Prof. Dr. Sadık Dinçer danışmanlığındaki tezler
31 tez · Çukurova University
Cryptosporidium parvum'da transient transformasyon
Bu çalışmanın amacı Cryptosporidium parvum için genetik transformasyon sistemini (transient transformasyon) kurmaktır. Genetik transformasyon gen fonksiyonlarını analiz etmek için gerekli olup, C. parvum genleri ile henüz böyle bir analiz gerçekleştirilmemiştir. Bu amaç doğrultusunda C. parvum'un ribosomal protein genlerini ( BX538351 segment 2/4 L11 protein genleri üzerinde 84361- 85501 baz dizisi) taşıyan Crypto-construct GFP plazmidinin, C. parvum sporozoitlerine transformasyonu elektroporasyon ve lipofektamin yöntemleri kullanılarak yapılmıştır. Hücre kültürlerinde elde edilen transformantlar invert floresan mikroskop ve revers- transkriptaz PCR ile doğrulanmıştır. Transformasyon ve elektroporasyon koşullarını optimize etmek için Crypto construct GFP vektörün yanı sıra pCMV-DsRed, pEYFP-Mem ekspresyon vektörleri de kullanılmıştır. C. parvum sporozoitlerini açığa çıkarmak için kullanılan eksistasyon koşulları içinde ookistlerin % 80 oranında Taurocholic acid /cytomix:RPMI-1640 (1:1) besi ortamında existe olduğu gözlenmiştir. Bu ortam içerisinde bir elektrik akımı verilerek elektropore edilen sporozoitlerin HCT-8 hücre kültürlerini daha iyi infekte ettiği belirlenmiştir. Hem elektroporasyon hem de lipofektamin yöntemiyle pCMV-DsRed ve pEYFP-Mem vektörlerinin HCT-8 hücre kültürlerine transfeksiyonu sağlanmıştır. Elektroporatörün 180 V, kapasitans 250 ?F, resistans yok şeklinde ayarlandığı koşullar altında pCMV-DsRed ve pEYFP-Mem vektörlerinin HCT-8 hücre kültürlerindeki ekspresyonları floresan mikroskop altında gözlenirken, elektroporatörün 1000 V, 50 ?F, 50 ? şeklinde ayarlandığı koşullarda bu vektörlerin HCT-8 hücre kültürlerindeki ekspresyonları floresan mikroskop altında gözlenememiştir. Her iki elektroporasyon koşulları altında Crypto construct GFP Vektörün transfeksiyonu sonucunda floresan mikroskop altında gözle görülebilir ekspresyon elde edilememiştir. Yapılan RT-PCR ve Nested PCR ile az olan GFP mRNA ekspresyonu gözlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Cryptosporidium, Hücre Kültürü, Elektroporasyon, Lipofektamin, Real time PCR
Seyhan baraj gölünün bakteriyolojik kirlilik düzeyinin belirlenmesi ve Enterobacteriaceae üyelerinde antibiyotik dirençliliği
Bu çalışmada Seyhan Baraj Gölündeki toplam aerob bakteri, toplam koliform, fekal koliform, maya ve küf sayısı saptanmış ve izolatların günümüzde sıklıkla kullanılan antibiyotiklere dirençlilik frekansı saptanmaya çalışılmıştır. Seyhan Baraj Gölünden izole edilen izolatların biyokimyasal analizleri sonunda, 179'unun E. coli, 179'unun Enterobacter sp., 47'sinin Citrobacter sp., 21'sinin Klebsiella sp., olduğu tespit edilmiştir. Fekal koliform oranı %33 olarak belirlenmiştir. Çalışmamızda Streptococcus feacalis, Vibrio spp., ve Cryptococcus spp., varlığı da araştırılmış olup, sadece Vibrio parahaemolyticus 3.1, 3.2, 7.1 nolu bölgelerde tesbit edilmiştir. İzolatlar antibiyotik hassasiyet testlerine tabi tutulmuş olup, beta-laktam antibiyotiklerden Cefazolin'e %47,7, Cefuroxim'e %18,3, Ampicilin'e %15,47, Streptomisin'e %12,64, Ceftriakson'a %11,32, Gentamicin'e %4,71, Imipenem'e %4,52 oranında dirençlilik gösterdikleri saptanmıştır. İzole edilen izolatların %46,14'ü birden fazla antibiyotiğe dirençlilik (MAR) gösterdiği tespit edilmiştir. Çalışma sonunda Seyhan Baraj Gölünün kirlilik düzeyinin yüksek olduğu ve ileriki zamanlarda halk sağlığı açısından ciddi problemler oluşturabileceği sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Enterobacteriaceae, Seyhan Baraj Gölü, Antibiyotik Dirençliliği
Seyhan baraj gölü'nden izole edilen enterobacterıaceae grubu bakterilerde antibiyotik dirençliliği
Bu çalışmada Seyhan Baraj Gölü'den izole edilen Enterobacteriaceae grubu 88 bakteri suşunun çoklu antibiyotik dirençliliği (MAR) belirlenmiştir. İzolatların plazmidleri izole edilerek her bakteriye ait plazmid profili belirlenmiştir. İzolatlardan MAR indeksi 1 olan tek bir bakteri belirlenmiş ve bu suş Escherichia coli olarak tanımlanmıştır. İzolatlardan 14 tanesinin MAR indeksinin 0.142 olduğu belirlenmiştir.Plazmid izolasyonunda 40 izolatın (% 45.5) plazmid içerdiği belirlenmiştir. Antibiyotik sayılarının plazmid ile ilşkilerine bakıldığında 7 antibiyotiğe karşı dirençli olan Escherichia coli suşunda hiç plazmid DNA bandı gözlenmemiştir. Tek antibiyotiğe dirençli olan diğer bir Escherichia coli suşunda ise toplam 7 plazmid DNA bandı olduğu belirlenmiştir. Beş farklı antibiyotiğe dirençli olan yine bir diğer Escherichia coli suşunda ise 14 plazmid DNA bandı gözlenmiştir.
Adana içme suyunda fekal koliform düzeyinin belirlenmesi ve antibiyotik dirençlilik frekansı
Bu çalışmada Adana içme suyundan mevsimsel olarak alınan örneklerde toplam aerob bakteri, toplam koliform düzeyleri ile fekal koliform bakterilerin araştırılması ve izolatların yaygın kullanılan antibiyotiklere karşı dirençlilik frekansının belirlenmesi amaçlanmıştır.Araştırma bulgularına göre, Adana içme suyunda E. coli'ye rastlanmamıştır. Halkın ortak kullandığı çeşmelerde Pseudomonas sp., Klebsiella pneumonia ve Shigella sp. gibi bakteriler tespit edilmiştir. Bulgular yerleşim yerlerine göre incelendiğinde Seyhan ilçesi örneklerinin Yüreğir ilçesi örneklerine oranla hijyenik kalitesinin daha iyi olduğu gözlenmiştir. Antibiyogram sonuçlarına göre; Cefazolin'e % 80, Cefuroxim'e % 40, Ampicilin'e %16.6, Streptomisin'e %16.6 direnç gözlenirken Ceftriakson, Gentamicin ve Imipenem'e dirençlilik gözlenmemiştir.Araştırma bulguları, Adana bölgesinde test edilen suların mikrobiyolojik açıdan temiz olduğunu göstermiştir.
İskenderun Körfezi'indeki Gr (-) bakterilerin antibiyotik ve ağır metal dirençlilik düzeyleri ve plazmid profillerinin saptanması
Bu çalışmada İskenderun Körfezi'nden izole edilen bakterilerin antibiyotik ve ağır metal dirençlilik düzeyleri belirlenerek plazmid profilleri çıkartılmıştır.İskenderun Körfezi'nin 3 farklı bölgesinden alınan su örneklerinden toplam 356 Gr (-) bakteri izole edilmiş ve bu izolatlar Vitek-II Sistem ile 21 farklı tür şeklinde tanılanmıştır. En yüksek antibiyotik direnci 1 ve 3 numaralı bölgelere ait olup izolatların %94,9'unun eritromisine dirençli olduğu saptanmıştır.1 numaralı bölgedeki izolatların %94,9'unun ÇAD değeri 0,2'den yüksek saptanırken, 3 numaralı bölgedeki izolatların %75,4'ünün ve 2 numaralı bölgedeki izolatların %37,1'inin ÇAD değeri 0,2'den yüksek çıkmıştır.İzolatların tamamı kadmiyum ve bakıra karşı dirençli iken en düşük dirençlilik oranı kurşuna ( %67,7) karşı saptanmıştır.Sonuç olarak İskenderun Körfezi'nin evsel atıklar, fabrika atıkları ve ticari gemi atıklarıyla kirletildiği ve bu durumun hem ekosistem hem de insan sağlığını olumsuz etkileyeceği ortaya konmuştur.
Adana - Tufanbeyli yol hattındaki çeşme sularının mikrobiyolojik kalitesinin belirlenmesi
Bu çalışmada Adana - Tufanbeyli yol hattındaki 15 çeşme suyundan mevsimsel olarak alınan numunelerde toplam aerob, toplam koliform, fekal koliform miktarları belirlenmiş, izolatların günümüzde sıklıkla kullanılan antibiyotiklere dirençlilikleri araştırılmış ve çoklu antibiyotik dirençliliği (MAR) yüksek çıkan izolatların plazmid profilleri belirlenmiştir.İzolatların biyokimyasal analizleri sonucunda, 121'inin Proteus vulgaris, 69'unun E. coli, 51'inin Pseudomonas aerouginosa ve 28'inin Citrobacter spp., olduğu tespit edilmiştir. 91 izolat ise bu testle belirlenememiştir. Çalışmamızda Streptococcus faecalis, Clostridium perfringens ve Vibrio spp., varlığıda araştırılmış olup 2 ve 10 nolu istasyonlarda Vibrio parahaemolyticus, 11 ve 15 nolu istasyonlarda Streptococcus faecalis varlığı tespit edilmiştir.İzolatlar antibiyotik hassasiyet testine tabi tutulmuş olup, antibiyotiklerden Basitrasin'e %88,14, Vankomisin'e %85,57, Sefalotin'e %68,62, Amfisilin'e %52,10 oranında dirençlilik gösterdikleri saptanmıştır.
Endokrin yıkıcı bileşiklerin bakteriyel parçalanması
Endokrin yıkıcı bileşikler insanlar ve diğer canlılar üzerine hayati etkileri olan önemli çevresel kirleticilerdir. Bu çalışmada endokrin yıkıcı bileşiklerden E2, DHT ve progesteronun iki farklı konsantrasyonda, minimal besiyerinde, tek karbon kaynağı olarak bakteriyel degradasyonu araştırılmıştır.Besiyerinden periyodik olarak alınan E2, DHT ve progesteronun HPLC analizleri, biyodegrdasyonda kullanılan bakteriler tarafından bu kimyasalların parçalandığını göstermiştir. 96. saatin sonunda sırasıyla E2, DHT ve progesteronun %74.44, 72.31 ve 60'ı parçalandığı belirlenmiştir. Hormonal aktivite testlerinde ise 96. saatte E2, DHT ve progesteron için %35.7, 14.8 ve 36.4 aktivite azalışı tespit edilmiştir. Parçalanma ürünlerinin analizi GC-MS ile gerçekleştirilmiştir. Biyodegradasyon süresince KOİ ve TOK değerlerinde de azalış belirlenmiştir.Endokrin yıkıcıların çevreden uzaklaştırılmasında kullanılan pahalı ve ikinci bir kirliliğe neden olan tekniklere alternatif olarak bakteriyel degradasyon proseslerinin kullanılması etkili olabilir.
Tarım alanlarından izole edilen gram negatif bakterilerde antibiyotik dirençliliği
Sunulan çalışmada tarım yapılma sıklığına göre (çok tarım, az tarım, tarım yapılmayan ve sera tarımı yapılan) dört farklı bölgeden izole edilen toplam 150 Gram (-) bakterinin antibiyotik direnç fenotipleri ve MAR indeksleri belirlenmiş ve 102 tanesinin identifikasyonu yapılmıştır.Çok tarım yapılan bölgelerden izole edilen bakterilerin antibiyotik direnç oranları %38.13, az tarım yapılan bölgede %16.83, tarım yapılmayan bölgede %26.67 ve sera tarımı yapılan bölgelerde ise %22.83 olarak bulunmuş, istatistiksel olarak yalnızca çok tarım yapılan bölgeler ile az tarım yapılan bölgeler arasında fark gözlenmiştir.Çok tarım yapılan bölgelerde en yüksek MAR indeksi 0.73 ile 8 bakteride, az tarım yapılan bölgede 0.67 ile 1 bakteride, tarım yapılmayan bölgelerde 0.67 ile 3 bakteride ve sera tarımı yapılan bölgelerde 0.73 ile 1 bakteride gözlenmiştir. Ayrıca çok tarım yapılan bölgede 29, Aztarım yapılan bölgede 18, tarım yapılmayan bölgede 16 ve sera tarımı yapılan bölgede ise 28 bakterinin birden fazla sayıda antibiyotiğe dirençli oldukları bulunmuştur
Tavuk çiftliğinden Enterobacteriaceae üyelerinin izolasyonu ve antibiyotik dirençlilik dağılımı
Bu çalışmada, Adana etlik tavuk üretim çiftliğinden ve Anamur Gözsüzce köyünden alınan tavuk dışkı örneklerinden bakteri izolasyonu yapıldı. EMB ve SS besiyerlerinden toplam 516 bakteri izole edildi. İzolatların Antibiyotik dirençlilik profilleri ve plazmid profilleri belirlenerek karşılaştırılma yapıldı.Enterobacteriaceae, Vibrio sp., Streptococcus faecalis ve Campylobacter sp. varlığı incelendi.
2,4,6-trinitrotoluen'in mikrobiyal biyodegradasyonu
Bu çalışmada, NATO ve Kilis topraklarından izole edilen 4 bakteri kullanılarak çevresel açıdan toksisitesi oldukça yüksek ve nitroaromatik karakterde bir patlayıcı olan trinitrotoluenin minimal besiyerinde biyodegradasyonu araştırılmıştır. Bu topraklardaki TNT kirlilik miktarı kolorimetrik ve HPLC analizleri ile belirlenmiştir.Biyodegradasyon ortamından periyodik aralıklarla alınan örneklerin sıvı-sıvı ekstraksiyonlarının HPLC analizleri yapılarak TNT miktarları belirlenmiştir. 50 ve 75 ppm TNT içeren abiyotik ortamlarda gerçekleşen kimyasal parçalanma sırasıyla %16 ve %13 olarak tespit edilmiştir. Bununla birlikte bakteriyel kültürlerde 96 saatlik inkübasyon süresi sonunda TNT azalışı AD1, AD2, AD3 ve AD4 izolatları için 50 ppm TNT içeren besiyerinde sırasıyla %46, %35, %68 ve %29, 75 ppm TNT içeren ortamlarda ise %59, %45, %77 ve %41 olarak belirlenmiştir. Bakteriyel ve abiyotik ortamlarda spektrofotometrik analizler yapılarak parçalama sırasında nitrit ve nitrat birikimi araştırılmıştır. Abiyotik ve AD1 ve AD3 izolatlarına ait ortamlarda nitrit oluşumu gözlenirken, hiçbir kültürde nitrata rastlanmamıştır. TLC ve GC-MS analizleri ile degradasyon ürünlerinin tanımlanması yapılmıştır. AD1 ve AD3 kültürlerinde 2,4-DNT ve 4-ADNT; AD2 ve AD4 kültürlerinde ise 4-ADNT birikimleri belirlenmiştir.
Ağyatan lagününün (Karataş) mikrobiyal kalitesinin belirlenmesi, antibiyotik dirençlilik frekansının tespiti ve plazmid izolasyonu
Bu çalışmada, Akdeniz bölgesinde bulunan ve kirlenme tehdidi altındaki, Ağyatan Lagününün (Karataş) mikrobiyal kirliliğinin boyutlarını belirlemek amacıyla alınan su örneklerinde toplam aerob, toplam koliform, fekal Streptococcus, Vibrio spp., toplam maya-küf miktarları belirlenmiş ayrıca izolatların günümüzde sıklıkla kullanılan 42 antibiyotiğe karşı dirençlilikleri araştırılmıştır. Çoklu Antibiyotik Dirençliliği (MAR) yüksek olan izolatların plazmid profilleri belirlenmiştir.Su örneklerinden Enterobacter cloacae, Staphylococcus intermedius, Staphylococcus vitilinus, Achromobacter xylosoxisans, Oligella ureolytica, Pasteurella canis, Spingomonos paucimobilis, Bordetella trematum, Moraxella grup, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio alginolyticus, Pseudomonas stutzeri, ve Aeromonas salmonicida izole edilerek tanımlanmıştır.İzolatlar antibiyotik hassasiyet testine tabi tutulmuş olup, en yüksek dirençlilik Penisillin'e karşı (%98) bulunurken, Imipenem, Ertapenem, Levofloxacin ve Gentamisin'e karşı direnç bulunamamıştır.İzolatların MAR indeksi 0,14 ile 0.67 arasında saptanmıştır. Çevre ve Orman Bakanlığı Su kirliliği Kontrol Yönetmeliğine göre 1.Sınıf su kalitesinde olduğu tespit edilmiştir.AnahtarKelimeler: Ağyatan Lagünü, Antibiyotik dirençliliği, MAR indeksi,
Sucul mikroorganizmalardan fitaz üretim olanaklarının araştırılması
Bu çalışmada atıksu arıtma tesislerinden izole edilen Ochrobactrum anthropi'den fitaz enziminin üretimi ve karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Fitaz enzimini optimum koşullarda üretebilmek için enzim üretim ortamının optimizasyonu yapılmıştır. Maksimum fitaz üretimi için en iyi karbon kaynağı %1 maltoz, en iyi azot kaynağı ise %1 maya özütü olarak saptanmıştır. Ayrıca, optimum pH 8.5, sıcaklık 37oC, çalkalama hızı 300 rpm, inokulum miktarı OD600: 0,06, inokulum yaşı ise 9 saat olarak bulunmuştur. Optimum koşullar altında üretilen intraselüler fitaz enziminin jel filtrasyon kromatografisi ile saflaştırıldıktan sonra SDS-PAGE analizinde yaklaşık olarak 22 kDa ve 13 kDa ağırlığında iki protein bandı elde edilmiştir. Enzim optimum aktivitesini 40oC ve pH 5.4'te göstermiştir. Enzim 90oC'de 30 dakika ön inkübasyon ile aktivitesini %117'e çıkarmıştır. Enzim aktivitesi 1 mM'lık Triton X-100 (%91), Tween-20 (%56) ve Tween-80 (%55) ile önemli derecede inhibe olurken, NaCl (%104), MnSO4 (%105), MgSO4 (%102), gliserol (%106), EDTA (%103), Asetik asit (%117), 2-merkaptoetanol (%109) ile stimüle olmuştur. Bu sonuçlara göre enzimin sahip olduğu karakteristik özelliklerinden dolayı monogastrik hayvanlarda yem katkısı olarak kullanımı sonucunda çevre kirliliğinin önlenebileceği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Ochrobactrum anthropi, fitaz, fitik asit, zimogram.
Laktik asit bakterilerinden(LAB) tannaz üretimi
Bu çalışmada, Lactobacillus plantarum ve Lactobacillus brevis bakterilerinden tannaz enzimi izolasyonu ve karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Bu bakterilerin tannaz enzimi üretimi tannik asitli besiyerinde 35oC?de 72 saatlik inkübasyondan sonra mikroorganizmaların etrafında oluşan şeffaf zonlarla saptanmıştır. L. plantarum ve L.brevis bakterisi tarafından üretilen tannaz enziminin SDS-PAGE analizinde molekül ağırlıkları 76.9 kDa ve 120.9 kDa olarak belirlenmiştir. Sırasıyla L. plantarum ekstraselüler enzim optimum aktivitesini 45oC ve pH 6.0, L.brevis ekstraselüler enzim optimum aktivitesini 65oC ve pH 8.0?de göstermiştir. L.plantarum ekstraselüler enzimi 90oC?de 5 dakika süreyle aktivitesini %78 koruyabilmiştir. L. plantarum ekstraselüler enzim aktivitesi, ZnCl2 (%105) oranında artış göstermiştir. L. brevis bakterisinden izole edilen tannaz enzimi 90oC?de 10 dakika süreyle aktivitesini %92 koruyabilmiştir. L. brevis tannaz enzim aktivitesi CaCl2 (%135) HgCl2 (%134) NiCl2 (%106) ile önemli düzeyde artış göstermiştir. Bu sonuçlara göre, Lactobacillus plantarum ve Lactobacillus brevis tannaz enzimi sahip olduğu karakteristik özelliklerden dolayı endüstriyel alanda kullanımının uygun olduğu önerilebilir. Anahtar Kelimeler: Lactobacillus sp., tannaz, tannik asit, zimogram
Fitaz üreticisi aspergıllus nıger izolasyonu, enzimin saflaştırılması, karakterizasyonu ve optimizasyonu
Bu çalışmada, çürümüş bitki parçacıkları, su, toprak ve gübreden izole edilen Aspergillus niger FM-7 izolatından fitaz enzimi üretimi, karakterizasyonu ve saflaştırılması yapılmıştır. Bu fungusun fitaz enzimi üretimi sodyum fitatlı besiyerinde 30oC'de 72 saatlik inkübasyondan sonra mikroorganizmanın etrafında oluşan şeffaf zonla saptanmıştır. Aspergillus niger FM-7 suşundan izole edilen enzim en iyi aktivite gösterdiği için bu suş çalışmada kullanılmıştır. FM-7 suşundan üretilen fitazın M1 besiyerideki SDS-PAGE analizinde molekül ağırlıkları 93 kDa ve 70 kDa, M1+%0.1 Na-fitatlı besiyerinde ise moleküler ağırlıkları 100 kDa ve 83 kDa olan iki protein bandı elde edilmiştir. M1ve M1+%0.1 Na-fitatlı besiyerinden üretilen enzim optimum aktivitesini sırasıyla 70oC ve pH 3.8, 70oC ve pH 4.6'de gösterirken piyasada satılan Aspergillus niger kaynaklı Ticari A ve Ticari B fitazlarında optimum aktivite 70oC ve pH 3.4 olarak bulunmuştur. M1, M1+%0.1Na-fitat, Ticari A ve Ticari B enzimleri sırasıyla 90oC'de 60 dakika süreyle aktivitelerini %35, %35, %1 ve %41 oranında koruyabilmiştir. M1 besiyerinden elde edilen enzimin diyaliz ve kolon kromotografisi sonrası spesifik aktivitesi 941.17 U/mg olarak bulunmuş ve başlangıca göre 6 kat saflaştırılmıştır. Km ve Vmax kinetik parametreleri Na-fitat substratı için sırasıyla 7,7 mM ve 5137 U/mg protein bulunmuştur. Tüm enzim aktiviteleri MgCl2, NiCl2, MgSO4, CuSO4, MnSO4 ve asetik asitle ile önemli düzeyde artarken EDTA ve SDS ile inhibe olmuştur. Bu sonuçlara göre, Aspergillus niger FM-7 suşundan üretilen enziminin sahip olduğu karakteristik özelliklerden dolayı yem katkı maddesi alanında kullanımı önerilebilir.
Çatalan baraj gölü'nün mikrobiyolojik kirlilik düzeyi ve antibiyotik dirençlilik profilinin belirlenmesi
Bu çalışmada, içme ve kullanma suyunun temininde kullanılan Çatalan Baraj Gölü'nün mikrobiyolojik kirlilik düzeyinin ve izole edilen bakterilerin antibiyotik dirençlilik profillerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamızda 779 Gram negatif bakteri suşu izole edilmiş ve bu izolatlar Vitek-II Compact Sistem ile tanımlanmıştır. En çok bulunan tür %21.82 (170) oranında Aeromonas sobria, ve en az bulunan tür %0.26 (2) ile Raoultella ornithinolytica olarak tespit edilmiştir. Tanımlanan izolatların 41 farklı antibiyotiğe karşı dirençlilikleri araştırılmıştır. İzole edilen bir Aeromonas sobria suşu 39 antibiyotiğe karşı, bir Hafnia alvei suşu tobramisin ve bir Aeromonas sobria suşu vankomisin olmak üzere sadece bir antibiyotiğe karşı dirençli bulunmuşlardır. En yüksek antibiyotik direnci %89 oranında flukonazole, en düşük antibiyotik direnci %3 oranında kloramfenikole karşı bulunmuştur. İzolatların çoklu antibiyotik direnci (ÇAD) indeksi 0.024 ile 0.951 arasında değişmektedir. ÇAD indeksi 0.2'nin üzerinde olan toplam bakteri sayısı 653 (%83,83)'tür. ÇAD indekslerine göre 100 izolat seçilerek plazmid profilleri agaroz jel elektroforezi ile belirlenmiştir. Plazmid izolasyonu yapılan izolatların %37'sinde plazmid gözlenmiştir. 39 antibiyotiğe dirençli olan bir Aeromonas sobria suşunda ve 36 antibiyotiğe dirençli olan bir Aeromonas sobria suşunda 1 plazmid DNA'sı tespit edilmiştir. Diğer 30 ve üzeri antibiyotiğe dirençli olan Aeromonas sobria suşlarında hiç plazmid gözlenmemiştir.
Bacıllus fitazının klonlanması ve ekspresyonu
Fitaz enzimi fitatın fosfomonoester bağını hidrolize ederek myo-inositol fosfat ve inorganik fosfatın ortaya çıkmasına sebep olur. Hayvanların büyümeleri, üremeleri ve kemiklerinin şekillenmesi için önemli minerallerden biri fosfordur. Yapılan bu araştırmada fitaz aktivitesine sahip olan doğal Bacillus sp. biyokimyasal ve 16srDNA sekans analizi ile Bacillus subtilis olarak tanımlanmıştır. Primerler NCBI sitesinde olan Bacillus subtilis bakterisinin fitazına göre dizayn edilmiştir. PCR amplifikasyonundan sonra fitaz geni ekspresyon vektörü olan pET22b vektörüne ligasyonu yapılmıştır ve Rekombinanat vektör ısı şoku metodu ile E. coli Rosetta 2(DE3) pLysS bakterisine aktarılmıştır. Kullanılan PCR ürünü ve vektör ligasyonu yapılmadan önce Hind III ve BamH1 enzimleri ile kesimleri gerçekleştirilmiştir. Rekombinant fitaz 37oC, pH 7'de optimum aktivite göstermiştir. Enzimin 60oC'de aktivitesinin %73'nü ve 100 oC'de ise aktivitesinin %5'ni korumuştur. Enzim pH 5.8-8 aralığında stabildir. Rekombinant enzimin aktivitesi 5mM CoCl2 ile artmıştır ama MgCl2, CuCl2, HgCl2, NiCl2, MnCl2, FeCl2 ve EDTA ile aktivitesi düşmüştür. Rekombinant fitazın moleküler ağırlığı SDS-PAGE analizi ile 45 kDa olarak belirlenmiştir. Bu araştırmanın sonuçlarına göre elde edilen rekombinant fitazın yem katkısı olarak kullanılabilirliği ortaya konulmuştur. Anahtar Kelimeler: Fitaz, pET22b, Bacillus subtilis, klonlama
Bacillus sp. 'den tannaz üretimi ve enzim karakterizasyonu
Bu çalışmada, toprak örneklerinden izole edilen Bacillus sp. suşlarından tannaz enzimi izolasyonu ve karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Bu bakterilerin tannaz enzimi üretimi %1 tannik asit-%2.5 agar içerikli besiyerinde 37°C'de 96 saatlik inkübasyondan sonra mikroorganizmaların etrafında oluşan şeffaf zonlarla saptanmıştır. Bacillus sp. 2.11'den izole edilen enzim en iyi aktivite gösterdiği için bu suş çalışmada kullanılmıştır. Bacillus sp. 2.11'nin VITEK-2 Compact Sistem ile Bacillus coagulans olduğu belirlenmiştir. Bacillus coagulans suşundan üretilen tannazın SDS-PAGE analizinde molekül ağırlıkları 17 kDa, 14 kDa ve 5 kDa olan 3 band tesbit edilmiştir. Bacillus coagulans ekstraselüler tannaz enzimi optimum aktivitesini 30°C ve pH 4.2'de göstermiştir. Bacillus coagulans ekstraselüler enzimi 80°C'de 15 dakika süreyle aktivitesini %64.80 koruyabilmiştir. Bacillus coagulans enzim aktivitesi, 1mM HgCl2 ile (%74.7) aktivitesini koruyabilmiş, 1mM ve 5mM MnCl2 ve 5mM FeCl2 (%0) ile önemli derecede inhibe olmuştur. Bu sonuçlara göre, Bacillus coagulans enzimi sahip olduğu karakteristik özelliklerden dolayı endüstriyel alanda kullanımının uygun olduğu önerilebilir.
Adana ili pamuk ekim alanlarında Aphis gossypii glover (Hemiptera: Aphididae) populasyonlarının neonikotinoid grubu insektisitlere karşı direnç durumunun belirlenmesi
Çukurova pamuk alanlarında yaygın bir şekilde bulunan ve toplanan Aphis gossypii Glover (Hemiptera: Aphididae) populasyonlarında neonicotinoid grubu insektisitlere (acetamiprid, imidacloprid, clothianidin, thiamethoxam) dayanıklılığının nedeni biyoanaliz, biyokimyasal ve moleküler yöntemler kullanılarak ortaya çıkarılmaya çalışılmıştır. Denemede pamuk alanlarından toplanan yedi populasyon ve kontrol populasyonların biyoanaliz denemelerine göre probit analizi sonucunda en hassas ve dayanıklı populasyonlar sırasıyla Acetamiprid için Bahçe (RF (Direnç faktörü):1.54), Kürkçüler (RF:10.89); Imidaclorpid için Bebeli (RF:54.62), Kürkçüler (RF:206.55); Thiametoxam için Yumurtalık (RF:5.78), Körkuyu (RF:65.72); Clothianidin için Körkuyu (RF:1.14), Bahçe (RF:38.35) olarak bulunmuştur. Enzim analizi istatistiki anlamda yüksek metabolik direnci ortaya cıkarmıştır. İnsektisitler içinde en yüksek enzim akitviteleri, karboksil esteraz enzimi Korkuyu populasyonunda 17,8 nM/dk/mg protein, glutatyon S-transferaz (GSTs) enzimi Bahce populasyonunda 142,3 nM/dk/mg protein ve Korkuyu populasyonunda 3,8 nM/dk/mg protein ile en yuksek monooksigenaz P450 enzim aktivitesi bulunmuştur. Moleküler çalışmalarda nikotinik asetilkolin reseptör (nAChR) β1 alt ünitesi RFLP enzim kesimlerinde mutasyona rastlanmamıştır. Bu çalışma, Türkiye'de neonicotinoidlere karşı A. gosyypii'de direnc gelişmesini ve bu direncin kırılması icin yeni yonetim stratejilerine ihtiyac olduğunu ortaya koymuştur.
Doğal Aspergillus sp. izolatları kullanılarak glukonik asit üretimi ve optimizasyonu
Bu çalışmada, soğan kabuğu, sarımsak kabuğu ve ekmek gibi küflenmiş çeşitli gıda materyallerinden izole edilen Aspergillus sp. suşları ve substrat olarak dekstroz monohidrat kullanılarakglukonik asitinbatık kültür (submerged) fermantasyonu ve optimizasyonu yapılmıştır. Fermantasyon ürününün HPLC'de kalitatif ve kantitatif analizleri yapılarak glukonik asit fermantasyonu için optimum şartlar belirlenmiştir. Doğal izolat Aspergillus sp. kullanılarak yapılan glukonik asit üretimindeki optimum şartlar; % 10 dekstroz monohidrat içeren fermantasyon ortamında 600 rpm, pH 5.5, 30oC sıcaklık, 0.5 vvm%100 oksijen ilavesi ile fermantasyon süresi 8 gün olarak belirlenmiştir. Optimizasyon sonucu % 69'luk verimle glukonik asit üretimi elde edilmiştir. Ayrıca fermantasyon besiyeri ortamına3000 ünite glukoz oksidaz ve 500 ünite katalaz ilavesinin fermantasyon süresini3 güne indirdiği ve %95 verimle glukonik asit üretimielde edildiği gözlemlenmiştir. Bu sonuçlara göre çalışmada kullanılan doğal izolat Aspergillus sp., dekstroz monohidratın belirlenen optimum koşullar altında tamamına yakını glukonik aside dönüştürdüğü söylenebilir. Elde edilen glukonik asit inşaat, tarım, sağlık ve gıda gibi birçok sektörde güvenle kullanılabilecek, doğada kolaylıkla biyodegrede olabilir bir üründür.
Tuzla lagününün (Karataş) mikrobiyal kalitesinin belirlenmesi, antibiyotik dirençlilik frekansının tespiti
Bu çalışmada, Akdeniz bölgesinde bulunan ve kirlenme tehdidi altındaki, Tuzla Lagününün (Karataş) mikrobiyal kirliliğinin boyutlarını belirlemek amacıyla alınan su örneklerinde toplam aerob, toplam koliform, fekal Streptococcus, Vibrio spp., toplam maya-küf miktarları belirlenmiş ayrıca izolatların günümüzde sıklıkla kullanılan 16 antibiyotiğe karşı dirençlilikleri araştırılmıştır. Su örneklerinden Vibrio paraheamolyticus (22 izolat), Vibrio alginolyticcus (9 izolat) , Photobacterum damsalae (1 izolat), Rhizobium radiobacter (3 izolat), Pantoea spp. (1 izolat), Sphngomonas paucmobilis (2 izolat), Vibrio methnischkovi (1 izolat), Aeromonas sobria (1 izolat), Burkholderia cepacia (2 izolat), toplam 68 suş izole edilerek tanımlanmıştır. İzolatlar antibiyotik hassasiyet testine tabi tutulmuş olup, en yüksek dirençlilik Penisillin'e karşı (%79) bulunurken, Sefalozin'e karşı direnç (%7.35) bulunurken, kullanılan diğer 14 antibiyotiğe karşı direnç gözlenmemiştir. İzolatların MAR indeksi 0 ile 0.125 arasında saptanmıştır. Çevre ve Orman Bakanlığı Su kirliliği Kontrol Yönetmeliğine göre 1.Sınıf su kalitesinde olduğu tespit edilmiştir..
Farklı Colchicum spp türlerine ait toprakların karbon ve azot mineralizasyonları ile mikrobiyal parametrelere etkisi
Bu çalışmada, Türkiye'de doğal olarak yetişen biri endemik üç Colchicum spp (Acı çiğdem, Colchicaceae) türünün bazı toprak özellikleri ve mikrobiyotalarının kıyaslanması amaçlanmıştır. Toprakların karbon mineralizasyonu C. variegatum'da daha yüksek olup diğer iki örnekle aralarında anlamlı farklar vardır (P<0,05). Karbon mineralizasyon oranında C. balansae toprağı diğer iki topraktan anlamlı derecede farklıdır (P<0,05). Azot mineralizasyon oranı bakımından da her üç toprak arasında P<0,001 düzeyinde fark vardır. Metagenom analizinde her üç toprakta da üç domen'in temsilcilerine rastlanılmıştır. Bakteri domeni, C. variegatum, C. balansae ve C. triphyllum topraklarında, dominant filum olarak sırasıyla %47,084, %52,648 ve %55,847 oranında Actinobacteria, cins olarak da Solirubrobacter spp. %3.305, Micromonospora spp. %4,817 ve Rubrobacter spp. %7.648 oranında tespit edilmiştir. Arkea Domeni olarak C. variegatum toprağında %40 oranında Nitrosocosmicus ve %40 tuzcul Halobacter tespit edilmiş olup C. balansae'de dominant Arkea %14 ile Thermococcaceae ve C. triphyllum'da ise dominant Arkea %50 oranında Nitrosocosmicus ve diğer iki toprak örneğinde rastlanılmayan Nitrososphera'ya % 33 oranında rastlanılmıştır. Ökaryot domeninde ise, C. variegatum toprağında dominant mikroorganizma olarak %9 oranında Saccaromycetales, C. balansae'de %45 oranında Cryptococcus neoformans var. grubii H99 ve C. triphyllumʼda ise %41 oranında Saccaromycetales tespit edilmiştir. Bu çalışma, toprakların biyolojik ve kimyasal analiz sonuçlarındaki farklılığın, yapılan metagenom analizle mikroorganizma çeşitliliği ve yoğunluğundaki farklarla senkronize çalıştığını göstermektedir.
Investigation of the presence of biosurfactant producing microorganisms in extreme soils
In this study, biosurfactant production was carried out by Bacillus velezensis, Bacillus haynesii, Bacillus halotolerans, Pseudomonas reinekei, Microbacterium arborescens, Pseudomonas veronii and Acinetobacter lwoffii using olive oil as a carbon source. Optimization of pH, temperature and carbon source for biosurfactant production was carried out. Antimicrobial effects of B.velezensis, P.reinekei and M.arborescens bacteria (50 and 100 microliters) on some pathogens (Staphylococcus aureus ATCC 29213, Escherichia coli, Salmonella spp., Klebsiella spp. and Candida albicans) were determined by using disc diffusion method. According to the results obtained, the highest biosurfactant production of the isolates (B.velezensis, P.veronii P.reinekei) was found according to the oil spread technique after 15 days of incubation, but the highest biosurfactant production in 72 hours of incubation was in B.halotolerans and B. haynesii. In the emulsification index measurement of the biosurfactants produced by the isolates, xylene and sunflower oil hydrocarbons reduce the surface tension by forming emulsion layers, but in the analysis with n-heptane, there is little or no emulsion layers. all biosurfactants produced by the isolates (at 50 µL and 100 µL concentrations) have inhibitory activity against the pathogens used. As a result, maximum biosurfactant production was achieved by adding 5% olive oil as a carbon source, the medium was adjusted to pH 8 and were incubated at 37ºC. It has been determined that the produced biosurfactants reduce the surface tension and have antibacterial and antifungal effects against many pathogens.
Doğal Xanthomonas izolatlarından ksantan gam üretimi ve optimizasyonu
Bu çalışmada, Çukurova Üniversitesi Kampüsü'nün farklı lokasyonlarından alınan toprak örneklerinden Xanthomonas sp. izole edilmiştir. İzolasyon amacıyla imipenem içerikli besiyerine ekim yapılmış, morfolojik olarak Xanthomonas sp. olabileceği düşünülen suşlar seçilerek moleküler tanımlama ile Xanthomonas maltophilia olduğu belirlenmiştir. Xanthomonas maltophilia'dan ksantan gam üretimi ve optimizasyonu gerçekleştirilmiştir. Üretim optimizasyonu amacıyla; optimum sıcaklık, pH, inokulum miktarı, çalkalama hızı, üretim süresi belirlenmiştir. Bu parametrelere ek olarak farklı karbon kaynaklarının ve %2-25 arasında değişen konsatrasyonlarda mısır maserasyon sıvısının üretim verimine etkisi incelenmiştir. Üretilmiş olan ksantan gamın FT-IR ve NMR analizleri yapılmıştır. Xanthomonas maltophilia ile üretilen ksantam gam için en iyi üretim şartları 30 ºC, pH 6.9, %10 inokulum miktarı,150 rpm çalkalama hızı, 24 saat olarak belirlenmiştir. Ksantan gamın üretiminde en iyi karbon kaynağı maltoz, azot kaynağı ise %25 mısır maserasyon konsantrasyonu tespit edilmiştir. Optimum değerler belirlenirken üretilen ksantan gamın 50 °C de 48 saat kurutma işleminden sonra tartımı yapılarak g/ml cinsinden belirlenmiştir. Optimum şartlar altında üretilen ksantan gamın FT-IR ve NMR analizleri sonucunda ksantam olduğu ve 24. saaten sonra bozulmalar meydana geldiği saptanmıştır. Anahtar Kelimeler:Xanthomonas maltophilia, ksantan gam, optimizasyon
Sultan Sazlığı'nın bakteriyal kirlilik düzeyi ve tetrasiklin direnç genlerinin araştırılması
Bu çalışmada, Sultansazlığı Milli Parkı'nın (Kayseri) bazı fiziko-kimyasal parametreleri ölçülmüş, bakteriyal kirlilik düzeyi belirlenmiş, izole edilen bakterilerin identifikasyonları yapılarak 15 farklı antibiyotiğe karşı dirençlilik düzeyleri ile Çoklu Antibiyotik Dirençlilik (ÇAD) oranları belirlenmiştir. Tetrasikline dirençli olan bakterilerin ise direnç genleri araştırılmıştır. Araştırmada, 6 farklı istasyondan 2 farklı periyotta (Nisan ve Eylül) su örnekleri alınmıştır. Sultansazlığı bölgesinin, ortalama sıcaklık, pH ve elektriksel iletkenlik değerleri bakımından 'Kıtaiçi Su Kaynakları Yönetmeliği'ne göre yüksek kalitede olduğu belirlenmiştir. Nisan döneminde toplam koliform sayısı açısından önemli bulgulara rastlanmazken, Eylül döneminde 2. istasyonda bu rakamın yüksek olduğu (2400>kob/100 ml) saptanmıştır. Analizler sonucunda 300 izolatın 5 farklı türe ait olduğu belirlenmiş olup dominant tür Escherichia spp. izolatlarıdır. İzolatların Penisilin, Sefalotin ve Sefazolin'e karşı yüksek dirence (>%50) sahip olduğu belirlenmiştir. Ayrıca izolatların %100'ünde ÇAD bulgularına rastlanmıştır. Tetrasiklin'e karşı direnç 14 bakteride (%4.79) tespit edilmiş olup, bu bakterilerde 5 farklı direnç geni (tetA, tetB tetC, tetM ve tetP) tespit edilmiştir. 14 izolatın tümünde (%100) tetA direnç geni bulunurken, bunu sırasıyla; tetB, tetM, tetP ve tetC geni takip etmektedir. Alınan sonuçlar, Sultansazlığı Milli Parkı'nın fiziko-kimyasal parametreler bakımından I. II. kalitede suya sahip iken, mikrobiyolojik olarak kirli olduğunu göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Sultansazlığı, Antibiyogram, Tetrasiklin, koliform, bakteriyal kirlilik