225
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
Myrtus communis bitkisinden elde edilen esansiyel yağın ve bileşenlerinin MCF7, MCF10a ve BJ hücre hatları üzerindeki sitotoksik ve apoptotik etkisinin incelenmesi
Kadınlarda en sık görülen kanser tipi olan meme kanseri hastalığında, son 20 yılda teşhis ve tedavi amacıyla birçok araştırma yapılmıştır. Son yıllarda yapılan araştırmalarda bitkilerde yer alan bileşenlerin antimutajenik ve antioksidan aktivitelerine karşı ilgi giderek artmaktadır. Çalışmamızda kullanacağımız Mrytus communis L. bitkisi,birçok hastalık alanında tedavi amaçlı kullanılmakla birlikte antikanser odaklı tedavilerde de kullanılmaktadır. İnsan meme kanseri hücre hattı MCF7'de kullanılacak olan bu bitkinin özütü artan dozlara maruz kalacaktır ve sitotoksisite MTT testi kullanılarak test edilecektir. Bu sitotoksisitenin antitümör özelliğe sahip olup olmadığını anlamak için, özütün (yağın) aynı dozları insan tümörijenik olmayan MCF10A meme hücre hattına uygulanacaktır. Ayrıca,tedavi edici özelliğe sahip konsantrasyonun belirlemesiyle sadece olası hücre tipi seçiciliği üzerine etkisi olup olmadığını görmek için ise epitel olmayan hücrelerde yani insan BJ fibroblastı hücre hattında da test edilecektir. Buna paralel olarak, biyolojik etkinin temellerini değerlendirmek için gözlenen biyolojik aktivitenin bir veya birkaç maddeyle bağlantılı olup olmadığını tespit etmek adına bu analizlerde karakterize edici bileşikler (1,8-cineole, α-Pinene, linalool) saf formda kullanılacaktır. Esensiyal yağın ve kullanılan üç kimyasal bileşiğin apoptozu uyarıp uyarmadığını anlamak için MCF7 ve MCF10A hücre hatlarında Kaspaz 3, Kaspaz 9,Bcl-2 ve Bax genlerinin ekspresyon düzeyleri RT-qPCR yöntemi uygulanarak incelenecektir.
Prader-Willi, Angelman ve Miller-Dieker olgularda FISH (Fluoresan In Situ Hibridizasyon) metodu ile mikrodelesyon araştırılması
ÖZET Prader-Willi Sendromu (PWS), infantlarda santral müsküler hipotoni, beslenme bozuklukları, gelişme geriliği ile karakterize nöroendokrin bir bozukluktur. En önemli özellikleri fasial dismorfizm, hipogonadizm, kriptorşidizm, kısa boy, kısa el ve ayaklar ve mental retardasyondur. Genellikle erken çocukluk çağında klinik tabloya aşırı yeme sonucunda gelişen obesite de eklenmektedir. Angelman Sendromu (AS) ise, mental retardasyon, konuşma eksikliği, gülme krizi, ataksik ani hareketler, mikrosefali, krizler, anormal EEG, dışarı çıkmış dil ve çene çıkıklığı ile karakterizedir. Miller-Dieker Sendromu (MDS), karakteristik fasial görünüm ve lizensefali tip I ile karakterize multipli malformasyon sendromudur. Miller-Dieker sendromunda lizensefaliye ek olarak, şiddetli mental retardasyon, çıkıntılı alım, bitemporal darlık, kısa bir burun ile dışa dönük burun delikleri, çıkık üst dudak ve küçük çene bulguları mevcuttur. Prader-Willi ve Angelman sendromlu hastaların % 70' i parental veya maternal D15S9-D15S12 lokuslarını taşıyan intersitial de nova mikrodelesyonlara sahiptir. Prader- Willi sendromlu hastaların çoğu ve Angelman sendromlu hastaların az bir kısmı sırasıyla maternal ve paternal uniparental dizomi ( UPD ) 15 'i taşımaktadır. Daha başka kromozom 15 düzenlemeleri ve normal olmayan metilasyona sebep olan küçük mikrodelesyonlarda ender olarak görülür. Miller-Dieker Sendromu, Miller-Dieker kritik bölgesinde hem Miller-Dieker Sendromu, hemde İzole Lizensefali Sendromu (ILS) ile tanımlanan 17pl3.3 kromozom mikrodelesyonuna sahiptir Miller-Dieker sendromlu hastaların % 90' nında, normal kromozomlar mevcut olsa bile, 12q:17p translokasyonları, 17. kromozomun ringi ve 17. kromozomun uzun kolunun duplikasyonu ile tanımlanan kısa kol delesyonu mevcuttur. Bu çalışmada mikrodelesyonlan saptayan CytocelFin, Prader- Willi / Angelman sendromlu hastalarda 15qll-13 delesyonu için SNRPN (small nüklear riboprotein polipeptid N) / IC probu ve 15qter telomere spesifik probu (kontrol probu), Miller-Dieker sendromlu hastalarda 17pl3.3 delesyonu için MDS / ILS probu ve SMS probu (Simith-Magenis sendrom probu ) ile FISH ( Flouresan İn Situ Hibridizasyon) yöntemi uygulandı. Prader-Willi / Angelman sendromu olduğu düşünülen 12 hastada ve Miller-Dieker ön tanılı ve lizensefalili 13 hastada FISH bulguları, klasik sitogenetik bulgularla karşılaştırıldı.Bu1-1 hastalık gruplarını kapsayan toplam 25 hastada mikrodelesyon ve herhangibir sitogenetik anomali saptanmadı. FISH yöntemi, Prader-Willi / Angelman ve Miller-Dieker sendromu düşünülen hastaların teşhisi için gerekli testlerden ilk sırada yer alan bir test olarak belirtilmektedir. Bu çalışmada, klinik muayene ile ön tam olarak Prader-Wili/Angelman ve Miller-Dieker sendromu düşünülen bu hastalarda FISH yöntemi ile mikrodelesyon saptanmaması, klinik tamda daha seçici olunması gerektiğini düşündürdü. Tüm hastalarda uygulanan yöntem ile mikrodelesyon aranılan bölgelere ait sinyallerin alınması bu yöntemin rutin olarak laboratuvarımızda kullanılabileceğini gösterdi. :&*»* mtâ^L.L&y- yi-
Kronik myelositer lösemili hastaların sitogenetik analizi ve RT-PCR tekniği ile bcr-abl gen diziliminin teşhisi
Kronik miyelositer lösemili hastaların %90'nında Philadelphia kromozomu bulunmaktadır. Philadelphia kromozomu 9 ve 22 numaralı kromozomlar arasındaki translokasyon ile meydana gelir. Bu translokasyon sonucunda bcr-abl füzyon geni meydana gelir (4). Bu çalışmanın amacı 25 KML hastasında bcr-abl hibrit geninin varlığının RT- PCR yöntemi ile gösterilmesi ve Ph kromozomun sitogenetik açıdan değerlendirilerek arasındaki korelasyonu belirlemektir. Olgularımızda bcr-abl geninin pozitif bulunma oranı %80 olarak saptanmıştır. Ph kromozomun pozitif bulunma oranı %80 olarak bulunmuştur. K562 hücre hattı pozitif kontrol olarak, distile su ise negatif kontrol olarak kullanılmıştır. Total RNA'ların pozitif kontrolü olarak ise B-actin primerleri kllanılmıştır. Toplam RNA'lar kan, kemik iliği ve hücre soylarından izole edilerek; mRNA'lardan cDNA'lar sentezlenmiş ve böylece hedef DNA'lar PCR yöntemi ile çoğaltılmıştır. 25 KML hastasının bcr-abl düzenlenmesinin tespiti için oligonükleotid primerler uygulanmıştır. PCR ürünü, agaroz jele yüklenerek mini jelde TBE tamponunda ayrılmış ve jel ethidium bromür ile boyanarak UV. ışığında görüntüleri elde edilmiştir. Sitogeneik analiz de ise kemik iliği materyalinden lenfosit kültürü yapılmış ve GTG boyama yapılarak mikroskobik incelemeleri yapılmıştır, bcr-abl hibrit geninin protein ürünlerinin hücre içi fonksiyonları ve hangi mekanizmaları kullanarak hücreleri transforme ettiğinin anlaşılabilmesi için daha ileri araştırmalara gerek duyulmaktadır. Elde edilen sonuçlara göre diğer yöntemlerden daha hızlı ve daha duyarlı olan PCR yönteminin malign hastalıkların tanısının konulması ve tedaviye verdiği cevabın izlenmesinde kullanılabileceği kanısındayız.
Koroner arter hastalığı riski ile paraoxonase (PON1) geninde LEU-MET (55) ve GLN-ARG (192) polimorfizmleri arasındaki ilişkinin araştırılması
Amaçlar: Paraoksonaz (PON1), lipit peroksitleri hidroliz eden yüksek dansiteli lipoproteine bağlı bir esterazdır. PON1, LDL'nin oksidatif modifikasyonuna karşı koruyucu bir faktör olarak dikkat çekmekte olup aterosklerotik süreçleri önlemede önemli bir rol oynamaktadır. Bununla ilgili olarak iki polimorfizm yaygın bir şekilde çalışılmıştır. 55. kodonda lösin (L aleli) yerine metiyonin (M aleli) geçmesi ve 192. kodonda glutamin (Q aleli) yerine arjinin (R aleli) geçmesidir. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışmada 120 hasta ve 102 kontrolde bu iki amino asit değişikliğini incelendi. Genotipler polimeraz zincir reakiyonu ve Alw I ile Nla III enzimleri kullanılarak restriksiyon haritalaması ile belirlendi. Sonuçlar: Hastaların 67 (% 55.8), 48 (% 40.0) ve 5 (% 4.2) tanesi sırasıyla Q/Q, Q/R ve R/R genotiplerine; kontrollerin ise 8 (% 6.8), 56 (% 46.6) and 56 (% 46.6) tanesi sırasıyla M/M, M/L ve L/L genotiplerine sahipti. Sigara, hipertansiyon, diabetes mellitus, aile öyküsü, şişmanlık, plazma LDL ve total kolesterol düzeyleri, koroner arter hastalığı (KAH) için önemli birer risk faktörüydü. Bu çalışmada, PON1 M/L 55 polimorfizmi ile KAH arasında bir ilişki olduğu ve Q/R192 polimorfizminin toplumumuzda KAH'a yatkınlık sağlamada bir risk faktörü olmadığını bulduk. Anahtar Kelimeler: Ateroskleroz, Paraoksonaz, Gen, polimorfizm
Koroner arter hastalığı ile paraoksonaz (PON) 2 ve 3 genlerindeki polimorfizmler arasındaki ilişkinin araştırılması
Amaç: Paraoksonaz (PON) gen ailesi, PON1, PON2 ve PON3 olarakadlandırılan üç üyeyi içerir ve bu genler insan kromozomunun 7q21-q22bölgesinde lokalize olmuşlardır. Bazı çalışmalar, bu genler üzerindekipolimorfizmlerin koroner arter hastalığı (KAH) ile ilişkili olabileceğini belirtirler.Biz, PON 2 S311C ve PON 3 G971A polimorfizmlerinin KAH üzerindekietkisini araştırmayı amaçladık.Metod: PON üzerinde meydana gelen bu iki amino asit değişimini, 159hasta ve 113 kontrol de inceledik. Genotipler, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)ve Dde I ve Hinf I enzimleri kullanılarak restriksiyon haritalaması yöntemi ilearaştırıldı.Sonuçlar: Hastalarda izlenen varyasyonlar, S311C mutasyonu için 0.145frekansında, G971A mutasyonu için 0.007 frekansında bulundu. PON 2 S311Cve PON 3 G971A polimorfizmleri ve KAH arasında anlamlı bir farklılıkgözlenmedi. Sigara kullanımı, hipertansiyon, diabetes mellitus, aile öyküsü,vücut-kütle indeksi, LDL'nin plazma seviyesi ve total koleserol koroner arterhasatlığı için önemli risk faktörleri olarak gözlendi.Tartışma: Bu çalışmada, PON 2 S311C ve PON 3 G971Apolimorfizmlerinin bizim toplumumuzda KAH'lığına duyarlılık için önemli birrisk faktörü olmadıklarını bulduk. Paraoksonaz 2 ve 3'ün bu varyasyonlarınınetkileri daha fazla incelenmelidir.
Down sendromunun hızlı prenatal tanısında kantitatif floresan polimeraz zincir reaksiyonu (QF-PCR) tekniğinin kullanılması
Prenatal tanı için en sık endikasyon, fetusda artmış trizomi 21 riskidir. Bu çalışmada, trizomi 21'in hızlı prenatal tanısında QF-PCR tekniğinin klinik uygulanabilirliğinin gösterilmesi amaçlandı. Ayrıca, bu teknikle trizomi tanısı koyabilmek için gerekli en az hücre sayısı ve bu değerin gebelik haftalarıyla ilişkisi değerlendirildi. 224 gebeye ait amniyon sıvısında hücre sayımı yapıldı ve gebelik haftalarına göre sınıflandırıldı. Amniyon sıvısında bulunan total ve canlı hücre sayısı ile canlı hücre oranının gebelik haftasıyla istatistiksel olarak anlamlı bir ilişkisi olduğu (p<0.001) gösterildi. 135 olgudan DNA izolasyonu yapıldı. DNA örnekleri D21S1411 belirleyici ile QF-PCR kullanılarak amplifiye edildi. Normal örneklerin pik oranı ortalama 1,1 ve trizomik diallelik örneklerin pik oranları 2,0 olarak hesaplandı. 14?22. gebelik haftaları arasında 0,1?1,9 ml amniyon sıvısından elde edilen amniyosit sayısının QF-PCR ile tanı koymak için yeterli olduğu gösterilmiştir. QF-PCR testinin trizomi 21'i teşhis etmede duyarlılığının %90, seçiciliğinin %93,6, pozitif ve negatif öngörü değerlerinin ise %100 olduğu hesaplanmıştır. D21S1411 belirleyicinin heterozigozite oranının ise 0,8320 olduğu gösterilmiştir. Bu verileri esas alarak, D21S1411 belirleyicinin Türk toplumunda trizomi 21 tanısı için güvenle kullanılabileceği sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Trizomi 21, QF-PCR, prenatal tanı, amniyosit.
Hipertansiyon ile ACE2 gen polimorfizmi arasındaki ilişkinin incelenmesi
Hipertansiyon kardiyovasküler hastalıklarda rol oynayan en önemli risk faktörlerinden birisidir. Renin angiotensin sistemi (RAS), kardiyovasküler ve renal fonksiyonların merkezi bir düzenleyicisi olup, birçok kalp böbrek hastalığında anahtar rol oynar. RAS'ın, kardiyovasküler ve renal fonksiyonlarda ve hastalık durumlarında önemli bir rol oynadığı ve düşünüldüğünden çok daha karmaşık bir sistem olduğu ortaya çıkmıştır. X kromozomu üzerinde lokalize olan ve Anjiotensin Dönüştürücü Enzim (ACE) ile homolog olan yeni bulunan ACE2'nin RAS'ı negatif şekilde düzenlediği görülmektedir. ACE2, Ang I ve Ang II yi inaktif Ang1-9 ve Ang1-7 ye bölmektedir. Yapılan genetik araştırmalar sonucunda ACE2 geninde hipertansiyonla ilişkilendirilmiş 4 farklı ten nükleoit polimorfizm bölgesi tanımlanmıştır. Bunlar; intron 1 deki 1075 bölgesinde A?G, intron 3 deki 8790 bölgesinde G?A, intron 11 deki 28330 C?G ve intron 16 daki 36787 bölgesinde G?C polimorfimleridir. Bu çalışmada, ACE2 gen polimorfizmi ile hipertansiyon arasında bir ilişkinin olup olmadığını araştırmak amaçlanmıştır. Çalışmaya dahil edilen 158 primer hipertansiyon hastası birey ile 163 normal kan basıncına sahip bireyde ACE2 genindeki intron 1 A?G (nt 1075) ve int 3 G?A (nt 8790) polimorfizmleri analiz edilmiştir.
Manisa ve yöresinde şizofreni tanısı konmuş hastaların sitogenetik ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Şizofreni birçok davranış ve düşünce bozukluğuna neden olan çok sistemlipsikiyatrik bozukluklardan biri olup erken yaşlarda başlayarak hayat boyu süren,sonlanımı kötü olan bir hastalıktır. Biyokimyasal anatomik ve genetik alanlardakibirçok ilerlemelere karşın şizofreni kendine özgü yaşantıları ve davranışsal belirtileriolan ve ancak bu belirtilerin gözlenmesi ile tanı konabilen bir hastalık olarak kalmayadevam etmektedir.Çalışmamızın amacı, DSM-IV kriterlerine göre şizofreni tanısı konmuş 50hastanın (25 kadın ve 25 erkek) sitogenetik analizlerini yaparak sayısal ve yapısalkromozom anomalilerini belirlemek ve aynı hasta grubunda PZR (Polimeraz ZincirReaksiyonu) yöntemi ile 22 kromozomu üzerindeki 22q11 bölgesininmikrodelesyonunu göstermek ve aralarındaki korelesyonu belirlemektir.Araştırmamızın sitogenetik analizinde lenfosit kültürü ve Giemsa-Tripsin(GTG) bantlaması yapılarak mikroskobik olarak incelenmiştir . Moleküler analizde iseher hastada periferik kandan DNA izolasyonu yapılmıştır. 185 bp uzunluğundakiCOMT genine ait hedef bölge oligonükleotid primerler kullanılarak PZR yöntemi ileçoğaltılmıştır. PZR ürünü, %2 lik agaroz jelde yürütülüp Jel Görüntüleme Sisteminderesimlenmiştir.Şizofren tanısı konmuş hastalarda COMT genine ait allellerinin belirlenmesininRFLP( Restriction Fragment Lenght Polymorphism) çalışması ise , ileri bir çalışmahedefi olarak belirlenmiştir.
Bor türevlerinin serviks kanseri hücrelerinin büyümesi üzerine etkilerinin araştırılması
Amaç ve kapsam: Farklı Bor türevlerinin serviks kanseri hücre hattında büyümesinin gözlenmesi ve apoptozis yolaklarının incelenmesi amaçlanmıştır.Materyal-metod: American tissue cell culture'dan ticari olarak alınan HTB-32 serviks karsinoma ve CCL-62 He-La kontaminantı, ölümsüz serviks hücre hatları uygun koşullarda optimize edilmiş ve Ege Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, hayvan hücre kültürü laboratuarında tüm hücre kültürü çalışmaları yapılmıştır. Gerekli üreme koşulları ayarlanan bu hücre hatlarının MTT ve hücre kinetiği ölçümleri yapılmıştır.Borik asit (H3BO3), boraks pentahidrat (Na2B4O7.5H2O) ve disodyum pentaborat dekahidratın (Na2O.5B2O3.10H2O) farklı konsantrasyonları uygulanmıştır.Caspase-Glo 3/7 Assay, Caspase-Glo 8 Assay,Caspase-Glo 9 Assay, Annexin V FITC ve Caspase VAD FMK kitleri ile apoptoz analizi yapılmıştır.Veriler, annexin V ve caspase Vad FMK testleri için Ki kare testi, Caspase 3/7, caspase 8, Caspase 9 testleri için ise Student T ve ANOVA testleri kullanılmıştır. Odd Ratio oranları %95 güven aralığı içerisinde SPSS 16.0 programı ile istatistiksel olarak değerlendirilmiştir.Tartışma-Sonuç: HTB-32 hücre hattına madde uygulamasını takiben, kontrole göre , % canlılık oranını baskılamada DPD'nin, tüm dozları etkili olmaktadır. Ayrıca, DPD'nin güne bağlı artan her dozunda, apoptozisin iç yolak ve dış yolaklarını kapsayan kaspaz 3/7 , anneksin 5 , fas ligand, kaspaz 8, kaspaz 9 ölçümlerinde, borik asit ve pentaborat dekahidrata göre daha anlamlı sonuçlar alınmıştır, bu sebeple daha iyi bir apoptotik ajan olduğu öngörülmektedir.
Sarkoidoz tanılı hastalarda CRR2 geninin yeni nesildizi analizi ile taranması
Sarkoidoz, granülom oluşumuyla sonuçlanan hastalık bölgelerinde mononükleer hücrelerin birikmesi ile karakterize edilen, nedeni bilinmeyen bir multisistem hastalığıdır. Hastalığın, genetik olarak yatkın konakçılarda bilinmeyen çevresel antijenler tarafından tetiklendiği düşünülmektedir. Biz bu çalışmada sarkoidoz tanılı hastalarda CCR2 geninin yeni nesil dizi analizi(YND) ile taranmasını amaçladık. Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Göğüs Hastalıkları Kliniği'nde sarkoidoz tanısı ile takip edilen 31 hasta ile sarkoidoz dışı bir nedenle başvurmuş 19 kontrol dahil edilmiştir. Mevcut çalışmamıza 35'si (%70) erkek, 15'i (%30) bayan olmak üzere toplam 50 birey dahil edilmiştir. Hasta grubunda 24(%77,4) kadın ve 7(%22,6) erkek varken, kontrol grubunda 11(%57,9) kadın ve 8(%53,3) erkek vardı (χ2=2,138; p=0,144). Çalışmamızda; CCR2 (NM_001123396.4) geninde hasta ve kontrol grubunda tespit edilen varyasyonlar sırasıyla NM_001123396.4:c.1044G>A(p.Thr348=)(rs3092960) (Hasta:3, Kontrol:3), NM_001123396.4(CCR2):c.156G>T(p.Val52=)(rs3918367) (Hasta:2, Kontrol:0), NM_001123396.4(CCR2):c.190G>A(p.Val64Ile)(rs1799864) (Hasta: 8, Kontrol:6), NM_001123396.4:c.780T>C(p.Asn260=)(rs1799865) (Hasta: 24, Kontrol:8) olarak bulundu. Sonuç olarak NM_001123396.4(CCR2):c.156G>T(p.Val52=)(rs3918367) ve NM_001123396.4:c.780T>C(p.Asn260=)(rs1799865) varyasyonları hasta grubunda kontrol grubundan anlamlı derecede yüksekti (p<0,05). Tespit edilen bu CCR2 varyasyonların sarkoidozun etyopatogenezisindeki rolünün daha iyi anlaşılabilmesi için CCR2 geninin YND ile tarandığı gemiş serileri içeren ilave çalışmalara ihtiyaç vardır.
Expression levels in various cell lines of naturalantisense transcripts
lncRNAs (long non-coding RNAs), with various important molecular and cellular functions and natural antisense transcripts (NATs), complementary to protein-coding or non-coding RNA sequences are important regulators of eukaryotic gene expression drew a great attention recent years to uncover their importance for diagnostic, prognostic and therapeutic purposes because of their dysfunctions leads to diseases including cancer.Earlier NATs were described as lncRNAs. This convergence between NAT and lncRNA determination raised confusion and gradually started to be disappeared with the increasing knowledge. Specific pcGen (protein coding Gene) regulation by their corresponding ncNATs (non-coding NATs) has been reported. TSIX is a new regulator of collagen expression which stabilizes the collagen mRNA.HOXD-AS1/ HAGLR is a critical regulator for carcinogenesis and metastasis in different types of cancers. LCMT-1 is a negative regulator of Akt proto-oncogene. Different tissue-specificity of NAV2AS5 wasobserved from human tissue samples. Antisense transcripts that bind to long noncoding RNAs are called lncNATs.Among the potential clinical utilities of lncNATs, are of high interest for cancer treatment, even though the biological significance remains still under scientific investigation with major key questions yet to be elucidated.We hypothesized that lncNATsTSIX, HAGLR, LMCT1AS, and NAV2AS5 might have important roles for several tumorigenic processes. To explore their roles, ATCC normal (Beas2B, CRL4010, CRL8798) and cancer (A549, MCF7, MDA-MB- 231, CRL2329) cell lines were subjected to examine through RNA isolation, cDNA conversion, Semiquantitative (by agarose gel and ImageJ program) and quantitative RT- PCRfor expression analyses. TSIX, HAGLR, LMCT1AS and NAV2AS5 genes have differential expression pattern in both normal and cancer cell lines. The obtained results indicate their importance for biological processes in cancer. Anahtar Kelimeler: Cancer, HAGLR, LCMT1AS, NAV2AS5, Natural Antisense RNAs. E.mail ( aishanku@yahoo.com)
İskemik kalp hastalarında serum lipoprotein düzeylerinin ve serum proteinleri genetik polimorfizminin poliakrilamid jel disk elektroforezi yöntemiyle araştırılması
7. ÖZET Poliakrilamid jel disk elektroforezi yöntemi kullanılarak, 50 iskemik kalp hastası ve 50 sağlıklı bireyde serum HpoproteMerinin düzeyleri ve bazı serum proteinleri (transferrin, haptoglobin, ceruloplazmin ve grup spesifik komponent)'nin genetik polimorfîzmi araştınlrnıştur. Ayrıca serumda; total kolesterol, trigliserit, yüksek dansiteli lipoprotein kolesterolü, düşük dansiteli lipoprotein kolesterolü ve çok düşük dansiteli lipoprotein kolesterolü miktarları saptanmıştır. Sonuçta; beta lipoprotein ve pre-beta lipoprotein yüzdeleri ile düşük dansiteli lipoprotein kolesterolü, çok düşük dansiteli lipoprotein kolesterolü, total kolesterol ve trigliserit miktarları iskemik kalp hastalarında normal bireylere nazaran yüksek bulunmuştur. Alfa lipoprotein yüzdesi ve yüksek dansiteli lipoprotein kolesterolü miktarı hasta bireylerde sağlıklı kişilerden daha düşük, şilomikron yüzdesi ise farksız bulunmuştur. Ayrıca araştndığımız serum proteMerinin genetik polimorfîzmi ile iskemik kalp hastalığı arasında bir ilişki olmadığı sonucuna varılmıştır. 65
Pankreas kanser dokularında ING4 gen ifade seviyesinin ve P53 gen mutasyonlarının araştırılması
Giriş: Pankreas kanseri 5 yıllık sağ kalım süresi %1'in altında olan çok hızlı metastaz gelişmesi ve tıbbi tedavi ve uygulamalara dirençle karakterize oldukça kötü huylu bir kanser türüdür. Bu kanser tipinde tümör baskılayıcı genlerden p53'ün %50'den fazla mutasyona uğradığı sıkça rapor edilmiştir. ING4 ve ING tümör baskılayıcı genler MDM2'ye bağlanarak p53'ün ubikutinasyon yoluyla parçalanmasını önler ve p21'in özendirici bölgesine bağlanarak gen ifadesini düzenlerler. Ayrıca, ING4 Lys-382 asetilasyonunu tetikleyerek p53'ün oligomerizasyonunu sağlar. ING ailesi tümör baskılayıcı genler p53'ün bu yolla kararlılığını sağlayarak hücre döngüsünü ve hücresel çoğalmanın kontrolüne yardımcı olmakla birlikte, ayrıca, liprin ?1 yoluyla hücresel göçü ve NF-?B yoluyla anjiyogenesisi kontrol etmektedir. ING ailesi PHD bölgesi aracılığı ile de kromatin yapısı kararlılığının düzenlenmesinde rol almaktadır. Bu sebeple pankreatik kanserlerde p53 mutasyonları ve ING4 gen ifadesi ve mutasyonları çalışıldı. Materyal ve yöntemler: Pankreas dokularından elde edilen genomik DNA'larda p53 mutasyonları tanımlanmış primerler kullanılarak, elde edilen mRNA kümesinden sağlanılan cDNA'lar üzerinde tanımlanmış ING4 primerleri ile ß-aktin gen ifadesine göre ING4 gen ifade seviyesi ve dizin analizleri çalışıldı. Sonuçlar: p53 mutasyonları örneklerimizde gözlenmedi fakat p53 de görülen farklı bantların mutasyon taşımadıkları nukleotid dizin analizlerinde görülmüştür. Örneklerde ß-aktin gen mutasyonları gözlemlenmiştir. ING4 çeşitlerinden V1, V2 ve V4 çeşitlerinin hakim olduğu ve gen ifade seviyelerinin azaldığı bulunmuştur. Tartışma: Jel yürütmelerinde bulunan farklı p53 bantlarının GC'ce zengin tekrar dizilerinden kaynaklanan saç tokası yapısı oluşturması sebebiyle eksik yapılı işlevsiz p53 proteininin sentezlenmesine yol açmıştır. ß-aktin geninde bulunan mutasyonlar hücre iskeletinde bozulmalara ve bazı pankreatik kanser dokularının metastatik özelliği ile ilişkilendirilebilir. ING4 gen ifade seviyesinin düşüklüğü ile birlikte işlevsiz p53 sebebiyle pankreatik kanser dokularında hücre döngüsü ve çoğalma kontrolünün bozulmasıyla ve neticede apoptozisin çalışmaması ve metastazisin gelişimini engellemeyen hücresel ortam ile kanser gelişiminin ilşkili olabileceği düşünüldü. Bu arada sitoplazmada biriken ING4 çeşitleride ubikuinasyon yoluyla parçalanmaya giderek nisbi derişiklikleri de düşmektedir. Pankreatik kanser hastaları öykülerinde 1-2 yıl önce tip2 şeker hastası olduklarını dolayısı ile histon asetilaz ve histon deasetilaz ve IGF, MAPK ve p38 yoluyla cAMP ve PI-3K yolaklarının etkinliği anlaşılmaktadır. Her tip2 şeker hastası pankreatik kansere yakalanmadığına göre bu hastalarda yatkınlığın genetik ve çevresel alışkanlıkların etkinliği de dikkate alınarak, ING4 çeşitlerinin hücre içi dağılımları ve pankreatik kanserlerde bu çeşitlerin işlevleri hakkındaki bilgilerin ortaya çıkarılması ING4'ün pankreas kanseri gelişimindeki rolünün daha iyi anlaşılmasını sağlayacaktır.
Multiple abortuslu kadınlarda tromborisk paneli ile CVD panelinin karşılaştırılması
Trombofili, tekrarlayan gebelik kaybı etiyolojisinde önemli bir yer tutmaktadır. Bu güne kadar yapılan çalışmalar, Factor V Leiden, Protrombin ve Metilen Tetra Hidrafolat Redüktaz ın tekrarlayan gebelik kayıplarında oynadığı rolü ortaya koymuştur.Bu çalışmamız, tekrarlayan gebelik kaybı etiyolojisinde, bu üç mutasyonun dışında trombofiliye sebep olan farklı mutasyon veya polimorfizmlerin de etkisi olabilir mi sorusundan hareketle planlandı. Bu çalışma ayrıca tekrarlayan gebelik kaybı olan kadınlarda farklı trombofili etkenlerinin görülme sıklığını ortaya koyması açısından da önemliydi.Çalışmamzda hasta grubu olarak 3 veya daha fazla gebelik kaybı olan, sitogenetik incelemelerinde herhangi bir sitogenetik değişikliğe rastlanmamış hastalar seçildi. Kontrol grubu olarak ise en az 3 tane sağlıklı doğumu olan ve hiç düşük hikayesi olmamış kadınlar seçildi.Hasta ve kontrol grubuna Vienne Lab'a ait CVD paneli, DNA izolasyonu sonrası Multiplex PCR ve daha sonra PCR ürününe Western blot tekniğine dayalı hibridizasyon yöntemi uygulandı. Böylelikle Faktör V G1691A (Leiden), Faktör V H1299R, Protrombin G20210A, Faktör XIII V34L, ß-Fibrinojen -455G>A, Metilen Tetra Hidrofolat Redüktaz C677T, Metilen Tetra Hidrafolat Redüktaz A1298C, Apo B R3500Q mutasyonları ile PAI-1 (4G/5G), HPA-1 (a/b), ACE (I/D), Apo E (E2, E3, E4) genotipi açısından normal ve mutant alleller inceledi.Eylül 2006-Haziran 2007 tarihleri arasında Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma Hastanesi Kadın Doğum Polikliniğine baş vuran tekrarlayan gebelik kaybı hikayesi olan 52 hastada ve kontrol grubuna ait 52 kadında yapılan bu testte şu sonuçlar elde edildi.İstatistiksel değerlendirme SPSS 12.0 paket programı ile yapıldı. İki örneklemedeki yaş değişkeni T-Testi ile değerlendirildi. Elde edilen değerler aritmetik ortalama (X) ve standart sapma (SD) olarak ifade edilmiştir. Her iki grup arasında ilişki bulunup bulunmadığı Ki-kare bağımsızlık testiyle ortaya koyuldu. Beklenen frekansların 5'den küçük olduğu durumlarda Fisher Kesin Ki-Kare testi uygulandı. p<0,05 değerleri istatistiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir. Bu sonuçlara göre Faktör V G1691A (Leiden), Metilen Tetra Hidrofolat Redüktaz C677T, Metilen Tetra Hidrafolat Redüktaz A1298C, ACE (I/D) tekrarlayan düşüklerle ilişkili bulunmuştur.Bu sonuçlar ışıgında, tekrarlayan gebelik kayıplarının sebeplerinin anlaşılmasında ve tedaviye yönelik girişimlerin daha da başarılı olabilmesi açısından tromborisk paneli dediğimz Faktör V Leiden, protrombin ve MTHFR nin yanı sıra diğer faktörlerinde incelenmesinin de anlamlı olacağı sonucuna varılmıştır. Ayrıca bu çalışmanın ileride daha büyük hasta gruplarında uygulanmasının diğer parametreler için de bağlantının anlaşılması açısından manidar olacağı açıktır.
Batı Karadeniz Bölgesindeki akraba evliliklerinde kronik ve genetik hastalıklar sıklığının araştırılması
Bu çalışma; akraba evliliği sıklığının araştırılması ve akraba evliliğine bağlı doğurganlık, çocuk ölümleri, genetik ve kronik hastalıkların belirlenmesi amacı ile yapıldı. Çalışmaya Eskipazar ilçesinde ikamet eden 36.9 yaş ortalaması olan 320 gönüllü bayan denek katıldı. Veri toplamak için araştırmacı tarafından geliştirilen açık uçlu 17 sorudan oluşan anket kullanıldı. Akraba evliliği sonucu gerçekleşmiş olan 224 canlı doğum dosyaları ve ailelerinin verdiği bilgiler doğrultusunda sorgulandı. Anket formlarından elde edilen veriler istatistiksel analiz için Windows ortamında SPSS programı kullanılarak Ki-kare ve t testleri ile değerlendirildi. Değerlendirmelerde p< 0.05 düzeyi anlamlı olarak kabul edildi. Analiz sonuçlarımıza göre çalışmamıza katılan 320 kadının 102' sinin akraba evliliği yaptığı (%31.8) ve toplam 224 çocuklarının olduğu belirlendi. Akraba evliliği yapan deneklerimizin % 52.9' u birinci derece, %27.5' i ikinci derece, %19.6' sı da üçünce derece ve daha uzak akraba idiler. Halen yaşayan ve akraba evliliği sonucu dünyaya gelen 224 çocuğun 24 (%10.7) tanesinin genetik hastalık taşıdığı belirlendi. Çalışmamıza katılan 461 çocuk sahibi akraba evliliği yapmamış 218 bayanın çocuklarının %3.7 (17 kişi)' sinde genetik hastalık olduğu belirlendi. Akraba yapanlarla yapmayan gruplar arasındaki ölü doğum oranları %1.5 ve %6.6 akraba evliği yapanların lehine bulundu. Sonuçlarımıza göre öğrenim düzeyi arttıkça akraba evliliği derecelerinde azalma gözlendi. Birinci derecede akraba evliliği yapan orta öğretim mezunu %79 iken, ikinci derece akraba evliliği yapanlarda %70, üçüncü derece ve daha üzerinde %66' ya düştüğü belirlendi. Sonuç olarak; akraba evliliklerinin eğitim düzeyinin artışına bağlı azaldığının gözlenmesine rağmen ülkemizde önemli bir sağlık sorunu olarak gündemde kaldığını söyleyebiliriz. Akraba evliliklerinin neden olduğu sağlık sorunlarının giderilmesinde genetik danışma hizmetlerinin birinci basamak temel sağlık hizmetleri içinde yer alması gerektiğini ve akraba evliliği yapmış bireylere genetik danışma hizmetlerinin ücretsiz verilerek genetik merkezlerin sayılarının acil olarak artırılması gerektiğini düşünmekteyiz.
Meme kanserli hastalarda CASP8 ve CASP9 gen polimorfizmlerinin araştırılması
ÖZETMEME KANSERLİ HASTALARDA CASP8 VE CASP9 GEN POLİMORFİZMLERİNİN ARAŞTIRILMASIAsuman ÇELEBİYüksek Lisans Tezi, Tıbbi Biyoloji ve Genetik Anabilim DalıTez Danışmanı Yrd. Doç. Dr. Recep ERÖZAralık 2011, 71 sayfaMeme kanseri tüm kanser türleri arasında kadınlarda en sık görülen kanser tipidir. Meme kanserine neden olan risk faktörlerinin %5-10'luk kısmını kansere yatkınlık genlerinde meydana gelen kalıtsal mutasyonlar ve değişiklikler oluşturur. Kansere yatkınlık genlerindeki bu değişimlerin bir kısmı apoptozis mekanizmasının işlemesi esnasında gerçekleşir. Apoptozis (programlanmış hücre ölümü) doku homeostazından sorumlu olan, hücre intiharı olarak da bilinen fizyolojik bir süreçtir. Apoptozis mekanizmasının tetiklenmesi aşamasında veya herhangi bir basamağında meydana gelen değişiklikler tümör gelişimine katkıda bulunur. Kaspazlar olarak bilinen sistein proteazların büyük bir ailesi, yüksek organizmalarda apoptozisin yürütülmesinden sorumludur. CASP8 geni D302H polimorfizminin, meme kanseri oluşumu üzerine etkili olduğu yapılan çalışmalarda tespit edilmiştir. Ancak bildiğimiz kadarıyla CASP9 geni Q221R G>A, 83 C/T ve 5969 C/T polimorfizmleri ile meme kanseri arasındaki ilişkiye ait araştırmaya rastlanmamıştır. Bu çalışma, apoptotik hücre ölümü esnasında rol oynayan kaspaz genlerinden olan CASP8 (D302H) ve CASP9 (Q221R G>A, 83 C/T ve 5969 C/T) genlerinde bahsedilen polimorfizmler ile meme kanseri riski arasındaki ilişkiyi araştırmak üzere planlanmıştır. Bu amaçla, çalışmamızda meme kanseri tanısı konularak ameliyat edilmiş olan 55 hasta ve meme kanseri dışı bir etkenden dolayı opere edilen 32 sağlıklı bireyin parafine gömülü doku örnekleri kullanıldı. Bu bireylerin parafine gömülü doku örneklerinden DNA izolasyon işlemi yapıldıktan sonra ilgili polimorfizmlerin araştırılması için PCR-RFLP yöntemi uygulandı. CASP8 geni D302H polimorfizmi C allelinin meme kanseri riskini azaltıcı etkiye sahip olduğu bulundu (p: 0.067). CASP9 geni 83 C/T polimorfizmi T alleli (p: 0.000) ve 5969 C/T polimorfizmi C allelinin (p: 0.000) meme kanserine karşı koruyucu bir etkiye sahip olduğu bulundu. Ancak CASP9 geni Q221R polimorfizmi ile meme kanseri riski arasında bir ilişki bulunamadı.Anahtar sözcükler: Meme kanseri, CASP8, CASP9, Polimorfizm
Koroner arter hastalığında omentin adipokininin protein ve genom düzeylerinde incelenmesi
En ölümcül hastalıklardan biri olan Koroner Arter Hastalığının (KAH), en büyük sebebi arterosklerozdur. Ateroskleroz damar duvarında lipid parçacıkların birikimi ile oluşan ve damarların lümenini (boşluğunu) tıkayarak normal kan akımını engelleyen patolojik bir süreçtir. Ateresklerozun koroner arterlerde meydana gelmesi ile oluşan hastalığa Koroner Arter Hastalığı denilmektedir.Omentin, protein olarak eksprese edilen ve yeni keşfedilen, insülin duyarlılığını arttıran ve ağırlıklı olarak viseral yağ dokusundan salgılanan bir adipokindir. İnsanlarda akciğer, ince barsak ve kalpte bulunan ve adipoz dokudan eksprese edilen omentin adipokinin geni, 8 ekzon ve 7 intron bölgesinden meydana gelir ve 1. kromozomda yer alır. Bugüne kadar yapılmış çalışmalarda, omentin geniyle alakalı literatürde sadece bir tane SNP (single nükleotide polimorphsim, tek nükleotidlik farklılık) rapor edilmiştir.Omentin adipokininin KAH'larda marker olabileceği tahmin edilmektedir. Yapılan bu çalışmada omentin adipokininin KAH'lar da ki etkisi hem protein hem de genetik seviyede incelenip, bu datalar arasında korelasyonun olup olmadığı araştırıldı. Periferik kandaki omentin seviyesi ELISA yöntemiyle tayin edildi. Polimorfiz ise tam kandan elde edilecek DNA kullanılarak tayin edildi.
Kolon kanseri hastalarında fas ve trail gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Gelişmiş ülkelerde yaşam sürecinde kolorektal kanser (KRK) gelişimi oranı %5 olup ölüme neden olan kanser türlerinin arasında 2. sırasında yer alır. KRK de aile öyküsü varlığı %25-35 oranında olup, iyi bilinen bir risk faktörüdür. Apoptozis, programlanmış hücre ölümü olarak adlandırılır. Organizmadaki istenmeyen hücreler apoptozis işlemiyle yok edilerek bu denge muhafaza edilir. Bu çalışmada apoptozisle ilişkili Fas ve Trail genlerindeki polimorfizmlerin kolon kanseri ile ilişkisi incelenmiştir. Fas geni promotor bölge -1377G\A polimorfizmi ile Trail geni ekzon 5 bölge +1595 polimorfizmi bu çalışma kapsamında araştırılmıştır. Bu aşamada ilk olarak kolon kanserli bireylerden parafin doku örnekleri ve sağlıklı bireylerden kan örnekleri alındı. Ve DNA izolasyonu kit kullanılarak yapılmıştır. Hasta ve sağlıklı bireylerden izole edilen bu DNA'larda ilgili polimorfizmlerin incelenmesi için PCR, RFLP yöntemi kullanılmıştır. Elde edilen bulgular uygun istatistiksel yöntemler kullanılarak değerlendirilmiştir. Fas promotor bölge -1377 ve Trail ekzon bölge +1595 polimorfizmlerinin kolon kanserinde belirleyici bir nitelik olup olmadığı araştırılmıştır. Bu çalışmaya 56 kolon kanserli hasta ve 46 sağlıklı kontrol grubu dahil edilmiştir. Çalışmamız sonuçlarına göre fas promotor -1377 ve trail ekzon +1595 genotipleri ve allel dağılımlarında kolon kanserli hasta ve kontrol grupları arasında anlamlı bir fark bulunmuştur. Hastalarda Fas A>G genotipi (p=0.001) ve Trail C>T genotipi (p=0.015), bunların kontrol gruplarından ve diğer genotiplerden daha sık görülmüştür. Ayrıca Trail ve Fas genotipleri ile cinsiyet, tümör derecesi, tümör tipi, aile hikayesi, sigara ve alkol arasında bir ilişki saptanmamıştır. Bu bulguların, KRK de genetik risk faktörlerinin belirlenmesine klinik anlamda yardımcı olabileceği ve hastalığın moleküler mekanizmasının çözümlenmesine katkı sağlayacak çalışmalara yeni bir bakış açısı getirebileceği düşüncesindeyiz.
Kolon kanseri hastalarında survivin gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Kolon kanseri dünya çapında görülen en yaygın kanserlerden biridir. Kanserlerin patogenezi hücrelerin çoğalması, farklılaşması ve sağ kalımı gibi genel gereksinimlerin düzenlenmesinde anahtar görev üstlenen genlerin mutasyonlarından etkilenmekte ve hastalık bir seri somatik mutasyonun birbirini izlemesiyle gelişmektedir. Apoptozis ise, hem hücresel homeostazisin devamlılığı hem de hücre çoğalması ve farklılaşmasında çok önemli olan hücre eliminasyonu için gerekli fizyolojik bir işlemdir. Apoptozis, genetik işlergelerle düzenlenmekte ve malign hücrelerde bu işlergelerin denetimi bozulabilmektedir. Bu da kontrolsüz hücre büyümesine ve tümör gelişimine neden olmaktadır. Bu çalışmada apoptozisle ilişkili olan Survivin geninin promotör bölgesindeki -31 G/C, -241 C/T, -625 C/G ve -1547 A/G polimorfizmlerin kolon kanseri ile ilişkisi PCR-RFLP yöntemi kullanılarak incelendi. Yapılan çalışma sonucunda survivin -31C alleli ve CC genotipine sahip bireylerin kolon kanserine yakalanma riskinin yüksek olduğu bulundu. -241 CT genotipinin kolon kanseri riskini önemli derece arttırdığı bulundu (OR=12.0, p=0.0001). -625 C/G polimorfizmi ile kolon kanseri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark yoktu. Survivin -1547AG genotipi AA' ya göre 3.383 kat daha fazla hastalık riski taşıdığı bulundu (p=0.026). Ayrıca GG genotipine sahip olanlarda da hastalık riski anlamlı düzeyde yüksek bulundu (p<0.05). Anahtar sözcükler: Kanser, Kolon, Polimorfizm, RFLP, Survivin
Akne Hastalarında Omentin Seviyesinin İncelenmesi
Akne yaygın olarak ergenlik çağındakileri ve gençleri etkileyen kronik bir inflamasyon hastalıktır. Çok faktörlü bir hastalık olan aknenin sebepleri arasında diyet, harici etkenler, Propionibacterium acnes ve genetik etkenler gösterilmektedir. Son zamanlarda genetik etki üzerine çok sayıda araştırma yapılmaktadır.Yeni keşfedilen omentin, insülin duyarlılığını arttıran ve ağırlıklı olarak viseral yağ dokusundan salgılanan bir adipokindir. Omentin proteini, insanlarda akciğer, ince barsak, kalp ve adipoz dokuda ifade edilir. Omentin geni, 8 ekzon ve 7 intron bölgesinden meydana gelir ve 1. kromozomda yer alır. Bugüne kadar yapılmış çalışmalarda, omentin geniyle alakalı literatürde sadece bir tane SNP (single nükleotide polimorphsim, tek nükleotidlik farklılık) rapor edilmiştir.Akne tanısı için uygulanabilir bir biyomarker (biyokimyasal veya genetik) arayışı üzerine çalışmalar yapılmaktadır. Yapılan bu çalışmada akne hastalarında omentin seviyesi hem protein hem de genetik seviyede incelendi ve bu veriler arasında korelasyonun olup olmadığı araştırıldı. Elde edilen verilere göre, akne hastaları ve kontrol grubu arasında omentin serum seviyesinde anlamlı bir fark saptanmadı. Aynı şekilde akne hastaları ve kontrol grubu arasında Val109Asp polimorfizmi için istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanamadı (p>0.05).Fakat Val/Val genotipine (mutant homozigot) sahip akne hasta sayısı kontrol grubuna göre yaklaşık 3 kat daha fazla olduğu bulunmuştur. Bu sonuçlara göre Val/Val genotipi akne hastalığının olmasına yatkınlık oluşturabileceği düşünülebilir.Anahtar Kelimeler: Akne, Omentin, polimorfizm ,ELISA
Meme kanserli hastalarda TIMP 2 gen polimorfizmlerinin araştırılması
Dünyada meme kanseri, kadınlarda görülen kanser türleri arasında ilk sırada, kanser nedeniyle oluşan ölümlerde ise akciğer kanserinden sonra ikinci sırada yer almaktadır. Türkiye?demevcut verilere göre, doğu bölgelerimizde 20/100.000, batı bölgelerimizde ise 40-50/100.000 oranında bir sıklığın olduğu tahmin edilmektedir. Proteolitik enzimler olan MMP?ler temel olarak hücre membranındaki ve hücreler arası matrikste bulunan kolajen, elastin, jelatin ve proteoglikan gibiproteinlerin yıkımında görev alırlar. Hücre büyümesinde, farklılaşmasında, göçünde, apoptozis gibi biyolojik süreçlerde rol almasının yanı sıra son yıllarda yapılan araştırmalarda tümör oluşumu ve metastaz gibi süreçlerinde de görev aldığı bulunmuştur. MMP?ler, hücre dışı matriks bileşenlerini parçalayarak, tümör invazyonunu kolaylaştırdığı böylece metastaz riskini arttırabilmektedir. TIMP?ler ise MMP enzimlerinin özgül ve doğal inhibitörleri olan proteinlerdir. Öncelikli görevleri MMP'leri baskılamak ve aktivasyonlarını düzenlemektir. MMP ve TIMP?ler arasındaki bu dengenin bozulması patolojik süreçlerin ortaya çıkmasına sebep olabilir. En çok araştırılan TIMP2 proteini, ilk kez melanom hücrelerinden izole edilmiştir. 21 kDa ağırlıkta non-glikolize bir proteindir. TIMP2 geni; 17q25.3 kromozomu üzerinde yer alır ve 5 ekzon içerir ve 83 kb uzunluğundadır. Bu çalışmada TIMP2 (-418) G/C ile TIMP2 (303) G/A polimorfizmlerinin Türk toplumundaki meme kanseri hastalarında etkin rol oynayıp oynamadığı RFLP yöntemiyle incelendi. Yapılan istatistiksel analizler sonucunda meme kanseri hastaları ile kontrol grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır. Fakat TIMP2 (303) GA genotipi, meme kanserine yakalanma riskini 1,486 kat (p=0.519), TIMP2 (-418) CC genotipinin meme kanserine yakalanma riskini 3,719 kat arttırdığı bulunmuştur (p=0,519). Anahtar kelimeler: Meme kanseri, polimorfizm, TIMP2.
EGFR mutant küçük hücreli dışı akciğer kanseri gelişiminde ve kemoterapi direncinde çok potansiyelliliğin rolü
Erlotinib, EGFR mutant küçük hücre dışı akciğer kanseri (KHDAK) hastalarında sağ kalımı uzatan bir tirozin kinaz inhibitörüdür (TKI). Hastalar 6-9 ay erlotinibe cevap vermekte ancak genellikle EGFR`de gelişen ikinci bir mutasyon ya da MET amplifikasyonu nedeniyle ilaca direnç gelişmektedir. SOX2, OCT4 ve NANOG gibi ceşitli pluripotensi transkripsiyon faktörlerinin ifadesinin görüldüğü diğer bir ilaç direnç mekanizması hücrenin farklılaşması ile gelişebilmektedir. Bu çalışmada, CC10-EGFR L858R/T790M transgenik farelerde, doksisiklin ile indüklenen mt-EGFR ifadesinin SOX2 ekspresyonu ile bağlantılı olduğunu gözledikten sonra, SOX2`nin akciğer tümörigenezinde ve ilaç direncinde etkili olup/olmadığını araştırdık. Öncelikle, EGFR mutant NSCLC hücre hatlarını erlotinib ile inkübe ettik. Erlotinib p-EGFR aktivitesini azaltırken, SOX2 ekspresyonu hücre hattı ve hücre kültürü koşullarına göre farklılık göstermiştir. EGFR TKI`ne duyarlı bir hücrede (HCC827) erlotinib, SOX2 ekspresyonunu azaltırken, duyarlı diğer hücrede (PC9) önce arttırıp, zamanla azaltmıştır. TKI dirençli NSCLC hücre hattı H1975`de erlotinib, SOX2 ekspresyonunu arttırmıştır. SOX2`nin fonksiyon çalışmaları için, hücreler SOX2 shRNA içeren lentivirusle enfekte edildi. SOX2`nin genetik inhibisyonu HCC827 hücrelerinde bazal proliferasyonu azaltırken, H1975 hücrelerinde etkilememiştir. Her iki hücre hattında da SOX2 eksikliği erlotinibe duyarlılığı etkilememiştir. Xenograft deneylerinde, shSOX2-HCC827 ve shSOX2-H1975 hücreleri, kontrollerle aynı büyüklükte ve sayıda tümör oluşturdu. PI3K/AKT yolağı EGFR TKI direnci ile ilişkili olabileceği için, hücreler PI3K/AKT inhibitorleriyle inkübe edildi ve SOX2 ekspresyonunun doza ve zamana bağlı olarak azaldığı gözlendi. Ayrica SOX2 ekspresyonunun tüm hücre hatlarında hücre yoğunluğundan etkilendiği belirlendi. Çalışmamızda EGFR mutant NSCLC`de SOX2 ekspresyonunun PI3K/AKT yolağının kontrolu altında olduğunu ve hücre yoğunluğundan etkilendiği belirlenmiştir. Ancak mt-EGFR nedeniyle oluşan akciğer tümörlerinde ya da EGFR TKI kemoterapi direncinde SOX2`nin etkili olmadığını gözledik.
Romatoid artritli hastalarda omentin seviyesinin değerlendirilmesi
Romatoid artrit (RA), nüfusun yaklaşık % 1 ini etkileyen inflamatuvar ve otoimmun olan bir hastalıktır. Eklem kıkırdağında geri dönüşü olmayan hasarlar ile karakterizedir. Yakın zaman önce tanımlanan omentinin çeşitli inflamatuvar hastalıklarda rol aldığı bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı; omentinin RA'in patogenezindeki muhtemel rolünü hem genetik hemde protein düzeyde değerlendirmekdir. Bu çalışma, Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon kliniğine başvurmuş 87 hastayı içermektedir. Serum omentin seviyesi ELISA, Val109Asp genotipleri ise PZR-RFLP yöntemleriyle analiz edildi. Serum omentin seviyesi ve Val109Asp polimorfizmi açısından hasta ve kontrol grubu arasında anlamlı bir fark bulunamadı. Bu çalışma, omentin adipokininin RA'in pathogenezindeki muhtemel rolünü inceleyen ilk araştırmadır. RA ile omentin arasında anlamlı bir ilişki bulunamamıştır. Çalışmada kullandığımız hastalarımız önceden tanısı konulmuş ve ilaç kullanan bireyler olması çalışmamızın başlıca kısıtlayıcı faktörü olarak düşünülebilir. Fakat omentinin RA'in patogenezindeki muhtemel rolünü açıklığa kavuşturmak için bu çalışma, ilaç kullanmamış hastalardan meydana gelen daha büyük popülasyonlarla tekrarlanmalıdır.
Yara yaşı tayininde apoptotik yolaktaki ilgili genlerin ifadelenmesi
Adli Tıpta yara yaşının saptanması ölüm nedeni ve yaralar arasındaki ilgiyi açıklamak için her zaman gereklidir. Birden fazla travmanın bulunduğu ölüm olgularında, ilk önce isabet eden travmanın belirlenmesi, ölüm öncesi ve sonrası travmatik değişikliklerin ayırt edilebilmesi çok önemlidir. Bu tez çalışmasında, değişik iyileşme evrelerinde ve farklı mekanizmalarla oluşturulan yara dokularında, apoptozun, apoptozda rol oynayan kaspaz 3, 8, 9, Bcl-2, Bcl-xL ve Bax mRNA ve protein düzeylerinin saptanması ve yara yaşı tayininde kullanılabilirliğinin ortaya konulması amaçlanmıştır. Çalışmamızda 36 adet Wistar albino dişi ratın sırtında üç ayrı bölgede, bistüri, punch ve koter ile yara oluşturulduktan sonraki 24. saat, 3, 5, 7, 17 ve 21. günlerde yara bölgesinden alınan örneklerde, apoptotik hücre sayıları TUNEL yöntemi ile; Bax, Bcl-2, Bcl-xL, Casp 3, Casp 8 ve Casp 9 genlerinin mRNA ifadelenme düzeyleri Real-time PCR yöntemi ile, protein düzeyleri ise immünhistokimyasal yöntemler ile saptanmıştır. Çalışmamızın sonuçları, apoptozun yüksek olarak izlendiği, bistüri ile yara oluşumunu takip eden 3. günde, Bax, kaspaz 3 ve kaspaz 9 mRNA ifadelenme düzeylerinin anlamlı derecede yüksek olarak bulunduğunu, Bcl-2 mRNA ifadelenme düzeylerinde ise anlamlı bir artış bulunmadığını, yine apoptozun yüksek olarak izlendiği, koter ile yara oluşumunu takip eden 7. günde, Bax ve kaspaz 9 mRNA ifadelenme düzeylerinin anlamlı derecede yüksek olarak bulunduğunu, Bcl-2 mRNA ifadelenme düzeylerinde ise düşüş saptandığını, koter ile yara oluşumunu takip eden 7. günde, yara bölgesinde saptanan toplam PMNL ve IMC?lerin, proapoptotik özellikteki kaspaz 9 ve Bax antikorları ile immün histokimyasal olarak boyanan yüzdeleri arasında da anlamlı fark saptandığını göstermiştir. Sonuçlarımız, hekimlerin otopsi sırasında yara bölgelerinden aldıkları örnekleri, apoptotik yolaktaki ilgili genlerin ifadelenme sonuçları açısından değerlendirdikleri takdirde, yara yaşı tayinlerini ve yaranın antemortem-postmortem ayrımlarını doğru olarak yapabileceklerini göstermektedir.
Everolimus'un over berrak hücreli kanser hattında PTEN/mTOR/ VEGF sinyal yolağındaki etkilerinin apoptotik düzeyde araştırılması
Over berrak hücreli karsinomu tedaviye dirençli düşük differensiasyon gösteren kanserlerdir. mTOR hücrede birçok stimülan yolağın birleşkesinde yer alarak hücre proliferasyonu ve anjiogenezisi stimüle eden önemli bir role sahiptir. Çok sayıda hücre dışı uyaran ve hücre içi uyaran etkilerini mTOR aracılığı ile gerçekleştirir. Bir tümör supressörü olan PTEN hücre siklusunda önemli bir role sahip olup PI3K inhibisyonu yapar. mTOR inhibitörü olan everolimus rapamisin türevi olup antianjiogenik ve antiproliferatif etkilere sahiptir. Çalışmamızda everolimus ve taxolun ES-2 hücre hattına etkilerini sitotoksik, apoptotik ve genomik düzeyde araştırması yanında PTEN, mTOR, VEGFA yolağındaki etkilerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Taxol?un 500 nM dozda 24 saat uygulanması ile elde edilen %50.3 hücre canlık oranı, çok düşük doz taxol?un (10nM) ve everolimus kombinasyonu ile de yaklaşık olarak benzer oranda elde edilebilmiştir. 48 saat süreli 5nM taxol ve 10nM everolimus kombinasyonu ile de yüksek apoptozis oranı (%27) ve düşük canlılık oranı (%46.7) elde edilebilmiştir (p<0.05). Everolimus ve taxol kombinasyonu ile VEGFAmRNA ve PTENmRNA seviyesinde azalma (p<0.05) ve mTORmRNA seviyesinde değişme olmadığı saptanmıştır. Sonuç olarak everolimus ve taxol kombinasyonun kullanılmasının hücre canlılığını azaltmada ve apoptozisi arttırmada tek başına taxol kullanılmasına göre daha etkin olduğu ve bu etkiyi taxolun çok daha düşük dozları ile de etkin sonuçlar sağlayarak, taxolun yüksek sitotoksitesinden koruyabileceğini ve PTEN ile VEGFA seviyelerini değiştirebilecek etkiler oluşturduğunu saptadık.
Düzce Üniversitesi Hastanesi' ne başvuran romatoid artritli hastalarda mvk ( mevalonat kinaz ) ve NLRP12 ( nod benzeri reseptör protein 12) genlerinin ekspresyon düzeylerinin incelenmesi
Bu çalışmanın amacı romatoid artrit (RA) hastalarında NLRP12 ve MVK genlerinin ekspresyon düzeylerini sağlıklı kontrollerle karşılaştırmak ve bunların RA' daki klinik önemini belirlemekti. Amerikan romatoloji cemiyetinin RA tanı kriterlerini karşılayan ve en az bir yıldır bu tanıyla takip edilen 38 RA' lı hasta (25 kadın, 13 erkek) ve 12 sağlıklı kontrol (9 kadın, 3 erkek) çalışmaya dahil edilerek karşılaştırıldı. Hastalık aktivitesini değerlendirmek için fiziksel fonksiyon kapasitesi sağlık değerlendirme anketinin (HAQ) Türkçe versiyonuyla değerlendirildi. TSH, Sedimentasyon, Lökosit, Trombosit, Karaciğer fonskiyon testleri, C-reaktif protein (CRP) ve Romatoid faktör (RF) düzeyleri rutin labortuvar metodlarıyla belirlendi. NLRP12 ve MVK genlerinin eskpresyon düzeyleri ise kantitatif RealTime PCR yönteminde RQ (rölatif ölçüm) değerleri göz önünde bulundurularak hesaplandı. Yaş ve cinsiyet açısından RA' lı hastalarla sağlıklı kontroller arasında anlamlı bir fark yoktu (sırasıyla p = 0,505 ve p = 0,728). Ortalama hastalık süresi 8,58 ± 8,56 (1-33) yıl ve ortalama HAQ skoru 0,81 ± 0,73 (0,1-2,4) olarak bulundu. Sağlıklı kontrollerle karşılaştırıldığında RA' lı hastalarda NLRP12 ve MVK ekspresyon düzeyleri için anlamlı derecede bir fark bulundu (sırasıyla p=0,000 ve p=0,001), ancak hastalık remisyon değerleri ve rutin laboratuvar değerleri açısından korelasyon yoktu. Hastalarda MVK ekspresyon seviyesi 4,39 kat ve NLRP12 ekspresyon seviyesi 5,72 kat kontrollerden fazla bulunmuştur. Hastalarda diğer hastalık parametreleri ile hem NLRP12 hemde MVK ekspresyon düzeyleri arasında anlamlı bir ilişki yoktu (p>0,05). NLRP12 ve MVK gen ekspresyon düzeyleri arasında hasta grubu için güçlü bir anlamlı ilişki varken (p=0,000), kontrol grubunda anlamlı bir ilişki bulunamadı (p=0,491). Sonuç olarak MVK ve NLRP12 genlerinin ifade düzeylerinin RA' lı hastalarda arttığı, bu iki genin ifade düzeyinin birbiri ile hastalığın patogenezinde ilişkili olduğu ve hastalığın erken tanısında bu genlerin bir belirteç olarak kullanılabileceği ortaya çıkarılmıştır. Bu konu ile ilgili yapılan ilk çalışma olmasından dolayı daha fazla bilgi elde edebilmek için çok sayıda katılımcının olduğu longitüdinal çalışmalar gereklidir. Anahtar Kelimeler: Gen ekspresyonu, MVK, NLRP12, Real Time PCR, Romatoid artrit
Kapsaisin uygulanmış insan prostat kanser hücre hattında (PC3) AgNOR protein düzeylerinin belirlenmesi
Biz bu çalışmada; kırmızı biberin bir kompanenti olan farklı dozlardaki kapsaisinin insan prostat kanser hücresi olan PC-3 hücre hattında (ATCC® CRL1435™) AgNOR proteini sentezi üzerine etkisini tespit etmeyi planladık. Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı Hücre Kültürü laboratuvarında ticari olarak alınan PC-3 hücre hattı kültüre edilerek, logaritmik üreme fazında olan aktif hücreler 5 gruba ayrıldı. Bu hücrelerden ilk gruba hiçbir madde uygulanmazken, aktif hücrelerin bulunduğu diğer 4 gruba farklı dozlarda (25uµ, 50 uµ, 100 uµ, 200 uµ) kapsaisin uygulaması yapılmıştır. Bu grupların her biri için preperatlar hazırlanıp, Ag-NOR boyama işlemi uygulandı. Daha sonra; PC-3 hücre hattındaki hücrelerde ortalama AgNOR sayısı ile toplam AgNOR alanı/Çekirdek (TAA/ÇA) alanı değerleri hesaplanmıştır.Yapmış olduğumuz çalışma sonucunda, hiçbir madde uygulanmamış PC-3 hücre hattı ile farklı konsantrasyonlarda (25uµ, 50uµ, 100uµ ve 200 uµ) kapsaisin uygulanmış PC-3 hücre hattı karşılaştırıldığında, hem TAA/ÇA hemde Ortalama AgNOR sayısı arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulundu (sırasıyla X2: 13,903 , p=0,009 ; X2: 83,716 , p=0,000). Farklı konsantrasyonlarda 25 uµ, 50 uµ, 100 uµ ve 200 uµ kapsisin uygulanmış PC-3 hücre hattı gruplarının kendi içerisinde ikili kıyaslaması yapıldığında; 25 uµ konsantrasyonda kapsaisin uygulanmış PC-3 hücre hattı ile 50 uµ ve 100 uµ konsantrasyonda kapsaisin uygulanmış PC-3 hücre hattı grubu ortalama AgNOR sayısı değerleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık variken, diğer uygulama yapılmış grupların ortalama AgNOR sayıları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunamadı. Buna ilaveten uygulama yapılmış grupların TAA/ÇA değerleri arasında doz artışına bağlı bir azalma olmasına rağmen bu artış istatistiksel olarak anlamlı bulunmadı. Buda bize belli bir miktara kadar kapsaisinin insan prostat kanserine karşı koruyucu etkisi olduğunu, bunun için doz konsantrasyonunun ve saflık derecesinin önemli olduğunu, aynı zamanda tedavi stratejisi ve hastalığın prognozu hakkında bilgi edinebilmek için AgNOR yönteminin indirek bir belirteç olarak kullanılabileceğini göstermiştir.
DNMT1 enziminin ürogenital kanserlerde ifadelenme düzeyi
DNA metilasyonunun en önemli epigenetik mekanizmalardan biri olduğu düşünülmekte ve DNA metiltransferazlar (DNMT) tarafından katalizlenmektedir. Artmış DNMT1 ürogenital sistem tümörlerinde sıklıkla görülmektedir ancak bu artışın nedeni tam olarak bilinmemektedir. Çalışmamızda ürogenital kanserlerinde transkripsiyonel ve protein düzeyde WNT/ß-katenin sinyal yolağının DNMT1 aşırı ifadelenmesi üzerine etkisi ve DNMT1 stabilitesinden sorumlu olan UHRF1 ve HAUSP enzimlerin değişen ifade düzeylerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. SB216763'in sitotoksitesi, mesane, renal hücre karsinoma ve prostat kanser hücrelerinde zamana ve doza bağımlı olarak WST1 aracılığıyla, CCND1 (ß-katenin) ve WIF-1 hedef genlerin ifadelenme değişimleri real-time PCR and ß-katenin, DNMT1, pGSK3ß(Ser9), HAUSP ve UHRF1 protein düzeyleri western blot kullanılarak belirlendi. Bulgularımıza göre, SB216763 düşük dozlarda T24, Caki-2, PC3 hücrelerinde hücre proliferasyonunu arttırırken yüksek dozlarda ise hücre proliferasyonunun inhibisyonuna neden olmaktadır. Her iki durumda da CCND1 mRNA(p<0,001) ve protein düzeyinin arttığı belirlendi. Aynı şartlar altında ß-katenin düzeyinde artışına paralel olarak DNMT1 protein düzeyinde artma belirlendi. Ayrıca HAUSP ve UHRF1 ise kanser özgü olarak protein düzeylerinde artma veya azalma gözlemlendi. Bizim sonuçlarımız, Wnt/ß-katenin sinyal yolağının moleküler etkilerinin DNMT1 üzerine etkilerinin tam olarak belirlenmesine kanserlerinin tedavisi için yeni moleküler hedeflerin tanımlanmasına katkı sağlayabilecektir. Anahtar Kelimeler: DNMT1, HAUSP, UHRF1, Wnt/β-katenin sinyal yolağı86
Böbrek kanserli hastalarda AgNOR parametrelerinin araştırılması
Böbrek kanseri, ateş, idrarda kan görülmesi, sırt bölgesinin sağ ya da sol tarafında geçmeyen ağrı, hastanın yan tarafında ya da karnında kitle belirginleşmesi ile karakterizedir. Hastalık ürolojik kanserlerin en ölümcül olanıdır ve yetişkin malignitelerin %3 ünü oluşturur. Erkek/Kadın oranı yaklaşık 3/2 dir. Hastalığın en sık görülen tipi renal hücreli kanserdir. Çoğunlukla 60-70 yaşlarında ortaya çıkmaktadır ve son 20 yılda böbrek kanseri sıklığında belirgin bir artış gözlenmiştir. Hücre çekirdeğindeki çekirdekçik organize edici bölgeler (NOR), akrosentrik kromozomların ikincil boğumlarında yerleşmiş ardışık olarak tekrarlanan rRNA gen ailesidir. İnterfazda transkribe edilen bu bölgeler NOR olarak adlandırılır. Bu transkripsiyonda rol oynayan proteinler Argrophylic(gümüş seven) olmalarından dolayı AgNOR olarak isimlendirilirier ve gümüş nitrat bu proteinleri seçici olarak boyar. Gümüş boyama uygulanmış hücre çekirdeklerinde tespit edilen AgNOR artışı hücrenin çoğalma hızı hakkında bilgi vermesi nedeniyle,bu proteinlerin kanser gelişmesi potansiyeli hakkında bilgi verebileceği beklenmektedir. ANAHTAR SÖZCÜKLER: Böbrek Kanseri, AgNOR, Renal karsinoma, Çekirdekçik
Hela hücre hattında EF-4'ün,Taksol'ün oluşturduğu apoptotik ve anti-proliferatif cevabı üzerine etkisinin araştırılması
ÖZETEF-24'ün, Taksol'ün oluşturduğu apoptotik ve anti-proliferatif cevabı üzerine etkilerinin HeLa hücre hattında araştırılması.Mikrotübül stabilizatörleri olarak kullanılan moleküller, mikrotübül dinamiğinde meydana getirdikleri değişiklikten dolayı metafaz/anafaz geçişini engellerler ve hücreleri apoptoza yönlendirirler. Bu moleküllerden biri olan Taksol çeşitli kanserlerde kemoterapötik bir ajan olarak kullanılmaktadır. Çeşitli kanser çalışmalarında kullanılan diğer bir kemoterapötik ajan da curcuminin sentetik anologlarından biri olan EF-24 dür. EF-24'ün in vitro koşullarda çeşitli kanser hücrelerinin hücre proliferasyonunu inhibe ederek apoptozu uyardığı bilinmektedir. Bu çalışma ile Taksol'ün ve EF-24'ün serviks kanseri hücre hattı olan HeLa hücreleri üzerindeki apoptotik ve anti-proliferatif etkisi ile hücre döngüsünün ilerlemesinde etkin rol oynayan siklin D1 ve PI3K genleri ile apoptotik yolakda görevli olan kaspaz-3 ve kaspaz-9 genlerinin mRNA ifade düzeyleri üzerindeki etkilerinin araştırılması amaçlandı.Çalışmamızda Taksol ve EF-24'ün farklı dozlarda tek tek ve kombine olarak HeLa hücre hattı üzerine uygulanması sonrasında 24. ve 48. saatte hücre kültürleri sonlandırılarak hücrelerin canlılık oranları MTT yöntemi kullanılarak belirlendi. Ayrıca, Taksol ve EF-24'ün hücre proliferasyonu ve apoptozla ilgili genlerin mRNA ifade düzeylerini belirlemek için kantitatif Real-time PCR yöntemi kullanıldı.Çalışmamızda tek başına EF-24 ve Taksol uygulamasının, hücre canlılığını artan konsantrasyonlarda düşürdüğü gözlendi. Bu ilaçların birlikte kullanımlarının ise özellikle tek başına EF-24 uygulamasına oranla hücre canlılığını daha az düşürdüğü ve birlikte uygulamanın antagonistik bir etkiye neden olduğu gözlendi. Özellikle yüksek doz Taksol ile birlikte kullanılan EF-24'ün Taksol'ün etkisini azalttığı, düşük doz Taksol ile birlikte kullanılan EF-24'ün ise Taksol'ün etkisini arttırdığı çalışma sonunda gösterildi. Aynı şekilde mRNA analizlerinden elde edilen verilere göre birlikte uygulama sonucu kaspaz-3, kaspaz-9, siklin D1 ve PI3K mRNA düzeylerine bakıldığında da bu sonuçları destekleyıci bulgular elde edildi.Anahtar Kelimeler:Gen İfadesi,Apoptoz,Serviks Kanseri,Taksol, EF-24
Flavopiridolün glioblastoma hücre hatları üzerindeki antiproliferatif etkisi
Flavopiridolün Glioblastoma Hücre Hatları Üzerindeki Antiproliferatif EtkisiGenellikle glioblastoma multiform, cerrahi operasyon, radyoterapi ve sistematik kemoterapi ile tedavi edilmesine rağmen tedaviye cevap vermeyen ve hasta sağ-kalım süresi ortalama 12-16 ay arasında değişmektedir. Glioblastoma oluşumunu üç önemli hücre döngüsü yolaklarının düzensiz çalışmasıyla ilişkilendirebiliriz: P16INK4A-SiklinD1-CDK4-pRb ve p14ARF-MDM2?p53 tümör baskılayıcı yolakları ve EGFR-Akt-PI3K proliferasyon yolağı. Bunlara ek olarak, Glioblastoma hastalarında, mutasyonu en sık görülen genler p53, EGFR, PTEN ve CDKN2A` dır.Amacımız, bir fosfokinaz inhibitörü olan ve özellikle siklin bağımlı kinazları inhibe eden Flavopiridolün farklı mutasyonlara sahip U87MG, U118MG ve T98G glioblastoma hücre hatların üzerindeki etkisini incelemektir. Bulgularımıza göre Flavopiridol, glioblastoma hücrelerinde Rb ve p53 tümör baskılayıcı yollarını da kullanarak apoptozu indüklemekte ancak kaspaz-3/7 aktivitesinde bir değişiklik meydana gelmemektedir. Flavopiridol uygulanan glioblastoma hücrelerinde Bcl-2 ailesi üyesi olan Bax ve Bim pro-apoptotik proteinlerin ifadesinin arttığı gözlenmiştir. Hücrelere, Flavopiridol uygulanmasıyla Siklin D1, c-myc, p53 protein seviyelerinde azalma, p27Kip1 seviyesindeki artış hücrenin G1/S evresinde duraklamasına neden olmaktadır. Ayrıca Flavopiridol genellikle p-Akt protein seviyelerini azaltarak hücrelerin proliferasyonunu azaltmaktadır.Çalışmamız bulgularına göre, Flavopiridol farklı genetik özelliklere sahip glioblastoma hücre hatlarında kaspaz-3/7 aktivitesi, Bim ve Bax proteinlerinden bağımsız olarak apoptozu indükler. Bununla birlikte hücre proliferasyon ve immortalizasyon inhibisyonunda rol alan çeşitli proteinlerin ifadesini etkilemektedir.Anahtar sözcükler: U118MG, U87MG, T98G, Glioblastoma multiforme, Flavopiridol
Tiroid kanser hücre hatlarında timokinon ve genistein'in telomeraz aktivitesi ve apoptozis üzerine etkisi
Bugünkü kanser tedavisinde temel iki sorun vardır; kanser ilaçlarının normal hücreler üzerinde de toksik etkilerinin bulunması ve kanser kök hücrelerinin mevcut tedavilere dirençli olmasıdır. Bu nedenle bu araştırmada, tedaviye dirençli kanser kök hücrelerini de içine alan tümör moleküler mekanizmalarını araştırmak üzere, kanser hücre apoptozunu yüksek seçicilik ve etkinlikte indükleyen, kanser telomerazını inhibe eden ancak normal hücrelere minimal toksik etkili ilaç ve tedavilerin geliştirilmesi için bir ön çalışma amaçlanmıştır.Anaplastik ve folliküler tiroid kanserleri malign tümörlerdir. Anaplastik tiroid kanser hücrelerinin kök hücrelerinden geliştiği bildirilmiştir. Çalışmamızda, normal hücrelere minimal toksik etkili, antioksidan ve antitümör etkileri gösterilmiş tıbbi bitkiler olan Timokinon ve Genistein'in tek tek ve kombine uygulamalarından sonra anaplastik tiroid kanser (CAL-62) ve folliküler tiroid kanser (CGTH-W1) hücre dizilerinde karşılaştırmalı olarak telomeraz aktivitesi ve apoptoz üzerine olan etkilerini araştırmak için; hTERT, PTEN, NF-kB, p21 ve VEGF-A genlerinin mRNA (transkripsiyon) düzeylerindeki ve aktif kaspaz-3 (translasyon) düzeylerindeki değişimleri incelenmiştir. İlk olarak hücre canlılığını belirlemek için MTT testi kullanılırken, mRNA analizi için Real-Time PCR yöntemi uygulanmıştır. Ayrıca aktif kaspaz-3 seviyelerinin belirlenmesi için de Kaspaz-3 Sadwich ELİSA kiti kullanılmıştır.Bulgularımız, ilk kez Timokinon ve Genistein'in, özellikle kombine dozlarının tiroid kanser hücre dizilerinde istatistiksel olarak oldukça anlamlı düzeylerde apoptoz indüksiyonuna, telomeraz ve anjiogenez inhibisyonuna yol açtığını göstermektedir. Bunlara ilaveten bizim sonuçlarımız, kanser kök hücre özelliğinde olan ve olmayan iki farklı tiroid kanser hücre hatlarının karşılaştırılarak Timokinon ve Genistein'in etkilerine, tiroid kanser kök hücrelerinin daha hassas olduğunu göstermesi yönünden de bir ilk niteliğindedir.Bütün olarak bu veriler, Timokinon ve Genistein'in tiroid tümörlerinde potansiyel kemoterapötik ajanlar olarak kullanılabileceğini önermektedir.
Kolon kanser hücre hatlarında reseptör tirozin kinaz ve JAK-STAT inhibitörlerinin apoptotik ve anti-proliferatif etkilerinin araştırılması
Kolon kanseri, dünyada kadın ve erkeklerde ölüme neden olan en yaygın 4. kanser tipidir. Epidermal Büyüme Faktörü Reseptörü (EGFR), kolorektal kanser olgularında sıklıkla ifade edilmekte olan bir tirozin kinaz (TK) reseptörüdür. Gefitinib (Gef), EGFR'nün hücre içi TK bölgesinin ATP bağlanma yerine bağlanan, oral olarak aktif TK inhibitörüdür. JAK-STAT gibi EGFR ile ilişkili sinyal yolakları kanser gelişiminde önemli bir rol oynar. Triterpenoid bir bileşik olan Kukurbitasin B (CuB), güçlü anti-tümör aktivitesi ile JAK-STAT sinyal yolağının seçici ve kuvvetli bir inhibitörüdür. Bu çalışmada, CuB'nin tek başına ve Gef ile birlikte kullanımının HT-29 ve HCT-116 kolon kanser hücre hatları üzerine olan apoptotik ve anti-proliferatif etkilerini araştırmayı amaçladık.Çalışmamızda, p53 mutant HT-29 ve p53 yabanıl tip HCT-116 insan kolon adenokarsinom hücre hatlarında, çeşitli doz ve inkübasyon sürelerinde, CuB'nin tek başına ve Gef ile birlikte uygulanması sonrasında, MTT yöntemi, AO/EtBr boyaması ve BrdU ELISA yöntemleriyle hücre canlılığı belirlendi. Apoptotik oran LDH, DNA Fragmentasyon ve Kaspaz-3 ELISA yöntemleri kullanılarak değerlendirildi. Apoptotik ve proliferatif sinyal iletim yolaklarında görev alan Bcl-2, Bax, Bak, Bad, siklin D1 ve p27kip1 genlerinin mRNA ve protein ifade düzeylerinin belirlenmesi için kantitatif Real-Time PCR ve Western Blot yöntemleri kullanıldı.Sonuçlarımız CuB'nin tek başına ve Gef ile birlikte kullanılmasının doza bağlı olarak her iki hücre hattında apoptotik cevaba neden olduğunu gösterdi. Aynı zamanda, CuB'nin apoptotik etkisinin Gef varlığında daha da arttığını belirledik. Bu bulgular, kontrol grubu ile karşılaştırıldığında, apoptotik ve anti-proliferatif genlerin ve proteinlerin, sırasıyla mRNA ve protein ifade düzeylerindeki uygun değişimlerin olması ile doğrulandı. Elde ettiğimiz veriler, CuB'nin kolon kanser tedavisinde potansiyel anti-neoplastik ajan olarak yararlı olabileceğini düşündürmektedir. Sonuç olarak çalışmamız, JAK/STAT yolağı hedefli kanser tedavisinde, CuB'nin kemoterapötik ajanlarla birlikte kullanılmasının, uygun apoptotik ve anti-proliferatif etkiye düşük doz ve sürede ulaştırabilmesine bağlı olarak, klinik açıdan yararlı olabileceğine dikkat çekmektedir. Buna ek olarak, kukurbitasinlerin moleküler etkilerinin tam olarak belirlenmesi kolon kanser tedavisi için yeni moleküler hedeflerin tanımlanmasına olanak sağlayacaktır.
HL-60 hücre hattında mevastatin ve 5-aza-2-deoksisitidinin apoptotik ve epigenetik etkilerinin belirlenmesi
Statinler hiperkolesterolemi ve sonrasında gelişen kardiyovasküler hastalıkların tedavisi için en çok kullanılan ilaçlardır. Statinler, mevalonat sentezini baskılayarak, hem kolesterolün hem de izoprenoid ara ürünlerinin (farnesilpirofosfat ve geranilgeranil pirofosfat) seviyesinde azalmaya neden olur. Bu nedenle, statinler translasyon sonrası protein izoprenilasyonunu etkiler. Dolayısı ile statinlerin etkisi kolesterol seviyesindeki azalmadan beklenenden daha fazla olabilir. Hematopoietik tümörlerde, DNA hipermetilasyonu tümör baskılayısı genlerin inaktivasyonunda yaygın görülen bir mekanizmadır. Apoptotik yolaklarda iş gören çok sayıda genin kanser hücrelerinde metillenmiş olduğu belirlenmiştir ve bu genlerin DNA metil transferaz inhibitörleri ile ifadesinin yeniden sağlanması hücreleri apoptoza duyarlı hale getirmektedir. Bu çalışmada, Mevastatinin tek başına ve 5?-Aza-2-Deoksisitidin (DAC) ile birlikte kullanımın HL-60 hücreleri üzerine olan apoptotik ve epigenetik etkilerini araştırmayı amaçladık. Mevastatinin tek başına ve DAC sonrasında kullanılmasının doza ve zamana bağlı olarak apoptotik cevaba neden olduğunu gösterdik. DAC'nin apoptotik etkisinin Mevastatin varlığında daha da arttığını bulduk. Bu bulgular, kontrol grubu ile karşılaştırıldığında, apoptotik ve anti-apoptotik genlerin mRNA ifade düzeylerindeki uygun değişimlerin olması ile doğrulandı. Ayrıca CASP3 ve CASP8 genlerinin HL-60 hücrelerinde metile olmadığını belirledik. Statinlerin ve DAC'nin moleküler etkilerinin tam olarak belirlenmesi lösemi tedavisi için yeni moleküler hedeflerin tanımlanmasına olanak sağlayacaktır.
Türk toplumunda prostat kanseri proteom profillerinin ve androjen reseptör, PSA, RNASEL gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Kanserin erken tanısı, kontrol ve önlenmesinde en önem taşıyan basamaktır. Proteom ve genom çalışmaları, kanser tanısı, prognoz takibi ve tedavi planlanmasını aydınlatacak veriler sağlamaktadır. Kanserin proteomik analizi aday biyobelirleyicilerin saptanması konusunda yeni fırsatlar sunmaktadır.Bu çalışmanın amacı Türk toplumunda prostat kanseri protein profillerinin proteomiklerle belirlenmesi, Türk toplumuna ait prostat kanseri serum çoklu biyobelirleyicilerin tanımlanması ve prostat kanseri ile ilişkili sıklıkla üzerinde çalışılan gen polimorfizmlerinin incelenmesidir.Proteom profilleri 47 prostat kanseri, 50 benign prostat hiperplazisi, 20 PSA 0 prostatektomi sonrası hasta ve 20 sağlıklı kişi serumlarında surface enhanced laser desorption/ionization time-of-flight (SELDI-TOF) kütle spektrometresi ile analiz edildi. Moleküler genetik analiz Androjen Reseptör (AR) CAG tekrarları, Prostat Spesifik Antijen (PSA) promoter bölge ve RNASEL gen polimorfizmlerine yönelik yapıldı.Proteom analizi sonucunda kontrol gruplarıyla karşılaştırıldığında prostat kanseri olan grupta 7 farklı serum proteini belirlendi (p<0.01). Prostat kanseri grubunda normal serum seviyesinden düşük olan 4 ve yüksek olan 3 tane protein bulundu. 6628 Da ağırlığındaki protein ayrıcalıklı olarak değerlendirildi (p<0.001). Yapılan moleküler genetik analizler sonucunda ise AR geni ekson 1 bölgesinde (CAG)n tekrarları PSA -158, PSA -252, ve RNASEL D541E polimorfizmleri prostat kanseri ve benign prostat hiperplazisi kontrol grubunda istatistiki olarak anlamlı bulunmadı.Proteom çalışmaları ile prostat kanseri için farklı biyobelirleyiciler tanımlanması mümkün olabilmektedir. Türk toplumu için kesitsel de olsa özellikle prostat kanserinde yeni bir biyobelirleyici (6628 Da) dikkat çekmektedir. AR geni CAG kısa tekrarları, PSA promoter bölge ve RNASEL D541E polimorfizmlerinin prostat kanser riski ile ilişkisi konusunda anlamlı bir sonuç elde edilememiştir. Proteom ve genotip ilişkisinin ortaya konulabilmesi için daha ileri çalışmalara gerek duyulmaktadır. Bu çalışmadan elde edilen sonuçlar proteomik çalışmaların kanser erken tanısında oldukça doğru ve yeni bir yaklaşım yaratabileceğini ortaya koymaktadır.
Prostat hücre hattında JAK/STAT3 yolağının anjiojenezdeki rolü
Prostat kanseri, erkeklerde en sık görülen genitoüriner kanserler içerisinde ilk sırada yer almaktadır ve anjiyojenez hastalığın ilerlemesinde rol oynamaktadır. Anjiyojenez, çok sayıdaki sinyal iletim yolakları tarafında düzenlenen kompleks çok aşamalı bir süreçtir. STAT3, kritik çoklu fonksiyonu olan bir aracıdır. VEGF, MCL1 ve MMP' ler gibi bazı anjiyojenik faktörleri düzenleyen genlerin ifadelenmelerini uyarır.Bu araştırmada, JAK/STAT3 aracılığıyla aktive olan VEGFA, VEGFC, VEGFR2, MMP2 ve antiapoptotik faktör, MCL1'in ifadelenme düzeylerini ve JAK/STAT3 yolağı aracılığıyla inaktive olan genlerin etkilerinin prostat kanserinin gelişiminde, metastazında ve anjiyojenezindeki rollerini araştırmayı amaçladık.Çalışmamızda, LNCaP insan prostat hücre hatlarında çeşitli doz ve inkübasyon sürelerinde AG490, S3I-201 ve TRAIL' in sitotoksik ve apoptotik etkileri morfolojik, DNA, RNA (mRNA) ve protein düzeylerinde araştırıldı.Çalışmamızda, JAK/STAT3 yolağının, inhibisyonunun, kaspaz 3 kaskadını aktive ettiğini, bu yolla LNCaP hücrelerini apoptoza yönlendirdiğini ve JAK2 inhibitör AG490 veya STAT3 inhibitör S3I-201'in TRAIL ile birlikte kullanımının bu etkiyi artırmadığını gösteren ilk çalışmadır. Sonuç olarak çalışmamız, JAK/STAT3 yolağı hedefli kanser tedavisinde, AG490 ve S3I-201'in sitotoksitesi yüksek kemoterapötik ajanlarla birlikte kullanılmasının, uygun apoptotik etkiye düşük doz ve sürede ulaştırabilmesine bağlı olarak, klinik açıdan yararlı olabileceğine dikkat çekmektedir. Ayrıca, JAK/STAT3 yolağının moleküler etkilerinin tam olarak belirlenmesi prostat kanserinin tedavisi için yeni moleküler hedeflerin tanımlanmasına olanak sağlayacaktır.
Bevacizumab'ın antianjiyogenik ve apoptotik etkilerinin meme kanseri hücre hattında araştırılması
Tümör anjiyogenezi tümör hücreleri tarafından anjiyogenik faktörlerin salınımı, proteolitik enzimlerin aktivasyonu ve endotelyal hücrelerin proliferasyonu ve göçünü içeren çok aşamalı kompleks bir mekanizmadır. VEGF büyüme ve metastaz için kritik olan anjiyogenik bir fenotipe geçişte sınırlayıcı bir faktördür. Anjiyogenez hedefli son yaklaşımlar vasküler endotelyal hücreleri uyaran faktörlerin ve bunların reseptörlerinin baskılanmasına bağlıdır. VEGF bu alandaki araştırmalarda en önemli hedef moleküllerden biri haline gelmiştir. VEGF'ye karşı geliştirilen ilaçlardan biri monoklonal bir antikor olan Bevacizumab' dır (Avastin, Altuzan). Prostoglandinlerin COX-2 ile indüklenmiş artışı, anjiyogenez, kanser hücrelerinin çoğalması, apoptozun baskılanması ve metastatik potansiyelin artışını uyarmaktadır. Bu çalışma ile Bevacizumab'ın meme kanseri hücre hattı olan MDA-MB-231 üzerindeki antianjiyogenik ve apoptotik etkisi ile VEGF-A, VEGF-C, VEGFR2 ve COX-2 mRNA ifadeleri üzerindeki etkilerinin araştırılması amaçlandı.Çalışmamızda, MDA-MB-231 hücrelerinde, çeşitli doz ve inkübasyon sürelerinde, Bevacizumab uygulanması sonrası, ?XTT? yöntemi ve ?akridin oranj-etidyum bromür? boyamasıyla hücre canlılığı belirlendi. Aynı sinyal iletim yolağında görev alan VEGF-A, VEGF-C, VEGFR2 ve bu yolak üzerine de etki eden COX-2 genlerinin mRNA ifade düzeylerinin belirlenmesi için kantitatif Real-Time PCR yöntemi kullanıldı. Çalışmamızda, Bevacizumab' ın etkisiyle 24 ve 48. saatlerde COX-2 ifade düzeyinde artış gözlense de 72 ve 96. saatlerde bu COX-2 ifade oranı 50 ?g/ml' den sonraki dozlarda düşük düzeylerde seyretmektedir. Anjiyogenezde önemli görevi olduğu bilinen VEGF-A, VEGF-C ve VEGFR2 mRNA ifade düzeylerinin ve invazyon yeteneklerinin 24, 48 ve 72. saattlerde doza bağımlı olarak amlamlı düzeyde arttığı belirlendi. 96. saatte ise VEGF-A, VEGF-C ve VEGFR2 mRNA ifade düzeylerinin ve hücrelerin invazyon yeteneklerinin anlamlı düzeyde azaldığı gözlendi. Elde ettiğimiz veriler, MDA-MB-231 hücrelerinin anjiyogenik özelliklerinin baskılanması için uzun süreli Bevacizumab uygulaması gerektiğini düşündürmektedir.
IVF tedavisi sonrası implantasyon başarısızlığı olan olgularda endometrial Igf2 ve H19 gen ekspresyonlarının fertil grupla karşılaştırılması
Endometrium ve blastosist arasındaki hücresel ve moleküler etkilesimler günümüzde hala anlaşılamamıştır. Bu nedenle implantasyon basarısızlığı, IVF sırasında hız kısıtlayan önemli bir adımdır. İmprint genlerin implantasyondaki rolleri henüz araştırılmaya başlanmıştır. IGF2 ve H19 bu genlerden ikisi olup IGF2 bir büyüme faktörü iken H19'un tümör baskılayıcı gen olarak görev yaptığı düşünülmektedir. Çalışmamızda, IGF2 ve H19 genlerinin ekspresyon düzeylerini belirleyerek IVF tedavisi sonrası implantasyon başarısızlığı olan olgulardaki olası rolünü araştırmayı amaçladık. Çalışmaya 15 infertil, 16 fertil olgu dahil edildi. Endometriyum örneklerinden total RNA ve DNA izolasyonu yapıldı. IGF2 ve H19 genlerinin nicel mRNA ifade düzeyleri Real time PCR yöntemi ile ölçüldü. Fertil ve infertil bireylere ait doku örnekleri sonuçları karşılaştırıldığında, infertil grupta IGF2 geninin mRNA ifade düzeyinde bir azalma gözlendi ancak istatistiksel olarak anlamlı bulunmadı. H19 mRNA düzeyinin ise infertil grupta anlamlı olarak azaldığı belirlendi. Bu genlere ait allelik ifadelerdeki değişimler de araştırıldı ancak, her iki genin de mono allelik olarak eksprese edildiği gösterildi. Sonuçlarımız, H19 gen ekpresyonunun infertil grupta kontrole göre anlamlı olarak az bulunması, bu hastaların implantasyon kusurunun altında yatan moleküler nedenlerden biri olabileceğini düşündürmüştür.
Romatoid artritte toll-like reseptör polimorfizmleri ve otoantikor pozitiflikleri arasındaki ilişkilerin araştırılması
Primer olarak eklemleri etkileyen kronik, inflamatuar bir hastalık olan romatoid artrit (RA) altta yatan mekanizmalar tam aydınlatılmamış olmakla birlikte bilişsel fonksiyonları olumsuz yönde etkilemektedir. RA etyolojisinde makrofajlar ve dentritik hücreler gibi antijen sunan hücrelerin büyük önemi vardır. Bu hücreler doğal ve kazanılmış immün cevapta görevli Toll-like Reseptörler (TLR) olarak adlandırılan reseptörlere sahiptirler. Bu çalışma RA'li hastalarda TLR3, TLR4, TLR9 ve TLR10 genlerindeki polimorfizm sıklıklarının belirlenmesi; polimorfizmler ile RF, kollajen tip II, anti-RNP ve anti-CCP gibi otoantikor pozitiflikleri arasındaki ilişkilerin araştırılması amacıyla yapılmıştır.Çalışmaya American College of Rheumatology remission criteria (ACR) karşılayan değişik derecelerde hastalık aktivitesi gösteren RA'li 100 hasta ve eklem rahatsızlığı olmayan yaş ve cinsiyet olarak benzer 100 sağlıklı kontrol dahil edildi. DNA izolasyonu, hasta ve kontrol grubunun periferik kan örneklerinden standart yöntemler kullanılarak yapılmıştır. Çalışmada TLR3 rs3775290, TLR4 rs4986790 ve rs4986791, TLR9 rs187084 ve TLR10 rs4129009 polimorfizmleri Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizm (RFLP) yöntemi kullanılarak değerlendirildi. Serum otoantikor düzeyleri kantitatif ELISA kullanılarak ölçüldü.Hasta ve kontrol grubu arasında TLR4 genindeki Asp299Gly (p=0.02) ve Thr399Ile allel (p=0.05) sıklıkları açısından anlamlı bir farklılık vardı. Her iki allel sıklığının da hasta grubunda artmış olduğu belirlendi. Hasta ve kontrol arasında TLR9 genotipleri ve allel sıklıkları açısından anlamlı bir farklılık tespit edildi ( p= 0.01, p= 0.00). TLR9 C alleli RA gelişimine karşı koruyucu bir faktör olarak bulundu. RA ve kontrol grubu arasında TLR3 ve TLR10 genotip ve allel sıklıkları açısından istatistiki olarak anlamlı bir farklılık bulunmadı.İnflamasyon sonucu oluşan doku hasarı, feed back mekanizmalarla, TLR aracılı proinflamatuar sitokinlerin sürekli üretimine neden olarak RA'daki kronik inflamasyonun temel nedenlerinden biri olabilir. RA'da artmış TLR4 mutant allellerinin ve azalmış TLR9 C allellerinin, RA için yüksek risk ile beraberlik gösterdiğini düşünmekteyiz. Çalışmada elde edilen verilerin doğrulanabilmesi için farklı toplumlarda RA riski açısından TLR gen polimorfizmlerinin incelenmesi gerekmektedir.
Postmenapozal osteoporozlu hastalarda SOST gen polimorfizmlerinin araştırılması
Osteoporoz, kemik yoğunluğunda azalma ve mikromimarisinde bozulma ile seyreden multifaktöriyel, sistemik bir iskelet hastalığı olup, kemik kırılganlığında artma ve kırıklara yatkınlıkla karakterizedir. Kadınlarda osteoporozun iki önemli nedeni vardır: Bunlar östrojen eksikliği ve yaşlanmadır. Osteoklast aracılı kemik rezorpsiyonu, osteoblast aracılı kemik yapımının önüne geçmektedir. Bu sürecin en önemli tetikleyicisi östrojen eksikliğidir. Çünkü östrojen, kemik yıkımında görevli sitokinlerin en önemli baskılayıcısıdır. Bu sürecin moleküler boyutunda ise genler devreye girmektedir. Bugüne kadar osteoporozun genetik komponentine yönelik olarak çok çeşitli genler çalışılmıştır. Hedef genlerden biri de 17q12-21 bölgesinde yerleşen SOST genidir. SOST geninde meydana gelen tek nükleotid polimorfizmlerinin, kemik mineral yoğunluğu üzerine etkisini incelemek için prospektif, randomize, kontrollü bir çalışma planlandı. Çalışmaya Fırat Üniversitesi Araştırma Hastanesi Nükleer Tıp polikliniğine başvuran ve kemik mineral yoğunluğu ölçümü ile osteoporoz tespit edilen 126 kadın (Grup I) ile kemik mineral yoğunluğu ölçümünde normal değerler tespit edilen 78 kadın (Grup II) dahil edildi. İki grupta SOST geninin rs177885799, rs17886183, rs851054 ve rs865429 polimorfizmleri PZR yöntemi ile incelendi. rs17885799 polimorfizmi için her iki grupta G allelin artmış sıklığa sahip olduğu tespit edildi. Rs851054 polimorfizminde ise varyant A allelin her iki grupta %100 arttığı gözlendi. rs865429 ve rs17886183 polimorfizmlerinde, varyant allel yönünde değişim tespit edilirken, genotip ve allel sıklıkları açısından gruplar arasında anlamlı bir farklılık tespit edilememiştir.Verilerimizin doğrulanabilmesi için farklı toplumlarda aynı polimorfizmlerin çalışılarak verilerimizin daha fazla çalışmayla desteklenmesine ihtiyaç vardır. Geniş populasyonlarda SOST gen polimorfizmlerinin kemik mineral yoğunluğu üzerine etkilerinin çalışılması osteoporozun tedavisi için yeni seçeneklerin geliştirilmesine yardımcı olacaktır.Anahtar Kelimeler: Postmenapozal osteoporoz, polimorfizm, SOST gen.
Endometriyum kanser gelişiminde eritropoietin ve eritropoietin reseptör genlerinin ifadelenmesi
Endometriyum kanseri, kadın genital yollarının sıkça rastlanan neoplazisidir. Genetik ve epigenetik değişimler endometriyum kanser gelişimi için risk faktörü olabilir. Eritropoietin reseptörü (EPOR) eritropoietin (EPO)' e bağlanarak etkisini gösteren sitokin reseptör süper ailesinin bir üyesidir. Son yıllarda yapılan çalışmalarda EPO/EPOR sinyal iletim yolağının kanser gelişiminde rol alabileceği düşünülmektedir. Çalışmamızda, EPO ve EPOR genlerinin ifade düzeylerini belirleyerek endometriyum kanser gelişimindeki olası rolünü araştırmayı amaçladık. Çalışmaya 51 endometriyal kanser hastası ve 11 sağlıklı birey dahil edildi. Tümör ve normal endometriyum dokularından ve sağlıklı bireylerden alınan endometriyum örneklerinden total RNA ve protein izolasyonu yapıldı. EPO ve EPOR genlerinin nicel mRNA ifade düzeyleri Real time PCR yöntemi ile ölçüldü. Tümör ve normal doku örneklerine ait sonuçlar karşılaştırıldığında, tümör dokularında EPO geninin mRNA ifade düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı bir azalma gözlenirken, EPOR mRNA düzeyinin anlamlı olarak arttığı belirlendi. Tümör ve sağlıklı bireylerden alınan endometriyum örneklerine ait sonuçlar karşılaştırıldığında ise, tümör dokularında EPO geninin mRNA ifade düzeyinin kontrol dokularına göre anlamlı olarak azaldığı gözlenirken, EPOR mRNA ifadesinin değişmediği saptandı. Her iki genin Western blot yöntemi ile protein analizleri yapılarak mRNA ifade düzeylerinde gözlenen değişimler doğrulandı. Endometriyum kanseri gelişiminde EPO/EPOR sinyal iletim rolünün belirlenmesinde için yeni çalışmalara ihtiyaç vardır.
Kolon kanseri hücre hattında Apigenin flavonoidinin apoptoz yolak gen ifade edilmesine olan etkilerinin araştırılması.
Kolon kanserinde sinyal iletim yollarını ve proteinlerini hedef alan onkogenik mutasyonlara sıklıkla rastlanmaktadır. Sinyal iletiminde meydana gelen bu değişimler hücrenin çoğalmasına, yaşama işlevlerinin kontrolünün ortadan kalkmasına ve programlı hücre ölümü olan apoptozdan kaçmasına neden olabilmektedir. Apigenin (4',5,7 trihidroksiflavon), apoptoz, anti-inflamatuar, anti-oksidan, anti-metastatik işlevlerinin yanında mutajenik etki göstermemesinden dolayı hedefe yönelik tedavi seçeneklerine (proapoptotik tedavi) yardımcı olabilecek bileşenlerin başında gelir. Bu bilgilere dayanarak çalışmamızda, Apigenin'in sitotoksik ve apoptotik etkilerini HT29 hücre hattında araştırmayı hedefledik.Çalışmamızda, p53 mutant HT29 insan kolon adenokarsinom hücre hattında, çeşitli doz ve inkübasyon sürelerinde Apigenin' in, tek başına ve sitotoksitesi yüksek kemoterapötik bir ajan olan 5-Fluorourasil (5-FU) ile birlikteliğinde, sitotoksik ve apoptotik etkileri morfolojik, DNA, RNA (mRNA) ve protein düzeylerinde araştırıldı.HT29 hücrelerine tek başına Apigenin uygulanmasında en yüksek apoptotik oran (% 24.92) 72. saat 90?M Apigenin dozunda elde edilirken (p=0.001); aynı doz ve sürede 5-FU ile birlikte uygulanmasında bu oran daha yüksek (% 29.13) bulundu (p=0.001). Bu sonuçlar, kaspaz 3 (efektör)'ün mRNA ve protein; kaspaz 8 (başlatıcı)'in ise mRNA ifade edilme düzeylerinin kontrole göre artış göstermesi ile doğrulanmıştır. Buna karşın, hücre proliferasyonunda görev alan mTOR ve siklin D1 mRNA ifade düzeyleri ise kontrole göre azalmıştır.Çalışmamız, Apigenin'in HT29 hücrelerinde, p53 bağımsız yolaktan hücre döngüsünü durdurarak kaspaz kaskadını aktive ettiğini, bu yolla HT29 hücrelerini apoptoza yönlendirdiğini ve 5-FU ile birlikte kullanımının bu etkiyi artırdığını gösteren ilk çalışmadır. Sonuç olarak çalışmamız, kaspaz kaskad yolağı hedefli kanser tedavisinde, Apigenin'in sitotoksitesi yüksek kemoterapötik ajanlarla birlikte kullanılmasının, uygun apoptotik etkiye düşük doz ve sürede ulaştırabilmesine bağlı olarak, klinik açıdan yararlı olabileceğine dikkat çekmektedir.
Şizofreni hastalarında mangan süperoksit dismutaz (Mn-SOD) gen polimorfizminin araştırılması
Son yıllarda şizofreninin patofizyoloj isinde serbest oksijen radikallerinin çok önemli fonksiyonu olduğuna dair bir hayli delil bulunmuştur. Bu bulgulardan hareketle bu çalışma vücutta antioksidan sistemin önemli bir üyesi olan mangan süperoksit dismutaz (Mn-SOD) geninin polimorfizmi (Ala-9Val) ile şizofreni arasında bir ilişki olup-olmadığını araştırmak amacıyla yapıldı. Çalışmaya DSM- IV tam kriterlerine göre şizofreni tanısı alan 153 hasta ve 196 sağlıklı gönüllü alındı. Hasta ve kontrol grubu cinsiyet ve yaş bakımından benzerdi. Çalışmada Mn-SOD geninin fonksiyonel polimorfizmi olan Ala-9Val polimorfizmi çalışıldı. Hastalar şizofrenin klinik alt tiplerine göre 3 alt gruba [paranoid şizofreni (n=81), disorganize şizofreni (n=32) ve rezidüel şizofreni (n=35)], tardiv diskinezi taşıyıp (n=23) taşımamasına (n=130) göre iki alt gruba, kullandıkları antipsikotik ajanların klorpromazin eşdeğerliğine göre iki alt gruba (300 mg/gün altı ve üstü, ayrıca 400 mg/gün altı ve üstü) ve ayrıca cinsiyetlerine göre de iki alt gruba ayrıldı. Şizofreni ve kontrol grupları arasında allelik veya genotipik dağılım açısından önemli farklılıklar tespit edildi. Şizofrenide genomik dağılımlar [Ala/Ala 14 (%9.2), Ala/Val 106 (%69.3) ve Val/Val 33 (%21.6)] kontrol grubuna göre [sırasıyla 46 (%23.5), 83 (%42.3) ve 67 (%34.2)] anlamlı şekilde farklı idi (pO.0001) (rakamlar hasta sayışım göstermektedir). Ayrıca tardiv diskinezi olan hastalarda Ala alleli düşük sıklıkta bulundu. Fakat bu farklılık istatistiksel olarak anlamlı değildi (p>0.05). Bulgularımıza göre toplumumuz için Ala/Val genotipini taşımanın şizofreniye yatkınlık oluşturduğu söylenebilir. Ayrıca sonuçlarımız -9 Ala Mn- SOD allelinin vücudun oksidatif strese karşı korunmasında ve aynı zamanda şizofrenik bireylerin tardiv diskineziden korunmasında yardımcı bir faktör olabileceğim göstermektedir. Mn-SOD gen polimorfizmi şizofreninin semptomatoloj isini (kliniğini) etkileyebileceği için daha geniş bir hasta populasyonunda tardiv diskinezi ile ilişkisinin araştırılmasına gereksinim bulunmaktadır.Anahtar kelimeler: Mangan süperoksit dismutaz, gen polimorfizmi, şizofreni.
Elazığ ili ve yöresinde görülen kolorektal kromozomal değişikliklerin saptanması
ÖZET Kolorektal kanserler (KRK) dünyada en sık görülen kanserler arasında yer almaktadır. Ortaya çıkmasında ve patogenezinde görev alan genetik instabilite, genetik değişimlerin birikiminde önemli bir rol oynamaktadır. KRK'da genetik instabilitenin, mikrosatellit instabilitesi ve kromozomal instabilite olmak üzere 2 büyük nedeni vardır. KRK'nın %87'sinde görülen kromozomal instabilite genetik materyalin kaybı ya da kazancıyla ortaya çıkmaktadır. P53 gen delesyonları kolon kanserlerinde yapılan farklı çalışmalarda oldukça düşük düzeylerde bulunmuştur. Bu oran %5-10 arasında değişmektedir. Bu çalışmada kolon ve rektum kanserlerindeki kromozomal değişikliklerin ve Fluoresans in-situ Hibridizasyon (FISH) metodu kullanılarak p53 gen kaybının ortaya konması amaçlanmıştır. Çalışılan vakaların, 22' si kolon, 6' sı rektum kanseri olmak üzere, toplam 28 vakada, dokuları elde edilebilen 14 hastanın, touching metodu kullanılarak interfaz-FISH preparatları hazırlandı. Periferik kanı elde edilebilen 14 hastada, konvansiyonel sitogenetik çalışması yapıldı. Dokularından interfaz-FISH preperatı hazırlanan vakalarda, p53 lokus spesifik DNA probu kullanılarak interfaz-FISH çalışması yapıldı ve her hasta için 500 hücre incelendi. Hastaların toplam %64'ında P53 geninin değişmediği, %7' sinde p53'ün kazancı ve %29' unda kaybı gözlendi. Hastanın yaşı ve P53 gen değişimi arasında istatistiki olarak anlamlı bir ilişki bulundu (p<0.05). Kanserin evresi ile P53 gen değişimi arasında istatistiki olarak anlamlı bir ilişki bulundu (p<0.05). İnterfaz FISH metodu kanserlerde gen delesyon ve kazancını tespit etmede güçlü bir metottur. P53 gen değişimleri ve KRK arasındaki ilişki hala aydınlatılmamıştır. Bu nedenle, bu konu ile ilgili immunohistokimyasal ve daha ileri genetik çalışmaların yapılmasına ihtiyaç vardır. Anahtar kelimeler: KRK, P53 geni, interfaz FISH, p53 lokus spesifik DNA probu, genetik instabilite, mikrosatellit instabilite.
Kısa boyluluğu etkileyen genetik faktörlerin incelenmesi
1. ÖZETKısa boy, genetik ve çevre faktörlerinin kontrolü altında olup genel populasyonun %2-3'ünü etkilemektedir. Short Stature Homeobox Gene (SHOX) , X ve Y kromozomlarınınkısa kollarının psödootozomal bölgelerinde yer almakta ve X inaktivasyonuna maruzkalmamaktadır. Gendeki delesyonlar veya mutasyonların, insanlarda görülen TurnerSendromu (TS), İdiopatik Boy Kısalığı (İKB) ve Leri-Weill Diskondrosteozu (LWD)'naneden olduğu gösterilmiştir. Çalışmada İKB'li bireylerde, SHOX geninin tam delesyonlarınınFISH yöntemi ve ekzon 2'de yer alan LWD hastalarında tespit edilmiş Y35X ve İKB'de tespitedilmiş A-337G mutasyonlarının ise moleküler genetik yöntemle taranması amaçlanmıştır.Bu çalışmada, İdiopatik Kısa Boy (İKB)'a sahip olduğu belirlenen 61 birey incelendi.Standart sitogenetik tekniklerle vakaların normal karyotipe sahip oldukları gösterildi. Vakagrubundan en kısa boya sahip olan 8 birey seçilerek FISH tekniği ile SHOX genleri kontroledildi. Vakaların tümü için ekzon 2, PCR metoduyla çoğaltıldı ve Y35X ile A-337Gmutasyonlarını tespit etmek için Rsa I ve Alu I enzimleri kullanıldı.İdiopatik kısa boylu 61 bireyde, konvansiyonel sitogenetik, moleküler sitogenetik vemoleküler genetik incelemeler sonucunda herhangi bir anormalliğe rastlanmadı.İdiopatik kısa boylu bireylerde, konvansiyonel sitogenetik ve moleküler sitogenetiktekniklerin yanısıra moleküler genetik tekniklerin de kapsamlı bir biçimde çalışılması oldukçaönemlidir. Çalışma, SHOX geninde yapılacak mutasyon taramalarında özellikle SSCP veyaDNA dizileme gibi gendeki tüm mutasyonları ortaya koyacak yöntemlerin kullanılmasınındaha uygun olacağını göstermektedir. Kısa boy ile birliktelik gösteren veya birliktelikgösterdiği düşünülen hastalıklara karşın alınacak tedbirlerde ve kısa boylu bireylerin yaşamkalitesinin artırılmasında, SHOX geni ve büyüme ile ilgili diğer genlerin araştırılması yolgösterici olacaktır.Anahtar kelimeler: İdiopatik kısa boy, SHOX, interfaz-FISH, Y35X, A-337G
Streptozotozin ile oluşturulmuş diyabetli ratlarda Resveratrol kullanımı sonucunda Siklooksijenaz-1 (COX-1) ve Siklooksijenaz-2 (COX-2) genlerinin ekspresyonlarının araştırılması
COX, AA'den PG'lerin biyosentezini katalizleyen anahtar bir enzimdir. COX enziminin COX-1 ve COX-2 olmak üzere iki izoformu tanımlanmıştır. DM, insulin eksikliğine bağlı olarak gelişen metabolik bir hastalıktır. Tip 1 ve tip 2 diyabet olmak üzere iki yaygın formu vardır. Güçlü bir antioksidan olan RSV, çeşitli biyolojik özelliklerinin yanı sıra, COX inhibisyonuna ve bazı diyabetik komplikasyonlar üzerinde inhibe edici etkiye sahiptirBu bilgilere dayanarak çalışmamızda, STZ ile oluşturulmuş diyabetli ratlarda RSV' un böbrekte COX-1 ve COX-2 gen ifadelenmesi, protein düzeyleri ve DM'un komplikasyonları üzerine etkisini araştırmayı amaçladıkÇalışmamızda, 44 adet wistar albino erkek rat, 6 gruba ayrıldı. Deneysel diyabet oluşturulduktan 3 gün sonra ratların kan glukoz değerleri ölçüldü ve kiloları tartıldı. Kronik diyabet oluştuktan sonra, RSV uygulaması yapıldı. İki ayın sonunda, tüm ratlara anestezi altında ötanazi uygulandı ve böbrek dokuları alındıİmmünohistokimyasal analiz için formalinde fikse edilen dokular parafine gömüldü ve sonuçlar kalitatif olarak değerlendirildi. Kantitatif real-time PCR sonuçları istatistiksel metodlar yardımı ile değerlendirildi. Bu çalışma STZ ile oluşturulmuş diyabetik ratların böbrek dokularında RSV' ün COX-1 ve COX-2 enzimlerinin gen ekspresyonu üzerine etkisini açıklayan ilk çalışmasıdırÇalışmamızda gruplar arasında COX-1 mRNA düzeyinde anlamlı bir fark gözlenmedi. COX-2 mRNA düzeyinde ise, saf kontrol ile diyabet grubu karşılaştırıldığında diyabet grubunda COX-2 mRNA ifadelenmesinde artış olduğu görüldü ve bu iki grup arasında istatistiksel olarak anlam bulundu (p=0.043). Diğer gruplar arasında yapılan karşılaştırmalar sonucunda ise COX-2 mRNA düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı bir fark gözlenmedi. Protein düzeyinde RSV'un, COX-1 ifadelenmesini baskıladığı gözlenmiştir. Diğer taraftan COX-2 ifadelenmesinin RSV uygulaması ile baskılanmadığı immünohistokimyasal çalışma ile gösterilmiştir.
Primer amenore ve cinsiyet belirsizliği gösteren olguların sitogenetik ve moleküler sitogenetik tekniklerle değerlendirilmesi
PR MER AMENORE VE C NS YET BEL RS ZL Ğ GÖSTEREN OLGULARINS TOGENET K VE MOLEKÜLER S TOGENET K TEKN KLERLEDEĞERLEND R LMESRabia AKELÖZETKromozomal ve gonodal fenotipik cinsiyet arasındaki beraberliğin olması cinsiyetdönüşümü olarak bilinmektedir. SRY (Sexs Region of the Y kromosome) yaklaşık olarak Ykromozomunun kısa kolunun psödootozomal bölgesinde yer almaktadır. Gendeki delesyonveya translokasyonların, insanlarda görülen cinsiyet belirsizliği ve primer amenoreye nedenolduğu gösterilmiştir.Bu çalışmada, Primer amenore ve cinsiyet belirsizliğiyle beraberlik gösterenkromozomal anomalilerin saptanarak bu tür hastalarda farklı kromozomal anomalilerin(yeniden düzenlemelerin) oranlarının bulunması amaçlanmıştır. Cinsiyet belirsizliği gösterenbireylerde karyotipin sitogenetik yöntemle bulunması ve bunu takiben SRY geninin varlığınınbelirlenmesi bu hastaların tanısında önemli bir yer almaktadır.Çalışmaya 62 primer amenore, 10 ambigius genitalya, 8 Turner Sendromu ve 7hipogonadotropik hipogonadizim ön tanısıyla gelen toplam 87 hasta dahil edildi. 87 hastada,konvansiyonel sitogenetik, moleküler sitogenetik ve moleküler genetik incelemelerisonucunda 12. 86% (9)'unda anormal karyotip tespit edildi. Toplam 62 primer amenore ve 10ambigius genitalyalı olguya lokus spesifik SRY ve sentromerik X dual probu kulanılarakyapılan interfaz FISH ve PZR çalışmasında iki olguda SRY pozitifliği gözlendi.Anahtar kelimeler: primer amenore, cinsiyet belirsizliği, interfaz- FISH, SRY,
Nazal polip dokusunda COX-2, ALOX12 ve iNOS genlerinin ifadelenme düzeylerinin belirlenmesi
Hastaların yaşam kalitesi üzerinde önemli bir etkiye sahip olan nazal polip (NP), nazal mukozanın kronik inflamatuar bir hastalığıdır. Genel toplumdaki görülme sıklığı %2-5'tirBu çalışmanın amacı, NP olgularında, Real-time PCR yöntemi ile COX-2, ALOX12 ve iNOS genlerinin ifadelenme düzeylerinin araştırılmasıdırCOX-2 araşidonik asitin PG'lere dönüşümünden sorumlu hız kısıtlayıcı bir enzimdir. Oluşumundan sorumlu olduğu PG'lerin hem proinflamatuar hem de anti-inflamatuar işlevlerinin olduğuna inanılmaktadır. Bu çalışmada Real-time PCR ile NP'lerde gözlenen ortalama COX-2 ifadelenme düzeyinin kısmen artmış olduğu gösterildi (p>0.05). ALOX12 ifadelenmesinin NP'lerde kısmen düştüğü bulundu (p>0.05). NP dokusunda iNOS mRNA ifadelenme seviyesinin nazal mukoza dokusundan önemli ölçüde fazla olduğu bulundu (p<0.05). Bu veri üst solunum yollarında NO'nun sadece fizyolojik rol oynamadığı, ayrıca inflamatuar süreçler ile de ilişkili olduğunu akla getirmektedir.
Molecular characterization of oculopharyngodistal myopathy (OPDM) and mimicking disorders
Oculopharyngodistal myopathy (OPDM) is a rare, progressive inherited muscle disease involving the ocular, pharyngeal, and distal muscles. It is reported more frequently in Turkish, Japanese, and Chinese than in other communities. There were not any genes associated with OPDM since 2019. Although four different genes were identified between August 2019-November 2022 related to OPDM, none of the genes still cover majority of the patients. The aim of this thesis is to conduct molecular characterization of patients who admitted to Koç University Hospital Center for Muscle Diseases and were clinically diagnosed with OPDM. Seven cases with a clinical diagnosis of OPDM were referred to the medical genetics department between March 2018-2020. Four cases had a definite molecular diagnosis of the diseases in differential diagnoses, whereas the remaining three patients' molecular diagnoses were not definite. It has been shown that patients clinically followed up on OPDM should primarily be examined at the molecular basis for diseases in the differential diagnosis list. Four out of seven patients were diagnosed in a similar fashion. All studies including whole-genome sequencing were performed on one out of the three patients without a molecular diagnosis, and for this specific patient genetic etiopathogenesis still could not be clarified. Therefore, it is considered that genetic analysis should be studied more extensively in a genomic and functional manner with a wider gene pool through international teams.
Sendromik olmayan Türk işitme kayıplı olgularda otoferlin ((OTOF) gen mutasyonlarının belirlenmesi dd
İşitme kaybı, en sık görülen duyusal bozukluk olup 1000 doğumda yaklaşık 1-3 oranında görülmektedir. Etiyolojilerine göre işitme kayıpları, genetik ve çevresel kökenli işitme kayıpları olmak üzere iki şekilde sınıflandırılabilir. İşitme kayıplarının yaklaşık %50'si genetik nedenlidir. Genetik işitme kayıpları, işitme kaybına eşlik eden başka semptomların bulunup bulunmamasına göre sendromik veya sendromik olmayan işitme kayıpları olarak sınıflandırılırlarSendromik olmayan işitme kayıpları genetik nedenli işitme kayıplarının %70'ini oluşturur. Prelingual başlangıçlı sendromik olmayan işitme kaybında otozomal resesif kalıtım %80 gibi yüksek oranında görülmekte iken otozomal dominant %20, X'e bağlı kalıtım %1 ve mitokondriyal kalıtımda <%1 oranında gözlenmektedir. Otoferlin (OTOF) geni sendromik olmayan işitme kaybı ile ilgili tanımlanan genlerden birisidirBu çalışmanın amacı, OTOF geninde belirlenen ve işitme kaybı ile ilişkili olduğu bilinen 6 OTOF gen mutasyonunun sendromik olmayan Türk işitme kayıplı olgularda araştırılmasıdırBu çalışmada, sendromik olmayan Türk işitme kayıplı 95 hastanın, araştırılan 6 OTOF gen mutasyonundan (Leu1011Pro, Arg1939Gln, Pro1987Arg, Gln829Ter, c.1651delG ve c.4799+1G>C) hiçbirini taşımadığı belirlendi. Diğer toplumlarda gözlenen mutasyonların bu çalışmada belirlenememesi Türk toplumuna özgü olan henüz tanımlanmamış mutasyonların olabileceğini de düşündürmektedir.Anahtar Kelimeler: OTOF, Otoferlin, Sendromik olmayan işitme kayıpları, PZT, RFLP