201
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Embriyo morfolojik seçim kriterlerinin preimplantasyon genetik tanı sonuçlarıyla karşılaştırılması ve 5. gün embriyolarındaki blastomer fragmantasyonunun incelenmesi
Yardımcı üreme tekniklerinde kullanılan embriyo erken seçim parametreleri, iyi kalitede embriyo transferinde önemli bir yer tutmaktadır. Biz de bu çalışmamızda embriyo morfolojik seçim kriterleri ile genetik analizlerden elde edilen sonuçların karşılaştırmasını yapmayı amaçladık. Aynı zamanda geç dönem embriyolorda 5. Günde blastomerlerdeki fragmentasyonu göstermeyi hedefledik. Çalışmamızda erkek faktörü bulunmamasına rağmen çocuk sahibi olamayan çiftlere, yardımcı üreme tedavi yöntemlerinden in vitro fertilizasyon yöntemi uygulandı. Ultrason ile yapılan yumurta takibinin ardından, yumurtalar istenen büyüklüğe eriştiğinde, folikül sıvıları içinde bulunan yumurtalar, anestezi eşliğinde sıvı ile beraber çekilip mikroskop altından yumurtalar toplandı. Eş zamanlı olarak erkekten sperm örneği alındıktan sonra hareketli olan spermleri seçebilmek adına bir seri işlemden geçirildi. Yumurta hücreleri de etraflarındaki granüloza hücrelerinden mekanik ve kimyasal olarak ayıklanarak, sperm hücreleri ile birleştirildi. Mikroenjeksiyonun ardından oluşan embriyolar erken seçim kriterlerine göre biyopsi gününe kadar gruplara ayrıldı. Embriyolardan 3.günü 5 ve daha az blastomere sahip olanlar yavaş gelişen embriyo olarak değerlendirilerek çalışmamıza katıldı. Bu embriyoların zonalarına lazer ile atış yapılarak birer blastomerlerinin alınması sağlandı. Alınan bu blastomerlere genetik analiz için 5 problu Floresan İn-Situ Hibridizasyon (FISH) yöntemi uygulandı. Biyopsi sonrası embriyolar 5.güne kadar kültüre edildi. FISH sonucu normal çıkan embriyolar kontrol grubumuzu oluşturdu. FISH sonrası normal ve anormal çıkan embriyoların her biri lamlara yapıştırıldı ve apoptozu göstermek için TUNEL (Terminal deoxynucleotidyl transferase mediated dUTP Nick End Labeling) metodu uygulandı. Erken seçim kriterlerine göre kaliteli embriyo olarak değerledirdiğimiz 149 embriyonun genetik analiz sonrasında %42 oranında anöploidili olduğu bulundu. Aynı zamanda, yavaş gelişen ve genetik analiz sonucu anöploidi tespit edilen embriyolardaki apoptoz oranlarının, yavaş gelişen ancak anöpoidi olmayan embriyolardaki apoptoza göre daha fazla olduğu gözlemlendi.
Enginar bitkisinde bulunan cynarin ve inülin polifenollerinin hep3b hepatoma hücre soyunda apoptotik ve inflamatuar cevaplar üzerine etkilerinin araştırılması
Beslenme anne karnından itibaren yaşamın sonlanmasına kadar geçen her süreçte yaşamımızın vazgeçilmezi olarak yer alır. Bireylerin yeterli ve dengeli beslenmesi, kalp-damar hastalıkları, diyabet, obezite, kanser vb. hastalıkların görülme riskinin azaltılması ve tedavisinde, vitamin mineral yetersizliklerinin ve protein-enerji malnütrisyonunun önlenmesi gibi beslenme sorunlarının en aza indirilmesinde rol oynamaktadır. Aynı zamanda yeterli ve dengeli beslenme, besin öğeleri ve diğer biyoaktif maddelerin yeteri kadar alınmasını ve besin öğelerinin öğünlere dengeli olarak dağıtılmasını gerektirir. Meyve ve sebzelerde yüksek düzeyde bulunan polifenollerin sağlık üzerindeki olumlu etkileri çoğunlukla in vitro çalışmalarla ortaya konmuş olup bu bileşiklerin insanlardaki metabolik dönüşümleri ve biyoyarar¬lılık konuları göz ardı edilmiştir. Antikanserojen ve diğer yararlı özellikler içeren bu bileşiklere doğal antioksidanlar da denilmektedir. Polifenollerin koruyucu etkisinin en önemli nedeni, antioksidan aktiviteye sahip olmalarıdır. Bu bağlamda, serbest radikal oluşumunun ve antioksidan kapasitenin belirlenmesi ile söz konusu hastalıklara yakalanma riskini azaltmak üzere tedavide antioksidan alımı önemli olmaktadır. Ancak bazı durumlarda mevcut antioksidan savunma sistemi serbest radikallerin etkisini tamamen önleyemez ve oksidatif stres olarak adlandırılan durum ortaya çıkar. Reaktif oksijen türleri, kanser oluşumunda bir aracı görevi görürler ve mutagenez, karsinogenez ve programlı hücre ölümüne (apoptoz) yol açan DNA zincir kırılmalarından sorumludurlar. Apoptozis, onkogenezis ve hücre siklusu ile yakın ilişki göstermektedir. Bu nedenle apoptotik yolakların ortaya konması, bu yolaklarla kullanacağımız polifenollerimizin hücre siklusu etkileşimlerinin araştırılması oldukça büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmamızda, Hep3B hücre soyunda apoptozis ve inflamatuar süreçte, enginar bitkisinin (Cynara Scolymus) polifenollerinden Cynarin ve İnülin'in etki mekanizmalarına bakılacaktır. Apoptotik belirteçlerden; kaspaz-3, Smac-Diablo, Apaf-I, ve sitokrom-c düzeylerine, inflamasyon sitokinlerinden; IL-1β, IL-6 ve TNF-α düzeylerine bakılacaktır.
Dilate kardiyomiyopatili hastalarda MRP1 ve MPR2 gen ekspresyonlarının analizi
Dilate kardiyomiyopati (DKMP), normal sol ventrikül duvar kalınlığı ile beraber kasılma disfonksiyonu ve ventrikülde genişleme ile karekterize, ilerleyici kalp kası hastalığıdır. Kardiyomiyopatinin kalıtımsal hastalıklar, infeksiyonlar ve toksinleri de içeren birçok nedeni bulunmaktadır. DKMP'nin yaklaşık dörtte biri idiyopatiktir. Ekokardiyografi ve aile ağacı çalışmalarıyla idiyopatik olarak adlandırılan DKMP hastalarının %20'si ailesel bulunmuştur. Ailenin diğer bireylerinde de hastalık çeşitli şekillerde kendini gösterebilir. Dilate kardiyomiyopati saptanan kişilerde hastanın diğer aile bireylerinin de (Çocukları dahil) araştırılmasının önemi belirtilmektedir. Hastalığın tedavisi sırasında ilaçlara gösterilen direnç mekanizmaları ve ilaçlara bağlı yan etkiler, ilaç metabolize eden enzimlerdeki genetik varyasyonlara bağlı olarak aynı toplumdaki bireyler arasında farklılık gösterir. Bu fark, ilaç direnci oluşturan MRP genlerinin ekspresyonuna bağlı olabilir. Bu çalışmada, MRP-1 ve MRP-2 genlerinin ifade düzeylerinin belirlenmesi ile tedavide çoklu ilaç kullanımı gerektiren DKMP' li hastalarda tedaviye yanıttaki kişisel farklılıkların açıklanması ve hastalığa ait tedavinin moleküler temellerinin daha fazla aydınlatılmasına destek olunmasını amaçladık. 90 DKMP tanısı konan hasta ile 90 sağlıklı erişkin kontrolden oluşan 2 grubun periferik kan örneklerinden total RNA izolasyonu gerçekleştirildi. Total RNA örnekleri cDNA'ya çevirildi. Hedef gen (MRP-1 ve MRP-2) ve referans gene (ABL) ait tasarlanan primerler kullanılarak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Q PCR) yapıldı. Böylece referans ve hedef gene ait cDNA'lar çoğaltıldı. Genlerin ekspresyon düzeyleri ölçülerek, veriler kaydedildi. Elde edilen veriler doğrultusunda, DKMP hastalarında sağlıklı kontrol grubuna göre MRP-1 mRNA düzeyinin 6 kat, MRP-2 mRNA düzeyinin ise 77 kat fazla olduğu hesaplandı. Bu çalışmanın sonucunda, MRP-1 ve MRP-2 genlerin ifade düzeylerinin belirlenmesi DKMP hastalığının tedavisine katkı sağlayabilir. Ancak bunun için DKMP' li hastalarda daha fazla gen ailesinin ve sayısının artırılarak elde edilen verilerin desteklenmesine ihtiyaç vardır.
Akut koroner sendrom ve kronik koroner arter hastalarında endotelyal nitrik oksid sentaz (enos) t-786c polimorfizminin klinik ve biyokimyasal etkilerinin araştırılması
Nitrik oksid (NO), nitrik oksid sentaz (NOS) enzimi tarafından L-Argininden sentezlenir. NOS enziminin nNOS (nöronal), iNOS (indüklenebilir) ve eNOS (endotelyal) olmak üzere üç izoformu vardır. eNOS geni T-786C polimorfizmi kalp yetersizliği (2, 3), koroner spazm (9, 10, 11, 12), miyokard infarktüsü (Mİ) (10, 13), ateroskleroz (14, 15, 16) gibi bir çok kalp-damar hastalığı ile ilişkilendirilmiştir.Bu çalışmada amacımız, akut koroner sendrom (AKS) ve kronik koroner arter hastalığı (KKAH) tanısı konmuş hastalarda eNOS geni T-786C polimorfizminin hastalık oluşumu üzerindeki ve biyokimyasal parametrelere olan etkileri araştırmaktır. Bu amaçla, 10 adet AKS ve 20 adet KKAH tanısı konmuş hasta ve rutin sağlık kontrolleri için müracaat edip koroner anjiografiyle koronerlerinin normal olduğu tespit edilen 31 sağlıklı kişi incelendi. eNOS T-786C genotipleri, polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve restriksiyon uzunluk parça polimorfizmi (RFLP) yöntemlerinin uygulanması ile saptandı.Endotelyal nitrik oksid sentaz genine ait T-786C genotip sıklıkları; AKS' lu grupta %10 TT, %40 CT, %50 CC; KKAH grupta %75 TT, %20 CT, %5 CC ve kontrol grupta %67.7 TT, %25.8 CT, %6.5 CC olarak bulundu. AKS grubunda C/C genotipinin sıklığını kontrol grubuna kıyasla yüksek bulmamız, C/C genotipinin AKS oluşumunda rol alabileceğini düşündürmektedir. KKAH ve kontrol grupları arasında T-786C genotip sıklıkları açısından anlamlı bir fark olmayışı T-786C polimorfizminin KKAH ile ilişkili olmadığını göstermektedir. Ayrıca T-786C genotiplerinin sol ventrikül hipertrofisi ve serum lipidleri üzerinde herhangi bir etkisine rastlanmadı.
İnsüline bağımlı olmayan Diabetes Mellitus'lu hastalarda endotelyal nitrik oksid sentaz (eNOS) Glu298Asp polimorfizminin araştırılması
Çalışmamızın amacı, Tip 2 diyabet (T2DM) gözlenmiş hastalarda eNOS Glu298Asp polimorfizminin sıklığını belirlemek, eNOS Glu298Asp genotiplerinin (Glu/Glu, Glu/Asp, Asp/Asp) insülin ile ilişkili fenotipler ve serum lipidleri üzerindeki etkilerini saptamaktır.Çalışma, T2DM tanısı konmuş 115 hasta (67 Erkek, 48 Kadın) ve klinik tanı yöntemleri ile T2DM olmadığı belirlenen 68 sağlıklı kontrol (47 Erkek, 21 Kadın) üzerinde yapıldı. eNOS genotipleri, polimeraz zincir reaksiyonu ve restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi yöntemlerinin uygulanması ile saptandı. eNOS geni Glu298Asp genotipleri, insülin ile ilişkili fenotipler ve serum lipid parametreleri açısından karşılaştırıldı.Endotelyal nitrik oksid sentaz Glu298Asp genotip frekansları Glu/Glu, Asp/Asp ve Glu/Asp için T2DM grubunda sırasıyla % 13.0, % 49.6 ve % 37.4; kontrol grubunda ise % 16.2, % 41.2 ve % 42.6 olarak saptandı. T2DM ve kontrol grupları arasında eNOS Glu298Asp genotip sıklıkları açısından istatistiksel anlamlı bir fark bulunmadı. Açlık kan şekeri, insülin, HbA1c, insülin direnci, hepatik insülin hassasiyeti (HİS) ve ß hücre indeksi (HOMA) düzeyleri T2DM ve kontrol grupları karşılaştırıldığında anlamlı bulundu (p?0.001). T2DM grubunda Asp/Asp genotipine sahip kişilere ait HİS düzeyleri Glu/Glu genotipine sahip hastalara oranla daha düşük bulundu. İnsülin ve HOMA düzeyleri ise Asp/Asp genotipine sahip sağlıklı kontrollerde Glu/Glu genotipine kıyasla daha düşük bulundu. Ayrıca, Asp/Asp genotipine sahip tip 2 diyabetli kişilerde viseral obezite Glu/Glu genotipine sahip hastalara kıyasla daha yüksek bulundu. T2DM grubunda eNOS Glu298Asp polimorfizminin lipid düzeyleri üzerine bir etkisi saptanmazken, sağlıklı kontrol grubunda Asp/Asp genotipine sahip kişilerde Glu/Glu genotipine kıyasla daha düşük oranda serum apoB düzeyleri tespit edildi (p?0.05).Anahtar Kelimeler: eNOS, Glu298Asp, Tip 2 diyabet, hepatik insülin hassasiyeti, HOMA
Epigallocatechin-gallat`ın C6 glioma hücrelerine apoptotik etkileri
Hücrelerimizin EGCG ile muamelesi sonrasında apoptotik oluşumu TUNEL metodu ile gözlemleyip fotoğrafladık. Alan sayımları sonunda elde ettiğimiz verileri ANOVA testi ile karşılaştırdık. ANOVA testinin burada kullanım amacı birden fazla parametreyi ve interaksiyonları karşılaştırmaya olanak tanımasıdır24, 48 ve 72. Saatler sonunda 50 ve 100 µg/ml dozlarda EGCG`nin etkilerini inceledigimiz hücre kültürlerimizde apoptoza yönlenmenin dozla daha yakından ilişkili olduğunu ve uygulama süresinin de önemli bir faktör olduğunu gördük. 24 saatlik hücre kültürlerimizde 50 ve 100 µg/ml de apoptozun olduğunu, 48. saatte bunun doz artışıyla arttığını, ama en yüksek apoptozun 72. saatte ve 100 µg/ml dozda yani zaman ve doz interaksiyonuyla en yüksek oranda etkinin görülebileceğini saptadıkSonuç olarak EGCG`nin normal hücrelerle kıyaslanınca tümör hücrelerine karşı seçimli apoptotik etkisi (selective appoptotic effect) onun kanser ile savaşta daha çok araştırılması gereken bir alternatif olabileceğini düşündürmektedir.
C6 glioma hücrelerinde morinda citrifolia ve paklitakselin etkilerinin araştırılması
Bu çalışmada in vitro C6 glioma hücre modelinde Morinda citrifolia (noni) ekstresi ve paklitakselin farklı konsantrasyonlarının ß-katenin sinyal yolu ile hücre proliferasyonunda meydana getirdiği değişiklikler immünositokimyasal olarak incelendi.Hücre proliferasyonunun değerlendirilmesinde hücre siklusunda S fazına özgü bir işaretleyici olan bromodeoksiuridin (BrdU) uygulandı. Noni ile inkübasyon sonrasında BrdU inkorporasyonunda kontrol gruba kıyasla azalma izlenirken, sadece paklitaksel uygulanan ve noniyle paklitakselin birlikte uygulandığı gruplarda S fazında hiç hücre gözlenmedi. Glioma hücrelerinde, plazma membranlarının intraselüler sınırları boyunca ß-katenin ekspresyonu izlendi. Noni ekstresi ile inkübasyon sonrasında plazma membranı seviyesinde normal seviyelerde ekspresyon izlendi. Paklitaksel inkübasyonu sonrasında nükleusta belirgin ß-katenin ekspresyonu izlendi. Noni ve paklitakselin birlikte uygulandığı gruplarda ise ß-katenin ekspresyon ve lokalizasyonunda bir değişiklik olmadığı görüldü.Çalışmamız sonucunda plazma membranında bulunan ß-katenin ekspresyonunun noni ekstresi uygulamasıyla değişmediği, düşük dozda paklitaksel uygulamasında nükleustaki ß-katenin ekspresyonunun arttığı izlendi.
Osteopontin Geninde 9250. pozisyonundaki Polimorfizmin Ürolitiyazis ile ilişkisinin Araştırılması
Osteopontin (OPN) (bone sialoprotein 1 (BSP1), early T-lymphocyte activation 1 (Eta-1), secreted phosphoprotein 1 (SPP1) ) kemik, böbrek gibi çeşitli dokularda ve aynı zamanda T lenfositler, makrofajlar, endotel hücreleri, düz kas hücreleri, epitel hücreleri gibi farklı birçok hücre tipinde eksprese olur. OPN, mültipl skleroz (MS), sistemik lupus eritematozus (SLE), romatoid artrit (RA) gibi otoimmun hastalıklar ve Crohn hastalığı, obezite, kardiyovasküler hastalıklar, böbrek hasarı gibi kronik inflamasyon ile karakterize olan hastalıklar ve çeşitli kanser tiplerinde önemli rol oynamaktadır. OPN rs1126616 polimorfizminin ürolitiyazis, primer biliyer siroz (PBC) ve SLE ile ilişkisi çeşitli çalışmalarda gösterilmiştir. Ayrıca OPN genindeki diğer tek nükleotit polimorfizmlerinin (SNP) taş hastalığı üzerindeki etkileri ile ilgili çeşitli çalışmalar bulunmaktadır.Bu çalışmadaki amacımız, 64 ürolitiyazis hastası ve aile öyküsünde taş hastalığı olmayan 50 sağlıklı kontrolde OPN geni rs1126616 polimorfizminin taş oluşumu üzerindeki etkisini araştırmaktır. X ışını difraksiyon (XRD) yöntemi ile taş analizleri yapılan 62 kalsiyum oksalat ve 2 adet strüvit taş hastası toplamda 64 adet ürolitiyazis tanısı konmuş hasta ile aile öyküsünde taş hastalığı bulunmayan 50 adet sağlıklı kontrolde OPN rs1126616 polimorfizminin sıklığı araştırıldı. Genotipleme, polimorfik bölgenin polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile çoğaltılmasının ardından restriksiyon uzunluk parça polimorfizmi (RFLP) yöntemi kullanılarak yapıldı.Ürolitiyazis hastalarında OPN genine ait CC, CT ve TT genotip frekansları sırasıyla; %37.5, %43.7 ve %18.7; kontrol grubunda ise %80, %4 ve %16; hasta grubunda en az bir mutant T alleli taşıma sıklığı % 62.5 iken kontrol grubunda %20 olarak bulundu. Hasta ve kontrol grubu vücut kitle indekslerine (VKİ) göre 25 kg/m2'den küçük (VKİ<25 kg/m2) ve 25 kg/m2' den büyük (VKİ>25 kg/m2) olmak üzere sınıflandırıldığında, VKİ>25 kg/m2 olan ürolitiyazis hastalarında en az bir mutant T alleli taşıma sıklığı %66.7 iken VKİ>25 kg/m2 olan sağlıklı kontrollerin tamamı yabanıl tip (CC) olarak bulundu.Sonuç olarak Türk popülasyonundaki taş hastalarının OPN rs1126616 polimorfizmini taşıma sıklığının yüksek olması ürolitiyaziste OPN'nin önemli rol oynayabileceğini göstermektedir. Ayrıca fazla tartılı ürolitiyazis hastalarında bu polimorfizmin görülme sıklığının yüksek olması, ürolitiyazis ile obezite arasında bir ilişki olabileceğini akla getirmektedir.
Sağlıklı bireylerden alınan periferik kanda in-vitro koşullarda Atorvastatin'in etkileri
Statinler; yüksek kan kolesterol düzeylerinden dolayı kardiyovasküler hastalık riski taşıyan kişilerde kolesterolu düşürmek için kullanılırlar. Statinler aterosklerozu engellerken kolesterol düşürücü etkilerinden başka etkiler de gösterirler. Bunlar; endotel işlevin iyileştirilmesi, yangı tepkisinin düzenlenmesi (modülasyonu), aterom plak stabilitesinin korunması ve tromboz oluşumunun engellenmesidir. Hipolipedemik ilaçlardan en çok tercih edilen atorvastatinin teratojenik etkisi tam olarak açıklanamamıştır.Yapılan çalışmada 15 sağlıklı bireylerden alınan perifer kanında in vitro koşullarda atorvastatinin açısından sitogenetik olarak incelendi. Atorvastatin; kısa süreli lenfosit kültürünün ilk hücre siklusuna yaygın kullanılan 10mg ve 20mg lik final konsantrasyonları ile, stant takılan hastalarda ise standı koruma amaçlı kullanılan 80mg lik dozu ve bunun iki katı 160 mg lik final konsantrasyonları şeklinde eklendi.160 mg lık atorvastatinin klinik olarak kullanımı mevcut değildir. Atorvastatinin klastojenik etkisi doz arttıkça stabil kalıp kalmayacağı araştırıldı. Aynı hastalara ait atorvastatin eklenmemiş lenfosit kültürü de yapıldı. Atorvastatinin 10mg, 20mg ve 80mg'lık final konsantrasyonları kontrole göre klastojenik olduğu bulundu. Klinikte kullanımı olmayan final konsantrasyonu 160 mg lık atorvastatin kontrole göre anlamlı derecede kromozomlar üzerinde kırık meydana getirmemiştir.
Kültüre edilmiş C6 glioma hücrelerinde epigallokateşin gallat ve resveratrolün biyokimyasal etkilerinin incelenmesi
Çalışmamızda, antioksidan özellikleri bilinen Epigallokateşin Gallat ve Resveratrol'ün sıçan C6 glioma hücre soyunda ayrı ayrı ve birlikte kullanılarak biyokimyasal etkileri araştırıldı.Epigallokateşin gallat 50, 100 ?g, resveratrol 25, 50 ?g dozlarda ve bunların kombinasyonları 24, 48, 72 saatlik sürelerle kültür ortamında hücrelere uygulandı. Bu uygulamaların sonunda total siyalik asit, lipid bağlı siyalik asit, protein karbonil ve malondialdehit düzeyleri tayin edildi ve sonuçlar Mann-Whitney U testine göre değerlendirildi.Elde edilen değerler istatistiksel olarak karşılaştırıldığında; kateşin + resveratrol grubunun 100+50 ?g'lık dozunun 72. saatteki total siyalik asit düzeyinin, kontrol grubununa göre düşük (p<0.05) olduğu tespit edildi. Kateşin 50 ?g grubunun 24. saat lipid bağlı siyalik asit düzeyi, resveratrol 25 ?g grubunun 24. saat, yine kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı düzeyde düşük (p<0.05) bulundular. Resveratrol grubunun 50 ?g'lık dozlarının 72. saatlik protein karbonil tayini düzeyleri kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı düzeyde düşük (p<0.05) olduğu saptandı. Total siyalik asit, lipit bağlı siyalik asit ve protein karbonil parametrelerinde istatiksel olarak anlamlı olan doz ve zamanlar, oksidatif strese karşı olumlu cevap alındığını gösterir. Lipid oksidasyonu göstergesi olan malondialdehit düzeyinde anlamlı bir düşüş bulunamadı bu da maddelerimizin uyguladığımız doz ve zaman dilimlerinde oksidatif strese karşı olumlu etkisi olmadığı şeklinde yorumlandı.Sonuç olarak her biyokimyasal parametrenin en uygun doz ve zamanda C6 glioma hücrelerini etkilediğini ve bu konsantrasyonlarda kullanılabilirliği uygun olduğu sonucuna varıldı. Çalışmamıza farklı biyokimyasal parametreler ve hücresel yöntemler eklenerek devam edilecektir.Anahtar Kelimeler: Epigallokateşin gallat, Resveratrol, C6 glioma, Total siyalik asit, Lipit bağlı siyalik asit, Protein karbonil, Malondialdehit, Antioksidan.
Metabolik sendromlu sıçanların karaciğer ve viseral yağ dokularında 11ß hsd-1 ve paı-1 gen ekspresyonlarının incelenmesi
Metabolik sendrom (MetS) başta gelişmiş ülkeler olmak üzere tüm dünyada prevalansı giderek artan bir sağlık sorunudur. Son yıllardaki epidemiyolojik ve biyokimyasal çalışmalar yüksek fruktoz tüketiminin MetS gelişiminde çok önemli bir faktörlerden biri olduğunu kanıtlar düzeydedir. 11ß HSD-1 ve PAI-1 genlerinin varlığı ve yüksek oranda ekspresyonlarının gösterildiği son çalışmalar bu iki genin MetS patogenezinde önemli rol oynadıklarını göstermektedir. 11ß HSD-1 inaktif kortizonu aktif kortizole çevirerek kortizol metabolizma disregülasyonun da ve MetS'un gelişiminden sorumlu olduğu bilinmektedir. MetS'da PAI-1 gen ekspresyonu 11ß HSD-1 gen ekspresyonuna paralel olarak artmakta ve plazma PAI-1 aktivitesi yükselmektedir. PAI-1 aynı zamanda fibrinolitik aktivitenin en önemli belirteçlerinden biri olup kardiyovasküler hastalıkların ve bozuk fibrinolizin bağımsız risk faktörlerinden birini oluşturmaktadır.Bu çalışmada ki amacımız sıçanlarda biyokimyasal ve genetik yaklaşımları kullanarak %20 fruktozun MetS gelişimine etkisini araştırmaktır. Sıçanlar iki gruba ayrılmıştır; MetS grubunda ki sıçanlar (n=10) 15 hafta boyunca %20 fruktoz içeren su ile beslenmişlerdir ve kontrol grubundaki sıçanlar ise (n=10) 15 hafta boyunca sadece suyla beslenmişlerdir. Her iki gruptada serumlarından glukoz, insülin, total kolestrol, LDL, HDL, VLDL, ALT, AST, CRP, kortizol seviyeleri ölçüldü. Karaciğer ve omental yağ dokularından 11ß HSD-1 ve PAI-1 gen ekspresyonu seviyeleri QRT-PZR ile her iki gruptada araştırılmıştır.Sonuçlarımız; MetS grubu sıçanlarda kontrol grubu sıçanlarına kıyasla glukoz, trigliserid, total kolesterol, LDL-kolesterol HDL- kolesterol VLDL, ALT, AST, CRP serum seviyeleri ve HOMA-IR değerleri anlamlı olarak artmıştır (p<0.05). Buna ilaveten karaciğer ve yağ dokularında 11ß HSD-1 ve PAI-1 genlerinin ekspresyonları kontrol grubuna kıyasla daha yüksek bulunmuştur (p<0.05).Bu bulgular % 20 oranında fruktoz tüketen sıçanlarda istatistiksel olarak anlamlı farklılıkların biyokimyasal parametrelerin yanı sıra 11ß HSD-1 ve PAI-1 genlerinin ekspresyon düzeylerininde de olduğunu göstermektedir ve bu değişiklikler % 20 oranında fruktoz tüketiminin MetS gelişmesine katkıda bulunduğunu kanıtlamaktadır.
Granülosit-Makrofaj Koloni Stimule Edici Faktör Gen Polimorfizm Ve Mutasyonlarının Erken Gebelik Kayıpları Üzerine Etkisi
Sitokinler gestasyonel sürecin temelini teşkil eden "immünolojik adaptasyon" ve "gelişimin" en önemli mediatörleridir. Başarılı bir gebelik bir yandan yeni doku gelişimleri, invazyon ve yeni bir yapılanma (fetal ve plasental formasyon) gibi olayların eksiksiz tamamlanmasını gerektirirken diğer yandan da paternal genlerin expresyonları nedeniyle anne için semiallojenik doku niteliğinde olmasına rağmen maternal immün reaksiyonun olmadığı veya olmamasını gerektiren bir prosestir. Tekrarlayan gebelik kayıpları tüm kadınların %0,5-2 kadarını kapsamaktadır. Bu vakaların %40 kadarında sebebe yönelik bulgu elde edilememekte olup bilinmeyen endometrial veya plasental fonksiyon bozuklukları öngörülmektedir. Granülosit Makrofaj Koloni Stimule edici Faktör (GM-CSF) geni plasental gelişim ve fonksiyonu üzerinde önemli etkiye sahip, 5. kromozomun uzun kolunda (5q21-5q32) lokalizedir. Dört ekzon içeren ve yaklaşık 2.5 kb uzunluğunda bir gendir. Çalışmamızda GM-CSF geninde olabilecek varyasyon ve mutasyonların, sebebi bilinmeyen ilk trimester tekrarlayan gebelik kaybı olgularında rolü olup olmadığı araştırılmıştır. Bu amaçla, ilk trimester gebelik kaybı bulunan vakalardan oluşturulmuş çalışma grubu ile normal yoldan gebe kalmış, düşük öyküsü ile sistemik/kronik hastalığı bulunmayan kontrol grubuna ait olgular karşılaştırılmışlardır. Her iki gruba ait vakaların periferik kan materyallerinden elde edilen Deoksiribonükleik asit (DNA) örneklerinden dizi analizleri gerçekleştirildi. Çalışma grubu ile kontrol grubu arasında GM-CSF genine ait tespit edilen değişimler tek tek dikkate alındıklarında istatiksel olarak anlamlı farklılıklar saptanmamış olmakla birlikte tüm değişimleri birlikte dikkate aldığımızda oldukça anlamlı farklılıklar saptanmıştır. Bu sonuçtan yola çıkarak vaka sayılarının arttırılması ve benzer çalışmaların yapılması ile GM-CSF gen araştırmasının düşük etiyolojisi araştırma testleri arasında yer alabileceği öngörülmüştür.
BRCA1 185delAG, 5382insC ve BRCA2 6174delT, V2466A mutasyonlarının multipleks polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile tek adımda belirlenmesi
BRCA genleri, bakıcı tipi tümör baskılayıcı genlerdir. DNA sentezinde transkripsiyonel düzenlenmeyi sağlayan multiprotein komplekslerinin sentezi ve özellikle çift sarmal kırıkları gibi, bazı DNA hasarlarının fark edilmesi ve düzeltilmesi ile ilgilidirler. BRCA geninin fonksiyonel eksikliğinde, DNA onarımı bozulur ve p53 bağımlı DNA yıkım noktası aktive olarak hücre döngüsü sırasında apoptozun durmasına neden olur. BRCA genlerindeki işlevsel eksiklikler, BRCA1 ve BRCA2 genlerindeki germline mutasyonlarla ilişkilidir. DNA onarım genlerindeki mutasyonlar, DNA sentezinde bozulmalarla sonuçlanmaktadır. Bunların % 80-%90'nı çerçeve kayması ya da anlamsız mutasyonlardır, çoğunlukla nokta mutasyonları ya da küçük delesyonlar/insersiyonlar sonucunda ortaya çıkarlar. BRCA mutasyonları, meme ve yumurtalık kanseri risk artışı ile ilişkilidir. Bunun dışında erkekte prostat ve meme kanseri ile ilişkili olduğu da saptanmıştır. Meme kanserlerinin % 5-%10'u, BRCA1, BRCA2 ya da her ikisindeki mutasyonlar nedeni ile yatkınlığı olan kadınlarda ortaya çıkan kalıtsal formdur. Bu mutasyonlar kadınlarda sadece meme kanseri değil aynı zamanda yumurtalık kanser riskini de artırmaktadır. Meme kanseri olan olgularda, BRCA1 ya da BRCA2 mutasyonu varlığı yumurtalık kanseri riskini 10 kat artırmaktadır. Erkeklerde ise, prostat ve meme kanseri riskini büyük ölçüde artırdığı bilinmektedir. Bu tez projesi ile ülkemizde ve yakın coğrafyadaki meme ve yumurtalık kanserli vakalarda sık saptanan toplam 4 BRCA mutasyonu multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile tek adımda çalışılabilir hale getirilmiştir. Böylece bu 4 mutasyonun varlığı hızlı biçimde saptanabilen bir tarama testi prototipi elde edilmiştir.
İnsan kanser hücre hatlarında peroksizom proliferatör ile etkinleşen reseptör gamma genindeki pro12ala polimorfizminin araştırılması
Tek Nükleotit polimorfizmleri (SNP), DNA dizisinde tek bir nükleotitte meydana gelen değişikliklerdir. SNP'ler gemomda en sık görülen genetik varyasyonlar olup gen ifadesini ve fonksiyonunu etkileyebildikleri bilinmektedir. Peroksizom Proliferatör ile Etkileşen Reseptör Gamma (PPARγ) geninin 12. kodonunun 34. nükleotidinde meydana gelen C->G dönüşümü ile oluşan prolin amino asitinin alanin amino asitine değişimi sonucunda Pro12Ala polimorfizmi oluşmaktadır. Son zamanlarda yapılan birçok çalışma Pro12Ala polimorfizminin obezite, diyabet, bazı kanser türleri gibi birçok hastalık ile ilişkili olabileceğini göstermiştir. Hücresel düzeyde ise kanser ile Pro12Ala polimorfizmi ilişkisini inceleyen bir çalışmaya rastlanmamıştır. Bu çalışmada kanser hücre hatları ile normal hücre hatlarında Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi (RFLP) yöntemi ile Pro12Ala polimorfizmi incelenmiş ve Pro12Ala polimorfizminin PPARγ mRNA ekspresyonu üzerindeki etkisi Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (GZ-PZR) yöntemi ile araştırılmıştır. Araştırma sonucunda, taranan 13 hücre hattı içerisinde sadece AGS ve Caki-1 hücre hatlarında Pro12Ala polimorfizmi tespit edildi. Bu hücre hatlarının PPARγ mRNA ifadesinin, Pro12Ala polimorfizmi bulunmayan MCF10A, SK-BR-3, MDA-MB-453, MDA-MB-458 hücre hatlarına kıyasla daha düşük olduğu bulundu.
İnsan amniyotik membran tıbbi ürünlerinin farklı yöntemlerle işlenmelerinin membran içeriğindeki protein seviyeleri üzerine etkisinin incelenmesi
Amaç: Bu araştırmada insan amniyotik membranının birbirinden farklı saklama yollarının, membran içeriğinde bulunan ve membranın yara iyileşmesi, antienflamatuvar, antimikrobiyal ve antifibrotik özelliklerini yerine getirmesinde önemli rol oynayan proteinlerin seviyesi üzerine etkisinin incelenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Viral seroloji testleri negatif olarak belirlenen gönüllülerden alınan plasentadan amniyotik membran izolasyonu gerçekleştirildi. Bu amniyotik membranlardan parçalar ayrılarak dört farklı grup oluşturuldu. Bunlar; taze olarak +4 ⁰C'de saklama, dondurularak -196 ⁰C'de saklama, liyofilize edilerek saklama ve liyofilizasyon sonrası gama ışını uygulanarak saklamadır. Deney gruplarındaki membranlardan izole edilen total proteinler kullanılarak ilgili proteinlerin analizi için ELISA testi gerçekleştirildi. Veri analizlerinin karşılaştırılması için One Way ANOVA testi kullanıldı. Bulgular: Bu çalışmada total protein miktarının en yüksek taze amniyotik membranda, en düşük ise dondurma işlemiyle saklanan örneklerde tespit edildi (p<0,05). EGF, bFGF, TGF-β1, Kolajen 1 ELISA testi sonuçlarında protein seviyeleri çoktan aza sırayla taze amniyotik membran, dondurarak saklama, liyofilize ve liyofilizasyon sonrası gama ışını uygulanan örneklerde tespit edildi (p<0,05). Kolajen 3 seviyesi ise diğer gruplarla kıyaslandığında en yüksek taze amniyotik membranda saptandı (p<0,05). HGF, VEGFA protein seviyeleri en yüksek dondurarak saklanan grupta saptanırken, PDGF seviyesi ise en yüksek taze amniyotik membranda tespit edildi fakat gruplar arasındaki bu farklar istatistiksel olarak anlamlı bulunmadı (p>0,05). Sonuç: Çalışma sonuçlarına göre en yüksek protein seviyesi çoğunlukla taze amniyotik membranda tespit edildi. Ancak amniyotik membranın +4 ⁰C'de saklama ömrünün kısa olması sebebiyle dondurularak saklanmasının liyofilizasyona oranla proteinler üzerine negatif etkisinin daha az olduğu tespit edilmiştir.
Haploidentik nakilde HLA uyumsuzluk oranı artması ile relaps ve sağ kalım arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi
Amaç: Allojenik Hematopoietik Kök Hücre Nakli (AHKHN), konvansiyonel tedavilere dirençli veya yüksek riskli hematolojik habis hastalıklar ve bazı selim hematolojik hastalıklarda önemli bir küratif tedavi seçeneğidir. Bunun yanı sıra nakil komplikasyonlarının da çeşitli oranlarda artmış mortalite ve morbidite ile birlikte olduğu bilinmektedir. Allo-HKHN'nde alıcı ve donör arasındaki İnsan Lökosit Antijen (HLA-Human Leukocyte Antigen) uyumu; Alıcı Donör Doku Çatışma Hastalığı (Graft Versus Host Hastalığı-GVHH), relaps, hastalıksız sağ kalım ve genel sağ kalım (GSK) üzerinde kritik öneme sahiptir. Bununla birlikte HLA uyumlu kardeş donörü bulunmayan hastalar için HLA uyumsuz akraba (haplotip uyumlu) donörler günümüzde önemli ve sık kullanılan bir seçenek haline gelmiştir. Bu çalışmamızda HLA Haploidentik uyumlu nakil yapılan hastalarda HLA uyumsuzluk oranının artması ile relaps ve sağ kalım verileri arasındaki ilişkinin retrospektif olarak gösterilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada Grup Florence Nightingale Hastanesi Hematopoietik Kök Hücre Nakil (HKHN) Ünitesinde 2013-2021 yılları arasında hematolojik habis hastalıklar nedeni ile haploidentik kök hücre nakil yapılan, 18-70 yaş arası hastaların verileri kullanılmıştır. Toplam hasta sayısı 95 olup, hastalar en az 12 aylık takip süresini tamamlamış olgulardı. Hastalar HLA uyumsuzluk derecelerine göre 4/10, 5/10, 6/10, 7/10 ve 8/10 uyumlu (antijen/allel uyumsuzluğa sahip) olarak gruplandırıldı. Haploidentik nakilde HLA Uyumsuzluk oranlarının hastalık ilişkili (transplant öncesi hastalık durumu ve primer hastalık), hasta ilişkili (hasta yaşı, cinsiyeti, performans durumu ve komorbidite), donör ilişkili (HLA uyumu, yaş, cinsiyet) ve transplant ilişkili (kök hücre kaynağı, hazırlık rejimi, anti timosit globulin (ATG) ve Siklofosfamid kullanımı) faktörlerle; hastalıksız sağ kalım, GSK, engrafman yetmezliği (EY), relaps ve GVHH sıklığı ile arasındaki korelasyon incelendi. İstatistiksel analizler için SPSS (Statistical Package for the Social Science) istatistik programı kullanıldı. Sağ kalım verileri Kaplan Meier kullanılarak değerlendirildi. P değeri <0.05 anlamlı kabul edildi. Bulgular: Hastaların ortalama yaşı 40.4 olup, 29 (%30,5) kadın, 66 (%69,5) erkek idi. Otuz altı hasta (%37,9) akut miyeloid lösemi (AML), 30 hasta (%31,6) akut lenfoblastik lösemi (ALL), 2 hasta (%2,1) kronik lenfositik lösemi (KLL), 5 hasta (%5,3) miyelodisplastik sendrom (MDS), 17 hasta (%17,9) non-hodgkin lenfoma (NHL), 5 hasta (%5,3) hodgkin lenfoma (HL) idi. Nakil öncesi hastalık durumu 71 hastada (%74,7) tam remisyon (TR), dört hastada (%4,2) parsiyel remisyon (PR), 20 hastada (%21,1) refrakter (RF) hastalık olarak belirlendi. Seksen üç hastada (%87,4) miyeloablatif, 12 hastada (%12,6) indirgenmiş yoğunlukta (RIC Reduced Intencity Conditioning) hazırlık rejimi uygulandı. Kök hücre kaynağı; 55 hastada (%57,9) periferik kök hücre, 40 hastada (%42,1) kemik iliği idi. Nakil öncesi bakılan panel reaktif antikor (PRA) testi 30 hastada (%31,6) pozitif saptandı. HLA uyumsuzluk derecelerine göre; bir hastanın (%1,1) 4/10 uyumlu donörden, 63'ünün (%66,3) 5/10 uyumlu, 15'inin (%15,8) 6/10 uyumlu, 11'inin (%11,6) 7/10 uyumlu, 5'inin (%5,3) 8/10 uyumlu donörden nakil yapıldığı saptandı. GVHH profilaksisinde 92 hastada (%96,8) post transplant siklofosfamid, 3 hastada (%3,2) ATG ile birlikte siklosporin (CSA) ve mikofenolat mofetil (MMF) kullanıldı. Nötrofil ve trombosit engrafmanı (sırasıyla >500 mm3/L, ve >20000 mm3/L) her iki seride ortalama 18 gün olarak bulundu. Dört hastada (%4,2) primer, 2 hastada (%2,1) sekonder EY gelişti. Post transplant +30. günde 86 hasta (%90,5), +100. günde 85 hasta (%89,5) tam kimerik bulundu. Hastaların 35'inde (%36,8) akut GVHH, 32'sinde (%33,7) kronik GVHH, 73'ünde (%76,8) CMV (Sitomegalovirüs) aktivasyonu ve 13'ünde (%13,7) hemorajik sistit gelişti. Hastaların 20'sinde (%21,1) relaps izlendi. Haploidentik Kök Hücre Nakli'nin 100. gün toplam sağ kalım oranı %87,3, 1. yıl %64,2 ve 2. yıl %60 olarak bulundu. Sonuç: Haploidentik nakilde HLA Uyumsuzluk oranlarının hastalık ilişkili (transplant öncesi hastalık durumu ve primer hastalık), hasta ilişkili (hasta yaşı, cinsiyeti, performans durumu ve komorbidite), donör ilişkili (HLA uyumu, yaş, cinsiyet) ve transplant ilişkili (kök hücre kaynağı, hazırlık rejimi, ATG ve Siklofosfamid kullanımı) olarak değerlendirildiğinde hastalıksız sağ kalım, GSK, EY, relaps ve GVHH sıklığı üzerine anlamlı etkisinin bulunmadığı saptanmıştır. Anahtar Kelimeler: Allojenik Haploidentik HKHN, HLA, Relaps, GVHH
Spinal müsküler atrofi tedavisinde kullanılma potansiyeline sahip ve hücre membranından geçebilen modifiye rekombinant SMN1 proteininin üretilmesi ve saflaştırılması
Amaç: PEP1-SMN1 proteinini modifiye rekombinant şekilde üretip hücre membranından geçişini sağlamak. Fakat bu çalışma kapsamında preklinik ya da klinik çalışma bulunmamaktadır sadece proteinin üretimi ve hücre kültürü ortamında hücre membranından geçme potansiyeli araştırılmıştır. Materyal Metod: Çalışmada temel olarak PEP1 (sinyal peptidi) + SMN1 proteini + 6x histidin yapısında rekombinant protein üretimi yapıldı. Vektörün hazırlanması gen sentezi yollarından birisi ile yapıldı. Oluşturulan vektör DNA sekans analizi ile doğrulandıktan sonra E. coli BL21 suşuna aktarılırak ilgili proteinin bakteride ifade edilmesi sağlandı. Protein üretimi IPTG ile indüklendi ve sonrasında 6XHis işareti kullanılarak ticari bir metal afinite kromotografisi kiti ile saflaştırıldı. Saflaştırılan proteinin miktar tayini Bradford testi ile ve saflık derecesi SDS-PAGE analizi incelendi. Çalışmada İnsan nöron kökenli hücre hatları kullanıldı. (SHSY5Y). Besiyeri olarak nöron hücreleri için uygun olan DMEM ve Ham's F12 ortamı ve %10 ek fetal bovine serum kullanıldı. Farklı miktarlarda hücre kültürüne eklenen proteinin farklı zaman aralıklarında hücre içine girişi 6XHis spesifik antikor kullanılarak Western blotlama analizleri ile gösterildi. Bulgular: Yapılan analizler sonucunda, PEP1-SMN1 rekombinant proteininin hücre membranından geçme potansiyelinin başarılı bir şekilde doğrulandığı gözlemlendi. İndüksiyon sürecinde 0.5 mM IPTG ve 30°C'de 4 saatlik inkübasyonun en uygun şartlar olduğu belirlendi. Western blot analizleri, proteinin teorik ağırlığına yakın bir bant gösterdi. Hücre kültür deneylerinde, proteinin hücre yapışmasını ve membran geçişini destekleyen olumlu sonuçlar elde edildi. Sonuçlar: Bu çalışmada, PEP1-SMN1 rekombinant proteininin hücre membranından geçebilen potansiyel bir terapötik ajan olarak başarılı bir şekilde üretildiği ve saflaştırıldığı gösterilmiştir. Elde edilen sonuçlar, protein indüksiyonu ve saflığı için optimize edilen yöntemlerin etkili olduğunu göstermektedir. Bu bulgular, Spinal Musküler Atrofi tedavisi için gelecekteki preklinik araştırmaların temelini oluşturabilecek nitelikte önemli katkılar sunmaktadır. Anahtar kelimeler: SMN1, IPTG, BL21, SMA, DMEM, FBS, PEP1
N-asetilsisteinin deneysel sisplatin kardiyotoksisitesi üzerine etkilerinin araştırılması
Amaç: Bu tez, sıçanlarda sisplatinle oluşturulan deneysel kardiyotoksisite modelinde N-asetilsistein'in kardiyotoksisiteye karşı olası koruyucu etkilerini moleküler, biyokimyasal ve histopatolojik yönden incelemeyi amaçlamıştır. Materyal ve Metot: Araştırmada 46 adet Wistar albino cinsi erkek sıçan kullanıldı. Hayvanlar Kontrol (K, n=8), N-Asetilsistein (NAC, n=8), Sisplatin (CIS, n=10), Sisplatin+N-asetilsistein (CIS+NAC, n=10), N-asetilsistein+Sisplatin (NAC+CIS, n=10) olmak üzere 5 gruba ayrıldılar. Deney sonunda hayvanlardan hemodinamik analizler, vücut ağırlık ölçümleri ile serum örneklerinden ELISA yöntemi ile Troponin, Miyoglobin ve P53 miktarları ölçüldü. Sıçanların kalp dokularından MDA, GSH seviyeleri ve SOD, CAT aktiviteleri ile Troponin, Miyoglobin ve P53 gen ifadeleri analiz edildi. Ayrıca kalp doku örnekleri hematoksilen-eozin boyama ile histopatolojik olarak incelendi. Bulgular: Sisplatin grubunda hayvanların vücut ağırlığının deney sonunda azaldığı (P < 0.05), diğer gruplarda ise herhangi bir fark olmadığı (P > 0.05) tespit edildi. Sisplatin grubu diğer gruplardan daha düşük kan basıncı ve daha fazla EKG düzensizliği gösterdi. Kalp dokuda MDA seviyesi ve CAT aktivitesi Sisplatin uygulanan tüm gruplarda Kontrol ve N-asetilsistein gruplarına göre anlamlı artış gösterdi (P < 0.05). Gruplar arasında kalp doku GSH ve SOD seviyeleri, Troponin, Miyoglobin ve P53 gen ifadesinde bir fark gözlenmedi (P > 0.05). Serum P53 protein miktarı Sisplatin grubunda, diğer gruplara göre anlamlı olarak yüksek bulunurken (P < 0.05), Troponin ve Miyoglobin protein miktarlarında istatistiki olarak anlamlı bir fark gözlenmedi (P > 0.05). Histopatolojik olarak Sisplatin grubuplarına ait kalp dokusunda şiddetli hemoraji, intersiyel ödem ve nekrotik kardiyomiyositler gözlendi (P < 0.05). Sonuç: Sisplatin kullanımının kilo kaybına ve kardiyak ölçümlerde anormalliğe neden olması, kardiyovasküler sorunlara yol açabilir. Kalp dokusunda artan MDA ve CAT seviyeleri ile oksidatif stresin artacağını gösterebilir. N-asetilsistein'in yükselen değerlere düşüş sağlamasının oksidatif stres, lipid metabolizması ve glutatyon mekanizmasında katkısının olabileceğini düşündürmektedir. Anahtar Kelimeler: Sisplatin, N-asetilsistein, Kardiyotoksisite, Sıçan.
SH-SY5Y nöroblastoma hücresinde soğuk stresin transkriptomik etkilerinin araştırılması
Amaç: Bu çalışmanın amacı soğuk stresinin nöroblastoma hücreleri üzerine etkilerinin transkriptomik ve protein seviyeleri düzeyinde araştırmaktır. Materyal ve Metot: Çalışmada SH-SY5Y nöroblastoma hücre hattı kullanıldı. Soğuk stres modelinde kullanılan hücreler 37°C (Kontrol), 31°C ve 25°C sıcaklıklarında ve 3, 6, 12, 24 saat sürelerinde inkübe edildi. Her sürenin sonunda RNA sekans verileri ve gen ekpresyonu için RNA izolasyonu, western blot için protein ekspresyonu, apoptoz düzeyleri için Annexin-V FITC yöntemi, hücre döngüsü için PI analizi yapıldı. İstatistiksel veriler için tek yönlü ANOVA testi uygulanıp sonuçlar değerlendirildi. Bulgular: SH-SY5Y hücrelerinde düşük sıcaklığın etkileri değerlendirildi ve özellikle 25 °C'de hücre morfolojisinin belirgin şekilde bozulduğu görüldü. RNA-seq analizleri, soğuk stresinin özellikle 31 °C 3 saat ve 25 °C 24 saat koşullarında anlamlı gen baskılanmasına neden olduğu saptandı. qPCR ve Western blot seviyeleri ATF6, HSP90 ve LIN28A'nın bazı koşullarda arttığını, CARHSP1, TP53, UBA52 ve XBP1'in ise çoğunlukla azaldığı saptandı. 25 °C'de inkübasyon süresi uzadıkça apoptoz oranlarının arttığı ve hücre döngüsü fazlarında belirgin değişimler meydana geldiği belirlendi. Sonuç: Çalışmamız da düşük sıcaklık stresinin SH-SY5Y hücrelerinde morfoloji, gen/protein ifadesi, apoptoz ve hücre döngüsü üzerinde belirgin etkiler oluşturduğunu özellikle 25 °C'de hem hücresel bütünlük bozulmuş hem de genetik yanıtlar güçlü şekilde değişmiş olup soğuk stresinin SH-SY5Y hücrelerinde hem moleküler hem de fonksiyonel düzeyde yeniden programladığını ortaya koymaktadır. Anahtar Kelimeler: Kanser, Mikroçevre, Soğuk stresi, SH-SY5Y
Takrolimus'un genotoksik etkilerinin araştırılması
Takrolimus (FK-506), immünsüpressif tedavinin temel ilacı olmakla birlikte nefrotoksisite, nörotoksisite ve deri kanseri ile lenfoma gibi malign tümör oluşumunu içeren ciddi yan etkilere sahiptir. Bu çalışmada, Takrolimus'un olası genotoksik etkileri, insan lenfosit kromozomlarında, kromozom aberasyonları (KA), kardeş kromatid değişimleri (KKD), mikronükleus (MN) ve hücre büyüme kinetiği parametreleri kullanılarak araştırıldı. Lenfositler Takrolimus'un dört farklı konsantrasyonuna (5, 25, 50,100 ng/ml) ve iki farklı uygulama süresine (24 ve 48 saat) maruz bırakıldı. Takrolimus 24 ve 48 saatte tüm konsantrasyonlarda KA'larını indükledi. Benzer şekilde uygulama gruplarında toplam MN frekansında kontrole göre istatistiksel olarak anlamlı artış saptandı. Ayrıca, KKD 24 saatlik uygulamada en yüksek konsantrasyonda (100 ng/ml) ve 48 saatlik uygulamada 25 ve 100 ng/ml'lik konsantrasyonda indüklendi. Takrolimus, 24 ve 48 saatte 5 ng/ml hariç tüm konsantrasyonlarda mitotik indeksi (MI) azalttı. Replikasyon indeksi (RI) 48 saatte tüm konsantrasyonlarda, 24 saatte ise 50 ve 100 ng/ml'lık konsantrasyonlarda azaldı. Sonuç olarak, Takrolimus güçlü mutajeniteye sahip olup malignansiye yol açabilecek genetik hasarlara neden olabilmektedir.Anahtar Kelimeler: Takrolimus, kardeş kromatid değişimi, kromozom aberasyonları, mikronükleus, hücre büyüme kinetikleri, genotoksisite
Kükürt dioksit'in genotoksik etkilerinin araştırılması
Kayısı başta olmak üzere işlenmiş gıdaların pek çoğunda koruyucu madde olarak kullanılan kükürt dioksit (SO2), toksisitesi bilinen genel bir hava kirleticisidir. Malatya ve yöresinde kayısı tarımı ve işletmesi ile uğraşan insanlar SO2 gazına maruz kalmaktadır. SO2 maruziyetinin solunum yolları hastalıklarına, kansere hatta yüksek dozda ölüme neden olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada, SO2'nin olası genotoksik etkileri, insan lenfosit kromozomlarında, kromozom aberasyonları (KA), kardeş kromatid değişimleri (KKD) ve mikronükleus (MN) testleri kullanılarak araştırıldı. SO2 0.05, 0.50 ve 1.00 ppm olmak üzere üç farklı dozda uygulandı. SO2 uygulanan tüm konsatrasyonlarda KA oluşumunu tetikledi. Aynı şekilde uygulanan maksimum ve orta dozlarda KKD ve MN frekanslarında anlamlı bir artış gözlendi. SO2 tüm uygulama gruplarında hücre büyüme ve proliferasyon kinetiklerinden mitotoik indeksi (MI) ve replikasyon indeksini (RI) azalttı. Sonuç olarak SO2 in vitro şartlarda uygulanan dozlarda mutajenik etki göstererek malignansiye yol açabilecek hasarlara neden oldu.
Akciğer hücre hattında nitrofenin global gen ifadelenmesine etkilerinin RNA-Seq yöntemiyle incelenmesi
Amaç: Bu çalışmanın amacı, çevresel bir toksikan olan nitrofenin insan bronşiyal epitel hücre hattı BEAS-2B üzerindeki moleküler etkilerini transkriptomik düzeyde değerlendirmek ve elde edilen bulguları doğrulayıcı yöntemlerle desteklemektir. Materyal ve Metot: BEAS-2B hücreleri kültüre edildi ve hücre canlılığı analizi sonucunda belirlenen 800 µM nitrofen ile 24 saat muamele edildi. Ardından RNA izolasyonu yapıldı ve örnekler RNA-Seq analizi için dizilendi. Diferansiyel gen ekspresyon analizi yapıldı; anlamlı genler GO ve KEGG zenginleştirme analizleri ile değerlendirildi. Seçilen genlerin ekspresyon düzeyleri RT-qPCR ile, protein düzeyindeki değişimler ise Western blot ile doğrulandı. Bulgular: RNA-Seq analizi sonucunda 502 genin anlamlı düzeyde diferansiyel eksprese olduğu ve bu genlerin 320'sinin artan, 182'sinin azalan genler olduğu belirlendi. Zenginleştirme analizleri ile nitrofen maruziyetinin hücresel stres yanıtı, metabolik süreçler ve epitel fonksiyonları ile ilişkili yolakları etkilediği gösterildi. RT-qPCR sonuçları ile RNA-Seq bulguları arasındaki uyum büyük ölçüde doğrulandı, Western blot analizleri ile de seçilen hedeflerde benzer eğilimlerin gözlendiği belirlendi. Sonuç: Nitrofen maruziyetinin BEAS-2B hücrelerinde geniş kapsamlı gen ekspresyon değişimlerine yol açtığı ve stres yanıtı, metabolik düzenleme ile epitel bütünlüğüyle ilişkili yolakları etkilediği belirlendi. Bulgular, nitrofenin insan hava yolu epiteli üzerindeki çok yönlü etkilerine işaret etmektedir. Anahtar Kelimeler: BEAS-2B, Diferansiyel Gen Ekspresyonu, Nitrofen, RNA-Seq, Toksisite
Paladyum karben komplekslerinin antikanser etkilerinin hücre kültüründe araştırılması
Amaç: Bu çalışmanın amacı, N-heterosiklik karben (NHC) öncüllerini sentezleyerek palladyum kompleksleri hazırlamak ve bu bileşiklerin hücre kültürü modelinde biyolojik aktivitelerini incelemektir. Materyal Metod: Bu çalışmada paladyum karben kompleksleri sentezlendi, yapısal karakterizasyonları doğrulandıktan sonra hücre kültürü deneylerinde değerlendirildi. Hücreler uygun koşullarda çoğaltılarak belirlenen konsantrasyonlarda bileşikler ve kontrol grupları ile muamele edildi. Tedavi sonrası hedef gen ekspresyonları RT-qPCR, protein düzeyleri ise Western blot ile analiz edildi. Hücre ölüm yanıtı Annexin V/PI boyaması ile akım sitometrisi kullanılarak, hücre döngüsü dağılımı ise PI boyaması ile belirlendi. Ayrıca, bileşiklerin etkileri migrasyon ve invazyon analizleri ile değerlendirildi. Elde edilen veriler uygun istatistiksel yöntemlerle analiz edilerek karşılaştırmalı olarak raporlandı. Bulgular: A549 hücre hattında yapılan analizler, sentezlenen paladyum karben komplekslerinin hücresel düzeyde belirgin biyolojik etkiler oluşturduğunu göstermiştir. RT-qPCR sonuçlarında p53 gen ekspresyonunun arttığı ve proliferasyonla ilişkili genlerde değişimler olduğu belirlenmiştir. Western blot bulguları bu değişimleri desteklemiştir. Ayrıca, migrasyon ve invazyonun baskılandığı, apoptozun arttığı ve hücre döngüsü dağılımının etkilendiği gözlenmiştir. Sonuçlar: Bu çalışmada, sentezlenen paladyum karben komplekslerinin hücresel düzeyde antikanser aktivite sergileyerek proliferasyonu baskıladığını, apoptozu indüklediğini ve hücre hareketliliğini azalttığını ortaya koymaktadır. Anahtar kelimeler: NHC, Pd, A549, M-NHC, Pt
Per-Arnt-Sim Kinaz'ın kanser moleküler patogenezindeki rolünün meme kanseri hücre hatlarında aydınlatılması
Giriş: Meme kanseri, özellikle Üçlü Negatif Meme Kanseri (ÜNMK) alt tipinde görülen yüksek heterojenite, metastaz ve tedavi direnci nedeniyle önemli bir halk sağlığı sorunudur. Hücresel enerji sensörü olarak görev yapan Per-Arnt-Sim Kinaz'ın (PASK), proliferasyon, metabolik yeniden programlanma ve metastatik progresyon süreçlerinde rol oynadığı düşünülmektedir. Bu çalışmada PASK'ın meme kanseri patogenezindeki onkojenik etkileri ve terapötik hedef potansiyeli araştırılmıştır. Materyal ve Metot: Çalışmada MDA-MB-231, MDA-MB-436, BT474, MCF-7 ve normal meme epitel hücre hattı MCF10A kullanılmıştır. PASK ekspresyonu siRNA aracılı gen susturma ve seçici PASK inhibitörleri ile baskılanmıştır. Hücre canlılığı, proliferasyon, koloni oluşumu, apoptoz, mitokondriyal membran potansiyeli ve hücre döngüsü değişimleri MTS, koloni oluşum testi, Anneksin V/PI, Kaspaz-3/7, JC-1 akış sitometrisi ve Western blot yöntemleri ile değerlendirilmiştir. Ayrıca biyoinformatik analizlerle PASK ekspresyonunun prognostik önemi incelenmiştir. Bulgular: PASK siRNA uygulaması sonrası canlılık MDA-MB 231 hücrelerinde %42,67 ± 1,53, MCF7 hücrelerinde %49,00 ± 1,00'e gerilerken (p < 0,0001), koloni oluşturma kapasitesi %14,67 ± 2,52'ye düşmüş ve apoptotik hücre oranı %26,00 ± 1,00 seviyesine yükselmiştir. PASK inhibisyonu, mitokondriyal disfonksiyonu tetikleyerek MDA-MB 231 hücrelerinde düşük membran potansiyeline sahip popülasyonu %30,67 ± 0,58'e çıkarmıştır (p < 0,0001). Moleküler düzeyde Siklin D1 ekspresyonu %10,33 ± 3,51'e düşmüş, Bcl-2 seviyeleri %21,00 ± 1,00'e gerilemiştir. Doza bağımlı analizlerde 25 nmol PASK 10 siRNA dozu, SRC ve P-SRC ekspresyonlarını sırasıyla %30,67 ± 3,06 ve %25,67 ± 6,03'e çekerek en etkili inhibitör stratejisi olarak öne çıkmıştır. Bulgular, PASK'ın meme kanserinde proliferasyon, apoptoz direnci ve metastaz süreçlerinde rol oynayan merkezi bir onkojenik düzenleyici olabileceğine işaret etmektedir. Sonuç: Bulgular, PASK'ın meme kanserinde proliferasyon, apoptozdan kaçış ve metastatik progresyon süreçlerinde merkezi bir düzenleyici olabileceğini göstermektedir. PASK'ın özellikle agresif meme kanseri alt tiplerinde prognostik biyobelirteç ve hedefe yönelik tedaviler için güçlü bir terapötik hedef olabileceği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Apoptoz, EMG, Meme Kanseri, Onkojenik Sinyalizasyon, PASK, siRNA
Ratlarda kronik böbrek yetmezliği modelinde kaveolin gen ekspresyonu
Bu tezde siklosporin A ile deneysel böbrek yetmezliği oluşturulmuş sıçanların böbrek dokusunda Kaveolin gen ifadesini, böbrek MDA ve serum BUN ve kreatinin değerlerini araştırmak amacıyla 20 adet Wistar cinsi dişi sıçan kullanıldı. Sıçanlar, kontrol grubu ve deneysel kronik böbrek yetmezliği grubu olmak üzere iki gruba ayrıldılar. Deney grubundaki sıçanlara kilogram vücut ağırlığı başına 30 mg siklosporin A deri altı uygulama yolu ile 28 gün boyunca verildi. Kontrol grubu sıçanlara ise Siklosporin A'nın çözüldüğü taşıt madde olan cremofor EL çözeltisi 28 gün boyunca deri altı yolla uygulandı. Deney sonunda gruplardan alınan böbrek dokularından kaveolin gen analizi ve MDA analizi yapıldı. Serumdan ise BUN ve kreatinin analizleri yapıldı. Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında deney grubu kaveolin gen ifadesinde istatistiki anlamlı bir azalma bulunurken (P < 0,05), MDA seviyesinde ise anlamlı bir artış tespit edildi. (P < 0,05). Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında deney grubu serum BUN ve kreatinin seviyesi anlamlı olarak yükselmişti (P < 0,05). Anahtar kelimeler: Kronik böbrek yetmezliği, kaveolin, siklosporin A, gen ekspresyonu, RT-PZT, rat
Pseudoxanthoma elasticum tanısı konan kişilerin ve akrabalarının genetik analizi
Pseudoxanthoma elasticum (PXE), deride, retinada ve kardiovasküler sistemdeki elastik fihrillerin zaman içinde artan kalsifikasyonu ile karakterize, bağ dokusunun otosomal dominant özellikte kalıtımsal bir hastalıktır. PXE de ortalama hastalığın gözlem yaşı 13 olmasına rağmen pekçok vakada erişkin yaşa kadar klinik olarak bulgular ortaya çıkmayabilir. PXE'li hastaların erken koroner arter hastalıkları riskine sahiptirler, anjina ve ani ölümle karşılaşabilmektedirler. Bu nedenle risk altındaki ailelerde teşhisin erken (klinik bulgu göstermeden önce ) yapılabilmesi önem arz etmektedir. Çalışmamızın amacı PXE' li ailelerin tesbiti ile ailenin hangi bireylerin hastalık olasılığına sahip olduğunun erken tespiti bu aile içindeki hastalık riski taşıyan bireylerin klinik olgudan önce bulunarak koruyucu tedbirlerin bildirilmesi önem kazanmaktadır. Bu ayrımı yapabilmek için rutinde kullanılan iki sitogenetik teknik olan giemsa bantlama ve FISH kullanılmıştır. Çalışmamızda probandın bulunduğu 17 kişilik aile ağacı çizilerek çıkarılmıştır. Olguların klinik PXE bulgusu gösteren 2 kadın 2 erkek 4 hasta PXE hasta kontrol grubunu oluşturmuştur. Geri kalan 13 aile bireyi de PXE taşıma riskli hasta grubu olarak kabul edilip genotipik olarak hasta olup olmadıkları Giemsa bantlama ve FISH ile karşılaştırmalı olarak sitogenetik metotlarla çalışılmıştır. Giemsa boyamasıyla bu bölgede sayısal veya yapısal anomalilere, hasta olgularda bile rastlanmamıştır. FISH metodu ile PXE geni olduğu bilinen ABCC6 genini içeren bölgeye spesifik MYH11 16pl3.1 probu kullanılarak yapılan incelemede, 116 nolu hastanın, klinik bulgu göstermeyen 9 yaşındaki 117 nolu kızında FISH metodu ile delesyon saptanmıştır, İnformatif ailenin klinik bulgu gösteren bütün bireylerinde aynı bulgu söz konusudur. Diğer hastalık riskli bireyler sinyal kaybı ile belirlenen bu delesyonu göstermemişlerdir. Bulunan delesyonun çeşidi ve büyüklüğü kullanılan FISH metodu ile belirlenmesi mümkün olmadığından delesyon olduğu düşünülen olguların ileri moleküler genetik yani sekans analizi ile sense ve antisense DNA' sının baz sırasının belirlenmesi gerekmektedir. Bulgularımızdan anlaşıldığı üzere FISH metodu 17 kişilik aile içerisinde klinik bulgu göstermeksizin hastalık taşıma riski olan birey sayısını bire indirgediği için aile ön taramasında kullanılabilir, faydalı, ucuz ve çabuk bir metottur. Çünkü 17 kişinin kromozom 16 p bölgesinin tamamen sekans analizi daha fazla zaman harcamayı ve maddi külfeti gerektiren bir metottur. Bu tür ailelerde FISH ile ön taramanın faydalı kullanılabilir bir metot olduğu düşünülmektedir. 53
Bazı kanser hastalarında mikronükleus sıklığının araştırılması
6. ÖZET Bazı genetik hastalıklar artan hücresel kararsızlığa sahip olabilir. Çoğu insan tümörünün de genetik temeli olduğundan bu çalışmada, kromozomal aberasyonlar için metafaz analizinden daha pratik ve daha ekonomik olan mikronükleus analizi ile kanser hastalarının genetik kararsızlığını araştırmayı amaçladık. Tedavisi başlamamış kanser (akciğer, mide ve kolon kanseri) hastalarındaki genetik değişiklikler lenfositlerde sitokinez-blok mikronükleus testi ve yanak mukozası hücreleri mikronükleus testi olmak üzere iki farklı tarama yöntemi ile değerlendirilmiştir. Periferal kan lenfositleri ve yanak mukozası hücrelerindeki mikronükleus sayısının değerlendirilmesi insan somatik hücrelerindeki genetik kararsızlığı göstermektedir. Bu çalışmada, kemoterapi ve/veya radyoterapinin başlamasından önce kanser hastalarının hücrelerindeki mikronükleus sayısının sağlıklı kişiler ile karşılaştırıldığında önemli oranda arttığı gözlenmiştir. İlave olarak, sigara içen ve içmeyen gruplar ile erkek ve kadın grupları arasındaki farklılığın önemli olmadığı bulunmuştur. Bu sonuçlar insanda kanserin kromozomal bozukluklar ile karakterize olduğunu ve mikronükleus yönteminin kanserin rutin sitogenetik çalışmalarında kullanışlı olabileceğini öne sürmektedir. Anahtar Kelimeler: Mikronükleus testi, Yanak mukozası hücreleri, Lenfosit, Kanser 43
Malatya'da beta-talasemi mutasyonlarının moleküler temelinin araştırılması
GONCA GÜLBAY-MALATYA'DA BETA-TALASEMİ MUTASYONLARININMOLEKÜLER TEMELİNİN ARAŞTIRILMASIÖZETBeta talasemi, özellikle Akdeniz ülkelerinde ve Türkiye'de görülen, mikrositoz vehemolitik anemi tablosu ortaya koyan en yaygın kalıtsal bozuklardan bir tanesidir.Çalışmamızda beta talasemi tanısı ile refere edilen 41 olgunun beta globin geninde enyaygın gen mutasyonları (-87 (C>G), -30 (T>A), kodon 5 (-CT), hemoglobin C (HbC),hemoglobin S (HbS), kodon 6 (-A), kodon 8 (-AA), kodon 8/9 (+G), kodon 22 (7bp del),kodon 30 (G>C), IVS 1.1 (G>A), IVS 1.2 (T>A), IVS 1.5 (G>C), IVS 1.6 (T>C), IVS 1.110(G>A), IVS 1.116 (T>G), IVS 1-25 (25bp del), kodon 36/37 (-T), kodon 39 ( C>T), kodon44 (-C), IVS 2.1 (G>A), IVS 2.745 (C>G)) araştırılmıştır. Çalışılan olguların 32(%78.05)'sinde beta globin geni mutasyonları gözlenmiştir. Bunlar arasında 6 hastanınbeta globin geni mutasyonları bakımından homozigot olduğu belirlenirken; 26 hastanınise test edilen mutasyonlardan yalnızca birini taşıdığı bulunmuştur. Çalışmamızınsonuçlarına göre; IVS 1.110 (G>A) mutasyonu, Türkiye'nin diğer bölgelerinde olduğugibi en yaygın mutasyon olarak belirlenmiştir. Homozigot veya heterozigot hastalardaIVS 1.110 (G>A), IVS 1.1(G>A), IVS 2.1(G>A), kodon 8(-AA)ve kodon 8/9 (+G)mutasyonlarının allel frekansları sırası ile %28.13, %9.38 ve %4.64'dür. Kodon 44(-C)mutasyonu %3.13 olarak belirlenirken kodon 5 (-CT), kodon 22 (7bp del) ve kodon 44 (-C) mutasyonları nadir rastlanan mutasyonlar olarak tanımlanmıştır.Anahtar Kelimeler: Beta talasemi, mutasyon, globin geni, moleküler analiz, PZR
Paraoksonaz-1 (PON1) enziminin kolon kanseri hücrelerinde mapk sinyal yolağı üzerindeki etkisinin araştırılması
Kolon kanseri ile rektum kanserleri kolorektal kanser adı altında birlikte gruplandırılır. Dünyada ve Türkiye'de en yaygın beş kanser türü arasında yer alan kolorektal kanserler gastrointestinal sistemin en yaygın kötü huylu tümörüdür. Kanser oluşumunda ROS'ların etkisi günümüzde açık bir şekilde bilinmektedir. ROS'lar yalnızca karsinogenezin başlamasında değil; ilerlemesinde de rol alır. PON enzim ailesi antioksidan özellikleri sayesinde endojen serbest radikal temizleyici sistemin bir parçasıdır. Bu özellikleri ile birçok kanserin etiyolojisi ve önlenmesinde rol aldıkları ileri sürülmektedir. Diğer taraftan insan tümörlerinin yaklaşık üçte birinde MAPK sinyal yolağının aşırı aktivasyonu söz konusudur. Bu bilgiler ışığında, çalışmamızda kolon kanserinde PON1 enzimi ile MAPK sinyal yolağı arasındaki etkileşimin incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamızda HT-29 kolon kanseri hücre hattı ile CCD-18Co sağlıklı kolon hücre hattı kullanılmıştır. PON1 enzim aktiviteleri spektrofotometrik olarak tayin edilmiştir. PON1 düzeyleri ile MAPK sinyal yolağında görevli B-Raf, p-B-Raf, ERK ve p-ERK protein düzeyleri Western Blot yöntemi ile analiz edilmiştir. Çalışmamızda kolon kanseri hücrelerinde, sağlıklı hücrelere kıyasla PON1 düzeyi ile PON1 enzim aktivitesinin azaldığı görülmüştür (sırasıyla p=0.0173, p=0.0281). Ayrıca kolon kanseri hücrelerinde MAPK sinyal yolağında görevli p-B-Raf ve p-ERK protein düzeylerinin arttığı tespit edilmiştir (sırasıyla p=0.0037, p=0.0074). Sonuçlarımıza göre PON1 düzeyi ile PON1 enzim aktivitesi arasında pozitif yönlü korelasyon tespit edilmiştir (p=0.008). Ek olarak, PON1 düzeyi ile MAPK sinyal yolağının aktivasyonunda rol alan p-B-Raf ve p-ERK protein düzeyleri arasında negatif yönlü korelasyon tespit edilmiştir (sırasıyla p=0.016, p=0.036). Ayrıca PON1 enzim aktivitesi ile p-B-Raf ve p-ERK protein düzeyleri arasında da negatif yönlü korelasyon tespit edilmiştir (sırasıyla p=0.060, p=0.037). Kanser hücrelerinde MAPK yolağında tespit edilen aktivite artışına; PON1 düzeyi ile PON1 enzim aktivitesindeki azalmanın sebep olduğu düşünülmektedir.
Glutatyon S-Transferaz genindeki (GSTT1 ve GSTM1)delesyonların koroner arter hastalığı ve miyokart infartüsü ile ilişkisi
Koroner arter hastalığı (KAH) kalp hastalıklarının en yaygın olanıdır. KAH kalp dokularına kan sağlayan arterlerin daralması sonucunda meydana gelmektedir. Bu durum iç duvarlarda kolesterol ve diğer maddelerin birikmesi sonucu plak oluşumuna neden olur. Yüksek yağ diyetleri, obezite, diyabet ve sigara içme KAH risk faktörleri olduğu düşünülmektedir. Glutatyon S-Transferaz (GST) enziminin de KAH ile ilişkili olduğu bilinmektedir.GST enzimi; ksenobiyotik metabolizmasında, endojenik ve ekzojenik maddelerin detoksifikasyonunda rol oynayan önemli bir enzim grubudur. Beş alt sınıfa ayrılır. Alfa, mu, pi, theta ve zeta. Ayrıca her sınıf birçok gen ve izoenzim içerir. Glutatyon S-transferaz M1 (GSTM1) ve T1 (GSTT1) genleri sigara dumanında bulunan bazı kimyasalların detoksikifikasyonu veya aktivasyonu ile ilişkilidir. Bu genlerde mutasyonların olması enzimin aktivitesinin azalmasına ve KAH oluşmasına neden olur.Bu çalışmada koroner KAH ve AMİ ile GSTT1 ve GSTM1 polimorfizmleri arasındaki ilişki araştırıldı. Polimorfizmlerin bulunduğu bölgeler Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemi ile amplifiye edildi. Ancak polimorfizme rastlanmadı. Her ne kadar GST geninin KAH ile ilişkili olduğu bildirilse de bizim çalışmamızda ilişkili olmadığı bulundu.
PANDAS'lı hastalarda TNF-? gen polimorfizmi
PANDAS (Streptokok enfeksiyonuna bağlı olarak çocukluk çağında meydana gelen nöropsikiyatrik hastalık) nöropsikiyatride yeni tanımlanan bir hastalıktır. A grubu Beta hemolitik streptokok enfeksiyonu sonrasında gelişen otoimmünite mekanizmasıyla meydana gelmektedir. Streptokok enfeksiyonu, obsesif kompulsif bozukluğa veya tik bozukluğuna yol açmaktadır. İmmün sistemde streptokokların ürettiği M antijenlerine karşı duyarlı olan B lenfositler ilk aşamada bunları yok ederler. Duyarlı hale gelmiş T ve B lenfosit hücrelerinden bazıları kan-beyin bariyerini aşarak; moleküler mimikri ile, duyarlı konağın bazal gangliasındaki nöron hücre membranında bulunan epitoplara çapraz reaksiyon vererek bağlanır ve onların apoptoza sürüklenmesine neden olur. Hareketin koordinasyonu, dikkat ve faal bellek işlevleri gibi görevleri olan bazal gangliyon bölgesinde apoptozla meydana gelen hücre kayıpları telafi edilemez ve nöropsikiyatrik belirtiler kaçınılmazdırOtoimmün hastalıkların apoptoz mekanizmasında rol alan tümör nekroz faktör aynı zamanda önemli bir sitokin grubu olup, TNF-? geni tarafından üretilmektedir. Çalışmamızın amacı, TNF-? geninin promotor bölgesindeki -308 G/A ve -850 C/T polimorfizmlerinin PANDAS hastalığı ile ilişkisini belirlemektir. Çalışmamızda EDTA'lı tüplere alınan 3-4 cc kanların DNA izolasyonları yapıldı. Daha sonra PCR amplifikasyonu ve parça uzunluk kesim polimorfizmi (RFLP) metodu ile kesim reaksiyonu uygulandı ve PAGE (Poliakrilamid Jel Elektroforezi) ile görüntülenerek polimorfizmler saptandı. Çalışmamızın sonucunda elde ettiğimiz istatistiksel verilere göre, -308 G/A ve -850 C/T polimorfizmlerinin hastalıkla ilişkilerinin pozitif olarak anlamlı olduğu saptanmıştır.
Myrtus communis bitkisinden elde edilen esansiyel yağın ve bileşenlerinin MCF7, MCF10a ve BJ hücre hatları üzerindeki sitotoksik ve apoptotik etkisinin incelenmesi
Kadınlarda en sık görülen kanser tipi olan meme kanseri hastalığında, son 20 yılda teşhis ve tedavi amacıyla birçok araştırma yapılmıştır. Son yıllarda yapılan araştırmalarda bitkilerde yer alan bileşenlerin antimutajenik ve antioksidan aktivitelerine karşı ilgi giderek artmaktadır. Çalışmamızda kullanacağımız Mrytus communis L. bitkisi,birçok hastalık alanında tedavi amaçlı kullanılmakla birlikte antikanser odaklı tedavilerde de kullanılmaktadır. İnsan meme kanseri hücre hattı MCF7'de kullanılacak olan bu bitkinin özütü artan dozlara maruz kalacaktır ve sitotoksisite MTT testi kullanılarak test edilecektir. Bu sitotoksisitenin antitümör özelliğe sahip olup olmadığını anlamak için, özütün (yağın) aynı dozları insan tümörijenik olmayan MCF10A meme hücre hattına uygulanacaktır. Ayrıca,tedavi edici özelliğe sahip konsantrasyonun belirlemesiyle sadece olası hücre tipi seçiciliği üzerine etkisi olup olmadığını görmek için ise epitel olmayan hücrelerde yani insan BJ fibroblastı hücre hattında da test edilecektir. Buna paralel olarak, biyolojik etkinin temellerini değerlendirmek için gözlenen biyolojik aktivitenin bir veya birkaç maddeyle bağlantılı olup olmadığını tespit etmek adına bu analizlerde karakterize edici bileşikler (1,8-cineole, α-Pinene, linalool) saf formda kullanılacaktır. Esensiyal yağın ve kullanılan üç kimyasal bileşiğin apoptozu uyarıp uyarmadığını anlamak için MCF7 ve MCF10A hücre hatlarında Kaspaz 3, Kaspaz 9,Bcl-2 ve Bax genlerinin ekspresyon düzeyleri RT-qPCR yöntemi uygulanarak incelenecektir.
Kronik myelositer lösemili hastaların sitogenetik analizi ve RT-PCR tekniği ile bcr-abl gen diziliminin teşhisi
Kronik miyelositer lösemili hastaların %90'nında Philadelphia kromozomu bulunmaktadır. Philadelphia kromozomu 9 ve 22 numaralı kromozomlar arasındaki translokasyon ile meydana gelir. Bu translokasyon sonucunda bcr-abl füzyon geni meydana gelir (4). Bu çalışmanın amacı 25 KML hastasında bcr-abl hibrit geninin varlığının RT- PCR yöntemi ile gösterilmesi ve Ph kromozomun sitogenetik açıdan değerlendirilerek arasındaki korelasyonu belirlemektir. Olgularımızda bcr-abl geninin pozitif bulunma oranı %80 olarak saptanmıştır. Ph kromozomun pozitif bulunma oranı %80 olarak bulunmuştur. K562 hücre hattı pozitif kontrol olarak, distile su ise negatif kontrol olarak kullanılmıştır. Total RNA'ların pozitif kontrolü olarak ise B-actin primerleri kllanılmıştır. Toplam RNA'lar kan, kemik iliği ve hücre soylarından izole edilerek; mRNA'lardan cDNA'lar sentezlenmiş ve böylece hedef DNA'lar PCR yöntemi ile çoğaltılmıştır. 25 KML hastasının bcr-abl düzenlenmesinin tespiti için oligonükleotid primerler uygulanmıştır. PCR ürünü, agaroz jele yüklenerek mini jelde TBE tamponunda ayrılmış ve jel ethidium bromür ile boyanarak UV. ışığında görüntüleri elde edilmiştir. Sitogeneik analiz de ise kemik iliği materyalinden lenfosit kültürü yapılmış ve GTG boyama yapılarak mikroskobik incelemeleri yapılmıştır, bcr-abl hibrit geninin protein ürünlerinin hücre içi fonksiyonları ve hangi mekanizmaları kullanarak hücreleri transforme ettiğinin anlaşılabilmesi için daha ileri araştırmalara gerek duyulmaktadır. Elde edilen sonuçlara göre diğer yöntemlerden daha hızlı ve daha duyarlı olan PCR yönteminin malign hastalıkların tanısının konulması ve tedaviye verdiği cevabın izlenmesinde kullanılabileceği kanısındayız.
Koroner arter hastalığı riski ile paraoxonase (PON1) geninde LEU-MET (55) ve GLN-ARG (192) polimorfizmleri arasındaki ilişkinin araştırılması
Amaçlar: Paraoksonaz (PON1), lipit peroksitleri hidroliz eden yüksek dansiteli lipoproteine bağlı bir esterazdır. PON1, LDL'nin oksidatif modifikasyonuna karşı koruyucu bir faktör olarak dikkat çekmekte olup aterosklerotik süreçleri önlemede önemli bir rol oynamaktadır. Bununla ilgili olarak iki polimorfizm yaygın bir şekilde çalışılmıştır. 55. kodonda lösin (L aleli) yerine metiyonin (M aleli) geçmesi ve 192. kodonda glutamin (Q aleli) yerine arjinin (R aleli) geçmesidir. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışmada 120 hasta ve 102 kontrolde bu iki amino asit değişikliğini incelendi. Genotipler polimeraz zincir reakiyonu ve Alw I ile Nla III enzimleri kullanılarak restriksiyon haritalaması ile belirlendi. Sonuçlar: Hastaların 67 (% 55.8), 48 (% 40.0) ve 5 (% 4.2) tanesi sırasıyla Q/Q, Q/R ve R/R genotiplerine; kontrollerin ise 8 (% 6.8), 56 (% 46.6) and 56 (% 46.6) tanesi sırasıyla M/M, M/L ve L/L genotiplerine sahipti. Sigara, hipertansiyon, diabetes mellitus, aile öyküsü, şişmanlık, plazma LDL ve total kolesterol düzeyleri, koroner arter hastalığı (KAH) için önemli birer risk faktörüydü. Bu çalışmada, PON1 M/L 55 polimorfizmi ile KAH arasında bir ilişki olduğu ve Q/R192 polimorfizminin toplumumuzda KAH'a yatkınlık sağlamada bir risk faktörü olmadığını bulduk. Anahtar Kelimeler: Ateroskleroz, Paraoksonaz, Gen, polimorfizm
Koroner arter hastalığı ile paraoksonaz (PON) 2 ve 3 genlerindeki polimorfizmler arasındaki ilişkinin araştırılması
Amaç: Paraoksonaz (PON) gen ailesi, PON1, PON2 ve PON3 olarakadlandırılan üç üyeyi içerir ve bu genler insan kromozomunun 7q21-q22bölgesinde lokalize olmuşlardır. Bazı çalışmalar, bu genler üzerindekipolimorfizmlerin koroner arter hastalığı (KAH) ile ilişkili olabileceğini belirtirler.Biz, PON 2 S311C ve PON 3 G971A polimorfizmlerinin KAH üzerindekietkisini araştırmayı amaçladık.Metod: PON üzerinde meydana gelen bu iki amino asit değişimini, 159hasta ve 113 kontrol de inceledik. Genotipler, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)ve Dde I ve Hinf I enzimleri kullanılarak restriksiyon haritalaması yöntemi ilearaştırıldı.Sonuçlar: Hastalarda izlenen varyasyonlar, S311C mutasyonu için 0.145frekansında, G971A mutasyonu için 0.007 frekansında bulundu. PON 2 S311Cve PON 3 G971A polimorfizmleri ve KAH arasında anlamlı bir farklılıkgözlenmedi. Sigara kullanımı, hipertansiyon, diabetes mellitus, aile öyküsü,vücut-kütle indeksi, LDL'nin plazma seviyesi ve total koleserol koroner arterhasatlığı için önemli risk faktörleri olarak gözlendi.Tartışma: Bu çalışmada, PON 2 S311C ve PON 3 G971Apolimorfizmlerinin bizim toplumumuzda KAH'lığına duyarlılık için önemli birrisk faktörü olmadıklarını bulduk. Paraoksonaz 2 ve 3'ün bu varyasyonlarınınetkileri daha fazla incelenmelidir.
Down sendromunun hızlı prenatal tanısında kantitatif floresan polimeraz zincir reaksiyonu (QF-PCR) tekniğinin kullanılması
Prenatal tanı için en sık endikasyon, fetusda artmış trizomi 21 riskidir. Bu çalışmada, trizomi 21'in hızlı prenatal tanısında QF-PCR tekniğinin klinik uygulanabilirliğinin gösterilmesi amaçlandı. Ayrıca, bu teknikle trizomi tanısı koyabilmek için gerekli en az hücre sayısı ve bu değerin gebelik haftalarıyla ilişkisi değerlendirildi. 224 gebeye ait amniyon sıvısında hücre sayımı yapıldı ve gebelik haftalarına göre sınıflandırıldı. Amniyon sıvısında bulunan total ve canlı hücre sayısı ile canlı hücre oranının gebelik haftasıyla istatistiksel olarak anlamlı bir ilişkisi olduğu (p<0.001) gösterildi. 135 olgudan DNA izolasyonu yapıldı. DNA örnekleri D21S1411 belirleyici ile QF-PCR kullanılarak amplifiye edildi. Normal örneklerin pik oranı ortalama 1,1 ve trizomik diallelik örneklerin pik oranları 2,0 olarak hesaplandı. 14?22. gebelik haftaları arasında 0,1?1,9 ml amniyon sıvısından elde edilen amniyosit sayısının QF-PCR ile tanı koymak için yeterli olduğu gösterilmiştir. QF-PCR testinin trizomi 21'i teşhis etmede duyarlılığının %90, seçiciliğinin %93,6, pozitif ve negatif öngörü değerlerinin ise %100 olduğu hesaplanmıştır. D21S1411 belirleyicinin heterozigozite oranının ise 0,8320 olduğu gösterilmiştir. Bu verileri esas alarak, D21S1411 belirleyicinin Türk toplumunda trizomi 21 tanısı için güvenle kullanılabileceği sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Trizomi 21, QF-PCR, prenatal tanı, amniyosit.
Bor türevlerinin serviks kanseri hücrelerinin büyümesi üzerine etkilerinin araştırılması
Amaç ve kapsam: Farklı Bor türevlerinin serviks kanseri hücre hattında büyümesinin gözlenmesi ve apoptozis yolaklarının incelenmesi amaçlanmıştır.Materyal-metod: American tissue cell culture'dan ticari olarak alınan HTB-32 serviks karsinoma ve CCL-62 He-La kontaminantı, ölümsüz serviks hücre hatları uygun koşullarda optimize edilmiş ve Ege Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü, hayvan hücre kültürü laboratuarında tüm hücre kültürü çalışmaları yapılmıştır. Gerekli üreme koşulları ayarlanan bu hücre hatlarının MTT ve hücre kinetiği ölçümleri yapılmıştır.Borik asit (H3BO3), boraks pentahidrat (Na2B4O7.5H2O) ve disodyum pentaborat dekahidratın (Na2O.5B2O3.10H2O) farklı konsantrasyonları uygulanmıştır.Caspase-Glo 3/7 Assay, Caspase-Glo 8 Assay,Caspase-Glo 9 Assay, Annexin V FITC ve Caspase VAD FMK kitleri ile apoptoz analizi yapılmıştır.Veriler, annexin V ve caspase Vad FMK testleri için Ki kare testi, Caspase 3/7, caspase 8, Caspase 9 testleri için ise Student T ve ANOVA testleri kullanılmıştır. Odd Ratio oranları %95 güven aralığı içerisinde SPSS 16.0 programı ile istatistiksel olarak değerlendirilmiştir.Tartışma-Sonuç: HTB-32 hücre hattına madde uygulamasını takiben, kontrole göre , % canlılık oranını baskılamada DPD'nin, tüm dozları etkili olmaktadır. Ayrıca, DPD'nin güne bağlı artan her dozunda, apoptozisin iç yolak ve dış yolaklarını kapsayan kaspaz 3/7 , anneksin 5 , fas ligand, kaspaz 8, kaspaz 9 ölçümlerinde, borik asit ve pentaborat dekahidrata göre daha anlamlı sonuçlar alınmıştır, bu sebeple daha iyi bir apoptotik ajan olduğu öngörülmektedir.
Sarkoidoz tanılı hastalarda CRR2 geninin yeni nesildizi analizi ile taranması
Sarkoidoz, granülom oluşumuyla sonuçlanan hastalık bölgelerinde mononükleer hücrelerin birikmesi ile karakterize edilen, nedeni bilinmeyen bir multisistem hastalığıdır. Hastalığın, genetik olarak yatkın konakçılarda bilinmeyen çevresel antijenler tarafından tetiklendiği düşünülmektedir. Biz bu çalışmada sarkoidoz tanılı hastalarda CCR2 geninin yeni nesil dizi analizi(YND) ile taranmasını amaçladık. Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Göğüs Hastalıkları Kliniği'nde sarkoidoz tanısı ile takip edilen 31 hasta ile sarkoidoz dışı bir nedenle başvurmuş 19 kontrol dahil edilmiştir. Mevcut çalışmamıza 35'si (%70) erkek, 15'i (%30) bayan olmak üzere toplam 50 birey dahil edilmiştir. Hasta grubunda 24(%77,4) kadın ve 7(%22,6) erkek varken, kontrol grubunda 11(%57,9) kadın ve 8(%53,3) erkek vardı (χ2=2,138; p=0,144). Çalışmamızda; CCR2 (NM_001123396.4) geninde hasta ve kontrol grubunda tespit edilen varyasyonlar sırasıyla NM_001123396.4:c.1044G>A(p.Thr348=)(rs3092960) (Hasta:3, Kontrol:3), NM_001123396.4(CCR2):c.156G>T(p.Val52=)(rs3918367) (Hasta:2, Kontrol:0), NM_001123396.4(CCR2):c.190G>A(p.Val64Ile)(rs1799864) (Hasta: 8, Kontrol:6), NM_001123396.4:c.780T>C(p.Asn260=)(rs1799865) (Hasta: 24, Kontrol:8) olarak bulundu. Sonuç olarak NM_001123396.4(CCR2):c.156G>T(p.Val52=)(rs3918367) ve NM_001123396.4:c.780T>C(p.Asn260=)(rs1799865) varyasyonları hasta grubunda kontrol grubundan anlamlı derecede yüksekti (p<0,05). Tespit edilen bu CCR2 varyasyonların sarkoidozun etyopatogenezisindeki rolünün daha iyi anlaşılabilmesi için CCR2 geninin YND ile tarandığı gemiş serileri içeren ilave çalışmalara ihtiyaç vardır.
İskemik kalp hastalarında serum lipoprotein düzeylerinin ve serum proteinleri genetik polimorfizminin poliakrilamid jel disk elektroforezi yöntemiyle araştırılması
7. ÖZET Poliakrilamid jel disk elektroforezi yöntemi kullanılarak, 50 iskemik kalp hastası ve 50 sağlıklı bireyde serum HpoproteMerinin düzeyleri ve bazı serum proteinleri (transferrin, haptoglobin, ceruloplazmin ve grup spesifik komponent)'nin genetik polimorfîzmi araştınlrnıştur. Ayrıca serumda; total kolesterol, trigliserit, yüksek dansiteli lipoprotein kolesterolü, düşük dansiteli lipoprotein kolesterolü ve çok düşük dansiteli lipoprotein kolesterolü miktarları saptanmıştır. Sonuçta; beta lipoprotein ve pre-beta lipoprotein yüzdeleri ile düşük dansiteli lipoprotein kolesterolü, çok düşük dansiteli lipoprotein kolesterolü, total kolesterol ve trigliserit miktarları iskemik kalp hastalarında normal bireylere nazaran yüksek bulunmuştur. Alfa lipoprotein yüzdesi ve yüksek dansiteli lipoprotein kolesterolü miktarı hasta bireylerde sağlıklı kişilerden daha düşük, şilomikron yüzdesi ise farksız bulunmuştur. Ayrıca araştndığımız serum proteMerinin genetik polimorfîzmi ile iskemik kalp hastalığı arasında bir ilişki olmadığı sonucuna varılmıştır. 65
Multiple abortuslu kadınlarda tromborisk paneli ile CVD panelinin karşılaştırılması
Trombofili, tekrarlayan gebelik kaybı etiyolojisinde önemli bir yer tutmaktadır. Bu güne kadar yapılan çalışmalar, Factor V Leiden, Protrombin ve Metilen Tetra Hidrafolat Redüktaz ın tekrarlayan gebelik kayıplarında oynadığı rolü ortaya koymuştur.Bu çalışmamız, tekrarlayan gebelik kaybı etiyolojisinde, bu üç mutasyonun dışında trombofiliye sebep olan farklı mutasyon veya polimorfizmlerin de etkisi olabilir mi sorusundan hareketle planlandı. Bu çalışma ayrıca tekrarlayan gebelik kaybı olan kadınlarda farklı trombofili etkenlerinin görülme sıklığını ortaya koyması açısından da önemliydi.Çalışmamzda hasta grubu olarak 3 veya daha fazla gebelik kaybı olan, sitogenetik incelemelerinde herhangi bir sitogenetik değişikliğe rastlanmamış hastalar seçildi. Kontrol grubu olarak ise en az 3 tane sağlıklı doğumu olan ve hiç düşük hikayesi olmamış kadınlar seçildi.Hasta ve kontrol grubuna Vienne Lab'a ait CVD paneli, DNA izolasyonu sonrası Multiplex PCR ve daha sonra PCR ürününe Western blot tekniğine dayalı hibridizasyon yöntemi uygulandı. Böylelikle Faktör V G1691A (Leiden), Faktör V H1299R, Protrombin G20210A, Faktör XIII V34L, ß-Fibrinojen -455G>A, Metilen Tetra Hidrofolat Redüktaz C677T, Metilen Tetra Hidrafolat Redüktaz A1298C, Apo B R3500Q mutasyonları ile PAI-1 (4G/5G), HPA-1 (a/b), ACE (I/D), Apo E (E2, E3, E4) genotipi açısından normal ve mutant alleller inceledi.Eylül 2006-Haziran 2007 tarihleri arasında Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma Hastanesi Kadın Doğum Polikliniğine baş vuran tekrarlayan gebelik kaybı hikayesi olan 52 hastada ve kontrol grubuna ait 52 kadında yapılan bu testte şu sonuçlar elde edildi.İstatistiksel değerlendirme SPSS 12.0 paket programı ile yapıldı. İki örneklemedeki yaş değişkeni T-Testi ile değerlendirildi. Elde edilen değerler aritmetik ortalama (X) ve standart sapma (SD) olarak ifade edilmiştir. Her iki grup arasında ilişki bulunup bulunmadığı Ki-kare bağımsızlık testiyle ortaya koyuldu. Beklenen frekansların 5'den küçük olduğu durumlarda Fisher Kesin Ki-Kare testi uygulandı. p<0,05 değerleri istatistiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir. Bu sonuçlara göre Faktör V G1691A (Leiden), Metilen Tetra Hidrofolat Redüktaz C677T, Metilen Tetra Hidrafolat Redüktaz A1298C, ACE (I/D) tekrarlayan düşüklerle ilişkili bulunmuştur.Bu sonuçlar ışıgında, tekrarlayan gebelik kayıplarının sebeplerinin anlaşılmasında ve tedaviye yönelik girişimlerin daha da başarılı olabilmesi açısından tromborisk paneli dediğimz Faktör V Leiden, protrombin ve MTHFR nin yanı sıra diğer faktörlerinde incelenmesinin de anlamlı olacağı sonucuna varılmıştır. Ayrıca bu çalışmanın ileride daha büyük hasta gruplarında uygulanmasının diğer parametreler için de bağlantının anlaşılması açısından manidar olacağı açıktır.
Batı Karadeniz Bölgesindeki akraba evliliklerinde kronik ve genetik hastalıklar sıklığının araştırılması
Bu çalışma; akraba evliliği sıklığının araştırılması ve akraba evliliğine bağlı doğurganlık, çocuk ölümleri, genetik ve kronik hastalıkların belirlenmesi amacı ile yapıldı. Çalışmaya Eskipazar ilçesinde ikamet eden 36.9 yaş ortalaması olan 320 gönüllü bayan denek katıldı. Veri toplamak için araştırmacı tarafından geliştirilen açık uçlu 17 sorudan oluşan anket kullanıldı. Akraba evliliği sonucu gerçekleşmiş olan 224 canlı doğum dosyaları ve ailelerinin verdiği bilgiler doğrultusunda sorgulandı. Anket formlarından elde edilen veriler istatistiksel analiz için Windows ortamında SPSS programı kullanılarak Ki-kare ve t testleri ile değerlendirildi. Değerlendirmelerde p< 0.05 düzeyi anlamlı olarak kabul edildi. Analiz sonuçlarımıza göre çalışmamıza katılan 320 kadının 102' sinin akraba evliliği yaptığı (%31.8) ve toplam 224 çocuklarının olduğu belirlendi. Akraba evliliği yapan deneklerimizin % 52.9' u birinci derece, %27.5' i ikinci derece, %19.6' sı da üçünce derece ve daha uzak akraba idiler. Halen yaşayan ve akraba evliliği sonucu dünyaya gelen 224 çocuğun 24 (%10.7) tanesinin genetik hastalık taşıdığı belirlendi. Çalışmamıza katılan 461 çocuk sahibi akraba evliliği yapmamış 218 bayanın çocuklarının %3.7 (17 kişi)' sinde genetik hastalık olduğu belirlendi. Akraba yapanlarla yapmayan gruplar arasındaki ölü doğum oranları %1.5 ve %6.6 akraba evliği yapanların lehine bulundu. Sonuçlarımıza göre öğrenim düzeyi arttıkça akraba evliliği derecelerinde azalma gözlendi. Birinci derecede akraba evliliği yapan orta öğretim mezunu %79 iken, ikinci derece akraba evliliği yapanlarda %70, üçüncü derece ve daha üzerinde %66' ya düştüğü belirlendi. Sonuç olarak; akraba evliliklerinin eğitim düzeyinin artışına bağlı azaldığının gözlenmesine rağmen ülkemizde önemli bir sağlık sorunu olarak gündemde kaldığını söyleyebiliriz. Akraba evliliklerinin neden olduğu sağlık sorunlarının giderilmesinde genetik danışma hizmetlerinin birinci basamak temel sağlık hizmetleri içinde yer alması gerektiğini ve akraba evliliği yapmış bireylere genetik danışma hizmetlerinin ücretsiz verilerek genetik merkezlerin sayılarının acil olarak artırılması gerektiğini düşünmekteyiz.
Meme kanserli hastalarda CASP8 ve CASP9 gen polimorfizmlerinin araştırılması
ÖZETMEME KANSERLİ HASTALARDA CASP8 VE CASP9 GEN POLİMORFİZMLERİNİN ARAŞTIRILMASIAsuman ÇELEBİYüksek Lisans Tezi, Tıbbi Biyoloji ve Genetik Anabilim DalıTez Danışmanı Yrd. Doç. Dr. Recep ERÖZAralık 2011, 71 sayfaMeme kanseri tüm kanser türleri arasında kadınlarda en sık görülen kanser tipidir. Meme kanserine neden olan risk faktörlerinin %5-10'luk kısmını kansere yatkınlık genlerinde meydana gelen kalıtsal mutasyonlar ve değişiklikler oluşturur. Kansere yatkınlık genlerindeki bu değişimlerin bir kısmı apoptozis mekanizmasının işlemesi esnasında gerçekleşir. Apoptozis (programlanmış hücre ölümü) doku homeostazından sorumlu olan, hücre intiharı olarak da bilinen fizyolojik bir süreçtir. Apoptozis mekanizmasının tetiklenmesi aşamasında veya herhangi bir basamağında meydana gelen değişiklikler tümör gelişimine katkıda bulunur. Kaspazlar olarak bilinen sistein proteazların büyük bir ailesi, yüksek organizmalarda apoptozisin yürütülmesinden sorumludur. CASP8 geni D302H polimorfizminin, meme kanseri oluşumu üzerine etkili olduğu yapılan çalışmalarda tespit edilmiştir. Ancak bildiğimiz kadarıyla CASP9 geni Q221R G>A, 83 C/T ve 5969 C/T polimorfizmleri ile meme kanseri arasındaki ilişkiye ait araştırmaya rastlanmamıştır. Bu çalışma, apoptotik hücre ölümü esnasında rol oynayan kaspaz genlerinden olan CASP8 (D302H) ve CASP9 (Q221R G>A, 83 C/T ve 5969 C/T) genlerinde bahsedilen polimorfizmler ile meme kanseri riski arasındaki ilişkiyi araştırmak üzere planlanmıştır. Bu amaçla, çalışmamızda meme kanseri tanısı konularak ameliyat edilmiş olan 55 hasta ve meme kanseri dışı bir etkenden dolayı opere edilen 32 sağlıklı bireyin parafine gömülü doku örnekleri kullanıldı. Bu bireylerin parafine gömülü doku örneklerinden DNA izolasyon işlemi yapıldıktan sonra ilgili polimorfizmlerin araştırılması için PCR-RFLP yöntemi uygulandı. CASP8 geni D302H polimorfizmi C allelinin meme kanseri riskini azaltıcı etkiye sahip olduğu bulundu (p: 0.067). CASP9 geni 83 C/T polimorfizmi T alleli (p: 0.000) ve 5969 C/T polimorfizmi C allelinin (p: 0.000) meme kanserine karşı koruyucu bir etkiye sahip olduğu bulundu. Ancak CASP9 geni Q221R polimorfizmi ile meme kanseri riski arasında bir ilişki bulunamadı.Anahtar sözcükler: Meme kanseri, CASP8, CASP9, Polimorfizm
Koroner arter hastalığında omentin adipokininin protein ve genom düzeylerinde incelenmesi
En ölümcül hastalıklardan biri olan Koroner Arter Hastalığının (KAH), en büyük sebebi arterosklerozdur. Ateroskleroz damar duvarında lipid parçacıkların birikimi ile oluşan ve damarların lümenini (boşluğunu) tıkayarak normal kan akımını engelleyen patolojik bir süreçtir. Ateresklerozun koroner arterlerde meydana gelmesi ile oluşan hastalığa Koroner Arter Hastalığı denilmektedir.Omentin, protein olarak eksprese edilen ve yeni keşfedilen, insülin duyarlılığını arttıran ve ağırlıklı olarak viseral yağ dokusundan salgılanan bir adipokindir. İnsanlarda akciğer, ince barsak ve kalpte bulunan ve adipoz dokudan eksprese edilen omentin adipokinin geni, 8 ekzon ve 7 intron bölgesinden meydana gelir ve 1. kromozomda yer alır. Bugüne kadar yapılmış çalışmalarda, omentin geniyle alakalı literatürde sadece bir tane SNP (single nükleotide polimorphsim, tek nükleotidlik farklılık) rapor edilmiştir.Omentin adipokininin KAH'larda marker olabileceği tahmin edilmektedir. Yapılan bu çalışmada omentin adipokininin KAH'lar da ki etkisi hem protein hem de genetik seviyede incelenip, bu datalar arasında korelasyonun olup olmadığı araştırıldı. Periferik kandaki omentin seviyesi ELISA yöntemiyle tayin edildi. Polimorfiz ise tam kandan elde edilecek DNA kullanılarak tayin edildi.
Kolon kanseri hastalarında fas ve trail gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Gelişmiş ülkelerde yaşam sürecinde kolorektal kanser (KRK) gelişimi oranı %5 olup ölüme neden olan kanser türlerinin arasında 2. sırasında yer alır. KRK de aile öyküsü varlığı %25-35 oranında olup, iyi bilinen bir risk faktörüdür. Apoptozis, programlanmış hücre ölümü olarak adlandırılır. Organizmadaki istenmeyen hücreler apoptozis işlemiyle yok edilerek bu denge muhafaza edilir. Bu çalışmada apoptozisle ilişkili Fas ve Trail genlerindeki polimorfizmlerin kolon kanseri ile ilişkisi incelenmiştir. Fas geni promotor bölge -1377G\A polimorfizmi ile Trail geni ekzon 5 bölge +1595 polimorfizmi bu çalışma kapsamında araştırılmıştır. Bu aşamada ilk olarak kolon kanserli bireylerden parafin doku örnekleri ve sağlıklı bireylerden kan örnekleri alındı. Ve DNA izolasyonu kit kullanılarak yapılmıştır. Hasta ve sağlıklı bireylerden izole edilen bu DNA'larda ilgili polimorfizmlerin incelenmesi için PCR, RFLP yöntemi kullanılmıştır. Elde edilen bulgular uygun istatistiksel yöntemler kullanılarak değerlendirilmiştir. Fas promotor bölge -1377 ve Trail ekzon bölge +1595 polimorfizmlerinin kolon kanserinde belirleyici bir nitelik olup olmadığı araştırılmıştır. Bu çalışmaya 56 kolon kanserli hasta ve 46 sağlıklı kontrol grubu dahil edilmiştir. Çalışmamız sonuçlarına göre fas promotor -1377 ve trail ekzon +1595 genotipleri ve allel dağılımlarında kolon kanserli hasta ve kontrol grupları arasında anlamlı bir fark bulunmuştur. Hastalarda Fas A>G genotipi (p=0.001) ve Trail C>T genotipi (p=0.015), bunların kontrol gruplarından ve diğer genotiplerden daha sık görülmüştür. Ayrıca Trail ve Fas genotipleri ile cinsiyet, tümör derecesi, tümör tipi, aile hikayesi, sigara ve alkol arasında bir ilişki saptanmamıştır. Bu bulguların, KRK de genetik risk faktörlerinin belirlenmesine klinik anlamda yardımcı olabileceği ve hastalığın moleküler mekanizmasının çözümlenmesine katkı sağlayacak çalışmalara yeni bir bakış açısı getirebileceği düşüncesindeyiz.
Kolon kanseri hastalarında survivin gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Kolon kanseri dünya çapında görülen en yaygın kanserlerden biridir. Kanserlerin patogenezi hücrelerin çoğalması, farklılaşması ve sağ kalımı gibi genel gereksinimlerin düzenlenmesinde anahtar görev üstlenen genlerin mutasyonlarından etkilenmekte ve hastalık bir seri somatik mutasyonun birbirini izlemesiyle gelişmektedir. Apoptozis ise, hem hücresel homeostazisin devamlılığı hem de hücre çoğalması ve farklılaşmasında çok önemli olan hücre eliminasyonu için gerekli fizyolojik bir işlemdir. Apoptozis, genetik işlergelerle düzenlenmekte ve malign hücrelerde bu işlergelerin denetimi bozulabilmektedir. Bu da kontrolsüz hücre büyümesine ve tümör gelişimine neden olmaktadır. Bu çalışmada apoptozisle ilişkili olan Survivin geninin promotör bölgesindeki -31 G/C, -241 C/T, -625 C/G ve -1547 A/G polimorfizmlerin kolon kanseri ile ilişkisi PCR-RFLP yöntemi kullanılarak incelendi. Yapılan çalışma sonucunda survivin -31C alleli ve CC genotipine sahip bireylerin kolon kanserine yakalanma riskinin yüksek olduğu bulundu. -241 CT genotipinin kolon kanseri riskini önemli derece arttırdığı bulundu (OR=12.0, p=0.0001). -625 C/G polimorfizmi ile kolon kanseri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark yoktu. Survivin -1547AG genotipi AA' ya göre 3.383 kat daha fazla hastalık riski taşıdığı bulundu (p=0.026). Ayrıca GG genotipine sahip olanlarda da hastalık riski anlamlı düzeyde yüksek bulundu (p<0.05). Anahtar sözcükler: Kanser, Kolon, Polimorfizm, RFLP, Survivin
Akne Hastalarında Omentin Seviyesinin İncelenmesi
Akne yaygın olarak ergenlik çağındakileri ve gençleri etkileyen kronik bir inflamasyon hastalıktır. Çok faktörlü bir hastalık olan aknenin sebepleri arasında diyet, harici etkenler, Propionibacterium acnes ve genetik etkenler gösterilmektedir. Son zamanlarda genetik etki üzerine çok sayıda araştırma yapılmaktadır.Yeni keşfedilen omentin, insülin duyarlılığını arttıran ve ağırlıklı olarak viseral yağ dokusundan salgılanan bir adipokindir. Omentin proteini, insanlarda akciğer, ince barsak, kalp ve adipoz dokuda ifade edilir. Omentin geni, 8 ekzon ve 7 intron bölgesinden meydana gelir ve 1. kromozomda yer alır. Bugüne kadar yapılmış çalışmalarda, omentin geniyle alakalı literatürde sadece bir tane SNP (single nükleotide polimorphsim, tek nükleotidlik farklılık) rapor edilmiştir.Akne tanısı için uygulanabilir bir biyomarker (biyokimyasal veya genetik) arayışı üzerine çalışmalar yapılmaktadır. Yapılan bu çalışmada akne hastalarında omentin seviyesi hem protein hem de genetik seviyede incelendi ve bu veriler arasında korelasyonun olup olmadığı araştırıldı. Elde edilen verilere göre, akne hastaları ve kontrol grubu arasında omentin serum seviyesinde anlamlı bir fark saptanmadı. Aynı şekilde akne hastaları ve kontrol grubu arasında Val109Asp polimorfizmi için istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanamadı (p>0.05).Fakat Val/Val genotipine (mutant homozigot) sahip akne hasta sayısı kontrol grubuna göre yaklaşık 3 kat daha fazla olduğu bulunmuştur. Bu sonuçlara göre Val/Val genotipi akne hastalığının olmasına yatkınlık oluşturabileceği düşünülebilir.Anahtar Kelimeler: Akne, Omentin, polimorfizm ,ELISA
EGFR mutant küçük hücreli dışı akciğer kanseri gelişiminde ve kemoterapi direncinde çok potansiyelliliğin rolü
Erlotinib, EGFR mutant küçük hücre dışı akciğer kanseri (KHDAK) hastalarında sağ kalımı uzatan bir tirozin kinaz inhibitörüdür (TKI). Hastalar 6-9 ay erlotinibe cevap vermekte ancak genellikle EGFR`de gelişen ikinci bir mutasyon ya da MET amplifikasyonu nedeniyle ilaca direnç gelişmektedir. SOX2, OCT4 ve NANOG gibi ceşitli pluripotensi transkripsiyon faktörlerinin ifadesinin görüldüğü diğer bir ilaç direnç mekanizması hücrenin farklılaşması ile gelişebilmektedir. Bu çalışmada, CC10-EGFR L858R/T790M transgenik farelerde, doksisiklin ile indüklenen mt-EGFR ifadesinin SOX2 ekspresyonu ile bağlantılı olduğunu gözledikten sonra, SOX2`nin akciğer tümörigenezinde ve ilaç direncinde etkili olup/olmadığını araştırdık. Öncelikle, EGFR mutant NSCLC hücre hatlarını erlotinib ile inkübe ettik. Erlotinib p-EGFR aktivitesini azaltırken, SOX2 ekspresyonu hücre hattı ve hücre kültürü koşullarına göre farklılık göstermiştir. EGFR TKI`ne duyarlı bir hücrede (HCC827) erlotinib, SOX2 ekspresyonunu azaltırken, duyarlı diğer hücrede (PC9) önce arttırıp, zamanla azaltmıştır. TKI dirençli NSCLC hücre hattı H1975`de erlotinib, SOX2 ekspresyonunu arttırmıştır. SOX2`nin fonksiyon çalışmaları için, hücreler SOX2 shRNA içeren lentivirusle enfekte edildi. SOX2`nin genetik inhibisyonu HCC827 hücrelerinde bazal proliferasyonu azaltırken, H1975 hücrelerinde etkilememiştir. Her iki hücre hattında da SOX2 eksikliği erlotinibe duyarlılığı etkilememiştir. Xenograft deneylerinde, shSOX2-HCC827 ve shSOX2-H1975 hücreleri, kontrollerle aynı büyüklükte ve sayıda tümör oluşturdu. PI3K/AKT yolağı EGFR TKI direnci ile ilişkili olabileceği için, hücreler PI3K/AKT inhibitorleriyle inkübe edildi ve SOX2 ekspresyonunun doza ve zamana bağlı olarak azaldığı gözlendi. Ayrica SOX2 ekspresyonunun tüm hücre hatlarında hücre yoğunluğundan etkilendiği belirlendi. Çalışmamızda EGFR mutant NSCLC`de SOX2 ekspresyonunun PI3K/AKT yolağının kontrolu altında olduğunu ve hücre yoğunluğundan etkilendiği belirlenmiştir. Ancak mt-EGFR nedeniyle oluşan akciğer tümörlerinde ya da EGFR TKI kemoterapi direncinde SOX2`nin etkili olmadığını gözledik.
Romatoid artritli hastalarda omentin seviyesinin değerlendirilmesi
Romatoid artrit (RA), nüfusun yaklaşık % 1 ini etkileyen inflamatuvar ve otoimmun olan bir hastalıktır. Eklem kıkırdağında geri dönüşü olmayan hasarlar ile karakterizedir. Yakın zaman önce tanımlanan omentinin çeşitli inflamatuvar hastalıklarda rol aldığı bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı; omentinin RA'in patogenezindeki muhtemel rolünü hem genetik hemde protein düzeyde değerlendirmekdir. Bu çalışma, Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon kliniğine başvurmuş 87 hastayı içermektedir. Serum omentin seviyesi ELISA, Val109Asp genotipleri ise PZR-RFLP yöntemleriyle analiz edildi. Serum omentin seviyesi ve Val109Asp polimorfizmi açısından hasta ve kontrol grubu arasında anlamlı bir fark bulunamadı. Bu çalışma, omentin adipokininin RA'in pathogenezindeki muhtemel rolünü inceleyen ilk araştırmadır. RA ile omentin arasında anlamlı bir ilişki bulunamamıştır. Çalışmada kullandığımız hastalarımız önceden tanısı konulmuş ve ilaç kullanan bireyler olması çalışmamızın başlıca kısıtlayıcı faktörü olarak düşünülebilir. Fakat omentinin RA'in patogenezindeki muhtemel rolünü açıklığa kavuşturmak için bu çalışma, ilaç kullanmamış hastalardan meydana gelen daha büyük popülasyonlarla tekrarlanmalıdır.
Yara yaşı tayininde apoptotik yolaktaki ilgili genlerin ifadelenmesi
Adli Tıpta yara yaşının saptanması ölüm nedeni ve yaralar arasındaki ilgiyi açıklamak için her zaman gereklidir. Birden fazla travmanın bulunduğu ölüm olgularında, ilk önce isabet eden travmanın belirlenmesi, ölüm öncesi ve sonrası travmatik değişikliklerin ayırt edilebilmesi çok önemlidir. Bu tez çalışmasında, değişik iyileşme evrelerinde ve farklı mekanizmalarla oluşturulan yara dokularında, apoptozun, apoptozda rol oynayan kaspaz 3, 8, 9, Bcl-2, Bcl-xL ve Bax mRNA ve protein düzeylerinin saptanması ve yara yaşı tayininde kullanılabilirliğinin ortaya konulması amaçlanmıştır. Çalışmamızda 36 adet Wistar albino dişi ratın sırtında üç ayrı bölgede, bistüri, punch ve koter ile yara oluşturulduktan sonraki 24. saat, 3, 5, 7, 17 ve 21. günlerde yara bölgesinden alınan örneklerde, apoptotik hücre sayıları TUNEL yöntemi ile; Bax, Bcl-2, Bcl-xL, Casp 3, Casp 8 ve Casp 9 genlerinin mRNA ifadelenme düzeyleri Real-time PCR yöntemi ile, protein düzeyleri ise immünhistokimyasal yöntemler ile saptanmıştır. Çalışmamızın sonuçları, apoptozun yüksek olarak izlendiği, bistüri ile yara oluşumunu takip eden 3. günde, Bax, kaspaz 3 ve kaspaz 9 mRNA ifadelenme düzeylerinin anlamlı derecede yüksek olarak bulunduğunu, Bcl-2 mRNA ifadelenme düzeylerinde ise anlamlı bir artış bulunmadığını, yine apoptozun yüksek olarak izlendiği, koter ile yara oluşumunu takip eden 7. günde, Bax ve kaspaz 9 mRNA ifadelenme düzeylerinin anlamlı derecede yüksek olarak bulunduğunu, Bcl-2 mRNA ifadelenme düzeylerinde ise düşüş saptandığını, koter ile yara oluşumunu takip eden 7. günde, yara bölgesinde saptanan toplam PMNL ve IMC?lerin, proapoptotik özellikteki kaspaz 9 ve Bax antikorları ile immün histokimyasal olarak boyanan yüzdeleri arasında da anlamlı fark saptandığını göstermiştir. Sonuçlarımız, hekimlerin otopsi sırasında yara bölgelerinden aldıkları örnekleri, apoptotik yolaktaki ilgili genlerin ifadelenme sonuçları açısından değerlendirdikleri takdirde, yara yaşı tayinlerini ve yaranın antemortem-postmortem ayrımlarını doğru olarak yapabileceklerini göstermektedir.
Düzce Üniversitesi Hastanesi' ne başvuran romatoid artritli hastalarda mvk ( mevalonat kinaz ) ve NLRP12 ( nod benzeri reseptör protein 12) genlerinin ekspresyon düzeylerinin incelenmesi
Bu çalışmanın amacı romatoid artrit (RA) hastalarında NLRP12 ve MVK genlerinin ekspresyon düzeylerini sağlıklı kontrollerle karşılaştırmak ve bunların RA' daki klinik önemini belirlemekti. Amerikan romatoloji cemiyetinin RA tanı kriterlerini karşılayan ve en az bir yıldır bu tanıyla takip edilen 38 RA' lı hasta (25 kadın, 13 erkek) ve 12 sağlıklı kontrol (9 kadın, 3 erkek) çalışmaya dahil edilerek karşılaştırıldı. Hastalık aktivitesini değerlendirmek için fiziksel fonksiyon kapasitesi sağlık değerlendirme anketinin (HAQ) Türkçe versiyonuyla değerlendirildi. TSH, Sedimentasyon, Lökosit, Trombosit, Karaciğer fonskiyon testleri, C-reaktif protein (CRP) ve Romatoid faktör (RF) düzeyleri rutin labortuvar metodlarıyla belirlendi. NLRP12 ve MVK genlerinin eskpresyon düzeyleri ise kantitatif RealTime PCR yönteminde RQ (rölatif ölçüm) değerleri göz önünde bulundurularak hesaplandı. Yaş ve cinsiyet açısından RA' lı hastalarla sağlıklı kontroller arasında anlamlı bir fark yoktu (sırasıyla p = 0,505 ve p = 0,728). Ortalama hastalık süresi 8,58 ± 8,56 (1-33) yıl ve ortalama HAQ skoru 0,81 ± 0,73 (0,1-2,4) olarak bulundu. Sağlıklı kontrollerle karşılaştırıldığında RA' lı hastalarda NLRP12 ve MVK ekspresyon düzeyleri için anlamlı derecede bir fark bulundu (sırasıyla p=0,000 ve p=0,001), ancak hastalık remisyon değerleri ve rutin laboratuvar değerleri açısından korelasyon yoktu. Hastalarda MVK ekspresyon seviyesi 4,39 kat ve NLRP12 ekspresyon seviyesi 5,72 kat kontrollerden fazla bulunmuştur. Hastalarda diğer hastalık parametreleri ile hem NLRP12 hemde MVK ekspresyon düzeyleri arasında anlamlı bir ilişki yoktu (p>0,05). NLRP12 ve MVK gen ekspresyon düzeyleri arasında hasta grubu için güçlü bir anlamlı ilişki varken (p=0,000), kontrol grubunda anlamlı bir ilişki bulunamadı (p=0,491). Sonuç olarak MVK ve NLRP12 genlerinin ifade düzeylerinin RA' lı hastalarda arttığı, bu iki genin ifade düzeyinin birbiri ile hastalığın patogenezinde ilişkili olduğu ve hastalığın erken tanısında bu genlerin bir belirteç olarak kullanılabileceği ortaya çıkarılmıştır. Bu konu ile ilgili yapılan ilk çalışma olmasından dolayı daha fazla bilgi elde edebilmek için çok sayıda katılımcının olduğu longitüdinal çalışmalar gereklidir. Anahtar Kelimeler: Gen ekspresyonu, MVK, NLRP12, Real Time PCR, Romatoid artrit