız, özellikle çok erken başlangıçlı veya agresif seyirli İBH hastalarında monogenik etiyolojiyi tanımlamada TED analizinin önemini göstermiştir.
Mikrodizin analizi çalışılan olgularda raporlanan kopya sayısı değişimlerinin güncel literatür verileri ve klinik korelasyonlarıyla reanalizi
Genom boyunca gözlenen kopya sayısı değişimleri (CNV), bireyler arası fenotipik farklılıklara katkı sağlamaktadır. Ancak bu değişimlerin klinik etkisi her zaman kesin verilerle ortaya konulamamaktadır. İnsan genomunun çoklu parametrelerle değerlendirilmesini sağlayan yeni teknolojiler ve mevcut verilerin yeniden analizi tanısal süreçteki belirsizlikleri azaltarak tanı başarısını artırmaktadır. Bu çalışmada, olası patojenik, patojenik ve klinik önemi bilinmeyen (VUS) CNV'lerin, olguların klinikleri ve güncel literatür ışığında yeniden değerlendirilmesinin tanısal verimliliğe katkısı araştırıldı. Çalışmaya, 2017-2023 yılları arasında mikrodizin analizi çalışılmış 272 olguya ait 310 CNV dahil edildi. Reanaliz sonucunda başlangıçta VUS olarak sınıflandırılan 174 varyantın %6'sı (11/174) benign, %1'i (1/174) olası patojenik ve %1'i (2/174) patojenik olarak yeniden sınıflandırıldı. Varyant bazında yeniden sınıflandırma oranı %4,5, olgu bazında ise %5,1 olarak saptandı. En fazla değişim 2018 yılına ait ilk değerlendirmelerde gözlendi. Sınıflandırması değişen varyantların büyük çoğunluğunun >400 kb büyüklüğünde olduğu belirlendi. Benign reklasifikasyonların çoğu sağlıklı ebeveynden kalıtılmış duplikasyonlardan oluştu (8/11). Yeniden sınıflandırılan olgularda tamamlayıcı moleküler testlerin tanısal katkısı dikkat çekti, özellikle kliniği açıklamayan VUS varyantlarda ileri analizlerin yapılması önerildi. En sık reklasifiye edilen değişim, prenatal ve postnatal grupta ortak olarak saptanan Xp22.31 duplikasyonu oldu. Sınıflandırma değişiklikleri, özellikle prenatal grupta anormal USG bulgusu olan olgularda ve postnatal grupta entelektüel yetersizlik tanısı olanlarda gözlendi. Sınıflandırması değişmemiş olsa da üç olguda güncel klinik ve/veya literatür verisinin tanısal incelemede katkısı oldu. Çalışmamız, CNV'lerin klinik korelasyon ve literatür desteğiyle yeniden değerlendirilmesinin, tanısal sürece anlamlı katkı sağladığını ve VUS varyantların yönetiminde yol gösterici olduğunu göstermiştir.
İskemik stroke vakalarındaki diyagnostik/prognostik miRNA ekspresyon profillerinin trombüs materyalinde belirlenmesi
Amaç: Bu çalışmada, miR1244-2, miR-17-5p, miR-629, miR-1295b-5p, miR20a-5p, miR-21, miR-335, miR-let-7e'nin ekspresyon seviyeleri incelenerek, hasta ve kontrol bireylerindeki ekspresyon profillerinin karşılaştırılması amaçlanmaktadır. Hasta serum ve trombüs örneklerinde miRNA durumunun saptanması, olgu grubunda bu miRNA'ların prognostik/diyagnostik öneminin değerlendirilmesi, non-invaziv yaklaşım için kullanılabilecek ve literatüre katkısı olabilecek miRNA'ların tespit edilmesi hedeflenmektedir. Yöntem: Çalışmamızda 64 akut iskemik inme tanısı alan ve rutin tedavi bünyesinde mekanik trombektomi yöntemiyle alınan trombüs materyali ile eş zamanlı olarak bu olguların serum örnekleri elde edilmiştir. Kontrol grubu olarak dahil edilme kriterlerine uygun 64 sağlıklı bireyden periferik kan alınmış ve serum elde edilmiştir. Bu örneklerden RNA izolasyonu yapıldıktan sonra Real-Time PCR yöntemi ile 8 miRNA'nın gruplar arasındaki ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Bulgular: Hasta grubu serum örnekleri ile kontrol grubu serum örnekleri ekspresyon düzeyleri açısından karşılaştırıldığında, incelenen 8 miRNA'nın tamamında istatistiksel açıdan anlamlı farklılıklar gözlenmiştir. Bunlar miR-1244-2 (p=0,000) , miR-629 (p=0,000), miR-21 (p=0,000) , mir-1295b-5p (p=0,000) , miR-335 (p=0,000), miR-20a-5p (p=0,000), miR-let-7e'de (p=0,000), miR-17-5p (p=0,002) olmak üzere tespit edilmiştir. Ayrıca, hasta grubu serum örnekleri ile trombüs örnekleri kıyaslandığında , miR-1244-2 (p=0,000), miR-629 (p=0,000), miR-1295b-5p (p=0,000), miR-21 (p=0,000), miR-335 (p=0,033), miR-let-7e (p=0,000) olarak bulunmuştur. Sonuç: Çalışmamızda bulunan grupların kıyaslanmasında yapılan istatistiksel analizler sonucunda gruplar arasında ekspresyon farklılığının bulunması, bu miRNA'ların akut iskemik inme hastalığının prognozunda potansiyel bir non-invaziv biyobelirteç olarak kullanılabileceklerini düşündürmektedir. Ayrıca, bu üç grubun sensitivite, spesivite ve AUC değerlerinin birlikte değerlendirilmesi ,diyagnostik açıdan literatüre katkı sağlayabilecek nitelikte sonuçlar ortaya koymuştur
Yeni nesil dizileme verileri ile hidden markov model yaklaşımı kullanılarak homozigot bölgelerin tespiti
Tıbbi genetik biliminin başlangıcından beri bireyler arası akrabalık ilişkileri bir araştırma aracı olarak kullanılmıştır. Öncü çalışmalar, büyük soy ağaçlarında, kısa tekrar dizilerinin haritalanması gibi ilkin metotlara dayanmıştır. Uzun yıllar bu tarz metotlar homozigotluk dizileri olarak adlandırılan uzun homozigot bölgelerin tespiti için altın standart olarak değerlendirilmiştir. Bu homozigotluk dizileri ebeveynler arası yüksek akrabalık seviyesi nedeniyle oluştuğu düşünülmekte ve genellikle resesif ve özellikle hastalık nedeni olabilecek zararlı mutasyonları taşımaktadırlar. Dünya çapında artan genom projeleri, ilerleyen genotipleme metotları ve artan hesaplama gücü sayesinde homozigotluk dizilerini tespit amacıyla çok çeşitli algoritmalar geliştirilmiştir. Bu çalışmada, X kromozomu yalancı otozomal bölge dışındaki allellerin dağılımlarını kullanan basit ve alternatif bir yöntem geliştirdik. Bu alternatif yöntemi, genotip verisi içerisinden genotip olasılıklarını da dahil ederek kendi dinamik hidden Markov model algoritmamızla birleştirerek ROHMM adında bir araç da ürettik. ROHMM, tamamen Java dili ile yazılmış ve komut satırının yanı sıra kullanımı basit bir grafik arayüze de sahiptir. ROHMM, simülasyon, 1000 Genom Projesinden elde edilen gerçek veriler ve klinik veriler üzerinde test edilmiştir. Elde ettiğimiz sonuçlar, ROHMM'un test edilen tüm koşullar altında tutarlı ve yüksek hassasiyette homozigotluk tespitleri yaptığını ve bu sayede HMM ve kayar pencere kullanan rakipleri ile başabaş, hatta yer yer daha yüksek performans sergilediğini göstermiştir.
Maternal strese maruz kalmış farelerin hipokampus dokularında apoptoz ile ilişkili genlerin mrna düzeylerinin araştırılması
Erken yaşam stresi, özellikle anne ayrılığı gibi durumlar, antisosyal davranışlar ve kişilik bozuklukları da dahil olmak üzere yaşam boyu süren psikopatolojik durumların gelişiminde rol oynamaktadır. Kemirgen modellerinde, erken anne ayrılığı nöronal apoptoz ve hipokampal fonksiyon bozukluğu ile ilişkilendirilmiş, bu durum öğrenme ve hafızada eksikliklere, depresyon benzeri davranışlara ve anksiyete benzeri reaksiyonlara yol açmıştır. Bu çalışmada, erken yaşam stresinin, öngörülmeyen anne ayrılığı (MS) ve öngörülmeyen anne ayrılığı ile birlikte öngörülmeyen anne stresinin (MSUS), BALB/c farelerin hipokampal dokularında pro-apoptotik genler Bax, Tp53 ve Casp3 ile pro-survival gen Bcl2'nin mRNA ekspresyonu üzerindeki etkilerini araştırılmıştır. Çalışma üç gruptan oluşmaktadır: Kontrol grubu (n=24), MS grubu (n=24) ve MSUS grubu (n=24). Total RNA, doğum sonrası 35. günde (PND35) farelerin hipokampal dokularından fenol-kloroform ekstraksiyon yöntemi kullanılarak elde edilmiş ve Bax, Bcl2, Tp53 ve Casp3 genlerinin mRNA ekspresyon seviyeleri gerçek zamanlı PZR kullanılarak ölçülmüştür. PZR verileri, delta delta Ct yöntemiyle analiz edilmiştir. İstatistiksel analizler, GraphPad Prism yazılımı kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Kontrol, MS ve MSUS grupları arasında mRNA ifadesinde önemli farklılıklar tespit edilmiştir. Bax mRNA ifadesinin MS grubunda kontrole kıyasla anlamlı ölçüde azaldığı (p = 0,0464), hem MS hem de MSUS gruplarında Bcl2 mRNA ifadesinin kontrol grubuna kıyasla anlamlı şekilde arttığı (sırasıyla p = 0,0005, p = 0,0057) saptanmıştır. Tp53 mRNA ifadesinin ise MSUS grubunda kontrole kıyasla anlamlı ölçüde arttığı saptanmıştır (p = 0,0413). Gruplar arasında Casp3 mRNA ifade düzeylerinde anlamlı bir farklılık gözlenmemiştir. İki yönlü tekrarlanan ölçümler ANOVA kullanılarak yapılan vücut ağırlığı analizi, MS ve MSUS gruplarındaki yavruların kontrol grubuna kıyasla anlamlı ölçüde daha düşük vücut ağırlığına sahip olduğu, ayrıca MSUS grubunun MS grubuna kıyasla anlamlı ölçüde daha düşük vücut ağırlığına sahip olduğu gözlemlenmiştir. Pro-apoptotik gen Bax, Tp53 ve pro-survival gen Bcl2'nin mRNA ekspresyon seviyelerindeki önemli değişiklikler ve Casp3 ekspresyonundaki istikrar, erken yaşam stresine yanıt olarak hipokampusta apoptozun gerçekleşmediğini, ancak hücre hayatta kalımının sağlandığını göstermektedir.
PTRE / tet off plazmit sistemine oksijen bağımlı yıkım bölgesi eklenerek hipoksik şartlara bağımlı çalışan vektör sisteminin tasarlanması ve iskemik şartlardaki karakterizasyonunun yapılması
İskemi, dokulara giden kan akımının kesilerek dokuda hücresel metabolizma için gerekli olan oksijen ve glikoz desteğinin ortadan kalkmasıdır. İskemik semptomlar belirgin olmadığı için hastalar zamanında gerekli tedaviyi alamamaktadır. Yapılan bu çalışmada, iskemi hasarlarına karşı etkin bir tedavi geliştirilmesi adına, hipoksi durumunda hedef terapötik protein regülasyonunu tetikleyecek bir gen terapi sistemi geliştirilmesi amaçlanmıştır. HIF-1α hücre içinde oksijen homeostazisi düzenlenmesinde görev alan temel bir transkripsiyon faktörüdür. Hipoksi durumunda, oksijen bağımlı hidroksillenme azaldığı için hücre içi miktarı artar. Bu vasfı, ODD bölgesinin varlığından kazanır. ODD bölgesini, TetR-VP16 transaktivatör proteini ile hibrit hale getirip yeni bir gen sistemi oluşturmak tezin temelini oluşturmaktadır. Bu gen sistemi, transaktivatör ve reportör iki plazmitten oluşmaktadır. Bir plazmitten sürekli olarak kimerik TET-ODD proteini üretilirken, sadece hipoksik durumda hücre içinde stabil kalan TET-ODD transkripsiyon faktörü hedef terapötik gen ekspresyonunu başlatacaktır. Yapılan deneylerde, tasarlanan ODD bağımlı gen sisteminden hipoksik şartlarda hedef protein ekspresyonunda 4 kata kadar artış izlendi (n=3, p<0.05). Ayrıca, western blot ile kimerik TET-ODD proteinin hipoksi stabilizasyonunda 6 katlık fark gözlendi. IF antikor testi ile de TET-ODD protein lokalizasyonunun ağırlıklı olarak sitoplazmada olduğu belirlendi. Ayrıca, yapılan protein modellemeleri ile tasarlanan kimerik proteinin yüksek verimde çalışacak formu ODD-TetR-VP16 transkripsiyon faktörü olarak belirlendi. Tasarlanan TET-ODD gen sisteminin hipoksiye verdiği ilk 6 saat içerisinde yanıt vermesi, iskemik durumlarda gen terapisinde kullanılmak için yararlı ve geliştirilebilir nitelikte olduğunu göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Gen terapisi, Hipoksi, Prolin rezidüsü, Sentetik Biyoloji, Transkripsiyon Faktörü.
SNP mikroarray yöntemi ile kalıtsal metabolik hastalıklardan sorumlu genlerin tanımlanması
Kalıtsal metabolik hastalıklar protein, karbonhidrat ve yağ asitlerinin sentez ya da yıkım yolaklarındaki bozukluklar sonucu ortaya çıkan kalıtsal tek gen bozukluklarıdır. Bu çalışmada, kompleks fenotip sergileyen ayrıntılı klinik ve laboratuar çalışması yapılmış ve otozomal çekinik kalıtım modeli gösteren metabolik/nörometabolik hastalık sahibi altı ailede genom boyu genotiplendirme ve homozigotluk haritalaması analizleri ile hastalıktan sorumlu gen lokusunun bulunması ve bu lokuslarda yer alan aday genlerdeki hastalık nedeni olan mutasyonun saptanması amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında genom boyu genotiplendirme için etkin bir metot olan Affymetrix 250K SNP Mikroarray yöntemi kullanılmış olup, otozomal çekinik kalıtım modeli esas alınarak yapılan haplotip analizleri sonucunda metabolik/nörometabolik hastalığı olan ailelerde C19orf70, CLN8, COA7, HIKESHI, MAG ve SNX14 genleri hastalıktan sorumlu aday genler olarak belirlenmiştir. Belirlenen aday genlerin tüm ekzonları otomatik DNA dizi analizi yöntemi ile mutasyonlar açısından taranmıştır. Mutasyon analizleri sonucunda, SNX14 geninde c.1108+1181_2108-2342del, C19orf70 geninde IVS3-2A>G, HIKESHI geninde ise c.160G>C;p.Val54Leu mutasyonları olmak üzere daha önce tanımlanmış üç mutasyon, CLN8 geninde ise yeni bir mutasyon c.221G>A;p.Gly74Asp mutasyonu saptanmıştır. Çalışma kapsamına alınan aileler, konvansiyonel metotlar ile (metabolit tarama, enzim analizleri, radyolojik incelemeler ya da tek gen mutasyon taramaları) bilinen metabolik/nörometabolik hastalıkların disiplinler arası ayrıntılı çalışmalar ile dışlandığı, tanı konulamamış hastalardır. Bu çalışma ile yüksek ölçekli SNP çipleri kullanılarak ailelerde hastalıklardan sorumlu lokus ve genler başarılı bir şekilde belirlenmiştir. Homozigotluk haritalama yöntemi, özellikle etkilenmiş bir ya da iki hasta çocuğun olduğu çekirdek ailelerde hastalıktan sorumlu genlerin bulunması bakımından oldukça etkin bir şekilde kullanılmıştır. Anahtar Kelimeler: Genetik haritalama, kalıtsal metabolik hastalıklar, mikroarray, SNP
Meme kanserinde doğal biyoaktif bileşenlerin antikanser etkilerinin karşılaştırmalı araştırılması
Meme kanseri, kadınlarda en sık gözlenen ve en öldürücü kanser türü olup, dünyada yeni tanı kanserlerinin %25,4'ünü oluşturmaktadır. Hücresel kompozisyon ve klinik sonuçlarıyla kompleks ve heterojen karakterdedir. Moleküler alt-tipleri estrojen reseptör pozitif (ER+/PR+/HER2-) ve daha saldırgan karakterde triple-negatif (ER-/PR-/HER2-) olarak sınıflandırılmaktadır. Saldırgan doğası tedavide radyoterapi ve çoklu sentetik kemoterapi ilaçlarını içeren kombine rejimler kullanılmasını gerektirmektedir. Ancak, ağır yan etkilerin bulunması, yeni hedef/ajanlara veya destek tedavilerine olan gereksinim, bilim insanlarını yan etkisi bulunmayan doğal biyoaktif bileşenleri araştırmaya yönlendirmiştir. Antioksidan, antienflamatuar ve antikanser özellikleriyle dikkat çeken, çörek otundan timokinon (TK), balarısı propolisinden kafeik asit fenetil ester (KAFE) ve kahverengi yosun Fucus vesiculosus'dan fukoidan (FK) farklı kanser araştırmalarına konu olmasına karşın, antikanser etkinlikleri henüz karşılaştırılmamıştır. Bu çalışma, adıgeçen bileşenlerinin MCF-7 (ER+/PR+/HER2-) ve triple-negatif MDA-MB-231 (ER-/PR-/HER2-) meme kanseri hücre serileri üzerindeki doz ve zamana bağlı sitotoksik aktiviteleri bileşenler ve hücreler bazında ilk kez karşılaştırmalı araştırılmıştır. Çalışmada metabolik aktivite ölçümüne dayalı XTT hücre canlılığı ve xCELLigence gerçek zamanlı hücre davranışı analizlerinden yararlanarak sitotoksik aktivite tayinleri yapılmış ve iki yöntem kıyaslanmıştır. Her iki meme kanseri modelinde TK'un diğer iki bileşenden çok daha güçlü antikanser etkiye sahip olduğu, KAFE'in ER+ MCF-7 hücrelerinde biraz sitotoksik aktivite göstermesine karşın, ER- MDA-MB-231 hücrelerinde yüksek dozlarda bile etkisiz olduğu, hatta proliferatif etkili olabileceği, FK'ın ER+ ve ER- hücrelerinin canlılığı üzerinde negatif etkisinin neredeyse olmadığı, TK ve KAFE birlikteliğinin ER+ hücreler üzerinde sinerjik etki yaratma potansiyelinin olabileceği gösterilmiştir. Bu sonuçlar, meme kanseriyle mücadelede TK'un, araştırmalarda başı çeken KAFE'den daha ümit verici fitoteröpotik bir molekül ve ilaç adayı olabileceğine, FK'ın ise sitotoksik açıdan kullanımda pek şansının olmadığına işaret etmektedir. Anahtar Kelimeler: Antikanser etki, fukoidan, kafeik asit fenetil ester, meme kanseri, timokinon
Mevsimsel ve perennial allerjik rinitli ve astımlı hastalarda miRNA ekspresyonunun karşılaştırmalı olarak incelenmesi
Son yıllarda allerjik hastalıkların sıklığındaki artışın çevre-gen etkileşimleri sonucu oluşan epigenetik değişimlerle açıklanabileceği düşünülmektedir. Bu çalışma da alerjik riniti ve astımı olan çocuklarda dolaşımda yer alan bazı miRNA'ların ifadelerindeki değişimi saptayarak hastalık patogenezinde rol oynayabilecek aday miRNA'ları tanımlamayı hedefledik. Çalışmaya 20 sağlıklı çocuk, 20 mevsimsel allerjik rinitli, 20 astımlı ve 12 perennial allerjik rinitli çocuk dahil edildi. Mevsimsel allerjik rinitli hastalar alerjen sezonunda ve sezon dışında karşılaştırmalı olarak değerlendirildi. Allerjik hastalıklarla ilişkisi olabileceği düşünülen miRNA'ların (miR-181a, miR-133b, miR-125b, miR-126 ve miR-206) ifadelerindeki değişim RT–PCR yöntemi ile belirlendi ve kontrol örneklerininki ile kıyaslandı. Sonuçlar 2− ΔΔCT metodu kullanılarak analiz edildi. Çalışmaya dahil edilen sezon dışı mevsimsel AR'li grupta miR-125b'nin ve miR-181'nın ekspresyonunda kontrol grubuna göre azalma olduğu belirlenmiştir (p=0.039, p=0.014). Mevsimsel AR'li grupta allerjen sezonunda aday miRNA'ların ekspresyonları sezon dışına göre kıyaslandığında ise miR-125b ve miR-181a'nın ekspresyonlarının arttığı gözlemlenmiştir (p=0.027, p=0.001). Astımlı ve perennial allerjik rinitli hastaların bulunduğu grupta ise miR-206'nın ekspresyonunda kontrol grubuna göre azalma olduğu bulunmuştur (p=0.002, p=0.024). Çalışmamız mevsimsel AR'li hastaların kontrol grubu ile kıyaslandığında miRNA ekspresyonlarında anlamlı farklılıklar olduğunu, AR'li hastalarda allerji sezonu öncesi ve sezonda da ekspresyon seviyelerinde farlılıklar olduğunu göstermiştir. Ayrıca astımlı hastalar ile mevsimsel AR'li hastalar karşılaştırıldığında iki hastalıkta farklı miRNA'lar hastalıkla ilişkili olarak saptanmıştır. Tüm bu sonuçlar, miR-181a, miR-125b'nin mevsimsel alerjik rinit için ve miR-206'nın ise atopik olmaya astım için aday biyobelirteç olabileceğini göstermektedir.
IL-1β, progesteron ve HCG'nin ekstravillöz trofoblast invazyonuna etkisinin transwell invazyon yöntemiyle araştırılması
Trofoblastik hücre invazyonu başarılı bir gebelik için temel belirleyicidir ve birçok hormon, büyüme faktörü ve sitokin tarafından regüle edilen bir süreçtir. Bu çalışmanın amacı hCG, progesteron ve IL-1β'nın ekstravillöz trofoblast invazyonuna etkilerini doz bağımlı olarak araştırmak, varsa etkin dozlarını tespit etmek, nedeni açıklanamayan tekrarlayan gebelik kayıplarında gen ekspresyon düzeylerine ve gen polimorfizmine bakılabilecek potansiyel faktörleri ortaya çıkarmaktır. HTR8/SVneo hücreleri hCG (10-20-40 IU/ml), progesteron (10-20-40 μM) veya IL-1β (10-20-40 ng/ml) ile stimüle edilmiş ve Transwell invazyon analizi uygulanmıştır. hCG ve IL-1β'nın farklı dozlarda stimülasyonu HTR-8/SVneo trofoblast hücrelerinin invazyonunu artırmıştır. Progesteron stimülasyonu HTR-8/SVneo trofoblast hücrelerinin invazyonu üzerinde anlamlı etki oluşturmamıştır. hCG ve IL- 1β'nın HTR-8/SVneo trofoblast hücrelerinin invazyonuna en fazla katkıda bulunduğu dozlar; hCG için 20 IU/ml, IL-1β için ise 20 ng/ml olarak bulunmuştur ve bu dozlar kendi aralarında kıyaslandığında hCG'nin HTR-8/SVneo trofoblast hücrelerinin invazyonu üzerine etkisinin IL-1β'nın etkisinden daha belirgin olduğu tespit edilmiştir. Bu bulgular hCG ve IL-1β'nın trofoblast invazyonunun regülasyonunda doz bağımlı olarak etkin olduğunu, bu etkinin hCG stimülasyonunda daha belirgin olduğunu göstermektedir. Gelecek çalışmalarda, nedeni açıklanamayan tekrarlayan gebelik kayıplarında, progesteron dan ziyade hCG ve IL-1β'nın gen ekspresyon düzeylerinin incelenmesi, bu genlerin polimorfizminin araştırılması önerilmektedir. Anahtar Kelimeler: hCG, IL-1β, progesteron, trofoblast invazyonu
İdiyopatik aşırı menstrüel kanamalı hastalarda vasküler endotelyal büyüme faktörü (VEGF) polimorfizminin araştırılması
AMK, düzenli aralıklarla ancak aşırı akış ve süreye sahip menstrüasyon olarak tanımlanır. Vakaların yaklaşık yarısında tespit edilen bir patoloji yoktur. Bu durum hücresel süreçlerde ve adet kanamasının düzenleyici mekanizmalarında bir kusur olduğunu düşündürmektedir. Endometriyal kökenli bu idiyopatik AMK'nın, jinekoloji polikliniği başvurularının %9-14'ünü oluşturduğu tahmin edilmektedir. Endometriyal anjiyogenezin bozulması AMK-E'nin altında yatan önemli mekanizmalarından biridir. Anjiyogenezi kontrol eden ana düzenleyici faktör VEGF'dir. Çalışmamızda FIGO klasifikasyon sistemine göre AMK-E tanısı konulmuş 65 hasta ve sağlıklı olarak kabul edilen 65 gönüllü kadın bireyde VEGF geni rs699947 (-2578C>A), rs1570360 (-1154G>A), rs2010963 (+405G>C), rs3025039 (+936C>T) ve rs25648 (c534C>T) bölgelerindeki polimorfizmler ile AMK-E arasında ilişki olup olmadığının araştırılması amaçlanmıştır. Bulgular incelendiğinde -2578C>A polimorfik bölge CC, CA+AA genotipleri ve C alelinin yanı sıra -1154G>A polimorfik bölge AA genotipi ve A aleli, artmış AMK-E riski ile ilişkili bulundu (p<0.05). Bununla birlikte 405G>C, +936C>T, c534C>T polimorfik bölgelerindeki genotip ve alel dağılımları açısından hasta ve kontroller arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık tespit edilmedi. (p>0.05). -2578/-1154/+405/c534 AGGC haplotipinin AMK-E riskini azaltırken, CAGC haplotipinin AMK-E riskini arttırdığı saptandı. Sonuç olarak, VEGF -2578C>A ve -1154G>A polimorfizmleri Türk popülasyonunda AMK-E riski ile anlamlı derecede ilişkili bulunmuştur. Bu sonuçların daha geniş olgu gruplarında yapılacak çalışmalarla desteklenmesi gerektiği düşünülmektedir.
Astım ve IL-17 gen polimorfizmi ilişkisi
Astım sık görülen hava yollarının kronik obstrüktif inflamatuvar bir hastalığıdır. Türk popülasyonunda astım ile IL-17F geni 7488T>C (rs763780), IL-17A geni -197G>A (rs2275913) ve IL-17A geni -737C>T (rs8193036) polimorfizmleri arasındaki ilişkiyi araştırmayı amaçladık. Çalışmamızda 65 hasta ve 62 kontrol grubu olmak üzere toplam 127 kişiden alınan periferik kan örnekleri IL-17F geni 7488T>C, IL-17A geni –197G>A ve IL-17A geni –737C>T polimorfizmleri için yeni nesil dizileme yöntemiyle analiz edilmiştir. IL-17A geni –197G>A ve IL-17A geni –737C>T polimorfizmleri ile astım hastalığı gelişme riski arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki olmadığı görülmüştür. IL-17F geni 7488T>C polimorfik bölgesinde C aleline sahip bireylerde hasta olma riskinin T aleline sahip bireylerden 2.9 kat daha fazla olduğu bulunmuştur. GTT haplotip taşıyıcıları ile karşılaştırıldığında ATT ve GCT haplotip taşıyıcılarının hastalık riskini arttırdığı gösterilmiştir. Sonuç olarak IL-17F geni 7488T>C polimorfizmi Türk popülasyonunda astım ile ilişkili bulunmuştur. IL-17 geni astım duyarlılığını tahmin etmede ve astım tedavisinde potansiyel bir aday gen olarak daha fazla araştırılmalıdır.
Bir ailenin primer enürezis noktürnalı bireylerindeki genetik değişimlerin araştırılması
Amaç: Enürezis noktürna (EN), idrar kontrolünün kazanılması gereken yaşta, bireyin uyku esnasında istemsiz olarak idrarını yapması anlamına gelmektedir. 5 yaş ve üzerinde, gece kuru kalma dönemi olmaksızın uykuda yatak ıslatma durumunun devam etmesi primer enürezis noktürna; 6 ayın üzerinde gece kuru kalma durumu sonrasında yatak ıslatmanın olması ise sekonder enürezis noktürna olarak adlandırılmaktadır. Dünya genelinde enürezis noktürna prevelansı %3-24.4 arasında olarak bildirilmekle birlikte, ülkemizde %10,5-17,5 arasında seyretmektedir. EN %2-3 oranında ise erişkin yaşta devam etmektedir. Anne ve babanın birinde enürezis varlığında çocukta hastalık oluşma riski %43 iken, ebeveynlerin her ikisinde de enürezis öyküsü varlığında risk %77'ye yükselmektedir. EN etiyopatogenezini aydınlatmak üzere idrar volümünde artış, mesane kapasitesinde azalma, uyku problemleri olmak üzere üç ana mekanizma üzerinde yoğunlaşılmış ve bunun yanında kan basıncı artışı, hiperkalsiüri, obezite, psikolojik ve çevresel etmenler üzerinde çalışmalar yapılmıştır. Genetik çalışmalar, kromozom 8q, 12q13-21, 13q13-q14.3, 22q11, 4p16.1 bölgeleri ve bu bölgeler ile ilişkili GNAZ, DRD5, D1B, DRD4, nNOS genleri üzerinde yoğunlaşmış fakat henüz net bir kanıya ulaşamamışlardır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada bir ailenin primer enürezis noktürnalı bireylerinin ailevi segregasyonu gösterilmiş 6 (altı) bireyinden (Grup 1) tüm ekzom sekanslama yöntemi ile analiz yapılmıştır. Ekzom sekanslama ile elde edilen verilerden uygun görülen genetik değişimler, segregasyonu gösterilemeyen ailenin diğer 7 (yedi) bireyinde (Grup 2) araştırılmıştır. Bulgular: Aile bireylerinin ekzom sekanslamasından elde edilen ortak veriler analiz edilmiş ve daha önceki çalışmalarda enürezis noktürna ile ilişkilendirilmiş kromozom 8q, 12q13-21, 13q13-q14.3, 22q11, 4p16.1 bölgeleri ile GNAZ, DRD5, D1B, DRD4 genlerinde hastalık nedeni olabilecek 91 herhangi bir değişim taşımadıkları saptanmıştır. Enürezis noktürna etiyopatogenezinde suçlanan idrar miktarında artış, vazopressin eksikliği, azalmış mesane kapasitesi, uyku ve uykuda solunum bozuklukları, otonom sinir sistemi disfonksiyonu, obezite, hiperkalsiüri, dikkat eksikliği ve hiperaktivite bozukluğu nedenlerine yol açabilecek biyolojik yolaklarda yer alan tüm genlerdeki ortak değişimler incelenmiş, bu değişimlerin tamamının benign karakterde olduğu görülmüştür. Sonuç: Enürezis noktürnanın etiyolojisinin aydınlatılabilmesi için daha fazla vaka ile tüm genom çalışmaları yapılması; patofizyoloji ve epidemiyolojiye yönelik daha fazla çalışma yapılması gerekmektedir. Bu çalışma, enürezis noktürna genetiği ile ilgili daha önce yapılmış bağlantı çalışmalarından sonra DNA dizileme ile yapılan dünya literatüründeki ilk çalışma olma özelliği taşımaktadır.
Tinnitus ile beyin-kaynaklı nörotrofik faktör (BDNF) gen polimorfizmleri ve BDNF serum düzeyi arasındaki ilişkinin araştırılması
Patofizyolojisi hakkında halen çok az şey bilinen tinnitus işitme sisteminin yaygın bir semptomudur ve dışarıdan herhangi bir uyarı olmaksızın kulakta veya başının herhangi bir bölgesinde ses duyulması olarak tarif edilmektedir. Beyin kaynaklı nörotrofik faktör (BDNF), nöronların büyümesi, farklılaşması, yaşamlarını sürdürmesinde ve iç kulak duyu epitelyumu dahil gelişmekte olan işitsel yolda anahtar rol oynayan nörotrofik faktörlerden biridir. BDNF gen polimorfizmleri [rs6265 (Val66Met), rs2030324 ve rs1491850], BDNF salgılanmasının düzenlenmesindeki anormalliklerle ve işitsel uyarılmış beyin sapı potansiyel test (BAER) sonuçlarındaki değişmeler ile ilişkili olduğunu ve ayrıca BDNF düzeylerinin tinnitusta ve depresyon, stres ile ilişkili olabilecek distimik bozukluk, konversiyon bozukluğu ve yaşam krizlerine bağlı intihar girişimleri gibi psikiyatrik bozukluklar ve durumlarda azaldığını gösteren çalışmalar mevcuttur. Tinnitus sıklıkla depresyon gibi duygudurum bozuklukları ile yakından ilişkilidir. Tüm bu veriler, tinnitus ile BDNF gen polimorfizmleri ve BDNF serum düzeyleri arasında bir korelasyon olabileceğini akla getirmektedir. Bu çalışmada, BDNF polimorfizmleri ve BDNF serum düzeyi değişiklikleri ile tinnitus arasındaki ilişki incelenerek, BDNF değişikliklerinin tinnitus patofizyolojisinde herhangi bir rolü olup olmadığını araştırmak amaçlanmıştır. Bu çalışmada, en az 3 aydır devam eden, tinnitus tanısı almış kişilerde, tinnitusa yatkınlıkta BDNF varyantlarının olası etkileri incelendi. çalışmaya CBÜ Tıp Fakültesi Kulak BurunBoğaz (KBB) polikliniğine başvuran 18-55 yaş arası 52 hasta ve herhangi bir KBB ve sistemik hastalığı saptanmayan aynı yaş grubunda 42 kişi kontrol grubu olarak seçildi. Bu özelliklere uygun seçilen olgular değerlendirmeye alınarak, klinik muayeneleri ve psikiyatri polikliniğinde uygulanacak DSM-IV eksen I bozuklukları için Yapılandırılmış Klinik Görüşme ölçeği (SCID-I) kullanılarak psikiyatrik tanıların ayırıcı tanısı yapıldı. Venöz kanlar kullanılarak elde edilen DNA örneklerinden BDNF polimorfizmleri genetik incelemesi ve BDNF serum düzeyi ölçümleri yapıldı. Sonuç olarak Tinnituslu hastalarda kontrol grubuna göre serum BDNF protein düzeyi daha düşük olarak saptanmış olup BDNF gen polimorfizmleri ile hastalık arasında ise anlamlı bir ilişki olmadığı gözlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Tinnitus, BDNF gene, polimorfizm, serum BDNF