Staphylococcus aureus
Bu konu başlığı altında 131 tez
Süleyman Demirel Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi'nde klinik örneklerden izole edilen metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) sıklığının ve çeşitli antibiyotiklere direncinin yıllar içindeki değişiminin incelenmesi
Yüksek morbidite, mortaliteye sahip olan MRSA enfeksiyonları güncel tedavi seçeneklerinin sınırlı olmasıyla önemini korumaktadır. Antimikrobiyal direnç sorununun yaygınlaşmasıyla MRSA'ya etkin yeni antibiyotik arayışı devam etmektedir. Çalışmamızda hastanemizde Ocak 2014 ve Aralık 2022 yılları arasında izole edilen MRSA izolatlarının dağılımının ve antibiyotik direnç oranlarının araştırılması amaçlanmıştır. Toplam 517 MRSA izolatının tanımlanması, metisilin direnci ve antibiyotik duyarlılığı konvansiyonel yöntemlerle ve Phoenix™ otomatize sistemiyle belirlenmiştir. Antibiyotik duyarlılıkları EUCAST önerilerine göre değerlendirilmiştir. Dokuz yılda S. aureus izolatları içerisinde MRSA oranı %16,12 olarak saptanmıştır. MRSA oranında 2016'da düşüş 2022'de artış görülmüştür. En sık kandan ve anestezi yoğun bakım biriminden MRSA izole edilmiştir. Vankomisine ve linezolide dirençli MRSA izolatı saptanmamıştır. Vankomisin MİK değerleri 2015 ve 2018 yılları arasında daha yüksek, 2020'de daha düşük saptanmıştır. Linezolid MİK değerleri 2017'de daha düşük, 2019'da daha yüksek saptanmıştır. Klindamisin, gentamisin, tetrasiklin ve rifampisin direnç oranında azalma ile trimetoprim-sülfametoksazol ve fusidik asit direnç oranında artış saptanmıştır. MİK değerleri teikoplanin ve rifampisinde 2014, 2015, 2016'da, tetrasiklinde 2017, 2020, 2021'de, fusidik asitte 2021'de, kinupristin-dalfopristinde 2014'te daha yüksek, trimetoprim-sülfametoksazol ve gentamisinde 2022'de daha düşük saptanmıştır. Eritromisinde doku, balgam ve trakeal aspirattaki direnç oranının eklem sıvısındaki, klindamisinde doku ve idrardaki direnç oranının balgamdaki, gentamisinde dokudaki direnç oranının eklem sıvısı, yara ve balgamdaki, rifampisinde doku ve trakeal aspirattaki direnç oranının absedeki, fusidik asitte kateterdeki direnç oranının trakeal aspirattaki direnç oranına göre anlamlı düzeyde yüksek olduğu saptanmıştır. Antibiyotiklerin çoğunun direnç oranında dalgalı bir seyir görülmüştür. MRSA enfeksiyonlarının başarılı ampirik tedavisi için antibiyotiklerin MİK değerleri direnç gelişimi açısından yakından izlenmelidir. Çalışmamız ülkemizde MRSA izolatlarında direnç oranı ve antibiyotiklerin MİK değerlerinin hem yıllara hem örnek türüne göre karşılaştırıldığı ilk çalışmadır. Verilerimizle ampirik antibiyotik tedavisini yönlendirmede önemli olan hastanemizin direnç paternleri ortaya konulmuştur. Örnek türüne göre MRSA direnç oranlarının ilk defa değerlendirildiği çalışmamızda saptadığımız farklılıkların öneminin ileri çalışmalarla araştırılması gerekmektedir. Anahtar kelimeler: Antimikrobiyal direnç, MRSA, Minimum inhibitör konsantrasyon, örnek türü, sürveyans
Staphylococcus aures'a bağlı kan dolaşımı enfeksiyonlarının değerlendirilmesi
S. aureus, toplum kökenli ve nozokomiyal enfeksiyonların önde gelen etkenlerinden olup, özellikle mortalite ile sonuçlanabilen kan dolaşımı enfeksiyonuna yol açabilmesi nedeniyle önem arz etmektedir. Çalışmamızda, 01.01.2013- 01.01.2023 tarihleri arasında SA-KDE tanısı almış 321 hasta değerlendirilmiştir. Çalışmamıza dahil edilen hastaların %18.1'i odağı belirlenemeyen KDE, %78.8'i sağlık hizmeti ilişkili KDE, %17.7'si MRSA-KDE tanısı almıştır. MRSA-KDE olan hastaların MSSA-KDE olan hastalara göre daha geç etkin tedavi aldığı, bu hastalarda yatış süresinin daha uzun olduğu belirlenmiştir. Odağı belirlenemeyen KDE olan hastaların odağı belirlenebilen KDE olan hastalara göre daha fazla immunsupresif tedavi kullandığı, invaziv işlemlerin daha az uygulandığı, tedavi süresinin daha kısa olduğu saptanmıştır. Mortalite oranımız %35.2 saptanmış olup tek değişkenli analizde ileri yaş, yoğun bakım ünitesine yatış, hipotansiyon, genel durum bozukluğu, koenfeksiyon varlığı, enfeksiyon hastalıkları konsültasyonu istenmemesi, enfekte SVK'nın çıkarılmaması, etkenin MRSA olması, yüksek CKİ ve PBS, tedavi süresinin 14 günden kısa olması, invaziv girişimlerden mekanik ventilasyon, SVK, üriner kateter, nazogastrik sonda, drenaj kateteri uygulanması mortalite risk faktörü olarak bulunmuştur. Çok değişkenli analizde ise yoğun bakım ünitesine yatış, hipotansiyon, genel durum bozukluğu, yüksek CKİ ve tedavi süresinin 14 günden az olması bağımsız risk faktörü olarak bulunmuştur. MSSA-KDE tedavisinde sefazolin, ampisilin-sulbaktam, piperasilintazobaktam ve vankomisine göre daha düşük mortalite ile ilişkilendirilmiş, ancak bu fark anlamlı bulunmamıştır. Benzer şekilde, MRSA-KDE'de vankomisin alan hastalarda mortalite oranları teikoplanin veya daptomisin alanlara göre daha düşük olmasına rağmen bu fark da istatistiksel olarak anlamlılık göstermemiştir. Hastalarda tedavi başlangıcında, 5. ve 10. günlerde bakılan CRP ve WBC değerlerinin mortaliteyle ilişkisi değerlendirilmiştir. Yirmi sekizinci gün mortaliteyle en güçlü ilişki 10. günde bakılan CRP değerinde olup 51,2 mg/L'nin üzerinde olması %79 duyarlılıkla mortalite ile ilişkili bulunmuştur. Onuncu günde bakılan WBC değerinin ise 10250 µl'nin üzerinde olmasının %59 duyarlılıkla mortalite ile ilişkili olabileceği saptanmıştır Çalışmamız, SA-KDE yönetiminde komorbid durumların, uygun tedavi planlamasının, tedavi süresinin ve enfeksiyon hastalıkları konsültasyonunun önemini vurgulamaktadır.
Siirt eğitim ve araştırma hastanesinde klinik örneklerden izole edilen metisiline dirençli Staphylococcus aureus suşlarının antibiyotik direnç profilleri ve metisilin direnç genlerinin araştırılması
Giriş & amaç: Metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) suşları, insanlarda ve hayvanlarda çeşitli enfeksiyonlardan sorumlu en yaygın bakterilerden biri olarak kabul edilmektedir. Bu çalışmada Siirt Eğitim ve Araştırma Hastanesi klinik örneklerinden izole edilen metisiline dirençli S. aureus suşlarının moleküler profilini saptamayı amaçladık. Materyal-Metod: Bu çalışmada Temmuz 2020-Temmuz 2021 tarihleri arasında Siirt Eğitim ve Araştırma Hastanesine başvuran hastalardan 20 koagülaz pozitif S. aureus suşunun kültür işlemi yapılmıştır. Antibiyotik duyarlılık testi ve tanımlama işlemleri için farklı klinik örnekler kullanılmıştır. Bakteri kültürleri yapılmış ve değerlendirilmiştir. MRSA, klinik örneklerden alınan kültürler arasında tanımlanmıştır ve aşağıda nükleotid dizileri verilen evrensel primer çiftleri kullanılarak mecA-F: 5′'-CCTAGTAAAAGCTCCGGAA-3′'-mecA-R5′'-CTAGTC-CATTCGGTCCA-3′' ve mecC-F: 5′' TGTTGTAGCAATGTTCACAC 3′'-mecC-R: 5′' CAAGCACTTAATATCAACGC 3′' mecA ve mecC genleri PZR ile çoğaltılmıştır. İzole edilmiş S. aureus suşları, PZR amplifikasyonu ile evrensel primerler 68f-TNANACATGCAAGTCGRRCG-518r WTTACCGCGGC GTGCTGG kullanılarak 16S rRNA gen analizi ile akrabalık ilişkileri tanımlanmıştır. Bulgular: Bu çalışmada, Siirt Eğitim ve Araştırma Hastanesi'ne başvuran hastalardan 20 koagülaz pozitif S. aureus suşu izole edildi ve tanımlandı. 16S rRNA gen dizileri, izole edilen suşların, NCBI GenBank'ta bulunan S. aureus suşlarının 16S rRNA genlerine yüksek benzerliğe (%99-100) sahip olduğunu gösterdi. 20 suşun 18'inde mecA geni tespit edilirken, suşların hiçbirinde mecC geni tespit edilmedi. MRSA'nın yüksek bir yüzdesinin penisiline dirençli olduğu (%75) bulundu. Sonuç: Bu çalışmanın bulguları, MRSA tespitinde mecA, mecC ve 16S rRNA genlerinin önemini doğrulamış veTürkiye'de artan MRSA sıklığının yanı sıra moleküler tekniklerin epidemiyolojik bir araç olarak değerini vurgulamıştır. Anahtar Kelimeler: Gen dizilimi; Metisilin direnci; Staphylococcus aureus; 16S rRNA; mecA geni; mecC geni
Streptococcus pneumonia, staphylococcus aureus ve pseudomonas aeruginosa ile invaziv bakteriyel enfeksiyon geçiren çocuklarda IRAK4 ve MYD88 genlerinde mutasyon varlığının aaraştırılması
İnvaziv bakteriyel enfeksiyonlar steril vücut sıvılarının bakteri ile enfekte olmasıdır. Menenjit, bakteriyemi, sepsis, septik artrit, osteomyelit, plevral ampiyem, derin doku ve organ abseleri invaziv bakteriyel enfeksiyonlar arasında yer almaktadır. IRAK4 ve MyD88 eksikliği olan hastalarda, Streptococcus pneumoniae ve Staphylococcus aureus ile invazif bakteriyel enfeksiyonlara karşı seçici yatkınlık oluşmaktadır. Bu çalışmada Streptococcus pneumonia, Staphylococcus aureus ile invaziv bakteriyel enfeksiyon geçiren hastalarda primer immün yetmezlik tarama testlerine ek olarak IRAK-4 ve MyD88 genlerinde mutasyon varlığınının araştırılması amaçlanmıştır. Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Enfeksiyon Servisinde izlenen 15 hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların yedisi (% 46,7) kızdı. Hastaların ortanca yaş değeri 48 ay (min-maks:2,5-130 ay) idi. Hastaların altısı (% 40) komplike parapnömonik efüzyon, dördü (% 26,7) septik artrit, biri (% 6,7) akut bakteriyel menenjit, dördü (% 26,7) kan akımı enfeksiyonu idi. İzole edilen etkenlerin 10' u (%66,7) S. pneumonia, beşi (%33,3) S. aureus idi. Çalışmaya dahil edilen hastaların yedisinde IRAK-4 geninde heterozigot varyant tespit edildi (c.1282 G>A heterozigot, rs4251545 exon 11 Ala428Thr; biri c.1172 G>A heterozigot rs55944915 exon 10 Arg391His), MyD 88 geninde mutasyon saptanmadı. IRAK-4 ve MyD88 eksiklikleri OR geçişli olmasına rağmen; heterozigot bireylerin de hastalık bulguları ortaya çıkarabileceğini ortaya koymak için daha ileri fonksiyonel ve genetik çalışmalara ihtiyaç vardır. İnvaziv pnömokokal ve stafilokokkal hastalığı olan çocuklar, altta yatan bir PİY için değerlendirilmelidir ve bu çocukların ayırıcı tanısında IRAK-4 ve MyD88 eksiklikleri göz önünde bulundurulmalıdır.
İnsan göbek kordon veni CD146+ hücrelerin ve bu hücrelerden elde edilen matriks proteinlerinin in vitro biyofilm modellerinde değerlendirilmesi
Yaraların tedavilerinde antimikrobiyal etkileri olan hücrelerin veya hücrelerden arındırılmış deselülerize matrikslerin yara bölgesine uygulanması son yıllarda dikkat çekmektedir. Bu tez çalışmasının amacı, antimikrobiyal etkiye sahip olabileceği düşünülen CD146+ kök hücrelerin ve bu hücrelerden elde edilen ekstraselüler matriks proteinlerinin (deselülerize matriks) in vitro biyofilm modellerinde değerlendirilmesidir. Bu tez çalışması kapsamında, CD146+ kök hücrelerin karakterizasyonu; hücre yüzey belirteçlerinin tayini ve farklılaşma analizleriyle, deselülerize matriksin karakterizasyonu; histolojik/immünfloresan boyamalar ve proteom analizleri ile belirlendi. CD146+ kök hücrelerin, biyofilm oluşumuna katkısını gözlemleyebilmek için, Pseudomonas (P.) aeruginosa ve Staphylococcus (S.) aureus bakterileri ile ko-kültürleri yapılarak hücre canlılık ve proliferasyonları WST-1, Annexin V/PI ve kristal viyole ile değerlendirildi. Aynı zamanda CD146+ kök hücrelerin, olası antimikrobiyal etkilerinin gözlemlenmesi amacıyla disk difüzyon yöntemi kullanıldı. CD146+ kök hücrelerin ve deselülerize matriks proteinlerinin biyofilm oluşumuna etkileri damlamalı akış modelinde test edilerek biyofilm oluşumunda görev alan genlerin ekspresyon seviyeleri kantitatif reverse transkriptaz-PZR yöntemiyle belirlendi. Elde edilen veriler sonucunda; CD146/105+ kök hücrelerin adipojenik yönde farklılaşabildiği ancak osteojenik farklılaşma kapasitelerinin bulunmadığı saptandı. Deselülerize matriks karakterizasyonu, DAPI ve Masson-Trikrom boyamaları ile tayin edildikten sonra proteom analizleriyle matriks bileşenlerinde kollajen, glikoprotein, proteoglikan ve büyüme faktörleri saptandı. Bakteri + hücreli/deselülerize kültürlerde, bakterilerin proliferasyonlarını arttırdıkları gözlemlendi. P. aeruginosa ve S. aureus kullanılarak tasarlanan biyofilm modelinde, deselülerize yapının P. aeruginosa biyofilm oluşumunu anlamlı olarak azalttığı, S. aureus için ise hücreli gruba kıyasla deselülerize grupta anlamlı bir fark bulunmadığı belirlendi. Gen ekspresyon analizi sonuçlarına göre, P. aeruginosa biyofilm ile ilişkili genlerden rhlR ve LasR için anlamlı azalım saptanmış olup, bu biyofilm hücre sayım sonuçlarını destekler niteliktedir. S. aureus' un tutunma genleri olan icaADBC genlerinin hepsi deselülerize grupta yüksek oranda eksprese edilmiştir. Bu tez çalışması, hedeflenen amaç doğrultusunda insan kaynaklı fetal kök hücrelerin ve onlardan elde edilen matriks proteinlerinin klinik uygulamalarda önemini ortaya koyan ilk çalışmadır. Anahtar kelimeler : CD146+ hücreler, kök hücreler, biyofilm, ekstraselüler matriks proteinleri, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, göbek kordonu.
Romatoid artrit ön tanılı hastalarda eklem sinovyal sıvısının mikrobiyolojik açıdan incelenmesi
Romatoid Artrit (RA) etyolojisi belli olmayan, temelde eklemlerde etki göstererek şekil bozukluklarına sebep olabilen; enflamatuar, kronik ve multisistemik bir hastalıktır. Eklem tutulumu dışında patolojik bulguların, romatoid nodüllerin, göz komplikasyonlarının, laboratuvar bulgularının, akciğer bulgularının ve radyolojik bulguların da görüldüğü bilinmektedir. Araştırmamızda RA etyolojisinde etkili olabilecek ve sinovyal sıvıda bulunabilecek mikroorganizmaların rolünü ve septik artritle RA hastalığı arasında bağlantı olup olmadığını belirlemek için RA ön tanılı ve diz ekleminde akut ödem bulunan 139 (65K, 74E) hastanın eklem sinovyal sıvıları artrosentez yöntemiyle alındı. Örneklerin mikrobiyolojik açıdan incelenmek üzere kanlı agara, EMB (Eozin Methylen Blue) agara ve Mac-Conkey agara ekimini yaptık. Uygun koşullarda inkubasyona bıraktık ve üreme olan kültürlerde koloni morfolojisini, gram boyama, oksidaz-katalaz testlerini yaparak değerlendirdik. 5 kadın ve 7 erkek hastanın örneklerinde bakteri izole ettik. Elde edilen verileri pozitif sonuç sayısı-cinsiyet, bakteri türü-cinsiyet, bakteri türü-yaş grupları ve bakteri türü – antibiyotik duyarlılıkları olmak üzere 4 farklı kategoride değerlendirdik ve istatistik analizini yaptık. RA hastalarında sinovyal sıvıda bakteri izole edilebildiğini ancak bakteri ve cinsiyet arasında ilişki olmadığını gördük. İzole edilen bakteri türü ve sayısı ile cinsiyet ve yaş grupları arasında anlamlı bir farklılık göremedik. Ancak diğer enfeksiyöz ajanlara göre S. aureus karşımıza daha çok çıktı. Buna ek olarak bakteri türleri ve antibiyotik duyarlılık-dirençlilik arasında da anlamlı bir farklılık elde edilememiştir. Anahtar Kelimeler: Mikrobiyoloji, Romatoid Artrit, S. aureus, Septik artrit
Yoğun bakımdan izole edilen MRSA suşlarında Meca geni varlığının konvansiyonel, otomatize ve PCR yöntemi ile tespiti
Metisiline dirençli S. aureus MRSA suslarının hastane ve toplum kökenli infeksiyon etkeni olarak günümüzdeki önemi artmaktadır. Bu çalışmanın amacı, S. aureus suşlarında metisilin direncinin belirlenmesi için kullanılan farklı yöntemler ile genotipik bir yöntem olan mecA geni varlığının kıyaslanması amaçlanmıştır. Çalışmaya 2010-2016 yılları arasında Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji laboratuvarına gelen çeşitli örneklerden (yara, kan, balgam, solunum, balgam, apse, osteomiyelit vs.) izole edilmiş 50 adet MRSA suşları belirlenerek çalışmaya dâhil edilmiştir. Her hastadan tek bir izolat alınmıştır. Çalısmamızda, MRSA suşlarinda mecA geni varliğinin konvansiyonel, otomatize ve PCR yöntemi ile araştırılmıştır. İncelenen MRSA suşlarında mecA geni varlığının tespitinde Oksasilin E-test yöntemi ile incelenen 50 adet MRSA suşlarının 49'unda mecA geni varlığına rastlanırken (MİK>2), 1 örnekte (MİK ≤ 2) mecA geni varlığına rastlanmamıştır. Sefoksitin E–test yöntemi ile incelenen örneklerin tamamında mecA geni varlığı tespit edilmiştir (MIC>4). Vitek 2 Otomatize yöntemi ile incelenen örneklerin tamamında mecA geni varlığı tespit edilmiştir. PCR yöntemi ile incelenen örneklerin tamamı pozitif, yani mecA geni varlığı tespit edilmiştir. Oksasilin E-test yöntemi ile incelenen suşların duyarlılık oranı %98 iken, Sefoksitin, Vitek 2 Otomotize ve PCR yöntemleri ile incelenen suşların duyarlılık oranı %100 olarak tespit edilmiştir. MRSA oranın yüksek olduğu hastanelerde gereken önlemlerin alınması açısından mecA araştırılması doğru sonuca ulaşmada büyük bir önem arz etmektedir. Çalışmada üç yöntemin sonuçları hemen hemen birbirlerine yakın olduğu için, doğru tespit yapmak için üç yöntem de kullanılabilir.
Propolisin diaper dermatit'e (pişik) eşlik eden enfeksiyonlara karşı bebek bezlerinde kullanılma potansiyelinin araştırılması
Propolis arıların ağaçlardan, yapraklardan, tomurcuklardan topladığı maddeleri kendi enzimleriyle bir araya getirerek oluşturduğu reçinemsi bir maddedir. Propolisten antibakteriyel, antimikrobiyal, antifungal özellikleri sebebiyle yüzyıllar boyu ölüleri mumyalamaktan, dudak nemlendiricilerinin içeriğine kadar birçok konuda yararlanılmıştır. Yapılan çalışmalarda propolisin yara iyileşmesi, yanık tedavisi, deri iltihapları ve birçok cilt probleminde tedavi edici etkisinin olduğu belirtilmiştir. Bu çalışma kapsamında propolisin antibakteriyel aktivitesinin, bebeklerde en sık karşılaşılan deri hastalıklarından biri olan Diaper dermatit'e eşlik eden bakteri enfeksiyonlarının önlenmesindeki etkisi incelenmiştir. Deney sürecinde Tunceli, Hakkâri ve Bursa propolisi, diaper dermatite yaygın olarak eşlik eden iki bakteri Escherichia coli ve Staphylococcus aureus ve bir maya Candida albicans klinik suşlarında kullanılmıştır. Propolis örneklerinin ekstraksiyonu etil alkol (%99) kullanılarak yapılmıştır. Propolis örneklerinin bebek bezlerindeki antimikrobiyal etkinliğinin test edilmesi amacıyla %100 ve %50'lik ekstraktlarının bebek bezlerinin iç orta hatlarına emdirilmesi sağlanmıştır. İnkubasyondaki bebek bezlerinden 3, 6, 9, 12 ve 24. saatlerde cam baget yardımıyla sürüntü örnekleri alınarak, bakteri suşları için NA, maya için PDA besi yerlerine yayma ekim yapılmıştır. Propolis örneklerinin saatlik üremeye dayalı antimikrobiyal inhibisyon oranları plak dökme metoduyla belirlenmiştir. Çalışma sonucunda her 3 mikroorganizmada farklı oranlarda antimikrobiyal etki gözlenmiştir. Propolisin antimikrobiyal etkisinin, bezin uzun süreli değiştirilmediği durumlarda daha etkili olacağı düşünülmektedir. En verimli kullanım yöntemi bezin en üstüne ayrı bir tabaka olarak propolis emdirilmiş materyal konulması olacaktır.
Yatarak tedavi gören hematoloji-onkoloji hastalarında klorheksidin ile yapılan silme banyosunun MRSA ve VRE kolonizasyonuna etkisi
Bu çapraz tasarımlı, deneysel çalışmanın amacı, yoğun bakım ünitesinde yatarak tedavi gören hematoloji-onkoloji hastalarında klorheksidin glukonat ile yapılan banyonun metisilin dirençli Staphylococcus aureus ve/veya vankomisin dirençli Enterococcus kolonizasyonuna etkisini değerlendirmektir. Araştırmanın gerçekleştirilmesi için; Hacettepe Üniversitesi Klinik Araştırmalar Etik Kurulu'ndan, T.C. Sağlık Bakanlığı Türkiye İlaç ve Tıbbi Cihaz Kurumu'ndan, hastane Başhekimliği, Hemşirelik Hizmetleri Müdürlüğü ve Yoğun Bakım Bilim Dalı'ndan ve hasta/hasta yakınlarından gerekli izinler alınmıştır. Araştırma, Hacettepe Üniversitesi Onkoloji Hastanesi Yoğun Bakım Ünitesinde, Eylül 2018-Temmuz 2019 tarihleri arasında gerçekleştirilmiştir. Araştırma örneklemi kollara randomize olarak ayrılmış; birinci kol için 31 hasta, ikinci kol içinse 30 hastadan oluşmuştur. Birinci koldaki hastalara banyo; ilk üç gün su+sabun ile sonrasında da üç gün %2'lik klorheksidin glukonatlı solüsyon ile uygulanmıştır. İkinci koldaki hastalara ise müdahaleler ters sırada uygulanmıştır. Banyo müdahaleleri arasında her iki kolda da bir arınma günü vardır. Kollarda; banyo öncesi ve sonrasında (4-6. saat) burun, kasık ve rektal sürüntü örnekleri alınmıştır. Her iki koldaki hastaların demografik özellikleri ve sahip oldukları risk faktörleri benzerdir. Birinci kol kontrol dönemindeki burun metisilin dirençli Staphylococcus aureus kolonizasyonu müdahale döneminde azalmıştır (p<.001). Kollar arası karşılaştırmalarda; birinci kol burun örneklerinde görülen metisilin dirençli Staphylococcus aureus kolonizasyonu ve rektal örneklerinde görülen vankomisin dirençli Enterococcus kolonizasyonu ikinci kola göre daha fazladır (p<.05). Su+sabun banyosu sırasında alınan sürüntü örneklerinde; birinci kolda burun metisilin dirençli Staphylococcus aureus kolonizasyonu ve rektal vankomisin dirençli Enterococcus kolonizasyonu görülürken, ikinci kolda hiç kolonizasyon görülmemiştir (p<.05). Bu araştırmada yoğun bakım ünitesinde yatarak tedavi gören hematoloji onkoloji hastalarında; klorheksidin glukonatlı silme banyosunun burun metisilin dirençli Staphylococcus aureus kolonizasyonunu ve rektal vankomisin dirençli Enterococcus kolonizasyonunu azaltmada etkili olduğu sonucuna ulaşılmıştır. Yoğun bakım ünitesinde yatan hematoloji-onkoloji hastalarında metisilin dirençli Staphylococcus aureus ve/veya vankomisin dirençli Enterococcus kolonizasyonunun azaltılması ve önlenmesi için klorheksidin glukonat banyolarının hemşireler tarafından kullanılması önerilmektedir.
Hemşirelerin metisiline dirençli staphylococcus aureus etkenli hastane enfeksiyonlarına yönelik bilgi, tutum ve davranışlarının değerlendirilmesi
Cerrahi klinik ve yoğun bakımlarda çalışan hemşirelerin metisiline dirençli staphylococcus aureus etkenli hastane enfeksiyonlarına yönelik bilgi, tutum ve davranışlarını incelemek amacıyla yapılan tanımlayıcı tipte bir çalışmadır. Araştırmanın evrenini 01 Ağustos – 30 Kasım 2018 tarihleri arasında İzmir ilinde yer alan İzmir Katip Çelebi Üniversitesi Atatürk Eğitim ve Araştırma Hastanesi cerrahi klinik ve yoğun bakımlarında çalışan 192 hemşire oluşturdu. Araştırma örneklemine 01 Ağustos – 30 Kasım 2018 tarihleri arasında İzmir ilinde yer alan İzmir Katip Çelebi Üniversitesi Atatürk Eğitim ve Araştırma Hastanesi cerrahi klinik ve yoğun bakımlarında çalışan araştırmaya katılmaya gönüllü ve araştırma sınırlılıklarına uyan 131 hemşire dahil edildi. Veri toplama aracı, araştırmacı tarafında literatür doğrultusuna geliştirilen sosyodemografik özellikler bilgi formu ve MRSA etkenli hastane enfeksiyonlarına yönelik hemşirelerin bilgi, tutum ve davranışları soru formu olmak üzere toplam 41 sorudan oluşmaktadır. Veriler araştırmacı tarafından yüz yüze görüşme yöntemi ile toplandı. Araştırmanın yürütülmesi için gerekli kurumlardan izinler ve veriler toplanırken hemşirelerden araştırma ile ilgili açıklama yapılarak sözlü izinler alındı. Araştırma verilerinin değerlendirilmesinde SPSS (IBM SPSS Statistics 23.0) programı kullanıldı. Uygulanan anketlerin güvenilirliği Cronbach alfa katsayıları ile kontrol edildi. Veriler; sayı, yüzde ve ortalama analizleri ile değerlendirildi. Bilgi, tutum ve davranış puanlarının normal dağılım varsayımı Kolmogrov Smirnov ve Shapiro-Wilk testleri ile test edildi. Normal dağılım göstermeyen verilerde ise bu puanlar non parametrik testler (Kruskall Wallis ve Mann Whitney U) kullanılarak değerlendirildi. Değerlendirilen parametrenin iki kategorili olması durumunda skorların karşılaştırılmasında Mann Whitney U testi kullanıldı. Parametrenin 3 ya da üzeri kategorili olması halinde Kruskall Wallis test istatistiği kullanıldı. Tüm testlerin anlamlılık değeri olan p değeri 0.05'ten küçük olduğunda istatistiksel olarak anlamlı değerlendirildi. Hemşirelerin bilgi, tutum ve davranış puan ortalamaları ile son iki yılda hastane enfeksiyonları alma arasındaki ilişki incelendiğinde, istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmamıştır (p>0.005). Hemşirelerin eğitim durumları ile bilgi, tutum, davranış puan ortalamaları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmamıştır (p>0.005). Hemşirelerin meslekte çalışma yılı ile bilgi, tutum ve davranış puan ortalamaları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmamıştır (p>0.005). Hemşirelerin çalıştığı klinik / birim ile bilgi, tutum, davranış puan ortalamaları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmamıştır (p>0.005).
Kefirden izole edilen mayaların antimikrobiyal etkileri
Bu çalışmanın amacı, kefirden izole edilen maya izolatlarının bazı patojen mikroorganizmalar üzerinde antimikrobiyal etkilerini araştırmaktır. Yapılan çalışmada ilk olarak çeşitli markaların ticari kefirleri ile kefir danelerinden hazırlanan kefir içeceklerinden maya izole edilmiştir. Ardından bu mayaların Aspergillus flavus ve Aspergillus niger ile Escherichia coli ve Staphylococcus aureus üzerinde antimikrobiyal etkileri araştırılmıştır. Bu mikroorganizmalara karşı önce nokta ekim ve kuyucuk difüzyon yöntemleri uygulanmıştır. Nokta ekim yönteminde küfler üzerinde antimikrobiyal etkiyi gösteren zon çapının oluşmadığı, bununla birlikte sporlanmanın azaldığı görülmüştür. Kuyucuk difüzyon yönteminde ise bakterilere karşı oluşan zon çapı <1 mm olarak belirlenmiştir. Son olarak mikrodilüsyon yöntemiyle E. coli ve S. aureus'a karşı maya izolatlarının antibakteriyel etkisi optik yoğunluk ölçümü yapılarak 2 saat aralıklarla 24 saat boyunca incelenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre mayaların E. coli ve S. aureus gelişmesini tam olarak önlemediği görülmüştür. Bununla birlikte mayaların S. aureus'a karşı daha yüksek antibakteriyel etki gösterdiği belirlenmiştir.
Nisinin farklı nanopartikül formlarının metisilin dirençli staphylococcus aureus (MRSA) izolatları üzerine etkinliğinin araştırılması
Yüksek lisans tez çalışması kapsamında gıda koruyucusu olarak uzun zamandır güvenle kullanılan nisinin, farklı boyut ve formlardaki altın ve gümüş nanopartiküler sistemlerle işlevselleşerek klinik MRSA suşları üzerine sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile antibakteriyel etkinliği araştırılmıştır. Bakterilerde mevcut ajanlara karşı görülen çoklu ilaç direnci en önemli küresel halk sağlığı sorunlarından biri haline gelmiştir. Mevcut antibakteriyellerin sınırlı, uzun süren ve maliyetli üretim süreçleri ve fizikokimyasal özelliklerinden kaynaklanan problemler ve tedavi verimsizlikleri göz önüne alınınca ucuz ve etkili yeni çözümler aranmaya başlanmış ve nanoteknolojiden yararlanarak var olanı iyileştirmek ve etkili kılmak gündeme gelmiştir. MRSA'lar çoklu ilaç direnci gösteren oldukça önemli enfeksiyon etkenleridir. Nanopartiküller ile mevcut antimikrobiyallerin kontrollü üretimi, MRSA gibi patojenlere karşı etkili bir şekilde mücadele etmek için alternatif bir strateji sunar. Lactococcus lactis ssp. lactis tarafından üretilen bir bakteriyosin olan nisin, birçok gram-pozitif bakteri ve gıda kaynaklı patojene karşı yüksek antimikrobiyal aktivite gösterdiği bilinen katyonik bir antimikrobiyal peptittir. Nisinin terapötik potansiyeli, geleneksel antibiyotiklere bir alternatif olarak metisiline dirençli S.aureus gibi antibiyotiğe dirençli bakteriler tarafından enfekte olmuş hastaların tedavisinde antibiyotiklerle ve nanopartiküler sistemlerle sinerjik olarak kullanılma potansiyeline sahiptir. Metalik nanopartiküller bakterilerle savaşmak için yeni bir potansiyel yol sunarlar. Gümüş ve altın nanopartiküller son zamanda önem kazanan nanopartiküler sistemlerdir. Bu çalışmada, nisinin, gümüş ve altın nanopartiküllerin tek başlarına ve antimikrobiyal peptid nisin ile farklı şekil ve boyutlu kombinasyonlarda hazırlanan sistemlerinin MRSA suşları üzerine antimikrobiyal etkileri ortaya koyulmuştur. Sonuç olarak; gümüş nanosistemler altın nanosistemlere göre daha çok etkinlik göstermişlerdir. Altın nanosistemler tek başlarına hiçbir suşa karşı antibakteriyel etkinlik göstermemişken, gümüş nanosistemler tek başlarına düşük derişimlerde bile etkinlik göstermişlerdir. Nisin çok yüksek olmayan konsantrasyonlarda MRSA suşları üzerine antibakteriyel aktivite göstermektedir. Ayrıca nisinin tek başına etkinliği ile karşılaştırıldığında da nanosistemlerin işlevselleştirilmesi sonucu artan antibakteriyel aktivite gözlenmiştir. Bu nisinli nanopartiküler sistemlerin yapılacak çalışmalarla aydınlatılarak tedavi seçenekleri arasında yer alabileceği düşünülmektedir.
Investigation of the effect of recombinant panton valentine lökosidin (PVL) toxin on prostate cancer cell line
Objective: The aim of this study is to generate the cytotoxic Panton-Valentine lökosidine (PVL) using recombinant technology and to examine its effect on the prostate cancer cell line. Materials and Methods: Primers to amplify LukS-PV and LukF-PV genes separately and together were designed according to genebank (NCBI CP084892), Amplified fragments were cloned into the pET30a(+) expression vector. Cloned fragments were confirmed by sequence analysis and used to obtain recombinant proteins. The synthesized proteins were purified partially and their effects on macrophages were investigated. Then, the cytotoxic effect of LukS and LukF seperatelly and together were tested on the normal prostate cell line (RWP-1) and prostate adenocarcinoma cell line (PC3). Cytotoxic effects were measured with the WST-1 test and the results were evaluated. Results: Recombinant LukS-PV and LukF-PV and in combination were obtained. Then, their effects on macrophages were examined, it was seen that rPVL and LukS-PV had cytotoxic effect on macrophage, but LukF-PV had no effect. When applied to prostate normal cell line (RWP-1) and adenocarcinoma cell line (PC3), the recombinant products obtained did not have any cytotoxic effect on either cell line. Conclusion: Although Panton Valentine Lökosidin had sitotoxic effect on macrophage cell line, no sitotoxic effect was observed on prostate normal cell line (RWP-1) and adenocarcinoma cell line (PC3).
Bazı dezenfektanların hastane infeksiyonu etkeni bakterilere karşı antibiyofilm aktivitelerinin in vitro olarak araştırılması
Amaç: Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, K. pneumoniae ve E. faecalis biyofilm tabakası mikrobiyal hücre ve ekstrasellüler polimerik madde üzerine gluteraldehit, perasetik asit, hidrojen peroksit ve sodyum hipokloritin etkinliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: P. aeruginosa, S. aureus, K. pneumoniae ve E. faecalis standart suşları üretici firmadan temin edilmiştir. Dezenfektan olarak gluteraldehit, perasetik asit, hidrojen peroksit ve sodyum hipoklorit uygun çözeltilerde sulandırılmıştır. Ardından suşarın biyofilm oluşturma kapasitesi, suların dezenfektanlara karşı antimikrobiyel duyarlılıkları, biyofilm ve dezenfektan testleri gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Biyofilm kapasitesi bulguları açısından en güçlü bakterilerin P. aeruginosa ve K. pneumoniae olduğu, E. faecalis'in orta derece ve S. aureus'un ise zayıf düzeyde biyofilm kapasitesi meydana getirdiği saptandı. P. aeruginosa ve K. pneumoniae biyofilm tabakasına H2O2'nin etkili olmadığı, IUPAC'nın biyofilmde orta derecede azalma sağladığı, PAA'nın ise yine orta derece azalma sağlayarak benzer etkinlik gösterdiği saptandı. NaClO'nun ise biyofilm tabakasında yüksek oranda azalma sağlayarak en etkin dezenfektan olduğu saptandı. Dezenfektanların 30. dakikadan sonra etkisinin olmadığı görüldü. S. aureus ve E faecalis biyofilm tabakasına ise çalışılan tüm dezenfektanların etkili olduğu görüldü. Sonuç: Çalışma sonucunda En etkin dezenfektanların 60. dakikada yüksek oranda azalma ile H2O2 ve % NaClO olduğu görüldü. IUPAC ise 60. dakikada orta derecede azalma sağladı. En az etkin olan dezenfektanın ise PAA olduğu görüldü.
Mastitisli ineklerden staphylococcus aureus'un moleküler identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Amaç: Bu tez çalışmasında, mastitisli ineklerden Staphylococcus aureus (S. aureus) izolasyonu, izole edilen suşlarda nuc, mecA ve blaZ genlerinin PCR ile araştırılması ve suşların veteriner sahada yaygın olarak kullanılan çeşitli antibiyotiklere karşı dirençliliğin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Aydın ili merkez ilçe ve çevresinde bulunan işletmelerden klinik mastitisli 41 hayvandan toplam 57 adet süt numunesi toplanmıştır. İzolasyon ve identifikasyon aşamalarını takiben Staphylococcus sp. olarak biyokimyasal identifikasyonu yapılan izolatların DNA ekstraksiyonları yapılmış, antibiyotik direnç genleri genotipik olarak polimeraz zincir reaksiyonu metoduyla araştırılmıştır. S. aureus ve Koagulaz Pozitif Stafilokok olarak identifiye edilen suşların antibiyotik duyarlılıkları/dirençlilikleri CLSI kriterleri tarafından önerildiği şekilde belirlenmiştir. Bulgular: İncelenen 57 süt örneğinden 15 (%26,3) adet Koagulaz Pozitif Stafilokok izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Koagulaz Pozitif Stafilokokların genotipik identifikasyon sonucu 6 (%10.5) adedi S. aureus olarak belirlenmiştir. Toplam 22 (%38,6) örnekte ise bakteriyel üreme saptanmamıştır. PCR sonucunda, Koagulaz Pozitif Stafilokok izolatlarında, 270 ve 517 bp uzunluğunda ürünler elde edilmiştir. Koagulaz pozitif olarak belirlenen 15 izolatın 6'sı S. aureus olarak doğrulanmıştır. 6 izolatın 2 adedinde blaZ genine rastlanmıştır. İzolatların hiçbirinde ise mecA genine rastlanmamıştır. Antibiyogram testi sonucunda S. aureus izolatları Penisilin G, Sülfometoksazol-Trimetoprim ve Amoksisilin-klavulanik asit'e %100 oranında dirençli, Vankomisin ve Klindamisine %100 oranında, Polimiksin B, Sefoperazon ve Oksasiline %83 oranında ve Enrofloksasin'e ise %50 oranında duyarlı olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: Çalışma sonucunda S. aureus identifikasyonu %10,5 oranında gerçekleşmiştir. Araştırmamız ile birlikte Polimiksin B'nin alternatif bir mastitis terapötik ajanı olarak kullanımın potansiyeli ortaya çıkmıştır. Polymixin B'nin stafilokokal enfeksiyonlarla savaşmak için umut verici bir alternatif ajan olduğunu gösterilmektedir.
Piliç baget örneklerinde staphylococcus aureus varlığı ile izolatların antibiyotik duyarlılığının belirlenmesi
Bu çalışmada, Eylül 2020–Kasım 2020 tarihleri arasında Adana, Mersin ve Hatay illerinde paketlenmiş ve donmuş olarak satışa sunulan 120 adet piliç baget örneklerinde S. aureus varlığı ile izolatların antibiyotik duyarlılığı araştırıldı. Araştırmada analiz edilen örneklerin 99'unda (% 82.5) Staphylococcus spp. ve 6'sında (% 5) S. aureus saptandı. İzolatların tamamının gentamisin, kloramfenikol, vankomisin ve seftaroline, %33.3'nün tetrasiklin ve eritromisine, %83.3'nün ise oksasilin ve siprofloksasine duyarlı olduğu saptandı. Araştırmada saptanan 1 izolatın 3 adet antibiyotiğe, 3 izolatın 2 adet antibiyotiğe, 1 izolatın ise 1 adet antibiyotiğe dirençli olduğu, toplamda ise 4 izolatın ise en az 2 adet antibiyotiğe karşı çoklu dirençli gösterdiği, bir adet izolatın ise araştırmada kullanılan tüm antibiyotiklere karşı duyarlı olduğu saptandı. Sonuç olarak, üretim ve tüketim zincirinde bakım ve besleme, kanatlı kesim prosesi, parçalama, paketleme, depolama, nakil ve ürüne işlenmesi gibi tüm aşamalarda HACCP kurallarına uyulmasının ve bilinçsiz antibiyotik kullanımının engellenmesinin son derece önemli olduğu kanaatine varıldı.
İn vivo staphylococcus aureus kaynaklı osteomiyelit modelinde hesperidin'in biyoetkinliğinin araştırılması
Osteomiyelit, tedavisi güç ve ciddi sosyoekonomik problemlere neden olan kemik sağlığını ilgilendiren önemli bir hastalıktır. Çalışmada, in vivo Staphylococcus aureus ilişkili osteomiyelit modelinde hesperidinin biyo-etkinliğinin ortaya konulması amaçlandı. Çalışmada 28 adet Erkek Wistar Albino ratlar, rastgele 4 eşit gruba ayrıldı (n=7). Gruplar, Grup 1: Kontrol grubu, Grup 2: Sham grubu, Grup 3: Osteomiyelit grubu, Grup 4: Tedavi grubu (Hesperidin+Osteomiyelit) olarak belirlendi. Çalışmada tibial osteomiyelit, tibial krestten açılan bir delikten araşidonik asit ve 1×106CFU-1 bakteri süspansiyonu verilerek oluşturuldu. Tedavi grubundaki ratlara 28 gün boyunca günde 1 kez hesperidin oral gavaj yolla içirildi. Uygulama sonunda tedavinin etkinliği radyografik, biyokimyasal ve histopatolojik olarak değerlendirildi. Histopatolojik olarak intraosseöz akut inflamasyon, intraosseöz kronik inflamasyon, periosteal elevasyon ve kemik nekrozunun ortalama skorları alınarak değerlendirildi. Kontrol grubunda skor 0, sham grubunda 0-2, osteomiyelit grubunda 9-14, tedavi grubunda ise 2-6 arasındaydı. Biyokimyasal olarak, osteomiyelit deneme modelinde oksidatif stres anlamlı düzeyde arttmış bununla birlikte tedavi amacıyla kullanılan hesperidin uygulanan grupta oksidatif stres anlamlı düzeyde azaldı. Nrf-2 translasyon düzeyleri sham grubunda kontrol grubuna göre % 0,2 oranında artarken, OM grubunda % 26 oranında azaldı, bununla birlikte bu değer, tedavi grubunda osteomiyelit grubuna göre % 42 oranında arttı. NF-κB translasyon düzeyleri sham ve OM gruplarında kontrol grubuna göre sırasıyla % 6 ve % 21 oranında arttı. Bununla birlikte bu değer tedavi grubunda osteomiyelit grubuna göre % 9 oranında azaldı. Radyografik olarak, OM grubu, sham ve kontrol grubu ile kıyaslandığında bileşik skor arttı. Sonuç olarak; Hesperidinin inflamatuar yolaklarda rol alan NF-κB'yi baskılayarak antinflamatuar, Nrf-2'yi arttırarak ise antioksidan etkinlik gösterdi. Aynı zamanda histomorfolojik bulgularda hesperidinin antiinflamatuvar etkinlik gösterdiği de görüldü.Tüm bu bulguların ışığında hesperidinin osteomiyelit tedavisinde potansiyel bir tedavi edici veya hali hazırda tedaviye katkı sağlayabilecek bir ajan olarak kullanılabileceği söylenebilir. Ancak konunun tam aydınlatılabilmesi için daha ileri yöntemlerle araştırmaya ihtiyaç bulunmaktadır. Anahtar kelimeler: Hesperidin, Nrf-2,NF-κB, Osteomiyelit, Rat
Staphylococcus aureus'larda metisilin direncinin tespitinde oksasilin-sefoksitin disk difüzyon, oksasilin agar tarama, lateks aglütinasyon, mecA gen tespiti ve bir otomatize sistemin karşılaştırılması
Amaç: Bu çalışmada: Turgut Özal Tıp Merkezi rutin mikrobiyoloji laboratuvarında MRSA saptanmasında kullanılan fenotipik yöntemlerle MRSA lateks aglütinasyon testi ve bir otomatize sistemin karşılaştırılması amaçlandı.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya alınan 214 izolatın koloni morfolojisi, Gram boyama, katalaz, mannitol fermantasyonu ve koagülaz testleriyle S. aureus oldukları doğrulandı. MRSA'nın tanımlanmasında PZR ile mecA genin tespiti referans alındı. Daha sonra, bütün suşlara oksasilin ve sefoksitin disk difüzyon, oksasilin agar tarama, MRSA lateks aglütinasyon testi ve otomatize sistem uygulandı. Yöntemlerin duyarlılık ve özgüllüğü değerlendirildi.Bulgular: Çalışmaya alınan suşların %40'ı mecA pozitifliğine göre MRSA olarak tanımlandı. Uygulanan oksasilin disk difüzyon, sefoksitin disk difüzyon, oksasilin agar tarama, MRSA lateks aglütinasyon testi ve otomatize sistemin MRSA tespitindeki duyarlılıkları sırasıyla %95.1, %96.3, %95.1, %96.3 ve %98.7; özgüllükleri %95.3, %98.4, %98.4, %98.4 ve %97.6 olarak tespit edildi. Üç suş, mecA pozitif ve oksasilin MİK'i >2 µg/ml olup; disk difüzyon, agar tarama ve lateks aglütinasyon yöntemleriyle metisiline duyarlı bulundu. Dört suş ise mecA pozitif olduğu halde, bütün testlerde metisiline duyarlı olup, oksasilin MİK'leri <2 µg/ml olarak saptandı ve bu suşlar oksasiline duyarlı MRSA'lar (OS-MRSA) olarak değerlendirildi.Sonuç: Otomatize sistem MRSA suşlarının tespitinde en yüksek duyarlılık değerine sahipken; lateks aglütinasyon ve sefoksitin disk difüzyon testleri aynı duyarlılığa sahipti. Otomatize sistem ve lateks aglütinasyon testinin hızlı sonuç vermesi diğer fenotipik yöntemlerden daha iyi olduklarını düşündürmektedir. Ancak maliyet etkinlik göz önünde bulundurulduğunda sefoksitin disk difüzyon testi rutin laboratuvarlarda kullanım açısından daha uygun görünmektedir. Ayrıca, OS-MRSA suşlarının tespiti için mecA varlığı ve oksasilin MİK değerlerinin eşzamanlı olarak araştırılması gereklidir.
Siyanobakteri aracılı gümüş nanopartiküllerin tekli ve ikili candida albicans ve staphylococcus aureus biyofilmleri üzerine in vitro etkilerinin araştırılması
Biyofilm yapısı mikroorganizmaları dirençli hale getirerek olumsuz çevre şartlarına karşı korur. Prokaryotik Staphylococcus aureus ile ökaryotik Candida albicans mikroorganizmaları halk sağlığı açısından önemli fırsatçı patojenlerdir ve enfeksiyonlardan sıklıkla bir arada izole edilir. Nanoteknolojik yöntemler yüksek derecede dirençli polimikrobiyal biyofilm enfeksiyonlarında umut verici sonuçlar sunabilir. Bu çalışma, Cyanobacterial Chroococcus sp.'den gümüş nanopartiküllerin (AgNP) biyosentezi ve karakterizasyonunu amaçlamıştır. Ayrıca AgNP'lerin planktonik ve biyofilm formundaki tekli ve ikili S. aureus ve C. albicans suşları üzerine etkilerini araştırmıştır. Elde edilen verilere göre, AgNP'lerin sentezi için en uygun koşullar ekstrakt oranı 3:1 v/v (hücre ekstraktı/AgNO3), gümüş tuzu konsantrasyonu 10 mM, pH 7, sıcaklık 60 °C ve süre 30 dakika olarak belirlenmiştir. AgNP'lerin yüzey plazmon rezonansı (SPR) zirvesi 420-430 nm'de gözlenmiş ve AgNP'ler, TEM ile ortalama 11-13 nm çapında ve küresel şekilde gözlenmiştir. EDX analizi güçlü bir gümüş elementi sinyali ortaya çıkarmıştır. FTIR analizleri ile AgNP'lerin oluşumundan sonra absorpsiyon bantlarındaki kayma doğrulanmıştır. X-ışını kırınım analizi, AgNP'lerin kübik kristal şeklinde olduğunu göstermiştir. AgNP'lerin zeta potansiyeli - 20 mV olarak bulunmuştur. MİK verileri S. aureus'un C. albicans'a kıyasla AgNP'lere çok daha duyarlı olduğunu, ikili kültürde ise amfoterisin ve ampisiline karşı artan bir direnç olduğunu göstermiştir. TEM verileri AgNP'lerin tekli ve ikili kültürlerde çok yönlü hedeflerle etki ettiğini, SEM verileri de AgNP'lerin biyofilm oluşumu öncesi uygulanmasının, biyofilm oluşumu sonrasına kıyasla çok daha etkili olduğunu desteklemiştir. XTT, hidrofobisite, SEM ve CLSM bulguları paralel bir şekilde AgNP'lerin biyofilmi inhibe edici etkilerini ortaya koymuştur. Ancak ikili biyofilmde AgNP'lerin etkisi tekli biyofilme kıyasla azdır. Ampisilin ise ikili biyofilm üzerine güçlü bir etkiye sahiptir. Chroococcus aracılı AgNP'lerin etkili, çevre dostu ve hızlı sentezi ve güçlü antibiyofilm etkileri, biyomedikal ve çevresel uygulamalarda kullanımları için önemli bir potansiyel oluşturabilir.
Synthesis and activity studies on novel 6-methoxybenzothiazole-piperazine derivatives with propanamide chain
In this study, ten novel compounds, bearing N-(6-methoxybenzothiazol-2-yl)-3-(4-substituedpiperazinyl)propanamide backbone were synthesized. In vitro antibacterial and antifungal activity were determined using of Ofloxacin and Nystatin as standards respectively. To obtain starting compound, 2-amino-6-methoxybenzothiazole was acylated with 3-chloropropionyl chloride. After substitution of chlorine in 3-chloro-N-(6-methoxy-1,3-benzothiazol-2-yl)propanamide by different piperazine derivatives, the target compounds were obtained. Structure elucidation of the synthesized compounds were confirmed by UV, FT-IR, 1H-NMR, 13C-NMR, mass spectral and elemental analysis methods. In addition, their antibacterial and antifungal activity were evaluated in vitro by agar-based disc diffusion and minimum inhibitory concentration assays against Staphylococcus aureus (ATCC 6538), Pseudomonas aeruginosa (ATCC 15442), Escherichia coli (ATCC 11229) and Candida albicans (ATCC 10231) strains. According to activity results, the most active compounds were compounds 2 and 5 against Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli and Candida albicans with (inhibition zone: 12 mm). Docking studies were performed to predict the interactions of compounds in test set with DNA gyrase subunit B of S. aureus. Under light of docking studies, a new compound with promising GyrB inhibition was designed. Keywords: Antimicrobial, benzothiazole, piperazine, antibacterial, antifungal.
Tomas peynirinin olgunlaşma sürecinde staphylococcus aureus, listeria monocytogenes ve salmonella spp.'nin canlılıklarının araştırılması
Tomas peyniri, Türkiye'nin Doğu Anadolu Bölgesi'nde, özellikle de Bingöl, Tunceli, Elazığ, Erzincan, Muş ve Malatya illerinde üretilen bir tulum peyniri çeşididir. Tomas peyniri ile ilgili yazılı, dokümante edilmiş bir üretim metodu bulunmamaktadır. Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus ve Salmonella spp. gibi patojenler, geleneksel yöntemlerle üretilen peynirlerde gıda güvenliği ve halk sağlığı açısından risk oluşturabilmektedir. Bu çalışmada, geleneksel yöntemlerle üretilen Tomas peynirinde, yukarıda belirtilen patojenlerinin 4±1 °C ve 10±1 °C'de canlılıklarının araştırılması amaçlanmıştır. Toplam aerobik mezofilik koloni sayısı 4°C'lik grupta olgunlaşma periyodunun 0. gününde en yüksek düzeye ulaşmış, buna karşın 60. günde en düşük düzeyde tespit edilmiştir (P<0,01). Maya-küf sayısı bakımından, 4 °C ve 10 °C'lik grupta 45 ve 90. olgunlaşma günlerinde istatistiksel olarak fark tespit edilmiştir (p<0,05). Psikrotrof koloni sayıları bakımından 4 °C ve 10 °C'lik gruplarda olgunlaşma günleri boyunca elde edilen değerler arasında istatistiksel anlamda fark bulunmuştur (P<0,05). Enterococcus spp. açısından olgunlaşma periyodunda 0, 7 ve 45. günlerde elde edilen sayılar arasındaki farkların istatistiksel olarak önemli olduğu tespit edilmiştir (P<0,05). Lipolitik koloni sayısında 4 °C ve 10 °C'lik gruplarda olgunlaşma günlerinden 7. ve 30. günlerde elde edilen değerler arasındaki farklar istatistiksel olarak önemli bulunmuştur (P<0,05). Proteolitik koloni sayısında olgunlaşma süresince 10 °C'lik grupta istatistiksel anlamda fark bulunmuştur (P<0,05). Staphylococcus aureus sayısında 4 °C ve 10 °C'lik gruplarda olgunlaşma günlerinden 45 ve 90. günler arasında istatistiksel anlamda fark bulunmuştur (P<0,001). L. monocytogenes sayısında olgunlaşma periyodu boyunca elde edilen değerler ve olgunlaşma sıcaklıkları açısından 15 ve 45. günler arasındaki fark istatistiksel olarak önemli bulunmuştur (p<0,001). Salmonella spp. sayısında olgunlaşma periyodu boyunca elde edilen değerler ve olgunlaşma sıcaklıkları açısından 60 ve 120. günler arasındaki farkın istatistiksel olarak önemli olduğu tespit edilmiştir (p<0,001). Olgunlaşma periyodu sonunda inoküle edilen pataojenlerden Salmonella spp. sayısında 4 °C'de 4,54 log10 kob/g ve 10 °C'de 3,15 log10 kob/g; Staphylococcus aureus sayısında sırasıyla 1,59 log10 kob/g ve 1,75 log10 kob/g ve Listeria monocytogenes sayısında 2,92 log10 kob/g ve 3,06 log10 kob/g düşme tespit edilmiştir. Bu çalışmadan elde edilen veriler doğrultusunda, Tomas peynirinde, Staphylococcus aureus, Salmonella spp. ve Listeria monocytogenes sayısı farklı olgunlaştırma sıcaklıklarında (4±1 °C ve 10±1 °C), olgunlaşma periyodunun sonunda düşüş gösterse de, elde edilen veriler bu patojen mikroorganizmaların peynirde gıda güvenliği ve halk sağlığı açısından bir risk oluşturabileceğini ortaya koymuştur.
Aydın bölgesinde ürüne işlenecek çiğ sütlerde staphylococcus aureus ve enterotoksin varlığının araştırılması
Araştırmamızda, Aydın ilindeki farklı üretim tesislerinde çeşitli noktalardan örneklerinde Staphylococcus aureus izolasyonu ve ürüne işlenecek olan çig süt örneklerinde S. aureus ve enterotoksinlerin varlığı ELISA metodu ile tespit edilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla 2017 yılı Mayıs ayında Aydın ilinde bulunan çiğ süt ürünü işleyen tesislerden toplam 28 adet svap numunesi ve 86 adet çiğ süt örneği, S. aureus sayıları ve stafilokokkal enterotoksin (SETA, B, C, D, E Total) varlığı yönünden incelenmiştir. Analizi yapılan çiğ süt örneklerinde S. aureus sayımı TSE 6582 ISO 6888 standardı çerçevesinde gerçekleştirilmiştir. Analizler sonucunda incelenen 86 adet çiğ süt örneğinin tamamının S. aureus sayısı yönünden Türk Gıda Kodeksi, 2009/14 Tebliğ numaralı, Çiğ Süt ve Isıl İşlem Görmüş İçme Sütleri Tebliğinde Değişiklik Yapılması Hakkında Tebliğ'e uygun olduğu belirlenmiştir. Bu çalışmada stafilokokkal enterotoksin varlığının saptanması amacıyla ELISA yöntemi kullanılmıştır. Test sonucunda 86 adet çiğ süt örneğinin hiçbirinde stafilokokkal enterotoksin varlığı belirlenmemiştir. Sonuç olarak incelenen çiğ sütlerde enterotoksin tespit edilmemiş olmakla birlikte süt işleme tesislerinin çeşitli noktalarından alınan numunelerde S. aureus varlığı saptanmasıyla, halk sağlığının risk altında olduğu gösterilmiştir. Bu sebepten süt işleme tesislerinde üretim hijyeni, temizlik ve dezenfeksiyon protokolleri ve personelin bilgilendirilmesi konularına önem verilmesi gerekmektedir.
Sığır mastitislerine neden olan stafilokok türlerinin maldı-tof ms ile identifikasyonlarının yapılması
Bu çalışmada, mastitisli sütlerden Stafilokok türlerinin izolasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi, izole edilen suşların API, VITEK, MALDI-TOF MS gibi ticari identifikasyon metodlarıyla tiplendirilmeleri ve sonuçların karşılaştırılması, tiplendirmenin ardından 16S rRNA primerleri ile yapılacak olan PCR sonucu Stafilokokal etkenlerin sekans analizi ile birlikte doğrulanması amaçlanmıştır. Aydın ili ve çevresindeki süt sığırcılığı işletmelerinde bulunan hayvanlardan klinik mastitis problemi gösterdiği belirlenen hayvanlara ait sütler steril koşullarda alınan, toplam 100 adet süt örneği Stafilokok varlığı yönünden incelenmiştir. Stafilokok türlerinin identifikasyonları biyokimyasal yöntemlere ilave olarak VITEK 2, VITEK (MALDI-TOF) MS, PCR ve Sekanslama ile yapılmıştır. Süt örneklerinin % 34'ünden Stafilokok izolasyonu yapılmıştır. Yapılan identifikasyon çalışmaları sonucunda, izolatların 7 (% 20,60)'si Staphylococcus aureus, 10 (% 29,40)'u Staphylococcus simulans, 8 (% 23,50)'i Staphylococcus epidermidis, 4 (% 11,80)'ü Staphylococcus saprophyticus, 2 (% 5,90)'si Staphylococcus chromogenes, 2 (% 5,90)'si Staphylococcus hyicus ve 1 (% 2,95) Staphylococcus arlettae olarak tiplendirilmiştir. Yapılan antibiyogram testi sonucunda identifiye edilen 34 Staphylococcus sp. izolatının Cefoxitin, Siprofloksasin, Vankomisin, Tigesiklin ve Fosfomisine % 100 ve Linezolide % 85.2 oranlarında duyarlı; Klindamisine %100 ve Tetrasikline %82.4 oranlarında dirençli olduğu görülmektedir. Sonuç olarak; MALDI-TOF MS proteomik biyokütle spektrofotometri yönteminin güvenilirliği doğrulanmış ve uygulanabilir olduğu ortaya koyulmuştur.
Baharat uçucu yağlarının köftelik kıymalardaki Salmonella spp. ve Staphylococcus aureus patojenleri üzerine inhibitör etkisi
Bu çalışmanın amacı, kekik (Origanum onites), fesleğen (Ocimum basilicum) ve karanfil (Syzygium aromaticum) esansiyel yağlarının (EO) +4ºC'de 7 gün boyunca depolanan köftelik kıymadaki (%20 yağ) iki farklı Salmonella Typhimurium ve iki farklı Staphylocococus aureus suşuna karşı antimikrobiyal etkisini belirlemektir. Ayrıca çalışmada esansiyel yağların köftelik kıymanın renk, pH değeri ve duyusal özellikleri üzerine etkisi de incelenmiştir.Çalışmada esansiyel yağların minimum inhibitör konsantrasyonu (MİK) değerleri agar dilüsyon metodu ile belirlenmiş, bu amaçla yedi farklı konsantrasyonda (0,03%, 0,06%, 0,12%, 0,25%, 0,5%, 1% ve 2% (w/w)) EO kullanılmıştır. Kekik (Origanum onites) ve fesleğen (Ocimum basilicum) EO'larının MİK değerleri Salmonella Typhimurium'un her iki suşu için sırasıyla 0,06% ve 0,25% (w/w) olarak tespit edilirken bu değerler Staphylocococus aureus suşları için ise 0,03 % ve 0,25% olarak belirlenmiştir. Karanfil EO'nın MİK değeri ise kullanılan en büyük konsantrasyondan (%2 w/w) büyük olarak tespit edilmiştir. Bu nedenle inokülasyon denemelerinde kekik ve fesleğen EO'ları kullanılmıştır. 4ºC'de 7 gün depolanan köftelik kıymalardaki S. Typhimurium ve Staphylocococus aureus'un %1 ve %2'lik konsantrasyonda EO ilave edilen denemeler dışındaki konsantrasyonlarda artış gösterdiği en fazla etkinin %2'lik konsantrasyondaki kekik ve fesleğen EO'larında görüldüğü tespit edilmiştir. Kekik EO Salmonella Typhimurium ve Staphylocococus aureus'a karşı fesleğen EO'dan daha fazla antimikrobiyal etki göstermiştir. Depolama süresi sonunda %2'lik kekik EO S.Typhimurium üzerinde 3,16 log'luk, %2'lik fesleğen EO ise 2,48 log'luk azalma sağlamıştır. S.aureus denemesinde ise depolama boyunca S.aureus sayısının tüm konsantrasyonlarda artış gösterdiği fakat %2'lik fesleğen EO'nın kontrol grubuna göre 0,79 log, kekik EO'nın ise 1,01 log daha düşük olduğu belirlenmiştir.Kullanılan EO'ların yüksek antimikrobiyal etki gösterdiği konsantrasyonlarının kıymadan yapılan köftenin duyusal özelliğini olumsuz etkilediği saptanmış, ayrıca +4 ºC'deki 7 günlük depolama süresince köftelik kıymanın pH değeri ve renk değişiminde istatiksel olarak önemli bir fark yarattığı (P<0.05) belirlenmiştir.