1,853
Archived Theses
2
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Dendroctonus micans'tan entomopatojenik fungusların izolasyonu, karakterizasyonu ve mikrobiyal mücadele potansiyellerinin araştırılması
Picea orientalis (Doğu Ladini), Doğu Karadeniz Ormanlarının en yaygın ağaç türlerinden biridir. Dendroctonus micans ise P. orientalis ormanlarında sağlıklı ağaçlara saldıran en önemli kabuk böceğidir. Kimyasal, mekanik ve biyolojik tüm mücadele yöntemlerine rağmen, D. micans'ın ladin ormanlarındaki zararı halen etkili bir şekilde devam etmektedir.Bu çalışmada D. micans'a karşı etkili bir fungal etmen tespit etmek amacıyla; zararlının larva ve ergin evrelerinden çeşitli doğal fungus suşları izole edildi ve bunların morfolojik (enfeksiyon şekli, koloni morfolojisi, spor şekli) ve moleküler (ITS1-5.8S-ITS2 gen bölgesi sekansları) karakterizasyonları yapıldı. İzolasyon çalışmaları sonucunda, zararlıdan dört cinse ait 12 fungal suş elde edildi. Bunlar Lecanicillium muscarium (Petch) Zare ve Gams (ARSEF 9276 ve ARSEF 9268), Isaria farinosa (Holmsk) Fr. (ARSEF 9269, ARSEF 9270, ARSEF 9275, ARSEF 9276, ARSEF 9277 ve ARSEF 9278), Fusarium sp. (ARSEF 9273 ve ARSEF 9274), Beauveria bassiana Sensu Lato (ARSEF 9271) ve Beauveria sp. (ARSEF 9272) olarak tanımlandı. Bu izolatlardan L. muscarium, I. farinosa ve Fusarium sp. D. micans'tan ilk kez izole edildi. Ayrıca, izolatların zararlıya karşı virülansları da belirlendi. Spor süspansiyonları 1 X 106 konidia mL-1 yoğunlukta hem larva hem de erginlere uygulandı. Larvalara karşı en yüksek ölüm ve mikoz oranı %90 olarak 10 gün içinde ARSEF 9271 (Beauveria bassiana)'den elde edildi. ARSEF 9271, erginler üzerinde de %93'lük ölüm ve mikoz etkisi gösterdi. Erginler üzerinde en yüksek ölüm ve mikoz oranı 10 günlük sürede %100 ölüm ve %80 mikoz ile ARSEF 9272 (Beauveria sp.) izolatından sağlandı. Bu sonuçlar, ARSEF 9271 ve ARSEF 9272 izolatlarının ileride D. micans'a karşı biyopreparat üretimi çalışmaları için oldukça umut verici olduğunu göstermektedir.
İyonlaştırıcı radyasyon stresine maruz bırakılan buğday (Triticum aestivum L.) tohumlarında dıştan melatonin uygulamasının antioksidan savunma sistemi üzerindeki rolünün incelenmesi
Bu çalışmada, radyoaktif kobalt (60Co) gama ışını kullanılarak farklı dozlarda (100, 200, 300, 400 Gy) iyonlaştırıcı radyasyon (IR)'a maruz bırakılan buğday (Triticum aestivum L. 'Bezostaya-1') tohumlarından elde edilen fidelerin kök ve sürgünlerinde, ekim öncesi ve ekim sonrası melatonin uygulamalarının iyileştirici etkisi fizyolojik ve biyokimyasal düzeyde araştırılmıştır. Bu amaçla kök ve sürgünlerin morfometrik parametreleri (kök ve sürgün boyu, kuru ve taze ağırlık, yaprak alanı), ozmolit içeriği (prolin, sükroz, fruktoz, glukoz ve fruktan içeriği, ozmotik potansiyel), fotosentetik parametreler (klorofil ve karotenoid içeriği, Fv/Fm oranı), enzimatik olan (SOD, POX, CAT, APX, GR, MDHAR, DHAR) ve olmayan (TFM, fenolik asit, GSH) antioksidan savunma sistemi bileşenleri belirlenmiştir. Ekim öncesi melatonin uygulaması başta olmak üzere her iki melatonin uygulaması, IR stresinin buğday fidelerinin büyüme parametreleri, sürgün ozmotik potansiyeli ve fotosentetik pigment içeriğinde oluşturduğu azalmayı iyileştirmiştir. Melatoninin antioksidan enzimler üzerinde oluşturduğu etki IR dozuna, enzim çeşidine ve melatonin uygulama yöntemine bağlı olarak değişmiştir. İyonize radyasyon uygulaması ile artan TFM ve PAL aktiviteleri, ekim öncesi melatonin uygulamasıyla azalırken ekim sonrası melatonin uygulamasıyla artmıştır. Melatonin ve IR uygulamaları fenolik asit ve GSH içeriğini doz bağımlı olarak değiştirmiştir. Hem ekim öncesi ve hem de ekim sonrası melatonin uygulamaları IR stresi ile artan prolin ve şeker içeriklerini azaltmıştır. Sonuç olarak, dışarıdan uygulanan melatoninin, özellikle ekim öncesi melatonin uygulamasının, IR stresine karşı buğday fidelerine yüksek tolerans kazandırdığı ortaya konulmuştur.
Türkiye'de yayılış gösteren Tragopogon L. (Asteraceae) taksonlarının aken anatomik özellikleri
Bu çalışmada Türkiye'de yayılış gösteren tüm Tragopogon L. taksonlarının meyve (aken) yapısı 23 anatomik karakter bakımından incelenmiş ve sayısal analizler ile değerlendirilmiştir. İncelenen taksonlara ait akenler önce ön işleme tabi tutulmuş, ardından parafine gömülerek 5-10 µm kalınlığında enine kesitler alınmış ve çift boyama yöntemi ile boyanmıştır. Işık mikroskobu altında yapılan incelemelerde epidermal süsler, T. oligolepis taksonunda ara rip bölgesinde diğer tüm taksonlarda ise hem ana hem de ara rip bölgelerinde gözlemlenmiştir. İncelenen tüm taksonlarda ekzokarbın tek sıralı, mezokarbın çok sıralı parenkimatik ve sklerenkimatik hücrelerden oluştuğu, sklerenkimatik olan mezokarp hücreleri ile sınırları tam belli olmayan endokarbın mekanik dokuyu oluşturduğu belirlenmiştir. Ana rip bölgesindeki perikarbın T. graminifolius (91,77µm)'ta en ince, T. pterocarpus (1405,73µm)'ta en kalın olduğu bulunmuştur, mekanik dokunun T. graminifolius'ta (37,73 µm) en ince, T. artvinensis (102,844 µm)'te en kalın, parenkimatik dokunun T. graminifolius'ta (43,24 µm) en ince ve T. pterocarpus (1277,16 µm)'ta ise en kalın olduğu belirlenmiştir.İncelenen tüm taksonların ara rip bölgelerinde hava boşlukları tespit edilmişken, yalnızca T. oligolepis'in ana rip bölgelerinde hava boşlukları mevcuttur. Aken anatomisi bakımından incelenen taksonların büyük oranda birbirine benzer oldukları bununla beraber aken çapı, perikarp kalınlığı ve parenkimatik doku kalınlığının taksonlar arası varyasyonu açıklayan en iyi karakterler oldukları belirlenmiştir.
Osmotik stres koşullarında alfa lipoik asit sinyalizasyonu ileantioksidan mekanizma arasındaki ilişkinin araştırılması
Bu çalışmada, osmotik strese maruz bırakılan mısır fidelerinde alfa lipoik asit (ALA) sinyalizasyonu ile reaktif oksijen türleri (ROT) ve antioksidan bileşikler arasındaki etkileşimlerin belirlenmesi amaçlandı. Strese maruz kalan fidelerde, ALA muamelesinin içsel ALA içeriğini, glutatyon (GSH) ve askorbat (ASC) miktarlarını ve antioksidan enzim aktiviteleri ile antioksidan enzimleri kodlayan bazı genlerin ifade seviyelerini artırdığı, ROT seviyesini ise azalttığı bulundu. Ayrıca oksijen radikal temizleyicisi DMTU, GSH biyosentez inhibitörü BSO ve ASC biyosentez inhibitörü AF aracılığıyla sırasıyla ROT, GSH ve ASC seviyeleri azaltıldığında ALA içeriğinin azaldığı belirlendi. Radikal temizleyicisi veya inhibitör uygulanmış fideler ALA ile muamele edildiğinde içsel ALA seviyesi artarken, GSH ve ASC miktarı, süperoksit dismutaz (SOD), katalaz (CAT) ve ASC-GSH döngüsü enzimlerinin aktivitelerinin arttığı, ROT seviyesinin azaldığı görüldü. Enzim aktivitelerindeki değişimler ile SOD ve ASKORBAT PEROKSİDAZ1 gen ifadesindeki değişimlerin benzer olduğu saptandı. Radikal temizleyicisi veya inhibitörler aracılığıyla ROT ve GSH azaltıldığında ALA'nın CAT1 gen ifadesinin nispi seviyesini azalttığı belirlendi. Elde edilen veriler ışığında, ALA'nın sinyal rol oynayan ROT'lar ya da GSH ve ASC gibi antioksidan bileşikler ile etkileşerek antioksidan sistemi uyarabileceği ve böylece ASC-GSH döngüsüne dahil olabileceği sonucuna varıldı.
Calosoma sycophanta L. (Coleoptera: carabıdae)'nın üretimini etkileyen fungal patojenlerin belirlenmesi
Calosoma sycophanta L. (Coleoptera, Carabidae) ülkemizde çam keseböceği olarak bilinen Thaumetopoea pityocampa (Den. & Schiff.) ile biyolojik mücadele amacıyla çeşitli üretim laboratuvarlarında yetiştirilmektedir. Ancak laboratuvarlardaki böcek ölümlerinin artması sebebiyle verim azalmaktadır. Entomopatojenik organizmalardan kaynaklanan hastalıklar bu durumun en önemli nedenidir. Bu çalışmada, 2016-2021 yılları arasında üretim laboratuvarlarından temin edilen C. sycophanta'daki fungal patojenler araştırıldı. Yapılan izolasyonlar sonucunda 3 entomopatojenik fungus tespit edildi. Tespit edilen funguslar morfolojik olarak incelendi, spor yapıları ölçüldü, ITS bölgelerinin sekans analizleri incelenerek ve filogenik benzerlikleri belirlenerek tür seviyesinde teşhiş yapıldı. Yapılan bu çalışmalar sonucunda fungus türlerinin Beauveria bassiana, Fusarium proliferatum ve Metarhizium brunneum olduğu belirlendi. Bu fungus türleri, C. sycophanta'nın larvaları ve erginleri üzerindeki patojenitesini belirlemek amacıyla test edildi. B. bassiana türünün larvalarda %55 oranında en yüksek mortalite gösterdiği, F. proliferatum izolatının son instar evresindeki larvalarda %100'e varan mortalite gösterdiği, yumurtlama verimini %59'luk oranla en çok M. brunneum türünün düşürdüğü tespit edildi. Aynı zamanda B. bassiana türünün larvalara besin yoluyla daha az bulaştığı (%16), doğrudan temas sonrasında görülen ölümün daha yüksek olduğu (%58) tespit edildi. Elde edilen bulgular, C. sycophanta üretim laboratuvarlarının fungal hastalıklar açısından risk altında olduğunu göstermektedir. Bu tez çalışmasıyla birlikte ilk kez C. sycophanta'da hastalık oluşturan fungal patojenlerin tür seviyesinde teşhisi yapıldı ve patojenitesi araştırıldı.
Patates böceği (Leptinotarsa decemlineata, Coleoptera Chrysomelidae)'nin fungal patojenlerinin araştırılması ve prototip fungal mücadele ürününün geliştirilmesi
Bu çalışmada, ilk olarak tarım arazilerinde doğal halde ölü olarak bulunan patates böceği kadavralarından 12 adet fungal patojenler izole edildi ve izolatlar Ld 1-12 şekilde numaralandırıldı. Morfolojik ve moleküler karakterizasyon çalışmaları, izolatların Beauveria bassiana olduğunu ortaya koydu. Tarama testlerinde 1x107 spor/ml konsantrasyonda LdA 1 larvalar ve erginler üzerinde sırasıyla %80 ve %50 ölüm oranlarıyla en etkili izolat olarak belirlendi. Doz denemelerinde de LdA 1 izolatı 1x108 spor/ml konsantrasyonda larva ve erginlerde yedinci gün sonunda sırasıyla %100 ve %47 ölüm etkisi gösterdi. Doz denemeleri sonucunda, larva ve erginler için LC50 değerleri sırasıyla 0.2x106 (0.03-1.15) ve 0.17x108 (0.002-1.411) olarak hesaplandı. Bu izolatın yağ formülasyonu (Crysomelisidal) geliştirildi ve labaratuvar koşullarında saksı denemeleriyle larva ve erginler üzerinde 1x108 spor/ml konsnatrasyonda sırasıyla %100 ve %97 moratalite ve her ikisinde de %100 mikozlanma gösterdiği tespit edildi. Ticari ürün Nostalgist ise aynı koşullarda larva ve erginlerde sırasıyla %27 ve %3 mortalite ve %0 mikozlanma gösterdi. Formülasyonun LC50 değeri ise larvalarda 1.2x106 (0.3-4.8) ve erginlerde de 0.2x107 (0.06-0.9) olarak hesaplandı. Ayrıca bu ürünün Crysomelisidea familyasından Agalastica alni ve Xanthogaleruca luteola üzerinde de etkili olduğu belirlendi.
Lacerta medıa (Lantz ve cyren, 1920)'nın yaş yapısının ve büyümesinin incelenmesi
Bu çalışma, Sivas Kertenkelesi (Lacerta media)'nin bir popülasyonundaki (Gümüşhane ili Torul ilçesi Harmancık Köyü'nde bulunan) bireylerin iskelet kronolojisi yöntemi kullanılarak yaş, vücut uzunluğu ve büyüme ilişkilerinin değerlendirilmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. Harmancık popülasyonuna ait yetişkin bireylerde ortalama SVL ve yaş, L. media'nın tüm bireyleri için 101,57 ± 4,04 mm ve 5,31 ± 1,34 yıl (sırasıyla yetişkin dişi örneklerde 101,10 ± 3,61 mm ve 5,31 ± 1,03 yıl ve yetişkin erkek örneklerde ise 102,09 ± 4,57 mm ve 5,33 ± 1,67 yıl) olarak bulunmuştur. Yaş aralığı ergin erkeklerde 4-8 yıl, ergin dişilerde 4-7 yıl arasında değişmektedir. Hem dişilerin hem de erkeklerin 4 yaşında cinsel olgunluğa eriştikleri gözlemlenmişitir. Yarı ergin erkek ve dişilerin yaşı 3 olarak tespit edilmişken, juvenillerin yaşı ise 2 olarak bulunmuştur. Türün ergin dişi ve erkek bireylerinde SVL ile yaş arasında pozitif bir korelasyon bulunmuştur. Erkek yönlü bir eşeysel boyut dimorfizmi (SSD = -0,097) gözlenmiştir. Cinsiyetler arasında büyüme oranında istatistiki açıdan önemli bir fark bulunmamıştır.
Rana dalmatına (Fitzinger in Bonaparte, 1839)'nın yaş yapısının ve büyümesinin incelenmesi
Bu tez çalışması, Çevik Kurbağanın (Rana dalmatina) bir popülasyonundaki (Zonguldak ili, Devrek ilçesi, Özyurt Köyü'nde bulunan) bireylerin yaş ve vücut uzunluğu ilişkilerini değerlendirmek için iskelet kronolojisi yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Bu popülasyonda toplam 30 (17 erkek, 13 dişi) Çevik Kurbağa bireyleri incelenmiştir. Özyurt popülasyonuna ait yetişkin bireylerde ortalama yaş ve SVL, Rana dalmatina'nın tüm bireyleri için 61,54 ± 1,31mm ve 4,50 ± 0,38 (Sırasıyla, dişi örneklerde 67,86 ± 1,00 mm ve 6,46 ± 0,33, erkek örneklerde ise, 56,70 ± 1,26 mm ve 3,00 ± 2,71) olarak bulunmuştur. Vücut büyüklüğünde (SVL) dişi yönlü eşeysel büyüklük farkı (SSD = 0,196) olduğu görülmüştür. Yaş aralığı dişilerde 4-8, erkeklerde 2-6 arasında değişmektedir. Bu popülasyonda, dişiler ve erkeklerin 2 yaşında eşeysel olgunluğa ulaştıkları görülmüştür. Bu türün hem dişi hemde erkek bireylerinde vücut büyüklüğü (SVL) ve yaş arasında bir korelasyon bulunmuştur. Anahtar Kelimeler: İskelet kronolojisi, SVL, von Bertalanffy, Maksimum yaş, Zonguldak
Bazı propolis fenoliklerinin HIV-1 revers transkriptaz ile moleküler interaksiyonu: moleküler docking (kenetlenme) çalışması
HIV'in neden olduğu AIDS, dünya çapında yaygın olup insan bağışıklık sistemini baskılayarak, vücudu enfeksiyonlara karşı savunmasız bırakmaktadır. Standart antiretroviral ilaçlara karşı HIV-1 direnci görülme sıklığı artmakta ve şu anda kullanımda olanlardan daha az toksik ve ucuz ajanlara ihtiyaç duyulduğundan, doğal ürünler arasından yeni tedaviler aranmaktadır. Aranan bu tedaviler arasında, propolisin antiviral özelliği (Gekker vd., 2005) ve Revers transkriptaz inhibitörü olma özelliği ona olan ilgiyi arttırmaktadır. Bu yüzden, dünyada büyük bir sorun olan HIV-1'in tedavisinde propolis iyi bir aday olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışmada, tasarlanan ligandlar filtrelenerek ilaç olma özelliğine sahip olabilecek propolisin yapısında bulunan sekiz fenolik madde ligand olarak Autodock4 programı ile bir RT kristal yapısı olan 3qip.pdb yerleştirildi. Yerleştirme sonucunda CAPE (Caffeic acid phenetyl ester) ligandı -8,65 kcal/mol'lük skor ile RT enzimine en iyi bağlanan ligand olarak belirlendi. Diğer yedi ligandın da enzim için iyi yerleşme skorları verdiği gözlendi. Sonuç olarak HIV-1 revers transkriptaz için inhibitör adayı olan yeni ligandların tasarımı gerçekleştirildi. Daha önceki çalışmalarda etki mekanizması çoğunlukla virüsün hücre içine girişini bloke etmeye yönelik iken (Harish vd., 1997), bizim çalışma hedefimizin ise HIV-1 Revers transkriptaz enziminin inhibisyonuna yönelik olmasıdır. Dolayısı ile hedeflediğimiz yön itibariyle yenilikçi ve ümit vaat edicidir.
İyonize radyasyon koşullarının buğday fidelerinde oluşturduğu oksidatif hasarın etkilerini dıştan salisilik ve gallik asit uygulanmasıyla iyileştirilmesinin araştırılması
Bu çalışmada iyonize radyasyon (IR) stresi (100, 200, 300, 400 Gy) koşullarında buğday (Triticum aestivum L. 'Gönen 98') fidelerinin yapraklarında oluşan stres hasarının, salisilik asit (SA) ve gallik asit (GaA) uygulamalarıyla iyileştirilmesi, fizyolojik (yaprak boyu, kuru ve taze ağırlık, osmotik potansiyel, vb.) ve biyokimyasal düzeyde araştırılmıştır. Bu amaçla yaprakların fotosentetik parametreleri (klorofil ve karotenoidler, stoma iletkenlik), enzimatik olan (POX, GR, SOD, APX, MDHAR, DHAR) ve olmayan (TFM) antioksidan savunma sistemi bileşenleri, ozmotik potansiyel değerleri belirlenmiştir. SA ve GaA buğday fidelerinde IR'un büyüme ve fotosentetik parametreler ve ozmotik potansiyeli üzerinde oluşturduğu azalmayı iyileştirdiği belirlenmiştir. Stres koşullarında SA ve GaA uygulamaları yapraklarda, TFM içeriğinde ve antioksidan enzim aktivitelerinde azalma sağlamıştır. Bununla birlikte stres etkisi ile artan H2O2 ve TBARS içeriklerinde de SA ve GaA uygulamaların azalmaya neden olduğu tespit edilmiştir. Büyüme parametreleri ile fotosentetik parametre sonuçlarının, ayrıca antioksidan sistem elemanlarına ait sonuçların birbiri ile ilişkili olduğu kaydedilmiştir. Sonuç olarak dıştan SA ve GaA uygulamaları buğday fidelerinde IR stresi koşullarında bitkiye yüksek tolerans kazandığı belirlenmiştir.
Jantinobacterium sp. suşlarının viyolasin pigmentlerinin antiviral, antimikrobiyal ve antibiyofilm özelliklerinin araştırılması
Bu çalışmada Jantinobacterium sp. GMG-1 ve Jantinobacterium sp. GK bakterilerinin doğal metaboliti olan Viyolasin pigmenti kaba ekstrelerinin antimikrobiyal, antiviral ve biyofilm oluşum inhibisyonu etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla antimikrobiyal analizler için CLSI (Clinical Laboratuvary Standards Instute) mikrodilüsyon yöntemi kullanılırken, antiviral analizler için HIV-1 RT inhibisyonu ve SARS-CoV-2 Spike S1: ACE2 Biyotin inhibisyon kitleri kullanıldı. Ayrıca biyofilm oluşumu inhibisyonunun araştırılmasında Gram pozitif bir bakteri olan Enterococcus faecalis 74, E. faecalis 29212 ve E. faecalis OG1RF suşları kullanıldı. GMG-1 ve GK kaba Viyolasin ekstraktları, saf Viyolasin ve Deoksiviyolasin'in, sırasıyla 0,8 mg/ml - 0,1 mg/ml, 2-0,05 mM ve 1,5-0,5 mM konsantrasyon aralıklarında, HIV-1 RT inhibisyon oranlarında ve Spike S1: ACE2 üzerinde konsantrasyona bağlı olarak inhibisyon oranında artışa neden oldu. Ayrıca GMG-1 ve GK kaba Viyolasin ekstraktlarının (0,8- 0,1 mg/ml) E. faecalis biyofilm oluşumunu doz artışına bağlı olarak inhibe ettiği gözlendi. Sonuç olarak bu çalışma, Jantinobacterium'a ait GMG-1 ve GK suşlarından elde edilen Viyolasin'in antimikrobiyal, antiviral etkinliği olduğunu ve biyofilm oluşumunu engellediğini göstermektedir.
Entomopatojen funguslara ait hidrofobin genlerinin araştırılması, hidrofobin-infektivite ilişkisinin belirlenmesi ve in vitro sistemde ifadesi
Hidrofobinler, moleküler kütlesi yaklaşık 10 kDa olan filamentli funguslarda üretilen sistein açısından zengin, amfipatik proteinlerdir. Bu özelliklerinden dolayı yüzey kaplamaları, biyosensörler, rekombinant proteinlerin saflaştırılması ve kendi kendini temizleyen yüzeyler gibi birçok endüstriyel uygulamada önemli rol oynarlar. Bu tezde, entomopatojenik funguslarda (EPF) bulunan hidrofobin genlerinin belirlenmesi, hidrofobin özellikleri ile insektisidal özelliklerin karşılaştırılması ve seçilen hidrofobin geninin Pichia pastoris maya sisteminde ifade edilerek endüstriyel kullanıma hazırlanması amaçlanmıştır. Bu amaçla Karadeniz Teknik Üniversitesi fungus koleksiyonundan elde edilen 20 adet entomopatojenik fungus izolatında hidrofobin geninin varlığı araştırılmış ve bu izolatların 14'ünde hidrofobin geni (hyd) tespit edilmiştir. hyd taşıyan tüm izolatların sınıf I hidrofobin grubuna ait oldukları belirlenmiştir. Hidrofobin geni ihtiva eden entomopatojenik funguslar değerlendirildiğinde, insektisidal aktivite, morfolojik özellikler, hızlı büyüme, konak spektrumu, konak yüzeylerindeki adhezyon derecesi ve yüksek mortaliteye sahip olma özellikleri göz önünde bulundurulduğunda Beauveria bassiana KTU-57 izolatına ait hidrofobin geninin P. pastoris maya sisteminde ifade edilmesine karar verildi. Bu doğrultuda fungal genomdan ribozomal RNA elde edilerek revers transkriptaz enzimi ile cDNA'sı oluşturuldu. RT-PCR (Reverse Transcriptase-Ters Transkriptaz) ile elde edilen hidrofobin geni, pPICZC vektörüne klonlandı ve rekombinant maya vektörünün (pPICZC+hyd) P. pastoris X-33 gen ifade konağında ifadesi sağlandı. Önemli miktarda protein ifadesi gerçekleştirilmiş olmakla birlikte hidrofobin proteinin endüstriyel amaçlı kullanılması için üretim kapasitesinin arttırılmasına yönelik optimizasyon çalışmaları devam etmektedir.
Chilo iridescent virus (CIV) 118 L geninin bakülovirüs vektör sisteminde ifadesi ve antikor geliştirilmesi
Chilo iridescent virus (CIV), Iridoviridae familyasına ait bir böcek virüsüdür. CIV, tarımda önemli zararlara neden olan çeşitli otçul böceklerde enfeksiyon oluşturduğu için ekolojik ve ekonomik öneme sahiptir. Şu ana kadar yapılan çalışmalar sonucunda, CIV yapısında 54 farklı protein olduğu tespit edilmiştir. Bu yapısal proteinlerden biri virüs replikasyon döngüsü için hayati öneme sahip olabilecek potansiyel zarf proteini olan 118L açık okuma zinciri tarafından kodlanmaktadır. 118L, tüm iridoviridlerde homologları olan bir gendir. Ancak CIV'de bu gen tarafından kodlanan proteinin fonksiyonu bilinmemektedir. 118L geninin fonksiyonun aydınlatılması için genin ifadesinin gerçekleştirilmesi ve hedef proteine karşı antikor geliştirilmesi önemli bir basamağı oluşturmaktadır. Bu tezde, polimeraz zincir reaksiyonu ile 118L geni virüs genomundan çoğaltıldıktan sonra gen ifade sistemlerinden biri olan bakülovirüs ekspresyon vektör sisteminde genin ifadesi gerçekleştirilmiştir. Ayrıca, saflaştırılan rekombinant protein kullanılarak antikor geliştirilmiştir. Sonuç olarak virüs yapı ve replikasyonunda 118L proteinin fonksiyonunun aydınlatılmasında kullanılabilecek 118L proteini ve bu proteine karşı kullanılabilecek antikor başarıyla elde edilmiştir.
Yerel entomopatojen fungusların kırmızı tavuk akarı (Dermanyssus gallinae, Arachnida: Dermanyssidae) üzerindeki patojenitesi
Bu çalışmada, Bursa ili ve çevresindeki tavuk ve yumurta çiftliklerinde yayılım gösteren kırmızı tavuk akarı (Dermanyssus gallinae)'na karşı, daha önceden farklı konaklardan ve toprak örneklerinden izole edilen 20 adet fungus suşunun etkisi araştırıldı. Ekonomik kayıplara neden olan D. gallinae ile mücadelede entomopatojen fungus kültür koleksiyonumuzda bulunan 20 adet fungus suşunun 1 × 107 konidia/ml konsantrasyonda akar üzerinde tarama testleri gerçekleştirildi. Denemelerde pozitif kontrol olarak BioStorm (Metarhizium anisopliae) kullanıldı. Doz denemeleri sonucunda As-2 ve Pa4 suşlarının 1 × 109 konsanstrasyonda akara karşı %100 ölüm oranı gösterdiği belirlendi. Bu suşların LC50 değerleri, As-2 için 5.5 × 104 konidia/ml ve Pa4 için 3.2 × 104 konidia/ml olarak hesaplandı. LT50 değerleri ise As-2 için 1.94 ve Pa4 için 1.57 gün olarak tespit edildi. Suşların sporlarının sıcaklık ve UV-B'ye karşı gösterdiği töleranslar test edildi. Elde edilen sonuçlarla beraber iki fungal suşun akarın mücadelesinde kullanılabilirliği noktasında gelecekteki çalışmalar için dikkat çekici olduğu öngörülmektedir.
Anoxybacillus ayderensis Ay9 β-glukozidaz g226e mutantınınkarakterizasyonu
Enzimler, metabolik yolakların biyolojik anahtarlarıdır. Bu metabolik yolaklarda görev alan enzimlerden biri olan β-glukozidaz doğada yaygın olarak bulunur ve tüm yaşayan organizmalarla ilişkilidir. Glukoz hidrolaz ailesinin önemli bir grubunu temsil eden β-glukozidaz çok sayıda doğal ve yapay substratları bulunur ve bu substratlara karşı özgünlüğü farklıdır. Bu nedenle, endüstriyel açıdan önemlidir. Bu çalışmada, Anoxybacillus ayderensis Ay9 suşundan önceden kolonlamış ve N222S mutasyonuna sahip β-glukozidaz enzimine ikinci bir mutasyon yapmak amacıyla 226. Rezidüsündeki glisin glütamik aside dönüştürüldü. Daha sonra mutasyonun enzim üzerindeki etkisinin anlaşılması için enzim karakterizasyonu substrat olarak p-nitrofenil β-d-glukopiranozid (pNPG) kullanılarak yapıldı. Enzimin optimum sıcaklığı 50°C ve optimum pH değeri 7olarak belirlendi. Enzimin Km, Vmax, kcat ve Km/kcat değerleri sırasıyla 0,35 mM, 16,61 U/mg, 14,98 s-1, 42,26 s-1mM-1 olarak belirlendi.
Malacosoma neustria orjinli Bacillus thuringiensis'e ait cry2Ab geninin karakterizasyonu, ekspresyonu ve insektisidal aktivitesinin araştırılması
Bacillus thuringiensis, Gram-pozitif, sporlanabilen, fakültatif anaerop bir toprak bakterisidir. Sporlanma esnasında üretilen, parasporal kristal yapıdaki ?-endotoksinler, bunların çok sayıda tarım zararlılarıyla mücadelede etkili ve yaygın bir şekilde kullanılmalarını sağlamaktadır. Bu potansiyelleri nedeniyle bugün, tüm dünyada en çok üretilen ve en fazla market satışlarına sahip ticari mikrobiyal mücadele preparatları B. thuringiensis'lerden geliştirilmiştir.Bu çalışmada kullanılan Bacillus thuringiensis MnD izolatı, doğal olarak ölmüş Malacosoma neustria larvalarından izole edildi. Bu izolata ait cry2Ab geni, dejenerat primerler kullanılarak PZR yöntemiyle çoğaltıldı. Çoğaltılan genlerin nükleotid sıralarının belirlenmesi için PZR ürünleri pGEM-T Easy vektörüne klonlandı ve dizin analizine gönderildi. Dizin analizi yapılan cry2Ab geninin DNA ve aminoasit sıraları literatürdeki mevcut cry2Ab genlerinin DNA ve aminoasit sıraları ile karşılaştırıldı.Analiz sonuçları, çalışmada kullanılan yerel Bacillus thuringiensis izolatına ait cry2Ab geninin 1902 bp uzunluğunda olduğunu, 633 aminoasit dizisi kodladığını ve literatürdeki B. thuringiensis ly30 bakterisinin cry2Ab genine %99 oranında benzerlik gösterdiğini ortaya koydu. Dizin analizi yapılan bu cry2Ab geni, pET-28a(+) ekspresyon vektörüne klonlanarak Escherichia coli'de ekspres edildi. Ekspresyon sonucu, SDS-PAGE analizine tabi tutuldu ve cry2Ab proteininin 70 kDa büyüklüğünde olduğu belirlendi. Üretimi yapılan cry2Ab proteinin insektisidal aktivitesi, Malacosoma neustria (Lepidoptera: Lasiocampidae) ve Rhagoletis cerasi L. (Diptera: Tephritidae) zararlıları üzerinde test edildi. Yüz ?g konsantrasyonundaki cry2Ab proteinin M. neustria larvaları üzerinde %73 ve R. cerasi larvalarında ise %75'lik insektisidal etki gösterdiği belirlendi.
Bazı endemik Centaurea L. (Asteraceae) türlerinin anatomik yönden incelenmesi
Bu çalışmada Centaurea L. (Asteraceae) cinsine ait yedi endemik türün, gövde ve yaprak anatomileri incelenmiştir. İncelenen türler 2005 ve 2008 yıllarında Türkiye'nin değişik bölgelerinde yapılan arazi çalışmalarında toplanmıştır. Toplanan örneklerin bir kısmı kurutularak herbaryum örneği haline getirilmiş ve Türkiye Florası kitabına göre teşhis edilmiştir. Bir kısmı ise anatomik incelemelerde kullanılmak üzere alkolde muhafaza edilmiştir. Anatomik incelemeler stok materyalinden elle ve/veya mikrotomla alınan ve uygun boyama teknikleri ile boyanan kesitler üzerinde gerçekleştirilmiştir.Yapılan incelemelerde taksonların genel anatomik özellikleri birbirine benzer olmakla birlikte, incelenen taksonlar aralarında önemli sayılabilecek bazı farklılıkların da olduğu tespit edilmiştir. Tespit edilen başlıca anatomik farklılıklar şu şekilde özetlenebilir. İncelenen taksonlardan yalnızca C. appendicigera ve C. kilaea'da gövde epidermisinin hemen altında klorenkima adı verilen belirgin bir doku bulunurken, C. armena türünün korteksinde ve öz bölgesinde gruplar halinde sklerankima hücreleri ve öz bölgesinde ise çok geniş hücreler arası boşluklar tespit edilmiştir. Benzer şekilde C. kilaea ve C. hedgei türlerinin orta damar bölgelerinde belirgin şekilde kambiyum tabakası bulunmaktadır. Tespit edilen diğer önemli farklılıklar arasında C. helenioides'te yaprakların hipostomatik, çalışılan diğer türlerde ise amfistomatik, C. hedgei'de yaprakların bifasiyal ve diğer türlerde ise ekvifasiyal olması sayılabilir.
Bazı Onosma L. (Boraginaceae) türleri üzerinde anatomik çalışmalar
Bu çalışmada 6 Onosma L. türü (O. discedens Hausskn. ex Bornm.(endemik), O. tenuiflorum Willd., O. aucheranum D.C., O. roussaei D.C., O. rigidum Ledeb. ve O. trapezunteum Boiss. & Huet ex Hand.-Mazz.(endemik)) anatomik yönden incelenmiştir.Çalışmada kullanılan bitki materyalleri Doğu Karadeniz Bölgesi ve Erzincan ilinden 2003?2006 yıllarında bitkilerin vejetasyon dönemlerinde toplandı. Toplanan bitkiler herbaryum ve fiksasyon materyalleri şeklinde muhafaza edildi. Anatomik incelemeler için fiksasyon örneklerinin gövdelerinden enine kesitler, yapraklarından ise hem enine hem de yüzeysel kesitler alındı. Kesitlerden daimi preparatlar hazırlandı ve Olympus BX51 ile fotoğraflandı. Aynı zamanda bu preparatlardan çizimler de yapıldı.Türlerin anatomik özellikleri karşılaştırıldı ve türler arasında bazı farklılıklar tespit edildi. En önemli anatomik farklılıkların yapraklarda olduğu görülmüştür. Bu farklılıklar; mezofilde palizat parankiması hücrelerinin sıra sayısı ve uzunluğu, yaprak yüzeylerinde ise stoma, epidermis hücreleri ve tüylerdedir. Ayrıca gövde anatomisinde de, korteks ve öz parankima hücrelerinin şekil ve sıra sayısı gibi özelliklerinin önemli anatomik karakterler olduğu belirlenmiştir.
Bazı Hieracium L. (Asteraceae) taksonlarının palinolojik özellikleri
Bu çalışmada Hieracium L. (Asteraceae) cinsine ait 10 takson palinolojik yönden incelenmiştir. İncelenen türlere ait polenler Karadeniz Teknik Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü Herbaryum'unda (KTUB) saklanan teşhis edilmiş bitkilerden temin edilmiştir.İncelenen tüm taksonların polenleri apertür şekli ve sayısı bakımından trikolporat, polen şekli bakımından ise H. ovalifrons (Woronow & Zahn) Juxip, H tamderense Hub.-Mor, H. microtum Boiss, H.conicum Avret-Touvet, H. umbellatum L. ve H. pseudosvaneticum Peter taksonları oblat sferoidal, H. macrolepis Boiss, H. lanceolatum Vill., H. vagum Jordan ve H. rigens Jordan taksonları ise prolat sferoidal'dır. İncelenen taksonlarda Clg/Clt oranı (3,58-4,64) ve P/E oranının (0,92-1,11) taksonların ayırımında önemli bir karakter olarak belirlenmiştir. Ayrıca lumina genişliği (8,88-11,56 µm) ve ekzin kalınlığının (6,88-9,12 µm) da önemli bir karakter olduğu belirtilmiştir. İncelenen tüm kolpuslar oldukça uzun ve uçları yuvarlak, por kolpusun merkezinde yer almaktadır. Ekzin strüktürü tektat, ornemantasyonu ise ekinattır.İncelenen taksonlara ait yukarıda söz edilen palinolojik veriler sayısal olarak değerlendirilmiş ve buna göre bir polen teşhis anahtarı hazırlanmıştır. Polenlerin ışık (LM) ve taramalı elektron mikroskobunda (SEM) fotoğrafları ilk kez olarak çekilmiş ve çalışmaya eklenmiştir
Üç Thymus L. türüne ait özüt ve uçucu yağların biyolojik aktivitelerinin araştırılması
Bu tez; ülkemizde 38 tür ile temsil edilen Thymus (Lamiaceae) cinsine ait Thymus pseudopulegioides Klokov&Des-Shost, Thymus transcaucasicus Ronniger ve Thymus praecox Opiz subsp. grossheimii (Ronniger) Jalas var. grossheimii bitkilerinden elde edilen hekzan, kloroform ve su özütleriyle uçucu yağlarının in vitro antioksidan, antimikrobiyal ve antiviral aktivitelerini çalışmak üzere tasarlandı.Uçucu yağların kimyasal içerikleri Gaz Kromotografisi (GK) ve Kütle Spektrometrisi (GK-KS) analizleri ile belirlendi. Timol tüm uçucu yağlarda; T. pseudopulegioides %58, T. transcaucasicus %55 ve T. praecox subsp. grossheimii var. grossheimii %29,4 oranlarında ana bileşenler olarak belirlendi.Antioksidan aktviteler, 2,2-Difenilpikrilhidrazil (DPPH) ve ß-karoten renk açılım testi- spektrofotometrik yöntem adlı iki tamamlayıcı test sistemi ile belirlendi. DPPH yönteminde tüm su özütleri yüksek oranda radikal temizleyici etki gösterdi. En yüksek aktivite T. pseudopulegioides uçucu yağında (IC50:2,3 ?g/ml) gözlendi. ß-karoten yönteminde hekzan ve kloroform özütleri yüksek aktivite gösterdi. En yüksek aktivite %79,95'lik inhibisyon değeriyle T. pseudopulegioides'in kloroform özütünde gözlendi.Antibakteriyal, antikandidal ve antifungal disk difüzyon, mikrowell dilüsyon yöntemi ve MİK agar dilüsyon yöntemi ile belirlendi ve test mikroorganizmaları olarak 9 bakteri, 1 maya ve 3 mantar suşu kullanıldı. Bu üç Thymus türünden elde edilen kloroform, hekzan ve su özütlerinde antimikrobiyal aktivite gözlenmedi. T. pseudopulegioides ve T. transcaucasicus uçucu yağlarının, P. aeruginosa mikroorganizması hariç diğer mikroorganizmalar üzerinde etkili antimikrobiyal aktivitesinin olduğu tespit edildi. Bu uçucu yağların etkili antibakteriyal ve antikandidal aktivitelerinin yanında çok güçlü antifungal aktiviteye sahip olduğu tespit edildi.Bu Thymus türlerinden elde edilen hekzan, kloroform ve su özütleri, anti-HSV ve Anti-Influenza A aktivite yönünden `etkisiz' bulunmuşlardır.
Anoxybacillus sp. Pdf1 lipaz geninin klonlanması, ekspresyonu ve karakterizasyonu
Lipazlar (triaçilgliserol hidrolazlar; EC.3.1.1.3) lipid-su arayüzeyinde trigliseritlerin hidrolizini katalizleyen enzimlerdir. Mikrobiyal lipazlar, deterjan, transesterifikasyon ve kiral bileşiklerin sentezlenmesi açısından endüstriyel açıdan oldukça ilgi çekmektedirler. Termofilik mikroorganizmaların lipazları sıcaklık ve kimyasal denatürasyona karşı dirençli olduklarından dolayı endüstiyel süreçlerde önemli rolleri vardır.Bu çalışma Anoxybacillus sp. PDF1 lipaz geninin klonlanmasını, gen ürününün izolasyonunu ve karakterizasyonunu konu almaktadır. PDF1 lipazını kodlayan 740 nt` lik genin baz dizilimi belirlenerek pET28a+ vektörüne klonlandı. Geni içeren vektör, E.coli BL21 hücresine aktarılarak lipaz ekspres edildi ve saflaştırıldı. Saflaştırılan lipazın maksimum aktivitesi 60ºC pH 8'de incelendi. p-nitrofenil butirat için olan 0,348 mM Km değeri ile diğer birçok lipaz enzimlerine göre daha düşük bir Km değerine sahip olduğu belirlendi. Mg+2, Li, Ca+2, K, Zn+2, ve Co+2 metal iyonlarının etkisi incelendi. PDF1 lipazının moleküler ağırlığı 28 kDa olarak tespit edildi. Elde edilen veriler ışığında, enzimin biyokimyasal özellikleri, enzimin önemli bir endüstriyel enzim olabileceğini göstermektedir.
Leptinotarsa decemlineata (Coleoptera, Chrysomelidae)'nın bir mikrosporidium patojeninin karakterizasyonu ve varlığı
Patates bitkisi dünyanın birçok ülkesinde olduğu gibi ülkemizde de önemli bir besin kaynağıdır. Zengin içeriği, birçok iklim koşuluna gösterdiği uyum ve çok çeşitli kullanım alanı ile en çok tercih edilen tarım ürünlerinden biridir. Bu nedenle ekonomik açıdan da kayda değer bir öneme sahiptir.Patates böceği, Leptinotarsa decemlineata (Coleoptera: Chrysomelidae), en önemli patates zararlılarından biridir. Bu zararlı ile mücadelede çoğunlukla kimyasal ilaçlar kullanılmaktadır. Uygulanan kimyasalların yan etkileri, zararlının kontrolünü gittikçe güçleştirmektedir. Hazırlanan bu çalışmada Leptinotarsa decemlineata'da enfeksiyon yapan bir mikrosporidium patojeninin karakterizasyonu ve varlığı ortaya konmuştur. Trabzon'un dört lokalitesinden (Akçaabat, Pelitli, Yeşiltepe ve Yomra) periyodik olarak toplanan L. decemlineata ergin ve larvaları disekte edilip ışık mikroskobu altında incelenmiştir ve mikrospor enfeksiyonuna rastlanmıştır. Elektron mikroskobu (TEM) çalışmaları sonucunda tespit edilen bu patojenin Nosema cinsine ait, Nosema leptinotarsae Lipa, 1968 (Dissociodihaplophasida: Nosematidae) olduğu belirlenmiştir. Patojenin sporları 4,54 ± 0,5 (n= 4809) µm × 2,46 ± 0,3 (n=4878) µm'dir. N. leptinotarsae enfeksiyonu bağırsakta, malpigi tüplerinde ve hemolenfte gözlenmiştir.Akçaabat'tan toplanan 248 larvanın 4'ünde (% 1,61), 271 erginin 28'inde (% 10,33), Pelitli'den toplanan 238 larvanın 5'inde (% 2,1), 146 erginin 7'sinde (% 4,79), Yeşiltepe'den toplanan 294 larvada hiç bulunmazken, 317 erginin 9'unda (% 2,83), Yomra'dan toplanan 206 larvanın 15'inde (% 7,28), 47 erginin 2'sinde (% 4,25) N. leptinotarsae enfeksiyonu kaydedilmiştir.Arazi çalışmaları sonucunda elde edilen erginler ile gerçekleştirilen mikrospor biyoassay deneyleri sonucunda % 62,8 oranında enfeksiyon tespit edilmiştir.
Tanacetum L. (Asteraceae) taksonlarının karyotip analizleri
Asteraceae (Compositae) familyasının Anthemideae tribusunda yer alan Tanacetum L. Cinsi, başlıca Avrupa, Ilıman Asya ve birkaç türü de Kuzey Amerika'da yayılış gösterir. Dünyada 150'den fazla takson ihtiva eder. Türkiye'de ise tür, alt tür ve varyete düzeyinde 60 takson ile temsil edilmektedir. Bu çalışmada taksonlardan 4'ünün karyotip analizleri yapılmıştır. Bu çalışma ile karyotip analizleri yapılan taksonlar; T. albipannosum Hub.-Mor. & Grierson, T. aucheranum (D C.) Schultz Bip., T. parthenium (L.) Schultz Bip., T. argyrophyllum var. argyrophyllum (C. Koch) Tvzel.'dur.Çalışmada kullanılan materyaller, Trabzon ve Gümüşhane'den 2005 ve 2009 yıllarının Haziran ayında toplandı. Toplanan bitkiler morfolojik özelliklerine göre belirlenip herbaryum örnekleri haline getirildi ve her bitkiye ait aktif kök ucu ve tohumlar temin edildi. Elde edilen tohumlar çimlendirildi. Tohumların çimlenmesiyle temin edilen kök uçları aseto-orsein ile boyandı ve daimi preparatları hazırlandı. Daimi preparatlardan her taksona ait kromozom sayısı, morfolojisi, ölçümleri, kol oranları ve sentromerlerin yerleri belirlendi.Bu çalışma sonucunda, incelenen bütün taksonların kromozom sayısının 2n=18 olduğu tespit edildi. Çalışılan taksonların kromozom sayısı aynı olmasına rağmen kromozom morfolojilerinde farklılıklar gözlendi. Taksonların karyotiplerinde sentromerin yerine göre median, submedian ve subterminal sentromerli kromozomlar görüldü.
Ostrinia nubilalis'in kültüre edilebilir bakteriyal florasının belirlenmesi ve mikrobiyal etkilerinin araştırılması
Mısır kurdu (Ostrinia nubilalis Hbn. Lepidoptera: Pyralidae) polifag bir zararlı olup, Türkiye'de ve tüm dünyada oldukça yaygındır. Larvaları mısırda olduğu gibi darı, kendir ve şerbetçi otu gibi bitkilerde de ciddi zararlara neden olabilir ve biber, sorgum, bezelye, soya fasulyesi, pamuk ve fasulyede de yaralanmalara neden olmaktadır. Bu zararlıdaki bakteriyal flora çalışmaları, önemli bir biyolojik mücadele etmeninin geliştirilmesi ve böcek direncinin belirlenmesinde oldukça önemlidir. Bu amaç doğrultusunda, Ostrinia nubilalis larvaları Doğu Karadeniz Bölgesi'ndeki çeşitli tarım alanlarından toplandı. Bu larvalardan toplam 26 kültüre edilebilir bakteriyal izolat elde edildi ve morfolojik, fizyolojik, biyokimyasal ve moleküler karakterizasyon sonucunda bu izolatlar Pseudomonas aeruginosa (On1), Brevundimonas aurantiaca (On2), Chryseobacterium formosense (On3), Acinetobacter sp. (On4), Microbacterium thalassium (On5), Bacillus megaterium (On6), Serratia sp. (On7), Ochrobactrum sp. (On8), Variovorax paradoxus (On9), Corynebacterium glutamicum (On10), Serratia sp.(On11), Paenibacillus sp.(On12), Microbacterium sp.(On13), Alcaligenes faecalis (On14), Microbacterium testaceum (On15), Enterococcus sp. (On16), Enterococcus sp. (On17), Leucobacter sp. (On18), Paenibacillus sp. (On19), Alcaligenes faecalis (On20), Microbacterium thalassium (On21), Microbacterium sp. (On22), Leucobacter sp. (On23), Alcaligenes faecalis (On24), Serratia sp. (On25) ve Serratia marcescens (On26) olarak tanımlandı. Çalışmada 16 S rRNA analizine göre On13, On16, On19 ve On22 kodlu izolatların yeni türler olabilecekleri belirlendi. On1 (Pseudomonas aeruginosa) ve On16 (Enterococcus sp.) kodlu izolatların 14 gün içinde 3. evre O.nubilalis larvaları üzerinde %100'lük bir öldürücü etkiye sahip olduğu tespit edildi. Ayrıca, farklı zararlılar üzerinde yüksek öldürücü etkiye sahip Bacillus izolatlarından Xd 3(Bacillus thuringiensis) kodlu izolat Ostrinia nubilalis üzerinde %80'lik etkiye sahip olduğu belirlendi, öldürücü etkiyi gösterdi. Sonuç olarak, On1 and On16 kodlu izolatların Ostrinia nubilalis'e karşı en önemli gelecek vaat eden bir biyolojik mücadele etmeni olabilecekleri gösterildi.
Geobacillus sp. 71 endoksilanaz geninin klonlanması, ekspresyonu ve enzimin karakterizasyonu
Ksilan, doğada ikinci sırada sıklıkta bulunan bir polisakkarittir. Endoksilanazlar da ksilanın hidrolizinden sorumlu bir enzim grubu olup başta kağıt ve kağıt hamuru endüstrileri olmak üzere endüstride en çok kullanılan enzimlerden biridir. Termofilik mikroorganizmaların ksilanazları sıcaklık ve pH değişikliklerine karşı dirençli olduklarından dolayı endüstiyel süreçlerde önemli rolleri vardır.Bu çalışma da Geobacillus sp. 71 izolatı olarak isimlendirilen termofilik bir bakterinin ısıl kararlı ksilanaz gen sırasının invers PCR yöntemi ile bulunması, bir E. coli ekspresyon vektörüne klonlanması, saflaştırılması ve karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Geobacillus sp. 71 endoksilanazı kodlayan 1224 nt`lik genin baz dizilimi belirlenerek pET20b+ vektörüne klonlandı. Geni içeren vektör, E.coli BL21 hücresine aktarılarak ksilanaz ekspres edildi ve MagneHisTM Protein Saflaştırma Sistem kiti kullanılarak enzim saflaştırıldı. Saflaştırılan Geo71 Endoksilanaz enziminin optimum çalışma sıcaklığının 75 ºC ve optimum pH'nın ise 7,0 olduğu bulundu. Oat spelt xylan için olan Km değerinin 0,425 mM olduğu ve bu değerin diğer ksilanaz enzimlerine göre daha düşük olduğu belirlendi. Vmaks değeri 500 U/mg olarak belirlendi. Metal iyonlarının ve çeşitli kimyasalların enzime olan etkileri değişik konsantrasyonlarda gerçekleştirilen çalışmalar sonucunda belirlendi ve 10 mM konsantrasyonda Hg2+ bivalent metal iyonunun enzim aktivitesini neredeyse tamamen inhibe ettiği tespit edildi. Enzimin molekül ağırlığı 47 kDa olup amino asit benzerliğine göre family 10 glikosil hidrolaz sınıfı bir enzim olduğu belirlendi. Geo71 endoksilanaz enziminin oat spelt xylan substratını hidrolizlemesi sonucu ortaya çıkan şekerlerin başlıca ksilobioz, ksilotetroz olduğu ayrıca bunların yanında az miktarda da olsa ksilotrioz ve diğer bazı oligosakkaritlerinde oluştuğu ince tabaka kromotografisinde (TLC) ile ortaya çıkarıldı.Elde edilen veriler ışığında, enzimin biyokimyasal özellikleri, enzimin önemli bir endüstriyel enzim olabileceğini göstermektedir.
Doğu Karadeniz bölgesinden entomopatojenik fungusların izolasyonu, karakterizasyonu ve virülanslarının belirlenmesi
Bu doktora tez çalışmasında, Doğu Karadeniz Bölgesi'nde yayılış gösteren zararlı böceklere karşı etkili ve güvenli biyolojik mücadele etmenleri bulmak için, toplam 301 toprak örneği alındı ve bu örneklerden Galleria tuzak yöntemi ile 62 adet entomopatojenik fungus izole edildi. Ayrıca, Thaumetopoea pityocampa (Schiff.) (çam kese böceği) ve Rhynchites baccus (L.) (çivi böceği) örneklerinden de birer adet fungus izolasyonu yapıldı. Elde edilen fungal izolatlar morfolojik ve moleküler teknikler kullanılarak ayrıntılı bir şekilde karakterize edildi. Karakterizasyon çalışmaları sonucunda, izolatlar Metarhizium anisopliae var. anisopliae, Metarhizium sp., Beauveria bassiana, Beauveria cf. bassiana, Isaria fumosorosea ve Evlachovaea sp. olarak tanımlandı. M. anisopliae var. anisopliae 34 lokaliteden izole edilmiş olup, en fazla tespit edilen fungusdur. Ayrıca, bu bölgeden izole edilen 13 adet B. bassiana ve 33 adet M. anisopliae var. anisopliae izolatlarının Çoğaltılmış Parça Uzunluğu Polimorfizmi (AFLP) analizi kullanılarak genetik çeşitliliği belirlendi. B. bassiana izolatları arasında yüksek düzeyde genetik çeşitlilik belirlendi ve bu çeşitliliğin coğrafik lokalite ile ilişkili olduğu gösterildi (p<0,05). M. anisopliae var. anisopliae izolatları arasında da yüksek düzeyde genetik çeşitlilik belirlenmesine rağmen, bu çeşitlilik coğrafik lokalite ve habitat tipi ile ilişkilendirilemedi (p>0,05). İzolatların insektisidal aktivite tarama testleri Tenebrio molitor (un kudu) larvaları üzerinde yapıldıktan sonra yüksek insektisidal aktiviteye sahip 9 izolatın Melolontha melolontha (mayıs böceği) ve Dendroctonus micans (dev soymuk böceği) üzerindeki insektisidal aktiviteleri belirlendi. Bu testler sonucunda, Evlachovaea sp. KTU-36'ın M. melolontha üzerinde 15 gün içerisinde % 86,6 ve B. cf. bassiana KTU-53'ün D. micans'ın hem larva hem de erginlerde 6 gün içerisinde %100'lük ölüme neden olduğu belirlendi. Ayrıca, B. cf. bassiana KTU-53 izolatının D. micans larvalarına karşı LC50 değeri 1,77 × 104 spor/ml, erginlerine karşı ise 2,65 × 104 spor/ml olarak hesaplandı.
Anoxybacillus gonensis glukoz izomerazının genetik manipulasyonlarla bazı biyokimyasal özelliklerinin geliştirilmesi
Glukoz izomeraz (D-ksiloz ketol izomeraz; EC 5.3.1.5), büyümek için karbon kaynağı olarak ksilozu kullanabilme yeteneğine sahip, birçok bakteride bulunan hücre içi bir enzimdir. Glukoz izomeraz, D-ksilozun D-ksiluloza dönüşümünü katalizlediği gibi D-glukozun D-fruktoza dönüşümünü de katalizlemektedir. Bu ikinci özelliği HFCS (fruktoz şurubu) üretiminde endüstriyel alanda kullanılmaktadır. Glukoz izomeraz bugün dünyada ticari amaçla en çok kullanılan üç enzimden biridir.Bu çalışmada, Anoxybacillus gonensis G2T glukoz izomeraz geni klonlanarak izole edildi ve baz dizilimi belirlendi. İzole edilen gen, pET-28a(+) ekspresyon vektörüne klonlanarak E. coli BL21(DE3) suşu içerisinde yüksek miktarlarda üretildi. Bütün glukoz izomerazlar, amino asit dizilimleri açısından, oldukça korunumlu bazı bölgelere sahiptirler. Bu bölgeler incelenerek, bölge özgün mutasyon yöntemiyle, klonlanan glukoz izomeraz üzerinde W137F, V184T, V184S, H99Q, H99N, H99D, H99E ve H99L mutasyonları yapıldı. Yaban tip ve mutant enzimler kolon kromatografisi yöntemiyle saflaştırıldı ve karakterize edildi. Tüm mutant enzimler yaban tip enzim ile biyokimyasal özellikleri ve kinetik parametreleri bakımından karşılaştırıldı.Yaban tip enzimin optimum pH'sı 6,5, optimum sıcaklığı 85°C, Km'si 146,08 ± 9,50 mM ve Vmax'sı ise 43,72 ± 1,01 µmol/dk/mg protein olarak belirlendi. Yapılan W137F mutasyonu ile Km değeri 64,02 ± 2,10 mM'a düşürüldü. V184T, V184S mutasyonları enzim kinetik parametrelerinde önemli bir değişiklik meydana getirmezken genel olarak H99 ile yapılan mutasyonlar sonucu enzimin Km değerinde bir artış Vmax değerinde ise bir azalış gözlendi. Yapılan W137F/ V184S mutasyonu ile Km değeri 39,29 ± 2,87 mM'a düşürüldü.
Mısır (Zea mays L.) bitkisinin büyümesini düzenleyen yeni bir genin tanımlanması
Bu doktora çalışmasının amacı mısır bitkisinin büyümesini düzenleyen yeni bir gen tanımlamaktır. Bitkilerde büyüme, hücre bölünmesi ve genişlemesi mekanizmalarının koordinasyonu ile gerçekleşir. Mısır yaprağı, farklı gelişim bölgelerinde gerçekleşen bu işlevlerin araştırılmasında çok kullanışlı bir modeldir. Yaprak tabanından itibaren sırasıyla, bölünen hücrelerden oluşan meristem, uzayan hücreleri barındıran uzama ve son olarak en uçta olgun hücrelerin yer aldığı olgunlaşma bölgeleri yer alır. Çalışmamızda, mısır yaprağının bu gelişim evrelerine spesifik genleri belirlemek için mikrodizi analizleri kullanıldı. Özellikle, muhtemel büyüme düzenleyici olabileceklerinden, meristem bölgesinde ekspresyonlarında farklılık gösteren genlere odaklanılmıştır. Bu kümede kromatin genlerinin aşırı ifade edildiği görülmüştür. Bu sebeple, kromatin mutant mısır hatlarının yaprak büyümeleri incelenmiştir. DNA METİLTRANSFERAZ103 (DMT103) geni susturulmuş bir RNAi mutanttı olan Hat05'in yaprak uzunluğunda ve yaprak uzama oranında istatistiksel olarak önemli derecede azalış saptanmıştır. Büyümede meydana gelen bu azalışın sebebini ayrıntılı olarak araştırmak üzere yapılan kinematik analizler sonucu, mutantlarda yaban tiplere nazaran hücre üretiminden ziyade uzama işlevlerinde bir aksaklık meydana geldiği belirlendi. DMT103 geninin ifadesinin gelişime bağlı olarak artması bu genin uzama işlevindeki muhtemel rolünü desteklemektedir. Bu bulgular, çoğu hücre döngüsü geninin ekspresyonunun istatistiksel olarak önemli derecede değişmediğini gösteren ekspresyon analizleri ile de doğrulanmıştır. Flow sitometri ile hücre döngüsü evrelerine düşen DNA miktarlarının değişmediği ve hücre döngüsü ilerleyişinin aynı kaldığı tespit edildi. dmt103 mutantlarında mısır bitkisinin primer kök gelişiminin de etkilendiği gözlenmiştir. DMT103 geninin stres toleransında rol alıp almadığını gözlemlemek için Hat05, kuraklığa ve üşüme stresine maruz bırakılmıştır. Sonuçlar, DMT103 geninin kuraklıkta rol almadığını ancak üşüme toleransında bir fonksiyonunun olduğunu göstermiştir. Hat05'in mutantlarında DMT ailesine ait diğer iki genin de ekspresyonlarının istatistiksel olarak önemli derecede azaldığı saptanmıştır. Tüm bu sonuçlar, DMT103 geninin büyümede rolüne işaret etmektedir.
Spodoptera exigua pkg geninin antisense RNA ile susturulmasına yönelik çalışmalar
Bakülovirüslerle enfekte olan böceklerde enfeksiyon sonucu bazı davranışsal değişiklikler meydana gelir. Bu davranışsal değişimler böceğin aşırı aktif hareketi ve bulunduğu yerin dikey doğrultusunda (bitkinin) en üst noktaya tırmanması şeklindedir. Virüs enfeksiyonu sonucunda böcekte meydana gelen davranışsal değişikliklere neden olan mekanizmaların çoğu bilinmemektedir. Bu çalışmada virüsün konak canlıda oluşturduğu davranış değişikliğinden sorumlu olduğu düşünülen cGMP protein kinaz (pkg) geninin rolü incelenmiştir. for geninin Drosophila melanogaster ve Apis mellifera gibi bazı farklı böceklerde, yem arama davranışını ve hareket kabiliyetini sağladığı gösterilmiştir.Bu çalışmanın amacı Spodoptera exigua pkg geninin RNA interferans tekniği kullanılarak baskılanması ve pkg geninin konağın davranış değişikliğindeki rolünün aydınlatılmasıdır. Çalışmada öncelikle gfp ve pkg genlerinin, gene özgü dsRNA üreten AcMNPV virüsü ile susturulduğu tespit edildi. Bu amaçla hedef genlere (pkg ve gfp) karşı dsRNA üreten AcMNPV bakmidleri ayrı ayrı gfp ekspresyonu yapan rekombinant AcMNPV ile Sf-9 hücrelerine birlikte enfekte edildiler. Ko enfeksiyon sonucunda 3. ve 4. gün de pkg ve gfp genlerinin susturulduğu belirlenmiştir. Bu deneyi takiben pkg geninin susturulmasında daha farklı sistemlerin test edilmesi amacı ile pkg genine karşı firkete yapısında dsRNA üreten bakmidin inşası için gerekli plazmid vektörler hazırlanmıştır.Bu çalışmada aşırı aktif hareket etme davranışına etkide bulunması muhtemel konak proteinlerin araştırılmasına katkı sağlayacak viral bakmid sisteminin oluşturulmasında kullanılacak teknolojinin tasarımı hedeflenmiştir.
Amsacta moorei entomopoksvirüs protein kinaz geninin karakterizasyonu ve fonksiyonel analizi
Amsacta moorei Entomopoksvirüs (AMEV), Poxviridae familyasına ve Entomopoxviridae subfamilyasına ait bir böcek virüsü olup, önemli böcek zararlıları üzerinde yüksek derecede patojenik etki göstermektedir. Ayrıca AMEV, gen ekspresyon ve gen terapi vektörleri olarak kullanılabilmekte ve insan virüslerinin mekanizmalarının anlaşılmasında çalışılabilecek model virüs olması bakımından büyük önem arz etmektedir.AMEV genomik araştırmaları kapsamında yapılan bu çalışmada, AMEV genomunda bulunan serin/treonin protein kinaz bölgesine sahip AMV197 kodlu genin transkripsiyonel ve fonksiyonel analizleri gerçekleştirildi.DNA sentez inhibitörü varlığında enfekte edilen Ld652 hücrelerinden izole edilen mRNA örneklerinin RT-PCR yöntemiyle yapılan transkripsiyonel analizleri, AMV197'nin ?erken? grubu gen olarak ifade edildiğini gösterdi. AMV197'nin zamana bağlı transkripsiyon profili ise gene ait transkripsiyonun, enfeksiyondan 4 saat sonra başladığını, 7. saatte en yüksek seviyeye çıktığını ve bu saatten sonra azalmaya başladığını gösterdi.5' RACE analizi, transkripsiyonun, translasyon başlangıç noktasına göre -54. pozisyonda başladığını gösterdi. 3' RACE analizi sonuçları, AMV 197 geninin translasyon bitiş noktasına (TAA), bir tanesi 21 diğeri 31 baz (aşağıda) uzaklıkta iki transkripsiyon bitiş noktasının bulunduğunu gösterdi.Genin fonksiyonel analizi için, AMV197 geni homolog rekombinasyon ile AMEV genomundan silindi. Oluşturulan rekombinant virüsün (Am?PK/gfp) DNA replikasyonu slot-blot hibridizasyonu yöntemiyle ve enfektivitesi ise EPDA (End Point Dilution Assay) yöntemiyle belirlendi. Bu sonuçlar, protein kinaz geninin AMEV genomundan silinmesi durumunda, DNA replikasyonunun yaban tipe göre 6 saat erken gerçekleştiğini, ancak virüs üretiminin %61 oranında azaldığını göstermektedir.
Kuşburnu (Rosa canina L.), Trabzon hurması (Diospyros lotus L.) ve ateş dikeni (Pyracantha coccineae Roemer.) bitkilerinde tohumsuz meyve oluşumu üzerine bazı büyümeyi düzenleyici maddelerin etkisi
Bu çalışmada kuşburnu (Rosa canına L.), Trabzon hurması (Diospyros lotus L.) ve ateş dikeni (Pyracantha coccineae Roemer) bitkilerine erken çiçeklerime safhasında büyümeyi düzenleyici maddelerden (BDM) giberellik asit (GA) 200 ve 500 ppm, indol-3- asetik asit (I AA) 10 ve 100 ppm konsantrasyonlarda uygulanmış ve bu hormonların tohumsuz meyve (partenokarp meyve) oluşumu üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Ayrıca partenokarpik meyve gelişim periyodunda, meyvelerdeki morfolojik ve bazı biyokimyasal değişimler de araştırılmıştır. Yapılan incelemeler sonucunda GA, kuşburnu ve Trabzon hurmasında; IAA ise sadece Trabzon hurmasında tohumsuz meyve oluşumunu uyarmıştır. Ateş dikeninde ise IAA ve GA hormonları etkili olmamıştır. GA, R. canına ve D. lotus meyvelerinin taze ağırlığı nda ve boyutlarında azalmalara neden olmuştur. Ayrıca R. canına' da. pedisel ve hipantiyum boylarını artırmıştır. R. canine? da. tohumsuz meyvelerin, tohumlu meyvelere oranla daha erken olgunlaştıkları da bulunmuştur. GA ve IAA püskürtülmüş R. canına hipantiyumları ile yine aynı BDM'lerle muamele edilmiş partenokarpik meyvelerde askorbik asit miktarında artışlar kaydedilmiştir. IAA ve GA uygulamalarının genelde her 3 meyvede (kuşburnunda düşük konsantrasyonlar hariç) fenolik madde miktarını azalttığı belirlenmiştir. Ayrıca BDM uygulanan kuşburnu, Trabzon hurması ve ateş dikeni mey velerinde toplam karbohidrat ve indirgen şeker miktarları artış göstermiştir. Karotenoid miktarının BDM uygulanan ateş dikeni meyvelerinde fazlaca değişmediği, Trabzon hurması meyvelerinde ve kuşburnu hipantiyumunda ise arttığı saptanmıştır. Protein miktarında ise en önemli değişimlerin GA uygulanan kuşburnu hipantiyumunda olduğu kaydedilmiştir. Sonuç olarak BDM etkisiyle oluşturulan partenokarpik meyvelerin oluşumu sırasında metabolizmada çok önemli değişimlerin meydana geldiği, kimyasal olarak daha zengin bir içeriğe sahip olduklarından dolayı meyve kalitesinin arttığı saptanmıştır. Anahtar Kelimeler: Rosa canına, Diospyros lotus ve Pyracantha coccineae, Parthenokarp Meyve, Giberellik Asit, Indole-3 -Asetik Asit YII
Bazı Geranium L. (Geraniaceae) türlerinin morfometrik analizleri
Bu çalışmada, Zigana (Trabzon) Geçiti'nden 1998 yılında toplanan 5 Geranium L. türü (Geranium platypetalum Fisch., Geranium sylvaticum L., Geranium asphodeloides suhsp. sinfenisii (Freyn) Davis, Geranium pyrenaicum Burm., Geranium psilostemon Ledeb.) morfometrik olarak incelenmiştir. Morfometrik analizler, incelenen türler üzerinde tespit edilen 26 karakterden elde edilen veri matriksi kullanılarak Cluster Analiz (CA) ve Principal Component Analiz (PCA)Mer yardımıyla gerçekleştirilmiştir. Yapılan morfometrik analiz sonucunda; Geranium asphodeloides subsp. sinfenisii (Freyn) Davis ve Geranium pyrenaicum Burm. taksonomik bakımdan birbirine en yakın türler olarak bulunurken, Geranium psilostemon Ledeb'un en uzak tür olduğu tespit edilmiştir. Bütün bu bulguların floristik bulgularla benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler : Geranium, taksonomi, morfometri. IV
Muş-Çukurbağ gazlı sondaj suyundan bakteri izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu
ÖZET Bu araştırmada, Muş Çukurbağ Köyü'nden alınan gazlı sondaj suyundan bakteri izolasyonu gerçekleştirildi. Bu bakterilerin tür tayinleri yapıldı. Aynı zamanda, incelenen sudaki bakteri sayısı araştırıldı. Su örneklerindeki bakteri sayısı, membran filtresi metoduna göre tespit edildi. Ayrıca alman su örneklerinden zenginleştirme kültürü yapılmak ve filtreden geçirilmek suretiyle elde edilen numunelerin ekimleri neticesinde oluşan koloniler, stereo mikroskop altında incelendi. İncelemeler sonucunda, beş farklı izolat diğer testlere tabii tutulmak üzere seçildi. Seçilen izolatların morfolojik, fizyolojik, biyokimyasal, bazı genetiksel ve kemotaksonomik özellikleri incelendi. Yapılan araştırma sonucunda, gazlı sondaj suyundaki bakteri sayısının 124 bakteri/ml olduğu saptandı. Elde edilen izolatlar, özellikleri dikkate alınarak, Bacillus, Bordetella ve Providencia cinsleri içine dahil edildiler. Anahtar Kelimeler: Gazlı Sondaj Suyu, Bacillus sp., Bordetella sp., Providencia sp. yj ıc tokseköümeT kurulu
Köse Dağları'nın (Gümüşhane) florası
ÖZET Bu çalışmada, Gümüşhane îli sınırlan içinde yer alan Köse Dağlan'mn Florası araştırılmıştır. Köse Dağlan, Gümüşhane-Erzincan karayolu üzerinde ve Avrupa-Sibirya ile İran-Turan Floristik Bölgeleri arasında geçit teşkil etmektedir. Araştırma sonunda, Köse Dağlanndan 77 familyaya ait 343 cins ve 953 tür ve tür altı takson tespit edilmiştir. 77 familyadan 2'si Pteridophyta, 75'i Spermatophyta bölümlerine aittir. Spermatophyta bölümüne dahil olan familyalardan 2'si Gymnospermae, 73 'ü Angiospermae sınıfına aittir. En fazla takson ihtiva eden familyalar sırasıyla Compositae (Asteraceae), Labiatae (Lamiaceae), Cruciferae (Brassicaceae), Leguminosae (Fabaceae) ve Scrophulariaceae' dır. Astragalus, Silene, Verbascum ve Salvia sırasıyla en çok tür içeren cinslerdir. Tür ve tür altı kategoriye ait taksonlann floristik bölgelere dağılımlan şu şekildedir: % 17.34 Avrupa-Sibirya, % 25.63 İran-Turan, % 3.34 Akdeniz elementidir. % 53.99 'unun floristik bölgesi ise belirlenememiştir. Taksonlardan 130'i endemik olup endemizm oram % 13.75 dir. 212 takson A7 karesi için yeni kayıttır. Anahtar Kelimeler: Flora, Köse Dağlan, Gümüşhane
Yıldızlı Deresi (Trabzon) Rana ridibunda (Su Kurbağası) populasyonunda yaş tayini ve bazı büyüme parametrelerinin incelenmesi
ÖZET Yıldızlı Deresi (Trabzon) Rana hdibımda populasyonunda yaş tayini ve bazı büyüme parametreleri skeletochronology adı verilen bir yöntemle incelendi. Bireylerin yaşlan, parmak kemiklerinden (falanj) alınan enine kesitlerdeki yaş halkalarının (dinlenme çizgileri=RL) sayılmasıyla belirlendi. Dişilerde maksimum 6, erkeklerde ise 7 yaşında bireylere rastlandı. Vücut boyu dişilerde 55-99 mm arasında, erkeklerde ise 38-83 mm arasında değiştiği ve erkeklerin vücut boylarının dişilerden küçük olduğu bulundu. 2 veya 3 yaşında eşeysel olgunluğa erişenler olmasına rağmen Rana ridibımda bireyleri genellikle 4. kıştan sonra eşeysel olgunluğa erişir. Vücut boyu ile yaş arasında erkeklerde kuvvetli (R=0,547, p=0,0003), dişilerde ise zayıf (R=0,332, p>0,05) korelasyon tespit edildi. Ayrıca her iki eşeyde de vücut boyu ile gonad ağırlıkları arasında kuvvetli bir korelasyon (dişilerde R=0,972, p<0,0001; erkeklerde R=0,805, p<0,0001) bulundu. Anahtar Kelimeler: Rana ridibımda, Amfibi, Yaş Tayini, Büyüme xc^^S»'
Doğu Karadeniz bölgesinde yayılış gösteren Hieracium L. (Compositae) türlerinin morfolojik ve numerik taksonomik yönden incelenmesi
Bu çalışmada Hieracium L. {Compositae) cinsine ait 54 tür morfolojik ve nümerik taksonomik yönden incelenmiştir. İncelenen bitki materyali, araştırma alanı olarak seçilen Doğu Karadeniz Bölgesi'nden (Giresun, Trabzon, Rize, Artvin, Gümüşhane) 1998 ve 1999 yıllarında yapılan arazi çalışmaları ile toplanmıştır. Morfolojik incelemeler herbaryum Örnekleri üzerinde, nümerik analizler ise bu morfolojik incelemelerle tespit edilen karakterler üzerinde gerçekleştirilmiştir. Toplanan örneklerin geleneksel taksonomik yöntemlere göre teşhis edilmesi ile 9'u Türkiye için (H. cardiophyllum, H. lachenalii, H. rartluense, H. pseudosvaneticum, H. hypoglaucum, H. jurracicum, H. ladikense, H. biebersteinii, H. callichlorum), 11 'i de araştırma alanı için (H. tossianum, H. subsilvularum, H. laxifurcans, H. cryptonaevum, H. calobrassinum, H. sarykamyschense, H. paphlagonicum, H. syreistschikovii, H. teberdense, H olympicum, H. sabaudum) yeni kayıt olan toplam 54 Hieracium türü bulunmuştur. Bu türler üzerinde 30 morfolojik karakter kullanılarak gerçekleştirilen Kümeleme Analizi (CA) ve Temel Bileşenler Analizi (PCA) ile bu cinsin araştırma bölgesinde yayılış gösteren en değişken türleri (H. artabirense, H. erthrocarpum, H. karagoellense, H. giresunense, H. pseudosvaneticum, H. biebersteinii) ve türlerindeki varyasyonu en iyi açıklayan karakterler (pedonkıldaki basit tüy sayısı, pedonkıldaki basit tüyün uzunluğu, fillarideki basit tüy sayısı, pedonkıldaki salgı tüyün uzunluğu) belirlenmiştir. Ayrıca nümerik analiz sonuçlan geleneksel taksonomik metodlarla karşılaştırılmış ve araştırma bölgesinde yayılış gösteren Hieracium türleri için yeni bir teşhis anahtarı hazırlanmıştır. Anahtar Kelimeler: Hieracium, Compositae, Kümeleme Analizi, Temel Bileşenler Analizi, Nümerik Taksonomi, Morfoloji, Sistematik VI,...",^T^ovıAnahtar Kelime: Hieracium = Hieracium ; Karadeniz bölgesi = Black Sea region ; Kümeleme analizi = Cluster analysis ; Morfoloji = Morphology ; Taksonomi = Taxonomy
Poliaminlerin yaprak kıvrılmasına etkisinin biyokimyasal seviyede araştırılması
ÖZET Kuraklık stresine maruz bırakılan Ctenanthe setosa bitkisinde dıştan uygulanan poliaminlerin (putrescin, spermidin ve spermin) yaprak kıvnlmasma ve peroksidaz aktivitesindeki değişmelere etkisi incelendi. Ayrıca uygulanan poliaminlerin indirgen şeker, prolin, çözünebilir protein miktarlarında meydana getirdiği değişimler belirlendi. Bu amaçla, bitkilerin yaprak kıvrılma derecelerindeki değişim morfolojik, peroksidaz aktivitesi ile indirgen şeker, prolin ve çözünebilir protein miktarları ise spektrofotometrik olarak belirlendi. Yapılan analizler dıştan uygulanan poliaminlerin, yaprak kıvrılmasını önemli derecede geciktirdiğini gösterdi. Kuraklık boyunca poliamin uygulanmış yapraklardaki peroksidaz aktivitesinde kontrole oranla bir azalışın olduğu kaydedildi. Putrescin ve spermidinin prolin ve indirgen şeker miktarında artışa neden olduğu fakat sperminin ise bu artışı baskıladığı belirlendi. Fakat sperminin indirgen şeker miktarına etkisinin istatistiki olarak önemsiz olduğu bulundu. Kuraklık periyodu sırasında poliamin uygulanan yapraklarda çözünebilir protein miktarında kontrole oranla artış olduğu tespit edildi. Ayrıca kuraklık stresi boyunca poliamin uygulanmış ve kontrol bitkilerinde peroksidaz, prolin, indirgen şeker miktarlarında artışın, çözünebilir protein miktarında ise azalışın olduğu bulundu. Bu sonuçlara göre poliaminlerin yaprak kıvrılma derecesini azaltması, prolin, indirgen şeker ve protein rniktarındaki artış ile açıklanabilir. Ayrıca bu olayda peroksidaz enziminin fazlaca etkili olmadığı görüldü. Anahtar Kelimeler: Ctenanthe setosa, Poliamin, Peroksidaz, İndirgen Şeker, Prolin, Yaprak Kıvrılması, Kuraklık Stresi «ss^
Trabzon'da farklı rakımlardaki iki Triturus vittatus ophryticus populasyonunun yaş yapısının ve bazı büyüme parametrelerinin incelenmesi
ÖZET Bu çalışmada, Trabzon'un denizden yükseklikleri farklı olan iki yerleşim yerindeki Triturus vittatus ophryticııs populasyonunda yaş yapısı ve bazı büyüme parametreleri skeletokronoloji yöntemi ile incelendi. 300 metre yükseklikteki Gürbulak ve 1300 metre yükseklikteki Hıdırnebi'den alman bireyler incelendiğinde, daha düşük rakımda bulunan populasyonda (Gürbulak) eşeysel erginlikteki minimum yaş 2-3 iken yüksek rakımda bulunan populasyonda 4 olarak bulundu. Gürbulak populasyonunda ortalama yaş 4,075, Hıdırnebi'de ise 8,686 olarak bulunmuştur. Gürbulak'ta maksimum 10 yaşında erkek ve 9 yaşında dişi bireye rastlanırken, Hıdırnebi'de maksimum 14 yaşında erkek ve 16 yaşında dişi bireye rastlanmıştır. Gürbulak populasyonunda ortalama vücut boyu 56,28 mm, Hıdırnebi populasyonunda ise 55,78 mm dir. Bu alt tür dünyada sadece Türkiye, Rusya ve Gürcistan'da bulunduğu ve bulunduğu yerlerdeki böcek populasyonlarını dengede tuttuğu için, bu semenderlerin korunması için alınacak önlemleri tespit edebilmek için biyolojilerinin iyi bilinmesi gerekliliği göz önüne alınacak olunursa, yapılan bu çalışma alt türün yaşa bağlı biyolojisi hakkında veri sağlamak adına önem taşımaktadır. Anahtar Kelimeler: Triturus vittatus ophryticus, Yaş Tayini, Skeletokronoloji, Büyüme Ufuk BÜLBÜL VI
Doğu Karadeniz bölgesinde bulunan bazı Scrophularia L. (Scrophulariaceae) taksonlarının morfolojik ve anatomik yönden incelenmesi
ÖZET Bu çalışmada 5 Scrophularia (Scrophulariaceae) taksonu morfolojik ve anatomik yönden incelenmiştir. İncelenen örnekler Rize, Trabzon ve Gümüşhane illerinden 2001 yılında bitkilerin vejetasyon döneminde toplanmıştır. Toplanan bitkiler, herbaryum ve fîksasyon materyalleri şeklinde muhafaza edilmiştir. Morfolojik çalışmalar herbaryum örnekleri üzerinden, anatomik çalışmalar ise fîksasyon materyalinden yapılmıştır. Anatomik incelemelerde S. canina, S. scopolii var. adenocalyx, S. chrysantha, S. sosnowskyi, S. olympica taksonlanmn gövdesinden enine kesit, yapraklarından ise hem enine hem de yüzeysel kesitler alınmıştır. Kesitlerden daimi preparatlar hazırlanmış ve anatomik incelemeler daimi preparatlardan yapılmıştır. Bu çalışmada incelenen taksonlann karşılaştırmalı anatomileri ilk defa yapılmıştır. İncelenen taksonlar arasında bazı morfolojik ve anatomik farklılıklar bulunmuştur. Özellikle yaprak mezofilinde idioblastlarm bulunup bulunmaması önemli farklılık olarak görülmüştür. Anahtar KetimelerıScrophulariaceae, Scrophularia, Morfoloji, Anatomi
Karanlık Göl'ün (Gümüşhane) epipelik ve epilitik alg florası
Bu çalışmada, Karanlık Göl'ün (Gümüşhane) alglerinin kompozisyonu ve yoğunluğu Ağustos - Ekim 2001 ve Temmuz - Ekim 2002 boyunca seçilen iki araştırma istasyonundaki farklı habitatlardan (epipelik ve epilitik) toplanan örneklerde incelenmiştir. Florada, Bacillariophyta (49), Chlorophyta (24), Cyanophyta (14) ve Euglenophyta (2) divisiolanna ait toplam 89 takson tespit edilmiştir. Bacillariophyta taksonlan dominant olup, bunu Chlorophyta ve Cyanophyta takip etmiştir. Euglenophyta divisiosuna ait taksonlar ise florada az sayıda bulunmuştur. Karanlık Göl'ün epipelik ve epilitik alg florasında Pinnularia major (Kütz.) Cleve, Surirella robusta var. splendida (Ehr.) Van Heurck, Cymbella minuta Hilse ex Rabh. taksonlan dominant olmuştur. Epipelik algler için Shannon- Weaver Diversite İndeksinin (H') en yüksek değeri 2.979 olarak kaydedilmiştir. Karanlık Göl'ün epipelik ve epilitik alg florasının, kuzey yarımküredeki oligotrofîk alpin ve arktik göllerin benzer habitatlannda tespit edilen alg floraları ile uyum gösterdiği belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Epipelik, Epilitik, Alg Florası, Karanlık Göl, Yüksek Dağ Gölleri, Oligotrofîk Göl
Karadeniz'in Türkiye kıyılarındaki mezgit (Merlangius merlangus euxinus Nordmann, 1840)'in RAPD tekniği ile moleküler karakterizasyonu
ÖZET Bu çalışmada, Karadeniz'in Türkiye kıyılarındaki mezgit populasyonlarmın stok farklılığı ve genetik karakterizasyonu 14 dekamer primer kullanılarak RAPD (Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA) tekniği ile incelenmiştir. Belirlenen sekiz istasyon arasındaki genetik ilişki, benzerlik indeksi ve dendogram ile hesaplanmıştır. Elde edilen en düşük benzerlik oram (0.676) "Karasu" ile "Rize" arasında ve en yüksek benzerlik oram ise (0.836) "Kıyıköy" ile "Zonguldak" arasında bulunmuştur. Cluster analizi sonucunda, Türkiyenin Karadeniz kıyılarındaki mezgit populasyonun tek bir stok olduğu anlaşılmıştır. RAPD verileri ile belirlenen polimorfizm, daha önceden yapılan Karadeniz'in Türkiye kıyılarındaki mezgit populasyonunun stok aynım çalışmasının sonuçlarım doğrulamaktadır. Anahtar Kelimeler: Merlangius merlangus euxinus (Nordmann, 1840), Karadeniz, DNA izolasyonu, RAPD, Benzerlik İndeksi, Dendogram
Doğu Karadeniz bölgesi Tripleurospermum Sch. Bip. (Asteraceae) türlerinin morfolojik ve sitotaksonomik yönden incelenmesi
ÖZET Bu çalışmada Doğu Karadeniz Bölgesi' nde yayılış gösteren 19 populasyona ait 14 Tripleurospermum Sch. Bip. (Asteraceae) taksonu morfolojik ve karyolojik yönden incelenmiştir. Bitki materyalleri 2000 - 2002 yıllan arasında vejetasyon dönemlerinde Trabzon, Rize, Artvin ve Gümüşhane illerinden toplandı. Morfolojik çalışmalar herbaryum örnekleri üzerinde, karyolojik incelemeler ise aktif kök uçlarından hazırlanan kromozom preparatlannda yapıldı. Kromozom ölçümlerinden elde edilen karyolojik veriler nümerik analizler ile değerlendirildi. Birbirleri ile yakından ilişkili olan taksonlar karyolojik özelliklerine göre karşılaştırıldı. Morfolojik incelemeler sonucunda, araştırma bölgesinde yayılış gösteren Tripleurospermum türleri için yeni bir teşhis anahtarı hazırlanarak, Türkiye florasına 1 (T. subnivale), bölge florasına ise 2 (T. rosellum var. album ve T. parviflorum) Tripleurospermum türü yeni kayıt olarak ilave edildi. İncelenen taksonlann kromozom sayılarının 2n = 2x = 18 (T. caucasicum, T. melanolepis, T. elongatum, T. parviflorum, T. transcaucasicum ve T. decipiens), 2n = 4x = 36 (T. caucasicum, T. oreades var. oreades, T. oreades var. tchihatchewii, T. rosellum var. album, T. sevanense, T. callosum ve T. monticolum) ve 2n = 5x = 42 - 48 (T. subnivale) olduğu tespit edildi. Tripleurospermum cinsi için yeni bir ploidi seviyesi (5x, pentaploid) bulundu. Tripleurospermum cinsinde temel kromozom sayısının (x - 9) değişmediği gözlendi. Karyotip analizleri ile taksonlann karyotiplerinin median, submedian ve subterminal sentromerli kromozomlardan meydana geldiği ve daha çok simetrik karyotiplere (2A, 2B) sahip olduklan tespit edildi. Kümeleme analizi sonucu diploid ve poliploid türlerin dendrogramda ayn kümeler oluşturduklan ve genellikle morfolojik olarak birbirine benzeyen türlerin aynı kümede yer aldıklan belirlendi. Bununla beraber, aynı türün farklı populasyonlan arasında bazı karyolojik varyasyonlann olduğu tespit edildi. Anahtar Kelimeler: Tripleurospermum, Asteraceae, Sitotaksonomi, Kromozom Sayısı Karyoloji, Poliploidi, Kümeleme Analizi, Yeni Kayıt
Malacosoma neustria (Lepidoptera:Lasiocampidae)'dan virüs izolasyonu, karakterizasyonu ve mikrobiyal mücadelede kullanılma potansiyeli
Malacosoma neustria (Lepidoptera; Lasiocampidae) önemli tarımsal zararlılardan biridir. Bu zararlı ile mücadelede kullanılan kimyasal insektisitlerin çevre üzerinde zararlı etkileri bulunmaktadır. Kimyasal ilaçların yan etkilerinin keşfedilmesi, bilim adamlarını daha etkili ve daha güvenli bir mücadele yöntemi geliştirmeye sevk etmiştir. Bu tezde, Malacosoma neustria'da patojenik olan bir virüsün morfolojik, ultrastrüktürel, moleküler karakterizasyonu ve biyolojik mücadelede kullanılmak üzere konak hassasiyeti ve taşınımı çalışıldı. Viral infeksiyon Gümüşhane-Köse yöresinden toplanan M neustria larvalarında tespit edildi. Yapılan morfolojik, ultrastrüktürel, ve moleküler çalışmalar sonucunda tespit edilen virüsün Baculoviridae familyasından bir nükleopolihedrovirus olduğu belirlendi. Virusa ait PIB yapılarının 1,64±0,52 um çapında olduğu belirlendi. Polihedralann enine kesitinde her bir virionun 1 ile 18 adet arasında değişen sayılarda nükleokapsid içerdiği gözlendi. Bu nükleokapsidlerin 240 x 35 nm boyutlarında olduğu tespit edildi. Virus DNA'sının EcöBJ, BamHL ve HindSl restriksiyon enzim analizleri, bu çalışmada tespit edilen virüsün daha önce izole edilen ManeMNPVlerden farklı bir restriksiyon enzim profiline sahip olduğunu ortaya çıkardı. Polihedrin geni sekans analizleri sonucunda diğer ManeMNPV orijinli polihedrin genleriyle önemli farklılıkların olduğu belirlendi. Virüsün infeksiyon özelliğini belirlemek için yapılan çalışmalar birinci ve ikinci instar M. neustria larvaları üzerinde virüsün oldukça etkili olduğunu gösterdi. Konak spektrumunu belirlemek için virus Gypsonoma deaîbana, Cydia pomonella (Lep.Tortriciidae), Euproctis chrysorrhoea (Lep; Lymantriidae), Pieris brassicae (Lep; Pieridae), Yponomeuta malineüus (Lep; Yponomeutiaae) ve Hyphantria cunea (Lep; Arctiidae) larvalarına karşı test edildi. Elde edilen sonuçlar bu virüsün konak spektrumunun çok dar olduğunu gösterdi. Horizontal infeksiyonun yüksek oranda gerçekleştiği tespit edildi. Yapılan çalışmalar bu izolatın M. neustria ile biyolojik mücadelede etkili bir ajan olarak kullanılabileceğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Malacosoma neustria, Nükleopolihedrovirus, Biyolojik Mücadele, Baculovirus VI
Büyümeyi düzenleyici maddelerin oksidatif stres üzerine etkileri
ÖZET Bu çalışmada spermin (SPM), putrescin (PUT), benziladenin (BA) ve giberellik asit (GA3) ile ön muamele yapıldıktan sonra paraquat (PQ) herbisiti uygulanan mısır fidelerindeki nispi su içeriği, toplam klorofil, çözünebilir protein, bazı antioksidant madde (karotenoid ve askorbik asit) ve enzim aktivitelerindeki (süperoksit dismutaz (SOD), peroksidaz (POD) ve glutatyon redüktaz (GR)) değişimler ile bazı endojenik hormon miktarları (GA, indol asetik asit (IAA), zeatin (Z) ve absisik asit (ABA)) belirlenmiştir. PQ uygulanan fidelerdeki nispi su içeriği, toplam klorofil ve çözünebilir protein miktarlannın istatistiki bakımdan önemli ölçüde azaldığı, büyümeyi düzenleyici maddelerle (BDM) ön muamele yapılan fidelerde ise sözkonusu parametrelerde meydana gelen azalmaların engellendiği tespit edilmiştir. Ayrıca BDM'lerle ön muamele yapılan fidelerde, karotenoid ve askorbik asit gibi antioksidant maddelerin miktarlarında PQ'nin sebep olduğu azalmaların da önemli ölçüde engellendiği bulunmuştur. Antioksidant enzimlerle ilgili yapılan çalışmalarda, PQ uygulanan fidelerdeki SOD ve POD aktivitelerinin arttığı, GR aktivitesinin başlangıçta arttığı daha sonra ise azaldığı belirlenmiştir. SPM, PUT ve BA ile ön muamele yapılan fidelerde uygulanan konsantrasyona bağlı olarak SOD ve POD aktivitelerinin arttığı, GA3 uygulanan fidelerde ise SOD ve POD aktivitelerinde meydana gelen değişimlerin istatistiki bakımdan önemli olmadığı bulunmuştur. BDM'lerle ön muamele yapılan fidelerdeki GR aktivitesinin genellikle arttığı tespit edilmiştir. Ayrıca PQ uygulanan fidelerdeki endojenik GA, IAA ve Z miktarlarının azaldığı, ABA miktarının ise arttığı saptanmıştır. GA, IAA ve Z miktarlarında meydana gelen azalmaların BDM'lerle ön muamele yapılan fidelerde engellendiği, hatta bazılarının miktarlarında önemli artışların olduğu belirlenmiştir. ABA miktarının ise kontrol fidelerine nazaran (0,2 mM SPM ve PUT hariç) istatistiki bakımdan önemli ölçüde değişmediği bulunmuştur. Elde edilen bulgulara göre, BDM'lerin oksidatif strese sebep olan faktörlere karşı bitkilerin tolerans mekanizmasını olumlu yönde uyarabileceği söylenebilir. Anahtar Kelimeler: Paraquat, Oksidatif Stres, Spermin, Putrescin, Benziladenin, Giberellik Asit, Süperoksit Dismutaz, Peroksidaz. VI
Doğal ortamlardan izole edilen Bacillus thuringiensis'lerin karakterizasyonu ve insektisidal özelliklerinin belirlenmesi
Bu araştırmada, 3 tanesi böceklerden [(BnBt (Balaninus nucum, ergin), Mm2 (Meloloniha melolontha, ergin) ve MnÖ (Malacosoma neustria, larva)] 6 tanesi ise topraktan [(6 numaralı izolat Çağlayan' dan, 1 1 numaralı izolat Yeşilova'dan, 27 numaralı izolat Akçaabat' dan, 29 ve 40 numaralı izolatlar Tonya' dan ve 46 numaralı izolat Çaykara'dan)] izole edilen 9 B. thuringiensis izolatının fenotipik, moleküler ve kemotaksonomik olarak karakterizasyonu yapıldı. Işık ve tarama elektron mikroskobu sonuçlarına göre altı izolatta (BnBt, MnÖ, 27, 29, 40, 46) bipiramidal, bir izolatta (6 numaralı) küresel, bir izolatta (Mm2) düz kare ve bir izolatta (1 1) da şekilsiz kristaller olduğu tespit edildi. ISR-PCR sonuçlarına göre izolatlarm kontrol B. thuringiensis izolatlan ile benzer bantlar oluşturduğu görüldü. PCR analizleri sonucunda BnBt, MnÖ, 1 1 ve 29 numaralı izolatlarda cryl ve cry2 genleri, Mm2 izolatmda cry3 ve 6 numaralı izolatta ise cry4 genleri bulundu. SDS-PAGE analizlerinde, izolatlarda yaklaşık 65-130 kDa'lık proteinler belirlendi. Çözünmüş kristallerin tripsin ile parçalanmalarından sonra, SDS-PAGE analizlerinde 50-65 kDa arasında tripsine dirençli peptidler oluşturduğu görüldü. İzolatlarm plazmit içerikleri, kontrol Bacillus thuringiensis suşlan ile karşılaştınldığında 1 1 numaralı izolat hariç diğerlerinde 4-8 arası plazmit olduğu tespit edildi. BnBt ve MnÖ izolatlannm Malacosoma neustria ve Lymantria dispar larvalarına ve Mm2 izolatının Leptinotarsa decemlineata ve Agelastica alni larvalarına karşı insektisidal aktivite gösterdikleri diğer izolatlarm ise insektisidal aktivite göstermediği tespit edildi. Sonuç olarak, BnBt ve MnÖ izolatlannm Bacillus thuringiensis subsp. kurstakVye, Mm2 izolatının Bacillus thuringiensis subsp. tenebrionis'e ve 6 numaralı izolatın Bacillus thuringiensis subsp. israelensis'e benzedikleri tespit edildi. Diğer izolatlarm ise yeni B. thuringiensis izolatlan olduğu düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Bacillus thuringiensis, Kristal Proteinleri, cry Genleri, Biyolojik Kontrol
Chilo iridescent virüsün Bombyx mori hücre kültüründe replikasyonu ve dnapol ile mcp genlerinin transkripsiyonal analizi
ÖZET Chilo iridescent virüs (CIV) îridoviridae familyası içerisindeki Iridovirüs cinsinin ömek türü olup, önemli böcek zararlıları üzerinde yüksek derecede patojenik etki gösterir. Bu çalışma, CIV'nin Bombyx mori (SPC-BM-36) hücrelerinde replikasyonunun gösterildiği ilk çalışmadır. Ayrıca ClV'ye ait genlerin regülasyonu üzerinde çalışmalar yapıldı. Bunun için DNA polimeraz {dnapol) ve major kapsid proteini (mcp) genleri seçildi. Bu genlerin temporal sınıflan ve proteine dönüşmeyen baz sıralan belirlendi. Muhtemel promotor bölgelerinin belirlenmesi üzerinde detaylı çalışmalar yapıldı. CIV'nin B. mori hücrelerindeki replikasyonu ışık mikroskobu ile, DNA-DNA hibridizasyonu ile ve transkripsiyona! olarak belirlendi. CIV'nin B. mori hücrelerini enfeksiyonunu takip eden 48. saatte, hücrelerin enfekte olmamış kontrol hücrelerden tamamen farklılık gösterdiği tespit edildi. Sonuçlar CIV-Bm enfeksiyonunun duyarlı olduğunu göstermektedir. Enfekte olan hücrelerin kontrollere göre 2-3 kat daha büyük oldukları ve içlerinde küçük sitoplazmik boşluk oluştuğu belirlendi. B. mori hücrelerinin Ara-C (DNA replikasyonu engelleyicisi) ve siklohekzimit (protein sentezi engelleyicisi) varlığında enfeksiyonu, izole edilen total RNA üzerinde dnapol ve mcp için özel primerler kullanılarak yapılan RT-PCR ile takip edildi ve sonuç dnapoVün "erken" mçp'nin de daha önce belirtildiği gibi "geç" grubu gen olarak ifade edildiğini gösterdi. CIV ile enfekte olmuş B. mori hücrelerinden izole edilen RNA üzerinde yapılan 5'-RACE analizi, transkripsiyonun, translasyon başlangıç noktalarına göre dnapol için -35., mcp için de - 15./- 16. pozisyonda başladığım gösterdi. Bu genlerin muhtemel prömotorlarının sınırlarını tayin etmek için, çeşitli uzunluklardaki 5'-dizileri, ateşböceği lusiferaz işaret geninin önüne klonlandı. Oluşan plazmit yapılan transfeksiyon deneyinde test edildi, mcp promotor akti vitesi translasyon başlangıç noktasının yukarısındaki sıralar -67. nükleotidden -43. nükleotide indirildiğinde güçlü bir şekilde düştü, dnapol için ise promotor aktivitesi, translasyon başlangıç noktasının yukarısındaki sıralar -62. 'den -41. nükleotide indirildiğinde hemen hemen sıfırlandı. Translasyon başlangıç noktasının yukansmda bulunan TTGTTTT motifindeki G bazının C ile değiştirilmesi, promotor aktivitesini % 25 oranında düşürdü. Anahtar Kelimeler: Chilo iridescent Virüs, Bombyx mori, dnapol, mcp, Gen Regülasyonu VI
İnflamatuar bağırsak hastalarında CARD15/NOD2 geni 3020 insC mutasyonu ve sitokin gen polimorfizimlerinin incelenmesi
İnflamatuar bağırsak hastalıkları, [(İBH: MIM:601458), (Crohn Hastalığı, CH: MİM: 266600) ve Ülseratif Kolit (UK: MİM: 191390)] genetik ve çevresel ajanların etkileşimiyle ortaya çıkan kompleks, genetik heterojenite gösteren hastalıklardır. Hastalıkla ilişkili olduğu tartışılan CARD15/NOD2 geni mutasyonları ve sitokin gen polimorfizmleri dünyadaki çeşitli ırklarda farklı dağılımlar göstermektedir. Türk toplumundaki inflamatuar bağırsak hastalarının CARD15/NOD2 geni 3020insC mutasyonu ve sitokin gen polimorfızmi dağılımlarını belirlemek amacıyla; 69 inflamatuar bağırsak hastasında [18 Crohn hastası (10 E, 8 K, yaşları 37 ± 11), 51 Ülseratif kolit (24 E, 27 K, yaşları 39 ± 12) ve kontrol grubu olarak 50 sağlıklı bireyde (23 E, 27 K, yaşlan 36 ± 11) mutasyonların analizleri yapıldı. CARDI 5/NOD2 geni 3020insC mutasyonu analizi allel spesifik multipleks PCR yöntemiyle, sitokin gen polimorfizmlerinin analizi ise PCR-SSP (sekans spesifik primer) metodu ile tayin edildi. Türk toplumunda CARDI 5/NOD2 geni 3020 nsC mutasyon oranlan inflamatuar bağırsak hastalannda % 28.9 (CH. %38 ve ÜK.%25) ve sağlıklı bireylerde % 4 olarak tespit edildi. Sitokin gen polimorfizmlerinin dağılımları, sağlıklı bireyler ile karşılaştırıldığında; inflamatuar bağırsak hastalannda sitokin genlerinden, IL-1 RA, İL- 4RA, TGFp ve TNFa kontrol grubuna göre artma (p < 0.05), İL -la, IL-ip, İL- 12, IFN y, İL -2, IL- 4, İL- 6 ve İL -10'da azalma (p< 0.05), Crohn hastalarında; IL-1, IL-4RA, ve TNFo'da artma (p < 0.05), IL-1, IL-4RA, IFN-y, TGFp, TNF, IL-2, IL-4, IL-6 ve IL-10'da azalma (p< 0.05), ülseratif kolitlilerde ise; İL p, İL- 1 RA, İL- 4RA, IL-12, TGFp ve TNFa artma (p < 0.05), IL-lo, IFN y, IL-2, IL-4, IL-6 ve IL-10'da azalma tespit edildi (p< 0.05). Diğerlerinde herhangi bir değişim gözlenmedi. Sonuç olarak; Türk toplumunda CARD15/NOD2 geni 3020 insC mutasyonunun sadece Crohn hastalarına özgü olmayıp, ülseratif kolitli hastalarda da bulunduğunu, klinik tanılarda tek başına belirleyici olamayacağını, fakat sitokin gen polimorfizmlerinde artma ve azalma yönündeki değişimlerinin klinik tanıda kullanılabileceğini düşünmekteyiz.Anahtar kelimeler: İBH, Crohn hastalığı, Ülseratif kolit, CARD15/NOD2 Geni, Sitokin Gen Polimorfızmi, PCR-SSP, Allel Spesifik Multipleks PCR
Hyphantria cunea nükleopolihedrovirüs`ünün Spodoptera frugiperda ve Lymantria dispar hücre kültürlerinde replikasyonunun karşılaştırılması
Bu çalışmada, Hyphantria cunea nükleopolihedrovirüs (HcNPV)'ün Spodoptera frugiperda (IPLB-Sf21) ve Lymantria dispar (IPLB-LdElta) hücre kültürlerinde replikasyon özellikleri araştırıldı. Enfeksiyon, oluşan sitopatik etkiler (CPE), ektrasellüler virüs üretimi ve virüs çoğalma eğrisi, polihedral inklüzyon yapı (PIB) oluşumu, viral DNA replikasyonu, viral yapısal proteinlerin sentezi vepolh gen transkripsiyonuyla belirlendi. Işık mikroskobuyla tespit edilen CPE'lerin Sf21 hücrelerinde LdElta hücrelerine göre yaklaşık 12 saat önce meydana geldiği görüldü. Polihedral inklüzyon yapılar Sf21 hücrelerinde enfeksiyondan 36 saat sonra meydana gelirken, LdElta hücrelerinde ilk olarak enfeksiyondan 48 saat sonra tespit edildi. Doku kültürü enfektif doz %50 (TCID5o)'ye göre belirlenen ektrasellüler virüs üretiminin Sf21 hücrelerine göre LdElta hücrelerinde yaklaşık 12 saat geç meydana geldiği belirlendi. Enfeksiyondan 72 saat sonra Sf21 ve LdElta hücrelerinde üretilen ekstrasellüler virüs miktarı sırasıyla 5,6 x 10 pfu/ml ve 1,77 x 10 pfu/ml olarak hesaplandı. Viral DNA replikasyonunun her iki hücrede de enfeksiyondan 12 saat sonra başladığı Slot Blot hibridizasyonuyla tespit edildi. Viral proteinlerin sentezi poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE) ile belirlendi ve polihedrin proteininin her iki hücrede de enfeksiyondan 24 saat sonra ortaya çıktığı gösterildi. HcNPV -polh geninin hem Sf21 hem de LdElta hücrelerinde enfeksiyondan 10 saat sonra transkrip olduğu revers transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile gösterildi. Hücrelerde üretilen PIB'lerin H. cunea ve L. dispar larvaları üzerinde sırasıyla %51,9 ve %65,38 insektisidal etkiye sahip olduğu biyoassay testleriyle hesaplandı. HcNPV'nin makromoleküllerinin sentezinin Sf21 hücrelerindekine göre LdElta hücrelerinde yaklaşık 12 saat daha geç ve toplam virüs partikülleri üretiminin ise yaklaşık 3 kat az olduğu belirlendi. Anahtar Kelimeler: Baculovirus, HcNPV, Sf21, LdElta, Virüs Replikasyonu VI
Ağır kuraklık stresi geçirmiş Ctenanthe setosa bitkisinin yeni kuraklık koşullarına adaptasyon yeteneğinin araştırılması
Ağır kuraklık stresi geçirmiş Ctenanthe setosa bitkisinin yeni kuraklık koşullarına adaptasyon yeteneğinin araştırıldığı bu çalışmada, yaprak kıvrılması ve kuraklık stresi arasındaki ilişki, yaprak kıvrılması sırasındaki çözünebilir protein, prolin, indirgen şeker, toplam çözünebilir karbohidrat seviyelerindeki ve peroksidaz aktivitesindeki değişimler belirlendi. Yaprak kıvrılmasının artan kuraklığa paralel olarak arttığı ve kıvrılmanın ilk kez stres geçiren bitkilere oranla daha çabuk meydana geldiği saptanmıştır. Ayrıca yaprakların ilk strese maruz kalmış bitkilere göre, kıvrılmış halde daha uzun süre kaldıkları tespit edildi. Buna ilaveten bitki yaprak alanı oranında ve yaprak sapı uzunluğunda indirgenmeler gözlendi. Yapılan kantitatif analizler sonucunda çözünebilir protein miktarının; kontrole oranla azaldığı, fakat kuraklığın 23'ncü gününden itibaren bir artış sergilediği, prolin miktarının arttığı, indirgen şeker ve toplam çözünebilir karbohidrat miktarında istatistik olarak önemli bir değişimin olmadığı, peroksidaz aktivitesinin ise kontrole oranla artış gösterdiği belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar, daha önce stres geçirmiş bitkilerin yeni streslere morfolojik ve fizyolojik olarak daha dirençli olduklarını göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Ctenanthe setosa, Ağır kuraklık stresi, Yaprak kıvrılması, Prolin, İndirgen şeker, Peroksidaz
Anoxybacillus gonensis D-glukoz (D-ksiloz) izomeraz geninin klonlanması, izolasyonu ve karakterizasyonu
ÖZET Glukoz izomeraz, büyümek için karbon kaynağı olarak ksilozu kullanabilme yeteneğine sahip ve birçok bakteride bulunan hücre içi bir enzimdir. Glukoz izomeraz, D-ksilozun D-ksiluloza dönüşümünü katalizlediği gibi aynı zamanda D-glukozun D-fruktoza dönüşümünü de katalizlemektedir. Bu ikinci özelliği High Fructose Corn Syrup (HFCS; yüksek içerikli fruktoz şurubu) üretiminde endüstriyel alanda kullanılmaktadır. HFCS büyük oranda meşrubat, fırın, şeker ve konserve gibi sanayi ürünlerinde kuUanılmaktadır. Glukoz izomeraz, hücre içi bir enzim olması ve glukoza olan düşük Km değeri karşılamak için yüksek miktarlarda ihtiyaç duyulması sebebiyle pahalı bir enzim olarak dikkate alınabilir. Termofîlik bir bakteri olan Anoxybacillus gonensis G2T, glukoz izomeraz aktivitesine ve bu aktiviteyi sağlayan enzimin genine sahiptir. Bu çalışma; Anoxybacillus gonensis G2T glukoz izomeraz geninin klonlanması, gen ürününün İzolasyonu ve karakterizasyonunu içermektedir. Çalışmada glukoz izomerazı kodlayan xylA geninin 530 bp lik bir parçası klordandı ve baz dizilimi belirlendi. Maksimum aktivite 85°C'de pH 6,5'da gözlendi. Hücre özütünün 30 dakika, 85°C'de inkübe edilmesi sonucunda, glukoz izomeraz aktivitesi % 50 oranında azaldı. pH 5-9,5 aralığında 4°C'de 300 dakika bekletilen enzimin bu pH değerlerinde kararlılığını koruduğu tespit edildi. Glukoz için olan 15,24 mM Km değeri ile diğer glukoz izomerazlardan daha düşük bir Km değerine sahip olduğu belirlendi. Enzimin 85°C'deki ısıl kararlılığını Co+2nin artırdığı, Mg+2'nin değiştirmediği, Mn+2nin ise azalttığı gözlendi. Glukoz izomeraz aktivitesi için Co+2, Mg+2 ya da Mn+2 bivalent metal iyonlarından en az birini gerekli olduğu bulundu ve en yüksek aktivitenin Co+2 metal katyonu varlığında olduğu belirlendi. Cd+2, Ca+2, Sn+2, Hg+2, Ni+2, Zn+2, Fe+2 veya Cu+2 gibi bivalent metal katyonlan ile gerçekleştirilen denemeler, bu bivalent metal katyonlarının enzim aktivitesini inhibe ettiği gözlendi. Elektroforetik deneyler, Anoxybacillus gonensis G2T Gl'ımn alt birimlerinin moleküler ağırhklarmın 43 kDa civarında olduğunu gösterdi. Elde edilen veriler; Anoxybacillus gonensis G2T Gl'ının ısıl ve pH kararlı bir enzim olduğunu ve pH 6 gibi asidik ortamlarda aktivitesinin yüksek olduğunu göstermektedir. Bu sonuçlar ve diğer biyokimyasal verilerle, Anoxybacillus gonensis G2 Gl'ının önemli bir endüstriyel izomeraz olabiceceği söylenebilir. Anahtar Kelimeler: Anoxybacillus gonensis, Glukoz izomeraz, Ksiloz izomeraz, HFCS VI